SEJARAH BAKTERI

pembedanaan Archaea dimulai akhir

1970an dan awal 1980an

1.Antoni van leewenhoek (16321723) : penemu mikroskop mengamati

plak gigi menunjukan morfologi dasar
spt: batang, lengkung kokus dan spiral

12. fleischer et al. Tahun 1995

Skuensing lengkap genom untuk bakteri
(Haemophilus influenzae) pertamakalinya
dipublikasikan sedang bakteri patogen
tanaman adalah Xylella fastidiosa oleh
simpson et al 2000.

2. C.G Ehrenberg (1795-1876): mulai

memberi nama mikroba spt bacillus dan
spirillum.
1.
3. Louis Pastur (1822-1895):
mematahkan mikroba muncul dengan
sendirinya
2.
4.Woronin (1866) Asosiasi bakteribintil tanaman lumpin
3.
5. TJ Burril (1878) asosiasi bakteripenyakit fireblight apel dan pir di new
york -> Erwinia amylovora
4.
6. wakker (1883): asosiasi bakteri
penyakit kuning hyacinth
7. JC Artur (1855) isolasi, pembiakan
dan inokulasi bakteri-> postulat koch ->
phDpertama di dalam sains di cornell
8. EF smith (1893-1900) meneliti
bakteri pada tanaman dan menulis
Bacteria in relation to plant diseases.
bascerial diseases of plants(3Vols)mempelajari penyakit puru /kangker
tanaman oleh bakteri
9. EF Smith vs A.Fischer
(botansis/mikologis german) perebatan
ttg bakteri sebagai patogen tumbuhan.
10. C Eliott(1930): menyusun manual
of Bacterial Plant Pathogens
11. Oswald T Avery (1944)
mendemonstrasikan DNA sebagai
material genetik bakteri. Klasifikasi
berdasarkan RNA ribosom dan

Postulate KOCH
Organisme patogenik yang dicurigai
berada dalam jaringan sakit inang
berasosiasi dan tidak ada dalam inang
yang sehat
Organisme yang dicurigai harus dapat
diisolasi dari jaringan sakit inang dan
ditumbuhkan sebagai biakkan murni.
Ketika biaka murni tersebut
diinoklasikan ke inang sehat harus
memunculkan gejalapenyakit yang
identik dengan inang sebelumnya.
Organisme penyebab sakit harus
ditemukan dan dapat di reisolasi dari
inang yang diinokulasikan dan sakit
sebelumnya
Posisi Bakteri Sebagai Organisme
Mikroorganisme bersel tunggal.
Materigenetik berupa DNA dalam
Sitoplasma tanpa Membran Nukleus
Sebagai Pembungkus
Berkembang dengan pembelahan biner
Aplikasi Bakteri bagi Kepentingan
Manusia
Bidang Kedokteran: penyakit menular
pengobatan, Vaksin
Bidang Pertanian: Bakteri tanah,
Biofertilizer, PGPR, Induksi resistensi
tanaman, Patogen, Biodegradasi polutan
tanah
Bidang Industri : indusri
makanan/minuman, indusri
senyawa/bahan obat, industri fermentasi,
hormon, vitamin, asam amino, enzim dsb
Bidang lingkungan: perlakuan air,
biodegradasi alami, pengomposan,

bioremediasi, biosensor, pertambangan

logam,

Cara hidup autotrof dan heterotrof

SEL ARCHAEA

Organisme Prokaroita dan Eukariota

SEL EUKARIOT (SEL HEWAN DAN
TUMBUHAN)

Materi inti memiliki membran nukleus

DNA berada di dalam nukleolus
Memiliki organel : mitokondia, badan
golgi, dan RE
Dinding
sel
tida
mengandung
peptidoglikan
Ribosom berada pada RE
Diameter sel sekitar 10-100nm
Perbanyakan degan mitosisdan meosis
Respirasi sel dengan mitokondria
Asam amino inisiator untuk awal sintesis
protein : Formy1 methionine.
SEL PROKARIOT (Eubacteria)

