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I MICRORGASNISMI sono presenti sia nei PROCARIOTI che negli EUCARIOTI. I procarioti comprendono i due regni Bacteria e Archea; gli eucarioti il regno degli Eucaria ( secondo lo schema a tre regni) Nei procarioti: 1. EUBATTERI o BACTERIA: organismi generalmente unicellulari con una parete costituita essenzialmente da peptidoglicano. Es: Cianobatteri, che compiono il processo foto sintetico. 2. ARCHEBATTERI o ARCHEA: caratterizzati dalla presenza di sequenze simili a quelle dell RNA ribosomiale; nella loro parete non c peptidoglicano ma altri lipidi. Es: Metanogeni, che producono gas metano. Negli eucarioti ci sono microrganismi: 1. PROTISTI: a) Algae, che fanno la fotosintesi b) Protozoa, che sanno muoversi 2. FUNGI: che assimilano nutrienti dallambiente circostante.
Capitolo 2
MICROSCOPIO OTTICO IN CAMPO CHIARO: Genera unimmagine scura su uno sfondo pi chiaro; ha due manopole, una per la messa fuoco grossolana, laltra per quella di precisione; ha un Condensatore che focalizza la luce che viene da sotto sul vetrino; non distingue bene cellule non pigmentate. RISOLUZIONE: Capacit di un microscopio di distinguere fra due oggetti molto piccoli e vicini tra loro; uno dei fattori che la influenza la lunghezza donda della luce utilizzata, che deve essere minore della distanza che separa i due oggetti che vogliamo distinguere. MICROSCOPIO OTTICO IN CAMPO OSCURO: Visualizza un oggetto molto illuminato su un campo scuro; rende visibili notevoli strutture interne degli eucarioti; MICROSCOPIO A CONTRASTO DI FASE: Ottimo per osservare cellule vive; trasforma variazioni di densit della cellula in variazioni dellintensit luminosa; MICR. a CONTRASTO DINTERFERENZA DIFFERENZIALE:
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Funziona come il precedente; fa apparire cellule viventi non pigmentate come colorate vivacemente e tridimensionali;
MICROSCOPIO A FLUORESCENZA: Loggetto viene visto grazie alla luce che esso stesso emette; alcune molecole assorbono energia che poi rilasciano sotto forma di Luce Fluorescente; il campione viene esposto ad una luce ultravioletta che sfrutta la luce fluorescente che emette e in genere i campioni prima dellosservazione sono trattati con Fluorocromi, dei coloranti che li rendono ancora pi fluorescenti quando vengono esposti a particolari lunghezze donda. FISSAZIONE Conserva e blocca le strutture interne dei microrganismi; inattiva gli enzimi e rafforza le strutture cellulari in modo che resistano durante colorazione e osservazione.
Colorazione di GRAM
Distingue i batteri in Gram+ e Gram ; si fa in tre passaggi: -Colorazione dello striscio con il cristalvioletto, un colorante basico. -Aggiunta di una soluzione di iodio, che aumenta linterazione fra il colorante e la cellula. -Lavaggio/risciacquo con etanolo o acetone Dopo il lavaggio, i Gram+ trattengono comunque il colorante e quindi sono violetti.
CAPITOLO 3
STREPTO - : suffisso che indica microrganismi che si dispongono in una fila ordinata. Es : streptococchi, streptobacilli, STAFFILOCOCCO: Cocco che si replica formando aggregati a grappolo. SPIRILLI: Procarioti di forma a spirale , con ciuffi di flagelli ad una o entrambe le estremit.
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OPANOIDI: I procarioti nella membrana non hanno steroli, ma opanoidi, che sono lipidi simili agli steroidi. Sono sintetizzati a partire dagli stessi precursori degli steroli e hanno la stessa funzione: stabilizzare la membrana. La membrana cellulare degli eucarioti ASIMMETRICA, in quanto sul foglietto esterno ci sono lipidi e proteine diverse da quelle che ci sono sul foglietto interno. LIPID RAFT: zattera di lipidi ricca di colesterolo e sfingolipidi, libera di muoversi nel doppio strato fosfolipidico;
Gli ISOPRENOIDI sono costituiti da unit ripetute di ISOPRENE ( una molecola a 5 atomi di C )e la loro lunghezza della singola catena pu cambiare. Se lunga 20C allora si chiama FITANOLO; se lunga invece 40C ( come nel di-glicerolo tetra etere) si chiama BIFITANOLO. _______________________________
CORPI di INCLUSIONE: granuli con funzione di deposito di sostanze organiche e inorganiche. Hanno membrana i corpi di inclusione che contengono poli--idrossibutarrato (PHB) oppure peptidogligano. Altri granuli, come quelli che contengono glicogeno, non hanno membrana e sono liberi nel citoplasma. MESOSOMI: Invaginazioni della membrana plasmatica, formano una vescicola che ha un ruolo importante nella segregazione dei cromosomi durante la replicazione. NUCLEOIDE: spazio/zona in cui situato il cromosoma procariotico.
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PLASMIDI batterici DNA extracromosomico a doppio filamento, formato di solito da meno di 30 geni. molecole di DNA circolari superavvolto a doppia elica. un'origine di replicazione indipendente. dimensioni inferiori a quelle dei cromosomi .
