Enzim, Protein dan Asam Amino Enzim : adalah biokatalisator organik yang dihasilkan organisme hidup di dalam protoplasma,

yang terdiri atas protein atau suatu senyawa yang berikatan dengan protein Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomermonomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida Asam amino adalah sembarang senyawa organik yang memiliki gugus fungsional karboksil (-COOH) dan amina (biasanya -NH2). Dalam biokimia seringkali pengertiannya dipersempit: keduanya terikat pada satu atom karbon (C) yang sama (disebut atom C "alfa" atau ). Gugus karboksil memberikan sifat asam dan gugus amina memberikan sifat basa

Sel Hidup mengikuti kaidah kimia Reaksi kimia untuk kehidupan metabolisme Ribuan reaksi keseimbangan Tumbuhan menghasilkan banyak senyawa kompleks yang disebut metabolit sekunder yang melindungi tumbuhan dari serangga , bakteri, cendawan dan patogen lainnya. Tumbuhan menghasilkan vitamin untuk dirinya sendiri dan manusia dan hormon yang diperlukan untuk mengendalikan dan mengatur proses

Metabolisme

Anabolisme
Anabolisme : Bahasa Yunani ana baldein berarti melempar Sejumlah reaksi membentuk molekul molekul besar seperti pati selulosa, protein, lemak dan asam nucleat Membentuk enerji

Katabolisme
Bahasa yunani : berarti kebawah Perombakan molekul besar menjadi molekul kecil Menghasilkan energi Contoh pada proses katabolisme adalah respirasi, proses oksidatif gula menjadi CO2 dan H2O

Sel mengatur lintasan metabolik Sel mengatur kecepatan metabolik Dengan cara memproduksi katalis yang tepat yang disebut enzim , dalam jumlah yang sesuai pada saat yang diperlukan Enzim katalis yang khas spesifik Enzim katalis yang kuat Faktor kecepatan reaksi enzim 1081020

Ribuan reaksi dikendalikan terbentuk senyawa yang dibutuhkan oleh kehidupan ( tanpa terbentuk limbah beracun ) Kelemahan : enzim adalah mol protein yang besar sehingga membutuhkan energi yang besar untuk pembentukannya.

PEPENYEBARAN ENZIM DIDALAM SEL

Tidak tersebar merata Enzim untuk fotosintesis berada di kloroplas Enzim untuk respirasi aerobik hanya di mitokondria Enzim untuk respirasi lain ada dalam sitosol Enzim untuk sintesis RNA,DNA serta untuk metosis berada di inti sel ( nucleus )

Sifat dan Struktur Enzim

1.

Kekhasan dan tatanama Tiap enzim dinamai menurut sistem baku dan nama umum yang sederhana Enzim umumnya diberi akhiran ase dan mencirikan substrat yang terlibat Jenis reaksi yang dikalis Contoh : sitokrom oksidase adalah enzim utama dalam respirasi yang mengoksidasi ( melepas elektron dari molekul sitokrom ) Asam malat dihidrogenase melepaskan 2 atom hidrogen dari ( men-dehidrogenasi ) asam malat

2. Persatuan internasional Biokimia , memberi nama lebih panjang tapi lebih deskriftip dan baku sebagai contoh : Sitokrom oi nama sitokrom C = O2 oksidoreduktase, elektron dilepaskan dari sitokrom jenis C dan mol oksigen adalah penerima elektron. Dehidrogenase asam malat diluar Lmalat = NAD oksidoreduktase menunjukkan bahwa enzim tersebut khas untuk bentuk L asam malat terionisasi dan molekul yang disingkat NAD adalah penerima atom hidrogen.

