UNIDAD 1 Introduccin

Concepto de bioqumica
La bioqumica es una ciencia que estudia la composicin qumica de los seres vivos,
especialmente las protenas, carbohidratos, lpidos y cidos nucleicos, adems de otras
pequeas molculas presentes en las clulas y las reacciones qumicas que sufren estos
compuestos (metabolismo) que les permiten obtener energa (catabolismo) y generar
biomolculas propias (anabolismo). La bioqumica se basa en el concepto de que todo ser vivo
contiene carbono y en general las molculas biolgicas estn compuestas principalmente de
carbono, hidrgeno, oxgeno, nitrgeno, fsforo y azufre. Es la ciencia que estudia la base
qumica de las molculas que componen las clulas y los tejidos, que catalizan las reacciones
qumicas del metabolismo celular como la digestin, la fotosntesis y la inmunidad, entre otras
muchas cosas.
Comprende el estudio de las molculas y reacciones qumicas de los seres vivos.
Concepto de energa libre
Se puede considerar que en los sistemas biolgicos la totalidad de las reacciones qumicas y
el trabajo realizado por ellas ocurren a presin y temperatura constantes. Esto implica que las
transformaciones qumicas no estn asociadas a cambios de volumen o de la temperatura
absoluta del sistema. Esto lleva a definir el concepto de energa libre.
La cantidad de energa disponible para realizar un trabajo a presin y temperatura constante
es denominada Energa Libre de Gibbs (G). Es la fraccin de la energa liberada en los
procesos bioqumicos capaz de ser utilizada para realizar trabajo, ya que en los organismos
vivos en condiciones de presin y temperatura constante, solo una fraccin de la energa
liberada puede ser utilizada.
Energia libre de Gibbs (G): cantidad de energa capaz de realizar trabajo durante una reaccin
a presin y temperatura constante. [G]= J/mol
La variacin de la energa libre (G) se calcula mediante la diferencia entre la energa libre de
los productos y la energa libre de los reactivos de la reaccin.

G=G PG R Entonces:

G < 0 la reaccin puede realizarse espontneamente, libera energa (Exergnica)

G > 0 la reaccin no puede realizarse espontneamente, consume energa (Endergnica)
G = 0 el sistema est en equilibrio.
La variacin de energa libre depende de cambios en la entalpia y la entropa.
Las reacciones que ocurren a P y T constantes, hay dos factores que determinan la G de una
reaccin y su tendencia a producirse:

La variacin de la energa contenida en los enlaces o entalpia (H) de reactantes y

productos. Esta depende de las sustancias consideradas, cuanto ms complejas mayor
nmero de enlaces y por lo tanto mayor energa.
La variacin en el grado de desorden o aleatoriedad del sistema, la entropa (S)

El contenido de energa libre (G), de cualquier sistema cerrado puede definirse en base a tres
magnitudes: entalpia (H), que refleja el nmero y tipo de enlaces; entropa (S); y la
temperatura absoluta (T). La definicin de energa libre es: G= H TS.
1

Entalpia
Puede definirse como el contenido calrico de una sustancia determinado por su composicin
qumica y estructural.
H = E + PV, a P constante
H = E + P. V y como en los sistemas biolgicos el cambio de volumen es pequeo H =
E.
La entalpia en el sistema internacional se expresa en grados Kelvin (K)
Si los productos tienen < E de enlace que los reactivos, la reaccin ser exotrmica (H < 0).
Si los productos tienen > E de enlace que los reactivos, la reaccin ser endotrmica (H >
0).
Entropa
Es una medida de aleatoriedad del sistema. Se expresa en unidades cal/mol.K. Aumenta a
medida que en un sistema aumenta el desorden y disminuye cuando se hace ms ordenado o
estructurado. En la difusin de solutos desde una solucin de mayor concentracin a otra de
menor concentracin es dirigido por un aumento de la entropa. La S tiene siempre signo
positivo.

S tiene signo positivo cuando aumenta la entropa y H tiene signo negativo cuando se
libera calor del sistema al entorno. G de un sistema que reacciona espontneamente es
siempre negativo.
Si se consideran ambos parmetros (H y S), la variacin de energa libre de cualquier reaccin
puede expresarse como G = H (TS) y a T constante G = H T S
Si una reaccion qumica tiene lugar a temperatura constante, la variacin de energa libre, G,
viene determinada por la variacin de entalpia H, que refleja el tipo y la cantidad de enlaces
quimicose interacciones no covalentes que se rompen o forman, y la variacin de entropa,
S, que describe el grado de desorden del sistema. G = H - TS . H es negativa para una
reaccion que libera calor y S es positiva para una reaccion que incrementa el desorden del
sistema. Un proceso tiende a ocurrir espontneamente solo si G es negativa (si se libera
energa libre durante el proceso).
G es una medida de la distancia de un sistema a su posicin de equilibrio. Cuando una
reaccion ha alcanzado el equilibrio no persiste ninguna fuerza que la induzca a ir en una
direccin u otra y no puede realizar trabajo : G = 0
Gibbs demostr que la G (cambio de energa libre real) de una reaccin cualquiera es
funcin de la variacin de energa libre estndar,

(una constante caracterstica de

cada reaccin especifica) y de un trmino que expresa la concentracin inicial de reactivos y

productos:

[C ]ci [ D]di
G= G + RTln
[ A] ai [B]ib

(R= cte de los gases / T= temp. absoluta)

G = - RTln K eq

.
2

De aqu se deduce que

de una reaccion. Gracias a que

modo de determinar

es una manera alternativa a

K eq

K eq

para expresar la direccin

se puede medir experimentalmente, disponemos de un

, la constante termodinmica caracterstica de cada reaccion.

Todas las reacciones qumicas tienden a ir en la direccin que da lugar a una disminucin de
la energa libre del sistema.
Reacciones endergonicas y exergonicas
En las reacciones que ocurren espontneamente, los productos tienen menos energa libre
que los reactivos, de manera que la reaccin libera una cantidad de energa libre que esta
disponible para realizar trabajo. Estas reacciones se denominan exergnicas y la disminucin
de energa libre de reactivos a productos se expresa con un valor negativo. Las reacciones
endergnicas, en cambio, requieren un aporte de energa, y sus valores de G son positivos.
Solamente una parte de la energa liberada en las reacciones exergnicas se puede utilizar
para realizar trabajo. En los sistemas vivos parte de la energa se disipa en forma de calor o
se pierde incrementando la entropa.
Endergnicas: son aquellas en las cuales la variacin de la energa libre es positiva, es decir,
reacciones que consumen energa del medio (anabolismo).
Exergnicas: son aquellas en las que la variacin de energa libre es negativa, es decir,
liberan energa al medio (catabolismo).
Reversibilidad biolgica de las reacciones
Los procesos realizados con aumento de entropa, se denominan irreversibles. Los que se
realizan sin cambios de entropa, se denominan reversibles. Los procesos reales de nuestro
mundo fsico son irreversibles.
H > 0 Irreversible
H = 0 Reversible
Reaccion reversible: es aquella que se encuentra prcticamente en equilibrio. Esta catalizada
por una enzima con alta actividad, ya que debe estabilizar rpidamente las concentraciones
de equilibrio. Cuando los reactivos estn en exceso, la reaccin se desplaza hacia los
productos, hasta alcanzar el equilibrio. Cuando los productos estn en exceso ocurre lo
contrario.
Reaccion irreversible: es aquella que se encuentra lejos del equilibrio. Esta catalizadas por
enzimas de baja actividad y G << 0 (exergonica. La velocidad de la reaccin esta
determinada por la actividad de la enzima.
Acoplamiento
Para llevar a cabo estas reacciones termodinmicamente desfavorables que requieren energa
(endergnicas), la celula las acopla a otras que desprenden energa libre (exergnicas), de
modo que el proceso sea globalmente exergonico: la suma de las variaciones de energa libre
es negativa. La fuente habitual de energa libre en las reacciones biolgicas acopladas es la
energa liberada por la rotura de enlaces fosfoanhidrido tales como los que se encuentran en
el ATP y el GTP. Mediante esta estrategia la celula puede sintetizar y mantener los polmeros
ricos en informacin escenciales para la vida.

El acoplamiento de reacciones exergnicas y endergnicas a travs de un intermediario

comparitdo es absolutamente bsico para los intercambios energticos en los sistemas vivos.
Las reacciones de hidrolisis del ATP liberan energa que hace posible muchos procesos
endergnicas en las clulas. La hidrolisis del ATP en las clulas es exergnicas porque todas
las clulas vivas mantienen la concentracin de ATP muy lejos de su concentracin en el
equilibrio. Es precisamente este desequilibrio el que permite que el ATP sirva como el
principal portador de energa qumica en las clulas.
Ej:
Glucosa + Pi glucos 6 fosfato

(endergonica)

ATP ADP + Pi (exergonica)

Ambas reacciones comparten al Pi como intermediario comn. Asi puede escribirse una nica
reaccin, de la suma de estas dos:
Glucosa + ATP glucosa 6 fosfato + ADP

Uniones fosfato de alta energa, su rol en la energtica celular

Los compuestos fosfato que se encuentran en los organismos vivos pueden dividirse de forma
algo arbitraria en dos grupos, basados en sus energas libres estndar de hidrolisis. Los

compuestos de alta energa tienen una

compuestos de baja energa tienen una

de hidrolisis mas negativa que -25 kJ/mol; los

menos negativa.

Como se menciono, los compuestos fosfato de alta energa se caracterizan por tener una
variacin de energa libre estndar de hidrolisis muy negatica. Como es el caso del ATP, 1,3bifosfoglicerato, fosfoenolpiruvato. Esto se debe a que los productos son mucho mas estables
que los reactivos ya que :

Las tensiones por repulsin electrosttica de los P se reduce por separacin de cargas.
Los P estn estabilizados por ionizacin, isomerizacin

Hay un gran nmero de compuestos que poseen una o ms uniones que al hidrolizarse
pueden liberar energa til para producir un trabajo. Dicho cambio de energa libre negativo
puede ser derivada para realizar reacciones endergnicas.
ATP

El ms importante es el ATP, en este las uniones del 2do y 3er fosfato ( PO 4 ) son de alta
energa, pero no las del primer

PO4 . La energa de la unin

PO4

del ATP puede ser

retenida en el organismo hasta el momento en el cual este la requiera, puede ser

transportada dentro de la clula hasta los sitios de utilizacin o ser transferida a otros
compuestos de alta energa.

Es una molcula rica en energa porque contiene enlaces anhdrido fosfricos, cuando el ATP
se hidroliza a ADP o AMP desprende una gran cantidad de energa libre. El ATP acta como
transportador de energa qumica. Se forma a partir del ADP mediante reacciones de
fosforilacin ligadas o acopladas a expensas de la energa liberada en la degradacin de
molculas combustibles.
El ATP es la molcula principal que interviene en el acoplamiento de reacciones endergnicas
y exergnicas. La energa contenida en molculas complejas es extrada por reacciones de
degradacin (catabolismo) que descomponen estas sustancias en sus precursores simples y
utilizada para la sntesis de ATP. La energa contenida en el ATP es utilizada para trabajo
biolgico y sntesis de compuestos a partir de precursores sencillos (anabolismo).
El potencial de transferencia del ATP est dado por fuerzas derivadas de:

Repulsin electrosttica: el ATP tiene 4 cargas negativas que se repelen entre si por estar
muy prximas.
Estabilizacin por resonancia: el ADP y Pi tienen una estructura de resonancia de menor
energa libre que el ATP.

La gran energa libre de hidrolisis del ATP se debe a que la rotura hidroltica del enlace
anhdrido acido fosfrico terminal (fosfoanhidro) del ATP elimina uno de los tres fosfatos
cargados negativamente, con lo que disminuye parte de la repulsin elecrostatica del ATP; el

Pi liberado esta estabilizado por la formacin de varias formas resonantes que no son
posibles en el ATP, y el

2
ADP , el otro porducto directo de hidrolisis, se ioniza

inmediatamente, liberando

+
H

a un medio de muy baja

+
H . Puesto que las

concentraciones de los productos directos de hidrolisis del ATP en la celula se encuentran muy
por debajo de las concentraciones de equilibrio, la accin de masas favorece la reaccion de
hidrolisis de la celula. Sin embargo, la molecula de ATP es muy estable a pH 7, por lo que su
hidrolisis debe ser catalizada enzimticamente. Adems, el

2+

Mg

del citosol debe unirse al

ATP en la mayora de las reacciones de fosforilacion, por lo que el verdadero sustrato es

MgATP .
La hidrolisis del ATP per se normalmente no consigue nada excepto la liberacin de calor, el
cual no puede impulsar un proceso quimico en un sistema isotrmico. Parte de la molecula de
ATP, ya sea un grupo fosforilo o pirofosforilo o la porcin adenilato (AMP), se transfiere
primero a una molecula de sustrato o a un residuo aminocido de un enzima, quedando unido
5

de manera covalente al sustrato o enzima y elevando asi su contenido de energa libre. A

continuacin, en el segundo paso, se desplaza la porcin que contiene el grupo fosfato
transferido en el primer paso, generando

Pi , PP i o AMP. Asi, el ATP participa de forma

covalente en la reaccion catalizada enzimticamente a la que aporta energa libre. Sin

embargo, algunos procesos si implican la hidrolisis directa del ATP (o GTP). Por ejemplo, la
unin no covalente del ATP (o GTP), seguida de su hidrolisis a ADP (o GDP) y

Pi , puede

proporcionar la energa para ciclar algunas protenas entre dos conformaciones, produciendo
movimiento mecanico. Esto sucede en la contraccin muscular o en el movimiento de
enezimas a lo largo del DNA o de los ribosomas a lo largo del RNA mensajero.
Debido a su posicin intermedia en la escala de potencial de transferencia de grupo, el ATP
puede transportar energa desde compuestos fosfatos de alta energa producidos por el
catabolismo a otros compuestos, convirtindolos en especies mas reactivas. El ATP sirve asi
como moneda de energa universal en todas las clulas vivas.
Cualquiera de los tres atomos de P (,,) puede servir como diana electrofilica para un
ataque nuclefilico SN2. El nucleofilo puede ser un alcohol, un grupo carboxilo, o un
fosfoanhidrido. Cuando el ataque nucleofilico es sobre la posicin , se desplaza ADP y
produce un nuevo ester fosfato, el grupo transferido desde el ATP es un fosforilo
(--

2
PO 3 ). El ataque sobre la posicin desplaza AMP y conduce a la transferencia de un grupo
pirofosforilo al nucleofilo atacante. El ataque sobre la posicin desplaza

PP i , y transfiere

adenilato en forma de grupo adenilo (adenililacion). Cuando se utiliza la energa del ATP para
impulsar una reaccion metabolica especialmente desfavorable, la adenililacion es a menudo
el mecanismo de acoplamiento energtico.
Ataque sobre el fosfato ADP + nucleofilo P
Ataque sobre el fosfato AMP + nucleofilo P
Ataque sobre el fosfato PPi (pirofosfato inorgnico) y se transfiere adenilato (AMP)
(Adenililacion)
PPi (PPi hidrolasa) 2 Pi + energa (empujn energtico para la adenililacion)
Otros nucleosidos trifosfatos (GTP, UTP y CTP) ytodos los desoxinucleosido trifosfatos
(dATP,dGTP,dTTP,dCTP) son energeticamnete equivalentes al ATP. Los cambios de energa
libre estndar asociados con la hidrolisis de sus enlaces fosfoanhidrido son casi idnticos a los
del ATP. En preparacin para sus diversos papeles biolgicos, estos otros nucletidos se
generan y mantienen en forma de nucleosido trifosfato (NTP) por transferencia de grupos
fosforilo a los corresponidentes nucleosido difosfatos (NDP) o monofosfatos (NMP).
El ATP es el compuesto fosfato de alta energa primario producido por el catabolismo, en los
procesos de glucolisis, fosforilacin oxidativa, y en las clulas fotosintticas, la
fotofosforilacion.

Ciclo del ATP

El ATP actua de modo cclico, ya que despus de la desfosforilacion, cuando se libera energa,
el ADP y el AMP formados, pueden ser fosforilados a ATP durante la respiracin.
6

El ATP es la moneda energtica entre el catabolisomo y anabolismo. Las clulas heterotrficas

obtienen energa libre en una forma qumica a travs del catabolismo de molculas nutrientes
(oxidacin), y utilizan esta energa para producir ATP a partir de ADP y Pi. A continuacin el
ATP cede parte de su energa qumica a procesos endergonicos tales como la sntesis de
intermedios metablicos y macromolculas a partir de precursores mas pequeos, el
transporte de sustancias a travs de membranas contra gradientes de concentracin, y el
movimiento mecanico (trabajo biolgico). Esta cesion de energa a partir del ATP implica
generalmente la participacin covalente del ATP en la reaccion que ha de ser impulsada, con
el resultado final de que el ATP se convierte en ADP y Pi o, en algunas reacciones, en AMP y
PPi. En la mayora de los casos de cesion de energa por el ATP interviene una transferencia
de grupo y no simplemente la hidrolisis del ATP.

Vas enzimticas de transferencia de fosfato

Los grupos fosfato se transfieren principalmente mediante la accin de fosfotransferasas
especificas, desde compuestos con mayor contenido energtico que el ATP al ADP, formando
ATP.
Ej: PEP + ADP (piruvato quinasa) Piruvato + ATP
Luego, el ATP formado ser dador de fosfato en otra reaccin enzimtica para dar compuestos
fosfato de baja energa.
Ej: ATP + Glucosa (hexoquinasa) Glucosa 6-fosfato + ADP

UNIDAD 2 Protenas
Concepto
Son las macromolculas biolgicas de elevado peso molecular ms abundantes y se hallan
en todas las clulas y en todas las partes de las clulas. Son los instrumentos moleculares
mediantes los que se expresa la informacin gentica. Estn formadas por subunidades
7

monomricas simples, aminocidos, unidos de forma covalente en secuencias lineales, en

multitud de combinaciones y secuencias diferentes. Cada uno de los aminocidos tiene una
cadena lateral que determina sus propiedades qumicas. Son polmeros de aminocidos, en
los que cada residuo aminocido est unido al siguiente a travs de un tipo especfico de
enlace covalente, un enlace amida sustituido (enlace peptdico) ejemplo de una reaccin de
condensacin. Se pueden degradar (hidrolizar) hasta sus aminocidos constituyentes por
diversos mtodos. Cuando se unen unos pocos aminoacidos, la estructura se denomina
oligopeptido. Cuando se unen muchos aminoacidos el producto se denomina polipptido. Las
protenas pueden tener miles de residuos aminoacidos. Las molculas denominadas
polipptidos tienen generalmente masas moleculares inferiores a 10000 y las que se
denominana protenas tienen masas moleculares superiores.
Los aminocidos son las unidades estructurales de las protenas. Se componen de un carbono
central unido a un grupo amino, a un grupo carboxilo y a un tomo de H. Tambin hay otro
tomo o grupo de tomos (Grupos R) unido al carbono central. Las cadenas laterales varan
su estructura, tamao, carga e influyen en su solubilidad.
Importancia biolgica
Las protenas son molculas dinmicas cuyas funciones dependen, de modo casi invariable,
de las interacciones con otras molculas. Estas interacciones se ven afectadas por cambios, a
veces espectaculares y otras sutiles, de la conformacin proteica que pueden desencadenar
importantes efectos fisiolgicos.
Las funciones de muchas protenas implican la unin reversible de otras molculas. Una
molecula unida de reversible por una protena se conoce con el nombre de ligando. Un
ligando puede ser cualquier tipo de moleucla, incluidas otras protenas. El ligando se una a un
lugar de la protena llamado sitio de fijacin, que es complementario al ligando en tamao,
forma, carga y carcter hidrofbico o hidrofilico. Adems la interaccion es especifica. Una
protena puede tener diferentes sitios de fijacin para diferentes ligandos.
Las protenas son flexibles. Los cambios en su conformacin pueden ser sutiles, o tambin
muy grandes. La unin de una protena con un ligando esta asociada con un cambio
confomacional que hace que el sitio de fijacin sea mas complementario al ligando, lo que
permite una unin mas fuerte. La adaptacin estructural que se produce entre la protena y el
ligando se llama encaje inducido.
La interaccion entre ligandos y protenas pueden ser reguladas, habitualmente mediante la
interacciones especificas con uno o mas ligandos adicionales. Estos otros ligandos pueden
provocar cambios conformacionales que afecten a la unin del primer ligando.
Las funciones de las protenas son especficas de cada tipo de protena y permiten que las
clulas defenderse de agentes externos, mantener su integridad, controlar y regular
funciones, reparar daos... Todos los tipos de protenas realizan su funcin de la misma forma:
por unin selectiva a molculas.

Funcin de transporte: en los seres vivos son esenciales los fenmenos de transporte,
bien para llevar una molcula hidrofbica a travs de un medio acuoso (transporte de
oxgeno o lpidos a travs de la sangre) o bien para transportar molculas polares a travs
de barreras hidrofbicas (transporte a travs de la membrana plasmtica). Los
transportadores biolgicos son siempre protenas.
Funcin estructural: las clulas poseen un citoesqueleto de naturaleza proteica que
constituye un armazn alrededor del cual se organizan todos sus componentes, y que
dirige fenmenos tan importantes como el transporte intracelular o la divisin celular. En
los tejidos de sostn (conjuntivo, seo, cartilaginoso) de los vertebrados, las fibras de
8

colgeno forman parte importante de la matriz extracelular (de color claro en la figura) y
son las encargadas de conferir resistencia mecnica tanto a la traccin como a la
compresin.
Enzimtica: la gran mayora de las reacciones metablicas tienen lugar gracias a la
presencia de un catalizador de naturaleza proteica especfico para cada reaccin. Estos
biocatalizadores reciben el nombre de enzimas. La gran mayora de las protenas son
enzimas.
Funcin hormonal: las hormonas son sustancias producidas por una clula y que una vez
secretadas ejercen su accin sobre otras clulas dotadas de un receptor adecuado.
Algunas hormonas son de naturaleza proteica, como la insulina y el glucagn (que regulan
los niveles de glucosa en sangre) o las hormonas segregadas por la hipfisis como la
hormona del crecimiento, o la calcitonina (que regula el metabolismo del calcio).
Reconocimiento de seales qumicas: la superficie celular alberga un gran nmero de
protenas encargadas del reconocimiento de seales qumicas de muy diverso tipo (figura
de la izquierda). Existen receptores hormonales, de neurotransmisores, de anticuerpos, de
virus, de bacterias, etc. En muchos casos, los ligandos que reconoce el receptor
(hormonas y neurotransmisores) son, a su vez, de naturaleza proteica.
Funcin de defensa: la propiedad fundamental de los mecanismos de defensa es la de
discriminar lo propio de lo extrao. En bacterias, una serie de protenas llamadas
endonucleasas de restriccin se encargan de identificar y destruir aquellas molculas de
adn que no identifica como propias. En los vertebrados superiores, las inmunoglobulinas
se encargan de reconocer molculas u organismos extraos y se unen a ellos para facilitar
su destruccin por las clulas del sistema inmunitario.
Funcin de movimiento: (contrctiles) todas las funciones de motilidad de los seres vivos
estn relacionadas con las protenas. As, la contraccin del msculo resulta de la
interaccin entre dos protenas, la actina y la miosina. El movimiento de la clula
mediante cilios (foto de la izquierda) y flagelos (figura de la derecha) est relacionado con
las protenas que forman los microtbulos.
Funcin de reserva: la ovoalbmina de la clara de huevo, la lactoalbmina de la leche, la
gliadina del grano de trigo y la hordena de la cebada, constituyen una reserva de
aminocidos para el futuro desarrollo del embrin.
Funcin reguladora: muchas protenas se unen al adn y de esta forma controlan la
trascripcin gnica. De esta forma el organismo se asegura de que la clula, en todo
momento, tenga todas las protenas necesarias para desempear normalmente sus
funciones. Las distintas fases del ciclo celular son el resultado de un complejo mecanismo
de regulacin desempeado por protenas como la ciclina.

Actan como catalizadores bioqumicos (enzimas).

Pueden fijarse a otras molculas con el fin de participar en su almacenamiento y
transporte.
Proporcionan soporte mecnico y forma a la clula (estructurales).
Conjuntos ensamblados de protenas pueden realizar trabajo mecnico.
Muchas desempean un papel en la decodificacin de la informacin de las clulas.
Algunas son hormonas y regulan la actividad bioqumica de clulas y tejidos.
Algunas cumplen funciones especiales como las inmunoglobulinas.

