ANAIS

VII Escola de Modelagem Molecular

em Sistemas Biolgicos

Laboratrio Nacional de Computao Cientfica

18 22 de Agosto de 2014

www.emmsb.lncc.br

APOIO E FINANCIAMENTO
CNPq Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientfico e Tecnolgico
CAPES Coordenao de Aperfeioamento de Pessoal de Nvel Superior
FAPERJ Fundao de Amparo Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro
LNCC Laboratrio Nacional de Computao Cientfica
IBCCF Instituto de Biofsica Carlos Chagas Filho/UFRJ
FIOCRUZ Fundao Oswaldo Cruz/RJ

COMISSO ORGANIZADORA
Ernesto Raul Caffarena - PROCC-FIOCRUZ/RJ
Pedro Geraldo Pascutti - IBCCF - UFRJ
Laurent Emmanuel Dardenne - LNCC/MCTI
Priscila V. S. Z. Capriles - UFJF
Diego E. B. Gomes - IBCCF - UFRJ
Fabio L. Custdio - LNCC/MCTI
Paulo R. Batista - PROCC-FIOCRUZ/RJ
Mauricio Costa - PROCC-FIOCRUZ/RJ

SECRETRIA
Snia Brando LNCC/MCTI

ORGANIZAO
Instituto de Biofsica Carlos Chagas Filho - IBCCF - UFRJ
Programa de Computao Cientfica - PROCC - FIOCRUZ/RJ
Laboratrio Nacional de Computao Cientfica - LNCC/MCTI

PALESTRANTES
Raul Grigera Universidad Nacional de La Plata Argentina
Bruno Horta PUC/RJ
Fabio Custdio LNCC
Priscila Capriles UFJF
Kaline Coutinho USP
Hubert Stassen UFRGS
Werner Treptow UnB
Dave Ritchie (INRIA/Nancy Grand-Est - LORIA Frana)
Fernando Barroso USP/FCFRP
Gerd Bruno UFPB
Hugo Verli UFRGS
Maurcio Santanna UFRRJ
Laurent Dardenne LNCC
Ernesto Caffarena FIOCRUZ/RJ
Rafaela Salgado Ferreira UFMG
Floriano Paes FIOCRUZ/RJ
Kleber C. Mundim UnB
Thereza Soares UFPE
Rafael C. Bernardi Beckman Institute
Paulo Ricardo Batista FIOCRUZ/RJ
Tcio Fernandes UFRJ

MINICURSOS (Mdulos Bsicos)

1- Dinmica Molecular Bsica (Programa NAMD)
Rafael Bernardi (Beckman Institute), Pedro Torres e Tcio Fernandes
(UFRJ)
2- Mtodos de Docking Receptor-Ligante (Programa DockThor)
Camila Magalhes (UFRJ) e Isabella A. Guedes (LNCC)
3.a- Predio de Estruturas de Protenas: Modelagem Comparativa
Priscila Capriles (UFJF)
3.b Predio de Estruturas de Protenas: Ab initio
Fbio Custdio (LNCC) e Marx G. van der Linden (UnB)
4- Clculo de Modos Normais em Protenas
Paulo Ricardo Batista (FIOCRUZ) e Maurcio Costa (FIOCRUZ)
5- Simulao de Protenas de Biomembranas
Hubert Stassen (UFRGS)
6- Clculos Qunticos de Estrutura Eletrnica Semi-Empricos
Gerd Bruno (UFPB) e Maurcio SantAnna (UFRRJ)

MINICURSOS (Mdulos Avanados)

1- Protein-Protein Docking / Protein Structural Alignment and Classification
Dave Ritchie (INRIA/Nancy Grand-Est - LORIA - Frana) e Diego Gomes e
Manuela Leal da Silva (INMETRO/RJ)
2- Mtodos de Amostragem Estendida para Clculos de Perfis de Energia
Livre
Ernesto Caffarena (FIOCRUZ/RJ) e Alexandre S. de Araujo (UNESP/So
Jos do Rio Preto)

PROGRAMAO
SEGUNDA-FEIRA - 18/08/2014 (Introduo modelagem molecular e predio de
estruturas)
HORA
PALESTRA
PALESTRANTE
09:00 10:00

Estado da Arte em Modelagem Molecular de

Macromolculas Biolgicas

10:00 10:45 Campos de Fora Clssicos

Bruno Horta

10:45 11:00

Coffee-Break

11:00 11:30

Colocao dos psteres (todos)

11:30 12:15 Introduo Predio de Estrutura de Protenas

12:15 13:00

Raul Grigera

Mtodos Avanados para Predio de Estruturas de

Protenas

13:00 14:00

Almoo

14:30 19:00

Minicursos

Fabio Custdio
Priscila Capriles

TERA-FEIRA - 19/08/2014 (Mtodos clssicos de simulao molecular)

HORA
PALESTRA
PALESTRANTE
09:00 10:00 Metodologia de Dinmica Molecular
10:00 10:45

O Mtodo Monte Carlo Aplicado Simulao

Biomolecular

10:45 11:00

Coffee-Break

11:00 11:30

Apresentao de pster (mpares)

Bruno Horta
Kaline Coutinho

11:30 12:15 Modelos Coarse Grained

Hubert Stassen

12:15 13:00 Simulao de Canais de Membrana

Werner Treptow

13:00 14:00

Almoo

14:30 19:00

Minicursos

QUARTA-FEIRA - 20/08/2014 (Interaes entre macromolculas biolgicas)

HORA
PALESTRA
PALESTRANTE
09:00 10:00 Mtodos de Docking Protena-Protena

Dave Ritchie

10:00 10:45 Interaes Protena-Protena

Fernando Barroso

10:45 11:00

Coffee-Break

11:00 11:30

Apresentao de pster (pares)

11:30 12:15 Mtodos Qunticos e Parametrizaes Semi-Emprica Gerd Bruno

12:15 13:00 Modelagem de Glicoprotenas

Hugo Verli

13:00 14:00

Almoo

14:30 15:00

Palestra Intel

15:00 19:30

Minicursos

19:30 21:00

Cocktail

QUINTA-FEIRA 21/08/2014 (Planejamento racional de frmacos)

HORA
PALESTRA

PALESTRANTE

09:00 09:45 Mtodos para o Planejamento Racional de Frmacos

Maurcio Santanna

09:45 10:30 Metodologias de Docking Receptor-Ligante

Laurent Dardenne

10:30 10:45

Coffee-Break

10:45 11:30 Metadinmica: Teoria e Aplicaes

Ernesto Caffarena

11:30 12:15 Triagem Virtual em Larga Escala

Rafaela S. Ferreira

12:15 13:00 Aplicaes em Desenho Racional de Frmacos

Floriano Paes

13:00 14:00

Almoo

14:30 19:00

Minicursos

SEXTA-FEIRA -22/08/2014 (Mtodos avanados de simulao)

HORA
PALESTRA

PALESTRANTE

09:00 09:45 Clculos Qunticos Ab initio em Biomolculas

Kleber C. Mundim

09:45 10:30 Modelagem Molecular de Biomembranas

Thereza Soares

10:30 10:45

Coffee-Break

10:45 11:30 Dinmica de Macro Sistemas Moleculares

Rafael C. Bernardi

11:30 12:15

Simulao de Movimentos em Larga Escala Utilizando

Paulo Ricardo
Tcnica de Modos Normais

12:15 13:00

Predio de Estruturas de Protenas Utilizando o

Algoritmo GSA

Tcio Fernandes

13:00 14:00

Almoo

14:30 17:30

Apresentao oral de trabalhos selecionados

17:30 18:30
18:30 19:00

Papel do Solvente na Modelagem Molecular de

Sistemas Biolgicos
Encerramento

Raul Grigera

PSTERES
(Identificao do pster Autores Ttulo do trabalho)
1

Anderson H. Lima, Alberto M. dos Santos, Jernimo Lameira e Cludio Nahum Alves

Theoretical analysis of the peptide inhibition of MurA enzyme from Pseudomonas

aeruginosa
2

Gisele Vieira Rocha, Paulo Srgio Lopes de Oliveira e Floriano Paes Silva Junior

Clculo de potenciais de superfcie para cavidades de macromolculas do proteoma de

Tripanosoma cruzi.
3

Alberto Fernandes de Oliveira Junior, Rafaela Salgado Ferreira, e Vasco Azevedo

Modelagem Molecular de Fosfolipases D (Esfingomielinase) de Corynebacterium

pseudotuberculosis (CpEMaseD) para o Desenvolvimento de Potenciais Molculas
Microbicidas
6

Laus Brisolara-Corra, Claudia Elizabeth Thompson, Cludia Lemelle Fernandes e

Loreta Brando de Freitas

Structural variation in S-RNases of Solanum
7

Danilo F. Coelho, Victor H. Rusu, Severino A. Junior and Roberto D. Lins

Engineering of Dengue Fever NS1-based epitopes

8

Silvestre Massimo Modestia, Matheus Malta de S, Carlota de Oliveira Rangel-Yagui

Pharmacophore model for biased agonists of Angiotensin II receptor type 1: a molecular

modeling study
9

Janilson Jos da S. Jnior, Cludio G. Rodrigues e Thereza A. Soares

Interaes Envolvendo Microcistinas e o Nanoporo Formado pela -Hemolisina de

Staphilococcus aureus
10

Jos Fernando R. Bachega, Lus Fernando S.M. Timmers , Osmar Norberto de Souza,

Martin J. Field, Troy Wymore

GTKDynamo: Uma interface grfica para simulaes de potencial hbrido tipo QC/MM
12

FN Ferraz, RV Honorato, TJ Sobreira e PSL Oliveira

KVFinderMD Anlise dinmica de cavidades em protenas

13

Iuri M. Jauris, Fernando M. Machado, Solange B. Fagan, Ivana Zanella

Interferentes endcrinos interagindo com grafeno: Uma abordagem de primeiros

princpios
14

Sady S. S. Alves, Helieverton G. Brito, Jlio L. S. Miranda, William A. Consolao, Jos

Ciraco Pinheiro
Modelagem Molecular de Dispiro-1,2,4-Trioxanos Antimalricos

16

Bianca Villavicencio, Rodrigo Ligabue Braun e Hugo Verli

Parametrizao de estabilizadores conformacionais com potencial biotecnolgico

17

Carina Mucciolo Melo, Sheyla Lucena, Eloah Rabello Suarez, Maria Bethania Rossi

Piva, Helena Bonciani Nader, Monica Valdyrce Dos Anjos Lopes Ferreira e Maria Aparecida da
Silva Pinhal
Seleo de peptdeos ligantes de heparam sulfato por sistema de Phage Display
18

Leite, R. G. G.; Pascutti, P. G.

Anlise estrutural e dinmica das cisteno-proteases plasmodiais falcipana-2 e

falcipana-3 em soluo aquosa
19

Andrei Santos Siqueira, Ronaldo Correa da Silva, Adonis de Melo Lima, James Siqueira

Pereira, Juliana Simo Nina de Azevedo, Leonardo Teixeira Dall Agnol e Evonnildo Costa
Gonalves
Modelagem Molecular da Subunidade Maior da Ribulose -1,5- bifosfato carboxilaseoxigenase (RuBisCO) da Cianobactria Cyanobium sp. CACIAM 14
21

Juliano de Oliveira Silveira, Rodrigo Ligabue Braun, Hugo Verli

Urease Activation: Evolutionary Inferences via Phylogeny and Structural Disorder

Analysis
22

Tamillis Figueiredo de Oliveira, Paula Alvarez Abreu

Modelagem molecular da Squaleno sintase: Um potencial alvo teraputico no

planejamento de frmacos para doena de Chagas
23

Lu F. S. Oliveira, Helieverton G. Brito, Jos Ciraco Pinheiro, Julio L.S Miranda, Sady

S. S. Alves, Willian. A. Consolao, Rodrigo S. Rocha

Relao quantitativa estrutura-atividade de molculas bioativas contra L. donovani
usando mtodos quimiomtricos e potencial eletrosttico molecular
24

John, E.O. ; Pol-Fachin, L. ; Estevez, J.M. ; Verli, H.

Biologia estrutural do reconhecimento de substratos ricos em prolina por Prolil-4Hidroxilase de A. thaliana

25

Fernando Ribeiro Caires, Rinaldo Wander Montalvo

Study and Development of spherical harmonics based methods for ligand similarity
analysis
26

Wesley Alves, Reinaldo Oliveira, Bruno Macedo, Diego Gomes, Rafael Linden, Pedro

Pascutti, Yraima Cordeiro

Plataforma de Interao Mediada pela Protena Pron pode Explicar a Diversidade
Funcional
27

Fassio A. V., Sabrina A. Silveira, Valdete M. Gonalves-Almeida, Wagner Meira Jr. e

Raquel C. de Melo-Minardi
Visual strategies to reveal patterns of protein-ligand interactions

28

Vincius Contessoto, Debora Lima , Ronaldo Oliveira,Aline Bruni, Jorge Chahine, Vtor

Leite
Analyzing the effect of homogeneous frustration in protein folding
29

Caio S. Souza, Cristiano Amaral, Werner Treptow

The Electric Fingerprint of Membrane Voltage Sensor Domains

30

Letcia Stock, Vincenzo Carnevale, Werner Treptow, Michael L Klein

Electrostatic component contribution to the energetics of ion permeation through a Na+

channel
31

Sibele Bonoto Rodrigues, Rafael Andrade Caceres e Osmar Norberto de Souza

Desenvolvimento de um modelo farmacofrico 3D a partir das interaes da PNP de

Mycobacterium tuberculosis com o frmaco aciclovir.
32

Clauber Henrique Souza da Costa, Amanda R. S. Oliveira , Ricardo M. Miranda; Edison

A. Rodrigues; Clio H. Wataya; Antonio F. Figueiredo

Estudo de estatinas inibidoras da enzima HMGR por meio de Dinmica Molecular
33

Amanda Ruslana Santana Oliveira; Clauber H. S. Costa; Ricardo M. Miranda; Clio H.

Wataya; Antonio F. Figueiredo; Edison A. Rodrigues

Estudo Computacional de Inibidores EthR usando Dinmica Molecular
34

Maycon Jos dos Santos Pereira, Amanda R. S. Oliveira; Clauber H. S. Costa; Ricardo

M. Miranda; Antonio F. Figueiredo; Edison A. Rodrigues; Clio H. Wataya

Investigao por meio de Dinmica Molecular dos derivados do N-fenilfenoxiacetamida
como impulsionadores da atividade da Etionamida
35

Ricardo Morais de Miranda; Amanda R. S. Oliveira; Clauber H. S. Costa; Edison A.

Rodrigues; Claudio N. Alves; Jeronimo L. Silva

Estudo de QSAR 3D dos compostos da classe do Oxadiazol inibidores EthR
36

Gabriela Renata Cabral Cordeiro, Amanda R. S. Oliveira, Clauber H. S. Costa, Ricardo

M. Miranda; Edison A. Rodrigues; Clio H. Wataya; Antonio F. Figueiredo

Analise comparativa de Docking Molecular utilizando os programas AutoDockTools,
Molegro Virtual Docker e DockThor no estudo de anlogos do Triclosan para inibio da
Malria
37

Jos Rodrigues Pinheiro Neto; Amanda R. S. Oliveira; Clauber H. S. Costa; Clio H.

Wataya; Antonio F. Figueiredo; Edison A. Rodrigues; Ricardo M. Miranda

Estudo de Inibidores derivados da piridina contra a doena de Chagas: uma abordagem
de Docking Molecular com os programas ADT e DockThor
39

Guedmiller S. Oliveira, Adriano A. Amarante , Jssica C. M. Ierich , Caroline P. Brandini,

Ana C. A. Vig, Eduardo F. Franca, Luiz C. G. Freitas , Osvaldo N. O. Jr, Fabio L. Leite
Development of a computer-assisted nanobiosensor for pesticide monitoring

40

Ana Clara Negreiros Parente Capela Sampaio, Disraeli Cavalcante Araujo Vasconcelos,

Joo Hermnio Martins da Silva

Structural Characterization Of Beta 1 Integrin Family By Comparative Modeling And
Molecular Dynamics And Analysis Of Binding Mode Of Specific Ligands By Molecular
Docking
41

Jssica C. M. Ierich; Guedmiller S. Oliveira; Ana C. A. Vig ; Adriano M. Amarante;

Caroline P. Brandini; Eduardo F. Franca; Fbio L. Leite; Yvonne P. Mascarenhas

Predio da Estrutura Tridimensional do Dmero Funcional da Enzima Acetohidroxicido
Sintase pela Aplicao de Tcnicas de Modelagem Molecular Computacional
42

Werneck K.A.A.; Da Silva M.L.; Gomes D. E. B.

Identification and modeling of GH3 and GH9 glycosyl hydrolase from Achatina fulica's
metagenome
43

Disraeli Cavalcante Araujo Vasconcelos, Joo Herminio Martins da Silva

Building the transmembrane and intracellular domains of Toll Like Receptor 1 (TLR1) in
complex with a Dipalmitoylphosphatidylcholine membrane and analysis of the influence
of the I602S mutation in the structure
44

Marcos Tadeu Geraldo, Agnes Alessandra Sekijima Takeda, Antnio Srgio Kimus Braz

e Ney Lemke
As bases da interao de complexos de importao nuclear mediados por Importina-alfa:
protenas Ku70 e Nucleoplasmina como modelos de estudo
46

Amanda Lima Barros, Roberta Pereira Dias, Severino Alves-Jr, and Thereza Amlia

Soares
Characterization of HostGuest Interactions in MOF-based Drug Delivery Systems
47

Joo Augusto Pereira da Rocha, Fabiano Reis da Silva, Marcio Roberto Teixeira Nunes,

Joo Ldio da Silva Gonalves Vianez Jnior, Luiz Guilherme Machado de Macedo
Estudo via MMPBSA e MMGBSA de inibidores da enzima Diidroorotato Desidrogenase da
Leishmania major
48

Caio Bulgarelli, Paulo M. Bisch e Manuela Leal da Silva

Automao do workflow ASAProt: Sistema Computacional para Anotao Estrutural em

Larga Escala
49

De Oliveira, F.L.L.; Da Silva M.L.; Gomes D. E. B.

Anotao e Modelagem de uma 6-fosfo--glicosidase de Citrobacter sp. oriunda do

metagenoma do caracol africano Achatina fulica
50

Silva, J.G.; Pires, V. S.; De Mesquita,J.F.

In Silico Analysis of Single Nucleotide Polymorphisms of DISC1 in Schizophrenia

52

Wilson, K. S. C.; Loureiro, J.P.; De Mesquita, J.F.

In silico

Analysis of the Human Protein VAPB in Familial Amyotrophic Lateral Sclerosis Type 8

53

Carla M. S. Menezes, Frederico S. C. Branco,, ngelo C. Pinto. Nbia Boechat

Molecular modeling calculations towards elucidation of anti-TB activity of novel gemdifluorinated derivatives of isoniazid
54

Charlielly Santiago Araujo e Hermes Fernandes de Souza

Efeito do substituiente nas propriedades estruturais e eletrnicas das sulfonilureias

55

Adonis de Melo Lima, Ronaldo Correia da Silva, Nelson Alberto Nascimento de Alencar,

Marina Luiza Saraiva Mller, Andrei Santos Siqueira,Leonardo Teixeira Dall'Agnol, Evonnildo
Costa Gonalves.
Estudo terico da interao lectina microvirina de Microcystis aeruginosa SPC777 e a
glicoprotena gp120 do HIV.
56

Andr Grecco Carvalho, Rafael Andrade Caceres, Ednaldo Teixeira da Silva, Ricardo de

Godoi Mattos Ferreira, Fernando Berton Zanchi

Molecular

dynamics

studies

of

hypoxanthine-guanine-xanthine

phosphoribosyltransferase from Plasmodium falciparum FCR3/Gambia.

57

L. dos Santos, N. Azoia, A. Cavaco-Paulo , P.P. Fvero e A.A. Martin

Modelo Computacional da Penetrao da Vitamina E no Estrato Crneo

58

Mariana Zancan Tonel, Solange Binotto Fagan

Ab initio study of graphene and its derivatives interacting with dopamine

59

Fraga, H. M. e Fernandez, J. H.

Comparative analysis of free docking programs in experimental conditions: cations in

the surface
60

Luiz Fernando da Costa Zonetti e Alexandre Suman de Arajo

Estudo da Interao do Peptdeo de Fuso da Protena E do Vrus da Dengue com

modelo de membrana de POPC por Simulaes de Dinmica Molecular
61

Ana Alice Farias da Costa, Isabella Menezes Queiroz, Jaqueline Bianca Carvalho

Duarte, Fbio Alberto de Molfetta

Estudo de docagem molecular de Inibidores Derivados da Acrilamida para o Vrus da
Dengue
62

Machado N. C. F., Santos L., Martin A. A., Fvero P. P.

Dinmica Molecular coarse-grained do cido Ascrbico e Tetra Isopalmitado de ascorbil

63

Lucas de A. Vizani, Isabella A. Guedes, Laurent E. Dardenne

Estudos de Modelagem Molecular de Inibidores da Enzima MAPKp38 atravs da

Estratgia de Ensemble Docking
65

Helieverton G. de Brito, Sady Salomo S. Alves, Lu F. S. Oliveira, Rodrigo S. Rocha e

Jos Ciraco Pinheiro

Relao Estrutura-Atividade de Compostos Antituberculose Usando Mapas de MEP e
Docking Molecular

66

Crhisllane Rafaele dos Santos Vasconcelos, Antonio Mauro Rezende

Predio de redes de interao protica a partir de informaes estruturais de protenas

preditas em genomas de espcies de Leishmania
67

VSP Nunes, P Faria-Pinto, EG Vasconcelos, CCH Borges, PVSZ Capriles

The 3D models of Ecto-NTPases CD39 (human) and SmNTPDase1 (Schistosoma

mansoni): A comparative analysis
68

VC Souza,VS Nunes, EG Vasconcelos, P Faria-Pinto, PVSZ Capriles

Comparative Modeling of SmATPDase2 (Sm2) and HsNTPDase6 (CD39L2)

69

Rafael de C. Barbosa, Marcia C. Barbosa

Hydration shell of the TS-Kappa protein: higher density than bulk water
70

Moreira, L.G.A., De Mesquita, J.F.

Computational Prediction of Twenty New nsSNPs Effects in Human SOD1 in Amyotrophic

Lateral Sclerosis
73

Fbio J. B. Cardoso, Lourivaldo S. Santos , Luciana P. Xavier, Fbio A. de Molfetta

Estudos de docagem molecular de neolignanas como inibidoras de Purina Nucleosdeo

Fosforilase de Schistosoma mansoni
74

Krisnna M. A. Alves, Luciana P. Xavier, Fabio A. de Molfetta

Busca de potenciais inibidores para a GAPDH de Leishmania mexicana atravs de

tcnicas de modelagem molecular
75

Samuel Reghim Silva, Rinaldo Wander Montalvo

Determinao de Complexos entre Protenas usando Dados Experimentais Esparsos

76

J. L. Almeida Filho e J. H. Fernandez

AutoModel, a graphical interface for protein homology modeling: Refining loops and
remote access
78

Pires, V. S.; Silva, J.G.; De Mesquita, J. F.

In Silico Analysis of Polymorphisms of the ANG Protein in Amyotrophic Lateral Sclerosis

80

Sousa, B. L., Silva-Filho, J. C., Kumar, P., Rocha, B. A. M., Delatorre, P. , Bezerra, G. A.,

Nagano, C. S., Gruber., K., Cavada, B. S.

Structural characterization of a new Tn-binding lectin from the seeds of Vatairea
macrocarpa
81

Marina Luiza Saraiva Mller , Ronaldo Correa da Silva,, Jonas Frana da Cruz, Nelson

Alberto de Alencar,,Maryene Wilde Melo , Antonio Pereira Silva Neto, Adonis de Melo Lima
Estudo por modelagem computacional das classes Delta e Epsilon da glutationa Stransferase obtidas da espcie Anopheles darlingi
82

Luan Carvalho Martins, Luana Faria da Cruz, Rafaela Salgado Ferreira, Renata Barbosa

de Oliveira
Estudos computacionais e sntese de potenciais inibidores da cruzana de T. cruzi

83

Rebeca Cristina Costa Pereira, Paula Alvarez Abreu e Helena Carla Castro

Structural Perspective of CTX-M: An Important Group of Beta-Lactamases Involved in

Bacterial Resistance
84

Figueiredo, R.G.A., Cardoso, M.H., De Mesquita, J.F.

Computational Prediction of Spatial Epitopes in Soybean Allergen Proteins

85

Ccera Luana Cruz Tavares, Ccera Jacielly de Matos Cassiano e Diniz Maciel de Sena

Junior
In silico assessment of anti-inflammatory potential of three diterpene acids from
sunflower
86

Reinaldo S. de Oliveira Jnior, Debora Foguel, Pedro G. Pascutti

Structural stability in amyloidogenic and non-amyloidogenic variants of the Transthyretin

protein by MD Simulations under high pressure
87

Fausto Guimares Costa; Ricardo Lemes Gonalves ; Benedito Rodrigues da Silva

Neto; Raisa Melo Lima ; Ceclia Maria Alves de Oliveira; Luclia Kato; Clia Maria de Almeida
Soares; Maristela Pereira e Roosevelt Alves da Silva
Inibidores da enzima Malato-Sintase do Paracoccidioides spp: uma abordagem por
ancoragem molecular e dinmica molecular
88

Gonalves R.L; Vieira S.A.P.B; Mendes M.M; Silva R.A

Isohemigossypolone como inibidor da Metalloprotease de Bothrops pauloensis: Uma

abordagem por ancoragem molecular e dinmica molecular
89

Willianm A. Consolao, Rodrigo S. Rocha, Lu F. S. Oliveira, Jlio L. S. Miranda ,

Helieverton G. de Brito, Sady S. S. Alves, Jos Ciraco Pinheiro

Estudo quimiometrico de Artemisininas Leishmanicida
90

Lauriane G. Santin, Solemar S. Oliveira, Ademir J. Camargo Alessandra Albernaz,

Ricardo Gargano
Propriedades Estruturais e Eletrnicas da Teobromina: Dinmica Molecular e Teoria do
Funcional de Densidade
91

Tabata Cruz Manoel e Alexandre Suman de Araujo

Clculo do perfil de energia livre de complexao da Quercetina com a betaCiclodextrina por simulaes de Dinmica Molecular
92

Agnes A. S. Takeda , Angelo J. Magro , Marcos R. de M. Fontes

Theoretical model and molecular dynamics simulation of Importin- from Neurospora

crassa.
93

Antonio Marinho da Silva Neto, Rinaldo Wander Montalvo

A differential geometry approach for ensemble analyses

94

Maryene Wilde Melo, Antonio Pereira Silva Neto, Marina Luiza Saraiva Mller, Jonas

Frana da Cruz, Adonis de Melo Lima, Nelson Alberto N. de Alencar, Ronaldo Correia da Silva
Modelagem comparativa da enzima l-asparaginase tipo II de Pseudomonas fluorecens
95

Jonas Frana da Cruz, Marina Luiza Saraiva Mller, Maryene Wilde Melo, Antonio

Pereira Silva Neto, Adonis de Melo Lima, Ronaldo Correia da Silva

Molecular modeling of protein covr of streptococcus mutans- a promising target against
human cariogenesis
96

Agnes A. S. Takeda, Gunther J. L. Gerhardt, Jos Luiz Rybarczyk-Filho

Triplet Entropy Analysis and Molecular Modeling of Hemagglutinin as Tools for

Understanding Influenza Virus Phylodynamics
97

Kaio Moraes de Farias, Marclia Pinheiro da Costa, Cludia do Pessoa, Diana

Magalhes de Oliveira
Molecular modeling of proteins containing WD-40 motifs in Leishmania spp
98

Solemar Silva Oliveira, Hamilton Barbosa Napolitano e Ademir Joo Camargo

Estudo Terico dos parmetros geomtricos da molcula de Hydrazone usando

Dinmica Molecular Car-Parrinello
102

Rafaela Magalhes Tavares, Alexandre Suman de Araujo

Estudos da interao de peptdeos antimicrobianos com modelos de membranas por

simulaes de Dinmica Molecular
103

Dametto, M; Torres, PHM, Fernandes TVA e Pascutti, PG

Parametrizao do pentassacardeo de heparina e simulao de dinmica molecular do

complexo heparina-heparinase
104

Ribeiro, J. F. R. ; Rocha, J. R. , Wiggers, H. J. , Cheleski, J., Sartori, G.R. e Montanari,

C. A.
Molecular design and biological evaluation of Neq0054 as TcGAPDH inhibitor with
tripanocidal activity
105

Bruno Marques Soares, Bruno Colho Cavalcanti, Daniel Pascoalino Pinheiro, Ftima

de Cassia Evangelista de Oliveira, Marclia Pinheiro da Costa, Eufrnio Nunes da Silva Jnior ,
Jairo Diniz Filho, Manoel Odorico de Moraes e Claudia do Pessoa
Nor--Lapachona Como Provvel Inibidor Cataltico da Enzima Topoisomerase II Humana
107

Juliana do Nascimento Silva, Magdalena Nascimento Renn

Estudos por Modelagem molecular da enzima nucleosdeo hidrolase de Trichomonas

vaginalis
108

Borges, N. M, Silva, M. A , Kiametis, A. S, Martins, J. B. L, Romeiro, L. A. S e Gargano,

R
New Inhibitors of the Enzyme Acetylcholinesterase Derivatives Cardanol

109

Rafael Eduardo Oliveira Rocha, Leonardo Henrique Franca Lima

Papel das restries estereoqumicas, Pi-stacking, interaes de hidrognio e

multiplicidade de interaes na seletividade de ligantes acetilcolinesterase humana
111

Pinheiro, D.P.; Costa, M.P.; Soares, B.M.; Oliveira, F.C.E.; Cavalcanti, B.C.; Diniz Filho,

J.; Dias, G.G.; Silva Jr., E.N.; Pessoa, C. e Moraes, M.O.

Potencial citotxico do derivado nor--lapachnico ENSJ39 e predio in silico de sua
interao com a enzima topoisomerase II
112

Tammy M.R. Nagashima Lira, Brbara A.A. Vieira, Carlos Rangel Rodrigues, Lcio

Mendes Cabral, Alessandra M.T. de Souza

Modelagem molecular de nanosistemas baseados em alginato de sdio para
nanoencapsulao de insulina.
113

Souza, G. E.; E Silva, I. R.; Silva, M. T. A.; Thiemann, O. H.

Modelagem Molecular por Homologia da protena U5-200K de Trypanosoma brucei

114

Vtor Won-Held Rabelo, Ana Elisa Guimaraes da Silva, Nelilma Correia Romeiro, Paula

Alvarez Abreu
Modelagem molecular de um alvo teraputico em infeces por vrus Herpes simplex
115

Ingrid Bernardes Santana Martins, Sidney Jurado de Carvalho e Alexandre Suman de

Araujo
Desenvolvimento de um sistema computacional para a realizao de simulaes de
Dinmica Molecular a pH Constante (CpHMD)
116

Marcos A. B dos Santos; Fbio dos Santos Gil; William A. Consolao; Rodrigo S.

Rocha; Jlio S. Miranda; Lu F. S. Oliveira; Jos Ciraco Pinheiro

Modelagem Computacional da Atividade Antichagsica de Compostos Nitrofuranos
atravs de mtodos quimiomtricos e Mapas de MEP
117

Torres, P.H.M. and Pascutti, P.G.

Structural Dynamics of Integrin v3 and the N-terminal Fragment of Endostatin

118

Lucas Alves Santos, Nayara Magalhaes Sousa , Moacyr Comar Jr A.G.Taranto

Comparao do comportamento estrutural de epitopos em lquido ionico e gua

120

Batista, Moema M.; Fernandes,Tcio V. A.; Santoro, Marcelo M.; Pascutti,Pedro G.

Dermadistinctina K: anlises de Dinmica Molecular com solvente miscvel em gua e

em membrana
122

Iara Robadey Portal, Paulo R. R. Costa, Magdalena N. Renn

Estudos por modelagem molecular e avaliao farmacolgica de compostos com

potencial atividade antineoplsica
123

Araujo, G. C.; Oliveira, R.J.; de Araujo, A.S.; Souza, F.P.

Functional Analyses Of Rsv Sh Protein Pentameric Structure By Bioinformatics Tools

And Molecular Dynamics

124

Oliveira, F. C. E., Costa, M. P., Nepomuceno, F. W. A. B, Pinheiro, D. P. , Soares, B. M.,

Diniz Filho, J., Banwell, M. G, Prudence, E., Moraes, M. O. e Pessoa, C. O.

Atividade citotxica e Docking molecular da substncia sintetizada TBj
125

Thompson, H. N.; Marmitt, S. ; Toldo, J. M.; Livotto, P. R.

Ligaes de Halognio: uma Descrio por Teoria de Interao Orbital

126

Maurcio A. Ambrsio, Paula F. Moraes, Raquel A. C. Leo, Paulo R. R. Costa, Marco A.

L. Cruz, Magdalena N. Renn

Modelagem molecular de compostos derivados de cumarina com potencial atividade
inibitria da enzima Mps1
127

Kamilla Trajano da Silva, Rodrigo O. M. A. de Souza, Nelilma C. Romeiro

Modelagem

Molecular

de

Anlogos

da

Ribavirina

com

Inosina

Monofosfato

Desidrogenase (IMPDH)
128

Elias Silva dos Santos, Paulo Fernando de Almeida e Elias Ramos-de-Souza

Souring control in fluid samples of oil industry using a multiple ligand simultaneous
docking (MLSD) strategy
130

Gilberto Cavalheiro Vieira, Marialva Sinigaglia, Maurcio Rigo, e Vera Lcia da Silva

Valente
Comparative analysis between molecular modeling methods of DNA methyltransferase 2
(DNMT2) from drosophilids

RESUMOS

Theoretical analysis of the peptide inhibition of MurA enzyme from

Pseudomonas aeruginosa
Anderson H. Lima1, Alberto M. dos Santos1, Jernimo Lameira1 e Cludio Nahum Alves1
1

Universidade Federal do Par Laboratrio de Planejamento e Desenvolvimento de

frmacos

MurA (UDPGlcNAc enolpyruvyltransferase) catalyzes the first committed step

in the synthesis of the bacterial cell wall by transferring the enolpyruvyl moiety of
phosphoenolpyruvate (PEP) to the 3-hydroxyl of UDP-Nacetylglucosamine
(UDPGlcNAc)1. Recent study shows that the peptide HESFWYLPHQSY inhibited the
enzymatic reaction of MurA with an IC 50 value of 200 M.2 Thus, in order to contribute
to design of novel antibacterial agents the aim of this work was employ Homology
Modeling, Docking and Molecular dynamics simulations to analyze the mode of
interaction of this peptide and it ability of inhibiting MurA enzyme from Pseudomonas
aeruginosa.
Herein, we have employed SWISS-MODEL server to generate the threedimensional (3D) structure of MurA enzyme from Pseudomonas aeruginosa. The
peptide HESFWYLPHHQSY 3D structure and docking has been elucidated by
FlexPepDockab-initio protocol using Rosetta program. The top-scoring models were
clustered and the top-scoring clusters were selected as a model for the interaction.
The AMBER 12 suite of programs have been used to perform 30ns MD simulations.
The peptide binding free energy was determined by applying the sietraj software.
The result for the modeled enzyme from SWISS-MODEL server was based on
template 1EJD with a RMSD value of 1.55 . After docking calculations, some
hydrogen bonds were observed between peptide and the residues Lys22, Ser121,
Leu373, Arg93, Asp308 and Asn333. These interactions are conserved in other MurA
enzymes and have been proposed to play a critical role in the enzyme inhibition 3. In
order to quantify the interactions we performed computational alanine scanning of the
complex based on the average structure over the last 10 ns of MD simulation, using
SIE methods to estimate relative binding free energies. The predicted G bind is 9.99
kcal.mol-1. Our results suggest that the side chains of the residues Lys22 and Arg93
makes the strongest interactions with the peptide residues considering that the
mutation Lys22Ala and Aarg393Ala caused an increase in the free energy values,
which may represent a loss on peptide inhibition activity. The next steps are to
perform mutations in some residues from peptide in order to improve the interaction
and consequently the ability to inhibit MurA enzymes and contribute to design of new
antibacterial agents.
_____________________________________________ ______________________
1

Walsh CT, Benson TE, Kim DH., Lees WJ. ChemBiol, 3 (1996) 8391
Molina-Lpez et al. Peptides, 27 (2006) 31153121.
3
Eschenburg S, Schnbrunn E. Proteins, 40 (2000) 290298.
2

Clculo de potenciais de superfcie para cavidades de

macromolculas do proteoma de Tripanosoma cruzi.
Gisele Vieira Rocha1, Paulo Srgio Lopes de Oliveira2 e Floriano Paes Silva Junior1
1
Instituto Oswaldo Cruz, 2Laboratrio Nacional de Biocincias
Conforme projetos desenvolvidos na era ps-genmica avanaram, observouse que nem todas as protenas validadas como alvo renderam ligantes com
caractersticas farmacocinticas necessrias para que possam avanar para etapas
finais do processo de desenvolvimento de novos frmacos. A capacidade de uma
protena ter sua funo modulada ao ligar-se a uma pequena molcula com
caracterstica de frmaco denominada drogabilidade.
Existem mtodos computacionais que identificam e caracterizam cavidades
em macromolculas, mas a drogabilidade destas regies no caracterizada.
Recentemente, foi desenvolvida a ferramenta computacional KVFinder (Dr. Paulo S.
Oliveira, Laboratrio Nacional de Biocincias-LNBio), a qual capaz de identificar
cavidades de todos os tipos de protenas calculando volume, rea da superfcie e
um mapa de cargas parciais. O KVFinder se destaca de outras ferramentas,
principalmente, por apresentar um protocolo da anlise de larga escala.
Para a predio da drogabilidade destas protenas necessrio adicionar a
esta ferramenta anlises sistemticas da superfcie destas cavidades. O presente
trabalho buscou adicionar ao KVFinder algoritmos que calculam potenciais de
superfcies moleculares, tais como: potencial eletrosttico, potencial lipoflico e
potencial participao em ligaes de hidrognio.
As interaes eletrostticas foram modeladas considerando a molcula na
presena de um solvente modelado como um meio contnuo. As rotinas empregadas
para o clculo do potencial eletrosttico foram extradas da ferramenta livre DELPHI
que modela as interaes utilizando a equao de Poisson-Boltzmann.
O potencial lipoflico realiza o mapeamento da hidrofobicidade na superfcie
da cavidade protica. Esta quantidade calculada atravs da influncia da lipofilici dade de cada fragmento/tomo da protena em um determinado ponto da superfcie.
Outra propriedade analisada foi a identificao de regies nas cavidades onde po dem ocorrer ligaes de hidrognio. Os stios de ligaes de hidrognio no mostram a quantidade de aceptores e doadores em uma rea especfica. Esta informao apresentada atravs da densidade de aceptor/doador de hidrognio.
O KVFinder, incrementado com os algoritmos de clculos de superfcie molecular, foi
utilizado para calcular o volume, rea, potencial eletrosttico, o mapeamento de
cargas, regies onde pode haver ligaes de hidrognio e um mapa da
hidrofobicidade das cavidades de protenas do proteoma do Tripanosoma cruzi
presentes no banco de dados do Protein Data Bank (PDB).

