REKOMBINASI: PENGERTIAN, HUBUNGAN DENGAN MUTASI, PERAN

TERHADAP PROSES EVOLUSI

RESUME

Untuk Memenuhi Tugas Terstruktur Mata Kuliah Genetika II
yang diampu oleh Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, S.Pd, M.Pd

Oleh :
Kelompok 3 Offering H 2012
Genetika Selasa
Allysa Khanza 120342422475
Megawati 120342422462


The Learning University


UNIVERSITAS NEGERI MALANG
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
SEPTEMBER 2014
Tugas harian ke 9
9
BAB 7
REKOMBINASI, PENGERTIAN, HUBUNGAN DENGAN MUTASI, PERAN
TERHADAP PROSES EVOLUSI SERTA KEJADIANNYA
Dasar percobaan pesilangan pada Drosophila melanogaster, di ajukan oleh Morgan
yang dalam pengajuannya berisi interprestasi tentang pautan. T.H Morgan juga merupakan
orang pertaman yang menghubungkan pautan dan pemisahan keromosom-kromosom
homolog maupun kejadian pindah silang antara kromosom-kromosom holmolog selama
miosois. T.H Mengajukan hipotetisi bahwa selama miosis berlangsung pertukaran fisik antara
kromosom-kromosom yang berakibata terjadinya rekombinasi genetic. Bukti adanya
rekombinasi genetic dengan dasar hasil percobaan H.B Creighton dan B. Mc. Clintock pada
jagung.
Pengertian Rekombinasi Dan Hubunngannya Dengan Mutasi
Rekombinasi diartikan sebagai peristiwa pembentukan suatu asosiasi baru dari
molekul-molekul DNA atau Kromosom (Ayala, dkk, 1984). Sumbe rlain menyatakan bahwa
rekombinasi adalah proses yang berakibat terbentuknya kombinasi-kombinasi gen yang baru
pada kromosom. Antara rekombinasi dan mutasi sebernya tidak ada hubungan, terkecuali
bahwa keduaa peristiwa itu sama-ssama menimbulkan perubahan genetic dan beberpa
oeristiwa peristiwa itu sam-sama menimbulkan perubahan matei genetic fenotip yang
laszimnya merupakan dampak mutasi.
Peran Rekombinasi Terhadap Proses Evolusi
Pindah silang bersama dengan kombinasi secara bebeas merupakan mekanisme-
mekanisme yang menghasilkan kombinasi-kombinasi gen yang baru. Pada kenyataannya
rrekombinasi memeang merupakan suatu mekanisme sumebr variasi genetic. Evolusi
mekanisme-mekanisme yang mendorong perubahan genetic antar indivisu benar-benar nyata
dalam biologi seluruh organism,melai dari prokariot hinggan eukariot tinggi. Rekombinasi
juga mungkin sel untuk memperbaiki urutan-urutan nuleotida yang hilang dengan cara
mengganti baguan yang rusak dengan sepenggal DNA yang berasal dari kromosom homolog.
Daerah homolog itu urutan-urutan nukleotida sama atau sekurang-kurangnya sangat
mirip. Lebih lanjut molekul-molekul itu berjajar berdampingan, serta berinteraksi melalui
pertukaran bagian-bagian polinukleotida yang identik. Pertukaran bagian-bagian itu dikatalis
oleh enzim endonuklease. Di pihak lain terbentunya pecabangan pindah sikakng itu
menimbulkan/menghasilkan suatu heteroduplleks. Celah atau bagian yang terputus itu akan
tertutup oleh enzim ligase DNA, dan selanjutnya unting-unting ditukar melallui mirgrasi
cabang dalam hal ini titik pindaj silang migrasi sepanjang kedua molekul. Struktur yang
berperan dalam rekombinasi diseut dengan Holliday Intermediet atau recombination
intermediet atau chi from. Struktur tersebut ditemukan pada E.coli khususnys terkait dengan
plasmid ColE. Plasmid ColE berbentuk cincin.
Pembentukan Stuktur Holliday Pada Makhluk Hidup Eukariotik.
Model holyday mempertimbangkan kejadian terputusnya satu unting yang berlanjut
dengan berlangsungnnya pertukaran resiprok unting-unting tungggal. Mengakibatkan
terbentuknya DNA heteroduplex yang simestris oada ke dua pihak yang terlibat pada proses
pertukaran. Namun hanya ada satu pihak yang memiliki DNA heterodupiex, hal ini berarti
bahwa tidak terjadi pertukaran resiprok atau tidak terjadi pertukaran unting yang asimetrik.
Berkenaan dengan pertukaran unting aasimetrik dikenal ada dua model yang
memperjelasnya. Penjelasan kedua model itu sama-sama menju kepada pembantukan suatu
Holliday, meskipun jalur tersebut berbeda. Kedua model yang dimaksud itu adalah Meselson
Radding sreta model pemutudsn unting ganda dan perbaikannya. Pada model Meselson-
Radding bermamfaat unyuk menjelaskan kenyankan osbervasi atas gen conversion mapun
atas segresi yang menyimpang. Sedangka untuk pemutusan unting ganda dan perbaikannya
tidak hanya menjelaskan sejumlah observasi khan yang berkenaan dengan rekombinasi pada
khamir, tetapi juga observasi yang dapat dijelaskna dengan baik melalui model Meslson-
Radding.







