DASAR-DASAR DIAGNOSIS MIKROBIOLOGIK

IIS KURNIATI, M.Kes

PENDAHULUAN
Mikrobiologi Diagnostik :

Berkaitan dengan diagnosis etiologik penyakit infeksi

Mencakup perincian mikroorganisme penyebab penyakit infeksi

Penyakit infeksi :

Penyakit yang disebabkan oleh masuknya kuman patogen ke dalam tubuh inang dan menimbulkan kelainan atau kerusakan tubuh
Dapat disebabkan oleh bakteri, jamur atau virus

Penyakit infeksi merupakan salah satu masalah utama kesehatan di negara-negara berkembang Diare akut : penyebab kematian 30% anak-anak balita

Infeksi pernafasan akut : penyebab kematian 2,2 juta/thn

Peningkatan PHS, dsb

Perlu serius dari para klinis dan pihak laboratorium

Salah satu cara : Dengan menemukan penyebab penyakit infeksi tersebut Memberikan pengobatan yang rasional berdasarkan diagnosa mikrobiologik tersebut di atas

Langkah-langkah dalam diagnosa (pemeriksaan laboratorium) pasien penyakit infeksi sebagai berikut :
PATIENT WITH INFECTION
Sampling Transport, labelling Specimen, clinical information

Storage

Macroscopic, evalution, odour PRELIMINARY REPORT TO PHYSICIAN Macroscopic, interpretation

Culture: clobe of medium temperature atmosphere

Isolation of pure

Langkah-langkah Pemeriksaan Laboratorium yang perlu

* Berhubungan dengan metode pemeriksaan optimal

yang perlu untuk identifikasi patogen

# Karena hasil diagnosa penyakit infeksi sangat tergantung pada :

Cara pemilihan, ketelitian pengambilan dan secepatnya

Label harus benar, misalnya dari swab tenggorok atau vagina perlu data tambahan seperti dari faringitis, difteri atau discharge vagina

Perlu, karena beberapa mikroorganisme tumbuh lambat bahkan s/d berminggu-minggu (pengobatan tidak dapat ditunda hingga proses ini selesai) ~ Disampaikan secepat mungkin, untuk memungkinkan dokter menilai kembali diagnosa klinik&perjalanan infeksi penderita

Untuk menetapkan diagnosa yang tepat dan diperoleh hasil maksimal, perlu diperhatikan :

~ Pengambilan bahan pemeriksaan

~ POPengiriman bahan pemeriksaan ~ Metode pemeriksaan yang harus dilakukan ~ Pembacaan hasil pemeriksaan ~ Pengiriman hasil pemeriksaan

1. Pengambilan Bahan Pemeriksaan

Hal-hal yang harus diperhatikan dalam pebgambilan BP adalah sebagai berikut: Harus diperoleh dari tempat yang paling benar kemungkinannya menghasilkan penyebab infeksi Dilakukan pada stadium tertentu (waktu optimal) misal pada demam tifoid : - darah minggu pertama sakit - feses/urine minggu ke- 2 dan ke-3 sakit

Jumlah BP harus cukup

Hindari kontaminasi, gunakan alat-alat steril dan tindakan aseptik Kalau mungkin, BP harus diambil sebelum pemberian antibiotik Harus representatif Persiapan pasien untuk tempat pengambilan BP yang baik sebelum pengambilan BP akan meningkatkan kemungkinan terisolasinya agen penyebab infeksi. Persiapan tersebut

BP harus diberi keterangan klinik yang cukup seperti :

Nama penderita : Umur :

Rumah Sakit : Bagian :

Jenis Kelamin :
Tanggal pengambilan :

Dokter yang mengirim :

Ket. Klinik tentang penderita

Jenis bahan yang dikirim :

Pemeriksaan laboratorium yang diminta :

