BAB 10 BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI

(TOPIK 8)

RESUME
Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II
yang dibina oleh Bapak Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd

Oleh:
Kelompok 8 Hari Kamis, Offering B

Rizky Alfarizy (120341421984)
Sinta Rofifah (120341421971)










The Learning University





UNIVERSITAS NEGERI MALANG
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2014
BAB 10
BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI
Rekombinasi Spesifik Tapak
Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada
tapak-tapak khusus atau pada urut-urutan molekul DNA tertentu (Gardner,1991).
Rekombinasi spesifik tapak pada E. coli tidak membutuhkan fungsi protein rec A,
rec B dan rec C (Ayala,1984). Rekombinasi spesifik tapak integrasi DNA fag ke
genom E. coli. Tapak attI dan attB pada genom E. coli merupakan hasil evolusi
yang sangat spesifik terhadap enzim-enzim rekombinasi khusus yang dikode oleh
gen ini dan xis genom fag. Integrasi fag hampir selalu terjadi pada tapak auB yang
terletak anatar lokus gal dan bio. Jika tapak auB tersebut mengalami delesi, maka
dampaknya adalah bahwa integrasi profag akan terjadi pada banyak tapak lain
tetapi dalam frekuensi rendah.

Rekombinasi Spesfik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti
Peristiwa pindah silang umumnya tetap mempertahankan sususnan urut-
urutan DNA pada kromosom-kromosom homolog namun demikian pada kasus-
kasus tertentu merupakan perkecualian, sel-sel juga memanfaatkan semacam
proses rekominasi yang tertata secara teliti untuk menata kembali urut-urutan
DNA (Watson,1987). Segmen DNA dapat dipindah dengan bantuan rekombinasi
tapak spesifik, dan lihat yang seing timbul adalah bahwa sering beragam gen atau
perangkat gen diekspresikan. Contoh fenomenanya adalah yang berkenaan dengan
pembentukan demikian banyak gen antibody hasil penataan kembai DNA spesifik
tapak yang terjadi atas suatu perangkat urut-urutan precursor.

Rekominasi Spesifik Tapak Mengatr Ekspresi Gen
Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada molekul DNA yang sama
akan berakibat terlepasnya segmen antara atau terjadinya inverse segmen anara
tersebut (Watson,1987). Sel memang kadang memanfaatkan inverse hasil
rekombinasi tersebut dalam rangka memilih anatar dua susunan DNA yang
memungkinkan dua protein atau perangkat protein untuk diekspresikan.
Mekanisme ini sering mengatur protein yang tampak pada bagian luar akhluk
hidup. Contohnya antara lain protein ekor dari Mu (mtator)f ag, yang diatur oleh
segmen gin yang tidak dapat dibalik,serta antigen flagel dari bakteri Salmonella.
Variasi fase Salmonella merupakan akibat dari ekspresi dua protein flagel yaitu
H1 dan H2, yang terjadi bergantian (Watson,1987). suatu sel mengekspresikan
salah satu protein flagel itu,tidak pernah kedua proten flagel itu diekspresikan
sekaligus.
Promotor untuk untuk gen H2 terletak pada suatu segmenDNA yang
dapat mengalami pembalikan di dekatnya seukuran 970 pasang nukleotida, dan
diikat oleh urutan berulang seukuran 14 pasang nukleotida dalam arah
berlawanan.Apabila segmen DNA yang engandung promoter itumengarah dalam
arah yang sama, maka letak promoter adalah di samping gen H2. Dalm kondisi
semacam ini gen H2 ditranskripsikan dan demikian pula suatu gen lain di
dekatnya yang mengkode suatu protein repressor dari gen pengkode proten flagel
H1 yang letaknya jauh. Kerja gen H1 dihalangi sedangkan kerja gen H2 justru
ditranskripsikan. Jika segmen tadi mengalami pembalikan, maka gen H2 tidak
ditranskripsikan lagi dan gen untuk pengkode protein untuk repressor

Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang Rusak
Rekombinasi berwala dari upaya penutupan suatu celah pada mlekul
DNA. Dalam halini celah diisi oleh DNA yang berasal dari salah satu unting
pasangan homolog. Perbaikan tetpa terjadi tidak bergantung pada apakah
perantara itu dipotong untuk menukar lengan samping ari kedua helix.sekalipun
suatu celah sederhana dapat diisi oleh polymerase DNAsuatu persoalan yang lebih
serius diperlihatkan oleh celah.

Rekombinasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak Pindah Silang:
Konversi Gen
Kajian-kajian awal tentang pindah silang yang terjadi antara gen-gen yang
berbeda menunjukkan bahwa tampaknya peristiwa itu bersifat resiprok. Namun
demikian kemudian diketahui bahwa jika rekombinasi terjadi antara tapak-tapak
berdekatan pada gen yang sama, maka dapat ditemukan perkecualian.
Perkembangan lebih lanjut kemudian menunjukkan bahwa rekombinasi yang
tidak resiprok seriirg ditemukan. Rekombinasi tidak resiprok yang terjadi antara
dua tapak berdekatan dalam satu gen yang sama, dewasa ini lazim disebut sebagai
konversi gen atau gen conversion (Gardner, dkk., 1991). Dikatakan pula bahwa
tampaknya konversi gen tersebut merupakan akibat pemotongan DNA dan sintesis
perbaikan DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks selama proses pemutusan
dan penyambungan. Fenomena konversi gen ini paling baik dikaji misalnya pada
khamir atau pada Neurospora (Watson, dkk., 1997; Gardner, dkk., l99l). Dalam
hal ini misalnva dilakukan persilangan antara dua mutan khamir Saccharomyces
cerevisiae (jarak tapak kedua mutan itu sangat dekat dalam satu gen yang sama).
Lebih lanjut jika askus-askus yang mengandung spora dianalisis, seringkali askus-
askus tersebut tidak mengandung rekornbinasi mutan ganda yang resiprok
sebagaimana yang diharapkan. Sebagai contoh dilakukan persilangan dengan
penauda mutan m
1
dan m
2
. Jika persilangan tersebut adalah m
1
m
2
+
>< m
1
+
m
2
,
maka askus-askus yang sering kali dijumpai adalah yang mengandung pasangan
spora: m
1
+
m
2
, m
1
+
m
2
+
, serta m
1
m
2
+
(Gardner, dkk., l99l). Dalam hal ini spora-
spora mutan ganda m
1
m
2
yang merupakan hasil rekombinasi resiprok tidak ada
dalam askus. Oleh karena itu rasio m
2
+ : rn
2
= 3 : 1 dan.bukan 2 : 2 seperti yang
diharapkan. Kenyataan seperti tersebut merupakan akibat rekombinasi yang tidak
resiprok.

Rekombinasi Illegitimate (I llegitimate Recombination)
Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekul-
molekui DNA yang non homolog (Gardner, dkk, l99l). Seperti halnya
rekombinasi spesifik tapak, mekanisme rekombinasi illegitimate juga tidak sama
dengan mekanisme rekonbinasi umum (lazim). Lebih lanjut pada E. coli. Macam
rekombinasi itu juga tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC
(Ayala, dkk., 1984). Contoh rekombinasi illegitimate antara lain yang berkenaan
dengan insersi elemen transposabel (misalnya elemen Is) ke dalam sesuatu lokus
gen (Strickberger, 1985). Pada peristiwa tersebut memang urut-urutan DNA lokus
tersebut tidak sama dengan urut-urutan DNA elemen Is. Sebagaimana diketahui
akibat rekombinasi illegitimate yang melibatkan insersi elemen tersebut, fungsi
gen akan terganggu atau hilang. Sebagai contoh misalnya insersi yang dilakukan
oleh elemen Is ke dalam berbagai lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E. coli,
yang terbukti menimbulkan mutasi-mutasi sehingga mengganggu metabolisme
galaktose.

Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA
Telaah-telaah rekombinasi yang telah dilakukan selama ini menunjukkan
bahwa kejadian rekombinasi independen atau tidak terkait dengan peristiwa
replikasi DNA. Dalam hal ini bilamana dua genotip fag, rnisalnya a
+
dan b
+
,
dalam jumlah besar secara serempak menginfeksi suatu sel inang yang tumbuh
pada medium ringan, pengamatan terhadap genotif partikel fag-fag yang tidak
bereplikasi rnenunjukkan bahwa beberapa diantaranya bergenotip ++; dan
memang inilah bukti bahwa rekombinasi genotip-genotip induk dapat berlangsung
secara independen terhadap replikasi DNA.