BAB 8
REKOMBINASI PADA MAKHLUK EUKARIOTIK.
Pada masa kini rekombinasi melalui pindah silang yang petama kali di kemukaan oleh
T.H Morgan dan para peneliti selanjutnya. Di katakana bahwa pindah silang umumnya
terjadi salama miosis oada makhluk hidup berkelamin betina maupun jantan dan antara
semua pasangan kromosom.
Pindang Silang Pada Miosis Makhluk Hidup Eukariotik
Peristiwa pindah silang terjadi Selma sinapsis dari kromosom-kromosom homolog
pada zygote dan pachiten dari profase 1 miosis. Pindah silang yang dimaksud adalah pindah
silang pada makhluk hidup yang pembelahan reduksinya berlangsung selama miosis 1.
Peristiwa pindah silang terjadi snata keempat kromatid itu, tetapi yang terjadi antara dua
kromosom sesaudara. Pada individu jantan dalam banyak jenis dipetra termsuk dalam marga
Drosophila peristiwa pindah dilan tidak trejadi.Pindah silang pada makhluk hidup eukarotik
berlangsung Selama tahap tertad pasca replikasi.
Perstiwa ini biasnya digunakan pada hewan N. crassa, dimna memamng mempunyai
mamfaat dan sifat yang diantranya:
1. Misosi berlangsung setelah fusi kedua inti dari dua tipe kemlamin yang menyebabkan
terbentuknya satu inti diploid
2. Ascospora-ascospora (haploid) hasil miosi tersesun secara linier di dalam struktur
tabung yang disebut ascus.
3. Ascospora-ascospra haploid tumbuh dan berkemban menghasilkan miselia
multiseluler, yang seluruh selnya tetap haploid.
4. Dapat tumbuh pada suatu medium buatan sederhana yang hanya mengandun garam-
garam organic.
5. Perkembanng bikan kawin dan tak kawin dapat mempertahankan genotip strain
tertentu.
Pemetaan Kromosom
Pengkajian pindah sialng diungkapkan bawa factor-faktor gen tersusun secara linier
spanjang kromosom. Pertukuran bagian-bagian antara kromosom homolog memang
menyebabkan perubahan posisi fakor gen tertentu dari suatu kromosom pasangan
homolognya. Pada droso[hila pindah silang hanya terjadi Selma miosis pada individu
betina. Frekuensi tipe-tipe rekombinan sebesar 6.25% yang jauh dari frekuensi 50%,
batasan besar frekuensi tipe-tipe rekombinan yang menjamin berlangsungnya proses
pilihan bebas. Rekombinasi adalah jarak relative anatara dua factor (gen) pada suatu
kromosom, dalam arti bahwa posisi salah satu factor secara arbiter dipandang sebagai
posisi awal. Persilangan yang digunkan adalah minimal seca khusus memperlihtakan dua
tanda beda pada suatu kromosom, namun kedua factor gen terletak paa kromsom yang
sama. Cara perhitungan frekuensi rekombinan dapat dilihat kembali pada :
1. Pemetaan kromsom yang memamfatkan sarana persilangan trihibridisasi adalah
melibatkan 3 faktor gen yang terpaut dalam kromoom. Dimana urutan ketiga factor
ini liner pada untaian kromosom. Selain itu tipe rekombinasi tidak dapat terbentuk
sendiri-sendiri sehinggan mempertergas bahwa factor gen tersusun secara linier.
2. Inferensi genetic adalah apabila letak factor-faktor tidak terlalu jauh mana frekuensi
rekombinan dapat dipandan sebagai suatu perkiraan probalitas bahawa suatu peristiwa
rekombinan akan terjadi anatar factor. Niali inferensi dapat dihitung dengan cara I =
1-c, dimana c adalah koefesien koinsiden yang merupakan hasil bagi. Rentang niali
inferensi antara 0-1 disebut interferensi positiif, untuk lebih dari 1 disebut pindah
silang tambahan.
Pemetaan Gen pada Neurospora crassa, Khamir, dan Chlamydomonas reinhardii
Pemetaan gen atas dasar frekuensi pindah silang sebagaimana yang diterapkan pada
mahkluk hidup eukariotik diploid juga dapat diterapkan pada yang sedang berada dalam
siklus hidup haploid (Russel, 1992). Dalam hal ini pemetaan gen seperti tersebut memang
dapat diteapkan pada Neurospora crassa, Khamir, dan Chlamydomonas reinhardii yang
sedang berada pada siklus hidup haploid, bahkan pelaksanaan pemetan itu lebih sederhana.
Secara teknis spora N crassa dan khamir dapat diinduksi untuk tumbuh, sehingga individu
haploid yang dihasilkan itu dpat di analisis. demikian pula produk miosis yang
bekemampuaan bergerak leluasa dalam air, dapat dianalisis secara langsung.

