Professional Documents
Culture Documents
Pendahuluan
TOPIK
LOGO
Kinetika Reaksi Enzimatis Faktor yang mempengaruhi reaksi enzimatis Regulasi aktivitas enzim
Tujuan pembelajaran
PENDAHULUAN
Mengetahui klasifikasi, dan tata nama enzim Mengetahui mekanisme dan dasar kerja enzim Mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim Mengetahui hambatan kerja enzim Mengetahui peran enzim dalam diagnosis penyakit
1. 2. 3. 4.
Sel sebagai reaktor kimia Distribusi enzim dan struktur sel Enzim ekstrasel dan intrasel Perkembangan pengetahuan tentang enzim 5. Enzim dan penyakit
Company Logo
Company Logo
Sel sebagai reaktor kimia Sel makhluk hidup dengan ukuran sangat kecil dipandang sebagai reaktor kimia Sel pusat metabolisme energi Dalam sel reaksi berjalan tidak secara acak, tetapi sangat terarah Dalam sel terdapat suatu mekanisme dengan berbagai subsistem yang bekerja secara KHAS (SPESIFIK) yang memungkinkan makhluk hidup menghasilkan senyawa (produk) dengan berbagai tingkat kerumitan struktur molekul
Prokariotik
Eukariotik
Company Logo
Company Logo
Lisosom: enzim yang mengkatalis reaksi hidrolisis (ribonuklease, asam foafatase) Inti sel: enzim yang berperan dalam biosintesis asam nukleat (DNA, RNA) Sitoplasma: enzim glikolisis, glukonegenesis, sintesis asam lemak, Ribosom: enzim biosintesis protein Retikulum endoplasma: enzim sintesis lipid, sintesis steroid Membran plasma: enzim ATPase (sistem tranpor bergantung energi), transpor Na+, K+
8
Company Logo
Perkembangn Pengetahuan tentang enzim Manusia telah lama mengenal enzim: dalam bentuk pengetahuan praktis empiris dan disebarkan secara tradisional Mengolah bahan makanan dengan enzim Kebiasaan membuat minuman yang diragikan Pengolahan susu menjadi: yoghurt, koumis, kefir, keju dll. Pembuatana tape, tempe
10
Company Logo
Karakteristik dan sifat kimia dari enzim Awalnya diantara peneliti enzim, menggolongkan bahan ini kedalam PROTEIN ditentang keras. Pekelharing dan Ringer (1900):
Banyak kesamaan antara enzim dan protein (protein getah lambung dengan pepsin mempunyai sifat-sifat sama)
Summer (1926)
Kristal, sifat fisikokimia enzim urease sama dengan protein
12
Company Logo
Kalangan kedokteran dan kedokteran hewan: memanfaatkan pengetahuan enzim untuk tujuan DIAGNOSIS dan PENGOBATAN Wolgemuth (1908):
Enzim amilase dalam urine, meningkat jumlahnya pada radang pankreas
KLASIFIKASI ENZIM
Penggolongan dan tata nama enzim 1.Tata nama berdasarkan substrat Jika dikatalis adalah glukosa: enzim glukase 2.Tata nama berdasarkan jenis ikatan kimia substrat Jika dikatalis ikatan peptida: enzim peptidase Jika dikatalis ikatan ester: enzim esterease Jika dikatalis ikatan nukleotida: enzim nukleotidase 3.Tata nama berdasarkan jenis reaksi Untuk mengoksidasi glukosa: enzim glukosa oksidase Enzim yang mengkatalis pemindah gugus dinamai :
tranferase, contoh untuk memindahkan gugus NH2: enzim lebih khas dinamai: enzim amino transferase
15
Company Logo
16
Company Logo
Komisi International Union of Bhiocemistry (IUB), mengklasifikasikan enzim menjadi 6 kelas, didasarkan pada reaksi biokimia yang dikatalisnya: 1. Oksidoreduktase: mengkatalis reaksi oksidasi-reduksi Yang termasuk enzim ini dengan nama trivial: -dehidrogenase -reduktase -oksidase -hidroksilase -peroksidase -oksigenase
17
Company Logo
2.Transferase: mengkatalis pemindahan suatu gugus yang bukan H antara substrat dengan senyawa penerima gugus, seperti: -gugus beratom C 1 -gugus aldehid dan keton -gugus asil -gugus alkil -gugus nitrogen -gugus mengandung fosfat -gugus mengandung sulfur
18
Company Logo
Yang termasuk enzim transferase: a. amino transferase b. asil karnitin transferase c. transkarboksilase d. transaldolase dan transketolase e. glukokinase f. piruvatkinase
3. Hidrolase: mengkatalis reaksi hidrolisis yaitu pemutusan ikatan kovalen antara karbon dengan atom lainnya dengan penambahan air. Yang termasuk enzim ini: a. esterase b. amidase c. peptidase d. fosfatase e. glikosidase
