Kalau yang belum kenal sama HyperChem kenalan dulu ya.

HyperChem ini merupakan software jebolan Hypercube, Inc.

Software ini merupakan molecular modeling dimana memiliki tampilan 3D yang tebilang baik (menurut mata saya lho).

Nah gambar di atas merupakan contoh tampilan grafis yang diperlihatkan menggunakan HyperChem. Software ini tergolong
software berbayar yang lisensinya tergolong cukup mahal lho dan untuk harganya bisa kunjungi situs resminya. Disini saya
akan berbagi cara menggunakan HyperChem secara singkat saja ya?? hehehe..

Gambar di atas menjelaskan seklumit tentang apa yang ada di dalam HyperChem. Kegunaan paling sedarhana dalam
pemanfaatan software ini adalah menggambar suatu struktur senyawa secara 3D. Pada penggambaran senyawa, menu Tool
Icons merupakan tool yang akan sering digunakan. Mulai dari menggambar atom, memilih salah satu atau semua jenis atom

yang digambar, memutar secara 2D atau 3D struktur senyawa dan lain-lain. Gambar dibawah ini merupakan contoh senyawa
yang digambar sendiri.

Nah,, jika kawan-kawan penasaran tentang HyperChem bagaimana cara menggunakannya, dapat di download tutorial
lengkap di -> Tutorial HyperChem

ChemOffice,,,
Posted: Januari 2, 2012 in KImia

2
Kali ini ngebahas tentang chemoffice sama isinya ya ^^ ChemOffice ini merupaka suatu program dimana di dalamnya
terdapat program ChemDraw is, Chem3D dan ChemFinder. Dari ketiga program yang ada di ChemOffice ini memiliki
kegunaan yang berbeda-beda. Sesuai dengan namanya fungsi utamanya adalah untuk menggambar,, menganalisa secara 3D
dan mencari database.

ChemDraw

Ini merupakan tampilan awal saat membuka aplikasi ChemDraw..

Di sini kita dapat menggunakan banyak menu khususnya untuk menggakbar suatu senyawa. Pada toolbox sebelah kiri
banyak pilihan menu. Kalau begitu kita coba membuat senyawa N-(4-hydroxyphenyl)ethanamide atau yang biasa disebut
parasetamol.
Pertama kita pilih solid bond pada toolbox sebelah kiri

Selanjutnya barulah di gambar membentuk parasetamol dengan cara klik mouse kiri tahan dan geser.

Semua standar penulisan pada ChemDraw ini menggunakan atom karbon. Jenis atom karbon ini dapat kita ganti dengan
cara double klik pada bagian yang kita inginkan untuk dirubah lalu mengisinya dengan senyawa tertentu dan yang perlu
diperhatikan harus menggunakan huruf kapital.

Nah di atas merupakan gamber senyawa parasetamol. Tidak terlalu sulit untuk menggambarnya jika mau usaha. Gambar di
atas merupakan gambar secara 2D. Kita dapat merubahnya menjadi 3D dengan menggunakan toolbox baji hitam. Dengan itu
kita nantinya akan mendapatkan stereokimia dari senyawa tersebut.

Fasilitas lain yang ada dalam ChemDraw ini adalah simulasi NMR 13C dan 1H. Fasilitas ii dapat ditemukan pada bagian
menu file estimate urutan kedua dari kanan.

Nah,, gambar di atas itu contoh dari penggunaan 13C NMR shifts. Untuk mendalami lebih jauh lagi kawan-kawan sekalian
dapat mencobanya, jika bingung menu help yang terdapat pada aplikasi ini cukup lengkap.

Software Kimia Jmol

Posted: Desember 27, 2011 in Linux

0
Sekarang ini software-software kimia sudah banyak. Software yang bertebaran pada dunia maya sekarang ini bayak yang
gratisan juga banyak pula yang berbayar. Untuk software yang berbayar antara lain yaitu : HyperChem, Gausian, Pentacle
dan lain-lain. Untuk yang gratisan seperti Jmol, avogadro, openbabel dan lain-lain.

Oh iya, pada sistem operasi ada yang menyediakan software kimia yang sudah build in, Puppy linux. Didalam puppy linux
ada yang namanya chempup,, kumpulan dari software kimia. Chempup pada dasarnya memiliki berbagai jenis software dan

tidak hanya software kimia saja. GElementa, Nomen, JChemPaint, JMol, Avogadro, OpenBabel, ChemTool and GNotebook
adalah software kimia yang terdapat di ChemPup dan dapat di download di sini ->ChemToolBox
Saat ini saya mau ngebahas software jmol dulu ya ^^,,,.

Jmol

Jmol merupakan 3D viewer for chemical structures yang berbasis java. Aplikasi ini gratis lho.. selain gratis aplikasi ini
kompetabel dengan os windows, mac OS X dan linux/unix. Aplikasi ini bisa di download disitus resminya > http://jmol.sourceforge.net/download/. Untuk aplikasi jmol ini tidak membutukkan persyaratan komputer yang neko-neko,
yang penting komputer yang digunakan suport dengan java 1.4 keatas. Tutorial instalasi untuk masing-masing sistem
operasinya bisa di lihat disitusnya.
Setelah diinstal di komputer, saatnya menggunakan aplikasi ini. Penggunaan utama aplikisi ini kan untuk melihat suatu
senyawa secara tiga dimensi tetapi selain itu kita juga bisa menggambar dengan menggunakan jmol ini. Untuk melihat suatu
senyawa, data base nya bisa di download di PupChem. Senyawa yang kita butuhkan bisa di peroleh dengan mudah dan
gratis. Di PupChem tersebut hanya tinggal ketik nama senyawa dan di download file dengan tipe .sdf yang 3D-nya ya.
Gambar di bawah ini adalah contohnya

Jmol yang digunakan dalam sistem operasi linux (PCLinuxOS). Kalau untuk menggambar senyawa sesuai dengan keinginan
yang pertama kali ada lah membuka jmol dengan tampilan polos.

Lalu pada menu tool bar nya klik pada gambar ikon Open the model kit

Setelah di klik muncul seperti ini deh.

Nah langsung muncul senyawa CH4. Untuk merubah senyawa ini dapat klik kanan di sembarang tempat di layar yang
berwarna hitam lalu pilih ikon yang bergambar senyawa dan pilih jenis senyawanya. Digambar saya memilih senyawa
CH3NO2

Nah jadi deh senyawa CH3NO2-nya. Software ini sangat berguna jika kita mempelajari tentang suatu senyawa atau kita juga
dapat menggukanan aplikasi ini untuk proses belajar mengajar.

Untuk menu didalam sebenarnya masih banyak dan Jmol dapat menggunakan suatu script. Untuk keperluan yang sederhana
seperti diatas, kemampuan mengolah data sebatas menggambar itu sudah cukup untuk mengoperasikan aplikasi ini. Untuk
hal yang lebih rumit kemampuan dalam bahasa pemrograman juga di butuhkan.

Selamat mencoba ya,,, Yang tidak bisa kudu di coba,,, Yang sudah bisa kudu di bagi-bagi ilmunya,,,

Sumber :

http://jmol.sourceforge.net/
http://wiki.jmol.org/index.php/Main_Page

Kimia Komputasi
Posted: Desember 15, 2011 in KImia

0
Kimia komputasi adalah salah satu dari cabang kimia yang menggunakan hasil dari teori-teori kimia yang di terjemahkan ke
dalam program komputer untuk menghitung sifat0sifat meolekul dan perubahannya.Pada kimia komputasi kita melakukan
percobaan di depan komputer atau sering disebut dengan istilah lab kering. Tujuan pada kimia komputasi adalah peramalah
terlebih dahulu sebelum kita melakukannya di lab basah. Dengan peramalan ini banyak keuntungan yang didapat seperti
penghematan waktu, penghematan reagen-reagen, penghematan sampel, penghematan biaya dan lain-lain.
Komputer yang digunakan untuk kimia komputasi memang membutuhkan spesifikasi yang cukup tinggi. Spesifikasi ini pada
umumnya tertuju pada VGA-nya, tetapi selain itu seperti prosessor, ram, jenis hardware juga sangat mempengaruhi dalam
running data pada kimia komputasi. Rata-rata spesifikasi yang digunakan yaitu ram 1 Gb keatas, hardisk disesuaikan,
prosessor core i5 keatas, PCI hardware, VGA diatas 1 Gb. Pada proses running ini waktu yang dibutuhkan sangat beragam.
Untuk data yang tidak terlalu mendetai dan objek yang dirunning tidak terlalu kompleks dapat memakan waktu beberapa
jam, tetapi untuk data yang spesifik dan objek yang kompleks dapat memakan waktu berhari-hari.

Dalam kimia komputasi metode komputasi molekul tidak selalu menggunakan teori ikatan kimia modern dan mekanika
kuantum. Komputasi molekul, dapat dipakai untuk penanganan molekul yang kompleks bila memakai teori ikatan kimia
modern dan mekanika kuantum. Selain itu, dikembangkan metode lain, yang tidak dilandasi oleh ikatan kimia modern dan
mekanika kuantum. Misalnya, metode mekanika molekul, yang mengabaikan kehadiran elektron dalam molekul. Ikatan
kimia tidak lagi diperhitungkan sebagai akibat interaksi elektron-elektron, melainkan disederhanakan dengan menggunakan

prinsip-prinsip mekanika klasik (hukum-hukum fisika klasik). Molekul dianggap tersusun atas atom-atom yang berinteraksi
satu sama lain melalui model interaksi yang sesuai dengan hukum-hukum mekanika klasik (hukum-hukum fisika klasik).
Jadi metode komputasi molekul secara sistematis dapat digolongkan dalam berbagai pendekatan berikut :

Metode mekanika molekul, metode ini menggunakan dasar hukum-hukum fisika klasik sebagai perhitungannya.

Metode mekanika kuantum, metode ini menggunakan dasar hukum-hukum fisika kuantum sebagai perhitungannya.
Untuk mendapatkan hasil perhitungan komputasi dengan akurasi tinggi maka pada umumnya pendekatan yang digunakan
(metode ab initio) adalah teori struktur elektron. Tetapi, pendekatan ini memiliki kekurangan, yaitu waktu perhitungan
komputasinya lama dibandingkan dengan perhitungan yang menggunakan pendekatan mekanika molekul. Sedang
Kelebihannya adalah pada umumnya menghasilkan perhitungan yang mendekati penyelesaian sebenarnya,karena semua
pendekatan yang telah dibuat dapat dianggap cukup kecil secara numerik relatif terhadap penyelesaian sebenarnya. Secara
umum, perhitungan dengan pendekatan struktur elektron (ab initio) memberikan hasil kualitatif yang sangat baik dan dapat
memberikan kenaikan keakuratan hasil kuantitatif jika molekul yang dikaji semakin kecil. Dalam metode struktur elektron
ini menggunakan hukum mekanika kuantum sebagai dasar komputasinya.

