PNAS-2006-Cruz-Vera-3598-603

Studi in vitro telah menetapkan bahwa triptofan bebas menginduksi TNA ekspresi operon dengan mengikat ribosom yang baru saja menyelesaikan sintesis TnaC-tRNAPro prekursor peptidil-tRNA dari peptida pemimpin operon ini! Tryptophan bertindak dengan menghambat Release "aktor pembelahan #-dimediasi ini-peptidil tRNA pada tnaC berhenti kodon! $i sini kita menganalisis lokasi ribosom dari gratis triptofan perubahan menghasilkan dalam ribosom dan peran dari peptida TnaC-tRNAPro baru lahir dalam memfasilitasi tryptophan mengikat dan induksi! Para posisi perubahan nukleotida #%S rRNA yang terjadi selama induksi yang terdeteksi dengan menggunakan metilasi perlindungan dan pengujian persaingan mengikat! Ribosomkompleks TnaC-tRNAPro dianalisis dibentuk se&ara in vitro mereka mengandung baik TnaC wild type-tRNAPro atau penggantinya nonfun&tional nya TnaC '()#R*-tRNAPro! Setelah membandingkan kedua peptidyltRNA- kompleks ribosom triptofan bebas ditemukan untuk memblokir metilasi dari A#+,# nukleotida dari wild type ribosom-TnaCtRNAPro kompleks tetapi bukan dari ribosom-TnaC '()#R*-tRNAPro kompleks! A#+,# nukleotida dalam transferase peptidil ribosomal pusat! Tryptophanol pesaing nonindu&ing triptofan tidak efektif dalam menghalangi metilasi A#+,# namun hal itu membalikkan efek perlindungan dari tryptophan! -ratis triptofan menghambat puromy&in pembelahan TnaC-tRNAPro tetapi juga menghambat mengikat dari sparsomy&in antibiotik! .fek-efek ini tidak diamati dengan TnaC '()#R* kompleks mutan-tRNAPro! Temuan ini menetapkan bahwa trp-)# dari TnaC-tRNAPro diperlukan untuk memperkenalkan spesifik perubahan di pusat transferase peptidil dari ribosom yang mengaktifkan triptofan bebas mengikat sehingga peptidil transferase hambatan! triptofan -ratis mun&ul untuk bertindak pada atau dekat situs pengikatan beberapa antibiotik dalam transferase peptidil pusat!

PNAS-2006-Gindulyte-13327-32

/enggunakan mekanika kuantum dan pemanfaatan diketahui kristalografi koordinat tRNA substrat terletak di peptidil ribosom transferase pusat sekitar sumbu # kali lipat kami telah menyelidiki mekanisme untuk pembentukan peptida-ikatan! Perhitungan ini didasarkan pada pilihan dari +0 atom dianggap penting dalam mekanisme! 1ami menggunakan teori kerapatan fungsional untuk mengoptimalkan geometri dan energi negara transisi 'TS* untuk pembentukan peptida-ikatan! The TS terbentuk bersamaan dengan gerakan berputar memungkinkan translokasi akhir % A-situs tRNA ke situs P dan kami memperkirakan besarnya sudut rotasi antara A-situs posisi awal dan tempat di mana TS terjadi! 2ang dihitung TS energi aktivasi .a adalah %+ + kkal ') kkal 3!)4 k5* mol dan peningkatan ikatan hidrogen antara situs-A berputar tRNA dan ribosom nukleotida sebagai bentuk TS mun&ul untuk menstabilkan ke nilai kualitatif diperkirakan akan )4 mol kkal! The geometri dioptimalkan sesuai dengan struktur di mana ikatan peptida sedang dibentuk sebagai obligasi yang lain sedang rusak di sedemikian rupa untuk melepaskan tRNA P-situs sehingga bisa keluar sebagai molekul bebas dan digantikan oleh tRNA Sebuah situs-pemindahan!

Pada formasi TS # 67 dari situs-P tRNA A,8 membentuk ikatan hidrogen dengan atom oksigen dari gugus karboksil dari asam amino melekat pada tRNA A-situs yang mungkin menunjukkan nya peran katalitik konsisten dengan eksperimen biokimia baru-baru ini!

