2A.

ANALISIS DNA SEQUENCE

I.DNA sequence database searching
1. Arahkan browser Anda ke www.ncbi.nlm.nih.gov

2. Pada menu "Search", ganti "All Databases" menjadi "Nucleotide", masukkan keyword
"Mycobacterium tuberculosis" dengan tanda kutip, lalu klik Search.
Q1.Berapa total hasil pencarian dengan keyword tersebut?

3. Persempit pencarian Anda hanya untuk gen terkait MDR pada M.tuberculosis dengan cara:
a.Pada tab Limits ubah opsi "All Fields" menjadi "Organism", kemudian klik Search.
b.Kemudian pada tab Advanced Search, ubah opsi "All Fields" menjadi "Text Word", tulis ulang
"Mycobacterium tuberculosis" dengan tanda kutip , tambahkan query 'drug resistant' pada
kolom isian, kemudian klik [Preview].
Q2.Berapa jumlah hasil pencarian dengan query tersebut?

4. .Klik pada angka di kolom "Result".

Q3.Tuliskan dua Accession No. teratas yang anda temukan!

5. Kemudian, klik pada entry pertama yang anda temui.

Q4.Berapakah Version No. dari entry tersebut?
Q5.Tuliskan GI numbernya!
Q6.Berpakah ukuran gen tersebut? apakah gen tersebut parsial atau full length?
Q7.Siapakah yang men-submit entry tersebut dan kapan?
Q8.Apa nama strain M. tuberculosis tersebut?

6. Download sekuen yang anda dapatkan, pada menu "Format" ganti opsi "GenBank" menjadi
"FASTA".
Q9.Copy sekuen yang ada ke file jawaban anda!
II.BLAST

1. Arahkan browser anda ke http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi atau klik langsung BLAST

sequence
pada sequence analysis tools pada halaman FASTA di sebelah kanan
Q10.Apakah kepanjangan dari BLAST?

2. Kita akan melakukan BLAST terhadap sekuen yang kita miliki, Klik pada opsi "nucleotide
blast".

3. Copy gen yang telah anda simpan ke kolom "Enter Query Sequence".Cukup masukkan
sekuennya saja!

4. Rubah pilihan "Database" menjadi "Others", lalu klik [BLAST].

Q11.Berapakah nilai E-value tertinggi dan terendah? Tuliskan pula Acc. No.-nya!
Q12.Jawab pertanyaan berikut! Manakah nilai E-value yang lebih kecil, 1e-65 atau 10e-66?
Q13.Jika anda mendapat hasil BLAST sekuen dengan nilai E-value 3e-3 dan 2e-54, manakah
hasil
BLAST yang akan Anda percayai? Mengapa?

5. Kembali ke halaman utama BLAST.

6. Lakukan analisis BLAST dengan opsi blastx dengan menggunakan sekuen sebagai berikut:
>080717-R1_C04_C1800-SP6.ab1
TTGATCAGCGTTGGGGCTCTCCATATGGTCGACCTGCAGGCGGCCGCGAA
TTCACTAGTGATTATAAATGCCCGACTGCCATCCCGAATACGCCAGTCAC
GACCACGAACAATGCCACCAGATCCGGTTGACCACCCAATGGCTCTGCCG
CCGCCAGCGCAAATGGCGTAGTGACGGACCGCACCGCCAGACTGCGCTGA
ATTTCATCAGGCAGCATAAACAGGCGCGCCAACCAGACGGAACTGGTGAC
CGCCACCAGTGTCGCCGTAACCACACCCGCCGTCAGCGACATCCAGTGAC
GTTTAATCACGGCGAGGTTGTCATAGACCGGAACGGCGAAGGCAATGGTT
GCAGGACCTAGCAGCCATAGCAGCCAGTGCGATTCACCAATATAGTTTTG
CCAGGAGATATGTCCAAAGACCAACATCAGCACCAACAGCGCCGGAGTAA
GCACTAACGGCATCAGCGGTAATTTACGAAAGCGGCGATACAGGCGCTTG
TTGGCAAAATAGATGCCCAGCGTAATCACCAGACACAGCACGCTTAACTG
GAAATTACTCACGATTTAACCTGCTCATTTCATAGCGATACACTTTATCC
ACGACCCATGCCGTTGCGCCAAGCACCATCATCGTACTTAGCGCAATAAC
GGCAAAAATACGCCAGCCATCAACCAGTAGCAGTTGCGTATAGTTAACGA
CGGCGACCACCGCCGGGACAAAAAACAACAGCATTTCAGCCAGTAACCAG
CGAGCACCCGCGCGGATCCAGTTCAGCGGGATAACCCGGCAGACAATCAA
CGCCAGCATCAGCACCATCCCAACCAGGTTGGCCAGAAAGCGGCAGATGC
AGCCAGGAGACAAGGTATTGAGCAAAAATAAAGAGAACTGCGTACAACAA
AACCTGAACGGGGATCTGGAGTCGATGATAAAGGGCGGCGTC

7. Klik opsi blastx.

Q14.analisis apakah yang dapat dilakukan dengan opsi blastx?

