1

DENEYN ADI : AMNO ASTLERN ANALZ DENEYN AMACI : Glisin, Aspartik asit ve DL-alanin amino asitlerinin ninhidrin ile tanmlamaya almak. TARH : 14.04.2008 TEORK BLG : AMNO ASTLER : Amino asitler, yaplarnda hem amino grubu ( 2) hem de karboksil NH grubu ( COOH) ieren bileiklerdir. Doada 300 kadar farkl amino asit bulunmaktadr. Amino asitlerin standart amino asitler diye bilinen 20 tanesi, karakteristik say ve dizili srasnda bir dz zincirde birbirlerine kovalent olarak balanarak proteinleri olutururlar. Standart amino asitler, DNA tarafndan kodlanan ve proteinleri oluturan birimlerdir. Bir standart amino asit polipeptit zinciri yapsna girdikten sonra bir modifikasyona urarsa Nonstandart amino asitler diye bilinen baz amino asitler oluabilir. rnein prolin, kollajen ierisinde hidroksiproline okside olur. Birok enzim aktivitesi, serin, treonin ve tirozin birimlerinin fosforilasyonu ile dzenlenir. Glikoproteinlerde serin, treonin, asparajin amino asitlerine, galaktoz, glukoz, mannoz, dier ekerler veya oligosakkaritler balanmtr. Tirogloblin yapsndaki tirozin, tiroit hormonlarna (T3 ve T4) dntrlr.Proteinlerin yapsnda bulunmayan fakat hcrede ok deiik biyolojik fonksiyonlara sahip amino asitler de vardr. Amino asitler, Standart amino asitler, ayn karbon atomuna balanm bir amino grubu ve bir karboksil grubu ierirler. Fizyolojik pHda, amino grubu proton tar ve pozitif ykldr; karboksil grubundan ise proton ayrlmtr ve negatif ykldr: Standart amino asitlerde amino ve karboksil gruplarnn bal olduu karbon atomu -karbon atomu diye anlr. R grubu bir zincirde ek karbonlar ieriyorsa bu karbonlar , , , gibi harflerle belirtilirler. STANDART AMNO ASTLERN SINIFLANDIRILMASI Standart amino asitler birbirlerinden yan zincirlerindeki yani R gruplarndaki yap, byklk, elektrik yk, amino asidin sudaki znrlne etkisi bakmndan farkldrlar. Baz amino asitler, fizyolojik pHda, amino grubundaki pozitif yke ve karboksil grubundaki negatif yke ek olarak yan zincirde de bir yk tamaktadrlar. Baz yan gruplar polar iken baz yan gruplar nonpolardr. Amino asitlerin fonksiyonlar ve protein yapsndaki rolleri, yan zincirlerinin kimyasal zellikleri ile balantldr.Standart amino asitler, R yan gruplarnn yapsal zelliklerine gre yedi snfa ayrlrlar: Standart amino asitler, kimyasal zelliklerinin kolay anlalmas iin, R yan gruplarnn zellikle polarite veya biyolojik pHda su ile etkilemeye eilim zelliklerine gre de be snfa ayrlrlar: Glisin (Gly, G) ; R grubu H olan amino asittir ve en az interaktif olandr. Glisin, proteinlere, bulunduu yerde, dier amino asitlerden daha fazla fleksibilite verir. Glisin apolar bir aminoasittir. Yapsal olarak proteinlerde bulunan 20 aminoasit arasnda en basit olandr. Yan zinciri sadece bir hidrojen atomundan ibarettir. Glisin deki -karbon atomu da bir hidrojene bal olduu iin, glisin optik olarak aktif deildir, dier bir deyile optik izomeri bulunmamaktadr. Glisin en kk aminoasit olmas nedeniyle dier aminoasitlerin samad bir ok yere sabilmektedir. rnek olarak, kollajen heliksinin iinde