Company Logo
19
20
Company Logo
4. Liase: mengkatalis reaksi pemecahan karbon-karbon, karbon-sulfur, dan karbonnitrogen Yang termasuk enzim ini: a. dekarboksilase b. aldolase c. sintase d. hidrase atau dehidratase e. deaminase f. nukleotida siklase
21
Company Logo
5. Isomerase: mengkatalis reaksi isomer, baik isomer optik, geometrik maupun isomer posisi. Yang termasuk enzim ini: a. epimerase b. rasemase c. mutase d. isomerase
22
Company Logo
23
Company Logo
24
Company Logo
Kata kunci definisi enzim: 1. Aktif 2. Katalis 3. Protein 4. Spesifik Penjelasan: Protein: semua enzim memiliki ciri dan sifat protein Katalis: selain mempunyai kemampuan mengubah suatu senyawa, juga kemampuan membawa atau memindahkan suatu senyawa dari suatu keadaan ke keadaan lain dengan cara yang sesifik
Interaksi yang spesifik dari enzim dengan suatu molekul tertentu dan menyebabkan pengaktifan molekul tersebut selanjutnya mengakibatkan perubahan struktur sehingga menimbulkan gagasan akan substrat. Substrat didefinisikan sebagai senyawa yang dikenali secara spesifik oleh enzim dan selanjutnya diaktifkan sehingga mengalami perubahan kimia
25
Company Logo
26
Company Logo
O O NCCNCC NCCNCC H R R
OC Ser
Active Site
28
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics
Chymotrypsin
cut at Trp, Phe, Tyr O O CNCCN C
Elastase
cut at Ala, Gly O O CNCCN CH3
Shallow and non-polar pocket
Karena enzim adalah protein maka kemampuan mengkatalis suatu reaksi erat hubungannya dengan struktur molekul protein tersebut
1. Tempat aktif Teori Interaksi antara enzimsubstrat dikenal sebagai Lock and Key Pada teori ini, substrat yang spesifik terikat pada daerah spesifik di molekul enzim. Daerah ini disebut: TEMPAT AKTIF, yaitu suatu tempat yang terdapat dalam enzim yang secara spesifik dapat mengenali dan mengikat substrat
Non-polar pocket
Active Site 29
Company Logo
30
Company Logo
31
Company Logo
32
Company Logo
Asp 102
1.Menarik dan mengorientasikan substrat kepada gugus spesifik pada molekul substrat yang disebut GUGUS KONTAK dengan cara yang spesifik pula 2.Ikut membentuk ikatan sementara dengan molekul substrat, yang selanjutnya terjadi polarisasi dan terjadi regangan pada ikatan di dalam molekul substrat sehingga mudah dipecah dan menghasilkan PRODUK. asam amino yang bertindak demikian yang terletak pada tempat aktif disebut: RESIDU KATALIK
33
Company Logo
His 57
O COH
H N C NH
Active Ser
- OCH
2
Asp 102
C C H CH2 His 57
34
Ser 195
Company Logo
Active Site
Asp 102 Cys 191 Thr 219 Cys 220
Pada umumnya terdapat 2 mekanisme kerja enzim mempengaruhi reaksi katalisis 1.enzim meningkatkan kemungkinan molekulmolekul yang bereaksi saling bertemu dengan permukaan yang saling berorientasi. Hal ini terjadi karena enzim mempunyai afinitas yang tinggi terhadap substrat dan kemampuan mengikatnya walaupun sementara
36
Company Logo
Specificity Site
Ser 218
35
Company Logo
Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.158
Tempat aktif suatu enzim dibentuk oleh residu asam amino yang mempunyai 2 fungsi:
O CO -
C C H CH2
2. Pembentukan ikatan yang sementara (non kovalen) antara substrat dengan enzim menimbulkan penyebaran elektron dalam molekul substrat dan penyebaran ini menyebabkan suatu regangan pada ikatan kovalen spesifik dalam molekul substrat sehingga ikatan kovalen tersebut menjadi mudah pecah
Reaksi enzimatis adalah reaksi terarah yang dapat digambarkan dalam urutan sbb. 1.terjadi mendekatnya gugus-gugus aktif dari kedua belah pihak, 2.terjadi pengkiblatan yang tepat dari elektron orbit gugus-gugus aktif, 3. jika 1 dan 2 tercapai, maka substrat diregang, disusul dengan transaksi proton sehingga terbentuklah senyawa baru [PRODUK], yang dilepaskan enzim. Enzim kembali kekeadaan semula dan dapat memulai lagi pekerjaanya.
