REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI

Rekombinasi genetik juga terjadi pada lingkungan fag bakteri yang telah
dibuktikan oleh beberapa tim penelitian sekitar tahun 1947.
Rekombinasi Intergenik dan Pemetaan Fag Bakteri
Rekombinasi intergenik maksudnya adalah rekombinasi yang melibatkan
dua lokus (dua strain yang berbeda). Contohnya pada percobaan yang dilakukan
oleh Harsey dan Rotman pada 1949 yakni dengan menggunakan sistem E. coli T2
yang bergenotip h+r (rentang inang wild type, lisis cepat) dan hr+(rentang inang
lebar, lisis normal). Pada percobaan tersebut menggunakan fag untuk menginfeksi
bakteri. Setelah satu jam, bakteri lisis dan turunan dari fag ini dikembangkan pada
medium yang sudah berisi campuran E. coli strain B dan B/2. Jika pada percobaan
tersebut tidak terjadi rekombinasi, maka kedua genotip induk inilah yang ditemui
pada genotip turunan. Namun juga ditemukan genotip rekombinan hr+ dan hr
disamping genotip-genotip induk. Hasil percobaan tersebut berupa plak yang ada
pada media cawan petri.
Perhitungan frekuensi (presentase) rekombinan dihitung atas dasar rumus
sebagai berikut:
(h+r+) + (hr) / plak total x 100 = frekuensi rekombinan
Nilai frekuensi rekombinan itu merefleksikan jarak antar gen.
Dalam hal ini Hershey mengajukan hipotesis yang menyatakan bahwa

Ada 3 kelompok pautan pada fag T2

Proses penggabungan (kombinasi) secara bebas (independent assortment)

antara kemompok-kelompok pautan itu ditandai oleh frekuensi rekombinasi
sebesar 30%, dan bukan sebesar 50%.
Tidak hanya terbatas pada fag T2, melainkan juga dilakuakan percobaan

rekombinasi fag bakteri yang memanfaatkan infeksi simultan tiga strain yang
melibatkan tiga gen. hasil percoban inibahkan digunakan untuk pemetaan gen fag.

Kejadian rekombinasi hanya dapat terjadi karena ada pertukaran genetik

antara ketiga strain, pertukaran genetik itu berlangsung melalui dua alternatif cara:
1. Terjadi dua rekombinasi berurutan dalam sel yang sama; kombinasi yang
pertama berlangsung antara kromosom dua strain, sedangkan rekombinasi
kedua berlangsung antara strain rekombinan yang telah terbentuk dan strain
ketiga.
2. Terjadi perkawinan serempak antara ketiga kromosom dari ketiga strain
pada suatu waktu yang sama.
Kejadian unik yang mengakibatkan terjadinya rekombinasi pada fag
ternyata juga berdampak pada nilai interferensi genetik, yang bersangkut paut
dengan nilai frekuensi rekombinasi pada daerah kromosom fag yang berdekatan.
Pada kebanyakan makhluk hidup, nilai interferensi gnetik positif yang
menandakan bahwa peristiwa pindah silang yang terjadi pada daerah kromosom
akan menghambat pindah silang pada bagian kromosom yang ada didekatnya.
Pada banyak persilangan antar fag, interferensi genetik justru negatif. Hal
itu berarti bahwa pindah silang pada suatu daerah kromosom akan meningkatkan
kejadian pindah silang pada daerah kromosom di dekatnya.
Terdapat fenomena lainnya yang disebut dengan high negative interference.
Pada fenomena ini frekuensi rekombinasi ganda dapat meningkatkan mencapai
nilai yang 30 kali lebih tinggi daripada frekuensi harapan. Salah satu contoh yaitu
pada data yang terungkap pada persilangan tiga gen yang dilakukan oleh Chase
dan Doermann. Persilangan ini dilakukan antara berbagai mutan r pada fag T4,
dan frekuensi harapan.
Jika frekuensi rekombinan pada dua interval kromosom berdekatan
menjadi lebih kecil maka terjadi peningkatan interferensi negatif yang mencolok.
Jadi, perpasangan dan pertukaran yang terjadi di lingkup suatu daerah kromosom
yang kecil akan meningkatkan peluang pertukaran genetik tambahan di dalam
kelas daerah sempit tersebut.

