Intro Python

.
Une introduction au langage Python

pour lanalyse de donnes (gntiques)
Bertrand Servin
Mars 2014
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction
Excution dun programme python

Types de donnes
Fonctions de base
Dnir ses propres fonctions
Conclusions
Liste doutils pour le

calcul et lanalyse de
donnes
Modules du projet Scipy
Intgration de code C et fortran
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions
3 Liste doutils pour le calcul et lanalyse de donnes

Bertrand Servin / Introduction python
Mars 2014
2.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
3.
Caractristiques du langage python

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Langage de haut niveau ( loin du hardware )

Gnraliste : nombreux domaines dapplication (calcul numrique ,
administration systme, dveloppement web, jeux ...)
multi paradigme : procdural, orient objet, fonctionnel
Gestion mmoire automatique (garbage collection)
Trs grande bibliothque standard
Syntaxe oriente sur la lisibilit du code
Plusieurs contextes dutilisation: Interface interactive (shell) > scripts >
programmes > bibliothques (modules)
Mars 2014
4.
Historique
Introduction
Le langage
Types de donnes
Premires versions du langage datent du dbut des annes 90. Version 1.0 :
1994.
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Python 2.0 : 2000

Aujourdhui deux versions co-existent:
python 2.7 : Dernire version de la srie des 2.x, la plus utilise (ici aussi)
python 3.0 : version destine corriger certaines erreurs de design qui
ncessitent de casser la compatibilit.
Certaines bibliothques (modules) dont nous parlerons sont compatibles 2.7 pas
3.x
Il existe un outil de conversion automatique 2to3 qui semble assez ecace (non
test).
Mars 2014
5.
Mon historique personelle avec python

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Avant: dveloppement C et R exclusivement

Volont dapprendre un langage de haut niveau pour:
Manipuler / formater des chiers rapidement
Dvelopper rapidement. Tester des ides.
Apprentissage trs rapide, coder est agrable

Excution susamment rapide
Rutilisation du code simple
Aujourdhui: remplace 99.9% du C et 80% du R (subsiste
pour plot + packages spciques)
Mars 2014
6.
Philosophie
Introduction
Le langage
Types de donnes
Les principes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
There should be one and preferably only one obvious way to do it

Beautiful is better than ugly
Explicit is better than implicit
Simple is better than complex
Complex is better than complicated
Readability counts
Mars 2014
7.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
8.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
9.
Lancer un programme python

Introduction
Principe
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Ecrire une suite dinstruction dans un chier texte programme.py.

print 'Hello World '
Excuter python programme.py

Droulement
Linterprteur python compile programme.py en un bytecode (indpendant
du systme)
Le bytecode est excut par une Machine Virtuelle.
Mars 2014
10.
Quelques remarques sur ce

fonctionnement
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Pas dtape de compilation explicite : lenvironnement dexcution et de

dveloppement sont les mmes.
Le bytecode nest pas du langage machine: peut tre plus lent que du code
compil
Mais le code nest pas toujours rinterprt non plus. Pour des modules (cf
plus loin), python utilisera le byte-code directement sans passer par ltape
de compilation.
Typiquement plus rapide quun langage interprt
Mars 2014
11.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
12.
Les nombres
Introduction
Types
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Entiers (dimension arbitraire): 3486, -12, 999999999999L

Rels (prcision dpend de larchitecture) : 3.2, 2.5e-10, 4e6
Complexes : 3+4j, 5J
Octets, Hexadcimaux : 0177, 0xFF
Oprateurs : +, *, >>, **, /, % ...

Fonctions : pow, abs, round, ...
Modules : math (log, cos, gamma, pi ...) , random (randint,
gauss, sample, shuffle ...)
Mars 2014
13.
Chanes de caractres (Strings)

Introduction
criture
Le langage
Types de donnes
Simple guillemets: 'Carmen'
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Double guillemets: "L'amour est l'enfant de bohme"

chappement:'L\' amour est l\'enfant de bohme\n'
Triple guillemens:'''...opra tragique en quatre actes de Georges
Bizet...''',"""...un des rles les plus exigeants du
rpertoire..."""
Les formes simple et double guillemets sont les plus utilises.
La forme triple permet dcrire du texte sur plusieurs lignes (inclusion de
scripts, documentation ...).
Mars 2014
14.