Alcune funzioni dei plasmidi : resistenza (antibiotici, metalli pesanti e raggi UV) utilizzo di fonti di carbonio insolite o la fissazione di azoto inorganico nel suolo; produzione di molecole in grado di uccidere gli altri organismi (batteriocine o antibiotici); Virulenza Vettore Plasmidico : Permette di trasportare sequenze di DNA di interesse che occorre amplificare o esprimere all'interno di una cellula ospite; devono contenere: multi-cloning site (MCS); uno o pi marker di selezione (danno resistenza ad antibiotici); un'origine di replicazione compatibile con l'organismo ospite. _____________________________
NAM
NAM e NAG sono uguali, ma il NAM ha in pi un D-acido lattico legato tramite un ponte a ossigeno al proprio C3. A questa parte polisaccaridica/glucidica si unisce la parte peptidica del peptidoglicano, costituita da 4 amminoacidi che in genere non si trovano nelle proteine e che proteggono il peptidoglicano dallattacco di peptidasi. Infatti 4 amminoacidi si legano allacido lattico del NAM nellordine: L- Alanina D-Acido glutammico Acido meso- diamminopimelico ( Gram -) oppure LISINA ( Gram+ ) chiamati aa BIBASICI D- Alanina
formando il cosiddetto Tetrapeptide del peptidoglicano. I vari Tetrapeptidi si uniscono tra loro in due modi: DIRETTAMENTE: legame peptidico tra il gruppo amminico dellaa bibasico e il gruppo carbossilico della D-Alanina dei due tetrapaptidi ( GRAM - ) INDIRETTAMENTE: grazie ad un ponte di PENTAGLICINA; il gruppo aminico dellaminoacido bibasico di un tetrapeptide forma un legame peptidico con il gruppo carbossilico della pentaglicina; gruppo aminico della pentaglicina forma un legame peptidico con il gruppo carbossilico della D-alanina dellaltro tetra peptide ( GRAM + )
Nei GRAM + tutti i tetra peptidi sono legati tra loro, nei GRAM no. ______________________________________
GRAM + PARETE
Pu contenere molto ACIDO TEICOICO,un polisaccaride acido composto da GLICEROLO e RIBITOLO congiunti da gruppi fosfato Presenta ACIDI LIPO-TEICOICI, costituiti da catene di glicerol-fosfato
Gli acidi teicoici e quelli lipo-teicoici facilitano lassunzione di cationi ( attirati dai molti gruppi fosfato ) , aumentano forza e elasticit della parete e sono immunogenici.
GRAM- PARETE
Pi COMPLESSA di quella dei gram+ Lo strato di peptidoglicano sottilissimo e ulteriormente circondato da Membrana Esterna Sulla Membrana Esterna i sono dei caratteristici LIPO-POLISACCARIDI (LPS) , composti ciascuno da tre parti distinte:
1. Catena Laterale O oppure Antigene O: la parte pi variabile ; funge da antigene poich innesca la risposta dellospite contro i gram negativi patogeni. 2. Core o nucleo polisaccaridico: parte costante nellambito di un genere; attira cariche negative sulla membrana esterna 3. Lipide A: parte che essendo idrofobica aggancia lLPS alla membrana esterna e che il principio tossico dellintera molecola LPS ( funziona da Endotossina ) Presentano PORINE sulla membrana esterna: Sono canali che permettono il passaggio di piccole molecole 1. 2. 3. 4. 5. 6. Si organizzano a formare dei Trimeri Lasciano passare solo molecole Idrofiliche ASPECIFICHE: fanno passare molecole sol in base alle loro dimensioni SPECIFICHE: fanno passare 1 solo soluto o pochi soluti strutturalmente simili tra loro. Se ci sono Antibiotici, la loro espressione viene diminuita affich non li facciano entrare. Sono recettori/bersagli di virus e batteriocine. -6-
CAPSULA: Strato mucoso secreto dalla cellula stessa un fattore di virulenza Due tipi di fattori ne determinano la formazione: GENETICI: diversi geni determinano e regolano la sintesi della capsula Pu essere persa per mutazione S-R; Un ceppo acapsulato pu diventare capsulato dopo assunzione di DNA da un ceppo capsulato (esperimento di Griffith ) FENOTIPICI: Composizione del terreno Fase di crescita STRATO S o S-Layer : Formato da OMOPOLIMERI di proteine o glicoproteine Ha struttura CRISTALLINA con diverse simmetrie Nei GRAM- aderisce direttamente alla membrana esterna Nei GRAM+ allesterno del peptidoglicano Negli Archea la parete stessa Permette l adesione alla cellula ospite Impedisce la fagocitosi da parte di cellule del sistema immunitario, data la scarsa idrofilia che determina.
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FLAGELLI:
GRAM -
GRAM +
Appendici filiformi che conferiscono motilit. Formati da tre parti: 1. FILAMENTO, composto da sub unit di Flagellina 2. UNCINO, composto da un solo tipo di proteina 3. CORPO BASALE Nei GRAM lanello L del corpo basale associato allo strato di lipo-polisaccaridi; lanello P allo strato di peptidoglicano; gli anelli S e M alla membrana interna. Nei Gram + lanello interno collegato alla membrana plasmatica; quello pi esterno probabilmente associato allo stesso strato di peptidoglicano. La FORZA PROTON MOTRICE permette il movimento del flagello: lattrazione tra cariche positive e negative nella proteina MOT fa ruotare il flagello; le proteine FLI invece invertono il senso di rotazione . Alcuni flagelli hanno moto bidirezionale; altri no. Occorrono pi di 40 geni in E. Coli per sintetizzarli. Le molecole di flagellina sono sintetizzate a livello dei ribosomi in prossimit della membrana e migrano attraverso il filamento assemblandosi allapice, aiutate nella sistemazione dalle proteine Cap (cappuccio) (Fig. 9). Lallungamento quindi apicale. Lanello MS viene sintetizzato per primo, poi luncino ed infine il cappuccio che guida la formazione del filamento (Fig. 10). Le unit si aggregano spontaneamente senza l'intervento di enzimi specifici (auto-assemblaggio) grazie alla loro polarit strutturale ( unestremit arrotondata e laltra incavata ).