Rekombinasi Somatik
Pada mamalia ditemukna lima kelas protein antibody atau immunoglobin (Ig) yaitu Ig
A, Ig D, Ig E, Ig G, dan Ig M. Masing-masing kelomok antibody itu mempunyai rantai H
(Heavy) yang berbeda yaitu alpha, delta, epsilon, gamma serta lamda. Di lain pihak diketahui
ada dua tipe rantai L (light) yaitu K (kappa) serta lamda. Kedua tipe rantai itu ditemukan
pada seluruh kelas Ig, tetapi molekul antibody tertentu memiliki dua rantai K yang identik
ataupun rantai lamda yang identik (Russel, 1992).
Produksi molekul protein antibodi mencakup sintetis rantai polipeptida yang konstan
dan yang bervariasi pada tiap molekul. Diperkirakan bahwa suatu individu mamalia dapat
menghasilkan 10
6
10
8
antibodi yang brbeda. Pada rekombinasi genetik terjadi penataan
kembali molekul DNA, yang meliputi penyambungan berbagai segmen gen membentuk suatu
gen, yang kemudian ditranskripsikan mnghasilkan suatu rantai Ig. Proses rekombinasi genetik
itu sudah berlangsung selama perkembangan sel B.

Rekombinasi Mitosis
Pada beberapa organisme pindah silang dapat terjadi selama mitosis, contohnya pada
persilangan strain Drosophilla yang memberikan keturunan sebagian besar betina berfenotip
wild-type. Pindah silang pada mitosis terjadi pada suatu tahap yang serupa atau mirip dengan
tahap tetrad meiosis. Dalam hal ini dinyatakan bahwa (sangat jarang) sesudah tiap kromosom
mengalami replikasi, mendahului metaphase, du kromatid yang berasal dari tiap kromosom
induk jantan maupun betina berkumpul membentuk suatu tertrad yang analog dengan
bentukan tetrad meiosis, dan pada tahap itulah pindah silang dapat terjadi.


Rekombinasi pada Organel
Rekombinasi tidak hanya terbatas pada gen-gen kromosom dalam inti, tapi juga
melibatkan gen sitoplasmik yang ada dalam organela-organela semacam mitokondria dan
sebagainya. Indikasi pertama tentang adanya rekombinasi antara gen-gen sitoplasmik
dilaporkan pada Clamydomonas yang peka terhadap antibiotic neamin dan streptomisin
dengan strain yang resisten, hasil persilangannya berupa 1200 turunan dengan 20%
diantaranya merupakan tipe rekombinan padahal gen yang terkait terletak pada genom
kloroplas yang sirkuler.
BAB 9
ENZIM-ENZIM PADA PROSES REKOMBINASI

Enzim-enzim yang di Kode Gen rec A, rec B, dan rec C
Protein reca merupakan suatu enzim yang berperan pada rekombinasi umum (lazim)
maupun perbaikan DNA. Protein-protein reca memiliki fungsi antara lain: Berikatan pada
molekul DNA unting ganda maupun unting tunggal; Menggunakan energi yang diperoleh
dari hidrolisis ATP, untuk membuka DNA unting ganda, sehingga memungkinkan terjadinya
perpasangan dengan suatu DNA unting tunggal. Hal ini memungkinkan terjadinya sinapsis
molekul DNA yang memiliki urutan-urutan pasangan nukleotida yang mirip; Mengkatalisasi
suatu transfer unting berikutnya sehingga terbentuklah suatu jembatan silang (struktur
Holiday) yang selanjutnya diikuti dengan migrasi jembatan silang tadi; Memegang peran
utama pada perbaikan DNA. Protein reca memiliki suatu aktivitas proteolitik yang memotong
sekurang-kurangnya dua macam molekul repressor. Ke dua represor itu adalah repressor
profag lamda dan suatu produk dari gen lex A. Represor kedua ini mengatur tingkat ekspresi
gen reca maupun sejumlah gen yang terlibat pada mekanisme perbaikan DNA serta fungsi
survival yang disebut sebagai fungsi SOS.
Menurut Watson (1987), jika enzim recA dan recB tidak ada, maka hasil rekombinan
berkurang hingga ratusan kali lebih sedikit. Dikatakan pula bahwa kompleks ke dua enzim itu
(recBC) mempunyai berat molekul sekitar 300.000 dalton, serta memiliki aktivitas membuka
DNA maupun aktivitas nuklease. Kombinasi ke dua aktivitas itu memunculkan DNA unting
tunggal yang mempunyai suatu ujung bebas dan kondisi inilah yang mendorong enzim recA
mulai melaksanakan reaksi perpasangan. Enzim recBC mulai melakukan pembukaan lilitan
hanya pada DNA yang mengandung/memiliki suatu ujung dupleks yang bebas.
Disamping recA, recB dan recC ada juga beberapa gen lain yang produknya
dibutuhkan untuk terjadinya rekombinasi yang efisien, sekalipun fungsi khususnya belum
diketahui. Misalnya enzim nuklease yang bereran pada proses rekombinasi homoloh. Enzim
nuklease memotong sambungan Holiday sehingga memisahkan molekul DNA rekombinan.
Berkenaan dengan fungsi enzim nuklease, dinyatakan bahwa enzim recBC diduga juga
melaksanakan fungsi enzim tersebut. Contoh protein pada sintesis DNA antara lain protein
SSB yang membantu fungsi protein enzim recA.

