Fungsi Organel-organel Sel a. Membran Plasma Tersusun atas lemak (lipid) dan protein (lipoprotein).

Fungsi: melindungi sel, mengatur keluar masuknya zat dan sebagai penerima rangsang dari luar sel. b. Sitoplasma Tersusun atas: - cairan: sitosol - padatan: berupa organela-organela Fungsi: tempat berlangsungnya reaksi metabolisme sel. c. Nukleus Merupakan organel terbesar, berbentuk bulat, membran rangkap. Di dalam nukleus terdapat nukleoplasma, yang terdiri atas benang kromatin yang tersusun atas DNA, RNA dan protein. Selain itu terkadang terbentuk nukleolus Fungsi: pengendali seluruh aktivitas sel, pengatur pembelahan sel dan pembawa informasi genetik. d. Sentriol Hanya dimiliki sel hewan. Fungsi: menarik kromosom menuju ke kutub. e. Retikulum Endoplasma (RE) Berbentuk benang-benang jala meliputi: - RE kasar: terdapat ribosom, bfungsi utk transpor & sintesis protein. - RE halus: tdk tdpt ribosom, bfungsi utk transpor & sintesis lemak & steroid. f. Ribosom Tersusun dr protein & RNA, bbentuk bulat & tdk bmembran. Fungsi: tempat blangsungnya sintesis protein. g. Kompleks Golgi Terdiri atas membran bbentuk kantong pipih. Pd sel tumbuhan, kompleks golgi disebut diktiosom. Fungsi: sekresi polisakarida, protein & lendir (musin). h. Lisosom Merupakan membran bbentuk kantong kecil bisi enzim hidrolitik yg bfungsi dlm pencernaan intrasel. Fungsi lain: - mencerna materi yg diambil secara endositosis. - menghancurkan organela sel lain yg sudah tdk bfungsi (autofage). - menghancurkan selnya sendiri (autolisis). i. Mitokondria Memiliki membran rangkap (luar & dlm). Membran dlm berlekuk-lekuk membentuk krista. j. Mikrotubulus Tersusun atas protein tubulin Fungsi: punyusun spindel, sentriol, silia & flagela. k. Mikrofilamen Tersusun atas protein aktin. Fungsi: dlm gerakan sel, sitoplasma, kontraksi otot & pembelahan sel.

l. Dinding Sel Tersusun atas protein selulose, hemiselulose, pektin & lignin. Fungsi: memberi bentuk sel, melindungi bagian sebelah dlm, & mengatur transportasi zat. m. Badan mikro Terdiri: - Peroksisom: mengandung enzim katalase. - Glioksisom: mengandung enzim katalase & oksidase. n. Plastida Organela yg mengandung pigmen, meliputi: - Kloroplas: plastida yg mengandung pigmen klorofil/hijau. - Kromoplas: plastida yg mengandung pigmen merah, jingga, kuning. - Leukoplas: plastida yg tdk mengandung pigmen. o. Vakuola Vakuola sel tumbuhan bsifat menetap. Fungsi: tmpt menyimpan cadangan mkanan, pigmen, minyak atsiri & sisa metabolisme.

Source:
http://y0645.wordpress.com/2009/07/23/or...

Organel sel Hewan dan Fungsinya: 1. Membran Plasma Tersusun atas lemak (lipid) dan protein (lipoprotein). Fungsinya yaitu: melindungi sel, mengatur keluar masuknya zat dan sebagai penerima rangsang dari luar. 2. Cilia Cilia (tunggalnya cilium) dan flagela (tunggalnya flagelum) adalah alat atau mesin pergerakan sel, yang muncul dari suatu sel tertentu. Cilia dalam satu sel jumlahnya biasanya banyak, ukurannya pendek, sedangkan flagela biasanya tunggal atau sedikit jumlahnya dan ukurannya bisa panjang.Baik cilia atau flagela tersusun atas bagian tengah atau pusat mikrotubul dobel dikelilingi oleh 9 mikrotubul dobel. Oleh karena itu susunan cilia atau flagela sering disebut struktur atau pola 9+2 disebut struktur azoneme. Mikrotubul pada cilia dan flagela bertindak sebagai pendukung sekaligus alat pergerakan ketika organel cilia dan flagela bergetar. Pergerakan organel itu disebabkan karena mikrotubul penyusunnya berlekuk. 3. Retikulum endoplasama Yaitu struktur berbentuk benang-benang yang bermuara di inti sel. Dikenal dua jenis RE yaitu : RE. Granuler (Rough E.R) RE. Agranuler (Smooth E.R) Fungsi R.E. adalah : sebagai alat transportasi zat-zat di dalam sel itu sendiri. Struktur R.E. hanya dapat dilihat dengan mikroskop elektron. 4. Mitokondria Struktur berbentuk seperti cerutu ini mempunyai dua lapis membran. Lapisan dalamnya berlekuk-lekuk dan dinamakan Krista Fungsi mitokondria adalah sebagai pusat respirasi seluler yang menghasilkan banyak ATP (energi). karena itu mitokondria diberi julukan The Power House. Mitokondria (bentuk tunggalnya adalah mitokondrion) adalah organel yang mengubah energi kimia menjadi energi yang lain.

5. Mikrofilamen Mikrofilamen Seperti Mikrotubulus, tetapi lebih lembut. Terbentuk dari komponen utamanya yaitu protein aktin dan miosin (seperti pada otot). Mikrofilamen berperan dalam pergerakan sel.k. Peroksisom (Badan Mikro)Ukurannya sama seperti Lisosom. Organel ini senantiasa berasosiasi dengan organel lain, dan banyak mengandung enzim oksidase dan katalase (banyak disimpan dalam sel-sel hati). 6. Lisosom LisosomFungsi dari organel ini adalah sebagai penghasil dan penyimpan enzim pencernaan seluler. Salah satu enzimnya itu bernama Lisozym. 7. Peroksisom Ukurannya sama seperti Lisosom. Organel ini senantiasa berasosiasi dengan organel lain, dan banyak mengandung enzim oksidase dan katalase (banyak disimpan dalam sel-sel hati). 8. Ribosom Ribosom (Ergastoplasma)Struktur ini berbentuk bulat terdiri dari dua partikel besar dan kecil, ada yang melekat sepanjang R.E. dan ada pula yang soliter. Ribosom merupakan organel sel terkecil yang tersuspensi di dalam sel. Fungsi dari ribosom adalah : tempat sintesis protein. Struktur ini hanya dapat dilihat dengan mikroskop elektron. 9. Sentriol/sentrosom Struktur berbentuk bintang yang berfungsi dalam pembelahan sel(Mitosis maupun Meiosis). Sentrosom bertindak sebagai benda kutub dalam mitosis dan meiosis. Struktur ini hanya dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop elektron. 10. Mikrotubulus MikrotubulusBerbentuk benang silindris, kaku, berfungsi untuk mempertahankan bentuk sel dan sebagai rangka sel. Contoh organel ini antara lain benang-benang gelembung pembelahan Selain itu mikrotubulus berguna dalam pembentakan Sentriol, Flagela dan Silia. 11. Apparatus golgi Badan Golgi (Apparatus Golgi = Diktiosom)Organel ini dihubungkan dengan fungsi ekskresi sel, dan struktur ini dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop cahaya biasa.Organel ini banyak dijumpai pada organ tubuh yang melaksanakan fungsi ekskresi, misalnya ginjal. 12. Nukleus Inti Sel (Nukleus)Inti sel terdiri dari bagian-bagian yaitu : Selapue Inti (Karioteka) Nukleoplasma (Kariolimfa) Kromatin / Kromosom Nukleolus(anak inti).Berdasarkan ada tidaknya selaput inti kita mengenal 2 penggolongan sel yaitu : Sel Prokariotik (sel yang tidak memiliki selaput inti), misalnya dijumpaipada bakteri, ganggang biru. Sel Eukariotik (sel yang memiliki selaput inti). Fungsi dari inti sel adalah : mengatur semua aktivitas (kegiatan) sel, karena di dalam inti sel terdapat kromosom yang berisi ADN yang mengatur sintesis protein. 13. Vakuola Vakuola organel mempunyai bentuk, ukuran, dan fungsi berbeda-beda. Fungsi vakuola berhubungan dengan fungsi lisosom. Pada sel tanaman vakuola pusat berfungsi sebagai tempat penyimpanan, berperanan dalam pertumbuhan sel dan berfungsi sebagai lisosom besar. Pada protista vakuola kontraktil berfungsi sebagai pengatur air. Organela sel pada tumbuhan sebagian besar sama dengan organela pada hewan, hanya saja ada beberapa perbedaan diantaranya dinding sel, kloroplas dan plasmodesmata berbeda dengan sel hewan. Namun ada juga organel seperti lisosom dan sentriol hanya terdapat pada hewan.