Rekombinasi Intragenik
Dewasa ini rekombinasi intragenik ternyata juga ditemukan pada fag.
Rekombinasi intragenik pada fag ini dilaporkan pada fag T4, yang merupakan
buah karya kesohor dari Seymor Benzer. Pada awal dekade 1950 Benzer
melakukan pengamatan dan pengkajian rinci terhadap lokus r// fag T4. Dalam hal
ini Benzer berhasil melaksanakan percobaan yang mengungkap keberadaan
rekombinan-rekombinan genetik yang sangat jarang terjadi akibat pertukaran yang
berlangsung dalam gen, bukan antar gen sebagaimana yang dipaparkan
sebelumnya. Benzer juga berhasil menunjukkan bahwa peristiwa rekombinasi
semacam itu terjadi antar DNA fag-fag bakteri selama infeksi simultan terhadap
E.coli.
Hasil akhir dari kerja Benzer adalah terungkapnya peta rinci dari lokus r//.
Karena informasi yang terungkap sangat rinci, maka kerja Benzer disebut sebagai
analisis struktur halus dari gen. Upaya pertama yang dilakukan benzer adalah
melakukan isolasi atas sejumlah besar mutan di dalam lokus r// fag T4. Ternyata
mutan dalam lokus r// ini menghasilkan plak-plak yang berlainan jika dibiakkan
pada cawan yang mengandung E.coli strain B.
Kunci analisis Benzer terletak pada kenyataan bahwa mutan-mutan r//
tidak dapat melakukan lisis secara berhasil terhadap suatu strain E.coli yang lain,
yaitu K12 () yang telah mengalami lisogenasi oleh fag, meskipun mutan-mutan
itu mampu menginfeksi dan melalukan lisis terhadap E.coli B. Fag strain wildtype mampu melakukan lisis terhadaop kedua strain E.coli tersebut, strain B dan
K12 (). Berkenaan dengan hal tersebut, dibayangkan bahwa jika terjadi
rekombinasi didalam lokus r// yang menghasilkan rekombinasi wild-type itu dapat
hidup didalam sel E.coli K12 () dan mampu mengadakan lisis terhadapnya,
sedangkan mutan rekombinasi tidak mampu melakukannya. Dalam hubungan ini
dibayangkan bahwa populasi fag yang terdiri atas lebih dari 99,9 persen mutan r//
serta kurang dari 0,1 % strain wild-type dibiarkan menginfeksi strain K12, maka
strain rekombinan wild-type berhasil bereproduksi serta menghasilkan plak-plak
wild-type; inilah tahap kritis dalam upaya menemukan dan menghitung
rekombinan-rekombinan yang sangat jarang.

Upaya lain jug dilakukan Benzer untuk menghitung jumlah total turunan
mutan maupun jumlah total rekombinan wild-type. Dalam hubungan ini Benzer
memanfaatkan teknik pengenceran serial, dan dengan teknik Benzer mampu
menentukan mutan r// yang dihasilkan pada E.coli B maupun jumlah total
rekombinan wild-type yang melakukan lisis terhadap E.coli K12 (). Percobaan
tersebut terbukti dari kenyataan bahwa Benzer mampu menemukan satu fag
rekombinan wild-type yang tercampur diantara sekitar 100 juta fag turunan
mutan.
Benzer juga melakukan suatu upaya lagi