PNAS-2006-Wilden-13670-5

The translokasi tRNA dan mRNA melalui ribosom dipromosikan oleh perpanjangan faktor '."--* sebuah -TPase yang menghidrolisis -TP selama reaksi! 9aru-baru ini dilaporkan bahwa dalam kontras pengamatan sebelumnya afinitas ."-- jauh lebih lemah untuk -TP daripada P$9 dan bahwa ribosom-katalis P$9--TP pertukaran akan diperlukan untuk translokasi :;avialov A< 7auryliuk << .hrenberg / '#00+* 5= 03>0? 9iol! 1ami telah reinvestigated -TP P$9 mengikat dan menunjukkan bahwa ."-- mengikat -TP dan P$9 dengan afinitas di kisaran #0 sampai 30 / '%, @ C* sesuai dengan laporan sebelumnya! Selanjutnya P$9 pertukaran yang sangat &epat pada terikat ."-- terhambat daripada diper&epat pada ribosom yang 6leh karena itu bukan faktor nukleotida-tukar untuk ."--! The ."- -$PNP kompleks yang sangat labil distabilkan %0!000 kali lipat oleh mengikat ribosom! Temuan ini bersama-sama dengan sebelumnya hasil kinetik mengungkapkan bahwa ."-pretranslo&ation memasuki ribosom dalam bentuk -TP-terikat dan ribosome&ompleA menunjukkan bahwa pada saat pembentukan saku nukleotida-pengikatan ."-- ditutup mungkin dalam hubungannya dengan aktivasi -TPase! -TP hidrolisis diperlukan untuk gerakan tRNA-mRNA &epat dan Pi rilis menginduksi penyusunan ulang lebih lanjut dari kedua ."-dan ribosom yang diperlukan untuk turnover ."--!

PNAS-2007-David vi!"-#291-6

9aru wawasan fleksibilitas fungsional di transferase peptidil pusat 'PTC* dan sekitarnya diperoleh dengan analisis pleuromutilins mengikat mode ke ribosom! Struktur kristal $eino&o&&us radiodurans subunit ribosom besar dikomplekskan dengan masing-masing tiga pleuromutilin derivatif> retapamulin 'S9-#,+4%%* S9-#40040 dan S9-+,)+)? menunjukkan bahwa semua mengikat ke PTC dengan berorientasi inti mereka sama di situs A-dan ekstensi C)3 mereka menunjuk ke arah P-situs! 1e&uali untuk jaringan 7-ikatan dengan nukleotida tunggal -#08) yang melibatkan kelompok keto penting dari ketiga senyawa hanya kontak hidrofobik minor yang terbentuk antara pleuromutilin yang C)3 ekstensi dan komponen ribosom konsisten dengan PTC toleransi terhadap keragaman asam amino! .fisien obat modus mengikat di&apai oleh suatu mekanisme yang didasarkan pada gerakan indu&ed-fit mengeksploitasi ribosom fleksibilitas fungsional intrinsik dan mengakibatkan konformasi penyusunan ulang bahwa segel saku pleuromutilin-mengikat dan mengen&angkan itu! Studi Perbandingan mengidentifikasi jaringan remote interaksi di sekitar PTC menunjukkan bahwa selektivitas pleuromutilins diperoleh oleh nukleotida non&onserved bertempat tinggal di sekitar PTC dalam mode menyerupai allosterism! $emikian juga pleuromutilin tahan mekanisme melibatkan nukleotida yang berada di lingkungan dari mengikat saku konsisten dengan pembangunan mereka lambat-resistensi tarif!

PNAS-2007-$ r %telev-168#0-3

Struktur kristal dari sebuah kompleks inisiasi ribosom ,0S seperti berisi Shine-$algarno 4-bp 'S$* heliA ditentukan di %!4-B resolusi! Terjemahan-libration-sekrup analisis menunjukkan bahwa gerakan anisotropik melekat pada heliks S$ yang bias sepanjang sumbu heliks tersebut menunjukkan bahwa selama langkah pertama translokasi bergerak sepanjang sumbu heliA S$ heliks nya sekrup! 1ontak antara heliks S$ dan ribosom terutama melalui interaksi dengan heliks #%a #8 dan #4 dari )8S rRNA! 1ontak dengan leher 'heliA #4* dari subunit %0S dekat titik engsel menunjukkan bahwa pembentukan heliks S$ dapat mempengaruhi posisi kepala dari subunit %0S untuk interaksi yang optimal dengan tRNA inisiator! The C,#% menonjol dalam heliA #%a berinteraksi dengan alur minor S$ heliA pada C)+%?---)0 pasangan dasar menjelaskan konservasi selektif pada bakteri dan ar&haea!