Clasificacion
Segn su composicin

Holoprotenas o simples: compuestos por aminocidos solamente, pueden

subclasificarse segn su solubilidad y la composicin de sus aminocidos.
Heteroprotenas o conjugadas: compuestas por aminocidos y un grupo no peptdico,
orgnico o inorgnico llamado grupo prosttico y la porcin proteica apoproteina. Pueden
9

subclasificarse en funcin de la naturaleza qumica del grupo prosttico

(nucleoprotenas, fosfoprotenas, glucoprotenas).
Cromoprotenas: son protenas cuyo grupo prosttico es una sustancia coloreada
denominada pigmento.
Nucleoprotenas: son protenas cuyo grupo prosttico es un cido nucleico.
Glucoprotenas: su grupo prosttico es un glcido unido covalentemente a la cadena
polipptidica.
Fosfoprotenas: son protenas cuyo grupo prosttico es el cido fosfrico.
Lipoprotenas: su grupo prosttico es un lpido.
Segn su conformacin
Aqu se pueden clasificar a las protenas en dos grupos principales: las fibrosas que presentan
cadenas polipeptidica dispuestas en largas hebras u hojas, y protenas globulares con las
cadenas polipeptidicas plegadas en formas globulares o esfricas.
Fibrosas: Son aquellas que se hayan constituidas por cadenas polipptidicas, ordenadas de
modo paralelo a lo largo de un eje formando estructuras compactas (fibras o lminas).Son
materiales fsicamente resistentes e insolubles en agua y soluciones salinas diluidas.
Constan mayormente de un nico tipo de estructura secundaria y su estructura terciaria es
relativamente simple. Insolubles en agua (elevada cantidad de residuos hidrofbicos). Forman
estructuras que dan soporte, forma y proteccin externa. Cadenas polipeptidicas dispuestas
en largas hebras u hojas.
La funcin de las protenas fibrosas como elementos estructurales de las clulas y tejidos, se
basa en interacciones cuaternarias estables entre cadenas polipeptidicas idnticas. Colgeno,
-queratina, fibroina.
Globulares: Estn constituidas por cadenas polipeptdicas plegadas estrechamente, de modo
que adoptan formas esfricas o globulares compactas. Son solubles en sistemas acuosos, su
funcin dentro de la clula es mvil y dinmica. Ej. : (enzimas, anticuerpos, hormonas)
Contienen a menudo varios tipos de estructuras secundarias. Los diferentes segmentos de
una cadena polipeptidica se pliegan uno sobre otros, generando unas formas mucho mas
compactas que las fibrosas. La estructura tridimesional se puede considerar como un
conjunto de segmentos polipeptidicos en conformaciones hlice y hoja unidas por
segmentos de conexin. Son solubles y forman la mayora de las enzimas y protenas
reguladoras. El plegamiento proporciona tambin la diversidad estructural necesaria para que
puedan llevar a termino una amplia variedad de funciones biolgicas (enzimas, protenas de
transporte, motoras, reguladoras, inmunoglobulinas, etc.). Cada una de estas protenas tiene
una estructura especifica y adaptada a su funcin biolgica particula, pero todas tienen un
plegamiento compacto y en todas ellas las cadenas laterales hidrofbicas estan orientadas
hacia el interior y las cadenas laterales hidrofilicas se hallan en la superficie. Las esructuras
estan tambin estabilizadas por multitud de enlaces hidrogeno y por algunas interacciones
ionicas.
Existen protenas que se encuentra entre las fibrosas por sus largas estructuras y las
globulares por su solubilidad en las soluciones salinas. Ej. : (miosina,fibringeno).
Determinacin de protenas, purificacin.
El primer paso en cualquier purificacin de protenas es la rotura de las clulas para liberar
sus protenas en una solucin denominada extracto crudo. En caso necesario puede utilizarse
la centrifugacin diferencial para preparar fracciones subcelulares o aislar determinados
10

orgnulos. Luego, se dispone de diversos mtodos para purificar una o ms de las protenas
que contienen. Normalmente se somete el extracto a tratamientos que separan las protenas
en diferentes fracciones en base a alguna propiedad como el tamao o la carga
(fraccionamiento). Los pasos iniciales de fraccionamiento de una purificacin utilizan
diferencias en la solubilidad de las protenas, que es una compleja funcin del pH,
temperatura, concentracin de sal y otros factores. La solubilidad de las protenas disminuye
generalmente a concentraciones elevadas de sal, un efecto denominado salting out. La
adicion de ciertas sales en cantidades apropiadas pueden precipitar selectivamente algunas
protenas, permaneciendo las restantes en disolucin. El sulfato de amonico se utiliza
frecuentemente. Las protenas asi precipitadas se separan de las que permanecen disueltas
mediante centrifugacin a baja velocidad.
La disolucin que contiene la protena de inters debe pasar a menudo por otros procesos
antes de que sean posibles pasos de purificacin posteriores. La dilisis separa las protenas
de los disolventes aprovechando el mayor tamao de las protenas, utilizando una membrana
semipermeable. La dilisis retiene las protenas grandes, mientras que permite que la
concentracin de los dems solutos en la preparacin de protena cambie hasta llegar al
equilibrio con la solucin del exterior de la membrana. Puede utilizarse para eliminar el sulfato
amnico por ejemplo.
La cromatografa en columna aprovecha las diferencias de carga, tamao, afinidad de unin y
otras propiedades de las protenas. Un material solido poroso de propiedades qumicas
adecuadas se introduce en una columna, y se hace pasar a travs de este una disolucin
tamponada.
La cromatografa de intercambio ionico aprovecha las diferencias en el signo y la magnitud de
las cargas elctricas netas de las protenas a un pH determinado. La matriz de la columna es
un polmero sintetico que tiene unidos grupos cargados. La afinidad de cada protena por los
grupos cargados de la columna esta afectada por el pH y la concentracin de los iones salinos
libres competidores presentes en la disolucin que las rodea. Se van recogiendo fracciones
sucesivas de efluente en tubos de ensayo a medida que la solucin que contiene las protenas
va saliendo de la columna. Se puede analizar cada fraccin para averiguar la presencia de la
protena de inters o para conocer otras propiedades tales como la fuerza ionica o la
concentracin total de protena. Todas las fracciones que contienen la protena de inters
pueden combinarse para formar el producto de este paso cromatografico en la purificacin de
la protena.
La cromatogradia de exclusin molecular (filtracin en gel), separa protenas en base a su
tamao. Las protenas de mayor tamao emergen de la columna antes que las pequeas. La
fase solida consiste en pequeas perlas hechas de material entrelazado, partculas que
contienen poros o cavidades de tamao calibrado. Las protenas de mayor tamao no pueden
entrar en las cavidades, por lo que toman el camino mas corto y rpido a travs de la
columna. Las mas pequeas penetran en las cavidades y son retardadas a causa de su paso
mas laberintico a travs de la columna.
La cromatografia de afinidad se basa en la afinidad de unin de las protenas. Las partculas
de la columna tienen en este caso un grupo quimico unido covalentemente llamado ligando,
un grupo o molecula que se una a una macromolecula (protena). Cuando se carga una
mezcla de protenas en la columna, cualquiera de ellas que tenga afinidad por este ligando se
unir a las particulas de resina, retardando su migracin a travs de la columna.
Otra tcnica importante para la separacin de protenas se basa en el desplazamiento de las
protenas cargadas en un campo elctrico, proceso denominado elecroforesis. Es muy til
como mtodo analtico. Su ventaja es que las protenas pueden visualizarse adems de
11

separarse, lo que permite hacer una estimacin rpida del numero de protenas en una
mezcla o del grdo de puereza de una preparacin proteica determianda. La electroforesis
tambin permite la determinacin de propiedades cruciales de una protena tales como su
punto isolectrico y su masa molculas aproximada. Se lleva a cabo generalmente en geles
formados por el polmero entrecruzado poliacrilamida. El gel de poliacrilamida actua como un
tamiz molecular, retrasando la migracin de las protenas en una forma aproximadamente
proporcional a su cociente carga/masa. La migracin tambin puede estar afectada por la
forma de la protena. En la electroforesis, la fuerza que mueve la macromolecula es el
potencial elctrico. El desplazamiento de una protena en un gel durante una electroforesis es
funcin de su tamao y de su forma.
Un mtodo electrofortico comnmente utilizado emplea el detergente dodecil sulfato sdico
(SDS). Este se une a la mayora de las protenas en una cantidad aproximadamente
proporcional a la masa molcula de la protena, alrededor de una molecula por cada dos
residuos aminocidos. El SDS ligado incorpora una gran carga neta negatica, lo que hace que
la carga intrnseca de la protena sea insignificate, y confiere a todas las protenas un cociente
carga/masa similar. Adems, la conformacin nativa de la protena se altera y la mayora de
las protenas adoptan una forma similar. Asi en presencia de SDS, se separan las protenas
casi exclusivamente en funcin de la masa (peso molecular), de forma que los polipptidos
ms pequeos se desplazan mas rpidamente. Despus de la electroforesis las protenas se
visualizan aadiendo un colorante que se fija a las protenas no al gel.
De esta forma puede seguirse el progreso de un procedimiento de purificacin de una
protena, ya que el nmero de bandas de protenas visibles en el gel debe disminuir tras cada
nuevo paso de purificacin. Cuando se compara con las posiciones a las que se desplazan en
el gel protenas de masa molecular conocida, la posicin de una protena desconocida puede
proporcionar una excelente medida de su masa molecular. Si la protena tiene dos o ms
subunidades diferentes, las subunidades se separaran generalmente a consecuencia del
tratamiento con SDS y aparecer una banda individual para cada una.
Para analizar la estructura primaria de una protena se utilizan diversos procedimientos. Para
empezar se marca e identifica el residuo amino terminal a travs de diversos protocolos. Una
vez que se ha marcado el residuo amino-terminal con un reactivo, se hidroliza el polipptido
(en HCl 6M) para obtener sus aminocidos constituyentes y se identifica el aminocido
marcado. Dado que la etapa de hidrolisis destruye el polipptido, este procedimiento no
puede utilizarse para secuenciar un polipptido mas alla del residuo amino-terminal. Sin
embargo, puede ayudar a determinar el numero de polipptidos qumicamente diferentes en
una protena, siempre que cada uno tenga un residuo amino-termianal diferente.
Para secuenciar un polipptido completo se utiliza la degradacin de Edman, donde se marca
y elimina solo el residuo amino-terminal de un pptido, dejando el resto de los enlaces
peptdicos intactos. Se hace reaccionar el pptido con fenilisotiocianato en condiciones
alcalinas suaves, lo que convierte al aminocido amino-terminal en un aducto
feniltiocarbamilo (PTC). El enlace peptdico contiguo al aducto de PTC se rompe a continuacin
mediante reaccin en cido trifluoroacetico anhidro, que conlleva la eliminacin del
aminocido amino-terminal en forma de anilinotiazolinona. El aminocido modificado se
extrae con disolventes orgnicos, se convierte en un derivado ms estable, feniltiohidatoina,
mediante tratamiento con cido en disolucin acuosa y finalmente se identifica. Luego el
nuevo residuo amino-terminal puede ser marcado, eliminado e identificado. El procedimiento
se repite hasta determinar toda la secuencia. Se realiza en un instrumento llamado
secuenciador. La longitud del polipptido a secuenciar depende de la eficiencia de los pasos
qumicos individuales.
12

La precisin global en la determinacin de una secuencia de aminocidos disminuye

generalmente a medida que aumenta la longitud del polipptido. Los largos polipptidos de
las protenas deben romperse en trozos ms pequeos para poder secuenciarlos de manera
eficiente. En primer lugar se rompe la protena en un conjunto de fragmentos especifico
mediante mtodos qumicos o enzimticos. Si existen puentes disulfuro, es necesario
romperos ya que interfieren en el procedimiento de secuenciacin y tambin en la rotura
enzimtica o qumica del polipeptido. A continuacin se purifica cada fragmento y se
secuencia mediante Edman. Finalmente se determina el orden en que los fragmentos
aparecen en la protena original y se determina donde estan localizados, si es que los hay, los
enlaces disulfuro. Para ello se corta otra muestra del polipptido intacto en fragmentos
utilizando un enzima o reactivo diferente, que corte enlaces peptdicos en puntos diferentes a
los cortados anteriormente. Los fragmentos resultantes de este segundo procedimiento se
separan y secuencian igual que los anteriores. De esta manera se busca establecer una
continuidad, debido al solapamiento, entre los fragmentos obtenidos del primer y segundo
procedimiento. Se pueden comparar los dos conjuntos de fragmentos para detectar posibles
errores al determinar la secuencia de aminocidos de cada fragmento. Si el segundo
procedimiento de rotura no consigue establecer continuidad entre todos los pptidos de la
primera rotura, deber utilizarse un tercero o incluso un cuarto mtodo de ruptura para poder
conseguir el solapamiento.
Si la estructura primaria incluye puentes disulfuro, su localizacin se determina en un paso
adicional una vez completada la secuenciacin. Se vuelve a cortar una muestra de la
protena, pero esta vez sin romper los puentes disulfuro. Los pptidos resultantes se separan
por electroforesis y se comparan con el conjunto original de pptidos. Por cada puente
disulfuro faltaran dos de los pptidos originales, al tiempo que aparecer un nuevo pptido
mas grande. Los dos pptidos que han desaparecido representan las regiones del polipptido
intacto que estn unidas por el puente disulfuro.
Otros mtodos pueden utilizarse en la secuenciacin de una protena, como la espectroscopia
de masas, que permiten la secuenciacin de polipptidos cortos en solo unos pocos minutos.
Adems las tcnicas utilizadas para determinar secuencias de protenas y de DNA son
complementarias, por lo que cuando se dispone del gene, la secuenciacin del DNA puede ser
mas rpida y precisa que la secuenciacin de la protena.
Criterios de pureza
El objetivo es aumentar la pureza o actividad biolgica de la protena desada por unidad de
peso, mediante la eliminacin de material inactivo o protenas no desadas, consiguiendo un
redimiento mximo.
En el caso de protenas enzimticas, se puede determinar la cantidad de enzima en una
disolucin o extracto de tejido determinados en funcin del efecto cataltico que produce el
enzima. Con este find deben conocerse: la ecuacin global de la reaccion catalizada, un
procedimiento analtico para determinar la desaparicin del sustrato o la aparicin de
producto de la reaccion, si el enzima requiere cofactores , la dependencia de la actividad
enzimtica respecto a la concentracin de sustrato, el pH optimo y una zona de temperatura
en la cual el enzima sea estable y tenga una actividad elevada. Tambin se requieren
generalmente elevadas concentraciones de sustrato demodo que la velocidad inicial de
reaccion, sea proporcional a la concentracin de enzima.
Se define 1 unidad de actividad enzimtica como la cantidad de enzima que produce la
transformacin de 1 mol de sustrato por minuto a 25C en condiciones optimas de medida.
El termino actividad se refiere a las unidades totales de enzima en una solucin. La actividad
especifica es el numero de unidades enzimticas por miligramo de protena. La actividad
13

especifica constituye una medida de la pureza enzimtica: aumente durante la purificacin de

una enzima y llega a ser mxima y constante cuando el enzima es puro. Despus de cada
paso de purificacin, se determina la actividad de la preparacin (actividad enzimtica), se
determinan independientemente la cantidad total de protena y se calcula el cociente de los
dos valores, la actividad especifica. La actividad y la protena total generalmente disminuyen
en cada paso. La actividad disminuye porque siempre se produce alguna perdida debido a
inactivacin o a interacciones no optimas con los materiales cromatogrficos o con otras
molculas de la disolucin.
En el caso de protenas que no sean enzimas se requieren otros mtodos de cuantificacin.
Las protenas de transporte pueden determinarse por su unin a la molcula que transportan,
y las hormonas y toxinas por los efectos biolgicos que produce.
Propiedades fisicoqumicas
Precipitacin selectiva de las protenas
En disolucin acuosa, los residuos hidrofbicos de las protenas se acumulan en el interior de
la estructura, mientras que en la superficie aparecen diversos grupos con carga elctrica, en
funcin del pH del medio. En torno a los grupos cargados, los dipolos del agua se orientan
conforme a la carga elctrica de cada grupo, de tal manera que la protena presenta una capa
de solvatacin formada por el agua de hidratacin, que es el agua retenida por las cargas
elctricas de la superficie de las protenas. Los AA polares sin carga tambin se disponen en la
superficie, donde interaccionan con el agua mediante puentes de hidrgeno.
Cualquier factor que modifique la interaccin de la protena con el disolvente disminuir su
estabilidad en disolucin y provocar la precipitacin. As, la desaparicin total o parcial de la
envoltura acuosa, la neutralizacin de las cargas elctricas de tipo repulsivo o la ruptura de
los puentes de hidrgeno facilitarn la agregacin intermolecular y provocar la precipitacin.
La precipitacin suele ser consecuencia del fenmeno llamado desnaturalizacin.
Capacidad amortiguadora de las protenas
Esta propiedad se debe a la existencia de: Grupos ionizables de las cadenas laterales de
algunos aminocidos y los grupos COOH y NH2 terminales.
Por este motivo, las protenas poseen un considerable poder amortiguador en una amplia
zona de pH. Aunque cada AA tiene unos grupos ionizables con unas constantes de ionizacin
(pKa) caractersticas, el valor de dichas constantes puede verse ligeramente modificado por el
entorno proteico. El grupo imidazol del AA histidina es el principal responsable del poder
amortiguador de las protenas a pH fisiolgico, ya que su pKa est prximo a 7.
Cuando el pH es bajo, los grupos ionizables estn protonados, y la carga neta de la protena
es de signo positivo. Cuando el pH es alto, los grupos ionizables estn desprotonados, y la
carga neta es de signo negativo. Entre ambas zonas, habr un pH en el cual la carga neta de
la protena es nula. Es el pH isoelctrico o punto isoelctrico, y es caracterstico de cada
protena.
A valores de pH por debajo del pH isoelctrico la carga neta de la protena es positiva, y a
valores de pH por encima del pH isoelctrico, la carga neta de la protena es negativa. La
mayora de las protenas intracelulares tienen carga negativa, ya que su pH isoelctrico es
menor que el pH fisiolgico (que est proximo a 7). Se llaman protenas cidas a aquellas que
tienen un punto isoelctrico bajo (como la pepsina), y protenas bsicas a las que tienen un
punto isoelctrico alto (como las histonas).
Propiedades osmticas de las protenas
14

Como todo soluto molecular o inico, las protenas ejercen un efecto osmtico cuando existen
barreras que limitan su libre difusin, como puede ser una membrana semipermeable, que
permite el paso del agua, pero no de los solutos. Si tenemos dos compartimentos acuosos
separados por una membrana semipermeable y uno de ellos contiene protenas, stas
tienden a captar agua del compartimento vecino. Este efecto osmtico es proporcional al
nmero de partculas dispersas.
La mayor parte del agua en el sistema circulatorio est retenida por el efecto osmtico de las
protenas del plasma.
Hidrolisis especifica de uniones peptdicas
Las proteasas son enzimas que catalizan la hidrolisis de los enlaces peptdicos. Algunas
proteasas cortan solo enlaces peptdicos adyacentes a residuos de aminocidos especficos.
Por ejemplo, la enzima digestiva tripsina, cataliza la hidrolisis de solo aquellos enlaces
peptdicos adyacentes a residuos de Lys o Arg.
Grados de organizacin estructural
Se definen normalmente cuatro niveles de estructura de las protenas, ordenados en una
especie de jerarqua conceptual segn su complejidad: estructura primaria, secundaria,
terciaria y cuaternaria. Cada una de estas estructuras informa de la disposicin de la anterior
en el espacio.
La estructura primaria es una descripcin de todos los enlaces covalentes (principalmente
enlaces peptdicos y puentes disulfuro) que unen los aminocidos de una cadena
polipptidica. El elemento ms importante de la estructura primaria es la secuencia de los
residuos aminocidos. Cada protena tiene un numero y secuencia distintivos de residuos
aminocidos. La estructura primaria de una protena determina la forma en que se pliega en
una estructura tridimiensional nica y esta, a su vez, determina la funcin de la protena.
Cada tipo de protena tiene una secuencia de aminocidos nica. Si se altera la estructura
primaria, la funcin de la protena tambin puede cambiar.
La estructura secundaria se refiere a la disposiciones particularmente estables de los
aminocidos que dan lugar a patrones estructurales repititivos, refiere a cualquier segemento
especifico de una cadena polipptidica y describe la distribucin espacial local de los atomos
de su cadena principal sin tener en cuanta la conformacin de sus cadenas laterales un su
relacin con otros segmentos. Una estructura secundaria se considera regular cuando todos
los angulos diedros y adoptan valores iguales o casi iguales en todo el segmento. Existe
un numero limitado de estructuras secundarias que son muy estables y que se encuentran
ampliamente distribuidas en las protenas. Las mas destacables son la conformacin en hlice
y la conformacin ; otro tipo comn recibe el nombre de giro . All donde no se observa
una estructura regular, la estructura se suele describir como indefinida o como ovillo
estadstico. Sin embargo, esta ultima denominacin no describe correctamente la estructura
de estos segmentos.
La disposicion mas sencilla que podria adoptar una cadena polipptidica, teniendo en cuenta
la rigidez de sus enlaces peptdicos (y tambin la libertad de rotacin de los dems enlaces
sencillos) es una estructura en hlice, la hlice . En esta estructura el esqueleto polipeptidico
se encuentra estrechamente enrollado alrededor de un eje imaginario dibujado
longitudinalmente por el centro de la hlice, y los grupos R de los residuos aminocidos
sobresalente hacia fuera del esqueleto helicoidal. La unidad repetitiva es el giro de hlice que
ocupa alrededor de 5,4 a lo largo del eje longitudinal, y cada giro de la hlice incluye 3,6
residuos aminocidos. El giro de la hlice es dextrgiro en todas las protenas. La hlice
hace un uso optimo de los puentes de hidrogeno internos. La estructura se encuentra
15

estabilizada por un enlace d hidrogeno entre el atomo de hidrogeno unido al atomo de

nitrgeno electronegativo de un enlace peptdico y el atomo de oxigeno carbonilico
electronegativo del cuarto aminocido que se encuentra del lado amino-terminal con respecto
al mismo. Cada uno de los enlaces de la hlice, excpeto los que estan prximos a cada
extremo de la hlice, participa en esta trama de enlaces hidrogeno. Cada vuelta sucesiva de
hlice se mantiene unida a las vueltas adyacentes mediante tres o cuatro enlaces de H que
proporcionan una estabilidad considerable.
La conformacin es una conformacin mas extendida de las cadenas polipeptidicas. En
esta, el esqueleto de la cadena polipptidica se encuentra extendido en zig-zag en lugar de
plegarse como una hlice. Las cadenas polipeptidicas en zig-zag pueden disponerse de
manera adyacente fomrando una estructura que semaja una seria de plieques. En esta
disposicin (hoja ) se forman enlaces de hidrogeno entre segmentos asyacentes de cadena
polipeptidica. Los segmentos individuales que forman hoja son normalemte cercanos dentro
de la cadena polipeptidica, pero tambin pueden estar muy distantes uno de otro en la
secuencia lineal del polipeptio; incluso en cadenas diferentes. Los grupos R de aminocidos
adyacentes sobresalen de la estructura en zig-zag en direcciones opuestas. Las cadenas
polipeptidicas adaycentes de la hoja pueden ser paralelas o antiparalelas. Algunas
estructuras proteicas limitan los tipos de aminocidos que pueden encontrarse en las
estructuras . Cuando dos o mas hojas se encuentran densamente empaquetadas en una
protenas, los grupos R de los residuos aminocidos de las superficies de contacto deben ser
relativamente pequeos.
En las protenas globulares , con una estructura de plegamiento compacta, se encuentran
aminocidos en giros o bucles donde la cadena polipptidica cambia de direccin. Son
elementos de conexin que unen tramos sucesivos de hlices o conformaciones . Los giros
que conectan los extremos adyacentes de dos segmentos de hojas antiparalelas son
frecuentes. Los giros se encuentran a menudo cerca de la superficie de las protenas, donde
los grupos peptdicos de los dos residuos aminocidos centrales en el giro pueden formar
enlaces hidrogeno con el agua.
La estructura terciaria describe todos los aspectos del plegamiento tridimensional de un
polipptido. Es la disposicion tridimensiona global de todos los atomos de una protena.
Aminoacidos que estn alejados en la secuencia polipeptidica y que se encuentran en tipos de
estructura secundaria diferentes pueden interaccionar dentro de la estructura totalmente
plegada de la protena. La localizacin de giros en lacadena estan determinados por el
numero y la localizacin de aminocidos especficos promotores de su formacin. Los
segmentos que interaccionan dentro de la cadena polipeptidicca se mantienen en su posicin
terciaria caracterstica gracias a diferentes tipos de interacciones enlazantes debiles y a
veces mediante enlaces covalentes entre los segmentos.
Describe la conformacin definitiva y especfica de la protena. Durante el enrollamiento de la
cadena peptdica, para dar origen a la estructura terciaria, los puentes de hidrgeno y la
interacciones inicas e hidrofbicas entre una parte de la cadena y otra son las fuerzas que
mantienen los pliegues en posicin espacial correcta. Por otra parte, los puentes disulfuro (-SS-) que se forman entre los aminocidos de cistena pueden acercar partes que se hayan
distantes en una protena, de hecho algunos sitios activos de enzimas estn constituidos por
ellos. Adems, en la protena tambin se forman algunos otros enlaces covalentes para
mantener su estructura terciaria que por lo general es globular.
Para comprender una estructura tridimensional completa necesitamos analizar sus patrones
de plegamiento:

16

Motivo, estructura supersecundaria, plegamiento: patrn de plegamiento reconocible que

incluye dos o mas elementos de estructura secundaria y conexin entre ellos. Puede ser muy
simple o tratarse de una estructura muy elaborada. En algunos casos un nico motivo grande
puede incluir toda la protena. Describe una pequea parte de una protena o una cadena
polipeptidica entera. Como por ejemplo el lazo -- o el barril .
Dominio: parte de una cadena polipeptidica que es estable de manera independiente y que
puede moverse como una entidad nica con respecto al resto de la protena. Los polipptidos
con mas de unos pocos centenares de aminocidos suelen plegarse formando dos o mas
dominios, a veces con funciones diferentes. En muchos casos un dominio de una protena
grande mantendr su estructura tridimensional correcta incluso cuando se separa del resto de
la cadena polipeptidica. En una protena con multiples dosminios cada uno de llos puede
aparecer como un lbulo globlar distinto, sin embargo es mas habitual que los numerosos
contactos entre dominios hagan difcil discernir los dominios individuales. A menudo los
diferentes dominios tienen funciones distintas. Normalmente las protenas pequeas tienen
un solo domino (el dominio es la protena).
No todas las protenas se pliegan espontneamente a medida que se sintetizan en la clula.
Para el plegamiento de muchas protenas es necesaria la accin de las chaperonas
moleculares, protenas que interaccin con polipptidos parcial o incorrectamente plegados,
facilitando rutas de plegamiento correctas o aportando micro entornos en los que pueda tener
lugar el plegamiento.
Algunas protenas estn constituidas por dos o ms cadenas polipeptdicas o subunidades,
que pueden ser idnticas o diferentes. La disposicin de estas subunidades proteicas en
complejos tridimensionales forman la estructura cuaternaria. La asociacin de cadenas
polipeptdicas puede servir para una diversidad de funciones.
Metodos de estudio
Para estudiar una protena en detalle es necesario separarla del resto de protenas y disponer
de tcnicas que permitan determinar sus propiedades. Una preparacin pura de una protena
es esencial para poder determinar sus propiedades y su actividad. Los mtodos clsicos de
separacin de protenas aprovechan propiedades que varan de una protena a otra, entre las
que se incluye el tamao, la carga y las propiedades de unin. En la mayora de los casos
deben utilizarse varios mtodos diferentes consecutivos para purificar completamente una
protena, y cada uno de ellos separa protenas en base a propiedades diferentes. La eleccin
de mtodo es en cierto modo emprica, y puede ser necesario probar muchos protocolos
antes de encontrar el ms efectivo.
Fuerzas que estabilizan la estructura proteica
Se denoomina conformacin a la disposicion espacial de los atomos de una protena. Las
posibles conformaciones de una protena incluyen cualquier estado estructural que pueda
lograrse sin romper enlaces covalentes. De las numerosas conformaciones tericamente
posibles para una protena que contiene cientos de enlaces sencillos, hay una o, mas
generalmente, unas pocas que predominan en condiciones biolgicas. Las protenas que se
encuentran en cualuqiera de sus conformaciones funcionales y plegadas se denominan
protenas nativas. Una cadena polipptidica determinada puede adoptar tericamente
incontables conformaciones diferentes, lo que hace que su estado desplegado se caracterice
por un alto valor de la entropa conformacional, esto junto con las interacciones por enlace de
hidrogeno de grupos de la cadena con el disolvente, tiende a favorecer el mantenimiento del
estado desplegado.

17

Entre las interacciones qumicas que contrarrestan estos efectos y estabilizan la conformacin
nativa se encuentran los enlaces disulfuro (covalentes) y las interacciones dbiles (no
covalentes; enlaces hidrogeno, interacciones ionicas e interacciones hidrofbicas.
Muchas protenas carecen de enlaces disulfuro. El medio intracelular es, en la mayora de los
casos muy reductor, lo que evita enlaces -S--S-. En eucaritoas los enlaces disulfuro se
encuentran principalemtne en las protenas secretadas extracelularmente.
Para las protenas intracelulares de la mayora de los organismos, las interacciones dbiles
son de especial importancia para el plegamiento de las cadenas polipeptidicas en sus
estructuras secundaria y terciaria. La asociacin de multiples polipptidos para la formacin
de estructuras cuaternarias tambin depende de estas interacciones dbiles. Los enlaces
covalentes individuales son mucho mas fuertes que las interacciones dbiles individuales. Sin
embargo, al ser tan numerosas, las interacciones dbiles son las que predominan como fuerza
estabilizante de la estructura de las protenas. En general, la conformacin proteica de menor
energa libre (mas estable) es aquella que posee el mayor numero de interacciones dbiles.
En la contribucin de las interacciones debiles a la estabilidad, suelen predominar las
interacciones hidrofbicas. Cuando el agua rodea una molecula hidrofbica, la optimizacin
de los enlaces de hidrogeno da como resultado al formacin de una capa de solvatacin de
agua altamente estructurada en la inmediata proximidad de la molecula. El incremento del
orden de las molculas deagua en la capa de solvatacin tienecomo consecuencia un
descenso desfavorable en la entropa delagua. Sin embargo, cuando los grupos hidrofbicos
se agrupan se reduce esta capa de solvatacin al no ofrecer cada uno de los grupos su entera
superficie a la disolucin. Como resultado se produce un aumento favorable de la entropa.
Este aumento de entropa es la principal fuerza termodinmica que promueve la asocicion de
grupos hidrofbicos en disolucin acuosa. Por esta razn las cadenas laterales hidrofbicas de
los aminocidos tienden a empaquetarse en el interior de la protena, evitando su interaccion
con el agua.
En condiciones fisiolgicas la formacin de enlaces de hidrogeno e interacciones ionicas en
una protena son tambin procesos dirigidos en gran medida por el mismo efecto entrpico.
Los grupos polares pueden formar normalmente enlaces de hidrogeno con el agua y son por
tanto solubles en ellas. Sin emabrgo, el numero de enlaces de hidrogeno por unidad de masa
es generalmente mayor en el agua pura que en cualquier otro liquido, por lo que existen
limites a la solubilidad de incluso las molculas mas polares, a causa de la disminucin neta
de enlaces de hidrogeno por unidad de masa que se produce cuando estan presentes. En
consecuencia, y hasta cierto punto, tambin se formara una capa de solvatacin de agua
estructurada alresdeor de las molculas polares. A pesar de que la energa de formacin de
enlaces de hidrogeno intramoleculares entre dos grupos polares de una macromolecula se
compensa en gran parte por la eliminacin de las interacciones entre estos mismos grupos y
el agua, la liberacin de agua estructurada en forma de interacciones intramoleculares
proporciona una fuerza entrpica impulsora del plegamiento.
Tambien es importante que cualquier grupo polar o cargado situado en el interior de la
protena tenga cerca otros grupos adecuados para el establecimiento de enlaces de hidrogeno
o interacciones ionicas.
La contribucin de un enlace de hidrogeno a la estabilidad de la estructura nativa parece
pequea, pero la presencia de grupos con potencial de formacin de puente de hidrogeno o
de grupos cargados sin la pareja adecuada en el interior hidrofbico de la protena puede ser
tan desestabilizantes que las conformaciones que los contienen son a menudo imposibles de
adoptar termodinmicamente. El cambio favorable de energa libre debido a la combinacin
de varios de estos grupos con otros grupos de la disolucin externa puede ser mayor que la
diferencia de energa libre entre los estados plegados y desplegado. Adems, los enlaces de
hidrgenos entre gurpos de la protena se forman cooperativamente (la formacin de un
18

enlace facilita la formacin de los siguientes) en estructuras secundarias repetitivas que

optimizan el uso de los enlaces de hidrogeno.
La interaccion entre grupos de carga opuesta que forman un par ionico, o puente salino,
puede tener efectos estabilizantes o desestabilizantes sobre la estructura. Al igual que sucede
con los enlaces de hidrogeno, las cadenas laterales de los aminocidos cargados
interaccionan con el agua y las sales cuando la protena esta desplegada, por lo que la
perdida de estas interacciones debe considerarse al evaluar el efecto de un puente salino
sobre la estabilidad global de una protena plegada. Sin embrago, la fuerza de un puente
salino incrementa al desplazarse hacia un entorno con menor constante dielctrica: desde el
disolvente polar polar acuoso hasta el interior no polarde la protena. Por tanto, los puentes
salinos, en especial aquellos que estan parcial o completamente ocultos en el interior, pueden
aportar una estabilizacin significatuva a la estructura. Las interacciones ionicas tambin
limitan la flexibilidad estructural, confiriendo a la estructura proteica una individualidad que
no pueden proporcionar las interacciones hidrofbicas no especificas.
Los residuos hidrofbicos se encuentran mayoritariamente sepultados en el interior de la
protena, lejos del contacto con el agua. Se forman el mayor numero posible de enlaces de
hidrogeno e interacciones ionicas dentro de la protena, lo que reduce el numero de grupos
capaces de formar enlaces de hidrogeno y de grupos ionicos no apareados con un grupo
adecuado.

Efecto hidrfobo: tendencia de los grupos para asociarse entre si en virtud de su

exclusin del agua.
Puentes de hidrogeno: cooperan en el plegamiento y ayudan a estabilizar la
conformacin nativa.
Fuerzas de Van der Waals: entre residuos no polares, lo que permite un
empaquetamiento eficiente y contribuye a la estabilidad de las protenas globulares.
Puente disulfuro: se forma por oxidacin de 2 grupos SH (sulfidrilo) de 2 sistemas de la
misma o distinta cadena.
Interacciones ionicas: se da entre las cadenas laterales.

Desnaturalizacion
Proceso que altera la estructura terciaria y cuaternaria de la protena provocando la perdida
de actividad biolgica. En algunos casos puede ser reversible. Los agentes desnaturalizantes
pueden ser: pH, temperatura, agentes caotropicos, detergentes.
Cambios modestos en el entorno de la protena pueden acarrear cambios estructurales
capaces de afectar a la funcin. Condiciones diferentes a las de la celula pueden provocar
cambios, grandes o pequeos, en la estructura de la protena. La perdida de estructura
tridimensional suficiente para originar la perdida de la funcin se denomina desnaturalizacin.
El estado desnaturalizado no se equipara necesariamente con el deplegamiento completo de
la protena y la perdida total de la conformacin.
La mayora de las protenas se pueden desnaturalizar mediante calor, el cual afecta de una
manera compleja a las interacciones debiles de una protena (principalmente los enlaces de
hidrogeno). Si se aumenta lentamente la temperatura, la conformacion de la protena suele
permanecer intacta hasta que tiene lugar una perdida brusca de la estructura dentro de un
estrecho margen de temperatura. La brusquedad del cambio sugiere que el desplegamiento
es un proceso cooperativo: la perdida de estructura en una parte de la protena desestabiliza
otras partes.

19

Tambien se puede llevar a cabo por la accin de extremos de pH, de ciertos disolventes
organicos miscibles en agua (alcohol,acetona) o de ciertos solutos, o mediante detergentes.
Actuan principalmente rompiendo las interacciones hidrofbicas que forman el nucleo estable
de las protenas globulares; los extremos de pH alteran la carga neta de la protena, dando
lugar a la aparicin de repulsiones electrostticas y a la destruccin de algunos enlaces
hidrogeno.
La estructura terciaria de una protena globular esta determinada por su secuencia de
aminocidos. Algunas protenas globulares desnaturalizaadas por el calor, extremos de pH o
reactivos desnaturalizantes, son capaces de recuperar su estructura nativa y su actividad
biolgica si son devueltas a condiciones en las que la conformacin nativa es estable. Este
proceso se conoce como renaturalizacion.
Concepto de inmunologa
Todos los vertebrados poseen un sistema inmune capaz de distinguir las molculas propias de
las ajenas y destruir a continuacin las consideradas ajenas. El sistema inmune elimina virus,
bacterias y otros patgenos, asi como molculas que puedan representar una amenaza para
el organismo. La respuesta del sistema inmune es un entramado complejo de interacciones
entre muchas clases de protenas, molculas y tipos celulares.
La respuesta inmune es el resultado de la accin de dos sistemas complementarios. El
sistema inmune humoral, esta dirigido contra infecciones bacterianas y virus extracelulares,
pero tambin puede responeder a protenas externas individuales. El sistema inmune celular
destruye las clulas propias infectadas por virus, y tambin parasitos y tejidos ajenos.
La base proteica de la respuesta inmune humoral esta formada por unas protenas solubles
llamadas anticuerpos o inmunoglobulinas (Ig). Las inmunoglobulinas se unen a las bacterias,
a los virus o a molculas grandes identificadas como ajenas, marcndolas para su
destruccin. Las inmunoglobulinas consituyen hasta un 20% de las protenas sanguneas y
son producidas por los linfocitos B o clulas B.

Concepto y reaccin de antgeno y anticuerpo

Se conoce como antgeno cualquier molecula o patgeno capaz de generar una respuesta
inmune. Un antgeno puede ser un virus, una pared bacteriana, una protena individual u otras
macromolculas. A un antgeno complejo se le puede unir una serie de anticuerpos diferentes.
Un anticuerpo o un receptor de clulas T concreto se unira solamente a una estructura
molecular determinada dentro del antgeno denominada determinante antignico o epitopo.
Un anticuerpo es una protena de defensa sintetizada por el sistema inmune de los
vertebrados.
Estructura de anticuerpos
Las inmunoglobulinas G (IgG) son la principal clase de molculas de anticuerpo y unas de las
protenas mas abundantes en el suero sanguneo. Las IgG tiene cuatro cadenas polipeptidicas:
dos cadenas largas, llamadas cadenas pesadas, y dos cadenas ligeras, unidas por enlaces no
covalentes y puentes disulfuro formando un complejo. Las cadenas pesadas interaccionan en
un extremo y se abren para interaccionar separadamente con las cadenas ligeras, formando
una molecula en forma de Y. En las bisagras que separan la base de la IgG de sus ramas, la
inmunoglobulina puede ser cortada por proteasas. La rotura con la proteasa libre el fragemnto
basal, llamado Fc debido a que suele cristalizar fcilmente, y las dos ramas, conocidas como
Fab, los fragmentos de unin a antgeno. Cada rama tiene un nico sitio de fijacin de
antgeno. Cada cadena esta compuesta por dominios identificables: algunos son constantes
20

en secuencia y estructura de una IgG a otra, otros son variables. Los dominios constantes
tienen una estructura caracterstica conocida como plegamiento tipo inmunoglobulina. Hay
tres de estos dominios constantes en cada cadena pesada y uno en cada cadena ligera. Las
cadenas pesada y ligera poseen adems un dominio variable cada una, en el cual se encuetra
la mayor parte de la variabilidad en la secuencia de aminocidos. Los dominios variables se
asocian para crer el sitio de fijacin del antgeno.
En muchos vertebrados las IgG son solamente una de las cinco clases de inmunoglobulinas.
Cada clase tiene un tipo caracterstico de cadena pesada, llamadas , , , y , que
corresponden a las IgA, IgD, IgE, IgG e IgM, respectivamente. Hay dos tipos de cadena ligera,
y , que estn presentes en todas las clases de inmunoglobulinas.
La especificidad de unin de un anticuerpo viene determinada por la composicin de
aminocidos de los dominios variables de sus cadenas pesada y ligera. Muchos residuos de
estos dominios son variables, aunque no en la misma medida. Algunos, principalemnte
aquellos que recubren el sitio de fijacin del antgeno, son hipervariables. La especificidad se
debe a la complementariedad qumica entre el antgeno y su sitio de fijacin especifico, en
trminos de forma y localizacin de grupos cargados, no polares y formadores de puentes de
hidrogeno. En muchos casos, la complementariedad se consigue de modo interactivo gracias
a que las estrucutras del antgeno y del sitio de fijacin se influyen mutuamente durante la
aproximacin del ligando. A continuacin, cambios conformacionales en el anticuerpo y/o en
el antgeno permiten una completa interaccion entre grupos complementarios (encaje
inducido).

Epitopes reaccionantes
EL epitopo es el determinante atigenico, el grupo o grupos qumicos concretos dentro de una
macromolecula (antgeno) al que se une determinado anticuerpo.

UNIDAD 3 Enzimas
Funcion e importancia biolgica
21

Las enzimas son protenas globulares altamente especializadas cuya funcin es la catlisis o
regulacin de la velocidad de las reacciones qumicas que ocurren en los seres vivos. Una
enzimas es incapaz de catalizar una reaccin que por si sola no ocurre. Su funcin es la de
modificar la velocidad de la reaccin pero sin desplazar el equilibrio de la misma. Casi todas
las reacciones qumicas que tienen lugar en un organismo vivo estn catalizadas por uno o
varios enzimas, con la peculiaridad de que cada enzima solo puede catalizar una reaccin, por
lo que en principio habr tantos enzimas como reacciones diferentes.
Se llama velocidad de reaccin a la cantidad de producto formado o sustrato consumido por
unidad de tiempo.
Las enzimas no se consumen ni se alteran qumicamente, por lo que al terminar la reaccin
estn disponibles para catalizar una nueva. Pueden actuar dentro de las clulas donde se
producen o a nivel extracelular.
Propiedades
Especificidad: una enzima es capaz de catalizar una nica reaccin con un sustrato especifico.
Sin embargo el grado de especificidad es muy variado. Hay enzimas cuya especificidad es
total distinguiendo hasta ismeros. Pero hay otras que pueden actuar sobre compuestos
similares a su sustrato natural, llamados sustratos anlogos. Existen enzimas que reconocen
grupos qumicos similares o incluso distintos tipos de enaces, independientemente del resto
de la molecula.
Eficiencia: es la proporcin relativa del producto final frente a compuestos no deseados.
Muchas reacciones enzimticas se acercan al 100%, sin embargo en el laboratorio es difcil
alcanzar el 80%.
Nomenclatura y clasificacin
Los enzimas se pueden nombrar mediante:
Nombres particulares asignados por su descubridor.
Nombres sistemticos, que constan de tres partes: el sustrato preferente, el tipo de reaccin y
la terminacin asa. Ej. Glucosa fosfato isomerasa. Si la reaccin es una hidrolisis, el segundo
componente se omite.
Nomenclatura de la comisin enzimtica: el nombre esta encabezado por las letras EC
(enzime comission) seguidas de un cdigo de cuatro nmeros separados por puntos: EC
n1.n2.n3.n4
El n1 refiere a la clase a la que pertenece, n2 a la subclase, n3 y n4 a los grupos qumicos que
intervienen en la reaccin.
Las enzimas se pueden clasificar en seis clases:

Oxidorreductasas: catalizan reacciones redox, es decir, transferencia de H o electrones de

un sustrato a otro.

A H2 + B A +

Ej: succinato deshidrogenasa

Transferasas: caralizan la transferencia de grupos qumicos, distintos del H, de un sustrato

a otro.
A B + C A + C B Ej: glucoquinasa
Hidrolasas: catalizan reacciones de hidrolisis.
AB+

B H2

H2O

AH + B OH Ej: lactasa

Liasas: catalizan reacciones de ruptura o formacin de enlaces.

22

A B A + B Ej: acetato descarboxilasa

Isomerasas: catalizan la interconversion de ismeros.
A B Ej: fosfoglucosa isomerasa
Ligasas: catalizan la unin de sustratos con hidrolisis simultanea de un nucletido
trifosfato.
A + B + XTP A B + XDP + Pi Ej: piruvato carboxilasa (VER)

Determinacion de la estructura de los sitios activos

Isoenzimas
Regulacion de la actividad enzimtica por medio de isoenzimas (Regulacion)
Algunos enzimas tienen distinta estructura molculas aunque su funcin biolgica es similar.
Se llaman isoenzimas. Estas diferencias se traducen en ligero cambios en sus propiedades, de
forma que cada isoenziam se adapta perfectamente a la funcin que debe realizar. Asi,
podemos observar la existencia de isoenzimas en funcin de: el tipo de tejido, el
compartimiento celular donde actua o el momento concreto del desarrollo del individuo.
Formaz zimogenas
Activacion proteoltica de la actividad enzimtica (Regulacion)
Algunos enzimas no se sintetizan como tales, sino como protenas precursoras sin actividad
enzimtica. Estas protenas se llaman proenzimas o zimgenos. Para activarse, los zimgenos
sufren un ataque hidrolitico que origina la liberacin de uno o varios pptidos. El resto de la
molecula proteica adopta la conformacin y las propiedades del enzima activo.
Muchos enzimas digestivos se secretan en forma de zimgenos y en el tubo digestivo se
convierten en la forma activa. Por ejemplo, el caso de la -quimiotripsina, que se sintetiza en
forma de quimotripsinogeno.

Energia de activacin
En las reacciones espontaneas se libre energa (G < 0). Sin embargo, el comienzo de la
reaccin requiere una aporte inicial de energa, llamado energa de activacin (Ea). Cuanto
menor es la energa de activacin, mas fcilmente transcurre la reaccin. La accin de las
enzimas consiste en la disminucin de la energa de activacin.

Actividad enzimtica y actividad enzimtica especifica

Se define la unidad de actividad enzimtica (U) como la cantidad de enzima que cataliza la
conversin de 1 mol de sustrato en un minuto.
23

La actividad especifica es el numero de unidades de enzima por miligramo de protena (U/ mg

prot) o por mililitro de disolucin (U/ml).
El sistema internacional de unidades, definio la unidad de actividad enzimtica como la
cantidad de enzima que transforma 1 mol de sustrato por segundo. Esta unidad se llama katal
(kat). 1 katal equivale a 60 x

106

U. Esta unidad es muy grande por lo que se utiliza

frecuentemente los submutliplos como el microkatal o el nanokatal.

Cuando se conoce el peso molecular del enzima puro y el numero de centros activos por
molecula de enzima, las medidas de actividad enzimtica permiten calcular el numero de
recambio del enzima, o sea, el numero de reacciones elementales que realiza el enzima por
cada centro activo y por unidad de tiempo.
Cinetica enzimtica
Estudia la velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas. Estos estudios proporcionan
informacin directa acerca del mecanismo de la reaccin cataltica y de la especificidad del
enzima. La velocidad de una reaccin catalizada por un enzima puede medirse con relativa
facilidad, ya que en muchos casos no es necesario purificar o aislar el enzima. La medida se
realiza siempre en condiciones optimas de pH, temperatura, presencia de cofactores, etc. y se
utilizan concentraciones saturantes de sustrato. En estas condiciones, la velocidad de
reaccin observadaes la velocidad mxima (Vmax). La velocidad puede determinanrse bien
midiendo la aparicin de los productos o la desaparicin de los reactivos.
La curva de la relacin entre [S] y Vo tiene la misma forma general para la mayora de
enzimas (se acerca a una hiprbola rectangular), y se puede expresar algebraicamente
mediante la ecuacin de Michaelis-Menten. Sobre el concepto del complejo enzima-sustrato
como intermediario del proceso de catlisis enzimtica, estos dedujeron esta ecuacin a partir
de su hiptesis bsica de que el paso limitante de velocidad en las reacciones enzimticas es
la descomposicin del complejo ES para formar el producto y el enzima libre. La ecuacin es:
Vo =

Vmax[ S]
Km+ [ S ]

La representacin grafica de la ecuacin de Michaelis-Menten, Vo frente a [S], es una

hiprbola.