Enzim Pada Insersi ke dalam Genom E. coli yang Terjadi Melalui Rekombinasi
Fag mengkode enzim integrase yang berperan pada saat insersi DNA fag ke dalam
genom E.coli. Insersi tersebut terjadi melalui rekombinasi pada tapak-tapak spesifik di ke dua
genom DNA dan hasil insersi melalui rekombinasi itu adalah terbentuknya satu molekul
sirkuler baru yang lebih besar.
Selain enzim integrase, insersi genom fag ke dalam genom E.coli juga
membutuhkan protein IHF (Integration Host Factor) serta ion-ion magnesium. Tapak-tapak
yang menjadi tempat berlangsungnya rekombinasi dalam rangka insersi itu adalah attP (pada
genom fag ) dan attB (pada genom E.coli). Enzim integrase juga dapat berperan sebagai
suatu enzim topoisomerase. Enzim topoisomerase ini membuat suatu pemutusan dalam posisi
menyamping.
Enzim integrase membutuhkan suatu homologi urut-urutan pada daerah inti meskipun
belum diketahui bagaimana enzim integrase mendeteksi homologi ini antara unting-unting
ganda sebelum dipotong dan dibuka. Selain itu, ketika suatu profag diinduksi untuk
tumbuh, maka keadaannya yang terintegrasi akan beralih dan peristiwa itu disebut eksisi,
DNA fag maupun bakteri terlepas dan bebas satu sama lain. Profag memulai eksisi dengan
cara mengekspresikan suatu protein yang disebut eksionase.











Pertanyaan
1. Mengapa factor gen harus berada dalam keadaan linier pada kromosom homolog ?
Jawaban : karena setiap factor tidak dapat berdiri sendiri-sendiri,dimana rekombinan
tidak dapat terjadi ketika factor gen tersebut tidak berada satu garis lurus pada
kromosom. Walaupun gen tersebut sepertinya berbeda namun mereka berada stu
kromosom naun hanya allele yang berbeda. Gen-gen yang tidak berada stu kromosom
tidak akn mengalami rekombinasi.

2. Mengapa peristiwa pindah silang terjadi selama miosis 1
Jawaban ; karena pada saat miosis 1 terjadi sinapsis dari kromsom-kromosom
homolog dan didalm miosis 1 terjadinya pembelahan reduksi pada saat pindah silang,
dan pindah silang sendiri akan terjadi padaat Selma interfase pada saat pasca tetrad
pasca replikasi yang mana kromosom sudah mengalami penggandaan dan membentuk
empat kromatid untuk tiap pasang kromosom homolog yang terjadi antara kromsom
homolog yang sesaudara atau identik.
3. Pada kenyataannya enzim integrase juga dapat berperan sebagai suatu enzim
topoisomerase, jelaskan!
Enzim topoisomerase ini membuat suatu pemutusan dalam posisi menyamping.
Enzim integrase membutuhkan suatu homologi urut-urutan pada daerah inti meskipun
belum diketahui bagaimana enzim integrase mendeteksi homologi ini antara unting-
unting ganda sebelum dipotong dan dibuka. Selain itu, ketika suatu profag diinduksi
untuk tumbuh, maka keadaannya yang terintegrasi akan beralih dan peristiwa itu
disebut eksisi, DNA fag maupun bakteri terlepas dan bebas satu sama lain. Profag
memulai eksisi dengan cara mengekspresikan suatu protein yang disebut eksionase.