Lembar Tugas Mandiri

Aplikasi dalam Asam nukleat

Nama
: David Lazuardi
NPM
: 1306409330
Kelompok
:
Prodi
: Teknik Kimia
Abstrak
Asam nukleat adalah suat protein dalam suatu sel dimana berisi suatu protein yang
merupakan informasi dalam suatu individu tersebut. Tubuh manusia tersusun dari beberapa unsur
dasar yaitu, protein, lipid, asam nukleat, dll. Salah satu komponen penting penyusun tubuh
manusia adalah asam nukleat. Asam nukleat terdiri atas DNA maupun RNA. Baik DNA maupun
RNA memiliki kode kode protein sehingga berperan sebagai materi genetik. Dalam bentuk DNA
dan RNA, teknologi pada zaman sekarang dapat menejlaskan bagaimana suatu DNA/RNA dapat
dimanfaatkan dalam beberapa hal secara biologis. Lembar Tugas Mandiri ini akan membahas
tentang prinsip kerja maupun aplikasi dari DNA maupun RNA dengan memanfaatkan teknologi
terkini yang sangat berguna bagi kehidupan manusia.
Kata kunci :
Asam nukleat, DNA, RNA, terapi gen, forensic, kloning, polymerase, bioinformatika, Yeast
Artificial Chromosome (YAC), Bacterial Artificial Chromosome (BAC)

1.

Forensik
Seperti halnya sidik jari (fingerprint) yang telah lama digunakan oleh detektif dan
laboratorium kepolisian sejak tahun 1930. pada tahun 1985 Alec Jeffreys telah menemukan
mengenai sidk DNA yang terdapat pada setiap individu/orang yang lazim disebut DNA Fingerprint
yang unik dan selalu berbeda untuk setiap orang atau individu. Ciri khas dari DNA fingerprint
adalah mereka mempunyai kesamaan pada setiap sel, jaringan dan organ pada setiap individu.
Selain itu, DNA Fingerprint tidak dapat dirubah oleh siapapun dan dengan alat apapun. Oleh
karena itu DNA Fingerprint adalah metoda yang sangat akurat untuk mengidentifikasi perbedaan
diantara satu orang dengan orang lainnya.
Aplikasi teknologi DNA fingerprint merupakan diagnosis yang kuat untuk penyakit
keturunan pada orang dewasa, anak dan bayi yang belum dilahirkan. Teknologi tersebut sangat
bagus sekali dan dapat dilakukan pada sampel sekecil apapun dan dalam selang waktu yang
lama.
Prosedur pemeriksaan DNA Fingerprint adalah sebagai berikut
Uji DNA Fingerprint adalah menunjukkan pekerjaan laboratorium yang mengikuti beberapa
prosedur yang dilakukan melelui 6 tahapan.
Tahap 1
: Isolasi DNA
DNA harus diperoleh dari sel atau jaringan tubuh. Hanya dalam jumlah sedikit
jaringan seperti darah, rambut atau kulit yang bila perlu dapat dilakukan penggandaan dengan
Polimerase Chain Reaction (PCR). Tetapi biasanya satu helai rambut sudah cukup untuk uji DNA
fingerprint ini.
Tahap 2
: Memotong, mengukur dan mensortir
Enzim yang khusus disebut enzim restriksi digunakan untuk memotong bagianbagian tertentu. Misalnya enzim Eco Ri, yang ditemukan dalam bakteri akan memotong DNA yang
mempunysi sequen GAATT. Potongan DNA disortir menurut ukuran dengan teknik penyaringan
disebut elektrophoresis. Potongan DNA dilewatkan gel yang dibuat dari agarose (diproduksi dari
rumput laut). Teknik ini adalah setara dengan bioteknologi untuk screening memisahkan pita-pita
menurut berat molekulnya.
Tahap 3
: Transfer DNA ke nylon

Distribusi potongan DNA ditransfer pada sehelai nylon dengan menempatkan nylon
diatas gel dan direndam selama 1 malam.
Tahap 4 dan 5 : Probing
Dengan menambahkan radioaktiv atau pewarna probe pada sehelai nylon
menghasilkan DNA fingerprint, Setiap probe seperti batang pendek (pita) hanya 1 atau 2 tempat
yang khas pada helaian nylon tersebut.
Tahap 6
: DNA Fingerprint
Tahapan akhir DNA fingerprint dibuat dengan menggunakan beberapa probe (5-10
atau lebih) Biasanya menyerupai pita-pita DNA.
2.

