Microbiology Respiratory system Normal Microbia of Respiratory System Sistem respiratory atas pasti terdapat bakteri, sedangkan pada

pada respiratory bawah pasti steril dari biota. Suppress pathogens by competitive inhibition in upper respiratory system Pharynx and trachea: bacterial in the normal oral cavity (e.g. & -hemolytic streptococci) Lower respiratory tract (small bronchi and alveoli) is usually sterile

Diseases Influenza 4A Flu burung 3b Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS) 3B SARS 3B Pertusis 4A Faringitis 4A Tonsilitis 4A Abses peritonsillar 3A Laringitis 4A Pseudo-croop acute epiglottitis 3A Trakeitis 2 Difteria (THT) 3B Bronkitis akut 4A Bronkioltis akut 3B Pneumonia, Bronkopneumonia 4A Tuberkulosis paru tanpa komplikasi 4A Tuberkulosis dengan HIV 3A

Multi drug resistance (MDR) TB 2 Asma bronkial 4A Penyakit paru obstruksi kronik (PPOK) eksaserbasi akut 3B Abses Paru 3A Influenza Inluenza A B C Orthomyxoviridae Enveloped, negative - sense, single stranded, segmented RNA genome Pada dasarnya influenza dengan flu burung adalah sama karena patologisnya disebabkan oleh virus Influenza merupakan suatu penyakit infeksi akut saluran pernapasan terutama ditandai oleh demam, gigil, sakit otot, sakit kepala, dan sering disertai pilek, sakit tenggorokan, dan batuk non produktif. Lama sakit berlangsung antara 2-7 hari dan biasanya sembuh sendiri Check Etiologi Virus influenza adalah virus RNA, termasuk famili Orthomyxovirus, berantai tunggal dan berbentuk heliks. Sesuai dengan antigen dasarnya dibagi menjadi tiga tipe yaitu A, B dan C. Virus ini dibagi menjadi beberapa subtipe berdasarkan antigen permukaannya yaitu hemaglutinin (H) dan neuraminidase (N). Tiga tipe hemaglutinin yang ada pada manusia (H1, H2, H3) berperan dalam penempelan virus pada sel. Dua tipe neuraminidase

(N1, N2) berperan dalam penetrasi virus ke dalam sel. Variasi kedua glikoprotein eksternal H dan N, adakalanya berubah secara periodik, hal ini menyebabkan perubahan antigenitas. Antigenic shift merupakan perubahan besar (major) salah satu antigen permukaan (H atau N), yang dapat menyebabkan pandemi. Antigenic drift merupakan perubahan kecil (minor) pada antigen permukaan yang timbul diantara major shift dan bisa dihubungkan dengan epidemi (Pickering dkk., 2000). Infuenza tipe A menyebabkan penyakit sedang-berat dan dapat menyerang semua umur. Virus ini menyerang manusia dan binatang lain, seperti babi dan burung. Influenza tipe B biasanya menyebabkan penyakit yang lebih ringan daripada tipe A, dan terutama menyerang anak-anak. Influenza tipe B lebih stabil daripada influenza tipe A, dengan sedikit antigenic drift dan menyebabkan imunitas yang cukup stabil. Virus ini hanya menyerang manusia. Influenza tipe C dilaporkan jarang menyebabkan sakit pada manusia, kemungkinan karena sebagian besar kasus bersifat subklinis dan tidak menyebabkan epidemi. Virus influenza mempunyai kemampuan untuk merubah antigen. Perubahan antigen ini sering terjadi pada influenza tipe A, tetapi kurang pada tipe B, dan tidak pernah pada tipe C. Perubahan ini terjadi pada antigen permukaannya yaitu H dan N. Terdapat dua macam mutasi tergantung besar atau kecilnya perubahan RNA, yaitu: Antigenic shift, hanya terjadi pada influenza tipe A; perubahan genetik yang besar dan mendadak pada HA dan/atau NA; tidak ada imunitas di masyarakat;

mengakibatkan pandemi setiap 10-40 tahun sekali. Antigenic drift, hanya terjadi pada influenza tipe A dan B; terjadi setiap 1 atau beberapa tahun dalam satu subtipe; mutasi pada asam amino RNA; tidak menghasilkan subtipe baru; dan dapat menyebabkan terjadinya epidemi. Nomenklatur untuk mendeskripsikan tipe virus influenza adalah berurutan sebagai berikut: (1) tipe virus, (2) tempat dimana virus pertama kali diisolasi, (3) nomor strain, (4) tahun isolasi, (5) subtipe virus