Materi inti tidak bermembran

DNA beada di luar
Dinding sel mengandung peptidoglikan
Tidak
memiliki
organel
seperti
mitokondria, badan golgi, dan RE.
Dindingsel mengandung peptidoglikan
Ribosom
berukuran
kecil
70s
dibandingkan eukariot dan menyebar di
dalam sitoplasma.
Diameter sel sekitar 1-10nm
Perbanyakan dengan pembelahan biner
Respirasi sel dengan mesosom
Asam amino inisiator untuk awal sintesis
protein : Methionin\
Habitat air, tanah, udara, dan didalam
organisme lain

Materi genetik tidak bermembran

Dinding
sel
tidak
mengandung
peptidoglikan tetapi mengandung lipid
Hidup dilingkungan ekstrem seperti suhu
tinggi/rendah (Termofil), kadar metan
yang tinggi(Metanogen), dan kadar
garam yang tinggi(Halofil)
Ribosom berukuran lembih kecil dibanding
eukariot 70s
Asam amino inisiator untuk awal sintesis
protein : Methionin
Sukar dibiakan di laboratorium
Bersifat anaerob dapat menghasilkan ATP
TIPE ASOSIASI BAKTERI DENGAN
TUMBUHAN
1. EPIFIT
Bakteri
berasosiasi
dg
bagian
permukaan daun dan akar krn
ketergantungan terhadap nutrisi yang
dikeluarkan
tanaman
sbg
produk
samping
dari
pertumbuhan
/
perkembangannya.
Lebih menyukai tanman tertentu / bagian
tanaman tertentu
Umumnya bakteri berbentuk batang,
gram negatif, berpigmen, dan fermenatif.
Pigmen berguna untuk melindungi dari
radiasi UV
Umumya tidak merugikan tanaman
Contoh
Pseudomonas
fluorescens,
Psedomonas syringae (juga patogenik)
Erwinia herbicola ,Xantomonas tertentu.
2. EKTOSIMBION
Bakteri yang berada di permukaan
tumbuhan dan berprilaku mirip epifit,
namun menghasilkan metabolit yang
menguntungkan
tumbuhan
yang
ditempatinya.
Contoh :
Chromobacter->
menghasilkan
IAA
membantu pertumbuhan tanman

Enterobacter
cloacae:
memfiksasi
nitrogen dan menstimulasi pertumbuhan
Camelina sativa
Athrobacter
berasosiasi
dengan
cyanobacterium fikasasi N Anabaena
azollae pada cekungan daun Azolla
caroliniana.
3. ENDOFIT
Bakteri yang berada di dalam jaringan
hidup tumbuhan tanpa menimblkan
kerugian maupun keuntungan yang
mencolok, asosiasinya tidak lebih dari
pemanfaatan jaringan inang sebagai
tempat hidup (menumpang)
Contoh : Flavobacterium rehnanus
4. ENDOSIMBION
Bakteri memberikan kontribusi pada
kesehatan
tanaman
inang
dan
imbalannya memperoleh keuntungan
dari
inangnya
(Asosiasi
saling
menguntungkan)
Pembeda dari ektosimbiosis adalah
asosiasinya bersifat internal.
Contoh
Endosimbiosis atara tumbuhan legum
dengan
bakteri
:
Rhizbium,
Bradyrhzobium
(dalam
akar)&
Phyllobacterium
(dalam
daun).
Asosiasinya
ditandai
dengan
terbentuknya bintil
5. PATOGEN
Bakteri (Gram positif dan negatif, juga
mollicute) yang memanfaatkan tanaman
hidup sebagai sumber makanannya dan
menyebabkan penyakit
Sangat terspesialisasi untuk menangkal
sistem pertahanan tumbuhan.
Kemungkinan brasal dari evolusi bakteri
endofit atau endsimbion.
Perubahan status kepatogen bisa saja
terjadi karena perubahan genetik inang.
TUMBUHAN SEBAGAI HABITAT
BAKTERI
Menyediakan kisaran habitat yang
mendukung perkembangan mikroba