Protein bagian utama dari unsur enzim dan banyak enzim hanya terdiri dari protein Protein tidak selalu enzim dan tidak mempunyai fungsi katalisis misalnya protein mikrotubul ( tubulin ) dan protein mikrofilamen ( aktin )

Perkecualian
Molekul RNA mempunyai kemampuan katalis Protein diribosom mempunyai fungsi struktur dan bukan fungsi katalis , misalnya sitokrom mengangkat eselama fotosintesis dan respirasi, bukan enzim melainkan pembawa elektronoh lain prot Contoh lain protein cadangan pada biji sebagai cadangan asam amino untuk bibit setelah berkecambah, tidak sebagai enzim.

Susunan Kimia
Protein terdiri dari satu atau lebih rantai polipeptida yang masingmasing terdiri dari susunan asam amino Komposisi dan ukuran : Tiap protein bergantung pada jenis dan jumlah sub unit asam amino. Terdapat 18-20 asam amino yang berbeda dan sebagai besar protein mempunyai lengkap 20 asam amino

Jumlah total sub unit sangat beragam pada protein yang berbeda. Contoh : Protein tumbuhan mempunyai bobot molekul lebih dari 40000g/mol ( juga disebut ) satuan Dalton atau Daltons Satu Dalton disingkat Da; adalah masa satu atom hidrogen Feredoksin: protein yang terlibat pada fotosintesis bobot molekul 11,5 k Da, sedangkan ribulosa bifosfat karboksilase ( enzim fotosintesis ) bobot mol 500 k Da

Elektroforesis
Teknik untuk pemisahan protein Prinsip pemisahan protein terlarut atau molekul bermuatan dalam medan listrik Protein tumbuhan dan gizi manusia Manusia dewasa dapat mensintesis sebagian besar asam amino yang diperlukan dari kharbohidrat dan berbagai senyawa nitrogen organik Delapan asam amino harus tersedia dalam menu makanan yaitu : Leusin isoleusin, valin, lisin, metionin , triptopan , fenilalanin dan treonin.

Sumber Protein
Berasal dari protein biji khususnya dari serelia, seperti padi, gandum dan jagung Sumbangan kecil tapi penting diberikan dari biji kacang-kacangan seperti kacang buncis, kapri dan kedelai Kedelai dengan kadar protei 40 % dari bobot kering , sedangkan pada butir serelia hanya 12 % tetapi rendah kadar lisin, sedangkan biji kacangan rendah kandungan metionin.

Emil Fiscker Tahun 19884

Kompleks enzim-substrat, merupakan kesatuan gembok dan kunci ( lock and key ) Sisi aktif adalah bagian enzim tempat substrat bergabung sewaktu substrat diubah menjadi produk Sisi aktif kaku dan khas bagi substrat Struktur produk berbeda dengan struktur substrat

Daniel E, Kosh Land Jr(1973 )

Membuktikan bahwa sisi aktif enzim dapat diinduksi oleh substrat ( atau produk, bila reaksi nya terbalikkan ) yang menyebabkan perubahan konformasi (bentuk )yang memungkinkan terjadi kombinasi yang lebih cocok

Jenis Ikatan Enzim-Sunstrat

Ikatan kovalen , ionik, hidrogen dan van der Walls Ikatan kovalen dan ionik paling penting pada energi pengaktifan suatu reaksi Ikatan hidrogen dan interaksi vander waals berperan dalam orientasi struktural kompleks enzim substrat

Denaturasi Enzim

Bila struktur enzim berubah sehingga substrat tidak dapat terikat maka aktifitas katalisisnya hilang

FISIOLOGI TUMBUHAN DAN SEL TUMBUHAN

Fisiologi Tumbuhan adalah : 1. Ilmu yang mempelajari fungsi tumbuhan 2. Pengangkutan air dan bahan terlarut melalui lintasan pengangkutan yang khusus , air dari tanah merambat melalui akar, batang dan daun ke atmosfir 3. Garam organik dan molekul organik bergerak keberbagai arah dalam tumbuhan 4. Berbagai reaksi kimia berlangsung dalam setiap sel hidup. Mengubah bentuk air garam, mineral dan gas dari lingkaran menjadi bentuk jaringan yang terorganisasi serta berbagai organ tumbuhan

Postulat Dasar
1.

