Mitohondrijska DNK

Cirkularna je i 16 569 bp dugaka mtDNK oveka. Davno je mtDNK sekvencirana, pre genoma
oveka. Pokazano je da esto sadri mutacije. Postoje elije kod kojih su sve mtDnk identine tj bez
mutacija to je fenomen homoplazmije, ali ea je situacija da postoje mutirane mtDNK u jednom
ili veem broju mitohondrija u eliji i takvo stanje se naziva heteroplazmija. Tako da ovi fenomeni
se mogu posmatrati na nivou jedne elije- interelijski i na nivou vie elija meusobnointraelijski nivo.

Mitohondrije su uslovno reeno povezane u mreu u eliji tako da mt DNK moe da prelazi iz
jedne mitohondrije u drugu, tako da je poloaj mt dnk jako dinamian u jednoj eliji. I ono to je
interesantno je to, to naa elija moe da kompenzuje odnosno toleriemo veliki procenat mutacija
u molekulu mtDNK. One nemutirane mtDNK mogu da kompenzuju te, uslovno reeno loe
reperkusije mutacija tako da nema uticaja na normalno odvijanje oksidativne fosforilacije. Ali s
druge strane postoje mutacije koje mogu da dovedu rapidno do oteenja,npr takaste mutacije
pogotovo u jedru u genima koji kodiraju za proteine mitohondrija kao to su polimeraze gama.

to se tie strukture mtDNK, to je kruni dvolanani molekul gde razlikujemo dva lanca- teki H i
laki L. Danas se potpuno zna koji su geni na lakom a koji na tekom lancu. Razlike izmeu mtDNK
vertebrate je minimalna. H lanac kodira za 12 proteina,14 tRNK, i oba rRNK (12S i 16S). Laki
lanac je genomski manje informativan kodira za 8 tRNK i samo jedan polipeptid. Geni mtDNK za
razliku od kvaevih nemaju introne, esto se i preklapaju, a ako i imaju intergenske sekvence one
se svedene tek na nekoliko baza ( u jednom regulatornom region). To je kompaktan genom, kao to
su genomi bakteriofaga i bakterija. Zna se fja svih protein koje kodira mtDNK i svi ti polipetdni
lanci uestvuju u izgradnji kompleksnih enzimskih sistema za oksidativnu fosforilaciu. Iz prvog
sistema 7 , iz drugog nijedan, trei jedan, etvti 3 i peti 2. Subjedinice 1, 2 i 3 citohrom C oksidaze,
subjedinice 6, 8 i 9 Fo ATPaze, apocitohrom b subjedinicu CoQH2, citohrom C reduktaza, sedam
subjedinica NADHCoQ reduktaze. Ali kada se vidi itav ciklus oks fosforilacije otprilike 100tinjak

razliitih protein uestvuje u ok fosf. A samo je 13 kodirano sa mtDNK a preko 80 je kodirano

jedarnim. I to je nedvosmisleni dokaz da je dolo do izvoza mt gena iz mitohondrije u jedarni
genom. Put stvaranja ATP i oksidativna fosforilacija u eliji se desava samo u mt i ako je hipoteza o
nastanku mt kao simbiotske bakterije, onda je ta bakterija morala da ima sve protein za odvijanje
oksidativne fosforilacije a vremenom i evolucijom geni su preseljeni u jedro. Kod elija vertebrate
naroito mitohondrije koje su sintetski aktivne, postoji jedan region koji je troslojan tzv. D-petlja.

Pored H i L lanca postoji i jo jedan deo koji je komplementaran L lancu, zamenjujui H lanac, i to
je D petlja. Ona je izuzetno znaajna za normalno funkcionisanje,pokazano je da se u okviru d
petlje nalaze Oridin replikacije za H lanac, i svi promotori odakle poinje transkripcija. Veliina D
petlje je oko 1000bp kod oveka. Takoe u okviru te petlje su detektovani hipervarijabilni regioni
(HVS 1,2,3) koji su osnov koriena mt DNK za filogenetske studije zato to se nasleuje preko
majke. MtDNK se koristila za humanu identifikaciju i evoluciju oveka. D petlja je ograniena sa
dva gena za tRNK- evoluirao je kao glavno kontrolno mesto ekspresije mtDNK. Mitohondrije se ne
stvaraju de novo u okviru elije ali je primeeno da one rastu id a se dele (od jedne nastaju dve i
svaka ima istu koliinu mtDNK). MtDNK se replicira, to je nedvosmisleno dokazano. Replikacija
se semi-konzerativna, relaksirana- deava se u svim fazama ciklusa za razliku od jedarne koja se
replicira samo i samo jednom tokom elijskog ciklusa u S fazi. MtDNK se deli i vie puta u
zavisnosti od energetskig potreba elije dok na replikaciju jedarne DNK nema uticaj energetski
status elije. Najvie se istaila replikacija mtDNK za razliku od transkripcije i translacije.
Replikacija cirkularne mtDNk je sporija nego replikacija jedarne dnk. U mt postoji samo jedna
polimeraza- DNK polimeraza gama koja je kodirana od starne jedarnog genoma (sintetie se u
citoplazmi pa putuje u mt znaci i otporna je na proteolitiku degradaciju). Njena struktura nije u
potpunosti poznata ali se pretpostavlja da je to heterodimer sainjen od dve subjedinice/polipeptida,
jedna se zove p140 i p55. Pored nje tu su prisutni i drugi specifini protein koji uestvuju u
replikaciji: Twinkle- slina helikazama i deluje u 5-3pravcu, mtSSB za jednolananu dnk se
vezuju, topoizomeraze, mtDNK ligaze III. Svi protein potrebni za replikaciju su proizvod jedarne
dnk. Dakle,zapoinjanje replikacije je verovatno visokokoordinisan izmeu jedar i mt. Postuliran je
model kako se vri replikacije sisarske mtDNK, zahavljujui sporosti samog procesa i mogunosti
izolacije ovih molekula tako da se oni replikuju in vitro. Oriin replikacije za teki lanac nalazi se u
okviru D petlje i odatle zapoinje replikacija koja je semi-konzeravativna i bidirekciona. Oridin

replikacije za laki lanac (a onda je matrica h lanac) nalazi se na 2/3 genomske distance udaljen od
Oh u odnosu na polaritet sinteze H lanca. Runda replikacije zapoinje sa Oh i kree da se replicira
teki lanac, replicira se skoro 2/3 tog lanca kada replikaciona viljuka pree preko oridina
replikcije za laki lanac kree replikacija lakog lanca u suproton pravcu od replikacije H lanca.
Dakle, replikacija H lanca se zavrava daleko brze od L.
Do sada nije otkriveno, i verovatno i ne postoji neka mtRNK primaza koja e sintetisati prajmere za
replikaciju. Kratki RNK transkripti uglavnom su iz IT L regiona-mesta inicijacije transkripcije lakog
lanca slue kao prajmeri za inicijaciju replikacije H lanca. Dakle,njih rade oni isti enzimi koji
uestvuju u transkripciji, i zato je i najmanje poznat fenomen inicijacije replikacije jer se ne zna na
koji nain mt prepoznaje das a tim kratkim transkriptima treba da krene u replikaciju a ne u
transkripciju. Replikacija i transkripcija su u tom prvom koraku identine dok se ne pree preko
neke 3 male visokokonzervativne sekvence u okviru D petlje. Posle prelaska preko tih sekvenci ti
zna da li je krenula replikacija ili transkripcija. Mehanizam kako se opredeljuje za transkripciju ili
replikaciju do sada nije poznat. Mt poseduju specifinu RNazu H1 koja otklanja te kratke
transkripte ako je replikacija ve krenula. Replikacija i transkripcija kritiki zavisi od proteina
kodiranih sa jedarnog genoma.
Transkripcija je potpuno raliita kod kvasca i oveka jer ona je vea, poseduje introne,intergenske
sekvence to znai da postoji i specifina obrada primarnog transkripta i verovatno su te sekvence
bitne za neku regulaciju (taj viak). Toga kod mtDK oveka nema, sve se prepie u jednu
policistronsku RNK a nema ni mnogo specifinih preoteina koji uestvuju u obradi, svega 2,3
enzima i ta obrada je prilino jednostavna. Ono to se zna da ta policistronska iRNK nema
5kapu,nema obrade na 5kraju (kod biljaka je drugacija, tu postoje i monocisrtonske pa je prisutna
i drugaija obrada),a fMet-tRNK je inicijatorska tRNK sinteze proteina. Otkrivena je mtRNK
polimeraza koja je kodirana jedarnim genom - jo uvek nije purifikovana ali je zato izolovana
humana cDNK koja kodira mtRNK polimerazu., CTD pokazuje znacajnu homologiju sa
subjedinicama RNK polimerazom bateriofaga. I do sada je otkriveno da u transkripciji najmanje
dva ta specifna TF ,jedan opti TFA a u razliitim vrstama drugi TF je TF BM1 ili 2. Postoje 3
promotora: dva za H lanac (HSP1 i 2) i jedan za L lanac (LST-strand promotor). Dva- jedan za laki i
jedna na H se nalaze u okviru D petlje, a drugi za H lanac se nalazi nizvodno od D petlje blizu
5kraja gena za 12S tRNK. Za terminaciju transkripcije neophodno je uee terminacionog faktora
mtTERF koji indukuje savijanje mtDNK heliksa in a taj nain dovodi do zaustavljnja transkripcije
pravei fiziku blokadu RNK polimerazi.
Obrada je relativno jednostavna,nema iskrajanja intona ve je za obradu potrebno samo par enzima.
A kljuna stvar za obradu te velike policistonske RNK je zapravo struktura tRNK. To je kritiki
signal za obradu primarnog transkripta mtDNK oveka. Geni za tRNK ograniavaju dva gene za
rRNK i skoro sve gene za protein te je ova jedinstvena genomska organizacija dovela do
pretpostavke da sekundarna struktura tRNK sekvenci pretstavlja vanu oznaku u itanju mtDNK
informacija. Oni geni za polypeptide koji nisu oivieni genima za tRNK ve meusobno spojeni,
grade takoe odreene strukture koje prepoznaju enzimi za obradu. Koriste se oni enzimi koji seku
3ili 5stranu tRNK. Precizno isecanje tRNK iz nescentnog transkripta automatski obezbeuje
formiranje korektno obraenih dve rRNK i skoro sve iRNK a proteine. U onim sluajevima gde se
iRNK ne zavava genom za t RNK i njegovom specifinom strukturom ( gen za subjdinicu I
citohrom C oksidaze) enzim prepoznaje strukturu koja lii na strukturu dateline tRNK. Ovi enzimi
prepoznaju strukturu dateline i selektivno seku 3odnsono 5kraja tRNK in a taj nain, isecanjem

tRNK, nastaju transkripti koji kodiraju za rRNK ii RNK protein. Ti enzimi su RNaza P (see 5kraj
tRNK) i tRNaza Z ( see 3kraj). Maturacija mt tRNK se odvija dodavanjem CCA tripleta na 3 kraj
od strane enzima ATP(CTP) tRNK nukleotidiltransferaza. A iRNK dobijaju poly A rep enzimom mt
polyA polimerazom za vreme ili odmah nakon isecanja, dok se 3krajevi dve rRNK
postranskripciono modifikuju dodavanjem kratkog niza adenine.
Do sada nije uspeno izvrena ekstakcija ribozoma iz mitohondrije i nije napravljen neki sistem in
vitro u kom bi mogla da se prati translacija. Tako da je translacija iRNK za ovih 13 proteina
najmanje istraen process. Ono to znamo je das u potrbne 22 tRNK da efikasno iitaju kodon i oni
sus vi kodirani mtDNK kao dve rRNK koje uestvuju u formiranju ribozoma koji se nazivaju
mitoribozomi. Do sada je identifikovano specifinih 19 amino-acil tRNK sintetaze mitohondije koje
su kodirane jedarnim genomom. Svi ostali faktori potrebni za inicijaciju,elongaciju i terminaciju
translacije su kodirani jedarnim genomom. Ono to je posebno interesantno je to to nema 5kape i
nema tu leader sekvencu za koju bi se kaili ribozomi i skenirao do start kodona. I smatra se da je
efikasnost ba zbog nepostojanja 5kape i leader sekvence veoma sniena u odnosnu na translaciju u
citoplazmi i to se kompenzuje ogromnim brojem transkripata. Neka novija istraivanja pokazuju
postojanja protein PTCD3,vezuje se za malu subjedinicu ribozoma i za njega se smatra da je moda
kljuni regulator za proces mitohondrijalne translacije . terminacija translacije potpuna
nepoznanica. Zna se struktura mitoribozoma. Sastoji se iz male (28S) i velike (39S) subjedinice to
zajedno ini 55S. Sadri 2 rRNK i 81 mitoribozomalnih protein, svi ti protein su kodirani jedarnim
genomom. Mt tRNK su krae od bakterijskih i citoplazmatskih tRNK sa veim brojem varijacija u
veliini D i T petlje.

Mutacije mtDNK
Mitohondrijske bolesti su posledica kako mutacija u mtDNK tako i jedarne DNK. Stopa
mutabilnosti je 10-20 puta vea mtDNK u odnosu na jedarnu DNK. Osnovni razlozi su :o dsustvo
histona, slabi mehanizmi reparacije, odsustvo homologe rekombinacije kod oveka za raziku od
mtDNK kvasca i biljaka, i oteenja dejstvom slobodnih radikala koja nastaju na unutranjoj
membrani mitohondrija. Prisustvo wt mtDNK u istoj mitohondriji omoguava opstanak mut.
mtDNK sa inae letalnom mutacijom. Mutirane mtDNK tokom deobe elija se nasleuju. Nema
reper sistema, ako pak postoje, onda su to izrazito slabi reper sistemi. Od mutacija najee su
delecije i duplikacije, takaste, i naravno ako ima mutacija to se manifestuje u snienom nivou
energetske funkcije mitohondrija
Ve 30 godina je poznato da su poremeaji mitohondrijskog metabolizma uzrok brojnih bolesti
oveka.Ti poremeaji metabolizma mitohondrija ukljuuju oksidaciju masnih kiselina, Krebsov
ciklus i oksidativnu fosforilaciju. Mutacije i u jedarnim i u mitohondrijalnim genima dovode do
razvoja bolesti oveka. Prve mutacije mtDNK opisane su pre 10 godina tako da je danas vie od 80
mutacija vezano za odredjene bolesti oveka a pogaaju gene koji se nalaze na mtDNk ali i gene na
jedarnoj DNK. I pre nego to se ita znalo o mol osnovi bolesti naroito te miine miopatije se
znalo da su to poremeaji mitohondrija. Mitohondrijalne miopatije imaju glavnu mikrosrukturalnu
karakteristiku u vidu patolokog nagomilavanja mitohondrija kao i odreene strukture u okviru
mitohondrija- imaju odreenu granuliranost.
Bolesti koje obuhvataju poremeaje lanca transporta elektrona ili mutacije u mtDNK javljaju se u
optoj populaciji sa uestalou 1/9.000. Prilino je esta. Razne bolesti se mogu okarakteristati kao

mitohondrijalne bolesti, tu su pre svega neurodegenrativne bolesti, Parkinsonova bolest, lachajmer..

Ako su mitohondrijske bolesi posledica mutacija u mtNK onda je njihova glavna karakteristika
nemendelovsko nasleivanje. Nema pravila. ena koja ima simtome bolesti moe roditi dete koj je
potpuno zdarvo i obrnuto. Sa jedva primetnim simtomimam majka moe rodtit jako bolesno dete.
Sve nae mt su majine. Nain na koji se formiraju jajne elije daje odgovor zato se
nemendelovski nasleuju bolesti. Analiza je pokazala da br mt raste tokom formiranja oocita do 100
000. Oocite su najbogatije mt. Ali onda tokom blastocita naglo dolazi do pada broja mt na normalan
broj 1000 mtDNK i od toga primordijalne germinativne eije,uslovno reeno jajne elije sledee
generacije br mt spade na 10. Jedna oocita ima preko 10000 kopija i svega 3 mutirane. Znai ona je
potpuno zdrava. Mutacija u 3, mogu potpuno da budu anulirane, ali kada se stvaraju primordijalne
germinativne elije mogu iz te boce da se izdvoje samo ove tri mutirane kopije odnosno 10 od
kojih je 3 mutirano. I kad dodje sledea generacija od te primordijalne sa preko 100 000 naravno da
je tu ogroman br mutiranih. To je to usko grlo tokom embriogeneze u formiranja polnih elija i ne
moemo da predvidimo kako e biti kod deteta bez obzira na broj mutiranih kopija kod majke. I i za
sve bolesti za koje je pokazano das u uzrokavane mutacijama u mtDNK postoji prag bolesti. Postoji
broj koliko mutacija se tolerie, odnosno koliko mutacija moe da se kompenzuje da te osobe i
mitohondrije imaju odreenu zdravu, neizmenjenu fju, da su energetski funkcionalne. Znai, sve
mitohondrijske bolesti karakterie dva fenomena: nemendelosvsko nasleivanje i efekat praga
bolesti. Detektovane su bolesti kod kojih takaste mutacije dovode do patolokih stanja. (Neu sa
tim da vas davim.) ali nije to sve kada je mtDNK u pitanju, ova dva zapravo tri hipervarijabilna
regiona mtDNK, a nasleujemo je preko majke, moe da se koristi u filogenetskim studijama kao i
forenzinim stduiajma za humanu identifikaciju. Zahvaljujui analizi mtDNK dolo se do neke
hipoteze odakle mi poteimo, da je to centralna Afrika, i da po tom putavanju i stepenju manjanja
hipervarijabilnih regiona, dobija se ova mapa kako je od tog mesta u Africi pre 200 hiljada godina
grupa od 102,104 praljudi krenula.
Potpuno novi hit u istraivanjima je veza izmeu mt i starenja. Napravljen je transgeni mi sa
mutacijom u polimerazi gama (tanije njenom domenu odgovornom za reparaciju tokom
replikacije) i dobijeni su mievi koji izrazito brzo stare ybog nagomilavanja gresaka. Dakle postoji
taj zaarani krug koji kree od mtacije u mtDNK to dovodi do oteenja subjedinice lanca
oksidativne fosforilacije to negativno utie na elijsku respiraciju, to dovodi do stvaranja ROS-a i
na kraju oteenja mtDNK i krug se zatvara.
Poto znamo da se deava sa unutranje strane mt i stvaranje ROSa potpuno je besmisleno da
antioksidansi mogu da dou do mt. Razloi ih jo tripsin u oragnima za varanje.