PNAS-2008-Petr ne-165#9-5#

ribosom adalah katalis kompleks besar bertanggung jawab atas sintesis protein baru fungsi penting bagi kehidupan! 9aru protein mun&ul dari ribosom melalui terowongan keluar sebagai mulai lahir rantai polipeptida! Temuan terbaru menunjukkan terowongan yang interaksi dengan rantai polipeptida baru lahir mungkin relevan untuk pengaturan terjemahan! Namun khusus ribosomal fitur struktural yang memediasi proses ini tidak diketahui! Pertunjukan simulasi dinamika molekul kita sedang mempelajari interaksi antar komponen dari ribosom dan keluar terowongan berbeda kimia probe 'khusus samping asam amino yang berbeda rantai atau ion anorganik monovalen*! energi bebas kami menggambarkan peta lingkungan fisikokimia terowongan mengungkapkan mengikat &elah-&elah dan bebas hambatan energi untuk asam amino tunggal dan ion! Simulasi kami menunjukkan transportasi yang keluar dari terowongan bisa jadi berbeda untuk beragam jenis asam amino! Selain itu kami memprediksi hasil interaksi protein-RNA terkenal antara fleksibel Protein D%? #%S rRNA tetraloop 'gerbang* dan ribosom 'lat&h* yang berpotensi menghambat keluar dari terowongan! $engan berhubungan kami simulasi data untuk studi biokimia sebelumnya kami mengusulkan bahwa fitur ribosom di pintu keluar terowongan dapat memainkan peran dalam peraturan keluar rantai baru lahir dan fluks ion! Selain itu kami energi bebas peta mungkin menyediakan konteks untuk menginterpretasikan seEuen&edependent mulai lahir rantai fenomenologi!

PNAS-2009-&erndt-1398-#03

Sorting membran eukariotik dan protein sekresi tergantung atas pengakuan ribosom terikat sinyal urutan rantai baru lahir oleh partikel sinyal pengakuan 'SRP*! /odel saat ini menunjukkan bahwa siklus SRP dimulai ketika urutan sinyal mun&ul dari terowongan ribosom dan mengikat SRP! Then perpanjangan diperlambat sampai ribosom-baru lahir SRP-terikat rantai kompleks 'RNC* adalah ditargetkan ke reseptor SRP dalam retikulum endoplasma '.R* membran! The RNC ini kemudian ditransfer ke translo&on tersebut SRP adalah dirilis dan resume terjemahan! 1arena RNCs tidak menargetkan untuk translo&on se&ara efisien jika rantai baru lahir menjadi terlalu panjang jendela untuk SRP untuk mengidentifikasi substrat adalah pendek! 1ita sekarang menunjukkan bahwa sinyal transmembran-jangkar urutan 'SA* se&ara signifikan meningkatkan pengikatan SRP untuk RNCs bahkan sebelum SA mun&ul dari terowongan ribosom! $alam mode ini SRP tidak kontak SA langsung tetapi di dekat bagian yang baru lahir polipeptida yang telah meninggalkan terowongan ribosom! Awal perekrutan SRP menyediakan mekanisme untuk memperluas jendela untuk identifikasi substrat! 1ami menyarankan bahwa dinamika interaksi SRP-ribosom dipengaruhi tidak hanya oleh langsung mengikat dari SRP ke urutan sinyal disinari tetapi juga oleh sifat menerjemahkan ribosom yang dipi&u dari dalam terowongan!