1) Darah Secara normal : steril hasil pemeriksaan (+) sangat bermakna pengambilan BP jangan terkontaminasi flora normal Cara pengambilan
a. b. c. Gunakan peralatan steril dan teknik aseptik yang ketat Kenakan torniket dan tentukan letak vena dengan meraba Berishkan kulit sbb: Usap kulit dengan kapas yang mengandung : - alkohol 70% - Yodium tinktur 2% d. e. f. Lakukan punksi vena dan sedotlah kira-kira 10-20 darah tergantung kebutuhan Masukkan darah pada biakan aerob atau anaerob Bawa BP ke laboratorium

 BP darah biasanya langsung dimasukkan ke medium cair segera setelah pengambilan, karena :

~ Perlu untuk menumbuhkan kuman dengan cepat

~ Jumlah kuman pada bakteriemia biasanya sedikit ~ Kuman berbiak dengan cepat pada media cair

Pada pasien yang telah diberi antibiotik : kultur + resin

2) Saluran Pernafasan a. Hapus Tenggorok

-

Pasien diminta untuk duduk di depan sumber cahaya

Lidah ditekan ke bawah dengan alat penekan lidah Lidi kapas steril/swab (yang telah dibasahi dengan kaldu steril) diusapkan pada amandel, pada sisi belakang faring (tekak) dan pada tempat-tempat yang kena radang sebagai berikut :

Masukkan swab ke dalam tabung reaksi steril Kirim ke laboratorium. Bila tidak dapat diproses dalam 4 jam, swab harus disimpan dalam medium transport (Amies atau stuart)

b. Sputum
Diambilkan sputum pagi hari

Berikan pot/wadah sputum steril kepada pasien

Berikan penjelasan cara pengambilan BP kepada pasien sebagai berikut : kumur-kumur dahulu, tarif nafas dalam-dalam 2-3 kali, tahan beberapa detik, kemudian batukkan kuat-kuat, tampung dalam wadah

Jumlah sputum yang diperlukan 1-3 ml Kirim ke laboratorium. Bila tidak diperiksa dalam 1-3 jam, simpan dalam lemari es. Catatan : untuk diagnosa TBC, dilakukan 3 x pengambilan sputum dalam 2x kunjungan ~ sputum sewaktu (Hari 1)

~ sputum pagi (Hari 2)

~ sputum sewaktu (Hari 2)

Pengambilan BP dahak dapat juga dengan aspirasi tranlaringeal. Hal ini dilakukan jika :
Pasien tidak dapat mengeluarkan sputum secara spontan Pada pemeriksaan rutin tidak ditemukan organisme penyebab infeksi Jika diduga terjadi infeksi pulmonary anaerob

3) Saluran Pencernaan a. Feses

-

Kumpulkan feses segar dalam wadah kering dan bersih, jangan terkontaminasi oleh urine
Sebaiknya dipilih bagian feses yang berlendir Kirim ke laboratorium secepat mungkin

b. Usap rektum
Siapkan alat : botol media transport, lidi kapas dan lampu spiritus Siapkan sarung tangan dan pakai dengan rapi Perintahkan pasien untuk nungging, kedua belah tangannya memegang masing-masing pinggulnya. Atau tengkurap Pemeriksa berdiri disamping kiri penderita

- Tangan kiri pemeriksa memegang dan melebarkan lubang anus ke arah samping kiri kanan dengan cara merenggangkan dengan jari tangan kiri. Kemudian tangan kanan bersiap dengan lidi kapas steril dan dimasukkan ke dalam anus sedalam 3 cm, lalu diputar searah jarum jam.
- Lidi kapas ditarik dengan terus memutar ke arah jarum jam sampai keluar

- Masukkan lidi kapas ke dalam botol. Gunting atau patahkan kelebihan lidi kapas setinggi tutup botol
- Kirim segera ke laboratorium.