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PILI : Meno lunghi dei flagelli . Formati da sub unit della proteina PILINA Coinvolti nel trasferimento di DNA tra due batteri (coniugazione batterica).
BIOFILM
Comunit strutturata di cellule batteriche racchiuse in una matrice polimerica autoprodotta ed adesa ad una superficie inerte o vivente . Nel cavo orale, solo i batteri con un efficiente meccanismo di attacco alle PRPs riescono ad aderire alle superfici dentali restando in soluzione con la saliva e quindi a formare il BIOFILM .
La chemiotassi
I batteri mobili risultano essere attratti da certe sostanze (chemiotassi positiva) o repulsi da altre (chemiotassi negativa). Il batterio si muove secondo gradiente cio aumenta le capriole via via che il gradiente di concentrazione dell'attrattivo diminuisce. Proteine (MCP) trasferiscono il segnale agli altri componenti del sistema chemiosensibile (proteine Che e componenti del motore del flagello).
Pochi Nutrienti > MCP De-Metilato MCP Demetilato > attiva CheA (fosforilazione) CheA-P > attiva CheY (fosforilazione) CheY P >permette alla cellula di capovolgersi per cercare nutrienti -9-
ESOSPORA : legata alla replicazione batterica, attinomiceti funghi ( cellula vegetativa> spora>cellula vegetativa)
ENDOSPORA: La sua produzione un DIFFERENZIAMENTO CELLULARE Struttura quiescente generata nel batterio in condizioni inadatte alla normale replicazione. Resiste ad alte temperature, raggi UV e agenti tossici.
SPORA: Lendospora disidratata fuori del batterio chiamata spora. Strutturata in 4 parti:
1. Esosporio o strato esterno: protegge dai disinfettanti 2. Tunica: spesso strato proteico che resiste allazione delle proteasi. 3. Cortex : costituito da peptidoglicano modificato. 4. Core: contiene DNA, ribosomi, ACIDO DIPICOLINICO ( DPA) e proteine SASP :
Lacido dipicolinico complessato con ioni Ca++ consente la mineralizzazione. Le Small Acid Soluble Proteins avvolgono il DNA e proteggono dai raggi UV.
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La sporulazione involve la differenziazione di un batterio in una cellula madre che poi si lisa e in una spora che viene rilasciata dalla cellula madre ( ossia la spora figlia non ha lo stesso genotipo della cellula procariote da cui nata, in quanto la sporulazione un processo di DIFFERENZIAMENTO )
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Differenza tra:
ENDOSPORA Resistenza Scarsa attivit enzimatica Contiene DPA e SAPS
CELLULA VEGETATIVA
Non resiste a calore, UV, etc. Alta attivit enzimatica Non contiene n DPA n SAPS
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CORPI di INCLUSIONE: Contengono sostanze organiche o inorganiche In genere non sono rivestiti; in alcuni casi sono rivestiti da una membrana diversa da quella citoplasmatica.
GRANULI ORGANICI
Di GLICOGENO -Polimero del Glucosio -Fonte di ENERGIA e CARBONIO Di Poli--Idrossibutirrato - Unit ripetute di acido-- idrossibutirrico -Granuli rivestiti da monostrato di fosfolipidi
CARBOSSISOMI - Costituiti dallenzima carbossilasi in forma cristallina - Fissano la CO2 o fungono solo da deposito di carbossilasi
GRANULI INORGANICI
Granuli di Volutina o di Polifosfati: riserva di fosfato utile alla sintesi degli acidi
nucleici.
Globuli di Solfuro: zolfo o solfuro di idrogeno utili come riserva metabolica. Magnetosoma: contiene cristalli di magnetite che permettono di orientarsi mei campi
magnetici.
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Trasporta fuori della membrana ESOENZIMI per lidrolisi di molecole non trasportabili e, nel caso si tratti di patogeni, secerne TOSSINE ;
Il sistema pi usato sia da Gram+ che da Gram - la traslocazione Sec-Dipendente ( noto anche come Sistema Generale di Secrezione ), che richiede energia.
1. Le proteine destinate alla secrezione sono sintetizzate come pre-proteine. 2. Le pre-proteine hanno un peptide segnale (+/ idrofobico/polare) allestremit N-terminale che deve riconoscere lapparato Sec. 3. Alla pre-proteina appena sintetizzata si lega SecB, una proteina chaperone che non fa ripiegare la pre-proteina. 4. Il canale per la secrezione formato dal complesso di 3 proteine: SecY+ SecE+ SecG ( o Sec YEG ). 5. A SecB ( sulla pre-proteina ) si lega la SecA, che sfrutta lidrolisi di ATP e fa traslocare la pre-proteina fuori del canale. 6. Una volta fuori, una peptidasi del segnale rimuove il peptide segnale e la proteina si ripiega.