Struktur Sel Tumbuhan

Adapun organela tumbuhan yang berbeda dengan hewan akan dijelaskan sebagai berikut: 1. Dinding Sel Dinding sel hanya ditemukan pada sel tumbuhan, sehingga sel tumbuhan bersifat kokoh dan kaku atau tidak lentur seperti sel hewan. Dinding sel tumbuhan banyak tersusun atas selulosa, suatu polisakarida yang terdiri atas polimer glukan (polimer glukosa). Dinding sel tumbuhan berfungsi untuk melindungi, mempertahankan bentuknya serta mencegah kehilangan air secara berlebihan. Adanya dinding sel yang kuat, menyebabkan tumbuhan dapat berdiri tegak melawan gravitasi bumi. Beberapa senyawa penyusun dinding sel, antara lain:

a. Hemiselulosa
Hemiselulosa merupakan polisakarida yang tersusun atas glukosa, xilosa, manosa dan asam glukoronat. Di dalam dinding sel, hemiselulosa berfungsi sebagai perekat antar mikrofibril selulosa.

b. Pektin
Pektin merupakan polisakarida yang tersusun atas galaktosa, arabinosa, dan asam galakturonat.

c. Lignin
Lignin hanya dijumpai pada dinding sel yang dewasa dan berfungsi untuk melindungi sel tumbuhan terhadap lingkungan yang tidak menguntungkan.

d. Kutin
Kutin merupakan suatu selubung atau lapisan pada permukaan atas daun atau batang dan berfungsi untuk mencegah dehidrasi akibat penguapan dan melindungi kerusakan sel akibat patogen dari luar.

e. Protein dan lemak

Di dalam dinding sel ditemukan dalam jumlah yang sedikit. 2. Kloroplas Kloroplas merupakan organel sel bermembran yang hanya ditemukan pada sel tumbuhan.

Organel ini mengandung pigmen fotosintesis yang mampu melangsungkan proses fotosintesis, sehingga tumbuhan digolongkan sebagai produsen karena kemampuannya menghasilkan makanan sendiri. Kloroplas merupakan plastida yang mengandung klorofil Plastida pada sel tumbuhan ada bermacam-macam dengan fungsi yang berbeda -beda, Pada umumnya diberi nama sesuai dengan fungsinya, kandungan pigmen Iainnya, adalah amiloplas, leukoplas, kromoplas, dan sebagainya. Organel ini hanya ditemukan pada sel tumbuhan atau organism autotrof uniseluler. Pada organel ini, proses fotosintesis berlangsung sehingga organisme yang memiliki kloroplas digolongkan pada organisme autorof, karena kemampuannya dalam menghasilkan makanan sendiri. Bentuk, ukuran dan jumlah kloroplas untuk tiap sel organisme autorof berbeda-beda. Ada yang berbentuk pita, mangkuk, cakram, dan bentuk bentuk lainnya. Lebar rata-rata kloroplas adalah 2 4 mikrometer dan panjangnya antara 5-10 mikrometer. jumlah kloroplas juga tergantung dari spesiesnya, misalnya Ricinus comunis dapat mencapai 400.000 kloroplas per mm2 luas daun. 3. Plasmodesmata Plasmodesmata merupakan bentuk hubungan atau komunikasi antar sel satu dengan sel tetangganya yang terjalin karena adanya juluran membrane retikulum endoplasma sel yang satu ke sel lainnya melalui suatu celah khusus yang terbentuk di antara kedua sel yang berhimpitan. Plasmodesmata hanya terdapat pada tumbuhan.

Biokimia

Rabu, 16 September 2009

Pengantar Biokimia
PENGANTAR BIOKIMIA Apabila kita mengambil satu sendok gula dan melarutkan dalam air panas kemudian kita menambahkan satu saset teh celup maka akan terjadi reaksi kimia dalam gelas. Air akan berubah warna, bau bahkan rasanya. Reaksi kimia tersebut sangat dipengaruhi oleh suhu, tekanan (ketika kita mengaduk dengan sendok) dan perbandingan volume zat yang bereaksi. Reaksi kimia yang terjadi dalam sistem makluk hidup yaitu pada tingkat seluler merupakan kajian dari biokimia. Tentunya reaksi kimia yang terjadi dalam sistem seluler (makhluk hidup) sangat berbeda dengan reaksi kimia antara gula, air dan teh diatas yang berlangsung pada sebuah gelas.

Biokimia dapat didefinisikan sebagai ilmu yang mengkaji dasar kimia dari kehidupan. Proses-proses kimia kehidupan berlangsung pada suatu unit dasar kehidupan yang disebut sel. Biokimiawan juga menjelaskan biokimia sebagai sains yang memfokuskan kajian pada konstituen kimia dari sel hidup, reaksi dan proses-proses yang berlangsung dalam sel. Dari definisi ini maka dapat dimengerti biokimia adalah mencakup wilayah yang luas termasuk biologi sel, biologi molekuler dan genetika molekuler. Biokimia adalah ilmu yang mempelajari proses-proses/reaksi kimia yang berlangsung dalam sel. Bila reaksi yang terjadi dalam pembuatan teh manis di atas berlangsung pada suatu sistem (gelas) yang tidak hidup maka biokimia adalah reaksi yang berlangsung pada suatu sistem yang hidup (dalam sel). Karena berlangsung dalam sistem yang hidup maka reaksi yang terjadi bersifat dinamis. Tentunya dalam pembuatan teh manis reaksi yang terjadi hanya dipengaruhi oleh faktor-faktor fisik sajaantara lain oleh : suhu, volume pelarut, tekanan (mis: proses pengadukan dengan sendok). Tidak dengan dengan reaksi yang berlangsung dalam sistem makhluk hidup yaitu sel. Selain dipengaruhi oleh faktor fisik tersebut juga dipengaruhi oleh pH, mekanisme selektifitas sel (membran sel), homeostasis (pada hewan) dan terutama keterlibatan biokatalisator yaitu enzim. Reaksi biokimia sangat unik, spesifik, terorganisasi dan terkontrol. Misalnya Pertama : sel tidak akan menguraikan glukosa untuk melepaskan energi dalam bentuk ATP apabila konsenterasi ATP sel cukup untuk aktivitas seluler. Kedua : karena melibatkan multienzim dan interkoneksi antar senyawa maka enzim dapat diregulasi/diatur. Artinya suatu produk metabolisme dapat tidak terbentuk jika suatu enzim kunci dihambat aktivitasnya. Ketiga: reaksi kimia dalam sel dikontrol melalui mekanisme molekuler yaitu melibatkan proses biosignaling dan ekspresi genetik dimana inti sel meregulasi proses seluler yang terjadi termasuk reaks-reaksi biokimia. Enzim sebagai bentuk protein fungsional diekspresikan melalui mekanisme signaling, transkripsi dan translasi yang melibatkan RNA. Sebagai contoh pada bakteri apabila media tumbuh tidak tersedia glukosa sebagai sumber karbon dan energi dan hanya tersedia laktosa maka senyawa ini akan menginduksi sistem ekspresi gen pada bakteri; bukan enzim heksokinase yang akan disintesis sebaliknya enzim -galaktosidase untuk menguraikan laktosa menjadi glukosa dan galaktosa dalam rangka menghasilkan energi seluler dan sumber karbon bagi bakteri. Jadi dapat disimpulkan regulasi/pengaturan reaksi biokimia terdiri atas : regulasi metabolik dan regulasi tingkat molekuler. DASAR MEMPELAJARI BIOKIMIA Dari penjelasan di atas maka yang menjadi dasar dalam mempelajari biokimia adalah pengetahuan tentang : Biologi Umum, Kimia Organik, Fisika, Biologi Sel dan Genetik Dasar. Biokimia modern menjelaskan struktur, organisasi dan fungsi materi kehidupan dalam aras molekuler. Dibagi dalam tiga prinsip yaitu : 1. Struktur kimia dari komponen makluk hidup dan hubungan antara fungsi biologis dan struktur kimia. 2. Metabolisme keseluruhan proses reaksi kimia yang terjadi dalam makhluk hidup. 3. Proses kimia dan substansi yang menyimpan serta mentransmisi informasi biologis. Akar dari perkembangan Biokimia mulai sekitar abad 19 dipelopori oleh Friedrich Wohler. Pada saat itu ia mempercayai bahwa substansi dalam makluk hidup secara kualitatif berbeda dengan substansi pada benda tidak hidup. Pada tahun 1828 Wohler menunjukkan bahwa urea suatu substansi yang berasal dari makluk hidup dapat disintesis di laboratorium dari komponen inorganik amonium sianat. Kromosom ditemukan pada tahun 1875 oleh Walter Flemming dan diidentifikasi sebagai elemen genetik tahun 1902. Perkembangan mikroskop antara tahun 1930-1950, memberikan banyak temuan struktur

seluler yang baru. Dengan organela subseluler seperti mitokondria dan kloroplas dapat dipelajari hal ini menyatakan bahwa proses biokimia spesifik berlokasi pada kompartemen (organela) subseluler ini. Asam nukelat diidentifikasi pada tahun 1869 oleh Friedrich Miescher tetapi struktur kimia masih kurang dimengerti, dan kemudian pada awal tahun 1900-an mereka menemukan substansi sederhana, yang hanya berperan dalam sel. Ide tentang gen, suatu unit informasi herediter pertama dikemukakan pada pertengahan abad ke 10 oleh Greoger Mendel. Pada tahun 1900, biologiwan menyatakan bahwa gen ditemukan dalam kromosom yang disusun oleh protein dan asam nukelat. Kebanyakan biokimiawan percaya bahwa hanya protein yang memiliki struktur cukup kompleks untuk membawa informasi genetik. Hal ini menjadi terbukti salah ketika tahun 1940 dan awal tahun 1950 ditemukan struktur deoxyribonucleic acid (DNA) sebagai pembawa informasi genetik. Salah satu penemuan penting dalam sejarah sains terjadi tahun 1953 ketika James Watson dan Francis Crik menemukan struktur double helix dari DNA. Konsep ini memberikan penjelasan bagaimana informasi genetik dikode dalam struktur molekul dan meneruskannya dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Perkembangan sejarah Biokimia, Biologi molekuler, Biologi Sel dan Genetika berhubungan erat (gambar 1).