4) Urine Paling baik diambil pagi hari sebelum berkemih

Bila tidak, BP diambil sekurang-kurangnya penderita belum berkemih dalam 3 jam terakhir
Dapat diambil dengan cara :

~ Urine langsung
~ Urine porsi tengah paling baik ~ Urine Aspirasi supra pubik ~ Urine kateter

Metode Urine Porsi Tengah Wanita

- Cuci tangan menggunakan sabun dan air serta keringkan dengan handuk steril
- Buka pakaian di ruang khusus, rentangkan labia, bersihkan vulva dan labia dengan menggunakan kapas steril dan air sabun hangat, gosok dari depan ke belakang - Bilas dengan air hangat dan keringkan dengan lidi kapas steril - Lewatkan air kemih, buang aliran pertamanya. Kumpulkan sisa air kemih dalam wadah steril, tutup segera setelah air kemih dikumpulkan. - Serahkan kepada petugas untuk dikirim ke laboratorium

Metode Urine Porsi Tengah Pria

- Cuci tangan
- Tarik kebelakang kulit/foreskin (bila tidak disunat) dan lewatkan air kemih sedikit ke dalam wadah steril

- Tutup wadah dan serahkan ke petugas untuk dikirim ke laboratorium

- Jumlah urine minimal 10 cc

- Harus sudah sampai dan diperiksa di laboratorium dalam waktu kurang dari 1 jam
- Bila tidak dapat langsung diperiksa, dapat disimpan dalam lemari es tidak lebih dari 1 malam

Aspirasi Suprapubik - Pengambilan dengan cara aspirasi suprapubik dan kateter sebaiknya hanya atas indikasi saja - Pengambilan dilakukan dengan cara punksi suprapubik pada dinding perut, sbb :

5) Saluran Genital

Wanita
- Untuk pemeriksaan ragi, T. vaginalis dan bakterial vaginosis, sampel dari discharge vagina dapat diperoleh dengan swab dari posterior forniks dari vagina - Untuk kultur Gonokokus dan Chlamydia, harus dikumpulkan di dalam endocerviks sbb : ~ ~ ~ Basahi spekulum dengan air hangat (jangan dengan antiseptik) Masukkan spekulum, lalu cervical mukus diusap bersih dengan kapas Ambil sampel dengan cara dimasukkan swab ke dalam cervical canal dan diputar selama paling sedikit 10 detik sebelum ditarik

Pria - Untuk mengumpulkan spesimen uretra, swab yang berdiameter kecil dimasukkan se dalam 3-4 cm ke dalam uretra dan diputar hati-hati sebelum dicabut - Kumpulkan discharg purulen dengan swab tersebut

6) Cairan otak sumsum tulang belakang (cerebrospinal/csf) - Perlu diperhatikan sekali alat serta teknik yang digunakan. Kuman dalam csf hanya dapat tumbuh untuk beberapa jam saja. Jangan sekali-kali menyimpan di lemari es - P csf biasanya dikumpulkan dalam 3-4 wadah steril masing-masing 0,5 ml, untuk :

~
~ ~

I : P. Gram
II : Hitung sel III : Pemeriksaan glukosa dan protein, dll

- Pengambilan csf dilakukan dengan punksi lumbal sbb :

7) Eksudat-eksudat Purulen, Luka dan Abses

Spesimen Bedah
Diperoleh dengan aspirasi abses yang dilokalisir atau prosedur bedah lain Eksudat dikumpulkan dengan menggunakan jarum atau syringe, masukkan ke bejana steril. Bila tidak BP tetap disimpan dalam syringe dengan jarum masih terpasang Bila terpaksa harus digunakan swab kapas, kumpulkan eksudat sebanyak mungkin, masukkan ke dalam bejana steril Kirim ke laboratorium

Luka goresan yang terinfeksi luka tusuk, luka post operatif dan luka bakar : - BP dapat diambil seperti diatas atau digunakan swab (hapusan) steril dengan teknik aseptik

8) Mata, Telinga
Bila terdapat konjuktivitas purulen, ambil nanah dengan swab steril. BP telingan sebaiknya diambil oleh dokter THT, dengan alat-alat steril