2 aminoasitlerden sadece glisin bulunabilmektedir. Glisin, evrimsel olarak baz proteinlerin belli pozisyonlarnda srekli olarak korunmutur (rnek olarak, sitokrom c, myoglobin ve hemoglobin). nk glisini daha byk bir aminoasitle deitiren mutasyonlar bu proteinlerin yapsn tamamen bozmaktadrlar. Proteinler genellikle az sayda glisin yapta iermektedir. te biri glisinden oluan kollajen ise bir istisnadr. H NH2 C H Glisin Glisinin Fizyolojik Fonksiyonlar; Glisin, merkezi sinir sisteminde, zellikle omurilik, beyin kk ve retinada olmak uzere inhibitr (sinir iletiimini engelleyici) bir nrotransmiterdir. Nronlar zerindeki glisin reseptrleri glisin tarafndan uyarldnda, nronun iine iyonotropik reseptrler vastasyla Cl- ak gereklesir. Negatif ykl iyonlarn nron ierisinde birikmesi inhibitr postsinaptik potansiyele neden olur. Nronun uyarlmas daha da zorlar. Strychnine iyonotropik glisin reseptrleri zerinde etkili bir antagonisttir. Glisin insan vcudundaki hcreler tarafndan fizyolojik ihtiyalar karlayacak miktarda sentezlenebildii iin beslenme yoluyla dardan alm art deildir. Alanin (Ala, A) ;(HO2CCH(NH2)CH3) ayn zamanda 2-aminopropanoik asit olarak adlandrlr. Doada L-alanin ya da D-alanin olmak zere iki farkl enantiomerik formu bulunmaktadr. L-alanin lsinden sonra protein biyosentezinde en sk kullanlan aminoasittir. Proteinlerin yaklak olarak %7.8'i alanin yaptalarndan olumaktadr. D-alanin, baz bakterilerin hcre duvarlarnda ve peptid antibiyotiklerin yaplarnda da bulunmaktadr. CH3 NH2 C H Alanin Alanin Yaps Alanin, molekler yaps en basit olan alifatik amino asitlerden biridir. Alaninin yapsnda bulunan alfa-karbon atomu yan zincir olarak bir metil(-CH3) grubuna balanmtr. Alanin Sentezi Alanin, temel olarak bir amin grubunun bir pirvat moleklne transferiyle sentezlenir. Transaminasyon reaksiyonlar ift ynl geri evrilebilir reaksiyonlar olduklar iin, alanin prvattan kolayca elde edilebilmektedir. Dolaysyla alanin biyosentezi ve kullanm hcresel enerji metabolizmasnda (glikoliz, glukoneogenez, Krebs dngs) nemli bir yere sahiptir Alanin Fonksiyonlar Alanindeki metil grubu kimyasal olarak olduka inaktif olmas nedeniyle protein fonksiyonunda ancak dolayl olarak katkda bulunabilir. Buna ramen, zellikle karbon gibi apolar atomlarla hidrofobik balar yapabilmesi sebebiyle, alanin substrat tannmasnda ve enzim-substrat ilikisinin zgl olmasnda rol oynayabilmektedir. COOH COOH

Alanin Kaynaklar Hemen hemen tm proteinler alanin iermektedirler. Dolaysyla protein ieren et, st, yumurta gibi genel besinler ayn zamanda zengin birer alanin kaynadr. Aspartik asit (Asp, D); (ayn zamanda anyonik formunun adyla aspartat olarak da adlandrlr), proteinlerin yapsnda bulunan 20 standart aminoasitten biridir.Aspartik asit olarak da bilinir. Vcuttan zararl amonyan atlmasna yardmc olur. Amonyak dolam sistemine girdii zaman toksik bir madde olarak hareket eder ve merkezi sinir sistemine zarar verebilir. ncelemeler, aspartik asitin dayankll ve yorgunlua direnci artrabileceini gstermitir. Adndan anlalabilecei gibi, aspartat, asparaginin karboksilik asit analoudur. nsan vcudu ihtiyac olan aspartat sentezleyebildii iin dardan besinlerle alnmas hayati nem tamaz. Proteinlerin yapta olmak dnda, aspartat beyinde nrotransmiter olarak da kullanlabilir ve re dngsnde ve glukoneogenez esnasnda metabolit olarak rol alabilir. Nrotransmiter olarak kullanlan aspartatn yorulmaya kar diren salayarak dayankll artrabildii hipotezi ne srlmtr, fakat destekleyen deneysel kaytlar ok gl deildir. H NH2 COOH C CH2 COOH