38
Company Logo
37
Company Logo
N
Substrate peptide chain
H O2 1
C
O-
C
COO C-terminus
R
+Arg
His (196)
+ Zn
(145)
His (69)
Glu (72)
39
Company Logo
Secara umum proses katalis bukan enzim dapat dikelompokan ke dalam Katalisis oleh asam-basa (Acid-base catalysis). Katalisis kovalen (Covalent catalysis) Katalisis ion logam (Metal ion catalysis) Katalisis elektrostatis (Electrostatic catalysis)
40
Company Logo
10
Acid-Base Catalysis
Katalisis asam-basa: asam-basa mempunyai kemampuan katalisis dengan memberi elektron (asam) dan menerima elektron (basa) Katalisis logam-elektrostatis: katalisis seringkali melibatkan logam bekerja sama membentuk ikatan elektrostatis Katalisis kovalen:katalisis mellaui pembentukan ikatan kovalen sementara antara substrat dengan melekul katalis (ada gugus cenderung memberikan elektron ke gugud lain)
41
Company Logo
Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.167
Specific
Acid-base Catalysis O C H +
C H - O H H N H
+
N H
Acid catalysis
+ O C H
O C H H C
N H
N H
C O H H H Base catalysis
O C H
N H H O
Both
N C H O H H H O C
O C H
Slow
Fast
42
Fast
E+S
k1 =
k1 k2
ES (v 3) E + P
o
k3 =
44
Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.252
11
Enzyme Kinetics
Enzyme activity
Student A
80 60
Student B Student C
S + E P
(in a fixed period of time)
Score
Product
40 20 0
1 2 3 4 Exam Chapters
0 1 2 3 4 Substrate concentration
4
46
Substrate (mole)
E +S
ES
47
E +P
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics
ES
Reaction Time
48
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics
12
1 2 3 4
[S] Absorbance v (mole/min) 0.21 0.42 0.25 0.36 0.72 0.50 0.40 0.80 1.0 0.46 0.92 2.0
1/S 4 2 1 0.5
Double reciprocal
1 vo
-1 Km 1 Vmax
Vmax vo
Juang RH (2004) BCbasics
(1) The product was measured by spectroscopy at 600 nm for 0.05 per mole (2) Reaction time was 10 min
1.0 v 0.5
-3.8
-2 0 2 4 1/[S] Company Logo
49
Km Direct plot S
0
50
Company Logo
[S]
-4
Enzyme Kinetics
Enzymes
S
20 15 v, mol/min v, mol/min 10 5 0 -5 -10 -50
kcat / Km
k1
k2
P
5 4 3 2 1
k-1
kcat
Turn over number
Direct plot
Significance
zero order 1st order Observe vo change under various [S], resulted plots yield Vmax and Km E3 E2 E1
-Km, Vmax
k3 [Et]
0.5Vmax Activity Unit
Vmax
Maximum velocity
&
Km
Double reciprocal
Competitive
1 mole min
Specific Activity
Non-competitive
unit mg
Activity
51
Bi-substrate reaction also follows M-M equation, but one of the substrate should be saturated when estimate the other
52
Uncompetitive
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics
Company Logo
1/2
1.0
Inhibition
13
Obtain
Vmax and Km
v0 = Vmax K
= k3 [Et] K
vo =
If vo =
Vmax 2
Vmax 2
zero order
E3 E2 E1
S2 S3
Km + [S] = 2 [S]
S1 S2 S3
Km
Affinity changes
54
Km = [S]
Company Logo
Glucose
Allose
CHO H-C-OH H-C-OH H-C-OH H-C-OH H2-C-OH
Mannose Substrate
CHO HO-C-H HO-C-H H-C-OH H-C-OH H2-C-OH
E+S
When [substrate] is low
k1 k2
ES (v 3) E + P
o
When substrate excess, k3 = kcat, turn over number (t.o.n) (IV) Second order
vo =
Km =
8,000
55
5 M
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics
Substrate specificity
Company Logo Juang RH (2004) BCbasics
14
kcat (s-1) 40,000,000 400,000 140,000 2,000 800 0.4 Glycine Norvaline Norleucine
R= H CH2CH2CH3 CH2CH2CH2CH3
kcat / Km
1.3 10-1 3.6 102 3.0 103 1.0 105 (M-1 s-1)
Company Logo 58 Adapted from Mathews et al (2000) Biochemistry (3e) p.379
The number of product transformed from substrate by one enzyme molecule in one second
Company Logo 57 Adapted from Nelson & Cox (2000) Lehninger Principles of Biochemistry (3e) p.263
Phenylalanine CH2
S P mole
t vo = [P] / min Unit = mole/min
Specific Activity Units Activity = Protein (mg)
suarsana65@yahoo.com
y
59
y = tan x
Company Logo
60
15