9) Infeksi Anaerob
Teknik pengambilan BP anaerob, paling tepat melalui cara aspirasi dengan syringe Segera setelah BP diperoleh, semua udara dalam syringe dikeluarkan, lalu mata jarum ditusukkan pada sepotong karet steril atau ditekuk sedemikian rupa sehingga terhindar kontak dengan udara luar Dengan syringe plastik ini BP dibawa langsung ke laboratorium secepatnya (20-30 menit) setelah pengambilan

2. Pengiriman dan Penanganan Bahan Pem

- BP ditempatkan pada tempat tertutup dengan baik, terbungkus es kering

~
~

diberi label dan petunjuk-petunjuk yang cukup

informasi yang diinginkan dan keadaan klinik penderita

- Kalau perlu menggunakan transport medium, yang memenuhi syarat sbb: Kuman tersangka mampu tumbuh dalam median tersebut Kuman lain tidak akan tumbuh berlebihan

Contoh : Stuart medium, Carry & Blair, Amiest, kaldu pepton Kuman secara umum : TSB Urine : dalam botol dan beker glas steril Usap rektum : * SC Salmonella * Kaufman shigella * Alkali pepton V. cholerae CSF : empedu (1 ml darah + 5 ml empedu)

- Darah ditempatkan pada medium kultur cair segera setelah pengambilan sebagai pengganti medium transport. Hal ini karena: * perlu untuk menumbuhkan kuman dengan cepat * jumlah kuman pada bakteriemia biasanya sedikit * kuman berbiak dengan cepat pada media cair ~ Bila dalam disposible syringe harus dikirim secepatnya - BP darah untuk kuman anaerob dalam disposible syringe steril tanpa udara & ujung jarum ditutup karet steril

Untuk keamanan dalam pengiriman spesimen infeksius dengan jauh, sebaiknya dikemas seperti berikut :

Kalau keadaan tertentu terpaksa BP tidak bisa langsung diperiksa (harus disimpan), penyimpanan harus berdasarkan sifat organisme yang ada pada tiap BP apakah: fragile (sensitif) atau hardy

Beberapa sifat organisme terhadap perubahan suhu, lingkungan dan pH :

STABILITY OF ORGANISMS Fragile Organisms Streptococcus pneumoniae Neisseria gonorrhoeae Neisseria meningitidis Salmonella Shigella Haemophilus influenzae Anaerobes Mycoplasma Viruses Chlamydia Unpreserved parasites Hardy Organisms Enterics Pseudomonas Enterococcus Other Streptococcus Staphylococcus Yeast Fungi Mycobacteria Legionella Clostridium diificile toxin

- Urine, spesimen darah untuk diagnosa virus, cateter dan hapusan harus ditempatkan di lemari es
- Darah untuk diagnosa bakteri, CSF dan kultur pada plate sebaiknya ditempatkan di inkubator

- BP rambut dan kuku untuk pemeriksaan fungi dapat di simpan pada suhu kamar
- Semua BP memerlukan penanganan segera setelah sampai di laboratorium. Tapi tidak sekaligus semua dikerjakan (ada prioritas). Kalau hal tersebut terjadi, maka tingkatan prioritas penanganan BP sbb :

Lanjutan
LEVELS OF SPECIMEN PRIORITIZATION
Level 1 Descripsion Critical/Invasive Specimens Cerebrospinal fluid Drain Blood Heart valves Pericardial fluid Amniotic fluid Bronchoalveolar lavage Vitreous/aqueous fluids Sputum Tissue Stool Body fluids not listed for level 1 Drainage from wounds Pus Bone Urine Quantitative tissue Catheter tip

Unpreserved My degrade or overgrow

Accuracy of quantitation affecied

Protected/preserved

Swabs in holding medium (aerobic and anaerobic)

3. Metoda Pemeriksaan yang Harus Dilakukan

3.1 Pemeriksaan langsung

- Dapat dilakukan tanpa atau dengan pewarnaan, dengan tujuan : * menentukan kualitas BP * membantu dalam mendiagnosa penyakit infeksi * menuntun interpretasi kultur - Pewarnaan yang sering digunakan a.1 : ~ P. Gram ~ P. Ziehl neelsen atau kinyongabbet ~ P. Neisser atau albert dsb