Derivacin de la ecuacin de Michaelis y Menten

Para explicar la relacin entre la Vo y la [S], Michaelis y Menten propusiero que las reacciones
catalizadas enzimticamente ocurren en 2 estapas: en la primera se forma el complejo ES y
en la segunda el complejo ES da lugar a la formacin de producto, liberando la energa libre.
24

En el esquema, k1,k2 y k3, son las constantes cineticas individuales de cada proceso y
tambin reciben el nombre de constantes microscpicas de velocidad. Segn esto podemos
afirmar:
V1 = K1 * [E]*[S]
V2 = K2 * [ES]
V3 = K3 * [ES]
La concentracin de E total ser [ET] = [E] + [ES] [E] = [ET] [ES]
Reemplazando se obtiene : V1 = K1 * [S] * [ET] K1 * [S] * [ES]
Este modelo (Michaelis-Menten) adopta la hiptesis del estado estacionario, segn el cual [ES]
es pequea y constante a lo largo de la reaccin. Con lo cual, la velocidad de formacin del
complejo ES (V1) es igual a la de su disociacin (V2 + V3) V1 = V2 + V3
Ademas como [ES] es constante, la velocidad de formacin de productos es constante. V3 =
K3 * [ES] = Constante
Entonces:

K1 * [S] * [ET] K1 * [S] * [ES] = K2 * [ES] + K3 * [ES]

Despejando: [ES] = ([ET]*[S])/(Km+ [S] ) siendo Km = (K2 + K3) / K1 (Km = constante de

Michaelis-Menten)
La velocidad de formacin del producto ser: V3 = K3 * [ES] = (K3*[ET]*[S])/(Km+ [S] )
Para cualquier reaccin enzimtica, [ET], K3 y Km son constante.
A concentraciones de sustrato pequeas: ([S] << Km) y v = ((K3*[ET])/Km) * [S]. Como los
trminos entre parntesis son constantes, pueden englobarse en una nueva constante, Kobs,
de forma que la exprseion queda reducida a v = Kobs * [S], con lo cual la reaccin es un
proceso cintico de primer orden.
A concentraciones de sustrato elevadas: ([S] >> Km) y v = K3 * [ET]. La velocidad de
reaccin es independiente de la concentracin del sustrato, y por tanto, la reaccin es un
proceso cintico de orden cero. Adems, tanto K3 como [ET] son constantes, y nos permite
definir un nuevo parmetro, la velocidad mxima de la reaccin, Vmax = K3 * [ET], que es la
velocidad que se alcanzara cuando todo el enzima disponible se encuentra unido al sustrato.
25

Si introducimos Vmax a la ecuacin general, obtenemos la expresin conocido como la

ecuacin de Michaelis-Menten: v = (Vmax*[S])/(Km+ [S] )
Hay enzimas que no obedecen la ecuacin de Michaelis-Menten. Se dice que su cinetica no es
Michaeliana. Esto ocurre con los enzimas alostericos, cuya grafica v frente a [S] no es una
hiprbola sino una sigmoide. En la cinetica sigmoidea, pequeas variaciones en la [S] en una
zona critica, cercana a la Km se traduce en grandes variaciones en la velocidad de reaccin.
Km y Vmax
Las constantes cineticas Km y Vmax permiten la caracterizacin de las enzimas. La velocidad
mxima corresponde al valor mximo al que tiene la curva experimental, y la constante de
Michaelis-Menten corresponde a la concentracin de sustrato necesaria para alcanzar un
medio de la velocidad mxima y proporciona una medida de la afinidad por el enzima
sustrato.
Determinacion grafica
Para determinar grficamente los valores de Km y Vmax es mas sencillo utilizar la
representacin doble reciproca (1/Vo frente a 1/[S]o) , ya que es una lnea recta. Esta
representacin recibe el nombre de representacin de Lineweaver-Burk. Es una recta en la
cual, la pendiente es Km/Vmax; la absica en el origen es -1/Km ; la ordenada al origen es
1/Vmax.
De esta forma, a partir de los datos experimentales se puede calcular grficamente, los
valores de Km y Vmax de una enzima para diversos sustratos.

Reversibilidad de reaccin y formacin de complejos intermedios

Mecanismos de reaccin
Son los mecanismo mediante los cuales una enzima se una su sustrato.
Catalisis basada en la energa de fijacin: la energa de fijacin es aquella que se libera al
formarse interacciones dbiles entre la enzima y el sustrato, y proporciona cierto grado de
estabilidad a dichas interacciones. Es la principal fuente de energa para la disminucin de la
energa de activacin. Puede ser utilizada para disminuir la entropa del sustrato o para
producir cambios conformacionales en la enzima, para permitir la orientacin adecuada de
sus grupos funcionales.
Catalisis acido-base: los grupos R ionizables de los residuos de aminocidos de la enzima
pueden donar

+
H

al sustrato o aceptar

+
H

del mismo para formar especies que se

desplazen hacia la formacin de producto, en lugar de formar sustrato. Si la catlisis solo

26

utiliza

+
H

se utilizan

+
H

OH

presentes en el

H2O

se la llamas catlisis acido-base especifica. Si

cedidos por otros tipos de molculas se llama catlisis acido-base general.

Catalisis covalente: implica una unin covalente transitoria entre la enzima y el sustrato. Esto
altera la ruta de la reaccin y solo produce la catlisis si la nueva ruta tiene una energa de
activacin menor que la catalizada. Por lo general se forma entre un grupo nuclefilico de la
enzima y un electrofilico del sustrato.
Catalisis por ion metalico: interacciones ionicas entre un metal fijado a la enzima y el sustrato
pueden ayudar a orientar al sustrato para que reaccione. Los metales tambin pueden
intervenir en reacciones redox mediante cambios reversibles en el estado de oxidacin del ion
metalico.
Efectos del pH y temperatura
Las propiedades de los enzimas derivan del hecho de ser protenas y de actuar como
catalizadores. Cambios en la conformacin suelen ir asociados en cambios en la actividad
cataltica.
En cuanto al efecto del pH sobre la actividad enzimtica, los enzimas poseen grupos qumicos
ionizables (-COOH; -NH2; -SH; imidazol, etc.) en las cadenas laterales de sus aminocidos.
Segn el pH del medio, estos grupos pueden tener dsitinta carga. Como la conformacin de la
protena depende, en parte, de sus cargas elctricas, habr un pH en el cual la conformacin
ser la mas adeucada para la actividad cataltica (pH optimo). La mayora de los enzimas son
muy sensibles a los cambios de pH. Un ligero cambio puede afectar drsticamente su
actividad. Como ligeros cambios de pH pueden provocar la desnaturalizacin de la protena,
los seres vivos han desarrollado sistemas mas o menos complejos para mantener estable el
pH intracelular, los amortiguadores fisiolgicos.
Respecto a la temperatura, en general los aumentos de temperatura aceleran las reacciones
qumicas, por cada 10C de incremento, la velcidad de reaccin se duplica. Las reacciones
catalizadas por enzimas siguen esta ley general. Sin embargo, al ser protenas, a partir de
ciertas temperatura, se empiezan a desnaturalizar por el calor. La temperatura a la cual la
actividad cataltica es mxima se llama temperatura optima. Por encima de esa temperatura,
el aumento de velocidad de la reaccin debido a la temperatura es contrarrestado por la
perdida de actividad cataltica debida a la desnaturalizacin trmica, y la actividad enzimtica
decrece rpidamente hasta anularse.
Los enizmas son protenas que actan en ambientes acuosos y en solucin, por tanto por
debajo de los 0C la reaccin se paraliza. Las temperaturas mayores a 50C provocan la
desnaturalizacin.
Inhibidores: competitivos, no competitivos y acompetitivos
Existen sustancias que pueden impedir que la enzima desarrolle su actividad cataltica,
disminuyendo o paralizando la reaccin enzimtica. A estas sustancias se las denomina
inhibidores enzimticos.
Se conocen dos tipos principales de inhibicin: la reversible y la irreversible. La primera
implica una unin no covalente del inhibidor y por lo tanto siempre puede revertirse. En la
inhibicin irreversible, el inhibidor se una al enzima de forma covalente y permanente.

27

La inhibicion reversible implica la unin no covalente del inhibidor con la enzima, pero difiere
en los mecanismos por medio de los cuales reduce la actividad enzimtica y en la forma que
afecta a la cinetica de la reaccin.

Inhibidor competitivo: sustancia similar en estructura al sustrato, con quien compite por
el sitio activo de la enzima. Es capaz de unirse a la enzima libre en el mismo sitio donde
se une el sustrato, impidiendo de esta manera su unin. Es decir, sustrato e inhibidor
son excluyentes mutuamente. Generalmente el inhibidor competitivo es un anlogo no
hidrolizable del sustrato, un sustrato alternativo o el mismo producto de la reaccin.
Como consecuencia la Vmax no se altera, pero hay que poner mas cantidad de sustrato
en el medio de reaccin para alcnzarla, lo que refleja un aumento de la Km. La eficacia
de un inhibidor competitivo depende de su concesntracion respecto a la del sustrato. Si
hay un exceso de inhibidor este bloqueara los centros activos de las molculas de
enzima, resultando una inhibicin total. No obstante, el proceso es reversible si se
procura exceso de sustrato que desplazara totalmente al inhibidor.

Inhibidor no competitivo: puede combinarse tanto con la enzima libre como con el
complejo ES, sin afectar al sitio activo de la enzima. El inhibidor no tiene efecto sobre la
unin del sustrato, ya que se une en otro sitio del enzima. El sustrato y el inhibidor se
unen al enzima reversiblemente, azarosamente e independientemente a diferentes
sitios. Esto significa que el inhibidor se puede unir tanto a la enzima libre como al
complejo Es. De igual modo el sustrato S se puede unir a la enzima libre y al complejo EI.
Si embargo el complejo ESI es improductivo, no cataliza la formacin de producto. De
modo que la afinidad por el sustrato no se vera afectada y por lo tanto Km ser igual.
Mientras que Vmax ser menor ya que siempre habr parte de la enzima formando el
complejo ESI improductivo.

28

Inhibidor acompetititvo: reacciona con el enzima en un punto distinto del centro activo,
pero solo en el caso de que esta este unida al sustrato formando el complejo ES, de esta
forma impide que la enzima desarrolle su actividad cataltica. Se une reversiblemente al
complejo ES generando un complejo ESI improductivo. El inhibidor no es capaz de unirse
al enzima libre. La consecuencia es que la enzima es mas afin por el sustrato,
disminuyendo el Km, sin embargo la Vmax ser siempre menor, ya que siempre habr
enzima formando el complejo ESI improductivo. Tanto la Vmax como la Km se alteran en
la misma proporcin.

En la inhibicin irreversible, el inhibidor se une covalentemente a la enzima y la inactiva de

manera reversible. Casi todos son sustancias toxicas naturales o sintticas. Se trata de
sustancias que reaccionan con algn grupo funcional importante para la catlisis,
bloquendolo e impidiendo que la enzima desarrolle su actividad. En muchos casos la
interaccin se produce a travs del sitio activo, impidiendo de manera irreversible que el
sustrato ocupe su lugar.
Activadores
Entre los activadores enzimticos, cabe destacar el del nucletido adenosina monofosfato
cclico (AMPc), inositol trifosfato (IP3), diacil glicerol, calmodulina, etc. Estos ponen en marcha
29

respuestas rapidas frente a acontecimientos que requieren cambios radicales en el

comportamiento de las clulas.
Todos estos cambios estn mediados dentro de la celula por activadores enzimticos
denominados segundos mensajeros. Los activadores suelen ser segundos mensajeros que se
forman en el interior de la celula en respuesta a un primer mensajero generalmente de
carcter hormonal. (Ver Efecto de la modificacin covalente sobre la actividad enzimtica)
Co-factores enzimticos: metales, coenzimas y grupos prostticos
La actividad de algunas enzimas depende solamente de su estructura como protena mientras
que otra necesitan, adems, uno o mas componentes no proteicos, llamados cofactores. El

cofactor puede ser un ion metalico como

++
Fe

++
++ , Zn
, ++ , Mn o bien una molecula organica,
Mg

llamda coenzima, auqnue algunos enzimas necesitan ambos. El cofactor puede estar
fuertemente unido a la protena y recibe entonces el nombre de grupo prosttico, o
dbilmente unido, por lo que en realidad actua como un sustrato especifico de la enzima (cosustrato; suele ser una molecula organica, coenzima).
El complejo enzima-cofactor catalticamente activo recibe el nombre de holoenzima. Cuando
se separa el cofactor, la protena restante, que por si misma es inactiva catalticamente, se
designa con el nombre de apoenzima.
Apoenzima + Grupo prosttico = Holoenzima
En las enzimas el cofactor puede actuar como centro cataltico primario, grupo puente para
reunir el sustrato y la enzima o agente estabilizante de la actividad enzimtica
(conformacin). Por su parte cada uno de los coenzimas catalogados suele contener en su
estructura, alguna vitamina (sustancias organicas que , en cantidades minimas, son vitales
para el funcionamiento de todas las clulas) o molecula derivada de ella. Las coenzimas
actan por lo general como transportadores intermedios de atomos especficos o de
electrones.
Mecanismos de accin
Los enzimas son catalizadores especficos, cada enzima cataliza un solo tipo de reaccin, y
casi siempre actua sobre un nico sustrato o sobre un grupo muy reducido de ellos.
El sustrato se une a una regin concreta de la enzima, llamada sitio activo, comprendida por
un sitio de unin formado por los aminocidos que estn en contacto con el sustrato y un sitio
cataltico, formado por los aminocidos implicados en el mecanismo de la reaccin. Una vez
formados los productos, la enzima puede comenzar un nuevo ciclo de reaccin.
El sitio activo es una regin tridimensional de la enzima con una distribucin de los grupos
nica capaz de posibilitar la unin a su sustrato especficos. Dichos grupos del enzima no
tienen porque ser necesariamente consecutivos en la secuencia de la protena y reciben el
nombre de centros catalticos.
Para que una reaccin ocurra, las molculas de los reactivos deben chocar con una energa y
orientacin adecuada. Las enzimas permiten que los sustratos se unan a su centro activo con
una orientacin optima para que ocurra la reaccin y modificar las propiedades qumicas del
sustrato, debilitando los enlaces existentes y facilitando la formacin de nuevos. La accin de
los enzimas consiste en la disminucin de la energa de activacin.
30

Existen dos modelos que intentan explicar la forma en que el sustrato se une al sitio activo:
Modelo llave-cerradura: el sitio activo y el sustrato tiene estrucutras complementarias. Este
modelo no considera la reversibilidad de algunas reacciones, ya que en este caso, el sitio
activo debera ser complementario tambin a los productos, y adems no explica bien el
proceso de inhibicin enzimtica. Este modelo es valido en muchos casos, pero no siempre
es correcto.
Modelo de ajuste inducido: el sitio activo posee una disposicin espacial especifica y precisa
de ciertos grupos que en presencia del sustrato se adaptan a su estructura.

Indepnedientemente del modelo, una vez formado el complejo enzima sustrato, mediante un
mecanismo de distorsion, se activan los enlaces que hay que romper y se aproximan los
grupos que hay que enlazar, favoreciendo la formacin del producto resultante de la reaccin
catalizada y quedando la enzima libre para comenzar de nuevo el proceso cataltico.
Mecanismos de regulacin enzimtica
Una caracterstica que diferencia las enzimas de los catalizadores qumicos convencionales es
su capacidad para regular su propia actividad. Una enzima puede ser mas o menos activa
gracias a la existencia de distintos niveles de regulacin:
Nivel de sntesis: que haya mas o menos molculas de la enzima.
Las reacciones enzimticas del interior de la celula suceden de un modo secuencial, es decir,
el producto de una reaccin sirve de sustrato para la reaccin siguiente. Por esta razn la
celula necesita cordinar las diversas secuencias o rutas metablicas adaptndolas a sus
propias necesidades en cada momento.
Para que se sinteticen las enzimas de una ruta metabolica, los genes que codifican para las
mismas se transcriben dando un ARNm que se traducir mas tarde en la molecula de protena
correspondiente. Este tipo de regulacin supone un control gentico sobre los genes que
codifican informacin para cada enzima.
Nivel de actividad: que las molculas de enzima existentes estn mas o menos activas. Puede
llevarse a cabo por factores extrnsecos a la enzima como pH, temperatura, [S], [I], o por
31

factores intrnsecos a la propia enzima. En este caso hablamos de enzimas reguladoras,

enzimas que por su propia naturaleza tienen mecanismos especiales de regulacin. Estn
especializadas en regularse respondiendo de forma muy sensible a seales externas.
En la celula las enzimas operan en grupo, en rutas constituidas por varios pasos enzimticos.
En cada ruta hay al menos una enzima reguladora que determina la velocidad de toda la ruta.
La modulacin de las enzimas reguladoras ocurre mediante diferentes mecanismos:
Modulacion alosterica de la actividad enzimtica
Hay enzimas que pueden adoptar 2 conformaciones interconvertibles llamadas R (relajada) y
T (tensa). R es la forma mas activa porque se une al sustrato con mas afinidad. Las formas R
y T se encuentran en equilibrio R T.
Ciertas sustancias tienden a estabilizar la forma R. Son los llamados moduladores positivos. El
propio sustrato es a menudo un modulador positivo. Las molculas que favorecen la forma R
pero que actan sobre una regin del enzima distinta del centro activo son los activadores
alostericos.
Las sustancias que favorecen la forma T y disminuyen la actividad enzimtica son los
moduladores negativos. Si esto moduladores actan en lugares distintos del centro activo del
enzima se llaman inhibidores alostericos.
Por lo general, las grandes rutas metablicas son controladas por reacciones claves, llamadas
reacciones determinantes, que en condiciones intracelulares generalmente son irreversibles.
En general dichas reacciones estar reguladas por enzimas alostericos que poseen una serie
de caractersticas peculiares. Suelen ser protenas de alto peso molecular, formadas por
varias subunidades, cada una de las cuales posee un centro cataltico al que se unen las
molculas de sustrato y otro centro al cual se unen los moduladores del enzima alosterico.
Este centro activo distinto del centro cataltico se denomina modulador o efector.
En la mayor parte de los casos, el enzima alosterico esta controlada por el primer sustrato y
por el producto final; el primer sustrato suele actuar como modulador positivo acelerando la
velocidad de la reaccin y el ultimo producto de la ruta actua normalemnte como inhibidor de
la reaccin.
De esta manera, la ruta se pondr en marcha siempre que haya suficiente sustrato y hasta
que se produzca el producto necesario. En la medida que el producto final se vaya
consumiendo por los procesos que lo requieren, la ruta metabolica seguir funcionando. Este
tipo de control, en el cual el producto final acuta como efector negativo de la ruta, se llama
retroinhibicion o feed-back.
Efecto de la modificacin covalente sobre la actividad enzimtica
Enzimas interconvertibles, que por actan modificacin covalente reversible, como por
ejemplo por fosforilacion/desfosforilacion o modificacin redox.
Otros enzimas pasan de una forma menos activa a otra mas activa unindose
covalentemente a un grupo quimico de pequeo tamaos como el Pi o el AMP. Tambin se da
el caso inverso, en el que un enzima muy activo se desactiva al liberar un grupo quimico. En
las enzimas de las vas degradativas del metabolismo, la forma fosforilada es mas activa que
la no fosforilada. Mientsas que en las vas biosinteticas ocurre lo contrario.
Mediante protenas reguladoras que se unen a la enzima
Mediante la eliminacin proteoltica de pequeos segmentos peptdicos (irreversible)
32

Enzimas alostericas
Funcionan mediante la unin reversible no covalente de compuestos regulatorios llamados
moduladores. El modulador puede ser un activador (modulacin positiva) o un inhibidor
(modulador negativo) y ser el propio sustrato de la reaccin (alosterismo homotrpico) o ser
otra sustancia (alosterismo heterotrpico). Normalmente se trata de enzimas multimericas y
normalmente el sitio activo y el regulatorio se encuentran en distintas subunidades.
Fenmenos cooperativos
Regulacin por modificacin qumica, fosforilacion y defosforilacion
Enzimas interconvertibles, que por actan modificacin covalente reversible, como por
ejemplo por fosforilacion/desfosforilacion o modificacin redox.
Otros enzimas pasan de una forma menos activa a otra mas activa unindose
covalentemente a un grupo quimico de pequeo tamaos como el Pi o el AMP. Tambin se da
el caso inverso, en el que un enzima muy activo se desactiva al liberar un grupo quimico. En
las enzimas de las vas degradativas del metabolismo, la forma fosforilada es mas activa que
la no fosforilada. Mientsas que en las vas biosinteticas ocurre lo contrario.
UNIDAD 4 Nucleosidos y Nucleotidos
Concepto e importancia biolgica
Los nucletidos son molculas orgnicas formadas por tres componentes caracteristicos: una
base nitrogenada, una pentos y un fosfato. La molecula sin el grupo fosfato se llama
nucleosido.

Las bases nitrogenadas son derivados de dos compuestos parentales, pirimidina y purina. Las
bases y las pentosas de los nucletidos comunes son compuestos heterocclicos.

33

34

Las pentosas son la 2-desoxi-D-ribosa en los desoxirribonucleotidos prensentes en el ADN y

la ribosa en los ribonucleotidos presentes en el ARN. Ambos tipos de pentosas se encuentran
en la forma

La base nitrogenada esta unida covalentemente (por el N-1 en las pirimidinas y el N-9 en las
purinas) a travs de un enlace N--glucosdico con el carbono 1de la pentosa, y el fosfato
esta esterificado con el carbono 5. El enlace N--glucosdico se forma por eliminacin de
agua (un grupo hidroilo de la pentosa y un hidrogeno de la base), como en la formacin de
enlaces O-glucosdicos.
Tanto el ADN como el ARN contienen dos bases purinicas principales, la adenina (A) y la
guanina (G), y dos pirimidinas principales. En ambos, una de las pirimidinas es la citosina (C),
pero la segunda no en la misma en los dos, es timina (T) en el ADN, y uraciolo (U) en el ARN.
Solo raramente se encuentra timina en el ADN o uracilo en el ADN.
Los nucletidos desempeas una amplia variedad de funciones en el metabolismo celular.
Constituyen la moneda energtica en las transacciones metablicas, son los nexos qumicos
en los sistemas celulares, en respuesta a hormonas y otros estimulos extracelulares, y son
tambin componentes estructurales de una serie de cofactores enzimticos e intermediarios
metablicos. Adems son las unidades estructurales de los acidos nucleicos; el ADN y el ARN,
los depositarios moleculares de la informacin gentica.

Nomenclatura

dAMP

Nombre

Imagen

Desoxiadenilato
(desoxiadenosina 5'-monofosfato)

35

dTMP

Desoxitimidilato
(desoxitimidina 5'-monofosfato)

dCMP

Desoxicitidilato
(desoxicitidina 5'-monofosfato)

dGMP

Desoxiguanilato
(desoxiguanosina 5'-monofosfato)

Localizacion celular
Funciones
Los nucletidos son las unidades estructurales de los acidos nucleicos y sus propiedades
influyen en la estructura tridimensiona de los mismos. Las pirimidinas y purinas son
compuestos dbilmente bsicos, por eso se las llama bases. Las bases presentes en los
acidos nucleicos son molculas altamente conjugadas, por lo que afectan a la estructura,
distribucin electrnica y absorcin de la luz de los mismos. Admas, las bases son
hidrofbicas y relativamente insolubles al agua a pH 7. Las interacciones hidrofbicas entre
las bases tienen gran importancia en la estabilidad de la estructura de los acidos nucleicos.
Adems de las funciones que les corresponden como subunidades de los acidos nucleicos, los
nucletidos tambin desempean otras funciones en las clulas: actan como
transportadores de energa, componentes de cofactores enzimticos y mensajeros qumicos.
Transportan energa qumica en las clulas: pueden presentar uno, dos o tres grupos fosfatos
unidos covalentemente al grupo hidroxilo en 5de la ribosa. Se les conoce como nucleosidos
mono-, di- y trifosfato, respectivamente. La hidrolisis de los nucleosidos trifosfato proporciona
la energa qumica para impulsar una veriedad de reacciones celulares. La adenosina 5trifosfato, el ATP, es, con diferencia, el mas utilizado, aunque el UTP, el GTP y el CTP se
emplean en algunas reacciones. Los nucleosidos trifosfato tambin actan como precursores
activados en la sntesis de ADN y ARN. En enlace entre la ribosa y el fosfato es de tipo ester.
Los enlaces , , son anhdridos de acido fosfrico.
36

La hidrolisis del ATP a menudo juega un importante papel termodinamico en la biosntesis.