PNAS-2009-Ca'rita-22239-##

Cara dimana rantai polipeptida memperoleh unik %-$ struktur adalah pertanyaan mendasar dalam biologi! Selama sintesis pada rantai suatu ribosom baru lahir 'NC* mun&ul ve&torially dan akan mulai untuk melipat dalam mode &otranslational! Dingkungan kompleks sel ditambah dengan mun&ulnya bertahap-ribosom tertambat NC selama sintesis nya memaksakan pembatasan konformasi pada Surat lipat lanskap yang berbeda dari yang ditempatkan pada protein terisolasi jika dirangsang untuk melipat berikut denaturasi dalam larutan! Cntuk mulai untuk memeriksa lipat &otranslational karena akan terjadi dalam sel kita menghasilkan sangat selektif NCS isotopi&ally berlabel terikat isotopi&ally diam ribosom in vivo! 1ami kemudian menerapkan N/R spektroskopi untuk studi pada tingkat residu tertentu konformasi terdiri NCS fraksional dari panjang yang berbeda dari rantai polipeptida yang sesuai dengan protein tertentu! Pendekatan gabungan memberikan kuat &ara menghasilkan serangkaian snapshot dari lipatan NC sebagai itu mun&ul dari ribosom! Penerapan strategi ini untuk theN/R analisis sintesis progresif dari domain Fg-seperti mengungkapkan keberadaan spesies ribosom-terikat sebagian dilipat yang mungkin merupakan suatu spesies antara penduduknya selama &otranslational proses lipat!

PNAS-2009-C rni%"-2571-6

Tangkai D) adalah domain mobile dari situs . subunit besar ribosom yang berinteraksi dengan siku dari tRNA dea&ylated selama protein sintesis! $i sini dengan menggunakan fret satumolekul kita mengikuti real-time dinamika tangkai D) dan amati gerakannya relatif terhadap tubuh subunit besar antara minimal % berbeda menyatakan konformasi> terbuka setengah tertutup dan sepenuhnya tertutup! Pretranslo&ation ribosom mengalami fluktuasi spontan antara terbuka dan tertutup penuh negara! Sebaliknya posttranslo&ation ribosom berisi tRNA peptidiltRNA dan dea&ylated di P klasik G P dan G . . menyatakan masing-masing adalah tetap dalam setengah tertutup konformasi! $alam ribosom dengan situs . kosong tangkai D) diamati baik dalam konformasi tertutup penuh atau terbuka penuh! 9eberapa baris menunjukkan bukti bahwa tangkai D) bisa bergerak se&ara independen rotasi intersubunit! Temuan kami mendukung model di mana mobilitas tangkai D) memfasilitasi mengikat gerakan dan pelepasan tRNA dea&ylated melalui perbaikan struktur +0S situs . subunit antara % konformasi yang berbeda sesuai ke . G kosong . hibrida P G . dan negara klasik!

PNAS-2009-(arada-69#5-9 6ligosa&&haryltransferase 'PD* transfer gly&ans tinggi mannose-jenis ke polipeptida baru lahir yang diterjemahkan oleh ribosom terikat membran dan translokasi ke dalam lumen endoplasma retikulum melalui kompleks translo&on Se&8)! $alam artikel ini kami menunjukkan bahwa ribosom dimurnikan dan PD dapat membentuk biner kompleks dengan stoikiometri ) to ) di hadapan deterjen! 1ami menyajikan bukti bahwa PD dapat mengikat besar ribosomal subunit dekat lokasi di mana baru lahir polipeptida keluar! 1ami lebih lanjut menunjukkan bahwa PD dan kompleks Se&8) dapat se&ara bersamaan mengikat ribosom in vitro! 9erdasarkan data yang ada dan kami temuan kami mengusulkan bahwa translokasi &otranslational dan Ngly&osylation dari polipeptida baru lahir dimediasi oleh terner supramolekul kompleks yang terdiri dari PD kompleks Se&8) dan ribosom!