- Sebelum diwarnai, harus dibuat dulu hapusan dari BP lalu difiksasi. Pembuatan hapusan, tergantung jenis BP sbb:

3.2. Isolasi dan Identifikasi

1. Cara konvensional - Untuk mendapatkan isolat murni, BP ditanam pada perbenihan - Macam-macam perbenihan (media) : * media penyubur: TSB, Selenit, Alkali pepton, Telurit cair * media elektif : MSA, MC, TM, SS, LJ, dsb * media diferensial : AD, MC dsb

- Agar darah : Perbenihan standar yang banyak digunakan

- Agar coklat : Neisseria dan Haemophyllus - Mac Conkey : Batang enterik Gram negatif - Perbenihan khusus seperti : * Bordet-gengo, Agar darah telurit, Loweinstein Jensen - Agar dekstrosa sabaouraud : jamur

- Setelah diperoleh biakan murni, lalu dilakukan uji-uji lain untuk mengidentifikasi isolat tersebut, tergantung jenis kuman, misal :
* uji-uji biokimia : fermentasi kh, IMVIC, TSIA, dsb

(untuk Gram negatif batang)

* katalase, koagulase : Staphylokokus * oksidase, TCA-kh : Neiseria * inulin, kelarutan empedu, optokin : Pneumokokus, dsb - Media kultur utama untuk BP rutin adalah sbb

DIAGNOSIS INFEKSI BAKTERI DAN JAMUR

Penyakit Cellulitis B.P Swab Agen Penyebab Tersering -beta streptokokus -S. aureus Gambaran Mikroskopik Gram (+) kokus Media Biakan - Agar darah Keterangan Pengambilan BP dengan aspirasi akan lebih mengarahkan agen penyebab Pengambilan BP secara aspirasi lebih baik Sering mrpkn infeksi campur bakteri aerob Kontrasi dengan teknik immunofluoresensi Tumbuh sebagai satelit disekitar kuman-kuman lainnya Lisis dalam larutan empedu 10% Kadar CO2 10% dapat mempercepat terjadinya hemolisis Terutama pada bayi Haemolytik Gerak positif

Impetigo

Swab

-Sama dengan cellulitis -C. dephteriae Flora campur

Gram (+) kokus Gram (+) batang Berbentuk halter Flora campur

Agar darah Tellurit -Agar darah -Mac Conkey atau EMB -Anaerob -Agar cella dalam -Kaldu trypticaseecy -Agar darah -Levinthal & fildes -Agar darah -Agar darah

Ulkus pada kulit Meningitis

Swab

Cairan Serebrospinal

N.meningitidis M. influenzae

Gram (-) diplokokus Biji kopi intraseluler Gram (-) batang kecil

S. pneumoniae B-streptokokus

Gram (+) diplokokus Gram (+) kokus formasi rantai Gram (-) batang Gram (+) batang

E. coli dan Enterobacteriaceae lain Listeria nemocytigenes

-Mac. Conkey -EMB -Agar darah

Abses otak

PUS

Infeksi campur (aerobanaerob) Aerob: Gram (+) kokus Anaerob : gram -/Gram+ Kokus dan batang Flora campur dari mulut dan ferings

Gram (+) kokus Flora campur

-Agar darah -Agar coklat -Media anaerob

Pengambilan SP melalui tindakan bedah Untuk isolasi bakteri anaerob harus melalui suasana anaerob Biasanya infeksi campur dan aktinomilosis (jarang)

Abses mulut

PUS

Flora campur

-Agar darah -Mac conkey -EMB -Media anaerob -Agar darah -Media selektif -Loefiler -Agar darah tekurit -Bordet-gengou -Agar coklat

Meningitis

Swab

Beta streptokokus C. diphtheriae

Tidak dianjurkan Gram (+) batang berbentuk ganda pleoneuprik Tidak dianjurkan Biasanya tidak menolong Gram (+) diplokokus diantara banyak sel-sel PMN Gram (+) kokus formasi buah anggur Gram (-) batang