Dari gambar diatas dapat disimpulkan terdapat keterkaitan antara perkembangan biokimia, biologi sel dan genetika. Saat ini ketiga bidang tersebut membentuk suatu disiplin ilmu baru yaitu biologi molekuler. Perbedaan antara biologi molekuler dan biokimia belum jelas karena kedua disiplin ini mempelajari tentang kehidupan ditinjau dari aras molekuler. Biokimia dibentuk dari tema-tema utama yaitu : 1. Kimia organik yang menjelaskan tentang properti dari biomolekul 2. Biofisik yang menerapkan teknik fisika untuk mempelajari struktur biomolekul 3. Penelitian medis yang meningkatkan pemahaman kita tentang keadaan suatu penyakit dalam aras molekuler 4. Nutrisi, yang menerangkan metabolisme dengan menjelaskan makanan yang dibutuhkan untuk menjaga kesehatan tubuh 5. Mikrobiologi yang menunjukkan organisme sel tunggal dan virus melakukan proses-proses biokimia, mempelajari berbagai lintasan metabolisme dengan mudah dan mekanisme regulasi metabolisme. 6. Fisiologi yang melakukan penyelidikan tentang proses kehidupan pada jaringan dan level organisme 7. Biologi sel yang menjelaskan divisi biokimia yang bekerja dalam sel 8. Genetika yang menjelaskan mekanisme ysng ada pada suatu sel organisme dan identitas biokimianya. TUJUAN BIOKIMIA ADALAH UNTUK MENJELASKAN PROSES KIMIA DALAM SEL HIDUP DALAM BASIS MOLEKULER Tujuan utama dari biokimia adalah mengerti secara lengkap, pada tingkat molekuler, semua proses kimia yang berlangsung dalam sel makluk hidup. Untuk mengerti proses-proses tersebut maka para biokimiawan mengisolasi sejumlah molekul yang ditemukan di dalam sel, mengidentifikasi, menentukan strukturnya dan menganalisa bagaimana mereka berfungsi. MANFAAT MEMPELAJARI BIOKIMIA Mempelajari biokimia sama halnya dengan mempelajari proses-proses yang terjadi dalam tubuh

manusia, hewan dan tumbuhan juga bakteri. Setiap hari manusia membutuhkan makanan dan minuman, apabila sakit sering mengkonsumsi obat. Begitu juga tumbuhan dapat memanfaatkan energi foton dari cahaya matahari dan berlangsung pada pada organel fotosintetik mentransformasi CO2 yang sebenarnya adalah sisa metabolisme hewan menjadi bentuk karbohidrat. Mempelajari biokimia berarti memahami proses-proses tersebut di atas. Bagaimana nasib makanan yang kita makan? Bagaimana tumbuhan membuat makanan bagi hewan dan manusia? Bagaimana makanan menghasilkan energi untuk sel sehingga proses kehidupan dapat berlangsung? Apa yang terjadi jika senyawa/molekul asing bagi tubuh (xenobiotik) sampai masuk ke sistem seluler? Dan banyak pertanyaan lainnya. Mempelajari biokimia akan membawa kita pada suatu dimensi yang terjadi pada sistem seluler dan molekuler makhluk hidup yang tidak kelihatan tetapi dampaknya kelihatan. Kita akan lebih menghargai dan mengagumi betapa Agungnya Pencipta kehidupan di bumi. 1.1. KONSEP TENTANG SEL SEBAGAI DASAR BIOKIMIA Kesatuan dan keragaman makluk hidup menjadi tidak terpisahkan dalam tingkat seluler. Organisme paling sederhana terdiri atas satu sel dan mikroskopik. Organisme yang lebih besar, multiseluler tersusun atas banyak sel dengan karakteristik berbeda dalam hal jenis, ukuran dan fungsi spesialisasinya. Terlepas dari berbagai jenis, ukuran dan fungsi. Semua sel memiliki aktivitas dasar yang sama pada level biokimia. A. Sel adalah unit struktural dan fungsional semua makluk hidup Semua sel umumnya memiliki struktur dasar yang sama. Semua sel memiliki nukleus, membran plasma dan sitoplasma. Membran plasma adalah bagian paling tepi dari sel yang memisahkan sel dengan lingkungan atau dengan sel tetangga dalam satu jaringan. Membran plasma tersusun atas biomolekul seperti lipid, protein dan karbohidrat. Interaksi struktural dari biomolekul tersebut memberikan fungsi spesifik pada membran sel antara lain bersifat selektif permiabel, terdiri atas lapisan (bilayer) dan memiliki barir hidrofobik. Fungsi membran yang sangat penting adalah transport substansi dari luar ke dalam sel. Transport membran menjadi suatu topik penting dalam biokimia yang perlu dibahas tersendiri. Sitoplasma adalah volume yang diselaputi oleh membran plasma terdiri atas larutan cair, partikel tersuspensi dengan fungsi khusus. Stosol dalam konsenterasi yang tinggi mengandung enzim dan molekul RNA yang mengkode protein termasuk enzim, komponn-komponen asam amino dan nukleotida dimana makromolekul dibentuk/disusun; raturan molekul organik kecil yang disebut metabolit, senyawa intermediet dalam jalur biosintesis dan degradasi, koenzim (komponen esensial pada banyak reaksi katalisis enzim; senyawa inorganik), ribosom (protein kecil yang tersusun atas protein dan molekul RNA) yang menjadi tempat sintesis protein. Nukleus (eukariotik) dan nucleoid (prokariotik) dimiliki oleh semua jenis sel dimana tersimpan genom (susunan lengkap satu satu set gen pada suatu species) yang menyusun DNA disimpan dan direplikasi pada sel berikutnya. B. Dimensi seluler dibatasi oleh difusi oksigen Umumnya sel bersifat mikroskopik; tidak dapat dilihat dengan mata telanjang. Sel hewan dan tumbuhan berdiameter 5 sampai 100 m sedangkan sel bakteria hanya berukuran 1 sampai 2 m. Apakah yang membatasi dimensi seluler? Yang dapat membatasi sel adalah jumlah biomolekul kebutuhan sel. Kedua kecepatan difusi dari molekul terlarut dalam sistem cairan. Sebagai contoh sel bakteri sangat

tergantung pada konsumsi oksgen untuk menghasilkan eneri seluler harus mendapatkan oksigen molekuler melalui difusi dari sekeliling medium plasma membrannya. Sel bakteri sangat kecil sedangkan ratio O2 dilingkungan sangat besar , sehingga setiap bagian dari sitoplasma sangat mudah untuk mendapatkan oksigen lewat difusi ke dalam sel. .......(hal 4). Terdapat tiga domain kehidupan Semua makluk hidup dibumi dikelompokkan dalam tiga kelompok besar (kingdom atau domain) yang merupakan percabangan hasil perkembangan evolusi dari progenitor yang sama (gambar 2). Gambar 2. Filogeni 3 domain kehidupan Dua kelompok besar prokariotik dapat dibagi berdasarkan latar belakang biokimia yaitu: archaebacteria (Yunani arche : asal) dan eubakteria (Yunani Eu : benar). Eubakteria hidup ditanah, permukaan air, dan jaringan makluk hidup. Archaebacteria adalah prokariotik yang paling primitif, hidup ditempat-tempat ekstrim seperti danau garam, laut dalam dan bersifat anaerobik. Bakteri metan adalah contoh organisme yang termasuk dalam Archaebacteria. Eubacteria adalah prokariotik yang banyak diteliti terutama Escherichia coli. Organisme juga dapat diklasifikasikan berdasarkan sumber energi dan sumber karbon (gambar 3). Gambar 3 Klasifikasi Makluk Hidup berdasarkan sumber energi dan sumber karbon. Sel eukariotik memiliki banyak jenis organel bermembran yang dapat diisolasi untuk mempelajari struktur dan aktivitas biokimianya dalam sistem seluler. Kompartemen bermembran yang terdapat dalam sel eukariotik yaitu mitokondria, retikulum endoplasmik, badan golgi dan lisosom. Khusus pada sel tumbuhan terdapat vakuola dan plastida. Pada sitoplasma sel juga terdapat granula atau droplet yang berisi nutrisi seperti pati dan lemak.

Gambar 4 Struktur Sel Eukariotik : sel hewan (atas) dan sel tumbuhan (bawah). Dalam perkembangan biokimia Albert Claude, Christian de Duve dan George Palade mengembangkan metode pemisahan organela dari sitosol. Hal ini memungkinkan isolasi biomolekul dan komponen seluler untuk mempelajari struktur dan fungsinya. Dalam fraksinasi sel, sel atau jaringan dipecah dengan homogenasi. .... Homogenat kemudian disentrifugasi; organel seperti nukleus, mitokondria, lisosom berbeda dalam ukurannya sehingga pembentukan sedimen berbeda kecepatannya. ...