L-Aspartik asit Valin (Val, V), Lsin (Leu, L), zolsin (Ile, I), dall yan zincirli amino asitlerdir. Bunlarn byk yan zincirleri, dierlerinden farkl ekilleriyle protein yaplar iinde hidrofobik etkileimi kolaylatrmada nemlidir. Prolin (Pro, P), yapsndaki amino grubu imino grubu (-NH) halinde ve bir halkal yap iinde olan amino asittir. Prolin, halkal yaps nedeniyle proteinin yapsal fleksibilitesini azaltr. Fenilalanin (Phe, F), metil grubuna fenil grubu balanm alanin yapsnda amino asittir. Tirozin (Tyr, Y), fenil grubuna hidroksil grubu balanm fenilalanin yapsnda amino asittir. Tirozin amino asidi hidrofobik (suyu sevmeyen) olmakla birlikte ierdii hidroksil grubuyla hidrojen ba oluturabilir ve baz enzimlerin aktivitesinde tirozinin hidroksil grubu nemli bir fonksiyonel grup olarak etkili olur. Triptofan (Trp, W), indol halkas ieren amino asittir. Fenilalanin, tirozin ve triptofan, aromatik yan zincirleriyle nisbi olarak nonpolardrlar; tirozin hidroksil grubu ve triptofan indol halkasnn azotu nedeniyle fenilalaninden anlaml olarak daha polardrlar. Fenilalanin, tirozin ve triptofandaki aromatik gruplar, farkl protein zincirleri arasnda gl hidrofobik etkileim gsterirler.Tirozin ve triptofan, daha az derecede de fenilalanin, ultraviyole absorbe ederler. Serin (Ser, S), metil grubuna hidroksil grubu balanm alanin yapsnda amino asittir. Treonin (Thr, T), serin gibi hidroksil grubu ieren amino asittir. Sistein (Cys, C), slfhidril (tiyol) grubu ieren amino asittir. Sistein, sistin diye adlandrlan bir kovalent balanm dimerik amino asit ekline okside olabilir; sistinde iki sistein molekl bir dislfit kprs vastasyla birbirine balanmtr: Sistindeki gibi dislfit kprleri, birok proteinde meydana gelir ve proteinin yapsn stabilize ederler. Metiyonin (Met, M), kkrt ve ayn zamanda metil grubu ieren amino asittir.