Group A Granula metakronstik Babes-Ernst jelas dengan pewarnaan Neisser Konformasi dengan tes antibodi fluoresens M. Influenzae dapat merupakan bagian dari flora normal nasofarings S. pneumoniae juga merupakan bagian dari floral normal nasoparings Tidak sering menyebabkan pneumonia Tidak sering

Perlusis Epiglotitis

Swab batuk ke dalam perbenihan SWAB

Bordetella pertussis N. Influenzae

Pneumonia

SPUTUM

S. pneumoniae

-Agar darah -Agar coklat -Agar darah -Agar coklat -Mac Conkey -EMB -Media anaerob -Agar darah -Mac Conkey -EMB

S. aureus

Enterobacteriaceae (+) Gram (-) batang lain flora normal disertai sel PNM Infeksi campur aerob + anaerob

BF harus diambil secara aspirasi transtrechea

Empiema thorax

PUS

Sama dengan pneumonia Infeksi campur

Flora campur

-Agar darah -Mac Conkey -EMB -Media anaerob Agar darah Mac conkey EMB Media anaerob -Mac. Conkey -EMB -Media anaerob -Agar darah -Mac Conkey -EMB -Media anaerob -Perbenihan empedu -Agar endo -SS agar

Tersering oleh pneumonia, juga infeksi campur aerob-anaerob

Abses hati

PUS

e.coli B.fragilis Infeksi campur aerobanaerob Enterobacteraceae B. fragilis Flora gasiro intestinalis

Gram (-) batang Flora campur

Tersering ada kuman Gram (-) baik aerob mpn anaerob DD/infeksi Entamceos hisfolutics Limpa oleh bakteri Gram (-) batang yang bersel di tract digesteres BP juga dapat diambil

Cholocystitin

Cairan empedu

Gram (-) batang

Abses abdominal

PUS

Gram (-) batang Flora campur

Enteric fever (tifoid)

-Darah -Tinja -Urin

S.typhi S.paratyphi

Tidak dianjurkan

Pengambilan BP tidak disesuaikan dengan perjalanan penyakit Nidal tes 2x untuk melihat kenaikan titer-Slide aglutinasi tes Tidak mempermentasi laktosa dan membentuk H2S tersering oleh S.enteritides

Enteritis Enterokolitis Gastroenteritis

Tinja

Salmonella spesies

Gram (-) batang, tetapi perlu dibedakan banyak PMD Gram (-) batang, tetapi perlu dibedakan banyak PMN Gram (-) batang bengkok fleomorfik banyak PNM Tidak dianjurkan

-Mac. Conkey -SS agar -Mac conkey -SS agar -Agar darah+ antigen 5% + antibiotik (vankomisiN) -Air pepton alkali -Mensur -Arenson

Shigella sp Campulobacter jejuni

Diinkubasi pada suhu 42 derajat celcius Ter fermentasi -tes aglutinasi -reaksi merah kolera -slide solutinasi tes

Vibrio cholerae

Dasar-dasar diagnosa laboratorik infeksi jamur (yang sering terjadi)

Penyakit Infeksi jamuir sistemik Aspergilosis : Aspergillus fumigatus/aspergillus sp Paru-paru Sekret paru -SDA -BHIA -BHIA antibiotik -SDA -BHI -BHIA antibiotik Tes immunodifusi B.P Media Biakan Tes Serologi atau lainnya Keterangan Pemeriksaan serologi kadang-kadang saja diperlukan

Disseminated kulit

-Biopsi -Darah

Tes immunodifusi

Aspergillus selalu tumbuh ditemukan di BF

Histoplasmosis : Histoplasma capsulatum Paru-paru Sekret paru -SDA -BHI -BHIA antibiotik Seperti diatas kultur darah bifasik -CF -Immunodifusi -Tes kulit -CF -Immunodifusi -Tes kulit Tes serologi sangat penting Tes kulit bukan diagnosa