Modelagem Molecular de Fosfolipases D (Esfingomielinase) de

Corynebacterium pseudotuberculosis (CpEMaseD) para o
Desenvolvimento de Potenciais Molculas Microbicidas
Alberto Fernandes de Oliveira Junior1,, Rafaela Salgado Ferreira1,2 e Vasco Azevedo1,3
Programa de Ps-graduao de Bioinformtica 1, Departamento de Bioqumica e
Imunologia2, Biologia Geral3 da Universidade Federal de Minas Gerais UFMG
Corynebacterium pseudotuberculosis um organismo gram-positivo, anaerbico facultativo e agente etiolgico da linfadenite caseosa (LC), doena esta que
atinge principalmente ovinos e caprinos. A LC se caracteriza pelo aparecimento de
abscessos caseososnos linfonodos superficiais e viscerais podendo levar os animais
ao bito. Sabe-se a enzima Fosfolipase D (esfingomielinase) est envolvida na patognese e constitui um importante fator de virulncia. Neste trabalho temos como objetivo propor um modelo tridimensional da estrutura de esfingomielinase D de C.
pseudotuberculosis. Este posteriormente ser empregado em estudos de triagem
virtual de pequenas molculas capazes de promover a inibio enzimtica. 10 modelos foram gerados, atravs do software Modeller, usando os templates 1XX1 e 3RLH
com resoluo [] de 1.75 e 1.72, e valores de identidade e cobertura (36%~30% e
17%~16%), respectivamente. A validao foi realizada pelo grfico de ramachandran
e alinhamentos estruturais (RMSD) foram feitas na estrutura modelo final contra o
template 3RLH. Em nossos resultados preliminares conseguimos obter uma estrutura que apresenta um RMSD de 2,5 , quando alinhada ao template, e que no apresenta aminocidos em regies no permitidas ao analisar o grfico de ramachandran. Este modelo ser empregado em estudos triagem virtual para selecionar potenciais inibidores da atividade cataltica desta enzima, que sero tambm avaliados
experimentalmente atravs de estudos de cintica enzimtica.

Palavras chave: Fosfolipase D, Corynebacterium pseudotuberculosis, Docking

Apoio: CNPq, Fapemig, UFMG

Structural variation in S-RNases of Solanum

Laus Brisolara-Corra1,2, Claudia Elizabeth Thompson2, Cludia Lemelle Fernandes2
e Loreta Brando de Freitas1
1
Laboratory of Molecular Evolution, Department of Genetics, Universidade Federal
do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
2
Unit of Theoretical and Computational Biology, Biotechnology Center, Universidade
Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil
The multigenic and multiallelic S locus in plants is responsible for the gametophytic
self-incompatibility (GSI) system, which is important to prevent the detrimental effects
of self-fertilization and inbreeding depression. Several studies have discussed the
importance of punctual mutations, recombination, and natural selection in the
generation of allelic diversity in the S locus. However, there is not a wide-ranging
study correlating molecular evolution and structural aspects of the corresponding
proteins in Solanum. Therefore, we evaluated the molecular evolution of this locus
and obtained a statistically well-supported phylogenetic tree, as well as evidence of
positive selection, helping us to understand the diversification of S-alleles in
Solanum. To evaluate the impact of the positively selected amino acid residues on
the S-RNase protein structures, we constructed three-dimensional models for
representatives of all major clades. In total, twelve structural models were
constructed, validated and submitted to molecular dynamics to achieve structural
stabilization. The crystal structure of Nicotiana alata SF11-RNase (Ida et al. 2001)
was used as a template for the construction of three-dimensional molecular models
representing all major clades of the Solanum S-RNase phylogeny. The template has
an excellent resolution of 1.5 and also belongs to the S locus. They include S.
peruvianum (allele 7 of the 7A subclade, S 3 of the 3B subclade, S 6 of Clade 1, S7 of
the 7B subclade, S12-1 of the 6B subclade, and S 25 of the 3A subclade), S. chilense
(S1b of the 8B subclade), S. chacoense (allele 2 of Clade 4 and allele 3 of Clade 5),
S. tuberosum and S. habrochaites (Shab6 of the 6A subclade). Clade 2 has only four
genes, and the molecular modelling performed for them resulted in poor structural
models due to their partial sequences. Five very similar, high-quality structural
models were generated through MODELLER for each subclade. SWISS-MODEL and
MolProbity were used to evaluate the theoretical model and stereochemical quality,
respectively. The positively selected amino acid residues were predominantly located
in the hypervariable regions and on the surface of the protein, which appears to be
fundamental for allele specificity. One of them was identified nearly a conserved
strand, which is crucial for the enzymatic catalysis. Additionally, we have shown
significant differences in the electrostatic potential among the predicted molecular
surface in S-RNases. The results indicate that local changes in the three-dimensional
structure are present in some regions of the molecule, although the general structure
seems to be conserved. No previous study has described such structural variations
in S-RNase.

Engineering of Dengue Fever NS1-based epitopes

Danilo F. Coelho1, Victor H. Rusu2, Severino A. Junior1 and Roberto D. Lins1
1
Fundamental Chemistry Department, Federal University of Pernambuco, Recife, PE,
50.740-560 Brazil; 2Department of Physical Chemistry, ETH-Hnggerberg, Zurich,
CH-8093, Switzerland; danilo.fcoelho@hotmail.com
Dengue fever is a viral tropical disease that affects about 390 millions of people
every year and Brazil presents the higher incidence of cases in South America. The
infection can result into a systemic syndrome that can lead to a hemorrhagic
fever/shock. Up to date there is no prophylactic treatment or vaccine available.
Disease control is limited to vector eradication strategies. The dengue virus (DENV)
is transmitted by Aedes aegipty and albopictus mosquitoes and presents itself in 5
serotypes, namely DENV-1, -2, -3, -4 and -5. DENV belongs to the Flavivirus genus
and its genome encodes 7 non-structural proteins (NS): NS1, NS2A, NS2B, NS3,
NS4A, NS4B, e NS5. NS1 is a 352-residues long glycoprotein that is secreted by
infected mamallian cells and can be found on the cell surface or soluble in blood.
Although not involved in virion formation, high levels of NS1 can be found in the
blood of infected people during the early days of infection, acting as an antigen and
activating the complement system. Recently the region between the 221 to 266
amino acids of NS1 has been identified as containing an epitope. This region was
capable to elicit anti-NS1 antibodies that had cross-reaction with DENV-1, -2 and -3.
The aim of the current work is to engineer chimerical proteins, containing the putative
NS1 epitopes, as potential candidates as vaccine and/or diagnostic antigens. This
was accomplished by devising an overall protocol combining de novo design and
molecular dynamics simulations. The identified sequences were inserted into four
scaffolds well known by their remarkable thermal and environmental stabilities: Top7,
Thioredoxin-A, GB1 and SSO7D. The protocol consisted in selecting short
sequences (8 to 13 amino acids long) of the NS1 protein, including the 221-266
region, and verify in what regions of the scaffold it can be accommodated. The
stability of over 300 chimeras was initially estimated by de novo techniques
(threading and design) using the Rosetta 3.5 software. The most energetically stable
mutants were selected and had their structural and dynamical stabilities assessed by
molecular dynamics simulations using the Gromacs 4.6.5 package. Our results
revealed a few promising epitope-carrying chimeras that are currently being
heterologous expressed and immunogenically tested.

This work is supported by FACEPE, CNPq, CAPES, Nanobiotec-BR, INCTIMANI, LAVITE-CPqAM. Partial computer allocation was granted by Swiss
Supercomputing Centre (CSCS), ACLF at Argonne National Laboratory and HPC2N
at Ume University, Sweden.

Pharmacophore model for biased agonists of Angiotensin II

receptor type 1: a molecular modeling study
Silvestre Massimo Modestia, Matheus Malta de S, Carlota de Oliveira Rangel-Yagui
Faculdade de Cincias Farmacuticas-USP
Introduction and Objective: Heart failure is a common syndrome with increasing
prevalence, which continues to be associated with high morbidity and mortality.
Recent studies have shown that biased agonists for AT1R are able to induce
signaling via -arrestin without G-protein activation, thus representing a therapeutic
advantage over Angiotensin receptor blockers. A pharmacophore model for AT1R
was created in order to investigate structural requirements for biased agonism.
Materials and Methods: Seven biased agonists and Angiotensin II were modeled
using Angiotensin II's NMR structure as initial geometry. The computational program
GROMACS with AMBER99sb*-ildn force field was used to create the simulation
system. Structures were energy minimized using the steepest descent method with
10,000 steps. Molecular dynamics simulations were carried out in water solvent at
310 K and 1 atm for 10ns, using the V-Rescale thermostat and Pahinello-Rahman
barostat, with both coupling constants of 0,2 ps. Selected conformers were used for
pharmacophore generation based on superposition. Four pharmacaphore models
were generated in Sybyl 2.0 - Unity module.
Results and Conclusion: Molecular dynamics control parameters were successfully
maintained (average pressure = 1 bar, temperature = 310 3,8 K, density = 987
4.6 Kg/m3). RMSD analysis indicates that all simulated compounds reached
stabilization after 6.5 ns. A superior flexibility for the first three amino acids in all
peptides was showed by RMSF analysis. The final pharmacophore model had four
features: two aromatic rings, one hydrogen bond donor and one negative charged
center. Our results point out the alternative position of the carboxyl terminal as being
responsible for biased agonism

Interaes Envolvendo Microcistinas e o Nanoporo Formado pela Hemolisina de Staphilococcus aureus

Janilson Jos da S. Jnior1,2, Cludio G. Rodrigues2 e Thereza A. Soares1
1
UFPE - Departamento de Qumica Fundamental (dQF)
2
UFPE - Departamento de Biofsica e Radiobiologia
Nanoporos proticos vm se mostrando versteis detectores de molculas
unitrias. O princpio de funcionamento baseado na modulao caracterstica da
corrente inica, causada pela interao da molcula com o nanoporo. Propriedades
tais como estabilidade e facilidade de incorporao em membranas artificiais tornam
o nanoporo formado pela -Hemolisina (-HL) de Staphylococcus aureus, um
adequado elemento de reconhecimento para o sequenciamento de DNA,
caracterizao de polmeros e deteco de peptdeos, bem como outros compostos.
Nessa diretriz, propomos a utilizao deste nanoporo como elemento de
reconhecimento molecular para o monitoramento, caracterizao e quantificao de
microcistinas (MCs), que so hepatapeptdeos cclicos, hepatotxicos, produzidos
por cianobactrias, causadores de srios problemas sade humana. Os resultados
experimentais demonstraram a capacidade do nanoporo em diferenciar trs
variantes estruturais de Mcs (LR, RR e YR). Assim, com a finalidade de melhor
adaptar o nanoporo para a deteco dessas toxinas, fez-se necessrio estudar as
interaes entre o nanoporo e as MCs.
Desta forma, calculamos os mapas de potencial eletrosttico das MCs e do
nanoporo, nas mesmas condies experimentais (KCl 4M), utilizando o programa
DeepView - Swiss-PdbViewer v4 (resolve numericamente a equao de PoissonBoltzmann). Como ilustrado na figura abaixo, constatamos que a regio basal do
nanoporo (local onde as Mcs so adicionadas) negativamente carregada,
facilitando fortes interaes eletrostticas com a MC-RR (apresenta uma arginina na
posio 2, tornando-a mais positivamente carregada, quando comparada s MCs-LR
e YR). Isso corrobora com os resultados experimentais, que mostram maior
interao do nanoporo com a MC-RR. Esses resultados auxiliam no direcionamento
para possveis mutaes do nanoporo, com o propsito de adequ-lo para a
deteco de Mcs.

Mapa de potencial eletrosttico do nanoporo formado pela -HL e das microcistinas

RR, LR e YR.

GTKDynamo: Uma interface grfica para simulaes de potencial

hbrido tipo QC/MM
Jos Fernando R. Bachega1,2, Lus Fernando S.M. Timmers 2, Osmar Norberto de Souza2,
Martin J. Field3, Troy Wymore4.
1

(Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural, Instituto de Fsica de So Carlos,

Universidade de So Paulo, So Carlos SP, CEP 13566-590, Brazil, 2Laboratrio
de Bioinformtica, Modelagem e Simulao de Biossistemas (LABIO) - Programa de
Ps-Graduao em Biologia Celular e Molecular (PPGBCM) - Pontifcia
Universidade Catlica do Rio Grande do Sul (PUCRS), Porto Alegre - RS, Brazil,
3
DYNAMO/DYNAMOP, Institut de Biologie Structurale Jean-Pierre Ebel, 41 rue
Jules Horowitz, 38027 Grenoble Cedex 1, France (UMR 5075 CEA/CNRS/UJF
Grenoble I) e 4Pittsburgh Supercomputing Center, Pittsburgh, USA
Potenciais hbridos do tipo Quantum Chemistry / Molecular mechanics
(QC/MM) so alternativas poderosas em simulao molecular. Eles so
especialmente teis para o estudo de processos em fase condensada, tais como
reaes qumicas, que envolvem alteraes na estrutura eletrnica e a influncia
das redondezas pode ser representadas de uma forma simplificada. Apesar de sua
utilidade, esses potenciais nem sempre so fceis de aplicar. Para facilitar a sua
utilizao desenvolvemos uma interface grfica open-source, GTKDynamo, que liga
o programa de visualizao PyMOL e a biblioteca simulao pDynamo. A interface
foi concebida para facilitar a determinao caminhos de reao em sistemas
biolgicos (mas no somente), especialmente usando potenciais hbridos QC/MM.
Dentre as funcionalidades implementadas destacam-se: a preparao e edio de
sistemas moleculares, clculo de energia (single point), otimizao de geometria,
varredura de superfcies de energia potencial (1D e 2D), dinmica molecular e vrias
outras ferramentas para determinar caminhos de reao. Este trabalho mostra as
funcionalidades da interface GTKDynamo aplicadas a um estudo de caso, onde a
primeira etapa de reao catalisada pela enzima Triosefosfato Isomerase (TIM) foi
determinada utilizando potenciais hbridos.
Palavras Chaves
GTKDynamo ; potenciais hbridos; QC/MM; QM/MM; pDynamo; PyMOL; modelagem
molecular; reaes enzimticas.

KVFinderMD Anlise dinmica de cavidades em protenas

FN Ferraz1,2, RV Honorato1,2, TJ Sobreira1 e PSL Oliveira1,2
1
Centro Nacional de Pesquisas em Energias e Materiais/CNPEM Laboratrio
Nacional de Biocincias/LNBio, 2 Programa Interunidades de Ps-Graduao em
Bioinformtica Universidade de So Paulo
A biologia estrutural, cincia focada no estudo de estruturas de
macromolculas biolgicas, uma rea do conhecimento interdisciplinar, cujos
avanos incluem trabalhos de biologia, qumica, fsica e computao. Uma das
tcnicas computacionais mais relevantes nesse campo a simulao da dinmica
molecular (SMD), que descreve o comportamento de molculas em funo do
tempo. O valor desses estudos est no fato que macromolculas no so estticas
no contexto biolgico. Portanto podemos obter por mtodo terico um resultado
representativo do comportamento biolgico, sendo uma alternativa ou complemento
para mtodos experimentais. Por outro lado, um dos desafios da biologia
computacional a caracterizao de stios ativos em protenas. Protenas so o
principal alvo dos estudos de biologia estrutural pois virtualmente esto envolvidas
em todos os processos celulares. Elas interagem com uma vasta gama de
molculas e o entendimento dessas interaes essencial para um melhor
entendimento funcional das protenas. Tendo em mente a aplicabilidade de SMD e a
importncia da prospeco de cavidades em protenas, ns desenvolvemos o
KVFinderMD, uma extenso do KVFinder (Oliveira et al, 2014), programa
desenvolvido em nosso laboratrio para caracterizao geomtrica de cavidades em
protenas. Essa extenso possibilita a caracterizao de cavidades ao longo de uma
SMD. Assim, podemos avaliar o comportamento dinmico de uma cavidade,
observando a variao de volume e forma da mesma. Aqui ns apresentamos um
estudo de especificidade das enzimas aldedo desidrogenase (ALDHs). Essa famlia
de enzimas catalisa a oxidao de aldedos para cidos carboxlicos. Em termos
fisiolgicos, esto envolvidas desde a destoxificao, eliminando aldedos de cadeia
curta, at morfognese, processando retinaldedo (um precursor de vitamina A) em
cido retinoico. Estudos de modelagem estrutural indicam que a preferncia de
substratos por enzimas ALDH est diretamente correlacionado com o tamanho do
seu canal de entrada de substrato (SEC) (Sobreira et al, 2011). Afinidade por
pequenos aldedos, como acetaldedo, por ALDH2 e grandes aldedos, como o
retinaldedo, por ALDH1, est diretamente relacionada ao tamanho do SEC de cada
enzima. Realizando SMD das enzimas com diferentes aldedos em seu canal de
substrato (ALDH1 e ALDH2 com acetaldedo e ALDH1 com formaldedo), utilizando
o KVFinderMD, foi possvel observar significante mudana na conformao do canal
ao longo do tempo. Enzimas com substratos especficos apresentam canais
extremamente estveis. J o canal da ALDH1 com acetaldedo apresenta grande
instabilidade e acentuada variao do volume. Isso indica que a evoluo de ALDHs
para o processamento de grandes substratos envolve no s o aumento do volume
do SEC, com mutaes para cadeias laterais de volumes menores em pontoschave, mas tambm aumento da flexibilidade do canal. Partindo desse resultado,
possvel avaliar caractersticas estruturais responsveis por essa diferena e assim
obter um melhor entendimento do mecanismo de especificidade dessas enzimas.

10

Interferentes endcrinos interagindo com grafeno: Uma abordagem

de primeiros princpios
Iuri M. Jauris1, Fernando M. Machado1, Solange B. Fagan1, Ivana Zanella1
1
Centro Universitrio Franciscano (UNIFRA/RS)
Um nmero crescente de estudos atualmente vem relatando a presena de
vrios Interferentes Endcrinos (IEs) em guas residuais, guas subterrneas, e at
mesmo na gua potvel. Estes produtos qumicos podem promover alteraes no
funcionamento do sistema endcrino de algumas espcies animais, incluindo os
seres humanos. Ao mesmo tempo, estudos paralelos sugerem que o Grafeno
poderia ser usado como um potencial material adsorvente para o tratamento de
efluentes aquticos contaminados por diversos IEs. No entanto, at o presente
momento, poucos trabalhos tericos tm explorado o tema. Sob essa perspectiva,
neste trabalho buscou-se avaliar a interao entre o Grafeno e dois interferentes
endcrinos distintos, o Pentaclorofenol e a Atrazina. Para calcular as propriedades
eletrnicas e estruturais da interao entre grafeno e os IEs, fez-se uso de
simulaes ab initio baseadas na teoria de densidade funcional e implementadas
atravs cdigo computacional SIESTA. Em seguida, realizou-se o estudo de vrias
configuraes que incluem: Grafeno puro interagindo com os IEs, Grafeno com uma
vacncia interagindo com os IEs, Grafeno com grupos funcionais interagindo com os
IEs, e por fim Nanofitas de Grafeno interagindo com os IEs. Em relao interao
dos IEs em Grafeno puro, as configuraes mais estveis apresentaram energias de
ligao relativamente baixas (71,4 kJ/mol), caractersticas de um regime de
adsoro fsica. Alm disso, a criao de uma vacncia no Grafeno no causou um
aumento na energia de ligao. Por outro lado, o grupo hidroxila na superfcie do
Grafeno revelou-se mais eficaz para aumentar a energia de ligao do que os
grupos epoxi. Para a adsoro nas nanofitas, todas as configuraes mostraram um
aumento na energia de ligao quando comparadas com o Grafeno puro. O
aumento da quantidade de grupos funcionais na superfcie de Grafeno torna a
mesma mais reativa. No entanto, se houver um excesso de grupos funcionais na
superfcie do Grafeno, estes podem contribuir negativamente para a energia de
ligao. Por fim, os resultados indicam que o Grafeno pode ser um adsorvente em
potencial para estes IEs.
AGRADECIMENTOS: Este trabalho foi financiado pela CAPES, CNPq e
Fapergs.

11

Modelagem Molecular de Dispiro-1,2,4-Trioxanos Antimalricos

Sady S. S. Alves1, Helieverton G. Brito1, Jlio L. S. Miranda1, William A. Consolao1, Jos
Ciraco Pinheiro1.
1
UFPA
Artemisinina e seus derivados tm grande eficincia no tratamento de Malria
Falciparum. A literatura tem reportado composto dispiro-1,2,4-trioxanos com boa
atividade antimalrica. Neste trabalho, dispiro-1,2,4-trioxanos (Fig.1), so modelados
atravs da aproximao B3lyp/6-31G* e a geometria mais estvel desses compostos
usada para obteno de descritores moleculares.

Figura1. Dispiro-1,2,4-trioxano contra Plasmodium falciparum in

vitro e Plasmodium herghei in vivo

Anlise de componentes principais (PCA) e Anlise de agrupamento Hierrquico

(HCA), foram usadas para separar os compostos em duas classes (mais ativos e
menos ativos). Para o PCA temos: PC1=0,636LogP-0,532QO1+0,56VOL, esta
expresso mostra que para obtermos compostos mais ativos devemos combinar
baixos valores de LogP (parmetro hidrofbico) com altos valores de QO1 (carga no
oxignio um) e menores valores de VOL (Volume de Van der Walls). Os valores da
distncia do ligante com o heme mostram que para as conformaes com energias
de interao mais baixas, a parte polar dos ligantes, contendo a ligao perxido,
aproxima-se da regio polar do sistema heme contendo Fe 2+. Isto suportado pela
idia de que o anel trioxano tem importante papel no mecanismo antimalrico. Por
outro lado, considerando a separao Fe-O1, os ligantes com valores de atividades
mais altas apresentam a distncia 2,768 A , enquanto que nos menos ativos essa
distncia corresponde a 2,684 A.

12

Parametrizao de estabilizadores conformacionais com potencial

biotecnolgico
Bianca Villavicencio1,2, Rodrigo Ligabue Braun2 e Hugo Verli2
1
PPGBCM, UFRGS, 2Centro de Biotecnologia, UFRGS
Peptdeos so muito promissores como possveis frmacos por combinar um
tamanho reduzido, a habilidade de atravessar membranas e uma razovel superfcie
de contato para interagir com a protena-alvo. No entanto, a estrutura secundria de
um peptdeo sem o arcabouo proteico completo pode ser facilmente
desestabilizada, fazendo com que a conformao biologicamente relevante seja
perdida (Henchey et al, 2009). Em hlices-, uma forma de contornar este problema
a adio de um grampo, de forma a prender duas ou mais voltas de hlice atravs
de uma ponte de hidrocarbonetos (Figura 1). Estudos utilizando esse mtodo tm
timos resultados em ensaios de estabilizao in vitro e in vivo, inclusive
aumentando a resistncia do peptdeo protelise (Schafmeister et al, 2000).

Figura 1 Exemplo de grampo em

peptdeo (Shim et al. 2013)

Figura 2 Exemplo de orbitais de fronteira.

HOMO (azul e vermelho), LUMO (roxo e verde).

Modelos preditivos seriam importantes para ampliar o potencial uso de

grampos em peptdeos, pois os mtodos experimentais so muito custosos em
tempo e recursos. Simulaes de dinmica molecular fornecem informaes a
respeito do movimento de partculas individuais em funo do tempo e permitem
estudar mudanas conformacionais no peptdeo como um todo (Karplus &
McCammon, 2002). importante verificar se diferentes campos de fora geram
resultados distintos no estudo, para que essa informao seja usada como
referncia no futuro. Alm disso, podem-se utilizar ferramentas (Stewart, 1990) para
calcular orbitais de fronteira HOMO e LUMO (Figura 2), cuja interao descreve o
resultado de reaes qumicas, possibilitando uma melhor compreenso das bases
do reconhecimento molecular.
Este trabalho tem como objetivos a avaliao da capacidade de diferentes
campos de fora na descrio da estabilizao conformacional promovida por
grampos, como pr-requisito para seu uso preditivo na engenharia de protenas, e a
avaliao dos orbitais de fronteira e das modificaes covalentes em peptdeos em
funo do tempo, visando identificar caractersticas favorveis implementao
destes estabilizadores conformacionais.

13

Seleo de peptdeos ligantes de heparam sulfato por sistema de

Phage Display
Carina Mucciolo Melo 1, Sheyla Lucena 1, Eloah Rabello Suarez1,2, Maria Bethania
Rossi Piva1, Helena Bonciani Nader1, Monica Valdyrce Dos Anjos Lopes Ferreira 3 e
Maria Aparecida da Silva Pinhal1,2
1
Universidade Federal de So Paulo (UNIFESP), Departamento de Bioqumica;
2
Faculdade de Medicina do ABC, Bioqumica/Biologia Molecular; 3Instituto Butantan,
Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalizao Celular.
Heparam sulfato um glicosaminoglicano onipresente em todos os tecidos e em
todo o reino animal, fato que demonstra a sua importncia. Os proteoglicanos de
heparam sulfato regulam diversos processos celulares, como por exemplo,
proliferao, migrao, adeso, diferenciao e angiognese. O objetivo do presente
estudo foi selecionar peptdeos ligantes de heparam sulfato utilizando o sistema de
Phage Display. Os ensaios de seleo foram realizados utilizando a biblioteca de
peptdeos aleatrios C10XC. Aps cinco ciclos de ensaios de ligao (biopanning),
foi observada repetio de sequncias peptdicas especficas. Verificamos por
cromatografia em heparina-Sepharose que o peptdeo selecionado apresenta alta
afinidade por heparina/heparam sulfato. A interao entre o peptdeo selecionado e
heparina/heparam sulfato foi confirmada por espectro de fluorescncia do triptofano.
Ensaios de viabilidade, proliferao, migrao e invaso celular foram realizados
utilizando as linhagens celulares CHO-K1 e mutante CHO-745 (deficiente em enzima
de biossntese de glicosaminoglicanos, xilosiltransferase I). Os resultados obtidos
por citometria de fluxo, BrdU e AlamarBlue evidenciaram que no houveram
alteraes de viabilidade e proliferao celular em presena do peptdeo
selecionado. Entretanto, foi demonstrado diminuio da migrao e invaso celular
em presena do peptdeo. As anlises de migrao celular e invaso foram
realizadas por ensaios de wound migration e Matrigel, respectivamente. A
angiognese tambm foi avaliada usando cultura de clulas endoteliais de coelho,
pode-se observar diminuio da formao de vasos. Embries de zebrafish foram
tratados com o peptdeo ligante de heparam sulfato e foi observada alterao
significativa no padro de migrao de melancitos, aps o tratamento dos
embries. A determinao de possveis stios de interao do peptdeo selecionado
com molculas de adeso est sendo avaliada por anlises de bioinformtica. O
presente estudo foi aprovado pela Comisso de tica em Pesquisa da UNIFESP
724462/2013 e Instituto Butantan 1210/14. Apoio: FAPESP, CNPq, CAPES.

14

ANLISE ESTRUTURAL E DINMICA DAS CISTENO-PROTEASES

PLASMODIAIS FALCIPANA-2 E FALCIPANA-3 EM SOLUO
AQUOSA
Leite, R. G. G..1,2; Pascutti, P. G.1,2
1

Laboratrio de Biologia Computacional, Diretoria de Metrologia Aplicada s

Cincias da Vida, Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia INMETRO;
2
Laboratrio de Modelagem e Dinmica Molecular, Instituto de Biofsica Carlos
Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ.
A malria considerada um dos mais graves problemas de sade pblica
mundial e sua distribuio dependente de fatores como temperatura, umidade e
pluviosidade. Os parasitas causadores da doena so protozorios pertencentes ao
gnero Plasmodium sp. No Brasil as espcies P. vivax e P. falciparum so as
responsveis por, respectivamente, 15% e 85% dos casos, e esta ltima pela
maioria das mortes. O parasita altamente adaptvel resultando na crescente
resistncia terapia combinada base de artemisina (tratamento de primeira linha),
o que tornou essa estratgia ameaada devido ao aparecimento de parasitas
resistentes no sudeste asitico.
Atravs da concluso do genoma do P. falciparum, quatro cisteno-proteases
do tipo papana puderam ser identificadas, caracterizadas e isoladas. As falcipanas
2 e 3 (FP2/FP3) foram descritas como as principais hemoglobinases presentes no
vacolo digestivo do parasita. Isso se comprova interrompendo o gene da FP2 que
leva a um acmulo de hemoglobina no degradada.
Neste trabalho, estamos investigando essas protenas em soluo aquosa
atravs de simulaes de dinmica molecular visando o mapeamento do stio
cataltico para o planejamento de inibidores. Nossos resultados indicaram uma
grande flexibilidade das enzimas, com movimentos de larga escala e de abertura e
fechamento do stio ativo. Ao mesmo tempo as estruturas secundrias
permaneceram estveis.
Como perspectivas, novas simulaes esto em curso, assim como o
ancoramento de 3 inibidores selecionados anteriormente para investigao e
quantificao da estabilidade das ligaes hidrognio e das superfcies
intermoleculares hidrofbicas. Tambm sero realizadas alteraes nas estruturas
dos inibidores a fim de desenvolvermos compostos mais seletivos e especficos para
as falcipanas.
PRONAMETRO, CAPES.

15

Modelagem Molecular da Subunidade Maior da Ribulose -1,5bifosfato carboxilase-oxigenase (RuBisCO) da Cianobactria

Cyanobium sp. CACIAM 14
Andrei Santos Siqueira1, Ronaldo Correa da Silva1,2, Adonis de Melo Lima1,2, James
Siqueira Pereira3, Juliana Simo Nina de Azevedo3, Leonardo Teixeira DallAgnol1 e
Evonnildo Costa Gonalves1,4
1
Laboratrio de Tecnologia Biomolecular UFPA, 2Faculdade Integrada Brasil
Amaznia, 3Laboratrio de Microbiologia Molecular UFRA, 4Centro de Inovaes
Tecnolgicas IEC
Presente em bactrias, algas e plantas, a Ribulose -1,5- bifosfato carboxilase-oxigenase
(RuBisCO) a enzima mais abundante na biosfera. Isto se deve sua importncia no
processo de fotossntese, no qual a enzima catalisa o primeiro passo do ciclo de Calvin
Bensson-Bassham-CBB, isto , a fixao de CO2 inorgnico em molculas C3 que so
assimiladas pelos carboidratos, lipdios ou outras molculas necessrias para o crescimento
celular. A RuBisCO apresenta formas distintas que so classificadas em tipos I, II, III, e IV. O
tipo I a forma mais abundante e pode ser encontrada em cianobactrias, algas e plantas.
Este tipo, uma protena hexadecamrica que agrega oito polipeptdios menores e oito
maiores que so codificados pelos genes rbcS e rbcL, respectivamente. Visando ampliar o
conhecimento sobre a estrutura e funo da RuBisCO de cianobactrias, o objetivo desse
estudo foi gerar um modelo tridimensional (3D), por homologia, da subunidade maior da
enzima de uma cianobactria da Coleo Amaznica de Cianobactrias e Microalgas
LTB/UFPA. A sequncia de aminocidos (GenBank ID: KEF43168.1) usada neste estudo foi
obtida a partir de uma anlise genmica da Cyanobium sp. CACIAM 14, que foi isolada de
gua superficial do reservatrio da Usina Hidreltrica de Tucuru, Par, Brasil. A seleo do
molde foi realizada no servidor I-TASSER, o qual revelou a melhor identidade com a
RuBisCO de Synechococcus PCC6301 (PDB ID: 1RBL.A). O Modeller 9.10 foi usado para
gerar a estrutura tridimensional (3D) do modelo terico. As validaes deste modelo foram
feitas atravs do grfico de Ramachandran, Verify3D, Anolea e do valor de Root Mean
Square Deviation (RMSD). Adicionalmente, realizou-se a anlise do potencial eletrosttico
de superfcie atravs da construo de um mapa gerado pelo servidor PBEQ solver. O
modelo 3D construdo apresentou 15 -folhas e 19 -hlices. O grfico de Ramachandran
apresentou 98,3% dos resduos em posies estereoquimicamente favorveis, 91% dos
resduos apresentaram valor positivo na avaliao 3D-1D. Poucas regies de alta energia
foram encontradas na anlise individual dos resduos feita pelo Anolea e o valor de RMSD
foi de 0,151. O stio cataltico se mostrou conservado no modelo tendo como resduos:
Lys167, Lys193, Asp195 e Glu196. O mapa de potencial eletrosttico mostrou a similaridade
das molculas em relao distribuio de cargas e potencial eltrico, inclusive na regio
do stio ativo que apresenta baixa densidade de eltrons. Esta conservao do sitio
cataltico reflete a importncia funcional da enzima. Contudo, sua interao com seus
substratos deve ser melhor investigada, visto que a RuBisCO tem sido alvo de estudos que
objetivam a otimizao da sua atividade carboxilase e, consequentemente, da obteno de
biomassa para a explorao biotecnolgica de cianobactrias.
Apoio financeiro: CNPq (Processo 554321/2010-6), FAPESPA (ICAAF 006/2012)

16

Urease Activation: Evolutionary Inferences via Phylogeny and

Structural Disorder Analysis
Juliano de Oliveira Silveira1, Rodrigo Ligabue Braun1, Hugo Verli1
1
Centro de Biotecnologia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Most proteins need to adopt a well-defined three-dimensional structure to carry
out their function. This is exemplified by the structures of many enzymes that need
precisely positioned functional groups of amino acids in spatial proximity to facilitate
the catalysis of chemical reactions. However, the existence of intrinsically disordered
proteins (IDPs), which lack well-folded states yet still execute key biological roles,
has challenged the classical paradigm of structure-function in such biomolecules.
This observation contravenes conventional wisdom, and is relevant to an
understanding of how protein dynamics modulates enzyme function.
Ureases are enzymes of great historic, medical, and agricultural importance.
They catalyze the hydrolysis of urea into ammonia and carbamate, which then
decomposes to an extra ammonia molecule and bicarbonate. These enzymes are
widely distributed in plants, fungi and bacteria. In all these organisms, the activation
depends on a group of accessory proteins required for the proper function of the
enzyme. They act in modifying the active site and allowing the insertion of nickel ions
which are essential for catalysis. This process delivers nickel ions into the active site
of urease through a GTP-dependent process, with the aid of UreD/UreH, UreE, UreF,
and UreG an intrinsically disordered protein by means that are under current
scrutiny.
The present work aims the characterization of UreG, one of the first
enzymatically active IDPs to be described, over its conservation and frequency of
certain amino acids, searching for evidence to support either that the disorder in such
molecules is an ancestral trait, or has been developed over time in evolution as an
adaptation. The project addresses the issue of predicting such "non-structures",
through the comparison of secondary and tertiary structure results from protein
prediction tools. In addition, to obtain an overview of the relationships that can be
established between the urease accessory proteins, looking for patterns, similarities
and differences that may assist in the analysis and prediction of the experimental
results, the present study also aims to conduct a comprehensive phylogenetic
analysis of the amino acid sequences of all 4 cited urease accessory proteins.
Preliminarily, we observe that the sequence of evolutionary events in different
accessory proteins is at least as complex as that observed for urease, with its fusionfission processes. Furthermore, the presence of intrinsically disordered elements, as
in UreG, can complicate analysis based on conservation of structure-function
relationships. The application of different strategies will be required to study the
evolutionary history of each of these proteins, in which are found the same limitations
restricting until recently the study of urease itself.

17

Modelagem molecular da Squaleno sintase: Um potencial alvo

teraputico no planejamento de frmacos para doena de Chagas
Tamillis Figueiredo de Oliveira, Paula Alvarez Abreu
Laboratrio de Modelagem Molecular e Pesquisa em Cincias Farmacuticas LAMCIFAR, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Campus UFRJ Maca, RJ
A doena de Chagas uma doena parasitria causada pelo Trypanosoma cruzi
considerada um importante problema de sade pblica. A doena apresenta fase
aguda e crnica. Inicialmente, assintomtica e pode apresentar Chagoma e Sinal
de Romaa, posteriormente 40-50% dos indivduos infectados desenvolvem cardiomiopatia progressiva ou distrbio de motilidade do esfago e clon. O nifurtimox e
benznidazol so as nicas opes para o tratamento, mas apresentam atividade antiparasitria insuficiente na fase crnica e efeitos adversos indesejveis. Novos alvos
teraputicos tm sido estudados como as enzimas de biossntese de esterol. O objetivo deste trabalho avaliar o modo de ligao e interaes dos inibidores da squaleno sintase (SQS) com esta enzima e analisar as caractersticas estruturais importantes relacionados com a atividade, a fim de ajudar o desenvolvimento de novas
drogas. O modelo da SQS de T. cruzi foi construdo com base na SQS humana, com
42% de identidade na estrutura primria. O modelo foi otimizado e validado. A anlise do Grfico de Ramachadran mostrou 93,6% de resduos de aminocidos em regies favorveis e 0% na regio no permitida. Na anlise Verify3D, 93,75% dos
aminocidos do modelo tinham score 3D-1D 0,2 semelhante ao modelo (95,73%).
O Z-score do modelo foi -8,75, enquanto que o molde foi -9,71,sendo tambm foi se melhante a outras estruturas elucidadas atravs de mtodos experimentais. O redocking apresentou energia de ligao de -11,71 kcal / mol e RMS de referncia de
0,51 demonstrando alta capacidade preditiva. O encaixe do inibidor 3 - (bifenil-4-il)3-hidroxiquinuclidina (BPQ-OH) foi realizado na SQS de T. cruzi e H. sapiens e mostrou energias de ligao muito semelhantes (-7,96 e -7,8, respectivamente). O inibidor BPQ-OH interagiu por ligao de hidrognio com a A168 da SQS de T. cruzi, e
D80 e R77 da enzima humana. interessante notar que, no caso deste inibidor, inte raes hidrofbicas parecem ser mais importantes do que a ligao-H. Outro inibidor
da SQS de T. cruzi, ER-119894, apresentou energia de ligao de -4,01. No estudo
das interaes, foi possvel observar que este composto interagiu com alguns resduos de aminocidos que o BPQ-OH tambm reagiu, sendo a interao com os resduos Y64 e L203 presentes nos dois inibidores estudados. Os resduos S53, F54,
L211, P292, M295 e A296 foram descritos como sendo uma cavidade hidrofbica no
stio ativo da SQS de Homo sapiens e neste estudo tambm encontramos estes resduos conservados na SQS de T. cruzi. Neste estudo o modelo da SQS de T. cruzi foi
construdo e permitiu a avaliao das caractersticas do stio ativo e o modo de ligao de inibidores da SQS de T. cruzi, em comparao com a enzima humana. Mais
estudos sobre a SQS e seus inibidores esto em desenvolvimento para orientar a
proposta de novos medicamentos para a doena de Chagas que visam esta enzima.