Jaringan /organ tanaman menyediakan

kelembaban dan kaya nutrisi
Habitat habitat di tanaman bagi
bakteri : spermosfer
a. Spermosfer
Zona yang berada di sekitar biji atau
benih: bisa mencapai 1-10mm dari
permukan biji
Nutrisi yang mendukung mikroba
dilepaskan ketka biji mengalami imbibisi,
baik secara alami maupun biji yang retak
/rusak
Bateri yang mengkolonisasi biji dapat
seterusnya mengkolonisasi perakaran.
b. Rizosfer
Zona disekotar perakarran, seringkali
didefinisikan sebagai tanah yang melekat
pada perakaran.
Pertumbuhan akar merubah sifat fisik
dan kimia tanah, termasuk kandugnan
mineral dan organik, potensi air da pH.
Rizosfer kaya nutrisi produk akar:
eksudat (senyawa denga berat molekul
rendah), sekresi(senyawa dengan berat
molekul tinggi), senyawa hasil lisis sel
tanaman
Secara umum dapat menangga koloni
bakteri 109 bakteri/gramakar
c. Filosfer
Zona bagian luar tanaman diatas tanah,
secara kolektif termasuk daun, batang,
bunga, dan buah.
Daun adalah saringan dominan filosfer
untuk kolonisasi.
Filosfer menjadi tempt terjadinya
fluktuasi cepat dalam hal suhu, radiasi
sinar matahari dan ketersediaan air.
Penyangga ketersediaan air pada
filosfer/daun adalah lapisan batas yaitu
lapisan yang menyelimuti daun.
Secara umum dapat menyangga koloni
bakter <107 bakteri/gram daun
Nutrusi dari daun brasal dari sel mesofil
dan epidermis yang bocor kepermukaan
melalui luka jaringan atau trikoma yang
patah sebagai lisat (lysates)

Nutrisi didaun dapat pula terdapat secara

eksogenus sebagai embun mad serangga
Bunga dan buah menyediakan habitat
untuk pertumbuhan mikroba
Bunga denga unsur pendek mengandung
nektar kaya gula dan menarik serangga
(vektor)
Buah umumnya memiliki kulit tebal pada
epidermsnnya sehingga meminimumkan
kebocoran air dan nutrisi ke permukaan
buah.

d. SITUS ENDOFITIK
Zona internal dibawah epiderms
tanaman.
Sistem jaringan pembuluh seringkali
dibedakan dari situs endofitik
Mikroba endofitik seringkali ditemukan
secara interseluler (apoplastik) dengan
konsekuensi bersinggungan dengan
sistem pertahanan tanaman.
Mikroba endofitik memperoleh nutrisi
dan air dari seltanaman yang pecah atau
kebocoran nutrisi
e. JARINGAN PEMBULUH
Dua elemen pembuluh (xilem dan floem)
dapat menjadi habitat mikroba
Xilem: transpor air dan mineral,
mengandung larutan pekat mineral dan
senyawa organik sederhana.
Mikroba penghuni xilem sebagian dapat
hidup hanya dari nutrisi dalam xilem ,
sebagian dari nutrisi yang bocor dari
dinding xilem.
Floem : transpor gula dari daun
keseluruh tanaman, mengandung larutan
sukrosa (15-30%)
Floem terdiri atas selhidup termasuk
elemen tapis dan sel-sel kompanion.

Pada floem terdapat pori dengan

deameter 1-15mikro meter, yang cukup
untuk lewat bakteri.
Bakteri yang hidup di floem adalah yang
teradaptasi sangt spesifik terhadap
habitat ini, biasanya sangat sulit atau
belum dapat dibiakan.
ARTI PENTING BAKTERI PATOGEN
TUMBUHAN
Merugikan
Terbatasnya jenis tanaman dan industri
dalam suatu area
Penurunan kualitas dan kuantutas
produksi tanaman
Mungkin menyebabkan tanaman menjadi
beracun
Kerugian secara finansial
Biasa pengendalian meningkat
Menguntungkan
Agrbacterium sp-> rekayasa genetik,
agen biologis
Xantomonas ->xantaan gum
BPT sebagai model kajian : mollicutes,
Xilella
MORFOLOGI BAKTERI

MORFFOLOGI UMUM
Bentuk sel : batang lrus, batang
mengembung, batang bercabang, koma,
batang berbentk dari spora, spiral, bulat
Ukuran sel : besar sekitar 1-1.3 m x 310 m, kecil 0,2x0,2-0,7 m. Terkecil 0.10.2m.

1.
a.

b.
c.
2.
3.
1.