Gambar 5 Fraksinasi subseluler jaringan. (Atas) Sentrifugasi diferensial. (Bawah) Sentrifugasi isopenik (densitas-sukrosa)

1.2. DASAR KIMIA A. Atom, Senyawa dan Molekul Atom : unit dasar penyusun materi. Atom disusun atas elektron (pada orbital/sheel bermuatan -), proton (bermuatan +) dan neutron (netral). Proton dan neutron terletak diinti. Atom dalam keadaan stabil apabila tingkatan energi terluarnya terisi elektron. Atom adalah komponen terkecil unsur yang tidak akan mengalami perubahan dalam reaksi kimia. Semua atom terdiri atas komponen yang sama, sebuah inti dan electron. Diameter inti sekitar 10-15 10-14 m, yaitu sekitar 1/10 000 besarnya atom. Lebih dari 99 % massa atom terkonsentrasi di inti. Inti terdiri atas proton dan neutron, dan jumlahnya menentukan sifat unsur.

Gambar Model atom yang diusulkan oleh Bohr Materi : segala sesuatu yang memiliki massa dan menempati ruang. Materi dibangun dari atom-atom. Unsur (elements) : substansi yang disusun oleh satu jenis atom. Terdapat sekitar 100 unsur yang diketahui (lihat tabel periodik). Senyawa (compounds) : substansi yang tersusun atas 2 atau lebih unsur yang berbeda dan membentuk rasio yang berimbang Molekul : substansi yang terdiri atas 2 atau lebih atom. Molekul pada umumnya penyusun substansi yang lebih besar. Tabel 1. Contoh Senyawa dan Molekul CO2 Senyawa dan Molekul H2O Senyawa dan molekul O2 Molekul H2 Molekul H2SO4 Senyawa dan molekul HCl Senyawa dan molekul C6H12O6 Senyawa dan molekul

Gambar unsur-unsur yang membentuk 97% senyawa yang ditemukan pada sistem makhluk hidup. B. Ikatan Ion dan Ikatan Kovalen Ada banyak jenis ikatan kimia akan tetapi akan dibahas disini adalah ikatan Ion dan Ikatan Kovalen. Ikatan ion : terbentuk apabila satu elektron atau lebih dipindahkan dari satu atom ke atom lain (transfer of elektron) sedangkan Ikatan kovalen : terbentuk apabila satu elektron atau lebih digunakan bersama antar atom (sharing of electron) Kedua ikatan ini terbentuk sangat tergantung pada keelektronegatifan suatu atom.

Gambar 1 . Ikatan kovalen antara atom hidrogen dimana terjadi penggunaan bersama elektron.

Gambar air merupakan contoh ikatan kovalen polar (bermuatan) sedangkan metana adalah contoh ikatan kovalen nonpolar (tidak bermuatan).

Gambar 2 Ikatan Ion antara Na+ dan Cl-. Terjadi pemberian elektron pada suatu atom. C. Rekasi Kimia Reaksi kimia terdiri atas pembentukan dan pemutusan ikatan (dapat ikatan ionik atau ikatan kovalen). Reaksi kimia sangat penting bagi kehidupan : - Untuk membuat atom-atom menjadi stabil (dalam sel MH) - Membentuk molekul-molekul baru yang dibutuhkan oleh sel - Untuk menata energi seluler (pelepasan, penggunaan dan penyimpanan energi). Contoh reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup :

Dari reaksi diatas dapat diidentifikasi : - Terdapat berbagai jenis unsur terlibat dalam suatu reaksi - Jumlah atom tertentu tiap unsur terlibat dalam reaksi - Terdapat reaktan (zat yang bereaksi) dan produk dari suatu reaksi kimia. Bagaimana membaca reaksi kimia diatas : Karbondioksida dan air bereaksi dengan adanya cahaya matahari dan klorofil menghasilkan karbohidrat dan oksigen. Pada reaksi diatas bila ditinjau dari kesetaraan reaksi terdapat: - 6 molekul CO2 (reactan) - 6 molekul H2O (reaktan) - 1 molekul karbohodrat (produk) - 6 molekul oksigen (Produk) Tabel Kesetaraan Reaksi Reaktan Produk 6C6C 18 O 18 O 12 H 12 H

Keasaman (pH) pH 7 : berarti terdapat keseimbangan ion H+ dan OH- dalam suatu larutan. ph < 7 : berarti larutan lebih banyak mengandung ion H+ = asam

pH>7 : berarti larutan lebih banyak menganding ion OH- = basa Keasaman (pH) sangat mempengaruhi reaksi kimia seluler.

Gambar Tabel Periodik Unsur Unsur yang paling banyak terdapat pada makluk hidup adlah hidrogen, oksigen, nitrogen dan karbon. Semua unsur tersebut membentuk lebih dari 99% masa sel. Bulk elemen (warna orange) adalah komponen struktural dari sel dan jaringan dan dibutuhkan dalam makanan dalam jumlah gram. Elemen tamabahan berwarna kuning dibutuhkan dalam jumlah sedikit. Untuk manusia dibutuhkan dalam jumlah miligram setiap hari antara lain (Fe, Cu dan Zn). Contoh fungsi penting dari elemen tambahan adalah fungsi Fe dalam kapasitas transpor oksigen oleh molekul hemoglobin. Biomolekul adalah substansi karbon dengan berbagai jenis gugus fungsional Kimia makluk hidup disusun oleh karbon, dimana jumlahnya lebih dari setengah berat kering sel. Karbon dapat membentuk ikatan tunggal dengan atom hidrogen dan juga ikatan tunggal dan ganda dengan atom oksigen dan nitrogen. Tiap atom karbon dapat membentuk ikatan tunggal dengan empat atom karbon lain. Dua atom karbon juga dapat menggunakan dua atau tiga electron pairs membentuk ikatan double (atau triple).

Gambar 7 Geometri dari dari ikatan karbon Atom karbon memiliki karakteristik ikatan tetrahedral. Karbon-karbon ikatan tunggal memiliki rotasi bebas, seperti yang ditunjukkan pada etana (CH3-CH3). Ikatan rangkap tidak memiliki rotasi bebas atau hanya sedikit. Ikatan ganda dua karbon dan atom lain A, B, X dan Y all lie un the same rigid plane. Ikatan kovalen karbon dalam biomolekul dapat membentuk rantai linear, rantai bercabang dan struktur siklik. Pada rangka karbon terikat gugus tertentu yang disebut gugus fungsional yang menyebabkan karakteeristik kimia spesifik pada suatu molekul. Kebanyakan biomolekul dapat dikatakan adalah turunan dari hidrokarbon dengan atom hidrogen ang digantikan oleh banyak gugus fungsional membentuk banyak famili substansi organik. Termasuk didalamnya adalah alkohol yang memiliki satu atau lebih gugus hidroksil; amina dengan gugus amino; aldehida dan keton dengan gugus karbonil; dan asam karboksilik dengan gugus karboksil. Banyak biomolekul adalah polifungsional, mengandung dua atau lebih gugus fungsional berbeda, tiap biomolekul tersebut memiliki karakteristik dan reaksi kimia sendiri. Karakteristik substansi ditentukan oleh kimia dari gugus fungsional tersebut dan disposisi/gerak dalam struktur ruang tiga dimensi.

Gambar 8 Beberapa gugus fungsional yang umum terdapat pada biomolekul.

Sel mengandung kumpulan molekul-molekul kecil Terlarut dalam fase cair (sitosol) semua sel mengandung sekitar 100 sampai 200 molekul organik kecil berbeda (Mr ~ 100 sampai ~ 500), dalam sitosol terdapat metabolit-metabolit hasil dari jalur metabolisme utama yang terjadi pada semua sel.Kumpulan molekul tersebut antara lain asam amino, nukleotida, gula dan derivat terfosforilasinya dan asam mono, di, dan trikarboksilat. Molekul-molekul ini tetap berada dalam sel karena membran plasma bersifat impermiabel, walaupun transporter spesifik dimembran dapat mengkatalisis pergerakan beberapa molekul masuk dan keluar sel atau antara kompartemen-kompartemen dalam sel eukariotik.

Gambar 9. Beberapa gugus fungsional yang umum pada biomolekul tunggal. Asetil koenzim A (asetil KoA) adalah karir gugus asetil dalam beberapa reaksi enzimatik. Terdapat biomolekul kecil lain yang spesifik terdapat pada sel atau organisme tertentu. Sebagai contoh pada tumbuhan berpembuluh terdapat serangkaian molekul kecil yang disebut metabolit sekunder yang berperan spesifik pada kehidupan tumbuhan. Metabolit ini termasuk dalam substansi yang menjadi penanda kimia (chemichal marker) suatu tumbuhan misalnya morfin, guanin, nikotin dan kafein yang sebenarnya dihasilkan oleh tumbuhan dengan tujuan utama pertananan. Kumpulan molekul kecil pada suatu sel disebut metabolom, pararel dengan istilah genom. Makromolekul adalah konstituen utama dalam sel Banyak molekul biologis adalah makromolekul, polimer dari dari beberapa molekul dengan berat molekul tertentu. Protein, asam nukleat dan polisakarida diproduksi melalui polimeraisasi substansi kecil dengan berat molekul 500 atau kurang. Jumlah unit polimerisasi antara puluhan sampai jutaan. Sintesis makromolekul pengkonsumsi energi yang utama dalam aktivitas seluler. Makromolekul dapat membentuk kompleks supramolekular, membentuk unit fungsional seperti ribosom.