18

Relao quantitativa estrutura-atividade de molculas bioativas

contra L. donovani usando mtodos quimiomtricos e potencial
eletrosttico molecular
Lu F. S. Oliveira, Helieverton G. Brito, Jos Ciraco Pinheiro, Julio L.S Miranda 4,
Sady S. S. Alves5, Willian. A. Consolao6, Rodrigo S. Rocha7
Universidade Federal do Par
A leishmaniose uma doena transmitida pelo vetor flebotomneos e causada por
protozorios intracelular obrigatrio do gnero Leishmania. A infeco humana
causada por principalmente pela espcie L. donovani. Entre os inmeros Frmacos
usados para o tratamento desta doena, destaca-se a pentamidina. Neste trabalho
molculas com atividades Leishmanicidas, so propostas atravs de tcnicas
computacionais. Inicialmente derivadas da pentamidina (conjunto de trinamento) com
atividades leishimanicidas foram estudadas atravs do mtodo HF/6-31G* e mtodos
quimiomticos HCA (Analise Hierrquica de Agrupamentos), PCA (Analise de
Componentes Principais) e PLS(mnimos quadrados parciais) em seguida mapas de
potenciais eletrostticos moleculares (MEP) foram construdos para identificar as
caractersticas estruturais desses compostos responsveis pela atividade
leishmanicida. O estudo quimiomtrico mostrou que a PCA separou os compostos
em duas classes: + ativos e - ativos, com os descritores: EHOMO (energia do orbital
molecular mais alto ocupado), ASA_P (rea superficial acessvel ao solvente de
todos os tomos hidroflicos) e VOL (volume molcular), com 100% de informao
total. A HCA tambm separou os compostos em duas classes confirmando os
resultados obtidos pela PCA. O modelo de PLS foi construdo com trs descritores
com uma informao total de 100% e os parmetros que indicam qualidade do
modelo foram SEP= 0,218, Q 2= 0,818, R2= 0,879 e F(3,21) = 43,63. Os mapas de MEP
para os compostos estudados apresentaram superfcie de contorno relacionado a
potenciais eletrostticos negativos e positivos. A intensidade de densidade eletrnica
na regio dos nitrognios e na cadeia entre os anis aromticos pode ser importante
para atividade biolgica Leishimanicida. A aplicao do modelo de PLS nos novos
compostos propostos (conjunto teste) possibilitou a previso de 22 molculas
promissoras para futuras snteses e ensaios biolgicos. A construo dos mapas de
potencial eletrostticos dos referidos compostos mostrou que os mesmos
apresentam as mesmas caractersticas estruturais do conjunto de treinamento na
regio dos nitrognios da cadeia e entre os anis reafirmando a importncia da
densidade dessas regies para a bioatividade contra L donovani.

19

Biologia estrutural do reconhecimento de substratos

ricos em prolina por Prolil-4-Hidroxilase de A. thaliana
John, E.O.1; Pol-Fachin, L.1,2; Estevez, J.M.3; Verli, H.1
Centro de Biotecnologia, UFRGS, RS, Brazil; 2Dep. de Qumica Fundamental,
UFPE, PE, Brazil; 3Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, UBA, BA, Argentina
1

Paredes celulares de plantas so estruturas complexas e dinmicas,

compostas principalmente por polissacardeos e glicoprotenas. Glicoprotenas ricas
em hidroxiprolina (HRGP) so encontradas na parede celular de plantas e algas
verdes, e esto relacionadas ao crescimento e desenvolvimento das plantas. Prolil4-hidroxilases (P4H) so enzimas que catalisam a formao ps-traducional de
hidroxiprolina, a partir de resduos de prolina, e so essenciais para o crescimento
das plantas, uma vez que a presena da hidroxiprolina define os stios que sofrero
O-glicosilao posteriormente. Em Arabidopsis thaliana, existem pelo menos 13
tipos de P4Hs com diferentes perfis de expresso, e dois destes, P4H5 e P4H2 so
os mais expressos em pelos radiculares, estruturas das plantas com um papel
importante para a absoro de nutrientes. Apesar da sua importncia para o
desenvolvimento das plantas, as interaes moleculares entre as P4Hs e os
substratos com prolina ainda no so bem entendidas. Nesse contexto, o presente
trabalho tem o objetivo de contribuir com conhecimentos sobre a biologia estrutural
da interao das P4Hs e seus substratos com prolina, atravs de estudos de
dinmica molecular. Diferentes modelos da enzima P4H5 foram construdos atravs
de modelagem comparativa a partir de dados experimentais obtidos em banco de
dados, e, aps validao, cinco deles foram escolhidos, um da enzima livre e quatro
de diferentes posies do peptdeo acopladas enzima. Foram feitas simulaes de
dinmica molecular com os modelos selecionados, utilizando o campo de fora
GROMOS96 43A1 do pacote de simulao GROMACS, com o sistema solvatado
com gua e contra-ons numa caixa triclnica submetida a condies peridicas de
contorno, temperatura de 310K e presso de 1 bar. Foram feitas diversas anlises
com os dados das simulaes de dinmica, e os principais resultados obtidos
indicam que a associao do peptdeo que simula a extensina estabiliza a estrutura
da protena, como observado atravs da anlise de RMSD. Outras anlises tambm
indicam que alguns resduos de prolina tem precedncia sobre outros durante a
catlise pela P4H5. Espera-se que estes resultados contribuam com o conhecimento
da biologia estrutural da interao de P4H5 com seu substrato.

20

Study and Development of spherical harmonics based methods for

ligand
similarity analysis

Fernando Ribeiro Caires1, Rinaldo Wander Montalvo2

Instituto de Fsica de So Carlos, Universidade de So Paulo
Molecular descriptors are essential for many applications in computational
physics, such as ligand-based similarity searching. Spherical harmonics have
previously been suggested as comprehensive descriptors of molecular structure due
to their properties, orthonormality and rotationally invariant. We investigate a
spherical harmonics based method for ligand similarity analysis using ligands from
DUD-E and Euclidean Distance.

Figura 1: Reconstructed surface and shape's descriptors.

21

Plataforma de Interao Mediada pela Protena Pron pode Explicar

a Diversidade Funcional
1,2

Wesley Alves, 1Reinaldo Oliveira, 2Bruno Macedo, 3Diego Gomes, 1Rafael Linden,
1
Pedro Pascutti, 2Yraima Cordeiro
1
Instituto de Biofsica Carlos Chagas Filho e 2Faculdade de Farmcia, Universidade
Federal do Rio de Janeiro; 3Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia
Algumas doenas amiloidognicas compartilham o fato de que seus agentes
etiolgicos so protenas fisiolgicas cuja caracterizao funcional incompleta e a
resoluo estrutural mostra domnios intrinsecamente desenovelados. Entretanto,
estudos de biologia celular e molecular apontam para um grande nmero de
protenas que possuem afinidade pelas regies flexveis das protenas amiloides,
que funcionariam assim como protenas adaptadoras aproximando ligantes
distantes. Temos utilizado a protena pron (PrP C) como modelo de investigao. Um
domnio C-terminal estruturado em trs alfa-hlices, duas fitas-beta antiparalelas, um
domnio N-terminal e duas glicanas ligadas covalentemente constituem a estrutura
da PrPC. Estudos recentes sugerem que a PrPC sirva como uma plataforma de
interao para outras protenas, modulando a sinalizao celular com diversas
consequncias funcionais. Este estudo dirigido aos ligantes proteicos cochaperona hop/STI1 (Stress Inducible protein), receptor de laminina LRP e de
adeso celular neuronal N-CAM. Para cada um desses so conhecidos os domnios
recprocos de interao com PrPC. Utilizamos tcnicas de modelagem, docking e
dinmica molecular para gerar conjuntos conformacionais de PrP C incluindo seu
domnio N-terminal flexvel, e posteriormente estabilizar modelos de interao entre
PrPC e os ligantes escolhidos. As tcnicas espectroscpicas de dicrosmo circular
(CD), anisotropia de fluorescncia e calorimetria de titulao isotrmica (ITC) foram
usadas para estudos da interao in vitro de PrPC murina recombinante com os
peptdeos sintticos correspondentes aos domnios de interao das trs protenas
mencionadas. Os resultados de docking para o domnio globular de PrP C humana e
murina mostram perfis distintos de interao com os ligantes em funo da ordem.
Quando a PrPC humana foi ancorada primeiramente ao peptdeo STI1, possibilitou
docking sequencial dos outros ligantes, entretanto, quando o primeiro peptdeo
inserido foi o LRP, nenhum ligante conseguiu interagir com a PrP C nos domnios
dirigidos. Esse fenmeno no ocorreu com a PrP C murina, permanecendo acessvel
aos ligantes independente da ordem. Os resultados de CD indicam que o efeito no
contedo de estrutura secundria mais significativo quando STI1 primeiro
adicionada soluo de PrPC em comparao com LRP ou NCAM. Ensaios
preliminares de ITC indicam alta afinidade entre PrP C e STI1, mas no para LRP.
Portanto, acreditamos que PrPC pode interagir com ligantes simultaneamente e em
ordens preferenciais, com diferentes padres de afinidade e contedo estrutural
decorrentes das interaes. Continuaremos os ensaios espectroscpicos para
determinar outros parmetros importantes de interao PrP C com os mesmos
ligantes fisiolgicos. Atravs de dinmica molecular, estamos gerando um conjunto
conformacional de PrPC incluindo o domnio flexvel o que nos permitir um novo
estudo de docking seriado que leve em considerao a flexibilidade da PrP C.

22

Visual strategies to reveal patterns of protein-ligand interactions

Fassio A. V.1, Sabrina A. Silveira1, Valdete M. Gonalves-Almeida1, Wagner Meira Jr.1 e
Raquel C. de Melo-Minardi1
1
Department of Computer Science - Universidade Federal de Minas Gerais
A ligand is a substance, commonly a small molecule that forms a complex with
a biomolecule serving a biological purpose. We usually say that the ligand is a
molecule that binds a binding site on a target or receptor protein. This binding occurs
by intermolecular non-covalent bonding and the functional state of the receptor is
determined by its conformational state. The term molecular recognition refers to the
specific interactions that occur between two or more molecules. Molecular
recognition plays an important role in biological systems and is observed between
receptor-ligand, antigen-antibody, etc. Molecular recognition is a phenomenon of
organization very difficult to predict or design even for small molecules. Due to its
remarkable importance molecular recognition was studied under different
perspectives in bioinformatics. Several studies focused on seeking patterns graphbased as graphs are a straightforward approach to model the molecular recognition
phenomenon. One of the most promising approaches is the algorithms to find
frequent subgraphs in the protein-ligand complexes. Nevertheless, these approaches
have an important drawback concerning the exponential number of patterns that can
be generated in the mining process. This makes extremely toilsome the analytical
process as an expert has to assay each of the patterns carefully. We propose visual
strategies to depict the types of interactions established between protein and its
ligands. We studied an important family of enzymes: the Ciclin Dependent Kinases II
(CDK2). Thus, we chose a model data set composed a varied set of ligands bound
to an identical protein. The analysis of the ligands that were found interacting with
CDKs II showed that all the molecules present at least 5 aromatic atoms. The
number of hydrophobic atoms varies from 0 to 11 but its distribution is quite uniform.
The most significant values are 1 (23%), 2 (19%), 3 (11%) and 4 (16%) totalizing
69%. 91% of the ligands dont present positive atoms and the rest possess only one.
93% dont present negative atoms and the rest have half 2 and half 3 atoms. Every
molecule possess donors atoms. The acceptors are also always present varying from
2 to 9 atoms. In summary, the types of atoms that are always represented in the set
of studied ligands are the aromatics, donors and acceptors. The analysis of the
interactions established between enzyme and its ligands shows that all the molecules
establish at least 2 contacts and in the case where only 2 contacts are verified, they
are hydrogen bonds. There are no aromatic stackings. There is always at least 1
hydrogen bond. 93% of the ligands present no repulsive contacts at all. 92% of the
ligands present no saline bridges. The number of hydrophobic contacts ranges from
0 to 16. Using this approach we could analyze the database in an easy and intuitive
form since we use images to represent information providing us powerful means both
to make sense of data and to communicate. Therefore, this tool helps us to
understand and to depict accurately the patterns of interactions between proteins and
ligands studied.

23

Analyzing the effect of homogeneous frustration in protein folding

Vincius Contessoto1, Debora Lima1 , Ronaldo Oliveira2,Aline Bruni3, Jorge Chahine1, Vtor
Leite1
1
UNESP So Jos do Rio Preto-SP, 2UFTM Uberaba MG, 3 USP Ribeiro
Preto - SP
The energy landscape theory has been an invaluable theoretical framework in
the understanding of biological processes such as protein folding, oligomerization,
and functional transitions. According to the theory, the energy landscape of protein
folding is funneled toward the native state, a conformational state that is consistent
with the principle of minimal frustration. It has been accepted that real proteins are
selected through natural evolution, satisfying the minimum frustration criterion.
However, there is evidence that a low degree of frustration accelerates folding. We
examined the interplay between topological and energetic protein frustration. We
employed a C structure-based model for simulations with a controlled nonspecific
energetic frustration added to the potential energy function. Thermodynamics and
kinetics of a group of 19 proteins are completely characterized as a function of
increasing level of energetic frustration. We observed two well-separated groups of
proteins: one group where a little frustration enhances folding rates to an optimal
value and another where any energetic frustration slows down folding. Protein
energetic frustration regimes and their mechanisms are explained by the role of nonnative contact interactions in different folding scenarios. These findings strongly
correlate with the protein free-energy folding barrier and the absolute contact order
parameters. These computational results are corroborated by principal component
analysis and partial least square techniques. One simple theoretical model is
proposed as a useful tool for experimentalists to predict the limits of improvements in
real proteins.

24

The Electric Fingerprint of Membrane Voltage Sensor Domains

Caio S. Souza1, Cristiano Amaral1, Werner Treptow1
1
Universidade de Braslia, Braslia, Brasil
Voltage-sensor domains (VSD) are membrane-bound protein constructs containing a
segment (S4) with 4 to 7 basic amino acids. As a domain component in voltage-gated ion
channels, they modulate channel's gating state in response to membrane-voltage variations
essentially by transferring S4 charges through the capacitance, giving rise to an observable Q,
called gating charge. Q is linked to the microscopic state of the channel and to the
dimensionless fraction of the membrane voltage at a given position through the excess free
energy between two conformations of the channel due to the applied membrane voltage. The
above relation implies that Q measures the electric displacement of the charge across the
transmembrane (TM) electric field (E) rather than an actual physical motion. In this sense, a
temporal-spacial description of E becomes essential to link physical motions of S4 to Q.
Indeed, the main conflict between the two competing sensing process models lies on whether
or not E remains static or is dynamically reshaped during VSD operation. When measured for
a variety of channels, Q ranged from 12 to 15 elementary charges (e). Moreover, structurefunction studies on voltage-gated K+ channels (Kv) revealed a static focused E as a key
property of their VSD machinery, raising the hypothesis that the sensing mechanism may be
more conserved than the VSD sequence itself. As a consequence, it is expected that (i) typical
VSDs transfer approximately the same amount of e and (ii) that the activation mechanism is
indifferent to minor VSD structural variations. The increasing availability of VSD-containing
ion channel x-ray structures, combined with all-atom MD simulations and energetic
formalism founded electrostatic calculations allow us to extend VSD electrostatic properties
investigations over a larger set of conformations and isoforms.

25

Electrostatic component contribution to the energetics of ion

permeation through a Na+ channel
Letcia Stock1, Vincenzo Carnevale2, Werner Treptow1, Michael L Klein2
1
Laboratorio de Biofisica Teorica e Computacional, Universidade de Brasilia. Braslia
- DF, Brazil 70910-900. 2Institute for Computational Molecular Science, Temple
University, Philadelphia, PA, USA
In the last three years, various voltage-gated sodium channel's (VGSCs) crystal
structures have been resolved, the first of them being the Arcobacter butzleri channel
called NavAb. These structures provide with an opportunity to tackle essential issues
concerning the understanding of sodium channel (SC) structure-function interplay, by
allowing their study in atomistic scale via computational methodologies. Critical
questions, integral to ion channel function, include the ion conduction and selectivity
mechanisms. Recent studies have harnessed such structures to shed light on these
topics, either by enhanced sampling techniques, either by sampling very long
molecular dynamics simulations. In both cases however the computational costs
associated with such investigation cannot bet neglected. Additionally, because of the
ion's charge and reduced size, it is reasonable to expect the electrostatic component
of the potential of mean force (PMF) associated with ion permeation through the
channel to be a dominant term. Face of this scenario, the present contribution wishes
to investigate the applicability of using continuum electrostatic calculations, via
solution of the poisson-boltzmann equation (PB), to draw relevant conclusions about
conduction and selectivity in VGSCs. This was done by computing the axial (z axis,
perpendicular to the membrane plane) and axial-radial PMF associated with Na +/K+
permeation through NavAb both via metadynamics and PB.

26

Desenvolvimento de um modelo farmacofrico 3D a partir das

interaes da PNP de Mycobacterium tuberculosis com o frmaco
aciclovir.
Sibele Bonoto Rodrigues1,3, Rafael Andrade Caceres2,3 e Osmar Norberto de Souza3,4
1
Faculdade de Farmcia da PUCRS, 2Faculdade de Farmcia da UFCSPA,
3
Laboratrio de Bioinformtica, Modelagem e Simulao de Biossistemas (LABIO)
PUCRS, 4Faculdade de Informtica da PUCRS
Segundo a Organizao Pan-americana da sade (OPAS/OMS) a tuberculose
(TB) humana, causada principalmente pelo Mycobacterium tuberculosis (Mtb),
provavelmente a doena infectocontagiosa com mais mortes no Brasil, sendo a
segunda mais mortal do mundo entre os adultos, seguido do HIV/Aids. Estima-se,
que mais ou menos 30% da populao mundial estejam infectadas, com cerca de
220 mil casos notificados em 2012.Outro obstculo o aparecimento de cepas de
Mtb resistentes aos frmacos disponveis. At hoje foram reportadas o aparecimento
de cepas multi-resistentes, extensivamente resistentes e, mais recentemente, cepas
totalmente resistentes a frmacos. Devido a estes dados tornou-se urgente o
desenvolvimento de novas molculas com potncial teraputico, para o tratamento
desta doena.
Um dos alvos mais interessantes a enzima purina nucleosdeo fosforilase de
Mtb (MtPNP), tendo em vista que ela pertence via de salvamento das purinas e
acredita-se que a sua atividade est envolvida no processo de latncia da
mycobacteria. A ao da enzima catalisar a clivagem reversvel da ligao Nglicosdica de (desxi-)ribonucleosdeos, na presena de ortofosfato inorgnico
como um segundo substrato, gerando uma base prica livre e a (desoxi/ribose)-1fosfato.
Recentemente foi descoberto que o aciclovir (ACY), possui um poder inibitrio
altamente seletivo para a MtPNP (K i=150 nM), quando comparado com a sua
anloga humana (HsPNP) (K i= 91 M). O objetivo deste trabalho a obteno de
potenciais novos inibidores seletivos frente MtPNP, para isso empregamos a
metodologia de triagem virtual baseada no padro farmacofrico. Como modelo para
a elaborao do modelo farmacofrico 3D, utilizamos a MtPNP associada com ACY
(cdigo de depsito no Protein Data Bank: 3IX2) e o programa Sybyl-X. Inicialmente
a biblioteca de molculas depositadas no ZINC 12, denominada FDA-Approved Drugs
foi empregada. Esta biblioteca conta com 1217 molculas, das quais 326
satisfizeram as caractersticas estruturais anlogas ao farmacforo. A triagem virtual
das 326 pequenas molculas ser realizada utilizando o programa Autodock 4.2, e
ordenadas segundo o critrio de energia livre de ligao do programa. Finalmente as
20 melhores molculas posicionadas no ranking sero submetidas a anlise de
propriedades ADMETox empregando o FAF-Drugs2.

27

Estudo de estatinas inibidoras da enzima HMGR por meio de

Dinmica Molecular
Clauber Henrique Souza da Costa 1, Amanda R. S. Oliveira1, Ricardo M. Miranda1;
Edison A. Rodrigues1; Clio H. Wataya1; Antonio F. Figueiredo2.
1

Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Belm - PA,

Amaznia, Brasil;
2
Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Castanhal PA, Amaznia, Brasil.

Estudos clnicos demonstram que a estatina, 3-hidroxy-3methyglutaryl

inibidores da coenzima A redutase (HMGR), so eficazes na reduo dos nveis de
colesterol LDL, causador de mortalidade associadas a doenas cardiovasculares. O
colesterol uma substncia de extrema importncia para todos os animais. Essa
substncia utilizada pelas clulas na sntese de cidos biliares, digesto e
absoro de lipdios, sntese de vitamina E entre outras funes. Na segunda
metade dos anos 1970, Endo e Kuroda (1976) publicaram uma investigao sobre
compostos obtidos a partir de fungos com grande potencial de suprimir a produo
de colesterol pelo fgado em humanos. Essa droga, chamada de compactina ou
mevastatina, atua como um potente inibidor da enzima HMG-CoA redutase. A
compactina faz parte de um grupo de substncias conhecidas como estatinas e
agora so utilizadas como inibidoras da enzima HMGR, que apresenta afinidade
10.000 vezes maior do que em relao ao HMG-CoA, o que demonstra que o uso de
estatinas muito eficiente no tratamento da hipercolesterolemia. Neste trabalho
foram realizados estudos de Docking Molecular com o auxlio do programa
AutoDockTools 4.2 e Dinmica Molecular (DM) com os compostos da classe das
estatinas (inibidoras da enzima HMGR) extrados das enzimas 3CCW, 3CCZ, 3CD0
e 3CDA retiradas do banco de dados Protein Data Bank. Na realizao do docking
foram utilizadas as cadeias A e B do complexo 1HW9 (sinvastatina cristalogrfica
como inibidor) e as estruturas geradas pelo docking foram comparadas com o
cristalogrfico da sinvastatina para a anlise da similaridade e da forma de ligao
dos compostos estatnicos. Os resultados de docking molecular apresentaram
excelentes padres de ancoragem, o que demonstra a efetividade de inibio da
HMGR pelas estatinas. As melhores conformaes obtidas nos resultados de
docking foram encaminhas para a preparao da DM para a obteno do Desvio
Quadrtico Mdio (RMSD), apresentado na figura abaixo, e a Energia Livre de
Ligao dos sistemas.
Figura: RMSD do sistema

28

Estudo Computacional de Inibidores EthR usando

Dinmica Molecular
Amanda Ruslana Santana Oliveira1; Clauber H. S. Costa1; Ricardo M. Miranda1; Clio H.
Wataya1; Antonio F. Figueiredo2; Edison A. Rodrigues1
1

Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Belm - PA,

Amaznia, Brasil;
2
Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Castanhal PA, Amaznia, Brasil;

A Tuberculose uma doena infecciosa, causada pelo Mycobacterium

tuberculosis, que afeta os pulmes, os rins e at os ossos. Os principais sintomas
so a tosse frequente, suores noturnos e diminuio de apetite. No Brasil, metade
dos casos da regio norte est no Par, foram 3.637 novos casos da doena e 79
mortes apenas em 2011. A Tuberculose tem cura e so muitas as drogas utilizadas
no seu tratamento e estas so classificadas em dois grupos: primeira linha, como:
Isoniazida, Etambutol, Rifampicina e outas; e segunda linha, como: Levofloxacina,
Terizidona, Estreptomicina e Etionamida. Esta ltima amplamente utilizada para o
tratamento de cepas multirresistentes (MDR-TB) recomendada pela Organizao
Mundial da Sade (OMS), mas apresenta um baixo ndice teraputico com efeito
dose mnima necessria para inibir o M. tuberculosis. Seu uso prolongado (750
mg/dia durante 18-24 meses), portanto, pode provocar graves efeitos colaterais e
reduzir a aderncia do paciente ao tratamento levando a altas taxas de
recrudescncia e mortalidade, mas sua ao tuberculosttica pode ser impulsionada
quando combinada com inibidores EthR da classe do oxadiazol, de acordo com
estudos realizados experimentalmente por WILLAND et al. Neste trabalho foi
realizado um tratamento mecnico quntico de otimizao molecular com mtodo
B3LYP/6-31G** e simulaes de Docking Molecular com a protena 3G1M retirada
no banco de dados de protenas (Protein Data Bank, PDB.org), feitos com o auxlio
do programa Molegro Virtual Docker, afim de explorar as possveis conformaes de
encaixe dos ligantes na protena alvo do estudo. As melhores interaes obtidas no
docking foram submetidas clculos de Dinmica Molecular, que consideram as
propriedades termodinmicas como presso e temperatura e tambm as interaes
receptor-ligante. A partir da anlise do grfico do Desvio Quadrtico Mdio (RMSD)
possvel observar que as energias do ligante, do complexo, do stio e da protena
apresentam estabilidade a partir de 1000 frames e essa estabilidade importante
para confirmar que as interaes da protena e receptor-ligante so capazes de
suportar as simulaes de um meio biolgico e suas caractersticas termodinmicas.
Figura: RMSD do sistema proteico

29

Investigao por meio de Dinmica Molecular dos derivados

do N-fenilfenoxiacetamida como impulsionadores
da atividade da Etionamida
Maycon Jos dos Santos Pereira1, Amanda R. S. Oliveira1; Clauber H. S. Costa1; Ricardo
M. Miranda1; Antonio F. Figueiredo2; Edison A. Rodrigues1; Clio H. Wataya1.
1

Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Belm - PA,

Amaznia, Brasil;
2
Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Castanhal PA, Amaznia, Brasil;

A Tuberculose (TB) continua a ser uma das principais causas de mortalidade

no mundo, matando 1,7 milhes de pessoas a cada ano. Em 2010, a incidncia de
tuberculose e a prevalncia foram estimadas pela Organizao Mundial de Sade
(OMS) em 8,8 e 12 milhes de casos, respectivamente. Dificuldades na deteco e
na cura da doena so os maiores obstculos no controle desta infeco. Um tero
de populao mundial est infectada com a forma latente do Mycobacterium
Tuberculosis e aproximadamente 10% iro desenvolver a doena. O receptor
transcricional EthR contra a TB controla a expresso de EthA, um ativador
bacteriano da Etionamida, que em grande parte responsvel pela baixa
sensibilidade do M. tuberculosis a este antibitico. A Etionamida uma droga
recomendada pela OMS no tratamento de cepas multirresistentes (MDR-TB). Sua
dose mnima apresenta baixo ndice teraputico para inibir o crescimento do M.
tuberculosis, e seu uso prolongado suficiente para produzir efeitos adversos
graves, como distrbios gastrointestinais, hepatite e ainda doenas psquicas tais
como depresso, ansiedade e psicose. Neste estudo, observou-se as interaes dos
derivados do inibidor N-fenilfenoxiacetamida e o EthR usando estudos de
modelagem computacional. As simulaes realizadas atravs de Dinmica molecular
(DM) descrevem bem o mecanismo de interao EthR-derivados. Os resultados
obtidos demonstram que o resduo ASN179 apresenta ligao de 2,82 entre os
tomos de oxignio do inibidor e o nitrognio do resduo de ASN, ligao que
desempenha papel importante na estabilidade do complexo. O valor negativo para a
energia de interao mostra que a interao entre o derivado e EthR
termodinamicamente favorvel. A anlise do grfico do Deslocamento Quadrtico
Mdio (RMSD), na figura abaixo, mostra que sua trajetria apresenta estabilidade
durante as simulaes de DM. Portanto, observamos que as simulaes dinmicas
moleculares realizadas, foram teis para o refinamento do complexo derivado-EthR
em estudo.
Figura: RMSD do complexo

30

Estudo de QSAR 3D dos compostos da classe do Oxadiazol

inibidores EthR
Ricardo Morais de Miranda1; Amanda R. S. Oliveira1; Clauber H. S. Costa1;
Edison A. Rodrigues1; Claudio N. Alves2; Jeronimo L. Silva2.
1

Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Belm - PA,

Amaznia, Brasil;
2
Universidade Federal do Par, Departamento de Qumica, Belm - PA, Amaznia,
Brasil;

A Tuberculose uma grave doena causada pela bactria Mycobacterium

tuberculosis, que se instala nos pulmes e pode chegar at a corrente sangunea e a
partir da se instalar em qualquer rgo do corpo humano. Os principais sintomas
desta doena infecciosa so a tosse frequente, suores noturnos e diminuio de
apetite. Em 2012, 8,6 milhes de pessoas desenvolveram tuberculose e 1,3 milhes
morreram por causa da doena, incluindo 320 mil mortes entre pessoas portadoras
do vrus da AIDS, segundo o relatrio anual da Organizao Mundial da Sade
(OMS). A Tuberculose conta com diversas drogas para o seu tratamento e estas so
classificadas em dois grupos: drogas de primeira linha com tratamento mais rpido e
menos agressivo, como: Isoniazida, Pirazinamida, Etambutol, Rifampicina e outras; e
segunda linha com tratamento mais demorado e mais suscetvel a efeitos colaterais,
como: Levofloxacina, Terizidona, Estreptomicina e Etionamida. Esta ltima
amplamente utilizada para o tratamento de cepas multirresistentes (MDR-TB)
recomendada pela OMS, mas apresenta um baixo ndice teraputico para inibir o M.
tuberculosis quando em dose mnima. Seu uso prolongado (750 mg/dia durante 1824 meses), portanto, pode provocar graves efeitos colaterais e reduzir a aderncia
do paciente ao tratamento levando a altas taxas de recrudescncia e mortalidade,
mas sua ao tuberculosttica pode ser impulsionada quando combinada com
inibidores EthR da classe do oxadiazol. Neste trabalho foi realizado um tratamento
mecnico quntico de otimizao molecular com mtodo B3LYP/6-31G** das
estruturas desenhadas e foram realizados estudos de construo de modelos de
Relao Quantitativa Estrutura-Atividade (QSAR 3D) capazes de predizer a
atividade biolgica de compostos. Os compostos foram alinhados com base em uma
estrutura (ncleo) comum entre elas e foi empregada a Anlise Comparativa dos
Campos Moleculares (CoMFA) e a Anlise Molecular Comparativa de ndices de
Similaridade (CoMSIA) e em ambos sero explorados os campos estereoqumicos,
eletrostticos e hidrofbicos, assim como dos campos doadores e receptores de
ligaes de hidrognio.
Figura: mapa de contorno eletrosttico (CoMFA)

31

Analise comparativa de Docking Molecular utilizando os programas

AutoDockTools, Molegro Virtual Docker e DockThor no estudo de
anlogos do Triclosan para inibio da Malria
Gabriela Renata Cabral Cordeiro1, Amanda R. S. Oliveira1, Clauber H. S. Costa1,
Ricardo M. Miranda1; Edison A. Rodrigues1; Clio H. Wataya1; Antonio F. Figueiredo2.
1

Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Belm - PA,

Amaznia, Brasil;
2
Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Castanhal PA, Amaznia, Brasil.

A malria uma doena que afeta vrios pases. Estudos apontam que ela
existe h muito tempo, quase no mesmo tempo em que surgiram os primeiros seres
humanos. Nos anos 1990 o tratamento antimalrico era feito a base de compostos
sintticos de cloroquina e primaquina, que no tinham eficincia no combate aos
casos mais graves da doena causados pelo agente Plasmodium falciparum.
Existem diversos medicamentos antimalricos, mas algumas destas drogas j
perderam a eficincia em inibir cepas de plasmdio, como a cloroquina e
pirimetanamina. Algumas pesquisas a partir do Triclosan permitiram desenvolver
anlogos desse composto para atingir cepas de plasmdios j resistentes a alguns
medicamentos. Esses anlogos tiveram uma excelente eficincia no combate a
cepas resistentes de P. falciparum. As exploraes dos anlogos de Triclosan so
significativamente importantes no combate da Malria, pois suas novas molculas
tero uma funcionalidade orgnica capaz de manter interaes de ligao de
hidrognio que foram mostrados cristalograficamente ser importante para inibio
desta enzima. Neste trabalho as molculas geradas da combinao foram
submetidas a um tratamento mecnico quntico, atravs do clculo de estrutura
utilizado pelo programa Gaussian, utilizando o mtodo B3LYP com a base 6-31 e
duas funes difusas (d,p). Posteriormente, com o resultado do clculo de
otimizao, foram feitas as simulaes de Docking Molecular atravs do programa
AutoDockTools (ADT), Molegro Virtual Docker (MVD) e pela plataforma online
DockThor, a fim de avaliar a energia de interao ligante-cofator e comparar o
complexo fornecido pelo estudo de docking dos trs programas. Para o docking foi
utilizada a protena 3AM5, retirada do Protein Data Bank (PDB) e o ligante 5-cloro-2(2,4-dichorophenoxy)aniline. Com base nos estudos desses anlogos, e nas
simulaes com um dos anlogos, os resultados das energias fornecidas pelos
programas utilizados esto disponveis na tabela abaixo.
Tabela: valores das energias do docking
Composto
5-cloro-2-(2,4dichorophenoxy)aniline

MVD
ENERGIA
-87.6104
Kcal/mol

Programas
ADT
ENERGIA
KI
-9.86
59.59 nM
Kcal/mol

DockThor
ENERGIA
-21.029 Kcal

32

Estudo de Inibidores derivados da piridina contra a doena de Chagas: uma

abordagem de Docking Molecular com os programas ADT e DockThor
Jos Rodrigues Pinheiro Neto1; Amanda R. S. Oliveira1; Clauber H. S. Costa1;
Clio H. Wataya1; Antonio F. Figueiredo2; Edison A. Rodrigues1; Ricardo M. Miranda1.
1

Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Belm - PA,

Amaznia, Brasil;
2
Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia do Par, Campus Castanhal PA, Amaznia, Brasil;

A doena de Chagas uma infeco tropical crnica causada pelo

protozorio Trypanossoma cruzi, podendo ser letal se no tratada a principal
causa de insuficincia cardaca na Amrica Latina. Atualmente, nufurtimox e
benznidazol so as nicas drogas aprovadas para o tratamento da doena de
Chagas, entretanto essas drogas so eficazes apenas no estgio agudo da doena
e apresentam alguns srios efeitos colaterais, como problemas gastrointestinais,
neurolgicos e em alguns casos supresso da medula ssea. Portanto, evidente a
necessidade de se descobrir uma nova terapia com menos efeitos colaterais e mais
efetiva em todos os estgios da doena. Neste trabalho investigaram-se molculas
que contm uma atividade biolgica provenientes da combinao entre o frmaco
antifngico posaconazol com o benznidazol para saber se possvel us-las
futuramente para o tratamento da fase crnica da doena de Chagas, atravs de
estudos qunticos computacionais por meio do Docking Molecular. Os derivados
gerados da combinao entre os dois frmacos foram inicialmente submetidas a um
tratamento mecnico quntico, atravs do clculo de estrutura utilizado pelo
programa Gaussian, utilizando o mtodo B3LYP com a base 6-31 e duas funes
difusas (d,p) posteriormente, com o resultado do clculo de otimizao, foram
realizadas simulaes de Docking Molecular atravs do programa AutoDockTools
(ADT) e pela plataforma online DockThor, a fim de avaliar e comprar a energia livre
de ligao (ELL) enzima-substrato gerada entre os dois programas e comparar
tambm o complexo fornecido pelo estudo de Docking molecular dos dois
programas e identificar o que apresentou um melhor resultado. Para o Docking foi
utilizado a protena 4BJK, retirada do Protein Data Bank (PDB.org), e o ligante
gerado aps o clculo do programa Gaussian em formato mol2. A leitura dos
resultados de Docking Molecular obtidos mostraram-se promissores, com bons
resultados de energia e uma distncia semelhante distncia entre o ligante
cristalogrfico e o Heme encontrados na protena 4BJK, isso mostra que os
derivados gerados entre o posaconazol e o benznidazol estudados nesse trabalho
podem ser futuramente encaminhados triagem de um frmaco que tenha possvel
eficcia na fase crnica da doena de Chagas.

33

Development of a computer-assisted nanobiosensor for pesticide

monitoring
Guedmiller S. Oliveira1, Adriano A. Amarante1 , Jssica C. M. Ierich1 , Caroline P. Brandini1,
Ana C. A. Vig1, Eduardo F. Franca2, Luiz C. G. Freitas3, Osvaldo N. O. Jr4, Fabio L. Leite1
1

Federal University of So Carlos Campus Sorocaba, 2Federal University of

Uberlndia, 3Federal University of So Carlos, 4University of So Paulo So Carlos
The combination of experimental and theoretical approaches has become an
outstanding tool to the investigation of the mechanisms involved in several different
kinds of systems. Since the emergence of nanodevices such as AFM (Atomic Force
Microscope), the enzyme-inhibitor interactions can be monitored. 13 The AFS (Atomic
Force Spectroscopy) tool is centered using force-distance curves that provides
important data to the measurement of recognition events or either specific or
nonspecific atomic bonds, which are fundamental for designing nanobiosensors. 4
Computational simulations can estimate successfully the enzyme orientation,
coverage and binding sites availability throughout the functionalization process. The
theoretical average force was calculated through Steered Molecular Dynamics (SMD)
where the target inhibitor (diclofop herbicide) molecule is extracted from the enzyme
binding site in a predetermined direction. The average force related to the inhibitor
extraction was calculated by our research group was FS = (1.6 0.5) nN with a
confidence level of 95%. Using technical specifications from the manufacturer, the
AFM tip radius was assumed to be (17.5 2.5) nm. This value was used to calculate
the area available to enzyme coverage using a stochastic methodology developed by
one of us (L.C.G. Freitas). Six (6) enzymes was the optimal coverage number for the
AFM tip, in agreement with a measured interacting force of (6.2 1.9) nN. This result
matches with the experimental obtained force curve (6.1 2.0) nN.
Acknowledgments: The authors acknowledge FAPESP (Proc. 2007/05089-9; Proc.
2009/09120-3; Proc. 2013/09746-5 and Proc. 2013/21958-8), CAPES, CNPq,
FAPEMIG (CEX - APQ-02176-11) and nBioNet for their financial support.
References:
[1] A. Etchegaray, C. de C. Bueno, and O. Teschke, Quim. Nova, 33, (2010), 1843.
[2] C. Steffens, F. L. Leite, C. C. Bueno, et al., Sensors, 12, (2012), 8278.
[3] C. Steffens, E. Franceschi, F. C. Corazza, et al. J. Food Eng., 101, (2010), 365.
[4] C. C. Bueno, A. M. Amarante, G. S. Oliveira, et al., IEEE Sens. J., 14, (2014),
1467.