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Esistono anche altri tipi di secrezione: VIA di SECREZIONE di tipo I ( nota come Secrezione ABC ) : 1. 2. 3. 4. 5. 6. Sec-Indipendente Ubiquitaria nei procarioti. Secerne Proteine tossiche, lipasi, proteasi. La pre-proteina ha il peptide segnale al C-terminale Nei Gram- , la traslocazione attraverso le due membrane avviene in una singola fase. Usa 2 proteine-canale: TolC sulla membrana esterna e HlyD nel periplasma.
VIA di Secrezione di TIPO II: 1. Nei Gram 2. Il sistema Sec- Dipendente trasloca la proteina attraverso la membrana plasmatica. 3. Solo allora, il sistema di tipo II si attiva e completa il processo, traslocando la proteina attraverso la membrana esterna. VIA di Secrezione di TIPO III: 1. 2. 3. 4. Sec-indipendente Nei batteri patogeni, per trasferire proteine infettanti allospite. La secrezione stimolata dal contatto con lorganismo ospite. Ha la forma di siringa.
VIA di Secrezione di TIPO IV: 1. Trasferisce DNA durante la coniugazione batterica 2. Ha la forma di siringa, come il tipo III 3. Costituito da molte proteine diverse fra loro.
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CAPITOLO 4
SISTEMI DI TRASPORTO NEI PROCARIOTI DIFFUSIONE SEMPLICE o PASSIVA : secondo gradiente > non richiede energia DIFFUSIONE FACILITATA: richiede legame transitorio e reversibile con proteina di membrana; secondo gradiente > non richiede energia . Avviene ad esempio per il trasporto del GLICEROLO. TRASPORTO ATTIVO: richiede legame transitorio e reversibile con proteina di membrana; contro gradiente > richiede energia ( idrolisi di ATP o forza Proton Motrice): 1. SEMPLICE 2. TRASLOCAZIONE di GRUPPO 3. Sistema ABC
Nella diffusione semplice, la velocit dipende solo dal gradiente di concentrazione del soluto. Nella diffusione facilitata e nel trasporto attivo, che sono mediati da proteine di membrana, la velocit aumenta pi velocemente anche a bassa concentrazione di soluto. Si raggiunge un plateau quando il trasportatore saturato (saturazione del carrier).
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La proteina che lega il soluto si unisce al substrato da trasportare dentro la cellula, quindi si avvicina al complesso del trasportatore ABC. La proteina che lega il soluto prende contatto col trasportatore e rilascia la molecola di substrato, il cui passaggio attraverso la membrana sostenuto energicamente dallidrolisi dellATP. GRAM - : le proteine che legano il substrato sono periplasmatiche, ossia si trovano nello spazio periplasmatico GRAM + : le proteine che legano il substrato sono associate alla membrana. TRASLOCAZIONE di GRUPPO
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Uno dei sistemi di trasporto di gruppo pi conosciuti il PTS ( Sistema della Fosfo-Transferasi ) , che trasporta tutta una variet di zuccheri dentro la cellula. un sistema a cui prendono parte due diversi tipi di proteine: 1. Proteine NON SPECIFICHE : allinterno, che trasportano il fosfato donato dal PEP ( fosf- enol- piruvato ). 2. Proteine SPECIFICHE : inserite nella membrana, che riconoscono gli zuccheri specifici per loro. Quando il fosfato arriva allenzima specifico Ilc sulla membrana, tale enzima lo aggiunge allo zucchero che entra cos allinterno della cellula ( lo zucchero viene cos fosforilato e trasportato ) ___________________________________ Distinguiamo i terreni di coltura in base: ALLO STATO FISICO: Terreno liquido: 1. ES: brodo di coltura 2. favorisce la crescita dei batteri in un campione clinico Terreno solido : mediante aggiunta di agar 1. ES: Agar Sangue; Agar Sale Mannite 2. permette lisolamento della colonia e di studiare la morfologia della colonia stessa.
ALLA COMPOSIZIONE CHIMICA: Terreni minimi o sintetici: Tutti i componenti e le loro concentrazioni sono note Terreni complessi: contengono ingredienti (peptoni e agar ) con composizione o concentazione non nota. 1. PEPTONI: idrolisati proteici che derivano dalla parziale digestione di carne,caseina etc. 2. AGAR: polisaccaride estratto dalle alghe rosse usato epr solidificare il terreno.
ALLA FUNZIONE: Terreni generali per ogni scopo: sostengono la crescita di molti microrganismi Terreni selettivi: sostengono la crescita di alcuni microrganismi e inibiscono quella di altri. Terreni di arricchimento: terreni generali arricchiti con sangue o altro. La specie microbica di interesse cresce in un tempo assai pi breve rispetto alle altre specie microbiche.
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CAPITOLO 5
Ossigeno, Temperatura, pH e attivit H2O influenzano la crescita batterica ANAEROBI TOLLERANTI: tollerano lO2 ma producono comunque lenergia tramite fermentazione ANAEROBI OBBLIGATI: O2 dannoso o fatale. AEROBI STRETTI: lO2 indispensabile alla crescita AEROBI FACOLTATIVI: O2 non indispensabile, ma facilita la crescita. MICROAEROFILI: O2 richiesto ma in concentrazione inferiore a quella atmosferica.
