Mikroorganisme yang digunakan dalam fermentasi roti adalah Saccharomyces cerevisiae
yang oleh masyarakat umum disebut ragi roti atau fermipan. Fungsi ragi roti adalah untuk membentuk roti sehingga mengembang dan muncul rongga udara. setelah adonan diuleni dan dicampur dengan ragi roti maka adonan yang sudah kalis ini didiamkan beberapa saat untuk memberi kesempatan khamir Sc ini tumbuh. selama tumbuh akan menghasilkan gas karbon dioksida. karena adonan kalis maka gas ini akan terjerap dalam adonan dan adonan akan mekar. jika adanan ini diolah lebih lanjut maka akan ada ruang dalam roti yang terbentuk misal pada roti tawar dan donat. jika tumbuhnya khamir ini kurang baik atau gas kurang maka jika dibuat roti akan tidak jadi atau disebut bantat. masyarakat kadang mnyaasati proses inidengan menggunakan soda kue karena karbonat juga akan dilepas seperti CO2 namun hasilnya akan lain karena menggunakan soda kue akan menghasilkan roti yang rapuh. Fermentasi Alkohol Produk beralkohol sangatlah beragam mulai dari pangan hingga energi. Produk pangan yang paling lama dikenal adalah wine dan bir. Mikroorganisme yang terlibat terutama adalah khamir dari genus Saccharomyces sp. Saccharomyces yang paling banyak digunakan adalah S. cerevisiae dan S. carlbergensis. Khamir ini akan mengubah gula pada substrat menjadi alkohol pada kondisi aerob. Jika khamir ini ditumbuhkan pada suasan aerob maka akan dihasilkan sel lebih banyak daripada metabolitnya dan ini dimanfaatkan untuk produksi ragi roti. Fermentasi Tape Tape dibuat dari ubi kayu ataupun beras ketan dan merupakan makanan yang populer di Indonesia dan Malaysia. Dalam pembuatan tape setidaknya terlibat tiga kelompok mikroorganisme yaitu mikrobia perombak pati menjadi gula yang menjadikan tape pada awal fermentasi berasa manis. Mikrobia yang banyak dianggap penting dalam proses ini adalah Endomycopsis fibuliger sertaeberapa jamur dalam jumlah kecil. Adanya gula menyebabkan mikrobia yang mengunakan sumber karbon gula mampu tumbuh dan menghasilkan alkohol. Yang masuk dalam kelompok ini adalah Saccharomyces dan Cabdida yang menybabkan tape berubah menjadi alkoholik. Adanay alkohol juga memacu tumbuhnya bakteri pengoksidasi alkohol yaitu Acetobacter aceti yang mengubah alkohol menjadi asam asetat dan menyebakan rasa masam pada tape yang dihasilkan.