Cuando se acopla con una reaccin con variacin de energa libre positiva, la hidrolisi del ATP
desplaza el equilibrio del proceso global en favor de la formacin de producto.
Componentes de cofactores enzimticos: muchos cofactores enzimticos incluyen a la
adenosina como parte de su estructura. Su papel tiene relacin con la energa de unin entre
el enzima y el sustrato (o cofactor), que esta implicada tanto en la catlisis como en la
estabilizacin del complejo enzima-sustrato inicial. (NAD y FAD)
Un solo dominio proteico capaz de fijar adenosina puede utilizarse en enzimas diferentes. Este
tipo de estructura, denominada plegamiento de unin de nucletidos, se encuentra en
muchos enzimas que unen ATP y cofactores nucleotidicos.
Mensajeros: las clulas responden a su entorno captando seales hormonales y de otro tipo.
La interaccion de estas seales (primeros mensajeros) con la supuerficie celular suele dar
lugar a la produccion de (segundos mensajeros en el interior de la celulo que provocan
cambios adaptativos en el interior celular. Estos segundos mensajeros suelen ser nucletidos.
Nucleotidos mono, di y trifosfato
Los nucletidos pueden tener 1, 2, o 3 grupos fosfatos unidos al C5 del azcar. De acuerdo a
la cantidad de grupos fosfato se los clasifica como nucletidos mono-, bi- o trifosfato,
respectivamente. En los nucletidos trifosfatos, los enlaces que unen a los grupos fosfato son
de alta energa y pueden ser hidrolizados liberando energa para llevar a cabo distintas
reacciones.
Nucleotidos como transportadores de energa
ATP
La adenosina trifosfato (abreviado ATP, y tambin llamada adenosn-5'-trifosfato o trifosfato
de adenosina) es una molcula utilizada por todos los organismos vivos para proporcionar
energa en las reacciones qumicas. Tambin es el precursor de una serie de coenzimas
esenciales como el NAD+ o la coenzima A. El ATP es uno de los cuatro monmeros utilizados
en la sntesis de ARN celular. Adems, es una coenzima de transferencia de grupos fosfato
que se enlaza de manera no-covalente a las enzimas quinasas (co-sustrato).
El ATP es un nucletido trifosfato que se compone de adenosina (adenina y ribosa, como -Dribofuranosa) y tres grupos fosfato. Su frmula molecular es C10H16N5O13P3. La estructura
de la molcula consiste en una base purina (adenina) enlazada al tomo de carbono 1' de un
azcar pentosa. Los tres grupos fosfato se enlazan al tomo de carbono 5' de la pentosa. Los
grupos fosforilo, comenzando con el grupo ms cercano a la ribosa, se conocen como fosfatos
alfa (), beta () y gamma ().
Debido a la presencia de enlaces ricos en energa (entre los grupos fosfato son los enlaces
anhdrido del cido), esta molcula se utiliza en los seres vivos para proporcionar la energa
que se consume en las reacciones qumicas. De hecho, la reaccin de hidrlisis de la
adenosina trifosfato en adenosina difosfato y fosfato es una reaccin exergnica donde la
variacin de entalpa libre estndar es igual a -30,5 kJ/mol
El ATP es la principal fuente de energa para la mayora de las funciones celulares. Esto
incluye la sntesis de macromolculas como el ADN, el ARN y las protenas. Tambin
desempea un papel fundamental en el transporte de macromolculas a travs de las
membranas celulares, es decir, en la exocitosis y endocitosis. Tambin interviene en la
sealizacin intra e intercelular.
37

Nucleotidos como coenzimas

Un buen numero de cofactores enzimticos que llevan a cabo una amplia gama de funciones
qumicas incluyen la adenosina como parte de su estructura. Es el caso del NAD, FAD y la
Coenzima A.
La coenzima A, que est formada por un derivado del ADP, el cido pantotnico, y una cadena
corta de etilamina unida a un grupo tiol (-SH), que recibe el nombre de B-mercaptoetilamina
(mercapto = azufre). La coenzima A se designa abreviadamente con el trmino CoA, o bien
con el de CoA-SH, para resaltar la importancia que tiene el grupo funcional tiol.
Interviene en reacciones enzimticas implicadas en el metabolismo celular, como
transportador de grupos acilo (R-CO-) procedentes de los cidos orgnicos. Un derivado de la
coenzima A, el acetil coenzima A (CH3-CO-S-CoA), tiene una gran importancia en el
metabolismo celular. Surge de la unin de la coenzima A con una molcula de cido actico
mediante un enlace tioster (entre el grupo tiol y el grupo carboxilo del cido).

Nucleotidos de nicotinamida y flavina

Las piridina-nucletidos suelen actuar como coenzimas libres. Las ms comunes son la
nicotinamida-adenina-dinucletido (NAD), compuesta de la nicotinamida, ribosa, fosfato y
AMP, y la nicotinamida-adenina-dinucletido-fosfato (NADP), que adems contiene cido
fosfrico esterificado con el OH del carbono 2' del AMP
La nicotinamida adenina dinucletido (NAD), es una coenzima que se encuentra en todas las
clulas vivas. El compuesto es un dinucletido, ya que consta de dos nucletidos unidos a
38

travs de sus grupos fosfato con un nucletido que contiene un anillo adenosina y el otro que
contiene nicotinamida.En el metabolismo, el NAD+ participa en las reacciones redox
(oxidorreduccin), llevando los electrones de una reaccin a otra. Su centro activo es la
nicotinamida, pudindose transformar en NADH o NADPH.
La coenzima, por tanto, se encuentra en dos formas en las clulas: NAD+ y NADH. El NAD+,
que es un agente oxidante, acepta electrones de otras molculas y pasa a ser reducido,
formndose NADH, que puede ser utilizado entonces como agente reductor para donar
electrones. Estas reacciones de transferencia de electrones son la principal funcin del NAD+.
Sin embargo, tambin es utilizado en otros procesos celulares, en especial como sustrato de
las enzimas que aaden o eliminan grupos qumicos de las protenas, en modificaciones posttraduccionales.

39

Los nucletidos de flavina, que estn formados por una base nitrogenada, la flavina, y como
pentosa, un derivado de la ribosa, el ribitol, son grupos prostticos de enzimas de
oxidorreduccin. La flavina-mononucletido (FMN) est compuesta por la base flavina, el
azcar ribitol y un grupo fosfato. La FMN puede unirse al AMP para formar la flavina-adeninadinucletido (FAD), que tambin es un grupo prosttico. Actan como grupos prostticos
asociados firmemente a protenas especificas formando falvoproteinas.
Los nucletidos de flavina son: FMN: flavn-mononucletido. La flavina est unida a un grupo
fosfato y FAD: flavn-adenn-dinucletido, formado por una molcula de FMN unida mediante
enlace fosfodister a otra de AMP (adenosn monofosfato).
Ambos son coenzimas de las deshidrogenasas, enzimas que catalizan las reacciones de
oxidacin-reduccin, y se pueden encontrar tanto en forma oxidada (FAD, FMN) como en
forma reducida (FADH2, FMNH2). Para pasar de una forma a otra, captan o ceden hidrgeno
oxidando o reduciendo el sustrato.

Nucleotidos cclicos
Algunos nucletidos actan como intermediarios de la accin hormonal (mensajeros
qumicos). Son nucletidos cclicos, en los que el cido ortofosfrico esterifica dos hidroxilos
(el 3' y el 5') de la misma ribosa. Los ms comunes son la adenosina-3', 5'-monofosfato o AMP
cclico (AMPc y la guanosina-3',5'-monofosfato o GMP cclico (GMPc).

UNIDAD 5 Hidratos de Carbono y su metabolismo

40

Los hidratos de carbono son biomolculas constituidas por C, H y O. Su formula general es

CH
( 2 O) n , y se definen como poli hidroxi aldehdos o poli hidroxi cetonas.

ALDOSAS (grupo aldheido)

OSAS o monosacaridos
CETOSAS (grupo cetona)

OSIDOS
Unin de monosacridos
por enlace glucosidico

HOLOSID
OS
Solo
glucidos

OLIGOSACARIDOS
2 a 10
monosacaridos
POLISACARIDOS
Mas de 10
monosacaridos

Aldotriosa (ej, gliceraldehido)

Aldotetrosa (ej, eritrosa)
Cetotriosa (ej,
dihidroxiacetona)
Cetotetrosa (eritrulosa)
Disacaridos (ej, sacarosa)
Trisacaridos (ej, rafinosa)
Etc..
HOMOPOLISACARIDOS
Se repite un solo
monsacarido
HETEROPOLISACARIDOS
Se repite mas de una clase
de monosacaridos

GLUCOCONJUGADOS
Tiene glcidos y molculas no
glucidicas

GLUCOLIPIDOS
GLUCOPROTEINAS

Estructuras de monosacridos, disacridos y polisacaridos

Los monsacaridos estn formados por una sola unidad de poli hidroxi aldehdo/cetona. Se
nombran haciendo referencia al numero de carbonos que poseen, terminado en el sufijo OSA
(triosas,tetrosasas,pentosas,etc). No son hidrolizables y a partir de 7C son inestables.
Presentan un esqueleto carbonado con grupos alcohol o hidroxilo y son portadores del grupo
aldehdo (aldosas) o cetnico (cetosas).

41

42

En estos compuestos existe estereoisomeria debido a la existencia de C asimtricos. La

disposicin del grupo OH a la derecha en el C asimtrico determina el ismero D, mientras
que si esta situado a la izquiera es un isomero L. Cuando un monosacrido tiene varios
esteroisomeros, todos los que poseen a la darecha el grupo OH del C mas alejado del grupo
carbonilo son de la serie D, y los que lo poseen a la izquierda son de la serie L.
Se llama epimeros a los monosacridos que difieren en la configuracin de 1 solo atomo de C.
Los monosacridos pueden formar hemiacetales intramoleculares, las aldosas forman
estrucutras conocidas como piranosas y las cetosas forman estructura conocidas como
furanosas. Asi, se consituyen los estereoisomeros y en torno al C anomerico.

Existen derivados de monosacridos como:

Azucares alcoholes o poli-alcoholes: se obtienen por reduccin del frupo carbonilo. Ej. Glicerol,
sorbitol, inositol.
Azucares acidos: se obtienen por reacciones de oxidacin para producir diferentes tipos de
acidos y, en el caso de las aldosas, lactonas.

Se llaman acidos gluconicos (aldonicos) cuando la oxidacin se da en el C1 del

monosacrido.
Se llaman acidos glucuronicos (uronicos) cuando la oxidacin se da en el C6 del
monosacrido.
Se llaman acidos glucanicos (aldanicos) cuando la oxidacin se da en los C1 y C6 del
monosacrido.

Amino-azucares: son monosacridos que establecen un enlace con compuestos aminados,

constituyendo enlaces N-glucosidicos.
Los oligosacridos contienen de 2-10 unidades de monosacridos unidos por enlaces O
glucosidicos.
Los disacridos son oligosacridos formados por dos monosacridos. Son solubles en agua,
dulces y cristalizables. Pueden hidrolizarse y ser reductores cuando el carbono anomerico de
alguno de sus componentes no esta implicado en el enlace entre los monosacridos. La
capacidad reductora de los glcidos se debe a que el grupo aldehdo o cetona puede oxidarse
conduciendo a la formacin de un acido.
Maltosa: dos molculas de glucosa unidas por enlace tipo (1-4).
43

Celobiosa: se obtiene por hidrolisis de la celulosa. Formado por dos molculas de glucos
unidas por enlace (1-4).

Lactosa: formada por la unin (1-4) de la -D-galactorpiranosa (galactosa) y la -Dglucopiranosa (glucosa).

Sacarosa: es el nico disacrido no reductor, ya que los dos carbonos anomericos de la

glucosa y fructosa estn implicados en el enlace glucosidico (1,2).

La rafinosa, estaquiosa y varbascosa son tres oligosacridos relacionados estructuralmente

con la sacarosa, con una, dos y tres glactosas, respectivamente son tri, tetra y
pentasacaridos.

44

Los oligosacridos se asocian a numerosas protenas o lpidos interaccionando con mucha

afinidad y especificidad con lectnias del medio extracelular. Estas molculas complejas estn
implicadas en el reconocimiento de virus, toxinas, bacterias, etc.
Los polisacridos contienen mas de 10 unidades de monosacridos unidos por enlaces O
glucosidicos, formando cadenas lineales o ramificadas. Tienen peso molecular elevado, no
tienen sabor dulce, pueden ser insolubles o formar dispersiones coloidales y no poseen poder
reductor.
Sus funciones son estructurales (enlace -glucosidico) y de reserva energtica (enlace glucosidico).
En vegetales:
Almidon: es un homopolisacarido de reserva. Procede de la polimerizacin de la glucosa. Se
trata de un polmero de glucosa, formado por dos tipos de molecula: amilosa (30%), molecula
lineal de glucosas unidas por enlaces -1,4 que se encuntra enrollada en forma de hlice, y
amilopectina (70%), cadena de amilosa con ramificaciones constituidas por enlaces -1,6.

Celulosa: homopolisacarido lineal formado por la unin de molculas de de -glucosa

mediante enlaces -1,4-O-glucosidicos. Por hidrolisis da glucosa. En su estructura se dan
multiples puentes de hidrogeno entre los grupos hidroxilo de distintas cadenas yuxtapuestas
de glucosa, hacindolas impenetrables al agua, lo que las hace insolubles en agua, y
originando fibras compactas que constituyen la pared celular de las clulas vegetales.

45

Hemicelulosa: es un heteropolisacarido ramificado. Si bien hay variedad de molculas con

estas caractersticas, la principal es el xiloglucano, una cadena lineal de (1->4)--Dglucopiranosa, a la cual se le unen cadenas laterales cortas con residuos de xilosa, galactosa
y fucosa en el carbono 6 de los residuos de glucosa a intervalos regulares. Tambin se la
conoce como pentosanas.
Pectinas: son heteropolisacaridos complejos, poseen azucares como acidos galacturonicos y
glucuronicos, asi como tambin azucares neturos. Los homogalacturonanos, estn formados
por un polmero lineal de acido galacturonico unidos por enlaces (1->4), con residuos de
ramnosa unidos por enlaces (1->2) espaciados de manera regular.
Gomas: son heteropolisacaridos muy complejos, siempre heterogneos y ramificados, con
acidos uronicos. Las gomas son productos muy viscosos que cierran las heridas en los
arboles. En los extremos se encuentran restos de acido glucuronico.
Mucilagos: se consideran constituyentes celulares normales
En animales:
Glucogeno: polisacrido de reserva, es un homopolisacarido ramificado, constituido por
glucosas unidas por enlaces O-glucosidicos -(1,4), con ramificaciones -(1-6).
Estructuralmente igual a la amilopectina, pero la frecuencia es mayor en el glucoqueno (cada
8-12) que en ella (cada 20-24).

Quitina: es un homopolisacarido lineal, constituido por monmero de N-acetil-glucosamina

unidas por enlace O-glucosidico de tipo , (1-4), por lo que cumple funcin estructural.

46

Acido hialuronico: es un heteropolisacarido lineal, en hlice, con cargas negaticas, que fija
mucha agua. Son unidades alternadas de acetilglucosamina y acido glucuronico unidas por
enlaces -(1-4) y -(1-3).

Adems, existen glcidos asociados a otras molculas:

Heterosidos: son molculas de un mosacarido o de un pequeo oligosacrido unidas con una
o varias molculas no glucidicas.
Peptidoglucanos o murena: constituyen la pared bacteriana, una estructura rigida que limita
la entrada de agua.
Proteoglucanos: estn formadas por polisacridos y una pequea fraccin proteica.
Glucoprotenas: formadas por una fraccin glucidica (5-40%) y una fraccin proteica unidas
por enlaces covalentes.
Glucolipidos: formados por monosacridos u oligosacridos unidos a lpidos.

Enlaces glicosidicos O y N
El enlace O-glucosidico se forma entre dos OH de dos azucares, y es clave en la formacin de
oligosacridos y polisacridos. Este puede ser o , segn la estereoisomeria del primer
monosacrido que participa en ese enlace.
El enlace N-glucosidico se forma entre un OH del azcar y el N de un compuesto aminado,
originando aminoazucares.
Glicolisis
En la glucolisis se degrada una molecula de glucosa en una serie de reacciones catalizadas
enzimticamente, dando dos molculas del compuesto de 3 carbonos, piruvato. Durante la
47

secuencia de reacciones de la misma, parte de la energa libre cedida por la glucosa se

conserva en forma de ATP y NADH. Esto sucede en el citosol.
La glucosa se origina de la degradacin de polisacridos, glucgeno en animales y almidon en
vegetales; de la degradacin de disacridos y de la gluconeognesis.
La rotura de la glucosa, que tiene seis carbonos, en dos molculas de piruvato, formado por
tres carbonos, tiene lugar en 10 pasos, de los cuales los primero 5 constituyen la fase
preparatoria, en la que se da la fosforilacion de glucosa y su conversin en gliceraldehido 3fosfato.
1- Fosforilacion de la glucosa
La glucosa se activa mediante la fosforilacion en el C6 dando glucos 6-fosfato; el ATP es el
dador de fosforilo.
Esta reaccin es irreversible, y esta catalizada por la hexoquinasa. La hexoquinada necesita

2+

Mg para su actividad.

Glucosa + ATP Glucosa-6-fosfato + ADP

2- Conversion de la glucosa 6-fosfato en fructosa 6-fosfato
El enzima fosfoglucosa isomerasa cataliza la isomerizacin reversible de la aldosa a una
cetosa. Esta isomerizacin tiene un carcter critico en la qumica global de la ruta ya que el
reordenamiento de los grupos carbonilo e hidroxilo en C1 y C2 es necesario para los
siguientes pasos.

Glucosa-6-fosfato Fructosa-6-fosfato
3- Fosforilacion de la fructosa 6-fosfato a fructosa 1,6-bifosfato
Es la segunda de las reacciones activadoras de la glucolisis, la fosfofructoquinasa-1 (PFK-1)
cataliza la transferencia de un grupo fosforilo desde el ATP. La reaccin es prcticamente
irreversible en condiciones celulares y es la primera comprometida en la ruta glucolitica.
48

Fructosa-6-fosfato + ATP Fructosa-1,6-bisfosfato + ADP

4- Rotura de la fructosa 1,6-bifosfato
El enzima fructosa 1,6-bifosfato aldolasa, cataliza una condensacin aldolica reversible. La
fructosa 1,6-bifosfato se rompe dando 2 triosas fosfato diferentes, el gliceraldehido 3-fosfato
(aldolasa) y la dihidroxicetona fosfato (cetosa).

Fructosa-1,6-bisfosfato Dihidroxiacetona-fosfato + Gliceraldehdo-3-fosfato

5- Interconversion de las triosas fosfato
La dihidroxicetona, se convierte rpida y reversiblemente en gliceraldehido 3-fosfato por la
triosa fosfato isomerasa.

Dihidroxiacetona-fosfato Gliceraldehdo-3-fosfato
Hasta aqu se se han de invertir dos molculas de ATP antes de la rotura de la glucosa.
El retorno energtico tiene lugar en la fase de beneficios, en la que se da la conversin
oxidativa del gliceraldehido 3- fosfato en piruvato con formacin acoplada de ATP y NADH,
6- Oxidacion del gliceraldehido 3-fosfato a 1,3-bisfosfoglicerato
Conversin del gliceraldehido 3-fosfato a 1,3-bisfosfoglicerat, catalizada por el gliceraldehido
3-fosfato deshidrogenasa. Esta es la primera de las dos reacciones conservadoras de energa
de la glucolisis. El grupo aldehdo es oxidado a un anhdrido de acido carboxlico con acido
fosfrico (acil fosfato). La cantidad de

+
NAD

en una celulaes muy inferior a la cantidad de

49

glucosa metabolizada en unos minutos. La ruta se detendra si el NADH formado en este paso
de la glucolisis no se reoxidara y reciclara continuamente.

NAD+ NADH
+ Pi

+ H+

Gliceraldehdo-3fosfato
deshidrogenasa

Gliceraldehdo-3-

1,3-

fosfato

Bisfosfoglicerato

+ Pi + NAD+

+ NADH + H+

7- Transferencia de fosforilo desde el 1,3-bifosfoglicerato al ADP

El enzima fosfoglicerato quinasa transfiere el grupo fosforilo de alta energa desde el grupo
carboxilo del 1,3-bifosfoglicerato al ADP, obtenindose ATP y 3-fosfoglicerato. La formacin de
ATP por transferencia del grupo fosforilo a partir de un sustrato como en este caso, se conoce
como fosforilacion a nivel de sustrato.

ADP ATP

Fosfoglicerato
quinasa

1,3-Bisfosfoglicerato

3-Fosfoglicerato

+ ADP

+ ATP

8- Conversion del 3-fosfoglicerato en 2-fosfoglicerato

50

El enzima fosfoglicerato mutasa cataliza un desplazamiento reversible del grupo fosforilo

2+

Mg

entre C2 y C3 del glicerato. El

es esencial para esta reaccin.

Fosfoglicerato
mutasa

3-

2-

Fosfoglicerato

Fosfoglicerato

9- Deshidratacion del 2-fosfoglicerato a fosfoenolpiruvato

Es la segunda reaccin que genera un compuesto con potencial elevado de transferencia de
grupo fosforilo (6- la primera). La enolasa promueve la eliminacin reversible de una molecula
de agua del 2-fosfoglicerato, dando fosfoenolpiruvato (PEP). El mecanismo implica un
intermediarion enolico estabilizado por

2+

Mg .

enola
sa

2Fosfoglicer
ato

Fosfoenolpiruvat
o +H2O

10-Transferencia del grupo fosforilo desde el fosfoenolpiruvato al ADP

51

El ultimo paso es la transferencia del grupo fosforilo desde el fosfoenolpiruvato al ADP

catalizada por la piruvato quinasa, que requiere

2+

2+ o Mn

+ y tambien Mg . Esta fosforilacion a nivel

de sustrato da como producto piruvato, que aparece en primer lugar en su forma enol y a
continuacin se tautomeriza para dar la ceto que predomina a pH 7.

ADP ATP
piruvato
quinasa

Fosfoenolpiru

Piruvat

vato

Finalmente, el rendimiento neto es de dos molculas de ATP por molecula de glucosa

utilizada. Tambin se conserva energa mediante la formacin de dos molculas de NADH por
molecula de glucosa.

52

Las dos molculas de piruvato formadas por la glucolisis aun contienen la mayor parte de la
energa qumica potencial obtenible de la glucosa, energa que se puede extraer mediante
reacciones oxidativas en el ciclo de Krebs y en la fosforilacion oxidativa.
La importancia de que los intermediarios entre la glucosa y el piruvato se encuentren
fosforilados radica en:

La membrana plasmtica carece de transportadores para los azucares fosforilados, por

lo que los intermediarios no pueden abandonar la celula.
Los grupos fosforilo son componentes esenciales en la conservacin enzimtica de la
energa metabolica.
53

La fijacin de los grupos fosfato a los sitios activos de los enzimas disminyen la energa
de activacin y aumenta la especificidad de las reacciones enzimticas.

La mayora de las clulas, en condiciones aerobicas oxidan sus nutrientes a

CO2

H2O .

La glucolisis es solo la primer etapa de la oxidacin completa de la glucosa. La fase aerobica

del catabolismo se denomina respiracin celuilar, y ocurre en tres etapas:

Descarboxilacion oxidativa del piruvato a acetil-CoA.

El acetil-CoA ingresa al ciclo de Krebs, donde se oxida a

conserva como NADH y

FADH 2 .

Los equivalentes de reduccin son oxidados, liberando

son transferidos al

CO2 . La energa liberada se

+
H y electrones. Los electrones

O2 mediante transportadores en la cadena respiratoria, y se forma

ATP mediante la fosforilacion oxidativa.