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Actions

Conclusions

donnes
Taille : len('Carmen')
Concatnation : "L'amour " + "est l'enfant de bohme"
Rptition : "Il n'a " + 'jamais '*2 + 'connu de loi'
Exemples de surcharge doprateurs
Mars 2014
15.

Introduction
Actions
Le langage
Types de donnes
Les strings sont des squences
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> titre ='Carmen '

>>> for c in titre : print c,
...
C a r m e n
Autre utilisation de loprateur in, recherche:

>>> 'b' in titre
False
>>> 'a' in titre
True
Mars 2014
16.

Introduction
Indexation, sous-chanes
Le langage
Types de donnes
En tant que squence, on peut accder aux lments par index
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Les index sont utiliss la C de 0 (n-1)

Il est possible dindxer en partant de la n avec des indices ngatifs:
>>> titre [0]
'C'
>>> titre [ -1]
'n'
On peut accder une sous-chaine par tranchage (slicing):

>>> titre [1:5] ## ou titre [1: -1]
'arme '
Mars 2014
17.

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Les chanes ne sont pas modiables (immutable):

>>> titre [0]= 'B'
Traceback (most recent call last ):
File "<stdin >", line 1, in <module >
TypeError : 'str ' object does not support item assignment

Pour modier, il faut crer :

>>> titre ='B'+titre [1:]
>>> titre
'Barmen '
Mars 2014
18.

Introduction
Formatage
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Utilisation du caractre % pour formater des chanes de caractres. Similaire

la fonction C sprintf
>>> auteur ='Georges Bizet '
>>> annee =1875
>>> '%s, %s (%d)' % (titre ,auteur , annee)
'Carmen , Georges Bizet (1875) '
Ou utiliser la mthode format (compat. python3):

>>> '{0}, {1} ({2}) '. format (titre ,auteur , annee )
'Carmen , Georges Bizet (1875) '
qui permet de nombreuses subtilits.

Mars 2014
19.

Introduction
Mthodes
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Comptage : '0001100110'.count('0') 6
Recherche : oprateur in mthodes find , index
>>> s='genes .csv '
>>> '.' in s , s.find('.'), s.index('.')
(True , 5, 5)
>>> ',' in s , s.find(',')
(False , -1)
>>> s.index (',')
ValueError : substring not found
Mars 2014
20.

Introduction
Le langage
Types de donnes
Mthodes: parsing de texte

Deux mthodes principales : split et join
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> gene='14 ,14231363 ,14232541 , MC1R '

>>> gene. split (',') ## renvoie une "list"
['14 ', '14231363 ', '14232541 ', 'MC1R ']
>>> items=gene. split (',')
>>> '\t'.join( items ) ## conc. les lments avec la chane \t
'14\ t14231363 \ t14232541 \ tMC1R '
>>> print '\t'.join( items)
14 14231363 14232541 MC1R
>>> gene. replace (',','\t') ## plus simple :)
'14\ t14231363 \ t14232541 \ tMC1R '
Mars 2014
21.
Listes
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Le type list est un des types les plus utiliss en python

Collection ordonne (de gauche droite) dlments
De taille quelconque, peut grandir, rtrcir, tre modie, tre encapsule
(liste de listes de listes)
Actions similaires celles vues sur les chanes
Mars 2014
22.
Listes par lexemple

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> gene='14 ,14231363 ,14232541 , MC1R '

>>> L=gene. split (',')
>>> L[3]= 'ENSOARG00000002239 ' ### une liste est modifiable
>>> L
['14 ', '14231363 ', '14232541 ', 'ENSOARG00000002239 ']
>>> L. append ('MC1R ')
>>> L
['14 ', '14231363 ', '14232541 ', 'ENSOARG00000002239 ', 'MC1R ']
>>> L[1]= int(L[1]) ## conversion de string vers integer
>>> L[2]= int(L[2])
>>> L ## les lments sont de types diffrents
['14 ', 14231363 , 14232541 , 'ENSOARG00000002239 ', 'MC1R ']
Mars 2014
23.
Listes par lexemple