Dalam kimia kompitasi banyak software yang dapat digunakan baik itu free software atau software berbayar. Stiap software
memiliki kelebihan dan kekurang, semua tergantung dari tujuan penggunaannya. Ini adalah sekelumit sofware-software yang
biasa digunakan dalam kimia komputasi :

Gaussian
Gaussian adalah perangkat lunak atau program kimia komputasi yang dibuat pertama kali oleh Sir John A. Pople dan
perangkat lunak paling populer saat ini. Nama dari perangkat lunak ini diambil dari penggunaan orbital Gaussian yang
digunakan sebagai basis perhitungan komputer. GAUSSIAN memiliki kemampuan untuk melakukan perhitungan kimia
kuantum secara ab initio maupun semi empiris. Software gaussian ini dapat diperoleh di -> http://www.gaussian.com

Q-Chem
Q-Chem adalah program perangkat lunak kimia ab initio komputasi. Q-Chem dapat melakukan sejumlah perhitungan umum
kimia kuantum, termasuk Hartree-Fock , teori kerapatan fungsional (DFT), coupled cluster (CC), konfigurasi interaksi
(untuk eksitasi elektron tunggal-CIS) dan lain-lain. Q-Chem ini dapat diperoleh di -> http://www.q-chem.com

Spartan

Spartan adalah pemodelan molekul dan aplikasi kimia komputasi dari Wavefunction, Inc. Spartan memfasilitasi berbagai
tugas kimia komputasi, termasuk pencarian konformasi, struktur, energi, sifat spektrum, dan mengukur kesamaan molekul 3D. Selengkapnya fitur Spartan 10:

Peningkatan Kinerja Spartan10 mendukung chipset I7 baru dari Intel, dalam praktek ini akan memperluas fungsi
paralel dengan core memory 8-shared, secara signifikan ini meningkatkan fungsionalitas Paralel Spartan.

Tampilan diagram Energi Orbital

potensial permukaan hidrida untuk menjelajahi selektivitas nukleofilik

Extension of T1 thermochemical recipe untuk silikon dan fosfor

Fitur Permukaan clipping memungkinkan visualisasi dalam model grafis terhitung

Peningkatan struktur database dan pilihan pencarian reaksi

Peningkatan kemampuan pencarian spektrum inframerah

Tutorial, masalah, dan Wikipedia dapat diakses dari dalam Spartan

Sifat molekul dan atom yang diperluas dan deskriptor HKSA (Hubungan kuantitatif struktur-aktivitas)

Perhitungan dan tampilan spektrum Raman

Pilihan tampilan spektrum NMR termasuk DEPT, HSQC, dan HMBC

Peningkatan akurasi pergeseran kimia 13C NMR

Data mining, analisis statistik dan plotting

Akses ke Sparta Spectra dan Database sifat spektra IR dan NMR, sifat molekul dan atom dan deskriptor HKSA

Tab berbasis visualisasi pilihan untuk membuka file yang beragam; kustomisasi Toolbar untuk ikon

Pengimplementasian Paralel frekuensi HF (Hartree Fock) dan DFT (density functional theory) dan metode RI-MP2

Pengimplementasian penuh untuk sistem komputer 64 bit.

Spartan dapat diperoleh di -> http://www.computational-chemistry.co.uk

Hyperchem
Hyperchem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc, untuk sistem operasi
Windows 95/98, Windows NT, Windows XP, Windows Vista, Windows 7 dan Linux. HyperChem merupakan program
handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas, dengan menggunakan

visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekuler, menjadikan
HyperChem

terasa

sangat

mudah

digunakan

dibandingkan

dengan

program

kimia

kuantum

yang

lain.

program kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D), perhitungan mekanika molekuler dan mekanika
kuantum (semiempiris dan ab initio), disamping itu tersedia pula database dan program simulate Monte Carlo dan molecular
dynamic (MD). Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:

Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Manipulation)

Display Molekul (Molecular Display)

Kimia Komputasi (Computational Chemistry)

Metode Komputasi (Computational Methods)

Hyperchem dapat diperoleh di -> http://www.hyper.com
Sebenarnya masih banyak lagi software-software lain yang biasa digunakan dalam kimia komputasi. Di luar itu semua kimia
komputasi ini memiliki manfaat, semisal pada bidang pendidikan dan penemuan obat baru. Pada bidang pendidikan dengan
memanfaatkan kimia komputasi para pelajar dapat lebih memahami kimia secara mendalam karena dalam kimia komputasi
dapat terlihat mekanisme molekul yang secara nyata sangatlah kecil ukurannya. Dalam bidang medis ini dapat meramalkan
suatu senyawa-senyawa yang akan menjadi cikal bakal obat. Salah satunya obat virus H5N1 ini sudah di kembangkan
menggunakan kimia komputasi.

Sumber

Http://id.wikipedia.org/wiki/kimia_komputasi
http://www.hyper.com
http://www.perpustakaan.lapan.go.id/jurnal/index.php/beria/711/629
http://www.gaussian.com
Http://en.wikipedia.org/wiki/spartan_(software)
http://www.computational-chemistry.co.uk
Http://komputasi.lipi.go.id/utama.cgi?cetakartikel&1307321396
http://www.q-chem.com
http://www.computational-chemistry.co.uk
http://www.komputasi.lipi.go.id/utama.cgi?artikel&1307321396&1
Http://faijalchemistry.blogspot.com/2010/04/kemampuan-hyperchem.html

http://www.hyper.com

Booting Linux di FlashDisk (USB)

Posted: Desember 15, 2011 in Linux

0
Pada saat ini orang sudah banyak yang memiliki flashdisk. Ukuran dari flashdisk ini juga beragam. Linux merupakan os
yang memiliki system live cd, yaitu kita daat menggunakan os linux ini tanpa harus mengistalnya di harddisk pc atau laptop
anda. Untuk menggunakan fasilitas live cd ini anda harus memiliki cd linux tersebut, tetapi selain cd kita dapat
menggunakan flashdisk. Os linux tersebut harus dimasukkan kedalam flashdisk menggunakan sofware. Software yang
digunakan untuk membuat booting linux di dalam flashdisk beragam jenisnya, salah satunya adalah LinuxLive USB Creator.

LinuxLive USB Creator ini dapat diperoleh dari situs resminya -> http://www.linuxliveusb.com/en/download. Ukuran
software ini tidak terlalu besar yaitu sekitar 4,5 Mb. Distro linux yang disuport oleh LinuxLive USB Creator ini cukup
banyak, di antaranya adalah ubuntu, pclinuxos, centos, linux mint, puppy linux dan masih banyak lagi.
Untuk menggunakannya anda harus mendownload software tersebut dan menginstalnya kedalam harddisk anda. Setelah
terinstal dan anda buka akan muncul jendela seperti ini :

Selanjutnya langkah-langkah nya adalah sebagai berikut :

Pilih USB Flashdisk yang akan di isi dengan Linux, USB harus dengan Format FAT atau FAT32. Jika USB sudah FAT atau
FAT32, kita tidak perlu mem-formatnya.

Langkah ini adalah memilih sumber distro Linux, bisa dari CD-ROM, file ISO yang sudah ada di hardisk atau jika kita
punya koneksi internet yang cepat, pilih Download (langsung download dari internet)

PERSISTENCE, merupakan pengaturan besarnya space USB yang akan digunakan untuk menyimpan data, konfigurasi
yang kita ubah atau jika kita nanti ingin menginstall software tambahan di linux USB ini. Jika ini tidak di isi ( 0 MB), maka
Linux di USB tetap bisa dijalankan, tetapi perubahan data di linux tidak akan tersimpan. Serta kita tidak bisa menyimpan
data di linux dan menginstall software tambahan lain.

Langkah 4 ini ada 3 pilihan : yang pertama apakah file-file yang diuat akan di sembunyikan (hidden), kedua apakah USB
akan di format ( semua data akan hilang) dan ketiga untuk membuat versi portable di windows (perlu koneksi internet)

Langkah terkhir adalah CREATE, klik icon halilintar warna kuning untuk mulai proses pembuatan. Sebelumnya kita bisa
mengatur opsi tambahan dengan klik tombol OPTIONS

Setelah semua proses selesai, anda dapat mencoba linux tersebut. Jangan lupa mengeset prioritas booting pada pc atau laptop
anda menjadi FDD USB. Selamat mencoba.

Sumber :

http://www.linuxliveusb.com

TUTORIAL HYPERCHEM
INTRODUKSI
Program HyperChem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan
oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem
merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah
digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga
dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan
HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum
yang lain.
Program Kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D),
perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (semiempiris dan ab initio).
Disamping itu tersedia pula database dan program simulasi Monte Carlo dan molecular
dynamics (MD).
Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:
Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Mani-pulation)
Display Molekul (Molecular Display)
Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
Metode Komputasi (Computational Methods)
HASIL PERHITUNGAN DENGAN HYPERCHEM
Prediksi:
HyperChem dapat digunakan untuk menentukan bebe-rapa sifat struktur antara lain :
Stabilitas relatif dari beberapa Energi keadaan tereksitasi CI
isomer
Sifat dan struktur keadaan
Panas pembentukan
transisi

Energi aktivasi
Muatan atom
Beda energi HOMO-LUMO
Potensial Ionisasi
Afinitas elektron
Momen dipol
Tingkat energi elektronik
Energi korelasi elektron MP2

Energi interaksi non-bonded

Spektra serapan UV-VIS
Spektra Absorpsi IR
Pengaruh isotop pada vibrasi
Spektra serapan IR
Efek Collision pada sifat
struktur
Stabilitas dari kluster

Simulasi
Interaksi Docking
Pengaruh temperatur pada gerakan molekul
Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
Interaksi intermolekular pada kluster

VIEW TOOLBARS STANDARD

Seketika HyperChem aktif, maka tampak toolbars standard berikut:

Beberapa toolbars yang harus dipahami dulu adalah Draw, Select, Rotate out-of-plane (XY
Rotation), Rotate in-plane (Z Rotation), Translate (XY Translation), Z-Translate,
Magnify/shrink/Zoom,Z-Clipping planes, dan Text Annotation. Penjelasannya sebagai
berikut:

: button `Drawing' untuk menampakkan sistem periodik unsur; cara

melakukanya

Dengan klik 2 kali secara cepat

: button `Selection' untuk memilih atom atau molekul atau untuk melihat
panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi

: button `XY Rotation' untuk memutar molekul sekitar sumbu X dan Y

: button `Z Rotation' untuk memutar molekul sekitar sumbu Z

: button `XY Translation' untuk menggerakkan atom dan molekul sepanjang

sumbu
X dan Y
: button `Z Translation' untuk menggerakkan atom dan molekul sepanjang
sumbu Z

: button `Zoom' untuk membesarkan atau mengecilkan sistem

molekul. Caranya, tekan tombol kin mouse, gerakan ke kiri-bawah untuk
membesarkan, atau gerakan ke kanan-atas untuk mengecilkan
: button `Z Clipping' untuk memotong molekul

: button `Text Annotation' untuk menambakkan text pada layar

Button toolbars yang lain adalah button standar pada Ms Office, yaitu
New : memulai file baru
Open : membuka file lama
Save : menyimpan file aktif ke disket/H-Disk
Cut
: menghilangkan pilihan dan menyimpan ke memori
Copy : menyimpan pilihan ke memori
Paste : menempelkan simpanan di memori ke layar
Print : nge-printing
PERSIAPAN MEMBUAT FILE STRUKTUR BARU
Langkah sederhananya :
Klik <File>, pilih <Preferences>, sehingga muncul tampilan berikut

Pilih pada <Window Color> <White>, supaya layar HyperChem berwarna putih.
Pilihan lain pada <Preferences> dapat dicoba sendiri.
Klik <Display>, pilih <Labels>, sehingga muncul tampilan berikut:

Pada <Labels> pilihlah <Symbol> dalam <Atoms>, lalu pilihlah <Bond Order>
dalam Bonds>. Sementara pilihan manut dulu, lain kali terserah.

