PLASMID DAN EPISOM

Plasmid adalah material turun temurun yang tidak merupakan bagian

kromosom, dapat memperbanyak diri sendiri, biasanya bulat, kecil, dan relatif
sederhana tidak esensial bagi sel yang bersangkutan, dalam kaedaan tertentu ada
plasmid yang dapat menguntungkan sel yang dihuninya.
Episom adalah unsur-unsur genetika bebas, berupa virus atau jasad renik
lainnya, yang telah dapat berkembang dalam sel bakteri baik dalam keadaan autonom
(menggandakan diri dan dipindahkan tanpa bergantung kepada kromosom bakteri)
maupun pada keadaan terintegrasi (melekat pada kromosom bakteri, berperan serta
bersamanya dalam rekombinasi genetika dan dipindahkan bersama kromosom bakteri
tersebut).
Sebagian besar plasmid tidak penting bagi sel induknya, tapi beberapa
mempunyai kemampuan untuk reaksi antibiotik. Karena plasmid memiliki
kemampuan untuk bereplikasi sendiri dan untuk berkombinasi dengan DNA lain dan
untuk membawa DNA dalam pusat aktivitas sintetis sel, maka digunakan dalam
teknik genetika.
Plasmid diketahui berguna pada 2 fungsi utama yaitu:
1. Untuk memperbanyak berbagai macam antibiotik dan obat yang resisten terhadap
bakteri patogen.
2. Untuk menstabilkan mikro organisme penting bagi perindustrian. Sebagai contoh
Streptococcus lactis dan beberapa bakteri yang digunakan dalam proses pembuatan
keju. Beberapa plasmid sudah diidentifikasi dan menunjukkan bahwa plasmid-
plasmid tersebut membawa gen-gen yang mengkode enzim-enzim penting dalam
proses fermentasi pembuatan keju.
Tiga tipe plasmid bakteri yang sudah dipelajari secara mendalam adalah
1. F dan F’ plasmid, factor fertilitas konjugasi
2. R plasmid disebut juga RTF atau Resisten Transfer Factor plasmid membawa
beberapa gen untuk resistensi terhadap antibiotic atau obat antibiotic yg lain.
3. Col plasmid disebut juga colicinogenic, plasmid yang mengkode untuk colisin,
protein yang membunuh secara sensitive sel E. Coli.
Episom adalah materi genetik yang dapat bereplikasi dengan 2 alternatif yang
berbeda :
1. Tergabung dalam kromosom utama sel induk
2. Sebagai elemen genetik autosom, kromosom induk yang independent.
Tetapi bentuk dari plasmid dan episom tidak sama. Banyak plasmid yang ada dalam
bentuk terintegrasi, demikian juga pada episom seperti banyak ditemukan pada gen
page ά episom tapi bukan plasmid.

Elemen Transposabel

Pemetaan genetika sebelumnya berdasarkan asumsi bahwa gen tidak berpindah posisi.
Namun pada awal 1940an ilmuwan menemukan bahwa sebenarnya beberapa urutan
DNA dapat berpindah posisinya. Urutan yang dapat berpindah posisi tersebut
dinamakan elemen transposabel, atau sederhananya disebut transposon.

KETIDAKSTABILAN GENETIK DAN PENEMUAN ELEMEN TRANSPOSABEL

Elemen transposabel ditemukan oleh B. McClintock melalui analisis ketidakstabilan
genetic pada jagung yang mencakup pemecahan kromosom dan terjadi di tempat di
mana terdapat elemen transposabel. Pada percobaannya, McClintock menggunakan
penanda untuk mengontrol penyimpanan pigmentasi dalam aleuron, yaitu alel lokus C
di lengan pendek kromosom 9. McClintock menyilangkan individu betina CC dan
jantan CI CI, di mana CI adalah alel dominant inhibitor pewarnaan aleuron, maka
hasilnya kernel dengan endosperm CI CC. walaupun banyak biji jagung yang tidak
berwarna sebagaimana yang diharapkan namun terdapat pula biji jagung yang
berbercak ungu kecoklatan. Berdasarkan analisis ternyata telah terjadi pemecahan
kromosom yaitu terpisahnya fragmen yang mengandung alel CI tersebut yang
menyebabkan hilangnya alel CI dalam kromosom dan biji yang dihasilkan menjadi
berwarna karena tidak ada yang menghambat pigmentasi.
McClintock menemukan bahwa bulir yang berwarna itu terjadi karena pecahan di
lokasi tertentu pada kromosom 9 dan menamakan factor penyebab pecahnya
kromosom tersebut sebagai factor Ds (dissociation), factor Ds harus diaktivasi oleh
factor lain bernama AC (activator) yang tidak terdapat pada semua stok jagung.
Karena pemecahan dalam suatu lokasi tergantung adanya aktivasi oleh Ac, maka
McClintock menghipotesiskan factor Ds dapat muncul pada lokasi berbeda dalam
genom dan dimungkinkan Ds dapat berubah posisinya. Baik Ac maupun Ds adalah
anggota dari elemen transposabel, dapat masuk ke lokasi berbeda dalam kromosom
dan gen tertentu sehingga fungsi gen tersebut berubah atau hilang sama sekali. Ac
dapat mengaktifkan diri sendiri disebut autonom sedangkan Ds tidak dapat
mengaktifkan diri sendiri, disebut nonautonom.