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> L
['14 ', 14231363 , 14232541 , 'ENSOARG00000002239 ', 'MC1R ']
>>> del L[3] ## suppression
>>> L
['14 ', 14231363 , 14232541 , 'MC1R ']
>>> L2
['13 ', 63237431 , 63242627 , 'ASIP ']
>>> genes =[L,L2] ### liste de listes
>>> genes
[[ '14 ', 14231363 , 14232541 , 'MC1R '],
['13 ', 63237431 , 63242627 , 'ASIP ']]
Mars 2014
24.
Listes par lexemple

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> new_gene
['6', 70189729 , 70234612 , 'KIT ']
>>> genes. append ( new_gene )
>>> genes
[[ '14 ', 14231363 , 14232541 , 'MC1R '],
['13 ', 63237431 , 63242627 , 'ASIP '],
['6', 70189729 , 70234612 , 'KIT ']]
>>> mygene = genes .pop () ## renvoie et supprime le dernier lmen
>>> mygene
['6', 70189729 , 70234612 , 'KIT ']
>>> genes
[[ '14 ', 14231363 , 14232541 , 'MC1R '],
['13 ', 63237431 , 63242627 , 'ASIP ']]
Mars 2014
25.
Et aussi
Introduction
Le langage
List Comprehension Un outil puissant permettant de gnrer de nouvelles

listes avec une syntaxe simple.
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
###
>>>
>>>
...
###
>>>
Un code horriblement long

glen =[]
for g in genes :
glen. append (g[2]-g[1])
Un code beaucoup plus court et plus explicite :)
glen =[ g[2] -g[1] for g in genes ]
Tuples : Listes non modiables, pour stocker une collection dobjet en

garantissant son intgrit. Ils nont que deux mthodes : count et index. Ils
scrivent en gnral avec des parenthses :
('Carmen', 'Georges Bizet', 1875)
Mars 2014
26.
Dictionnaires
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Liste: collection dobjets ordonne, accs par indice : L[0]

Dictionnaire: collection dobjets non ordonne, accs par clef : R['D2']
Les clefs doivent tre de type immutable : nombres, strings, ...
Conclusions

donnes
>>> genes ## rappel

[[ '14 ', 14231363 , 14232541 , 'MC1R '],
['13 ', 63237431 , 63242627 , 'ASIP '],
['6', 70189729 , 70234612 , 'KIT ']]
>>> glen ={} ## dictionnaire vide
>>> for g in genes :
...
glen[g[ -1]]=g[2]-g[1] ## clef = nom du gne
>>> glen
{'MC1R ': 1178 , 'KIT ': 44883 , 'ASIP ': 5196}
Mars 2014
27.
Dictionnaires par lexemple

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> glen.keys ()
['MC1R ', 'KIT ', 'ASIP ']
>>> glen. values ()
[1178 , 44883 , 5196]
>>> glen. items () ## liste de tuples
[( 'MC1R ', 1178) , ('KIT ', 44883) , ('ASIP ', 5196)]
>>> len(glen)
3
>>> for g in glen.keys ():
...
print g,'\t',glen[g]
MC1R 1178
KIT 44883
ASIP 5196
Mars 2014
28.
Dictionnaires par lexemple

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> glen. items () ## rappel

[( 'MC1R ', 1178) , ('KIT ', 44883) , ('ASIP ', 5196)]
## cration a partir d'une liste de tuples
>>> dict(glen. items ())
{'MC1R ': 1178 , 'ASIP ': 5196 , 'KIT ': 44883}
## Warning : a commence devenir moche :(
>>> dict ([ (g[-1],g[2]-g[1]) for g in genes ])
{'MC1R ': 1178 , 'KIT ': 44883 , 'ASIP ': 5196}
Mars 2014
29.
Fichiers
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Le type dobjet file sert manipuler les chiers dans des programmes
python.
Ces objets sont crs avec la fonction open.
Ils fournissent des mthodes pour travailler sur les chiers
>>>
>>>
>>>
>>>
>>>
input=open('small_gene_list .csv ','r') ## r: read , par dfau

input=open('small_gene_list .csv ')
input. close ()
output =open('/tmp/ small_gene_list .tsv ','w') ## write
output =open('/tmp/ small_gene_list .tsv ','a') ## append
Mars 2014
30.
Lecture de chiers
Introduction
>>> input=open('small_gene_list .csv ','r')
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Lecture de lensemble du chier:

input.read() Une seule chane
input.readlines() Une liste de lignes (chanes)
>>> input =open('small_gene_list .csv ')
>>> input .read ()
'14 ,14231363 ,14232541 , MC1R\n13 ,63237431 ,63242627 , ASIP\n6 ,7018
>>> input =open('small_gene_list .csv ')
>>> input . readlines ()
['14 ,14231363 ,14232541 , MC1R\n',
'13 ,63237431 ,63242627 , ASIP\n',
'6 ,70189729 ,70234612 , KIT\n']
Mars 2014
31.
Lecture de chiers
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Lecture dune partie du chier:

input.read(N) Lit N caractres
input.readline() lit une ligne

Conclusions

donnes
>>> input .read (10)

