MAKALAH FISIOLOGI MIKROBA METABOLISME LEMAK DAN ASAM AMINO

Oleh Kelompok 1 Dini Jannatul Putri Khairatul Inam Lastri Nur Niko Sentosa

JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS NEGERI PADANG 2012

Metabolisme Lemak

Jika sumber energi dari karbohidrat telah mencukupi, maka asam lemak mengalami esterifikasi yaitu membentuk ester dengan gliserol menjadi trigliserida sebagai cadangan energi jangka panjang. Katabolisme lemak dimulai dengan pemecahan lemak menjadi gliserol dan asam lemak. Gliserol yang merupakan senyawa dengan 3 atom C dapat dirubah menjadi gliseral dehid 3-fosfat. Selanjutnya gliseral dehid 3-fosfat mengikuti jalur glikolisis sehingga terbentuk piruvat. Sedangkan asam lemak dapat dipecah menjadi molekul-molekul dengan 2 atom C. Molekul dengan 2 atom C ini kemudian diubah menjadi asetil koenzim A dapat dihitung satu. Sehingga jika sewaktu-waktu tak tersedia sumber energi dari karbohidrat barulah asam lemak dioksidasi. Proses oksidasi asam lemak dinamakan oksidasi beta dan menghasilkan asetil KoA. Selanjutnya sebagaimana asetil KoA dari hasil metabolisme karbohidrat dan protein, asetil KoA dari jalur inipun akan masuk ke dalam siklus asam sitrat sehingga dihasilkan energy

A. Katabolisme Asam Lemak (-oksidasi asam lemak)

Sebagian prokariota (seperti Pseudomonas, Bacillus dan E.coli) dapat tumbuh pada media yang mengandung lemak. Lemak lebih dahulu dideesterifikasi menjadi asam lemak. Asam lemak lemudian siap mengalami oksidasi menjadi asetil koA. Karena terjadi oksidasi di atom karbon , maka oksidasi tersebut dinamakan -oksidasi. Pada prinsipnya, -oksidasi mengurai atau memotong asam lemak menjadi satuan (monomer) asetil koA. Reaksi pada -oksidasi berikut : Asam lemak memperoloh gugus KoA, sehingga membentuk asil KoA dengan bantuan asil KoA sintase. Reaksi itu memerlukan energi dari ATP. Kemudian, asil KoA mengalami asil koA tidak jenuh (mengalami ikatan rangkappada atom karbon ). Hidrogen yang dihasilkan, ditangkap FAD+. Reaksi itu dikatalis oleh asil KoA dehidrigenase. Hidrasi ikatan rangkap pada asil KoA tidak jenuh, sehingga menghasilkan hidroksil KoA. Reaksi ini dikatalis hidroksiasil KoA, sehingga menghasilkan gugus keto. Reaksi itu dikatalisis hidroksiasil dehidrogenase. Hidrogen diterima oleh NAD+. Pemutusan ikatan karbon pada posisi akibat serangan Koa shingga menghasilkan asil KoA (lebih pendk 2 atom karbon) dan asetil KoA. Reaksi ini dikatalis -

ketothiolase. Asil KoA kemudian mengalami perulangan reaksi seperti di atas, sehingga dihasilkan asil KoA yang lebih pendek 2 atom C. Asetil KoA dioksidasi menjadi NADH, FADH, ATP dan CO2 melalui siklus asam sitrat atau difermentasi melalui siklus reduktifasam sitrat menghasilkan prekursor bagi biosintesis asam amino.

Jika jumlah atom karbon genap, maka senyawa terakhir adalah asetil KoA. Akan tetapi, jika jumlah atom karbon asam lemak ganjil, maka senyawa terakhir adalah pripionil KoA. Pripionil KoA tidak mengalami dekarboksilasi, tetapi mengalami oksidasi menjadi piruvat. Secara energetik asam lemak lebih banyak menghasilkan energi daripada glukosa. Total ATP yang dihasilkan dari pemecahan asam lemak C6 melalui -oksidasi adala 3 asetil KoA, 2 NADH dan 2 FADH2 mnus 2 ATP. Oksidasi 3 asetil KoA menjadi CO 2 dan H2O

melalui siklus asam sitrat menghasilkan 3 ATP, 3 FADH2 dan 9 NADH. Total energi yang dihasilkan adalah 49,3 ATP.