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COLORANTI
COLORANTI BASICI: hanno carica positiva ( es: crisalvioletto, blu di metilene,) COLORANTI ACIDI: hanno carica negativa ( es: eosina, fucsina acida, )
Colorazione semplice: usa un solo colorante Colorazione complessa:usa due coloranti La Colorazione di Gram una colorazione DIFFERENZIALE, in cui vengono usati pi coloranti intempi successivi, che permette di distinguere tra le diverse specie batteriche e di individuare particolari strutture intracellulari: -Colorazione dello striscio con il cristalvioletto, un colorante basico. -Aggiunta di una soluzione di iodio, che aumenta linterazione fra il colorante e la cellula. -Lavaggio/risciacquo con etanolo o acetone -Dopo il lavaggio, i Gram+ trattengono comunque il colorante e quindi sono violetti. I Gram invece sono rossi. ______________________________________
FASE di LATENZA: la velocit di crescita 0; i microrganismi si adattano al terreno di coltura. FASE ESPONENZIALE: i batteri crescono alla massima velocit possibile ( tale velocit dipemde da fattori genetici e ambientali ) FASE STAZIONARIA: la velocit di crecita 0, data la mancanza di nutrienti nel terreno. FASE di MORTE: i batteri muoiono e il loro numero si dimezza ad intervalli di tempo regolari. - 19 -
Quante cellule sono presenti in piastra alla fine di un certo tempo di crescita?
N finale =
N iniziale x 2
( n = numero di generazioni )
g = t/n
V=n/ t
Ricorda : logaritmo di 10 alla 6 uguale a 6.
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CAPITOLO 6
Sterilizzazione: eliminazione di tutte le cellule microbiche
Disinfezione : eliminazione dei soli microrganismi patogeni. Sanificazione : riduzione della popolazione microbica a livelli ritenuti sicuri. Agenti cidi : uccidono ( battericida ) Agenti statici : inibiscono la crescita ( batteriostatico ) Metodi di controllo FISICI Calore: TDP ( thermal death point ) : temperatura pi bassa capace di uccidere in 10 minuti TDT (thermal death time ) : minor tempo necessario per uccidere ad una determinata temperatura
Filtrazione: si fanno passare attraverso filtri con pori di diametro inferiore a quello dei pi piccoli batteri.
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Metodi di controllo CHIMICI Fenoli: usati come disinfettanti, denaturano le proteine e distruggono le membrane. Alcool: inattiva alcuni virus ed battericida ( ma non sporicida ) Iodina : ad alte concentrazioni uccide le spore Clorina: ossida i costituenti cellulari Metalli pesanti (arsenico, argento) : si combinano con le proteine e le inattivano Ossido di Etilene : blocca le attivit enzimatiche Pastorizzazione: usata per prolungare la conservazione di latte e vino, in quanto uccide una parte dei microrganismi responsabili del deterioramento senza raggiungere la temperatura di ebollizione.
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Antibiotici che inibiscono la SINTESI degli Acidi NUCLEICI Mito- micina C ( novo biocina ) Strepto-Varicina Actino micina
Antibiotici che inibiscono la Sintesi della PARETE BATTERICA Ciclo-serina Vanco-micina Baci-tracina -lattamici ( penicilline e cefalosporine )
La resistenza dei batteri pu essere: 1. Naturale: intrinseca del batterio 2. Fenotipica: momentanea e dovuta a particolari condizioni ambientali o alla fase di crescita 3. Acquisita: il batterio diventa resistente in un secondo momento. Ecco alcuni meccanismi di resistenza ad un antibiotico che i batteri possono attuare: 1. Assenza del bersaglio dellantibiotico. 2. Modifica del sito dattacco dellantibiotico 3. Produzione di enzimi che inattivano lantibiotico ( ad esempio la -lattamasi inattiva gli antibiotici -lattamici come la penicillina ). 4. Riduzione dei canali dentrata dellantibiotico o sintesi di pompe di efflusso che lo espellono quando entra nel batterio. 5. Creazione di una via metabolica alternativa a quella bloccata dallantibiotico. L ACQUISIZIONE della RESISTENZA ad un antibiotico pu derivare: Da una mutazione spontanea del cromosoma batterico; poi solo i batteri che hanno questa mutazione spontanea sopravvivono allantibiotico e quindi si moltiplicano. Da uno scambio di geni localizzati sul plasmide extracromosomico. Durante la coniugazione due batteri anche di specie diversa si scambiano il plasmide con la resistenza e la acquisiscono a loro volta. __________________________________________
3. Gram +
I ciano batteri
Sono tutti Gram e fototrofi Svolgono la Fotosintesi Ossigenica con un sistema smile a quello eucaristico Alcune specie sono capaci di fissare lazoto atmosferico grazie a cellule specializzate chiamate ETEROCISTI In alcune specie ci sono i Granuli di Cianoficina, riserve di azoto ed energia Si dividono in: 1. Unicellulari a scissione binaria 2. Unicellulari a scissione multipla ( coloniali ) 3. Filamentosi Quelli filamentosi si organizzano in Tricomi, lunghi aggregati di cellule in stretto contatto tra loro e tutte immerse nella medesima guaina gelatinosa. Le forme coloniali possono moltiplicarsi per frammentazione, cio direttamente per separazione di gruppi cellulari chiamati ORMOGONI dalla colonia madre, o per sporulazione, cio per formazione di spore durevoli resistenti alla siccit, chiamate Acinete.
