Prin genom se nelege ADN-ul complementului cromozomal haploid n termeni

cantitativi (cantitatea de ADN) i calitativi (totalitatea genelor ce poart

informaia ereditar care dirijeaz toate caracteristicile organismului).

Cantitatea sau coninutul haploid de ADN nuclear, numit i valoare C, se
exprim n picograme (10-12g) sau n daltoni.

Elementele definitorii ale calitii genomului sunt: secvena de baze azotate,
numrul de secvene nucleotidice diferite care constituie complexitatea
genomului ifrecvena sau reiterarea lor.

Genomul nuclear al eucariotelor difer de genomul procariotelor prin:
-dimensiunea mai mare a sa,
- coninutul informaional crescut,
- exces de ADN necodificator,
- asocierea ADN cu proteine bazice (histone) i compartimentalizare, adic
separare fa de citoplasm, fiind ncadrat ntr-un nucleu.
Evoluia acestor diferene a fost o precerin pentru diferenierea organismelor
pluricelulare.
.
Structura cromozomilor
In structura cromozomilor intr ADN, ARN idoua clase importante de proteine:
histone iproteine non-histonice.
Histonele mpreun cu ADN constituie 2/3 din greutatea cromozomului
metafazic, restul de 1/3 fiind reprezentat de proteine non-histonice i ARN
ribozomal rezultat din dezintegrarea nucleolului.

ADN cromozomal
La nivelul fiecarei cromatide surori din cromozomul metafazic se afl cte un
dublu helix de ADN care se extinde de la un capt al cromatidei, prin centromer,
pn la celalalt capt.
Avnd n vedere ca n medie, o gen este alctuit din 1000 2000 pb, fagul T4,
cu un genom de 2x1005 pb (200.000 pb) este compus din 100 gene, iar
Escherichia coli cu un genom de 4,7x106 pb cuprinde 3000 4000 gene. Prin
urmare, la procariote, exist o corelaie direct ntre cantitatea de ADN i
numrul de gene.
O cu totul alt situaie exist la eucariote, la care genomul este mult mai complex.
Astfel, genomul omului cuprinde 3x109 pb ( 3 miliarde pb), dar el nu este
compus din 3 milioane de gene, ci din mult mai puine i anume: aproximativ
40.000 de gene, dup estimrile realizate n cadrul Proiectului Genom uman
ncheiat ca secveniere n anul 2001. Aceast constatare are o singur explicaie,
aceea c o parte important din ADN nu este reprezentat de gene convenionale.
-


A 5 CACGCG CACGCG CACGCG CACGCG CACGCG CACGCG CACGCG CACGCG 3
B 5 CACGCG CACGCG CACGCG CACGCG 3
Fig.1 Repetarea secvenelor de ADN non-informaional A) unitatea de baz (CACGCG) repetat n tandem i
tandemurile dispersate n ntreg genomul; B) unitatea de baz (CACGCG) singular, dispersat sub aceasta form n
ntreg genomul


n urma studiilor de cinetica renaturrii s-au propus 4 clase (sau fracii) distincte de ADN:

1) Secvene de ADN nalt repetitive;
2) Palindroamele
3) Secvene de ADN mediu repetate
4) Secvenele unice de ADN
Secvene de ADN nalt repetitive
- Fracia care renatureaz rapid, cu un nalt grad de repetare a bazelor i o complexitate mic.
Unitatea repetitiv de baz a unui asemenea ADN este reprezentat de o secven ce are o
lungime care corespunde doar la cteva nucleotide. n numerosele cazuri, ADN repetitiv prezint
o secve de baze ce difer mult de restul ADN nuclear, astfel nct, atunci cnd este
ultracentrifugat izopicnic n gradient de CsCl, acest ADN se dispune fie deasupra, fie dedesuptul
benzii principale de ADN, constituind ceea ce s-a numit ADN satelit. Acesta poate fi bogat n
perechi A-T sau G-C.
Dintre microsateliii cu o lungime nucleotidic mai mare (minisatelii) sunt binecunoscui aa
numiii VNTR (variable copy number tandem repeats) a cror unitate de baz are o lungime de
20-50 pb i care se repet n grupuri de pn la 1200 copii. Deoarece numrul de copii din
fiecare tandem variaz mult n populaia oricrei specii, polimorfismul acestor microsatelii poate
fi evideniat i caracterizat prin tehnica amprentei genetice sau amprenta ADN.
Din categoria ADN nalt repetat, dispersat n ntreg genomul fac parte i cele dou clase de
secvene denumite: secvene scurte intricate SINE (short interspersed elements) i secvene
lungi intricate LINE (long interspersed elements). -
Distribuia n cromozomi a celor doua clase: LINE i SINE nu este ntmpltoare. Astfel,
secvenele SINE, de tipul Alu sunt concentrate n cromozomi n regiunile benzilor G-negative, n
timp ce secvenele de tip LINE, cum este L1, se gsesc n mod permanent n benzile G-pozitive.
Funcia ADN satelit nu este pe deplin cunoscut. Se considera ca este implicat n:
- reglarea activitii genice i a sintezei ADN,
mperecherea cromozomilor, n recombinare i n segregare.