Disseminated

-Sumsum tulang -Darah -Biopsi

Nocardiosis : Nocardia asteroides Paru-paru -Sekret paru -SDA -Agar darah -lain-lain media bakteri -SDA -Agar darah -lain-lain media bakteri -SDA -Agar darah -lain-lain media bakteri Modifikasi pemeriksaan langsung bahan asam -Immunodifusi Adalah bakteri dengan sekret tahan asam, hanya berfilamen dan bercabang cabang Gram (+) batang

Cubcutaneous

-Aspirasi/biopsi dan abses

Brains

Malinal dari abses otak

-Immunodifusi

Sporotrichosis : S. sckenckii Kulit dan jaringan subkutan Biopsi -SDA -BHIA -BHIA + antibioik - Aglutinasi

Penyakit Disseminated

B.P Biopsi

Media Biakan -SDA -BHIA -BHIA + antibioik

Tes Serologi atau lainnya - Aglutinasi

Keterangan

Zygomikosis (phycomycosis, mucoimycosis) : Rhizopus sp, hucor sp Hidung, mata cerebral Paru-paru/ disseminated Jaringan -Sekresi paru -Biopsi -SDA -BHIA -SDA -BHIA (-) (-)

Hipa tidak bersepta

Candidiasis : C. albicans, Candidaida sp -Membran mikroba -Skin -Sistemik -Sekresi -Swab -Darah -Biopsi -Urine -Agar darah Media untuk jamur Difosik kultur darah Preparat langsung KOH dan Gram Immunodifusi tes kulit Tes kulit tidak untuk diagnosa

Cryptococcus : C. necformans Paru-paru Sibut Cairan serebrospiral -Sumsum tulang -Darah -Tulang -SDA -BHIA -Kultur agar darah berfosik Titik aglutinasi

Dermatophytosis : -Kerek -Rambut -Kulit -Kuku SDA + Cycloheximide Kloramfenikol

4. Kepentingan Flora Bakteri dan Jamur Normal

- M. tuberculosa, s. typhi dianggap patogen setiap ditemukan pada pasien - Namun, banyak infeksi disebabkan flora normal misal : E. coli flora normal gastrointestinal normal, juga penyebab paling sering ISK Harus dapat menyimpulkan mana yang patogen dan mana yang flora normal * K. pneumoniae ditemukan banyak di sputum, diduga kuat organisme tersebut sebagai penyebab pneumonia (karena secara normal, tidak banyak ditemukan Gram negatif batang dalam jumlah banyak dalam sputum). Jadi organisme tersebut harus dilaporkan

* Sebaiknya, bila kuman tersebut ditemukan pada abses abdomen, tidak perlu diidentifikasi semua spesies, laporkan sebagai flora gastrointestinal
* Ragi dalam jumlah kecil merupakan flora normal, tapi bila jamur lain tidak jadi harus diidentifikasi dan dilaporkan

5. Diagnosis Infeksi Melalui Tempat Anatomis

5.1 Luka, Jaringan, Tulang, Abses, Cairan
- Pemeriksaan terhadap apusan dan biakan dari luka dan abses sering memberikan petunjuk awal dan penting tentang sifat organisme penginfeksi sehingga membantu dalam pemilihan antibiotik - Biopsi jaringan pemeriksaan bakteriologik dan histologik - Jika lesi bernanah (mengalir) flora permukaan tidak boleh dikelirukan dengan flora lesi dalam

- Pemeriksaan pus dan lesi tertutup atau yang dalam harus meliputi pembiakan anaerob
- Kulit atau selaput mukosa yang erosi sering merupakan tempat infeksi ragi dan jamur. Candida & Aspergillus secara mikroskopik