Glucolisis aerobica y anaerbica
El piruvato formado puede continuar siendo metabolizado siguiendo una de tres rutas
catablicas distintas:
En condiciones aerobicas, el piruvato se oxida, con perdida de su grupo carboxilo, en forma de

CO2

dando el grupo acetilo del acetil-coenzima A, que es ocidado seguidamente de manera

completa a

CO2

por el ciclo del acido ctrico. Los electrones de estas oxidaciones pasan al

O2 a travs de una cadena de transportadores en la mitocondria, formando

H 2 O . La

energa procedente de las reacciones de transferencia electrnica impulsa la sntesis de ATP

en la mitcondria.
La segunda ruta para el piruvato es su reduccin a lactato via fermentacin del acido lctico.
En condiciones de baja concentracin de oxigeno (hipoxia) o anaerbicas, el NADH no puede
ser reocidado a

+
NAD , siendo este ultimo el aceptor de electrones imprescindible para la

posterior oxidacin del piruvato. En estas condiciones, el piruvato se reduce a lactato y

acepta los electrones del NADH, regenerando asi el

+
NAD

necesario para la continuacin de

la glucolisis. En la glucolisis la deshidrogenacion de las dos molculas de gliceraldehido 3fosfato, reduce 2

+
NAD

a 2 NADH, como la oxidacin de 2 piruvatos a 2 lactato regenera 2

+
NAD , el proceso global esta equilibrado. El lactato formado en los musculos puede
reciclarse; es transportado hacia el hgado donde se convierte en glucosa. (Lactato
deshidrogenasa)

54

La tercera ruta conduce al etanol. El piruvato se convierte, bajo condiciones anaerbicas o de

CO2 , proceso denominado fermentacin etanolica o alcohlica. Primero

hipoxia, en etanol y

se descarboxila a acetaldehdo por la piruvato descarboxilasa, luego se reduce a etanol, con

NADH producido en la deshidrogenicacion del gliceraldehido 3-fosfato, a travs de la alcohol
deshidrogenasa.

Adems el piruvato tiene tambin otros destinos anablicos, ya que puede por ejemplo
contribuir en la sntesis de alanina y de acidos grasos.
Fermentacion es un termino general que indica degradacin anaerbica de la glucosa u otros
nutrientes organicos, para obtener energa en forma de ATP.
Balance energtico

Glucosa + 2 ATP + 2 NAD

ATP + 2

+ 4 ADP + 2 Pi 2 piruvato + 2 ADP + 2 NADH + 2

+
H

+4

H2O

Simplificando:

+
H

+ 2 ATP + 2

H2O

Las dos molculas de NADH formadas, son en condicione aerobicas, reaoxidadas a

+
NAD

Glucosa + 2 NAD

+ 2 ADP + 2 Pi 2 piruvato + 2 NADH + 2

por transferencia de sus electrones a la cadena respiratoria. La cadena de transporte

electrnico pasa estos electrones a su destino final, el

2 NAD

+2

O2 :

2 NADH + 2

+
H

O2

H2O

55

La transferencia de electrones desde el NADH al

O2 en la mitocondria aporta la energa

para la biosntesis de ATP por fosforilacion acoplada a la respiracin.

En el proceso glucolitico global, se convierte una molecula de glucosa en dos molculas de
piruvato; dos molculas de ADP y dos de Pi se convierten en dos molculas de ATP; fianlmente
cuatro electrones, en forma de dos iones hidruro, se transfieren desde dos molculas de
gliceraldehido 3-fosfato a dos de

+
NAD .

Regulacin
El flujo de glucosa a travs de la ruta glucolitica esta regulado con el objetivo de conseguir
niveles casi constantes de ATP, asi como el suministro adecuado de intermediarios glucoliticos
que se necesitan para procesos biosinteticos. El ajuste necesario de la velocidad de glucolisis
se consigue mediante una compleja influencia reciproca entre el consumo de ATP,
regeneracin de NADH y regulacin alosterica de varios enzimas glucoliticos, entre ellos
hexoquinasa, PFK-1 y piruvato quinasa, asi como por fluctuaciones segundo a segundo de la
concentracin de metabolitos clave que reglejan el equilibrio celular entre la produccion y
consumo de ATP. En una escala de tiempo ligeramente mas larga, esta regulada por las
hormonas glucagn, adrenalina e insulina, asi como por cambios en la expresin de los genes
de varios enzimas glucolitcos.
La primera reaccin de la ruta que es catalizada por la hexoquinsa, es irreversible
metablicamente, siendo una de las etapas de contron para la glucolisis. El factor regulador
es la cantidad de producto (glucosa 6-fosfato), la cual inhibe alostericamente la hexoquinasa.
La piruvato quinasa es inhibida alostericamente ante un aumento en la concentracin de ATP.
Tambin es inhibida por el acetil-CoA y por acidos grasos de cadena larga (combustibles del
ciclo de Krebs).
La fosfofrutoquinasa-1 (PFK-1) cataliza una reaccin irreversible metablicamente,
consumiendo una molecula de ATP, dando como resultado la fosforilacion de un grupo
hidroxilo del azcar sustrato. El ATP es tanto un sustrato de PFK-1 como un inhibidor alosterico
de la enzima, mientras que el ADP y AMPO son activadores.
Antes de entrar en el ciclo del acido ctrico, los esqueletos carbonados de azucares y acidos
grasos deben ser degradados al grupo acetilo del acetilo-CoA, la forma en que el ciclo del
acido ctrico acepta la mayor parte del combustible aportado.
El piruvato se oxida para dar lucar a acetil-Coa y

CO2

a consecuencia de la accin que

sobre el ejerce una agrupacin estructurada de tres enzimas con multiples copias de cada
uno de ellos, el complejo de la piruvato deshidrogenasa (PDH), localizado en las mitocondrias
de las clulas eucariticas y en el citosol de las bacterias.
La reaccin global catalizada por el complejo de la piruvato deshidrogenasa es una
descarboxilacion oxidativa, un proceso de oxidacin irreversible en el que el piruvato piere un
grupo carboxilo en forma de molecula de

CO2

y los dos carbonos restantes se transforman

en el grupo acetilo del acetil-CoA. El NADH formado en esta reaccin libera un ion hidruro a la
cadena respiratoria, que transporta los dos electrones hasta el oxifeno o un aceptor de
electrones alternativo (en organismos anaerbicos).

56

La mitocondria es delimitada por una doble membrana, pero solo la membrana interna
presenta una barrera para el paso del piruvato. En presencia de

O2 , el piruvato atraviesa la

membrana externa mitocondrial por un canal acuoso formado por una protena llamada
porina. En la membrana interna esta incluida una protena, la piruvato translocasa, que
permite el transporte del piruvato del especio intermembranal a la matriz mitocondiral. Una
vez dentro de la mitocontria, el piruvato es convertido en acetil-Coa y

CO2 . El acetil-Coa

ser oxidado por las reacciones del ciclo de Krebs.

El complejo piruvato deshidrogenasa consiste en tres enzimas: piruvato deshidrogenasa (E1),
dihidrolipoamida acetiltransferasa (E2) y dihidrolipoamida deshidrogenada (E3). Estas estn
ensambladas de forma convalente, de manera que catalizan reacciones sucesivas. El
producto formado por una reaccin sufre la accin del componente siguiente del sistema.
Necesita 5 coenzimas: pirofosfato de tiamina (TPP), FAD, CoA, NAD y lipoato.

E1: cataliza la descarboxilacion del piruvato, produciendo hidroxietil-TPP y a continuacin la

oxidacin del grupo hidroxietilo a gupa acetilo.
E2: cataliza la transferencia del grupo acetilo al coenzima A formando acetil-CoA.
E3: cataliza la regeneracin de la forma disulfuro (oxidada) del lipoato; los electrones pasan
primero al FAD y a continuacin al

+
NAD .

57

El largo brazo de lipoil-lisina bascula los sitios de accin de E1 a E2 y de E2 a E3 (canalizacin

de sustratos).

1- El piruvato reacciona con el TTP unido a E1 y se descarboxila a un derivado

hidroxietilico.
2- La E1 cataliza la transferencia de dos electrones y del grupo acetilo del TPP a la forma
oxidad del grupo lipoil-lisilo de la E2, formndose el tioester de acetilo del grupo lipoilo
reducido.
3- Transacetilacion en la que el grupo SH del CoA sustituye al grupo SH de la E2 para
obtener acetil-Coa y el grupo lipoilo en su forma mas reducida.
4- La E3 cataliza la transferencia de 2 H de los grupos lipoilo reducidos de E2 al FAD de
E3, reestableciendo la forma oxidad del grupo lipoil-lisilo.
5- El

FADH 2 de E3 transfiere un ion hidruro al

+
NAD , formando NADH.

Ciclo de Krebs
Tambien llamado ciclo del acido ctrico, o ciclo de los acidos tricarboxilicos. Es una via
metabolica cclica en la cual se da un proceso mediante el cual se oxida el acetil-CoA. El
mismo ocurre en la matriz mitocondrial (eucariotas).
En cada vuelta del ciclo se produce la entreada de un grupo acetilo (dos carbonos) en forma
de acetil-CoA y la salida de dos molculas de

CO2 ; se utiliza una molecula de oxalacetato

para formar citrato y se regenera una molecula de oxalacetato. Cuatro de los ocho pasos de
este proceso son oxidaciones en las que la energa de oxidacin se conserva, con elevada
eficiencia, en forma de los coenzimas reducidos NADH y

FADH 2 .

A pesar del papel central que juega el ciclo del acido ctrico en el metabolismo energtico, su
funcin no solo se limita a la conservacin de la energa. Los intermediarios de cuatro y cinco
carbonos del ciclo actan de precursores de una amplia gama de productos.
58

El ciclo del acido ctrico es anfibolico, ya que sirve tanto para el catabolismo como para el
anabolismo; se pueden extraer intermediaros del ciclo y utilizarlos como material de partida
para obtener productos biosinteticos.

59

1- Formacion de citrato
Se da la condensacin del acetil-CoA con oxalacetato para dar lugar a citrato, catalizada por
la citrato sintetasa. El citril-CoA es un intermediario transitorio que se forma en el sitio activo
del enzima y que se hidroliza rpidamente a CoA y citrato libres.

2- Formacion de isocitrato via cis-aconitato

La enzima aconitasa (aconitato hidratasa) cataliza la transformacin reversible del citrato en
isocitrato a travs de la formacin intermedia del cis-aconitato.

60

3- Oxidacion del isocitrato a -cetoglutarato y

CO2

La isocitrato deshidrogenasa cataliza la descarboxilacion oxidativa del isocitrato, dando lugar

a la formacin de -cetoglutarato. Se requiere

+
NAD

+
NADP segn la enzima, ya que

existen dos formas diferentes de isocitrato deshidrogenasa en todas las clulas. Existe un
interemdiario, el oxalsuccinato.

4- Oxidacion del -cetoglutarato a succinil-CoA y

CO2

Descarboxilacion oxidativa por la que el -cetoglutarato se convierte en succinil-CoA y

por accin del complejo de la -cetoglutarato deshidrogenasa; el

+
NAD

CO2

actua como aceptor

de elctrones y el CoA es el transportador del grupo succinilo. El complejo es muy parecido al

complejo de la PDH tanto en estructura como en funcin.

5- Conversion de succinil-CoA en succinato

El succinil-CoA tiene un enlace tioester con una energa libre estndar de hidrolisis altamente
negativa. La energa liberada en la rotura de este enlace se utiliza para promover la sntesis
de un enlace fosfoanhidrido del GTP o del ATP. En el proceso se forma succinato. La enzima
que cataliza esta reaccin reversible es la succinil-CoA sintetasa o succnico tioquinasa. La
formacin de ATP (o GTP) es una fosforilacion a nivel de sustrato.

61

6- Oxidacion del succinato a fumarato

El succinato se oxida a fumarato por la flavoproteina succinato deshidrogenas.

7- Hidratacion del fumarato a malato

La hidratacin reversible del fumarato a L-malato esta catalizada por la fumarasa (fumarato
hidratasa). El estado

8- Oxidacion del malato a oxalacetato

En la utlima reaccin, la L-malato deshidrogenasa ligada a NAD cataliza la oxidacin de Lmalato a oxalacetato.

Importancia de las enzimas que intervienen y su regulacin

La regulacin se realiza por medio de factores alostericos y por modificaciones covalentes de
las enzimas.
62

El flujo de atomos de carbono desde el piruvato hacia el ciclo del acido ctrico y a travs de el
esta sujeto a una estrecha regulacin a dos niveles: la conversin del piruvato en acetil-Coa,
el material de partida del ciclo (Complejo piruvato deshidrogenasa) y la entrada de acetil-CoA
en el ciclo (Citrato sintasa). El acetil-CoA se produce por vas diferentes a las del complejo de
la PDH (oxidacin de acidos grasos y de ciertos aminocidos), por lo que la disponibilidad de
intermediarios de estas otras vas es tambin importante en la regulacin del piruvato y del
ciclo del acido ctrico. El ciclo esta tambin regulado a nivel de las reacciones de la isocitrato
deshidrogenasa y de la -cetoglutarato deshidrogenasa.
El complejo de la PDH es fuertemente inhibido por el ATP, asi como por el acetil-CoA y el
NADH, los productos de la reaccin catalizada por el complejo, asi como por acidos grasos. El
AMP, CoA y

+
NAD , todos los cuales se acumulan cuando fluye demasiado poco acetil-CoA

hacia el ciclo, activan alostericamente el complejo de la PDH. Tambien es inhibida mediante la

fosforilacion reversible de un residuo Ser especifico de una de las dos subunidades E1. El
complejo de la PDH de plantas, es inhibido por sus porductos (NADH y acetil-CoA). Tambien
esta regulada por fosforilacion reversible.
Las disponibilidad de los sustratos para la citrato sintasa (acetil-CoA y oxalacetato) limita en
ocasiones la velocidad de formacin de citrato. El NADH, producto de la oxidacin del
isocitrato y el -cetoglutarato, se acumula bajo ciertas condiciones y a elevada concentracin
ambas reacciones de deshidrogenacion resultan inhibida por la accin de masas. De modo
similar, la reaccin de la malato deshidrogenasa esta en equilibrio, y cuando la concentracin
de NADH respecto a

+
NAD

es alta, la concentracin de oxalacetato es baja, lo que

enlentece el primer paso del ciclo.

El succinil-CoA inhibe la -cetoglutarato deshidrogenasa y tambin la citrato sintasa; el citrato
bloquea la citrato sintasa, y el producto final, ATP, inhibe tanto la citrato sintasa como la
isocitrato deshidrogenasa. El ADP es un activador alosterico de la citrato sintasa.

63

Balance energtico
A pesar de que el ciclo del acido ctrico en si genera directamente solo un ATP por vuelta, los
cuatro pasos de oxidacin en el ciclo, proporcionan un gran flujo de electrones hacia la
cadena respiratoria via NADH y

FADH 2 , y de este modo posibilita la formacin de un gran

numero de molculas de ATP durante la fosforilacion oxidativa.

La energa liberada se usa para: convertir 1 ADP a 1 ATP; producir 3 NADH y 3
de

+
NAD

; y reducir 1

Acetil-CoA + 3

a partir

FADH 2 a partir de FAD.

+
NAD + FAD + GDP/ADP + Pi +

FADH 2 + GTP/ATP + 2

+
H

H2O

CO2

+ CoA-SH + 3 NADH + 2

+
H

64

Reacciones anapleroticas
Mecanismos especiales para reponer los compuestos intermediarios del ciclo, utilizados en
biosntesis.
A medida que los intermediarios del ciclo del acido ctrico son retirados para servir como
precursores biosinteticos, son repuestos mediante reacciones anapletoricas. En circunstancias
normales, la entrada y salida de intermediarios del ciclo se encuentran en equilibrio dinamico,
asi, las concentraciones de los intermediarios permanecen prcticamente constantes.
Las reacciones anapleroticas mas comunes, convierten priuvato o fosfoenolpiruvato en
oxalacetato o malato, en diversos tejidos y organismos. La reaccin mas importante en
hgado y rion de mamferos es la carboxilacion reversible del piruvato por el

CO2

para

formar oxalacetato, catalizada por la piruvato carboxilasa. Cuando el ciclo carece de

oxalacetato o de algn otro intermediario, se carboxila piruvato para producir mas
oxalacetato. Esto requiere energa que es aportada por el ATP. La piruvato carboxilasa es un
enzima regulador y se encuentra prcticamente inactivo en ausencia de acetil-CoA
(modulador alosterico positivo). Siempre que exista acetil-CoA en exceso, se estimula la
reaccin la piruvato carboxilasa para producir mas oxalacetato.

Piruvato + HCO3 - + ATP Oxalacetato + ADP + Pi

Fosfoenolpiruvato + CO2 + GDP Oxalacetato + GTP
Fosfoenolpiruvato + HCO3 - Oxalacetato + Pi 8
Piruvato + HCO3 - + NAD(P)H Malato + NAD(P)+

Ciclo del glioxilato

En muchos organismos no vertebrados, el ciclo del glioxilato sirve como mecanismo para
convertir acetato en glcido. En plantas, ciertos invertebrados y algunos microorganismos, el
acetato puede servir como combustible altamente energtico y tambin como fuente de
fosfoenolpiruvato para la sntesis de glcidos.
Enzimas del ciclo del glioxilato catalizan la conversin neta de acetato en succinato o en otro
intermediario de cuatro atomos de carbono del ciclo del acido ctrico:
2 Acetil-CoA +

+
NAD +

H2O

Succinato + 2 CoA + NADH +

+
H
65

En el ciclo, el acetil-CoA se condensa con el oxalacetato para formar citrato y el citrato se

convierte en isocitrato, al igual que en ciclo del acido ctrico. Pero el siguiente paso consiste
en la rotura de isocitrato por la isocitrato liasa, formando succinato y glioxilato.
El glioxilato se condensa con una segunda molecula de acetil-CoA para dar malato, catalizada
por la malato sintasa. El malato se oxida posteriormente a oxalacetato, el cual puede
condensarse con otra molecuala de acetil-CoA para empezar de nuevo el ciclo.
Cada vuelta del ciclo consume dos molculas de acetil-CoA y produce una molecula de
succinato. El succinato puede convertirse a travs de fumarato y malato en oxalacetato, el
cual puede convertirse en fosfoenolpiruvato por la PEP carboxiquinasa, y asi hasta glucosa por
la gluconeognesis.

En plantas, los enzimas de este ciclo se encuentran en orgnulos unidos a membrana

denominados glioxisomas, que son peroxisomas especializados. Los enzimas comunes a los
dos ciclos tienen dos isozimas, uno especifico de mitocondria y el otro de glioxisomas.
Los glioxisomas se desarrollan en semillas ricas en lpidos durante la germinacin. Adems
contienen todos los enzimas necesarios para la degradacin de los acidos grasos de los
aceites de la semilla. El acetil-CoA formado de la degradacin de lpidos se convierte a
succinato por este ciclo, y el succinato se exporta a la mitocondria, donde los enzimas del
ciclo del acido ctrico lo transforman en malato. Un isozima citosolico de la malato
deshidrogenasa oxida malato a oxalacetato, un precursor de la gluconeogenes. Asi la semilla
en germinacin puede convertir el carbono de los lpidos almacenados en glucosa.
El esqueleto carbonado del oxalacetato del ciclo del acido ctrico (mitocondria) es
transportado al glioxisoma en forma de aspartato, y este se reconvierte en oxalacetato. El
succinato producido regresa a la mitocondria donde vuelve a entrar al ciclo del acido ctrico.

66

El isocitrato es un intermediario crucial, en el punto de ramificacin entre los dos ciclos. La

isocitrato deshidrogenasa se encuentra regulada mediante modificacin covalente: una
protena especifica la fosforila con lo que se inactiva. Esta inactivacin desvia el isocitrato
hacia el ciclo del glioxilato. Una fosfoprotena fosfatasa elimina el grupo fosforilo de la
isocitrato deshidrogenasa, reactivando el enzima y enviando mas isocitrato al ciclo del acido
ctrico.
La fosfoprotena que activa la isocitrato deshidrogenasa esta estimulada por intermediarios
del ciclo del acido ctrico y de la glucolisis, y por indicadores de un reducido aporte energtico
celular. Los mismos metabolitos inhiben la actividad de la protena quinasa del polipptido
bifuncional. De esta manera la acumulacin de intermediarios de las vas centrales de
generacin de energa, que indican una reduccin energtica, dan como resultado la
activacin de la isocitrato deshidrogenasa. Cuando disminuye la concentracin de estos
reguladores, lo que indica un flujo suficiente a travs del ciclo del acido ctrico generador de
energa, la isocitrato deshidrogenasa es inactivada por la protena quinasa.
Los mismos intermediarios son inhibidores alostericos de la isocitraro liasa. Cuadno el
metabolismo productor de energa es lo suficientemente rpido como para mantener las
concentraciones de intermediarios a un nivel bajo, la isocitrato deshidrogenasa se inactiva,
desaparece la inhibicin de la isocitrato liasa, y el isocitrato fluye hacia el ciclo del glioxilato,
para ser utilizado en la biosntesis de glcidos, aminocidos y otros componentes celulares.

67

Gluconeognesis, regulacin
Encaragada sintetizar glucosa a partir de precursores no glucidicos, se convierte piruvato y
compuestos relacionados de tres y cuatro carbonos en glucosa. Los precursores importantes
de la glucosa en enimales son compuestos de tres carbonos como el lactato, piruvato y
glicerol, asi como ciertos aminocidos.
La gluconeognesis y la glucolisis no son rutas idnticas que ocurren en direcciones opuestas,
auqnue conparten varios pasoso; 7 de las 10 reacciones son la inversa de las reacciones
glucoliticas. Hay tres que son prcticamente irreversibles y no pueden utilizarse en la
gluconeognesis: la conversin de la glucosa en glucosa 6-fosfato (hexoquinasa), la
fosforilacion de la fructosa 6-fosfato a fructosa 1,6-bifosfato (fosforutoquinasa-1) y la
conversin de fosfoenolpiruvato en piruvato (piruvato quinasa). En la gluconeognesis, los
tres pasos irreversibles se rodean mediante un conjunto diferente de enzimas que catalizan
reacciones que son suficientemente exergonicas para ser egectivamente irreversibles en la
direccin de la sntesis de glucosa. Como la glucolisis, tiene lugar mayoritariamente en el
citosol, por lo que necesitan una regulacin reciproca y coordinada, esta se logra a travs de
controles ejercidos sobre los pasos enzimticos especficos propios de cada una.
El primer rodeo es la conversin de piruvato en fosfoenol piruvato (PEP). La fosforilacion del
piruvato se consigue mediante una secuencia de reacciones de rodeo, que en eucariotas
requiere tanto enzimas del citosol como de la mitocondria. En primer lugar se transporta el
piruvato desde el citosol a la mitocondira o se genera dentro de la mitocondira a partir de
68

alanina por transaminacion en la que se transfiere el grupo -amino de la alanina a un cetoacido carboxlico. A continuacin, la piruvato carboxilasa (requiere biotina) convierte el
piruvato en oxalacetato.
Piruvato + HCO3 - + ATP Oxalacetato + ADP + Pi
La piruvato carboxilasa es el primer enzima regulador en la ruta de la gluconeognesis que
requiere acetil-CoA como efector postivo. La reaccin de la piruvato carboxilasa puede
reponer intermediarios del ciclo del acido ctrico.
Debido a que la membrana mitocondrial no tiene transportador de oxalacetato, antes de ser
exportado al citosol, el oxalacetado debe ser reducido a malato mediante la malato
deshidrogenasa mitocondiral a expensas de NADH

Oxalacetato + NADH + H

+
NAD

L-malato +

El malato abandona la mitocondria via un transportador especifico de la membrana

mitocondrial interna y en el citosol el malato se reoxida a oxalacetato con produccion de
NADH citosolico:
Malato +

+
NAD

Oxalacetato + NADH +

+
H

El oxalacetato se convierte entonces en PEP por la fosfoenolpiruvato carboxiquinasa. Esta

reaccin dependiente de

+
Mg

Oxalacetato + GTP PEP +

requiere GTP como dador de fosfato:

CO2

+ GDP

La reaccin es reversible; la formacin de un compuesto de alta energa (PEP) se compensa

con la hidrolisis de otro (GTP).
La ecuacin global: Piruvato + ATP + GTP + HCO3 - PEP + ADP + GDP + Pi +

CO2

Debido a que el NADH citosolico se consume durante la gluconeognesis, la biosntesis de

glucosa no puede tener lugar a menos que se suministre NADH. El transporte de malato
desde la mitcondria hasta el citosol y su reconversin all en oxalacetato tiene el efecto de
transportar equivalentes de reduccin en forma de NADH al citosol, en donde son escaso. Esta
ruta desde el pirubato al PEP proporciona, por lo tanto, un equilibrio importante entre el NADH
producido y el NADH consumido en el citosol durante la gluconeognesis.
Cuadno el lactato es el prcursor gluconeogenico predomina un segundo rodeo del piruvato a
PEP. La conversin del lactato en piruvato en el citosol de los hepatocitos produce NADH, por
lo que la exportacin de equivaletnes reductores desde la mitocondria ya no es necesaria.
Una vez transportado el piruvato producido por la reaccin de la lactato deshidrogenasa a la
mitocondria, se convierte en oxalacetato por accin de la piruvato carboxilasa. No obstante
este oxalacetato se convierte directamente en PEP por la PEP carboxiquinasa. A continuacin
el PEP se transporta fuera de la mitocondria para continuar en la ruta gluconeogenica.
Lactato +

+
NAD

Piruvato + NADH +

+
H

(lactato deshidrogenasa)

69

La segunda reaccin, la generacin de la fructosa 6-fosfato a partir de la fructosa 1,6-bifosfato

esta catalizada por la fructosa 1,6-bifosfato (FBPasa-1), enzima dependiente de

+
Mg , que

promueve la hidrolisis prcticamente irreversible del fosfato en C1.