MEMBUAT STRUKTUR BARU

Langkah mudahnya:
Klik <File> lalu pilih <New>, supaya layar bersih
Klik button [Draw]

2 kali dengan cepat sehingga muncul < Element Tabel>

Seumpama akan membuat struktur etana (CH3CH3), maka klik I kali huruf <C>
pada <Element Tabel>. Ingat pilihan <Explicit Hydrogens> pada <Element Tabel> jangan
dicentang (tidak dipilih dulu)
Pada layar putih klik kiri mouse 1 kali, kemudian klik kiri mouse I kali lagi dekat dengan
yang pertama, seperti pada gambar

Klik kiri mouse pada C sebelah kiri, jangan dilepas dulu klik kirinya, geser atau hubungkan
ke C yang kedua, sehingga terbentuk ikatan, seperti gambar berikut

Bagaimana membuat etena (CH2CH2) yang orde ikatannya 2 ?

1. Lakukan langkah (1) sampai (5) seperti di atas, persis!
2. Klik button toolbars [Draw]
1 kali, lalu arahkan kursor bertanda <select> dan
tempatkan tepat pada garis ikatan, klik kiri mouse 1 kali saja, maka akan muncul
ikatan ganda.
Untuk membuat etuna (CHCH) yang berorde ikatan 3, maka lakukan klik seperti
ini 2 kali klik kiri mouse, sehingga muncul ikatan tripel.
3. Baru lalukan langkah (6) dan (7).

Klik <Build> dan pilihlah <Add H & Model Build> sehingga muncul struktur berikut

Klik button toolbars yang lain untuk mengubah posisi stuktur, misalnya klik 1 kali
button [XY Rotation]
, kemudian pada layar putih klik kiri mouse dan tahan tents
sambil menggeser mouse kesana-kemari.Coba pilihan lain, misal [translation],
dan [ z o o m ]

MELIHAT PANJANG IKATAN, SUDUT IKATAN, DAN SUDUT TORSION

Klik <Select> dan pilihlah <Atoms>, untuk memilih atom-atom
Klik button toolbars [Select]
1 kali saja
Untuk melihat panjang ikatan, arahkan button [Select] pada garis ikatan tertentu, misalnya
garis ikatan antar C, dan klik kiri mouse l kali tepat pada garis ikatan yang dipilih, maka
akan muncul keterangan pada garis paling bawah layar seperti berikut ini

Jarak antar C adalah 1,54 Angstrom

Cobalah lagi pada garis ikatan lain, dan bacalah panjang ikatannya!
Untuk membebaskan kursor mouse dan memilih maka klik kanan mouse 1 kali
di sembarang tempat.
4. Untuk melihat sudut ikatan H-C-H, maka klik kiri mouse dan tahan tepat di atas atom H
pertama dan geserkan ke atom H kedua, lepaskan klik, dan lihat hasilnya.
Sudut antara atom nomer 6-2-7 (H-C-H) adalah 109,471.
Coba antar 3 atom yang lain ! Misal sudut H-C-C !
5. Untuk melihat sudut torsi atom H-C-C-H, maka klik kiri mouse pada atom H pertama,
tahan klik dan geserkan ke atom H kedua, sehingga muncul gambar berikut
Sudut torsi atom H-C-C-H adalah 180

STRUKTUR 3 DIMENSI
Klik <Display>, dan pilihlah <Rendering>, muncul tampilan berikut

Pada Rendering Options terdapat berbagai pilihan : Rendering Method, Sticks, Balls,
Cylinders, dan Overlapping Spheres. Misalkan pilihannya pada

Rendering Method
: Balls and Cylinder
Sticks : Pilih semua, kecuali Stereo
Balls : Shading dan Highlight
Cylinder
: Color by element
Overlapping Sphere : Shading dan Highlight
Maka akan diperoleh gambar 3 dimensi sebagai berikut:

Untuk berubah ke bentuk semula (misalnya Sticks) tinggal tekan tombol <F2>, bolakbalik!
Perlakukan bentuk gambar 3 dimensi ini seperti bentuk <Sticks>, misalkan untuk
melihat panjang ikatan, sudut ikatan 3 atom, dan sudut torsi 4 atom pilihan. Gerakkan
pula dengan <XY Rotation>, <Z Rotation>, <Translation>, atau <Zoom>
Untuk melihat gambar 3 dimensi yang bagus banget, maka klik <Display> dan
pilihlah <Raytrace>
Jangan lupa simpan gambar strukturnya dengan memilih <File> dan <Save>, kemudian
beri nama file (misal gambar 1).
MENGUBAH STRUKTUR MOLEKUL
Bagaimana membuat struktur Toluena dengan mengubah dari Benzena ?
Klik menu <File>, pilih <Open>, carilah file `Benzene' di direktori C:\Hyper80\
Samples\aromatic
Klik file `Benzene' dan <Open>, maka akan muncul struktur Benzena
Klik menu <Select> dan pilih <Atoms>, ingat jangan pilih dulu <Multiple Selections>,
karena hanya akan memilih satu pilihan saja
Klik kiri mouse tepat di atas salah satu atom H sampai ada tanda lingkaran, tanda berhasil
memilih, kemudian pilih tombol <Delete> pada keyboard
Klik button [Draw]
2 kali dengan cepat sehingga muncul <Element Tabel>
Klik 1 kali huruf <C> pada <Element Tabel>
Klik kiri mouse l kali tepat pada posisi atom H yang dihapus
Tarik garis ikatan dari atom C baru ke atom C yang dihilangkan atom H-nya, dengan cara
menekan tombol kiri mouse tepat di atas atom C baru, tahan dan geserkan ke atom C yang
hilang atom H-nya
Klik <Build> dan pilihlah <Add H & Model Build>

Klik button [XY Rotation]

dan gerakan molekul sehingga atom H yang lain tampak

MEMBUAT STRUKTUR MOLEKUL DART CS CHEMDRAW ULTRA

Aktifkan program CS ChemDraw Ultra
Klik button tool text
1 kali
Misal akan membuat struktur TNT (Trinitrotoluene), klik kiri mouse di ruang kosong,
kemudian ketik `trinitrotoluene' (harus istilah asing)
Klik button tool Marquee
1 kali saja
Klik menu <Structure>, kemudian pilihlah <Convert Name to Structure>, maka
akan keluar struktur TNT
Klik button tool Marquee
kemudian lakukan blok terhadap struktur TNT (nama
struktur jangan ikut diblok),
Klik menu <Edit>, pilihlah <Copy>
Aktifkan program HyperChem
Klik <File>, pilihlah <New> untuk membersihkan ruang
Klik <Edit>, pilihlah <Paste>, maka akan muncul struktur TNT
Simpanlah dan beri nama file TNT
Cobalah sendiri cara ini untuk membuat struktur `Picric acid' atau `2,4,6-trinitrophenol',
`Ammonium picrate', dan `2,4,6-trinitrophenyl-methylnitramine' pada program HyperChem
melalui CS ChemDraw Ultra

MENGAMBIL FILE STRUKTUR MOLEKUL DART DATABASE

Program HyperChem menyediakan database untuk beberapa struktur molekul, diantaranya
struktur asam-asam amino, asam nukleat, kristal, sakarida dan struktur lain. Caranya
sebagai berikut:
Klik menu <Databases>, pilih <Amino acids>, maka akan muncul kotak dialog beberapa
nama asam amino, pilihlah salah Satu.
Klik menu <Databases>, pilih <Saccharides>, klik <Add>, maka akan muncul kotak
dialog beberapa jenis sakarida, pilih salah satu, misalnya <aldoses>, <ketoses> atau yang
lain
Contoh prosedur untuk sugar dan crystal sebagai berikut:
Procedure: Sugar Builder (Databases Menu)
The Sugar (Polysaccharide) Builder module is invoked by a simple click on the HyperChem
menu item. The module has its own structure, menus, and dialog boxes. See the manuals for
a more complete description of the Sugar Builder Module.
Invoking the Sugar Builder Module
L-click on Databases/Saccharides
Creating poly (1->4)--D-Glucose
L-click on Databases/Saccharides
Use the Add/Aldoses menu command to bring up the Aldoses dialog box.
Select the D and options to select the D isomer and anomer.
Choose the Glucose command button to create a glucose residue in HyperChem.
Choose the 14 connection type by selecting it from the list.
Change and to 48.05 and -20 by entering these numbers in their edit boxes,
respectively.
Repeatedly click on the Glucose command button, once for each residue you wish to add to
the chain.
L-click in the upper right-hand corner of the Aldoses dialog box and the Sugar Builder
Module to close the sugar builder.
Switch back to HyperChem to view the polysaccharide.
Procedure: Crystal Builder (Databases Menu)
The Crystal Builder module is invoked by a simple click on the HyperChem menu item. The
module has is own structure, menus, and dialog boxes. See the manuals for a more complete
description of the Crystal Builder Module.
Invoking the Crystal Builder Module
L-click on Databases/Crystals
Creating a Molecular Crystal
Create a molecule in HyperChem
L-click on Databases/Crystals
L-click on HyperChem/Get in the Crystal Builder Module
Select the Crystal Type, Unit Cell Parameters and the Number of Unit Cells in the Crystal
Builder Module
L-click on HyperChem/Put in the Crystal Bulder Module
Close the Crystal Builder Module by an L-click in the upper right-hand corner.

