Biologa Sinttica

Informe de Vigilancia Tecnolgica

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BIOLOGA SINTTICA

El presente informe de Vigilancia Tecnolgica ha sido realizado en el marco del convenio de colaboracin conjunta entre Genoma Espaa y la Fundacin General de la Universidad Autnoma de Madrid (FGUAM), entidad que gestiona el Crculo de Innovacin en Biotecnologa (CIBT), perteneciente al Sistema de Promocin Regional de la Innovacin MADRID+D. Genoma Espaa y la Fundacin General de la Universidad Autnoma de Madrid (FGUAM) agradecen la colaboracin ofrecida a: Dr. Luis Serrano (EMBL Heidelberg) Dr. Vctor de Lorenzo (Centro Nacional de Biotecnologa, CNB-CSIC ) Dr. Andrs Moya (Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biologa Evolutiva) Dr. Pedro Fernndez de Crdoba (Universidad Politcnica de Valencia) La reproduccin parcial de este informe est autorizada bajo la premisa de incluir referencia al mismo, indicando: Biologa Sinttica. GENOMA ESPAA/CIBT-FGUAM. Genoma Espaa no se hace responsable del uso que se realice de la informacin contenida en esta publicacin. Las opiniones que aparecen en este informe corresponden a los expertos consultados y a los autores del mismo. Copyright: Fundacin Espaola para el Desarrollo de la Investigacin en Genmica y Protemica/Fundacin General de la Universidad Autnoma de Madrid. Autores: Marta Lpez (CIBT) Gema Ruiz Romero (CIBT) Paloma Mallorqun (CIBT) Miguel Vega (Genoma Espaa) Edicin: Cintia Refojo (Genoma Espaa) Referencia: GEN-ES06002 Fecha: Noviembre 2006 Depsito Legal: ISBN: 84-609-9761-8 Diseo y realizacin: Spainfo, S.A.

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ndice de contenido

RESUMEN EJECUTIVO

1. INTRODUCCIN A LA BIOLOGA SINTTICA

2. TECNOLOGAS DE BIOLOGA SINTTICA 2.1. 2.2. 2.3. 2.4. 2.5. Expansin del cdigo gentico Circuitos genticos Genomas mnimos Evolucin dirigida Ingeniera gentica in silico

11 12 15 19 20 22

3. APLICACIONES DE LA BIOLOGA SINTTICA 3.1. 3.2. 3.3. 3.4. 3.5. Biomedicina Medio ambiente Energa Nuevos biomateriales Procesos industriales

24 24 27 29 31 31

4. SITUACIN ACTUAL DE LA INVESTIGACIN EN BIOLOGA SINTTICA 4.1. Estados Unidos 4.2. Europa y Espaa

34 35 36

5. MODELO DE NEGOCIO DE EMPRESAS RELACIONADAS CON LA BIOLOGA SINTTICA

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6. PERSPECTIVAS FUTURAS DE LA BIOLOGA SINTTICA 6.1. Perspectivas de la Biologa Sinttica a corto plazo 6.2. Perspectivas de la Biologa Sinttica a medio plazo 6.3. Perspectivas de la Biologa Sinttica a largo plazo

40 40 41 41

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7. BARRERAS DE LA BIOLOGA SINTTICA

43

8. CONCLUSIONES

46

ANEXOS ANEXO ANEXO ANEXO ANEXO I II III IV Proyectos de investigacin espaoles relacionados con Biologa Sinttica Principales empresas de Biologa Sinttica Resumen las diferentes tcnicas y aplicaciones de la Biologa Sinttica Microorganismos cuyo genoma ha sido secuenciado con aplicaciones en Biologa Sinttica. Ejemplos de grupos de investigacin en Biologa Sinttica

48 48 60 66 67 70

ANEXO V

GLOSARIO

80

REFERENCIAS

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Resumen ejecutivo
En los aos 60 los cientficos Jacob y Monod descubrieron las bases de la regulacin gentica. La cantidad de informacin procedente del genoma y la posterior decodificacin de parte de esta informacin ha permitido disear modelos de redes celulares cada vez ms sofisticadas. Estos avances han sido los impulsores de la Biologa Sinttica, en un intento por obtener clulas programables. Este objetivo requiere no slo de la descripcin de cmo los componentes ms simples de una red interactan entre s, sino tambin una comprensin de cmo estas redes interaccionan con el complejo medio ambiente celular. Cuando un grupo de estudiantes consigui que la bacteria E. coli destellase, nadie imaginaba que este logro pudiera ser tan importante. Este experimento fue diseado originariamente para que los estudiantes tuvieran los conocimientos bsicos de cmo reprogramar una bacteria, y dio lugar al nacimiento de un nuevo campo denominado Biologa Sinttica. Este nuevo campo atrae tanto a bilogos como a ingenieros, ya que para estos ltimos la Biologa Sinttica posibilitara la fabricacin de microorganismos tiles para realizar tareas que la tecnologa actual no permite, mientras que para los primeros se trata de una herramienta esencial para comprender el funcionamiento de la maquinaria celular. Al contrario que los bilogos de sistemas, quienes analizan la actividad de miles de genes y protenas, los bilogos sintticos se centran en una estrategia ms reduccionista que tiene como fin la construccin de circuitos genticos. El gran reto de la Biologa Sinttica consiste en la integracin de cada uno de los componentes de un sistema biolgico diseado para realizar una serie de operaciones, de forma que ste se comporte de una forma anloga a la maquinaria celular presente en la naturaleza. La Biologa Sinttica permitir el diseo de organismos sintticos que posean rutas metablicas anlogas a las existentes en la naturaleza, con funciones nuevas que no se encuentran en la naturaleza.

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1. Introduccin a la Biologa Sinttica

La biotecnologa tradicional se define como toda aplicacin tecnolgica que utilice sistemas biolgicos y organismos vivos o sus derivados para la creacin o modificacin de productos o procesos en usos especficos 1. Por otra parte, la Ingeniera Gentica consiste en la manipulacin de la composicin gentica mediante la introduccin o eliminacin de genes especficos a travs de tcnicas de biologa molecular y ADN recombinante. En otros trminos, la Ingeniera Gentica permite la edicin del mensaje gentico, es decir, la introduccin de nuevas palabras que pueden cambiar el sentido de la frase. Cabe destacar entre sus primeros logros la produccin de la insulina o la hormona de crecimiento humanas a partir de cepas de la bacteria E.coli recombinante, sistemas que sustituiran a las fuentes alternativas que suponan su extraccin a partir de cadveres o la utilizacin de protenas homlogas de otras especies animales. El continuo avance de la Ingeniera Gentica ha supuesto el nacimiento de un nuevo campo denominado Biologa Sinttica. La Biologa Sinttica se define como la sntesis de biomolculas o ingeniera de sistemas biolgicos con funciones nuevas que no se encuentran en la naturaleza. Se trata de una nueva disciplina que, a diferencia de otras, no se basa en el estudio de la biologa de los seres vivos, sino que posee un objetivo claro, el diseo de sistemas biolgicos que no existen en la naturaleza, lo que hace que sea una disciplina que se site ms cerca de otras relacionadas con la ingeniera. Sin embargo, a pesar de ser una disciplina emergente, la expresin Biologa Sinttica no es un trmino nuevo, ya que se utiliz por primera vez en 1912 por Leduc 2. La Biologa Sinttica planta cara a los retos tecnolgicos desde una perspectiva distinta a la biotecnologa tradicional, ya que esta ltima los afronta desde una aproximacin emprica mientras que la Biologa Sinttica se enfrenta al problema de una forma sistemtica y racional. Segn el documento de referencia sobre Biologa Sinttica del VI Programa Marco de la Comisin Europea dentro de su iniciativa NEST-PATHFINDER 2005/2006 3, la Biologa Sinttica se define como una aproximacin rigurosa a la Biologa desde la Ingeniera basada en la aplicacin del diseo de sistemas a procesos biolgicos complejos. Segn este mismo documento ello implica la adaptacin a sistemas biolgicos de principios de Ingeniera basados en el diseo: el desarrollo y aplicacin de mdulos robustos, en ltima instancia estandarizados, con el fin de disear sistemas mayores cuyas funcionalidades globales sean el resultado de una combinacin racional de dichos mdulos.

Otras definiciones de Biologa Sinttica: Creacin de circuitos biolgicos a base de genes que permitan programar clulas o microorganismos. Sntesis de sistemas complejos basados en la biologa, que manifiestan funciones que no existen en la naturaleza4. Diseo y fabricacin de componentes biolgicos que no existen en la naturaleza5. Rediseo y fabricacin de sistemas biolgicos existentes en la naturaleza, a los que se les dota de nuevas capacidades6.

2 3

5,6

Definicin de Biotecnologa procedente del Convenio de Diversidad Biolgica (website: http://www.biodiv.org/convention/articles.asp). Leduc, S. La biologie synthtique. A. Poinat. Paris. 1912. Reference Document on Synthetic Biology, 2005/2006 NEST-PATHFINDER Initiatives. 6th Framework Programme, Anticipating scientific and technological needs. October, 2005. (ftp://ftp.cordis.europa.eu/pub/nest/docs/refdoc _ synbio _ oct2005.pdf). Synthetic biology. Applying engineering to Biology. Report of a NEST High-Level Expert Group. European Commission, 2005 (ftp://ftp.cordis.lu/pub/nest/docs/syntheticbiology _ b5 _ eur21796 _ en.pdf). Synthetic Biology Web (http://syntheticbiology.org).

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La Biologa Sinttica busca la creacin de nuevos organismos programables, es decir, la creacin de microorganismos a la carta que se comporten como pequeos ordenadores. Esta caracterstica supone una separacin de la Biologa Sinttica de otras disciplinas como la Ingeniera Gentica, ya que sta busca el diseo de organismos en base a modificaciones genticas que acten sobre una o varias funciones biolgicas o rutas metablicas de organismos ya existentes. Tal y como se expuso en la 1 Conferencia Internacional sobre Biologa Sinttica 7, el trmino Biologa Sinttica alude tanto al diseo y fabricacin de componentes y sistemas biolgicos que no existen en la naturaleza, como al diseo y fabricacin de sistemas biolgicos existentes.

Principales caractersticas de la Biologa Sinttica8: Diseo racional y sistemtico. Persigue un objetivo claro. Desarrollo in vivo. Comportamiento predecible y programable. Sinergismo.

La estrategia de la Biologa Sinttica consiste en emplear el conocimiento de los sistemas biolgicos para disear nuevos sistemas biolgicos con propiedades mejoradas o no existentes en la naturaleza. Esta estrategia es similar a la que permiti en su momento la expansin de la qumica orgnica, como nueva herramienta para la sntesis de nuevos compuestos no presentes en la naturaleza con propiedades de inters. La Biologa Sinttica necesita un marco terico que sea capaz de interpretar y predecir el comportamiento de los sistemas biolgicos, lo que se consigue a travs de Biologa de Sistemas. Esta disciplina emplea una estrategia diferente a las aproximaciones empricas tradicionales, por medio del estudio de sistemas biolgicos en sus diferentes niveles, desde clulas y redes celulares a organismos completos. La Biologa de Sistemas implica el mapeo de rutas, interaccin de protenas y genes, as como el de los circuitos de organismos a nivel celular, tisular y de organismo

completo, todo ello integrado en un modelo informtico. La Biologa de Sistemas proporciona la herramienta esencial para el desarrollo de modelos empleados en Biologa Sinttica para el diseo e ingeniera de sistemas biolgicos complejos y sus componentes. En este sentido, se puede argumentar que la Biologa Sinttica, como aproximacin desde la Ingeniera, representa la contrapartida de diseo de la Biologa de Sistemas. Por otra parte, una de las caractersticas principales de la Biologa Sinttica es su carcter interdisciplinar. Dentro de este campo emergente tienen cabida reas de investigacin y tecnologas asentadas como la sntesis y secuenciacin de ADN o la bioinformtica, siempre y cuando sean aplicadas desde el enfoque sistemtico y racional propio de la Biologa Sinttica. Las reas de investigacin que solapan con la Biologa Sinttica son resumidas en la siguiente tabla.

Synthetic Biology 1.0, First International Meeting on Synthetic Biology, MIT, June 2004 (http://web.mit.edu/synbio/release/conference). Synthetic biology. Applying engineering to Biology. Report of a NEST High-Level Expert Group. European Commission, 2005 (ftp://ftp.cordis.lu/pub/nest/docs/syntheticbiology _ b5 _ eur21796 _ en.pdf).

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REAS DE INVESTIGACIN QUE SE SOLAPAN CON LA BIOLOGA SINTTICA

reas de investigacin Descripcin Produccin (sntesis) o caracterizacin (secuenciacin) de la secuencia de bases que componen un fragmento de ADN. Un ejemplo es la tecnologa de microarrays que permite la secuenciacin de ADN y la sntesis in situ de oligonucletidos a altas densidades sobre soporte slido. Diseo y obtencin de nuevas protenas que formen parte de sistemas sintticos complejos. Desarrollo de materiales sintticos para uso mdico o industrial, dentro de los biomateriales podemos encontrar bioplsticos, prtesis, implantes, etc. Disciplina que busca imitar la biologa para producir un comportamiento o proceso concreto. Ejemplos son las redes neuronales o los algoritmos genticos. Miniaturizacin de procesos bioqumicos de forma que se empleen pequeas cantidades de reactivos que a su vez pueden ser realizados en paralelo sobre soportes de tipo microarray. Aplicacin de principios de ingeniera y de procedimientos de diseo para resolver problemas mdicos. Aplicacin de las tecnologas de Computacin para la gestin y el anlisis de datos biolgicos.

Sntesis y secuenciacin de ADN

Ingeniera de protenas

Biomateriales

Biomimtica

Microfludica

Bioingeniera

Bioinformtica

Tabla 1. reas de investigacin que se solapan con la Biologa Sinttica. Fuente: Elaboracin propia.

En junio de 2004, tuvo lugar el Primer Congreso sobre Biologa Sinttica en el Instituto Tecnolgico de Massachussets (MIT) 9, donde algunas de las predicciones apuntaron a que la obtencin de clulas y organismos creados mediante ingeniera sera una prctica relativamente comn de aqu a diez aos 10. As mismo, la Comisin Europea ha lanzado una iniciativa denominada NEST PATHFINDER diseada para dar impulso a la Biologa Sinttica en el mbito europeo, fomentando la interaccin entre investigadores de distintas disciplinas y el establecimiento de plataformas con el fin de materializar los resultados de las investigaciones en aplicaciones concretas. En el anteriormente mencionado documento de referencia sobre Biologa Sinttica del VI Programa Marco de la Comisin Europea se insiste en que este nuevo paradigma de la Ingeniera

aplicado a la Biologa permitir implementar el conocimiento biolgico existente en problemas biotecnolgicos de una manera mucho ms racional y sistemtica de lo que se ha llevado a cabo hasta la fecha y har posible llegar ms all en los objetivos planteados. La introduccin de principios de diseo tales como la modularidad y la estandarizacin de partes y dispositivos, de acuerdo con criterios reconocidos internacionalmente, y la adaptacin de procedimientos de diseo abstracto ya existentes a sistemas biolgicos, junto con la aparicin de nuevas tecnologas punteras que permitan el desacoplo del diseo y la fabricacin, cambiarn de manera fundamental nuestros conceptos actuales de cmo manipular sistemas biolgicos. En este sentido, la Biologa Sinttica no es, en primera instancia, una ciencia para el descubrimiento que se interese en investigar cmo funciona la naturaleza sino, en ltima instancia, una nueva manera de hacer cosas.

9 10

Biological Engineering Division, MIT (http://web.mit.edu/be/index.htm). Synthetic Biology 1.0, First International Meeting on Synthetic Biology, MIT, June 2004 (http://web.mit.edu/synbio/release/conference/).

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2. Tecnologas de Biologa Sinttica

En el presente apartado se pretende realizar una breve descripcin de las estrategias desarrolladas por distintos grupos de investigacin y empresas a nivel mundial, poniendo de manifiesto la creciente relevancia de las tecnologas genmicas y protemicas relacionadas con la Biologa Sinttica. El objetivo que se busca es el diseo de sistemas biolgicos con caractersticas perfeccionadas o que no existen en la naturaleza. Esto se puede conseguir mediante diferentes tecnologas que incluyen: a) la Expansin del cdigo gentico, b) el diseo de Circuitos genticos, c) el diseo de microorganismos con Genoma Mnimo, d) la Evolucin dirigida, e) la Ingeniera Gentica in silico.

CARACTERSTICAS DE LAS TECNOLOGAS PROPIAS DE BIOLOGA SINTTICA

Tecnologa Ventajas Fabricacin de protenas sintticas con nuevos aminocidos en su secuencia con caractersticas novedosas y gran versatilidad. Diseo de microorganismos que porten un conjunto de genes cuya funcin se encuentra totalmente controlada, lo que les convertir en microorganismos programables capaces de realizar operaciones lgicas a la carta. Creacin de microorganismos artificiales como sistemas de produccin simples, eficientes, programables y modificables. Diseo de circuitos complejos que posean mltiples interacciones entre s. Desarrollo de modelos tericos que permiten predecir el comportamiento de un sistema complejo. Limitaciones No existen secuencias de bases que codifiquen para un aminocido que no exista en la naturaleza.

Expansin del cdigo gentico

Circuitos genticos

Identificacin previa de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos.

Genoma Mnimo

Identificacin del nmero de genes mnimos y suficiente para crear organismos autnomos.

Evolucin Dirigida

Creacin de libreras de genes en microorganismos.

Ingeniera gentica in silico

Requerimiento de software muy potente. Formulacin de modelos robustos.

Tabla 2. Caractersticas de las tecnologas propias de Biologa Sinttica. Fuente: elaboracin propia.

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2.1. Expansin del cdigo gentico

El ADN est compuesto por 4 pares de bases nucleotdicas: A (adenina), T (timina), C (citosina) y G (guanina). Mediante un proceso denominado Transcripcin las bases nucleotdicas del ADN se transforman en ARN, que a su vez est compuesto por A (adenina), C (citosina), G (guanina) y U (uracilo) en lugar de timina. A continuacin tiene lugar la Traduccin de ARN a protenas. En este proceso, mediante combinaciones de 4 bases nucleotdicas del ARN se obtienen 64 posibles combinaciones de tres bases llamadas codones, que son especficos de un aminocido. 61 de estos codones se corresponden con los 20 aminocidos naturales, debido a que existen duplicaciones que provocan que ms de un codn codifique para un mismo aminocido. Los otros tres codones restantes se denominan codones de terminacin y constituyen seales de terminacin que interrumpen la sntesis de protenas11. Los primeros pasos en el

diseo de nuevas formas de vida consisten en el diseo de microorganismos que utilizan un cdigo gentico diferente al que actualmente emplean todas las formas de vida existentes en la tierra. Mediante la introduccin de nuevas unidades sintticas12 en su ADN, estos organismos poseeran protenas sintticas. El cdigo gentico es, por tanto, un lenguaje que emplea cuatro letras o bases que se traducen en 20 palabras o aminocidos. A pesar de este vocabulario tan limitado, estas palabras pueden emplearse en una gran variedad de frases y prrafos. La Biologa Sinttica no pretende imitar la naturaleza, sino complementarla mediante bases nucleotdicas adicionales en lo que se denomina expansin del cdigo gentico. Esta adicin de nuevas bases al ADN permitira aumentar su versatilidad y expresar protenas con propiedades novedosas13. De esta forma, si se pudieran conseguir dos bases nucleotdicas sintticas extra adems de las cuatro presentes en la naturaleza, las combinaciones de posibles codones se elevaran a 216.

Guanina Citosina

Uracilo

Adenina Timina

Purinas Pirimidinas

ADN

Codon 1
ARNm

Transcripcin

Traduccin

Aminocidos

Fig. 1. Complementariedad de las bases nucleotdicas y cdigo gentico. Fuente: elaboracin propia.

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Pollack, A. (2001). Scientists Are Starting to Add Letters to Lifes Alphabet, NY Times. July 24 (http://online.sfsu.edu/~rone/GEessays/DNAaltlife.html). Introduccin en el ADN de bases nucleotdicas diferentes a las cuatro bases (adenina, timina, guanina y citosina) que lo componen de forma natural. Pollack, A. (2001). Scientists Are Starting to Add Letters to Lifes Alphabet, NY Times. July 24 (http://online.sfsu.edu/~rone/GEessays/DNAaltlife.html).

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En 1989 un grupo de investigacin suizo cre un ADN que contena dos letras artificiales adicionales a las 4 que existen en la naturaleza. Desde entonces se han desarrollado distintas variedades de ADN artificial14. Hasta ahora, no se ha conseguido obtener genes completamente funcionales a partir de ADN artificial o alterado dentro de clulas vivas. Sin embargo, en el ao 2003, el grupo de Schultz15

del Scripps Research Institute desarroll clulas que generaban aminocidos artificiales que dieron lugar a nuevas protenas. Para ello desarrollaron un ARNt que era capaz de unirse al codn de terminacin TAG y en lugar de finalizar la traduccin del ARN a protena, incorporaba un nuevo aminocido diferente de los 20 aminocidos naturales.

Cdigo gentico (ARN mensajero)

ARNt

AAA

ACC

AUU

UUU

UCC

GGC

AUU

CAG

UAG

GUC

Protena con aminocidos naturales

Protena con un aminocido incorporado

Algunos experimentos de expansin del cdigo gentico: Instituto Tecnolgico de California, Universidad de Massachussets16. Universidad de Texas, Universidad de Hong Kong17. Universidad de Munich18. Instituto de Investigacin Scripps19. Instituto de Genmica de la Fundacin de Investigacin Novartis20. Universidad de Florida21. Universidad Western Washington, Universidad de Yale22.

Fig. 2. Expansin del cdigo gentico. Fuente: Bacher, J. M., et al. (2004). Evolving new genetic codes. Trends in Ecology & Evolution, 19: 69-75.

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15 16

17 18 19 20

21

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Switzer, C. Y., et al. (1989). Enzymatic incorporation of a new base pair into DNA and RNA. J. Am. Chem. Soc. 111, 8322-8323. Laboratorio de Schultz del Scripps Research Institute (http://schultz.scripps.edu/). Kiick, K. L. (2000). Expanding the Scope of Protein Biosynthesis by Altering the Methionyl-tRNA Synthetase Activity of a Bacterial Expression Host. Angew. Chem. Int. 39, 12:2148-2152. Bacher, J. M., et al. (2004). Evolving new genetic codes. Trends in Ecology & Evolution, 19: 69-75. Bck, A. (2001). Invading the Genetic Code. Science 20 April: 453-454. Xie, J., & Schultz, P. G. (2005). Adding amino acids to the genetic repertoire. Curr Opin Chem Biol. Dec;9(6):548-54. Dring, V., et al. (2001). Enlarging the amino acid set of E. coli by infiltration of the valine conding pathway. Science, vol. 292, 5516:501-504). Wang, L. (2001). Expanding the genetic code of E. coli, Science, vol. 292, 5516:498-500. Sismour, A. M. & Benner, S. A. (2005). The use of thymidine analogs to improve the replication of an extra DNA base pair: a synthetic biological system. Nucleic Acids Res. Sep 28;33(17):5640-6. Anthony-Cahill, S. J. & Magliery, T. J. (2002) Expanding the Natural Repertoire of Protein Structure and Function. Current Pharmaceutical Biotechnology 3, 299-315 299.

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Para conseguir la adicin de nuevos aminocidos es necesario especificar el lugar que ocupan en la estructura de la protena. Para ello, se ha de disear un cdigo gentico que incorpore las bases nucleotdicas sintticas en el lugar apropiado del ADN bacteriano. El principal obstculo radica en que no existe una secuencia de bases que codifique para un aminocido que no est presente en la naturaleza. Uno de los mtodos empleados para expandir el cdigo gentico consiste en la utilizacin de un codn de terminacin como cdigo gentico para la sntesis de un nuevo aminocido. En la naturaleza existen algunos ejemplos de organismos que no utilizan alguno de los codones de terminacin para finalizar la traduccin sino que en lugar de ello incorporan un aminocido. Por ejemplo, el procariota Micoplasma capricolum lee el codn de terminacin UGG como triptfano en vez de como una seal de terminacin. La estrategia de la Biologa Sinttica consiste en modificar unas enzimas clave en el proceso de traduccin, las ARN sintetasas, de tal forma que permitan la unin de aminocidos con modificaciones estructurales a otras molculas intermediarias de la transcripcin, los ARN de transferencia o ARNt. Estos ARNt portadores de aminocidos modificados no reconocern un codn de terminacin como una seal que implica el fin de la traduccin sino que por el contrario aadirn a la cadena de aminocidos el nuevo aminocido modificado, consiguiendo, de esta forma, sintetizar protenas novedosas. Esta estrategia puede fracasar si el aminocido se incorpora en un lugar destinado a detener la transcripcin. Sin embargo, algunos autores sealan que la bacteria E. coli raramente emplea el codn elegido como seal de terminacin23.

Otra estrategia encaminada a la Expansin del Cdigo Gentico se sita al nivel del ADN y consiste en la modificacin de las bases nucleotdicas existentes, como por ejemplo la adicin de anillos de benceno o el agrandamiento de la doble hlice. Las nuevas bases sintetizadas no solo han de acoplarse perfectamente a la doble hlice de ADN, sino que deben emparejarse nicamente con su base complementaria, para asegurar que la replicacin del ADN sea correcta. Varios grupos de investigacin han conseguido producir protenas con un aminocido no natural a partir de un ADN artificial (ADNx). Por el momento, estos experimentos tan slo han sido posibles in vitro debido a la dificultad que supone emplear enzimas24 naturales para la replicacin de ADN artificial, siendo sta la causa principal de la mortalidad de los microorganismos que contienen este tipo de ADN. Sin embargo, algunos grupos de investigacin aseguran haber conseguido la replicacin in vitro de ADN artificial25. Uno de los ejemplos ms caractersticos de esta tecnologa son las bases nucleotdicas artificiales desarrolladas en el laboratorio de Benner, que poseen una aplicacin clnica en tests de anlisis de secuencias de ADN, comercializados por la empresa EraGen Biosciences con una tecnologa bajo el nombre de Aegis26. Una estrategia complementaria consistira en la modificacin de la estructura de las enzimas polimerasas para conseguir que se produzca la replicacin del ADN artificial. La ingeniera de estas enzimas todava se encuentra en desarrollo, y se centran principalmente en tcnicas de mutagnesis dirigida27.

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25

26

27

Xie, J., & Schultz, P. G. (2005). Adding amino acids to the genetic repertoire. Curr Opin Chem Biol. Dec;9(6):548-54. Xie, J., Schultz, P. G. (2005). An expanding genetic code. 2005 Jul;36(3):227-38. Las enzimas naturales encargadas de llevar a cabo el proceso de sntesis del ADN son las ADN polimerasas. Estas enzimas reconocen una cadena de ADN ya partir de ella son capaces de sintetizar una nueva hebra de ADN. Pollack, A. (2001). Scientists Are Starting to Add Letters to Lifes Alphabet, NY Times. July 24 (http://online.sfsu.edu/~rone/GEessays/DNAaltlife.html). Tecnologa Aegis: An Expanded Genetic Information System. EraGen Biosciences, (http://www.eragen.com/diagnostics/technology.html). Benner, S. A. (2004). Redesigning genetics. Science, vol. 306, 22:625-626.

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La empresa EraGen ha desarrollado una serie de test de cuantificacin de VIH y hepatitis B y C basados en ADN artificial y comercializados por Bayer28, cuya aplicacin principal radica en la monitorizacin de la enfermedad mediante la cuantificacin de la presencia del ARN viral en el plasma de los pacientes. La plataforma MultiCodePLx29 de EraGen es un sistema de determinacin genotpica con alta capacidad de procesado de muestras que busca simultneamente mutaciones predeterminadas. Se trata de un test gentico que permite analizar anomalas en el genoma del paciente, utilizando una base nucleotdica no presente en la naturaleza, la 2-deoxiisoguanosina. Otro tipo de patologas como la Fibrosis Qustica, o el Sndrome Agudo Respiratorio Severo (SARS) podran beneficiarse de esta tecnologa en forma de tests que ya se encuentran en fase preclnica30.

Fig. 3. Molcula de ADN normal (izq.) y ADNx (dcha.). Fuente: Gibbs, W. W. (2004). Synthetic life. Scientific American, April, 74-81.

2.2. Circuitos genticos

Los investigadores F. Jacob y J. Monod del Instituto Pasteur describieron el primer circuito gentico hace mas de 40 aos31, consistente en un conjunto de genes que participan en la digestin de la lactosa en la bacteria E. coli. Un gen regulador denominado represor se encuentra normalmente encendido, manteniendo el metabolismo de la digestin de la lactosa inactivo. Cuando la lactosa est presente en el medio, la bacteria apaga el represor. La Biologa Sinttica tiene tambin como objetivo el diseo de bacterias que se comporten como ordenadores en miniatura, y que por tanto puedan ser programables. Los circuitos genticos formados por genes y sus reguladores se comportan de forma equivalente a circuitos electrnicos realizando operaciones Booleanas o lgicas32.

Tipos de operadores lgicos empleados en circuitos genticos: Operador NOT: emisin de una seal de salida dbil cuando se recibe una seal de entrada fuerte y viceversa. Operador AND: emisin de una seal de salida elevada cuando se recibe una seal elevada de entrada. Operador NAND (NOT+AND): este sistema puede recibir dos seales de entrada y emite una de salida, la seal de salida se emitir siempre que no se produzcan a la vez las dos seales de entrada.

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32

VERSANT HIV-1/HCV/HBV RNA 3.0 Assay (bDNA) (http://www.labnews.de/en/products/pr _ assay.php). Plataforma Multicode , Eragen Biosciences - Bayer (http://www.diagnostics.bayerconosur.com/novedades/ver _ novedad.asp?id=75). Benner, S. A. (2004). Redesigning genetics. Science, vol. 306, 22:625-626. Willson, C., et al. (1964). Non-inducible mutants of the. regulator gene in the lactose system of Escherichia coli. J. Mol. Biol. 8: 582-592. Operadores lgicos o bolanos: operadores que relacionan datos binarios (cierto=1, falso =0) o de texto, con operaciones similares a las operaciones algebraicas. Un dato o una variable son booleanos si slo tienen dos posibles valores lgicos, normalmente verdadero o falso. Los operadores booleanos (AND, OR, NOT, EQV, XOR, ...) son aquellos que permiten realizar operaciones entre valores de este tipo.

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Tendencias

En concreto, los circuitos genticos se describen mediante diagramas semejantes a los que se emplean en los circuitos elctricos, con nodos que representan a determinados genes y flechas que indican otros genes a los que regulan los primeros33.

Eventos bioqumicos

ARNm input ARNm output

Protena input

Gen

Gen

Seal lgica

Fig. 4. Operadores genticos bsicos (unidades de un circuito gentico). La concentracin de un ARNm particular representa una seal lgica. En el primer caso, el ARNm que funciona como seal de entrada o input est ausente, por lo que la clula transcribe el gen a un ARNm de salida o output. En la segunda situacin, el ARNm input est presente, por lo que ste es traducido a una protena intput, que se une especficamente al promotor del gen e impide la sntesis del ARN output. Fuente: Weiss, R., et al., (2003). Genetic circuit building blocks for cellular computation, communications, and signal processing. Natural computing, Vol.2, 1: 47-84.

Un ejemplo de circuito gentico sencillo, que ha conseguido introducirse en E. coli, estara formado por tres operadores lgicos NOT o invertidores correspondientes con tres genes diferentes. Un cuarto gen indicador se activa en presencia de la protena codificada por el gen 3, dando lugar a una seal fluorescente. Las clulas o microorganismos que posean este circuito gentico tendrn la propiedad de emitir destellos consecutivos.

La activacin de estos genes oscila entre los estados de encendido y apagado a medida que la seal se propaga por el circuito, produciendo a su vez oscilaciones peridicas en la concentracin de las protenas que codifican. La arquitectura de estos circuitos es cclica y en ellos cada gen inhibe al siguiente y es inhibido por el anterior, razn por la cual a este tipo de circuitos se les denomina osciladores34.

33 34

Feber, D. (2004). Synthetic Biology: Microbes Made to Order. Science, Vol. 303, Issue 5655, 158-161. Los sistemas oscilatorios se utilizan en ingeniera de control de sistemas como relojes para sincronizar comportamientos. Muchos organismos multicelulares utilizan relojes celulares para coordinar el comportamiento de sus clulas durante el ciclo da-noche (ritmo circadiano) o para coordinar la actividad de la clula en el ciclo celular.

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BIOLOGA SINTTICA

150 min. Protena (output) Gen 1

ON OFF Gen 2 Gen 3 ON Protena fluorescente

Protena (output)

Regin reguladora

200 min. Gen invertidor OF Protena input = 1 Protena output = 0 Salida de informacin Gen 1 Gen 2 Gen 3

ON Protena input = 0 Protena output = 1

Gen fluorescente

Fig. 5. Operador NOT (invertidor) y ejemplo de un circuito gentico compuesto por tres invertidores. Fuente: Gibbs, W. W. (2004). Synthetic life. Scientific American, April, 74-81.

Este tipo de circuitos genticos ha sido diseado por investigadores del Instituto Tecnolgico de California (Caltech) y la Universidad Rockefeller de Nueva York, quienes construyeron un reloj gentico que han denominado repressilator35. Estudiantes de la divisin de ingeniera biolgica del Instituto Tecnolgico de Massachussets (MIT)36 han diseado otro tipo de sistemas semejantes a este oscilador capaces de emitir destellos con mayor frecuencia, o de conseguir que este comportamiento se realice de forma sincronizada, llamando a este sistema synchronator37. Posteriormente, cientficos de la Universidad de California Davis y la Universidad de Michigan, redisearon algunos circuitos genticos ya conocidos para elaborar un oscilador con menos ruido de fondo, ya que en la prctica las bacterias

emiten sus destellos a diferentes intervalos de frecuencia y el destello no se produce de forma simultnea38. Estas modificaciones permitieron disear un oscilador que tambin funcionaba como un interruptor gentico, posibilitando el apagado del circuito. Esta caracterstica es de gran relevancia ya que pone de manifiesto la necesidad de controlar el comportamiento de los circuitos genticos. Otros desarrollos similares realizados por investigadores del instituto de Ciencias Weizmann de Israel, permitieron disear un circuito que una vez introducido en la bacteria, permite activar genes de forma muy lenta e inactivarlos de forma muy rpida, recibiendo el nombre de bucle de retroalimentacin negativa. Esta propiedad es esencial para filtrar el ruido molecular en las clulas y activar los genes tan slo cuando sea necesario39.

35 36 37 38

39

Elowitz , M. B. & Leibler, S. (2000). A synthetic oscillatory network of transcriptional regulators. Nature 403:335-8. Biological Engineering Division, MIT (http://web.mit.edu/be/index.htm). Feber, D. (2004). Synthetic Biology: Microbes Made to Order. Science, Vol. 303, Issue 5655, 158-161. Atkinson, M. R., et al. (2003). Development of genetic circuitry exhibiting toggle switch or oscillatory behavior in Escherichia coli. Cell., 30;113(5):597-607 Managan, S., et al. (2003). The coherent feedforward loop serves as a sign-sensitive delay element in transcription networks, J. Mol. Biol., 334:197-204.

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Tendencias

En el MIT tambin se est trabajando en la programacin de clulas por medio de seales qumicas o luminosas, que seran detectadas por las bacterias que han sido diseadas mediante Biologa Sinttica. Idealmente, las clulas que han sido sometidas a reingeniera podran comunicarse unas con otras, permitiendo su

actuacin de forma coordinada o simultnea. Para conseguir este objetivo, estn diseando bacterias como E. coli con protenas quorum-sensing 40, que permitiran emitir y recibir seales cuando la concentracin de un compuesto llegara a un determinado nivel41.

Qu es un BioBrick? El trmino BioBrick fue acuado por la divisin de ingeniera biolgica del MIT para definir la unidad modular bsica de ADN que realiza una funcin simple. Un BioBrick es por tanto un fragmento de ADN que codifica para una parte gentica o biolgica y que, a su vez, puede ser empalmado con cualquier otro BioBrick para formar un mdulo complejo. Cada BioBrick codifica para un elemento funcional conocido, que puede ser un promotor o terminador que d lugar al comienzo y terminacin de la transcripcin respectivamente, ARN antisentido que bloquee la expresin gnica, lugares de unin al ribosoma que estimulen a las clulas a traducir el ARNm a protenas, o genes indicadores. La principal ventaja de los BioBricks es que permiten el diseo de sistemas genticos sin necesidad de conocer a priori cual ser el funcionamiento exacto del sistema. Por tanto, sera posible modificar el comportamiento de un sistema biolgico por medio de la sustitucin de diferentes partes genticas intercambiables. De esta forma ya se han identificado ms de 1.800 de estas partes genticas por el MIT, de las cuales 212 estn siendo sintetizadas o ensambladas. Esta informacin se encuentra depositada en una base de datos pblica del MIT denominada Registry of Standard Biological Parts42.

1.

E X

S P

E X

S P

Fragmentacin de 2 partes genticas

Corte en E y S

Corte en E y X

2.

E X

E X

S P

Mezcla y unin de las 2 partes producidas tras los cortes en puntos especficos

3.

E X

M=X+S

S P
Nueva parte gentica

Fig. 6. Ejemplo de construccin de partes genticas estandarizadas (BioBricks). Fuente: Addressable bacterial communication. Berkeley Engineering Deans Society (http://www.coe.berkeley.edu/giving/deans _ society/2005/IGEM.pdf).

40

41 42

Quorum Sensing o percepcin de quorum: mecanismo regulador descrito en ciertas bacterias, cuya seal desencadenante depende de que stas alcancen en su medio una densidad celular umbral. Feber, D. (2004). Synthetic Biology: Microbes Made to Order. Science, Vol. 303, Issue 5655, 158-161 Registry of Standard Biological Parts, MIT (http://parts.mit.edu).

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BIOLOGA SINTTICA

2.3 Genoma mnimo

Para lograr construir microorganismos artificiales es necesario un requisito previo, identificar la configuracin mnima de genes necesarios para permitir a las clulas artificiales replicarse de manera autnoma, es decir, su genoma mnimo terico. Estos hasta ahora hipotticos microorganismos podran derivarse de microorganismos naturales con una mnima coleccin de genes (microorganismos mnimos) o podran ser generados de un modo totalmente sinttico usando un grupo de genes esenciales (microorganismos sintticos). Como estos organismos poseeran un metabolismo relativamente simple y estaran totalmente caracterizados, proporcionaran unas excelentes posibilidades para ser usados como organismos de produccin simples y eficientes que puedan ser modificados y reprogramados fcilmente con fines de produccin en biotecnologa industrial43. El proceso necesario para identificar el genoma mnimo de los microorganismos sintticos se puede realizar por diversos mtodos, que van desde la identificacin de genes esenciales por mutagnesis hasta el anlisis de homologa de secuencias gnicas mediante herramientas bioinformticas. Una tercera alternativa consiste en el estudio de sistemas biolgicos que, de forma natural, han experimentado una reduccin de su material gentico. Esta es la aproximacin realizada por varios grupos de investigacin espaoles (Centro de Astrobiologa, Centro Nacional de Biotecnologa, Universidad Complutense y Universidad de Valencia) y que consisti en la secuenciacin del genoma de la bacteria endosimbionte Buchnera aphidicola44. Directamente emparentada con E. coli, Buchnera ha sufrido una evolucin por reduccin de su

material gentico hasta llegar a un nmero de genes, pudiera ser el mnimo, casi ocho veces inferior al de E. coli 45. Recientemente cientficos del Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biologa Evolutiva de la Universidad de Valencia han fijado en 416 pares de bases y 362 genes codificadores de protenas el genoma de Buchnera46. Este conjunto de genes sera capaz de soportar las funciones vitales de una bacteria extremadamente sencilla. A finales del ao 2004 el Instituto de Energas Biolgicas Alternativas (IBEA) perteneciente al Instituto J. Craig Venter, anunci que haban diseado el bacterifago (virus que infecta a bacterias) X174 en el laboratorio en tan slo dos semanas. Este virus sinttico contiene el mismo nmero de pares de bases de ADN que su equivalente natural y posee la misma actividad47. Para conseguir su objetivo, ensamblaron fragmentos de ADN de 5 o 6 Kb partiendo de un conjunto de oligonucletidos sintticos. Este grupo liderado por el cientfico Craig Venter, se ha dedicado los ltimos aos a la identificacin del genoma mnimo necesario para la supervivencia de la bacteria Mycoplasma genitalium. Siguiendo una estrategia que consista en realizar mutaciones aleatorias de un solo gen en diferentes bacterias, concluyeron que en Mycoplasma genitalium existan alrededor de 300 genes esenciales para la vida de la bacteria. Aunque actualmente la sntesis de un cromosoma es posible, an no se sabe si es posible insertar un cromosoma en una clula y conseguir la transformacin de los sistemas operativas de la clula. Por su parte, investigadores de la divisin de ingeniera biolgica del Instituto Tecnolgico de Massachussets (MIT) han puesto en marcha un proyecto consistente en el rediseo del genoma del bacterifago T748.

43

44 45

46 47

48

Desarrollo de una Agenda de Investigacin Estratgica (AIE) para la Biotecnologa Industrial. Plataforma Tecnolgica Espaola de Qumica Sostenible. Agenda de Investigacin Estratgica. Subplataforma de Biotecnologa Industrial. Borrador (13/06/2005). Van Ham, et al., Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola. Proc Natl Acad Sci USA. 100: 581-6. (2003). Gil, et al. (2004). Determination fo the Core of a Minimal Bacterial Gene Set. Microbiology and Molecular Biology Reviews 68: 518-537. Latorre, et al. (2006). A Small Microbial Genome: The End of a Long Symbiotic Relationship? Science, 314 (5797): 312-313. Venter, J. C., et al. (2003). Generating a synthetic genome by whole genome assembly: X174 bacteriophage from synthetic oligonucleotides. PNAS 100: 15440-15445. Endy, et al. (2005). Refactoring bacteriophage T7 Molecular systems biology.

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Tendencias

2.4. Evolucin dirigida

El diseo de circuitos genticos se realizaba en sus comienzos por medio de estrategias combinatorias en las cuales los componentes individuales del circuito se ensamblaban in vitro, y posteriormente se introducan en una clula para observar su comportamiento. Esta estrategia ha sido utilizada con xito en la creacin de circuitos genticos simples, aunque no es adecuada como tcnica de screening o cribado a gran escala49. Un mtodo alternativo que no necesita de un conocimiento previo acerca de los detalles de la funcin del circuito es la evolucin dirigida. Este es un proceso que se aprovecha de la habilidad

de las clulas para sobrevivir frente a una presin selectiva. Una de las tcnicas que emplea esta estrategia es el denominado DNA shuffling o molecular breeding 50. El DNA shuffling consiste en la recombinacin de mltiples secuencias de ADN para crear libreras de genes quimricos. Los genes quimricos posteriormente se insertan en vectores de expresin y se transfieren a una clula husped, con el objetivo de seleccionar aquellas secuencias quimricas que posean las caractersticas deseadas. La principal ventaja de esta tcnica radica en que permite disear circuitos complejos que posean mltiples interacciones entre s. Esta estrategia ha sido empleada en el diseo de redes sintticas a partir de mutaciones conocidas, que posteriormente se mejoran mediante evolucin dirigida51.

Diseo de enzimas no presentes en la naturaleza

ON N 2-3

Diseo de circuitos genticos

OFF ON

OFF ON OFF C

Evolucin dirigida Diseo de nuevas rutas metablicas

Fig. 7. Aplicaciones de las tcnicas de evolucin dirigida en Biologa Sinttica. Fuente: elaboracin propia.

49 50 51

William, J. Blake y Farren, J. Isaacs (2004). Synthetic biology evolves. Trends in biotechnology, 22: 321-324. Stemmer, W. P. C. (1994). Rapid evolution of a protein in vitro by DNA shuffling. Nature 370, 389-391. Frances, H. Arnold (2002). Directed evolution of a genetic circuit. PNAS, 99: 16587-16591.

20

BIOLOGA SINTTICA

Otro tipo de estrategias basadas en la evolucin dirigida emplean tcnicas de mutagnesis dirigida para conseguir que los microorganismos desarrollen la funcin deseada. La combinacin de este conjunto de estrategias ha permitido la construccin de libreras que posibilitan el diseo de partes biolgicas que previamente eran incompatibles, dando lugar a un circuito gentico funcional52.

Mutagnesis A)

Recombinacin B)

Mutacin

Librera (diversidad)

Transformacin de microorganismos con la librera Gen con mutacin de inters

Transferencia de las colonias a placas

Screening o cribado Fig. 8. Evolucin dirigida. Fuente: Instituto de Catlisis y Petroleoqumica (CSIC), Grupo de Biocatlisis Aplicada (http://www.icp.csic.es/abg/web _ esp/lineas _ investigacion/linesofresearch3.2.htm).

La empresa de biotecnologa Diversa posee una tecnologa denominada DirectEvolution. A travs de esta tecnologa modifican genes y protenas mediante evolucin dirigida, con el objeto de identificar nuevas enzimas con propiedades valiosas para distintos sectores industriales53. En el caso de la compaa Codexis, han desarrollado una plataforma de evolucin dirigida similar que recibe el nombre de MolecularBreeding54.

52 53 54

Feber, D. (2004). Synthetic Biology: Microbes Made to Order. Science, Vol 303, Issue 5655, 158-161. DirectEvolution, Diversa (http://www.diversa.com/techplat/innobiod/direevol.asp). MolecularBreeding, Codexis, (http://www.codexis.com).

21

Tendencias

2.5. Ingeniera gentica in silico

Hasta la fecha, se ha conseguido disear circuitos genticos simples empleando diversas estrategias in vivo tales como la expansin del cdigo gentico, la evolucin dirigida o la identificacin y sntesis de genomas mnimos. Sin embargo, el principal factor limitante de estas estrategias radica en la imposibilidad de predecir el comportamiento de un circuito en su medio natural. La verdadera Biologa Sinttica tiene como objetivo la construccin de modelos que puedan predecir de forma precisa cmo se comportara este circuito gentico en el interior de las clulas55. Las clulas estn sujetas a cambios constantes que incluyen estrs del medio y mutaciones genticas que afectan a su habilidad para crecer y propagarse. Las simulaciones realizadas mediante Ingeniera Gentica in silico, deben tener en cuenta este tipo de circunstancias para dotar de realismo a los modelos que se creen. Las simulaciones por ordenador son una herramienta bsica de la Biologa Sinttica, siempre y cuando mantengan los principios de estandarizacin de los componentes del modelo y optimizacin de los circuitos diseados. Una forma de realizar predicciones teniendo en cuenta las variaciones que alteran al medio celular, ha sido llevada a cabo por un grupo de

investigacin perteneciente al Laboratorio de Fsica Estadstica de la cole Normale Suprieure en Pars. Este grupo ha descrito un procedimiento que reproduce in silico la principal fuerza que dirige el diseo de redes genticas in vivo, la evolucin56. Los algoritmos creados por este grupo imitan la respuesta de las poblaciones de clulas frente a las presiones de la evolucin por medio de redes de propagacin basadas en la seleccin de determinados comportamientos57. Esta estrategia comienza con una coleccin de genes y protenas acompaadas por una serie de ecuaciones que describen sus interacciones, y que posteriormente sufren fases alternativas de crecimiento mutacional y seleccin para dar lugar a redes con funciones especficas. Este proceso de evolucin se repite hasta que las redes deseadas son creadas. Otra estrategia es la que llevaron a cabo investigadores de la Universidad de Boston. Ellos emplearon un mtodo matemtico con el objetivo de monitorizar las partes que componen un circuito gentico. Este algoritmo permitira a su vez predecir qu puntos de la red son bloqueados por frmacos dainos para el ADN. De esta forma, las compaas farmacuticas podran adaptar este mtodo para estudiar si sus frmacos candidatos afectan partes de la clula que estn relacionados con la diana teraputica58.

Gen

Seleccin in silico

Protenas Reacciones bioqumicas Coleccin de redes Mdulos genticos funcionales

Fig. 9. Redes genticas descritas mediante evolucin in silico. Fuente: Blake, W. J. & Isaacs, F. J. (2004). Synthetic biology evolves. TRENDS in Biotechnology. Vol. 22, n 7: 321-324.

55 56

57 58

Feber, D. (2004). Synthetic Biology: Microbes Made to Order. Science, 303: 158-161. Paul Franois y Vicent Hakim (2003). Design of genetic networks with specified functions by evolution in silico. PNAS, 101: 580-585. Blake, W. J. & Isaacs, F. J. (2004). Synthetic biology evolves. TRENDS in Biotechnology. 22: 321-324 Gardner, T. S., et al. (2003). Inferring Genetic Networks and Identifying Compound Mode of Action via Expression Profiling. Science Jul 4:102-105.

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BIOLOGA SINTTICA

Actualmente la estrategia combinatoria parece ser la ms adecuada para simplificar la tarea de construccin de circuitos artificiales. Para ello, los componentes aislados se ensamblan in vitro y las redes resultantes se insertan en una

clula en la que se pueda identificar el comportamiento del circuito. Este mtodo requiere el empleo de tcnicas de cribado a gran escala para la construccin de redes ms complejas.

Evolucin in silico

Adicin, retirada, o mutacin de componentes e interacciones

Seleccin

Librera de mdulos que muestran las funciones deseadas

Ensamblaje de componentes e insercin en las clulas

Seleccin

Mdulo con las caractersticas deseadas

Evolucin in vivo

Conseguir el desarrollo de modelos que cumplan los principios de estandarizacin y optimizacin propios de la Biologa Sinttica, son el objeto de trabajo de diferentes grupos de investigacin integrados dentro del proyecto estadounidense BioSpice59. El principal propsito de este proyecto consiste en desarrollar un software para el diseo de nuevos sistemas vivos a partir de una librera o coleccin de partes genticas estndar

intercambiables entre s y con funciones especficas60. Por otra parte, el grupo de investigacin de Biologa computacional y estructural del Laboratorio Europeo de Biologa Molecular ha diseado un software al que han bautizado como SmartCell para simular redes de genes y protenas que tienen en cuenta el espacio celular y FoldX, software de diseo automtico de protenas con utilidad para el diseo de frmacos61.

59 60

61

Consorcio BioSpice (https://biospice.org/index.php). Pescovitz, D. Engineering Life. Lab Notes, Public Affairs Office of the UC Berkeley College of Engineering (http://www.coe.berkeley.edu/labnotes/0604/arkin.html). EMBL, Synthetic Biology Group (http://www-db.embl.de/jss/EmblGroupsOrg/g _ 54?sP=1).

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Tendencias

3. Aplicaciones de la Biologa Sinttica

El siguiente apartado consiste en una descripcin de las principales aplicaciones de la Biologa Sinttica, demostrando que esta joven disciplina se encuentra activa en numerosos sectores que van desde la industria qumica y farmacutica, hasta sectores relacionados con el medio ambiente, nuevos materiales y energas renovables.

3.1.b. Medicina personalizada

La Biologa Sinttica permitir obtener un conocimiento ms amplio de la complejidad de las enfermedades y, por tanto, ser posible desarrollar frmacos a la carta o personalizados. Esto se realizar gracias a las tecnologas propias de la Biologa Sinttica como son la creacin de circuitos genticos y la ingeniera gentica in silico. Mediante estas tecnologas se podrn crear modelos tanto tericos como experimentales que permitirn probar la respuesta o efectos secundarios de un frmaco frente a los distintos modelos diseados en el laboratorio. Como consecuencia, los frmacos del futuro estarn ajustados a las necesidades del paciente en su formulacin, dosis, cintica de liberacin, y patrn de glicosilacin. Uno de los campos de la Biologa Sinttica es la construccin de clulas o compartimentos celulares artificiales que serviran como fbricas para la sntesis de molculas biolgicas62. En el VI Programa Marco y dentro de los proyectos que forman parte de la iniciativa NEST-PATHFINDER, se ha establecido el proyecto NEONUCLEI. Uno de los objetivos de este proyecto es generar anlogos sintticos de ncleos celulares que contendrn un genoma sinttico. Con ello se podra resolver el problema que supone para la industria farmacutica actual el desarrollo de un sistema de produccin de millones de biomolculas complejas diferentes, ya que las clulas artificiales podrn llevar a cabo diversas rutas biosintticas ajustndose a las necesidades de produccin.

3.1. Biomedicina
La medicina ser una de las reas que ms se beneficiar de los avances en Biologa Sinttica, en concreto las reas sobre las que la nueva disciplina tendr una mayor repercusin sern el desarrollo de frmacos inteligentes, la medicina personalizada, la terapia gnica, la reparacin y regeneracin de tejidos, la reprogramacin celular y la sntesis in vivo de frmacos.

3.1.a. Frmacos inteligentes

La Biologa Sinttica permitir el desarrollo de frmacos inteligentes, que slo son activos cuando se producen las circunstancias fisiolgicas que requieren su administracin. Un frmaco inteligente est compuesto por una envuelta sinttica que contiene una molcula diagnstica capaz de detectar indicadores patolgicos y tomar la decisin de activar o no la liberacin del frmaco. La administracin de este tipo de frmacos ha de ser sencilla y slo debe activarse cuando el paciente desarrolle la enfermedad. Un ejemplo de esta tecnologa puede ser el diseo de microorganismos que detecten cambios en la concentracin de hormonas, y como respuesta den lugar a la secrecin de compuestos qumicos o biolgicos. Esta estrategia requiere del desarrollo de materiales de encapsulacin as como de enzimas que produzcan la liberacin del frmaco.

62

Synthetic Biology Applying Engineering to Biology. Report of a High-Level Group. Comisin Europea 2005.

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BIOLOGA SINTTICA

3.1.c. Terapia gnica

Una de las aplicaciones de la Biologa Sinttica consiste en el diseo y modificacin de virus para transportar genes a tejidos concretos y conseguir la recombinacin e integracin de los mismos de forma eficiente en el genoma del paciente. Esta aplicacin constituira un gran empuje para la terapia gnica, que, tras sus prometedores comienzos, no ha conseguido superar una de sus grandes barreras, la capacidad de llevar el transgn a la clula diana, sobre todo para el tratamiento del cncer. Adems de virus, tambin es posible el diseo de circuitos biolgicos que detecten cambios fisiolgicos anormales en las clulas y den lugar a una respuesta basada en la recombinacin del gen anormal con su homlogo normal. Tanto los virus como los circuitos biolgicos sintticos pueden ser empleados para reconocer y eliminar clulas anormales, siendo el cncer la aplicacin ms inmediata.

3.1.e. Reprogramacin celular

Las clulas madre pueden ser modificadas por medio de estrategias de Biologa Sinttica de modo que adquieran nuevas propiedades y posteriormente sean introducidas en pacientes para, por ejemplo, revertir una patologa. Esta terapia podra ser de utilidad en la reprogramacin del sistema inmune con el objeto de combatir enfermedades infecciosas. La regeneracin de rganos por medio de estrategias de reprogramacin celular es otra de las aplicaciones potenciales en biomedicina, proceso comn en otros vertebrados como las salamandras o tritones.

3.1.f. Sntesis in vivo de frmacos

La industria qumica y farmacutica se beneficiar de los avances en Biologa Sinttica debido a la capacidad de sta para modificar o disear microorganismos sintticos, los cuales produciran frmacos cuya fabricacin actual se basa en la extraccin a partir de fuentes naturales muy limitadas o costosos procesos de sntesis qumica. Las estrategias empleadas pueden ser de dos tipos: Nuevas rutas metablicas que permitan la sntesis y produccin a gran escala de nuevos compuestos en bacterias: el ejemplo ms relevante lo encontramos en el trabajo desarrollado en el Lawrence Berkeley National Laboratory de California, que ha reconstruido en la bacteria E. coli el circuito gentico encargado de la sntesis del precursor de la artemisina, un frmaco contra la malaria, de tal forma que se pueda producir dicho frmaco eficientemente a un coste asequible64. Actualmente, la compaa suiza Novartis comercializa el frmaco antimalrico Coartem, basado en un derivado de la artemisina. Debido a que el coste de produccin de este medicamento es muy elevado, y a que los tratamientos con cloroquina empleados hasta ahora muestran cada vez menor efectividad, se hace imprescindible buscar una solucin alternativa. La produccin de artemisina mediante Biologa Sinttica se pretende conseguir por medio de la introduccin

3.1.d. Reparacin y regeneracin de tejidos

Esta aplicacin se basa en el diseo de sistemas moleculares formados por sensores capaces de reconocer la existencia de daos en determinados tejidos, unido a un grupo de enzimas capaces de reparar el dao. Ejemplos potenciales podran ser la regeneracin endotelial de los vasos sanguneos en lesiones vasculares y la reparacin tisular a travs de la regeneracin de la matriz de colgeno. Un ejemplo de la actividad investigadora en este campo ha sido la fabricacin de un sistema multicelular sinttico, constituido por bacterias E. coli en las que se integr un circuito de genes. Los genes proporcionaron a las bacterias la capacidad de responder de forma distinta y controlada en funcin a un estmulo qumico determinado que reciban de su entorno, como un gradiente o variacin de concentracin de una determinada protena63. La integracin de este tipo de sistemas en organismos superiores tendra aplicaciones prcticas en el diseo o creacin de tejidos en tres dimensiones as como en la fabricacin de biomateriales y biosensores.

63 64

Basu, S., et al. (2005). A synthetic multicellular system or programmed pattern formation, Nature 434: 1130-1134. Martin, V., et al. (2003). Engineering a mevalonate pathway in Escherichia coli for production of terpenoids. Nature Biotechnology. 21: 796-802. Herrera, S. (2005). Synthetic biology offers alternative pathways to natural products. Nature Biotechnology, 23, 3:270-271.

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Tendencias

de 3 a 5 genes en E. coli, que representan aproximadamente la mitad de los genes necesarios para producir la artemisina en la planta. Los productos de estos genes formarn en el interior de la bacteria los precursores de la artemisina, que sern purificados para posteriormente producir la protena final mediante sntesis qumica. Como resultado, el frmaco podra obtenerse de forma eficiente en das o semanas en vez de aos, ya que mediante la purificacin a partir de la planta es necesario esperar a que esta complete su ciclo de desarrollo.

La importancia de esta tcnica no reside exclusivamente en la capacidad de sintetizar artemisina, ya que gracias a la construccin de este circuito gentico se espera poder producir otros compuestos de la misma familia qumica a la que pertenece la artemisina65, los denominados terpenoides. Dentro de ellos se encuentran sustancias anticancergenas como el taxol o el irufloveno que se obtienen de diferentes plantas en cantidades muy pequeas. En teora, las tcnicas de Biologa Sinttica podran emplearse para disear clulas especializadas que sintetizaran cualquier tipo de compuesto de forma eficiente.

Produccin tradicional de artemisina

Produccin de artemisina mediante Biologa Sinttica

3 pasos E. coli

Extraccin natural y fermentacin microbiana Fig. 11. Produccin del frmaco antimalrico artemisina mediante tcnicas de Biologa Sinttica. Fuente: Engineering microbes for the production of anti-malarial drugs. Berkeley Engineering Deans Society (http://www.coe.berkeley.edu/giving/deans _ society/2005/malaria.pdf).

Diseo de organismos con el cdigo gentico expandido mediante la adicin de nuevas bases al ADN, que aumentaran la versatilidad de los microorganismos, y seran capaces de expresar protenas con propiedades catalticas mejoradas o novedosas. Estos microorganismos podran ser empleados en la sntesis de diversos productos de inters qumico y farmacutico. Esta tcnica ya se emple con xito en el ao 2000 por un grupo de investigacin del Instituto de Tecnologa de California, quienes consiguieron disear unas bacterias que producan protenas con las caractersticas antiadherentes del tefln, que podran ser utilizadas en la produccin de vasos sanguneos artificiales66.

65

66

Engineering a mevalonate pathway in Escherichia coli for production of terpenoids. Martin, V., et al. (2003) Nature Biotechnoly 21: 796-802. Pollack, A. (2001). Scientists Are Starting to Add Letters to Lifes Alphabet , NY Times. July 24 (http://online.sfsu.edu/~rone/GEessays/DNAaltlife.html).

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BIOLOGA SINTTICA

Tipos de frmacos que podran desarrollarse mediante tecnologas de expansin del cdigo gentico: Frmacos basados en cidos nucleicos: El ejemplo ms inmediato son las terapias basadas en ARN interferente o antisentido, y aptmeros67, que sufren problemas de estabilidad qumica y limitada versatilidad como consecuencia de su estructura y la carga negativa propia de los nucletidos que los constituyen. Las estrategias de expansin del cdigo gentico proporcionaran las herramientas necesarias para conseguir la sntesis a gran escala de cidos nucleicos ms estables y verstiles como agentes teraputicos. Los cidos nucleicos tambin pueden ser empleados como componentes en la sntesis de nanoestructuras basadas en cidos nucleicos tales como nanosensores o interruptores genticos. Frmacos basados en protenas: Los organismos con un cdigo gentico expandido poseen aminocidos extra que pueden ser incorporados a protenas de la misma forma que los aminocidos naturales. Como resultado, se obtendran protenas que al estar formadas por aminocidos no naturales poseen caractersticas nuevas. Esta estrategia sera de gran utilidad en la sntesis de anticuerpos monoclonales empleados en diversas patologas como el linfoma, ya que son medicamentos demasiado caros de producir y requieren de la administracin repetida en los pacientes. La Biologa Sinttica hara posible la sntesis a gran escala de protenas formadas por aminocidos no naturales con una vida media superior, reduciendo por tanto el coste del tratamiento y el nmero de administraciones a cada paciente. BORs (Bio-orthogonal reporters): Consisten en molculas modificadas que poseen un grupo qumico que puede incorporarse a biomolculas de seres vivos sin alterar la qumica de la clula, permitiendo el marcaje y deteccin de biomolculas. Esta tcnica se ha empleado para el marcaje de protenas y azcares en clulas y seres vivos como el ratn. El inters de esta estrategia radica en que la incorporacin de BORs a biomolculas relacionadas con determinados estados celulares como ciertas patologas cancergenas, permitira su deteccin con gran sensibilidad y podra realizarse una terapia especfica, dirigida frente a las clulas afectadas. Por tanto, la aplicacin de esta tecnologa se centra en una sensibilidad y resolucin mayor que las tcnicas de deteccin actuales (RMN y tcnicas de radioimagen), as como la deteccin e imagen de determinados cambios intracelulares. Por otro lado, la incorporacin de BORs en biomolculas del interior celular proporcionar una nueva herramienta de investigacin en biologa celular y fisiologa, ya que permitir el estudio en tiempo real de la sntesis, localizacin, interaccin y degradacin de protenas y cidos nucleicos en una clula o tejido.

3.2. Medio ambiente

Las expectativas puestas en la ingeniera gentica como herramienta para la remediacin in situ de problemas medioambientales no se han visto cumplidas. Actualmente, la Biologa Sinttica se presenta como la evolucin lgica y racional de la ingeniera gentica en cuanto a sus aplicaciones medioambientales. En esta nueva era de la biotecnologa medioambiental, las investigaciones se estn dirigiendo hacia el diseo de sistemas complejos y el rediseo de componentes biolgicos inspirados en circuitos electrnicos 68.

Biorremediacin 69: el empleo de bacterias y hongos modificados como herramientas para eliminar compuestos txicos en el suelo se utiliza desde hace tiempo. Los avances en la biologa de estos microorganismos y su relacin con los ecosistemas permitir emplear la Biologa Sinttica para disear organismos ms eficientes en la descontaminacin de ecosistemas. En el campo de la biorremediacin se est trabajando en el uso de E. coli y Pseudomonas aeruginosa para la degradacin de los derivados del petrleo, as como para la acumulacin de metales pesados y compuestos radiactivos en sus paredes celulares.

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68

69

Aptmeros: nucletidos artificiales capaces de reconocer y unirse a molculas especficas debido a su particular estructura terciaria. Cases, De Lorenzo (2005). Genetically modified organisms for the environment: stories of success and failure and what we have learned from them. International Microbiology, 8:213-222. Biorremediacin: empleo de microorganismos para suprimir o detoxificar productos qumicos txicos o indeseables en un hbitat.

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Tendencias

Explotacin de reservas mineras de baja calidad: por medio del diseo de microorganismos capaces de extraer minerales de inters presentes incluso en bajas concentraciones, debido a la sobreexplotacin de la mina o a la baja calidad de la misma. Seguridad de organismos transgnicos: la insercin de cidos nucleicos no naturales en secuencias transgnicas proporcionara un mecanismo de control de estos organismos, ya que su presencia dependera exclusivamente del aporte de precursores de cidos nucleicos no naturales, los cuales no se encuentran en la naturaleza. Biosensores: dispositivos compactos de anlisis que se componen de un elemento capaz de reconocer e interaccionar con sustancias o microorganismos de inters, y de un sistema electrnico que permite procesar la seal producida por esta interaccin70. Investigadores de la Universidad de Durham han diseado un algoritmo que permite dirigir protenas biosensoras naturales a cualquier compuesto qumico deseado71. De esta forma, ha sido posible disear una protena de E. coli de unin a azcares para que se una al explosivo TNT; a un metabolito denominado lactato

(indicador metablico asociado a la presencia de determinados cnceres); o a la serotonina (un compuesto necesario para la comunicacin entre las clulas nerviosas, que est asociado a la presencia de desrdenes psiquitricos y tumores intestinales). Los investigadores, en primer lugar, partiendo de una protena con una secuencia de aminocidos conocida y mediante una aproximacin computacional, obtuvieron la secuencia de aminocidos de la protena de E. coli que constituan los sitios de unin a los diferentes ligandos. A continuacin formularon un total de 17 modelos tericos que incluan las variaciones en la secuencia de aminocidos obtenidos mediante el algoritmo computacional necesarios para modificar la especificidad de la protena. Finalmente, los investigadores incluyeron la protena rediseada en un circuito gentico y la introdujeron en una bacteria, con el objeto de conseguir que esta cambiase de color cuando entrara en contacto con su diana qumica. Es decir, la bacteria con la protena rediseada era capaz de emitir una respuesta concreta (emisin de fluorescencia), como consecuencia de la exposicin a un ligando determinado, como el TNT. Biosensores microbianos similares podran emplearse en la deteccin de minas terrestres y contaminantes medioambientales, o bien para ser usados como mtodos de diagnstico clnico72.

Partes genticas

Bacterias sintticas

Circuito gentico

TNT

Cromosoma bacteriano Fig. 12. Funcionamiento de un Biosensor de TNT. Fuente: Gibbs, W.W. (2004). Synthetic life. Scientific American, April, 74-81.

Mina terrestre

70

71

72

Aplicaciones de Biosensores en la Industria agroalimentaria. Informe de Vigilancia Tecnolgica. Fundacin para el conocimiento Madri+d CEIM, Madrid 2005. Looger, L. L., et al. (2003). Computational design of receptor and sensor proteins with novel functions. Nature, May 8 423(6936):185-90. Feber, D. (2004). Synthetic Biology: Microbes Made to Order. Science, Vol 303, Issue 5655, 158-161.

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BIOLOGA SINTTICA

3.3. Energa
Como consecuencia de la escasez de reservas fsiles, la bsqueda de fuentes de energa alternativas se est convirtiendo en una prioridad. En este contexto, dos tecnologas estn atrayendo la atencin de las autoridades pblicas y del sector privado: la produccin de hidrgeno como fuente de energa y las pilas de combustible. En la actualidad, prcticamente el 95% del hidrgeno que se produce se hace a partir de combustibles fsiles73. La produccin del hidrgeno a partir de la materia primaria (hidrocarburos o agua) necesita de importantes cantidades de energa. La investigacin actual se centra en el posible empleo de energas renovables, tales como la descomposicin del hidrgeno del agua a partir de energa fotovoltaica, elica, hidrulica o geotrmica. La Biologa Sinttica ser una de las claves para el diseo de nuevas rutas bioqumicas que permitan la conversin de la Biomasa74 en fuentes de energa. La produccin de bioenerga mediante microorganismos sintticos se encuentra en sus primeras etapas de desarrollo. Se trata de una aplicacin realista de la Biologa Sinttica pero que para su desarrollo necesita de una mayor evolucin en las tecnologas en las que se basa. En primer lugar, es necesario identificar el nmero de genes mnimos e indispensables para la vida, para posteriormente redisear rutas metablicas novedosas encaminadas a la produccin de energa. Existen tres campos de investigacin principales en cuanto a produccin de bioenerga mediante Biologa Sinttica, la produccin de hidrgeno o etanol, la conversin eficiente de residuos en energa y la conversin de energa solar en hidrgeno.

Uno de los grupos de investigacin ms relevantes en esta aplicacin de la Biologa Sinttica se encuentra en el Instituto J. Craig Venter75. En este centro de investigacin se trabaja en la actualidad en la creacin de microorganismos nuevos a partir de la sntesis del nmero mnimo de genes indispensable para la vida, con el objetivo de disear bacterias genticamente programadas para degradar dixido de carbono y otras sustancias txicas para el medio ambiente. Por otra parte, estn diseando microorganismos que sean mucho ms eficaces que las variedades conocidas para convertir luz solar y materia biolgica en energa. Mediante estos dos proyectos podran llegar a conseguir disear un microorganismo sinttico capaz de producir energa y, al mismo tiempo, mejorar el Medio Ambiente. Otro de sus proyectos tiene como objetivo la recoleccin de microorganismos marinos procedentes de todo el planeta. Con este proyecto pretenden encontrar miles de nuevos microorganismos y millones de secuencias genticas desconocidas, actualmente han encontrado ya 782 genes de fotorreceptores y 50.000 genes nuevos para el procesamiento del hidrgeno. En el Laboratorio de Biologa Sinttica de la Universidad de Berkeley estn trabajando en el diseo de nuevos organismos capaces de producir hidrgeno a partir de la fermentacin de la celulosa presente en la biomasa, empleando por tanto un recurso primario renovable76. Uno de los objetivos de este grupo de investigacin consiste en introducir nuevos elementos en la maquinaria molecular de microorganismos, como por ejemplo Bacillus subtilis, para que de esta forma sean capaces de recuperar la energa que se encuentra almacenada en la celulosa y transformarla en hidrgeno. De esta forma se conseguira recuperar de forma eficiente la energa qumica almacenada en la celulosa, y transformarla en otras fuentes de energa.

73

74

75 76

La energa del hidrgeno y las pilas de combustible. Tecnociencia, febrero de 2005 (http://www.tecnociencia.es/especiales/hidrogeno/obtencion.htm). Biomasa: conjunto de la materia orgnica originada por los seres vivos y los productos procedentes de su transformacin inmediata que pueden ser utilizados para la produccin de energa. J. Craig Venter Institute (http://www.venterinstitute.org). Laboratorio de Biologa Sinttica de la Universidad de Berkeley (http://pbd.lbl.gov/synthbio/).

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Tendencias

Iniciativas para el desarrollo de tecnologas basadas en el hidrgeno como fuente de energa Departamento de Energa de Estados Unidos (DOE) 77: 1.700 millones de euros de presupuesto. A finales de 2001 pusieron en marcha el Programa de Genomas Microbianos y el proyecto de Clulas microbianas cuyo objetivo es un amplio repertorio de funciones microbianas tiles para aplicaciones relacionadas con la produccin de energa, medio ambiente, salud y procesos industriales. El listado completo de dichos microorganismos se encuentra en el anexo IV del presente informe. Unin Europea: dentro del VI Programa Marco este tipo de iniciativas han recibido un presupuesto de 275 millones de euros. En el ao 2000 se constituy el Grupo de Alto Nivel sobre Hidrgeno y Pilas de Combustible, que se fija como principal objetivo alcanzar la cuota del cinco por ciento en combustibles de hidrgeno en el transporte para el ao 2020. En Espaa, el Plan Nacional de I+D+I 2004-2007 tambin incluye apartados especficos para el desarrollo de este tipo de tecnologas78.

RESUMEN DE LAS PRINCIPALES TECNOLOGAS DE PRODUCCIN DE HIDRGENO

Tecnologa Electrolisis: descomposicin de agua utilizando la electricidad. Ventajas Disponible comercialmente. Hidrgeno de gran pureza. Posibilidad de producir H2 por medio de electricidad renovable. Hidrgeno de bajo coste a partir de gas natural. Oportunidades para combinar con la fijacin de CO2 a gran escala. Limitaciones

Competencia con el uso directo de la electricidad renovable.

Reformado: descomposicin de hidrocarburos con calor y vapor.

Las unidades a pequea escala no son rentables comercialmente. El hidrgeno contiene algunas impurezas. Emisiones de CO2. Costes adicionales de la fijacin de CO2. Las unidades pequeas son muy escasas. La gasificacin de la biomasa se encuentra en fase experimental. Competencia con los combustibles sintticos derivados de la biomasa.

Gasificacin: descomposicin de hidrocarburos pesados y biomasa en hidrgeno y gases para reformado.

Puede utilizarse para combustibles slidos y lquidos. Posibles sinergias con combustibles sintticos derivados de la biomasa. Produccin potencialmente a gran escala y sin emisin de gases invernadero. Colaboracin internacional (EEUU, Europa, Japn) sobre investigacin, desarrollo y despliegue.

Ciclos termoqumicos: utilizan el calor barato de alta temperatura procedente de la energa nuclear o solar concentrada.

Falta investigacin y desarrollo no comerciales sobre el proceso. Se precisa implantacin del reactor nuclear de alta temperatura (HTR).

Produccin biolgica: las algas y bacterias producen directamente hidrgeno en determinadas condiciones.

Recurso de gran potencial.

Ritmo de produccin de hidrgeno lento. Se necesitan grandes superficies. No se han encontrado todava organismos apropiados. Se encuentra en fase experimental.

Biologa Sinttica: produccin de hidrgeno o etanol, conversin eficiente de residuos en energa y/o conversin de energa solar en hidrgeno mediante microorganismos sintticos.

Recurso de gran potencial. Produccin compatible con biorremediacin. Produccin de energa limpia. Bajo coste una vez desarrollada la tecnologa.

Tecnologa en fase inicial de desarrollo.

Tabla 3. Resumen de las principales tecnologas de produccin de hidrgeno. Fuente: adaptado de La energa del hidrgeno y las pilas de combustible. Comisin Europea.

77 78

Departamento de Energa de Estados Unidos (DOE) http://www.energy.gov/index.htm. Pilas de combustible de hidrgeno. Tecnociencia, febrero 2005 (http://www.tecnociencia.es/especiales/hidrogeno/introduccion.htm).

30

BIOLOGA SINTTICA

3.4. Nuevos Biomateriales

Existen diversos mecanismos a travs de los cuales protenas, virus u organismos modificados mediante estrategias de Biologa Sinttica pueden aplicarse en procesos de desarrollo de nuevos biomateriales. Los biomateriales son materiales farmacolgicamente inertes, utilizados para ser incorporados o implantados dentro de un sistema vivo para reemplazar o restaurar alguna funcin permaneciendo en contacto permanente o intermitente con fluidos corporales. Mediante las tecnologas propias de la Biologa Sinttica, ser posible disear o modificar clulas y microorganismos para que sean capaces de sintetizar polipptidos constituidos por

aminocidos no naturales que posean propiedades interesantes. Entre las nuevas propiedades se encontraran la capacidad de entrecruzamiento o el reconocimiento de molculas (til para la unin de materiales entre s). Uno de los retos de la nanotecnologa y de la ingeniera de biomateriales es conseguir alcanzar un mayor grado de control en la manipulacin de los nanomateriales. La Biologa Sinttica proporciona herramientas para conseguir este control. Las protenas motoras de la clula se pueden programar para transportar nanopartculas a una localizacin concreta, y el ADN se ha empleado como molde para el ensamblaje de objetos de escala nanomtrica sobre su superficie.

Fig. 13. Nanopartculas organizadas en diversas estructuras semejantes a las encontradas en la clula (fase lamelar, micelas tubulares, bicapas). Fuente: elaboracin propia.

Las reas relacionadas con nuevos materiales que se vern ms beneficiadas por el desarrollo de la Biologa Sinttica sern: (i) los materiales biomdicos, (ii) los sensores, (iii) los materiales para la conversin de energa (iv) los microelectrnica y tecnologa de la informacin y (v) los composites79.

3.5 Procesos industriales

Las enzimas son protenas que actan de la misma forma que los catalizadores inorgnicos utilizados en la industria qumica pero a diferencia de estos, las enzimas poseen una gran especificidad. Las reas de aplicacin de las enzimas en procesos industriales son la industria alimentaria, piensos animales y sectores tcnicos relacionados con la industria textil, cuero, alcohol combustible, papelera y detergentes.

79

Synthetic Biology Applying Engineering to Biology. Report of a NEST High-Level Expert Group. UE 2005.

31

Tendencias

Biologa sinttica aplicada a los procesos industriales

Enzimas industriales desarrolladas mediante Biologa Sinttica

Industria alimentaria

Piensos animales

Sectores tcnicos

Ejemplos: Industria panadera. Industria lctea. Industria cervecera.

Ejemplos: Harinas crnicas. Harinas de pescado.

Ejemplos: Lavado y tratamiento de textiles. Industria de detergentes. Industria alcohlica.

Fig. 14. Aplicaciones de la Biologa Sinttica en Procesos Industriales. Fuente: elaboracin propia.

Las tcnicas de ingeniera gentica han permitido producir cada vez ms enzimas a nivel comercial. En la actualidad, cuando se identifica una enzima interesante en un microorganismo, el material gentico que codifica su estructura puede transferirse a un microorganismo husped apropiado. Sin embargo, incluso si se consigue identificar la enzima adecuada, no siempre es posible producirla a escala industrial ya que los rendimientos suelen ser demasiado bajos80. Mediante la Biologa Sinttica sera posible no slo acelerar el proceso de descubrimiento e identificacin de nuevos biocatalizadores, sino la sntesis de nuevas enzimas con propiedades mejoradas o novedosas para diversos procesos industriales. En los ltimos aos se ha perfeccionado una tcnica que ha supuesto un gran avance en la industria

enzimtica, denominada evolucin dirigida, que se describe con detalle en anteriores apartados del presente informe. En biotecnologa industrial son necesarias enzimas con unas caractersticas muy especficas, que no siempre tienen de forma natural, por ejemplo que sean estables y activas durante largos perodos de tiempo, que presenten actividad en solventes no acuosos y capaces de aceptar diferentes substratos que no se encuentran en la naturaleza de forma natural81. Las tcnicas de evolucin dirigida han sido de gran utilidad a la hora de sintetizar numerosas enzimas con propiedades concretas como las mencionadas anteriormente. La aparicin de esta tecnologa supuso el nacimiento de diferentes compaas que incluyen la evolucin dirigida en su oferta tecnolgica, lo que ha supuesto un gran impulso para la biotecnologa industrial.

80 81

A dnde van las enzimas? Novonordisk, Marzo n1, 1999. Laboratorio de Frances H. Arnold, Instituto de Tecnologa de California http://www.che.caltech.edu/groups/fha/index.html.

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BIOLOGA SINTTICA

EMPRESAS CON TECNOLOGAS PROPIAS DE EVOLUCIN DIRIGIDA

Empresa Tecnologas Acuerdos DSM N.V, Medarex Inc., Givaudan Flavors Corp, Finnfeeds International, Dow Custom & Fine Chemicals, DuPont, GlaxoSmithKline, Invitrogen Corporation, Syngenta (Novartis) Agribusiness Biotechnology Research Inc, Zymetrics DuPont, Lilly, Teva Pharmaceutical Industries Ltd, Roche, InterMune, Inc., Nektar Therapeutics Pfizer, Lilly, Bristol-Meyers Squibb , Sandoz, Teva, Matrix, Shasun, DSM, Cargill Dow, Novozymes, PfizerDoramectin Lilly Danisco, Novozymes, BMBF, Evotec OAI, Solvent Innovation GmbH

Diversa

Gene Site Saturation Mutagenesis Tunable GeneReassemblyTM DiverseLibrariesSM PathwayLibraries

TM

Maxygen

MolecularBreedingTM directed evolution

Codexis

MolecularBreedingTM Directed Molecular Evolution by DNA suffling

Applied Molecular Evolution Inc. Direvo biotech

AMEsystem

RCR

Tabla. 4. Empresas con tecnologas propias de Evolucin dirigida. Fuente: elaboracin propia.

Otras tecnologas propias de la Biologa Sinttica, como la expansin del cdigo gentico o el desarrollo de microorganismos con genomas mnimos podran en un futuro ser aplicables a la evolucin dirigida de enzimas. Los nuevos organismos artificiales poseeran un conjunto de genes que codificaran para protenas que tendran las caractersticas deseadas82. La Biologa Sinttica permitir el diseo de enzimas con mayor especificidad y actividad. Recientemente, cientficos de la Universidad de California en Berkeley han conseguido construir nuevas variantes de la enzima denominada terpeno sintasa83, cada una de las cuales es capaz de sintetizar diferentes compuestos. Para ello utilizaron de forma combinada tcnicas de evolucin dirigida y un modelo matemtico que les ha llevado a conseguir el diseo racional de nuevas actividades enzimticas, hasta ahora no presentes en la naturaleza.

Segn un estudio publicado por Business Communications Co., en el ao 2004 el mercado global de las enzimas industriales est estimado en 2.000 millones de dlares, con unas perspectivas de crecimiento de un 3,3% de Tasa Media Anual de Crecimiento para el 2009. Por tanto, la aplicacin de nuevas tcnicas de produccin de enzimas industriales mediante tcnicas de Biologa Sinttica es un campo que en la actualidad despierta gran inters debido a su importancia econmica.

82 83

Desarrollo de una Agenda de Investigacin Estratgica (AIE) para la Biotecnologa Industrial. Designed divergent evolution of enzyme function. Jay D. Keasling et. al. Nature, Feb 2006.

33

Tendencias

4. Situacin actual de la investigacin en Biologa Sinttica

Existe una clara diferencia entre el estado de la tcnica de la Biologa Sinttica en Estados Unidos y el resto del mundo, pero cada vez son ms los grupos que desarrollan lneas de investigacin en este campo de la ciencia. El nmero de publicaciones es un buen indicador de la situacin de la investigacin en Biologa Sinttica. Al realizar una bsqueda utilizando como palabra clave Biologa Sinttica en la base de datos de publicaciones cientficas Pubmed84, se observan un total de 51 artculos cientficos publicados entre enero del ao 2000 y diciembre de 2005. Si se compara este nmero de artculos con los 6.528 artculos de Ingeniera Gentica que se han publicado en el mismo perodo de tiempo, podemos hacernos una idea del estado inicial en que se encuentra la investigacin en Biologa Sinttica. En los ltimos dos aos, se puede observar un marcado crecimiento en el nmero de publicaciones. Para realizar la bsqueda de publicaciones se emplearon las siguientes palabras clave: Biologa Sinttica, Genoma mnimo, Circuito gentico, ADN artificial, Computacin biolgica e Ingeniera metablica. Los trminos que muestran entradas ms antiguas son ADN artificial y computacin biolgica, mientras que el trmino Biologa Sinttica no presenta entradas hasta el ao 2002, ao en el que slo aparece una referencia a Biologa Sinttica en la base de datos.

180

160

140

120

100 N de publicaciones

80

60

30
Biologa sinttica Genoma mnimo Circuito gentico DNA artificial

25

20

DNA computing Ingeniera metablica

15

10

0 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 Ao Fig. 15. Evolucin de las publicaciones relacionadas con Biologa Sinttica. Fuente: elaboracin propia a partir de datos publicados en PubMed.

84

Pubmed, base de datos de publicaciones cientficas http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed.

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BIOLOGA SINTTICA

4.1 Estados Unidos

Los investigadores del LBNL (Lawrence Berkeley National Laboratory) de California establecieron el primer departamento de Biologa Sinttica del mundo en junio del 200485. Hasta la fecha, el proyecto ms relevante para la industria en el campo de la Biologa Sinttica ha sido la financiacin de este grupo de investigacin con 42,6 millones de dlares por parte de la Fundacin Bill y Melinda Gates, con el objeto de producir el frmaco antimalrico artemisina.

En esas mismas fechas, tuvo lugar el primer encuentro internacional en Biologa Sinttica en el Instituto Tecnolgico de Massachussets (MIT)86, cuya segunda edicin se celebr en mayo del ao 2006. La empresa californiana Amyris y el Institute for OneWorld Health tambin forman parte de este proyecto. Hasta el momento, la ingeniera metablica tan solo ha sido empleada con xito en la produccin de microorganismos experimentales con aplicaciones en la degradacin de plsticos, pero no para la obtencin de frmacos87.

Grupos de investigacin relevantes estadounidenses en Biologa Sinttica: Instituto J. Craig Venter88: en este centro de investigacin se estn desarrollando varios proyectos dirigidos a la construccin de un microorganismo artificial con nuevas capacidades que permitan, por ejemplo, la degradacin de emisiones de gases contaminantes y reducir la concentracin de dixido de carbono de la atmsfera, disminuyendo as el efecto invernadero, o que las bacterias generen hidrgeno en cantidades suficientes como para suponer una fuente de energa alternativa. Universidad de Princetown, Departamento de Ingeniera elctrica89 y Biologa molecular 90: realizan trabajos centrados en el diseo de redes genticas sintticas para comprender los mecanismos que controlan la expresin gnica y las comunicaciones intercelulares. Instituto de Tecnologa de Massachussets, Departamento de Ingeniera biolgica91: est estudiando el genoma de el bacterifago T7, resintetizando y rediseando el virus. Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL), laboratorio de Biologa92: han introducido una red de genes de levadura y gusano en E. coli. Este circuito permite a la bacteria sintetizar un precursor de la artemisina. Universidad de Duke, Departamento de Bioqumica93: rediseo de protenas naturales sensoras en E. coli, de forma que pudieran dirigirse frente al TNT u otros compuestos de inters en vez de sus dianas normales.

85 86

87 88 89 90 91 92 93

Physical Biosciences Division, Synthetic Biology. Berkeley Lab, UC Berkeley (http://www.lbl.gov/synthbio). Synthetic Biology 1.0, The First International Meeting on Synthetic Biology. Cambridge, June 10-12, 2004 (http://web.mit.edu/synbio/release/conference/). Herrera, S. (2005). Synthetic biology offers alternative pathways to natural products. Nature Biotechnology, 23, 3:270-271. Instituto J. Craig Venter (http://www.venterinstitute.org). Universidad de Princetown, Dpto. de Ingeniera elctrica http://www.ee.princeton.edu/people/Weiss.php. Universidad de Princetown, Dpto. Biologa molecular http://www.molbio.princeton.edu/research _ facultymember.php?id=62. Instituto de Tecnologa de Massachussets, Departamento de Ingeniera biolgica http://web.mit.edu/be/index.htm. Lawrence National Laboratory (LBNL), laboratorio de Biologa http://www.lbl.gov/pbd/synthbio/default.htm. Universidad de Duke, Departamento de Bioqumica http://www.biochem.duke.edu/Hellinga/hellinga.html.

35

Tendencias

4.2. Europa y Espaa

En lo referente a Europa, el programa europeo NEST94 (Ciencias y Tecnologas Nuevas y Emergentes) se puso en marcha durante el VI Programa Marco hace 2 aos. A diferencia del resto de iniciativas del VI Programa Marco, NEST se caracteriza porque sus prioridades de investigacin no se determinaron al principio del VI Programa Marco. Su presupuesto (215M) se reserva para campos nuevos y emergentes que ofrezcan un potencial real, y que se siten fuera de las reas

temticas financiadas por el resto de apartados del VI Programa Marco. El programa financia tres tipos de acciones (lneas de accin): ADVENTURE para proyectos de investigacin en campos emergentes del conocimiento; INSIGHT para proyectos que evalan nuevos descubrimientos y fenmenos que pueden presentar riesgos para la sociedad; y PATHFINDER para acciones a gran escala en campos emergentes de la ciencia que puedan resultar primordiales. Dentro de la lnea de accin PATHFINDER existen diferentes iniciativas siendo una de ellas la Biologa Sinttica.

PROYECTOS DE BIOLOGA SINTTICA FINANCIADOS EN LA PRIMERA CONVOCATORIA NEST - PATHFINDER

Proyecto NETSENSOR95 Diseo racional de redes genticas capaces de detectar y corregir errores en vas de sealizacin celular. Coordinacin Socios Duracin y Financiacin

Alemania: Laboratorio Europeo de Biologa Molecular (EMBL) Alemania.

Francia: Cellectis. Alemania: Escuela de Medicina de Hannover. Espaa: Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas. Suecia: Universidad de Lund, Universidad de Tecnologa de Chalmers. Portugal: Universidad de Coimbra. Alemania: Universidad LudwigMaximilians. Austria: Eucodis. Repblica Checa: Academia de Ciencias de la Repblica Checa. Francia: Instituto Francs para la Salud y la Investigacin Mdica. Alemania: Universidad de Gttingen. Alemania: Universidad de Stuttgart. Dinamarca: Universidad Tcnica de Dinamarca. Espaa: Centro Nacional de Biotecnologa. Alemania: Atg Biosynthetics Gmbh. Grecia: Center for Economic Research and Environmental Strategy. Estados Unidos: Universidad de Maryland.

36 meses 1.989.840

NEONUCLEI96 Creacin de anlogos sintticos de ncleos celulares.

Reino Unido: Universidad de Southampton.

48 meses 2.464.667

HYLIB97 Produccin de anticuerpos monoclonales a partir de libreras de hibridomas. EUROBIOSYN98 Sntesis de azcares complejos a escala comercial. SYNBIOLOGY99 Anlisis de la investigacin en Biologa Sinttica en Europa y Amrica del Norte.

Alemania: Centro Alemn de Investigacin del Cncer.

48 meses 3.585.820

Suiza: Instituto Federal Suizo de Tecnologa de Zurich.

36 meses 2.742.200

Portugal: Sociedad Portuguesa de Innovacin.

226.200

Tabla 5. Proyectos de Biologa Sinttica aprobados en la primera convocatoia NEST - PATHFINDER Fuente: Iniciativas PATHFINDER 2005/2006 (http://www.cordis.lu/nest/path _ 2005-2006.htm#bio).

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95 96 97 98 99

NEST: New and Emerging Science and Technology (http://europa.eu.int/comm/research/fp6/nest/index _ en.html) (ftp://ftp.cordis.lu/pub/nest/docs/synthetic _ biology.pdf). NETSENSOR: Design and engineering of gene networks to respond to alterations in signal transduction pathways. NEONUCLEI: Self-assembly of synthetic nuclei: key modules for semibiotic chemosynthetic systems. HYLIB: Human monoclonal antibodies from a library of hybridomas. EUROBIOSYN: A modular platform for biosynthesis of complex molecules. http://www.atg-biosynthetics.com/nest-project.html.

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BIOLOGA SINTTICA

De los pases participantes en esta primera convocatoria, Alemania se sita a la cabeza, ya que participa en todos y coordina dos de los cuatro proyectos vigentes. Tanto en NETSENSOR como EUROBIOSYN existe participacin espaola por parte del Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas (CNIO) y el Centro Nacional de Biotecnologa (CNB-CSIC) respectivamente. Dentro de los proyectos NEST-PATHFINDER en fase de negociacin, en el ao 2006, cabe destacar el proyecto BioModularH2, (Engineered Modular Bacterial Photoproduction of Hydrogen). Este proyecto pretende el diseo mediante procedimientos de ingeniera de una bacteria fotosinttica para la produccin de hidrgeno (siguiendo una metodologa sistemtica y multidisciplinar que utiliza los conceptos de partes, circuitos y sistemas). El proyecto est coordinado por la cole Polytechnique de Francia y en ella participan investigadores de la Universidad Politcnica de Valencia pertencientes al Grupo de Modelizacin Interdisciplinar InterTech100. Un segundo proyecto NEST-PATHFINDER en fase de negociacin consiste en la accin complementaria SynBioComm, que pretende crear una Comunidad de investigadores en Biologa

Sinttica y atraer a ingenieros con el fin de formar grupos interdisciplinares. Enmarcada en esta accin tambin se pretende organizar en febrero de 2007 el primer Congreso Europeo en Biologa Sinttica101 y patrocinar la participacin de grupos multidisciplinares de estudiantes europeos en la Competicin de Verano en Biologa Sinttica, promocionada anualmente por el Instituto de Tecnologa de Massachussets. La iniciativa recibe el nombre de iGEM (international Genetically Engineered Machine competition) y, en ella, cada uno de los equipos participantes se propone el objetivo de disear un circuito gentico con una funcin interesante, crear un modelo matemtico y comprobar su funcionamiento e implementarlo experimentalmente en el laboratorio. Este ao participar por primera vez un equipo espaol, siendo adems de los pocos grupos europeos registrados en el concurso. Dicho equipo aglutina estudiantes de diferentes especialidades, tanto de la Universidad Politcnica de Valencia como de la Universitat de Valncia, y est coordinado por un grupo multidisciplinar de profesores entre los que se encuentran Pedro Fernndez de Crdoba, Javier Urchuegua y Alfonso Jaramillo de la UPV y Albert Ferrando y Jess Salgado de la Universidad de Valencia102.

Proyectos en fase de negociacin dentro de la convocatoria PATHFINDER: NANOMOT - (Synthetic Biomimetic Nanoengines). Diseo de partes biolgicas para su integracin en nanomquinas moleculares. ORTHOSOME - (An orthogonal episome). Sistema gentico artificial basado en un tipo nuevo de cidos nucleicos. PROBACTYS - (Programmable Bacterial Catalysts). Desarrollo de un catalizador programable de origen bacteriano. SynBioComm - Hacia una Comunidad de Biologa Sinttica.

Tabla 6. Proyectos de Biologa Sinttica en fase de negociacin Fuente: Iniciativas PATHFINDER 2005/2006 (http://www.cordis.lu/nest/path _ 2005-2006.htm#bio).

100 101 102

Grupo de Modelizacin Interdisciplinar InterTech, Universidad Politcnica de Valencia (www.intertech.upv.es). http://www.syntheticbiology.ethz.ch/conf _ 2007/index. iGEM, international Genetically Engineered Machine competition (http://parts.mit.edu/igem). Grupo de Modelizacin Interdisciplinar InterTech, Universidad Politcnica de Valencia (www.intertech.upv.es).

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Tendencias

En el entorno del VI Programa Marco, pero fuera del programa NEST, se desarrolla tambin la actividad IST-FET donde se encuadra el proyecto PACE103 (Programmable Artificial Cell Evolution) cuyo objetivo es crear clulas artificiales a partir de sus componentes fundamentales. Con un presupuesto de 8 M, cuenta con la participacin de trece universidades europeas y a su vez forma parte de un consorcio internacional denominado ProtoCell104. Dentro de las Universidades europeas que participan en el proyecto PACE, Espaa participa con la Universidad Pompeu Fabra, en concreto el laboratorio de Sistemas Complejos del Instituto Municipal de Investigaciones Mdicas (IMIM)105. La misin fundamental del grupo se sita dentro del rea de las simulaciones y el desarrollo de modelos de dinmica y posible evolucin de las clulas sintticas que ellos denominan protoclulas. Para ello cuentan con la colaboracin del Centro de Supercomputacin de Barcelona106.

Por otra parte, varios grupos de investigacin espaoles pertenecientes al Centro de Astrobiologa, Centro Nacional de Biotecnologa, Universidad Complutense y Universidad de Valencia, han participado en un proyecto dedicado a la secuenciacin del genoma de la bacteria endosimbionte Buchnera aphidicola107, bacteria que presenta uno de los genomas bacterianos ms pequeos descritos hasta la fecha. Esta lnea de investigacin est siendo continuada por cientficos del Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biologa Evolutiva108 y su siguiente paso sera la construccin de una clula viva con capacidad de crecer y reproducirse109. El resto de grupos de investigacin espaoles que poseen proyectos relacionados con Biologa Sinttica se recogen en el Anexo I del presente informe.

6% Japn 9% Israel

27% Europa

58% Estados Unidos

Figura 16. Comparativa de grupos de investigacin en Biologa Sinttica. Fuente: Synthetic Biology Applying Engineering to Biology. Report of a NEST High-Level Expert Group. UE 2005.

103 104 105 106 107 108 109

Integrated Project PACE (http://134.147.93.66/bmcmyp/Data/PACE/Public). ProtoCell Website (http://www.protocell.org). PACE Complex Systems Lab Website (http://complex.upf.es/~ricard/PACEsite.html). Centro Nacional de Supercomputacin de Barcelona (http://www.bsc.org.es). Van Ham, et al. (2003). Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola. Proc Natl Acad Sci USA. 100: 581-6. Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biologa Evolutiva, (http://www.uv.es/~biodiver/c/inve/grup _ gen _ evolut.htm). Un estudio cifra en 206 el genoma mnimo de la vida. Diario EL PAIS 22 de septiembre de 2004.

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BIOLOGA SINTTICA

5. Modelo de negocio de empresas relacionadas con la Biologa Sinttica

Hasta la fecha, el modelo empresarial que se corresponde con las empresas de Biologa Sinttica, se basa en colaboraciones con otras entidades para el desarrollo de productos ya existentes, o bien servicios personalizados de sntesis de genes y contratos de fabricacin de dichos productos o frmacos. Existen dos modelos de negocio diferenciados. Por una parte existen empresas que comercializan plataformas tecnolgicas relacionadas con Biologa Sinttica, y por otro lado aquellas empresas que comercializan productos diseados a partir de sus propias tecnologas. En ambos casos es comn la firma de acuerdos y colaboraciones entre empresas, centros de investigacin y otras entidades. Un ejemplo del primer modelo de negocio es la empresa Blue Heron Biotechnology que comercializa la plataforma GeneMaker para la sntesis de genes, o la empresa Metabolic Explorer que ha licenciado el uso de sus plataformas tecnolgicas a empresas como Degussa y Biogemma para la produccin del aminocido L-metionina mediante nuevas rutas de sntesis. La sntesis de ADN es el campo relacionado con la Biologa Sinttica que tiene un mayor volumen de negocio, debido a la reduccin en el coste de la sntesis de nucletidos de los ltimos aos. En cuanto a ejemplos de compaas que utilizan sus propias plataformas tecnolgicas para el desarrollo de sus productos, Amyris Biotechnologies en colaboracin con la Fundacin Bill & Melinda Gates, el Instituto for OneWorld Health y la Universidad de Berkeley, pretende poner en marcha la produccin industrial del frmaco antimalrico artemisina. Otro ejemplo es la empresa Codon Devices que ha desarrollado la plataforma BioFab para la sntesis gnica y que tienen por objetivo la produccin de frmacos y vacunas mediante Biologa Sinttica o Synthtetic genomics que pretenden producir nuevos combustibles, fundamentalmente hidrgeno, mediante microorganismos sintticos. Las empresas Metabolic Explorer y Bio-Technical Resources comercializan L-Metionina y Glucosamina respectivamente, desarrolladas mediante tcnicas de Biologa Sinttica. Biotika es una empresa europea que usa su propia plataforma tecnolgica para el descubrimiento y produccin de nuevos agentes teraputicos. En el anexo II del presente informe se muestra un listado completo de empresas que desarrollan tecnologas relacionadas con la Biologa Sinttica.

PROYECTOS DE BIOLOGA SINTTICA DESARROLLADOS POR EMPRESAS

Empresa Amyris Biotechnologies Artemisina Producto Descripcin Frmaco antimalrico (comienzo de produccin industrial en el ao 2009). Aminocido empleado como suplemento alimentario en piensos animales. Aminocido empleado como suplemento alimentario en pacientes con artritis.

Metabolic Explorer

L-Metionina

Bio-Technical Resources

Glucosamina

Tabla 6. Proyectos de Biologa Sinttica desarrollados por empresas. Fuente: Herrera, S. (2005). Synthetic biology offers alternative pathways to natural products. Nature Biotechnology, 23, 3:270-271.

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Tendencias

6. Perspectivas futuras de la Biologa Sinttica

Tal y como demuestran recientes iniciativas europeas reflejadas en el presente informe, la creacin de una comunidad investigadora en Biologa Sinttica tiene una importancia estratgica para la UE. El futuro desarrollo de la Biologa Sinttica supondr un impacto para la biologa y la biotecnologa actual comparable al impacto que ha tenido la introduccin de la informtica en las distintas disciplinas cientficas. Por ello, Europa necesita anticiparse a este hecho, y desarrollar las infraestructuras necesarias para acoger a esta nueva disciplina. Con el objetivo de realizar una valoracin de las perspectivas de desarrollo de las diferentes tcnicas de Biologa Sinttica, se ha realizado una encuesta a expertos que desarrollan su actividad investigadora en campos relacionados con la Biologa Sinttica110 (las fichas elaboradas a partir de dichos cuestionarios se pueden consultar en el Anexo V del presente informe). Segn los expertos consultados, las aplicaciones de Biologa Sinttica con unas perspectivas de desarrollo ms inminentes son las relacionadas con el Medio Ambiente, mientras que la Biomedicina se presenta como la aplicacin con unas perspectivas de desarrollo a ms largo plazo, el resto de aplicaciones se encuentran en una situacin intermedia.

Medio Ambiente

Nuevos materiales

Procesos industriales

Energa

Biomedicina

Corto plazo 5 aos

Medio plazo 10 aos

Largo plazo 15 aos

Figura 17. Aplicaciones de Biologa Sinttica y perspectivas de desarrollo. Fuente: elaboracin propia.

6.1. Perspectivas de la Biologa Sinttica a corto plazo

Medio Ambiente es el campo de aplicacin de la Biologa Sinttica que los expertos han valorado con unas perspectivas de desarrollo ms cercanas en el tiempo y es la segunda aplicacin tras la Biomedicina, que ms expertos sitan entre sus reas de inters principal de la Biologa Sinttica. Las tcnicas de biosensores y biorremediacin se presentan como las actividades con unas posibilidades de desarrollo ms prximas,

situndolo para los prximos 5 aos. Es en este dato donde los expertos consultados muestran una mayor unanimidad, situando los biosensores como la aplicacin con un potencial de desarrollo ms inminente. El resto de aplicaciones de Biologa Sinttica que pertenecen al mbito del Medio Ambiente, tales como la seguridad de organismos transgnicos y la explotacin de reservas mineras de baja calidad, son situadas en un plazo de tiempo de 5 a 10 aos.

110

Encuesta realizada a 17 expertos que desarrollan su actividad investigadora en campos relacionados con la Biologa Sinttica, pertenecientes a centros pblicos de investigacin en el territorio espaol y europeo (anexo V).

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BIOLOGA SINTTICA

6.2. Perspectivas a medio plazo

La sntesis de nuevos materiales se ver beneficiada por la Biologa Sinttica en varios puntos, yendo desde los procesos de sntesis y organizacin, hasta la integracin de los componentes que formarn parte de estos nuevos materiales111. Los expertos consultados sitan el desarrollo de esta disciplina en un plazo de tiempo de 5 a 10 aos. Por aadidura, el desarrollo de nuevos materiales mediante tcnicas de Biologa Sinttica se encuentra estrechamente relacionado con otra disciplina con grandes perspectivas de desarrollo, la nanotecnologa. En cuanto a las aplicaciones de la Biologa Sinttica relacionadas con Procesos Industriales, la necesidad de disponer de enzimas con caractersticas ms especficas hace que este sea un campo con una gran actividad investigadora. Crear microorganismos capaces de producir enzimas con propiedades que no existen en la naturaleza supondr un gran impacto en la biotecnologa industrial debido al abanico de posibilidades que abrir en este sector. Por todo esto, las expectativas depositadas en la sntesis de enzimas con aplicaciones industriales mediante tcnicas de Biologa Sinttica, se sitan para los prximos 5 o 10 aos. Otra de las aplicaciones de la Biologa Sinttica cuyas expectativas de desarrollo se presentan a medio plazo, es la produccin de energa. El carcter limitado de los combustibles fsiles nos lleva a la bsqueda y desarrollo de energas alternativas ms respetuosas con el Medio Ambiente. La Biologa Sinttica es una de las claves para identificar estas nuevas fuentes de energa. Los expertos sitan el desarrollo de la produccin de Bioenerga mediante Biologa Sinttica para los prximos 10 aos. Gran parte del impulso que llevar al desarrollo de la produccin de Bioenerga mediante tcnicas de Biologa Sinttica, ser debido a los importantes grupos de investigacin que trabajan en este campo.

6.3. Perspectivas a largo plazo

El sector de la Biomedicina es el que ms investigadores sealan como rea de inters principal de la Biologa Sinttica. Segn dichos expertos, las aplicaciones de Biologa Sinttica que se engloban dentro de la Biomedicina, alcanzarn un mayor grado de desarrollo en un perodo de tiempo comprendido entre 10 y 15 aos, siendo la Terapia gnica y la Medicina Personalizada, las aplicaciones que ms tiempo tardarn en beneficiarse de los avances en Biologa Sinttica. La nica excepcin en este campo la constituye la Sntesis in vivo de frmacos, cuyo desarrollo es ubicado en los prximos 5 o 10 aos. La sntesis in vivo de frmacos es la aplicacin que ha aportado el mayor logro de la Biologa Sinttica hasta la fecha, la produccin del frmaco antimalrico artemisina.

111

Synthetic Biology Applying Engineering to Biology. Report of a NEST High-Level Expert Group EU 2005.

41

Tendencias

Perspectivas de las aplicaciones de la Biologa Sinttica medio ambiente Nuevos materiales Procesos industriales

Biosensores. Biorremediacin. Seguridad de organismos transgnicos.

Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestructuras.

Figura 18. Perspectivas de desarrollo de las diversas aplicaciones de la Biologa Sinttica. Fuente: elaboracin propia.

5 aos 10 aos 15 aos

5 aos

5 aos Piensos animales. Industria alimentaria, papelera y detergentes. Industria textil.

Explotacin de reservas mineras de baja calidad.

10 aos 15 aos Biomedicina Sntesis in vivo de frmacos. Frmacos inteligentes.

10 aos

Desarrollo de composites.

15 aos Energa

5 aos 10 aos 15 aos

5 aos

Reprogramacin celular. Regeneracin de tejidos.

10 aos

Produccin de Bioenerga.

Terapia gnica. Medicina personalizada.

15 aos

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BIOLOGA SINTTICA

7. Barreras de la Biologa Sinttica

La Biologa Sinttica se puede contemplar como la ingeniera de los sistemas biolgicos, por lo que algunos autores han sealado la necesidad de adoptar mtodos de trabajo propios de la ingeniera para facilitar el progreso de las investigaciones. Las cuatro ideas bsicas que parecen ms relevantes para conseguir una verdadera Ingeniera de Sistemas Biolgicos son la estandarizacin, el desacoplamiento, la abstraccin y la evolucin112.

Puntos clave para el desarrollo de la Biologa Sinttica Estandarizacin113: es necesario estandarizar las partes biolgicas para poder trabajar con mayor libertad. Se entiende por partes biolgicas no slo fragmentos de ADN, sino funciones biolgicas bsicas (por ejemplo la actividad de un promotor), medidas experimentales (como la concentracin de una protena) y las operaciones que un sistema pueda albergar (por ejemplo sus condiciones experimentales). Reparto de tareas: en Biologa Sinttica es necesario conseguir un reparto de tareas entre los procesos de diseo y fabricacin, que permitira por ejemplo que algunos grupos de investigacin se dedicaran a la sntesis de piezas tiles de ADN, mientras que otros se centraran en realizar construcciones con estas piezas, para lo cual cada grupo tan slo necesitara ser experto en su rea de desarrollo. Organizacin de Jerarquas: la informacin que describe las funciones biolgicas debe organizarse en base a diferentes niveles de complejidad usando jerarquas de abstraccin, cuya utilidad reside en su capacidad para albergar informacin y administrar la complejidad de los sistemas biolgicos. Diseo de dispositivos autoreplicativos: las mquinas que actualmente utilizamos como nuestros ordenadores o nuestros telfonos mviles no estn diseadas para reproducir por s mismas la prxima generacin de mquinas. Pero los sistemas biolgicos son capaces de autoreplicar su dotacin gentica. Sin embargo, al tener lugar este proceso se pueden producir errores. Para disear mquinas biolgicas es necesario que previamente seamos capaces de detectar y corregir estos errores que se producen durante la replicacin.

La valoracin de los expertos cuyos grupos de investigacin aparecen reflejados en el anexo V del presente informe, ha permitido elaborar un mapa de las principales necesidades y retos a los que se enfrenta la Biologa Sinttica para poder asentarse como una nueva disciplina cientfica. Segn los expertos consultados, el primer reto o medida a tomar forma parte de las Polticas Cientficas, concretamente est relacionado con la financiacin de proyectos multidisciplinares. Debido al carcter propio de la Biologa Sinttica, que abarca a disciplinas como la biologa, la fsica, las matemticas, la ingeniera o la informtica, es

necesaria la creacin y financiacin de proyectos multidisciplinares que sean capaces de integrar a todas estas disciplinas. En relacin con las infraestructuras el principal reto identificado por los expertos es la creacin y consolidacin de grupos de excelencia. A pesar de no haber sido identificado por los expertos consultados como uno de los principales retos en cuanto a las infraestructuras, la creacin de bases de datos de partes biolgicas estandarizadas es una prioridad en otras fuentes consultadas114. En este objetivo ya se est trabajando en el Instituto de Tecnologa de Massachussets, en el que se ha creado un Registro de partes biolgicas estandarizadas115.

112 113

114 115

Drew Endy (2005). Foundations for engineering biology. NATURE Vol 438 24: 449-453. Un ejemplo de propuesta de estandarizacin es la medida del flujo de molculas de ARN Polimerasa a travs del ADN (PoPS - Polymerase per Second), el nivel de PoPS viene dado por la cantidad de ARN polimerasas que ruedan a travs de un punto determinado de una cadena de ADN en un momento concreto. Este flujo es anlogo a una corriente de electrones que atraviesa un cable (Fuente: web http://parts.mit.edu/r/parts/htdocs/AbstractionHierarchy/index.cgi). Synthetic Biology Applying Engineering to Biology. Report of a NEST High-Level Expert Group EU 2005. Registry of Standard Biological Parts (Website http://parts.mit.edu/).

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Tendencias

En cuanto a la educacin es necesaria la creacin de programas de especializacin en Biologa Sinttica y el desarrollo de herramientas educativas que proporcionen conocimientos integrales de las diferentes disciplinas que forman parte de la Biologa Sinttica. Estas nuevas herramientas educativas tendrn que plantearse tanto a largo plazo para dotar de una formacin integral a las futuras generaciones de especialistas en Biologa Sinttica, como a corto plazo para completar las carencias formativas de aquellas personas que pretendan introducirse dentro del campo de la Biologa Sinttica. Acciones complementarias como la Competicin de verano de estudiantes iGEM mencionada con anterioridad, organizada por el Instituto Tecnolgico de Massachussets (MIT) son muy interesantes ya que suponen una nueva forma de enseanza y al mismo tiempo una herramienta de promocin. Debido a que la Biologa Sinttica es una disciplina de reciente creacin, sta tiene unas necesidades de difusin evidentes. Para contribuir a la difusin es de gran importancia la creacin de redes y consorcios de colaboracin entre investigadores as como promover entre cientficos y estudiantes el concepto de Biologa Sinttica como nueva disciplina. Tambin es importante promover actividades como conferencias en la lnea de la Conferencia Internacional en Biologa Sinttica Synthetic Biology 1.0 organizada por el Instituto de Tecnologa de Massachussets en junio de 2004 o Synthetic Biology 2.0 que tuvo lugar en mayo de 2006 en la Universidad de Berkely116.

En cuanto a las barreras tcnicas que presenta la Biologa Sinttica, los expertos han identificado dos grupos diferenciados en orden de importancia. El primer grupo de tcnicas est compuesto por 5 puntos clave para desarrollo de la disciplina, estos son la identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos, la identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos, la integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos, la formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales y el desarrollo de herramientas de software ms potentes. El segundo grupo de retos en referencia a las tcnicas de Biologa Sinttica est formado por la replicacin de ADN artificial mediante enzimas naturales, y la sntesis a gran escala de cidos nucleicos con mayor estabilidad. En referencia a la sntesis de ADN, en los prximos aos se espera que se produzca una disminucin progresiva en el coste asociado a los procesos de sntesis y un aumento de la longitud de las cadenas sintetizadas, as como una mejora en los mtodos de correccin de errores117. Las tcnicas de secuenciacin tambin han experimentado un descenso en precios y un aumento en la rapidez del proceso de secuenciacin118. Estos avances supondrn un impulso para la Biologa Sinttica en el sentido de que permitirn una mayor rapidez en el diseo, fabricacin y anlisis de los sistemas biolgicos sintticos.

116 117 118

2 Conferencia Internacional de Biologa Sinttica Synthetic Biology 2.0 Website: http://pbd.lbl.gov/sbconf/. Synthetic Genomes: Technologies and Impact (2004). Dpto. de Energa de EE.UU. The race for the $1000 Genome (2006) Science 311: 1544-1546.

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BIOLOGA SINTTICA

Barreras que ha de superar la Biologa Sinttica Identificar, caracterizar y disear las partes bsicas de sistemas sintticos complejos con un comportamiento programable, controlable y robusto. Estas partes bsicas no son simples fragmentos de ADN, sino unidades funcionales, que a diferencia de los componentes de un circuito electrnico, son siempre dependientes del contexto en el que se encuentran. Desarrollar procedimientos eficientes para integrar estas partes en los sistemas sintticos complejos de los que formarn parte, para con ello conseguir crear un mecanismo celular con nuevas funciones o capacidades. La capacidad de sintetizar y ensamblar grandes fragmentos de DNA, hasta la dimensin de un cromosoma, as como reemplazar genomas naturales por sintticos sigue siendo el principal obstculo a superar. Crear un marco comn para la caracterizacin y estandarizacin de las partes biolgicas, que llevar a una especializacin y divisin de trabajos entre los ingenieros que se dediquen al diseo de elementos bsicos y los que se dediquen al diseo de sistemas complejos. El control del ruido de los sistemas biolgicos no naturales es una de las grandes limitaciones de la Biologa Sinttica. La transmisin de seales entre componentes en electrnica se pueden canalizar mediante conexiones fsicas, mientras que en las clulas los portadores de las seales son siempre molculas difusibles, lo que genera ruido de fondo que es intrnseco a los fenmenos vivos.

Por ltimo tambin es importante tener en cuenta las implicaciones ticas y legales de la Biologa Sinttica, por lo que sera de gran valor la formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos.

Limitaciones tcnicas2.

Creacin de bases de datos de partes biolgicas estandarizadas.

Limitaciones tcnicas1. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Programas de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares.

Legislacin.

Financiacin de proyectos mixtos OPIS-empresa.

Limitaciones tcnicas: Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Desarrollo de herramientas de software ms potentes. Limitaciones tcnicas: Sntesis a gran escala de cidos nucleicos con mayor estabilidad. Replicacin de ADN artificial mediante enzimas naturales.

Figura 19. Grado de relevancia de las diferentes necesidades o limitaciones de la Biologa Sinttica. Fuente: elaboracin propia.

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Tendencias

8. Conclusiones
Las aplicaciones de la Biologa Sinttica son muy diversas, aunque su mayor potencial radica en aquellas reas en las cuales la biotecnologa tradicional no ha sabido solucionar algunos problemas, o bien no dispone de tecnologa adecuada. La sntesis in vivo de frmacos mediante estrategias de Biologa Sinttica no es rentable para aquellos compuestos que la industria qumica o farmacutica ya es capaz de sintetizar mediante los mtodos actuales de biotecnologa tradicional. La competitividad en precio y calidad que alcanza su produccin en la actualidad es difcil de superar por cualquier otra tcnica a pesar de su novedad. Por esta razn, la sntesis in vivo de frmacos por medio de tcnicas de Biologa Sinttica poseer su principal nicho de mercado en la produccin de aquellos compuestos para los cuales su produccin es compleja mediante las tcnicas actuales, como ocurre con los antibiticos (mejora de la reorganizacin de las protenas modulares), o bien todava no se ha conseguido una sntesis completa de su compuesto activo. Esto ltimo es el caso de numerosos frmacos compuestos por protenas que slo poseen actividad teraputica en su forma glicosilada. Uno de los principales retos a los que se enfrenta la Biologa Sinttica radica en la capacidad para construir redes genticas cada vez ms complejas y diversas en cuanto a sus componentes. Para ello sera necesario el desarrollo de tcnicas que permitan a la clula o microorganismo el ensamblaje, crecimiento, evolucin y seleccin de circuitos o redes genticas con los comportamientos deseados. Esto permitira la construccin de circuitos genticos sintticos mucho ms complejos, con el objetivo de reprogramar la funcin celular. Las estrategias futuras iran encaminadas al desarrollo de tcnicas eficientes para programar la funcin celular a travs de la combinacin de procesos de evolucin in silico y la evolucin directa controlada de circuitos y redes genticas in vivo. Algunos expertos mundiales en Biologa Sinttica sealan que el reto actual de la Biologa Sinttica no se centra tan solo en solventar las barreras tecnolgicas, ya que el desarrollo de herramientas genmicas y protemicas de los ltimos aos permitir un estudio mucho ms rpido de las rutas metablicas, sino en el mantenimiento de las expectativas creadas respecto a esta nueva disciplina. Las empresas de capital riesgo y compaas biotecnolgicas mostraron hace unos aos su inters por la Biologa Sinttica, y actualmente este inters parece haber decado a la espera de nuevos resultados. Parte de este problema radica en la confusin que existe en definir dnde comienzan disciplinas como la biologa industrial, la ingeniera genmica y metablica, y la Biologa Sinttica. En el futuro, la Biologa Sinttica se convertir en una estrategia plenamente implantada en la industria farmacutica y biotecnolgica, momento en cual se producir una especializacin y divisin del trabajo entre los diseadores de componentes bsicos o partes biolgicas y los diseadores de sistemas complejos. El reto ms importante de la Biologa Sinttica y la Biologa de Sistemas recaer en la integracin de disciplinas hasta ahora alejadas entre s, como la biolgica, ingeniera, tecnologas de la informacin, ciencias de la computacin, qumica, y nanotecnologa, para converger en una estrategia que proporcione una visin ms compleja de la vida.

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BIOLOGA SINTTICA

La Biologa Sinttica supone, junto a la Biologa de Sistemas, una revolucin en la forma en que se investigar en las Ciencias de la Vida. Debido al carcter multidisciplinar de la Biologa Sinttica, es necesario el desarrollo de nuevas herramientas educativas, tanto a largo plazo para dotar de una formacin integral a los futuras generaciones, como a corto plazo para completar las carencias formativas de aquellos investigadores que pretendan introducirse dentro del campo de la Biologa Sinttica. Cabe sealar que los mejores cientficos internacionales de este sector son ingenieros elctricos y no bilogos, por lo que es fundamental que se atraiga a estos expertos si se pretende que Espaa alcance una posicin relevante en el campo de la Biologa Sinttica. Debido a que la Biologa Sinttica es una disciplina emergente, Espaa deber anticiparse a este hecho y fomentar la creacin y consolidacin de grupos multidisciplinares de investigacin en Biologa Sinttica. En la actualidad, son pocos los grupos espaoles especializados en esta nueva disciplina. Sin embargo, se han identificado numerosos grupos procedentes de diferentes disciplinas que de alguna forma poseen lneas y proyectos directamente relacionados con la Biologa Sinttica.

Por ltimo, cabe incidir en que la Biologa Sinttica se encuentra en las primeras etapas de su desarrollo como disciplina cientfica, y por ese motivo sus aplicaciones no estn plenamente desarrolladas. Es necesario por tanto, que se produzca un avance en las tecnologas que la sustentan para que la disciplina despegue y se cumplan las expectativas. De la misma forma que los avances en las tcnicas de secuenciacin o espectrometra de masas supusieron un impulso acelerado en la secuenciacin de genomas completos, superando las perspectivas de desarrollo iniciales, los avances en el desarrollo de genomas mnimos, de circuitos genticos o de microorganismos con el cdigo gentico expandido supondrn una disminucin en el tiempo previsto de desarrollo de aplicaciones concretas. El campo cuyo desarrollo parece ms inminente es el de los biosensores y la biorremediacin mientras que otras aplicaciones como la medicina personalizada o la terapia gnica se presentan con un desarrollo ms espaciado en el tiempo.

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Tendencias

Anexos
Anexo I: Proyectos de investigacin espaoles relacionados con Biologa Sinttica
Centro Ttulo del proyecto Evolucin experimental de virus vegetales: caracterizacin de efectos mutacionales e implicaciones evolutivas de la segmentacin genmica. EMBO Young Investigator Award. Experimental test of the interplay between deleterious mutations and parasitic load in the evolution and maintenance of sexual reproduction. Interacciones macromoleculares en procesos biolgicos esenciales: caracterizacin biofsica en medios fisiolgicamente aglomerados. Interacciones funcionales en el septador bacteriano: influencia de la aglomeracin macromolecular intracelular. Mejora de la produccin de glutaril acilasa. Estudio bioqumico y gentico de las principales rutas que integran el cataboln del fenilacetil-CoA. Biological containment of recombinant bacteria that degrade pollutants (abc systems). Sistemas moleculares nanoestructurados. Hacia un nuevo tipo de biosensor basado en el uso de cidos nucleicos peptdicos y nanopartcula. Microbial Fuel-Cells. Microorganisms Immobilized on Inorganic and Hybrid Host Matrixes for Carbon Sequestration. Screening in soil microbial metagenome of new enzymes with lipase activity. Instituto de Catlisis y petroleoqumica, CSIC. Grupo de Biocatlisis Aplicada. Biotechnological application of novel enzymes from metagenome libraries BIOMELI-PROJECT. Improved lipase synthesis of sugar esters by combined enzyme and solvent engineering. Duracin Financiacin

2003

PN

Instituto de Biologa Molecular y celular de plantas (CSIC). Dpto. de Evolucin y variabilidad viral.

2004

EMBO-MEC

Centro de Investigaciones Biolgicas, (CIB-CSIC). Dpto. de Estructura y funcin de protenas, grupo de Biofsica de interacciones moleculares. Centro de Investigaciones Biolgicas (CIBCSIC). Dpto. de Microbiologa Molecular. Grupo de Biotecnologa ambiental. Instituto de Ciencia de los Materiales de Madrid (CSIC). Dpto. Fsica e Ingeniera de Superficies.

2006-2008

MEC

2002-2005

MCyT

2001-2004

2000-2003

1997-2000

UE

2003-2006

DGICYT

2004-2005

CSIC

Instituto de Ciencia de los Materiales de Madrid (CSIC). Dpto. materiales particulados.

2004

CSIC Fundacin Domingo Martnez CICYT

2003-2006

2004-2005

UE

1998-2000

UE

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BIOLOGA SINTTICA

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto Sntesis enzimtica de oligosacridos prebiticos (de primera y segunda generacin) mediante la reaccin de aceptor catalizada por glucosiltransferasas inmovilizadas. Evolucin dirigida de enzimas (lnea de investigacin). Desarrollo de la Tecnologa de Conversin de Bioetanol en Hidrgeno como Combustible Alternativo (Proyecto HIDROFUEL). Advanced Prediction, Monitoring and Controlling of Anaerobic Digestin Proceses Behaivour Towards Biogas Usage in Fuel Cells (AMONCO). Duracin Financiacin

2001-2004

CICYT

2002-2003

PN (Energa)

Instituto de Catlisis y petroleoqumica, CSIC. Grupo de Biocatlisis Aplicada.

2001-2004

UE (V PM)

Biomass Fermentation Towards Usage in Fuel Cells (BFCNet).

2002-2004

European Science Foundation Network UE (V PM)

The Fuel Cell Testing and Standardisation Network (FCTESTNET). Thematic Network on Solid Oxide Fuel Cell Technology (SOFCNET). Bacterias resistentes a tolueno: bases moleculares de la tolerancia y degradacin de tolueno. Solvent-tolerant bacteria allowing a broader performance of biotransformation or organic compounds in two-phases fermentation systems. Eco-genomic survey of microbial diversity for lindane degradation: formation of catalysts for site-intervention (LINDANE). Biosensors for in situ evaluation of bioavailability of pollutants baed on transcriptional regulators la carte (BIOCARTE). Bsqueda, identificacin y caracterizacin de microorganismos marinos tolerantes a disolventes orgnicos con capacidad de degradar fenantreno y antraceno. Sntesis de oligonucletidos modificados para su utilizacin en la fabricacin de nanocircuitos. Sntesis de oligonucletidos que contienen 8-aminopurinas con propiedades estabilizadoras de hlices triples. Sntesis de conjugados oligonucletido-pptido y de cidos nucleicos peptdicos (PNA).

2002-2005

2002-2005

UE (V PM)

2004-2006

CICYT

Estacin experimental el Zaidn - CSIC. Dpto. Bioqumica, Biologa Celular y Molecular de Plantas Grupo de degradacin de txicos orgnicos.

2002-2004

UE

2002-2005

2003-2005

2003-2006

CICYT

Instituto de Biologa Molecular de Barcelona (IBMB-CSIC). Laboratorio de Biologa Estructural.

49

Tendencias

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto EUROBIOSYN (A modular platform for biosynthesis of complex molecules). PROBACTIS (Programmable Bacterial Catalysts). Seguimiento de contaminantes qumicos en el medio ambiente con biosensores microbianos basados en reguladores transcripcionales. Aplicacin de la Biodiversidad Molecular al diseo de estrategias de biorremediacin de suelos contaminados con arsnico. Exploiting genomics foto engineer an environmentally friendly microorganisms for bioremediation pruposes. Biosensors for in situ evaluation of bioavailability of pollutions based on transcriptional regulators a la carte. Centro Nacional de Biotecnologa (CNB-CSIC). Dpto. Biotecnologa Microbiana. Grupo de Estrs e hipermutacin en bacterias. Duracin Financiacin UE UE

Centro Nacional de Biotecnologa (CNB-CSIC). Dpto. Biotecnologa Microbiana. Grupo de biorremediacin.

CAM

2002

CAM

2000

UE

2002

UE

Autorregulacin y respuesta en circuitos naturales.

Hipermutacin como mecanismo adaptativo en bacterias. Genmica funcional para la resolucin de problemas medioambientales y de salud.

2002-2005

DGI-MCYT

Centro Nacional de Biotecnologa (CNB-CSIC). Dpto. Biotecnologa Microbiana. Grupo de Regulacin del metabolismo de hidrocarburos en bacterias.

Regulacin de rutas de degradacin de alcanos en Pseudomonas. Biodegradacin de hidrocarburos y derivados por Pseudomonas putida. Desarrollo de biocatalizadores para el aprovechamiento de residuos de petrleo y sus derivados. Control fisiolgico de las rutas de degradacin de hidrocarburos en Pseudomonas putida. SANITAS - Screening Assays for New Bacterial Inhibitors Based on Target Active in Septation.

2000-2003

2001-2003

1997-1999

CAM

2002-2005

DGI-MCYT

2001-2004

UE

Centro Nacional de Biotecnologa (CNB-CSIC). Dpto. Biotecnologa Microbiana. Grupo de control gentico del ciclo celular.

BINSEP - Bsqueda de nuevos inhibidores que bloqueen blancos necesarios para la septacin. Procesos de ensamblaje e integracin en la divisin celular: estudio y aplicacin. El perfil de expresin esencial de Salmonella: divisin celular, viabilidad y persistencia.

2001-2004

MCyT

2001-2005

MCyT

2004-2007

MCyT

50

BIOLOGA SINTTICA

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto New electron microscopy approaches for studying protein complexes and cellular supramolecular architecture. Anlisis de complejos macromoleculares mediante tcnicas microscpicas. A multidisciplinary approach to determine the structures of protein complexesin a model organism. Control mechanism for the production of Birnavirus capsids. A modular platform for engineering of nanomechanical actuator building blocks NANOMOT. Genefun: in-silico prediction for gene function. Anlisis bioinformtico del genoma de streptomyces. Integracin de la informacin en Bacterias: Evolucin y Genmica Comparada. Centro de Investigaciones Energticas, Medioambientales y Tecnolgicas (CIEMAT-CSIC). rea de Energa, Combustin Gasificacin. Duracin Financiacin

2004-2009

UE

2002-2005

MCYT

UE

Centro Nacional de Biotecnologa (CNB-CSIC). Dpto. de Estructura de macromolculas y Bioinformtica.

2004

CAM

UE

2004-2007 2004-2007

UE UE

2004-2007

PN

Fraccionamiento de la Biomasa para su Aprovechamiento Integral. Obtencin de Etanol Combustible. Evaluacin, Caracterizacin, Pretratamiento y Optimizacin de la Biomasa como Recurso Energtico. Desarrollo de Sistemas de Anlisis de la Biomasa como Combustible.

Requerimientos mnimos de sistemas replicativos automantenidos: fidelidad, memoria molecular y transduccin de energa. Deteccin de genomas minoritarios en cuasiespecies: aplicacin al desarrollo de un nuevo mtodo de diagnstico de virus patgenos basado en memoria molecular. Centro de Astrobiologa, CAB (CSIC-INTA). Laboratorio de Evolucin Molecular. Dinmica y tiempos de evolucin y permanencia de especies en sistemas biolgicos: transformaciones bioqumicas, sistemas celulares automantenidos, cuasiespecies virales y especies bacterianas. Estudio de polimorfismos genticos, memoria molecular y dinmica poblacional en cuasiespecies vricas. Unin selectiva de molculas de cidos nucleicos a diferentes superficies minerales de inters prebitico.

2001-2003

CICYT

2001-2002

CAM

2003

PN

51

Tendencias

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto Caracterizacin del espectro de mutantes de cuasiespecies virales a nivel fenotpico y genotpico. Evolucin de secuencias de cidos nucleicos in vitro. Mundo RNA: la relacin secuencia-estructurafuncin en el origen de la evolucin darwiniana. Desarrollo de procesos biotecnolgicos de tratamiento de combustibles fsiles y residuos, eficaces y rentables a la vez que compatibles con el medio ambiente. Duracin Financiacin

Centro de Astrobiologa, CAB (CSIC-INTA). Laboratorio de Evolucin Molecular.

Centro de Astrobiologa, CAB (CSIC-INTA). Laboratorio de Extremofilia. Centro de Astrobiologa, CAB (CSIC-INTA). rea de Energas renovables, Dpto. de Aerodinmica y propulsin.

1999-2002

Tecnologas de produccin, almacenamiento y utilizacin de hidrgeno como combustible limpio.

Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas (CNIO). Programa de Terapias experimentales.

NetSensor-Design and Engineering of gene networks to respond to and correct alterations in signal transduction pathways.

2005-2008

UE

COMBIO. Rediseo de redes genticas naturales en E. coli. Comparacin del funcionamiento de diferentes tipos de redes genticas asociadas a osciladores (relojes) moleculares. Stem cell dynamics. Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas (CNIO). Laboratorio de Biologa evolutiva de Sistemas. Cellular oscillators. Genome structure in eukaryotes. Design principles of genetic networks. Cancer Somatic Evolution and Progression. Modular Organization of Protein Networks. Enviromental Constrains and the Architecture of Networks.

2004-2007

UE

52

BIOLOGA SINTTICA

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto Mycoplasma as minimal cell for genomic, metabolic and cell engineering. II Expression and enzyme structure/function. Enzyme Discovery in Hybrid Aspen for Fibre Engineering (EDEN). Mycoplasma as minimal cell for genomic, metabolic and cell engineering. Rational design, synthesis and biological evaluation of drug leaders potentialy active in the treatment of trantirretin-associated amyloid deseases. Structural and functional analysis of a key enzyme in xenoantigens biosynthesis: rational design of inhibitors as therapeutic agents to prevent xenotransplant acute rejection. Redesign by protein engineering of glucohydrolases relevant to food technology and biotechnology: mechanism and aplications in biocatalysis. EC Nest: Netsensor. EC Strep: COMBIO. EC IP Interactome. EC Nest: Netsensor Construccin de redes genticas sintticas (lnea de investigacin). Modelos computacionales (lnea de investigacin). Ingeniera de protenas (lnea de investigacin). Universidad Complutense de Madrid (UCM). Dpto. de Bioqumica y Biologa Molecular I, Grupo de Biofsica. Universidad Complutense de Madrid (UCM). Dpto. de CC. Qumicas. Grupo de Gentica Molecular. Duracin Financiacin

2002-2003

MCyT

2001-2005

UE

2001

MCyT

Universidad Ramon LLul. Instituto Qumico de Sarri. Grupo de Qumica Biolgica y Biotecnologa.

2000-2003

Fundaci La Caixa

2000-2003

Institut Qumic de Sarria

1997-2000

Ministerio de Educacin y Ciencia UE UE UE UE

Centre de Regulaci Genmica (CRG). Grupo de Diseo de Sistemas Biolgicos.

2005-2007 2004-2006 2004-2008 2005-2007

Centre de Regulaci Genmica (CRG). Grupo de Ingeniera de Red Gnica.

Lneas: dinmica y tiempos de evolucin y permanencia de especies en sistemas biolgicos: transformaciones bioqumicas, sistemas celulares automantenidos, cuasiespecies virales y especies bacterianas.

2003

MCyT

Ingeniera Metablica de microorganismos (lnea de investigacin).

53

Tendencias

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Centro de Biologa Molecular Severo Ochoa (CBMSO-UAM). Unidad de Inmunologa y Virologa. Centro de Biologa Molecular Severo Ochoa (CBMSO-UAM). Unidad de Bioinformtica Centro de Biologa Molecular Severo Ochoa (CBMSO-UAM). Unidad de Control de la Expresin gnica. Universidad Autnoma de Madrid (UAM). Fac. Ciencias. Universidad Autnoma de Madrid (UAM). Fac. Ciencias. Dpto. Fsica de la materia condensada. Ttulo del proyecto Duracin Financiacin

Diseo racional y por evolucin dirigida para incrementar la estabilidad de cpsidas vricas mediante ingeniera de protenas.

2003-2006

DGI

Descubrimiento de redes genticas (lnea de investigacin). Simulacin del proceso de reconocimiento molecular entre biomolculas (lnea de investigacin).

Genmica de Streptomyces en relacin a la produccin de compuestos con actividad farmacolgica e industrial.

2004-2007

PN

Diseo racional y por evolucin dirigida para incrementar la estabilidad de cpsidas vricas mediante ingeniera de protenas.

2003-2006

DGI

Desarrollo y aplicacin de mtodos eficientes de simulacin mecanocuntica en sistemas complejos nanoestructuras y biomolculas.

2003

MCyT

DNA based molecular nanowires. Preparacin y caracterizacin de materiales nanoestructurados para aplicaciones en biosensores e ingeniera de tejidos. Biosensores basados en compuestos nano estruturados de silicio. Papel de las conexiones de retroalimentacion en Drosophila.

2002

UE

Universidad Autnoma de Madrid (UAM). Fac. Ciencias. Dpto. Fsica aplicada. Universidad Autnoma de Madrid (UAM). Fac. Ciencias. Dpto. de Fsica Terica. Grupo Neurociencia Computacional. Universidad Autnoma de Madrid (UAM). Instituto Nicols Cabrera.

2003

MCyT

2004

MCyT Comunidad de Madrid-UAM Royal SocietyInternational Joint Project Europe

2006

Aprendizaje y memoria en las redes neuronales de animales durante comportamiento.

2004-2006

Functional interactions in the bacterial septal complex: influence of the membrane lipid environment.

2002

MCyT

54

BIOLOGA SINTTICA

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto Nuevos Desarrollos en la Computacin Molecular con ADN y en la Computacin Celular con Membranas. Red Temtica Espaola de Computacin Molecular. Data Mining Algorithm Incubator. Univ. Politcnica de Madrid (UPM). Escuela Tcnica Superior de Ingenieros Industriales. Dpto. Ingeniera Qumica Industrial y del Medio Ambiente. Univ. Alcal de Henares (UAH). Fac. de Ciencias. Dpto. de qumica analtica e ingeniera qumica. Nanoestructuras dendrticas organometlicas homo- y retero-polimetlicas con Actividad Redox: Aplicaciones en Electrocatlisis, Reconocimiento molecular y como sensores. Aplicaciones de nuevas macromolculas dendrticas en la construccin de sensores y biosensores. INTELLISENS: Intelligent Signal Processing of Biosensor Arrays for Monitoring Wastewaters: Aiming towards allarm systems. Sensores de DNA:Estudio de nuevos sistemas de transduccin electroqumicos. Bioreactive composite scaffold design for improved vascular conection of tissueengineered products (VASCUPLUG). Nanotechnologies for bio-inspired polysaccharides: biological decoys designed as knowledge-based multifunctional materials (NANOBIOSACHARIDES). Bioreactive Composite Scaffold Design for Improved Vascular Connexion of TissueEngineered Products (VASCUPLUG). Deseo de novos vehculos sintticos dirixidos terapia xnica do cancro: nanopartculas biodegradables funcionalizadas. Universidad de Cantabria. Understanding the secretory machinery of living cells: mathematical models and computational tools. Bioinformatic selection of models of protein evolution. Desarrollo, verificacin y automatizacin de modelos moleculares y celulares con membranas. Universidad de Sevilla. Dpto. de Ciencia Computacional e Inteligencia Artificial. Clasificacin de funciones computables mediante especificaciones aritmticas. Red Temtica Espaola de Computacin Molecular con ADN y Computacin Celular con membranas Duracin Financiacin

Univ. Politcnica de Madrid (UPM). Fac. de Informtica. Dpto. de Inteligencia Artificial.

MEC

CICT UE

DGESIC

2004

DGI

2000-2003

UE

2000-2001

UA?

2005-2007

Proxectos Xunta

2005-2007

Universidad de Santiago de Compostela.

Proxectos Xunta

2005-2008

UE

2003-2006

Proxectos Xunta

FBBVA

Universidad de Vigo.

FBBVA

2005-2005

MCyT

1997-2000

MCyT

2003-2005

MCyT

55

Tendencias

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto Evolucin dirigida de una acetil xilan esterasa con aplicacin industrial. Evolucin dirigida de esterasas microbianas como alternativa a la esterasa de hgado de cerdo. Universidad de Murcia. Fac. de Biologa. Dpto. de Bioqumica Diseo de estrategias de ingeniera metablica y de biologa de sistemas en biotransformaciones y su aplicacin a la produccin de l(-)-car. Aplicacin de la bioinformtica y la optimizacin de los niveles de expresin gnica a la mejora de la sntesis biocataltica de l-carnitina por Escheriachia coli. Universidad de Murcia. Fac. de Qumica. Ingeniera qumica, anlisis y simulacion de procesos qumicos, bioqumicos y de membrana. Universidad de Navarra. Dpto. de Farmacologa clnica. Duracin 2004-2007 Financiacin MCyT

2005-2007

2005-2008

MEC

2005-2008

Proyectos industriales/ regionales

Modelizacin y simulacin de biorreactores de membrana. Aplicacin a distintos sistemas enzimticos.

2001-2004

MCyT

Dinmica de macromolculas biolgicas y polmeros sintticos.

2003-2006

MCyT

Bsqueda de nuevos agentes neuroprotectores mediante diseo racional y diversidad molecular como estrategias convergentes.

2003-2006

MCyT

Participacin valenciana en el concurso iGEM 2006. iGEM (International Genetically Engineered Machine), iniciativa del Massachusetts Institute of Technology. BioModularH2 (Engineered Modular Bacterial Photoproduction of Hydrogen). Programa NEST - PATHFINDER de la Unin Europea (en fase de negociacin del contrato). Acciones de Difusin/Divulgacin de la Biologa Sinttica y de la Participacin del Equipo de Estudiantes Valencianos en el Concurso Internacional iGEM (Accin solicitada). Ayuda para la participacin valenciana en el concurso internacional iGEM (international Genetically Engineered Machine) organizado por el Massachusetts Institute of Technology (Accin solicitada). Acciones de difusin de la Biologa Sinttica y del concurso internacional iGEM (Accin solicitada).

UE 2006
(SYNBIOCOMM)

y UPV

2007

UE

Universidad Politcnica de Valencia Universidad de Valencia. Grupo de Modelizacion Interdisciplinar, InterTech

2006

UPV

2007

Generalitat Valenciana

2006

MEyC

56

BIOLOGA SINTTICA

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto Evolucin de la reduccin genmica en endosimbiontes bacterianos de insectos. Experimental evolution and evolutionary epidemiology of RNA virus (lnea de investigacin). Universidad de Valencia, Instituto Cavanilles de Biodiversitat i Biologa Evolutiva. Secuenciacin, caracterizacin y anlisis comparativo del genoma de bacterias endosimbiontes de insectos parsitos de plantas. Inferencia de un genoma mnimo, su metabolismo y estudio terico de su viabilidad (lnea de investigacin). Complejidad y Evolucin. Estudios histricos y epistemolgicos sobre biologa sinttica (lnea de investigacin). Universidad de Islas Baleares Institut. Universitari d'Investigaci en Cincies de la Salut. Universidad Autnoma de Barcelona (UAB). Institut De Biotecnologia i de Biomedicina Vicent Villar i Palasi. Modelos algebraicos, grficos y borrosos en biologa molecular (lnea de investigacin). Modelos formales y lgicos en computacin biomolecular. Protemica funcional e ingeniera metablica de una clula mnima modelo. Duracin 2003-2006 Financiacin DGI

2003-2008

MCyT

2000

MCyT

2004

MCyT

Micoplasma como clula mnima para ingeniera genmica, metablica y celular. Los Quantum Dots modificados biolgicamente como bionanoestructuras inteligentes para el desarrollo de nuevos sistemas de deteccin incluyendo su integracin en un lab-on-a-chip. Desarrollo de nuevas bionanoestructuras inteligentes para biosensores moleculares de inters medioambiental. Computacin en red con Procesadores Evolutivos.

2000

MEC

Universidad Autnoma de Barcelona (UAB). Fac. Ciencias. Dpto. de Qumica, grupo de sensores y biosensores.

2004-2005

MEC

2004-2007

Fundacin Ramn Areces

2003

MCyT Generalitat de Catalunya AECI

Universidad Rovira i Virgili. Grupo de Investigacin en Lingstica matemtica.

Computacin con membranas. Mtodos de computacin biolgica en lingstica matemtica. Nuevas tcnicas de computacin biolgica para la sintaxis, con especial atencin a las estructuras de membranas.

2002-2003

2001-2002

2003-2003

CICy

57

Tendencias

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Ttulo del proyecto Evolutionary algorithms for de novo peptide design. Optimizacin de enzimas mediante evolucin dirigida (lnea de investigacin). Ingeniera metablica (lnea de investigacin). PACE-Programmable Artificial Cell Evolution. Duracin Financiacin FBBVA

Universidad de Barcelona. Dpto. de Bioqumica y Biologa Molecular.

2004-2008

UE National Institute of Health UE

Development of Virtual Tumor. Universitat Pompeu Fabra (UPF). Laboratorio de Sistemas complejos.

DELIS-Dynamically Evolving Large-scale Information Systems. Evolucin de virus de RNA (lnea de investigacin). Evolucin de redes artificiales (lnea de investigacin). Estudios computacionales de la correlacin entre estructura y funcin en cascadas de traduccin de seales (lnea de investigacin). Nuevo software de simulacin de dinmica molecular (lnea de investigacin). Simulaciones matemticas de redes genticas durante el desarrollo (lnea de investigacin). Acoplamiento molecular y modelado de protenas (lnea de investigacin).

Universitat Pompeu Fabra (UPF) IMIM. Grupo de Biofsica computacional y bioqumica.