Gli ORMOGONI favoriscono la dispersione della specie nellambiente e a differenza della colonia madre : Non possono fissare lazoto Sono dotati di motilit per strisciamento Mostrano fototassi positiva ( gli organismi si dirigono verso la luce )
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Proteobatteri ( gram - )
- proteobatteri 1. Batteri purpurei non sulfurei: Sono foto-eterotrofi-anossigenici ( di solito anaerobi ) Al buio crescono in aerobiosi ( chemio-organo-eterotrofi ) Crescono in laghi e stagni Producono le CISTI, cellule quiescenti resistenti alla disidratazione
- proteobatteri 1. Batteri Chemiolitotrofi: Batteri NITRIFICANTI : trasformano lammoniaca prima in Nitrito poi in Nitrato SOLFObatteri e FERRObatteri : usano composti dello S ( come donatore di elettroni ) e Ferro ferroso. IDROGENO batteri : usano H2 come unico donatore di elettroni e O2 come accettore
2. Batteri METOFILI ( usano molecole con un solo atomo di Carbonio ) METILofili: Non utilizzano il metano ( aerobi ) METANo fili : Utilizzano anche il metano grazie allenzima metano monossigenasi ( aerobi obbligati )
- proteobatteri 1. Ordine Pseudo-monadales importanti per il BIORISANAMENTO ( degradano sostanze xeno biotiche ) Fanno lossidazione incompleta di zuccheri e alcoli ad acidi, es: Etanolo > Acido acetico
2. Ordine Rhizobiaceae - Sono microrganismi del suolo I ) Il genere Agrobacterium Tumefasciens un patogeno vegetale : possiedono il Plasmide Ti che lo rendono virulento, infatti trasforma le cellule vegetali in cellule tumorali.
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Il Plasmide Ti ( Tumor inducing ) possiede la regione T-DNA ( dna transfer ) formata da geni: onc (oncogeni , per la produzione di CITOCHINE che provocano la formazione dei tumori) ops ( per la sintesi delle opine, prodotte dalle cellule vegetali trasformate e utilizzate dal batterio) .
La T-DNA lunica regione del plasmide che viene trasferita nel nucleo delle cellule della pianta. II ) il genere Rhizobium ( batteri che fissano lazoto atmosferico ) vive in simbiosi con le radici delle leguminose, formando NODULI allinterno dei quali i batteri sono in grado di fissare lazoto; Posseggono i grandi plasmidi Sym, con: geni nod (per la produzione dei Fattori Nod ) geni nif ( per la fissazione dellazoto ) geni per la specificit dellospite Fasi della formazione dei noduli: Le radici producono FLAVONOIDI che attirano i batteri In risposta, i batteri producono FATTORI Nod I fattori Nod determinano lincurvamento dei peli radicali verso i batteri. I batteri Rhizobium creano un canale dinfezione nei peli radicali e penetrano nelle cellule corticali. I batteri nella corticale diventano batteroidi ( 10 volte pi grandi, non si dividono e cominciano la fissazione ) I fattori Nod provocano la moltiplicazione delle cellule corticali infettate e la formazione del NODULO. Inducono anche la formazione di leg-emoglobina, che mantiene basso il livello dellossigeno dato che lossigeno inattiva la nitrogenasi.
3.
Enterobatteri ( sono anaerobi facoltativi: in assenza di O2 fanno fermentazione acidomista o butandiolica, in presenza di O2 invece respiratorio )
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Genere ESCHERICHIA: In maggioranza non patogeni Abitano il tratto gastrointestinale Il lipide A pu essere tossico e avere effetto pirogeno ( aumento della temperatura ); un esempio di endotossina.
Generi SALMONELLA, SHIGELLA e PROTEUS : In maggioranza patogeni. Gastroenterite, dissenteria, infezione delle vie urinarie Il genere Proteus ha una elevata motilit ( chiamata SCIAMATURA) grazie a flagelli peritrichi; le cellule ai bordi della colonia sono pi mobili di quelle al centro
Genere VIBRIO: Vibrio Cholerae: patogeno, produce lenterotossina colerica ( unaltra esotossina,in quanto secreto allesterno della cellula. La tossina colerica e formata da 6 subunit: 1 subunit A : viene tagliata; la sua subunit tossica A1 entra nellospite e ne modifica un enzima, ladenilato ciclasi. Tale modifica porta la diarrea. 5 subunit B: permettono ladesione al ganglioside GM1 sulla superficie della cellula eucariotica Vibrio Fisheri : batterio bioluminescente, contiene LUCIFERASI.
APPLICAZIONI
BIOTECNOLOGICHE
Patata T4 : grazie a un vettore T ingegnerizzato alla Patata Wilde Type viene aggiunto il gene che le permetter poi di produrre il lisozima del fago T4; tale lisozima viene secreto dalle radici e uccide parte dei batteri patogeni che si trovano vicino alle radici stesse. La conta dei batteri morti vicino alle radici possibile grazie a due coloranti: Colorante VERDE : penetra in tutte le cellule, vitali e non. Colorante ROSSO: penetra solo nelle cellule con le membrane non intatte.
4. Batteri solfato e zolfo-riduttori: producono H2S Donatori: composto ORGANICI oppure H2 Accettori : solfato o zolfo elementare
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5.
Proteobatteri Azoto-fissatori:
Sono SIMBIONTI ( Rhizobium ) di piante oppure LIBERI ( ciano batteri, enterobacter, ) Di solito le piante prendono lazoto ( N ) dal suolo e quindi tale suolo va fertilizzato. Ma se al terreno aggiungiamo i batteri benefici azoto-fissatori, che appunto fissano lazoto nel terreno grazie al loro enzima NITROGENASI, non ci sar bisogno di concimare.