Fructosa 1,6-bifosfato +
bifosfatasa +

H2O

Fructosa 6-fosfato + Pi

(fructosa 1,6-

+
Mg )

El tercer rodeo es la reaccin final de la gluconeognesis, la desfoforilacion de la glucosa 6fosfato para dar glucosa. La reaccin catalizada por la glucosa 6-fosfatasa no requiere la
sntesis de ATP, sino que es una simple hidrolisis de un ester fosfato.
Glucosa 6-fosfato +
fosfatasa +

H2O

Glucosa + Pi

(glucosa 6-

+
Mg )

Esta enzima se encuentra en el retculo endoplasmatico de los hepatocitos y de las clulas

renales y epitelalies del intestino delgado, pero no en otros tejidos. Si otros tejidos la tuvieran,
la actividad de la enzima hidrolizaria la glucosa 6-fosfato, que es necesaria para la glucolisis.
La glucosa generada es enviada a otros tejidos, a travs del torrente circulatorio.
La suma de reacciones es:

2 Piruvato + 4 ATP + 2 GTP + 2 NADH + 2 H

Pi + 2

+4

H2O

Glucosa + 4 ADP + 2 GDP + 6

+
NAD

La gluconeognesis es energticamente cara, pero es esencial. Gran parte del alto costo de
energa es necesario para asegurar que la gluconeognesis sea irreversible.
La ruta biosintetica de la glucosa antes descrita permite la sntesis neta de glucosa no solo
desde el piruvato, sino tambin de los intermediarios de cuatro, cinco y seis carbonos del
ciclo del acido ctrico. Citrato, isocitrato, -cetoglutarato, succinil-CoA, succinato, fumarato y
malato son todos ellos intermediarios del ciclo del acido ctrico que se pueden oxidar dando
oxalacetato. Algunos atomos de carbono, o todos, de la mayora de los aminocidos
procedentes de las protenas se convierten en ultimo termino en piruvato o en intermediarios
del ciclo del acido ctrico.
La glucolisis y la gluconeognesis estn reguladas de forma reciproca. El primer punto de
control determina el destino del piruvato en la mitocondria, pudiendo convertirse en acetilCoA por el complejo de la piruvato deshidrogenasa para alimentar el ciclo de Krebs o en
oxalacetato (piruvato carboxilasa) para iniciar la gluconeognesis. El acetil-CoA es un
modulador alosterico positivo de la piruvato carboxilasa y negatico del complejo de la
piruvato deshidrogenasa. Cuando estn satisfechas las demandas energticas, la fosforilacion
oxidativa se hace mas lenta y la acumulacin de NADH inhibe el ciclo de Krebs, con lo que se
acumula acetil-CoA, estiulando gluconeognesis. El segundo punto de control es la reaccin
catalizada por la fructosa 1,6-bifosfatasa, que es inhibida por el AMP, mientras que la
correspondiente enzima glucolitica, la fosfofurtoquinasa-1, es estimulada por el AMP y ADP
pero es inhibida por el citrato y el ATP. Con lo cual, cuando hay suficiente concentracin de
acetil-CoA o citrato o de ATP, la gluconeognesis esta favorecida.
70

Vas de las pentosas fosfato

La glucosa 6-fosfato tiene, otros destinos catablicos que conducen a productos
especializados necesarios para la celula. La oxidacin de la glucosa 6-fosfato a pentosas
fosfato por la ruta de las pentosas fosato (del fosfogluconato o de las hexosas monofosfato),
es un caso de especial importancia en algunos tejidos. En esta ruta oxidativa el

+
NADP es

el aceptor electrnico, dando NADPH. Las clulas en rpida dividion, utilizan la pentosa ribosa
5-fosfato para producir RNA, DNA y coenzimas como ATP, NADH,

FADH 2 y coenzima A. En

otros tejidos el producto esencial de esta ruta es el NADPH, necesario para la biosntesis
reductora o para contrarestar los efectos de los radicales oxigenados.
Fase oxidativa: la primera reaccin es la oxidacin de la glucosa 6-fosfato por la glucosa 6fosfato deshidrogenasa (G6PD), para formar 6-fosfoglucono--lactona. El

+
NADP es el

aceptor electrnico. La lactona se hidroliza dando el acido libre 6-fosfogluconato por una
lactonasa especifica, y en el paso siguiente el 6-fosfogluconato se oxida y descarboxila por la
6-fosfogluconato deshidrogenasa formando la cetopentosa ribulosa 5-fosfato; la reaccin
genera una segunda molecula de NADPH. Esta ribulosa 5-fosfato es importante en la
regulacin de la glucolisis y de la gluconeognesis. La fosfopentosa isomerasa convierte la
ribulosa 5-fosfato en su ismero aldosa ribosa 5-fosfato. En algunos tejidos la ruta acaba en
este punto. El resultado es la produccion de NADPH, un reductor para las reacciones
biosinteticas, y ribosa 5-fosfato, precursor de la biosntesis de nucletidos.
Glucosa 6-fosfato + 2

+
NADP +

H2O

Ribosa 5-fosfato +

CO2

+ 2 NADPH + 2

+
H
Fase no oxidativa: en los tejidos que se requiere NADPH, las pentosas fosfato producidas en la
fase oxidativa de la ruta se reciclan a glucosa 6-fosfato. En primer lugar la ribulosa 5-fosfato
se epimeriza a xilulosa 5-fosfato. A continuacin en una serie de reordenamientos de los
esqueletos carbonados, seis azucares fosfato de cinco carbonos se convierten en cinco
azucares de sis carbonos, permitiendo la oxidacin continua de glucosa 6-fosfato con
produccion de NADH. El reciclado continuo conduce en ultimo termino a la conversin de
glucosa 6-fosfato en seis

CO2 .

Las transcetolasa cataliza la transferencia de un fragmento de dos carbonos desde un dador

cetosa a un aceptor aldosa. Transfiere C1 y C2 de la xilulosa 5-fosfato a la ribosa 5-fosfato,
formando el producto de siete carbonos sedoheptulosa 7-fosfato. El fragmento restante es el
gliceraldehido 3-fosfato.
La transaldolasa se encarga de catalizar una reaccin en la que se elimina un fragmento de
tres carbonos de la sedoheptulosa 7-fosfato y se condensa con el gliceraldehido 3-fosfato,
formando fructosa 6-fosfato y la tetrosa eritrosa 4-fosfato. A continuacin la transcetolasa
vuelva a acutar, formando fructosa 6-fosfato y gliceraldehido 3-fosfato a partir de la eritrosa
4-fosfato y la xilulosa 5-fosfato.
Dos molculas de gliceraldehido 3-fosfato obtenido por dos repeticiones de estar reacciones
pueden convertirse en una molecula de de fructosa 1,6-bifosfato, y luego la FBPasa-1 y la
71

fosfohexosa isomerasa convierten la fructosa 1,6-bifosfato en glucosa 6-fosfato. En conjunto

seis pentosas fosfato se han convertido en cinco hexosas fosfato.
Todos los enzimas de la ruta estn localizados en el citosol, al igual que los de la glucolisis y la
mayora de los de la gluconeognesis. Estas tres rutas estn conectadas a travs de varios
intermediarios y enzimas compartidos. El gliceraldehido 3-fosfato formado por la accin de la
transcetolasa se convierte rpidamente en dihidroxicetona fosfato por accin del enzima
triosa fosfato isomerasa, y estas dos triosas se pueden unir gracias a la intervencin de la
aldolasa que sucede en la gluconegenesis, formando furcotsa 1,6-bifosfato. De modo
alternativo, las triosas fosfato, pueden oxidarse a piruvato mediante reacciones glucoliticas. El
destino de las triosas viene determinado por las necesidades relativas de la celula respecto a
pentosas fosfato, NADPH y ATP.
El que la glucosa 6-fosfato entre en la glucolisis o en la ruta de las pentosas fosfato depende
de las necesidades de la celula y de la concentracin de

+
NADP en el citosol. Sin este

aceptor, no puede producirse la primera reaccin de la ruta. Cuando una celula esta
convirtiendo rpidamente NADPH en

+
NADP , aumenta el nivel de

+
NADP lo que

estimula alostericamente a la G6PD, incrementa de este modo el flujo de glucosa 6-fosfato a

travs de la ruta de las pentosas fosfato. Cuando disminuye la demanda de NADPH,
disminuye el nivel de

+ ,

NADP

la ruta de las pentosas fosfato se hace mas lenta y, en su

lugar, la glucosa 6-fosfato se utiliza como combustible para la glucolisis.

Biosntesis y degradacin de oligosacridos y polisacridos
Las principales formas de almacenamiento de la glucosa son el glucgeno en los vertebrados
y el almidon en las plantas. En los vertebrados es la misma glucosa la que se transporta por la
sangre, mientras que la forma de transporte en las plantas es la sacarosa.
La sntesis de glcidos en las clulas animales utiliza siempre precursores que tienen, al
menos, tres carbonos, todos ellos a un nivel de oxidacin inferior al del carbono del

CO2 .

En cambio, las plantas y microorganismos fotosintticos pueden formar glcidos a partir de

CO2

H 2 O , reduciendo el

CO2

a expensas de la energa y el poder reductor

suministrados por el ATP y el NADPH generados en las reacciones dependientes de la luz de la

fotosntesis.
Las plantas verdes poseen una maquinaria enzimtica que cataliza la conversin de

CO2 en

compuestos organicos sencillos (reducidos), proceso que se denomina asimilacin de

CO2 .

La primera fase es la reaccin de fijacin de carbono, donde se da la condensacin del

CO2

con un aceptor de cinco carbosos, la ribulosa 1,5-bifosfato, formando dos molculas de

3-fosfoglicerato. En la segunda fase el 3-fosfoglicerato se reduce a triosas fosfato. En

conjunto, se fijan tres molculas de

CO2

para formar seis molculas de gliceraldehido 3-

fosfato en equilibrio con la dihidroxicetona fosfato. En la tercera fase se utilizan cinco de las
seis molculas de gliceraldehido 3-fosfato en la regeneracin de tres molculas del material
inicial ribulosa 1,5-bifosfato. La sexta molecula de triosa fosfato, el producto neto de la
fotosntesis, puede ser utilizada para formar hexosas que sirven como combustible y como
72

material para producir sacarosa para el transporte a tejidos no fotosintticos o almidon para
almacenamiento.
En distintos organismos el exceso de glucosa se convierte en formas polimricas para su
almacenamiento: glucgeno en los vertebrados y muchos microorganismos y almidon en las
plantas.
En los vertebrados el glucgeno se encuentra principalmente en el hgado y en el musculo
esqueltico. El glucgeno del musulo se encuentra all para proporcionar una fuente de
energa rpida para el metabolismo tanto aerobico como anaerbico; el glucgeno heptico
sirve como almacen de glucosa para otros tejidos cuando no esta disponible glucosa en la
dieta. Las ramas exteriores del glucgeno entran en la ruta glucolitica a travs de la accin de
tres enzimas: glucgeno fosforilasa, enzima desramificador del glucgeno y
fosfoglucomutasa. La glucgeno fosforilasa caraliza la reaccin en la que un enlace
glucosidico (1->4) que une dos residuos en un extremo no reductor del glucgeno sufre un
ataque por el Pi, eliminando el residuo glucosa terminal en forma de -D-glucosa 1-fosfato. La
glucgeno fosforilasa actua repetitivamente sobre los extremos no reductores de las ramas
de glucgeno hasta que alcanza un punto que se halla a cuatro residuos de glucosa de un
punto ramificado (1->6) en donde se detiene su accin. La oligo (1->6) a (1->4)
glucanotransferasa, cataliza dos reacciones sucesivas que transfieren ramificaciones. Una vez
transferidas las ramificaciones y se ha hidrolizado el residuo glucosilo en 6-6, la glucgeno
fosforilasa continua su actividad.
UNIDAD 6 Oxidaciones Biolgicas
Sistemas redox biolgicos
Las reacciones de oxido-reduccion implican la perdida de electrones por una especie qumica,
que es asi oxidada, y la ganancia de electrones por otra, que es reducida. Este flujo de
electrones es respondable, directa o indirectamente, de todo trabajo realizado por los
organismos vivos.
En los organismos no fotosintticos, la fuente de electrones son compuestos reducidos
(alimentos); en los fotosintticos, el dador de electrones inicial es una especie qumica
excitada por absorcin de luz.
En el caso de la glucosa como fuente de electrones, por ejemplo, a medida que la misma se
oxida enzimticamente, los electrones liberados fluyen espontneamente a travs de una
serie de transportadores de electrones intermedios a otra especie qumica, tal como el
Este flujo de electrones es exergonico, por el

O2 .

O2 tiene una afinidad por los electrones

mayor que la que tienen los transportadores de electrones intermedios.

Las oxidorreducciones se pueden describir en forma de semirreacciones considerando las dos
mitades de una reaccin en forma separada. La molecula dadora de electrones en una
reaccin de oxidacin-reduccion se denomina agente reductor o reductor; la molecula
aceptora es el agente oxidante u oxidante. Un agente determinado, funciona como un par
reductor-oxidante conjugado (par redox):
Dador de electrones (reductor)

+ Aceptor de electrones (oxidante)

Los electrones se transfieren de una molecula a otra de cuatro formas:

Directamente como electrones.

73

En forma de atomos de hidrogeno.

En forma de ion hidruro (: H , que tiene dos electrones.

A travs de una combinacin directa con el oxigeno.

Se denomina equivalente de reduccin para designar un equivalente de electrones que

participa en una reaccin redox.
o

El potencial de reduccin estndar, ( E , es una medida de la afinidad relativa hacia los

electrones.
Oxidasas, oxigenasas y oxidorreductasas

Las oxidorreductasas son enzimas que catalizan la transferencia de electrones ( H o H),

desde una molecula donante (se oxida) a otra aceptora (se reduce).
Las oxidasas son un tipo de oxidorreductasa donde el
y se reduce a

O2 actua como aceptor de electrones

H2O o H2O2 .

Las oxigenasas son enzimas que catalizan la transferencia de un atomo de O hacia un

sustrato. Dicho atomo proviene del

O2 , el atomo restatnte se reduce a

H2O .

Transporte de electrones asociados a la membrana mitocondria interna

La mayora de los transportadores de electrones de la cadena respiratoria mitocondrial son
protenas integrales de membrana con grupos prostticos capaces de aceptar y donar uno o
dos electrones. Cada componente de la cadena acepta electrones del transportador y los
transfiere al siguiente en una secuencia especifica. Puede ser la transferencia de un electron,
de un atomo de hidrogeno o un ion hidruro. Adems de deshidrogenasas dependientes de
NAD y las flavoproteinas, hay otros gurpos transportadores de electrones en la cadena
respiratoria: ubiquinonas, cuproproteinas, quinonas, citocromos y ferrosulfoproteinas.
Deshidrogenasas dependientes de nucletidos de nicotinamida, flavoprotenas y
cuproprotenas
Las deshidrogenasas son enzimas que catalizan reacciones redox de un sustrato por
sustraccin o adicion de un

H , empleando coenzimas que actan como aceptores o

dadores de electrones o protones.

Coenzimas:

+
NAD /NADH Dinucleotido nicotinamida y adenina (catabolismo)

+
NADP /NADPH Nicotinamida adenina dinucleotido fosfato (anabolismo)

74

Flavoproteinas: enzimas que catalizan reacciones redox utilizando como cofactores

+
FAD

FMN. Participan en la transferencia de uno o dos electrones. Algunas presentan iones

inorgnicos.

+
H2
FAD /FAD

FMN/FMN H 2

Flavina-adenina dinucleotido

Flavin mononucleotido

Las cuproproteinas son transportadores de

iones

donde dicha transferencia esta medida por

2+ .
Cu

Ferrosulfoprotenas
Las protenas ferro-sulfuradas, transfieren un

y que contienen hierro pero no en forma

de grupo hemo, sino en asociacin con atomos de azufre inorgnico, o con atomos de S de
residuos de Cys de la misma protena. Estos centros Fe-S pueden ser estructuras sencillas con
un atomo de Fe coordinado a 4 residuos de Cys o con 2 o 4 atomos de Fe. Participa en la
transferencia de un electron (en las que se transfieren solo uno), en la que se oxida o reduce
uno de los atomos de hierro.
Quinonas
Son transportadores de electrones en cadenas de transferencia de electrones asociadas a
membranas. La ubiquinona (coenzima Q) es una bezoquinona liposoluble que contiene una
larga cadena lateral isoprenoide. Es pequea e hidrofbica por eso puede difundir libremente
a travs de la membrana mitocondiral y puede hacer de lanzadera de equivalentes de
reduccin, entre otros transportadores electrnicos de la membrana pero menos moviles.
Puede aceptar un electron, transformndose en el radical semiquinona (Q H

) o dos

electrones, formando ubiquinol ( QH 2 ). Tambien puede actuar como unin entre un dador
de dos electrones y un aceptor de un electron.
Citocromos
Son protenas transferidoras de un electron que contienen hierro como grupo prosttico
hemo. Se encunetra en la membrana mitocondrial interna, en la membrana de los tilacoides
de los cloroblastos y en la membrana plasmtica de bacterias.
Existen tres calses de citocromos que se distinguen es su espectro de absorcin de la luz, se
los llama a, b y c. En los grupos hemos de cit a, b y c, los anillos conjugados son similares
pero son distintas las cadenas laterales.
Los grupo hemo de los citocromos a y b estn unidos fuertemente, pero de manera no
covalente, a sus protenas respectivas. Los grupos hemo de los citocromos c estn unidos
covalentemente a traces de residuos Cys a la protena. Los citocromos a y b, y algunos c, son
protenas intergrales de membrana a excepcin del citocromo c de la mitocondria, que es una
protena soluble que se asocia mediante interacciones electrostticas con la parte exterior de
la membrana mitocondrial interna.
75

Radicales libres
Sistema de catalasa, peroxidasa y superoxido dismutasa
La catalasa es una enzima que cataliza la descomposicin de
2

H 2 O2

en

La peroxidas catalizan reacciones bisustrato utilizando el

H 2 O2

Donante oxidado +

H 2 O2

H2O

Es una importante defensa antioxidante en clulas expuestas al

O2

H2O .

como oxidante.

La superoxido-dismutasa catalizan la dismutacion del superxido ( O2

O2 y

H 2 O+O2

Donante +

H 2 O2

) en

O2 y

H 2 O2 .

O2 .

H 2 O2

La cadena respiratoria mitocondrial

Es un conjunto de compuestos protenicos de la membrana mitocondrial interna, que funciona
como acarreadores de electrones, transfirindolos desde las coenzimas hasta el aceptor
terminal, el

O2 (en metabolismos aerobicos) y al fluir los electrones a travs del

compuesto, los

+
H

son translocados a travs de la membrana mitocondrial interna al

espacio intermebranal, generando un gradiente de

+
H ] que se cataliza nuevamente a

travs de la protena ATPsintasa, permitiendo de este modo impulsar la sntesis de ATP. Los
sustratos son el NADH,

FADH 2 ,

+
H

O2 , ADP y Pi y los productos ATP,

H2O ,

+
NAD , FAD.
En la membrana mitocondiral interna existen cuatro complejos proteicos y de cofactores que
participan en la transferencia de electrones, la cual es unidireccional, desde los
transportadores de menor potencial de reduccin a los de mayor.

Complejo I: NADH a ubiquinona = Complejo NADH deshidrogenasa

Es un complejo de flavoproteina que conteien mas de 25 cadenas polipeptidicas. Esta

incrustado en su totalidad en la membrana mitocondrial interna y esta orientado de manera
que su sitio de fijacin de NADH mire hacia la matriz para poder interaccionar con el NADH
producido por cualquiera de las deshidrogenasas de la matriz. El complejo tiene siete centros
de Fe-S de al menos dos tipos diferentes.
Reaccion global: NADH +

+
H

+ Uq

+
NAD

+ Uq H 2
76

La ubiquinona oxidad acepta un ion hidruro desde el NADH y un

+
H

desde el

H2O

disolvente de la matriz. La ubiquinona acepta de a un electron a la vez pasando por un

intermediario semiquinona (UqH) antes de reducirse totalmente (Uq H 2 ).
En la primera etapa de transferencia de electrones a travs del complejo I el NADH +
transfieren dos electrones al grupo prosttico FMN, el cual se reduce a

+
H

FMN H 2 . El FMN

puede aceptar dos electrones a la vez y donarlos al agente oxidante, pero de a un electron a
la vez, convirtiendo el flujo de electrones a etapas de un electron, que caracteriza al resto de
la cadena.
El

FMN H 2 transfiere los electrones de a uno por vez a un grupo Fe-S y estos se tranfieren a

la ubiquinona, la que se reduce primero a semiquinona y finalmente a ubiquinol. Este difunde

en la membrana desde el Complejo I al Complejo III en donde se oxida a ubiquinona liberando
4

+
H . La tranferencia de elctrones desde el Complejo I a la ubiquinona y al Complejo II va

acompaado de la transferencia de 4

+
H

de la matriz al espacio intermembrana, por cada

par de electrones.

Complejo II: Succinato a ubiquinona = Succinato deshidrogenasa

Es la nica enzima del ciclo de Krebs ligado a la membrana, contiene dos tipos de gurpo
prostticos (FAD y Fe-S) y al menos 4 proteinas distintas. Una de ellas tiene un FAD unido
covalentemente y un centro Fe-S con 4 atomos de Fe. Tambin hay una segunda protena
ferrosulfurada.
El succinato realiza la transferencia de dos electrones al FAD, oxidndose a fumarato. El

FAD H 2 realiza la transferencia de un electron hacia los grupos Fe-S y a continuacin estos
los transfieren a la ubiquinona de a un electron por vez, hasta que la ubiquinona se reduce
totalmente y los transporta hasta el complejo III.
El complejo no contribuye al bombeo de protones, pero sirve para introducir electrones.
Otros sustratos de las deshidrogenasas mitocondriales tambin pasan electrones a la cadena
respiratoria a nivel de la ubiquinona pero no mediante el complejo II:
La primera enzima de la -oxidacion, acil-CoA deshidrogenasa, transfiere electrones desde el
sustrato acil-CoA hacia el FAD de la deshidrogenasa, esta los transfiere a la flavoproteina
transferidora de electrones (ETFP), de la que pasan via ETFP-ubiquinona oxidorreductasa a la
ubiquinona.
El glicerol 3-fosfato (degradacin de triglicridos) cede electrones a la glicerol 3-fosfato
deshidrogenasa (flavoproteina) ubicada en la cara externa de la mebrana mitocondrial
interna, y esta los transfiere a la ubiquinona.