34

STRUCTURAL CHARACTERIZATION OF BETA 1 INTEGRIN FAMILY

BY COMPARATIVE MODELING AND MOLECULAR DYNAMICS AND
ANALYSIS OF BINDING MODE OF SPECIFIC LIGANDS BY
MOLECULAR DOCKING
Ana Clara Negreiros Parente Capela Sampaio 1, Disraeli Cavalcante Araujo
Vasconcelos1, Joo Hermnio Martins da Silva 1
1
Fiocruz CE
Integrins are transmembrane cell surface proteins, which have the properties of
adhesion, migrations and proliferation of immune cells by recognizing, mainly, binding
sites in extracellular matrix proteins. The integrins are heterodimeric molecules
composed of and subunits, which comprise so far 24 subtypes formed out of 18
different and 8 different chains. The integrins are important mediators of
inflammatory processes, due to their properties of adhesion and migration. Inhibitors
have been searched to develop new drugs with pharmacological potential. Four
integrins (41, 51, V1 and 81) have been studied as receptors of different
inhibitors by Molecular Docking and Virtual Screening techniques. These integrins
were chosen because of their fibronectin interactions. Methods: The crystal structure
of 4, 5, V and 1 were obtained on PDB database (Crystal id: 3V4P, 3VI3, 1JV2
and 3VI3 respectively), while the 8 structure was modeled by comparative modeling
using Modeller 9.12, following stereochemical and structural validation. To validate
81 structure, the software package SAVes was used. The complexes 41, 51
and V1 were created by aligning the monomers to their respective partner. The
same was applied to 81, which was aligned to the 3IJE crystal template. After the
complexes setup, all of them were submitted to minimization, termalization and
molecular dynamics with Gromacs, along 10ns. The output was submitted to
molecular docking with Vina using PyRx software with the default configurations. The
center of the grid was defined in the MIDAS Ca +2 ion. The size of the grid was 35,
comprising the whole binding site. Ligands selection: Five families of non-peptide
ligands were selected, according to the effectiveness described in several papers in
the literature: C1: 4-[N-(2methylphenil)ureidophenylacetyl derivative (IC50=0.0013);
C2: benzocycloheptene derivative (IC50=0.8); C3: triazone-containing RGD
peptidomimetic (IC50=1.35); C4:beta-arylpropionic acid derivative (IC50=1.9); and
C5: FPMt derivative (IC50 not available). Results: The binding site characterization
showed that the region around the MIDAS ion is highly electronegative, favoring the
interaction of predominantly positive ligands, but not necessarily. Also, the mobility in
the beta subunit in the same region is higher than the -propeller in the subunit,
confirmed by the RMSF, RMSD and B-factor. The secondary structure was analyzed
and was kept along the 10ns of dynamics for the four receptors. The simulations
pointed the residues involved in the interaction with the five inhibitors. The lowest
calculated affinity for the 41 was -8.6kcal/mol for C2; 51 was -9.1kcal/mol for
C4; V1 was -9.2kcal/mol for C1; 81 was -8kcal/mol for C1. These results may be
helpful in the design of new and potent inhibitors of integrins, mimicking other peptide
ligands with increased affinity and stability.

35

Predio da Estrutura Tridimensional do Dmero Funcional da

Enzima Acetohidroxicido Sintase pela Aplicao de Tcnicas de
Modelagem Molecular Computacional
Jssica C. M. Ierich1; Guedmiller S. Oliveira1; Ana C. A. Vig1; Adriano M. Amarante1;
Caroline P. Brandini1; Eduardo F. Franca2; Fbio L. Leite1; Yvonne P. Mascarenhas3
1

Grupo de Pesquisa em Nanoneurobiofsica, Departamento de Fsica, Qumica e

Matemtica, Universidade Federal de So Carlos, Sorocaba, SP, Brasil, 2Instituto de
Qumica, Fsica e Matemtica, Universidade Federal de Uberlndia, Uberlndia, MG,
Brasil, 3 Departamento de Fsica e Informtica, Instituto de Fsica de So Carlos,
So Carlos, SP, Brasil.
A enzima Acetohidroxicido sintase (AHAS) est envolvida na biossntese de
aminocidos de cadeia ramificada e alvo, em potencial, de herbicidas inibidores
enzimticos. A estrutura molecular da AHAS j est bem descrita na literatura, no
entanto, na estrutura cristalogrfica alguns resduos no foram encontrados e, como
resultado, uma descrio completa necessria para abordagens tericas e
experimentais. Assim, objetivou-se a obteno de um modelo tridimensional
completo para o dmero funcional da enzima AHAS pela aplicao integrada de
tcnicas computacionais de modelagem por homologia e dinmica molecular. A
obteno do modelo completo para a AHAS de Saccharomyces cerevisiae seguiu os
seguintes passos: (i) identificao de estruturas homlogas enzima alvo e seleo
dos moldes, (ii) alinhamento das sequncias-alvo e molde e (iii) obteno das
coordenadas do modelo tridimensional mediado pelo SwissPDB-viewer e SWISSMODEL, (iv) otimizao da geometria e estudo do comportamento do modelo por
dinmica molecular e (v) avaliao da estabilidade e da estrutura do modelo obtido.
Os resultados obtidos revelaram que o modelo construdo flutua dentro de 20 ns de
simulao por dinmica molecular na ausncia do cofator tiamina difosfato, porm,
no sofre desnaturao em meio aquoso. Ademais, a ausncia dos cofatores no
demonstrou impacto na estabilidade do sistema. A construo do modelo possibilitou
a concluso efetiva de simulaes por dinmica molecular. Desta forma, a realizao
da modelagem da enzima AHAS foi suficiente para gerar um modelo completo da
enzima, o qual aplicvel a estudos posteriores envolvendo uma abordagem
quntica e desenvolvimento de novos biossensores em escala manomtrica
baseados em microscopia de fora atmica para uso ambiental.

Agradecimentos: FAPESP Fundao de Amparo Pesquisa do Estado de So

Paulo (FAPESP 2007/05089-9, 2008/57859-5, 2010/00463-2, 2010/04599-6,
2013/09746-5, 2013/21958-8), CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento
Cientfico e Tecnolgico (CNPq 573742/2008-1), FAPEMIG Fundao de Amparo
Pesquisa do Estado de Minas Gerais (CEX APQ-02176-11), CAPES Coordenao de Aperfeioamento de Pessoal de Nvel Superior e nBioNet.

36

Identification and modeling of GH3 and GH9 glycosyl hydrolase from Achatina fulica's metagenome
Werneck K.A.A.1,2 ; Da Silva M.L. 1 ; Gomes D. E. B. 1
1
Laboratrio de Biologia Computacional DIMAV, INMETRO.
2
Universidade Catlica de Petrpolis.
Sugarcane processing generates large volumes of bagasse (30%), a residue with impacts in profitability and environmental protection 1. Bagasse is a renewable resource, rich in
cellulose (45-55%) and hemicellulose (20-25%) and lignin (18-24%) 2, amenable to produce
ethanol and other valuable products through chemical transformation. A major obstacle to
convert lignocellulosic biomass into biofuels is the efficient deconstruction of plant polysaccharides2, a function which microorganisms conquered over millions of years, many colonize
the digestive track of animals, such as Achatina fulica. Its gastric juices metagenome pointed
to numerous sequences with probable glycosyl hydrolase function3. Here, we probe these sequences for candidate cellulase enzymes and predict their structures by comparative modeling.
The sequences were identified through a database search with BLAST-NR, and annotated using records from UniProt, KEGG, MetaCyc, pSort, RPS-BLAST, PSIPRED and SignalP servers. The 3D molecular models were build using MODELLER after sequence alignment to similar sequences found in the Protein Databank. 1000 candidate models
were build for each, refined and evaluated for validity though PROCHECK, DOPE.
The sequences were identified as Glycoside Hydrolase from Families 3 (GH3) and 9
(GH9). GH3 was found identical to the beta-n-acetylhexosaminidase from Bacterioides sp. (WP_008641704.1), sharing 35% of its sequence with the crystal structure (2X42).
GH9
was
found
identical
to
the endoglucanase from Phyllobacterium sp (WP_008122639.1), sharing 43% residues with the crystal structure (1UT9). The
best 3D models (GH3#8, GH9#94) conjugated a high DOPE with excellent stereochemistry,
therefore allowing confident delimitation of the active site.
There was obtained a three-dimensional model of optimum quality. As a perspective,
the research will involve docking of oligosaccharides to this binding site, followed by molecular dynamics simulations and estimation of the binding free energy.

Financial Support:CNPq
Reference
J. W. Ondersma and T. W. Hamann. J. Am. Chem. Soc. 133, 8264 (2011).
G. D. Gopen and J. A. Swan, American Scientist 78, 550 (1990).
3
T. Pozzo, et al., J Mol Biol. 397(3):724 (2010)
1
2

37

Building the transmembrane and intracellular domains of Toll Like

Receptor 1 (TLR1) in complex with a
Dipalmitoylphosphatidylcholine membrane and analysis of the
influence of the I602S mutation in the structure
Disraeli Cavalcante Araujo Vasconcelos1, Joo Herminio Martins da Silva2
1
Universidade Federal do Cear, 2Fundao Oswaldo Cruz-CE
During the events of M. leprae interaction with host cells, specific genes are
activated and are involved in the binding of receptors capable of recognizing
patterns, like TLR, which modulate autophagy, regulate the formation of lipid vesicles
and may lead to cell apoptosis. It has been suggested that genetic variations in
genes of the innate and adaptive immune responses are regulating every step of the
host-pathogen interaction, whereas the low genetic variability of M. leprae suggests
that host genetic factors may have a major influence on the risk of M. leprae infection
and the progression of leprosy. In this scenario, knowledge of the pathways triggered
by pattern-recognition receptors, such as TLR1 and TLR2, are key to define the
outcome of leprosy. TLR1 and TLR2 cooperate to detect mycobacterial triacylated
lipoproteins, while the activation of the TLR1/TLR2 dimer by M. tuberculosis
lipoproteins triggers the TLR-mediated antimicrobial response, reducing the viability
of intracellular bacilli. Polymorphisms in TLR genes were repeatedly associated with
leprosy per se and leprosy reactions. The objective of the project is to investigate the
influence of the I602S polymorphism in the structure of TLR1 protein and associate
the molecular data with the susceptibility of patients presenting the mutation.
Methods: The haplotype formed by polymorphism at position I602S was incorporated
into the 3D native structure. The TM alpha helix was predicted using several servers
and the consensus was found to be in the region comprised inside the 577-601
segment. The TM region was built with the I-TASSER server, along with the linker
region connecting to the Toll/Interleukin-1 receptor (TIR) domain. The TIR domain is
found in PDB under the 1FYV id. The two regions were connected using the Modeller
9.12. The molecular dynamics were run on Gromacs 4.6.5. The differences found
between the native structure and the one with mutations were analyzed atomistically.
Results: The TLR1 protein was inserted in the DPPC membrane, but for the
molecular dynamics, only the TM and the TIR regions were considered. The area per
lipid was found to be consistent with the values in literature (69,7 2). The I602
residue is close to the polar head group in the inside leaf of the lipid bilayer. The
region is highly hydrated, which is expected in the outer leaf of the membrane. By the
other hand, the hydrophobic feature of isoleucine may be responsible for repealing
the solvent molecules in the region around 600-605 residues. The mutation by serine
appears to be responsible for the formation of several hydrogen bonds when
compared to the native residue. Further analyses are still being performed in order to
compare the structural influence of this specific mutation to the TLR structure and its
role in the susceptibility of patients to leprosy.
Supported by: Fundao Oswaldo Cruz, CNPq

38

As bases da interao de complexos de importao nuclear

mediados por Importina-alfa: protenas Ku70 e Nucleoplasmina
como modelos de estudo
Marcos Tadeu Geraldo1, Agnes Alessandra Sekijima Takeda1, Antnio Srgio Kimus Braz2 e
Ney Lemke1
1
Univ. Estadual Paulista UNESP, Botucatu-SP, 2Univ. Federal do ABC UFABC,
Santo Andr-SP
O sistema de importao nuclear responsvel pelo intercmbio de protenas
entre a interface citoplasma-ncleo. A via mais estudada para protenas a via
clssica de importao nuclear, mediada por Importina-alfa e Importina-beta com o
reconhecimento de uma sequncia de localizao nuclear (NLS) na protena a ser
transportada. O objetivo do nosso trabalho investigar a interao entre NLS e
Importina-alfa utilizando duas tcnicas computacionais: dinmica molecular (MD) e
anlise de modos normais (NMA). Ns utilizamos as NLSs das protenas Ku70 e
nucleoplasmina complexadas com Importina-alfa como modelos de estudo. As
simulaes de MD foram clusterizadas com base nos valores de RMSD (desvio
quadrtico mdio) dos carbonos-alfa. Foram gerados quatro clusters para ambas as
protenas e, para cada cluster, uma estrutura de referncia foi selecionada e
utilizada para gerar os modos normais. Posteriormente, anlises de correlao
cruzada (CCA), de componentes principais (PCA) e de formao de pontes salinas
foram utilizadas para analisar os dados gerados. A CCA indicou um movimento
conformacional semelhante para ambas as tcnicas, exibindo uma contribuio
similar de resduos em ambos os complexos proticos (correlao positiva acima de
0,75). A PCA mostrou que PC1 (componente principal 1) descreveu mais de 70%
das conformaes produzidas ao longo da MD e foi possvel correlacion-las com os
primeiros modos normais de baixa frequncia. Diferenas nas tcnicas foram
encontradas somente durante a formao das pontes salinas. Entretanto, para
alguns resduos, foi possvel observar uma alta frequncia de pontes salinas
especficas em ambas as tcnicas, com destaque para os resduos de arginina e
lisina da NLS interagindo com a Importina-alfa, resultado este em concordncia com
os dados experimentais j descritos anteriormente em outros estudos. Ns
conclumos que esta abordagem computacional satisfatria para o entendimento
de interaes de complexos proticos e acreditamos que pode ser utilizada em
outros contextos.

39

Characterization of HostGuest Interactions in MOF-based

Drug Delivery Systems
Amanda Lima Barros1, Roberta Pereira Dias1, Severino Alves-Jr1, and Thereza Amlia Soares1
1
Department of Fundamental Chemistry, Federal University of Pernambuco, Brazil

Metal-Organic Frameworks (MOFs) or coordination polymers are a class of

crystalline materials constructed by self-assemblage of metal ions interconnected by
multifunctional organic ligands. The wide interest in MOF materials has been
motivated by the almost infinite possibilities of framework constructions and
promising applications biomedicine. MOFs exhibit many desired characteristics as
drug carriers, including exceptionally high surface areas and large cavity sizes for
drug encapsulation, intrinsic biodegradability as a result of relatively labile metal
ligand bonds, and versatile functionality for post-synthetic grafting of drug molecules.
Computational simulations can offer unique insights into the nature of host-guest
interactions. The molecular docking method allows the prediction of the structure of
multi-component complexes. It has been traditionally used to determine the structure
of complexes between protein and small molecules, or between two proteins with a
wide variety of computational programs publicly or commercially available. We have
previously shown that molecular docking calculations can be employed as a fast
approach to distinguish between good and poor drug candidates for incorporation in
MOFs.1,2 Yet, a systematic assessment of the suitability of this methodology for drug
screening against MOFs requires the development of computational tools. We have
devised a protocol that allows for the i. replication of the MOF unit cell into a slab, ii.
addition of hydrogen atoms, and iii. assignment of atomic charges onto the MOF
atomic coordinates. This protocol was applied to characterize the binding mode of
several drug-MOF complexes reported by Horcajada and co-workers. 3 Our findings
suggest that drugs are not always incorporated within the pores of MOFs as routinely
assumed in drug delivery studies. It also advances the prospective application of a
fast and computationally affordable approach for the characterization of guest-host
interactions in MOFs.
[1] Rodrigues et al., Int. J. Quantum Chem. 2012, 112, 3346-3355.
[2] Vasconcelos et al., RCS Adv. 2012, 2, 9437-9442
[3] Horcajada et al., Nature Mat. 2010, 9, 172-178

40

Estudo via MMPBSA e MMGBSA de inibidores da enzima

Diidroorotato Desidrogenase da Leishmania major
Joo Augusto Pereira da Rocha1,2, Fabiano Reis da Silva2, Marcio Roberto Teixeira Nunes2
Joo Ldio da Silva Gonalves Vianez Jnior2, Luiz Guilherme Machado de Macedo1
1
Laboratrio de Qumica Quntica Computacional, Universidade Federal do Par
2
Ncleo de Bioinformtica, Centro de Inovaes Tecnolgicas, Instituto Evandro
Chagas
A leishmaniose uma das seis doenas consideradas como prioritrias no
mundo, ameaa 350 milhes de pessoas em 88 pases e causa cerca de 60 mil
mortes por ano. A Leishmaniose cutnea causada pelo Leishmania major, infecta
cerca de 1,5 milhes de pessoas por ano e 90% dos casos ocorrem em pases
subdesenvolvidos como o Brasil. A enzima Diidroorotato Desidrogenase da
Leishmania major (LmDHODH) um alvo promissor no combate a leishmaniose,
uma vez que atua na quarta etapa do processo de sntese de UMP (Uridina
Monofosfato) percussor de todos os nucleotdeos. Nesse estudo foram simulados
atravs de Dinmica Molecular no pacote AMBER 12 dois inibidores (EJZ e IJZ) da
LmDHODH. Para tal foi recuperada do banco de dados de protenas a estrutura
cristalogrfica da enzima (cdigo PDB 3MHU). Os complexos inibidores-protena
foram gerados atravs de tcnicas de Docagem Molecular no programa Vina 1.1.2
(dimenses da grade de energia potencial em 38 x 30 x 36 e centradas nas
coordenadas x = -7.481, y = 56.663 e z = -1,217). No AMBER 12 as topologias dos
inibidores foram geradas a partir do campo de fora GAFF e as cargas atmicas
obtidas atravs do Gaussian 09, HF/6-31G(d,p). Os complexos foram descritos
atravs do campo de fora ff99SB e solvatados com 14882 molculas de gua
(TIP3P) usando uma caixa octaedrica, sendo neutralizados com a adio de ons
sdio e cloro. Durante os 30 ns de simulao o sistemas estabilizaram com um
RMSD em torno de 2,5 e mostraram atravs do RMSF pequenas flutuaes na
regio que compreende os resduos ASN68, MET70, GLY71, LEU72 e grandes
flutuaes na regio que compreende os resduos LEU129, SER130, CYS131 e
SER196. Segundo a literatura inibidores da LmDHODH comumente fazem interao
com esses resduos. Tambm foram realizados clculos de energia livre via
MMPBSA e MMGBSA. Os valores de energia livre para o EJZ (AG PBSA = -12,32;
AGGBSA = -11.16) e IJZ (AGPBSA = -8.85; AGGBSA = -12,00) foram consideravelmente
prximos. A contribuio energtica por resduo mostrou os resduos que mais
contribuem de maneira favorvel: Para o EJZ os resduos de LEU72 e CYS131, j
para o IJZ os resduos ASN68, LEU129, SER196 e GLY220, tambm corroborando
com resultados experimentais da literatura. Sendo assim esse estudo elucida pela
primeira vez o comportamento Dinmico, a energia e o comportamento das
interaes de inibidores da LmDHODH. Dessa forma, abrindo caminho para o
desenvolvimento de novos frmacos seletivos contra a Leishmaniose.

41

Automao do workflow ASAProt: Sistema Computacional para

Anotao Estrutural em Larga Escala
Caio Bulgarelli1, Paulo M. Bisch2 e Manuela Leal da Silva1
1
Laboratrio de Biologia Computacional DIMAV Inmetro, 2Laboratrio de Fsica
Biolgica IBCCF UFRJ
O ASAProt (Automated Structural Anotation for Proteins) um workflow
desenvolvido para inferir a funo de protenas. Dividido em 3 etapas, modelagem,
filtragem e anotao, o ASAProt utiliza diversas ferramentas estabelecidas na
Academia para alcanar seu objetivo.
Na etapa de modelagem, utilizamos a metodologia de modelagem
comparativa para construo de modelos 3D atravs do software MHOLline. O
MHOLline realiza o alinhamento sequencial e escolhe um bom molde para a
construo do modelo 3D (CAPRILES, P. V. S. Z. et al, 2010).
Na etapa de filtragem, necessrio selecionar dentre os modelos gerados, as
protenas que possuem um modelo com qualidade suficiente para realizar sua
anotao estrutural. Os filtros utilizados so Ramachandran, cobertura e identidade
sequencial oriundas dos processos de classificao realizados pelo MHOLline e o
RMSD que calculado usando o software PyMol (DeLano, W. L., 2010). Um
software que utiliza a sada do MHOLline e o resultado dos clculos do PyMol para
realizar as comparaes necessrias nessa filtragem automaticamente foi
desenvolvido. Aps a filtragem o software gera um arquivo com as protenas
recusadas para referncia do pesquisador. A linguagem JAVA foi utilizada por
apresentar ferramentas que simplificam o desenvolvimento da etapa de anotao do
workflow assim como sua integrao com o MHOLline. Para avaliar a eficcia do
algoritmo criado, comparamos a sada do programa com uma filtragem feita
manualmente.
O prximo passo no desenvolvimento do ASAProt ser a implementao da
terceira etapa do workflow que consiste na anotao estrutural da protena em si.
Para realizar essa anotao, informaes dos seguintes softwares e banco de dados
sero utilizadas, BlastP, COG, SMART, UniProt, fastSCOP e SCOP. O resultado
dessa etapa ser salvo em uma base de dados para futura referncia.
O software ser hospedado no SINAPAD (Sistema Nacional de
Processamento de Alto Desempenho) quando seu desenvolvimento for concludo.
Bibliografia
CAPRILES, P. V. S. Z. et al. BMC Genomics 2010, 11:610.
DeLano, W. L., PyMol Molecular Graphics System 2010, V 1.7, Schrdinger, LLC.

42

Anotao e Modelagem de uma 6-fosfo--glicosidase de

Citrobacter sp. oriunda do metagenoma do caracol africano
Achatina fulica
De Oliveira, F.L.L.1,2 ; Da Silva M.L. 1 ; Gomes D. E. B. 1
Laboratrio de Biologia Computacional DIMAV, INMETRO
UFRJ Universidade Federal do Rio de Janeiro Campus Xerm
Em face atual demanda cada vez maior por fontes de energia sustentveis,
faz-se necessrio a busca por combustveis alternativos, sendo um deles o etanol de
segunda gerao (2G). Uma das matrias-primas para a produo de etanol 2G a
biomassa do bagao da cana-de-acar derivada principalmente do resduo da
produo de etanol de primeira gerao. No entanto, um dos grandes desafios para
a produo de 2G a etapa de pr-processamento, onde o bagao deve ser
degradado de modo a expor acares simples ou de cadeia pequena que sejam
fermentveis, sem tornar o meio inspito a organismos fermentadores. Para tal, o
estudo de microrganismos lignocelulolticos, seus metabolismos e microbiotas uma
estratgia que se encaixa perfeitamente nesse panorama (MACRELLI et al., 2014).
No presente trabalho, realizamos trabalhos de anotao e modelagem
molecular de uma 6-fosfo--glicosidase de Citrobacter sp., pertencente famlia das
Glicosdio Hidrolases 4 e oriunda do metagenoma do caramujo-africano Achatina
fulica. A identificao da sequncia foi feita utilizando ferramentas de bioinformtica
e buscas em bancos de dados como BlasP, Uniprot, MetaCyc, PSORT, CD-Search,
PSIPRED e estruturas 3D candidatas, utilizando SignalP. O MODELLER foi utilizado
para a construo de um modelo tridimensional para a enzima alvo e diferentes
critrios de validao foram utilizados: RMSD, DOPEscore, Grfico de
Ramachandran.
A sequncia foi identificada como uma 6-fosfo-beta-glicosidase de Citrobacter
sp., possuindo identidade de 96% e 100% cobertura em relao uma 6-fosfo-glicosidase (6pG) de Citrobacter (WP_006684837.1). O modelo construdo usou
como molde uma 6pG de Geobacillus stearothermophilus (PDBID: 1S6Y), com
51% de identidade e 100% de cobertura e seu arranjo homotetramrico foi obtido a
partir do padro de outra 6pG, de Thermotoga martima. Dos 100 candidatos
homotetramricos, o modelo 52 foi escolhido, por exibir excelentes caractersticas
estereoqumicas e um RMSD em relao ao molde de 1.454.
Com o modelo 3D de excelente qualidade obtido, as prximas etapas
consistem em estudos de docking molecular com sacardeos fosforilados tambm
constituintes da biomassa lignocelulsica a fim de estudar essas interaes e obter
mais informaes sobre o stio ativo desta enzima.
.
Apoio financeiro: CNPq
Referncia:
Macrelli, S. et al.; Biotechnol Biofuels. 2014; 7: 26. ; PMCID: PMC3938646

43

In Silico Analysis of Single Nucleotide Polymorphisms of DISC1 in

Schizophrenia
Silva, J.G.; Pires, V. S.; De Mesquita,J.F.
Bioinformatics and Computational Biology Group, Universidade Federal do Estado
do Rio de Janeiro, RJ, Brazil
INTRODUCTION: Schizophrenia is a well-known disease first described in the nineteenth century, but the development of this disease is still not fully understood. DISC1
is a protein that has been associated with most of the neuronal problems associated
with schizophrenia and other neurodegenerative diseases, such as bipolar disorder
and depression. MATERIALS AND METHODS: In this study, all of the natural variants (G5V, A116V, R264Q, T328N, L330F, G531R, L607F, S704C) of DISC1 were
subjected to in silico analysis using nine different algorithms: nsSNPAnalyzer, PhDSNP, Pmut, Polyphen-2, Sift, SNAP, SNPs&GO, SNPeffect and I-Mutant. Structural
theoretical models were created for the variants via ab initio (I-Tasser server and
Rosetta) and comparative modeling (RosettaCM, Phyre2 and Modeller). The predicted models were evaluated using TM-align. OBJECTIVES: Evaluate the mutational effects on protein structure and function of the SNPs of human DISC1 using
predictive computational methods and modeling, as well as develop the DISC1 database. RESULTS AND DISCUSSION: The analysis revealed disparate results for a
number of the algorithms. The results from nearly all of the algorithms showed that
each single-nucleotide mutation appears to cause harmful effects in the protein. According to TM-align, the models achieved high accuracy. The RMSD values of the
modeled mutants indicated a likely pathogenicity for most of the missense mutations.
CONCLUSION: This SNPs study of the DISC1 protein helps us to understand the effects of these mutations in the human brain as well as pathological associations
based on changes in protein structure.

Keywords: Single Nucleotide Polymorphism, DISC1, Schizophrenia

Financial Support: UNIRIO.

44

In silico Analysis of the Human Protein VAPB in Familial

Amyotrophic Lateral Sclerosis Type 8
Wilson, K. S. C.1; Loureiro, J.P.1; De Mesquita, J.F.1
1
Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro - UNIRIO
INTRODUCTION: Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) is a globally fatal motor
neuron disease characterized by a progressive loss of upper and lower motor
neurons. Although 90% of ALS cases manifest sporadically, 10% of the cases are
inherited. The genes linked to ALS have been identified by their physiological role
descriptions and by studying the irregularities caused by the mutations that lead to
ALS. In 2004, a genetic correlation study revealed the first non-synonymous single
nucleotide polymorphism (nsSNP) in the human VAPB gene that contributes to ALS8.
MATERIALS AND METHODS: In the present study, we performed an in silico
computational analysis of the nsSNPs of VAPB (T46I, P56S, A145V, S160 and
V234I) reported in the literature. Using eight algorithms (SNPeffect, PolyPhen-2,
PhD-SNP, PMUT, SIFT, SNAP, SNPs&GO and nsSNPAnalyzer), we evaluated the
effects caused by natural variants of the human VAPB gene. OBJECTIVES: Evaluate
the mutational effects on protein structure and function of the SNPs of human VAPB
using predictive computational methods and modeling, as well as develop the VAPB
database. RESULTS AND DISCUSSION: In vitro trials are generally expensive, timeconsuming and difficult to devise; thus, bioinformatics applications are warranted as
alternatives to in vitro trials. The present analysis exhibited contrasting results for
some of the algorithms; for example, for at least one algorithm, each mutation
seemed to prejudicially impact the protein. In the SNPeffect workflow, the
aggregation tendency (TANGO), amyloid propensity (WALTZ) and chaperone binding
tendency (LIMBO) results indicated that none of the single nucleotide mutations
affected the protein. However, in the stability analysis by FoldX, one of the four
variants enhanced the stability and another variant reduced the stability.
CONCLUSION: The results indicate that the nsSNPs in the VAPB gene can cause
pathological protein changes that can be associated with ALS8. The results were
gathered, and a curated, actualized and free database is available at
http://bioinfogroup.com/database/.
Keywords: Familial Amyotrophic
Nucleotide Polymorphism, VAPB
Supported by: UNIRIO, CAPES

Lateral

Sclerosis,

Non-synonymous

Single

45

Molecular modeling calculations towards elucidation of anti-TB

activity of novel gem-difluorinated derivatives of isoniazid
Carla M. S. Menezes1, Frederico S. C. Branco1,2, ngelo C. Pinto2. Nbia Boechat1
1

Instituto de Tecnologia em Frmacos/Farmanguinhos - Fundao Oswaldo Cruz;

Programa de Ps-graduao em Qumica, Instituto de Qumica, Universidade Federal
do Rio de Janeiro - IQ/UFRJ

Tuberculosis (TB) is an infectious disease caused by Mycobacterium

tuberculosis (MT). TB, HIV coinfection with TB, emergence of multidrug-resistant TB,
and extensively drug-resistant TB are the major causes of death from infectious
diseases worldwide. Current first line anti-TB drugs, as isoniazid (INH, 1), were
developed more than 40 years ago, reflecting the urgency need to developing
alternative therapeutics to overcome this situation [1].
In order to contribute to the discovery of novel tuberculostatic agents and,
moreover, to avoid the metabolic N-acetylation and, subsequent inactivation of INH
by NAT (Arylamine N-acetyltransferase) enzyme, pro-prodrugs NH2-protected gemdifluorinated derivatives of INH 2a-e (Figure) were synthetized. All final derivatives
respect the Lipinskis Rule of Five [2].
Potent antimycobacterial activity was observed when 2a-e was submitted to in
vitro evaluation against INH-sensitive MT strain. The most active derivative, 2a
showed about 4-fold and 200-fold more potent than other first line anti-TB drugs,
ethambutol and pyrazinamide, respectively. All compounds 2a-e presented
moderated activity against resistant (INHRS) strain of MT. In addition, the most active
derivatives 2a and 2b no showed mutagenic or cytotoxicity profiles [2].
IN order to elucidate the anti-TB activity of 2a-e, molecular modeling
calculations are being performed with Marwin (ChemAxon Academic License for
Research) and Spartan14 v.1.14 (Wavefunction Inc., Demo License). The initial
analysis suggest that the combination of physicochemical properties, such as Clog P,
log D and PSA, and electronic properties (EHOMO and ELUMO), obtained using a
hybrid HF-DFT SCF calculation (EDF2/6-31G*) [3], can be related to the hydrolysis of
the prodrugs and delivery of INH.

Figure. Isonizad and prodrugs derivatives.

[1] Branco, F.S.C.; Pinto, A.C.; Boechat, N. Curr. Top. Med. Chem. 2013, 13, 2808; [2] Branco, F.S.C.,
2011, M.Sc. Dissertation, UFRJ, Brazil; [3] Lin, C.Y.; George, M.W.; Gill, P.M.W. Aust. J. Chem. 2004,
57, 565.

46

Efeito do substituiente nas propriedades estruturais e eletrnicas

das sulfonilureias
Charlielly Santiago Araujo1 e Hermes Fernandes de Souza1
1
IUniversidade de Fortaleza Unifor Centro de Cincias da Sade Farmcia
O diabetes mellitus se caracteriza como sendo um conjunto de distrbios
heterognicos que esto ligados a falta da produo de insulina ou a falta da ao
da insulina, em alguns casos a interao de ambos. Dentre os vrios tratamentos
medicamentosos utilizados temos o uso sulfonilurias que visam manter diminuir a
glicemia e mant-la em nveis normais. O presente trabalho emprega mtodos de
qumica computacional para estudar efeito de substituintes na estrutura desta classe
de medicamento. Foram realizados clculos ab initio utilizando conjuntos de bases
3-21G, 6-31G* e 6-31G**, Teoria do Funcional de Densidade usando o funcional
B3LYP e mtodos semi-empiricos usando o hamiltoniano AM1. As estruturas foram
otimizadas nos trs nveis de teoria. Os resultados obtidos mostram que o efeito da
substituio de curto alcance, no anel aromtico.

47

Estudo terico da interao lectina microvirina de Microcystis

aeruginosa SPC777 e a glicoprotena gp120 do HIV.
Adonis de Melo Lima1,3, Ronaldo Correia da Silva1,3, Nelson Alberto Nascimento de
Alencar2,3, Marina Luiza Saraiva Mller3, Andrei Santos Siqueira1,Leonardo Teixeira
Dall'Agnol1, Evonnildo Costa Gonalves1.
1
Laboratrio de Tecnologia Biomolecular ,2Laboratrio de Planejamento e
Desenvolvimento de Frmacos, Universidade Federal do Par, Belm, PA, Brasil,
3
Faculdade Integrada Brasil Amaznia, Belm, PA, Brasil.
As lectinas tm a capacidade de se ligarem reversilvemente a carboidratos e, que
esto presentes em quase todos os organismos, incluindo os vrus. A microvirina
(MVN), uma lectina produzida pela cianobactria Microcystis aeruginosa que
apresenta atividade anti-HIV. Esta capacidade microbicida se d atravs da
interao da MVN com a gp120, uma protena, do envelope viral, altamente
glicosilada com carboidratos N-ligados a manose. Sendo a gp120, atravs de sua
ligao com os receptores CD4, CXCR4 ou CCR5, responsvel por mediar
entrada do vrus HIV em uma clula no infectada, a interao entre a MVN e a
gp120 capaz de bloquear a fuso do HIV clula. As evidncias de que a MVN
apresenta menor citotoxidade quando comparada a cianovirina (CNV), outra lectina
cianobacteriana com atividade anti-HIV, a torna um importante alvo de estudo. Neste
sentido, este trabalho objetivou a construo de um mapa do potencial eletrosttico
de superfcie e a caracterizao da regio de interao microvirina e manose para
corroborar no entendimento desta interao. A sequencia de 108 aminocidos da
microvirina de Microcystis aeruginosa SPC777 (Genebank ID: EPF16038.1) e o
molde 2YHH foram usados para gerao do modelo tridimensional (3D) por
homologia. O modelo 3D foi submetido ao PBEQ-Solver (interface web) que calcula
o potencial eletrosttico atravs da resoluo das equaes Poisson-Boltzmann de
diferenas finitas. A manose foi posicionada na regio de interao com a
microvirina.
A
B

Figura 1 - A, mostra as interaes detalhadas entre MVN e manose. Linhas pontilhadas em

preto mostram as ligaes de hidrognio com suas respectivas distncias em . B, PBEQSolver fornece a visualizao do mapa do potencial eletrosttico de superfcie [2 kcal / (mol e) em azul e 2 kcal / (mol-e) em vermelho].

De acordo com os valores obtidos nas avaliaes das distncias das ligaes de
hidrognio e na distribuio das cargas na superfcie da protena foi possvel
confirmar a conservao das regies de interao microvirina e manose.

48

Molecular dynamics studies of hypoxanthine-guanine-xanthine

phosphoribosyltransferase from Plasmodium falciparum
FCR3/Gambia.
Andr Grecco Carvalho1, Rafael Andrade Caceres2, Ednaldo Teixeira da Silva3, Ricardo
de Godoi Mattos Ferreira1,3, Fernando Berton Zanchi1,3
1
Programa de Ps Graduao em Biologia Experimental - PGBIOEXP, Universidade
Federal de Rondnia - BR 364, Km 9,5 - CEP: 78900000 - Porto Velho, RO, Brazil,
2
Universidade Federal de Cincias da Sade, Departamento de Farmacocincias,
Sala 200C - Rua Sarmento Leite, 245 - CEP 90050 - Porto Alegre, RS, Brazil,
3
Fundao Oswaldo Cruz - Rua da Beira, 7671 - CEP 76812245 - Porto Velho, RO,
Brazil
Malaria is a parasitic disease and is one of the world's most endemic diseases. It is estimated that about 3.4 billion people live in areas at risk of malaria infec tion, predominantly in tropical and subtropical climates. Malaria is caused by the single-celled protozoan parasite Plasmodium, which infects host liver and red blood
cells and is transmitted through the bite of the female Anopheles mosquito. Currently
there are many drugs to treat malaria, but the emergence of resistant strains of its
causative agent have pointed to the need for planning new drugs against new molecular targets. Purine lack as an antimalarial target has been validated by inhibition of
purine nucleoside phosphorylase. Hypoxanthine depletion kills Plasmodium falciparum (Pf) in cell culture and in Aotus monkey infections. The human malaria parasite
Pf is auxotrophic for purines and relies on the purine salvage pathway for the synthe sis of its purine nucleotides. Hypoxanthineguaninexanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT) is a key purine salvage enzyme in P. falciparum, making it a potential target for chemotherapy, Plasmodium falciparum hypoxanthineguaninexanthine
phosphoribosyltransferase (PfHGXPRT) uses hypoxanthine as substrate and produces inosine 5'-monophosphate (IMP). In the present work we analyzed the structure of PfHGXPRT apo and in three complex hypoxanthine (HPA); ion phosphate
(PO4) and ion pyrophosphate (POP); and HPA, PO4 and POP to identify the structural basis for the substrate interactions in the binding site and to predict the enzyme
substrate specificity. The structural features and the structural stability were assessed
by molecular dynamics (MD) simulation. Comparative analysis of the structure of
PfHGXPRT will allow identification of structural features responsible for ligand affinities. Analysis of the molecular dynamics simulations of these four systems indicates
the structural features responsible for the stability of the structure, and may help in
the identification of new inhibitors for this enzyme.

