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Existen diversos procedimientos para conservar y mantener cultivos microbianos. El mtodo adecuado depende del tipo de microorganismo y del perodo de tiempo de conservacin que se requiera.
Congelacin o crioconservacin. Para conservar cultivos congelados se recomienda que la temperatura sea, como mnimo, -30C por lo que no son recomendables los congeladores habituales (aproximadamente -20C). Por ello se recurre a congeladores especiales para laboratorio que alcanzan temperaturas inferiores a -70C o, incluso mejor, a nitrgeno lquido (entre -150 y -195C). Los resultados varan de un microorganismo a otro y la congelacin inicial destruye siempre una cierta proporcin de microorganismos, incluso empleando crioprotectores.
Un mtodo sencillo y econmico para el mantenimiento de las cepas bacterianas es la congelacin de los cultivos en pequeos viales (1-2mL) que contengan leche descremada estril al 10% o glicerol estril al 15% como crioprotectores. Tambin se comercializan crioviales con microperlas porosas y un medio de cultivo especial para la conservacin de cepas congeladas. Segn la temperatura, los perodos de conservacin pueden llegar a superar los 10 aos.
Liofilizacin. Es un proceso que permite desecar casi totalmente una estructura biolgica, previamente congelada, sublimando bajo vaco el agua (hielo) que contiene.
Los microorganismos se liofilizan en presencia de un agente protector y se guardan en ampollas selladas al vaco, con lo que se puede llegar a lograr perodos de conservacin de ms de 20 aos.