Return to HyperChem
Reading in a Molecule from the Cambridge Crystallographic Database
L-click on Databases/Crystals to bring up the Crystal Builder Module
L-click on File/Open in the Crystal Builder Module
Navigate to an appropriate directory and read in a CSD file
L-click on HyperChem/Put in the Crystal Builder Module
Close the Crystal Binder Module by an L-click in the upper right-hand corner.
Return to HyperChem
Creating a Sample Crystal
L-click on Databases/Crystals to bring up the Crystal Builder Module
L-click on the Samples...... button
Select an appropriate Sample Crystal Type and then L-click on OK
Select the Number of Unit Cells in the Crystal Builder Module
L-click on HyperChem/Put in the Crystal Builder Module
Close the Crystal Builder Module by an L-click in the upper right-hand corner.
Return to HyperChem

METODE KOMPUTASI
Struktur yang pertama kali dibuat mungkin belum optimal geometri strukturnya, karena itu
harus dilakukan optimasi geometri untuk menempatkan konformasi yang stabil
menggunakan metode komputasi tertentu. HyperChem telah menyediakan dalam
menu <Setup>. Sebagai gambaran berikut ini dijelaskan secara singkat metode
komputasinya.
Metode Kimia Komputasi
Metode kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 bagian besar yaitu mekanika molekuler
dan metode struktur elektronik yang terdiri dari metode semiempiris dan metode ab initio.
Metode yang sekarang berkembang pesat adalah teori kerapatan fungsional (density
functional theory, DFT).
Banyak aspek dinamik dan struktur molekul dapat dimodelkan menggunakan metode klasik
dalam bentuk dinamik dan mekanika molekul. Medan gaya (force field) klasik didasarkan
pada hasil empiris yang merupakan nilai rata-rata dari sejumlah besar data parameter
molekul. Karena melibatkan data dalam jumlah besar hasilnya baik untuk sistem standar,
namun demikian banyak pertanyaan penting dalam kimia yang tidak dapat semuanya
terjawab dengan pendekatan empiris. Jika ada keinginan untuk mengetahui lebih jauh tentang
struktur atau sifat lain yang bergantung pada distribusi kepadatan elektron, maka
penyelesaiannya harus didasarkan pada pendekatan yang lebih teliti dan bersifat umum yaitu
kimia kuantum. Pendekatan ini juga dapat menyelesaikan permasalahan non-standar, yang
pada umumnya metode mekanika molekuler tidak dapat diaplikasikan.
Kimia kuantum didasarkan pada postulat mekanika kuantum. Dalam kimia kuantum, sistem
digambarkan sebagai fungsi gelombang yang dapat diperoleh dengan menyelesaikan
persamaan Schrdinger. Persamaan ini berkait dengan sistem dalam keadaan stasioner dan
energi mereka dinyatakan dalam operator Hamiltonian. Operator Hamiltonian dapat dilihat
sebagai aturan untuk mendapatkan energi terasosiasi dengan sebuah fungsi gelombang yang
menggambarkan posisi dari inti atom dan elektron dalam sistem. Dalam prakteknya,
persamaan Schrdinger tidak dapat diselesaikan secara eksak sehingga beberapa pendekatan
harus dibuat. Pendekatan dinamakan ab initio jika metode tersebut dibuat tanpa menggunakan
data empiris, kecuali untuk tetapan dasar seperti massa elektron dan tetapan Planck yang
diperlukan untuk sampai pada prediksi numerik. Jangan mengartikan kata ab initio sebagai
penyelesaian eksak. Teori ab initio adalah sebuah konsep perhitungan yang bersifat umum
dari penyelesaian persamaan Schrdinger yang secara praktis dapat diprediksi tentang
keakuratan dan kesalahannya.
Kelemahan metode ab initio adalah kebutuhan yang besar terhadap kemampuan dan
kecepatan komputer. Dengan demikian penyederhanaan perhitungan dapat dimasukkan ke
dalam metode ab initio dengan menggunakan beberapa parameter empiris sehingga
dihasilkan metode kimia komputasi baru yang dikenal dengan semiempiris. Metode
semiempiris dapat diterapkan dalam sistem yang besar dan menghasilkan fungsi gelombang
elektronik yang baik sehingga sifat elektronik dapat diprediksi. Dibandingkan dengan
perhitungan ab initio, realibilitas metode semiempiris agak rendah dan penerapan metode
semiempiris bergantung pada ketersediaan parameter empiris seperti halnya pada mekanika
molekul.

Skema Pembagian Metode Kimia Komputasi.

Skema Karakterisasi Metode Kimia Komputasi

Metode Mekanika Molekuler

Metode mekanika molekuler menyediakan pernyataan aljabar yang sederhana untuk energi
total senyawa, tanpa harus menghitung fungsi gelombang atau kerapatan elektron total.
Pernyataan energi mengandung persamaan klasik sederhana, seperti persamaan osilator
harmonis untuk menggambarkan energi yang tercakup pada terjadinya uluran, bengkokan dan
torsi ikatan, gaya antar molekul seperti interaksi van der waals dan ikatan hidrogen.
Dalam metode mekanika molekular, data base senyawa yang digunakan dalam metode
parameterisasi merupakan hal
yang krusial berkaitan dengan kesuksesan
perhitungan. Himpunan parameter dan fungsi matematika dinamakan medan gaya (forcefield).

Dibandingkan dengan metode-metode kimia komputasi yang lain, metode mekanika

molekuler mempunyai sisi baik dan sisi buruk. Sisi baik dari mekanika molekuler adalah
dimungkinkannya modeling terhadap molekul yang besar seperti halnya protein dan segmen
dari DNA tanpa kapasitas komputer yang besar dengan proses perhitungan komputer yang
tidak terlalu lama. Sedangkan metode komputasi yang lain juga mampu modeling terhadap
molekul besar namun memerlukan kapasitas komputer yang besar dan proses perhitungannya
memerlukan waktu yang lama. Sisi buruk dari mekanika molekular adalah banyak sifat kimia
yang tidak dapat didefinisikan dengan metoda ini. Misalnya dalam proses dan hasil
perhitungan. Metode mekanika molekuler hanya mampu memvisualisasikan perhitungan
energi total tetapi pada metode semi empiris selain memvisualisasikan perhitungan energi
total juga mampu memvisualisasikan perhitungan panas pembentukan.
Mekanika molekul dikembangkan untuk mendiskripsikan struktur dan sifat-sifat molekul
sesederhana mungkin. Bidang aplikasi mekanika molekular meliputi :
Molekul yang tersusun oleh ribuan atom.
Molekul organik, oligonukleotida, peptida dan sakarida.
Molekul dalam lingkungan vakum atau berada dalam pelarut.
Senyawa dalam keadaan dasar.
Sifat-sifat termodinamika dan kinetika.
Beberapa jenis medan gaya yang sering digunakan dalam kimia komputasi pada metode
mekanika molekuler :
MM+ (Sesuai untuk sebagian besar spesies non-biologi).
AMBER (Sesuai digunakan dalam polipeptida dan asam nukleat dengan semua atom
hidrogen diikutkan dalam perhitungan).
BIO+ (Dikhususkan untuk perhitungan molekul protein).
OPLS (Metode yang juga dikembangkan untuk protein, tetapi perhitungan interaksi nonikatannya lebih akurat dari metode AMBER).
Beberapa kalkulasi pada menu <Compute> yang dapat dilakukan oleh Mekanika
Molekuler adalah : Single Point, Geometry Optimization, Moleculer Dynamics
Simulation, Langevin Dynamics Simulation, Monte Carlo Simulation, Conformational
Search, dan QSAR Properties.
Quantum mechanics
A theory of electron movement and interactions based on the recognitions that electrons travel
in a limited number of orbits around an atomic nucleus, and that each orbit is characterized by
a specific radius and energy. Electrons can move from one orbit to another by absorbing or
emitting discrete packets of energy, known as quanta. Moving electrons have the properties
of both particles and waves and an orbital using the wave aspect to describe the probability of
finding an electron at a particular point in space. The Schrodinger equation and its derivatives
describe completely the behavior of electrons relative to a fixed nucleus. Using these
equations, it is possible to accurately describe electrons and the behavior of chemical
compounds. Semi-empirical calculations in HyperChem use approximate solutions of the
Schrodinger equation, plus empirical data (parameters), topredict electronic properties of
molecular systems. Ab initio calculations use different approximations to the Schrodinger
equation, without empirical parameters.
Semi-empirical

A
type
of
quantum mechanics chemical calculation that uses parameters derived from experim
ents to simplify the calculation process.
Script Variable:
semi-empirical-method
Type: enum (extendedhuckel, cndo, indo, mindo3, mndo, am1, pm3, zindo1, zindos)
Read Write Status: R, W
Use: Sets in the type of semi-empirical quantum mechanism method for calculations.

Huckel
A simple and approximate method for semi-empirical quantum mechanics calculations. The
Extended Huckel method used in HyperChem is useful only for single part calculations, not for
geometry optimization or molecular dynamic calculations. Extended Huckel calculations
produce qualitative or semi-quantitative descriptions of molecular orbitals and electronic
properties (for example, net atomic charges and spin distributions). This is not a Self-Consistent
Feb (SCF) method.
CNDO
Complete Neglect of Differential Overlap (see NDO). This is the simplest of the SCF methods
for semi-empirical quantum mechanics calculations. It is useful for calculating ground state
electronic properties of open- and closed-shell systems, geometry optimization, and total energy.
HyperChem uses CNDO/2.
INDO
Intermediate Neglect of Differential Overlap (see NDO). This is an SCF method for semiempirical quantum mechanics calculations. It improves on CNDO by accounting for certain onecenter repulsions between electrons on the same atom. Useful for calculating ground-state
electronic properties of open-and closed-shell systems, geometry optimizations, and total
energy.
MINDO/3
Modified Intermediate Neglect of Differential Overlap. This is an SCF method for semiempirical quantum mechanics calculations. An extension of INDO, MINDO/3 uses parameters
fit to experimental results, instead of accurate calculations. Useful for large organic
molecules, cations, and polynitro compounds. Calculates electronic properties, geometry
optimizations, and total energy.
MNDO
Modified Neglect of Diatomic Overlap. This is an SCF method for semi-empirical quantum
mechanics calculations. Useful for various organic molecules containing elements from long
rows 1 and 2 of the periodic table, but not transition metals. Eliminates some errors
in MNDO/3. Calculates electronic properties, optimized geometries, total energy, and heat of
formation.
AM1
A semi-empirical SCF method for chemical calculations. An improvement of the
MNDO method. Useful for molecules containing elements from long rows 1 and 2 of the
periodic table, but not transition metals. Together with PM3, AM1 is generally the most
accurate semi-empirical method included in HyperChem. Calculates electronic properties,
optimized geometries, total energy, and heat of formation.

PM3
A semi-empirical SCF method for chemical calculations. PM3 is a reparametrization of the
AM1 method. PM3 and AM1 are generally the most accurate methods in HyperChem. PM3
has been parameterized for many main group elements and some transition metals.
ZINDO/1
Based on a modified version ofINDO/1. You can use ZINDO/1 for calculating energy states
in molecules containing transition metals.
ZINDO/S
An INDO method parameterized to reproduce UV visible spectroscopic transitions when
used with singly-excited configuration interaction (CI) methods.
Use ZINDO/1 rather than ZINDO/S for geometry optimizations and comparisons of total
energies.
Beberapa komputasi pada menu <Compute> yang dapat dilakukan oleh Semi Empiric,
selain metode Extended Huckel adalah : Single Point, Geometry Optimization, Moleculer
Dynamics Simulation, Langevin Dynamics Simulation, Monte Carlo Simulation,
Vibrations, Transition State, Conformational Search, dan QSAR Properties.
Sedangkan metode Extended Huckel hanya dapat untuk : Single Point, Conformational
Search, dan QSAR Properties.
Ab initio method
Perhitungan komputasi dinamakan ab initio jika metode tersebut dibuat tanpa menggunakan
data empiris, kecuali untuk tetapan dasar seperti massa elektron dan tetapan Planck yang
diperlukan untuk sampai pada prediksi numerik. Metode ab initio tidak dapat disebut
penyelesaian eksak. Teori ab initio adalah sebuah konsep perhitungan yang bersifat umum
dari penyelesaian persamaan Schrdinger yang secara praktis dapat diprediksi tentang
keakuratan dan kesalahannya. Kelemahan metode ab initio adalah kebutuhan yang besar
terhadap kemampuan dan kecepatan komputer.
Ab initio calculations can be performed at the Hartree-Fock level of approximation,
equivalent to a self-consistent-field (SCF) calculation. The post Hartree-Fock level includes
the effects of correlation which are not inducted at the Hartree-Fock level of approximation
of a non-relativistic solution to the Schrodinger equation (within the clamped-nuclei BornOppenheimer approximation).
HyperChem performs ab initio SCF calculations generally. It also can calculate the
correlation energy (to be added to the total SCF energy) by a post Hartree-Fock procedure
call MP2 that does a Mailer-Plesset second-order perturbation calculation. The MP2
procedure is only available for single point calculations and only produces a single number,
the MP2 correlation energy, to be added to the total SCF energy at that
single pointconfiguration of the nuclei.