49

Modelo Computacional da Penetrao da Vitamina E no Estrato

Crneo
L. dos Santos1, N. Azoia2, A. Cavaco-Paulo2, P.P. Fvero1 e A.A. Martin1
1
Laboratrio de Espectroscopia Vibracional Biomdica, Instituto de Pesquisa e
Desenvolvimento IP&D, Universidade do Vale do Paraba - Univap, So Jos dos
Campos, SP, Brasil
2
Centro de Engenharia Biolgica - CEB, Universidade do Minho, Braga, Portugal
O interesse pelo processo de penetrao de compostos farmacuticos e/ou
cosmticos na pele humana est crescendo, particularmente pelas indstrias
cosmticas, para desenvolvimento de novas tecnologias e produtos. O principal
obstculo a ser superado pela substncia a passagem pelo estrato crneo, que
representa a barreira natural contra perda excessiva de gua e proteo mais
externa do organismo.
Dentre as substncias de interesse as vitaminas podem ser destacadas,
devido ao seu papel antioxidante e de anti-envelhecimento cutneo. A vitamina E
reconhecida como a maior antioxidante em membranas biolgicas e a anlise do
processo de permeao e localizao fundamental para compreenso das suas
funes. Diante disto, este trabalho tem por objetivo simular usando dinmica
molecular coarse grained o processo de penetrao da vitamina E na pele humana.

Figura 1: Snapshot do modelo de penetrao da vitamina E no estrato crneo.

Configurao final do sistema aps 125ns evidenciando a penetrao da vitamina E
na primeira camada de lipdos.

50

AB INITIO STUDY OF GRAPHENE AND ITS DERIVATIVES

INTERACTING WITH DOPAMINE
Mariana Zancan Tonel1, Solange Binotto Fagan1
1
Centro Universitrio Franciscano, Santa Maria, RS
Graphene has attracted great interest from the scientific community since
been demonstrated its stability in 2004 [1]. Due to its structural and electronic
characteristics, has potential for a wide range of applications, from the electronics
industry to medicine. Graphene is a single layer of graphite in which carbon atoms
are arranged in hexagonal form. Meanwhile dopamine (DA) is an important
neurotransmitter from the central nervous system of mammals. At low levels the DA
may lead to neurological disorders such as Parkinson's disease and schizophrenia
[2]. Experimental studies show that graphene based systems would be effective in
the detection of dopamine, which would be interesting for the development of
sensors for the quantification of neurotransmitter can aid in the diagnosis and
treatment of various diseases [3].
The objective of this study is to evaluate by computational ab initio
simulations, the electronic and structural properties of pristine graphene and
functionalized with carboxyl, carbonyl and hydroxyl groups interacting with the DA
molecule making use of the computer code SIESTA [4]. Preliminary results show that
the interaction between graphene and its derivatives with dopamine is low in the
order of -0.38eV, without change in the electronic structure.
[1] NOVOSELOV, K. S.; GEIM, A. K. ; MOROZOV, S. V. et. al. Electric Field Effect in
Atomically Thin Carbon Films. Science, v.306, p. 666-669, 2004.
[2] KIM, J. et al. Dopamine neurons derived from embryonic stem cells function in an
animal model of Parkinson's disease. Nature, v. 418, p. 50-56, 2002.
[3] LIU, S.; SUN, W.; HU, F. Graphenenano sheet-fabricated electrochemical sensor
for the determination of dopamine in the presence of ascorbic acid using
cetyltrimethylammonium bromide as the discriminating agent. Sensors and
Actuators B: Chemical, v.173, p. 497504, 2012.
[4] SOLER, J. M. et al. The SIESTA method for ab-initio order-N materials simulation.
J. Phys.: Condens Matter v.14, n.11, p. 2745-2779, 2002.

51

COMPARATIVE ANALYSIS OF FREE DOCKING PROGRAMS IN

EXPERIMENTAL CONDITIONS: CATIONS IN THE SURFACE
Fraga, H. M.1 e Fernandez, J. H.1
1
Laboratrio de Qumica e Funes de Protenas e Peptdeos, Centro de
Biocincias e Biotecnologia, Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy
Ribeiro
INTRODUCTION: Docking experiments become an indispensable tool in structural
biology, pharmacology and computational biology today. At the same time, we have
many programs able to predict with some mathematical precision the arrangement of
ligands in the binding site of a receptor protein, not all guarantees a good
corresponding-to-experimental result when the interface involves complex
structures, mobility or important cofactors. Even most popular and professional
solutions as Glide, Gold, SwissDock and AutoDock fail in characterize complex but
important biological interactions. Taking integrins as reference proteins, in this study
we intended to compare the results obtained with free docking programs, observing
similarities and differences in their patterns of results, comparing not only G
parameters but especially the way of metal electrostatic is handled by these
programs and the structure of the resulting complexes compared to specialist
analysis. METHODS: Protein crystal structures of V3 and molecular model of 61
were used as protein receptors in docking experiments, using a set of theoretical
tripeptides (KGD, KTS, MLD, RGD, VGD e WGD) and real integrin inhibitors (A9a,
A9e and A9s) as ligands. These protein-ligand complexes were submitted to docking
experiments usin AutoDock 4.2, AutoDock Vina, DockThor and EADock DSS as
implemented in the SwissDock portal. For the ligand peptide parametrization, the
default procedure in each program was maintained. To put into effect the central
place of electrostatic interaction in these systems, was used +2.00 as Mg 2+ charge in
all docking procedures. In all experiments, first 10 to 30 best scoring G results were
tacked in count for specialist analysis. RESULTS AND CONCLUSIONS: Integrins
interact with their ligand using Mg 2+ ions, mainly MIDAS (Metal on-Dependent
Adhesion Site), and this interaction was tacked as indispensable for valid ligandreceptor docking results. In this scenario, AutoDock Vina proves to be unable to
provide good predictions for our system, when AutoDock 4.2 provides the better
results. Furthermore, our work shows the essentiality of considering the correctness
of electrostatic interaction magnitude of metal cofactors in the choices of the docking
program to use in your experiment.
Grant: FAPERJ, CNPq.

52

Estudo da Interao do Peptdeo de Fuso da Protena E do Vrus

da Dengue com modelo de membrana de POPC por Simulaes de
Dinmica Molecular
Luiz Fernando da Costa Zonetti1, 2 e Alexandre Suman de Arajo1
Universidade Estadual Paulista Jlio de Mesquita Filho, So Jos do Rio
Preto/SP, 2Instituto Federal de Educao, Cincia e Tecnologia de So Paulo
Campus Birigui, Birigui/SP
1

A dengue uma doena febril aguda causada por um tipo de flavivrus, que
so vrus envelopados de geometria esfrica, que atinge seres humanos com maior
ocorrncia nas regies tropicais e subtropicais e considerada como uma das mais
importantes doenas infecciosas emergentes da atualidade. O envelope viral composto por duas protenas: a glicoprotena E e a protena M. A protena E forma projees na superfcie do vrus e possui determinantes antignicos para hemaglutinao
e neutralizao, sendo considerada a principal protena viral. Esta protena desempenha atividades importantes tais como: participa do processo de fuso de mem brana; montagem do vrus; receptor de ligao e o principal alvo para anticorpos
neutralizantes. A protena E possui uma sequncia de aminocidos rica em resduos
hidrofbicos e de glicinas chamada de peptdeo de fuso. Esse peptdeo est envolvido no processo de fuso do vrus com a membrana celular endossomal necessrio
para a injeo do material gentico viral no meio intracelular. Em pH neutro a protena E glicosilada e forma homodmeros dispostos paralelamente superfcie viral.
Nessa condio, seu peptdeo de fuso est incapaz de interagir com a membrana
alvo. Com a exposio ao pH cido do meio endossomal a protena E sofre alterao conformacional que a leva para a conformao fusognica onde o peptdeo de
fuso est exposto. Apesar da mudana estrutural sofrida pela glicoprotena viral durante este processo, seu peptdeo de fuso mantm a mesma conformao em pH
neutro e cido conforme evidenciado por trabalhos experimentais. Neste trabalho
ser investigada a diferena entre a afinidade (energia livre de ligao) de duas
sequncias de aminocidos da protena E do vrus da dengue que contm o peptdeo de fuso (resduos 88-123 e 98-110) com um modelo de membrana de POPC
utilizando simulaes de dinmica molecular e o mtodo ABF (Adaptive Biasing
Force). Nossos resultados indicam uma pequena diferena na energia livre de ligao de cada peptdeo com a membrana de POPC e um enterramento do resduo de
triptofano de aproximadamente 13, em acordo com resultados experimentais.

53

Estudo de docagem molecular de Inibidores Derivados da

Acrilamida para o Vrus da Dengue
Ana Alice Farias da Costa1, Isabella Menezes Queiroz1, Jaqueline Bianca Carvalho2
Duarte2, Fbio Alberto de Molfetta1
1
Laboratrio de Modelagem Molecular, Instituto de Cincias Exatas e Naturais
Universidade Federal do Par
2
Laboratrio de Modelagem Molecular, Instituto de Tecnologia, Universidade
Federal do Par
A dengue uma doena infecciosa aguda tambm chamada de febre da
dengue, que transmitida pela fmea do mosquito do gnero Aedes Aegypti. O
mosquito um dos maiores transmissores em pases tropicais e subtropicais, como
o Brasil. A dengue esta presente em todas as regies do Brasil, sendo que em 2013,
segundo a Organizao Pan-Americana de Sade, foram notificados duzentos e
quatro mil de casos da doena . H tambm a dengue hemorrgica, uma forma mais
grave da doena, que pode evoluir para a sndrome do choque da dengue, o que
leva a pessoa contaminada morte. No h um tratamento especifico apenas so
tratados os sintomas da doena. Um alvo promissor para inibio do vrus da
dengue a enzima NS3/NS2B serino protease, pois a NS3 importante para o ciclo
de vida, maturao e desenvolvimento do vrus. Desta forma, foram selecionados
compostos derivados da acrilamida de um estudo feito por Nitsche e colaboradores,
que apresentam valores de constante de inibio contra a NS3/NS2B serino
protease do vrus da dengue. Essas estruturas foram docadas na enzima da dengue
atravs dos programas Autodock Vina 1.1 e Molegro Virtual Docker 5.0. Os valores
das energias foram submetidos anlise consensual usando o mtodo de
escalonamento. Alm disso, foram analisadas atravs do programa Ligplus 1.4.5 as
interaes de hidrognio e hidrofbicas, para cada estrutura no receptor com os dois
programas de docagem utilizados. A docagem mostrou que alguns derivados de
acrilamida fizeram interao com resduos de aminocidos do sitio ativo, tais como
os resduos de Tyr150, Gly153 e Gly151. Alm disso, segundo estudos de Doan e
colaboradores alguns dos resduos encontrados na docagem fazem parte da trade
cataltica, tais como os resduos de His51, Ser135 e Asp75 da enzima NS3/NS2B
serino protease. Desta forma, os derivados de acrilamida melhores pontuados e
com as melhores interaes podem ser utilizados para posteriores estudos de
dinmica molecular, e dessa forma conduzir a sntese de novos derivados mais
efetivos contra a enzima NS3/NS2B serino protease do vrus da dengue.
Palavras chave: Dengue, acrilamida, docagem.

54

Dinmica Molecular coarse-grained do cido Ascrbico e

Tetra Isopalmitado de ascorbil.
Machado N. C. F.1, Santos L.1, Martin A. A.1, Fvero P. P.1
1
Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento, UNIVAP
So Jos dos Campos, SP
E-mail: neilamachado@gmail.com

O cido ascrbico uma substncia necessria para a vida humana e, no

sendo sintetizada pelo organismo, depende-se de fontes externas para suprir
necessidades bsicas. Com funes centradas em torno das propriedades
antioxidantes, protege o organismo de vrias doenas crnicas que tem suas
origens no estresse oxidativo.
A epiderme, camada mais externa da pele, e a derme, camada mediana da
pele, possuem nveis elevados de antioxidantes hidroflicos como o cido ascrbico
e o cido rico, porm, epiderme e derme de peles fotoenvelhecidas ou mesmo com
envelhecimento natural apresentam nveis de cido ascrbico menores.
H uma grande controvrsia na reposio deste antioxidante atravs de
cosmticos, uma vez que, a sua permeao na pele dependente da forma de
preparo que pode comprometer sua estabilidade e limitar sua permeabilidade.
Uma das vantagens desse estudo computacional a elaborao de um
ambiente virtual muito prximo realidade (experimental), obtendo-se informaes
sobre o comportamento dos sistemas analisados. Estudos in-slica, promovem
economia de tempo e de insumos de pesquisa, alm de excluir uma gama de
opes de sustncias com pouco potencial de aplicao, concentrando-se em
substncias efetivamente promissoras.
O estudo do comportamento de um sistema de partculas em funo do
tempo so as bases da dinmica molecular (DM), que consiste na aplicao das
Leis do movimento de Newton para descrever as posies das partculas que
interagem via potenciais intra e intermoleculares. Esses potenciais esto
quantificados nos campos de foras.
Neste trabalho analisamos a utilizao de dois campos de foras distintos: o
campo de fora Gromos53a6 (representao fine-grained) e o campo de fora
Martini (representao coarse-grained) no estudo da estabilizao do cido
ascrbico (vitamina C) e um de seus derivados, o tetra isopalmitato de ascorbil, para
com isso, compararmos estabilidade e desempenho dos campos de fora, elegendo
uma molcula para posteriores estudos de reposio deste composto, na pele
humana.
Os estudos usando representaes fine-grained permitem anlises mais
refinados das interaes entre molculas enquanto as representaes coarsegrained, permitem anlises com menor tempo computacional e muitas vezes sem
perda das principais informaes do sistema.

55

Estudos de Modelagem Molecular de Inibidores da Enzima MAPKp38

atravs da Estratgia de Ensemble Docking
Lucas de A. Vizani, Isabella A. Guedes, Laurent E. Dardenne
Laboratrio Nacional de Computao Cientfica
As protenas cinases so responsveis pela regulao de diversos mecanismos
biolgicos, fosforilando substratos e diversas protenas do organismo, desempenhando um
importante papel na regulao das funes biolgicas. O descontrole no processo de
fosforilao dessa famlia de protenas est associado com diversas doenas, como cncer,
diabetes e atrite reumatoide. Diversos estudos avaliam o uso de protenas cinases como
alvos moleculares para o tratamento de doenas inflamatrias crnicas. A protena
MAPKp38 tem sido apontada como um dos potenciais alvos para o desenvolvimento de
frmacos anti-inflamatrios, uma vez que sua inibio est diretamente relacionada com o
bloqueio da sntese dos mediadores inflamatrios TNF- e IL-1, reduzindo efetivamente a
inflamao em testes in vivo13. Atualmente, existem diversas estruturas experimentais da
enzima MAPKp38 determinadas experimentalmente no banco de dados Protein Data Bank.
Entretanto, como caracterstica marcante da famlia de protenas cinases, observa-se uma
grande variao conformacional no stio de ligao do cofator ATP (stio de interesse para o
desenvolvimento de inibidores da MAPKp38). Deste modo, a incluso do tratamento da
flexibilidade da protena essencial para se obter sucesso em estudos de atracamento
molecular4. Neste trabalho foi utilizada a tcnica de ensemble docking, i.e. atracamento
molecular realizado em um conjunto de conformaes da enzima alvo simulando
implicitamente a flexibilidade da molcula receptora. O conjunto com cinco estruturas
representantes da MAPKp38 (PDB IDs 1A9U, 1M7Q, 3DT1, 1YQJ e 1WBS) foi selecionado
a partir de estudo prvio5 de ensemble docking. Este trabalho tem como principal objetivo
prever o modo de ligao de compostos previamente sintetizados pelo grupo experimental
LASSBio/UFRJ, de forma a guiar futuras otimizaes moleculares visando o aumento de
potncia e seletividade dos compostos estudados. Estudos de ensemble docking de
inibidores descritos na literatura foram realizados para obter um melhor entendimento das
interaes entre protena e ligante que possam ser importantes para a atividade inibitria.
Posteriormente, compostos idealizados e outros j sintetizados foram submetidos a estudos
de ensemble docking para prever seu modo de ligao e guiar as etapas de desenho
racional de inibidores da enzima MAPKp38. A anlise dos resultados indica que
importantes regies do stio de ligao da MAPKp38 podem ser melhor exploradas de
forma a aumentar a potncia e seletividade dos compostos estudados.

Palavras-chave: anti-inflamatrios, MAPKp38, modelagem molecular, atracamento

molecular, ensemble docking.
Bibliografia
1.Saklatvala, J. The p38 MAP kinase pathway as a therapeutic target in inflammatory disease. Curr.
Opin. Pharmacol. 4, 372377 (2004).
2.Gill, A. L. et al. Identification of novel p38alpha MAP kinase inhibitors using fragment-based lead
generation. J. Med. Chem. 48, 414426 (2005).
3.Alten, R. E. et al. Efficacy and safety of pamapimod in patients with active rheumatoid arthritis
receiving stable methotrexate therapy. Ann. Rheum. Dis. 69, 364367 (2010).
4.Flick, J., Tristram, F. & Wenzel, W. Modeling loop backbone flexibility in receptor-ligand docking
simulations. J. Comput. Chem. 33, 25042515 (2012).
5.Isabella Alvim Guedes. Estudo Estrutural e de Propriedades de Reconhecimento Receptor-Ligante
dos Alvos IKK1, IKK2 e MAPKp38 Utilizando Tcnicas de Modelagem Molecular. (2011).

56

Relao Estrutura-Atividade de Compostos Antituberculose

Usando Mapas de MEP e Docking Molecular
Helieverton G. de Brito1, Sady Salomo S. Alves1, Lu F. S. Oliveira1, Rodrigo S. Rocha e
Jos Ciraco Pinheiro1
1
Universidade Federal do Par
PA-824 e derivados, com atividades contra mycobacterium tuberculosis, foram
estudados. Inicialmente, o mtodo HF/6-31G** foi usado para obter a conformao
mais estvel de cada molcula. A partir dessa geometria, mapas de potencial
eletrosttico molecular e estudo da interao ligante-receptor foram desenvolvidos. A
anlise dos mapas de MEP mostrou que todos os derivados exibem uma superfcie
de contorno na regio prxima do grupo nitro (NO 2), no anel imidazol, caracterizada
por potenciais eletrostticos negativos com valores mais baixos para a densidade
eletrnica em torno de -0,18 u.a. Essa caracterstica indica concentraes da
densidade eletrnica decorrente de eltrons da ligao N-O e de pares no ligados
dos tomos de oxignio no grupo NO2, ou seja, a alta densidade eletrnica na regio
do NO2 no anel imidazol, possivelmente seja decorrente do fenmeno de
ressonncia e pode ser de grande importncia no planejamento de novos compostos
ativos. Os estudos de interao do ligante com o receptor revelaram que a
geometria do complexo formado (ligante-cofator F420) ocorre preferencialmente
disposto no anel imidazol dos ligantes, assumindo a orientao paralela ao plano de
F420, mais especificamente na posio que propicia a transferncia do tomo de
hidrognio do C5 de F420 para o C13 da PA-824 e derivados. Isto tambm
evidenciado atravs da interao ligante-receptor vista nos dados cristalogrficos.
Os resultados obtidos mostram que a distncia entre C13 de PA-824 e derivados ao
C5 de F420 situa-se entre 3,44 e 5,09 , sendo que nos compostos mais ativos esta
distncia apresenta menor valor. Ainda nossos resultados fornecem a energia de
ligao ligante-receptor na faixa de -5,87 e -4,45 Kcal/mol. Experimentalmente a
literatura reporta a distncia entre PA-824 e F420 igual a 4,1 .

57

Predio de redes de interao protica a partir de informaes

estruturais de protenas preditas em genomas de espcies de
Leishmania
Crhisllane Rafaele dos Santos Vasconcelos1,2, Antonio Mauro Rezende2
1
Universidade Federal de Pernambuco, 2Aggeu Magalhes-FioCruz-PE
INTRODUO: De acordo com a Organizao Mundial de Sade estima-se que
ocorram mais de 2 milhes de novos casos de leishmaniose por ano, com mais de
360 milhes de pessoas com risco de contrair a doena. As drogas disponveis para
o tratamento apresentam srias desvantagens, desde alta toxicidade at o
surgimento de resistncia por parte dos parasitos. Atualmente, nenhuma vacina
eficaz foi desenvolvida, apesar da possibilidade de uma vacina ser atestada pelo
fato de que muitos indivduos que j se infectaram uma vez e foram curados so
resistentes s manifestaes clnicas da doena em uma reinfeco. Assim,
aplicaes utilizando uma abordagem sistmica para a descoberta de novos alvos
para frmacos se fazem necessrias. OBJETIVO: Modelar redes de protenas para
L. braziliensis e L. infantum a partir de seus proteomas preditos utilizando
informao estrutural, automatizando e integrando todo o processo. MATERIAIS E
MTODOS: Primeiramente, as ferramentas computacionais para modelagem
proteica, I-TASSER, Phyre2 e Modeller, e para docking macromolecular,
RosettaDock e Zdock, sero avaliadas utilizando como controle protenas de
Tripanossomatdeos com estrutura resolvida e complexos binrios j resolvidos na
base de dados PDB, respectivamente. Posteriormente, estas ferramentas sero
utilizadas com um conjunto de parmetros otimizados para as sequncias de
protenas dos organismos alvos do estudo. Por fim ser realizada a predio das
redes de interao proteica, e em seguida estas redes sero avaliadas quanto a
modularidade, interao e ndices topolgicos, e integradas s redes de interao j
existentes para os organismos alvos. RESULTADOS ESPERADOS: Construo de
redes de interao proteica e automatizao de todo o processo possibilitando assim
a execuo rpida e simples para outros conjuntos de dados. Alm disso,
esperamos, reforar os dados de interao entre protenas j existentes para as
leishmanias, alm de sugerir novos pares de interao. As redes de interao
preditas podero tambm ser utilizadas como mais uma camada de informao para
auxiliar na triagem de potenciais alvos para desenvolvimento de frmacos e vacinas.
Por fim, estes dados ainda podem auxiliar no processo de anotao funcional dos
proteomas preditos destes organismos, visto que 60 por cento dos mesmos no
possui funo definida.

58

The 3D models of Ecto-NTPases CD39 (human) and SmNTPDase1

(Schistosoma mansoni): A comparative analysis
VSP Nunes, P Faria-Pinto, EG Vasconcelos, CCH Borges, PVSZ Capriles
Postgraduate Program in Computational Modeling UFJF/ME, Departament of
Biochemistry UFJF/ME, Departament of Computer Science UFJF/ME
The Ecto-NTPDases (Extracellular Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases)
are enzymes that hydrolyze nucleotide di and triphosphates in the presence of
calcium or magnesium ions, and act in the regulation of extracellular concentrations
of nucleotides. The nucleotides are chemical signals in many physiological processes
such as blood coagulation, cell proliferation, inflammation, and immune response. A
peculiarity of these enzymes is the occurrence of five conserved regions called ACR
(Apyrase Conserved Regions). The structure of Ecto-NTPDases is characterized by:
(i) extracellular domain (called ECD), where is located the five conserved regions
called ACR and the active site; (ii) two transmembrane domains (TM) located near
the N-terminal (N-ter) and C-terminal (C-ter). In mammals, four isoforms of EctoNTPDases have been described (NTPDase1-3 and NTPDase8). The isoform 1 of
human Ecto-NTPDase (called CD39) is expressed in endothelial cells of veins and
arteries, and in some immune cells. A Ecto-NTPDase have been identified in the
tegument of adult worms of Schistosoma mansoni, named SmNTPDase1.
SmNTPDase1 was located on the outer surface of parasite's tegument, anchored in
the membrane through of two TM. Studies have shown a phylogenetic relationship
between the SmATPDase1 and CD39. It was also shown that the SmATPDase1 is
the second most expressed protein on the adult parasite's tegument. Due to the
location of the SmATPDase1, it was proposed that these Ecto-NTPDase participate
in the evasion of the host immune system by parasite. These assumptions reinforce
the importance of research the SmATPDase1 as a drug target candidate for the
schistosomiasis treatment. In the this work, we propose the first three-dimensional
(3D) structure model of the enzymes SmATPDase1 and CD39. The models were
constructed using comparative modeling and structural restriction techniques. We
used BLASTP tool from Protein Data Bank to search for 3D templates. The structures
3CJA and 3ZX3 (both from Rattus norvegicus) were selected according to identity,
similarity, coverage and the presence of ligands in the active site. Due to the absence
of templates for the TM regions, we used TM predictors, secondary structure
predictors to verify concensus regions for TM (and other no-template regions), and
predictors of contacts between TM's residues. The 3D models of CD39 and
SmNTPDase1 were generated by Modeller program. The assessment of 3D models
was performed by Procheck, Molprobity, Molpdf, Normalized DOPE (nDOPE), ProSaWeb and SAVes. We add hydrogens to best models using the Protein Preparation
Wizard tool of Maestro program. In further works, we will use the 3D models of CD39
and SmNTPDase1 in molecular dynamics simulations and in studies of receptorligand docking. We expect that this work can help the investigations about the
structure-based drug design studies for the treatment of human schistosomiasis.
Supported by: CAPES

59

Comparative Modeling of SmATPDase2 (Sm2) and HsNTPDase6

(CD39L2)
VC Souza1,VS Nunes3, EG Vasconcelos2, P Faria-Pinto2, PVSZ Capriles3
1
Departament of Biology -UFJF/ME, 2Departament of Biochemistry-UFJF/ME,
3
Postgraduate Program in Computational Modeling UFJF/ME
Introduction: NTPDase (Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases) are enzymes
involved in purinergic signaling, which hydrolyze nucleoside di- and triphosphated in their
corresponding mononucleotides, with the participation of divalent cations as cofactors
(specially Ca2+ and Mg2+). Structurally, these proteins have five regions well conserved
called ACR (Apyrase Conserved Regions), which contribute to binding of substrate. The
activity of these enzymes is related to control of inflammatory response and platelet
aggregation. In humans, eight members of NTPDases were identified, six membranebound forms (HsNTPDase 1-4,7 and 8) which present two transmembrane helix (TM), and
two forms presenting only one TM (HsNTPDase 5 and 6) and being secreted after
expression. In Schistosoma mansoni, the main agent of schistosomiasis in South America,
was identified two isoforms of NTPDase: (i) the SmATPDase1 is expressed in the
tegument of the adult worm and is connected to membrane by two TM; and (ii) the
SmATPDase2 is expressed and secreted in adults and eggs, similarly to isoforms 5 and 6
of humans. The expression of these NTPDases in S. mansoni is related to the weakening
of the immune and inflammatory response of the host against infections. The inhibition of
the hydrolytic activity of SmATPDases by alkylaminoalkanethiolsulfuric acids was
described in the literature showing the importance of these enzymes as therapeutic target.
The NTPDases are present both in humans and in S. mansoni, and they are
phylogenetically highly related, so it is critical to understand the differences that exist
between these proteins for the development of new therapies with minimal side effects.
The aim of this work is to construct the three-dimensional (3D) model of SmNTPDase2
and HsNTPDase6 (also known as CD39L2) to perform further analysis which can help on
studies of structure-based rational drug design. Methods: The 3D models of
SmNTPDase2 and HsNTPDase6 were constructed using as templates the structures
3ZX3 and 4BR0 (from Protein Data Bank), both NTPDases of Rattus norvegicus. The
structures were selected according to the values of identity, coverage, similarity, presence
of ligands and conserved waters. Predictors of secondary structure were used to verify
regions of consensus and without template as well as the transmembrane region. The
SignalP and ProtParam programs were used for the prediction of cleavage sites and
molecular weight of cleavage proteins, respectively. The results of predictors allowed
mapping the secreted region, corroborating the experimental data of molecular weight
previously reported: (i) ~55KDa for SmNTPDase2 and (ii) ~45KDa for HsNTPDase6. The
models were generated using the software MODELLER9v13. The best model of each
protein was chosen analysing the energy, stereochemistry and conservation of secondary
structure. The protonation of residues was analyzed with PropKa program. The hydrogens
were added using prepwizard tool from MAESTRO program (in pH=7.4). Conclusion: The
analyzes show that both 3D models have good structural quality. The structural
comparison between SmATPDase2 and HsNTPDase6 shows that their 3D structures are
highly conserved, mainly in the active site. Thus, in the next step of this work we will
search alternative druggable pockets and perform molecular dynamics simulations
attempting to determine which alternative pocket(s) will be used for protein-ligand docking
analyzes.
Supporting by: CAPES.

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Hydration shell of the TS-Kappa protein: higher density than bulk

water
Rafael de C. Barbosa1, Marcia C. Barbosa1
1
Instituto de Fsica - Universidade Federal do Rio Grande do Sul

The density of the water molecules in the presence of hydrophobic and

hydrophilic amino acids was studied. Molecular dynamic simulation were employed
to analyze the behavior of hydrated TS Kappa protein in SPC/E and TIP4P-2005
water models. The simulations were performed in the N P T ensemble with the NosHoover thermostat and the Parrinello-Rahmann barostat. The density profile of these
systems were obtained for different temperatures at constant pressure. Two
complementary phenomena were observed. The protein-water system exhibits a
temperature of maximum density higher than the value observed in the pure water
system. The densities of the water in vicinity of the hydrophobic and hydrophilic site
are higher than the density of the water in the bulk. Our results suggest that
interactions between protein and water and the hydrogen bonds water-water are
essential to the understand of these phenomena.

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Computational Prediction of Twenty New nsSNPs Effects in Human

SOD1 in Amyotrophic Lateral Sclerosis
Moreira, L.G.A., De Mesquita, J.F.
Bioinformatics and Computational Biology Group, Universidade Federal do Estado
do Rio de Janeiro-UNIRIO, RJ, Brazil
Single-site mutants in the Cu,Zn superoxide dismutase gene (SOD1) occur in
patients with the fatal neurodegenerative disorder familial amyotrophic lateral
sclerosis (fALS). Our group recently created a database for SOD1
(http://bioinfogroup.com/database) that contains the results of an in silico analysis of
126 SOD1 variants. Recently, twenty new mutations related to ALS have been
described in the ALSOD database. To perform the functional analysis of variants,
twelve different algorithms were used to estimate the functional impact of replacing
one amino acid on protein structure: SNPs&GO, PolyPhen-2, SNAP, PMut, Sift, PhDSNP, nsSNPAnalyzer, TANGO, WALTZ, FoldX, LIMBO and I-Mutant. For the
structural analysis, theoretical models of the variants were created by comparative
modeling using the MHOLline workflow, which includes Modeller and Procheck. The
models were aligned with the native protein using the TM-align algorithm. Evaluate
the mutational effects on protein structure and function of the twenty new variants of
human SOD1 using predictive computational methods and comparative modeling, as
well as update the SOD1 database. Similar to the previously analyzed 126 mutants,
the results indicate that the majority of the new natural mutants are classified as
harmful to protein structure and stability, three variants increase the aggregation
tendency, and one variant decreases the chaperone-binding tendency. Furthermore,
the majority of variants show alterations in their three-dimensional conformations,
supporting structural alignment RMSD values ranging from 0.13 to 0.49 and TMscores ranging from 0.99823 to 0.99923. Thus, the results confirm a correlation
between SOD1 mutations and fALS. The SOD1 database is the first database to
merge structural and functional analyses of SOD1 in fALS. Updating the database
with the newly described mutations is very important for a better understanding of the
molecular basis of fALS.

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Estudos de docagem molecular de neolignanas como inibidoras de

Purina Nucleosdeo Fosforilase de Schistosoma mansoni
Fbio J. B. Cardoso1, Lourivaldo S. Santos1, Luciana P. Xavier2, Fbio A. de Molfetta1
1
Laboratrio de Modelagem Molecular-Instituto de Cincias Exatas e NaturaisUniversidade Federal do Par
2
Instituto de Cincias Biolgicas-Universidade Federal do Par
A esquistossomose uma doena parasitria crnica causada pelo parasito
trematodo do gnero Schistosoma. Trata-se de uma doena endmica em 77 pases
com alta prevalncia em pases tropicais e subtropicais. De acordo com a
Organizao Mundial da Sade estimado que cerca de 800 milhes de pessoas
estejam em risco de infeco e que 390-600 milhes possuem a doena. No Brasil
existem aproximadamente 25 milhes de pessoas vivendo em reas endmicas,
sendo que de 4-6 milhes esto infectadas com a doena. Atualmente, o nico
frmaco disponvel para o tratamento da esquistossomose o praziquantel que
ativo contra a forma adulta do parasito, o que limita seu uso no estagio prvio da
infeco. Neolignanas so substncias promissoras que compreendem uma classe
de produtos naturais, com uma diversidade de estruturas qumicas e propriedades
biolgicas, que podem ser um conjunto de molculas atrativas para o
desenvolvimento de um candidato a frmaco. A enzima purina nucleosdeo
fosforilase (PNP) um alvo promissor devido seu importante papel na via de
salvao de purinas. Estudos mostraram que o S. mansoni no possui uma via de
sntese e depende somente da via de salvao para reproduo e manuteno. Isso
indica que a interrupo da via de salvao pode ser letal para o parasito. Neste
trabalho foi realizado um estudo docagem molecular com 70 neolignanas tendo
como alvo-macromolecular a enzima PNP, recuperada do banco PDB com o cdigo
3FNQ. Nesta etapa foi utilizado o programa AutoDock Vina 1.1.2, com os resultados
obtidos foi feita uma anlise dos valores de energia de interao, observando-se que
as dez estruturas mais bem pontuadas apresentaram valores de energia variando de
-10,1 a -9,2 kcal/mol. Essas molculas foram escolhidas para verificar as interaes
entre os ligantes e a enzima PNP, atravs do programa LIGPLOT +1.4.5. Foi
observado que os ligantes selecionados fazem ligaes de hidrognio com pelo
menos trs resduos de aminocidos, sendo que a maioria apresenta interao com
o aminocido ASN245, e de acordo com Perreira e colaboradores os resduos
ASN245, TYR202 e GLU203 possuem importante participao na ligao e reao
cataltica da enzima, sendo estes fundamentais na estabilizao da poro purina do
substrato, pois mantm a molcula em posio favorvel para que a clivagem e
fosforilao posteriores ocorram.
Palavras-chave: Schistosoma, neolignanas, purina nucleosdeo fosforilase e
docagem molecular.

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Busca de potenciais inibidores para a GAPDH de Leishmania

mexicana atravs de tcnicas de modelagem molecular
Krisnna M. A. Alves1, Luciana P. Xavier2, Fabio A. de Molfetta1
1
Laboratrio de Modelagem Molecular Instituto de Cincias Exatas e Naturais
Universidade Federal do Par
2
Instituto de Cincias Biolgicas Universidade Federal do Par
A leishmaniose uma doena causada por parasitos do gnero Leishmania, que
atinge, principalmente, pases tropicais. No Brasil, mais de 90% dos casos humanos
da doena se concentram na regio Nordeste, havendo, ainda, focos expressivos
nas regies Centro-Oeste, Norte e Sudeste. Apesar de apresentar baixas taxas de
mortalidade, ela apresenta altas taxas de morbidade, o que acarreta a reduo da
qualidade de vida das pessoas contaminadas. Os frmacos disponveis atualmente
para o tratamento da doena, alm de serem poucos, so inadequados, sobretudo,
devido elevada toxidez e ao surgimento de casos de resistncia. Com isso, na
busca de novas alternativas para o tratamento, vrios alvos tm sido propostos
como potenciais para o planejamento de frmacos leishmanicidas, entre eles
encontra-se a enzima gliceraldedo-3-fosfato desidrogenase (GAPDH), que atua na
fosforilao oxidativa do gliceraldedo-3-fosfato (G3P) para 1,3-bifosfoglicerato (1,3BPG), em uma das etapas da via glicoltica. A via glicoltica uma das principais
fontes de adenosina trifosfato (ATP) e estudos indicam uma forte dependncia dos
tripanossomatdeos por essa via para a obteno da energia necessria a sua
sobrevivncia. Com o objetivo de identificar possveis inibidores para a GAPDH de
Leishmania mexicana, foi realizada uma triagem virtual de ligantes no ZINCPharmer,
que um software livre que busca, a partir de pontos farmacofricos, compostos
venais no banco de dados ZINC. Posteriormente, foi feita a docagem molecular com
os ligantes selecionados e a enzima, cuja estrutura foi recuperada do Protein Data
Bank (PDB) com o cdigo 1I32, utilizando os programas Dock 6.5 e Autodock Vina
1.1.2. Em seguida, foi realizada uma anlise consensual das energias obtidas e
foram escolhidos os dez melhores ligantes. Nestes, foi feita uma inspeo visual das
interaes efetuadas no stio ativo da enzima atravs do software PoseView 1.1.2 e
anlise toxicofrica no Online Chemical Database, culminando na seleo de cinco
compostos. Os resultados mostraram-se promissores, visto que os compostos
selecionados apresentaram interaes com resduos importantes, como Cys166,
His194, Arg249, Ser247, Thr167, Thr197. Pesquisas realizadas com a GAPDH de T.
cruzi, cuja enzima apresenta 83,84% de similaridade com a enzima GAPDH de L.
mexicana, revelaram que os resduos Cys166 e His194 so essenciais para a
atividade cataltica e o resduo Arg249 auxilia no correto posicionamento do
substrato e na remoo do produto do stio ativo, alm disso, este resduo tem sido
apontado como fundamental para a estabilizao de cargas em volta do stio do
fosfato orgnico (Ps).
Palavras-chaves: Leishmaniose; Planejamento de Frmacos; GAPDH; Inibidores;
Docagem Molecular.

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Determinao de Complexos entre Protenas

usando Dados Experimentais Esparsos
Samuel Reghim Silva1, Rinaldo Wander Montalvo1
1
Instituto de Fsica de So Carlos, Universidade de So Paulo
A maioria dos processos celulares depende da formao de complexos
macromoleculares. Informaes estruturais sobre tais complexos em resoluo
baixa a intermediria podem ser obtidas por vrias tcnicas. Para alta resoluo, a
cristalografia de raios X incomparvel. Entretanto, h casos em que possvel
cristalizar as unidades moleculares individualmente, mas no como um complexo, e
casos em que um cristal pode ser obtido para um complexo mas no em uma
conformao biologicamente relevante. Vrios programas de computador tm sido
desenvolvidos para estabelecer estruturas de complexos em alta resoluo.
Este projeto objetiva o desenvolvimento de novos mtodos computacionais
para a determinao de estruturas de complexos entre protenas em alta resoluo,
usando informao experimental esparsa. Para isso, est sendo desenvolvido um
novo programa de computador para o uso de dados oriundos de EPR Double
Electron-Electron Resonance (DEER) e Cryo-Electron Microscopy (Cryo-EM).
Foi identificado o uso combinado de modelos geomtricos avanados e de
Chemical Shifts de espectroscopia por Ressonncia Magntica Nuclear, EPR
Double Electron-Electron Resonance e Cryo-Electron Microscopy como a
abordagem mais promissora, j que os dados experimentais so facilmente obtidos
(ao menos quando comparado com outros observveis) e comparavelmente ricos
em informaes estruturais. Assim, este sistema ir complementar o uso de
Chemical Shifts no mtodo CamDock.
planejado fornecer uma nova ferramenta padro para a comunidade de
biologia estrutural usar na predio de grandes complexos, que compem as
unidades funcionais das clulas, ao invs da predio de estruturas individuais de
protenas ou pequenos complexos proteicos, que constituem a vasta maioria das
estruturas no Banco de Dados de Protenas. Espera-se que o uso de dados
experimentais complementares permita melhorar a qualidade da modelagem de
complexos proteicos.
Referncias:
MONTALVAO, R. W., et al. Structure determination of protein-protein
complexes using nmr chemical shifts: case of an endonuclease colicin-immunity
protein complex. Journal of the American Chemical Society, v. 130, n. 47, p. 1599015996, 2008.
DUNCAN, B. S.; OLSON, A. J. Approximation and characterization of
molecular surfaces. Biopolymers, v. 33, n. 2, p. 219-229, 1993.
Projeto realizado com o apoio da Fundao de Amparo Pesquisa do Estado
de So Paulo (FAPESP), projeto nmero 2013/20929-4.