Protein adalah polimear panjang dari asam amino, menyusun fraksi terbesar disamping air dalam sel. Beberapa protein memiliki aktivitas katalitik dan fungsi sebagai enzim, yang lain berperan sebagai elemen struktur, reseptor signal atau transporter yang membawa substansi spesifik masuk atau keluar sel. Asam nukleat : DNA dan RNA adalah polimer dari nukelotida. Asam nukleat menyimpan dan mentransmisi informasi genetik dan beberapa molekul RNA memiliki struktur dan peran katalitik dalam kompleks supramolekuler. Polisakarida adalah polimer dari gula sederhana seperti glukosa, memiliki dua fungsi utama yaitu penghasil energi dan elemen strukyut ekstra seluler dengan ikatan spesifik dengan protein. Polimer pendek dari gula (oligosakarida) terikat pada protein atau lipid pada permukaan sel berperan dalam signal seluler. Lipid adalah derivat hidrokarbon, berperan sebagai komponen struktural membran, suber energi, pigmen dan signal intraseluler. Paa protein, nukleotida, polisakarida dan lipid jumlah sub unit monomer sangat panjang : berat molekul antara 5000 sampai 1 juta untuk protein, beberapa juta untuk asam nukleat dan berjuta-juta untuk polisakarida seperti pati.Molekul lipid tunggal lebih kecil (Mr 750 sampai 1500) dan tidak dikelompokkan sebagai makromolekul. Sejumlah besar molekul lipid dapat berikatan nonkovalen dengan banyak struktur. Membran seluler dibangun dari

agregat lipid dalam ikatan nonkovalen dengan protein. Protein dan asam nukleat adalah makromolekul informasi : tiap protein dan tiap asam nukleat memiliki informasi karakteristik-kaya sekuens sub unit. Beberapa oligosakarida, dengan 6 atau lebih gula berbeda terhubung membentuk rantai bercabang. Dasar Fisika Sel makhluk hidup dan organisme memiliki ciri untuk mempertahankan hidup dan memperbanyak diri. Reaksi sintetik yang terjadi didalam sel seperti proses sintesis dalam suatu pabrik membutuhkan input energi. Energi juga dibutuhkan dalam pergerakan bakteri juga seorang pelari sprinter dalam olimpiade. Penyimpanan dan ekspresi informasi genetik membutuhkan energi. Dalam perkembangan evolusi, sel makluk hidup telah mengembangkan mekanisme yang efisien untuk menangkap dan mendapatkan energi dari cahaya atau bahan bakar. Salah satu tujuan dari biokimia dalah untuk mengerti dalam aras kuantitatif dan kimia, bagaimana energi diekstraksi, ditranspor dan dikonsumsi dalam sel makluk hidup. Konversi energi seluler-menurut hukum termodinamika. Makluk hidup tetap ada dalam keadaa kesetimbangan yang dinamik, tidak pernah euklibrium dengan sekitarnya. Molekul dan ion yang terdapat pada organisme berbeda dalam jenis dan konsenterasi dengan lingkungannya. Hiud didalam laur, eritrosit pada aliran darah manusia, semuanya memiliki komposisi yang berbeda dengan lingkungannya, suatu waktu akan mencapai tahap maturitas, semuanya menjaga komposisi konstan dimana lingkungan mengalami perubahan. Walaupun komposisi karakteristik pada tiap organisme mengalami perubahan sedikit seriring waktu, populasi mlekul dalam organisme akan mengarah pada kondisi statik. Molekul kecil, makromolekul dan kompleks supramolekul akan terus disintesis dan dipecah dalam reaksi kimia termasuk dalam aliran konstan masa dan energi melalui sistem. Molekul hemoglobin membawa oksigen dari hati menuju ke otak disintesis pada beberapa bulan lalu; untuk bulan berikutnya molekul itu akan didegradas dan digantikan oleh molekul hemoglobin yang baru. Glukosa yang kita makan dari makanan pada suatu waktu akan diedarkan melalui aliran darah; sebelum hari ini habis glukosa tersebut akan dikonversi menjadi bentuk lain misalnya CO2 atau lemak dan kemudian digantikan dengan glukosa yang baru sehingga konsenterasi glukosa darah kita akan kurang lebih konstan sepanjang hari. Jumlah sisa hemoglobin dan glukosa dalam darah akan mendekati konstan karena kecepatan sintesis atau intake akan seimbang dengan dengan kecepatan pemecahannya, konsumsi atau konversi menjadi produk lain. Kekonstanan konsenterasi adalah hasil dari kondisi dynamic steady state, dimana steady state jauh dari ekuilibrium. Menjaga kondisi steady state membutuhkan constant invesment dari energi; ketika sel tidak cukup menghasilkan energi, sel akan mati. ....... Organisme merubah bentuk energi dan materi dari lingkungannya Semua makluk hidup adalah sistem yang terbuka; makluk hidup melakukan pertukaran baik materi maupun energi dengan lingkungan sekelilingnya. Makluk hidup menurunkan energi dari lingkungan melalui dua jalan yaitu : 1) mereka memperoleh energi kimia (seperti glukosa) dari lingkungan dan mengekstrak energi melalui oksidasi 2) menyerap energi dari cahaya matahari. Hukum pertama termodinamika, digunakan dalam bidang fisika dan kimia tetapi juga berlaku untuk sistem biologis. Penjelasan prinsip konversi energi : in any physical or chemical change, the total amount of energy in the universe remains constant, although the form of the energy may change. Sel

menggunakan energi tranduser, dapat menginterkonversi kimia, elektromagnetik, mekanikal dan energi osmotik dengan sangat efesien (gambar 10). Gambar 10 beberapa konversi energi pada makluk hidup.

Gambar contoh sebaran pH

Bahan Bacaan : Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K, Walter P. 2002. Molecular Biology of The Cell. 4th edition. Garland Science. Anonimous. 2008. Understanding Basic Biochemistry. Anonimous. 2008. Atoms Molecule and Life.

BIOMOLEKUL
Kamis, 08 April 2010 BIOMOLEKUL

SEJARAH BIOKIMIA, SEL DAN BIOMELOKUL

1.1 PENDAHULUAN 1.1.1 Deskripsi Singkat Bab ini akan mengemukakan sejarah biokimia yang meliputi perkembangan biokimia, peranan dan manfaat biokimia , struktur sel dengan fungsi dan peranan organela-organelanya, senyawa biomolekul yang merupakan konstituen utama pada mahluk hidup.

1.1.2 Relevansi Pembahasan bab ini sangat berhubungan dengan bab-bab selanjutnya dalam mempelajari mata kuliah biokimia. Pengetahuan mahasiswa tentang biokimia sebagai satu disiplin ilmu, sejarah dan perkembangannya, struktur sel dan komponennya serta senyawa biomolekul penyusun mahluk hidup yang menjadi konsep dasar pemahaman mahasiswa terhadap proses reaksi kimia yang berlangsung pada sel hidup dan keterkaitannya dengan bidang lain seperti biologi, kimia organik, bahkan biomolekuler.

1.1.3 Tujuan Setelah mempelajari bab ini mahasiswa diharapkan dapat : 1. Mengetahui sejarah biokimia sebagai suatu disiplin ilmu. 2. Memahami perkembangan biokimia serta faktor-faktor yang menunjang perkembangan tersebut. 3. Mengetahui manfaat biokimia bagi peningkatan kesejatraan masyarakat. 4. Menjelaskan tentang sel, fungsi dan komponen (organela) sel mahluk hidup 5. Menerangkan komposisi senyawa biomolekul dalam sel mahluk hidup.

1.2 PENYAJIAN 1.2.1 Uraian dan Contoh

1.2.1.1 Sejarah Biokimia

Biokimia berasal dari kata Yunani bios kehidupan dan chemis kimia yang sering diartikan sebagai ilmu yang mempelajari dasar kimia kehidupan. Atau dapat juga diartikan sebagai salah satu ilmu yang mempelajari reaksi-reaksi kimia atau interaksi molekul dalam sel hidup.