'14 ,1423136 '
>>> input . readline ()
'14 ,14231363 ,14232541 , MC1R\n'
Parcourir ligne par ligne:

>>> for ligne in input:
...
pass ## ici , on ne fait rien.
Mars 2014
32.
criture de chiers
Introduction
Le langage
output =open('/tmp/toto ','w')

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Mthodes dun objet file:

output.write(S) : crit la chane S dans output
output.writelines(L) : crit la liste de chaines L dans output
Utilisation du mot clef print:
print >> output , S ## ajoute un \n final

print >> output , S, ## sans \n ajout
Note: Incompatible avec python3 qui introduit une fonction de base

print() en remplacement.
Mars 2014
33.
Fichiers compresss , archives

gzip:
Introduction
Le langage
import gzip
f = gzip.open('small_gene_list .csv.gz ')
file_content = f.read ()
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
bz2
import bz2
f = bz2. BZ2File ('small_gene_list .csv.bz2 ')
Dans une archive tar:

import tarfile
myarch = tarfile .open('monarchive .tar.bz2 ') ## bzip 'ed archiv
f = myarch . extractfile ('small_gene_list .csv ')
Mars 2014
34.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
35.
help
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Python dispose dune aide en ligne consultable partir de linterprteur en

ligne de commande ( la R):
help() ouvre une session interactive pour consulter laide. Rubriques:
modules, keywords, topics
Pour les modules, fonctions, mthodes help(item):
>>>
>>>
>>>
>>>
import random
help( random ) ## importer le module pour consulter
help(abs)
help(''. format )
Mars 2014
36.
Fonctions de conversion
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
oat(x) Convertit la chaine ou le nombre x en rel.

>>> float ("1.32 e6")
1320000.0
## ou float (1320000)
int(x) Convertit la chaine ou le nombre x en entier. Arrondit lentier

infrieur si x est un rel
>>> int("42")
42
>>> int (2.8)
2
str(o) Renvoie une chaine de caractre repsentant lobjet o.

>>> str (10)
'10 '
Mars 2014
37.
range, xrange
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
range permet de crer des listes dentiers successifs.

La fonction xrange cre un gnrateur: elle ne construit pas la liste mais
renvoie les lments successivement.
Conclusions

donnes
>>> range (5)

[0, 1, 2, 3, 4]
>>> range (1 ,5)
[1, 2, 3, 4]
>>> range (0 ,6 ,2)
[0, 2, 4]
>>> xrange (0 ,6 ,2)
xrange (0, 6, 2)
Mars 2014
38.
range, xrange
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> L= range (100000000000) ## trop gros passera pas

MemoryError
>>> L= xrange (100000000000)
>>> for x in L:
if x < 10:
print x,
else:
break
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
Mars 2014
39.
sorted
Introduction
Le langage
Fonction gnrique de tri de liste (diterables)
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> sorted (glen.keys ()) ## ['ASIP ', 'KIT ', 'MC1R ']
>>> sorted (glen. values ()) ## [1178 , 5196 , 44883]
>>> sorted (glen. values (), reverse =True) ## [44883 , 5196 , 1178]
Arguments optionnels:
cmp Spcie une fonction de comparaison entre deux lments.