2. 3.

Seluruh fungsi tumbuhan dapat dipahami dengan dasar prinsip fisika dan kimia Mempelajari tumbuhan sejati Sel merupakan satuan dasar kehidupan semua organisme hidup terdiri dari sel yang memiliki nucleus ( inti ) yang terbungkus membran atau struktur serupa tapi tanpa membran, tidak ada kehidupan dalam satuan yang kecil dari pada sel. Sel hanya terjadi dari pembelahan sel yang ada

4. Sel Eukariot terdiri dari organel yang terbungkus membran, misalnya kloroplas , mitokhondria, nucleus, dan vokuola , sedangkan prokariot terdiri dari organel tanpa membran. 5. Sel ditandai makromolekul khusus seperti pati, selulosa yang terdiri dari ratusan atau ribuan gula dan molekul lain. 6. Sel memiliki mol makro seperti protein dan asam nucleat ( DNA dan RNA ) yang tersusun sebagai rantai . Terdiri dari ratusan atau ribuan molekul sederhana yang terdiri dari 20 jenis atau lebih asam amino protein dan 4 dan 5 jenis nucleopeptida dalam asam nucleotida dalam asam nucleat. Molekul Khas bagi kehidupan berisi informasi : DNA DNA = replikasi DNA RNA Protein Katalis Enzim ( faktor penentu bagi fungsi kehidupan. 7. Pada Organisme multi sel , sel tersusun membentuk jaringan dan organ , dengan struktur dan fungsi berbeda

Contoh : jaringan tumbuhan yang khas adalah epidermis, korteks, jaringan pembuluh dan empulur. Organ utama tumbuhan yang berpembuluh adalah akar, batang, dan daun yang bisa berubah fungsi misalnya bunga. 8. Organisme hidup adalah struktur yang tumbuh sendiri melalui proses yang disebut perkembangan meliputi : a.Pembelahan sel b.Pembesaran sel c.Spesialisasi sel atau defferensiasi d.Melalui meristem daerah embrionik

9. Organisme tumbuh dan berkembang dilingkungan dan berinteraksi dengan lingkungan misalnya suhu, cahaya, gravitasi , angin, kelembaban. 10. Struktur tumbuhan berkaitan dengan fungsi

SEL TUMBUHAN
Terdiri dari : 1. Dinding sel selulosa 2. Vokuola ( memberi tekanan ,memperbesar volume serta luas permukaan walau dengan protoplasma sedikit 3. Plastida khususnya kloroplas

DINDING SEL

Dinding sel primer dimiliki oleh a. Sel muda yang sedang tumbuh b. Beberapa sel penyimpan c. Sel yang melakukan fotosintesis di daun d. Semua sel parenkim e. Beberapa jenis sel lain

Sifat dinding sel primer

Tipis 1-3 m b. Terbentuk selagi sel sedang tumbuh c. Membungkus protoplasma meliputi membran plasma dan semua didalamnya d. Melekat erat karena adanya tekanan dari cairan didalamnya e. Lamela terdapat diantara dinding primer dengan sel sel yang berdampingan f. Dinding sel primer terdiri dari 9-25 % selulosa.
a.

Dinding Sel Sekunder

Lebih tebal dari pada dinding primer, beberapa m, terdiri dari : 41-45 % selulosa 30 % hemi selulosa 22-28 % lignin b. Bila sel berdinding sekunder berhenti membesar maka lignin diendapkan di lamellla tengah dinding primer dan akhirnya dinding sekunder.
a.