PNAS-2009-)in-697#-9 Restri&to&in milik keluarga ribonu&leases situs-khusus yang membunuh sel oleh menonaktifkan ribosom! The restri&to&in-ribosom laju konstan mengikat diamati melebihi )!0)0 / ) s )! 1ami telah mengembangkan teori transient-kompleks untuk model mengikat tingkat protein-protein dan kompleks protein-RNA! Teori memprediksi tingkat konstan sebagai ka ka0 eAp '-el H G 19T* dimana ka0 adalah tingkat basal konstan untuk men&apai kompleks transient terletak di batas luar negara terikat se&ara random difusi dan -el H adalah interaksi elektrostatik rata-rata gratis energi kompleks transien! $i sini kita diterapkan transient&ompleA yang teori untuk membedah tinggi restri&to&in-ribosom mengikat laju konstan! 1ami menemukan bahwa tingkat pengikatan restri&to&in ke sar&in terisolasi G risin loop elektrostatis ditingkatkan dengan %00 lipat mirip dengan hasil yang ditemukan di lain-protein protein dan protein RNA kompleks! ribosom ini memberikan tambahan )0!000 kali lipat laju peningkatan karena dua mekanisme sinergis diberikan oleh daerah distal dari ribosom! Pertama mereka menyediakan tambahan elektrostatik tarik dengan restri&to&in! 1edua mereka reposisi kompleks transien ke wilayah di mana lokal elektrostatik interaksi restri&to&in dengan loop G sar&in risin adalah terutama menguntungkan! perhitungan kami merasionalisasi sejumlah eksperimental pengamatan dan mengidentifikasi strategi untuk meran&ang protein yang mengikat target mereka dengan ke&epatan tinggi!

PNAS-2010-Auer'a!"-1983-8 1ristalografi analisis menunjukkan bahwa poliketida ),-anggota lanka&idin antibiotik yang dihasilkan oleh Streptomy&es ro&hei mengikat pada transferase peptidil pusat subunit ribosomal euba&terial besar! 9iokimia dan studi fungsional diverifikasi temuan ini dan menunjukkan gangguan dengan pembentukan ikatan peptida! 1imia menyelidik menunjukkan bahwa lankamy&in ma&rolide yang kedua antibiotik diproduksi oleh spesies yang sama mengikat di situs tetangga di terowongan ribosom keluar! 1edua antibiotik dapat mengikat ribosom se&ara bersamaan dan menampilkan sinergi dalam menghambat bakteri pertumbuhan! Situs pengikatan lanka&idin dan sebagian lankamy&in tumpang tindih dengan situs mengikat sepasang antibiotik sinergis yang streptogramins! $engan demikian setidaknya dua pasang struktural senyawa berbeda telah dipilih dalam proses evolusi untuk bertindak se&ara sinergis dengan menargetkan situs-situs tetangga dalam ribosom! 7asil ini menekankan pentingnya yang sesuai ribosom situs untuk pengembangan klinis yang relevan antibiotik sinergis dan menunjukkan utilitas struktural analisis untuk memberikan arah baru untuk penemuan obat!

PNAS-2010-Dun*le-17152-7 Perbedaan antara struktur bakteri ar&haea dan ribosom eukariotik a&&ount untuk tindakan selektif antibiotik! 9ahkan variasi ke&il dalam struktur ribosom yang berbeda spesies bakteri dapat menyebabkan istimewa interaksi spesies-spesifik obat dengan target mereka! /eskipun kristalografi struktur antibiotik terikat pada pusat transferase peptidil atau terowongan keluar dari ar&haea '7aloar&ula marismortui* dan bakteri 'Radiodurans $eino&o&&us* subunit ribosom besar telah dilaporkan masih belum jelas apakah interaksi antibiotik dengan ribosom ini akurat men&erminkan dengan ribosom bakteri patogen! $i sini kami melaporkan struktur kristal I-sinar .s&heri&hia &oli ribosom di kompleks dengan klinis penting antibiotik dari empat kelompok utama termasuk eritromisin ma&rolide yang telithromy&in ketolide yang klindamisin lin&osamide dan pheni&ol kloramfenikol pada keputusan B J %!%-%!3 B! mode Pengikatan tiga antibiotik ini menunjukkan variasi penting dibandingkan dengan struktur yang telah ditentukan sebelumnya! 9iokimia dan bukti-bukti struktural juga menunjukkan bahwa interaksi telithromy&in dengan ribosom .! &oli lebih mirip mengikat ribosom bakteri patogen obat! Sekarang data lebih lanjut berpendapat bahwa identitas nukleotida ,+# #80? dan #0++ dari #%S ribosomal RNA menjelaskan di bagian spektrum dan selektivitas tindakan antibiotik!