PCR (Polymerase Chain Reaction)

PCR dikembangkan dan hak patennya masih dimiliki oleh Roche Moleculer System Inc &
F. Hoffman- La Roche Ltd. Seperti halnya proses fotokopi, daerah DNA dapat dikopi dan dilipat
gandakan. Polymerases adalah enzim yang ada secara normal dalam tubuh makhluk hidup. Peran
enzim tersebut adalah mengkopi materi genetik, meneliti dan mengkoreksi kopian dari DNA.
DNA yang tadinya double stranded, setelah diberi enzim polymerase akan terbelah menjadi
2 single-stranded DNA. Lalu, salah satu molekul DNA polimerase mengikat salah satu strand DNA,
kemudian ikatan tersebut bergerak sepanjang strand dan kemudian mensintesis strand nukleotida
dan setelah strand dikopi, dobel helix menutup kembali.
Metode PCR dapat dilakukan di laboratorium dimana dapat menggunakan bahan berupa
a. DNA original untuk dikopi
b. Dua molekul primer yang berbeda untuk mengurung DNA yang utuh
c. Nukleotida diperlukan untuk kerangkanya
d. Larutan buffer dan
e. Tag DNA poymerases
Dua primer diperlukan untuk mengkomplement, satu strand DNA pada awal daerah target
dan primer kedua untuk mengkomplement strand lainnya pada akhir daerah target.
Pada kondisi tertentu, daerah DNA akan berlipat ganda menjadi jumlah yang besar dalam
waktu singkat. Proses pencampuran PCR mengikuti 3 tahapan yaitu: denaturasi, annealing primer
dan replikasi DNA, detailnya adalah sebagai berikut:
a.
Satu potong DNA original didenaturasi pada suhu 94-96oC, dobel helix strand
dipisahkan menjadi single strand.
b.
Primer mengikat masing-masing strand DNA pada suhu sekitar 50-65oC
c.
Suhu dinaikkan sampai 72oC untuk replikasi DNA.
Untuk lebih jelas akan dijelaskan dalam gambar berikut

DNA Fingerprint banyak digunakan dalam berbagai bidang ilmu baik untuk kesehatan
manusia, penelitian biologi, dunia medis dan untuk pembuktian peristiwa kriminal/ forensik.
Untuk mendiagnosis kelainan keturunan
Suatu program penelitian kelainan genetik yang diturunkan dapat dilakukan pada janin yang belum
dilahirkan maupun bayi yang baru dilahirkan, telah dikembangan pada berbagai rumah sakit
didunia. Kelainan tersebut meliputi kejadian cystik fibrosis, haemophilia, Huntingtons disease,
famili alzhemers, sickle cell anemia, thalasemia dan lain-lainnya. Pendeteksian kelainan tersebut
lebih awal akan memudahkan dokter atau ahli medis untuk melakukan pengobatan padak anak
yang menderita kelainan tersebut. Suatu program pengobatan kelainan genetik menggunakan
DNA fingerprint sebagai informasi untuk orang tuanya mengenai resiko dari kelainan tersebut pada
anaknya. Pada program lain informasi pada orang tuanya mengenai DNA fingerprint pada bayi
yang masih dalam kandungan mengalami kelainan genetik dan tindakan apa yang akan dilakukan.
Pengembangan penelitian mengenai kelainan genetik
Program penelitian difokuskan pada gangguan kelainan yang diturunkan pada kromosom, hal ini
perlu diinformasikan apa yang terdapat pada DNA fingerprint. Dengan mempelajari DNA fingerprint
pada orang yang menderita kelainan tertentu atau membandingkan dengan kelompok orang
noraml atau penderita kelainan akan dapat diidentifikasi bentuk DNA yang berhubungan dengan
kelainan tersebut.
Bukti biologik
Barang bukti DNA Fingerprint telah sering digunakan pada laboratorium kriminal kepolisian yaitu
darah, rambut, semen dan sebagainya. Seperti peristiwa teror bom Bali banyak bukti bahan
biologik telah diuji DNA fingerprintnya untuk menentukan korban dan identifikassi korban. DNA
fingerprint juga dapat untuk identifikasi korban pembunuhan maupun pelaku pembunuhan ataupun
perkosaan.
3.