8. Copy gen yang telah disediakan ke kolom "Enter Query Sequence". Cukup masukkan
sekuennya saja!

9. Ubah pilihan "Genetic code" menjadi "Bacterial and archaea (11)", lalu klik [BLAST].
Q15.Berapakah nilai E-value dan Score (bits) tertinggi?

10. Scroll ke bagian atas layar pada hasil BLAST Anda, lalu klik pada bar berwarna merah.
Q16.Protein apakah yang anda temukan (2 protein teratas)?
Q17.Apa yang dimaksud dengan nilai Identities dan Positives pada hasil BLAST tersebut?
11.Pada protein dengan logo [G] berwarna biru di dekat Accession Number, klik logo [G]
tersebut.

12.Scroll ke bagian bawah layar sampai anda mencapai fitur "NCBI Reference Sequences
(RefSeq)".
Q18.Keterangan tambahan apakah yang anda dapatkan tentang protein tersebut?

2B. ANALISIS DNA SEQUENCE

I.DNA sequence alignment
Pairwise alignment

1. Arahkan browser anda ke www.ncbi.nlm.nih.gov

2. Ubah opsi search "All Database" menjadi "Nucleotide", kenudian ketikkan Accession No.
berikut ini
secara berturut-turut dengan dipisahkan koma;
NM_001112224,EU269038,AF310160.
Q1.Mengacu ke gen apakah Acc. No. tersebut?

3. Pada opsi format, ganti "Summary" menjadi "FASTA (text)".

4. Klik "Apply" dan copy format FASTA tersebut (jendela ini jangan ditutup!)

5. Buka jendela baru pada browser Anda, arahkan ke http://www.ebi.ac.uk/

6. Pada menu dropdown "Tools" pilih opsi "Sequence Analysis", lalu "Align".
Q2.Apa fungsi dari tool EMBOSS Pairwise Alignment?
7. Buka file sequence.fasta yang telah anda download dengan Notepad, kemudian copy sekuen
gen
pertama(NM_001112224.1) dan paste pada kolom isian "Sequence 1".

8. Lakukan hal yang sama pada sekuen kedua (EU269038.1), dan paste pada kolom isian
"Sequence 2".

9. Pada opsi "Method" pilih "needle (global)".

10. Ubah opsi "Molecule" menjadi "DNA", lalu klik [Run].

Q3.Berapa persen Identity antara kedua sekuen?
Q4.Berapa persen Gap antara kedua sekuen?
Q5.Berapa Score pairwise alignment tersebut?

PERHATIAN, JANGAN DULU TUTUP JENDELA BROWSER ANDA YANG BERISI ANALISIS
PAIRWISE GLOBAL!

11.Buka jendela baru pada browser Anda, arahkan ke

http://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/align/

12.Ulangi langkah 7 dan 8.

13.Ganti pilihan pada opsi "Method" menjadi "water (local)", lalu klik [Run]
Q6.Berapa persen Identity antara kedua sekuen?
Q7.Berapa persen Gap antara kedua sekuen?
Q8.Berapa Score pairwise alignment tersebut?
Q9.Jelaskan perbedaan antara kedua metode pairwise alignment tersebut?
Multiple sequence alignment
1. Buka jendela baru pada browser Anda, arahkan ke http://www.ebi.ac.uk/.

2. Pada menu dropdown "Tools" pilih opsi "Sequence Analysis", lalu "ClustalW2".

3. Buka file sequence.fasta yang berisikan data sekuen yang telah anda download.

4. Copy dan paste semua sekuen ke jendela ClustalW2.

5. Biarkan semua setting pada opsi standar, lalu klik [Run].

Q10.Berapakah skor alignment tersebut?
Q11.Apa yang dimaksud dengan simbol (-) dan simbol (*).

6. Pada Alignment file, klik kanan pada judul file yang ada, kemudian simpan pada desktop
Anda.