dalam rangka lebih

mengamankan pelaksanaan percoobaan sekaligus menjaga ketelitian data atau

hasil percobaan. Satu upaya yang juga dilakukan itu adalah uji komplementasi.
Uji komplementasi itu dilakukan karena selama melakukan kontrol terhadap
percobaannya terutama disaat E.coli strain K12 () secara simultan diinfeksi oleh
pasangan strain mutan yang berbeda. Penjelasan atas fenomena yang sangat
membingungkan itu diperoleh melalui uji komplementasi, karena Benzer
berpendapat bahwa selama melakukan infeksi secara bersamaan, tiap strain mutan
itu memberikan sesuatu yang tidak dimiliki oleh strain lainnya dan jika hal itu
terjadi maka fungsi atau kemampuan strain wild-type akan pulih.
Pasangan-pasangan mutan uji yang melakukan komplementasi satu sama
lain dikelompokkan ke dalam komplementasi yang lain. Tiap kelompok
komplementasi ini disebut sebagai cistron oleh Benzer. Cistron A dan B pada
lokus r// fag T4, sudah diketahui sebagai dua buah gen yang berlainan. Melalui uji
komplementasi, akhirnya seluruh mutan pada lokus r// dapat dipisahkan menjadi
dua yaitu cistron A dan B.
Bilamana banyak pasangan mutan diperlakukan pada uji komplementasi,
maka tiap mutan pasti terkelompok le dalam salah satu dari dua kelompok
komplementasi, yang disebut saja sebagai A dan B. Tiap kelompok
komplementasi ini disebut sebagai cistron oleh Benzer. Cistron A dan B pada
lokus rll fag T4, dan telah diketahui sebagai dua buah gen yang berlainan. Melalui
uji komplementasi tadi yang akhirnya seluruh mutan pada lokus rll, dapat
dipisahkan menjadi dua, yakni cistron A dan cistron B. Pada percobaan

rekombinasi intragenetik dalam mengungkap rekombinasi intragenetik dalam

cistron A serta mengungkap rekombinasi intragenetik dalam cistron B, dan
memanfaatkan mutan yang berbeda.
Sangat banyak rekombinasi instragenetik yang sama sekali tidak
memunculkan rekombinan wild type, ternyata hal itu bersangkut paut dengan
mutan dalam daerah cistron A dan B yang disebabkan oleh delesi. Rekombinasi
instragenetik yang memunculkan rekombinan wildtype hanya terjadi antara mutan
yang mempunyai latar belakang mutasi titik. Jika suatu mutan berlatar mutasi titik
yang justru terletak dalam daerah cistron itu yang mengalami delesi, maka
rekombinan wildtype tidak pernah akan muncul.
Fenomena ini juga perlu dijernihkan lagi untuk mengamankan percobaan
rekombinasi instragenetik A dan B. Dalam hal ini dilakukannya uji delesi untuk
memastikan sesuatu mutan itu berlatar mutasi titik atau delesi.
Hasil karya Benzer in berhasil diungkap mendahului kajian molekuler gen
rinci yang baru mampu dilaksanakan pada tahun 1960. Benzer membuktikan
bahwa suatu gen bukanlah suatu partikel yang tidak dapat dibagi, dibuktikan
bahwa gen adalah unit-unit mutasi dan rekombinasi yang tersusun dalam suatu
susunan yang spesifik.
PERTANYAAN
1. Bagaimana perbedaan nilai interferensi genetik yang dimiliki kebanyakan
makhluk hidup dengan nilai interferensi genetik yang dimiliki oleh fag?
Jawaban : Pada kebanyakan makhluk hidup memiliki nilai interferensi
genetik positif (akibat nilai koefisien koinsidensi kurang dari 1) dan hal
tersebut menunjukkan bahwa pindah silang yang terjadi pada suatu daerah
kromosom akan menghambat pindah silang pada daerah kromosom fag
didekatnya. Nilai interferensi genetik pada fag T yakni negatif dimana hal
tersebut menunjukkan bahwa pindah silang yang terjadi pada daerah
kromosom akan meningkatkan terjadinya pindah silang pada suatu daerah
kromosom didekatnya.

2. Bagaimana fungsi dari enzim integrase pada peristiwa rekombinasi yang

terjadi pada mkahluk hidup?
Jawaban : Enzim integrase pada kenyataannya dapat berperan sebagai
suatu enzim topoisomerase. Dalam hal ini enzim integrase membuat suatu
pemutusan dalam posisi menyamping (tidak berhadap-hadapan), jarak
antara kedua tempat yang terpotong adalah sejauh 7 nukleotida.
Pemutusan unting DNA itu terjadi pada tapak attP maupun tapak attB.