Terapi Gen
Terapi gen adalah suatu teknik terapi yang digunakan untuk memperbaiki gen-genmutan
(abnormal/cacat) yang bertanggung jawab terhadap terjadinya suatu penyakit.
Selain memasukkan gen normal ke dalam sel mutan, mekanisme terapigen lain yang dapat
digunakan adalah melakukanrekombinasi homolog untuk melenyapkan gen abnormal dengan gen
normal, mencegah ekspresi gen abnormal melalui teknik peredaman gen, dan melakukan mutasi
balik selektif sehingga gen abnormal dapat berfungsi normal kembali.
Salah satu manfaat terapi gen adalah untuk mengobati kanker. Ada beberapa langkah
dalam terapi gen tersebut yaitu

a) Menambahkan gen tertentu pada sel kanker sehingga lebih peka terhadap kemoterapi
maupun radiasi, atau menghalangi kerja gen yang dapat membuat sel kanker kebal
terhadap obat-obat kemoterapi. Juga dicoba cara lain, membuat sel sehat lebih kebal
terhadap kemoterapi dosis tinggi, sehingga tidak menimbulkan efek samping.
b) Menambahkan gen tertentu sehingga sel-sel tumor/kanker lebih mudah dikenali dan
dihancurkan oleh sistem kekebalan tubuh. Atau sebaliknya, menambahkan gen pada selsel kekebalan tubuh sehingga lebih mudah mendeteksi dan menghancurkan sel-sel kanker.
c) Memberikan gen yang mengaktifkan protein toksik tertentu pada sel kanker, sehingga sel
tersebut melakukan aksi bunuh diri (apoptosis).
Terapi gen dibagi atas 2 jenis yaitu :
1. Terapi gen sel somatik (somatic-cell gene therapy) atau gene therapy non hereditable.
Pada terapi gen sel somatik, gen yang normal atau telah dimodifikasi ditransfer ke dalam sel-sel
somatik pasien. Terapi gen ini hanya dapat mengatasi penyakit atau kelainan pada pasien yang
bersangkutan. Gen yang telah diperbaiki atau dimodifikasi ini tidak dapat diturunkan kepada
generasi selanjutnya, karena gen yang telah diperbaiki ini hanya ada pada sel-sel somatik saja
dan tidak ada pada sel-sel germinal. Terapi gen somatik (somatic cell gene therapy) mirp dengan
transplantasi sel, jaringan atau organ.
Pada transplantasi organ ke tubuh resipien, organ yang ditransplantasikan itu mengandung gengen yang berbeda dengan pasien. Pada terapi gen ini beberapa sel pasien diambil, diperbaiki
gennya dan kemudian dikembalikan ke pasiennya. Hal ini menyebabkan terapi gen sel somatik
tidak serumit dan tidak seberbahaya transplantasi organ.
2. Terapi gen sel germinal (Germ line /hereditable gene therapy)
Pada terapi gen sel germinal, gen yang mengalami defek pada sel-sel germinal akan diperbaiki
dengan cara menginsersikan dan mengintegrasikan gen yang normal atau gen yang telah
dimodifikasi kedalam genom sel-sel ger minal. Gen yang telah diinsersikan ini kemudian akan
diturunkan ke generasi berikutnya. Terapi gen sel germinal sangat bermanfaat untuk mengatasi
penyakit-penyakit genetik dan penyakit-penyakit yang bersifat herediter. Akan tetapi terapi gen sel
germinal hingga kini masih sulit dilakukan karena alasan teknis dan etik. Bila gen yang mengalami
defek pada sel-sel germinal ini diperbaiki dan diturunkan berarti kita telah mengubah genetik
seseorang. Hal inilah yang menjadi kendala untuk melakukan terapi gen sel germinal
4.