- sunt secvene repetate invers sau cu
bisimetrie rotatorie (o secven citit pe o
caten n sensul 3-5 rmne aceeai pe
catena complementar, cu sensul 5-3). In
condiii de renaturare, aceste secvene
renatureaz rapid, aproape instantaneu i
formeaz pe fiecare caten structurile
caracteristice n form de ac de pr (Fig. 2).
Fig. 2 Clase de secvene ADN: a) repetiii directe; b) repetiii directe n tandem; c) stem
and-loop (tulpin i bucl); d) hairpin (agraf); e) palindrom; f) palindrom adevrat
Palindroamele
Secvene de ADN mediu repetate
Sunt reprezentate de fracii care variaz mult n ceea ce privete gradul
de repetiie (102 105) per genom haploid irenatureaz cu o rat mai
mic dect secvenele de ADN nalt repetate. Unele secvene de ADN
intermediar repetitive reprezint genele pentru ARNr, ARNt i ARNm
pentru histone. Aceste secvene sunt localizate n eucromatin.
Astfel de secvene se gsesc n genomul tuturor eucariotelor, cu
exceptia fungilor, deosebindu-se ntre ele prin frecvena repetiiilor i
prin complexitatea secvenelor.
De asemenea, din categoria secvenelor mediu repetate fac parte
secvenele nucleotidice mobile, care se pot deplasa n interiorul
genomului, fiind denumite elemente transpozabile. -
Elementele transpozabile sunt de doua tipuri:

a) secvene de inserie, notate IS, care sunt relativ mici i nu conin informaie
codificat dect pentru a-i asigura funciile cerute de migrare. Caracteristica
structural a tuturor secvenelor de inserie este faptul c o astfel de unitate
autonom prezint la extremiti secvene de baze repetate inversat, ce
flancheaz o regiune nucleotidic mai lung, care, de cele mai multe ori,
codific pentru transpozaz, o enzim specific implicat n inseria
elementului transpozabil. Secvenele de inserie au fost observate numai la
procariote.
b) transpozoni (Tn) care includ alturi de secvenele de inserie igene structurale
care nu au legatur cu transpozarea. Transpozonii au fost evideniai att la
procariote ct ila eucariote. Transpozonii sunt unitti genetice transpozabile
mai complexe dect secvenele de inserie, fiind constituite din mai multe
elemente IS (2-3) la care se adaug gene structurale suplimetare fa de cele
necesare transpozarii. Elementele IS ale transpozonului vor codifica proteinele
necesare activitii transpozazice care va asigura inseria prin secvenele
terminale inversate, n timp ce regiunea central, flancat de IS va purta
diverse gene structurale.
Secvenele unice de ADN
- renatureaz ultimele;
- sunt prezente ntr-o singur copie n genomul haploid;
- aceasta fracie conine cele mai multe dintre gene dar i secvene
care nu codific.

Secvenele unice sunt localizate n eucromatin.
La originea unora dintre secvenele unice stau secvenele repetate,
care s-au diversificat prin evoluie divergent.
Proteinele cromozomale
ADN este complexat cu doua clase de proteine:
- histonele
- proteinele non-histonice.

