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UNIT DIDATTICA N 1
CONTENUTI
Una molecola un aggregato di due o pi atomi, uguali o diversi, legati tra loro da un
legame chimico.
La quasi totalit della materia che ci circonda formata da atomi legati tra loro da un
legame chimico. La formazione di un legame chimico altera profondamente le
caratteristiche e le propriet degli atomi. Per esempio ossigeno e idrogeno allo stato
atomico sono molto dannosi, mentre la molecola formata da due atomi di ossigeno il gas
che ci permette di respirare e lunione di due atomi di idrogeno e uno di ossigeno forma
lacqua, la molecola inorganica indispensabile alla vita.
Possiamo paragonare gli atomi alle lettere dellalfabeto che, combinate in vario modo,
danno origine alle parole. Per esempio una molecola di fosforo formata da 4 atomi di
fosforo (P4), mentre 2 atomI di idrogeno, uno di carbonio e 3 di ossigeno formano lacido
carbonico (H2 C O3).
Se spezziamo una parola ne cambiamo il significato ( lavello diviso diventa la e vello
con un significato totalmente diverso) cos una parte della molecola ha propriet diverse
dalla molecola intera, perci:
la molecola la pi piccola quantit di sostanza
che conserva intatte le propriet della sostanza.
La formula bruta indica solamente il tipo ed il numero degli atomi legati tra loro, ma si
possono anche mettere in evidenza i legami che tengono uniti gli atomi, in questo caso si
ha la formula di struttura, in cui si indica con un trattino ogni legame che unisce due atomi.
Formula bruta: H2 C O3
Formula di struttura:
O
Affinch due atomi si legano devono avvicinarsi e il contatto avviene tra le due superfici
degli atomi stessi e quindi solo gli elettroni che si trovano nel guscio esterno vengono
utilizzati per la formazione dei legami.
Ma cosa spinge gli atomi a legarsi tra loro?
Se un atomo ha pochi elettroni sullultimo livello tender a cederli per raggiungere lottetto,
mentre se lo ha quasi pieno cercher di acquistare tutti gli elettroni che gli occorrono per
completarlo, naturalmente se un atomo deve disfarsi dei suoi elettroni esterni occorre che
ci sia un altro atomo disposto ad accettarli, mentre se un atomo necessita di elettroni per
completare lottetto necessario che un altro atomo glieli ceda: appunto questo scambio
di elettroni che tiene uniti gli atomi.
Legame ionico
Se fra gli atomi che reagiscono c una forte differenza di elettronegativit latomo pi
elettronegativo pu acquistare uno o pi elettroni dallatomo meno elettronegativo. In
questo caso si formano due ioni, di cariche opposte, che si attraggono tra loro.
Gli elementi molto elettronegativi (detti non metalli) sono quelli che acquistano facilmente
elettroni diventando ioni negativi, mentre quelli con elettronegativit bassa, detti anche
elettropositivi ( i cosiddetti metalli), tendono a cedere elettroni e a diventare ioni positivi.
Per esempio, il Cl ha elettronegativit 3,0 mentre il Na ha 0,9: quando questi due elementi
entrano in contatto interagiscono nel senso che il cloro acquista un elettrone dal sodio,
diventando rispettivamente Cl- e Na+ , che, in quanto di carica opposta, si attraggono
elettricamente.
Dunque, Na e Cl reagiscono facilmente tra loro perch uno cede elettroni, ma deve
esserci chi li acquista e questa la propriet del Cl.
In realt la formazione di ioni non riguarda due soli atomi,ma molti milioni di atomi e perci
si forma un cristallo ionico allinterno del quale ogni ione Cl- attratto da uno ione Na+e
viceversa. La formula bruta NaCl rappresenta lunit elementare del cristallo.
Legame covalente
Cosa succede quando si avvicinano due atomi con la stessa elettronegativit e quindi con
la stessa tendenza ad acquistare elettroni? Non pu esserci uno spostamento di elettroni
e quindi la formazione di ioni, ma il legame si stabilisca lo stesso, con modalit diverse.