PERTANYAAN DAN JAWABAN
1. Bagaimana rekombinasi spesifik tapak menjamin penataan kembali DNa
yang diteliti?
Jawaban: Fungsi ini termasuk fungsi regulasi ekspressi gen tertentu , promosi
penyusunan kembali gen yang diprogram berikatan pada lingkaran replikasi
beberapa viral dan DNA plasmid, seperti yang akan diilustrasikan kemudian.
Sistem rekombinasi daerah spesifik terdiri atas enzim yang disebut
rekombinase dan sebuah pendekan (20-200 pasangan basa, tergantung sistem)
susunan DNA unik dimana rekombinase berperan (daerah rekombinasi).
Beberapa sistem juga termasuk protein tambahan yang mergulasi pemilihan
waktu atau hasil reaksi.

BAB 11 TRANSFORMASI BAKTERI
(TOPIK 9)

RESUME
Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II
yang dibina oleh Bapak Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd

Oleh:
Kelompok 8 Hari Kamis, Offering B

Rizky Alfarizy (120341421984)
Sinta Rofifah (120341421971)










The Learning University





UNIVERSITAS NEGERI MALANG
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2014
BAB 11
TRANSFORMASI BAKTERI

Transformasi adalah suatu proses transfer genetic dengan bantuan
potongan DNA ekstraseluler. Transformasi bakteri pertama kali diamati oleh
F.Griffith dan Oswald Avery dkk yang membuktikan bahwa DNA bertanggung
jawab terhadap perubahan genetic yang terjadi akibat transformasi.

Transformasi Alami dan Transformasi Buatan
Pada transformasi alami, bakteri mampu mengambil fragmen DNA secara
alami sehingga mengalami transformasi secara genetic, contohnya Bacillus
subtilis. Sedangkan transformasi buatan, secara genetic bakteri diubah terlebih
dahulu agar memungkinkan mengalami transformasi, contohnya E. coli.
Spesies yang dapat mengalami transformasi adalah yang memiliki
mekanisme enzimatik yang terlibat pada peristiwa pengambilam fragmen DNA
maupun proses rekombinasi.

Proses Transformasi
Tahap 1 : Molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang terdapat
di permukaan sel
Tahap 2 : Pengambilan DNA donor yang bersifat irreversible.
Tahap 3 : Konversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi
molekul tunggal melalui degradasi nukleotida
Tahap 4 : Integrasi seluruh atau sebagian unting tunggal DNA donor tersebut ke
dalam kromosom resipien.
Tahap 5 : Segregasi dan ekspresi fenotipik gen donor yang telah terintegrasi.
Ukuran minimum fragmen DNA donor pada transformasi tampaknya sekitar 500
pasang nukleotida; ada pula ukuran fragmen; mencapai 20.000 pasang nukleotida.

Pemetaan Kromosom Bakteri melalui Kejadian Transformasi
Dewasa ini data frekuensi rekombinan rekombinasi transformasi pada bakteri
dapat dimanfaatkan untuk pemetaan kromosom bakteri. Pemanfaatan transformasi
untuk pemetaan kromosom bakteri bersangkut paut dengan pautan gen, urutan
gen, dan jarak peta atau jarak gen.

PERTANYAAN DAN JAWABAN
1. Jelaskan yang dimaksud dengan sel-sel kompeten?
Jawaban: Sel-sel kompeten adalah sel-sel yang mampu secara aktif mengambil
fragmen DNA sehingga memungkinkan terjadinya proses transformasi. Sel-sel
kompeten memiliki factor kompeten yang diduga merupakan suatu protein
permukaan sel atau suatu enzim yang terlibat dalam pengikatan atau
pengambilan DNA. Sel-sel kompeten tersebut merupakan sel-sel resipien.

BAB 12 TRANSDUKSI PADA BAKTERI
(TOPIK 10)

RESUME
Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II
yang dibina oleh Bapak Prof. Dr. A. Duran Corebima, M.Pd

Oleh:
Kelompok 8 Hari Kamis, Offering B

Rizky Alfarizy (120341421984)
Sinta Rofifah (120341421971)










The Learning University





UNIVERSITAS NEGERI MALANG
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2014
BAB 12
TRANSDUKSI PADA BAKTERI

Pada tahun 1952, transduksi ditemukan oleh N. Zinder, Joshua Lederberg,
Ester Lederberg. Transduksi merupakan rekombinasi genetik pada bakteri yang
diperantarai oleh fag yang telah membawa kromosom dari satu bakteri (bakteri
donor) ke bakteri lain (bakteri resipien).