Basis set
Any set of one-electron functions can be a basis set in the LCAO approximation. However, a
well-defined basis set will predict electronic properties using fewer terms than a poorly-defined

basis set. Thus, choosing a proper basis set in ab initio calcuations is critical to the rellability
and accuracy of the calculated results.
One would like to define, in advance, the standard basis sets that will be suitable to most users.
However, one also wants to allow sophisticated users the capability to modify existing basis
sets
or
to
define
their
own
basis
sets.
We
have
thus
defined
a HyperChem basis set file format, and the HyperChem package includes a number of these.
BAS files that define standard basis sets. Users can also define as many of their own basis sets
as they like using this file format. The details of the HyperChem basis sets file format are
described in Chapter 6 of the HyperChem Release 4.5 New Features manual.
Many conventional and commonly-used ab initio basis sets are supported in HyperChem.
These basis sets include:
STO-1G and STO-1G* (H and He);
STO-2G and STO-2G* (H to Xe);
STO-3G and STO-3G* (H to Xe);
STO-4G and STO-4G* (H to Xe);
STO-5G and STO-5G* (H to Xe);
STO-6G and STO-6G* (H to Xe);
3-21G, 3-21G*, and 3-21G** (H to Ar);
4-21G, 4-21G*, and 4-21G** (H to Ne);
6-21G, 6-21G*, and 6-21G** (H to Ar);
4-31G, 4-31G*, and 4-31G** (H to Ne);
5-31G, 5-31G*, and 5-31G** (H to F);
6-31G, 6-31G*, and 6-31G** (H to Ar);
6-311G, 6-311G*, and 6-311G** (H to Ar);
D95, D95* and D95** (H to CI).
Beberapa komputasi pada menu <Compute> yang dapat dilakukan oleh Ab Initio adalah :
Single Point, Geometry Optimization, Moleculer Dynamics Simulation, Langevin
Dynamics Simulation, Monte Carlo Simulation, Vibrations, Transition State,
Conformational Search, dan QSAR Properties.
OPTIMASI GEOMETRI STRUKTUR MOLEKUL
Menu Activator:
maenu-compute-geometry-optimization
Use: Finds an optimal conformation for the molecular system.
Dialog Box: Molecular Mechanics or Semi-empirical or ab initio Geometry Optimization
Langkah persiapan sebelum komputasi adalah menyiapkan file tempat menyimpan data
hasil komputasi. Caranya adalah :
Klik <File>, pilihlah <Start
Log>, tentukan
direktori
file-nya,
contohnya
di
`My Documents', kemudian beri nama file' dan klik <OK>
Siap melaksanakan penyimpanan hasil komputasi

Optimasi Geometri
Sebagaimana kita ketahui, perubahan struktur dalam suatu molekul biasanya menghasilkan
perbedaan energi dan sifat-sifat lainnya. Oleh karena itu perhitungan-perhitungan
penyelidikan dilakukan pada suatu sistem molekul yang memiliki struktur geometri yang

tertentu. Bagaimana energi suatu sistem molekul berubah sejalan dengan perubahan kecil
pada strukturnya digambarkan oleh energi potensial permukaannya.
Inti prosedur optimasi suatu struktur molekul adalah membandingkan energi struktur yang
didapatkan dengan struktur sebelumnya. Energi struktur yang lebih rendah dari sebelumnya
menunjukkan kestabilan struktur dibandingkan sebelumnya. Prosedur ini diulang sampai
mendapatkan energi struktur yang tidak jauh berbeda dengan sebelumnya.
Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah perhitungan yang paling
umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda
akan menentukan kestabilan konformasi, keseimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk
reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia.
Ada 4 jenis metode optimasi yang sering digunakan, yaitu :
Steepest descent, dikhususkan untuk perhitungan yang cepat agar menghilangkan sterik yang
berlebihan dan masalah tolakan pada struktur awal.
Conjugate gradient Fletcher-Reeves untuk mencapai konvergensi yang efisien.
Conjugate gradient Polak-Riebere hampir sama dengan metode Fletcher-Reeves, yaitu untuk
mencapai konvergensi yang efisien
Block-diagonal Newton-Raphson (hanya untuk MM+), yang memindahkan satu atom pada
suatu waktu dengan menggunakan informasi turunan keduanya.
Algoritma Conjugate gradient lebih baik digunakan dibandingkan dengan algoritma Steepest
descent. Perbedaan terdapat pada metode perhitungannya.
Langkah-langkah optimasi
Select the atoms for optimization, or deselect all atoms to optimize the whole molecular
system.
Specify either Sctup/Molecular Mechanics or Setup/Semi-empirical.
Select Compute/Geometry Optimization.
Specify the algorithm used to calculate the minimum potential energy.
Algorithm
Specify the options for the calculations.
Options
Specify how often to refresh the screen by entering a number in the Screen refresh period
text box.
L-click OK.
Algorithm
Steepest Descent
Moves directly down the steepest slope of interatomic forces on the potential energy surface,
making limited changes to the molecular structure. This method is useful for correcting bad
geometry or removing bad contacts. It is most effective when the molecular system is far from
minimum, and is less satisfactory for macromolecular systems.
Fletcher-Reeves
A conjugate gradient method using one-dimensional searches. This algorithm converges better than
the Steepest Descent method.
Polak-Ribiere
A conjugate gradient method using one-dimensional searches, converging more quickly than
Fletcher-Reeves but using slightly more memory.
Eigenvector-Following
Available for semi-empirical and ab initio quantum mechanical methods (Setup/Semiempirical and Setup/Ab initio), this method moves the atoms of a molecular system based on the

eigenvector of the Hessian (the second derivatives of the total energy with respect to
displacements). The initial guess of the Hessian is computed empirically.
Block-diagonal Newton Raphson
Available for the MM+ force field, this method moves one atom at a time using second
derivatives.
Options
Termination Conditions
HMS gradient
Set the root-mean-square (RMS) gradient to determine the end of the calculations. When the
RMS gradient is less than the value you enter, the calculation ends.
Cycles Enter a number to limit the number of search directions. The default value is 15 times
the number of atoms.
In vacuo
Removes the periodic boundaries from the calculation.
Periodic boundary conditions
Uses the periodic boundary conditions that exist for the molecular system. You can turn this
off by specifying In Vacuo.
Optimasi geometri minimal dapat juga dilakukan dengan menggunakan <Single Point> dari
menu <Compute>. Metode yang dipilih dapat Molecular Mechanics, Semi-empirical, atau
Ab Initio pada menu <Setup>.
Single point
A calculation that determines the total energy (in Kcal/mole) and gradient of a molecular
system or of selected atoms. With a semi-empirical or ab Initio method, a single point
calculation also determines the electron (charge) distribution in the system. The calculation
represents only the present molecular configuration, a single point on the energy surface for
the molecular system.
Procedure: Ab Initio Single Point (Compute Menu)
Computing a single point using the anti a ma 5 i a a method
Select the atoms to include in the calculation, or deselect all atoms to perform calculations on
the whole molecular system.
Select Setup/Ab Initio.
Set the options you want in the Ab Initio Options dialog box.
Select Compute/Single point.
Choose either of the following options:
Hasil komputasinya dapat dilihat pada lampiran 1.
SIMULASI GERAKAN MOLEKUL
Melihat
simulasi
gerakan
molekul
dapat
dilakukan
menggunakan
menu <Compute> dengan pilihan <Molecular Dynamics> atau <Langevin Dynamics> atau
<Monte Carlo>.
Molecular dynamics
Calculations that simulate the motion of each atom in a molecular system at a fixed energy,
fixed temperature, or with controlled temperature changes. The result of molecular dynamics
calculation is called a trajectory. HyperChem can use any one of the molecular mechanics
semi-empirical quantum mechanics, or ab initio quantum mechanics method for a molecular

dynamics trajectory. You can use this calculation to derive a large number of structural and
thermodynamic properties, including alternative local minima, energy differences between
different configurations, and reaction mechanisms and pathways.

Langeren Dynamics
Calculates the motion of selected stairs or all atoms in a molecular system, over picosecond
time intervals. Demonstrates stable conformations, transition states, and thermodynamic
properties. Use either a molecular mechanics or semi-empirical or ab initio method. Uses
frictional effects to simulate the presence of a solvent.
You perform Langevin Dynamics calculations with HyperChem in the same way as you do
Molecular Dynamics calculations. All of the dialog boxes for Langevin Dynamics are the same
as for Molecular Dynamics except that a few of the available options are different. The
Langevin Dynamics Options dialog box allows you to specify a Friction coefficient which
describes the effects of the simulated solvent, and a Random seed which is the starting point for
the random number generator.
Monte Carlo
Simulates molecular movement so that you can observe equilibrium properties and kinetic
behavior. You can specify as many as three phases for the simulations heating, running and
cooling
Berikut ini prosedur kalkulasi Molecular Dynamics yang dapat juga dipakai untuk
Langevin Dynamics dan Monte Carlo.
Calculating molecular dynamics
Select the atoms for molecular dynamics or deselect all atoms to simulate the whole molecular
system.
Specify either Setup/Molecular Mechanics or Setup/Semi-empirical.
Select Compute/Molecular Dynamics.
Specify the Time Options.
Time Options
Specify the Temperature Options.
Temperature Options
Specify the other Options
Options
Select the output periods.
Data collection period
Screen refresh period
L-click the Playback or Restart option, if desired.
Playback
Restart
If you want snapshots so that you can later replay the simulation, L-click the
Snapshots button.
Snapshots
Playback
If you want to calculate or plot averages, L-click the Averages button.
Averages
L-click the Proceed button in the Molecular Dynamics Options dialog box.
Simulasi gerakan molekul memakan waktu yang lama. Untuk menghentikan tekan
menu <Cancel>.