Immaginiamo di avvicinare due atomi di idrogeno ( si ricordi che ha un solo elettrone e
quindi per raggiungere per raggiungere la stabilit gliene occorre un altro): inizialmente
prevale la forza di repulsione tra gli elettroni dei due atomi, ma ad un certo punto il nucleo
positivo del primo attira lelettrone del secondo ( elettrone di cui ha bisogno per diventare
stabile) e il nucleo positivo del secondo attira quello del primo (anchesso necessita di un
altro elettrone per completare la sua configurazione esterna); la forza che ora tiene uniti i
due atomi il legame covalente.
In questo tipo di legame non pi possibile attribuire a ciascun atomo il proprio elettrone:
la coppia di elettroni condivisa.
Poich i due atomi hanno la stessa elettronegativit la coppia di elettroni sar equidistante
dai due nuclei, ma quando i due atomi hanno una certa differenza di elettronegativit la
coppia di elettroni spostata verso lelemento pi elettronegativo. Nel primo caso il
legame covalente puro, nel secondo caso polare.
Legame idrogeno
Quando un atomo di idrogeno legato covalentemente ad un atomo pi elettronegativo
( F, O, N) gli elettroni di legami si spostano verso latomo pi elettronegativo e quindi
sullidrogeno si localizza una parziale carica positiva; essa far attrarre lidrogeno da una
molecola con una parziale carica negativa: detto anche ponte idrogeno in quanto
latomo di idrogeno si trova tra due atomi con residuo di carica negativa. Per esempio,
nellacqua il legame covalente polarizzato con un residuo di carica negativa (-)
sullossigeno e un residuo di carica positiva sullidrogeno (+). Quando due molecole di
acqua si avvicinano le due polarit opposte si attraggono e lH viene a trovarsi ( fa da
ponte) tra due atomi di O.
I legami idrogeno sono molto importanti in biologia in quanto sono deboli e quindi possono
formarsi e rompersi con estrema facilit.
O
H
O
H
Energia di legame
Gli atomi possono unirsi con legami pi o meno forti: definita energia di legame quella
energia necessaria a romperlo e separare i due atomi. Questa propriet fondamentale
per i sistemi biologici perch lenergia necessaria ai processi vitali fornita appunto dalle
molecole che scindendosi rendono disponibile lenergia immagazzinata nel legame; pi il
legame forte pi energia disponibile. Per esempio, la reazione di respirazione cellulare,
che avviene in tutte le cellule, consiste nella demolizione del glucosio e successiva
liberazione dellenergia che immagazzinata nei suoi legami con formazione di composti
pi semplici e meno ricchi di energia.
Simb.
Num.
Atom.
% appros.
nella crosta
terrestre
% nel
corpo umano
Ossigeno
Silicio
Alluminio
Ferro
Calcio
O
Si
Al
Fe
Ca
8
14
13
26
20
46,6
27,7
6,5
5,0
3,6
65,0
tracce
tracce
tracce
1,5
Sodio
Na
11
2,8
0,2
potassio
19
2,6
0,4
Magnesio
Mg
12
2,1
0,1
Idrogeno
0,14
9,5
Fluoro
Fosforo
Carbonio
Zolfo
Cloro
Rame
Azoto
F
P
C
S
Cl
Cu
N
9
15
6
16
17
29
7
0,07
0,07
0,03
0,03
0,01
0,01
tracce
Tracce
1,0
18,5
0,3
0,2
Tracce
3,3
Boro
cobalto
Zinco
Molibdeno
Stagno
iodio
B
Co
Zn
Mo
Sn
I
5
27
30
42
50
53
tracce
tracce
tracce
tracce
tracce
tracce
Tracce
Tracce
Tracce
Tracce
Tracce
Tracce
Funzione nellorganismo
Componente dellemoglobina
Componente di ossa e denti. Interviene nella
contrazione muscolare.
Principale ione positivo allesterno della cellula.
Importante nella funzione nervosa (trasmissione
stimoli)
Principale ione positivo
della cellula.
Importante nella funzione nervosa (trasmissione
stimoli)
Componente importante di enzimi che
trasferiscono energia.