key Spcie une fonction calculant une clef associe un lment
sur laquel le tri seectue.
Mars 2014
40.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
41.
Syntaxe de base
Introduction
Le langage
Types de donnes
Une fonction est dnie avec le mot clef def. Il est suivi du nom de la fonction
et dune liste entre () de ses arguments.
Fonctions de base
Conclusions

donnes
>>> def droite (x): # Ecrit le rsultat de 2x+1

...
""" Ecrit le rsultat de 2x+1 """
...
print 2*x+1
>>> x= droite (2)
5
>>> x
>>> print x
None
>>> help( droite ) ## grace la docstring
Mars 2014
42.
Syntaxe
Introduction
Le langage
return
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Le mot clef return permet de renvoyer la valeur de la fonction. Sil est omis, ou
nest pas suivi dune expression, la fonction renvoie la valeur None.
>>> def droite (x): # Renvoie le rsultat de 2x+1
...
""" Renvoie le rsultat de 2x+1 """
...
return 2*x+1
>>> x= droite (2)
>>> x
5
Mars 2014
43.
Arguments nomms et valeurs par

dfaut
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
il est possible de dnir des valeurs par dfaut pour certains arguments dune
fonction. Ces arguments nomms doivent tre donns aprs les autres (dits
positionnels).
>>> def droite (x,a=2,b=1):
...
""" Renvoie le rsultat de a*x+b"""
...
return a*x+b
>>> droite (2) ## 5
>>> droite (2,a=1) ## 3
>>> droite (2,b=2,a=3) ## 8 ordre b,a n'import pas
>>> droite (b=2,a=3,x=2) ## ici non plus car nomms
>>> droite (b=2,a=3 ,2) ## aie
File "<stdin >", line 1
SyntaxError : non - keyword arg after keyword arg
Mars 2014
44.
Expressions Lambda
Introduction
Le langage
Types de donnes
De petites fonctions anonymes peuvent tre cres en utilisant le mot clef

lambda. Elles ne doivent tre constitues que dune seule expression.
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Exemple: Tri des items dun dictionnaire

>>> glen. items ()
[( 'ASIP ', 5196) , ('MC1R ', 1178) , ('KIT ', 44883)]
>>> sorted (glen. items (), key= lambda i: i[0])
[( 'ASIP ', 5196) , ('KIT ', 44883) , ('MC1R ', 1178)]
>>> sorted (glen. items (), key= lambda i: i[1])
[( 'MC1R ', 1178) , ('ASIP ', 5196) , ('KIT ', 44883)]
Mars 2014
45.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
46.
Interface interactive
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
$ python
Python 2.7.6 (default , Mar
....
>>> print " Hello World "
Hello World
>>>
8 2014 , 08:59:18)
Mars 2014
47.
Script
Introduction
Le langage
script.py
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions
#!/ usr/bin/env python

print " Hello World "

donnes
Execution
python script .py
chmod +x script .py
./ script .py
Mars 2014
48.
Programme
Introduction
Le langage
bonjour.py

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
def dis_bonjour ():

''' Dis Bonjour '''
print 'Hello World '
def main ():
''' Fonction principale '''
dis_bonjour ()
if __name__ == '__main__ ':
# vaut True si xcut avec: python bonjour .py
main ()
Mars 2014
49.
Module
Introduction
Le langage
Importer tout le module
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
import bonjour
bonjour . dis_bonjour ()
Importer un sous ensemble de fonctions

from bonjour import dis_bonjour
dis_bonjour ()
Mars 2014
50.
Pour continuer
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Syntaxe
Autres types

Conclusions

donnes
Programmation Objet
Exceptions
Modules de la bibliothque standard
Pour continuer dcouvrir, apprendre les bases du langage:
http://docs.python.org/2/
et en particulier le tutorial:
http://docs.python.org/2/tutorial/index.html
Mars 2014
51.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
52.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
53.
Numpy
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Numpy est un ensemble de modules (package) ddi au calcul numrique en

python
Bas sur un nouveau type dobjet : le tableau (array) multidimensionnel
homogne. Il est associ un type (entier, ottant, complexe ...).
Des modules numpy fournissent des fonctions pour le calcul numrique, en
particulier:
Algbre Linaire (numpy.linalg): calcul matriciel, dcompositions, rsolution
dquations
Echantillonage alatoire (numpy.random): Gnrateurs de nombres alatoires,
principales distributions, permutations, mlanges
Mars 2014
54.
Autres lments du projet scipy