Complejo III: Citocromos bc1 = Uq-Citocromo c oxidorreductasa

77

Contiene los citocromos

b560

b566 , citocromo c1, una protena ferrosulfurada y otras 6

subunidades proteicas. Todas estn dispuestas asimtricamente en la membrana mitocondrial

interna. El citocromo b abarca la membrana y el citocromo c1, como la protena
ferrosulfurada, se encuentra en la cara externa.
La conmutacin entre la ubiquinona transportadora de dos electrones y los transportadores
de un electron (citocromos

b560

b566 , c y c1) se consigue mediante las reacciones del

ciclo Q:
El ubiquinol difunde a la cara citosolica de la membrana y se produce una dismutacion:
transfiere un electron a la protena Fe-S (reduce al citocromo c1 y el electron continua hacia
debajo de la cadena) y libera 2

+
H

al citosol. El ubiquinol se oxida a semiquinona. El flujo

de electrones es dirigido desde la semiquinona hacia los citocromos

b566

y de este a

b560 ,

quedando la semiquinona totalmente oxidada (ubiquinona). Para que haya reduccin de

ubiquinona del lado de la matriz, se necesita que esta se haya difundido a travs de la
membrana. El

b560

reducido dona un electron a la ubiquinona en la cara matricial para

formar semiquinona. Para completar el ciclo Q, se necesita una segunda molecula de

ubiquinol que repita el proceso, para convertir la semiquinona del lado de la matriz a
ubiquinol (reduciendo c1, otros 2

+
H , otra quinona y

b560 , consumiendo 2 + ).
H

El resultado neto es la oxidacin de dos molculas de ubiquinol y la formacin de una

molecula de ubiquinol. Los dos electrones del complejo III son donados al citocromo c (uno por
vez), una pequea protena de la membrana perifrica que se mueve a lo largo de la fase
citosolica intermembranal y acarrea los elecrones al complejo IV.
El ubiquinol y la ubiquinona son solubles en la bicapa lipdica, se mueven entre las caras
citosolicas y matrical de la membrana. La semiquinona se encuenra en dos depsitos
separados, cerca de la fase acuosa de cada lado de la membrana.

Complejo IV: Citocromo c oxidasa

Es el ultimo complejo de la cadena. Contiene citocromos a y a 2 (conteien grupos hemo

3+
Fe ). Tambin contiene dos iones cobre

Cu a
Cub
y

que alternan entre estados cprico

y cuproso al participar en la transferencia de electrones al oxigeno. Llevan a cabo la reduccin

de 4 electrones del oxigeno sin generar intermediarios incompletamente reducidos como

H 2 O2

El

Cua

OH

ya que son especies muy reactivas y daaran a la celula.

2+

2+

( Cu y el citocromo a ( Fe ) forman un centro redox bimetlico que puede

aceptar dos electrones y

Cu b y el citocromo

a3

contituyen un segundo centro redox

bimetlico. Los electrones se trasladan desde el citocromo c a

en equilibrio redox, y a continuacin donan los electrones a

Cu a o citocromo a, que estn

Cub

o citocromo

a3

(tambin
78

en equilibrio) los que a su vez ceden los electrones al oxigeno de a un electron (bombea 2

+
H ).
Se necesitan cuatro electrones (2 NADH) para reducir una molecula de oxigeno. Los cuatro

+
H

utilizados en la reduccin del oxigeno a dos molculas de agua son tomados de la

matriz. En cnsecuencia el complejo contribuye de dos formas a formar el gradiente de

protones: a travs del bombeo de

+
H

y consumiendo iones (4

+
H ) de la matriz que

reaccionan con el oxigeno y forman agua. La transfeencia de electrones al oxigeno es muy

exergonica.
Reaccion global:

O2 + 2

+
H +2

H2O

Inhibidores
Son compuestos que bloquean la transferencia de electrones, porque tienen potencial redox
mas electropositivo que los componentes de la membrana. Los electrones no llegan al
oxigeno y este no se reduce a agua.
C I : inhiben la transferencia de electrones desde un centro Fe-S a la ubiquinona. Ej.Rotenona,
Amital, Pericidina A.
C II: Ej. Malonato
C III: bloquea la transferencia desde el citocromo b al citocromo c1. Ej. Antimicina A.
C IV: inhiben a la citocromo oxidaca (cit a y a3). Ej. Cianuro, monxido de carbono.
Fosforilacion oxidativa
Esta acoplada a la transferencia de electrones porque la energida liberada en esta reaccin
muy exergonica se canaliza a una segunda reaccin endergonica que es la condensacin de
ADP y Pi (fosforilacion.
El complejo V o la ATP sintasa es un complejo enzimtico de la membrana mitocondrial

interna que sintetiza ATP ( no contribuye al gradiente en la [ H ], sino que lo consume).

Esta formado por dos componentes o factores migratorios:

F1 : consta de 5 subunidades

3 , 3 , , , . Contiene varios sitios para la fijacin de ATP

y ADP, incluido el sitio cataltico para la sntesis de ATP. Es un complejo de protenas

perifricas de la membrana, que se mantinen unidas a la misma por su interaccion con

Fo .

Fo : complejo de protenas intergrales de membrana constituido por 4 polipeptidos distintos

que forman el canal transmembranal a travs del cual los protones pueden atravesar la
membrana. Es la porcin de ATP sintasa que tiene sensibilidad a la oligomicina un importatne
inhibidor de este complejo enzimtico.

79

El complejo completo, asi como

F1

aislado, pueden hidrolizar el ATP a ADP y Pi, pero su

funcin biolgica es sintetizar ATP mediante la condensacin de ADP + Pi.

Un gradiente de protones acopla el flujo de electrones y la fosforilacion.
Segn el modelo quimiosmotico, la transferencia de electrones a lo largo de la cadena va
acompaada del bombeo de protones a travs de la membrana mitocondrial interna al
espacio intermembranal, lo que da como resultado una diferencia transmembranal en la [

+
H ] y por lo tanto una variacin de pH, la matriz se ve alcalinizada respecto al espacio
intermembranal.

La energa electroqumica viculada a la [ H ] y separacin de cargas es la fuerza proton

motriz, que se utiliza para impulasar la sntesis de ATP catalizada por el

F1

a medida que

los protones fluyen pasivamente de nuevo a la matriz a travs de los poros de protones
formados por el

Fo .

El modelo de cambio por fijacin considera que la ATP sintasa sufre un cambio conformacional
debido al gradiente de protones que la atraviesan. Tiene tres estados conformacionales
posibles y 3 sitios de fijacin de sustrato:

Conformacion T: fijacin fuerte, catalticamente activo.

Conformacin L: fijacin dbil, catalticamente inactivo.
Conformacion O: fijacin muy dbil, abierta, con baja afinidad hacia el sustrato.

Al principio de un ciclo cataltico, el sitio T esta ocupado por el ATP ya formado, mientras que
el ADP se une dbilmente al sitio L. la fuerza proton motriz que hace que, por un flujo de
protones a travs del canal

Fo , se produzca un cambio conformacional cooperativo en el

que el sitio T se convierte en el sitio O del que se disocia el ATP, el sitio L se convierte en el
sitio T en el que el ADP y Pi se condensan rpidamente formando ATP y el sitio O se
transforma en un sitio L al que se une dbilmente ADP y Pi.
Asi, la energa qumica del gradiente de protones se transforma en energa mecnica que se
almacena como energa qumica en los enlaces fosfato del ATP
Reaccion de la transferencia de elctrones:
+

NADH +

+
H

O2 + 2

+
NAD

H2O

Reaccion de la fosforilacion oxidativa:

Reaccion global:
ATP +

+
NAD

+4

3 ADP + 3 Pi 3 ATP + 3
NADH +

+
H

H2O

+ 3 ADP + 3 Pi +

O2

H2O

Estequiometria
80

ndice P/O
Indica la relacin entre el numero de moles de ATP por cada mol de atomos de oxigeno
consumidos, o moles de Pi consumidos en la reaccin ADP + Pi ATP, por cada mol de
atomos de oxigeno consumidos en la reaccin

O2 + 2

+
H +2

H2O .

P/O = N moles P / N moles atomos de O

NADH +

+
H

FADH 2 FAD

+
NAD

- - > P/O= 2,5/3

- - > P/O= 1,5/2

Control respiratorio
La fosforilacion oxidativa esta regulad por las necesidades energticas de la celula. El
consumo de oxigeno (tasa respiratoria) en la mitocondria esta limitado por la disponibilidad
de ADP como sustrato para la fosforilacion. Dicha dependencia se denomia control por
aceptor.
Otra medida realcionada con ella es la razn de la accin de masas del sistema ATP-ADP:
[ATP] / [ADP] [Pi]. Cuando aumentan las necesidades energticas de la celula, se produce un
aumento de la degradacin de ATP a ADP y Pi, por lo que disminuye el valor del cociente, por
el contrario cuando hay una alta concentracin de ATP, el cociente es elevado. Con mas ADP
disponible para la fosforilacion oxidativa, aumenta la velocidad de respiracin, lo que da lugar
a la regulacin de ATP. Esto continua hasta que la razn de accin de masa vuelva a su valor
elevado normal, punto en el que la respiracin se hace mas lenta.
Desacoplantes e inhibidores
Los desacoplantes son compuestos que inhiben la fosforilacion del ADP, sin afectar el
transporte electrnico. Hacen que los protones ingresen a la matriz pero por un lugar distinto
de la ATP sintasa, debido a que son acidos liposolubles y pueden difundir fcilmente a travs
de la membrana mitocontrial. Ej. Valinomicina; 2,4 dinitrofenol; protena desacopladora
(termogenina). Inhibicin de la ATP sintasa: Oligomicina, Venturicidina. Dicitrohexilcarboamida inhibe el flujo de protones a travs de

Fo

cF o .
81

Mecanismo
Transporte del ATP, ADP y Pi a travs de la membrana mitocondrial interna
La fuerza proton motriz no solo suministra energa para la sntesis de ATP, sino tambin para
el transporte activo a travs de la membrana mitocondrial interna, la cual al ser impermeable
a las especies cargadas necesita de transportadores especficos que lleven ADP y Pi a la
matriz mitocondrial y ATP al citosol, donde se consume la mayor parte de el.
Uno de estos sistemas es la nucletido adenina translocasa, que abarca la membrana interna
y lleva a cabo una reaccin de intercambio entre el ATP de la mitocondria y el ADP citosolico
(ingresan 3 cargas negativas y salen 4 negativas). Este co-transporte antiparalelo esta
favorecido por el gradiente de protones porque la matriz es elctricamente negatica respecto
al exterior. Este sistema es inhibido por el atractilosico, un glusido toxiso producido por una
especie de cardo.
Un segundo sistema de transporte a travs de la membrana es la fosfato translocasa, que

promueve el cotransporte paralelo de un H 2 PO 4

y un

+
H

al interior de la matriz. Este

sistema tambin es favorecido por la fuerza proton motriz, porque en la matriz la

concentracin de protones es muy baja lo que favorece el movimiento de protones a favor del
gradiente de concentracin.
Los sitemas de lanzadera permiten oxidar aerobicamente al NADH citosolico. La NADH
deshidrogenasa de la membrana mitocondrial interna (en clulas de animales) solo puede
aceptar electrones del ANDH de la matriz mitocondrial, dado que la membrana interna no es
permeable. Existen sistemas especiales de lanzadadera que transportan equivalente de
reduccin desde el NADH citosolico, al interior de la mitocondria mediante una ruta indirecta.
Lanzadera malato-aspartato: funciona en el hgado, corazn y riones. Los equivalentes de
reduccin del NADH citosolico se transfieren en primer lugar al oxalacetato citosolico,
obtenindose malato por accin de la malato deshidrogenasa. El malato pasa a travs de la
membrana interna a la matriz mitocondrial via el sistema de transporte malato-cetoglutarato. Dentro de la matriz los equivalentes pasan por accin de la malato
deshidrogenasa al

+
NAD

de la matriz formando NADH, el cual puede pasar los electrones

directamente a la cadena respiratoria (Complejo I). el paso de estos dos electrones al oxigeno
genera 3 moleculas de ATP. El oxalacetato citosolico se regenera por transaminacion, como
tambin los transportadores de membrana para empezar el ciclo.
Lanzadera del glicerol 3-fosfato: funciona en el musculo esqueltico y en el cerebro. La
dihidroxiacetona fosfato del citosol acepta dos equivalentes de reduccin del NADH citosolico
en una reaccin catalizada por la glicerol 3-fosfato deshidogenasa citosolica. Asi el sustrato se
reduce a glicerol 3-fosfato, el cual presenta una isoenzima (glicerol 3-fosfato mitocondrial)
ligada a la membrana y localizada en la cara exterior, la cual transfiere los equivalentes de
reduccin desde el glicerol 3-fosfato hasta la ubiquinona. Este sistema no requiere de
transportadores de membrana y difiere del primer sistema de lanzadera en que transfiere los
equivalentes de reduccin al complejo III, y genera 1,5 mol de ATP por cada mol de NADH
citosolico oxidado.
Las mitocondrias de las plantas superiores tienen una NADH deshidrogenasa (Complejo I)
orientada hacia el exterior, que puede transferir electrones directamente desde el NADH
citosolico a la cadena respiratoria.
82

Factores acoplantes
Son protenas solubles que restauran el acoplamiento entre la oxidacin y la fosforilacion.
UNIDAD 7 Fotosintesis

UNIDAD 8 Metabolismo de compuestos nitrogenados

Nitrogenasas
Son enzimas que catalizan la ruptura del nitrgeno molecular y su combinacin con H para
formar amonio, del cual deriva la sntesis de aminocidos y otros compuestos nitrogenados.
Nitrificacion, denitrificacion
La nitrificacin es un proceso de oxidacin del amoniaco a nitrito y finalmente a nitrato por el
cual las bacterias del suelo obtienen energa. Las plantas y muchas bacterias pueden
incorporar el nitrito y el nitrato y reucirlo hasta amoniaco para la sntesis de aminocidos.
La desnitrificacion es el proceso por el cual algunas bacterias, en condiciones anaerbicas,
convierten el nitrato en nitrgeno molecular, manteniendo un equilibrio entre el nitrgeno
fijado y el nitrgeno atmosfrico. Estas bacterias utilizan el nitrato en lugar del oxigeno como
aceptor final de electrones en una serie de reacciones que generan un gradiente de protones
transmembrana que se utiliza para la sntesis de ATP.
Asimilacin del nitrato
Las plantas asimilan el nitrgeno en forma de nitrato y lo convierten en amonio.
El nitrato es reducido a nitrito en el citosol de las clulas radicales y mesofilas por la nitrato
reductasa.
El nitrito es reducido a amonio en los plastidios por la nitrito reductasa. Esta enzima utiliza a
la

Fd como dador de electrones.

El nitrgeno reducido a amonio se incorpora primero a los aminocidos y luego a otras

biomolculas nitrogenadas. Dos aminocidos, glutamato y glutamina constituyen el punto de
entreda del nitrgeno.
La via mas importante para la incorporacin de amonio en el glutamato requeiere dos
reacciones:
Glutamato +

+
NH 4

+ ATP Glutamina + ADP

Metabolismo general de aminocidos

Glutamato deshidrogenasa
Glutamato y glutamina
Transaminacion y decarboxilacion
Desaminacion oxidativa y no oxidativa
Excresion de nitrgeno
Ciclo de la Urea
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Derivados de aminocidos alifticos y aromticos

Ruta del shiquimato
Oxidacion de aminocidos y produccion y eliminacin de urea
La funcin es formar intermediarios que entran al ciclo de Krebs y que de ah pueden oxidarse
completamente a dixido de carbono y agua para generar energa o se pueden desviar hacia
la gluconeognesis o cetogenesis. Esto ocurre en el citosol y matriz mitocondiral del hgado,
musculo, tracto intestinal (animales vertebrados). El sustrato son aminocidos que pueden
provenir de protenas de la dieta, de la decradacion normal de proneinas celulares o en la
diabetes mellitus no tratada.
Respecto a los productos y su destino podemos mencionar:

-cetoacidos: todos pueden oxidarse via el ciclo de Krebs

o Acetil-CoA (isoleucina, leucina y triptfano) Cetogenesis
o Acetoacetil-CoA (leucina, lisina, fenilalanina, triptfano y tirosina) Cetogenesis
o Piruvato (alanina, cistena, glicina, serina y triptfano) Cetogenesis (via acetil-CoA) o
Gluconeogenesis
o Oxalacetato (asparagina y aspartato) Gluconeogenesis
o Fumarato (fenilalanina y tirosina) Gluconeogenesis
o Succinil-CoA (isoleucina, metionina, treonina y valina) Gluconeogenesis
o -cetoglutarato (glutamato, arginina, glutamina, histidina y prolina) Gluconeogenesis
Amonio: puede ser utilizada para la sntesis de aminocidos, nucletidos y otros
compuestos nitrogenados, y su exceso es eliminado como urea en los animales
vertebrados. En el caso de los peces, es eliminado como amonio y las aves y reptiles en
forma de acido urico.
Procesos:
Desaminacion no oxidativa: es una reaccin de transaminacion en la que un grupo amino se
transfiere de un aminocido al -cetoglutarato, formando glutamato y dejando un cetoacido. Esta reaccin esta catalizada por una enzimana aminotransferasa (Transaminasa)
que posee un grupo prosttico, el poridoxalfosfato (PLP) que es el encargado de transportar
los grupo amino. Esta enzima actua con el mecanismo ping-pong, en el que el primer sustrato
ha de abandonar el sitio activo antes de que se pueda unir el segundo sustrato. Asi, el
aminocido entrante se une al sitio activo, cede su grupo amino al PLP y sale en forma de cetoacido. A continuacin se une el -cetoacido entrante, acepta el grupo amino del PLP y
sale en forma de aminocido. Ocurre en el citosol de las clulas hepticas.
Desaminacion oxidativa: reaccin en la que el glutamato (que ha sido transportado desde el
citosol a la matriz mitocondiral) es transformado a -cetoglutarato y amonio. Esta catalizada
por la glutamato deshidrogenasa que requiere

+
NAD

+
NADP , y esta formada por seis

subunidades iguales. Su inhibidor alosterico es el GTP, y su activador el ADP.

El exceso de amonio generado en la mayor parte de los tejidos se combina con el glutamato
dando glutamina, la responsable de transladar el amonio toxico por la sangre hasta la matriz
mitocondrial de las clulas hepticas. La reaccin esta catalizada por la glutamina sintetasa,
requiere ATP y ocure en dos pasos:
Primero, el L-glutamato y el ATP forman ADP y un intermedio y-glutamil fosfat. Luego, en un
segundo paso, el intermedio reacciona con el amonio produciendo glutamina y Pi.
84

All en el hgado, la glutamina lo libera para que ingrese al ciclo de la urea.

En los musculos, el amonio en exceso se transfiere generalmente desde el L-glutamato al
piruvato dando alanina, la cual lleva el amonio al hgado.
Primero en el musculo:
Segundo en el citosol de clulas hepticas:
El piruvato via gluconeognesis forma glucosa y vuelve a los musculos. Parte del L-glutamato
se transporta a la matriz mitocondrial y libera el amonio.
Ciclo de la urea
Su funcin es la sntesis de la urea, y el mismo ocurre en la matriz mitocondrial y citosol de
las clulas hepticas. Utiliza como sustrato amonio, que proviene de la oxidacin de
aminocidos producida en hgado, otros tejidos y el tracto intestinal, y el segundo es aportado
por el aspartato;

HCO 3

producido en la respiracin mitocondrial; ATP y agua. De esta forma

se genera urea, que a travs de la sangre pasa a los riones y es escretada por orina; ADP, Pi,
AMP e

+
H .

1- El amonio se utiliza junto con el

23-

45-

HCO 3

para producir carbamoil fosfato. Esta reaccin

es dependiente de ATP y es catalizada por la carbamoil fosfato sintetasa I.

El carbamoil fosfato reacciona con la ornitina dando citrulina y liberando Pi.
La citrulina es liberada al citosol. Se introduce un segundo amonio que proviene del
aspartato (generado en la matriz por transaminacion y transportado al citosol). Se
produce una condensacin entre el aspartato y la citrulina que forma argininosuccinato.
Esta reaccin esta catalizada por la argininosuccinato sintetasa, requiere ATP y tiene
lugar a travs de un intermedio citruilil-AMPSe corta el argininosuccinato por la argininosuccinato liasa para formar arginina libre y
fumarato.
Se hidroliza la arginina por la arginasa dando urea y ornitina. La ornitina es
transportada a la mitocondria para iniciar otra vuelta del ciclo de la urea.

Reaccion global:
Los ciclos de la urea y del acido ctrico estn conectados
El fumarato producido en el citosol por la argininosuccinato liasa del ciclo de la urea entre al
ciclo del acido ctrico en la mitocondria convirtindose a travs de varios pasos en
oxalacetato. Este acepta un grupo amino del glutamato por transaminacion y el aspartato asi
formado abandona a la mitocondria cediendo su grupo amino al ciclo de la urea en la reaccin
de la arginino succinato sintetasa. El otro producto de esta transaminacion es el cetoglutarato que es otro intermediario del ciclo de Krebs.
Regulacion
Carbamoil fosfato sintetasa I: es activada alostericamente por el N-acetilglutamato, que se
sintetiza a partir del acetil-CoA y glutamato. La N-acetil glutamato sintetasa es a su vez
activada por la arginina, intermediario del ciclo de la urea que se acumula cuando la
produccion de urea es demasiado lenta para porder acomodar todo en amoniaco que se
produce en el catabolismo de los aminocidos.
85

Ciclo del nitrgeno

El nitrgeno abunda en la atmosfera, pero el utilizable biolgicamente es escaso.
Fijacin: el nitrgeno molecula es reducido a amoniaco o amonio por algunas bacterias
(cianobacterias del suelo o del agua y bacterias del suelo) Ej. Azotobacter, rizobium, etc.
Como el triple enlace del nitrgeno es muy estable, se necesita una elevada energa de
activacin para fijarlo, la cual es proporcionada por la unin e hidrolisis del ATP.
Asdfkjasjdfhlshlfajsdkfasasdflfdsa de la nitrogenasa, presente en las bacterias fijadoras.
Este tiene dos componentes claves:
Dinitrogenasa reductasa (DNR): dimero formado por x subunidades iguales. Tiene un cetro

Fe4 - S 4

(que puede ser oxidado y reducido por un electron) y dos sitios de unin a ATP.

Dinitrogenasa (DN): tetrmero de dos copias de dos subunidades distintas. Posee cuatro cetro

Fe4 - S 4

y un cofactor Fe-Mo.

La fijacin es realizada por la forma reducida de la DN en un proceso que requiere ocho

electrones: seis para reducir una molecula de nitrgeno y dos para formar hidrogeno como
parte obligada del mecanismo de reaccin.
Los electrones son cedidos por el piruvato a la DN via ferredoxina-DNR.
El ATP se une a la DNR aumentando su potencial de reduccin, y permitiendo de esta manera
ceder los electrones a la DN. Por cada electron cedido por la DNR a la DN se hidrolizan dos
ATP.
La DN utilizada los electrones para reducir el nitrgeno molcular a dos molculas de
amoniaco.
El complejo de la nitrogenasa se inactiva en presencia de oxigeno, las bacterias fijadoras
poseen distintos mecanismos para evitar el oxigeno:

Algunas solo existen en forma anaerbica.

Azotobacter: desacoplan el transporte de electrones de la sntesis de de ATP, de
manera que el oxigeno se consuma tan deprisa como entra a la celula.
Cianobacterias: tienen clulas especializadas para la fijacin con paredes celulares
gruesas que impiden la entrada de oxigeno.
Rizhobium: se encuentran estableciendo una asociacin simbitica con las races de
leguminosas, para evitar el oxigeno, se rodean de una protena llamada
leghemoglobina, generada por la planta (parte proteica) y la batera (grupo hemo) que
captura el oxigeno.

Nitrificacin: es la oxidacin biolgica del amonio, primero a nitrito, y luego a nitrato, llevada
a cabo por las bacterias nitrificantes del suelo.
Nitrosomas y nitrococus, oxidan amoniaco a nitrito:
Nitrobacter, oxidan nitrito a nitrato:
El amoniaco y el nitrato actan como dadores de electrones en una cadena de transporte
acoplada a la sntesis de ATP en dichas bacterias.
Desnitrificacion: es el proceso que realizan las bacterias desnitrificantes, como las
pseudomonas, en condiciones anaerobias y que consiste en la reduccin del nitrato a
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nitrgeno molecular a partir de sustratos organicos o inorgnicos como fuentes de energa. El

nitrato actua como aceptor

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