Total ATP yang dihasilkan dari pemecahan glukosa adalah glikolisis. Glukosa menjadi 2 piruvat meghasilkan 2ATP dan 2NADH. Konversi 2 piruvat menjadi 2 asetil KoA menghasilkan 2 NADH. Oksidasi 2 asetil KoA melalui siklus asam sitrat menghasilkan 2 ATP,2 FADH2 dan 6 NADH. Jika oksidasi 1 NADH menghasilkan 3,3 ATP dan 1 FADH 2 menghasilkan 2 ATP, maka total energi yang dihasilkan adalah 41 ATP. Untuk memperoleh energi, asam lemak dapat dioksidasi dalam proses yang dinamakan oksidasi beta. Sebelum dikatabolisir dalam oksidasi beta, asam lemak harus diaktifkan terlebih dahulu menjadi asil-KoA. Dengan adanya ATP dan Koenzim A, asam lemak diaktifkan dengan dikatalisir oleh enzim asil-KoA sintetase (Tiokinase). Asam lemak bebas pada umumnya berupa asam-asam lemak rantai panjang. Asam lemak rantai panjang ini akan dapat masuk ke dalam mitokondria dengan bantuan senyawa karnitin, dengan rumus (CH3)3N+-CH2-CH(OH)-CH2-COO-. Langkah-langkah masuknya asil KoA ke dalam mitokondria dijelaskan sebagai berikut:

1.

Asam lemak bebas (FFA) diaktifkan menjadi asil-KoA dengan dikatalisir oleh enzim tiokinase.

2.

Setelah menjadi bentuk aktif, asil-KoA dikonversikan oleh enzim karnitin palmitoil transferase I yang terdapat pada membran eksterna mitokondria menjadi asil karnitin. Setelah menjadi asil karnitin, barulah senyawa tersebut bisa menembus membran interna mitokondria.

3.

Pada membran interna mitokondria terdapat enzim karnitin asil karnitin translokase yang bertindak sebagai pengangkut asil karnitin ke dalam dan karnitin keluar.

4.

Asil karnitin yang masuk ke dalam mitokondria selanjutnya bereaksi dengan KoA dengan dikatalisir oleh enzim karnitin palmitoiltransferase II yang ada di membran interna mitokondria menjadi Asil Koa dan karnitin dibebaskan.

5.

Asil KoA yang sudah berada dalam mitokondria ini selanjutnya masuk dalam proses oksidasi beta.

Dalam oksidasi beta, asam lemak masuk ke dalam rangkaian siklus dengan 5 tahapan proses dan pada setiap proses, diangkat 2 atom C dengan hasil akhir berupa asetil KoA. Selanjutnya asetil KoA masuk ke dalam siklus asam sitrat. Dalam proses oksidasi ini, karbon asam lemak dioksidasi menjadi keton. Telah dijelaskan bahwa asam lemak dapat dioksidasi jika diaktifkan terlebih dahulu menjadi asil-KoA. Proses aktivasi ini membutuhkan energi sebesar 2P. Setelah berada di dalam mitokondria, asil-KoA akan mengalami tahap-tahap perubahan sebagai berikut: 1. Asil-KoA diubah menjadi delta2-trans-enoil-KoA. Pada tahap ini terjadi rantai respirasi dengan menghasilkan energi 2P (+2P) 2. 3. Delta2-trans-enoil-KoA diubah menjadi L(+)-3-hidroksi-asil-KoA L(+)-3-hidroksi-asil-KoA diubah menjadi 3-Ketoasil-KoA. Pada tahap ini terjadi rantai respirasi dengan menghasilkan energi 3P (+3P) 4. Selanjutnya terbentuklah asetil KoA yang mengandung 2 atom C dan asil-KoA yang telah kehilangan 2 atom C.