Istilah biokimia telah dikemukakan oleh Karl Neuberg (1903) ahli kimia Jerman dan sekitar pertengahan abad XVIII Karl Wilhelm Scheele ahli kimia swedia telah melakukan penelitian mengenai susunan kimia jaringan pada tumbuhan dan hewan. Selain itu ia juga telah dapat mengisolasi asam oksalat, asam laktat, asam sitrat serta beberapa ester dan kasein dari bahan alam. Biokimia memperoleh bentuk yang nyata sebagai suatu bidang studi pada awal Abad XIX, oleh Friedrich Wohler. Sebelum itu orang percaya bahwa organisme hidup itu terdiri atas zat-zat yang mempunyai sifat yang sangat berbeda dengan zat yang terdapat pada benda-benda mati, misalnya logam atau batubatuan. Pada tahun 1828 Wohler menunjukkan bahwa urea, suatu senyawa yang terdapat dalam urine, ternyata dapat dibuat dalam laboratorium dengan jalan memanaskan alkali sianat dengan garam amonium. Mula-mula ia memang mengharapkan akan terjadi garam amonium sianat, tetapi akhirnya ia memperoleh urea. Meskipun telah ditunjukkan atau dibuktikan bahwa suatu senyawa yang berasal dari dalam tubuh manusia atau organisme hidup dapat juga dibuat dalam laboratorium dari zat-zat yang berasal dari benda mati, namun masih ada orang yang percaya bahwa suatu senyawa dalam organisme hidup tentulah terbentuk dalam sel hidup melalui suatu proses yang melibatkan "kekuatan hidup". Pendapat demikian ini kemudian dapat dihilangkan oleh adanya penemuan dua bersaudara Eduard dan Hans Buchner. Mereka menyatakan bahwa ekstrak dari sel-sel ragi yang telah dirusak atau telah mati, tetap dapat menyebabkan terjadinya proses peragian atau fermentasi gula menjadi alkohol. Penemuan mereka merupakan pembuka kemungkinan dilakukannya analisis reaksi-reaksi biokimia dan prosesproses biokimia dengan alat-alat laboratorium (in vitro) dan bukan dalam sel hidup (in vivo). Selanjutnya metabolisme yang terjadi dalam sel dapat pula dilakukan dalam laboratorium, termasuk reaksi-reaksi yang menggunakan enzim, yaitu biokatalis yang mempercepat berlangsungnya reaksi biokimia tersebut. Pada tahun 1926 J.B. Sumner membuktikan bahwa urease, yakni enzim yang diperoleh dari biji kara pedang (jack beans) dapat dikristalkan seperti juga senyawa organik lainnya. Hal ini makin memperkuat kenyataan bahwa enzim dengan struktur kompleksnya, dapat dipelajari dan diteliti dengan menggunakan metode-metode kimia yang ada.

1.2.1.2 Perkembangan Biokimia

Sejalan dengan perkembangan biokimia, para ahli biologi sel memberikan sumbangannya dalam bidang struktur sel. Diawali oleh Robert Hooke pada Abad XVII telah melakukan observasi terhadap sel-sel, maka perbaikan atas teknik observasi dengan menggunakan mikroskop telah dapat meningkatkan pemahaman atas struktur yang kompleks. Pengembangan mikroskop elektron pada pertengahan Abad telah mengakibatkan pemahaman yang lebih rinci atas struktur sel terutama organel-organel yang terdapat dalam sel seperti mitokondria, kloroplas dan lain-lain serta fungsi organel-organel tersebut dalam proses biokimia yang berlangsung dalam sel. Hal ini sangat menunjang perkembangan biokimia, baik pemahaman atas struktur senyawasenyawa biokimia, maupun identifikasi reaksi metabolisme dalam sel. Meskipun demikian masih banyak proses kimia kehidupan yang belum dapat dijelaskan. Perkembangan biokimia juga tidak terlepas dari perkembangan yang terjadi pada bidang pengetahuan genetika. Gagasan tentang adanya gen, yakni unit pembawa sifat-sifat yang diturunkan oleh individu, timbul dari Gregor Mendel pada pertengahan Abad XIX dan kemudian menjelang Abad XX diketahui bahwa gen tersebut terdapat pada kromosom. Namun hingga pertengahan Abad XX, belum ada seorangpun yang dapat mengisolasi gen serta mengetahui struktur kimianya. Telah diketahui bahwa kromosom itu terdiri dari protein dan asam nukleat. Struktur kimia dari protein dan asam nukleat belum diketahui meskipun pada tahun 1869 asam nukleat telah diisolasi Friedrich Miescher. Pada awal Abad XX kebanyakan ahli biokimia berpendapat bahwa hanya protein dengan struktrur yang kompleks yang membawa informasi genetika, sedangkan asam nukleat dipandang sebagai senyawa yang sederhana dalam sel. Baru pada pertengahan Abad XX ini terbukti bahwa asam deoksiribonukleat (DNA) adalah senyawa pembawa informasi genetika. James Watson dan Francis Crick (1953) menjelaskan tentang struktur DNA yang berbentuk heliks ganda. Dengan struktur DNA demikian dapat dijelaskan bagaimana informasi genetika dapat dilangsungkan, sehingga makin bertambahlah pengetahuan tentang proses-proses yang terjadi dalam sel hidup. Hal ini jelas merupakan sumbangan bagi kemajuan dalam bidang biokimia. Secara umum dapat dikatakan bahwa dalam Abad XX ini biokimia mengalami perkembangan yang pesat. Penelitian dalam masalah gizi telah menimbulkan penemuan tentang vitamin yang dapat mencegah seseorang terkena penyakit tertentu. Dengan majunya pengetahuan tentang struktur dan sifat protein, telah diketahui bahwa enzim yang merupakan biokatalis bagi reaksi yang terjadi dalam tubuh adalah suatu protein. Di samping itu kemajuan atau perkembangan metode analisis kromatografi, penemuan hasil antara dalam metabolisme karbohidrat, lemak dan protein, penemuan struktur primer, sekunder, tersier dan kuarterner protein serta struktur DNA dan RNA mempunyai arti yang sangat penting dalam perkembangan biokimia. Selain itu perkembangan biokimia juga dapat terlihat dari banyaknya publikasi baik berupa buku, majalah atau disertasi yang memuat hasil-hasil penelitian dalam berbagai bidang biokimia serta penerapannya.

1.2.1.3 Manfaat Biokimia

Penerapan biokimia banyak terdapat dalam bidang pertanian dan kedokteran. Sebagai contoh biokimia mempunyai peranan dalam memecahkan masalah gizi, penyakit-penyakit akibat dari kurang gizi terutama pada anak-anak. Biokimia juga dapat menjelaskan hal-hal dalam bidang farmakologi dan toksikologi karena dua bidang ini berhubungan dengan pengaruh bahan kimia dari luar terhadap metabolisme. Obat-obatan biasanya mempengaruhi jalur metabolik tertentu, misalnya antibiotik penisilin dapat membunuh bakteri dengan menghambat pembentukan polisakarida pada dinding sel bakteri. Dengan demikian bakteri akan mati karena tidak dapat membentuk dinding sel. Penggunaan pestisida di bidang pertanian telah kita kenal lama. Pada umumnya pestisida bekerja dengan jalan menghambat enzim yang bekerja pada hama atau organisme tertentu. Dalam hal ini biokimia berperan dalam meneliti mekanisme kerja pestisida tersebut sehingga dapat meningkatkan selektivitasnya dan dengan demikian dapat dicegah dampak negatif terhadap lingkungan hidup yang dapat ditimbulkannya. Jadi biokimia juga merupakan komponen penting dalam pengetahuan tentang lingkungan hidup. Peningkatan kualitas produk dalam bidang pertanian dan peternakan, telah dapat diwujudkan dengan menerapkan hasil-hasil penelitian dalam bidang genetika. Rekayasa genetika saat ini telah dilaksanakan dan memberikan hasil yang menggembirakan. Dengan mempelajari biokimia kita mengetahui tentang reaksi-reaksi kimia penting yang terjadi dalam sel. Hal ini berarti kita dapat memahami proses-proses yang terjadi dalam tubuh. Dengan demikian diharapkan kita akan mampu menghindari hal-hal dari luar yang akan mempengaruhi proses dalam selsel tubuh, misalnya kita akan dapat mengatur makanan yang akan kita makan sehingga kita memperoleh manfaat dari makanan secara optimal. Contoh lain kita akan mampu menghindari dampak dari suatu lingkungan yang tercemar oleh limbah yang membahayakan kesehatan. Manfaat mempelajari biokimia tersebut dapat kita berikan kepada orang lain, masyarakat atau kepada anak didik apabila kita bekerja sebagai guru. Bagi guru sangat diperlukan adanya suatu wawasan yang luas. Misalnya dalam mengajarkan ilmu kimia, maka pengetahuan kita tentang biokimia akan sangat membantu dalam memberikan contoh-contoh yang dapat menarik perhatian para anak didik. Wawasan yang luas tentang masalah lingkungan hidup tentu akan meningkatkan gairah dalam proses belajarmengajar dan hal ini akan membantu upaya kita dalam menjaga kelestarian lingkungan yang sehat.

1.2.1.4 S E L

Kebanyakan reaksi kimia di dalam tubuh terjadi dalam sel. Sel merupakan bagian terkecil dari mahluk hidup yang dapat melakukan aktivitas biologis. Sel menyusun berbagai jaringan seperti epitel, jaringan ikat, otot, jaringan saraf, dan lain-lain dengan fungsi yang berbeda-beda. Fungsi umum sel adalah mengambil bahan makanan, mengoksidasi bahan bakar, mengeluarkan bahan-bahan yang tidak dapat diolah lagi, dan sel mampu tumbuh dan berkembang biak. Sel juga secara terus menerus membuat senyawa baru, melakukan transpor senyawa, dan menghasilkan panas. Sel terdiri atas sel eukariotik ( Greek, Eu = sebenarnya atau baik ; karyon = inti.) sekarang nukleus dan sel prokariotik ( Greek, pro = sebelum ). Sel prokariotik memiliki struktur sel yang sederhana. Meskipun demikian sel-sel prokariotik secara biokimia cukup canggih dan beragam. Semua tahapan proses metabolisme utama dijumpai pada jenis sel ini. Umumnya sel ini memiliki perangkat biokimia untuk reproduksi sendiri, untuk mengambil dan memanfaatkan energi dan bahan-bahan disekelilingnya. Sementra sel eukariotik mempunyai ukuran yang lebih besar dan memiliki struktur yang rumit tetapi teratur dengan fungsi khusus. Secara ringkas perbedaan organel sel antara sel prokariotik dan sel eukariotik dapat dilihat pada tabel 1.1.