Rasio luas permukaan : Volume sel

100,000
Berdinding sel kaku (gram positif
&negatif), tidak berdinding (L-form,
mollicute)
Bakteri terdidi dari 3 bagian
Amplop dan struktur Aksesori
Amplop meliputi
Dindingsel: kapsul, S-layer, membran
luar, Peptidoglikan, Periplasma.
Membran Sitoplasmik.
Flagela
pili fimbriae
Ribosom /mRNAs
Nukleoid dan plasmid : Kromosom dan
Plasmid
Amplop berfungsi untuk perlindungan se
thd lingkungan yang tidak cocokmediasi
interaksi spt peletakan dg permukaan
biotik/abiotik, kontak dengan sel patner,
mengandung reseptor
Dindingsel sifatnya permiabel trhadap
moekul yang bersifat enzim, kaku
menentukan bentuk sel, melindungi dari
tekanan osmosis.
Periplasma daerah antara dindingsel
dengan membran plasma

1.
2.
3.
4.
5.

Aspek penting dindingsel bakteri :

Struktur esensial untuk viabilitas
Tersusun atas komponen yang tidak d
temukan di alam
Struktur terpenting sebagai aiotik
Menyediakan ligands untuk pelekatan
dan situs reseptor
Bersifat imunogen dan bervariasi antar
bakteri
Perbedaan gram
Positif
Tebal 20-80nm
Jumlah lapisan 1
Peptidoglikan(murein)>50%
Asam teichoic terdapat pd dinding
Kandungan lipid dan lipoprotein 0-3%
Kandungan protein 0
Lipopolysaccharide 0
Sensitif penicillin dan lysozyme ya
Negatif
Tebal dinding 10nm
Jumlah lapisan 2
Kandungan peptidoglikan (murein)1020%
Asam teichoic dlm dinding tidak ada
Lipid dan lipoprotein 58%
Protein 9%
Lipopolysaccharide 13%
Sensitif penicilin lysozyme tidak

Membran sitopasmik
Komponen penting permukaan sel
bakteri:
a. Peptidoglikan dingding sel : terdiri atas
sangka glikan dari asam muramik dan
glucosamin, memberi bentuk sel,
perlindunga mekanik, kandungannya
digunakanmenggolongkan gram positif
dan negatif.
b. Asam-asam tekhoik : polimer poliolfosfat
dengan muatan negatif yang kuat dan
berikatan kovalen dengan peptidoglikan
pada bakteri gram positif, antigeni
c. Lioppolisakarida : molekul kompleks yang
terdiri atas rangka lipid A- polisakarida
dan rantai karbohidrat. Gula pada rantai
polisakarida memiliki spesfitas serologis

2. Kapsul
Terdiri atas air dan polisakarida, kadang
ada campuran dengan polipeptida atau
selulose.
Kapsul terbai 3 : kapsul makro, mikro dan
laposan lendir(slime layer)
Berkorelasi dengan patogenesis ->
kehilangan
kapsul->
mudah
terfagositosis(termakan)

Kapsul makro : tebal terdeteksi dg

staining negatif (nampak area jernih)dan
fiksasi : immunogen
Kapsul mikro : tipis tidak terdeteksi
dengan staining tp dengan immunogen
Slime layer: sekresi yang melekat ke sel,
batas luarnya tidak berbatas jelas, dpt
terlepas ke medium ketika bakteri
dibiakan didalam media cair.

Fungsi kapsul, glicokaliks, lap lendir &

biofilm:
Pelekatan pada permukaan, jaringan
atau substrat
Ketahanan terhadap egulfmen oleh sel
fagositik
Ketahanan thd digesti oleh sel-sel
fagositik
Ketahanan thd antibodi dan antibiotik
Perlindungan terhadap kekeringan
Cadangan makanan.
Membran sitoplasma
Struktur plastis dan rapuh selbakteri
yang
membungkus
sitoplasma
sel
(protoplasma)
Tersusun atas 40%fosfolipid dan 60%
protein.
Molekul
ini
membentuk
membran
dwilapis.
Fungsi :
Instrumen sel dalam permeabilitas atau
osmosis
Lokasi transport aktif unk larutan spesifik
(nutrisi dan ion)
Berfungsi dalam menghasilkan energi,
denga melibatkan sistem transport
elektron
fotosintesis
dan
respirasi,
memantapkan tekanan gerakan proton,
ATPase untuk sintesis ATP
Eksportasi dan transportasi protein atau
molekul
prekusor
untuk
konstruksi
molekuler di luar membran sitoplasma
spt sintesis lipid membran (termasuk
lipopolisakarida dalam sel gram negatif)
dan
sintesis
murein
(peptidoglikan