Dalam satu oksidasi beta dihasilkan energi 2P dan 3P sehingga total energi satu kali oksidasi beta adalah 5P. Karena pada umumnya asam lemak memiliki banyak atom C, maka asil-KoA yang masih ada akan mengalami oksidasi beta kembali dan kehilangan lagi 2 atom C karena membentuk asetil KoA. Demikian seterusnya hingga hasil yang terakhir adalah 2 asetil-KoA. Asetil-KoA yang dihasilkan oleh oksidasi beta ini selanjutnya akan masuk siklus asam sitrat.

B. Biosintesis Lemak 1. Biosintesis asam lemak jenuh Biosintesis lemak dimulai dengan biosintesis asam lemak. Prekursor biosintesis asam lemak adalah asetil KoA. Rute biosintesis asam lemak berbeda dengan rute -oksidasi asam lemak. Biosintesis asam lemak adalah karboksilasi asetil KoA menjadi malonil KoA. Reaksi ini memerlukan energi yang dikatalisasetil KoA karboksilase. Penggantian gugus KoA dengan gugus ACP. Gugus KoA dari asetil KoA diganti dengan gugus ACP sintase. Asil ACP dan malonil ACP mengalami kondensasi, sehingga menghasilkan 3-ketoasil ACP dan melepaskan CO2 dan gugus ACP. Reaksi tersebut dikatalis ketoasil ACP sintase. Dehidrogenasi3-ketoasil ACP (pada C no. 3) sehingga menghasilkan 3-hidroksiasil ACP. Reaksi tersebut dikatalis ketoasil ACP reduktase. Dehidrasi pada atom C no. 3, sehingga eghasilkan ikatan rangkap (senyawanya disebut enoil asil ACP). Reaksi tersebut dikatalis hidroksiasil ACP dehidrase. Dehidrogenasi pada ikatan rangkap enoil asil ACP, sehingga menghasilkan asil (C4) ACP. Reaksi tersebut dikatalisis enoil asil ACP. Kemudian, asil ACP mengalami pemanjangan yaitu berkondensasi dengan malonil ACP. Reaksi tersebut sama dengan reaksi asetil ACP dan malonil ACP seperti diatas. Ketika jumlah karbon dirasa mencukupi, asil ACP ditransfer ke membran fosfolipid. Proses tersebut dikatalis gliserol fosfatase asiltransferase.

2. Biosintesis asam lemak tidak jenuh Biosintesis asam lemak tidak jenuh terjadi melalui 2 cara, yaitu aerobik dan anaerobik. Anaerobik hanya terjadi pada prokariota (Clostrodium, Latobacillus dan E.coli), sedangkan anaerobik terjadi pada eukariota dan prokariota (Bacillus, Corynebacterium, Micrococcus dan Mycobacterium). Pada prokariota asam lemak tidak jenuh didominasi oleh asam lemak tidak jenuh tunggal, misalnya asam palmitoleat (C16) dan asam oleat (C18). Pada saat proses biosintesis asam palmitoleat secara anaerob tidak dihasilkan asil (C10) ACP, tetapi dihasilkan 3-hidroksiasil (C10) ACP. Kemudian 3-hidroksiasil (C10) ACP mengalami dehidrasi oleh dehidrogenase,sehingga menghasilkan enoil (C10) ACP. Jenis ikatan rangkap pada enoil (C10) ACP dapat berupa is - (ikatan rangkap C nomor ganjil) atau cis - (ikatan rangkap C nomor genap). Hal itu tergantung jenis dehidrogenase yang

mengkatalis. Selanjutnya enoil (C10) ACP mengalami perpanjangan sampa menghasilkan enoil (C16) ACP. Enoil (C16) ACP mengalami hidrasi, sehingga menghasilkan asam palmitoleat (C16). Terdapat 2 model biosintesis lemak secara aerob, yaitu pembentukan ikatan rangkap setelah atom karbon lengkap dan pembentukan ikatan rangkap sebelum atom karbon lengkap. Pada model pertama menghasilkan asil ACP demgan jumlah atom karbon lengkap. Selanjutnya, asil ACP mengalami oksidasi pada posisi C yang diinginkan, sehingga menghasilkan ikatan rangkap yang diinginkan. Oksidase yang mengkatalisis pembentukan ikatan rangkap memerluakan oksigen dan NADPH. Bakteri menyintesis asam oleat dari bentuk asam stearat. Pada model kedua (asam palmitoleat) menghasilkan derivat cis - dekanoil ACP (prosesnya sama dengan biosintesis asam lemak tidak jenuh secara anaerob). Cis - dekanoil ACP (C10) bereaksi dengan asil ACP (C6) menghasilkan ikatan rangkap antara C9 dan C10.