Trasportatore
di
elettroni.
Componente
dellacqua e di molte molecole organiche.
Componente degli acidi nucleici.
Componente di tutte le molecole organiche.
Componente di proteine.
Principale ione negativo allesterno della cellula.
Componente di molti enzimi.
Componente di tutte le proteine e degli acidi
nucleici.
UNIT DIDATTICA N 2
LE MOLECOLE ORGANICHE
CONTENUTI
Le molecole organiche che compongono gli organismi viventi sono dette anche
biomolecole, esse sono piuttosto grandi e spesso hanno una struttura polimerica.
Gruppi funzionali
Le molecole organiche sono costituite da uno scheletro, lineare o ad anello, pi o meno
ramificato, di atomi di carbonio, al quale si legano gruppi di atomi detti gruppi funzionali
che determinano le caratteristiche, la solubilit e il comportamento chimio-fisico delle
molecole. Le varie famiglie nelle quali sono raggruppati i composti organici si
caratterizzano per il gruppo funzionale, esso come un marchio di riconoscimento; per
esempio tutti gli acidi organici hanno un gruppo funzionale formato da 1C 2O e 1 H cos
sistemati:
O
R
Con il simbolo R si indica la catena laterale quella parte della molecola, cio, variabile.
Monomeri e polimeri
Il monomero una sola molecola, mentre il polimero la ripetizione di molti monomeri che
possono essere tutti uguali o diversi. Un polimero come un treno i cui vagoni
rappresentano i monomeri.
Il pi classico esempio rappresentato dallo zucchero glucosio, che una singola
molecola formata da 6 atomi di carbonio cui sono legati O e H, quando migliaia di queste
molecole si uniscono tra loro i forma lamido.
Le subunit si collegano luna allaltra quasi sempre con il medesimo tipo di legame,
mediante reazioni dette di condensazione: un atomo di idrogeno di un gruppo funzionale e
un ossidrile ( un gruppo -OH) condensano tra loro con un legame covalente per formare
una molecola di acqua, contemporaneamente si legano le due subunit con i legami
rimasti liberi dopo labbandono dellidrogeno e dellossidrile.
La reazione opposta lidrolisi, con essa lossidrile e lidrogeno di una molecola dacqua
scindono i legami fra le subunit e si legano ai legami rimasti liberi ricostituendo le due
molecole intere.
Esempio:
Disaccaridi
Sono formati dalla condensazione di due molecole di monosaccaride.
Polisaccaridi
Sono formati dalla condensazione di molte subunit di monosaccaridi.
I pi importanti sono i polimeri del glucosio, uno zucchero a sei atomi di carbonio.
H
H
O
1C
HO 2C
H
H
H
OH
H
OH
OH
OH
H2OH
3
4
dell'amido
ed
anche la pi complessa in
quanto
le
molecole
di
possono
essere
qualche
anche
nell'amilosio
con
legami
Lipidi
Detti anche grassi. Di origine animale o vegetale sono insolubili in acqua perch sono
formati da lunghe catene costituite da atomi di carbonio e idrogeno. Non sono polimeri.
I lipidi sono divisi in diverse categorie a seconda della loro composizione; i pi semplici
sono gli acidi grassi, lunghe catene che ad una estremit hanno il gruppo funzionale
carbossilico.
Es.:
COOH CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH3
Acido palmitico ( con 16 atomi di carbonio)
COOHCH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH2CH3
Acido oleico (con 18 atomi di carbonio)
La condensazione di tre molecole di acidi grassi con il glicerolo, un alcool a tre atomi di
carbonio, porta alla formazione dei trigliceridi, la classe dei lipidi pi diffusa.
Un grasso pu essere saturo o insaturo, dipende dal numero di doppi legami presenti
nellacido grasso: se non ci sono doppi legami sono saturi e sono generalmente solidi; se
ci sono uno o pi doppi legami sono insaturi e a temperatura ambiente sono liquidi perch
la presenza di doppi legami causa il ripiegamento delle catene determinando un minor
addensamento delle molecole lipidiche. In genere i grassi hanno funzione di riserva, quelli
saturi negli animali e quelli insaturi nei semi ( esempio nelle olive).