AZOTO FISSAZIONE
Azoto atmosferico inorganico> ridotto ad ammonio > convertito in forma organica Fissazione INDUSTRIALE: Alta temperatura, Alta pressione, Bassa resa, Alto Inquinamento Fissazione BIOLOGICA: Temperatura standard, Pressione normale, Ottima resa, Naturale La Riduzione Assimilativa dellAzoto operata dallenzima NITROGENASI e gli elettroni necessari vengono forniti dalla FERREDOSSINA ridotta. Nitrogenasi , formata da due proteine indispensabili e distinte: la dinitrogenasi riduttasi, una ferro-proteina formata da due subunit identiche contenenti 4 atomi di Fe e 4 di S la dinitrogenasi, una molibdo-ferro-proteina
La nitrogenasi inattivata da O2 e perci diffusa in organismi ANAEROBI, infatti: i batteri aerobi che fissano lazoto riescono a mantenere basso il livello di O2 nella cellula grazie ad una attivit respiratoria intensa. i ciano batteri fissano lazoto solo in particolari cellule ( eterocisti ) prive di ossigeno nei batteri simbionti delle leguminose ( che anche fissano lazoto ) lossigeno viene legato dalla leg-emoglobina, che ne mantiene bassa la concentrazione.
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3) Staphilococcus Epidermidis: non pigmentato e non patogeno, normale associato di cute e mucose 4) Deinococcus: pur se gram+ hanno una membrana esterna che manca di lipide A, ricchi di pigmenti ( carotenoidi ) e molto resistenti a raggi e raggi UV
SPORIGENI Genere BACILLUS ( aerobi ) 1) B. Thurigensis : produce tossine sotto forma di cristalli ( formano il CORPO PARASPORALE ) allesterno della spora che sono tossiche per le larve di molti insetti ( un vero e proprio insetticida naturale ). Tali tossine sono codificate da numerosi geni cry portati da grandi plasmidi. Sono state gi prodotte piante transgeniche che esprimomo i geni cry. 2) B. Anthrax : batterio sporigeno di grandi dimensioni, geneticamente e fenotipicamente simile a B. Thurigensis; patogenicit dovuta alla formazione di una capsula ( geni sul plasmide pX02 ) e alla produzione di una tossina costituita da pi componenti ( geni sul plasmide pX01 ). Lantrace colpisce essenzialmente gli animali erbivori. Genere CLOSTRIDIUM ( anaerobi , mancano del sistema dei citocromi e di catena di trasporto degli elettroni. Ottengono ATP soltanto per fosforilazione a livello del substrato. Alcune specie (C. acetobutylicum) producono butanolo e acetone con un processo detto di solvento-genesi. ) 1) C. Botulinum : Responsabile del botulismo. Le spore presenti negli alimenti conservati possono germinare e poi produrre una esotossina neurotossica che blocca il rilascio di acetil-colina dai motoneuroni stimolatori: inibizione della contrazione muscolare (paralisi flaccida e morte per soffocamento ) 2) C. Tetani : si trasmette attraverso le ferite cutanee. Le endospore possono germinare e produrre cellule vegetative, la cui lisi libera delle potenti neurotossine che blocca il rilascio di glicina dagli interneuroni inibitori: rilascio continuo di acetilcolina dai neuroni stimolatori e contrazione muscolare continua (paralisi spastica e morte per soffocamento ).
PRIVI di PARETE Micoplasmi : privi di parete. Microrganismi Cellulolitici: Capaci di digerire la cellulosa. Vivono in diversi habitat ma anche nel sistema digerente di insetti e nel rumine degli erbivori. La cellulosa un polimero molto stabile costituito da residui di glucosio ruotati di 180 rispetto a quello adiacente formando lunit ripetuta di CELLOBIOSIO. Le catene formano fibrille disposte parallelamente difficili da degradare.
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Componente strutturale: Cip (Cellulosome integrating protein) o SCAFFOLD Componente catalitica: costituita da numerosi enzimi associati alla Scaffold mediante DOCKERIN DOMAINS
meccanismo di trascrizione (enzimi simili a quelli eucariotici riconoscono una TATA box) inizio sintesi proteica (laminoacido iniziatore la Met e non la fMet)
Principali similitudini tra Eubatteri ed Archea assenza di un nucleo morfologicamente definito cromosoma unico e circolare geni organizzati in operoni variabilit metabolica (litotrofia, riduzione di S0, fissazione dellazoto) formazione di vescicole gassose e granuli di carbonio di riserva
Principali gruppi di ARCHEBATTERI Metanogeni: Solfatoriduttori Alofili Privi di parete Termofili estremi
TRASFERIMENTO di DNA
Trasformazione Trasduzione
Coniugazione
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Trasferimento Genico VERTICALE: Eredit di un gene dal progenitore Trasferimento genico ORIZONTALE: Scambio di DNA tra batteri contemporanei Il trasferimento genico orizzontale permette l ACQUISIZIONE DI NUOVE FUNZIONI : METABOLICHE RESISTENZA ANTIBIOTICA INFETTIVITA TRASFORMAZIONE Processo in cui DNA libero viene incorporato in una cellula ricevente, integrato nel cromosoma nella corrispondente regione omologa e stabilmente ereditato con le divisioni cellulari COMPETENZA : Capacita dei batteri di assumere DNA dallambiente esterno ( pu essere NATURALE O ACQUISITA)
Nei batteri Gram negativi ogni individuo di una popolazione sviluppa la competenza indipendentemente : Neisseria Gonorrhoeae: La competenza costitutiva. Quasi tutte le cellule di una coltura sono competenti e non c nessuna relazione con la fase di crescita Haemophilus influenzae: La competenza indotta da condizioni che inibiscono la crescita
Nei batteri Gram positivi lo sviluppo della competenza regolato da uno scambio di messaggi chimici (feromoni) tra le cellule di una popolazione : QUORUM SENSING Streptococcus pneumoniae : La competenza controllata da un ferormone di 17 aa. In fase esponenziale diventano competenti quando il feromone raggiunge una concentrazione critica (quorum sensing). Il 100% delle cellule possono diventare competenti per pochi minuti. Bacillus subtilis : La concentrazione critica di almeno due feromoni attiva la competenza in tarda fase esponenziale o inizio di fase stazionaria. Solo il 20% dei batteri diventano competenti. Trasformazione artificiale: 1. Metodo del CaCl2 (metodi chimici) Il trattamento dei batteri con soluzioni fredde di ioni bivalenti lascia entrare DNA nudo. Lefficienza non molto alta, ma sufficiente.