PNAS-2010-$urata-1085#-9 Setelah setiap putaran biosintesis protein posttermination yang kompleks 'PoTC* yang terdiri dari mRNA ribosom dan tRNA harus dibongkar menjadi komponen-komponen untuk sebuah newround terjemahan! $i sini kami menunjukkan bahwa model &erevisiae PoTC adalah dibongkar oleh ATP dan eukariotik perpanjangan faktor % 'e."%*! -TP atau FTP difungsikan dengan efisiensi kurang dan adenosin +KL-'M Kimido* trifosfat tidak berfungsi sama sekali! The k&at dari e."% adalah )!)# min-) yang sebanding dengan yang di inisiasi vitro langkah! Reaksi pembongkaran dihambat oleh aminoglikosida dan &y&loheAimide! Sub-unit yang terbentuk dari model ragi PoTC tetap terpisah dalam kondisi ion dekat dengan yang ada dalam vivo menunjukkan bahwa mereka siap untuk memasuki proses inisiasi! 9erdasarkan per&obaan teknik onour digunakan dalam makalah ini lepaskan mRNA dan tRNA dan disosiasi ribosom terjadi se&ara bersamaan! Tidak ada N 30S mRNA kompleks diamati menunjukkan bahwa e."% tindakan mempromosikan daur ulang ribosom tidak reinitiation!

PNAS-2010-+unr -709-1# /ekanisme translokasi substrat melalui ribosom sentral dalam menerjemahkan &epat dan setia mRNA menjadi protein! Tingkat langkah-pembatas dalam translokasi adalah proses unlo&king yang termasuk pembentukan sebuah Ounlo&kedO keadaan antara yang memerlukan konvergensi peristiwa konformasi skala besar dalam ribosom termasuk pembentukan negara tRNA hibrida penutupan tangkai domain ribosom D) dan rat&heting subunit! $i sini oleh pen&itraan kompleks pretranslo&ation ribosom dari beberapa perspektif struktural menggunakan dua-dan tiga-warna tunggal-molekul fluoresensi resonansi transfer energi kita amati bahwa tRNA hibrida menyatakan pembentukan dan penutupan tangkai D) peristiwa penting bagi mekanisme unlo&king tidak ketat ditambah! Temuan penelitian menunjukkan bahwa negara membuka di&apai melalui bertingkat-stokastik proses di mana besarnya tergantung kopling konformasi pada sifat tRNA substrat! $ata ini menunjukkan bahwa selular mempengaruhi mekanisme kopling proses konformasi pada ribosom dapat mengatur proses perpanjangan penerjemahan!

PNAS-2010-Sideri-639#-9 PeroAiredoAins 'PrAs* adalah antioksidan yang melindungi sel-sel di mana-mana terhadap stres oksidatif! 1ami menunjukkan bahwa ragi Tsa)GTsa# PrAs &olo&aliPe ke ribosom dan fungsi untuk melindungi terjemahan SCP%+ "aktor pemutusan terhadap pembentukan stres oksidatif-indu&ed konformasi diwariskan nya :PSF Q= prion! $alam tsa) tsa# :psi-= :PFN Q= strain frekuensi :PSF Q= de novo pembentukan se&ara signifikan ditinggikan! The PrAs Tsa)GTsa# seperti PrAs #-Cys lainnya memiliki dual kegiatan sebagai peroksidase dan pendamping dan kami menunjukkan bahwa aktivitas peroksidase diperlukan untuk menekan de spontan novo :PSF Q= pembentukan prion! /olekul oksigen diperlukan untuk :PSF Q= prion formasi sebagai pertumbuhan dalam kondisi anaerob men&egah prion formasi di tsa) tsa# mutan! Sebaliknya oksidatif kondisi stres disebabkan oleh paparan hidrogen peroksida mengangkat tingkat de novo :PSF Q= pembentukan prion menyebabkan meningkatkan penindasan ketiga kodon terminasi di tsa) tsa# mutan! $iubah translasi kesetiaan dalam :PSF Q= strain mungkin menyediakan mekanisme yang mendukung variasi genetik dan fenotipik keanekaragaman '9enar 7D DindEuist SD '#000* Nature 30,>3,,-34%*! $alam perjanjian kita menemukan bahwa pembentukan prion menyediakan sel-sel ragi dengan keuntungan yang adaptif dalam kondisi stres oksidatif seperti penghapusan dari prion :PSF Q= dari tsa) tsa# membuat mutan yang dihasilkan :psi-= sel :pin-= hipersensitif terhadap peroksida hidrogen! $ata ini mendukung model yang berfungsi untuk melindungi PrAs mesin ribosom terhadap kerusakan oksidatif tapi ketika sistem ini menjadi kewalahan :PSF Q= pembentukan prion menyediakan mekanisme untuk mengungkap sifat genetik bahwa bantuan kelangsungan hidup saat kondisi stres oksidatif!