ANALISIS VIBRASI
Vibrations command computes the vibrational motions of the nuclei and displays the
normal modes associated with individual and infrared vibrations. You can use any of the
semi-empirical methods except Extended Huckel, or any ab initio method except MP2.
Use <Vibrational Spectrum> on the <Compute> menu to view the results of the
computation. Use vibrational analysis to perform the following tasks:
Provide insight into the rigidity of the molecular framework.
Visualize normal modes corresponding to lines in the IR spectrum.
Help identify unknown compounds by correlating predicted versus experimental vibrational
frequencies.
Differentiate minima from saddle points on a potential energy surface.
Procedure: Vibrational Analysis (Compute Menu)
Draw the 2D structure: ethanol
Invoke the Model Builder to create a symmetric linear structure.
Choose <Semi-empirical> from the <Setup> menu. Use Vibrations only with semiempirical methods for evaluating the energy.
Choose any semi-empirical method, except extended Huckel method.
Choose Options.
Set the options you want.
Choose <CI> to open the Configuration Interaction dialog box. Make sure None is selected
as the CI Method. You cannot perform a geometry optimization with a CI wavefunction in
HyperChem.
Close all of the open dialog boxes.
Choose Geometry Optimization on the Compute menu.
Vibrational analysis must be performed at a stationary point where the potential energy
surface (PES) is defined by a zero gradient.
You must use the same semi-empirical method for both the vibrational analysis and the
geometry optimization. For example, performing a vibrational analysis using the PM3
Hamiltonian at a geometry optimized using a CNDO Hamiltonian will generally be invalid
Choose the optimization you want.
After the calculation finishes, choose <Vibrations> on the <Compute> menu.
HyperChem computes the SCF wavefunction and evaluates the gradient analytically at the
optimized geometry. The second derivatives of the energy with respect to the atomic
Cartesian coordinates are computed using a finite differencing of the analytical gradients.
The evaluation of the second derivatives are the most time consuming step. The result is a
matrix of mixed partial second derivatives (force constants), which is diagonalized to yield
normal modes of vibration and their corresponding energies. The status bar shows the
extend to which the matrix is completed.
The normal modes represent a linear combination of atomic Cartesian displacements.
Choose <Vibrational Spectrum> from the <Compute> menu.
The Vibrational Spectrum dialog box, which shows the spectrum of frequencies
corresponding to each normal mode. The spectrum (vertical lines) at the top represent all
the vibrational fundamental frequencies. The spectrum at the bottom corresponds to IRactive vibrations. The frequency increases from the right side to the left side of the dialog
box. The height of the bottom row of lines corresponds to their IR intensities.

Untuk melihat gerakan molekul tekan <Apply>, kalau molekul tertutup maka geser dulu
kotak spektrum IR-nya dengan klik kiri mouse pada baris biru kotak dialog, tahan dan
geserkan mouse sampai tidak menutupi molekul.
Tambahan nih : Supaya Spektrum IR dapat dicopy ke Ms Word maka klik <Copy>, coba
aktifkan Ms Word atau Paint, dan klik <Edit>, lalu pilihlah <Paste>.
Untuk melihat data hasil komputasi sebelumnya dan spektrum IR maka klik <File>, lalu
pilihlah <Stop Log>. Bukalah dengan Ms Word, asal ingat tempat direktori dan nama
filenya (*.log). Ingat!! Langkah <Stop Log> dapat dilakukan kalau sebelum melakukan
komputasi telah di-klik <Start Log> dari menu <File> dan sudah diberi nama file-nya.

Procedure: Transition State

Draw the 2D structure, say, methanol:
Double-click on the Selection tool icon. HyperChem builds the molecule.
Choose <Semi-empirical> on the <Setup> menu.
Choose a Semi-empirical method, say, <AM1> for a transition state calculation.
Compute/Transition State is not available for Extended-Huckel calculations.
Choose <Options>.
Set the Total charge, sat, 0, and the Spin multiplicity, say, 1, and then choose <OK> to
close both dialog boxes.
Choose <Transition State> on the <Compute> menu.
The Transition State Search Options dialog box appears.
Choose the <Eigenvector Following a vibrational> mode radio button and L-click <OK>.
This command starts a AM 1 calculation for the initial Hessian and vibrational modes for
METHANOL. Wait until the calculation is done.
Select a vibrational mode, say, 1 from the Vibrational Modes dialog box and L-click OK.
This tells HyperChem search a transition state by maximizing the energy along this
specified mode and minimizing the energy along all other modes.
Wait until this calculation is done.
Choose <Vibrations> on the <Compute> menu.
This starts a vibrational calculation with the molecular system, methanol here.
Choose <Vibrational Spectrum> on the <Compute> menu.
The Vibrational Spectrum dialog box, which shows the spectrum of frequencies
corresponding to each normal mode. The spectrum (vertical lines) at the top represent all
the vibrational fundamental frequencies. The spectrum at the bottom corresponds to IR-

active vibrations. The frequency increases from the right side to the left side of the dialog
box. The height of the bottom row of lines corresponds to their IR intensities.
L-click the first vibrational mode (the first mode on the right side of the Vibrational
Spectrum dialog box) to see the frequency of this vibrational mode.
L-click the second vibrational mode to the frequency of this vibrational mode.

If the frequency of the first vibrational mode is negative and the frequency of the
second vibrational mode is positive, the molecular system is at a transition state.
Otherwise, it is just at a stationary point, not a transition state.
Procedure: Transition State: Synchronous Transit Mode (Compute Menu)
Draw 2D structure that represents the product of a chemical reaction, say, CH3CH2C1
Double-click on the Selection tool icon. HyperChem builds the molecule.
Choose File/Save As to save the product to a file.
Draw another 2D structure that represents the reactant of the chemical reaction, say,
CH2=CH2, and H-Cl
Double-click on the Selection tool icon. HyperChem builds the molecule.
L-click the Select tool from the Tool bar in HyperChem.
Select all the atoms in the reactant.
Choose Select/Name Selection.
The Name Selection dialog box appears.
L-click the REACTANT radio button and L-click.
Deselect the current selection and select all the atoms in the product.
Choose Select/Name Selection.
L-click the PRODUCT radio button and L-click OK.
Choose Setup/Reaction Map.
The Reaction Mapping dialog box appears.
Map the atoms in the reactant and the atoms in the product.
L-click OK once you have finished the mappings.
HyperChem closes the Reaction Mapping dialog box and creates an initial guess structure for
a transition state search from the given reactant and product and the lamda value.
Choose Semi-empirical on the Setup menu.
Choose a Semi-empirical method, say, AM I for a transition state calculation.

Compute/Transition State is not available for Extended-Huckel calculations.

Choose Options.
Set the Total charge, sat, 0, and the Spin multiplicity, say, 1, and then choose OK to close
both dialog boxes.
Choose the Synchronous Transit radio button and the QST radio button and L-click OK. This
command starts a AMI calculation of searching a transition state. Wait until the calculation is
done.
Choose Vibrations on the Compute menu.
This starts a vibrational calculation with the molecular system shown in the HyperChem
workspace.
Choose Vibrational Spectrum on the Compute menu.
The Vibrational Spectrum dialog box, which shows the spectrum of frequencies
corresponding to each normal mode. The spectrum (vertical lines) at the top represent all the
vibrational fundamental frequencies. The spectrum at the bottom corresponds to IR-active
vibrations. The frequency increases from the right side to the left side of the dialog box. The
height of the bottom row of lines corresponds to their IR intensities.
L-click the first vibrational mode (the first mode on the right side of the Vibrational Spectrum
dialog box) to see the frequency of this vibrational mode.
L-click the second vibrational mode to the frequency of this vibrational mode.
If the frequency of the first vibrational mode is negative and the frequency of the second
vibrational mode is positive, the molecular system is at a transition state. Otherwise, it is just
at a stationary point, not a transition state

ANALISIS SIFAT MOLEKUL

Procedure: Properties of Atom, Bond, or Molecular System
To display an atoms properties
Select only one atom
L-click on Compute/Properties.

To display a bond's properties

Select only the two atoms of a bond.
L-click on Compute/Properties

To display the properties of the molecular system

See that nothing is selected (R-click with selection cursor in empty space), for NH3
L-click on Compute/Properties.

QSAR Properties
Properties calculated for Quantitative Structure Activity Relationships (QSAR). HyperChem
calculates a number of properties rapidly that can then be used in QSAR studies. HyperChem
does not directly do the QSAR with the calculated properties. The properties that can be
calculated and are related to QSAR studies are:
Partial atomic charges - Gasteiger and Marsili scheme.
Surface areas - a grid method or a faster more approximate method. Either solvent
accessible area or van der Waals surface area.
Hydration energy - for peptides and proteins
Volume - a grid method
Log P - according to Ghose, Pritvchett and Crippen
Refractivity - similar approach as for Log P
Mass - ordinary molecular mass
Procedure: QSAR Properties (Compute Menu)
Calculating QSAR Properties
Be sure you have a molecular system in the workspace
L-click on <Compute>, pilihlah <QSAR Properties>.
L-click on <Options> dan pilih <Output To..>
Select the Destinations for your results. Also decide whether you want to see atomic
contributions.
L-click on one of the buttons to select one of the nine properties to calculate.
L-click on <Options> dan <Calculation Options> if it is enabled (un-grayed) for your
property of interest and select any additional options.
If you are calculating Partial Charges, decide whether to use initial guesses of zero or to Base
(the initial guess) on Current Charges.
L-click on the <Compute> button to calculate a QSAR property for the molecule in the
workspace.

Electronic Spectrum
Computes the energy difference between the ground electronic state and the first few excited
electronic states of a molecular system. ZINDO/S is specifically parameterized to reproduce
ultraviolet-visible or electronic spectra; however, you can use any of the semi-empirical
methods except Extended Huckel, or any of the ab initio methods except MP2.
You must perform a singly-excited CI method with the semi-empirical or ab initio method
you choose in order to generate a UV-vis spectrum.
Procedure: Electronic Spectrum (Compute Menu)
Use the following procedure for UV visible spectroscopy:
Draw the two-dimensional (2D) structure: Glucose
Double-click on the Selection tool icon to invoke the Model Builder.
Choose <Semi-empirical> on the <Setup> menu.
Choose <PM3> and then L-click on <Options>. You can use any semi-empirical methods to
compute UV-vis spectra.
In the Semi-empirical Options dialog box, choose RHF spin pairing, set Total charge, Spin
multiplicity, and choose Lowest state.
You must use RHF spin pairing when you want to compute electronic spectra.
Choose CI.
Choose Singly Excited as the Cl Method. Singly Excited is the most efficient and welldefined way to calculate spectroscopic energies.

Choose Orbital Criterion, and specify the number of Occupied and Unoccupied orbitals.
You can also use Energy Criterion.
The number of excited electronic states calculated is equal to the number of interacting
configurations (determinants), which is given by the number of permutations of electrons
going from occupied to unoccupied orbitals.
Close all open dialog boxes by L-clicking on the OK buttons, and then choose <Single
Point> from the <Compute> menu.
HyperChem performs an SCF calculation to obtain the reference electronic configuration
associated with the singlet ground state of the molecule. Next, HyperChem generates a series
of singly excited configurations, computes the Hamiltonian matrix elements between them,
and then diagonalizes the matrix to get the spectrum of electronic states.
When the calculation finishes, choose <Electronic Spectrum> on the <Compute> menu.
Two sets of lines (transitions) appear in the dialog box. The top set shows all the excited
electronic states (both singlet and triplet); the bottom set shows only states that are
spectroscopically active and their relative intensities.
L-click on the right-most bottom line. This line changes to a violet line, indicating it is
selected HyperChem displays information on this transition in the bottom of the dialog box.