Gambar 1.1 Struktur Sel Hewan Contoh mahluk hidup dengan sel eukariot adalah protista, jamur, tumbuhan, hewan, dan manusia. Organisme sel prokariot adalah bakteri, sianobakteri, ganggang dll.

Tabel 1.1 Perbedaan Umum Sel Prokariotik dan Sel Eukariotik No

Perbedaan

Prokariotik

Eukariotik 1. 2. 3

Ukuran sel Jumlah sel Metabolisme

Organela

Tempat DNA

Struktur DNA

Sintesis RNA dan Protein

1 10 um bersel tunggal Anaerobik atau aerobik. Sedikit atau tidak ada

Dalam sitoplasma

Melingkar

Pada tempat yang sama

10 100 um Bersel banyak Aerobik

Inti,mitokondria, kloroplas, jaringan endoplasma, dll Terdapat dalam inti dan mitokondria

Lurus dan panjang sekali, mengandung bagian - bagian bukan pembawa informasi. RNA disintesis dan diproses dalam inti; protein disintesis dalam sitoplasma. Sel eukariot dan sel prokariot dapat dikolompokkan lagi menurut cara mengkonsumsi energi, yaitu sel ototrofik atau pemberi makan sendiri dan sel heterotrofik atau memakan yang lain . Semua sel fotosintetik adalah sel ototrofik. Golongan ototrofik lain adalah prokariot fotosintetik seperti bakteri fotosintetik dan alga biru-hijau. Serta eukariot fotosintetik seperti sel tumbuhan dan alga yang mengandung kloroplas. Sedangkan golongan sel heterotropik adalah heterotrofik prokariot seperti bakteri nonfotosintetik dan heterotrofik eukariot seperti sel hewan dsb. Organel sel mahluk hidup mempunyai fungsi yang berbedabeda. Namun terkoordinasi dalam satu sistem yang teratur dan terkendali. Fungsi berbagai organela sel tersebut diringkas dalam tabel 1.2.

1.2.1.5 Komposisi Biomolekul

Mahluk hidup mempunyai komposisi kimia berlainan dengan benda mati. Tidak semua unsur yang terdapat di alam (lingkungan) merupakan unsur penting bagi mahluk hidup. Penyususn dasar molekul mahluk hidup adalah unsur-unsur sederhana yang terdiri unsur utama : C, H, O, dan N yang ada sekitar 99.4%. Sisanya merupakan mineral dalam bentuk kation dan anion. Kation mahluk hidup adalah Na, K, Ca, Mg, Fe, dan Fe merupakan kation utama. Kation lain adalah Zn, Cu. Dalam bentuk anion dipengaruhi oleh faktor makanan, penyakit, umur dll seperti Cl, HCO3, H2PO4 , PO4, SO4. Komponen terbesar mahluk hidup ditempati oleh air selebihnya merupakan senyawa organik dan anorganik. Senyawa organik merupakan kombinasi dari atom-atom sederhana seperti gugus fungsi tertentu : metil (-CH3), hidroksil (-OH), karboksil (-COOH), amino (-NH2) dll serta dengan perantaraan ikatan kimia seperti ester, fosfomonoester dlsb. Beberapa biomolekul bersifat asimetris. Susunan tetrahedral ikatan tunggal pada atom karbon memberikan sifat penting. Bilamana terdapat empat atom atau gugus yang berbeda, yang berikatan tunggal pada atom karbon suatu molekul organik, atom karbon ini disebut asimetris, karena dapat berbentuk dua isomer yang dinamakan enansiomer yang mempunyai Tabel 1.2 Fungsi Beberapa Organela Sel Hidup Organela atau Fraksi

Fungsi Utama Inti/Nukleus

Mitokondria

Kloroplas

Retikulum endoplasma

Membran sel

Badan Golgi

Lisosom

Ribosom

Peroksisom

Sitoskeleton

Sitosol

Tempat kromososn dan tempat sintesis RNA yang diarahkan DNA (transkripsi) serta biosintesis komponen lain yang terdapat di dalam sel

Tempat oksidasi substrat (fosforilasi oksidatif), siklus asam sitrat, sintesis ATP, tempat awal sintesis urea atau pabrik energi sel eukariot. Tempat sintesis karbohidrat tumbuhan (fotosintesis) atau pabrik energi pada sel tumbuhan. Saluran untuk menembus sitoplasma, tempat sintesis berbagai lipida, oksidasi beberapa xenobiotik ( sitokrom P-450) Berperan dalam proses pengankutan zat makanan dari dan keluar sel serta adhesi dan komunikasi antar sel. Organela untuk pembuangan, pemisahan jenis-jenis protein intrasel. Kantung tempat enzim hidrolitik Tempat sintesis protein (translasi mRNA kedalam protein)

Degradasi asam lemak dan asam amino tertentu, produksi dan degradasi hidrogen peroksida.

Mikrofilamen, mikrotubulus, filamen intramedia. Enzim-enzim glikolisis, sintesis asam lemak

konfigurasi berbeda didalam ruang. Enansiomer bersifat bayangan cermin yang tidak saling menutupi (tidak identik) terhadap sesamanya. Enasiomer disebut juga isomer optik atau stereoisomer, bersifat identik dalam reaksi-reaksi kimianya tetapi berbeda pada sifat fisiknya seperti kemampuan memutar bidang cahaya terpolarisasi sehingga bisa kekanan atau kekiri. Senyawa yang tidak mempunyai atom karbon asimetrik tidak memutar bidang cahaya terpolarisasi. Senyawa yang mempunyai atom karbon yang bisa memutar bidang cahaya terpolarisasi disebut senyawa khiral (bahasa Yunani chiros, artinya tangan). Sehingga atom asimetrik atau pusat senyawa khiral disebut atom khiral atau pusat. Tabel 1.3 menampilkan komposisi unsur mahluk hidup (manusia) dibandingkan kerak bumi. Unsur terbanyak penyusun mahluk hidup tersebut umumnya mempunyai bilangan atom relatif rendah dan hanya sedikit dengan bilangan tinggi.

Tabel 1.3 Porsentasi Jumlah Total Atom Delapan Unsur Paling Banyak Dalam kerak Bumi dan Dalam tubuh manusia Kerak Bumi

Tubuh Manusia Unsur %

Unsur % Oksigen 47

Silikon 28 Aluminium 7.9 Besi 4.5 Kalsium 3.5 Natrium 2.5 Kalium 2.5 Magnesium 2.2

Hidrogen 63 Oksigen 25.5 Karbon 9.5 Nitrogen 1.4 Kalsium 0.31 Phosfor 0.22 Klor 0.08 Kalium 0.06

Senyawa makromelokul yang ada pada mahluk hidup terdiri dari karbohidrat, protein, lipida, dan asam nukleat. Senyawa ini dijumpai dalam bentuk terstruktur seperti fosfolipid, protein, glikolipid dan lain lain, serta bentuk tidak berstruktur sebagai makanan cadangan, senyawa antara dalam metabolisme. Berikut komposisi kimia molekul dalam sel mahluk hidup.

Tabel 1.4 Komposisi Kimia Molekul Dalam sel Mahluk Hidup Biomolekul

Persen(%) Berat Total

Dugaan Jumlah Jenis Molekul Protein Asam Nukleat DNA RNA Karbohidrat Lipid Molekul penyususn dan perantara

15

1 6 3 2 2

3000

1 >3000 5 20 500

Molekul-molekul ini terus menerus bercampur, bereaksi dan berinteraksi satu sama lainnya melalui reaksi-reaksi kimia. Dan hampir semua molekul pembangun mahluk hidup selalu dalam keadaan turnover sebagaimana ciri mahluk hidup yang dapat tumbuh dan berkembang biak karena aktivitas kimia. Tujuan pembelajaran biokimia adalah menguraikan dan menjelaskan semua proses kimia tersebut pada sel hidup dalam pengertian molekul.

1.2.2 Latihan Setelah saudara mempelajari bab ini cobalah untuk mengerjakan latihan soal-soal berikut: 1. Jelaskan peranan Wohler pada awal timbulnya biokimia 2. Penemuan DNA dan RNA merupakan salah satu tahap perkembangan biokimia yang penting. Jelaskan mengapa demikian. 3. bagaimana pendapat anda tentang manfaat mempelajari biokimia. 4. Jelaskan perbedaan sel eukariotik dan prokariotik. 5. Sebutkan organela-organela sel yang menyusun sel mahluk hidup 6. Sebutkan unsur-unsur kimia penyusun tubuh mahluk hidup.