4 Asparajin (Asn, N), Aspartatn amididir. Glutamin (Gln, Q), Glutamatn amididir. Serin, treonin, sistein, metiyonin, asparajin ve glutaminin R gruplar, su ile hidrojen balar oluturan fonksiyonel gruplar ierdiinden suda nonpolar amino asitlerden daha fazla znrler. Serin ve treonindeki hidroksil gruplar, asparajin ve glutamindeki amid gruplar, bu amino asitlerin birbirleriyle, su ile veya proteine bal dier polar bileiklerle hidrojen ba oluturmalarn salar; hidrofilik (suyu seven) olan bu amino asitler, sulu zeltilerde, globler proteinlerin su ile etkileim gsterebildikleri yzeylerinde bulunurlar. Sistein ve metiyonin de polardrlar, her biri kkrt atomu ierir; ancak yer aldklar amino asit grubu iinde dier amino asitlere gre daha hidrofobik (suyu sevmeyen)dirler. Glutamat (Glu, E), - pozisyonunda ikinci bir karboksil grubu ieren amino asittir. Aspartat ve glutamat, asidik amino asitler olarak da bilinirler; ikinci karboksil gruplaryla pH 7de net negatif ykl R gruplarna sahip amino asitlerdir. Aspartat ve glutamat, asparajin ve glutaminin ana bileikleridirler. Lizin (Lys, K), alifatik zincirde -pozisyonunda ikinci bir amino grubu ieren amino asittir. Arjinin (Arg, R), pozitif olarak ykl guanidino grubu ieren amino asittir. Histidin (His, H), imidazol grubu ieren amino asittir. Lizin, arjinin ve histidinin yan zincirleri, ierdikleri azot atomlarnda protonlanarak pozitif ykle yklenebilir; bu amino asitler, bazik amino asitler olarak da bilinirler. Histidindeki imidazol grubunun yk, pH deerlerindeki kk deiiklikler veya lokal evre ile deiebilir. Amino asitleri ninhidrin yntemi ile tanmlama deneyi : Ninhidrin, gl bir organik oksidandr. Amino asitler, ninhidrin etkisiyle oksidatif deaminasyona ve dekarboksilasyona urarlar; amino asitten aldehit, amonyak ve karbondioksit oluurken ninhidrin indirgenir. lk sralarda oluan indirgenmi ninhidrin de henz indirgenmemi ninhidrin ve amonyak ile reaksiyona girerek mor renkli bir kompleks oluturur; tpte gzlenen mor renk, oluan bu mor renkli kompleksten ileri gelmektedir. Gerekleen reaksiyon; O OH H2N OH Ninhidrin O OH O H BAZ C R Amino asit COOH

CO2

RCHO

3H2O

O O Mor renkli kompleks

Aldehit

5 VERLER : Amino asit Glisin L-aspartik asit DL-alanin YORUM : Amacmz Glisin, Aspartik asit ve DL-alanin amino asitlerinin ninhidrin ile tanmlamaya almak. Ninhidrin, gl bir organik oksidandr. Amino asitler, ninhidrin etkisiyle oksidatif deaminasyona ve dekarboksilasyona urarlar; amino asitten aldehit, amonyak ve karbondioksit oluurken ninhidrin indirgenir. lk sralarda oluan indirgenmi ninhidrin de henz indirgenmemi ninhidrin ve amonyak ile reaksiyona girerek mor renkli bir kompleks oluturur; tpte gzlenen mor renk, oluan bu mor renkli kompleksten ileri gelmektedir. Ninhidrin NH2C-COOH daki serbest amino grubu ile reaksiyona girer.Bu grup tm amino asitlerde polipeptid ya da proteinlerde bulunmaktadr.Dekarboksilasyon reaksiyonu serbest amino asitlerde meydana gelmekte iken peptidlerde ve proteinlerde meydana gelmemektedir.Bylelikle teorik olarak yalnzca amino asitler renk deiimine neden olurlar. Deneyde Glisin, DL- alanin, L-aspartik asit amino asitlerine 1 er damla %1 lik ninhidrin zeltisinden eklediimizde en ksa srede glisin mor rengini ald.%1 lik Ninhidrin zeltisi damlattktan hemen sonra scak su banyosuna koyduumuzda gzlemlenen sonular: Glisin 16 sn de DL-alanin 25 sn ve L-aspartik asitte 70 sn de mor rengini ald. Glisin de deiim ninhidrin zeltisinden damlatr damlatmaz balad ve ak lila rengi olutu bunun nedeni dallanma azaldka NH2 balanmas daha kolay olduu iin stmadan glisin renk deitirdi. 25 s lik ksa bir srede de mor rengi gzlemledik. Ilk olarak glisinde mor renginin olumas dier amino asitlere gre en basit yapl olmasdr yani dallanmann az olmasdr.L- aspartik asit, glisin ve DL- alanine gre daha karmak yani daha fazla dallanm yapya sahip olduu iin mor rengi daha uzun srede olutu. Dallanma arttka reaksiyona girme sresi artar fakat snn etkisiyle reaksiyona girme kolaylar.Deney sonunda hepsi koyu mor rengini ald. Sonu olarak dallanma azaldka reaksiyona girmesi kolaylar ve renk oluumu daha ksa srede gerekleir. Sre (s) 16 70 25