PNAS-2010-Wallin-1888-93 9aru-baru ini kemajuan dalam menjelaskan proses pembentukan ikatan peptida pada ribosom telah menyebabkan pengertian tentang mekanisme antar-jemput proton dimana kelompok #L-hidroksil dari tRNA P-situs memainkan peran kun&i dalam mediasi transfer proton antara nukleofil dan meninggalkan kelompok sedangkan kelompok ribosom tidak aktif berpartisipasi dalam reaksi! /eskipun kemajuan ini sifat rin&i tentang negara transisi untuk transfer peptidil dan peran beberapa terperangkap molekul air di pusat transferase peptidil tetap utama pertanyaan terbuka! $i sini kita menggunakan bahan kimia kuantum tingkat tinggi perhitungan ab initio untuk men&ari dan &iri transisi global menyatakan untuk reaksi digambarkan oleh model meliputi molekuler semua elemen kun&i pusat reaksi! Aktivasi dihitung .ntalpi serta struktur yang dalam perjanjian yang sangat baik dengan data eksperimental dan menunjukkan kelayakan delapan-beranggota OProton ganda antar-jemputO mekanisme di mana seorang pembantu molekul air yang diamati baik dalam simulasi komputer dan kristal struktur aktif berpartisipasi! Sebuah molekul air kedua dilestarikan ditemukan untuk menjadi kun&i penting untuk menstabilkan mengembangkan muatan negatif pada substrat dan kehadiran oAyanion adalah katalis menguntungkan baik dari segi entalpi dan entropi aktivasi! Transisi negara dihitung baik untuk enam dan delapan beranggota mekanisme yang selalu terlambat dan tidak melibatkan signifikan biaya pengembangan gugus amino menyerang! Prediksi kinetik efek isotop konsisten dengan gambar ini adalah sama dengan yang diamati untuk reaksi aminolysis ester un&atalyPed dalam larutan!

PNAS-2011-Gu -39#7-51 1esetiaan seleksi terjemahan dimulai dengan dasar pasangan dari kodon-antikodon kompleks antara m-RNA dan tRNA! /engikat dari tRNA kognitif dan dekat-kognitif menginduksi %0S subunit dari ribosom untuk membungkus di sekitar kompleks terner ."-Tu '-TP* aa-tRNA! 1ami telah mengusulkan bahwa fluktuasi termal besar memainkan peran peran dalam proses seleksi! Cntuk menguji dugaan ini kami telah mengembangkan teknik teoritis untuk menentukan probabilitas bahwa terner kompleks sebagai akibat dari fluktuasi termal besar bentuk kontak yang mengarah ke stabilisasi negara -TPase diaktifkan! 1ami berpendapat bahwa konfigurasi men&ari proses tersebut berada di ujung ekor distribusi probabilitas dan menunjukkan bahwa probabilitas untuk a&ara ini adalah yang terlokalisasi sekitar paling mungkin konfigurasi! 1e&il variasi di reposisi serumpun relatif terhadap kompleks dekat-serumpun menyebabkan peningkatan tingkat kompleks serumpun! Pengikatan energi lebih dari selusin unik motif magnesium situs-terikat struktural diselidiki dan memberikan wawasan ke dalam sifat interaksi logam divalen ion dengan ribosom!