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AutoModel, a graphical interface for protein homology

modeling: Refining loops and remote access.
J. L. Almeida Filho1 e J. H. Fernandez1
1

LQFPP-CBB; Universidade Estadual do Norte Fluminense

Homology modeling is today an important tool in structural biology, used to obtain

three-dimensional structure and functional information of non-chrystalizing proteins or
helping to construct large quantity of protein-ligand models of interaction. However,
modeling softwares are complex and have a hard-to-use user interface, hindering the
daily use. In this context, we are developing the AutoModel, semi-automatic clientserver software for protein homology modeling. As new alternative, now AutoModel
may be installed as standalone architecture. The main goal of AutoModel is to
provide a friendly graphical interface to biologist and allow user to control several
parameters of modeling experiment in a distributed architecture. Our system facilitate
new users to interact in a full homology modeling pipeline as follow: 1- Searching
structural templates; 2- Sequence alignments; 3- Protein modelling; 4- Model
refinement and 5- Loop refinement. At the end of the modeling experiment user can,
yet, view a report of stereochemical parameters of the model, calculated by
Procheck. Our modeling pipeline and selected protocol for loop refinement is based
in the AutoModels engine: the Modeller software. Beyond the modeling pipeline in
graphical interface, module changes were made in the way that AutoModel Client
and server communicates at better performance, simulating network stability. The
main change in communicating protocols were the transfer of part of the
responsibility in handling data of AutoModel Server to Client module, reducing the
number of remote calls procedure and data transfer volume during modeling
experiments. AutoModel is based on PYTHON and distributed as it under GLP
license.
Grants: FAPERJ, INCT-EM.

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In Silico Analysis of Polymorphisms of the ANG Protein in

Amyotrophic Lateral Sclerosis
Pires, V. S.; Silva, J.G.; De Mesquita, J. F.
Bioinformatics and Computational Biology Group, UNIRIO, RJ, Brazil
Angiogenin (ANG) is a protein with a well-known role in angiogenesis. Recently,
many researchers have associated angiogenin with the stress response in motor
neurons via stress granules. This function can explain the correlation between Amyotrophic Lateral Sclerosis type 9 and mutations in angiogenin. In this study, natural
variants of ANG were subjected to in silico analysis using ten different algorithms:
SNPeffect, PolyPhen-2, PhD-SNP, PMUT, SIFT, SNAP, I-Mutant, SAAPdap,
SNPs&GO and nsSNPAnalyzer. Structural theoretical models were created for the
variants through comparative (Modeller, RosettaCM, SWISS MODEL, M4T, Hhpred
and Phyre 2) and ab initio (i-Tasser and Rosetta) modeling. The predicted models
were evaluated using TM-align and compared with an ANG structure in the Protein
Data Bank. Evaluate the mutational effects on protein structure and function of the
SNPs of human ANG using predictive computational methods and modeling, as well
as develop the ANG database. The results showed that, according to at least one
algorithm, each single-nucleotide mutation appears to have a harmful effect on the
protein. The structural prediction results were compared with an ANG structure
present in the Protein Data Bank using the alignment algorithm TM-align. The models
achieved high accuracy according to TM-align. The RMSD values of the modeled
mutants indicated a likely pathogenicity for all of the missense mutations. This work
shows that mutations in ANG affect its functionality and structure. A human-curated
database was generated that enables biologists and clinicians to explore ANG nsSNPs, including predictions of their effects and visualization of the alignments of both
the wild-type and mutant structures. The database is freely available at http://bioinfogroup.com/database/ and will be regularly updated.

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Structural characterization of a new Tn-binding lectin from the

seeds of Vatairea macrocarpa
Sousa, B. L.1, Silva-Filho, J. C.1, Kumar, P3., Rocha, B. A. M.1, Delatorre, P.2, Bezerra, G.
A.4, Nagano, C. S.1, Gruber., K.3, Cavada, B. S.1
1

Universidade Federal do Cear, 2Universidade Federal da Paraba, 3Karl-Franzens

University (Graz ustria), 4Max F. Perutz Laboratories (Vienna ustria).

Lectins are a structurally very diverse class of proteins which bind mono- and
oligosaccharides reversibly and with high specificity, but without enzymatically
modifying them (Sharon & Lis, 1995, Rini, 1995). Legume lectins represent the
largest and most thoroughly studied lectin family, comprising a large group of
homologous carbohydrate-binding proteins (Sharon & Lis, 1990). A few galactose/Nacetylgalactosamine (Gal/GalNAc) binding lectins isolated from legume plants have
proven to be useful as markers in cancer histochemistry. The increased presence of
GalNAc containing epitopes on the surface of cancerous cells is one of the
signatures of the altered glycosylation pathway (Brooks, 2000), and amongst these
epitopes the Tn-antigen (GalNAc--O-Ser/Thr) is one of the most specific human
tumor-associated structures. Present in mucin-type O-glycans, the Tn-antigen has an
epithelial origin and is shielded in both healthy and benign-diseased tissues, but
uncovered in approximately 90% of carcinomas (Desai, 2000 ). Structural analysis of
Tn-binding lectins is of considerable interest for elucidating the mechanism of specific
protein-carbohydrate recognition as well as for engineering novel binding activities in
legume lectins. Here we present the crystal structures of a legume lectin from the
seeds of Vatairea macrocarpa (VML) in complex with GalNAc and Tn-antigen at 1.7
and 1.4 resolution, respectively. The structural data is supported by Isothermal
Titration Calorimetry (ITC) assays. Additionally, molecular docking simulations were
performed to better understand the binding of this lectin to naturally occurring Omucins. This is the first crystal structure of a GalNAc binding legume lectin from the
Dalbergieae tribe.

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Estudo por modelagem computacional das classes Delta e Epsilon

da glutationa S-transferase obtidas da espcie Anopheles darlingi.
Marina Luiza Saraiva Mller1, Ronaldo Correa da Silva1,2, Jonas Frana da Cruz1, Nelson
Alberto de Alencar1,2,Maryene Wilde Melo1 , Antonio Pereira Silva Neto1, Adonis de Melo
Lima1,2
1
Faculdade Integrada Brasil Amaznia, Belm-PA-Brasil, 2Universidade Federal do
Par, Belm-PA-Brasil
As classes Epsilon e Delta da famlia de enzimas glutationa S-transferases, atuam
como protenas essenciais na eliminao de inseticidas organoclorados, que ainda
so utilizados em larga escala para o controle de espcies responsveis pela
propagao de inumeras doenas. Essas macromolculas possuem como cofator a
glutationa (GSH), que atravs de uma reao de eliminao transforma o
diclorodifeniltricloroetano (DDT) em diclorodifenildicloroetileno (DDE). Visando
desvendar o mecanismo de resistncia aos inseticidas este trabalho realizou uma
modelagem por homologia das duas classes de GST's mais expressivas do
mosquito Anopheles darlingi, o principal vetor neotropical da malria. Para a
construo do modelo terico foram utilizadas como alvo duas sequencias de
aminocidos (GenBank ID: ETN63518.1, correspondente a classe delta e GenBank
ID: ETN60208.1, correpondente a classe epsilon) Aps seleo foram retirados do
Protein Data Bank os moldes que obtiveram a melhor homologia (PDB ID: 1JLV,
para a classe delta e PDB ID: 2IMI, para a classe epsilon). O software Modeler 9.10
foi usado para modelagem computacional, gerando modelos que posteriormente
foram avaliados pelos servidores Rampage, Anolea, Verify 3D e CHARMM. Um
alinhamento global, realizado com o servidor ClustalW, mostrou uma identidade de
35,85%. O stio de acoplamento do cofator glutationa nas duas macromolculas foi
localizado na cavidade formada entre as regies C e N-terminal, chamado de stio G.
Com o servidor CHARMM (Chemistry at Harvard macromolecular mechanic) foi
possvel visualizar o mapa de energia eletrosttica das protenas, observando-se
poucas regies de energia negativa nas duas molculas. Informao essa
constatada pelo servidor Anolea, que gerou um grfico definindo as regies de alta e
baixa energia. O grfico de Ramachandram resultante, produzido com o servidor
Rampage obtendo em ambos 97,7% dos ngulos das cadeias principais dos
aminocidos em posies favorveis. Para avaliar a compatibilidade entre a
sequncia primria com o seu perfil tridimensional foi utilizado o servidor VERIFY
3D, onde 98,62% dos resduos para a proteina da classe Delta e 84,94% para a de
classe Epsilon se apresentaram acima da medida de 0,2, que assegura um modelo
compatvel. O RMSD (root mean square deviation), clculo dos desvios entre os
tomos do molde e do modelo foram de 0,096 para a enzima da classe Delta e
0,286 para a da classe Epsilon. A semelhana entre as estruturas tridimensionais
dos modelos construidos assegura a proximidade evolutiva e funcional entre as duas
classes. Analisando as validaes possvel afirmar a boa qualidade dos modelos
concebidos, que posteriormente vo ser utilizados para um estudo mais profundo
dos processos moleculares de desintoxicao do mosquito Anopheles darlingi.

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Estudos computacionais e sntese de potenciais inibidores da

cruzana de T. Cruz
Luan Carvalho Martins1, Luana Faria da Cruz2, Rafaela Salgado Ferreira2, Renata Barbosa
de Oliveira1
1
Faculdade de Farmcia da Universidade Federal de Minas Gerais, 2Instituto de
Cincias Biolgicas da Universidade Federal de Minas Gerais
O Tripanossoma cruzi o agente etiolgico da doena de Chagas, que acomete
cerca de 7 milhes de indivduos no mundo. Benzonidazol, a nica opo
quimioterpica atualmente disponvel para tratamento, apresenta eficincia limitada
e toxicidade significativa. A cisteno protease cruzana essencial para a
sobrevivncia e virulncia do parasito, e inibidores desta enzima apresentam
atividade tripanocida in vitro e in vivo. Partindo de um inibidor competitivo da
cruzana, da classe das indolpirimidinas (Ki = 2 M), no peptdico e de baixo peso
molecular, compostos estruturalmente similares foram sintetizados. Estas molculas
apresentam um ncleo 7-cloro-quinolnico ligado a uma amina secundria no
carbono 4 e um grupo morfolino na poro terminal da cadeia lateral. Os compostos
foram sintetizados, em uma etapa, a partir da reao entre a 4,7-dicloroquinolina e a
amina correspondente, com rendimentos variando de 11 a 21%. Os compostos
sintetizados foram avaliados in vitro contra a cruzana, por meio de ensaios
enzimticos, sendo identificado um composto que inibiu 79% da atividade enzimtica
na concentrao de 100 M. Estudos de determinao da potncia e mecanismo de
ao deste composto esto em andamento. Paralelamente, estudos de docking
foram executados com o programa AutoDock 4, sugerindo possveis modos de
ligao do inibidor enzima. A partir destes resultados iniciais, uma srie de
anlogos do inibidor ser planejada e avaliada por docking molecular, permitindo a
priorizao

de

bioquimicamente.

novas

molculas

serem

sintetizadas

caracterizadas

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Structural Perspective of CTX-M: An Important Group of BetaLactamases Involved in Bacterial Resistance

Rebeca Cristina Costa Pereira1, Paula Alvarez Abreu2 e Helena Carla Castro1
1
LABiEMol Laboratrio de Antibiticos Bioqumica e Modelagem Molecular,
Universidade Federal Fluminense, Niteri, RJ; 2LaMCiFar Laboratrio de
Modelagem Molecular e Pesquisa em Cincias Farmacuticas, Ncleo em Ecologia
e Desenvolvimento Scio-Ambiental de Maca (NUPEM), Universidade Federal do
Rio de Janeiro, Campus Maca, RJ, Brasil
The production of -lactamase is the most common mechanism of antibiotic
resistance occurring in a variety of important pathogens involved in hospital-acquired
and community-acquired infections. -lactam antimicrobials were perhaps the most
used antibiotics and still remain as important, despite the increased incidence of
resistance. CTX-M family is one of the most variants found in clinical cases and
belong to the ESBLs group that is considered a public health concern, due to its
capacity of hydrolyze extended-spectrum cephalosporins. The aim of this work is to
evaluate the structure of the CTX-M-16, CTX-M-9, CTX-M-14, CTX-M-27, CTX-M-15
and TOHO-1 and the binding mode and interaction of the -lactam antibiotics
ceftadizime and cefotaxime with these enzymes. Our alignment of the primary
sequence of the proteins shows a high similarity between them with values of identity
percentage ranging between 82% and 99%. The catalytic site and the serine residue
involved in the catalytic activity are conserved in all enzymes described here as
expected. The root mean square deviation (0.48 ) resulting from structural
alignment of the enzymes revealed the high conservation of the 3D structure. The
structure of CTX-M-15 presented more positive regions, whereas CTX-M-9 and CTXM-14 showed more electronegative regions compared to the other enzymes. The
regions with such differences include the catalytic site, affecting the interaction of
these enzymes with substrates and/or inhibitor. The molecular docking study was
carried out using AutoDock4 evaluating the different binding profile of Cefotaxime and
Ceftazidime with CTX-M-16 (PDB:1YLW) and TOHO-1 (PDB:1IYQ). Docking results
analysis of Cefotaxime and CTX-M-16 revealed a binding energy of -2.68 Kcal/mol,
hydrogens bond with S70, N104, N132, T235, and S237, and interactions with Y105,
S130, N170, T216 and R276. The complex Cefotaxime and Toho-1 (-3.13 Kcal/mol)
showed hydrogens bonds with N132 and S237, and interactions with S70, N104,
S130, N132, N170, T216, T235, S237 and R276. Ceftazidime and CTX-M-16
complex (-2.93 Kcal/mol) showed hydrogens bonds with N104, Y105, S130, N132
and R276, and others interactions with Y129, T216, T235, G237, S237 and R276.
Ceftazidime and Toho-1 (-3,05 Kcal/mol) showed hydrogens bond with N104, S237
and interactions with S70,N104, Y105, P167, N170, T216, S237, and D240. That
results show that the D240G is influencing not only spatially, but also interacting with
antibiotics The understanding of the CTX-Ms structure and similarities is important to
identify conserved regions that allow designing inhibitors with higher affinity and
efficiency against all or most of the CTX-Ms produced by resistant bacteria and that
have been considered extended-spectrum lactamases (ESBLs) more prevalent in
recent decades.

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Computational Prediction of Spatial Epitopes in Soybean Allergen

Proteins
Figueiredo, R.G.A., Cardoso, M.H., De Mesquita, J.F.
Bioinformatics and Computational Biology Group, Universidade Federal do Estado
do Rio Janeiro-UNIRIO, RJ, Brazil
Allergies to foods derived from plant sources have been identified as some of
the most common food allergies. The plants containing allergenic food proteins
include peanuts, tree nuts, soybeans, and wheat. Approximately 20% of the
population in industrial countries suffer from food allergies; 8% of children and 12%
of adults have some type of food allergy. Because of their nutritional and functional
benefits, soybean (Glycine max) proteins are being used increasingly in a number of
food products. New processing methods have created a generation of soybean
protein isolates with mild flavors and aromas, as well as improved functionalities.
These soybean proteins can be incorporated into a variety of food products at levels
high enough to have an effect on the health of soybean-sensitive individuals. This
has driven food industry and soybean chemists to define the protein components
responsible for soybean allergenicity and to develop hypoallergenic soybean
products. The allergenic proteins were obtained by mining the PubMed and
Allergome databases. Sequences were obtained from the UniProt database, and
protein templates were downloaded from the RCSB protein data bank. Templates
were analyzed using the protein antigen spatial epitope prediction webserver
(SEPPA) for predicting possible spatial epitopes. Prediction of epitope regions in
soybean Glycine max allergenic proteins. The prediction of spatial epitopes by
SEPPA shows regions that are less likely to be epitopes to regions that indicate the
most probable epitopes. In this study, 32 proteins were analyzed and 8 protein
structures were obtained and showed high allergenicity. The prediction of epitope
regions in soybean Glycine max enables further studies for better understanding the
binding between Glycine max proteins and IgE antibodies to decrease soybean foodproduct allergies.

72

In silico assessment of anti-inflammatory potential of three

diterpene acids from sunflower
Ccera Luana Cruz Tavares1, Ccera Jacielly de Matos Cassiano1 e Diniz Maciel de Sena
Junior 1
1
Programa de Mestrado em Bioprospeco Molecular, Departamento de Qumica
Biolgica, Universidade Regional do Cariri - URCA, Crato - CE
Helianthus anuus L. (Asteraceae) is a popular plant known as sunflower. Its
commercial usage ranges from edible oils to pharmacological products, with known
anti-inflammatory action. In this work we assess the interactions of grandiflorolic,
kaurenoic and trachylobanoic acids with COX-2 by means of molecular docking
calculations, using the AutoDock program. Their molecular structure were optimized
at the MP2 level of theory, with 6-31G(d,p) basis set, using G.A.M.E.S.S. software.
Protein structure was obtained from the Protein Data Bank repository, with six
different substances: diclofenac, naproxen, flurbiprofen, arachidonic acid, SC-558
and celecoxib, which also had their structures optimized at the same level of theory,
and were also docked to their parent proteins. Binding energies and nearby residues
were then compared, showing that the diterpene acids bind stronger than most antiinflammatories, except celecoxib and SC-558, which are COX-2 selective.
Grandiflorolic acid showed the lowest binding energies, while trachylobanoic acid
showed the highest ones of the group.

73

Structural stability in amyloidogenic and non-amyloidogenic variants

of the Transthyretin protein by MD Simulations under high pressure.
Reinaldo S. de Oliveira Jnior (PG)1, Debora Foguel(PQ)2, Pedro G. Pascutti(PQ)1
Biophysics Institute Carlos Chagas Filho IBCCF/UFRJ, Medical Biochemistry Institute
IBqM/UFRJ* Federal University of Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.

Introduction: The formation of insoluble amyloid fibers is a characteristic of many

diseases known as amyloidosis. The transthyretin (TTR) is a homo-tetramer protein of 55
kDa and 127 residues per monomer. Over of one hundred mutations have been
described for the structure of transthyretin related to amyloid diseases such as Familial
Amyloid Polyneuropathy (FAP), characterized by the deposition of amyloid aggregates in
the peripheral nervous system.
Methodology: The dissociation and denaturation of TTR variants have been studied in
different conditions of temperature, pH and pressure. In the previous studies our group
has described that the non-amyloidogenic variant as T119M has great stability under 3.0
Kbar, pH 7.5, and 1 C (ref. 1) compared with amyloidogenic. We used Gromos96_53a6
Force Field, Reaction Field (radius 1.4 nm) in electrostatic treatment; SPC/E water
model, cubical box, 5 ns simulation for stabilization the hydrated layer of protein and ions.
Consecutive simulations totalize 400 ns, 25 ns for each pressure step of 0,5 kbar,
temperature of 1 C, pH 3,0, and pressure enhancement from 1,0 bar 1,0 atm to 3,5
kbar.
Results and Discussion: Multiple and sequential Molecular Dynamics (MD) simulations
of WT - and V30M-TTR dimmers were performed at high pressure (up to 3,5 kbar) and in
explicit water to assess the structural stability of transthyretin. It was explored the
conformational space available to the polypeptide chain upon protein unfolding, and
identified potential structural changes leading to amyloid assembly. The analysis of
molecular properties such as secondary structure, hydrogen bonds, and solvent
accessible surface area along the MD unfolding trajectories clearly demonstrate that
V30M-TTR has a much higher tendency to unfold than WT-TTR. These results are in
agreement with previously published experimental data on the conformational stability of
dimmers of several TTR variants.
References:
1. Foguel D. et al.; J Mol Biol. (2003); 328(4):963-74.
2. Chiti F, Dobson, CM (2006). Annu Rev Biochem.; 75:333366.
3. Feller SE, Zhang Y, Pastor RW, Brooks BR (1995). J Chem Phys 103:46134621.

74

Inibidores da enzima Malato-Sintase do Paracoccidioides spp: uma

abordagem por ancoragem molecular e dinmica molecular
Fausto Guimares Costa; Ricardo Lemes Gonalves ; Benedito Rodrigues da Silva
Neto; Raisa Melo Lima ; Ceclia Maria Alves de Oliveira; Luclia Kato; Clia Maria
de Almeida Soares; Maristela Pereira e Roosevelt Alves da Silva .
1 Ncleo Colaborativo de BioSistemas, Universidade Federal de Gois, Jata, Gois,
Brasil;
2 Laboratrio de Biologia Molecular, Instituto de Cincias Biolgicas, Universidade
Federal de Gois, Goinia, Gois, Brasil;
3 Laboratrio de Produtos Naturais, Instituto de Qumica, Universidade Federal de
Gois, Goinia. Gois, Brasil.
Os fungos do gnero Paracoccidioides so agentes etiolgicos da paracoccidioidomicose, a mais importante micose sistmica, que afeta o homem, da Amrica Latina.
Como em vrios patgenos humanos, a enzima malato sintase exerce um papel crucial na patogenicidade e virulncia deste fungo. Inibidores para Malato sintase so
candidatos a atuarem como antifngicos, pois podem ser txicos para o fungo e incuos para o hospedeiro humano. A presente proposta tem como objetivo selecionar
compostos com afinidade enzima malato sintase do Paracoccidioides brasiliensis
(PbMLS) que possam corresponder a sua inibio. Para isto, proposto inicialmente
um modelo de PbMLS usando o servidor I-Tasser e a partir de simulaes de dinmica molecular com o software GROMACS. As estruturas mais provveis, aps 200
nanosegundos de simulao, foram classificadas e empregadas nos estudos de ancoragem molecular. Os principais modos de interao entre PbMLS e alguns alcalides so identificados, e a forma de inibio desta enzima descrita em detalhes. A
estrutura predita de PbMLS foi tambm usada na prospeco de ligantes a partir de
um banco de ligantes. Atravs da ferramenta Auto Dock Vina, cinco compostos foram selecionados do banco de ligantes ZINC por apresentarem caractersticas comuns na forma de interagir com PbMLS em relao aos alcalides de maior atividade inibitria. Uma descrio detalhada dos mecanismos de interao entre PbMLS e
os principais compostos ser apresentada.

75

Isohemigossypolone como inibidor da Metalloprotease de

Bothrops pauloensis: Uma abordagem por ancoragem molecular e
dinmica molecular
Gonalves R.L; Vieira S.A.P.B; Mendes M.M; Silva R.A.
Ncleo Colaborativo de Biossistemas, Universidade Federal de Gois.
Instituto de Gentica e Bioqumica, Universidade Federal de Uberlndia.
Cincias Biolgicas, Universidade Federal de Gois.

Venenos de cobras geralmente apresentam uma complexa mistura de protenas,

peptdeos, carboidratos, lipdeos, ons metlicos e outros compostos orgnicos,
entretanto protenas e peptdeos representam aproximadamente 90% do peso seco
do veneno. Uma vez inoculados essas molculas causam efeitos locais e sistmicos.
O veneno das Bothropic (Jararacas), causam efeitos locais devastadores em pouco
tempo aps a picada, dentre os efeitos podemos citar os mais graves como os
danos no tecido muscular, pele, vasos sanguneos e clulas sanguneas os quais
podem levar a uma necrose severa daquele local.
Plantas so usadas a milhares de anos pela humanidade para o tratamento de
vrias doenas, e hoje a rea de estudos no campo dos fitofrmacos detm uma
ateno considervel para a medicina, e so a base para o desenvolvimento de
vrios frmacos sintticos usados para o tratamento de diversas doenas.
O composto isohemigossypolone (ISO) um naphthoquinone extrado da casca
da Pachira aquatica (Family Bombacaceae), j era conhecido como um excelente
antifngico, entretanto em nossos estudos foi utilizado para neutralizao do veneno
de Bothrops pauloensis. Os resultados in vitro e in vivo mostram que eficiente para
inibir vrios componentes do veneno e neutralizar vrios de seus efeitos, sendo um
timo candidato a frmaco.
Neste estudo, atravs de simulaes de ancoragem molecular, temos verificado
os modos da interao entre ISO e metalloprotease (BthMP), uma das principais
molculas responsveis pelos efeitos danosos. Ns identificamos 4 conformaes
do receptor que foram determinadas por dinmica molecular para incluir a
flexibilidade da estrutura cristalina nos testes de ancoragem molecular. Os principais
stios de ligao entre as duas molculas e os aminocidos chaves da interao
entre ISO e BthMP foram identificados. As informaes extradas deste estudo so
importantes para a validar a eficincia desse composto e fornecem uma base
importante para o design de outros potenciais inibidores para BthMP.

76

Estudo quimiometrico de Artemisininas Leishmanicida

Willianm A. Consolao1, Rodrigo S. Rocha1, Lu F. S. Oliveira1, Jlio L. S. Miranda 1,
Helieverton G. de Brito, Sady S. S. Alves1, Jos Ciraco Pinheiro1
1
Universidade Federal do Par
A Leishmaniose uma doena parasitria endmica encontrada em todo o mundo.
Em humanos causada por trs diferentes espcies de leishimania: L. donovani,
que causa leishmaniose visceral; L. tropical que causa leishmaniose cutnea; L.
Brasiliense, o agente da leishmaniose americana. A literatura reporta que
artemisininas e derivados apresentam atividade leishmanicida. Neste trabalho, a
artemisinina e alguns derivados foram estudados. O mtodo da qumica quntica
B3LYP/6-31g* foi usado para obter as estruturas mais estveis para os compostos e
descritores moleculares foram calculados a partir das propriedades de cada
estrutura. Mtodos de analise exploratria (PCA-Principal Component analysis e
HCA-Hierarchical cluster analysis) permitiu separar os compostos em mais ativos e
menos ativos e, finalmente a aplicao de mtodos de reconhecimento de padres
(SIMCA-Soft Indepedent Modeling of Class Analogy, KMN-Kth Near Neighbor e SDAStepwise discriminant analysis) foram usadas para obter as classes (mais ativas e
menos ativas). Os descritores responsveis pela separao foram: E HOMO-1(energia
do orbital ocupado um nvel abaixo), ASA_P (rea do solvente acessvel dos polares)
e AsAC (nmero de tomos assimtricos) e a equao da pca so: PC1=0,55EHOMO1+0,57ASA_P+0,62AsAC. Essa equao mostra que os compostos ativos podem
ser obtidos quando temos baixos valores para E HOMO-1 combinado com maiores
valores de ASA_P e maior nmero de tomos assimtricos. A aplicao dos mtodos
de reconhecimento de padres tambm classificaram os compostos em mais ativos
e menos ativos. Os modelos desenvolvidos podero ser utilizados no planejamento
de novos compostos e indicao dos mais promissores para snteses e ensaios
biolgicos.

77

Propriedades Estruturais e Eletrnicas da Teobromina: Dinmica

Molecular e Teoria do Funcional de Densidade
Lauriane G. Santin1, Solemar S. Oliveira2, Ademir J. Camargo2 Alessandra Albernaz1,
Ricardo Gargano1
1
Universidade de Braslia, 2Universidade Estadual de Gois

A Teobromina (3,7-dimethylxantine ou 3,7dimethyl-1H-purine-2,6-dione) um dos

principais compostos presente no cacau, assim como a Cafena, sendo que a
Teobromina encontrada em maiores propores. A Teobromina tambm um dos
metablitos da cafena. Esses compostos so derivados metlicos das xantinas e
so classificados como alcaloides. Sua frmula molecular C7H8N4O2 e o seu
peso molecular 180.164 g/mol. Estimulante do sistema nervoso central e dos
msculos cardacos, estudos recentes mostram tambm que a Teobromina um
potente antitussgeno, por exercer influncia sobre o sistema respiratrio [1,2]. A fim
de contribuir com a consolidao dos conhecimentos cientficos acerca desta
molcula realizamos o estudo das propriedades geomtricas e eletrnicas da
Teobromina. A dinmica molecular ab initio da teobromina foi realizada atravs do
mtodo de Car-Parrinello, que utiliza a mecnica clssica para descrever o
movimento inico, obtido das solues das equaes de Newton, e a aproximao
de Born-Oppenheimer para separar as coordenadas nucleares e eletrnicas [3]. Em
seguida, os parmetros geomtricos, tais como ligaes interatmicas e ngulos de
ligaes, e as propriedades eletrnicas, tais como frequncia, polarizabilidade, GAP
de energia (HOMO-LUMO), foram obtidos usando a Teoria do Funcional de
Densidade B3LYP e M06L com os conjuntos de funes de base 6-31G(d,p) e 6311++G(2d,2p) atravs do programa Gaussian09 [4].
Palavras chaves: Teobromina, Car-Parrinello, Propriedades Eletrnicas.
Agradecimentos: CAPES e ao CNPq.

Referncias:
[1] Ucun F., Saglam A., Guclu V. Spectrochimica Acta Part A, 2007. 67, 342349.
[2] Usmani, O. S. The Faseb Journal. 2005. 19, 231-233.
[3] Car & Parrinello. Phys. Rev. Lett. 1985. 55, 24712474.
[4] Gaussian 09, Revision D.01, Frisch M. J. et al. Gaussian, Inc., Wallingford CT,
2009.

78

Clculo do perfil de energia livre de complexao da Quercetina com a

beta-Ciclodextrina por simulaes de Dinmica Molecular
Tabata Cruz Manoel e Alexandre Suman de Araujo
Instituto de Biocincias, Letras e Ciencias Exatas IBILCE/UNESP
A incidncia de doenas alrgicas vem aumentando no Brasil, sendo
atualmente de 35% da populao. Em 1996, a asma foi a terceira causa de
internaes hospitalares do gasto total anual, gerando um gasto de 76 milhes de
reais ao SUS, e o terceiro maior valor gasto com uma doena. Os tratamentos contra
doenas alrgicas submetem o paciente a uma baixa qualidade de vida e ainda
assim se mostram ineficientes, por isso, se torna necessria a busca de novos tipos
de tratamentos. Dentre os diversos compostos com potencial ao anti-alrgico
podem-se destacar os flavonides, porm tais molculas possuem baixa
solubilidade, resultando, assim, em uma baixa biodisponibilidade. Uma maneira de
aumentar a sua biodisponibilidade a forma]o de complexos de incluso com
molculas carregadoras, como a ciclodextrina.
As ciclodextrinas (CD) so oligossacardeos cclicos que possuem estrutura
rgida representada como um cone truncado oco de cavidade hidrofbica e exterior
hidroflico. Esses oligossacardeos interagem com uma ampla variedade de
molculas formando complexos de incluso. Devido essa caracterstica as
ciclodextrinas tem sido objetivo de ateno nas pesquisas farmacuticas para
atuarem como carregadores. Esses complexos de incluso j so utilizados em
diversos medicamentos, porm, pouco se sabe sobre o fenmeno envolvido na
entrega do frmaco clula em nvel atmico/molecular.
Um dos mecanismos tericos que descreve essa entrega prope uma troca da
molcula de flavonide por uma de colesterol entre a CD e a membrana celular.
Assim, ao se aproximar da membrana, a CD libera o flavonide, tira uma molcula
de colesterol da membrana, e a molcula de flavonide entra na membrana pela
perturbao causada pela retirada do colesterol. Dessa forma, antes mesmo de
estudar a interao do complexo CD/flavonide com modelos de membrana,
importante entender a fsico-qumica envolvida na formao do complexo de
incluso CD/flavonide.
Neste trabalho apresentamos o clculo do perfil de energia livre de
complexao da quercetina com a beta-ciclodextrina utilizando simulaes de
Dinmica Molecular e o mtodo Adaptive Biasing Force (ABF). O objetivo obter a
conformao de menor energia livre, j que resultados estruturais experimentais no
esto disponveis, que ser, posteriormente, aplicada em investigaes da interao
desse complexo com modelos de membrana.

79

Theoretical model and molecular dynamics simulation of Importin-

from Neurospora crassa.
Agnes A. S. Takeda1, Angelo J. Magro1, Marcos R. de M. Fontes1,*
1
Departamento de Fsica e Biofsica, Instituto de Biocincias, Universidade Estadual
Paulista, Botucatu, SP, 18618-970, Brasil
Neurospora crassa has been widely used as a model organism and contributed to
the development of biochemistry and molecular biology by allowing the identification
of many metabolic pathways and mechanisms responsible for gene regulation.
Nuclear proteins are synthesized in the cytoplasm and need to be translocated to the
nucleus to exert their functions which the Importin- receptor has a key role for the
classical nuclear import pathway. In an attempt to get structural information of the
nuclear transport process in N. crassa, herein we present the theoretical model and
molecular dynamics simulations with N-terminally truncated IMP from N. crassa
(IMP-Nc). The full-length sequence of IMP-Nc was submitted to HHpred server
and the Importin- (Kap60p) from Saccharomyces cerevisiae (PDB ID 1wa5_chain
B) was selected as template for the initial modeling of the theoretical IMP-Nc
structural models: (i) models comprising the the IBB (Importin beta binding) domain
(IMP-Nc-IBB), and (ii) models devoid IBB (IMP-Nc-IBB). Variable target function
method (VTFM) with conjugate gradients (CG) and molecular dynamics (MD) with
simulated annealing (SA) were used to refine the models. The best theoretical
models were submitted to MD simulations using the program GROMACS v.4.5.3. All
simulations were executed in presence of explicit water molecules, GROMOS 96
53a6 force field, and 20 ns of unrestrained MD simulation were calculated to evaluate
the stability of the structures. The Brown-Forsythe test was used to analyze the
variance deviation of the backbone r.m.s.d. of IMP-Nc-IBB and IMP-Nc-IBB
models after 10 ns of MD simulation. The IMP-Nc theoretical model displayed high
similarity of its inner concave surface, which binds the cargo proteins containing the
nuclear localization sequences, among IMP from different species. The presence of
non-conserved amino acids relatively close to the NLS binding region may influence
the binding specificity of IMP-Nc to cargo proteins. The MD simulations indicated
both models stabilization, however it was observed that IMP-Nc-IBB model
present higher variation of the average backbone r.m.s.d. oscillation in comparison
with IMP-Nc-IBB model, suggesting that the IMP-Nc unbound to any ligand may
present low stability in solution. This information was corroborated by previous
experimental data of dynamic light scattering and analytical size-exclusion
chromatography experiments and may explain the requirement of a ligand in the NLS
binding site region to possibly the crystallization of IMP.

80

A differential geometry approach for ensemble analyses

Antonio Marinho da Silva Neto1, Rinaldo Wander Montalvo1
1
Instituto de Fsica de So Carlos, Universidade de So Paulo, So Carlos, So
Paulo, Brasil

The use of NMR-restrained Molecular Dynamics for determination of

conformational ensembles of proteins allow the exploration of conformational change
on different time-scales and creates new opportunities for chacracterizing protein
flexibility. Our main objective is use structural ensembles produced by NMRrestrained Molecular Dynamics for computing entropy
contribution to changes in energy related to flexible protein-protein and proteinligand docking. We employ a Residual Dipolar Coupling Restrained Molecular
Dynamics method (FIGURE 01) developed by our group in collaboration with Michele
Vendruscolo to generate conformational ensembles of Ubiquitin and RNAse and
explore those ensembles. Here we present a initial statistical analyses of such
ensembles using differential geometry descriptors. We use the the ARASBESQUE
method for create the C spline representation and calculate of torsion, curvature
and others descriptors for each ensemble conformation. A statistical analyses were
carried out on the data of each conformation of the ensemble to identify regions of
high flexibility on the protein strucure. A differential geometry description has shown
to be a good alternative for representation and analyses of such ensemble due to its
simplicity, sensitivity and low computaional cost.

Figure 01: NMR-restrained Molecular Dynamics method used for generation of

conformational ensembles. The MD force field is modifiied to include theoretical RDCs
calculated from structures present on each replica and compare to experimental RDC data.

81

MODELAGEM COMPARATIVA DA ENZIMA L-ASPARAGINASE TIPO

II DE Pseudomonas fluorecens
Maryene Wilde Melo1, Antonio Pereira Silva Neto1, Marina Luiza Saraiva
Mller1,Jonas Frana da Cruz1, Adonis de Melo Lima1,2; Nelson Alberto N. de
Alencar1,3; Ronaldo Correia da Silva1,2
1
Faculdade Integrada Brasil Amaznia, CEP 66040-174 Belm, PA, Brasil.
2
Laboratrio de Tecnologia Biomolecular, Universidade Federal do Par (UFPA)
3
Laboratrio de Planejamento e Desenvolvimento de Frmacos (UFPA)
Email: profronaldocorreia@gmail.com, tel +55 91 8867-2036
Introduo: A enzima L-asparaginase responsvel por catalisar a hidrlise do
aminocido L-Asparagina em cido asprtico e amnia. Enzimas deste grupo so
utilizadas na indstria farmacutica no tratamento de Leucemia, em virtude de sua
atividade antineoplsica. Estudos demostram que a enzima L-asparaginase tipo II de
Pseudomonas fluorescens apresentam atividade semelhante s de E. coli (EcAII),
que so utilizadas como frmacos antitumorais. Neste cenrio, evidencia-se a
importncia de pesquisar L-asparaginases provenientes de outros microrganismos
que tambm possuam potencial teraputico, mas com menores efeitos colaterais.
Mtodos: A estrutura 3D da L-asparaginase de Pseudomonas fluorescens foi
predita por modelagem comparativa, utilizando-se o programa Modeller para gerar o
modelo terico. A validao dos modelos obtidos foi realizada considerando a
qualidade estereoqumica, energia do sistema e distncia dos carbonos- (RMSD),
atravs do grfico de Ramachandran, ANOLEA e software Pymoll, respectivamente.
Alm disso, a distribuio das cargas eltricas na superficie da enzima foi estudada
atravs do Mapa de Potencial Eletrosttico, pelo servidor Solver PQB. Resultados e
discusso:
O
alinhamento
revelou
homologia
com
a
enzima
asparaginase/glutaminase de Pseudomona 7A (cdigo PDB: 4PGA). O stio
cataltico apresentou-se conservado no modelo construdo, com os seguintes
resduos que interagem com o substrato dipeptdio: Thr13, Tyr27, Thr93, Asp94,
Lys166 e Glu287. A comparao entre os mapas de potencial eletrosttico do alvo e
da referncia revelam similaridade entre as molculas na distribuio das cargas,
com a regio do stio ativo apresentando baixa densidade de eltrons em ambas, o
que favorece o ataque nucleoflico. Concluso: O grau de similaridade de sequncia
significativo com o domnio cataltico, aliado com as caractersticas eletrostticas
indicam que o stio ativo se conservou durante o processo evolucionario e sugere
conservao da funo enzimtica da L-asparaginase de Pseudomonas fluorescens.
Espera-se que estes resultados possam contribuir para a compreenso da funo
biolgica da enzima e desenvolvimento futuro de frmacos a partir de Pseudomonas
fluorecens.
Palavras chaves: Asparaginase, Pseudomonas fluorecens, Homologia estrutural
Refefncias:
BHATTACHARYA, A. et al. Assessing model accuracy using the homology modeling
automatically software. Proteins, v. 70, p. 105118, 2008.
JAKOB, CG. et al. Ion Binding Induces Closed Conformation in Pseudomonas 7A
Glutaminase-Asparaginase. Biochem, v. 36, p. 923-931, 1997.

82

MOLECULAR MODELING OF PROTEIN COVR OF

STREPTOCOCCUS MUTANS- A PROMISING TARGET AGAINST
HUMAN CARIOGENESIS
Jonas Frana da Cruz1, Marina Luiza Saraiva Mller1, Maryene Wilde Melo1, Antonio
Pereira Silva Neto1, Adonis de Melo Lima1,2, Ronaldo Correia da Silva1,2,
Nelson Alberto N. de Alencar1,3
1
Faculdade Integrada Brasil AmazniaFIBRA , CEP 66040-174 Belm, PA, Brasil.
2
Laboratrio de Tecnologia Biomolecular, Universidade Federal do Par (UFPA)
3
Laboratrio de Planejamento e Desenvolvimento de FrmacosLPDF (ICEN/UFPA)
Email: nalencar@ufpa.br, tel +55 91 8858-9490
Streptococcus mutans is the main pathogen of dental caries in humans,
because it can accumulate in the biofilm um the presence of sucrose, produce and
tolerate high concentrations of acids, which cause demineralization of teeth.
Moreover, S. mutans is involved in the etiology of bacterial endocarditis, a disease
whose evolution involves the formation of biofilm on damaged heart valves. S.
mutans expresses several surface proteins involved in bacterial adhesion and
accumulation in biofilms. These include the glucosiltransferase (encoded by gtfB,
gtfC, and gtfD), which synthesize extracellular glucans from sucrose, and glucan
binding proteins (encoded by gbpA, gbpB, gbpC and gbpD). The genes gtfB/C/D and
gbpB/C are directly controlled by the regulatory protein CovR. In S. mutans, CovR
regulates several genes involved in biofilm formation (gtfB/C and gbpB/C), in
biosynthesis of the cell envelops and in stress responses. In this study, the three
dimensional structure of CovR has been determined by molecular homology. The
modeler 9.13 was applied to generate the theoretical model. The result obtained by
homology was also validated considering the Root Mean Square deviation (RMSD).
The stereochemical quality of the model obtained was checked with MOLPROBITY.
Furthermore, the quality of the model was evaluated using verify3D, ProsA and
ANOLEA. The 117 amino acids, forming the initial portion of the protein showed
82.1% identity with the template PDB code 2A9O. In this region, two helices (1 and
5) are found on one side of the centrally located, parallel beta-sheet, and three
helices (2, 3 and 4) are found on the opposite side. The active side of CovR has
several conserved residues that are expected to play a role in the function of the
protein. The modeling by homology showed consistency with the known experimental
data and show that the protein structures of CovR tend to be well conserved like in
others response regulators.

83

Triplet Entropy Analysis and Molecular Modeling of Hemagglutinin

as Tools for Understanding Influenza Virus Phylodynamics
Agnes A. S. Takeda1, Gunther J. L. Gerhardt2, Jos Luiz Rybarczyk-Filho1
1
Departamento de Fsica e Biofsica, Instituto de Biocincias, Universidade Estadual
Paulista, Botucatu, SP, 18618-970, Brasil
2
Departamento de Fsica e Qumica da Universidade de Caxias do Sul, Rua
Francisco Getulio Vargas, 1130 95001-970 - Caxias do Sul, RS - Brasil
The influenza virus has been a challenge to science due to its ability to withstand
new environmental conditions. Taking into account the development of virus
sequence databases, computational approaches can be helpful to understand virus
behavior along time. Furthermore, they can suggest new directions to deal with
influenza. This work presents triplet entropy analysis as a potential phylodynamic tool
to quantify nucleotide organization of viral sequences and molecular modeling
analysis to evaluate changes in the antigenic sites. The application of this measure to
segments of Hemagglutinin (HA) from H1N1 and H3N2 virus subtypes has shown
some variability effects along timeline, inferring about virus evolution. Sequences
were divided by year and compared for virus subtype (H1N1 and H3N2). The
nonparametric Mann-Whitney test was used for comparison between groups. The
program Modeller 8v2 and the template Hemagglutinin - HA1 subunit (PDB ID:
1RUZ) were used to built the theoretical structural models of HA fragment,
corresponding to each year analyzed for both virus subtypes. The variable target
function method (VTFM) with conjugate gradients (CG) and molecular dynamics
(MD) with simulated annealing (SA) were used to refine the models. Overall
stereochemical and fold quality of the theoretical IMP structural models were
evaluated to select the best HA models. These models were submitted to the
ConSurf server for estimating the evolutionary conservation of amino acid positions
in HA based on the phylogenetic relations between homologous sequences of each
group. Results show that differentiation in entropy precedes differentiation in GC
content. Moreover, both triplet entropy as well as GC concentration show intersection
in 2009, year of the recent pandemic. Preliminary structural analysis has shown that
the HA1 antigenic sites are the regions containing major amino acid substitutions.
Some conclusions about flu possible evolutionary lines were drawn and may
contribute for understanding influenza behavior.

84

Molecular modeling of proteins containing

WD-40 motifs in Leishmania spp
Kaio Moraes de Farias1,2, Marclia Pinheiro da Costa1, Cludia do Pessoa1,2,3, Diana
Magalhes de Oliveira2
1
Laboratrio de Oncologia Experimental (LOE), Universidade Federal do Cear UFC, 2 Programa de Ps-Graduao em Biotecnologia - RENORBIO, 3FioCruzFundao Oswaldo Cruz, CE

Figure 1

Figure 2

Keywords: Leishmaniases; flagella proteins; conserved domains.

Previous bioinformatics studies in Leishmania spp. have uncovered around 160
members of WD-40 repeat (WDR) genes in genomes of these well-recognized
flagellate protozoa. WDR genes comprise a subset of protein coding elements
(around 2%) found in all eukaryotes, whose implication in a wide variety of key roles
in diverse cellular functions and pathways turn them into prospective targets for drug
design against Leishmaniases. The common and defining feature of these proteins is
the Trp-Asp (WD), also called WD-40 motif, a ~40-amino acid stretch typically ending
in Trp-Asp, but exhibiting only limited amino acid sequence conservation. A canonical
WD repeat displays a strictly conserved organization and structure. It is composed of
44 to 60 amino acids forming a core region and of a more variable region. The core
region is in most cases delimited by the dipeptides Gly-His (GH) and Trp-Asp (WD) at
the N and C termini, respectively (Fig.1). Here we apply predictive bioinformatics
analyses, by using molecular modeling structural homology, to catalog some of WDR
genes/proteins and their corresponding conserved motifs in Leishmania genomes.
Databases searches from NCBI, GeneDB and ChlamyDB were used for obtain
flagellated sequences of Leishmania spp; and programs such as the variants of
BLAST for homology, SuperFamily and SMART for structure-based classifications
through to quite specific sub-family classifications. For 3D modeling of protein was
used EasyModeller and ESyPred3D with visualization of 3D structures modeled by
RCSB - Shop Protein Viewer. WD40 domain-containing proteins in Leishmania spp
have up to 14 repeat units, all of which are thought to form a circularized betapropeller structure (Fig. 2). Even, the seven WDRs in our modeled protein for
LmjF35.3880 are arranged in a ring to form a propeller structure with seven blades
(Fig. 2A), LmjF18.0830 - fourteen blades, LbrM18.0920 - thirteen blades and
LinJ18.0830 - seven blades, just as it occurs in G; each blade of the propeller
consisting of a four-stranded antiparallel sheet oriented so that the outer surfaces
of the torus are composed of the sheet edges, whereas the turns protrude from the
two flat surfaces (Fig. 2B). The results provide sequence and structural features in
order to infer predictive functional assignments of the WDR protein superfamily in
three species of Leishmania.
Acknowledgment: CNPq, CAPES and FUNCAP.

85

Estudo Terico dos parmetros geomtricos da molcula de

Hydrazone usando Dinmica Molecular Car-Parrinello
Solemar Silva Oliveira1, Hamilton Barbosa Napolitano1 e Ademir Joo Camargo1
1
Unidade Universitria de Cincias Exatas e Tecnolgicas, Universidade Estadual
de Gois (UnUCET-UEG)
Azinas ou di-iminas so compostos contendo o fragmento R 1R2C=N-N=CR3R4
na sua estrutura. Estes compostos tm recebido ateno especial devido sua
importncia como intermedirios na sntese de drogas e substncias com diversas
atividades farmacolgicas. As suas aplicaes biolgicas conhecidas incluem aes,
entre outras, anticonvulsivante, anti-bacteriana, antiparasitrias, insecticidas, antiinflamatria, anti-oxidante e anti-tumoral. Neste trabalho, realizamos clculos de
dinmica para uma hydrazona especfica, a Oximade 1 - (4-nitrofenil) -, hidrazona, e
determinamos os parmetros geomtricos usando o Mtodo de Dinmica Molecular
de Car-Parrinello (DMCP). Comparamos o resultado da dinmica com resultados
obtidos usando a Teorida do funcional da densidade (TFD), implementado no pacote
gaussian. A idia bsica por trs do procedimento DMCP resolver
simultaneamente as equaes de movimento para as coordenadas nucleares e para
os orbitais de Kohn-Sham que descrevem os estados eletrnicos do sistema. Na
prtica, o procedimento computacional comea com uma minimizao padro inicial
dos orbitais de Khon-Sham e, aps a convergncia, a dinmica fictcia dos orbitais
mantm a funo de onda do sistema perto da superfcie da Born-Oppenheymer
para cada nova configurao inica. A simulao de dinmica molecular ab initio foi
realizada utilizando o cdigo de Car-Parrinello implementado no pacote Quantum
ESPRESSO, que uma implementao original do esquema fundamental da
dinmica molecular de Car-Parrinello. A estrutura eletrnica foi tratada dentro da
aproximao de gradiente generalizado, por meio do funcional de correlao de
Perdew-Burke-Ernzerhof (PBE). Pseudopotenciais ultrasoft de Vanderbilt foram
empregados para representar as interaes eltron-ncleo. Estes pseudopotenciais
ultrasoft foram retirados do padro do Quantum ESPRESSO. Neste contexto,
comparamos nossos resultados com dados experimentais de cristalografia e
verificamos uma excelente concordncia.

86

Estudos da interao de peptdeos antimicrobianos com modelos

de membranas por simulaes de Dinmica Molecular
Rafaela Magalhes Tavares1, Alexandre Suman de Araujo1
1
Universidade Estadual Paulista/Instituto de Biocincias Letras e Cincias Exatas
O veneno de vespas constitudo por diferentes tipos de componentes com
atividades biolgicas diversas. Um melhor entendimento da composio deste
veneno vem despertando grande interesse, especialmente nas reas farmacolgica
e mdica. Os mastoparanos so os componentes mais abundantes no veneno de
vespas. So peptdeos helicoidais, anfipticos e catinicos que, entre diversas
funes biolgicas, possui a ao antimicrobiana. O fato dos mastoparanos serem
peptdeos catinicos aumenta sua afinidade por membranas compostas por
fosfolipdeos aninicos, como as de bactrias, o que explica sua funo
antimicrobiana e sua capacidade degranuladora. Entretanto, alguns apresentam
ao hemoltica, o que indica que os mastoparanos tambm agem sobre
membranas compostas em sua maior parte por fosfolipdeos neutros, o que torna
importante o melhor entendimento da interao de tais peptdeos com essas
membranas.
Simulaes de Dinmica Molecular (DM) so utilizadas para investigar a
estrutura e funo de biomolculas. Com essa tcnica possvel descrever as
posies, as velocidades e as orientaes dos tomos e molculas que constituem o
sistema investigado em funo do tempo. As interaes entre os componentes dos
sistemas modelados so descritos por um potencial clssico que envolve termos de
energia relacionados a interaes ligadas e no-ligadas. A forma do potencial
juntamente com o conjunto de parmetros que descrevem cada tipo de interao
so denominados de campo de foras.
O presente trabalho tem como objetivo investigar, por simulaes de DM, as
interaes e conformao mais estvel do peptdeo Polybia MP-I (MP-I) com uma
bicamada de 1-palmitoil-2-oleilfosfatidilcolina (POPC), usada como modelo de
membrana, em soluo. O peptdeo estudado um mastoparano isolado do veneno
da vespa social Polybia paulista, sendo constitudo por 14 resduos de aminocidos,
possui carga lquida +2 e apresenta ao antibacteriana, antitumoral e no
hemoltico. Utilizamos o mtodo Adaptive Biasing Force (ABF) para obter o perfil de
energia livre do processo de insero do peptdeo MP-I em bicamadas de POPC em
duas orientaes distintas.

87

PARAMETRIZAO DO PENTASSACARDEO DE HEPARINA E

SIMULAO DE DINMICA MOLECULAR DO COMPLEXO
HEPARINA-HEPARINASE
Dametto, M1,2; Torres, PHM1,2, Fernandes TVA1,2 e Pascutti, PG1,2
1
Laboratrio de Modelagem e Dinmica Molecular, Instituto de Biofsica Carlos
Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ, 2Diretoria de
Metrologia Aplicada s Cincias da Vida, Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade
e Tecnologia - INMETRO
A heparina usualmente utilizada como frmaco anticoagulante na prtica
mdica, como em cirurgias cardacas e hemodilise. A capacidade anticoagulante da
heparina est relacionada sua ligao com antitrombina. Aps ligao com a
heparina, a antitrombina ativada e interage com a trombina, inibindo-a e
promovendo o processo de anticoagulao. A ligao antitrombina-heparina ocorre
especificamente e com alta afinidade devido a um pentassacardeo presente na
molcula de heparina. Entretanto, menos de 1/3 das sequncias de heparina obtidas
nas preparaes comerciais so ativas como anticoagulante. Alm disso, a
distribuio mundial de formulaes de heparinas contaminadas em 2007 causou
preocupao quanto confiabilidade e segurana da heparina proveniente de
animais. Desta forma, aumentou-se a busca por um mtodo de baixo custo para a
preparao de heparina sinttica. Contudo, a sntese qumica heparina sinttica
comercial tem mais de 50 passos e um rendimento de ~ 0.1%, portanto, um
frmaco muito caro. Neste trabalho, pretendemos desenvolver uma heparinase que
cliva a molcula de heparina num tamanho suficiente para que esta tenha atividade
anticoagulante. A enzima deve lisar a cadeia de heparina no terminal redutor de seu
pentasacardeo reconhecido pela antitrombina, possibilitando a obteno de
formulaes farmacolgicas mais puras e homogneas, e evitando o risco da
presena de contaminantes. Nesta etapa inicial, simulaes de docking indicaram a
melhor orientao do pentassacarideo de heparina em relao heparinase e o
pentassacardeo sulfatado foi parametrizado utilizando-se o programa Gaussian 09.
Simulaes de dinmica molecular mostraram que o pentassacardeo parametrizado
estvel e simulaes do complexo heparina-heparinase esto em curso para
anlise das interaes moleculares, visando possibilitar a sugesto de mutaes na
heparinase que otimizem a clivagem do pentassacardeo.

88

Molecular design and biological evaluation of Neq0054 as

TcGAPDH inhibitor with tripanocidal activity
Ribeiro, J. F. R. 1; Rocha, J. R. 1 , Wiggers, H. J. 1, Cheleski, J.1, Sartori, G.R.1 e Montanari,
C. A.1
1
Grupo de Qumica Medicinal, Instituto de Qumica de So Carlos - Universidade de
So Paulo
The Gyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (TcGAPDH), an enzyme of
the T. cruzi glycolytic pathway, was studied as target for the design of new inhibitors
employing methods such as Ligand- and Target-based Virtual Screening (LBVS and
TBVS, respectively). Subsequently, the most promising TcGAPDH inhibitor, Neq0054,
was confirmed to have in vitro trypanocidal activity against amastigote form of T.
cruzi from Tulahuen strain. For selection of potential TcGAPDH inhibitors, the ZINC
database containing nearly 2.5 million compounds was assessed through several
molecular FILTERs, leading to a sub collection of approximately 450 thousand
structures that were scored by molecular docking according to their complementarily
of interactions with the target enzyme. Thus, twelve compounds that showed to be
promising as ligands were selected, purchased and tested against the TcGAPDH in
kinect assays using Isothermal Titration Calorimetry. The results revealed that the
compounds Neq51, Neq53 and Neq0054 have K i values of 11.9 4 M, 71.0 3 M
and 35.5 5 M, respectively. Studies in vitro for trypanocidal activity using the
amastigote form of T. cruzi from Tulahuen strain showed that the compound Neq0054
exhibited EC50 value of 37 M.
The predicted binding mode for the enzime-Neq0054 complex obtained by
molecular docking showed interactions with key amino acids residues into
Glyceraldehyde-3-phosphate (G3P) site such as T167, T226, S224, S247 and R249.
An H-bond between the nitrogen of quinoline ring and NAD+ along with cation-
interaction was observed between R249 and Neq0054. Molecular dynamics
simulations were used to gain insight into the effect of ligand and protein flexibility
over the predicted complex. The MD simulations were run for 10 ns in a truncated
octahedral box of TIP3 water molecules in twenty replicates using ff12SB force field
in AMBER14 software package. Neq0054 moved away from molecular docking
predicted binding mode (RMSD 5-6 ) during equilibration steps in all four chains
and remaining almost stable in it new position during production steps. On three
monomers, the dihidroxyphenyl ring of ligand established interactions with residues
T167, T197, T199 and S247, but it is observed a distinct behavior of the ligand on the
chain C of the enzyme (pdb code: 1ML3). In this case, the molecule moved away
from molecular docking predicted binding mode with a RMSD slightly lower (ca. 4 )
than the other chains and positioned the quinoline ring near S247 and T167, despite
the absence of hydrogen bond interaction.

89

Nor--Lapachona Como Provvel Inibidor Cataltico da Enzima

Topoisomerase II Humana
Bruno Marques Soares1, Bruno Colho Cavalcanti1, Daniel Pascoalino Pinheiro1, Ftima de
Cassia Evangelista de Oliveira1, Marclia Pinheiro da Costa1, Eufrnio Nunes da Silva
Jnior2, Jairo Diniz Filho1, Manoel Odorico de Moraes1 e Claudia do Pessoa1.
1:
Departamento de Fisiologia e Farmacologia, Universidade Federal do Cear
2:
Departamento de Qumica, Universidade Federal de Minas Gerais
As naftoquinonas so amplamente distribudas na natureza. Vrias drogas
importantes clinicamente com a poro quinona tem demonstrado boa atividade
anticncer. Estudos sobre as propriedades antitumorais e mecanismo de ao dos
derivados de quinona mostraram-se capaz de atuar como inibidores de
topoismerase. O objetivo do presente estudo foi avaliar atividade citotxica da
naftoquinona Nor--Lapachona e sua possvel interao com a enzima
topoisomerase II humana. O ensaio do MTT foi utilizado para avaliao da
citoxicidade em seis linhagens tumorais e em clulas mononucleadas do sangue
perifrico (CMSP) por 72 horas, o composto doxorrubicina foi utilizado como controle
positivo. O docking molecular foi utilizado para determinar interao entre nor-lapachona e topoisemarase II humana utilizando-se a sute AutoDock. A Nor-Lapachona mostrou-se citotxica frente s linhagens tumorais testadas com CI 50
variando de 0,258 a 1,299 g/mL e maior que 2,28 g/mL para CMSP. Durante o
docking molecular da Nor--Lapachona foi possvel observar afinidade somente com
uma subunidade da poro ATPase da topisomerase II humana, com energia de
-7,13 kcal/mol (Figura 1.). Desta forma, pode-se sugerir possvel inibio cataltica
da enzima topoisomerase II como um dos mecanismos de ao da Nor-Lapachona. Estes dados, bem como outros estudos do nosso prprio grupo e
relatados na literatura, reforam que o composto estudado tem promissor potencial
anticncer. Apoio: CNPq, CAPES, FUNCAP, Biotechcell.

Figura 1. Ligao da Nor--lapachona topoisomerase II humana. Esferas verdes

representam pontes de hidrognio (aminocido: ILE311).

90

Estudos por Modelagem molecular da enzima nucleosdeo

hidrolase de Trichomonas vaginalis
Juliana do Nascimento Silva1, Magdalena Nascimento Renn1
Laboratrio de Modelagem Molecular e Pesquisa em Cincias Farmacuticas
(LamCiFar) Curso de Farmcia, Universidade Federal do Rio de Janeiro Campus
Alosio Teixeira. Av. So Jos do Barreto So Jos do Barreto, Maca RJ.
1

Trichomonas vaginalis um protozorio parasita causador da tricomonase, doena

sexualmente transmissvel, com incidncia anual no mundo superior a 180 milhes
de casos [1]. A nucleosdeo hidrolase (NH) uma enzima chave na rota de captao
de purinas, presente em T. vaginalis e ausente em mamferos, representando um
excelente alvo para o desenvolvimento de novos candidatos a frmacos, para a
quimioterapia desta doena [2,3]. Este trabalho tem como objetivo, a partir do
modelo tridimensional da enzima NH de T. vaginalis (TvgNH) construdo por
modelagem por homologia, realizar o estudo das interaes por docking molecular
dos substratos e de potenciais inibidores, descritos na literatura, para esta enzima, e
realizar o estudo de toxicidez in silico dos mesmos. A partir dos resultados de
docking molecular ser realizado o estudo de dinmica molecular. O modelo da
TvgNH foi construdo no servidor Swiss-Model Workspace, pelo modo alinhamento
mltiplo, utilizando como molde a estrutura cristalogrfica da NH de Crithidia
fasciculata (Cdigo PDB 2MAS), com base no alinhamento mltiplo realizado entre
as sequncias de NH de microrganismos e de TvgNH no servidor ClustalW 2.1. A
geometria do modelo foi otimizada no programa Swiss-PDBViewer 4.1, para
validao utilizou-se os servidores PROCHECK, o Verify3D Structure Evaluation e o
ProSa-Web. A fim de se propor a especificidade de substrato da enzima foi realizado
estudos de docking molecular com os substratos de NH (inosina, adenosina,
guanosina, uridina) e um substrato sinttico (p-nitrofenil--D-ribofuranosdeo).
Selecionou-se potenciais inibidores de NH, descritos na literatura e, foi utilizado o
programa Osiris Property Explore para realizar clculos de toxicidade in silico dos
mesmos. Foram realizados estudos de docking molecular destes inibidores no
modelo de TvgNH. No stio ativo desta enzima, a maioria dos resduos de
aminocidos so conservados, com a diferena de que no molde h a His241 e no
modelo a Ala250, sendo que essa diferena pode influenciar diretamente na
preferncia de substrato pela TvgNH. Em relao toxicidade, apenas o pnitrofenilriboamidrazona apresentou alerta de toxidez, os demais inibidores
apresentaram baixo risco de causarem mutagnicidade, tumorigenicidade, efeitos
irritantes e efeitos na reproduo. O composto que apresentou melhores valores
para inibio foi p-nitrofenilriboamidrazona, apresentando o maior nmero de
interaes no stio ativo proposto para a TvgNH. Diante dos resultados apresentados
no docking molecular dos substratos, deve ser realizada a dinmica molecular, para
auxiliar no estudo para a predio do tipo de NH que este protozorio apresenta.

91

New Inhibitors of the Enzyme Acetylcholinesterase Derivatives Cardanol

Borges, N. M1*, Silva, M. A1, Kiametis, A. S1, Martins, J. B. L2, Romeiro, L. A. S3 e
Gargano, R1
1
Institute of Physics - IF, Universidade de Braslia, 2Institute of Chemistry - IQ, Universidade de Braslia, 3Department of Pharmacy, Universidade de Braslia
Alzheimer disease (AD) is a progressive neurodegenerative disorder, and the
causes of AD have not been clearly understood. It has been observed that the
suppression of acetylcholine (ACh) leads to a massive loss of capacity of central
nervous system. AChE is an enzyme that catalyses the hydrolysis of the
neurotransmitter ACh at the synaptic cleft into its two components choline and acetic
acid and for that reason some acetylcholinesterase inhibitors (AChEI) have been
used as a therapeutic strategy for the deficiency in ACh in patients with AD. This
work, a group of ten different compounds was designed to be modelled. We use the
calculation of electronic structure and principal component analysis (PCA) to select
statistically structures of new acetylcholinesterase inhibitors that best correlate with
the donepezil, an active drug. The molecular geometries of all compounds were
optimized using DFT, with hybrid functional B3LYP and 6-311+G(2d,p) basis set, in
order to find the most stable conformers. We obtained a set of descriptors and
considering the combination of descriptors, Low Energy, Refractivity, GAP and PKa
for the PCA technique of pattern recognition, once observed that candidate LDT161
well correlated with the donepezil. Together, PC1 and PC2, account 93.5% the
information about the correlation, ensuring a good confidence in our theoretical
results. At the second step the compounds were synthesized and tested. The IC50
for the candidate LDT161 was 6.6 M. The AChE inhibition data for the compounds
of the series A (considered the heterocyclic amines as pyrrolidine and piperidine,
their hydroxyl derivatives (positions 2, 3 and 4) position and some acetyl and
carbamoyl derivatives of them.) revealed that non-substituted heterocyclic amines as
pyrrolidine (LDT148) and piperidine (LDT140) showed a better profile than the
hydroxylated derivatives (LDT254, LDT255, LDT256), including those with acetyl
(LDT151) and carbamoyl (LDT152) groups. Considering the compounds of the series
B (included the benzylamine derivatives as a simplification of the pharmacophoric
moiety as can be found in some active drugs like donepezil and rivastigmine) some
interesting conclusion can be drawn from tests and values of IC50. The compounds
with a 2-methoxy group at the benzylamine moiety (LDT161, LDT167) showed a
better AChE inhibitor profile than benzylamine non-substituted compound (LDT160)
and were the best compounds among all evaluated. The theoretical predictions are in
agreement with the biological activity test applied to these compounds so we are able
to infer the desired inhibitory action of our drug candidate. With these results in mind,
new methods will be applied, such as docking and molecular dynamics.
Work supported by CNPq and CAPES.

92

Papel das restries estereoqumicas, -stacking, interaes de

hidrognio e multiplicidade de interaes na seletividade de
ligantes acetilcolinesterase humana
Rafael Eduardo Oliveira Rocha, Leonardo Henrique Franca Lima
Universidade Federal de So Joo del Rei
Introduo
Um alvo de grande interesse no planejamento
de
frmacos
anti-Alzheimer

a
acetilcolinesterase humana (hAChE)1. Um
dos medicamentos hoje utilizados para o
tratamento dessa doena a galantamina
(GNT), um alcalide obtido de plantas da
famlia Amarylidaceae, e atividade inibitria da
hAChE2. Outros alcalides derivados de GNT
so encontrados em Amarylidaceae, com
respectivas atividades inibitrias variando
drasticamente sob sutis substituies de
grupos qumicos2. Neste trabalho, buscamos
uma maior compreenso das bases fsicoqumicas de tal fenmeno atravs de estudos
computacionais
da
interao
da
acetilcolinesterase com a GNT e mais dois de
seus derivados: a licoramina (LYC), que, ao
perder uma nica dupla ligao, reduz
significativamente sua atividade inibitria 2, e a
sanguinina (SANG)2, que ao substituir um
nico grupo metoxi por uma hidroxila ganha
atividade substancialmente maior.
Mtodos
Foram utilizadas as estruturas cristalogrficas
da hAChE holo (PDB: 4EY6) e apo (PDB:3LII).
Os arquivos mol2 dos ligantes foram obtidos
na base de dados Zinc3. Foi utilizado o
programa AutoDockVina4 para os ensaios
virtuais. Foram realizados ensaios deixandose como flexveis quatro resduos com
variao posicional em diferentes estruturas
cristalogrficas: W86, Y124, Y337 e H447. Os
ensaios foram realizados em triplicata.
Resultados e Discusses
As energias recuperadas para os trs ligantes
so condizentes com a ordem de atividade
inibitria. Anlises estatsticas sugerem que a
multiplicidade de interaes com baixo score
seja o principal fator de aumento da atividade
inibitria da sanguinina (fig.1), assim como a

maior possibilidade de interaes de sua

hidroxila adicional com resduos prximos (fig
2a). A licoramina perde a capacidade de
interaes aromticas (fig. 2b), resultando em
perda de atividade inibitria.
Figura 1. Anlise
estatstica obtida
a partir das 10
poses de melhor
score energtico
do docking de
Galantamina,
Sanguinina
e
Licoramina.

Figura 2. Contatos mais favorveis recuperados

computacionalmente para Sanguinina (A) e Licoramina
(B), no stio ativo da hAChE.

Concluses
Os ensaios virtuais permitiram verificar a
influncia estereoqumica e energtica de
sutis variaes dentre estes trs ligantes com
significativa similaridade. Clculos qunticos e
simulaes de dinmica molecular (MD) esto
sendo realizados para refinar tais dados.
____________________
J.W.OndersmaandT.W.Hamann.J.Am.Chem.Soc.133,8264(2011).
2
R. A. Day, How to Write and Publish a Scientific Paper (Cambridge
UniversityPress,Cambridge,1995),4thedition,p.130.
3
G.D.GopenandJ.A.Swan,AmericanScientist78,550(1990)

93

Potencial citotxico do derivado nor--lapachnico ENSJ39 e

predio in silico de sua interao com a enzima topoisomerase II
Pinheiro, D.P.1; Costa, M.P.1; Soares, B.M.1; Oliveira, F.C.E.1; Cavalcanti, B.C.1; Diniz Filho,
J.2; Dias, G.G.3; Silva Jr., E.N.3; Pessoa, C.1 e Moraes, M.O.1
1
Laboratrio de Oncologia Experimental, UFC. 2 Departamento de Fisiologia e
Farmacologia, UFC. 3 Laboratrio de Qumica Sinttica e Heterocclica, UFMG.
Introduo: Drogas contendo o grupamento quinnico apresentam uma excelente
atividade anticncer, incluindo vrios compostos atualmente utilizados na clnica. A
importncia desse grupo farmacofrico reflete no grande nmero de estudos focados
no desenvolvimento de novos anlogos da lapachona, mais potentes e menos
txicos. Os dois principais mecanismos de ao propostos para a citotoxicidade das
quinonas referem-se estimulao de estresse oxidativo e alquilao de nuclefilos
celulares, incluindo o DNA e algumas enzimas, como topoisomerases. O presente
estudo objetivou avaliar a citotoxicidade do composto ENSJ39, um derivado da nor-lapachona, frente um painel de linhagens tumorais e propor, a partir de simulaes
computacionais, uma possvel interao do ENSJ39 com a enzima topoisomerase II
humana. Mtodos: A citotoxicidade foi avaliada pelo teste do MTT nas linhagens
tumorais SF-295 (glioblastoma), HCT-116 (coloretal), HL-60 (leucemia), PC3M
(prstata) e OVCAR-8 (ovrio) por 72h. A doxirrubicina foi utilizada como controle
positivo. As simulaes computacionais foram realizadas utilizando as ferramentas
Avogadro 1.0.3, Autodock Tools, e Autodock 4.1. As coordenadas para o domnio de
ligao de ATP na enzima topoisomerase II humana (cdigo da enzima: 1ZXM)
foram obtidas do banco de dados Protein Data Bank (PDB). O docking foi realizado
utilizando o Algoritmo Gentico Lamarckiano (Lamarckian Genetic Algorithm).
Resultados e Discusso: A droga mostrou-se citotxica frente a todas as linhagens
avaliadas, com valores de IC 50 variando entre 0,4549 a 0,9736 g.mL-1. O docking
molecular da ENSJ39 mostrou afinidade com as duas subunidades (A e B) da
poro ATPase da topoisomerase II humana. Com energias de ligao de - 9,00
kcal/mol e - 8,66 kcal/mol, respectivamente (Figura 1). Posteriores ensaios in vitro de
inibio da topo II sero realizados para confirmar as predies feitas in silico.

Figura 1. Estudos de docking molecular do composto ENSJ39 nas subunidades da

enzima topoisomerase II. A. Ligao na subunidade A. B. Ligao na subunidade B.

94

Modelagem molecular de nanosistemas baseados em alginato de

sdio para nanoencapsulao de insulina.
Tammy M.R. Nagashima Lira1, Brbara A.A. Vieira1, Carlos Rangel Rodrigues1, Lcio
Mendes Cabral2, Alessandra M.T. de Souza1
1
ModMolQSAR, Faculdade de Farmcia, UFRJ, Brasil, 2 LabTIF, Faculdade de Farmcia,
UFRJ, Brasil
A Diabetes Mellitus (DM) uma doena metablica crnica que acarreta srios
danos em muitos sistemas do corpo, especialmente os sistemas nervoso e vascular.
A DM classificada de acordo com a sua etiologia e os tipos principais so tipo 1, e
tipo 2. De acordo com a OMS, 347 milhes de pessoas no mundo tm DM. Apesar
de existir tratamento com os antidiabticos por via oral, o tratamento principal a
administrao subcutnea de insulina para ambos os tipos de DM. A administrao
parenteral apresenta muitas desvantagens, incluindo infeces, dor no local de
injeo e estresse devido ao uso prolongado. Alm disso, a injeo no segue a via
de entrada fisiolgica normal. Um nanosistema desenvolvido pelo nosso grupo
utilizou o sulfato de dextrano como reforo da matriz de alginato de sdio para
formao de nanopartculas contendo insulina para administrao por via oral.
Contudo o elevado custo do sulfato de dextrano torna invivel a sua projeo a nvel
industrial. Logo, faz-se necessrio um estudo de possveis substitutos
economicamente viveis. Atualmente crescente a aplicao de mtodos in silico
para investigao da relao entre as estruturas moleculares envolvidas em um
nanosistema. Assim, o presente projeto visa um estudo de modelagem molecular
das possveis interaes do alginato de sdio com polmeros aninicos para o
planejamento e desenvolvimento de novos nanosistemas para a administrao
eficaz por via oral da insulina e de menor custo. As estruturas tridimensionais do
alginato de sdio e dos diferentes polmeros aninicos de reforo (sulfato de
dextrano, sulfato de celulose, polifosfato de sdio e carboximetilcelulose sdica)
foram construdas no programa SPARTAN10 (Wavefunction, Inc, CA). Aps
minimizao da energia, foi realizada a otimizao geomtrica pelo mtodo semiemprico PM6 a partir das quais foram obtidas propriedades estereoeletrnicas, tais
como coeficiente de distribuio e energia dos orbitais de fronteira (HOMO e LUMO),
dipolo, volume, entre outros. Numa anlise global foi observado que tanto o alginato
de sdio quanto os demais polmeros aninicos apresentaram elevados valores de
GAP (EHOMO-ELUMO). Observou-se uma correlao entre ao coeficiente de distribuio
de LUMO e a eficincia de encapsulao dos diferentes polmeros de reforo. Alm
disso, foi possvel prever a interao entre o alginato e os diferentes polmeros
baseado nos coeficientes de distribuio de HOMO e LUMO, respectivamente. Com
base nos resultados preliminares obtidos possvel inferir que h uma relao direta
entre as propriedades eletrnicas avaliadas e os resultados obtidos
experimentalmente de eficincia de encapsulao da insulina e a sua liberao em
pH=1,2. Estudos de dinmica molecular esto sendo realizados para melhor
compreenso da interao entre os polmeros.

95

Modelagem Molecular por Homologia da protena U5-200K de

Trypanosoma brucei
Souza, G. E.; E Silva, I. R.; Silva, M. T. A.; Thiemann, O. H.
Laboratrio de Biologia Estrutural, Grupo de Cristalografia, Instituto de Fsica de So
Carlos, USP
O processamento dos pr-mRNAs de tripanossomatdeos (Trypanosoma brucei, T.
cruzi e Leishmania sp.) ocorre atravs do trans-splicing, ausente em vertebrados,
nos quais ocorre o cis-splicing, de forma que as protenas participantes so
possveis alvos para o desenvolvimento de candidatos a drogas parasito-especficos
(Nyambega et al., 2014). A protena estudada neste projeto a U5-200K,
componente da partcula U5 do spliceossomo de Trypanosoma brucei. Este trabalho
visa a construo de um modelo molecular, empregando-se a tcnica de Modelagem
Comparativa, para a protena U5-200K. Buscaram-se sequncias homlogas em
bancos de dados de protenas com estrutura j resolvida, atravs da ferramenta
BLASTp, do servidor BLAST. Foram selecionadas as protenas de cdigo PDB 4F91,
regio Helicase da protena Brr2 de Homo sapiens (34% de identidade de sequncia
de aminocidos), e PDB 4BGD, um complexo proteico de Saccharomyces cerevisiae
(32% de identidade de sequncia de aminocidos). Atravs do programa ClustalW,
foi realizado um alinhamento entre a sequncia de aminocidos da protena em
estudo e as sequncias homlogas selecionadas. A partir deste alinhamento, foi
utilizado o programa Modeller 9.8 (Eswar et al., 2007) para gerar modelos
moleculares da U5-200K, buscando-se satisfazer restries espaciais. Os modelos
de estrutura tridimensional obtidos foram avaliados atravs dos valores de DOPE
(do ingls, Discret Optimized Energy) e utilizando ferramentas de validao do
servidor SAVes. O modelo foi progressivamente otimizado atravs de algoritmos de
minimizao de energia de voltas e imposio de estrutura secundria, baseada em
uma anlise comparativa com as estruturas secundrias das sequncias homlogas,
e da predio de estrutura secundria da protena U5-200K atravs do programa
PSIPRED. O modelo otimizado apresenta 92.7% dos resduos de aminocidos em
regies permitidas no Grfico de Ramachandran, 6.7% em regies adicionalmente
permitidas, 0.2% em regies generosamente permitidas, e 0.4% em regies no
permitidas. Os resduos que se encontram em regies no permitidas se localizam
em regies de voltas e alas, que apresentam baixa porcentagem de identidade com
as protenas homlogas. Os dois primeiros domnios da U5-200K, o domnio
ATPsico/Helicsico e o domnio Sec63, formam uma unidade funcional, e a
estrutura dessa protena sugere eventos de duplicao gnica em seu ancestral. O
domnio ATPsico/Helicsico crtico para o despareamento de U4/U6 snRNAs,
enquanto que o domnio Sec63 tem funo especfica ainda desconhecida (Pena,
Jovin et al., 2009). Sua homloga Brr2 possui dois domnios Sec63, enquanto a U5200K possui apenas um identificado. Os resduos catalticos conservados na
sequncia da U5-200K foram identificados atravs da ferramenta SAS (do ingls,
Sequence Annotated by Structure) (Porter C T, Bartlett G J, e Thornton J M, 2004). A
identificao das suas posies na estrutura tridimensional da protena, atravs do
modelo gerado, permitir identificar regies que contribuam para a interao entre
U5-200K e U4/U6 snRNA.

96

Modelagem molecular de um alvo teraputico em infeces por

vrus Herpes simplex
Vtor Won-Held Rabelo1, Ana Elisa Guimaraes da Silva1, Nelilma Correia Romeiro2, Paula
Alvarez Abreu1
1
Laboratrio de Modelagem Molecular e Pesquisa em Cincias Farmacuticas LAMCIFAR, Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ-Campus Maca, RJ;
2
Laboratrio Integrado de Computao Cientfica LICC, Universidade Federal do
Rio de Janeiro, UFRJ-Campus Maca, RJ
As infeces pelo vrus Herpes simplex (HSV) esto entre as infeces mais
comuns, atingindo cerca de um tero da populao mundial. O subtipo HSV-1 est
mais associado com o herpes oro-labial, enquanto o subtipo HSV-2, com o herpes
genital. O tratamento padro o aciclovir e seus anlogos que inibem a enzima
timidina quinase (TK), e bloqueiam a replicao viral. Recentemente, tm-se
observado a emergncia e disseminao de cepas de HSV resistente a esses
antivirais, principalmente associadas a mutaes na enzima TK. O objetivo deste
trabalho propor a estrutura 3D da TK de mutantes de HSV-1 e HSV-2 e avaliar as
interaes do aciclovir com estas enzimas selvagem e mutantes com uso da
modelagem molecular. No programa Swiss PDB Viewer, foram realizadas mutaes
pontuais no modelo proposto da enzima TK selvagem de HSV-2 para construo dos
mutantes R217H, N100H, G59P, P85S, Y133F e V192M e tambm na estrutura 3D
da TK selvagem de HSV-1 (cdigo PDB 2KI5) para construo dos mutantes A174P,
A175V, A189V + L227F, R51W, R220C, R222H, D162A, E83K, H105P, L364P, Y53H
+ R163H e Y172C. Em seguida, os modelos foram submetidos a ciclos de
minimizao de energia e a validao foi feita pela anlise do grfico de
Ramachandran, do perfil 3D-1D no Verify-3D e do score-Z usando o Prosa. O grfico
de Ramachandran mostrou que a porcentagem de aminocidos em regies
favorveis variou de 86,5 a 89,2%, enquanto a porcentagem de aminocidos em
regies desfavorveis variou de 0,4 a 0,7%. A porcentagem de aminocidos com
score 3D-1D maior ou igual a 0,2 variou de 98,48 a 99,70%, enquanto o score-Z
variou de -9,29 a -8,22. Os aminocidos de todos os modelos apresentaram energia
inferior a zero. Esses resultados indicam a boa qualidade dos modelos propostos
para as enzimas TK mutantes de HSV-1 e HSV-2. Com o programa AutoDock 4.2, foi
realizado o docking molecular do aciclovir contra a enzima TK selvagem de HSV-1 e
HSV-2, bem como contra os modelos da TK mutantes de HSV-2 construdos e HSV1 propostos na literatura. Foi utilizada uma caixa de dimenses 21,75 x 16,5 x 15 ,
centralizada no resduo Tyr101 (numerao da TK de HSV-1) e algoritmo gentico
Lamarckiano foi usado como parmetro. A metodologia de docking molecular no
mostrou diferenas significativas entre o modo de interao do aciclovir com a
enzima selvagem e as enzimas mutantes de HSV-1 e HSV-2. Portanto, estudos de
dinmica molecular esto sendo realizados para avaliar tanto a estrutura 3D dos
mutantes quanto as interaes com o aciclovir em meio biolgico para tentar explicar
os mecanismos de resistncia ao aciclovir.

97

Desenvolvimento de um sistema computacional para a realizao

de simulaes de Dinmica Molecular a pH Constante (CpHMD)
Ingrid Bernardes Santana Martins1, Sidney Jurado de Carvalho1 e Alexandre Suman de
Araujo1
1
Ibilce/Unesp So Jos do Rio Preto
Diversos processos biolgicos envolvendo protenas so dependentes do pH.
Infeco de clulas por vrus, catlise enzimtica, associao de ligantes e at a
solubilidade so exemplos de tais processos. Assim, investigar o comportamento
das cargas dos grupos ionizveis de protenas em funo de mudanas no pH de
grande interesse.
Simulaes de Dinmica Molecular so amplamente utilizadas para estudo
dos mais diversos sistemas biolgicos devido confiabilidade de seus resultados,
mas, para o estudo de sistemas sensveis a variaes de pH a Dinmica Molecular
convencional no a melhor alternativa, pois o estado de protonao de grupos
ionizveis so mantidos fixos durante toda a simulao. Esse estado definido na
modelagem do sistema com base no pKa desses grupos isolados e no pH da
soluo. Isso representa uma limitao severa, especialmente se o sistema se
enquadra em uma das categorias citadas acima, de modo que uma abordagem mais
realista seria executar simulaes em que o estado de protonao de componentes
do sistema variassem com o tempo
O objetivo deste trabalho desenvolver um sistema computacional que
acople a Dinmica Molecular comum, executada com o pacote GROMACS, a um
algoritmo que modifique o estado de protonao dos resduos ionizveis do sistema
em intervalos de tempo regulares utilizando, para isso, o mtodo Monte Carlo com o
critrio de Metrpolis. O mtodo de Dinmica Molecular a pH Constante (CpMD)
aqui desenvolvido ser ento aplicado no estudo da frao de estruturas em alfahlice de peptdeos de Glutamina e Lisina em funo do pH, na tentativa de
reproduzir resultados experimentais validando, assim, a implementao do mtodo.

98

Modelagem Computacional da Atividade Antichagsica de

Compostos Nitrofuranos atravs de mtodos quimiomtricos e
Mapas de MEP
Marcos A. B dos Santos1;2, Fbio dos Santos Gil2, William A. Consolao2; Rodrigo S.
Rocha2; Jlio S. Miranda2; Lu F. S. Oliveira, Jos Ciraco Pinheiro2
1
Universidade do Estado do Par, Campus IX- Altamira (UEPA)
2
Universdidade Federal do Par (UFPA)
A doena de Chagas causada pelo protozorio flagelado Trypanosoma cruzi,
que, segundo a Organizao Mundial de Sade, atinge cerca de 18 milhes de
indivduos na regio das Amricas, sendo transmitida por insetos hematfagos de
hbitos noturnos que pertencem ordem Hemptera e subordem Triatominae,
conhecido comumente como Barbeiro. O objetivo principal deste trabalho
investigar as propriedades eletrnicas e estruturais de compostos nitrofurnos
derivados da 5-nitrofurno-2-aldoxima e compreender o mecanismo de ao destes
contra doena de Chagas. Anlise de Componentes Principais e Anlise Hierrquica
de Agrupamentos foram utilizados para auxiliar na escolha do mtodo HF-6-31G*.
Definido o nvel de teoria, clculos da estrutura eletrnica; das energias dos orbitais
moleculares e dos mapas de MEP foram realizados para os compostos nitrofuranos.
A tabela abaixo apresenta a energia total, da energia dos orbitais moleculares, do
gap, energia de desprotonoo e a energia de ligao C-H dos compostos
nitrofuranos estudados.
Tabela 1: Energia total e energia dos orbitais moleculares
nitrofurano
-homo
-lumo
gap (lumo-homo)

NHZ
NFZ
NFD
NFT
FTD

-0,348
-0,343
-0,351
-0,352
-0,346

0,008
0,017
0,010
-0,020
0,002

0,340
0,326
0,361
0,372
0,344

energia de
desprotona
o (E)

energia de
ligao
C-H (vinil)

Energia
total
(hartree)

372,87
372,98
365,40
368,32
370,24

0,97
1,00
0,94
1,13
1,14

-731,400
-747,396
-860,069
-975,950
-1000,116

(a)
(b)
Figura 1: (a) HOMO do NHZ e (b) Mapa de Potencial Eletrosttico Molecular do NHZ

Os resultados evidenciam que a biorreduo do grupo nitro e a elevada

energia de desprotonao do NHZ so importantes parmetros para o entendimento
do mecanismo de ao e avaliao da atividade biolgica contra doena de Chagas.
Estudos posteriores de docking molecular sero realizados utilizando a enzima
tripanotiona redutase como alvo molecular.

99

Structural Dynamics of Integrin v 3 and the N-terminal Fragment of

Endostatin
Torres, P.H.M. and Pascutti, P.G.
Universidade Federal do Rio de Janeiro
Angiogenesis or neovascularization is a complex physiological process that culminates
with the proliferation and migration of endothelial cells and the formation of new blood
vessels. It is an important event in wound healing processes and in the formation of uterine
endometrium, although it might be stimulated by certain pathologies like cancer, diabetic
retinopathy and psoriasis. Therefore, antiangiogenic compounds, like endostatin, canstatin and
arresten might, be employed in the treatment of patients stricken by those diseases. Many of
those compounds, amongst which is endostatin, exert part of their functions through the
interaction with integrins: heterodimeric proteins of approximately 210 kDa located in the
cellular membrane that display a central role on the migration of endothelial cells and on new
vessel formation. Recently, it was demonstrated that the antiangiogenic activity of endostatin
might be carried out by a peptidic fragment, containing 27 residues, that belongs to the Nterminal region of the protein. This study aims to contribute to the understanding of the
mechanism of action of this peptide and a possible interaction with v3 integrin, as well as to
elucidate mechanisms involved in the activation of this integrin. For that, nuclear magnetic
resonance, circular dichroism, molecular modeling and molecular dynamics techniques were
used. The results suggest that the peptide reaches a -hairpin conformation, capable of
interacting with a cleft at the interface between the v3 integrin subunits that exhibits steric
and electrostatic complementarity to the peptide. We have also identified important regions
for the maintenance of the inactive conformation of the integrin, such as a loop belonging to
the 5th blade of the -propeller domain and a hydrophobic cluster formed by residues of the
EGF and Hybrid domains. Thus, we have proposed that the peptide, as well as other
antiangiogenic substances might exert their biological functions through an interaction not yet
described in the literature and the exploration of those regions may, therefore be of relevance
for the design of integrin inhibiting drugs.

100

Comparao do comportamento estrutural de epitopos em lquido

ionico e gua
Lucas Alves Santos1, Nayara Magalhaes Sousa1, Moacyr Comar Jr1 A.G.Taranto1
1
Universidade Federal de So Joo Del-Rei Campus Centro Oeste Dona Lindu
Os lquidos inicos (LI) so sais constitudos por um ction orgnico e um
nion (orgnico ou inorgnico) e tm recebido considervel ateno devido suas
propriedades nicas e inmeras aplicaes. Por apresentar uma estrutura volumosa,
eles permanecem no estado liquido a temperatura ambiente e milhes de LI podem
ser sintetizados, selecionando combinaes de ctions e nions. Alm disso, so
capazes de serem modelados, ou seja, modificaes simples e sistemticas dos
ons constituintes podem alterar as suas propriedades qumicas e fsicas para
utilizao em aplicaes especificas. Entretanto, apesar do crescente interesse
cientifico e comercial nas diversas reas, ainda so poucas as publicaes de
avaliao dos mesmos em sistemas biolgicos. Sendo assim, o foco desse trabalho
avaliar os efeitos do LI, neste caso, tetrafluoroborato de 1-butil-3-metilimidazlio
(BMI.BF4) na estrutura de eptopos em comparao com solventes convencionais
como a gua. Para isso, foi utilizada a Dinmica Molecular (MD) para obteno de
propriedades estruturais e termodinmicas. Simulaes de MD foram realizadas
para o sistema eptopo e (BMI.BF4) e tambm em gua e vcuo. Todas as
simulaes foram feitas utilizando o pacote AMBER 9. As anlises estruturais foram
o RMSD, flutuao, raio de giro.
O RMSD para todos os tomos do eptopo foi realizado para o solvente agua,
BMI.BF4 e tambm no vcuo. Sendo assim, os resultados mostram um
comportamento estrutural do eptopo em BMI.BF4, em termos de variao, menor
que o da gua, mostrando uma acessibilidade do eptopo ao liquido inico.
Para analisar o comportamento dos solventes sobre a cadeia carbnica
principal foram gerados grficos RMSD C. No qual, confirma a pequena variao
estrutural do eptopo em meio ao BMI.BF4 em relao com a agua, apresentados
nos resultados do RMSD de modo geral. Indicando que o solvente convencional
causa uma maior variao estrutural restringindo o movimento do eptopo.
A influncia do solvente no nvel de compactao e dobramento molecular
foram obtidos atravs dos resultados da anlise de Raio de Giro (RG). Sendo assim,
para o liquido inico o RG foi maior que o da agua, mostrando uma maior
compactao ao eptopo. Porm a variao do RG da gua foi maior em relao ao
lquido inico, apresentando assim uma maior flutuao em seu comportamento.
Quanto aos grficos, no colocamos no resumo, pelo fato da dimenso de
visualizao, afetando a qualidades dos mesmos, consequentemente, uma
dificuldade ao entendimento.

101

Dermadistinctina K: anlises de Dinmica Molecular com solvente

miscvel em gua e em membrana
Batista, Moema M.1; Fernandes,Tcio V. A.2,3; Santoro, Marcelo M.1, Pascutti,Pedro G.2,3
Departamento de Bioqumica e Imunologia ICB UFMG 2 Lab de Modelagem e Dinmica
Molecular, IBCCF-UFRJ, RJ, 3INMETRO Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia,
RJ. Brasil
1

Introduo: Peptdeos antimicrobianos so molculas ativas em algumas plantas e animais como sapos. So usados para combate de principais bactrias como Enterococcus faecalis, Escherichia coli,
Staphylococcus aureus, e Pseudomonas aeruginosa. O peptide abordado o Dermadistinctina K (DD
K), do Phylomedusa distincta que possui 33 resduos: GLWSKIKAAGKEAAKAAAKAAGKAALNAVSEAV, possui estrutura de alfa-hlice e s se mantm dessa forma na presena de membranas de
bactria ou de solventes como o 2,2,2 trifluoretanol. Possui uma estrutura com resduos com caractersticas polares e apolares, tem caractersticas anfipticas que foram corroboradas com o estudo de
NMR, o qual determinou sua estrutura. Esse estudo determinou que a ao do DD K atravs de um
poro toroidal, em que provoca grande influxo de gua e efluxo de material intersticial da clula bacteriana, desestabilizando osmoticamente e provocando sua ruptura.
Objetivo: Esse trabalho estudou o peptdeo in silico de forma a mant-lo em forma alfa-hlice em
presena de TFE/gua, estudando a estrutura do peptdeo em simulao extraindo informaes para
o posicionamento no sistema em membran.
Metodologia: O DD K foi simulado em dinmica molecular usando o Gromacs 4.5.5 e o campo de
fora Gromos53a6. Foi dividido em 3 sistemas, o primeiro em gua apenas, o segundo em gua/TFE
e foi simulado na dinmica clssica e o terceiro em gua/TFE, mas antes otimizado com a tcnica de
generalized simulated annealing (GSA). Temperatura foi ajustada em 293.15K, a proporo da concentrao da gua e do TFE foi de 50%/50%, os contraions adicionados foram 5 e a presso foi de 1
atm. A estrutura inicial foi obtida no PDB: 2JX6. A tcnica de GSA foi desenvolvida na UFRJ no Labo ratrio de Modelagem e Dinmica Molecular para a predio de estruturas atravs da busca do mnimo global em uma hipersuperfcie de energia. Depois a conformao final foi submetida a dinmica
clssica no Gromacs. Outro estudo feito foi com a membrana de POPC j estabilizada e armazenada
no site do Gromacs. Utilizamos 3 peptdeos de DDK, foram alinhados sobre a membrana simulando o
modelo carpete. entendido que a adeso do peptdeo na membrana necessria para comear a
formao do poro, esse alinhamento a membrana sugere um incio tambm desse mecanismo.
Resultados: As simulaes gua do DD K demonstraram no ter estrutura ativa com menos de
200ns de simulao. No entanto a simulao com a mistura de TFE e gua por 1s demonstrou a estrutura ativa por 700ns de simulao. Na otimizao feita com GSA esse peptdeo se manteve em es trutura de alfa-hlice pelos 1s. As anlises de funo radial demonstraram que resduos como a lisina esto na interface entre o TFE e a gua, ainda que o contato com a gua seja maior. Esse estudo
demonstra uma possvel posio para adeso do peptdeo sobre uma membrana e foi com base nele
que posicionamos os peptdeos a montagem do sistema em membrana contendo em torno de 128
fosfolipdeos. Mesmo no sendo o poro toroidal, ainda possvel a observao de um dobramento na
membrana ou seja de uma inicial perturbao da membrana.

102

Estudos por modelagem molecular e avaliao farmacolgica de

compostos com potencial atividade antineoplsica
Iara Robadey Portal1*, Paulo R. R. Costa2, Magdalena N. Renn1
1

Laboratrio de Modelagem Molecular e Pesquisa em Cincias Farmacuticas

(LaMCiFar), Universidade Federal do Rio de Janeiro Campus Maca Professor
Alosio Teixeira, , Maca, RJ, Brasil.
2
Laboratrio de Qumica Biorgnica (LQB), Universidade Federal do Rio de Janeiro
Campus Ilha do Fundo, Rio de Janeiro, RJ Brasil.
O cncer uma doena crnica atualmente prevalente em todo o mundo, afetando
indiscriminadamente todas as camadas da sociedade e a descoberta para sua cura
um dos maiores desafios da cincia. Dentre os diferentes tipos de cnceres,
estimam-se 5.050 casos novos de leucemia em homens e 4.320 em mulheres em
2014. Diante desses dados, a utilizao de mtodos computacionais para triagem de
compostos com potencial atividade antineoplsica, tem sido de extrema importncia
para a descoberta de possveis candidatos a frmacos. Algumas
pterocarpanoquinonas, foram avaliadas quanto ao seu potencial citotxico, frente a
diversas linhagens celulares tumorais, e apresentaram resultados promissores.
O objetivo deste trabalho foi realizar a predio das propriedades fsico-qumicas
destas molculas para a biodisponibilidade oral, potencial tumorignico, potencial
mutagnico, potencial irritante, no efeito reprodutivo e possveis stios de
metabolizao, utilizando-se programas de modelagem molecular a partir do
desenho da estrutura qumica destas molculas, correlacionando com dados de
estruturas conhecidas e com os dados experimentais obtido da literatura para as
pterocarpanoquinonas, e realizar o docking molecular, permitindo a predio da
interao do complexo receptor-ligante. Os resultados preliminares mostraram que
as molculas LQB32 e LQB79 apresentaram um baixo risco de causarem
mutagenicidade, tumorigenicidade, efeitos irritantes e efeitos na reproduo.
Enquanto as molculas mitomicina C e LQB 80 apresentaram alto e mdio risco
respectivamente. Como alvo molecular foi escolhida a enzima Topoisomerase I
(TopoI) humana, cuja sequencia foi obtida no banco de dados do Protein Data Bank
PDB (Cdigo PDB ID: 1K4T). O desenho e a minimizao de energia das
estruturas dos compostos foram realizados no programa Spartan10. Para garantir a
qualidade e confiabilidade dos resultados fornecidos pelo mtodo do docking
molecular, foi realizado o redocking do Topotecano que o ligante co-cristalizado
com esta enzima, para validao dessa metodologia, o qual foi satisfatrio. A partir
deste resultado foi realizado o docking das pterocarpanoquinonas na TopoI, para o
estudo das interaes entre a enzima e os compostos.

103

FUNCTIONAL ANALYSES OF RSV SH PROTEIN PENTAMERIC

STRUCTURE BY BIOINFORMATICS TOOLS AND MOLECULAR
DYNAMICS
Araujo, G. C.1,2; Oliveira, R.J.3; de Araujo, A.S.1; Souza, F.P.1,2
1Departamento de Fsica, Instituto de Biocincias, Letras e Cincias Exatas Jlio de Mesquita Filho, UNESP, So Jos do Rio Preto;
2Centro Multiusurio de Inovao Biomolecular, Instituto de Biocincias, Letras e Cincias Exatas Jlio de Mesquita Filho, UNESP, So Jos do
Rio Preto;
3Departamento de Fsica, Universidade Federal do Tringulo Mineiro, UFTM, Uberaba;

The human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is the major cause of lower
respiratory tract illnesses in children and elderly people worldwide. Its genome
encodes 11 proteins including the surface protein F, G and SH which are responsible
for entry and distribution of virus in the host cell. Among the surface protein, little is
known about the function of SH protein. However, studies shows that presence of SH
protein increase de RSV virulence degree and permeability of low molecular weight
compounds, sugesting its involvement in the ion channels formation. Knowing their
structure and function is fundamental to a better understanding of its mechanism.
The aim of this study was modeling and caracterizing of the RSV SH protein and
analysing the structural behavior in water and phopholipid bilayer environments. The
SH protein model was generated by I-TASSER server and VMD, and its funcional
and structural caracteriscts was analyzed by PredictProtein and PsiPred. Molecular
Dynimics Simulation were performed for analysis of hidrophobicit of protein central
region, studies of the protein behavior on the membrane, pentamer formation and its
activities. The SH protein model prediction resulted in a linear model with a helixalpha between amino acid 20-42 and the analysis performed by PsiPred indicated
this region as transmembrane region. Molecular Dynamics Simulation showed that in
solution the protein changes its linear conformations for globular conformation
confirming the hydrophobicity of the central domain. The presence of the SH protein
itself or of the pentamer in bilayer resulted in a decrease of the area per lipid and
increased of the order parameter, giving the chains more stability and less mobility
and greater alignment. The pentamer simulation showed the calculated free energy
barriers for water across the membrane are near 18,2 KJ/mol and 24 KJ/mol, which
suggests a transport of water molecules through the pore. Based on these results,
we proposed the tertiary and quaternary structure of the SH protein and we
suggested that the virulence is increased by SH protein once its presence contributes
to cell stability resulting an increase in the life time of cell and a grow of viral
replication activity.
Financial Support: CAPES/FAPESP/CNPq

104

Atividade citotxica e Docking molecular da substncia sintetizada TBj

Oliveira, F. C. E.1, Costa, M. P.1, Nepomuceno, F. W. A. B1, Pinheiro, D. P. 1, Soares, B. M., Diniz Filho, J1., Banwell, M. G2, Prudence, E.2, Moraes, M. O.1 e Pessoa, C. O.1
1
Laboratrio de Oncologia Experimental, UFC, 2 Research School of Chemistry, The
Australian National University
Introduo: A substncia sintetizada TBj pertence ao grupo de alcalides bipirrlicos, sendo
caracterizadas por apresentarem propriedades biolgicas relevantes que se assemelham aos da
famlia prodigiosina, com atividades citotxicas e imunossupressoras. Devido ao potencial
destas molculas, pesquisas vm sendo desenvolvidas visando o esclarecimento de suas
atuaes com drogas anticancergenas. Sabe-se, no entanto, que a interao dessas molculas
com o DNA celular associado com quebra de fita simples e dupla por inibio da atividade
cataltica das enzimas topoisomerases o fenmeno que explica parcialmente seu efeito
anticncer. Os objetivos deste trabalho foram avaliar a atividade citotxica da TBj, frente a
vrias linhagens de cncer, e suas possveis interaes com a enzima alvo topoisomerase II
humana. Metodologias: O ensaio do MTT foi utilizado em 72 horas para avaliao da
citotoxicidade nas seguintes linhagens de cncer: HCT-8 e HCT-116 (clon), SF-295
(glioblastoma), OVCAR-8 (ovrio) e HL-60 (leucemia). O composto doxorrubicina foi
utilizado como controle positivo. O docking molecular foi empregado para determinar
interaes entre a TBj e a topoisemarase II humana utilizando as ferramentas Avogrado 1.0.3,
AutoDock tools e Aotudock 4.1. As coordenadas para o domnio de ligao de ATP na enzima
topoisomerase II humana foram obtidas do banco de dados Protein Data Bank (PDB).
Resultados: Ao avaliar a concentrao capaz de inibir 50% do crescimento celular (CI 50%), a
substncia testada nas linhagens tumorais apresentou os valores que variaram entre 0,35 a 1,8
g.mL-1. Ao aferir os resultados do docking molecular foi observado que houve afinidade com
as duas subunidades da poro ATPase da topoisomerase II humana, subunidade A e B,
apresentando energia de -7,53 e -6,95 kcal.Mol-1, respectivamente (Figura 1).

Figura 1. Estudo de docking molecular do composto TBj nas subunidades da topoisomerase

II. Esferas verdes representam pontes de hidrognio (aminocido: LYS251 na subunidade A e
TYR274 na subunidade B).

105

Ligaes de Halognio:
uma Descrio por Teoria de Interao Orbital
Thompson, H. N.1; Marmitt, S.1; Toldo, J. M.;2 Livotto, P. R.2
Programa de Ps-graduao em Qumica, Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
Uma ligao de halognio uma interao especfica direcional no covalente
entre um tomo de halognio (X) e uma base de Lewis (A), sendo o tomo de
halognio tipicamente ligado a um tomo de carbono ou a outro tomo de halognio.
Os tomos de halognio podem atuar como bases de Lewis em interaes
halogniohalognio. As ligaes de halognio tm preferncia por tomos
aceptores (bases de Lewis) e interaes de geometria linear. Dessa forma, o tomo
de halognio definido como o tomo doador (X) e a base de Lewis (A), como o
aceptor de densidade eletrnica. 1,2 Como a teoria de interao orbital j foi aplicada
com sucesso para descrever ligaes de hidrognio, utilizamos essa teoria no
presente trabalho para dar uma explicao geral s ligaes de halognio.
Foram realizados clculos com o software Gaussian 09 no nvel de teoria do
Funcional da Densidade (DFT), com o funcional B3LYP e a base 6-31G (d,p). Todas
as estruturas foram otimizadas at suas geometrias de equilbrio, tendo seus
mnimos confirmados atravs de anlise de frequncia vibracional. Parmetros
geomtricos e de energia, assim como os orbitais de fronteira (HOMO/LUMO) foram
calculados e comparados.
Avaliando as interaes halognio-eletrfilo (Br 2X2, ; X = F, Cl e Br ), foi
observado que de X2 = F2 a Br2 ocorre um decrscimo no ngulo de interao. Isso
pode ser explicado do ponto de vista eletrosttico: quanto mais pesado o tomo de
halognio na molcula X2, menos concentrada a carga parcial positiva sobre ele e,
portanto, menor a repulso com a regio de potencial eletrosttico positivo no
buraco sigma de Br2. Consequentemente, as variaes de energia, E, tornam-se
progressivamente mais negativas. Tambm foram avaliadas as interaes halognionuclefilo (Br2A-, com A- = F-, Cl- e Br-). Observou-se um aumento na distncia de
interao de A- = F- a Br- que, por sua vez, est associado a um aumento
progressivo de E nessa mesma ordem. O enfraquecimento das interaes de
halognio X2A- (de A- = F- a I-) est relacionado a uma concomitante reduo na
habilidade de doao de densidade eletrnica do orbital HOMO (np) de A -.
Em concluso, no presente trabalho foram investigadas as interaes de
halognio para um conjunto de sistemas, tendo sido possvel associar os resultados
com a teoria de interao orbital. Num futuro prximo, pretende-se expandir os
resultados para explicar um conjunto maior de sistemas e reaes qumicas, assim
como aplicar as interaes de halognio no estudo de interaes entre ligantes e
stios ativos de enzimas.
Agradecimentos: CAPES, CNPQ e PPGQ-UFRGS.
Referncias:
[1] M. Fourmigu, Current Opinion in Solid State and Material Science; 13 (2009) 36.
[2] L.P. Wolters, F.M Bickelhaupt, ChemistryOpen 1 (2012) 96.

106

Modelagem molecular de compostos derivados de cumarina com

potencial atividade inibitria da enzima Mps1
Maurcio A. Ambrsio, Paula F. Moraes2, Raquel A. C. Leo2,
Paulo R. R. Costa2, Marco A. L. Cruz, Magdalena N. Renn
Laboratrio de Modelagem Molecular e Pesquisa em Cincias Farmacuticas
(LaMCiFar), Universidade Federal do Rio de Janeiro, Campus Maca Professor Alusio Teixeira, Maca, Rio de Janeiro, Brasil.
Laboratrio de Qumica Biorgnica (LQB), Universidade Federal do Rio de Janeiro
Campus Ilha do Fundo, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Laboratrio de Biotecnologia Vegetal, Ncleo em Ecologia e Desenvolvimento Scio-ambiental de Maca, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Maca, Rio de
Janeiro, Brasil.
A enzima Mps1 (Monopolar spindle 1) uma quinase que atua no final da
mitose e est envolvida no mecanismo denominado Spidle Assembly Checkpoint
(SAC). Esse mecanismo responsvel pelo monitoramento da correta segregao
dos cromossomos no final da mitose. Erros no funcionamento de SAC podem levar a
incorreta distribuio de cromossomos nas clulas filhas e por consequncia
podendo levar a aneuplidia e a desenvolvimento de tumores. Foi observado que
estas protenas na evoluo apresentam-se de forma conservada, sendo encontrada
em aproximadamente 156 espcies de plantas, inclusive em Arabdopsis thaliana
(AtMps1). A enzima Mps1 considerada um novo alvo para a terapia do cncer, e
recentemente uma variedade de inibidores foram descritos na literatura para esta
enzima. Considerando a alta similaridade da sequencia primria entre a AtMps1 e a
Mps1 humana (HssMps1), um inibidor conhecido desta enzima, o composto
SP600125, foi testado em A. thaliana, e apresentou atividade sobre o
desenvolvimento dos tecidos da planta. O composto SP600125 bloqueou e
comprometeu a fase G2-M da planta.
No presente trabalho, foram testados 25 compostos anlogos de cumarina,
utilizando-se como modelo experimental o ensaio com A. thaliana, para avaliarmos a
influncia destes derivados no crescimento desta planta. No screening preliminar, foi
possvel observar que 13 compostos apresentaram atividade inibitria sob o
desenvolvimento de A. thaliana, de maneirasimilar a atividade j relatada para o
inibidor SP600125. A partir dos resultados experimentais foi proposto como alvo
molecular a enzima AtMps1 e ser realizado o estudo de modelagem e dinmica
molecular, com o objetivo de estudar as interaes entre os compostos e est
enzima.

107

Modelagem Molecular de Anlogos da Ribavirina

com Inosina Monofosfato Desidrogenase (IMPDH)
Kamilla Trajano da Silva (IC)1*, Rodrigo O. M. A. de Souza (PQ)2 , Nelilma C. Romeiro (PQ)
1
LICC-Laboratrio Integrado de Computao Cientfica-NUPEM-UFRJ-Maca
2
Laboratrio de Biocatlise e Sntese Orgnica, Universidade Federal do Rio de
Janeiro-Instituto de Qumica
*kamilla.trajanos@gmail.com
Cryptosporidium spp. a causa principal do ciclo vicioso de diarria e
desnutrio em pases em desenvolvimento, sendo um agente de Bioterrorismo. O
parasita obtm nucleotdeos de guanina pela ao da Inosina Monofosfato
Desidrogenase (IMPDH), importante para o crescimento e diferenciao celular. At
o presente momento, no foram identificados frmacos contra esta enzima, embora
vrios inibidores tenham sido descritos. Devido sua importncia especial para
pacientes imunodeprimidos, a IMPDH um alvo atraente contra Cryptosporidium
spp. Neste contexto, Souza e cols. tm desenvolvido uma srie de anlogos da
Ribavirina, um inibidor conhecido de IMPDH humana, visando a obteno de
frmacos inibidores de IMPDH com potencial teraputico. O objetivo deste trabalho
investigar por docking as interaes de anlogos da Ribavirina, inibidor de IMPDH,
com a enzima de Cryptosporidium (IMPDHCp) e de humanos (IMPDHh), visando o
planejamento de novas molculas seletivas para a enzima de Cryptosporidium, com
potencial aplicao teraputica nas infeces laterais observadas principalmente em
pacientes imunodeprimidos. Inicialmente, realizou-se o docking para avaliar as
interaes de 8 molculas anlagos da Ribavirina, inibidor de IMPDH, com a enzima
de Cryptosporidium (IMPDHCp) e de humanos (IMPDHh). Os resultados de fitness
scores obtidos para as molculas deste estudo com o programa Gold 4.1.2. Dentre
as molculas fosfatadas, as molculas 3 e 4 apresentaram maior potencial para
seletividade para a IMPDHCp devido aos maiores valores de scores(afinidade de
ligao terica) em comparao com os resultados obtidos para IMPDHh. A
inspeo visual das interaes de hidrognio foram realizadas no Pymol (verso
0.99) utilizando-se as melhores poses dos complexos protena-ligante originados
dos estudos de docking molecular. Na srie de molculas fosfatadas, as molculas 3
e 4, se destacaram como provavelmente mais seletivas para enzima IMPDH de
Cryptosporidium. Para asmbas as sries observou-se que o nmero de ligaes de
hidrognio parece ser um dos fatores que mais influncia a afinidade terica para as
enzimas.
Fayer, R. Vet. Parasitol. 2004, 126, 37; Abrahamsen, M. S.; et al. Science 2004, 304,
441; Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z. et al. Nucl. Acids Res. 2000, 28, 235.

108

Souring control in fluid samples of oil industry using a multiple

ligand simultaneous docking (MLSD) strategy
Elias Silva dos Santos1, Paulo Fernando de Almeida1 e Elias Ramos-de-Souza2
1

Instituto de Fsica, Universidade Federal da Bahia, Rua Baro de Geremoabo s/nOndina-Salvador-BA

Instituto Federal da Educao, Rua Emdio dos Santos, s/n- Barbalho, Salvador,
Bahia

The microbiologically influenced corrosion (MIC) is a serious trouble in the oil

and natural gas industry that result in souring reservoir. It is a spontaneous process
that occurs due to the fixation of bacteria release of metabolites that induce corrosion
process. Among the groups of bacterias involved in the corrosion process, included
the sulfate-reducing bacteria (SRB) that is responsible for problems as souring. It
means that bacterias are able to make severe corrosion on the equipments, pipelines
into water and storage tanks because enzymes such as ATP sulfurylase and APS
reductase accelerate the reduction of ion sulfate to hydrogen sulfide.
In this work we made flexible docking of the ligands ABTS, BHT and BHA into
APS reductase as also in ATP sulfurylase. We also made simultaneous docking in
order to investigate their interactions in mixture, binding with the targets and inhibition
of biosulfide production, such as we made the experimental evaluation of their
inhibitory action against the sulfate-reducing microorganisms (SRM).
The results showed that combinations of inhibitors providing an opportunity for
large, agnostic surveys of molecular mechanisms that can combine to produce
synergistic effects. The synergy at this level is advantageous in that even decreasing
the amount of inhibitor used in the treatment have a satisfactory result in the end.
The combination of inhibitors enables straightforward optimization of potencies by
adjusting the ratio of agents in the mixture. This leads to the results that the main
benefit of the combination is toxicity reduction and antimicrobial resistance
minimization. This new method, involving blocking the transfer of electrons, is better
than others because it is specifically directed at avoiding the reduction of sulfate, and
it is useful even against the SRB that show nitrate and/or nitrite reductase enzyme
activity. Furthermore, it does not depend on the presence of nitrate-reducing bacteria
NRB to be effective. It can also be used in conjunction with other methods as an
alternative to control souring in oil and gas facilities. These new compounds proved
to be effective even at low concentrations, and their prices are low in comparison with
most common substances used by the oil and gas industry to control souring.

109

Comparative analysis between molecular modeling methods of DNA

methyltransferase 2 (DNMT2) from drosophilids
Gilberto Cavalheiro Vieira1,2, Marialva Sinigaglia1,2, Maurcio Rigo1,2 e Vera Lcia da Silva
Valente1,2,3
1
Department of Genetics, Institute of Biosciences, Universidade Federal do Rio
Grande do Sul 1, 2Postgraduation Program in Genetics and Molecular Biology,
Institute of Biosciences, Universidade Federal do Rio Grande do Sul 2,
3
Postgraduation Program in Animal Biology, Institute of Biosciences, Universidade
Federal do Rio Grande do Sul 3.
DNA METHYLATION is a key mechanism of epigenetic regulation and it is
characterized by changing levels of gene expression without altering the nucleotide
sequence of the DNA. Three types of DNA methyltransferases (DNMT) are known in
metazoans, which are responsible for methylation of cytosine: Dnmt1, Dnmt2 and
Dnmt3. The Dnmt2s family is evolutionary highly conserved in its ten catalytic sites
from prokaryotes to eukaryotes, but exhibit significant variation in the target
recognition domain. The Dnmt2 is taken like a tRNA methyltransferases instead DNA
methyltransferases in vivo. Drosophila species are called Dnmt2-only, since it's the
only responsible for cytosine methylation, and no other DNA methyltransferase was
described, up to now. Furthermore, our working group, which has focused on
neotropical species of Drosophila, presented in previous works the existence of sexspecific methylation patterns in species of the willistoni subgroup, showing no
recurrence of this phenomenon in other species of drosophilid outside that group.
Thus, the characterization of the three-dimensional (3D) structure from D.
melanogaster and D. willistoni Dnmt2 (dDNMT2 and wDNMT2, respectively) can be
very useful in comparative analysis focusing on evolutionary, structural and functional
aspects. For the present study, Dnmt2 sequenceS was obtained through Genbank
database and the secondary structure prediction performed by program PSIPRED.
The search for templates was conducting in the Protein Data Bank (PDB), and two
proteins Dnmt2 family were found: 4H0N (Spodoptera frugiperda) and 1G55
(human), identities 43% and 41% with dDnmt2, respectively. Different programs were
used to molecular modelling: MODELLER 9.11, I-Tasser, Robetta and SWISSMODEL. By PSI-COFFEE, we performed an initial alignment between target
sequence and templates, and then were made manual adjustments to use in
MODELLER. Five different softwares were used to the models validation
(PROCHECK, Verify 3D, What If, QMEAN6 and ModFold). Results of the generated
models revealed some interesting patterns of structural conservation of the Dnmt2's
first catalytic sites domain of drosophilids, but too have shown significant variation in
the second domain (DNA recognition domain) compared with Dnmt2 from other
organisms. Furthermore, studies with molecular dynamics simulation will be
employed as a way of validating the generated models and analysis of the dynamics
of the catalytic domains of DNMTs.
Financial aid: CNPq, CAPES, FAPERGS.