VISUALISASI SIFAT MOLEKULER

Potential Energy Plots

Displays a potential energy surface. The independent variable depends upon the current
selection status when you click on the menu item. If the current selection corresponds to an
independent variable that variable is used for the plot. If the current selection does not
correspond to an independent variable, then PLOT1 and PLOT2 are used for the independent
variables. If none of these are appropriate, the menu item will be inactive (grayed).
PLOT1 and PLOT2 are the independent variables for a two-dimensional potential energy
plot. Each of them must be a Named Selection. A two-atom named selection corresponding to
a bond, or a three-atom named selection corresponding to a bond angle, or a four-atom named
selection corresponding to a torsion are all appropriate independent variables. If you are
requesting a one-dimensional potential energy plot, then either PLOT1 should be undefined
or you should use the current selection to define the independent variable.
If the current selection corresponds to the atoms of a bond, an angle, or a torsion, then that
structural moiety will be the independent variable and a one-dimensional potential energy
plot will be suggested. If the current selection is the two atoms of a bond, then the first dialog
box below will be requested. If the current selection is the three atoms of an angle or the four
atoms of a torsion, then the second dialog box below will be requested.
If the current selection is not appropriate for the independent variable of a one-dimensional
potential energy plot, then the Compute/Potential... menu item will enabled (un-grayed) only
if PLOT1 and/or PLOT2 are defined. If at least PLOT1 is defined and the current selection is
inappropriate for an independent variable, then the third dialog box below will be requested.
Procedure: Displaying a Potential Energy Surface (Compute Menu)
Displaying a One-Dimensional Potential
Select only the two atoms of a bond length, the three atoms of a bond angle, or the four
atoms of a bond torsion.
L-click on <Compute> dan <Potential>.
Use the <Properties> button to modify the options used in the plot, if necessary

Displaying a Two-Dimensional Potential

Select only the two atoms of a bond length, the three atoms of a bond angle, or the four
atoms of a bond torsion as the first independent variable.
L-click on <Select> dan <Name Selection> to name the selection as PLOT1.

Select only the two atoms of a bond length, the three atoms of a bond angle, or the four
atoms of a bond torsion as the second independent variable.
L-click on <Select> dan <Name Selection> to name the selection as PLOT2.
L-click on <Compute> dan <Potential>.
Use the <Properties> button to modify the options used in the plot, if necessary.
Plot Molecular Properties: Molecular Properties Tab (Compute Menu)
Use this command if you want to display electrostatic potential, total spin density, or total
charge density results of an semi-empirical or ab initio calculation. This command is
unavailable unless a quantum-mechanical wavefunction has been calculated, via Single Point,
Geometry Optimization, Molecular Dynamics, Langevin Dynamics, Monte Carlo, Vibrations,
or Transition State.
Property:

Representation:

Procedure: Plot Molecular Graphs (Compute Menu)

Draw the 2D structure: NH3
Double-click on the Selection tool icon. HyperChem builds the molecule.
Choose <Semi-empirical> on the <Setup> menu.
Choose any of the Semi-empirical methods for a single point calculation.
Choose <Options>.
Set the <Total charge> and the <Spin multiplicity>, and then choose OK to close both
dialog boxes.
Choose <Single Point> on the <Compute> menu.
When the calculation finishes, choose <Plot Molecular Graphs> on the <Compute> menu.
The Plot Molecular Properties Options dialog box opens.
Select one of the properties : Electrostatic potential, Total spin density, Total charge density
Choose a representation. : 2D Contours, 3D Isosurface, 3D Mapped Isosurface
L-click on OK.

Orbital
The probability function describing the spatial distribution of an electron. Atomic orbitals
describe the electrons in atoms. Molecular orbitals, derived as a linear combination of atomic
orbitals (LCAO), describe electrons in molecules.
Once you have performed a semi-empirical or ab initio calculation you can choose Orbitals to
display the contours of the energy levels for all orbits or an orbit you specify. Use the Orbits
dialog box to see degeneracies and near degeneracies, HOMO-LUMO gaps, orbital
occupation scheme, alpha and beta spin manifolds separately (for UHF calculations of open
shell systems), d-d splittings (for transition metals).
Procedure: Orbitals (Compute Menu)
Draw the 2D structure: NH3
Double-click on the Selection tool icon. HyperChem builds the molecule.
Choose Semi-empirical on the Setup menu.
Choose any of the Semi-empirical methods for a single point calculation.
Choose Options.
Set the Total charge and the Spin multiplicity, and then choose OK to close both dialog
boxes.
Choose Single Point on the Compute menu.
When the calculation finishes, choose Orbitals on the Compute menu. The Orbitals dialog
box opens. The long dotted line in the middle of the dialog box represents zero energy. The
violet lines represent virtual orbitals, and the green lines represent occupied orbitals.
L-click on the Labels option in the dialog box to see the filling of the orbitals.
Move the Orbitals dialog box to the side of the screen so you can see the HyperChem
workspace.
Select an orbital.
The selected orbital level is highlighted in red. The values for the energy and the orbital
designation appear in the Orbitals options box.
Choose 2D Contours or 3D lsosurface.
L-click on Plot.
Choose Number to number the orbitals starting from lowest energy orbital.
Choose HOMO to display the number of the orbital as an offset from the HOMO.
Choose LUMO+ to display the number of the orbital as an offset from the LUMO.
L-click drag a rectangle around a group of orbitals.
Choose Zoom to visualize the entire set of orbitals.

Contoh Hasil Perekam Komputasi Menggunakan <Start Log> dan <Stop Log>
HyperChem log start -- Sat Mar 29 09:03:41 2008.
Single Point, SemiEmpirical, molecule
Documents\diktat hyper\NH3.hin.

D:\Documents

AM1
Convergence limit = 0.0100000 Iteration limit = 50
Accelerate convergence = NO
RHF Calculation:
Singlet state calculation
Number of electrons = 8
Number of Double Occupied Levels = 4
Charge on the System = 0
Total Orbitals = 7
Starting AM1 calculation with 7 orbitals
Iteration = 1 Difference = 1430.40403
Iteration = 2 Difference = 10.08501
Iteration = 3 Difference = 2.52484
Iteration = 4 Difference = 0.85492
Iteration = 5 Difference = 0.00598
Energy=-276.372055 kcal/mol Gradient=6.836424 Symmetry=C3V
ENERGIES AND GRADIENT
Total Energy
=
Total Energy
=
Binding Energy
=
Isolated Atomic Energy
=
Electronic Energy
=
Core-Core Interaction
=
Heat of Formation
=
Gradient
=

-5732.5124109 (kcal/mol)
-9.135338891 (a.u.)
-276.3720549 (kcal/mol)
-5456.1403560 (kcal/mol)
-9987.6978735 (kcal/mol)
4255.1854627 (kcal/mol)
-7.0660549 (kcal/mol)
6.8364239 (kcal/mol/Ang)

and

Settings\My

MOLECULAR POINT GROUP

C3V
EIGENVALUES(eV)
Symmetry:
1 A1
1E
1E
2 A1
Eigenvalue: -32.426362 -15.814177 -15.814177 -10.371295
Symmetry:
Eigenvalue:

2E
6.111278

2E
6.111278

ATOMIC ORBITAL ELECTRON POPULATIONS

AO:
1 S N 1 Px N
1 Py N
1 Pz N
1.586398 1.203774 1.135901 1.475261
AO:

3 S H
0.866222

3 A1
4.106811

2 S H
0.866222

4 S H
0.866222

NET CHARGES AND COORDINATES

Atom Z Charge
Coordinates(Angstrom)
x
y
z
1 7 -0.401334
-1.01432 0.15037 -0.04881
2 1 0.133778
-1.01432 1.16037 -0.04881
3 1 0.133778
-0.06208 -0.18629 -0.04881
4 1 0.133778
-1.49043 -0.18629 0.77586

Mass
14.00700
1.00800
1.00800
1.00800

ATOMIC GRADIENTS
Atom Z
Gradients(kcal/mol/Angstrom)
x
y
z
1 7
-3.19825 -2.26151 -5.53947
2 1
-1.08454 12.91896 -1.87830
3 1
11.81867 -5.32866 -1.87838
4 1
-7.53588 -5.32879 9.29615
Dipole (Debyes) x
Point-Chg.
0.306
sp Hybrid
0.562
pd Hybrid
0.000
Sum
0.868

y
0.216
0.397
0.000
0.614

z
0.530
0.973
0.000
1.503

Total
0.649
1.192
0.000
1.841

Geometry optimization, SemiEmpirical, molecule = D:\Documents and Settings\My

Documents\diktat hyper\NH3.hin.
AM1
PolakRibiere optimizer
Convergence limit = 0.0100000 Iteration limit = 50
Accelerate convergence = NO
Optimization algorithm = Polak-Ribiere
Criterion of RMS gradient = 0.1000 kcal/(A mol) Maximum cycles = 60
RHF Calculation:

Singlet state calculation

Number of electrons = 8
Number of Double Occupied Levels = 4
Charge on the System = 0
Total Orbitals = 7
Starting AM1 calculation with 7 orbitals
E=-276.3721 kcal/mol Grad=0.000 Conv=NO(0 cycles 0 points) [Iter=1 Diff=1430.40403]
E=-276.3721 kcal/mol Grad=0.000 Conv=NO(0 cycles 0 points) [Iter=2 Diff=10.08501]
E=-276.3721 kcal/mol Grad=0.000 Conv=NO(0 cycles 0 points) [Iter=3 Diff=2.52484]
E=-276.3721 kcal/mol Grad=0.000 Conv=NO(0 cycles 0 points) [Iter=4 Diff=0.85492]
E=-276.3721 kcal/mol Grad=0.000 Conv=NO(0 cycles 0 points) [Iter=5 Diff=0.00598]
E=-276.3721 kcal/mol Grad=6.836 Conv=NO(0 cycles 1 points) [Iter=1 Diff=0.05705]
E=-276.3721 kcal/mol Grad=6.836 Conv=NO(0 cycles 1 points) [Iter=2 Diff=0.01105]
E=-276.3721 kcal/mol Grad=6.836 Conv=NO(0 cycles 1 points) [Iter=3 Diff=0.00332]
E=-276.6098 kcal/mol Grad=1.759 Conv=NO(0 cycles 2 points) [Iter=1 Diff=0.00075]
E=-276.6177 kcal/mol Grad=0.824 Conv=NO(1 cycles 3 points) [Iter=1 Diff=0.00206]
E=-276.6246 kcal/mol Grad=0.490 Conv=NO(1 cycles 4 points) [Iter=1 Diff=0.00269]
E=-276.6292 kcal/mol Grad=0.246 Conv=NO(1 cycles 5 points) [Iter=1 Diff=0.00917]
E=-276.6301 kcal/mol Grad=0.509 Conv=NO(1 cycles 6 points) [Iter=1 Diff=0.00014]
E=-276.6321 kcal/mol Grad=0.119 Conv=NO(2 cycles 7 points) [Iter=1 Diff=0.00020]
E=-276.6313 kcal/mol Grad=0.440 Conv=NO(2 cycles 8 points) [Iter=1 Diff=0.00008]
E=-276.6322 kcal/mol Grad=0.015 Conv=YES(3 cycles 9 points) [Iter=1 Diff=0.00000]
ENERGIES AND GRADIENT
Total Energy
= -5732.7725376 (kcal/mol)
Total Energy
= -9.135753429 (a.u.)
Binding Energy
= -276.6321816 (kcal/mol)
Isolated Atomic Energy
= -5456.1403560 (kcal/mol)
Electronic Energy
= -10024.9418398 (kcal/mol)
Core-Core Interaction
= 4292.1693022 (kcal/mol)
Heat of Formation
=
-7.3261816 (kcal/mol)
Gradient
=
0.0227887 (kcal/mol/Ang)
MOLECULAR POINT GROUP
C3V
EIGENVALUES(eV)
Symmetry:
1 A1
1E
1E
2 A1
Eigenvalue: -32.688079 -15.902410 -15.902410 -10.416908
Symmetry:
Eigenvalue:

2E
6.169775

3 A1
4.223025

2E
6.169775

ATOMIC ORBITAL ELECTRON POPULATIONS

AO:
1 S N 1 Px N 1 Py N 1 Pz N 2 S H
1.580104 1.204235 1.136518 1.475097 0.868015

AO:

3 S H
0.868015

4 S H
0.868015

NET CHARGES AND COORDINATES

Atom Z Charge
Coordinates(Angstrom)
x
y
z
1 7 -0.395955
-1.01501 0.14988 -0.05000
2 1 0.131985
-1.01182 1.14769 -0.04448
3 1 0.131985
-0.07320 -0.17971 -0.04448
4 1 0.131985
-1.48112 -0.17971 0.76839

Mass
14.00700
1.00800
1.00800
1.00800

ATOMIC GRADIENTS
Atom Z
Gradients(kcal/mol/Angstrom)
x
y
z
1 7
0.03193
0.02258 0.05531
2 1
-0.01167 -0.00172 -0.02021
3 1
-0.00551 -0.01043 -0.02021
4 1
-0.01475 -0.01043 -0.01488
Dipole (Debyes) x
Point-Chg.
0.304
sp Hybrid
0.567
pd Hybrid
0.000
Sum
0.870

y
0.215
0.401
0.000
0.615

z
0.526
0.981
0.000
1.507

Total
0.644
1.202
0.000
1.846

Vibrational Analysis, SemiEmpirical, molecule = D:\Documents and Settings\My

Documents\diktat hyper\NH3.hin.
AM1
Convergence limit = 0.0100000 Iteration limit = 50
Accelerate convergence = NO
RHF Calculation:
Singlet state calculation
Number of electrons = 8
Number of Double Occupied Levels = 4
Charge on the System = 0
Total Orbitals = 7
Starting AM1 calculation with 7 orbitals
Iteration = 1 Difference = 1444.16939
Iteration = 2 Difference = 9.92973
Iteration = 3 Difference = 2.55998
Iteration = 4 Difference = 0.87677
Iteration = 5 Difference = 0.00571
ENERGIES AND GRADIENT
Total Energy
= -5732.7716372 (kcal/mol)
Total Energy
= -9.135751994 (a.u.)

Binding Energy
Isolated Atomic Energy
Electronic Energy
Core-Core Interaction
Heat of Formation
Gradient

= -276.6312812 (kcal/mol)
= -5456.1403560 (kcal/mol)
= -10024.9409395 (kcal/mol)
= 4292.1693022 (kcal/mol)
=
-7.3252812 (kcal/mol)
=
0.2339703 (kcal/mol/Ang)

MOLECULAR POINT GROUP

C3V
EIGENVALUES(eV)
Symmetry:
1 A1
1E
1E
2 A1
Eigenvalue: -32.690167 -15.904118 -15.904118 -10.417706
Symmetry:
Eigenvalue:

3 A1
4.220990

2E
2E
6.166559 6.166559

ATOMIC ORBITAL ELECTRON POPULATIONS

AO:
1 S N 1 Px N 1 Py N 1 Pz N 2 S H
1.580769 1.203917 1.136369 1.474102 0.868281
AO:

3 S H
0.868281

4 S H
0.868281

NET CHARGES AND COORDINATES

Atom Z Charge
Coordinates(Angstrom)
x
y
z
1 7 -0.395158
-1.01501 0.14988 -0.05000
2 1 0.131719
-1.01182 1.14769 -0.04448
3 1 0.131719
-0.07320 -0.17971 -0.04448
4 1 0.131719
-1.48112 -0.17971 0.76839
ATOMIC GRADIENTS
Atom Z
Gradients(kcal/mol/Angstrom)
x
y
z
1 7
0.33071
0.23385 0.57280
2 1
-0.11271 -0.09145 -0.18399
3 1
-0.12055 -0.06661 -0.18960
4 1
-0.09745 -0.07578 -0.19920
Dipole (Debyes) x
Point-Chg.
0.303
sp Hybrid
0.567
pd Hybrid
0.000
Sum
0.870

y
0.214
0.401
0.000
0.616

z
0.525
0.983
0.000
1.508

Total
0.643
1.204
0.000
1.846

**********************************
****** Vibrational Analysis ******
**********************************
Computing the force matrix: done 20%.

Mass
14.00700
1.00800
1.00800
1.00800

Computing the force matrix: done 50%.

Computing the force matrix: done 70%.
Computing the force matrix: done 100%.
Calculating the vibrational spectrum...
==== Force Constant Matrix in Milli-Dynes / Angstrom ====
(I -- Atom Index Z Atomic Number)
I Z

I Z
1 7

1
2
3
4

6.95041
3.09898
3.09891
3.09878

7
1
1
1

I Z
2 1

I Z
3 1

3.09898
3.44291
0.42670
0.42670

I Z
4 1
3.09891
0.42670
3.44283
0.42671

3.09878
0.42670
0.42671
3.44274

==== Zero Point Energy of Vibration in kcal / mol ====

21.60589
=================================
========== IR Spectrum ==========
=================================

---- Normal Mode Frequencies of Vibration in 1/cm.

---- Integrated Infrared Band Intensities in km/mol.
---- Derivatives of Dipole Moments with Respect
to Normal Coordinates in Debye/Angstrom/AMU.

*************************************************************************
****

Normal Mode
Frequency
1139.20
1
Intensity
37.47432
Symmetry
1 A1
Derivatives of Dipole Moment

Normal Mode
Frequency
1764.71
2
Intensity
0.00003
Symmetry
1E
Derivatives of Dipole Moment

Normal Mode
Frequency
1764.72
3
Intensity
0.00003

-0.6736 -0.4763 -1.1667

0.0001 -0.0012

0.0004

Symmetry

1E

Derivatives of Dipole Moment

0.0011

0.0000 -0.0005

0.2970

0.1120 -0.2174

-0.1639

0.3449 -0.0463

0.1536

0.1087

0.0000

0.0000 -0.0000

-0.0000

0.0000 -0.0000

0.0000

0.0000 -0.0000

-0.8381

1.1852

Normal Mode
Frequency
3465.08
4
Intensity
2.71713
Symmetry
2E
Derivatives of Dipole Moment

Normal Mode
Frequency
3465.12
5
Intensity
2.71566
Symmetry
2E
Derivatives of Dipole Moment

Normal Mode
Frequency
3535.03
6
Intensity
1.94860
Symmetry
2 A1
Derivatives of Dipole Moment

Translation
1

Frequency
Intensity

0.00
0.00000

Derivatives of Dipole Moment

Translation
2

Frequency
Intensity

-0.00
0.00000

Derivatives of Dipole Moment

Translation
3

Frequency
Intensity

0.00
0.00000

Derivatives of Dipole Moment

Rotation
1

Frequency
Intensity

0.2660

-14.16
38.67454

Derivatives of Dipole Moment

0.0000

Rotation
2

Frequency
Intensity

-16.46
38.67251

Derivatives of Dipole Moment

Rotation
3

Frequency
Intensity

-0.9677 -0.6843

0.8381

10.30
0.00000

Derivatives of Dipole Moment

-0.0000

0.0000 -0.0000

*************************************************************************
****
Transition State Search: Eigenvector Following, SemiEmpirical, molecule =
D:\Documents and Settings\My Documents\diktat hyper\NH3.hin.
AM1
Convergence limit = 0.0100000 Iteration limit = 50
Accelerate convergence = NO
RHF Calculation:
Singlet state calculation
Number of electrons = 8
Number of Double Occupied Levels = 4
Charge on the System = 0
Total Orbitals = 7
Starting AM1 calculation with 7 orbitals
Computing the Hessian is required.
Computing the Hessian using Cartesian coordinates.
Iteration = 1 Difference = 1444.16939
Iteration = 2 Difference = 9.92973
Iteration = 3 Difference = 2.55998
Iteration = 4 Difference = 0.87677
Iteration = 5 Difference = 0.00571
Computing the initial Hessian: done 20%.
Computing the initial Hessian: done 50%.
Computing the initial Hessian: done 70%.
Computing the initial Hessian: done 100%.
ENERGIES AND GRADIENT
Total Energy
= -5732.7723775 (kcal/mol)
Total Energy
= -9.135753174 (a.u.)
Binding Energy
= -276.6320215 (kcal/mol)
Isolated Atomic Energy
= -5456.1403560 (kcal/mol)
Electronic Energy
= -10024.9416797 (kcal/mol)
Core-Core Interaction
= 4292.1693022 (kcal/mol)
Heat of Formation
=
-7.3260215 (kcal/mol)

Gradient

0.0941420 (kcal/mol/Ang)

MOLECULAR POINT GROUP

C3V
EIGENVALUES(eV)
Symmetry:
1 A1
1E
1E
2 A1
Eigenvalue: -32.688693 -15.903097 -15.902680 -10.417151
Symmetry:
2E
2E
Eigenvalue: 6.168701 6.168895

3 A1
4.222420

ATOMIC ORBITAL ELECTRON POPULATIONS

AO:
1 S N 1 Px N 1 Py N 1 Pz N 2 S H
1.580323 1.204297 1.136524 1.474563 0.868094
AO:

3 S H
0.868094

4 S H
0.868105

NET CHARGES AND COORDINATES

Atom Z Charge
Coordinates(Angstrom)
x
y
z
1 7 -0.395707
-1.01501 0.14988 -0.05000
2 1 0.131906
-1.01182 1.14769 -0.04448
3 1 0.131906
-0.07320 -0.17971 -0.04448
4 1 0.131895
-1.48112 -0.17971 0.76839

Mass
14.00700
1.00800
1.00800
1.00800

ATOMIC GRADIENTS
Atom Z
Gradients(kcal/mol/Angstrom)
x
y
z
1 7
0.15018
0.10618 0.20023
2 1
-0.03515 -0.02380 -0.03607
3 1
-0.03414 -0.02518 -0.03603
4 1
-0.08089 -0.05719 -0.12813
Dipole (Debyes) x
Point-Chg.
0.303
sp Hybrid
0.567
pd Hybrid
0.000
Sum
0.871

y
0.215
0.401
0.000
0.616

z
0.525
0.982
0.000
1.507

Total
0.644
1.203
0.000
1.846

*************************************************************************
*************
HyperChem log stop -- Sat Mar 29 09:04:26 2008.
H