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Bibliotheque Scipy
Bas sur numpy
Etend le panel de fonction de numpy
scipy.linalg = extension de numpy.linalg
scipy.stats : accs lensemble des distributions
statistiques /tests ...
Shell ipython Une interface en ligne de commande amliore, qui inclut
demble les modules numpy et permet dexcuter des
commandes shell (ls, cd ...)
matplotlib Une bibliothque de reprsentation graphique 2D. Peut tre
utilise de manire interactive (dans ipython) ou au sein de
programmes python /numpy.
Mars 2014
55.
Scikits
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Packages pour certaines analyses plus spcialises. En particulier, pour

lanalyse de donnes gntiques on peut mentionner les packages :
scikit-learn: Machine Learning. Stable.
classication (SVM, random forest ...)
clustering : k-means, hclust, melange gaussiens ...
regression : ridge, lasso, elastic net, Automatic Relevance Determination ...
Reduction de dimension : PCA, Analyse factorielle
scikit-statsmodel : en developpement, : Modles linaires et linaires

gnraliss, ANOVA, tests statistiques ...
Mars 2014
56.
Plan
Introduction
Le langage
1 Introduction

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
2 Le langage

Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

Mars 2014
57.
Ecrire des extensions en C

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Python fournit une interface permettant :

dcrire des extensions en C
dinclure linterprteur dans un programme C.
Les mains dans le camboui ...
Cython est un logiciel permettant de faciliter lcriture dextensions C.

Convertit automatiquement du code python en code C
Fournit une extension du langage python pour gnrer du code C plus ecace.
Compatible openMP pour la paralllisation ne du code.
pythran : Meme objectif que cython. Gnre du C++
Mars 2014
58.
Ecrire des extensions en Fortran

Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
F2py est un ensemble doutils permettant de construire des interfaces entre

fortran et python. Fait partie du projet scipy, dpend de numpy.
Construire des modules cods en fortran utilisables en python
Appeller des fonctions python depuis un code fortran
Mars 2014
59.
Conclusions
Introduction
Le langage
Types de donnes
Fonctions de base
Conclusions

donnes
Python est un langage complet, facile apprendre

Apprentissage progressif:
Interface interactive pour tester /apprendre
Langage de script pour la manipulation de chiers
Langage objet pour lcriture de programmes complets / de bibliothques
Extension / Optimisation pour le calcul intensif
Packages danalyse numrique / statistique
Potentiel certain remplacer R ...

Bon candidat pour lapprentissage dun nouveau langage :)
Mars 2014
60.

Intro Python

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Une introduction au langage Python

Excution dun programme python

Liste doutils pour le

Excution dun programme python

Modules du projet Scipy

Excution dun programme python

Liste doutils pour le

Excution dun programme python

Modules du projet Scipy

Caractristiques du langage python

Liste doutils pour le

Langage de haut niveau ( loin du hardware )

Bertrand Servin / Introduction python

Liste doutils pour le

Python 2.0 : 2000

Bertrand Servin / Introduction python

Mon historique personelle avec python

Liste doutils pour le

Avant: dveloppement C et R exclusivement

Apprentissage trs rapide, coder est agrable

Bertrand Servin / Introduction python

Liste doutils pour le

There should be one and preferably only one obvious way to do it

Bertrand Servin / Introduction python

Excution dun programme python

Liste doutils pour le

Excution dun programme python

Modules du projet Scipy

Excution dun programme python

Liste doutils pour le

Excution dun programme python

Modules du projet Scipy

Lancer un programme python

Liste doutils pour le

Ecrire une suite dinstruction dans un chier texte programme.py.

Excuter python programme.py

Modules du projet Scipy

Quelques remarques sur ce

Liste doutils pour le

Pas dtape de compilation explicite : lenvironnement dexcution et de

Bertrand Servin / Introduction python

Excution dun programme python

Liste doutils pour le

Excution dun programme python

Modules du projet Scipy

Liste doutils pour le

Entiers (dimension arbitraire): 3486, -12, 999999999999L

Intgration de code C et fortran

Oprateurs : +, *, >>, **, /, % ...

Chanes de caractres (Strings)

Simple guillemets: 'Carmen'

Liste doutils pour le

Double guillemets: "L'amour est l'enfant de bohme"

Chanes de caractres (Strings)

Dnir ses propres fonctions

Liste doutils pour le

Bertrand Servin / Introduction python

Chanes de caractres (Strings)

Les strings sont des squences

Liste doutils pour le

>>> titre ='Carmen '

Intgration de code C et fortran

Autre utilisation de loprateur in, recherche: