You are on page 1of 15

ENZIM dan KOENZIM-1

Pendahuluan

TOPIK

Klasifikasi enzim Dasar dan Mekanisme kerja enzim I NYOMAN SUARSANA

LOGO

Kinetika Reaksi Enzimatis Faktor yang mempengaruhi reaksi enzimatis Regulasi aktivitas enzim

LABORATORIUM BIOKIMIA FAKULTAS KEDOKERAN HEWAN


1

Kofaktor: koenzim, apoenzim, proenzim Fungsi Biomedis Enzim


2
Company Logo

Tujuan pembelajaran

PENDAHULUAN

Mengetahui klasifikasi, dan tata nama enzim Mengetahui mekanisme dan dasar kerja enzim Mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim Mengetahui hambatan kerja enzim Mengetahui peran enzim dalam diagnosis penyakit

1. 2. 3. 4.

Sel sebagai reaktor kimia Distribusi enzim dan struktur sel Enzim ekstrasel dan intrasel Perkembangan pengetahuan tentang enzim 5. Enzim dan penyakit

Company Logo

Company Logo

Sel sebagai reaktor kimia

Sel sebagai reaktor kimia Sel makhluk hidup dengan ukuran sangat kecil dipandang sebagai reaktor kimia Sel pusat metabolisme energi Dalam sel reaksi berjalan tidak secara acak, tetapi sangat terarah Dalam sel terdapat suatu mekanisme dengan berbagai subsistem yang bekerja secara KHAS (SPESIFIK) yang memungkinkan makhluk hidup menghasilkan senyawa (produk) dengan berbagai tingkat kerumitan struktur molekul
Prokariotik

Eukariotik

Company Logo

Company Logo

Distribusi enzim dan struktur sel


Sel menjalankan ratusan bahkan ribuan macam reaksi sekaligus Dengan teknik histokimia, sitokima, fraksinasi sel: diketahui distribusi dan lokasi berbagai enzim dalam sel. Mitokondria: enzim yang berhubungan dengan reaksi oksidasi-reduksi
Siklus Krebs Oksidasi lemak Katabolisme asam amino Fosforilasi oksidatif Transport elektron
7
Company Logo

Lisosom: enzim yang mengkatalis reaksi hidrolisis (ribonuklease, asam foafatase) Inti sel: enzim yang berperan dalam biosintesis asam nukleat (DNA, RNA) Sitoplasma: enzim glikolisis, glukonegenesis, sintesis asam lemak, Ribosom: enzim biosintesis protein Retikulum endoplasma: enzim sintesis lipid, sintesis steroid Membran plasma: enzim ATPase (sistem tranpor bergantung energi), transpor Na+, K+
8
Company Logo

Enzim ekstrasel dan intrasel


Sel dipandang sebagai reaktor kimia, maka enzim berada dan bekerja menjalankan fungsinya di dalam sel Kesalah pahaman: dengan menganggap enzim terdapat dan bekerja diluar sel dan pada umumnya yang dimaksud adalah enzim plasma Keperluan diagnosis: diukur enzim plasma, serum. Enzim ekstrasel Penelitian: enzim-enzim pencernaan Yang pasti enzim ekstrasel dan intrasel: keduanya disintesis oleh sel di dalam sel
9
Company Logo

Perkembangn Pengetahuan tentang enzim Manusia telah lama mengenal enzim: dalam bentuk pengetahuan praktis empiris dan disebarkan secara tradisional Mengolah bahan makanan dengan enzim Kebiasaan membuat minuman yang diragikan Pengolahan susu menjadi: yoghurt, koumis, kefir, keju dll. Pembuatana tape, tempe

10

Company Logo

Enzim berperan dalam proses pencernaan Rumur (1963-1727) Perancis:


melakukan percobaan pemberian daging yang dimasukan dalam bola-bola kecil pada burung elang.

Spallanzani (1729-1799) Itali:


melakukan percobaan pemberian daging yang dimasukan dalam tabung kayu yang dilapisi kain Pengambilan cairan lambung, dan dicobakan ternyata dapat melumatkan daging

Karakteristik dan sifat kimia dari enzim Awalnya diantara peneliti enzim, menggolongkan bahan ini kedalam PROTEIN ditentang keras. Pekelharing dan Ringer (1900):
Banyak kesamaan antara enzim dan protein (protein getah lambung dengan pepsin mempunyai sifat-sifat sama)

William Beaumont (1785-1853) AS:


Melaporkan secara rinci proses pencernaan pada lambung manusia yang intinya sama dengan yang diamati pada burung elang Pengamatan dilakukan pada lambung manusia penjelajah Alexis St. Martin, yang mengalami luka terbuka pada perutnya
11
Company Logo

Summer (1926)
Kristal, sifat fisikokimia enzim urease sama dengan protein
12
Company Logo

Enzim dan Penyakit Kunitz,Herriots, Anson dan Northrop (1931):


Berhasil mengkristalkan pepsin yang sama dengan peneliti Summer. Enzim adalah PROTEIN, telah diterima secara luas dan tidak ada lagi pertanyaan

Emil Fischer (1894):


Sudah meneliti spesifisitas kerja enzim (meskipun sifat kimia enzim sbg protein belum diakuai). Hasil gagasanya dikenal sebagai: MODEL KUNCI DAN ANAK KUNCI (Lock and Key)

Kalangan kedokteran dan kedokteran hewan: memanfaatkan pengetahuan enzim untuk tujuan DIAGNOSIS dan PENGOBATAN Wolgemuth (1908):
Enzim amilase dalam urine, meningkat jumlahnya pada radang pankreas

Kay, Kings, Bodansky dan Roberts (1920930):


Enzim fosfatase alkali, penyakit hati

Michaelis dan Menten (1913)


Pengetahuan tentang kinetika reaksi enzimatik: yang dikenal dengan persamaan MichaelisMenten
13
Company Logo

LaDue, Wroblewski dan Karmen (1955):


Enzim SGOT
14
Company Logo

KLASIFIKASI ENZIM
Penggolongan dan tata nama enzim 1.Tata nama berdasarkan substrat Jika dikatalis adalah glukosa: enzim glukase 2.Tata nama berdasarkan jenis ikatan kimia substrat Jika dikatalis ikatan peptida: enzim peptidase Jika dikatalis ikatan ester: enzim esterease Jika dikatalis ikatan nukleotida: enzim nukleotidase 3.Tata nama berdasarkan jenis reaksi Untuk mengoksidasi glukosa: enzim glukosa oksidase Enzim yang mengkatalis pemindah gugus dinamai :
tranferase, contoh untuk memindahkan gugus NH2: enzim lebih khas dinamai: enzim amino transferase
15
Company Logo

There are six functional classes of enzymes

16

Company Logo

Komisi International Union of Bhiocemistry (IUB), mengklasifikasikan enzim menjadi 6 kelas, didasarkan pada reaksi biokimia yang dikatalisnya: 1. Oksidoreduktase: mengkatalis reaksi oksidasi-reduksi Yang termasuk enzim ini dengan nama trivial: -dehidrogenase -reduktase -oksidase -hidroksilase -peroksidase -oksigenase
17
Company Logo

2.Transferase: mengkatalis pemindahan suatu gugus yang bukan H antara substrat dengan senyawa penerima gugus, seperti: -gugus beratom C 1 -gugus aldehid dan keton -gugus asil -gugus alkil -gugus nitrogen -gugus mengandung fosfat -gugus mengandung sulfur
18
Company Logo

Yang termasuk enzim transferase: a. amino transferase b. asil karnitin transferase c. transkarboksilase d. transaldolase dan transketolase e. glukokinase f. piruvatkinase

3. Hidrolase: mengkatalis reaksi hidrolisis yaitu pemutusan ikatan kovalen antara karbon dengan atom lainnya dengan penambahan air. Yang termasuk enzim ini: a. esterase b. amidase c. peptidase d. fosfatase e. glikosidase
Company Logo

19

20

Company Logo

4. Liase: mengkatalis reaksi pemecahan karbon-karbon, karbon-sulfur, dan karbonnitrogen Yang termasuk enzim ini: a. dekarboksilase b. aldolase c. sintase d. hidrase atau dehidratase e. deaminase f. nukleotida siklase
21
Company Logo

5. Isomerase: mengkatalis reaksi isomer, baik isomer optik, geometrik maupun isomer posisi. Yang termasuk enzim ini: a. epimerase b. rasemase c. mutase d. isomerase

22

Company Logo

DASAR DAN MEKANISME KERJA ENZIM


6. Ligase: mengkatalis pembentukan ikatan antara C-C, C-S, C-N dan C-O. Reaksi ini perlu energi ATP Yang termasuk enzim ini: a. sintetase b.karboksilase Enzim sebagai protein katalis Dixon dan Webb, mendefinisikan enzim sebagai suatu protein bersifat katalis. Definisi ini disebabkan oleh kemampuannya untuk mengaktifkan senyawa lain secara spesifik. Definisi lain: enzim adalah suatu katalisator protein yang mempercepat reaksi kimia dalam sistem biologis.

23

Company Logo

24

Company Logo

Kata kunci definisi enzim: 1. Aktif 2. Katalis 3. Protein 4. Spesifik Penjelasan: Protein: semua enzim memiliki ciri dan sifat protein Katalis: selain mempunyai kemampuan mengubah suatu senyawa, juga kemampuan membawa atau memindahkan suatu senyawa dari suatu keadaan ke keadaan lain dengan cara yang sesifik

Interaksi yang spesifik dari enzim dengan suatu molekul tertentu dan menyebabkan pengaktifan molekul tersebut selanjutnya mengakibatkan perubahan struktur sehingga menimbulkan gagasan akan substrat. Substrat didefinisikan sebagai senyawa yang dikenali secara spesifik oleh enzim dan selanjutnya diaktifkan sehingga mengalami perubahan kimia

25

Company Logo

26

Company Logo

Chymotrypsin Has A Site for Specificity


Aktif: mengingat demikian spesifik interaksi antara substrat dan enzim, maka bagian tersebut dinamai sebagai situs aktif (active site) atau lebih tepat lagi situs katalitik (catalytic site) Pertanyaanya: apakah ada senyawa spesifik yang dikenali oleh enzim tetapi tidak dapat diolah lebih lanjut sehingga senyawa tersebut tidak mengalami perubahan? [INHIBITOR] Substrat atau inbitor: dapat menempati situs aktif enzim
27
Company Logo

O O NCCNCC NCCNCC H R R
OC Ser

Specificity Catalytic Site Site

Active Site
28
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

Specificity of Ser-Protease Family


Trypsin
cut at Lys, Arg O O CNCCN C C C C NH3 + COOC Asp

Chymotrypsin
cut at Trp, Phe, Tyr O O CNCCN C

Elastase
cut at Ala, Gly O O CNCCN CH3
Shallow and non-polar pocket

Karena enzim adalah protein maka kemampuan mengkatalis suatu reaksi erat hubungannya dengan struktur molekul protein tersebut
1. Tempat aktif Teori Interaksi antara enzimsubstrat dikenal sebagai Lock and Key Pada teori ini, substrat yang spesifik terikat pada daerah spesifik di molekul enzim. Daerah ini disebut: TEMPAT AKTIF, yaitu suatu tempat yang terdapat dalam enzim yang secara spesifik dapat mengenali dan mengikat substrat

Deep and negatively charged pocket

Non-polar pocket

Active Site 29

Company Logo

Juang RH (2004) BCbasics

30

Company Logo

Lock and Key Analogy: lock = enzyme, key = substrate.


MODEL KUNCI dan ANAK KUNCI (LOCK-and KEY MODEL) KERJA ENZIM: Tempat aktif mempunyai bentuk yang rigid Hanya substrat yang spesifik yang matching dengan tempat aktif Substrat sebagai anak kunci (KEY) yang matching dengan enzim sebagai kunci (LOCK)

31

Company Logo

32

Company Logo

Charge Relay in Active Site

Asp 102

1.Menarik dan mengorientasikan substrat kepada gugus spesifik pada molekul substrat yang disebut GUGUS KONTAK dengan cara yang spesifik pula 2.Ikut membentuk ikatan sementara dengan molekul substrat, yang selanjutnya terjadi polarisasi dan terjadi regangan pada ikatan di dalam molekul substrat sehingga mudah dipecah dan menghasilkan PRODUK. asam amino yang bertindak demikian yang terletak pada tempat aktif disebut: RESIDU KATALIK
33
Company Logo

His 57

O COH

H N C NH

Active Ser
- OCH
2

Asp 102

C C H CH2 His 57
34

Ser 195

Company Logo

Active Site Stabilizes Transition State


Catalytic Triad
Ser 195 Asp 194 Met 192 His 57 Gly 193

Active Site
Asp 102 Cys 191 Thr 219 Cys 220

Adapted from Dressler & Potter (1991) Discovering Enzymes, p.197

Pada umumnya terdapat 2 mekanisme kerja enzim mempengaruhi reaksi katalisis 1.enzim meningkatkan kemungkinan molekulmolekul yang bereaksi saling bertemu dengan permukaan yang saling berorientasi. Hal ini terjadi karena enzim mempunyai afinitas yang tinggi terhadap substrat dan kemampuan mengikatnya walaupun sementara
36
Company Logo

Ser 214 Trp 215

Specificity Site

Gly 216 Ser 217

Ser 218

35

Company Logo

Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.158

Tempat aktif suatu enzim dibentuk oleh residu asam amino yang mempunyai 2 fungsi:

O CO -

H HN C N HOCH2 Ser 195

C C H CH2

2. Pembentukan ikatan yang sementara (non kovalen) antara substrat dengan enzim menimbulkan penyebaran elektron dalam molekul substrat dan penyebaran ini menyebabkan suatu regangan pada ikatan kovalen spesifik dalam molekul substrat sehingga ikatan kovalen tersebut menjadi mudah pecah

Reaksi enzimatis adalah reaksi terarah yang dapat digambarkan dalam urutan sbb. 1.terjadi mendekatnya gugus-gugus aktif dari kedua belah pihak, 2.terjadi pengkiblatan yang tepat dari elektron orbit gugus-gugus aktif, 3. jika 1 dan 2 tercapai, maka substrat diregang, disusul dengan transaksi proton sehingga terbentuklah senyawa baru [PRODUK], yang dilepaskan enzim. Enzim kembali kekeadaan semula dan dapat memulai lagi pekerjaanya.
38
Company Logo

37

Company Logo

Concerted Mechanism of Catalysis


Carboxypeptidase A Active site pocket (270) Glu 3 COO +

Non-Enzyme Catalytic Mechanisms

(248) Tyr OH ACTIVE SITE Site for specificity


5

N
Substrate peptide chain

H O2 1

C
O-

C
COO C-terminus

R
+Arg

His (196)

+ Zn

(145)

His (69)

Glu (72)
39

Check for C-terminal

Company Logo

Juang RH (2004) BCbasics

Secara umum proses katalis bukan enzim dapat dikelompokan ke dalam Katalisis oleh asam-basa (Acid-base catalysis). Katalisis kovalen (Covalent catalysis) Katalisis ion logam (Metal ion catalysis) Katalisis elektrostatis (Electrostatic catalysis)

40

Company Logo

10

Acid-Base Catalysis
Katalisis asam-basa: asam-basa mempunyai kemampuan katalisis dengan memberi elektron (asam) dan menerima elektron (basa) Katalisis logam-elektrostatis: katalisis seringkali melibatkan logam bekerja sama membentuk ikatan elektrostatis Katalisis kovalen:katalisis mellaui pembentukan ikatan kovalen sementara antara substrat dengan melekul katalis (ada gugus cenderung memberikan elektron ke gugud lain)
41
Company Logo

Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.167

Specific

Induced to transition state

Acid-base Catalysis O C H +
C H - O H H N H

+
N H

Acid catalysis

+ O C H
O C H H C

N H

N H

C O H H H Base catalysis

O C H

N H H O

Both

N C H O H H H O C

O C H

Slow

Fast

42

Fast

Company Logo Very Fast

KINETIKA REAKSI ENZIM


Dalam mengkatalis suatu reaksi, diasumsikan enzim berikatan lebih dulu dengan susbtrat. Akibat ikatan ini terbentuklah apa yang dinamai: KOMPLEKS ENZIM-SUBSTRAT. Reaksi ini dapat terdiri dari beberapa fase: Pembentukan kompleks substrat (ES), dimana E=enzim, S=substrat Modifikasi dari substrat membentuk produk (P), yang masih terikat enzim (EP) Pelepasan produk dari molekul enzim
43
Company Logo

Ketiga fase tersebut dapat ditulis dengan persamaan reaksi:

E+S
k1 =

k1 k2

ES (v 3) E + P
o

[ES] [E] [S]

k3 =
44

[E] [P] [ES]


Company Logo

Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252

11

Enzyme Kinetics
Enzyme activity
Student A

Increase Substrate Concentration

80 60

Student B Student C

S + E P
(in a fixed period of time)

Score

Product

40 20 0

1 2 3 4 Exam Chapters

0 1 2 3 4 Substrate concentration

Meningkatnya konsentrasi enzim, perubahan aktivitas enzim


45
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

4
46

Substrate (mole)

Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

Essential of Enzyme Kinetics

Constant ES Concentration at Steady State S


Concentration

Steady State Theory

E +S

ES
47

E +P
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

ES
Reaction Time
48
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

12

An Example for Enzyme Kinetics (Invertase)


1) Use predefined amount of Enzyme E 2) Add substrate in various concentrations S (x ) 3) Measure Product in fixed Time (P/t) vo (y ) 4) (x, y) plot get hyperbolic curve, estimate Vmax 5) When y = 1/2 Vmax calculate x ([S]) Km
Direct plot Data
no

A Real Example for Enzyme Kinetics


Substrate Product Velocity Double reciprocal

1 2 3 4

[S] Absorbance v (mole/min) 0.21 0.42 0.25 0.36 0.72 0.50 0.40 0.80 1.0 0.46 0.92 2.0

1/S 4 2 1 0.5

1/v 2.08 1.56 1.35 1.16

Double reciprocal

1 vo
-1 Km 1 Vmax

Vmax vo
Juang RH (2004) BCbasics

(1) The product was measured by spectroscopy at 600 nm for 0.05 per mole (2) Reaction time was 10 min

1.0 v 0.5

2.0 1/v 1.0

-3.8
-2 0 2 4 1/[S] Company Logo

Double reciprocal 1/S

49

Km Direct plot S

0
50

Company Logo

[S]

-4

Enzyme Kinetics
Enzymes
S
20 15 v, mol/min v, mol/min 10 5 0 -5 -10 -50

kcat / Km

k1

k2

P
5 4 3 2 1

k-1

V [S] v = max Km + [S]

kcat
Turn over number

V [S] vo= max Km + [S]

Direct plot

Significance

zero order 1st order Observe vo change under various [S], resulted plots yield Vmax and Km E3 E2 E1

-Km, Vmax

k3 [Et]
0.5Vmax Activity Unit

Vmax
Maximum velocity

&

Km
Double reciprocal
Competitive

1 mole min
Specific Activity

Affinity with substrate

Non-competitive

0 -30 -10 10 [S], mM 30 50 0 10 20 30 [S], mM 40 50

unit mg

Activity

51

Eric Niederhoffer SIU-SOM

Bi-substrate reaction also follows M-M equation, but one of the substrate should be saturated when estimate the other
52

Uncompetitive
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

Company Logo

Juang RH (2004) BCbasics

1/2

1.0

Inhibition

13

Significance of Enzyme Kinetics

Km: Affinity with Substrate

Obtain

Vmax and Km

v0 = Vmax K

= k3 [Et] K

V [S] vo = max Km + [S]


Vmax S1
1/2
Proportional to enzyme concentration

vo =

Vmax [S] Km + [S]

If vo =
Vmax 2

Vmax 2

When using different substrate

zero order

Vmax [S] Km + [S]


Juang RH (2004) BCbasics

1st order [S] = Low High

E3 E2 E1

S2 S3

Km + [S] = 2 [S]
S1 S2 S3

[S] = Fixed concentration


53
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

Km

Affinity changes
54

Km = [S]
Company Logo

Km: Hexokinase Example

Turn Over Number, kcat

Glucose + ATP Glc-6-P + ADP


number CHO 1 H-C-OH 2 HO-C-H 3 H-C-OH 4 H-C-OH 5 6 H2-C-OH

Glucose

Allose
CHO H-C-OH H-C-OH H-C-OH H-C-OH H2-C-OH

Mannose Substrate
CHO HO-C-H HO-C-H H-C-OH H-C-OH H2-C-OH

E+S
When [substrate] is low

k1 k2

ES (v 3) E + P
o

When substrate excess, k3 = kcat, turn over number (t.o.n) (IV) Second order

vo =

Km =

8,000
55

5 M
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

k3 Vmax [S] k [E][S] [E][S] = 3 = Km + [S] Km + [S] Km


Omit the [substrate]
56

Start from M-M eq.

Substrate specificity
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics

14

Turn Over Numbers of Enzymes


Enzymes Catalase Carbonic anhydrase Acetylcholinesterase -Lactamase Fumarase Substrate
H2O2 HCO3Acetylcholine Benzylpenicillin Fumarate

Chymotrypsin Has Distinct kcat / Km to Different Substrates


O R O H3CCNCCOCH3 H H

kcat (s-1) 40,000,000 400,000 140,000 2,000 800 0.4 Glycine Norvaline Norleucine

R= H CH2CH2CH3 CH2CH2CH2CH3

kcat / Km
1.3 10-1 3.6 102 3.0 103 1.0 105 (M-1 s-1)
Company Logo 58 Adapted from Mathews et al (2000) Biochemistry (3e) p.379

RecA protein (ATPase) ATP

The number of product transformed from substrate by one enzyme molecule in one second
Company Logo 57 Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.263

Phenylalanine CH2

Enzyme Activity Unit Product [P]

S P mole
t vo = [P] / min Unit = mole/min
Specific Activity Units Activity = Protein (mg)

Slope tan LOGO 0 10 20 30 40


Juang RH (2004) BCbasics

suarsana65@yahoo.com

Reaction time (min)

y
59

y = tan x
Company Logo

60

15

You might also like