1.2.3 Petunjuk Jawaban soal-soal latihan 1. Biokimia memperoleh bentuk yang nyata sebagai suatu bidang studi pada awal Abad XIX, dengan dipelopori oleh penelitian yang dilakukan oleh Friedrich Wohler. 2. Pada pertengahan Abad XX terbukti bahwa asam deoksiribonukleat (DNA) adalah senyawa pembawa informasi genetika. Suatu kemajuan ilmiah yang sangat penting dimana James Watson dan Francis Crick

(1953) menjelaskan tentang struktur DNA yang berbentuk heliks ganda. Dengan struktur DNA demikian ini dapat dijelaskan bagaimana informasi genetika dapat dilangsungkan sehingga makin bertambahlah pengetahuan tentang proses-proses yang terjadi dalam sel hidup. Hal ini jelas merupakan sumbangan bagi kemajuan dalam bidang biokimia. 3. Dengan mempelajari biokimia kita mengetahui tentang reaksi-reaksi kimia penting yang terjadi dalam sel. Hal ini berarti kita dapat memahami proses-proses yang terjadi dalam tubuh. Dengan demikian diharapkan kita akan mampu menghindari hal-hal dari luar yang akan mempengaruhi proses dalam selsel tubuh, misalnya kita akan dapat mengatur makanan yang akan kita makan sehingga kita memperoleh manfaat dari makanan secara optimal. Contoh lain kita akan mampu menghindari dampak dari suatu lingkungan yang tercemar oleh limbah yang membahayakan kesehatan. 4. sel eukariotik adalah sel yang mempunyai inti, sedangkan prokariotik adalah sel tidak berinti contohnya sel bakteri atau amuba. Sel eukaryotik jauh lebih besar dari prokariotik volumenya 1000 sampai 10.000kali lebih besar, dan memiliki organela-organela seperti mitokondria yang berfungsi untuk mengoksidasi bahan bakar sel dan menghasilkan ATP. 5. Lisosom, mitokondria, badan golgi, ribosom, periksosom, nukleus, nukleulus, membran sel, jaringan endoplasma dll. 6. Hidrogen, Karbon, oksigen, nitrogen, kalsium, phosfor, klor, kalium.

1.2.4 Rangkuman Biokimia berasal dari kata Yunani bios kehidupan dan chemis kimia yang sering diartikan sebagai ilmu yang mempelajari dasar kimia kehidupan. Atau dapat juga diartikan sebagai salah satu ilmu yang mempelajari reaksi-reaksi kimia atau interaksi molekul dalam sel hidup. Sejarah perkembangan biokimia demikian pesat dengan ditemukannya struktur sel yang kompleks dengan proses biokimia yang berlangsung didalamnya. Hingga ditemukannya gen yang terdapat pada kromosom, dan diketahui bahwa kromosom terdiri atas protein dan asam nukleat sehingga terbukti bahwa asam nukleat (DNA) adalah senyawa pembawa informasi genetik. Biokimia mengalami perkembangan pesat dengan ditemukannya vitamin yang berhubungan dengan masalah gizi dan penyakit, struktur dan sifat protein hingga perkembangan metode analisis kromatografi, metabolisme antara serta struktur DNA dan RNA yang mempunyai arti penting dalam penelitian-penelitian selanjutnya yang berhubungan dengan biomolekuler. Sel merupakan bagian terkecil dari mahluk hidup yang dapat melakukan aktivitas biologis. Sel menyusun berbagai jaringan seperti epitel, jaringan ikat, otot, jaringan saraf, dan lain-lain dengan fungsi yang berbeda-beda. Fungsi umum sel adalah mengambil bahan makanan, mengoksidasi bahan bakar, mengeluarkan bahan-bahan yang tidak dapat diolah lagi, dan sel mampu tumbuh dan berkembang biak. Sel juga secara terus menerus membuat senyawa baru, melakukan transpor senyawa, dan menghasilkan panas.

Sel terdiri atas sel eukariotik ( Greek, Eu = sebenarnya atau baik ; karyon = inti.) dan sel prokariotik ( Greek, pro = sebelum ). Sel prokariotik memiliki struktur sel yang sederhana. Mahluk hidup mempunyai komposisi kimia berlainan dengan benda mati. Tidak semua unsur yang terdapat di alam (lingkungan) merupakan unsur penting bagi mahluk hidup. Penyususn dasar molekul mahluk hidup adalah unsur-unsur sederhana yang terdiri unsur utama : C, H, O, dan N yang ada sekitar 99.4%. Sisanya merupakan mineral dalam bentuk kation dan anion. Kation mahluk hidup adalah Na, K, Ca, Mg, Fe, dan Fe merupakan kation utama. Kation lain adalah Zn, Cu. Dalam bentuk anion dipengaruhi oleh faktor makanan, penyakit, umur dll seperti Cl, HCO3, H2PO4 , PO4, SO4. Senyawa makromolekul yang ada pada mahluk hidup terdiri dari protein, karbohidrat, lipid, asam nukleat serta molekul penyusun dan perantara dalam berbagai jalur metabolisme dengan sifat dan fungsi yang berbeda-beda.

1.3 PENUTUP 1.3.1 Tes formatif 1. Penemuan DNA dan RNA merupakan salah satu tahap perkembangan biokimia yang penting. Jelaskan mengapa demikian. 2. Jelaskan apa yang dimaksud dengan metabolit primer dan metabolit sekunder 3. Sebutkan lima biomolekul utama kompleks yang ada pada sel dan jaringan mahluk hidup. 4. Jelaskan fungsi dan peranan masing-masing organela pada sel 5. Sebagian besar sel tidak dapat memanfaatkan panas untuk tujuan melakukan kerja karena; a. panas bukanlah suatu bentuk energi b. sel tidak memiliki banyak panas; sel relatif sejuk c. suhu umumnya adalah seragam diseluruh sel d. Tidak ada mekanisme dialam yang dapat menggunakan panas untuk melaksanakan kerja. 6. Sel tidak mengkatabolisme karbondioksida karena: a. Ikatan gandanya terlalu stabil untuk dipecah b. CO2 memiliki pengikatan elektron yang lebih sedikit daripada senyawa organik lain.

c. Atom karbon telah direduksi sempurna d. Sebagian besar energi elektron yang tersedia dilepas pada saat CO2 terbentuk.

1.3.2 Umpan Balik Anda dapat menguasai materi ini dengan baik jika memperhatikan hal-hal berikut: 1. Membuat ringkasan materi pada setiap bab sebelum materi tersebut dibahas dalam diskusi kelas. 2. Aktif dalam diskusi baik kelompok kecil maupun kelompok besar. 3. Mengerjakan latihan.

1.3.3 Tindak Lanjut 1. Apabila mahasiswa dapat menyelesaikan 80% dari test formatif diatas, maka mahasiswa tersebut dapat melanjutkan ke bab selanjutnya, sebab pengetahuan tentang sel dan biomolekul adalah dasar pengetahuan untuk mempelajari dan memahami bab-bab selanjutnya. 2. Jika ada diantara mahasiswa belum mencapai penguasaan 80% dianjurkan untuk : - mempelajari kembali topik di atas dari awal - berdiskusi dengan teman terutama pada hal-hal yang belum dikuasai - bertanya kepada dosen jika ada hal-hal yang tidak jelas dalam diskusi.

1.3.4 Kunci Jawaban tes formatif 1. Penemuan DNA dan RNA adalah awal dari pencarian informasi genetika (rekayasa genetik) yang merupakan substansi penurunan sifat dan yang mengendalikan perkembangan sifat biokimiawi, anatomis, fisiologis dan sebagian sifat perilaku manusia (mahluk hidup). 2. Metabolit primer; merupakan produk yang dibutuhkan oleh sel dan langsung dipergunakan untuk pertumbuhan dan hidup, berupa zat dengan berat molekul kecil dan dapat diubah menjadi koenzim, asam amino, vitamin atau basa nukleat, dan unsur-unsur pembangun tubuh (karbohidrat, protein, lipid), metabolit sekunder; produk yang tidak dipergunakan langsung oleh sel bagi pertumbuhannya, meliputi

kelompok: steroid, alkaloid dan antibiotika. 3. karbohidrat, lipid, protein, asam nukleat DNA dan RNA 4. Sudah jelas (lihat tabel 1.2) 5. C 6. D

BUKU SUMBER 1. Campbell Reece-Mitchell, 2002, Biologi, edisi Kelima-Jilid I ; Erlangga 2. Stryer Lubert., 2000, Biochemistry, volume 1,2,3 edisi 4., EGC Jakarta 3. Lehninger., 1998, Dasar Dasar Biokimia, Terjemahan Maggi Thenawijaya., Jilid 1,2,3., Erlangga, Jakarta. 4. Murray, Robert (et,al)., 2001, Harpers Review Of Biochemistry., Edisi 25, EGC., Jakarta. 5. Arbianto,P., 1993, Biokimia Konsep-Konsep Dasar, DEPDIKBUD, DIKTI, Proyek Pendidikan Tenaga Akademik; Jakarta. 6. Poedjiadi,A., 1994, Dasar-Dasar Biokimia. Universitas Indonesia-Press.