ELEMEN TRANSPOSABEL ADA BAKTERI

Ketidakstabilan transposon genetic juga ditemukan pada bakteri. Transposon bakteri
yang paling sederhana adalah Insertion sequence atau elemen IS. Kadang dua elemen
IS berkombinasin dengan gen-gen lain membentuk transpososn komposit. Simbol ini
juga digunakan untuk transposon yang tidak mengandung elemen IS yaitu elemen
Tn3.
• Elemen IS
Berupa sekuen pengkodean tunggal, dengan sekuen pendek, identik, atau hampir
identik pada kedua ujungnya. Ketika masuk dalam kromosom atau plasmid maka
mereka akan membuat duplikasi DNA di mana insersi tersebut terjadi, satu salinan
untuk tiap sisi elemen. Transposon komposit terbentuk ketika 2 elemen IS masuk
secara berdekatan dan sekuen di antara dua elemen tersebut dapat diubah urutannya.
Organisasi genetika Tn3 terdir dari 3 gen tnpA, tnpR, dan bla tang mengkode
transposase, resolvase/repressor, dan beta lactamase. Transposisi Tn3 terjadi dalam 2
tahap yaitu fusi 2 molekul membentuk cointegrate oleh transposase dan rekombinasi
antara 2 elemen Tn3 oleh resolvase menghasilkan 2 molekul dengan masing-masing
satu salinan transposon.
Transposon bakteri penting dalam transposisi gen-gen yang mengontrol resistansi
terhadap antibiotic, dan berperan dalam evolusi plasmid R. Plasmid tersebut tidak
hanya bisa menyebar di antara 1 spesies melainkan lintas spesies bahkan genera.
Contoh: R Plasmid E coli ditransfer ke Proteus, Salmonela, dll.

ELEMEN TRANSPOSABEL PADA EUKARIOT

• Elemen Transposabel pada Yeast
Saccharomyses cerevisae membawa 35 salinan elemen transposable yang disebut
Ty dalam genom haploidnya. Organisasi genetic pada Ty mirip dengan pada
retrovirus eukariot. Karena kemiripan tersebut elemen Ty juga disebut
Retrotransposon.
• Elemen Transposabel pada Jagung
• Keluarga Ac/Ds dari jagung awalnya ditemukan oleh McClintock. Struktur
yang paling menarik adalah sekuen dengan 11 nukleotida berulang dengan
orientasi berkebalikan yang disebut inverted terminal repeats. Elemen Ac
bersifat identik sedangkan Ds bersifat heterogen. Salah satu kelas dari elemen
Ds merupakan elemen Ac yang mengalami delesi, disebut Ds aberrant. Fungsi
aktivasi Ac berhubungan dengan protein yang mereka sintesis. Karena Ds
tealah mengalami delesi dig en yang mengkode protein tersebut maka sinyal
aktivasi menjadi terhenti dan Ds tidak dapat mengaktivasi diri sendiri. Ac
mengaktivasi Ds dan ini disebut trans-acting.
• Elemen spm dan dspm
Transposon lain pada jagung yang ditemukan oleh McClintock adalah supresor
mutator, yang elemen autonomnya disebut spm dan elemen nonautonomnya
disebut dspm. Pada jagung, ketika terjadi insersi dspm, bulir jagung tipe liar yang
terpigmentasi penuh menjadi sepenuhnya tidak berwarna. Tapi pada saat terjadi
insersi dspm bersamaan dengan adanya spm maka bulir menjadi terpigmentasi
bercak dengan latar belakang tidak berwarna. Hal ini menunjukkan kemampuan
spm untuk mensupresi gen, yaitu sebagai supresor mutator.
• Transposon Drosophila
• Retrotransposon
Transposon Drosophila sebagian besat terdiri dari elemen yang menyerupai
retrovirus atau terotransposon, panjangnya 5000-15000 pasang nukleotida. Setiap
retrotransposon dibatasi kedua ujungnya oleh long terminal repeat atau LTR yang
terorientasi dalam arah yang sama. Retrotransposon bertanggungjawab untuk
mutasi klasik genetika Drosophila. Sebagaimana elemen Ty pada yeast,
transposisi pada retrotransposon Drosophila terlihat mencakup RNA intermediet
dengan proses mirip infeksi retrovirus.
• Elemen P
Keluarga elemen P merupakan transpososn kecil yang berulang dan berakhir pada
pasangan nukleotida dengan urutan terbalik. Anggotanya bervariasi dalam hal
ukuran. Ada yang sepanjang 2907 pasangan nukleotida, yang secara autonom
berpindah karena membawa gen pengkode protein transposase. Jika protein
tersebut terkait dengan elemen dapat memindahkan elemen ke posisi lain dalam
genom. Jumlah elemen P dalam genom Drosophila bervariasi, ada yang mencapai
50, beberapa, atau tidak ada sama sekali. Dan pada populasi yang memiliki
elemen P terdapat mekanisme untuk mengatur perpindahan tersebut.

GENETIKA DAN SIGNIFIKANSI EVOLUSIONER ELEMEN

TRANSPOSABEL
Insersi transposon juga berengaruh terhadap terjadinya alel mutan pada
Drosophila. Elemen transposabel juga menyebabkan pemecahan kromosom yaitu
seperi pada tingkah laku elemen Ds dac Acpada jagung, pemecahan tersebut juga
dapat berakibat hilangnya atau terangkainya materi kromosom . Terkadang
elemen transposabel juga menengahi rekombinasi molekul DNA contohnya pada
insersi plasmid F melalui IS ke kromosom E coli. Transposon memerankan peran
penting dalam evolusi struktur kromosom. Elemen transposabel berguna dalam
informasi genetik organisme tingkat tinggi. Contohnya adalah elemen P pada
Drosophila.