C. Biosintesis fosfolipid Fosfolipid merupakan asam lemak yang terikat kovalen dengan fosfat. Terdapat berbagai jenis fosfolipid di bakteri, tetapi yang akan dibahas adalah fosfolipid yang umum dijumpai (Gambar 9.11). Struktur fosfolipid dalam membran sel adalah amfibolik, yaitu satu bagian molekul bermuatan (polar/hodrofilik) dan bagian yang lain tidak bermuatan (nonpolar/hidrofobik). Area hidrofilik yang berisi fosfat dan hidrofobik yang berisi asam lemak disebut kepala dan ekor.

Gambar Senyawa fosfolipid pada prokariota, yaitu asam fosfatidil (X=H), fosfatidil serin (X=serin), fosfatidil etanolamin (X=etanolamin), fosfatidil gliserol (X=gliserol), dan kardiolipin (X=fosfatidil gliserol).

Beberapa sifat membran sel yang perlu diperhatikan adalah sebagai berikut. Membran sel hanya dapat dilewati oleh air, gas, dan molekul hidrofob kecil. Membran sel mampu melakukan kerja seluler, jika terdapat perbedaan muatan (proton dan ion natrium) di seberang-menyeberang membran sel. Asam lemak yang mengisi area hidrofob harus dalam kondisi cair (fluid). Kondisi ini untuk mempertahankan fungsi membran sel. Fluiditas asam lemak terjaga, karena adanya asam lemak tidak jenuh (titik beku asam lemak tidak jenuh lebih rendah dibandingkan asam lemak jenuh) dan asam lemak bercabang.

Gambar Biosintesis fosfolipid.

Biosintesis fosfolipid dimulai dari reduksi dihidroksi aseton fosfat (senyawa antara glikolisis) menjadi gliseraldehid 3-fosfat (G3P) (Gambar 9.12). Dua molekul asil ACP mentransfer gugus asam lemak ke G3P menghasilkan asam fosfatidat. Reaksi ini dikatalisis gliseraldehid 3-fosfat asil transferase. Asam fosfatidat merupakan fosfolipid pertama yang

dihasilkan. Asam fosfatidat diproses lagi menjadi derivat fosfolipid lainnya, misalnya fosfatidil serin, fosfatidiletanolamin, dan kardiolipin. Asam fosfatidat kemudian bereaksi dengan sitidin trifosfat (CTP) menghasilkan citidin difosfat diasil gliserol dan pirofosfat. Reaksi ini dikatalisis citidin difosfat digliseride sintase. Penambahan sistein pada citidin difosfat diasil gliserol akan menghasilkan fosfatidil serin. Reaksi ini dikatalisis fosfatidil serin sintase. Fosfatidil serin dekarboksilase melakukan dekarboksilasi fosfatidil serin menghasilkan fosfatidil etanolamin. Secara terpisah, citidin difosfat diasil gliserol bereaksi dengan gliserol fosfat menghasilkan fosfatidil gliserol fosfat. Reaksi ini dikatalisis fosfatidil gliserol fosfat sintase. Hidrolisis fosfatidil gliserol fosfat menghasilkan fosfatidil gliserol (dan melepaskan fosfat). Reaksi ini dikatalisis fosfatidil gliserol fosfat fosfatase. Dua molekul fosfatidil fosfat berekasi menghasilkan kardiolipin (difosfatidil gliserol). Reaksi ini dikatalisis kardiolipin sintase.

D. BIOSINTESIS ASAM AMINO Protein merupakan polipeptida dari 20 jenis asam amino. Ke-duapuluh asam amino dapat dikelompokkan menjadi 6 kelompok berdasarkan prekursor masing-masing (Tabel 9.2). Dapat dilihat bahwa prekursor 5 kelompok asam amino berasal dari senyawa antara pada metabolisme sentral. Hanya histidin yang berasal dari fosforibosil pirofosfat (PRPP) atau ATP. Meskipun sebenarnya PRPP berasal dari fosforilasi ribosa 5-fosfat dari jalur HMP. Tabel Prekursor asam amino Prekursor Oksaloasetat Piruvat 3PGA -Ketoglutarat PEP & E4P PRPP & ATP Asam amino Aspartat, asaparagin, metionon, lisin, treonin, isoleusin Alanin, valin, leusin Serin, glisin, sistein Glutamat, glutamin, arginin, prolin Fenilalanin, tirosin, triptofan Histidin

1. Biosintesis Asam Amino Pada dasarnya sintesis asam amino merupakan reaksi aminasi (pengikatan gugus amin) karboksilat. Gugus amin biasanya berasal dari amonia. Akan tetapi, pengikatan gugus amin ke karboksilat dapat langsung (1 tahap) atau tidak langsung (2 tahap). Pengikatan gugus amin langsung terdapat pada proses sintesis glutamat dari -ketoglutarat (Gambar 9.13). Reaksi ini memerlukan glutamat dehidrogenase.

Gambar Reaksi glutamat dehidrogenase

Gambar Reaksi GS-GOGAT

Pengikatan gugus amin tidak langsung terjadi pada proses sintesis glutamat dari ketoglutarat dan memerlukan glutamat lainnya (Gambar 9.14). Pada reaksi ini gugus amin lebih dulu diinkorporasi ke glutamat menghasilkan glutamin (dikatalisis glutamin sintase/GS). Gugus amin ditransfer ke -ketoglutarat menghasilkan glutamat (dikatalisis glutamin -oksoglutarat transaminase atau GOGAT). Glutamin yang kehilangan amida, menjadi glutamat. Dari kedua tipe reaksi di atas (GH dan GS-GOGAT) tampaknya reaksi GS-GOGAT merupakan reaksi yang paling mungkin terjadi di alam. Hal ini karena reaksi GH memerlukan kadar amonia yang tinggi di habitatnya, sedangkan reaksi GS-GOGAT memerlukan sedikit amonia di habitatnya. Sintesis asam amino lainnya memerlukan glutamat sebagai sumber nitrogen (gugus amin) ke karboksilat. Reaksi ini merupakan proses transaminasi, sehingga enzimnya disebut transaminase.

E. BIOSINTESIS NUKLEOTIDA Nukleotida adalah polimer molekul purin atau pirimidin, ribosa atau deoksiribosa, dan fosfat.Jika tanpa fosfat, maka polimer tersebut dinamakan nukleosida. Jadi nukleotida adalah nukleosida fosfat. Tiga molekul pirimidin penyusun nukleotida adalah sitosin, timin, dan urasil dan nama nukleosidanya adalah sitidin, timidin, dan uridin. Dua molekul purin penyusun nukleotida adalah guanin dan adenin dan nama nukleosidanya adalah guanosin dan adenosin.

Gambar Monomer nukleotida

Gambar Molekul purin (atas) dan pirimidin (bawah)

1. Biosintesis Pirimidin Berdasarkan asal atom karbon dan nitrogen, pirimidin disintesis dari aspartat, amonia yang berasal dari glutamin, dan CO2 yang berasal dari karbonat

Gambar Prekursor pirimidin (kiri) dan purin (kanan)

Sintesis nukleotida pirimidin dimulai dari fosforilasi aminasi karbonat (Gambar 9.18). Aminasi dan fosforilasi karbonat menjadi karbamoil fosfat. Reaksi ini dikatalisis karbamoil fosfat sintetase. Selanjutnya, aspartat terikat pada karbamoil, sehingga menghasilkan karbamoil aspartat (melepaskan fosfat). Reaksi ini dikatalisis aspartat transkarbamoilase. Hidrasi karbamoil aspartat menjadi dihidroorotat.