Universitat Pompeu Fabra (UPF) IMIM. Grupo de Quimiogenmica.

Diseo de libreras de dianas (lnea de investigacin). Cribado virtual (lnea de investigacin). Perfiles farmacolgicos In silico (lnea de investigacin).

Genome Bioinformatics Resource Node.

Fundacin Genoma Espaa UE

Universitat Pompeu Fabra (UPF) IMIM. Grupo de Bioinformtica genmica.

SNP and haplotype map for the rat Evolucin de estructuras de genomas (lnea de investigacin). Reconstrucciones filogenticas (lnea de investigacin). Prediccin gnica por genmica comparativa (lnea de investigacin)

58

BIOLOGA SINTTICA

PROYECTOS DE INVESTIGACIN ESPAOLES RELACIONADOS CON BIOLOGA SINTTICA (continuacin)

Centro Institut Municipal d'Investigaci Mdica (IMIM). Unidad de Investigacin en Informtica Biomdica del IMIM/UPF (GRIB). Ttulo del proyecto Duracin Financiacin

Data mining of virus-host systems to understand regulatory interactions.

FBBVA

Universidad de Mlaga. Fac. de Ciencias Biolgicas. Dpto. de Biologa Celular y Gentica.

Anlisis gentico y Bioqumico de la replicacin de secuencias de DNA repetitivas: estudio comparativo de su inestabilidad en genomas procariticos y eucariticos. Anlisis del componente de replicacin, reparacin y recombinacin en genomas mnimos. Estudio comparativo de la inestabilidad de secuencias de ADN repetidas en genomas procariticos y eucariticos. Nanobiocom. Desarrollo de una matriz de soporte celular formada por nanocomposites, inteligente para regeneracin de huesos largos. Micro- y macroestructuras bioactivas producidas por lser para implantes dentales y ortopdicos. MATSINOS - Materiales sintticos para regeneracin osea y dental. QP-Mod. Desarrollo de una queratoprtesis bioactiva y modular para su aplicacin en desrdenes corneales.

UE

Fundacin INASMET. Centro Tecnolgico de materiales, Unidad de Salud.

2003

MEC

Gobierno Vasco

Universidad del Pas Vasco-Euskal Herriko Unibertsitatea. Dpto. de Lenguajes y Sistemas Informticos.

Anlisis de Sistemas Complejos (lnea de investigacin).

Tabla 7. Proyectos de investigacin espaoles relacionados con la Biologa Sinttica. Fuente: elaboracin propia.

Acrnimos: PN, Plan Nacional; FIS, Fondo de Investigaciones Sanitarias; MCYT, Ministerio de Ciencia y Tecnologa; CAM, Comunidad de Madrid; DGESI, MEC, Ministerio de Educacin y Cultura; FRA, Fundacin Ramn Areces; CICYT, Comisin Interministerial de Ciencia y Tecnologa; UE, Unin Europea; PGI y DT; DGES, Direccin General de Enseanza Superior; CSIC, Consejo Superior de Investigaciones Cientficas.; DGSIC, Direccin General de Servicios de Informacin y de las Comunicaciones; CAB, Centro de Astrobiologa; CNIO, Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas; CIEMAT, Centro de Investigaciones Energticas, Medioambientales y Tecnolgicas; INTA, Instituto Nacional de Tcnica Aeroespacial; EMBL, Laboratorio Europeo de Biologa Molecular; IMIM, Institut Municipal d'Investigaci Mdica.

59

Tendencias

Anexo II: Principales empresas de Biologa Sinttica

AbLynx AbLynx Technologiepark 4 Ghent, Belgium Web: http://www.ablynx.com/ Desarrollo de anticuerpos monoclonales con propiedades aumentadas, vida media en sangre aumentada, basndose en la tecnologa de expansin del cdigo gentico. NanobodiesTM EP1587838; US2005214857; EP1558646; EP1558645; EP1558647; EP1558650; WO002005044858A1; WO002004062551A3; WO002004062551A2; WO002004041867A3; WO002004041867A2; WO002004041865A3; WO002004041865A2; WO002004041863A3; WO002004041863A2; WO002004041862A3; WO002004041862A2; WO002003050531A3; WO002003050531A2

Direccin

Objetivo Producto

Patentes

Amyris Biotechnologies Amyris Biotechnologies, Inc. 5980 Horton Street, Ste. 450 Emeryville, USA Web: http://www.amyrisbiotech.com/index.htm Construccin de un microorganismo sinttico para usarlo en la produccin del frmaco antimalrico artemisina. Artemisina; Isoprenoides.

Direccin

Objetivo Producto

Ambrx Ambrx, Inc. 10410 Science Center Drive San Diego, USA Web: http://www.ambrx.com/wt/home/index Integracin de aminocidos no naturales en protenas biosintticas. Hormona del crecimiento. RecodeTM plataforma de ingeniera de protenas. US2005220762; WO2005074650; US2005170404; US2005085619; WO2005035727

Direccin

Objetivo Producto Tecnologa Patentes

60

BIOLOGA SINTTICA

ATG: biosynthetics CEO, Geschftsfhrer Weberstr. 40 79249 Merzhausen, Alemania http://www.atg-biosynthetics.com/ Next: plataforma de optimizacin de protenas. Genes sintticos y sntesis de ADN de novo; Purificacin de protenas; GMO marcaje molecular, servicios de consultora en Biologa Sinttica.

Direccin

Tecnologa Servicios

Bio-Technical Resources Bio-Technical Resources 1035 South 7th Street Manitowoc, Wisconsin, USA Web: http://www.biotechresources.com Ingeniera de microorganismos para la produccin de compuestos de inters comercial. Desarrollo de una nueva ruta de produccin de enzimas. Ingeniera metablica; identificacin de microorganismos con caractersticas concretas; mejora de cepas bacterianas. Conjugado de cido lctico (complemento nutricional); produccin de Farnesol y Geranyilgeraniol mediante Saccharomyces cerevisiae; produccin de N-Acetil-Glucosamina por fermentacin microbiolgica. US20040091976; WO2004003175; US20020160459; WO2003 30713; WO9932604; US020030125573; US020030092144; WO002001000846; WO002000004182; WO002000001650; WO002000001649; WO001999064618; WO001999032604; WO001999032105.

Direccin

Objetivo

Servicios

Producto

Patentes

Biotica Technology Limited Biotica Technology Ltd. Chesterford Research Park Little Chesterford Nr Saffron Walden Essex, UK Web: www.biotica.co.uk Descubrimiento de nuevos polyketidos mediante alteraciones de rutas de biosntesis de poliketydos artificiales, para el tratamiento del cncer y otras enfermedades. Diseo de rutas sintticas para crear nuevos frmacos basados en pptidos que no necesitan ser sintetizados en ribosomas. mTOR inhibitor; Hsp90 inhibitor; Angiogenesis inhibitors. EP000001521828A2; EP000001456396A1; EP000001442128A2; EP000001278881A1; WO002005054266A2; WO002005047509A2; WO002004007709A3; WO002004007709A2; WO002003048375B1; WO002003048375A1; WO002003033699A3; WO002003033699A2; WO002001079520A1.

Direccin

Objetivo

Producto

Patentes

61

Tendencias

Blue Heron Biotechnology Blue Heron Biotechnology 22310 20th AVENUE SE #100 BOTHELL USA Web: http://www.blueheronbio.com/index.html Sntesis de genes. GeneMaker plataforma automatizada para la sntesis de ADN. EP000001499626A2; EP000001314529A2 ; EP000001287010A1; US020050106606A1; US020050069928A1; US020030228602A1; US000006886821B2; US000006851884B2; US000006664112B; US000000488373S; WO002005037850A3; WO002005037850A2; WO002005017153A3; WO002005017153A2; WO002004090170A1; WO002003085094A3; WO002003085094A2; WO002003054232A3; WO002003054232A2; WO002001094366A1.

Direccin

Objetivo Tecnologa

Patentes

Cellicon Biotechnologies Inc Cellicon Biotechnologies Inc Puretech Ventures, LLC 222 Berkeley Street, Ste. 1040 Boston, USA http://www.cellicon.com/index.html Descubrimiento de frmacos mediante plataformas de Biologa Sinttica y de Biologa de Sistemas. The Genetic Toggle Switch (Interruptor gentico): sistema para la regulacin de la expresin gnica; NRI algoritmo computacional para la identificacin de nuevas dianas antibacterianas; MNI algoritmo computacional para la identificacin de dianas gnicas de frmacos antifngicos. US6841376; US6828140; US6737269.

Direccin

Objetivo

Tecnologa

Patentes

Codon Devices Codon Devices One Kendall Square Building 700, Ground Floor Cambridge Web: http://www.codondevices.com/index.html A corto plazo diseo de clulas artificiales para la sntesis de nuevos medicamentos, diseo de protenas teraputicas y de nuevos biosensores; a largo plazo diseo de vacunas, productos para agricultura y para biorefinerias. BioFAB plataforma de sntesis gnica.

Direccin

Objetivo

Tecnologa

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BIOLOGA SINTTICA

Egea Biosciences Egea Biosciences Inc. 6759 Mesa Ridge Road Suite 100 San Diego, USA Web: http://www.egeabiosciences.com/ Sntesis gnica y diseo de protenas. Generacin de libreras sintticas de aminocidos para crear protenas dotadas con una mayor diversidad en sitios activos. Anticuerpos y protenas de uso teraputico. US2005221340; EP1583769; US2005118628; US2005053997; EP1538206; WO2005012481; EP1487994; US2005053997; WO2005012481; EP1487994; WO2004099435; US2003165946; WO03025145; WO03012064; WO02081490; US2003087238.

Direccin

Objetivo

Producto

Patentes

CODA Genomics CODA Genomics Inc. 4521 Campus Drive #301 Irvine, USA http://www.codagenomics.com/index.cfm Produccin de genes sintticos. CodExpress Gene Kit. Translation EngineeringTM.

Direccin

Objetivo Producto Tecnologa

EraGen Biosciences EraGen Biosciences 918 Deming Way Madison, USA Web: http://www.eragen.com/index.html Plataformas tecnolgicas para el descubrimiento de agentes teraputicos y diagnstico gentico. TACS (Target Assisted Combinatorial Synthesis); MultiCode-RTx System; MultiCode-PLx Systems; MasterCatalog; Aegis. S5958784; US6377893.

Direccin

Objetivo

Tecnologa Patentes

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Tendencias

GENpathway Inc. GENpathway Inc. 6310 Nancy Ridge Drive, Ste 102 San Diego, USA Web: http://www.genpathway.com/company.htm Identificar elementos reguladores que controlan la expresin gnica. Estudio de la expresin gnica al nivel de mecanismos reguladores, conectando la informacin genmica con la sntesis de productos para agricultura y farmacia. TranscriptionPath; FactorPath; PromoterPath; QueryMode; DiscoveryMode. WO2004099382; EP1098994.

Direccin

Objetivo

Tecnologa Patentes

Metabolic Explorer METabolic EXplorer S.A. Biople Clermont-Limagne Saint-Beauzire , FRANCE Web: http://www.metabolic-explorer.com/ Desarrollo de nuevos bioprocesos en la sntesis de compuestos para sustituir los procesos actuales de sntesis qumica. Desarrollo de microorganismos con nuevas capacidades. METAVISTA software para el diseo in silico de nuevos modelos y bioprocesos; METEVOL tecnologa para la mejora racional de enzimas mediante evolucin molecular; FLUX VISION plataforma de perfiles metablicos. METKIN; METOPT; METPATH WO2005073364 ; WO2005047498; WO2004076659; WO02068946; WO0241021; WO0231523.

Direccin

Objetivo

Tecnologa

Patentes

Protolife Parco Vega Via della Libert 12 Venezia , Italia Web: http://www.protolife.net/ Desarrollo de clulas artificiales a partir de material inorgnico y programacin de las mismas con una funcionalidad qumica especfica.

Direccin

Objetivo

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BIOLOGA SINTTICA

Synthetic Genomics Synthetic Genomics, Inc. 9704 Medical Center Drive Suite 4700 Rockville USA Web: http://www.syntheticgenomics.com/corporate.htm Creacin de un cromosoma/genoma sinttico para la produccin de etanol e hidrgeno; diseo de un organismo sinttico dotado de un genoma mnimo.

Direccin

Objetivo

Vanda Pharmaceuticals Vanda Pharmaceuticals 9620 Medical Center Drive Suite 201 Rockville, USA Web: http://www.vandapharmaceuticals.com/index.html Optimizacin y descubrimiento de nuevos compuestos teraputicos. Sntesis de nuevos compuestos teraputicos y bsqueda de sus posibles aplicaciones. Mejora de productos ya existentes. Iloperidona (fase III); VEC-162 (fase II/III).

Direccin

Objetivo

Producto

65

Tendencias

Anexo III: Resumen de las diferentes tcnicas y aplicaciones de la Biologa Sinttica

Aplicaciones Expansin del cdigo gentico Frmacos Inteligentes Medicina personalizada Terapia gnica Reparacin y regeneracin de tejidos Reprogramacin celular Sntesis in vivo de frmacos Biorremediacin Explotacin de reservas mineras de baja calidad Seguridad de organismos transgnicos Biosensores Produccin de Hidrgeno Biomateriales Industria alimentaria Piensos animales Sectores tcnicos
Tabla 8. Resumen de tcnicas y aplicaciones de la Biologa Sinttica. Fuente: elaboracin propia.

Tcnicas de Biologa Sinttica Circuitos genticos Genoma Mnimo Evolucin dirigida Ingeniera gentica in silico

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BIOLOGA SINTTICA

Anexo IV: Microorganismos cuyo genoma ha sido secuenciado con aplicaciones en Biologa Sinttica
Aplicacin Microorganismo Anabaena variabilis ATCC29413 Caldicellulosiruptor saccharolyticus Carboxydothermus hydrogenoformans Clostridium phytofermentans Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 Methanobacterium thermoautotrophicum Delta H Methanococcoides burtonii DSM6242 Produccin de Energa Methanococcus jannaschii DSM2661 Methanosaeta thermophila PT (DSM6194) Methanosarcina barkeri Fusaro Methanospirillum hungateii JF1 Methylobacillus flagellatus KT Pichia stipitis CBS 6054 Syntrophomonas wolfei Gttingen DSM 2245B Syntrophobacter fumaroxidans MPOB Thermotoga neopolitana ATCC49045 Acidiphilium cryptum JF 5 Acidithiobacillus ferrooxidans Acidobacterium sp. Alkaliphillus metalliredigenes Anaeromyxobacter delahogenans 2CP-C Arthrobacter sp. strain FB24 Burkholderia ambifaria Burkholderia ambifaria AMMD Burkholderia xenovorans Biorremediacin Burkholderia vietnamiensis G4 Caulobacter crescentus Chromohalobacter salexigens DSM 3043 Dechloromonas RCB Dehalococcoides ethenogenes Dehalococcoides sp. strain BAV1 Dehalococcoides sp. strain VS Deinococcus geothermalis DSM11300 Deinococcus radiodurans R1 Desulfitobacterium hafniense DCB-2 Desulfotomaculum reducens MI-1

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Tendencias

Aplicacin

Microorganismo Desulfovibrio desulfuricans G20 Desulfovibrio vulgaris Hildenborough Desulfuromonas acetoxidans Ferroplasma acidarmanus fer1 Geobacter metallireducens Geobacter sp. strain FRC-32 Geobacter sulfurreducens Glomus intraradices Kineococcus radiotolerans nov Laccaria bicolor Mesorhizobium BNC1 Methylobium petroleophilum PM1 Methylococcus capsulatus Mycobacteria Nectria haematococca MPVI Nocardioides strain JS614 Novosphingobium aromaticivorans F199 Bacillus selenitireducens MLS-10 Bacillus selenitireducens MLMS-1

Biorremediacin

Clostridium sp. OhILA Clostridium sp. MLHE-1 Paracoccus denitrificans Polaromonas naphthalenivorans sp. strain nov CJ2 Beta proteobacterium sp. JS666 Pseudoalteromonas atlantica Pseudomonas fluorescens PFO-1 Pseudomonas putida Pseudomonas putida F1 Ralstonia eutropha JMP-134 Ralstonia metallidurans CH34 Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 Shewanella amazonensis Shewanella baltica OS195 Shewanella baltica OS1155 Shewanella denitrificans OS220 Shewanella frigidimarina NCMB400 Shewanella oneidensis MR-1 Shewanella putrefaciens CN-32 Shewanella putrefaciens ML-S2

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BIOLOGA SINTTICA

Aplicacin

Microorganismo Shewanella putrefaciens p200

Biorremediacin

Shewanella putrefaciens W3-6-1 Xanthobacter autotrophicus Py2 Clostridium thermocellum ATCC27405 Cytophaga hutchinsonii ATCC33406 Flavobacterium johnsoniae Microbulbifer degradans 2-40

Degradacin de celulosa

Phanerochaete chrysosporium Postia placenta MAS 698 Rubrobacter xylanophilus Thermobifida fusca YX Trichoderma reesei RUT-C30, ATCC56765 Mycoplasma genitalium Buchnera aphidicola BAp Buchnera aphidicola BSg Buchnera aphidicola BBp

Otras (Bacterias intracelulares)

Buchnera aphidicola BCc Blochmannia floridanus Blochmannia pensylvannicus Wiglesworthia glosinidia Baumannia cicadellinicola Rickettsia prowazekii Tropheryma whippplei

Tabla 9. Microorganismos cuyo genoma ha sido secuenciado con aplicaciones en Biologa Sinttica. Fuente: Microbial Genomics Research. Departamento de Energa de Estados Unidos, Oficinas de Ciencia y de Investigacin en Biologa y Medio Ambiente. Comunicacin personal del Dr. Andrs Moya (http://www.microbialgenome.org).

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Tendencias

Anexo V: Ejemplos de grupos de investigacin en Biologa Sinttica

A continuacin les presentamos un conjunto de fichas tcnicas de varios grupos de investigacin que en la actualidad trabajan en temas relacionados con la Biologa Sinttica. Se trata de unas fichas de carcter general en las que se pretende reflejar los principales retos a los que se enfrentan los investigadores de esta disciplina emergente.

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GRUPO DE INVESTIGACIN 1 Nombre de la institucin: Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas, Dpto. Programas Experimentales - Grupo de Desarrollo de ensayos Investigador: Dr. Amancio Carnero Perfil del grupo de investigacin
reas de experiencia: Circuitos genticos. Modelizacin matemtica de procesos biolgicos. Personal: 1 Doctor. 1 Becario. Formacin: Biologa. Fsica. reas de experiencia: Circuitos genticos. Ingeniera gentica in silico.

GRUPO DE INVESTIGACIN 2 Nombre de la institucin: Centro Nacional de Investigaciones Oncolgicas, Dpto. Bioinformtica - Laboratorio de Biologa de Sistemas Evolutiva Investigador: Dr. Juan F. Poyatos

Personal: 1 Doctor. 1 Becario. 1 Tcnico. 1 FP II.

Formacin: Biologa. Fsica.

reas de investigacin de inters

Biomedicina: Frmacos inteligentes. Reprogramacin celular. Modelos Matemticos. Otras: Computacin biolgica. Genmica comparada. Evolucin molecular.

Biomedicina: Frmacos inteligentes. Reprogramacin celular. Modelos Matemticos.

Proyectos en Biologa Sinttica Aplicaciones futuras

Conocimiento cuantitativo de procesos tumorales, identificacin de circuitos gnicos y su robustez en la generacin del cncer, su aplicabilidad en la identificacin de dianas para el descubrimiento de nuevos frmacos. Rediseo de redes genticas naturales en E. Coli. Comparacin del funcionamiento de diferentes redes genticas asociadas a osciladores moleculares.

Tecnologas de inters

Proyectos en Biologa Sinttica

Tecnologas de inters
Circuitos genticos. Ingeniera gentica in silico. Biologa de sistemas.

Aplicaciones futuras
Mejora del conocimiento de las redes genticas naturales, su funcin y su mal funcin.

Proyecto COMBIO. Proyecto NETSENSOR.

Circuitos genticos. Modelizacin matemtica de procesos biolgicos.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Largo plazo (15 aos): Terapia Gnica. Corto plazo (5 aos): Sntesis in vivo de frmacos. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Seguridad de organismos transgnicos. Biosensores. Produccin de Bioenerga. Industria alimentaria, textil, papelera y detergentes. Piensos animales. Medio plazo (10 aos): Frmacos inteligentes. Terapia Gnica. Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestructuras. Desarrollo de composites. Largo plazo (15 aos): Medicina personalizada. Reparacin y regeneracin de tejidos. Reprogramacin celular.

Corto plazo (5 aos): Medicina personalizada. Reprogramacin celular. Sntesis in vivo de frmacos. Biorremediacin. Seguridad de organismos transgnicos. Biosensores. Sntesis de nuevos materiales. Desarrollo de composites. Piensos Animales. Industria textil, papelera y detergentes.

Medio plazo (10 aos): Frmacos inteligentes. Reparacin y regeneracin de tejidos. Produccin de bioenerga. Organizacin de nanoestrucutras. Industria alimentaria.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos.

BIOLOGA SINTTICA

Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Financiacin de proyectos multidisciplinares. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos. Utilizacin de la Biologa Sinttica por otras reas de investigacin.

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GRUPO DE INVESTIGACIN 4 Nombre de la institucin: Consejo Superior de Investigaciones Cientficas-CNB, Dpto. Estructura de macromoleculas - Estructura de agregados macromoleculares Investigador: Dr. Jos Lpez Carrascosa Perfil del grupo de investigacin
reas de experiencia: Circuitos genticos. Evolucin dirigida. Biosensores. Personal: 3 Doctores. 2 Becarios. 1 Tcnico 1 FP II. Formacin: Biologa. Qumica. Fsica. reas de experiencia: Evolucin dirigida. Biomateriales.

GRUPO DE INVESTIGACIN 3 Nombre de la institucin: Consejo Superior de Investigaciones Cientficas-CNB, Dpto. Biotecnologa microbiana - Laboratorio de Microbiologa medioambiental Investigador: Dr. Vctor de Lorenzo Prieto

Tendencias

Personal: 3 Doctores. 1 Becario. 1 Tcnico. 1 FP II.

Formacin: Biologa. Qumica.

reas de investigacin de inters

Biomedicina: Bio-nanotecnologa.

Biomedicina: Sistema Inmune Artificial.

Medio ambiente: Biorremediacin. Biosensores.

Proyectos en Biologa Sinttica Aplicaciones futuras

Biodegradacin de compuestos aromticos. Biodeteccin de txicos medioambientales. Proyecto STREP A modular platform for engineering of nanomechanical actuator building blocks (NANOMOT). Genoma Mnimo. Evolucin dirigida.

Tecnologas de inters

Proyectos en Biologa Sinttica

Tecnologas de inters

Aplicaciones futuras

Proyecto STREP A modular platform for biosntesis of complex molecules (EUOBIOSYN). Proyecto STREP Programmable Bacterial Catalysts (PROBACTYS).

Circuitos genticos. Evolucin dirigida.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Largo plazo (15 aos): Frmacos inteligentes. Medicina personalizada. Terapia Gnica. Industria alimentaria. Piensos animales. Industria textil. Corto plazo (5 aos): Frmacos inteligentes. Sntesis in vivo de frmacos. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Seguridad de organismos transgnicos. Biosensores. Produccin de Bioenerga. Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestructuras. Desarrollo de composites. Piensos animales. Industria textil papelera y detergentes. Medio plazo (10 aos): Medicina personalizada. Reparacin y regeneracin de tejidos. Reprogramacin celular. Industria alimentaria. Largo plazo (15 aos): Terapia Gnica.

Corto plazo (5 aos): Sntesis in vivo de frmacos. Biorremediacin. Seguridad de organismos transgnicos. Biosensores. Sntesis de nuevos materiales.

Medio plazo (10 aos): Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Produccin de bioenerga. Organizacin de nanoestrucutras. Industria alimentaria. Industria papelera y detergentes.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares.

Sntesis a gran escala de cidos nucleicos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin de bases de datos de partes biolgicas estandarizadas. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia.