2. Elettroporazione (metodi fisici) La presenza di un campo elettrico destabilizza le membrane dei batteri, inducendo la formazione di pori transienti del diametro di alcuni nanometri. Le molecole di DNA passano attraverso questi pori Efficienza di trasformazione alta: pi dell80% delle cellule assume DNA.
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Lefficienza di trasformazione diminuisce con laumentare delle dimensioni del DNA ESOGENO che vogliamo introdurre
TRASDUZIONE
Generalizzata: Qualunque frammento di genoma dellospite pu entrare a far parte della particella virale ( preceduto dal ciclo LITICO del virus )
Specializzata: Solo specifiche regioni del genoma dellospite possono inserirsi nella particella virale. ( preceduto dal ciclo LISOGENO del virus )
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Tale processo avviene solo in seguito ad una escissione impropria del profago ( PROFAGO chiamato il genoma virale una volta integrato nel cromosoma batterico ). Quando si scinde dal cromosoma del batterio, il genoma del fago porta con se porzioni del genoma batterico.
Nellesempio, dopo linduzione, il genoma del fago porta con s il gene gal+ che prima apparteneva al cromosoma batterico. In pi il nuovo genoma del fago d= difettivo, ossia non pu generare fagi maturi in uninfezione successiva , dato che ha lasciato parte del proprio genoma sul cromosoma batterico ( spazio ora occupato dal gene gal + )
F
94 Kb
E il prototipo di una lunga lista di plasmidi coniugativi e non trovati sia in E. coli che in altre specie batteriche
Hfr ,
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- MICROBIOLOGIA APPLICATA
Fonte di energia:
SOSTANZE CHIMICHE
FOTOTROFI
Accettore finale :
composto organico FERMENTAZIONE composto inorganico RESPIRAZIONE
FONTE di CARBONIO
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accettore finale diverso dallO2 = composti con minore tendenza ad accettare elettroni = composti che hanno un potenziale di riduzione pi basso dellossigeno = la respirazione anaerobica meno efficiente di quella aerobica
ACCETTORE DI ELETTRONI O2 NO3 SO4 fumarato CO2 H2O NO2, NH3 or N2 S or H2S succinato CH4
RESPIRAZIONE AEROBIA Respirazione anaerobia: Bacillus, Pseudomonas denitrificazione Respirazione anaerobia : Riduzione solfati Desulfovibrio
NO3-
RIDUZIONE di
SO42CO2
FONTI DI N, S, C
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Gli ultimi 3 sono prodotti gassosi della dissimilativa vengono facilmente allontanati dallambiente; per tale motivo il processo viene chiamato DENITRIFICAZIONE
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Principale prodotto del metabolismo dei chemiorganotrofi Aerobi!!! (glucosio + O2 > CO2 + H2O
ASSIMILATIVA
DISSIMILATIVA
Anaerobi stretti
La metanogenesi ha unimportanza ecologica ( degradazione reflui ) e PRATICA ( metano un combustibile non inquinante e fonte di energia) I chemiolitotrofi possono essere divisi in 4 gruppi, in base al composto inorganico ossidato: IDROGENO- BATTERI (H2): utilizzano H2 come unico donatore di elettroni SOLFOBATTERI : i donatori pi comuni di elettroni sono: -H2S solfuro di idrogeno -S0 zolfo elementare -S2 O3- tiosolfato Il prodotto finale di ossidazione pi comune il solfato: A partire da Zolfo elementare si osserva la formazione di solfito che successivamente pu essere ossidato a solfato secondo due meccanismi: 1) Attraverso lenzima solfito ossidasi che trasferisce gli e- al citocromoC con produzione di ATP 2) Attraverso la formazione di APS ad opera della adenosina fosfosolfato (APS) reduttasi BATTERI NITRIFICANTI: alcuni microrganismi sono in grado di utilizzare lazoto atmosferico, riducendolo ad ammonio che poi viene convertito in forma organica. Lenzima che compie questo processo la NITROGENASI BATTERI OSSIDANTI DEI METALLI: utilizzano ioni ferrosi come DONATORi di elettroni
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Organismi FOTOTROFI ( luce come fonte di energia ) Nei Procarioti i cloroplasti sono assenti, i pigmenti fotosintetici sono localizzati in sistemi di membrane formate: 1 - dalla invaginazione della membrana citoplsmatica (batteri rossi o purpurei) 2 dalla stessa membrana citoplasmatica 3 strutture specializzate : CLOROSOMI (batteri verdi) 4 dalle membrane dei TILACOIDI (CIANOBATTERI) Posseggono diversi pigmenti coinvolti nella cattura della luce: CAROTENOIDI ( agenti foto protettivi ,assorbono luce nella regione del blu ) e FICOBILINE.
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