Histonele sunt proteine bazice, bogate n lizin i arginin iau o greutate
molecular cuprins ntre 10.000 i 20.000 daltoni.
Exist 5 tipuri de histone cu urmtoarea nomenclatur:
H1 foarte bogat n lizin
H2A i H2B care au un uor exces de lizin
H3 i H4 care sunt bogate n arginin.
Funcia histonelor const n :
-meninerea integritii structurale a cromozomului;
-protejarea ADN de aciunea dezoxiribonucleazelor;
-sunt factori de reglare ai activitii genice. -
Proteinele non-histonice
reprezint un grup heterogen de polipeptide:
- enzimele implicate n sinteza ADN i ARN,
precum i n repararea ADN, cum sunt ARN-
polimerazele, ADN- polimerazele,
histonacetilazele, nuclozidtrifosfatazele,
fosfatazele, helicazele, topoizomerazele, ligazele,
etc;
- proteinele reglatoare de tipul factorilor de
transcripie, intensificatorilor, sileniatorilor i
atenuatorilor;
- proteinele structurale ca: actina, tubulina, etc.
Organizarea materialului genetic in cromozomii
metafazici

Problema esenial a organizrii materialului genetic in
cromozomi este aceea a modului n care este organizat
molecula de ADN dublu helicoidal n cromatina nucleilor
interfazici i cromozomi.
Pe msur ce s-a ptruns tot mai adnc n structura genomului
eucariotelor, s-a constatat c se disting mai multe nivele
structurale i de organizare, unele dintre ele insuficient
cunoscute, pn n prezent. Cele mai bine cunoscute sunt
cel al moleculei de ADN (dublul helix) i nivelul de
organizare reprezentat de cromatida cromozomului
metafazic. Intre aceste dou extreme de organizare
genomic, s-au mai distins alte trei nivele: fibra
nucleozomal, solenoidul i domeniile buclate sau
domeniile cromatiniene.
Fibra nucleozomala
Fibra nucleozomal este prima etap de mpachetare a macromoleculei de ADN.
Nucleozomul este elementul principal al fibrei, iar molecula dublu-catenara de
ADN asigura continuitatea fizica a acesteia, pe toata lungimea cromozomului,
atat in interfaza cat si in timpul diviziunii.
Structura de baz a materialului cromatidelor cromozomilor este reprezentat de un
lan moniliform, alctuit din corpusculi cu diametrul de 7-11 nm, unii ntre ei
prin filamente liniare de ADN. Aceti corpusculi, constituii din ADN i
histone, au fost denumii nucleosomi. Un nucleosom este alctuit dintr-un
octamer histonic n care intr n cantiti egale fraciile histonice: H2A, H2B,
H3 i H4, dar fiecare n cantitate dubl. Octamerul histonic se asociaz cu
ADN dublu helicoidal cu o lungime de 146 perechi de nucleotide. Lantul de
ADN se nfsoara aproximativ de doua ori n jurul discului proteinic. Fiecare
corp nucleozomal este legat de urmtorul printr-o secven de ADN dublu
helicoidal, lung de aproximativ 60 nucleotide. Acest filament de legtur se
numete ADN-linker i mpreun cu histona H1 formeaz legtura
internucleozomal.
Fibra solenoidic (solenoidul)
- cu diametrul 30 nm reprezint etapa de mpachetare imediat urmtoare.
Acest nivel de organizare se realizeaz cu ajutorul histonei H1. Histona
H1 grupeaz nucleozomii n uniti repetate, printr-o aciune de cooperare
a mai multor molecule histonice H1.
Domeniile buclate ale ADN
- rezulta din condensarea fibrei solenoidice. Buclele prezint la baza lor
secvene specifice care se asociaz cu un schelet de susinere alctuit din
proteine non-histonice numit scaffold sau esafod cromozomal.
Componentul principal al acestora este reprezentat de topoizomerazele II,
grup de enzime proteice care realizeaz suprarsucirea ADN.
Domeniile buclate cu diametrul de 300 nm se pliaz i se condenseaz
pentru a forma ultimul nivel de organizare: cromatida cromozomal de 700
nm n diametru.
Fig. Stadiile de condensare a ADN
(a) i a cromatinei (b-e) n formarea
cromozomului metafazic (f)
Organizarea materialului genetic
n cromozomii interfazici