Gambar Biosintesis pirimidin

Reaksi ini dikatalisis dihidroorotase. Dehidrogenasi (oksidasi) dihidroorotat menjadi orotat. Reaksi ini dikatalisis dihidroorotat dehidrogenase. Terikatnya 5-fosforibosil pirofosfat (disintesis dari fosforilasi ribosa 5-fosfat) pada atom nitrogen dari orotat, sehingga menghasilkan orotidin monofosfat (melepaskan pirofosfat). Reaksi ini dikatalisis orotat fosforibosil transferase. Dekarboksilasi orotidin monofosfat menjadi uridin monofosfat (UMP). Reaksi ini dikatalisis orotidin fosfat dekarboksilase. Fosforilasi uridin monofosfat menjadi uridin difosfat (UDP). Reaksi ini dikatalisis nukleosidamonofosfat kinase. Fosforilasi uridin difosfat menjadi uridin trifosfat (UTP). Reaksi ini dikatalisis nukleosidadifosfat kinase. Uridin trifosfat merupakan prekursor uridin. Terikatnya amonia pada uridin trifosfat menghasilkan sitidin trifosfat (CTP). Reaksi ini memerlukan energi/ATP. Sitidin trifosfat merupakan prekursor sitidin. Timidin disintesis dari metilasi UTP. 2. Biosintesis Purin
a. Atom karbon dari purin berasal dari format atau serin, glisin, dan karbon dioksida.

Atom nitrogen dari purin berasal dari aspartat, glisin, dan glutamin.
b. Sintesis cincin purin dimulai dari terikatnya atom nitrogen glutamin pada fosforibosil

(berasal dari fosforibosil pirofosfat) menghasilkan 5-fosforibosilamin. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil pirofosfat amidotransferase. Tersisipnya glisin ke 5fosforibosilamin, sehingga menghasilkan 5-fosforibosil glisinamida. Reaksi ini memerlukan energi (ATP) dan dikatalisis fosforibosil glisinamida sintetase. Terikatnya formil pada fosforibosil glisinamida, sehingga menghasilkan 5-fosforibosil N formilglisinamida. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil formilglisinamida sintetase. Pengikatan gugus NH2 dari glutamin,sehingga menghasilkan 5-fosforibosil N formilglisinamidin. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil formilglisinamidin sintetase dan memerlukan energi.
c. Pembentukan struktur cincin pada fosforibosil N formilglisinamidin, sehingga

menghasilkan 5-fosforibosil 5-aminoimidazol. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil aminoimidazol sintetase. Karboksilasi 5-fosforibosil 5-aminoimidazol, sehingga menghasilkan asam 5-fosforibosil 5-aminoimidazol 4-karboksilat. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil aminoamidazol karboksilase. Terikatnya aspartat pada asam 5fosforibosil 5-aminoimidazol 4-karboksilat, sehingga menghasilkan asam 5-

fosforibosil 4-N suksinokarboksamida 5-aminoimidazol. Reaksi ini dikatalisis fosforibosilaminoamidazol suksinokarboksamida sintetase. Terlepasnya 4 karbon yang semula berasal dari aspartat dari reaksi sebelumnya (Jadi aspartat akhirnya hanya menyumbang nitrogen saja), sehingga menghasilkan 5-fosforibosil 4-

karboksamida

5-amidoimidazol.

Gambar Biosintesis purin

Reaksi ini dikatalisis adenilosuksinat liase. Terikatnya formil ke 5-fosforibosil 4karboksamida 5-amidoimidazol, sehingga menghasilkan 5-fosforibosil 4-karboksamida 5formamidoimidazol. Reaksi ini dikatalisis fosforibosil amidoimidazol karboksamida formiltransferase. Pembentukan cincin (kedua) dari 5-fosforibosil 4-karboksamida 5formamidoimidazol, sehingga menghasilkan inosinat monofosfat (IMP). Reaksi ini

melepaskan air dan dikatalisis inosinat siklohidrolase. IMP merupakan prekursor dari semua nukleotida purin.