Clinical presentation Pada umumnya demam, sajut kepala, sakit otot, batuk, pilek, dan kadang-kadang sakit pada waktu menelan dan suara serak. Gejala dapat didahului oleh perasaan malas dan rasa dingin. Pada pemeriksaan fisik dapat ditemukan hiperemia ringan sampai berat pada selaput lendir tenggorok. Gejala akut akan berlangsung beberapa hari dan hilang dengan gejala spontan. Setelah episode sakit, dapat dialami rasa capek dan cepat lelah untuk beberapa waktu. Badan dapat mengatasi infeksi virus influenza melalui mekanisme produksi zat anti dan pelepasan interferon. Setelah sembuh akan terdapat resistensi terhadap infeksi virus yang homolog. DDx Diagnosis pasti influenza dapat diperoleh melalui isolasi virus maupun melalui pemeriksaan serologis. Treatment Medication (+vaccination)

Vaksin influenza yang tersedia di Amerika Serikat berisi virus influenza inaktif. Terdapat empat macam vaksin yaitu whole-killed virus, attenuated-live virus, split-virus dan disrupted-virus vaccine. Hanya vaksin disrupted dan split virus yang tersedia di Amerika Serikat. Vaksin ini disiapkan dengan menggunakan pelarut organik atau detergen. Split vaksin menyebabkan reaksi samping yang lebih sedikit dibandingkan whole-killed virus vaccine. Selama 20 tahun terakhir telah dikembangkan jenis vaksin lain yaitu cold attenuated live vaccine. Vaksin ini digunakan secara luas di Rusia untuk orang dewasa. Formula vaksin influenza diperbaharui tiap tahun sehingga perubahan komposisi dapat dilakukan menyesuaikan dengan antigenic shift dan antigenic drift. Saat ini vaksin influenza yang tersedia mengandung tiga virus inaktif yaitu dua tipe A (H3N2 dan H1N1) dan satu tipe B. Vaksin ini mengandung 15 ug antigen hemaglutinin masing-masing strain virus per 0,5 ml. Selain itu vaksin influenza juga mengandung thimerosal sebagai pengawet dan protein telur. Vaksin influenza yang tersedia di dunia ada dalam berbagai nama dagang antara lain Fluvax-CSL, Vaxigrip-AP, Fluarix-GSK, Fluvirin-Medeva Agripal-Chiron, sebagian sudah terdaftar di Indonesia.Terdapat dua tipe vaksin yang direkomendasikan oleh WHO, yaitu untuk belahan bumi Utara dan Selatan. Komposisi vaksin influenza utara dan selatan untuk musim influenza November 2003 - April 2004 (belahan bumi Utara) dan Mei 2003 - Oktober 2003 (belahan bumi Selatan) harus terdiri dari strain (H1N1)-like