In interfaz, cromozomii ating un grad maxim de despiralizare i extensie.
In aceast perioad a cicului celular, materialul cromozomal este
organizat sub forma cromatinei nucleare, agregat nucleoproteinic
stabil, cu afiniti tinctoriale pentru coloranii bazici.
Cromatina se gasete n nucleu sub dou forme:
1) cromatina dens heterocromatina, sub forma de zone neregulate,
osmiofile la microscopul electronic, zone care se coloreaz intens cu
colorani bazici;
2) cromatina lax eucromatina, ca o reea de filamente extrem de fine.
Heterocromatina reprezint regiunile puternic spiralizate din cromozomi,
deci puin active, iar eucromatina, segmente cromozomale puternic
despiralizate i active transcriptional. ADN eucromatic este alctuit, n
principal, din secvene nucleotidice unice, dar i din secvene
repetitive care servesc ca stopuri transcripionale.
Heterocromatina este clasificat n dou categorii: facultativ i
constitutiv.
Heterocromatina facultativ reprezint 2,5% din genom i se
prezint sub o form condensat nc de la nceputul embriogenezei.
Heterocromatina facultativa este reprezentat de unul din cromozomii
X de la femelele de mamifere, cromozom care, aleator, n timpul
embriogenezei, devine heterocromatic, generand corpusculul Barr sau
cromatina sexuala.

Heterocromatina constitutiv reprezint regiunile condensate ale
cromozomilor i este prezent sub aceast form n toate stadiile, fiind
cantonata in special la nivelul regiunilor pericentromerice putand fi
evidentiata cu ajutorul tehnicii de bandare C.

Proprietile comune ale heterocromatinei facultative i constitutive sunt:
- se replic trziu n faza S;
- rmn n stare condensat n toate fazele ciclului celular;
- sunt inerte genetic.
Histonele sunt proteinele care confer ADN-ului din nucleul interfazic cele dou proprieti care
asigur replicarea ADN i transcrierea genetic.
Cele dou proprieti sunt: 1) superhelicitatea negativ
2) poziionarea nucleozomilor

Superhelicitatea negativ este reprezentat de rsucirea ADN n jurul octamerilor histonici ntr-o
direcie care l suprarsucete negativ, adic ntr-o direcie care tinde s desfac dublul helix.
Aceast superhelicitate negativ permite dublului helix s fie mult mai uor de desfcut pentru
expunerea catenei matri n vederea replicrii sau n vederea transcripiei unei gene, dup
ndeprtarea histonelor.
Poziionarea nucleozomilor, adic dispunerea acestora ntr-o anumit poziie care s permit
expunerea promotorilor la aciunea polimerazelor i factorilor de transcripie sau, din contr,
ascunderea lor, se realizeaz tot cu ajutorul histonelor. Eliberarea de histone ntr-o anumit zon
permite ctigarea unei poziii care asigur ataarea factorilor de transcripie la secvenele
promotorilor

Arhitectura tridimensional a cromozomilor n nucleu este influenat de organizarea secvenelor de
nucleotide. Regiunile heterocromatice, formate din iruri lungi de secvene repetitive, adesea se
asociaz, chiar i atunci cnd aparin unor cromozomi diferii.

Dispoziia intercalat a secvenelor de nucleotide este generat de evoluia divergent a secvenelor, de
rearanjamente i translocri, de amplificri i deleii, fenomene care sunt uor tolerate de ADN non-
informaional. Aceste fenomene sunt responsabile de arhitectura molecular a genomului.

Genomul eucariot are o organizare dinamic. Cantitatea de ADN nuclear este foarte variabil. In
cursul dezvoltrii au loc variaii ale cantitii ADN, ct i ale morfologiei cromatinei, aceste
modificri avnd un rol important n reglarea genic i diferenierea celular.

O dovad a adoptrii unor morfologii particulare a cromatinei cu implicaii funcionale deosebite, este
existena cromozomilor politeni i lampbrush.
Cromozomii politeni
Cromozomii politeni ntlnii att la plante (celule ale suspensorului
embrionar, nodozitti la leguminoase), ct i la animale (celule ale
glandelor salivare la larvele unor insecte, epiteliu intestinal, rect, tubi
Malpighi, corpi grai, celule ganglionare, musculare, traheale,
cromozomii politeni se ntlnesc i n celulele gigante ale trofoblastului
la oarece, si chiar la om in trofoblaste).