Kloning
Kloning adalah kopian yang identik. Konsep dasarnya adalah memasukkan sel,
mengisolasi, lalu memproduksi suatu duplikat dari sel itu sendiri. Kloning DNA melibatkan
pemisahan gen dan atau segmen DNA dari kromosom yang lebih besar, lalu memasukkan
kedalam molekul kecil dari DNA lalu mereplikasi DNA yang dimodifikasi hingga ribuan bahkan
jutaan kali melalui jumlah dari host cell dan juga pembuatan kopi di DNA di setiap sel.
Pada kloning DNA ada beberapa prosedur yaitu
1. Memotong DNA di lokasi yang tepat. Endonuklease spesifik (restriction endonuclease)
menyediakan beberapa gunting molecular.
2. Memilih molekul kecil dari DNA yang bisa duplikasi diri sendiri. DNA itu disebut juga vector
kloning. Sejenis tipikal plasmid atau DNA
3. Menggabungkan 2 DNA secara kovalen. Enzim DNA ligase menghubungkan vector kloning
dan DNA untuk dikloningkan. Molekul DNA komposit terdiri dari penghubung segmen
kovalen dari 2 atau lebih sumber yang sering disebut DNA rekombinan.
4. Memindahkan DNA rekombinan dari tabung reaksi ke host cell yang menyediakan
perlengkapan enzimatik untuk replikasi DNA.
5. Memilih dan mengidentifikasi host cell yang mengandung DNA rekombinan.
Proses pada kloning dapat dilihat dalam gambar berikut

Proses kloning pada

manusia

5.

Bioinformatika
Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu biologi yang merupakan perpaduan
antara biologi dan teknologi informasi. Ilmu ini mengajarkan aplikasi, analisis, dan mengorganisir
miliaran bit informasi genetik dalam sel mahluk hidup. Studi bioinformatika terutama didukung uleh
studi genomik, biologi komputasi, dan teknologi komputer. Studi Bioinformatika mulai tumbuh
sebagai akibat dari perkembangan berbagai metode sekuens baru yang menghasilkan data yang
sangat banyak. Hal tersebut, secara kebetulan, didukung pula oleh teknologi penyimpanan,
manajemen, dan pertukaran data melalui komputer. Inovasi dalam pemetaan dan sekuensing
memiliki peran penting dalam proses pengambilan data biologis. Penggunaan Yeast Artificial
Chromosome (YAC), sangat membantu dalam konstruksi peta fisik genom kompleks secara
lengkap (Touchmann & Green, 1998). Untuk mengklon fragmen-fragmen DNA besar (sekitar
150.000 pasangan basa) digunakan bacterial Artificial Chromosome (BAC). Teknologi yang paling
banyak kontribusinya adalah teknologi PCR. Walaupun tergolong tua (PCR ditemukan tahun
1985), meode ini sangat efektif, dan telah mengalami penyempurnaan selama bertahun-tahun.
Teknologi ini berperan dalam mengkopi materi genetik, meneliti dan mengkoreksi kopian dari DNA.
Perkembangan teknologi sekuensing dimulai dan semi-automatic sequencer yang pertama pada
tahun 1987, dilanjutkan dengan Taq Cycle sequencing pada tahun 1990. Pelabelan Flourescen

fragmen DNA dengan Sanger dideoxy Chain Termination Method, merupakan dasar bagi proyek
sekuensing skala besar (Venter et. al., 199).
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Konsepnya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen, yang dapat digunakan
oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen tersebut.
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui, sehingga mudah sekali
bagi perusahaan obat untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen tersebut. Aplikasi lebih
lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik, atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik
lainnya.
Summarry
Asam nukleat yang terdiri dari DNA maupun RNA. Asam nukleat seperti DNA tersebut dapat
dimanfaatkan dalam berbagai aspek kehidupan melalui rekayasa genetik. Aplikasi dari asam
nukleat meliputi pemanfaatannya di dalam tubuh manusia maupun untuk perkembangan rumpun
kesehatan, kriminologi, lingkungan, industri, farmasi dengan memodifikasi hasil panen agar
memiliki nilai mutu yang lebih baik. Hal ini tidak lepas dari ciri asam nukleat yang memiliki kode
kode protein di dalamnya. Pengembangan teknik pembacaan maupun modifikasi dari pengkodean
yang dimiliki oleh asam nukleat kemungkinan besar akan memperbanyak aplikasi yang yang
dimiliki oleh asam nukleat untuk masa yang akan datang. Sehingga dalam penggunaan asam
nukleat nantinya juga akan dikembangkan untuk keperluan yang sangat dibutuhkan masyarakat
luas.

Daftar Pustaka
http://www.geocities.ws/kuliah_farm/farmasi_forensik/dna_fingerprint.doc
Campbell, Reece-Mitchel, 2007. Biologi edisi ke-5, Jakarta : Penerbit
Erlangga
http://prosesbayitabung.com/proses-bayi-tabung-dan-kloning/
Nelson D.L, Cox M. M. 2008. Principles of Biochemistry. New York : W.H.
Freeman and Company
http://himbioui1.tripod.com/bioinformatika.html