virus, (H3N2)-like virus Komplikasi Komplikasi sering terjadi pada bayi, anak kecil, anak dengan risiko tinggi dan orang lanjut usia. Komplikasi yang paling sering adalah pneumonia, terutama pneumonia bakteri (karena Streptoccocus pneumoniae, Haemophilus infuenzae, atau Staphyloccus aureus). Pneumonia virus primer merupakan komplikasi yang jarang ditemui namun tingkat fatalitasnya tinggi. Sindrom Reye adalah komplikasi yang mungkin timbul pada anak yang mendapatkan asetosal, terutama berhubungan dengan influenza tipe B, ditandai dengan muntah yang berat dan penurunan kesadaran sampai koma karena edema otak. Komplikasi lain adalah miokarditis, perburukan bronkitis kronik dan penyakit paru kronik lainnya. Angka kematian adalah 0,51 per 1000 kasus. Sebagian besar kematian terjadi pada usia 65 tahun. Komplikasi Influenza: Lower Tract Acute Respiratory Distress Syndrome akibat primary influenza pneumonia Viral-bacteria Terjadi bersamaaan. Bacteria; Staphylococcus, Streptococcus Secondary bacterial pneumonia Jika virus patogen sudah tidak ada,namun masuk infeksi bakteri (Staphylococcus, Streptococcus) Extrapulmonary Viremia Sering pada influenza A, terjadi dengan sangat

singkat, dan mudah menyebar. Biasanya viremia ke hati, cor Myositis Cardiac involvement Reye Syndrome Terjadi pada kasus terapi influenza yang salah. Jika influenza terjadi pada kehamilan trimester 2 atau 3 tidak berbahaya bahaya bagi anak, tapi bahaya pada ibu yang sedang hamil karena dapat menyebabkan pneumonia pada ibu. Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS) Check: ILI, ARI, SARI Check: ARDS criteria, pathophysiology, etiology, risk, presentation, DDx, workup, treatment, medication ARI ( Acute febrile Respiratory Illness; demam > 380C dengan spektrum penyakit dari influenza-like ilness sampai pneumonia ILI ( Influenza-Like Illness; demam dnegan onset tiba-tiba >380C dan batuk atau sakit tenggorokan tanpa diagnosis lain SARI ( Severe Acute Respiratory Illness; ILI dan napas pendek / kesulitan bernapas dan butuh tindakan rumah sakit

SARS; Severe Acute Respiratory Syndrome (& MERS CoV) Biasanya disebabkan oleh virus Corona

Coronaviridae Enveloped, positive stranded RNA, single stranded Biasanya virus Corona tidak menyebabkan kematian, namun virus Corona penyebab SARS dan MERS dapat menyebabkan kematian. SARS dan MERS menular lewat kontak erat patogen lewat saluran pernapasan infeksius. Virus Corona masuk dendritik dan makrofag dapat tercerna. Sedangkan virus Corona penyebab MERS dan SARS tidak dapat tercerna, menjadi abortif dan terbawa dendritik serta makrofag Coronaviruses could be found in cats, mice, rats, turkeys, whales, & human >>> horseshoe bat? Check: Pathophysiology, Clinical presentation, DDx, Workup, Treatment, Medication Patogenesis dan patologi SARS secara klinis lebih banyak melibatkan saluran napas bagian bawah, dibandingkan dengan saluran napas bagian atas. Pada saluran napas bawah, sel-sel asinus adalah sasaran yang lebih banyak terkena daripada trakea ataupun bronkus. Menurut hasil pemeriksaan post mortem, diketahui bahwa SARS memiliki 2 fase di dalam patogenesisnya. Fase awal terjadi selama 10 hari pertama penyakitnya. Pada fase awal terjadi proses akut yang mengakibatkan diffuse alveolar damage yang eksudatif, dengan ciri adanya infiltrasi dari campuran sel-sel inflamasi serta edema dan pembentukan membran hialin. Fase selanjutnya dimulai setelah tepat 10 hari