GRUPO DE INVESTIGACIN 5 Nombre de la institucin: Universidad de Mlaga Facultad de Ciencias - Dpto. de Biologa Celular y Gentica Investigador: Dr. Enrique Viguera Perfil del grupo de investigacin
reas de experiencia: Genoma Mnimo. Replicacin de ADN. Personal: 7 Doctores. 6 Becarios. 2 Tcnicos. 1 FP II. Formacin: Biologa. Informtica. reas de experiencia: Genoma mnimo. Evolucin dirigida.

GRUPO DE INVESTIGACIN 6 Nombre de la institucin: Universidad de Valencia Instituto Cavanilles de Biodiversidad y Biologa Evolutiva - Dpto. Gentica Evolutiva Investigador: Dr. Andrs Moya

Personal: 1 Doctor. 1 Becario. 1 Tcnico.

Formacin: Biologa. Informtica.

reas de investigacin de inters

Biomedicina: Sntesis in vivo de frmacos. Medio ambiente: Biorremediacin.

Biomedicina: Otros.

Proyectos en Biologa Sinttica Aplicaciones futuras

Identificacin de genes esenciales en procesos de replicacin, reparacin y recombinacin en genomas microbianos. Identificacin de nuevas dianas antimicrobianas. Secuenciacin de genomas mnimos naturales de algunas bacterias endosimbiontes de insectos. Inferencia de un genoma mnimo, su metabolismo y estudio terico de su viabilidad. Evolucin experimental con virus de RNA. Genoma mnimo. Evolucin dirigida.

Tecnologas de inters

Proyectos en Biologa Sinttica

Tecnologas de inters

Aplicaciones futuras
Caracterizacin de los clusters de genes de bacterias endosimbiontes implicados en la biosntesis de agentes antitumorales, y antifngicos con las correspondientes implicaciones biomdicas que supone el conocer, aislar y caracterizar dichos clusters. Diseo terico de una clula mnima a partir de los genomas reducidos naturales.

Estudio comparativo de la inestabilidad de secuencias de ADN repetidas en genomas procariticos y eucariticos. Anlisis del componente de replicacin, reparacin y recombinacin en genomas mnimos.

Circuitos genticos. Genoma Mnimo.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Largo plazo (15 aos): Terapia Gnica. Reprogramacin celular. Produccin de bioenerga. Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestrucutras. Piensos animales. Industria textil, papelera y detergentes. Corto plazo (5 aos): Sntesis in vivo de frmacos. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Biosensores. Produccin de bioenerga. Industria alimentaria. Medio plazo (10 aos): Frmacos inteligentes. Reprogramacin celular. Seguridad de organismos transgnicos. Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestrucutras. Piensos animales. Largo plazo (15 aos): Medicina personalizada. Terapia gnica. Reparacin y regeneracin de tejidos. Industria textil, papelera y detergentes.

Corto plazo (5 aos): Frmacos inteligentes. Reparacin y regeneracin de tejidos. Sntesis in vivo de frmacos. Biosensores.

Medio plazo (10 aos): Medicina personalizada. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Seguridad de organismos transgnicos. Industria alimentaria. Piensos animales.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos.

BIOLOGA SINTTICA

Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Replicacin de ADN artificial mediante enzimas naturales. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares.

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GRUPO DE INVESTIGACIN 8 Nombre de la institucin: Laboratorio Europeo de Biologa Molecular Unidad de Biologa Estructural y Computacional Investigador: Dr. Luis Serrano Perfil del grupo de investigacin
reas de experiencia: Circuitos genticos. Evolucin dirigida. Biorremediacin. 1 Tcnico. 1 FP II. Ingeniera. Informtica. Personal: 5 Doctores. 2 Becarios. Formacin: Biologa. Qumica. Fsica. reas de experiencia: Circuitos genticos. Ingeniera gentica in silico.

GRUPO DE INVESTIGACIN 7 Nombre de la institucin: Consejo Superior de Investigaciones Cientficas - CNB Dpto. Regulacin del metabolismo de hidrocarburos en bacterias Investigador: Dr. Fernando Rojo de Castro

Tendencias

Personal: 2 Doctores. 1 Becario. 1 Tcnico.

Formacin: Biologa.

reas de investigacin de inters

Biomedicina: Frmacos inteligentes. Medicina personalizada. Biomateriales: Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestructuras.

Medio ambiente: Biorremediacin. Biotransformaciones/Biocatlisis.

Proyectos en Biologa Sinttica Aplicaciones futuras

Ingeniera metablica. Biocatlisis. Biorremediacin. NEST: Netsensor. STREP: COMBIO. EC IP Interactome. Genoma Mnimo. Evolucin dirigida. Ingeniera gentica in silico.

Tecnologas de inters

Proyectos en Biologa Sinttica Tecnologas de inters

Aplicaciones futuras
Desarrollo de programas: SmartCell (Software) para simular redes de genes y protenas que tienen en cuenta el espacio celular. FoldX, software de diseo automtico de protenas. Creacin de un repositorio de mdulos proteicos con funciones definidas que se puedan utilizar como bloques de construccin.

Genmica funcional para la resolucin de problemas medioambientales y de salud. Control fisiolgico de rutas de degradacin de hidrocarburos en Pseudomonas putida.

Circuitos genticos. Evolucin dirigida.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Largo plazo (15 aos): Ingeniera metablica. Sntesis in vivo de frmacos. Produccin de bioenerga. Corto plazo (5 aos): Frmacos inteligentes. Medicina personalizada. Sntesis in vivo de frmacos. Biosensores. Industria alimentaria. Piensos animales. Medio plazo (10 aos): Terapia Gnica. Reprogramacin celular. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Seguridad de organismos transgnicos. Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestructuras. Desarrollo de composites. Industria textil, papel y detergentes. Largo plazo (15 aos): Reparacin y regeneracin de tejidos. Produccin de bioenerga.

Corto plazo (5 aos):

Medio plazo (10 aos): Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Biosensores. Sntesis de nuevos materiales. Biocatalizadores. Ingeniera metablica.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos. Desarrollo de herramientas de software ms potentes. Creacin de bases de datos estandarizadas. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin de redes y consorcios de colaboracin y grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares y de proyectos mixtos OPIS - Empresa. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos.

Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Desarrollo de herramientas de software ms potentes. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Financiacin de proyectos multidisciplinares. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos.

GRUPO DE INVESTIGACIN 9 Nombre de la institucin: Consejo Superior de Investigaciones Cientficas Instituto de Biologa Molecular y celular de plantas Dpto. Evolucin y variabilidad viral Investigador: Dr. Santiago F. Elena Fito GRUPO DE INVESTIGACIN 10 Nombre de la institucin: Universidad Politcnica de Madrid Facultad de Informtica Laboratorio de Inteligencia Artificial Investigador: Dr. Alfonso Rodrguez-Patn Aradas Perfil del grupo de investigacin
reas de experiencia: Circuitos genticos. Genoma Mnimo. Evolucin Dirigida. 1 Tcnico. 1 FP II. Fsica. Informtica. Personal: 2 Doctores. 1 Becario. Formacin: Matemticas. Ingeniera. reas de experiencia: Evolucin Dirigida. Ingeniera gentica in silico. Biosensores.

Personal: 4 Doctores. 3 Becarios.

1 Tcnico. 1 FP II.

Formacin: Biologa.

reas de investigacin de inters

Biomedicina: Frmacos inteligentes. Terapia gnica. Biomateriales: Organizacin de nanoestructuras.

Biomedicina: Virologa.

Proyectos en Biologa Sinttica Aplicaciones futuras

Nuevos desarrollos en la computacin molecular con ADN y en la computacin celular con membranas.

Tecnologas de inters

Proyectos en Biologa Sinttica

Tecnologas de inters
Evolucin dirigida. Ingeniera gentica in silico. Autmatas biomoleculares. Computacin celular. Computacin biomolecular con ADN. Modelos computacionales bioinspirados.

Aplicaciones futuras
Diseo y estudio de la capacidad de nuevos sistemas micro/nano fludicos inteligentes. Diseo de bio-algoritmos paralelos y distribuidos eficientes implementables con sistemas microfludicos. Desarrollar el empleo de la computacin biomolecular y celular in vitro. Diseo de autmatas biomoleculares como dispositivo de diagnstico y tratamiento in vivo (diagnstico y frmaco en una misma molcula).

Evolucin experimental de virus vegetales: caracterizacin de efectos mutacionales e implicaciones evolutivas de la segmentacin genmica. EMBO Young Investigator Award. EMBO-MEC (BFU200422607-E).

Circuitos genticos. Evolucin dirigida. Genoma Mnimo.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Largo plazo (15 aos): Medicina personalizada. Reprogramacin celular. Sntesis in vivo de frmacos. Corto plazo (5 aos): Biosensores. Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestructuras. Medio plazo (10 aos): Frmacos inteligentes. Terapia Gnica. Reprogramacin celular. Sntesis in vivo de frmacos. Largo plazo (15 aos): Medicina personalizada.

Corto plazo (5 aos):

Medio plazo (10 aos): Frmacos inteligentes. Terapia Gnica. Reparacin y regeneracin de tejidos.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

BIOLOGA SINTTICA

Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Desarrollo de herramientas de software ms potentes. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares.

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GRUPO DE INVESTIGACIN 12 Nombre de la institucin: Consejo Superior de Investigaciones Cientficas, CNB Dept Biotecnologa Microbiana - Grupo de Estrs e Hipermutacin en Bacterias Investigador: Dr. Jess Blzquez Gmez Perfil del grupo de investigacin
reas de experiencia: Circuitos genticos. Genoma Mnimo. Biologa Terica. Personal: 1 Doctor. 5 Becarios. Formacin: Biologa. Fsica. reas de experiencia: Circuitos genticos. Evolucin dirigida.

GRUPO DE INVESTIGACIN 11 Nombre de la institucin: Universidad Complutense de Madrid, Dpto. Bioqumica y Biologa Molecular - Grupo de Biofsica Investigador: Dr. Federico Morn

Tendencias

Personal: 2 Doctores. 2 Becarios.

1 Tcnico. 1 FP II.

Formacin: Biologa. Bioqumica. Qumica.

reas de investigacin de inters

Biomedicina: Lucha contra la resistencia a antibiticos. Medio ambiente: Biorremediacin.

Biomedicina: Diseo Metablico.

Proyectos en Biologa Sinttica Aplicaciones futuras

Optimizacin de flujos metablicos. Tiempos de respuesta y de trnsito de sistemas biolgicos complejos. Autorregulacin y respuesta en circuitos naturales. Hipermutacin como mecanismo adaptativo en bacterias. Circuitos genticos. Evolucin dirigida.

Tecnologas de inters

Proyectos en Biologa Sinttica Tecnologas de inters

Aplicaciones futuras
Rediseo de circuitos genticos para mejora de respuesta frente a diferentes agentes farmacolgicos y biorremediacin. Mejora de procesos biotecnolgicos (nuevas rutas biosintticas).

Dinmica y tiempos de evolucin y permanencia de especies en sistemas biolgicos: transformaciones bioqumicas, sistemas celulares automantenidos, cuasiespecies virales y especies bacterianas.

Evolucin dirigida. Diseo metabolismo.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Largo plazo (15 aos): Frmacos inteligentes. Terapia Gnica. Corto plazo (5 aos): Terapia Gnica. Biorremediacin. Seguridad de organismos transgnicos. Biosensores. Medio plazo (10 aos): Reparacin y regeneracin de tejidos. Sntesis in vivo de frmacos. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Biosensores. Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestrucutras. Desarrollo de composites. Piensos animales. Industria alimentaria, papelera y detergentes. Largo plazo (15 aos): Frmacos inteligentes. Medicina personalizada. Reprogramacin celular. Produccin de bioenerga. Industria textil.

Corto plazo (5 aos): Reprogramacin celular. Sntesis in vivo de frmacos. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Biosensores. Produccin de bioenerga. Industria alimentaria. Industria papelera y detergentes. Piensos animales. Industria textil.

Medio plazo (10 aos): Medicina personalizada. Reparacin y regeneracin de tejidos. Sntesis de nuevos materiales. Organizacin de nanoestrucutras. Desarrollo de composites.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Desarrollo de herramientas de software ms potentes. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin de bases de datos de partes biolgicas estandarizadas. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares y de proyectos mixtos OPIS-empresa. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos.

Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Desarrollo de herramientas de software ms potentes. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Financiacin de proyectos multidisciplinares.

GRUPO DE INVESTIGACIN 13 Nombre de la institucin: Universidad Autnoma de Barcelona, Institut Biotecnologa i Biomedicina, Grupo de Biologa Molecular Investigador: Dr. Enrique Querol Perfil del grupo de investigacin
reas de experiencia: Circuitos genticos. Genoma Mnimo. Evolucin dirigida. Ingeniera gentica in silico. Personal: 15 investigadores doctores. 11 investigadores no doctores. 10 estudiantes de pregrado. Formacin: Ingeniera. Informtica. Biologa. Qumica Fsica Matemticas. reas de experiencia: Fotnica: modelizacin de sistemas lineales y no lineales. Energa: modelizacin de sistemas energticos complejos. Matemticas: algortmica avanzada. Bioqumica y Biologa Molecular: Biofsica de membranas.

GRUPO DE INVESTIGACIN 14 Nombre de la institucin: Universidad Politcnica de Valencia Grupo de Modelizacin Interdisciplinar Investigador: Dr. Pedro Jos Fernndez de Crdoba Castell

Personal: 5 Doctores. 6 Becarios. 1 Tcnico. 1 FP II.

Formacin: Biologa. Informtica. Qumica.

reas de investigacin de inters

Biomedicina: Medio ambiente: Biorremediacin. Biosensores. Otros: Sntesis in vivo de frmacos. Energa: Produccin de bioenerga. Biomateriales, Procesos industriales, Biofotnica.

Biomedicina:

Reparacin y regeneracin de tejidos. Circuitos genticos para identificacin de targets.

Proyectos en Biologa Sinttica Aplicaciones futuras

Simulacin computacional de la clula. Metabolmica. Biologa de sistemas. Clula mnima. Participacin valenciana en el concurso iGEM 2006. iGEM (internacional Genetically Engineered Machine). European Specific Support Action SYNBIOCOMM (EU-FP6 program NEST -New and Emerging Science and Technology-). BioModularH2 (Engineered Modular Bacterial Photoproduction of Hydrogen). Programa NEST - PATHFINDER de la Unin Europea. En fase de negociacin del contrato. Acciones de Difusin/Divulgacin de la Biologa Sinttica y de la Participacin del Equipo de Estudiantes Valencianos en el Concurso Internacional iGEM (Proyecto solicitado).

Tecnologas de inters

Proyectos en Biologa Sinttica

Tecnologas de inters
Circuitos genticos, Ingeniera gentica in silico, Ingeniera metablica, Modelizacin de circuitos metablicos, Ingeniera molecular, Biofsica, Simulacin molecular, Bioenerga, Biofotnica.

Aplicaciones futuras
Produccin optimizada de biocombustibles. Produccin optimizada de biohidrgeno a partir de bacterias fotosintticas. Optobinica. Diseo de dispositivos fotnicos con base biolgica.

Protemica funcional e ingeniera metablica en una clula mnima modelo. Proyecto MCYT BFU 200406377- C02-01/BMC.

Circuitos genticos. Genoma Mnimo. Evolucin dirigida. Ingeniera gentica in silico.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Largo plazo (15 aos): Medicina personalizada. Terapia Gnica. Reprogramacin celular. Industria alimentaria. Piensos animales. Corto plazo (5 aos): Reprogramacin celular. Seguridad de organismos transgnicos. Biosensores. Produccin de bioenerga. Organizacin de nanoestrucutras. Desarrollo de composites. Ind. alimentaria, textil, papelera y detergentes. Piensos animales. Medio plazo (10 aos): Frmacos inteligentes. Terapia gnica. Reparacin y regeneracin de tejidos. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Sntesis de nuevos materiales. Biomineralizacin. Largo plazo (15 aos): Medicina personalizada.

Corto plazo (5 aos): Biorremediacin. Seguridad de organismos transgnicos. Biosensores. Produccin de Bioenerga. Sntesis de nuevos materiales.

Medio plazo (10 aos): Frmacos inteligentes. Reparacin y regeneracin de tejidos. Sntesis in vivo de frmacos. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Organizacin de nanoestructuras. Desarrollo de composites. Industria textil papelera y detergentes.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

BIOLOGA SINTTICA

Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Sntesis a gran escala de cidos nucleicos con mayor estabilidad. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Desarrollo de herramientas de software ms potentes. Financiacin de proyectos multidisciplinares y de proyectos mixtos OPIS-empresa. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos.

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Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Identificacin de las unidades bsicas que componen los circuitos genticos. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Programas de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin de bases de datos de partes biolgicas estandarizadas. Financiacin de proyectos multidisciplinares. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos. Elaboracin de plataformas computacionales para la modelizacin de sistemas biolgicos mediante partes estandarizadas (biobricks). Integracin vertical de diferentes jerarquas de abstraccin (partes, dispositivos y sistemas) para el diseo, optimizacin y control de sistemas biolgicos.

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GRUPO DE INVESTIGACIN 16 Nombre de la institucin: Universidad Rovira i Virgili Director Grupo: Dr. Carlos Martn Vide Perfil del grupo de investigacin
reas de experiencia: Personal: 8 Doctores. 22 Becarios. 2 Tcnicos. 1 FP II. Formacin: Ingeniera. Informtica. Matemticas. Lingstca. reas de experiencia: Computacin Bioinspirada.

GRUPO DE INVESTIGACIN 15 Nombre de la institucin: Consejo Superior de Investigaciones Cientficas - CNB Dep. de Biotecnologa Microbiana, Laboratorio de Control Gentico del Ciclo Celular Investigador: Dr. Miguel Vicente

Tendencias

Personal: 1 Doctor. 0 Becario. 0 Tcnico. 0 FP II.

Formacin:

reas de investigacin de inters

Biomateriales: Organizacin de nanoestructuras. Biomateriales: Organizacin de nanoestructuras. Informtica:

Biomedicina: Antimicrobianos.

Medio ambiente: Control de la propagacin microbiana.

Proyectos en Biologa Sinttica Aplicaciones futuras

Creacin in vitro de estructuras celulares capaces de mimetizar los procesos de divisin celular. Computacin en Red con Procesadores Evolutivos MCYT, TIC2003-09319-C0301.

Tecnologas de inters

Proyectos en Biologa Sinttica

Tecnologas de inters
Computacin biomolecular. Computacin con ADN. Redes de procesadores biolgicos. Bioinformtica.

Aplicaciones futuras
Desarrollos tericos en modelizacin matemtica. Nanotecnologa biomolecular.

Reconstruccin en el tubo de ensayo de la maquinaria de divisin celular.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Largo plazo (15 aos): Frmacos inteligentes. Medicina personalizada. Terapia Gnica. Reparacin y regeneracin de tejidos. Reprogramacin celular. Sntesis in vivo de frmacos. Corto plazo (5 aos): Medicina personalizada. Terapia gnica. Reparacin y regeneracin de tejidos. Biorremediacin. Explotacin de reservas mineras de baja calidad. Biosensores. Produccin de bioenerga. Sntesis de nuevos materiales. Desarrollo de composites. Piensos animales. Medio plazo (10 aos): Reprogramacin celular. Sntesis in vivo de frmacos. Seguridad de organismos transgnicos. Organizacin de nanoestrucutras. Industria alimentaria, textil, papelera y detergentes. Largo plazo (15 aos): Frmacos inteligentes.

Corto plazo (5 aos):

Medio plazo (10 aos): Organizacin de nanoestructuras.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Replicacin de ADN artificial mediante enzimas naturales. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Programas educativos de especializacin en Biologa Sinttica. Desarrollo de herramientas de software ms potentes. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares y de proyectos mixtos OPIS-empresa.

Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Financiacin adecuada de los proyectos del Plan Nacional.

GRUPO DE INVESTIGACIN 17 Nombre de la institucin: Consejo Superior de Investigaciones Cientficas Centro de Investigaciones Biolgicas Investigador: Dr. Germn Rivas Caballero Perfil del grupo de investigacin
Personal: 3 Doctores. 2 Becarios. 1 Tcnico. Formacin: Biologa. Qumica. Farmacia. reas de experiencia: Ciencia de Protenas. Biofsica de interacciones macromoleculares.

reas de investigacin de inters

Biomateriales: Organizacin de nanoestructuras. Biofsica: Organizacin estructural, energtica y dinmica de complejos macromoleculares funcionales.

Proyectos en Biologa Sinttica Tecnologas de inters

Biofsica de interacciones macromoleculares. Biologa Sinttica de la divisin celular bacteriana.

Aplicaciones futuras

Proyecto BFU2005-04087-C0201: Interacciones macromoleculares en procesos biolgicos esenciales: caracterizacin biofsica en medios fisiolgicamente aglomerados.

Perspectivas de las aplicaciones de Biologa Sinttica

Corto plazo (5 aos): Biosensores. Organizacin de nanoestructuras. Medio plazo (10 aos): Biosensores. Organizacin de nanoestructuras. Ensamblaje de complejos macromoleculares funcionales en entornos naturales. Largo plazo (15 aos): Ensamblaje de complejos macromoleculares funcionales en entornos naturales.

Principales Retos de la Biologa Sinttica

Identificacin del nmero de genes mnimo y suficiente para crear organismos autnomos. Integracin de los componentes de los sistemas biolgicos diseados en el laboratorio en organismos autnomos. Formulacin de modelos matemticos ms robustos que los actuales. Creacin de redes y consorcios de colaboracin. Programas de especializacin en Biologa Sinttica. Creacin de bases de datos de partes biolgicas estandarizadas. Creacin y consolidacin de grupos de excelencia. Financiacin de proyectos multidisciplinares. Formulacin de una legislacin aplicable al uso de microorganismos desarrollados mediante Biologa Sinttica y sus productos. Reconstruccin en el tubo de ensayo de procesos esenciales.

BIOLOGA SINTTICA

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Tendencias

Glosario
ADN: polmero constituido por bases nucleotdicas unidas mediante enlaces de fsforo, cuya funcin consiste en almacenar toda la informacin gentica de un organismo. ARN: cadena nica de cido nuclico cuyo azcar es la ribosa. Su funcin es transportar la informacin gentica contenida en el ADN en el ncleo celular a los ribosomas, donde esta informacin ser transformada en protenas. ARN de interferencia: molcula de ARN complementaria de una molcula de ARN transcrito, que al formar hbridos con esta ltima la silencia, o lo que es lo mismo, la impide realizar su funcin. ARN de transferencia: molcula de ARN capaz de transportar los aminocidos a los ribosomas para que se produzca la sntesis de protenas. Bio brick: fragmento de ADN que codifica para una parte gentica o biolgica y que, a su vez, puede ser empalmado con cualquier otro BioBrick para formar un mdulo complejo. Biosensor: dispositivos compactos de anlisis que se componen de un elemento capaz de reconocer e interaccionar con la sustancia o microorganismos de inters y de un sistema electrnico que permite procesar la seal producida por esta interaccin. Circuito gentico: conjunto de genes y de las interacciones que les permiten realizar funciones concretas. Codn: secuencia de tres nucletidos de una molcula de DNA o de RNA mensajero, que representa la instruccin de incorporar un determinado aminocido en una cadena polipeptdica en crecimiento. Enzima: protena cuya funcin es actuar como catalizador en las reacciones biolgicas. Evolucin dirigida: herramienta de ingeniera de protenas que permite el diseo de enzimas con caractersticas no presentes en la naturaleza. Gen: fragmento de ADN que contiene la informacin bsica para la sntesis de una determinada protena. Gen quimrico: molcula de ADN recombinante que contiene secuencias procedentes de diferentes organismos. Genoma: conjunto de genes de una clula o un individuo completo. Genoma mnimo: conjunto de genes mnimo y suficiente que permite a la clula realizar todas sus funciones de manera autnoma. Operadores lgicos: operadores que relacionan datos binarios (cierto=1, falso=0) o de texto, con operaciones similares a las operaciones algebraicas. Protena: polmero constituido por aminocidos, cuya estructura tridimensional es capaz de fijar especficamente ligandos y desarrollar as sus funciones.

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BIOLOGA SINTTICA

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