dinding sel) serta eksportasi polisakarida

untuk pembentukan kapsul
Memproses
sinyal
yang
melintas
membran sitoplasma dalam sensing
kuorum
thd
kandungan
kimiawi
lingkungn
Merespon
perubahan
suhu
yang
diperlukan unk aktivitas metabolit sel
terkait adaptasi sel
Menyediakan daya motorik untk aktivitas
flagela utnuk gerak sel dan prosesing
sensori untuk kemotaksis
Berperan dalam pembelahan sel dengan
menyediakan situs inisiasi pembentukan
sekat sel, beroordinasia dengan DNA
dalam Replikasi DNA dan Pemisaha
kromosom pembelahan sel
Lokasi sistem enzim spesifik, seperti
fiksasi CO2, fiksasi nitrogen
3. Flagela
Struktur embelan pada permukaan sel
bakteri
dengan
pangang
3-12m,
diameter 12-30 nm
Tersusun atas protein subunik (flagelin)
yang membentuk silinder bolong
Imunogenik
Terdidi atas 3 bagian : filamen panjang,
hook dan basal body
Fungsi : organ lokomosi dan kemotaksis
Tipe flagela
Monotrichous : 1 di kutup ttt
Lophotrichous :2/lebih di 1 kutup ttt
Amphitrichous : di 2 kutup
Peritichous : disegala sisi
4. PILI
Struktur embelan sepeti rambut, tipis
dan mpili lebih kaku dari flagela, melekat
pada permukaan sel bakteri tersebar di
permukaan bakteri
Ada 2 tipe pili
Pili umum pendek dan sangatbanyak,
berperan pada peletakan substrat atau
inang dan proteksi thd engulfment
fagotrofik
Pili seks panjang dan hanya sedikit,
berperan dalam pelekatan dan mediasi
transfer DNA selama kojugasi

1.
2.
3.
4.
5.

Jenis
antibiotik
dan
cara
penghambatannya
Penicillins,
cephalosporins,
bacitacin
menghambat sintesis dindingsel
Choramphenicol,
erythromychin
menghambat sintesis protein
Quinolones,
rimfamin
menghmbat
replikasi dan transkripsi
Polymyxin B melukai membran plasma
Sulfanilamide, trimethiprim menghambat
syntesis metabolit esensial,

Nukleoid
dan
plasmid:
kromosom,
plasmid
Informasi genetik pada bakteri
1. Kromosom
2. Elemen aksesori
Plasmid : DNA sirkuler ekstrakromosom
yang bereplikasi otonom dalam sel,
berfungsi dalam resistensi metablosme
energi, membawa gen patogenesitas
(toksin,
hormon,spesifitas
inang),
diseminasi
Virus/fage: insersi DNA virus
Skuen insersi
Transposon
Genomic island (Patogenecityisland)
Mekanisme umum viabilitas bakteri
Mutasi
Delesi : hilangnya 1 asam amino
Insersi : bertambahnya asam amino
Subtitusi: tergantinya 1 asam amino
Pewarisan sitoplasmik : plasmid
Proses Mirip-Seksual dalam bakteri
Kojugasi
Trasnformasi
Tranfeksi
Transduksi
Konversi fage
Taksonomi bakteri
Istilah
=>Klasifikasi : penempatan organisme
kedalam taksa berdasarkan hubungan
alamiahnya, mulai dari kingdom-divisikelas-ordo-genus-spesies

=>Taksonomi:
ilmu
mengenai
penyusunan dan klasifikasi tumbuhan
dan hewan berdasarkan hubungan
alamiahnya
=>Identifikasi: suati upaya dan hasil
penempatan suatu organisme yang
sebelumya tidak diketahui kedalam
tikatan tertentu dalam suatu klasifikasi
yang telah dibuat
=>Filogeni : suatu proses bagaimana
garis keturunan suatu organisme yang
berevolusi memisah dari nenek moyang
umumnya
=>genus : sekumpulan spesies yang
sama memiliki ciri umum tertentu
=>spesies
1.
suatu
populasi
bakteri
yang
direproduksi secara aseksual beradaptasi
suatu
lingkungan
tertentu
dan
terpelihara oleh seleksi alamiah. Memiliki
kemiripan tinggi dalam hal genetika,
morfo, metabolisme, biokimia, dan
struktur
=>Strain : isolat mikroorganisme yang
berasal dari hasil isolasi tunggal sebagai
biakan murni
=> Ras : Klompok-klompok dalam suatu
spesies berdasarkan perbedaan genetik
atau
geugrafis
atau
patogenesitas
terhadap var tumbuhan
=>Pathovar: subspesies atau seeklmpok
strain yang dapat menginfeksi tumbuhan
dr genus/ spesies tertentu.
=>pagofar
pengelompokan
spesies
terhadap ketahanannya terhadap fage
ttt.
=>serofar pengelompokan subspesies
berdasarkan
karakter
khusus
serologisnya
=>patogenesitas kemampuan patogen
untuk
menimbulkan
penyakit
pd
tumbuhan
=>Virulensi derajat patogenesitas dari
suatu patogen
=>virulen
mampu
menimbulkan
penyakit berat
=>avirulen : tidak mempunyai virus
=>deteksi
suatu
upaya
untuk
membuktikan
atau
menunjukan

keberadaan suatu organisme

inang atau lingkungan

dalam

Klasifikasi bakteri patogen tumbuhan

berdasarkan tipe gejala
1. Bercak daun, hawar daun
Kematian nekrosis yang cepat dari sel-sel
jaringan tumbuhan ditandai akumulasi
pigmen gela seringkali disertai dengan
klorosis disektar jaringan sakit
gejala hawar sering disertai eksidat
bakteri dr jaringan sakit. Eksudat dapat
berfungsi untuk melindungi bakteri dr
lingungan yang tidak cocok.
Umumnya disebabkan oleh bakteri
genera xantomonas dan pseudomonas
bakteri ini mampu tumbuh di permukaan
inang sebagai epifit dan kemudian
masuk ke dalam inang dan berreproduksi
di
dalam
mesofil
inang
tanpa
menimbulkan
reaksi
nekrotik,
hipersensitif dan penghambatan tumbuh
oleh inang. Bakteri ini masuk melalui
stomata dan dapat terbawa oleh biji
2. Layu
Invasi dan infeksi bakteri patogen pada
bagian pembuluh dan kematian jaringan
sekitarnya
Terkadang melibatkanperan toksin yang
dihasilkannya . misal pada bakter
pseudomonas, ralstonia dan erwinia.
3. Busuk lunak
Penyakit busuk lunang merupakan sistem
patogenisitas paling primitif.
Maserasi
jaringanakibat
hancurnya
perekat antar seltanaman oleh enzim
pektik ekstraseluler yang dihasilkan
bakteri.
Perkembangan
penyakit

biasanya melibatkan kondisi yang tidak

ccok untuk tanaman inang (suhu,
oksigen, rh dan adanya luka) contoh
erwinia dan bbrapa pseudomonas
4. Tumor, bintil fasiasi
Abnormalitas
pembelahan
dan
pembesaran sel yang menyebabkan
pertumbuhan
berlebihan
jaringan.
Pembesaran ukuran sel (hipertropi)dan
penambahan
abnormal
jumlah
sel
(hiperplasia)
co:
agrobacterium,
rhodococus fascians
5. Gejala
penyakit
yang
disebabkan
molicute.
Proses umum dan gejala penyakit
oleh BPT
Kematian sel dr jaringan > akumulasi
pigmen gelap > sering disertai klorosis >
bercak atau hawar
Invasi progresif BPT dalam elmen
pembuluh tanaman dan dikuti oleh
nekrosis dijaringan > layu
Maserasi akibat meleburnya sel > busuk
Abnormalitas pembelahan sel dan
pemanjagan/pembesaran jaringan >
tumor
Contoh penyakit tumbuhan karena fitoplasma : sapu
pada kacang tanah, sapu pada kedelai (kedua
penyakit ditularkan oleh serangga Orosius
argentatus), filodi (mahkota bunga menjadi
berwarna hijau) pada tapak dara (Catharantus
roseus).