perjalanan penyakit dan ditandai dengan perubahan pada DAD eksudatif menjadi DAD yang terorganisir. Pada periode ini, terdapat metaplasia sel epitel skuamosa bronkial, bertambahnya ragam sel dan fibrosis pada dinding dan lumen alveolus. Tampak dominan pneumosit tipe 2 dengan pembesaran nukleus, serta nukleoli yang eosinofilik. Seringkali ditemukan sel raksasa dengan banyak nukleus di dalam rongga alveoli. Manifestasi klinis Gejala prodromal; SARS memiliki masa inkubasi antara 1-14 hari dengan rata-rata waktu sekitar 4 hari. Gejala prodromal dimulai dari gejala infeksi sistemik yang tidak spesifik seperti demam, myalgia, menggigil dan rasa kaku-kaku di tubuh, batuk non-produktif, nyeri kepala dan pusing Manifestasi pernapasan; gejala berupa batuk kering dan biasanya pasien merasa sesak ketika batuk. Pada auskultasi sering didapatkan ronki di basal paru. Mengi biasanya tidak ditemukan. Sekitar akhir minggu pertama dan awal minggu kedua, gejala-gejala tersebut dapat mengalami perburukan. Pada pencitraan, terdapat konsolidasi ruang udara yang fokal dan unilateral pada tahap awal penyakit yang kemudian segera berlanjut menjadi multifokal dan semakin meluas. Gambaran CT-scan toraks menunjukkan gambaran bronchiolitis obliterans organizing pneumonia, yaitu suatu penyakit yang diperantarai oleh sistem imunitas dan bersifat responsif terhadap terapi kortikosteroid. Penyebab kematian pada SARS adalah ARDS berat, kegagalan fungsi multiorgan, infeksi sekunder dan

septikemia, serta komplikasi tromboembolik. Manifestasi pencernaan; diare. Pada SARS diare umumnya swasirna (self limiting), sehingga belum pernah ditemukan kasus SARS yang meninggal karena diare. Manifestasi hematologis; Limfopenia (<1000/mm3 ) dan lebih sering mencapai kadar terendah pada minggu kedua. Peningkatan kadar limfosit biasanya pada minggu ketiga. Juga bisa ditemukan adanya leukositosis, trombositopenia, trombosis vena. Manifestasi hati; peningkatan SGPT Manifestasi kardiovaskuler; jarang ditemukan, biasanya tidak memerlukan pengobatan dan berdifat asimtomatik. Manifestasi neurologis; defisit neurologis fokal tidak pernah ditemukan, sementara pada CT-scan dan MRI tidak didapatkan gambaran abnormalitas struktur. Manifestasi atipik; SARS dapat memberikan gejala-gejala yang atipik terutama pada pasien usia lanjut dan pasien-pasien imunokompromais, sehingga diagnosis SARS semakin sulit ditentukan. Contohnya demam tinggi yang naik turun. Penatalaksanaan Pedoman penatalaksanaan terapi SARS yang diterbitkan oleh departemen kesehatan: 1. Suspek SARS a. Observasi 2 x 24 jam, perhatikan: Keadaan umum Kesadaran Tanda vital (tekanan darah, nadi, frekuensi napas, suhu) b. Terapi suportif

c. Antibiotik: amoksilin atau amoksilin + anti laktamase oral ditambah makrolid generasi baru oral (roksitromisin, klaritomisin, azitromisin) 2. Probable SARS a. Ringan/sedang Terapi suporti Antibiotik Golongan betalaktam + antibelaktamase ditambahmakrolid generasu baru secara oral Atau Sefalosporin generasi ke-2 atau ke-3, ditambah makrolid generasi baru Atau Fluorokuinolon respirasi: moxifloxacin, levofloxacin, gatifloxacin b. Berat Terapi suportif Antibiotik a. Tidak ada faktor risiko infeksi pseudomonas: sefalosporin generasike-3 non pseudomonas ditambah makrolid

generasi baru atau fluorokuin respirasi b. Ada faktor risiko infeksi pseudomonas: sefalosporin anti pseudomonas/aminogliko sida ditambah makrolid generasi baru c. Kortikosteroid. Hidrokortison 4mg/kg BB tia p8 jam d. Ribavirin Keterangan: Kriteria pneumonia berat: o Frekuensi napas >. 30 kali/menit o PaO2 / FiO2< 250 mmHg o Foto toraks paru kelainan bilateral o Foto toraks paru melibatkan lebih dari 2 lobus o Tekanan sistolik < 90 mmHg o Tekanan diastolik < 60 mmHg Risiko infeksi pseudomonas o Bronkiektasis o Pengobatan kortikosteroidlebih dari 10 mg/hari o Pengobatan antibiotik spektrum luas lebih dari 7 hari pada bulan terakhir o Gizi kurang Pertusis ( whooping cough) Bordetella Pertussis Gram negative coccobacillus (pleomorphic) Capsule