Cromozomii politeni reprezint forma interfazic a cromozomilor
obinuii, la nivelul crora s-u desfurat mai multe cicluri de replicare.
Cromatidele fiice, rezultate din replicarea repetat nu se separ,
rmnand asociate i realizand o structur cromozomal sui-generis n
care benzi clare alterneaz cu benzi ntunecate dispuse transversal. In
anumite regiuni, benzile prezint o dispunere lax, rezultnd formaiuni
caracteristice numite pufe, iar cele cu extindere mai mare au fost
denumite inelele Balbiani. Prin experiene autoradiografice cu timidin
tritiat, la nivelul acestor structuri a fost evideniat desfurarea unei
intense transcripii genice.

Cromozomii politeni nu mai revin niciodat la forma lor obinuit,
caracteristic din mitoz.

Celulele glandelor salivare ale larvelor sunt celule nalt difereniate care
nu se mai divid luand n final calea apoptozei a mortii celulare
naturale, programata genetic. Ele funcioneaz intens pentru o scurt
perioad de timp n vederea realizrii proceselor de metamorfoz care
au loc, dup care se produce involuia lor.
Cromozomii lampbrush
Cromozomii lampbrush pot fi gsii n ovocitele primare att la animalele vertebrate ct i la nevertebrate, n stadiul de diploten
prelungit la primei diviziuni meiotice, dar i n spermatocitele de Drosophila hydei. In spermatocitele primare de la Bombyx mori
(Gavrila, 1984) au fost descrise complexe sinaptonemale, cromozomii prezentau un aspect tipic lampbrush.
Aceti cromozomi se afl sub form de bivaleni n diplotenul meiozei, fiind deci cromozomi mperecheai ce prezint din loc n
loc chiasme. Din axa cromozomala dubl se desprind n unghi drept bucle de la nivelul cromomerelor, ce sunt conectate prin fibre
intercromomerice. Buclele reprezint poriuni despiralizate ale fibrei de cromatin la nivelul crora ADN-ul este activ
transcripional. Buclele reprezint modificri reversibile ale structurii cromozomale la nivelul unor gene active, ele reducndu-se
sau chiar disprnd atunci cnd se acioneaza cu inhibitori ai transcrierii genice. Buclele laterale ale cromozomilor lampbrush
reprezint un substrat de intens activitate genica, segmentele de ADN cromozomal corespunztor buclelor laterale functionnd
ca matri pentru sinteza ARN.
Cromozomii lampbrush sunt implicai n sinteze bogate de acizi nucleici, n celulele n care apar aceti cromozomi avnd loc
fenomenul de amplificare genic n special a genelor ribozomale, prin extrareplicare. Consecina citologica a amplificrii
genelor ribozomale este adoptarea unei stri multinucleolare n care fiecare din numeroii nucleoli este un corpuscul independent,
liber fizic de replica sa activ sintetic, i anume organizatorul nucleolar cromozomal. Extracopiile ADNr sunt funcionale doar n
timpul ovogenezei, realizndu-se pe seama lor o bogat rezerv de ribozomi, astfel c zigotul, despovrat de sarcina sintezei de
componente ribozomale, se angajeaz n desfaurarea unor diviziuni rapide de clivaj, care conduc la formarea embrionului.




















Spre deosebire de cromozomii politeni, care sunt prin excelen structuri funcionale, ADN manifestndu-i n exclusivitate funcia
heterocatalitic de dirijare a unor proteine specifice, precum i de sintez de ARNr, dup care celulele n care se gsesc aceti
cromozomi sufer autoliz, cromozomii lampbrush reprezint un stadiu normal n desfaurarea ciclului meiotic. Dupa stadiul de
diploten, buclele laterale se retrag, dup ce au asigurat o transcriere genetic intens, ca urmare a amplificrii genelor ribozomale,
pregtind pentru ovul precursorii ribozomali i ARNm de lung durat, ei se contract i intr n diakinez sub un aspect obinuit
pentru acest stadiu, asigurnd continuitatea materialului genetic.