- Bahan purulen apusan & biakan secara langsung

- Cairan jernih sentrifuge kecepatan tinggi 10 menit

5.2. Darah
- Bakteriemi sering menandakan penyakit yang mengancam jiwa perlu tindakan deteksi dini

- Biakan darah merupakan prosedur tunggal paling penting untuk mendeteksi infeksi sistemik oleh bakteri
- Pada orang sehat, darah steril - Bila biakan darah positi ada mikroorganisme merupakan makna klinik yang besar (asal tidak ada kontaminasi) - Faktor-faktor yang mempengaruhi biakan darah : * volume darah yang dibiakan dewasa 20 ml * pengenceran darah dalam perbenihan optimal 1 : 150 sampai 1 : 300 * Penggunaan perbenihan aerobik dan anaerobik * Lamanya inkubasi 5-7 hari, kecuali yang tumbuh lambat (tergantung juga metodanya apakah konvensional atau otomatis)

- Bila telah pasien diberi antibiotik digunakan biakan darah yang mengandung resin - Mikroorganisme yang paling sering ditemukan pada biakan darah : S. aureus, S. viridans, Enterokokus, bakteri enterik Gram negatif, dapat juga Candida dan beberapa jamur seperti H. capsulatum

5.3. Urin
- Pemeriksaan bakteriologik urin terutama dilakukan jika mengarah pada ISK, insufisiensi ginjal atau hipertensi - Urin yang disekresikan ginjal bersifat steril, kecuali jika ginjal terinfeksi - Urin dalam kandung kemih yang tidak terkontaminasi, dalam keadaan normal juga steril - Uretra mengandung sedikit flora normal, jadi urin yang dikeluarkan mengandung sedikit bakteri pemeriksaan urin kuantitatif dapat memberikan hasil bermakna

- Pengumpulan bahan harus baik dan benar: kateterisasi, urin porsi tengah atau aspirasi suprapubik
- Biakan urin, agar bermakna harus dilakukan secara kuantitatif - Jika ada lebih dari 105/ml, merupakan bukti kuat adanya ISK

- Adanya < 104 bakteri/ml, termasuk beberapa jenis bakteri yang berbeda, menunjukkan berasal dari flora normal dan kontaminan.
- Ditemukan 104/ml batang Gram negatif enterik jenis tunggal, menunjukkan kuat adanya ISK

5.4. Cairan Serebrospinal

- Meningitis termasuk dalam kedaruratan medis yang tinggi diagnosis dini, cepat dan tepat merupakan hal yang penting

- Masalah diagnostik yang mendesak: diferensiasi meningitis bakteri purulenta akut akibat meningitis aseptik dan granulomatosa. Keputusan segera, biasanya berdasarkan pembiakan mikroskopik.
- BP : CSF (melalui punksi lumbal secara aseptik), 3-4 bagian masing-masing 2-5 ml dalam tabung steril - Pemeriksaan mikroskopik : P. Gram dan kadang-kadang P. Ziehl Neelsen dapat ditemukan * diplokokus Gram negatif intraseluler (meningokokus)

* diplokokus Gram negatif bentuk lanset dan ekstrasekluler (pneumokokus)

* batang Gram negatif kecil (H. influenzae) atau batang Gram negatif enterik - Biakan umumnya dilakukan untuk mendukung meningokokus

5.5. Sekresi Pernafasan

- Bahan : * hapus tenggorok : Strep. Hemoliticus grup A, difteri * punksi gendang telingan : jarang dilakukan paling seing : pneumokokus, H. influenzae, M (B) catarrhalis dan strep hemolitik * sputum : bentuk pembuangan saluran pernafasan bawah. Tapi hampir tak dapat dihindari adanya kontaminasi dari saliva dan flora mulut - Pem. Mikroskopik: dari sputum dengan P. Gram atau metoda tahan asam - Biakan : perbenihan untuk sputum, harus cocok untuk pertumbuhan bakteri (misal: pneumokokus, Klebsiella), jamur dan mikobateria (M. tuberculosis), dsb.

5.6. Bahan Saluran Gasterointestinal

- Gejala akut : mual, muntah, diare lazim disebabkan oleh infeksi

- Bahan : tinja atau usap rektal - Biakan : pada MC, SS, selenit, TCBS, alkali pepton