Protoplasma Eukariot
Terdiri dari sitoplasma ( sitosol Nucleus dan Vokuola bahan ergastik

Adalah sel yang punya membran inti, sehingga terjadi pemisahan antara inti sel dan sitoplasma. Kesatuan inti sel dan sitoplasmanya disebut protoplasma. Sel eukariotik umumnya berukuran 10-100 m. DNA berada di dalam inti sel yang dibungkus oleh membran inti. Sel eukariotik memiliki sejumlah organel yang memiliki fungsi spesifik. Contoh sel eukariotik adalah sel tumbuhan dan hewan. Bagiannya (1) nukleolus, (2)nukleus, (3) ribosom, (4) vesikel, (5) Retikulum Endoplasma Kasar (RE), (6) Badan Golgi, (7) Sitoskeleton, (8) Retikulum Endoplasma Halus, (9) Mitokondria, (10) Vakuola, (11) Sitoplasma, (12) Lisosom, (13) Sentriol within Sentrosom

Komponen Sitoplasma
a.

b.

c.

Matriks berair yang kompleks dengan banyak molekul dan suspensi koloid Sistem endomembran meliputi retikulum endoplasam , badan golgi, selimut inti dan organel sel, mitokhondria dan plastid diselimuti selapis membran halus dan membran dalam yang berlekuklekuk Ribosom , mikrotubul dan mikrofilamen bukan bagian sistem

Membran plasma atau plasmalema

Eukariot dan prokariot serupa 2. Fungsi mengatur aliran masuk dan keluar sel, termasuk proses osmosis yang terjadi karena air menembus membran 3. Struktur membran terdiri dari lapisan rangkap lipid dengan bagian hidrofilik ( cinta air ) Molekul lipid ada dibagian luar (menghasilkan garis gelap ) dan bagian lipofilik ( cinta lemak ) merangkap kedalam lapisan rangkap sehingga terbentuk ruangan yang
1.

Sistem Endomembran

1.

Reticulum Endoplasma terdiri dari sisterma-sisterma /lekuk RE kasar dan RE halus Berfungsi pada sistesis protein ( RE kasar ), sel yang mensintesis minyak-minyakan memiliki lebih banyak RE halus Mengangkut enzim dan protein lain menembus membran plasma , pada proses sekresi.

2. Selimut inti Ketebalan membran luar = 7,5 -10 nm Ketebalan membran dalam = 7,5 nm Kedua lapisan membran dipisahkan oleh ruang perinucleus yang lebarnya 10-40 nm Tebal seluruh selimut inti 25-27 nm

Membran vokuola

Membran vokuola atau tonoplas Membran tunggal , ada pada tumbuhan dan sel cendawan, dan disebut membran vokuola Plasmalema di sitoplasma Tonoplasma vokuola Mengendalikan potensial air sel stomata-stomata

Aparatus golgi

Aparatus golgi/perangkat golgi

Mikrokop elektron tampak seperti tumpukan piring pipih yang berongga didalamnya , dengan tepian menggelembung dan dikelilingi benda bulat yaitu kantung golgi /diktiosom Tiap tumpukan disebut diktiosom /benda golgi ( Tuan Camillo Golgi, yang menemukan benda tersebut dengan memakai cahaya 1898 ) Fungsi benda golgi untuk pertumbuhan plasmalema dan mengangkut bahan menuju dinding sel banyak ditemukan pada sel sekresi.

Benda mikro

Benda mikro
Organel terbungkus oleh satu membran Diameter 0,5- 1,5 Yang paling penting peroksisom dan glioksisom yang berperan dalam aktivitas kimia seltumbuhan Peroksisom mengurai asam glikolat ( dari fotosintesis ) dan mendaur ulang molekul lain kembali ke kloroplas ) Glioksisom , mengurai lemak menjadi karbohidrat, selama dan sesudah perkencabahan biji

Oleosom dan butir protein

Oleosom berbentuk bulat dan diselimuti oleh setengah membran yang mungkin berasal dari retikulum endoplasma. Kisaran diameternya antara 0,5-2,0 nm. Oleosom sebagian besar berisi bahan berlemak dan menjadi pusat sintesis dan penyimpanan lemak (Salisbury dan Ross, 1995)

MITOKONDRIA

Tampak sebagai bulatan , batang atau kawat kecil dengan beragam bentuk dan ukuran. a. Diameter 0.5-1 m, panjang 1-4 m b. Sel mempunyai ratusan ribuan mitokondria, tapi ganggang chloronella hanya mempunyai sebuah mitokhondria besar yang bercabang dan berliku c. Mampu membelah diri d. Mempunyai DNA dan ribosom kecil

Ribosom

a.

b.