Fag Virulen dan Virulen Sedang
Fag virulen (contoh: T2, T4) selalu memperbanyak diri dan memecahkan
(merobek) sel inang. Fag yang bersifat virulen sedang (contoh: fag ) setelah
infeksi dapat menjalani siklus litik, yaitu fag bereproduksi dan memecahkan sel
inang, atau siklus lisogenik, yaitu kromosom fag diintegrasikan ke dalam
kromosom inang (profag) melalui mekanisme rekombinasi spesifik tapak dan
bereplikasi seperti segmen kromosom inang yang lain. Pada siklus lisogenik,
kromosom fag kadang terpisah dari kromosom inang lagi sehingga fag mengalami
siklus litik mengalami transisi spontan. Hal ini terjadi karena diinduksi oleh
faktor lingkungan (contoh: radiasi sinar UV).

Macam Transduksi
Fenomena transduksi ditemukan pada mekanisme konjugasi bakteri
Salmonella typhimurium. Ada dua macam (tipe) transduksi, yaitu:
1. Transduksi umum (generalized transduction)
Potongan acak DNA (kromosom) pada bakteri yang ditangkap oleh fag lalu
dipindahkan ke bakteri resipien ini tidak diintegrasikan pada tapak pelekatan
khusus kromosom inang (berada bebas dalam sitoplasma) sehingga transduksi
ini dapat diperantarai oleh jenis tertentu dari fag virulen dan fag virulen
sedang. Partikel fag yang terlibat pada transduksi umum diproduksi selama
siklus litik. Semua gen dapat ditransduksikan. Tahapan transduksi umum:
a. sel donor E. coli yang wild-type terinfeksi fag P1 (virulen sedang)
b. DNA sel inang terpotong selama siklus litik
c. perakitan fag turunan, terbentuk fag pentransduksi yang berasal dari
beberapa potongan kromosom dicakupkan ke dalam beberapa fag turunan
d. sel lisis sehingga terjadi pelepasan fag turunan pada lisat fag.
e. fag pentransduksi menginfeksi bakteri resipien yang bersifat auksotrofik
f. pindah silang ganda, terjadi pertukaran gen sel donor dan sel resipien
g. terbentuk transduktan stabil, semua turunan dari sel yang bergenotip sama
Transduktan abortif terbentuk dari sel yang berasal dari fragmen
pentransduksi yang tidak terintegrasi sehingga, secara parsial, sel bersifat
diploid dan dapat digunakan untuk uji komplementasi, pengungkapan jarak
gen taksiran.
2. Transduksi khusus (specialized transduction) atau transduksi terbatas
(restricted transduction)
Transduksi khusus diperantarai oleh fag bersifat virulen sedang yang hanya
mentransduksi fragmen tertentu dari kromosom bakteri. Contoh: fag
menginfeksi E. coli. Kromosom fag dapat berintegrasi pada satu atau
beberapa tapak pelekatan khusus dari kromosom bakteri. Kromosom fag pada
fag virulen sedang mempunyai sifat mirip episom, yaitu dapat bereplikasi
secara otonom dan replikasi saat terintegrasi dengan kromosom inang. Pada
saat profag (bersifat lisogenik), gen litik mengalami repressi dimana gen litik
ikut terlibat pada reproduksi virus maupun proses lisis sel inang. Mekanisme
represi mirip operon pada bakteri.

PERTANYAAN DAN JAWABAN
1. Apa perbedaan antara transduksi umum dan transduksi khusus?
Jawaban:
Pembeda Transduksi Umum Transduksi Khusus
fag yang dapat
terlibat
Fag virulen dan fag
virulen sedang (pada
jenis tertentu)
Fag virulen sedang
yang
ditransduksi
Potongan acak
kromosom/DNA
Fragmen tertentu dari
kromosom
terintegrasi/tidak Tidak terintegrasi pada
tapak pelekatan khusus
kromosom inang
Dapat berintegrasi pada
1/beberapa tapak
pelekatan khusus
Terjadi saat Siklus litik, karena
partikel fag yang
terlibat diproduksi saat
siklus litik
Siklus lisogenik, karena
adanya profag pada
bakteri