Nei fosfolipidi una molecola di acido grasso sostituita da una di acido fosforico; la sua
presenza conferisce alla molecola la caratteristica di essere amfipatica , di avere, cio,
una parte idrofila, la testa, formata da fosfato e glicerolo ( che ha affinit per lacqua) e una
parte idrofoba, le catene di acido grasso, ( che respinge lacqua). Ci rende i fosfolipidi
importanti per le membrane biologiche infatti in un ambiente acquoso queste molecole si
dispongono in un doppio strato in modo da avere le teste rivolte verso lambiente acquoso
e le code isolate nello spessore della membrana.
Altri lipidi di notevole importanza biologica sono gli steroidi, esempio il colesterolo e alcuni
ormoni.
Proteine
Le proteine sono i principali componenti organici delle cellule; esse sono dei polimeri
costituiti dalla condensazione di circa 20 tipi diversi di monomeri detti aminoacidi
(abbreviazione: a.a.).
Un a.a. ha due gruppi funzionali, come dice il nome: un gruppo amminico e un gruppo
carbossilico.
COOH
H2N
Gli a.a. si legano fra loro con una reazione di condensazione che porta alla formazione di
un legame covalente detto peptidico.
Struttura primaria
La struttura secondaria rappresentata dallavvolgimento o ripiegamento della catena
primaria;ci dovuto allo stabilirsi di legami idrogeno fra i gruppi laterali dei vari a.a.
Per esempio la cheratina dei capelli avvolta ad elica, mentre la seta ripiegata come un
foglietto a ventaglio.
Struttura secondaria
Struttura terziaria
Molte proteine hanno anche una struttura quaternaria che consiste nellassemblaggio di
pi molecole di polipeptide; la pi nota lemoglobina formata da 4 catene, uguali a due a
due e tenute insieme da un gruppo eme.
Struttura quaternaria
La grande diversit di strutture possibili per le proteine alla base delle molteplici funzioni
che queste svolgono negli organismi, come per esempio la funzione enzimatica che
controlla lo svolgersi delle innumerevoli reazioni chimiche che costituiscono il metabolismo
cellulare. Altre proteine hanno funzioni strutturali formando limpalcatura delle cellule. Altre
vengono usate come riserva di energia e materiali (albumina e caseina), altre come
trasportatrici ( emoglobina),altre ancora per il movimento ( proteine muscolari); anche molti
ormoni sono di natura proteica.
I responsabili delle strutture secondaria, terziaria e quaternaria sono legami idrogeni che
possono rompersi facilmente, per esempio per effetto della temperatura o di un ambiente
acido, determinando la cosiddetta denaturazione della proteina che la rende non
funzionante.
Acidi nucleici
Essi sono responsabili di tutte le caratteristiche dei sistemi viventi: controllano le attivit
cellulari attraverso la sintesi delle proteine e permettono la trasmissione dei caratteri
ereditari.
Sono polimeri costituiti da monomeri
detti nucleotidi. Ci sono due tipi di
acidi nucleici: il DNA e lRNA i cui
nucleotidi differiscono per poco.
Ogni nucleotide formato da una
base azotata, uno zucchero e un
gruppo fosfato. Le basi azotate sono
cinque: adenina, timida, guanina,
citosina nel DNA, mentre nellRNA a
Si forma cos una specie di scala a pioli che si avvolge su se stessa ottenendo la
conformazione a spirale.
La molecola dellRNA differisce per non essere doppia e per avere luracile a posto della
timida e il ribosio a posto del desossiribosio.
Una delle caratteristiche pi importanti della molecola del DNA la sua capacit di
autoduplicarsi: i legami idrogeni che tengono uniti i due filamenti si rompono facilmente e
ogni filamento pu fungere da stampo per la sintesi un altro filamento ad esso
complementare.
Le due molecole di nuova sintesi sono uguali tra di loro e alla molecola madre che non
esiste pi. Ogni molecola figlia formata da un filamento vecchio e da uno di nuova
sintesi: la duplicazione semiconservativa.