Tempat sintesis protein Tersebar di sitoplasma atau bergabung dengan RE kasar

plastida

Plastid merupakan struktur khusus, diselimuti oleh sistem membran rangkap. Membran dalamnya tidak berlipat-lipat. Plastid ada yang berwarna dan ada yang tidak berwarna. Plastid yang berwarna adalah kloroplas (mengandung pigmen hijau) dan kromoplas (mengandung pigmen lain) (Lakitan, 1993). Kloroplas mengandung suatu sistem membran yang bernama tilakoid, yang sering sambung menyambung membentuk tumpukan membran yang disebut grana. Grana terbenam dalam stroma. Enzim yang mengendalikan fotosintesis terdapat di membran tilakoid dan di stroma (Salisbury dan Ross, 1995osom

Kloroplas= Struktur dan pigmen fotosintesis

Pigmen : Terletak pada pigmen tilakoid Ada 2 jenis klorofil hijau ( klorofil a dan b )dan terdapat pigmen kuning sampai jingga ( karotenoid ) Terdiri dari karoten hidrokarbon murni dan xanthophyl ( mengandung oksigen) Karotenoid ( termasuk xantofil ) terutama violaxantin yang berwarna kuning

Figmen Kloroplas
Fungsi pigmen kloroplas: Melindungi klorofil dari kerusakan akibat oksidasi yang tinggi saat tingkat penyinaran tinggi Dijumpai DNA, RNA, ,Ribosom dan berbagai enzim Terkumpul di stroma tempat berlangsungnya transkripsi dan translasi

DNA Kloroplas
Terdapat dalam 50 atau lebih lingkararan jalur ganda melilit dalam setiap plastid Gen Plastid : a. Menjadi semua molekul RNA pemindah ( 30 ) b. RNA ribosom ( 4 ) digunakan plastid untuk translasi c. Ada 85 gen yang menjadi protein yang terlibat dalam transkripsi, translasi dan fotosintesis. Gen nucleus menjadi sebagian besar protein di plaid

Fotosistem II ( FS II )
a. b. c. d.

e.

Pusat reaksi p 680 terdapat dikawasan pinggir grana Terdiri dari 6 polipeptida integral ( intrinsik ) yang berhubungan secara non-kovalen Polipeptida disandi oleh genon kloroplas 2 polipeptida dengan bobot molekul 33 k Da ( Di) dan 31 k Da ( D2 ) mengikat P680 dan kuinon untuk oksidasi air. 3 Pilipeptida pinggir ( ekstrinsik ) disandi oleh gen nucleus yang berhubungan dengan kompleks lumen, diduga membantu pengikatan Ca2+ dan Cl- untuk fotosintesis air

Kompleks Inti

Mengandung 40 mol klorofil dan beberapa mol - karoten, beberapa lipid membran ( galaktolipid ) 4 ion Mg, 1 Fe, 1-2 mol Ca 2+

Fotosintesis ( FS 1 )
Menyerap energi cahaya terpisah dari FS II Pusat reaksi P700 diikat oleh polipeptida dan polipeptida lain yang mengikat 50100 molekul klorofil a beberapa karoten dan 3 pembawa elektron menuju NAD P+ Terletak hanya di tilakoid stroma dan didaerah tengah grana yang menghadap stroma Fungsi Mengoksidasi plastosianin tereduksi dan memindahkan elektron ke protein Fe-S larut yang disebut feredoksin.