 Check: Pertussis Toxin Pertusis menular melalui droplet yang nantinya merusal silia epitel saluran pernapasan. Komplikasi: a. Pneumonia b. Cerebral hemorrhage c. Coma and death Pharyngitis Viral > bacterial >>> most self-limiting Directly invade the pharyngeal mucosa >>> local inflamatory response Disebabkan oleh Rhinovirus dan Coronavirus Rhinovirus tidak memiliki envelope, sangat stabil di lingkungan dalam hitungan minggu Rhinovirus sering menyebabkan common cold Common cold tidak bisa dicegah dengan konsumsi vit.C tetapi dapat dicegah dengan cuci tangan dan menggunakan masker Criteria centor digunakan untuk mengetahui penyebab pharyngitis dan beda group A beta hemolytic streptococcus Bakteri penyebab pharyngitis: M.pneumoniae,C.pneumoniae,N.gonorrhoea Virus: adenoherpes simplex,CMV, HIV-I

Streptococcal pharyngitis Strep throat oleh Streptococcus pyogens

Resisten terhadap fagositosis, hasilkan toksin, M.protein group A beta hemolytic streptococcal. Menyebabkan scarlet fever

Tonsilitis dan peritonsillar abses Inflamasi tonsil pharyngeal Lingual tonsillitis: at the tongue base Cari perbedaan Tonsilitis kronis recurrens

dan

Peritonsillar polymicrobial predominant o anaerob o organisme aerob: GABHS (Group A beta H.Streptococcus), S.aureus, H influenza o virus: Herpes simplex type 1 &2,epsteiin barr,cytomegalovirus o bakteri: anaerobic bakteria, Neisseria gonorrhoea laryngitis & psuedo-croup & acute epiglottis laryngitis: biasanya disebabkan olehvocal misuse,infeksi saluran napas atas virus lebih sering menyebabkan laryngitis dibandingkan bakteri THT: pseudo-croup acute epiglottis & tracheitis Difteria (THT) Oleh Corynebacterium diphteriae

o Non encapsulated, non motile, gram (+) bacillus o Gravis, intermedius,mitis, dan ulcerans o Menghasilkan toksin (eksotoksin) untuk reaksi inflamasi o Sangat infeksius o Diphteriae membran: fibrin, tissue, bacterial cell o Membran sangat infeksius karena mengandung banyak bakteri Bronkitis akut Oleh influenza A, B, parainfluenza, Chlamydia, Corona, Adenovirus, Rhinovirus, Mycoplasma, Streptococcus, Bordetella pertusis Komplikasi: o Superinfeksi bacterial o Pneumonia o Chronis bronchitis o Reactive airway disease o Hemoptysis Bronchiolitis acute Pada anak < 2 tahun (biasanya 3-6 bulan) Oleh viral infeksi: o RSV( &HMPV): paramyxoviridae, enveloped, nonsegmented), negative stranded RNA o HPIV, Adenovirus, Rhinovirus, Influenza A o Pada anak < 2 tahun kena

bronchiolitis bisa meninggal Pneumonia, bronkopneumonia Gram + dan gram Anaerob & atipic Virus adenovirus, corona, influenza,HPIV, RSV Virus pharyngitis bisa ke bronko Criteria pneumonia: o Community acquired o Institutional o Noocomial o Hospital acquired o Ventilator associated TBC, multi drug resisten, HIV/TBC Buka aidsinfo.nih.gov/guidelines Abses Paru Paling sering anaerob, yang sama denagn anaerob mulut Lemierre syndrom Sama dengan cavum oris, parasit dan jamur bisa sebabkan abses paru Untuk virus, tidak boleh dengan kapas tapi swap khusus