Kelompok Nama Off

:1 : Zeni Qurotu Ayuni Lailatul Maqfiroh :B BAB 13 KONJUGASI PADA BAKTERI

Konjugasi adalah suatu proses transfer informasi genetik satu arah yang terjadi melalui kontak sel langsung antar suatu sel bakteri donor dan suatu sel bakteri resipien (Russel, 1992). Sel bakteri donor dipandang sebagai yang berkelamin jantan, sedangkan sel resipien dipandang sebagai sel berkelamin betina. Konjugasi juga diartikan sebagai fusi temporer dua organisme sel tunggal. Peristiwa konjugasi ditemukan pada E. coli yang berbeda kebutuhan nutrisinya, yaitu strain A dan B. Strain A bergenotip met bio thr+ leu+ thi+, sedangkan strain B bergenotip met+ bio+ thr leu thi. Strain yang memiliki gen mutan membutuhkan tambahan nutrisi terkait dalam medium pertumbuhannya agar dapat hidup, sedangkan strain wild type tidak membutuhkan nutrisi terkait dalam medium pertumbuhannya. Strain yang membutuhkan tambahan nutrisi dalam medium pertumbuhannya agar dapat hidup disebut auxotroph. Peristiwa rekombinasi pada percobaan Ledberg dan Tatum pada E. coli dipandang sebagai kejadian pertukaran genetik. Peristiwa tersebut terjadi pada perlakuan campuran strain A dan B yang ditumbuhkan bersama pada medium minimal dan beberapa koloni bisa tumbuh. Sehingga campuran strain A dan B sebagai auxotroph berubah menjadi prototroph atau bakteri yang tidak membutuhkan nutrisi tambahan dalam mediumnya dan dapat tumbuh pada medium minimal. Percobaan Bernard Davis membuktikan bahwa peristiwa rekombinasi disebabkan konjugasi dengan menggunakan satu tabung U. Percobaan ini menjelaskan bahwa ketika tidak terjadi kontak antar sel bekteri maka koloni bakteri tidak akan tumbuh pada medium yang minimal. Kontak antar sel dalam dibutuhkan untuk terjadinya suatu perubahan genetik. Perubahan genetik yang terjadi bukan karena hasil sekresi oleh sel-sel bakteri. Kemudian mereka menyimpulkan bahwa pada E. coli memiliki sistem perkawinan yang disebut

konjugasi yang memungkinkan terjadinya transfer materi gentik antar bakteri. Konjugasi itulah yang menyebabkan terjadinya transfer genetik. Selama konjugasi berlangsung terjadi transfer DNA dari suatu sel donor ke sebuah sel resipien melewati suatu penghubung antar sel khusus yang disebut tabung konjugasi yang terbentuk antar sel-sel bakteri. Pada sel-sel bakteri yang berperan menjadi donor memiliki F pili atau sex pili yang menjadi karakter pembeda berupa juluran khusus yang serupa rambut di permukaan sel. Pembentukan F pili dikontrol oleh beberapa gen yang terdapat pada suatu molkeul DNA sirkuler kecil yang disebut kromosom mini. Kromosom mini disebut fertility factor, sex factor atau plasmid F. Faktor F dapat terintegrasi pada sel inang,bergabung dengan kromosom mini dan melakukan repliaksi bersama. Kemudian jika F faktor tidak terintegrasi dengan sel inang, maka faktor F bereplikasi secara otonom dan tidak tergantung pada replikasi kromosom inangnya sehingga F faktor mirip dengan episom. Bakteri F+, F-, Hfr Pada sel bakteri yang tidak terintegrasi dengan sel inang akan memiliki faktor F pada sel donor disebut sel F+, dan yang tidak mengandung faktor F disebut sel resipien (sel F-). Pada sel F+ memiliki F pili maupun tabung konjugasi sehingga akhirnya melakukan transfer materi gentik. Oleh karena itu jika dalam suatu populasi sel-sel F+ dicampur dengan sel F- maka lama-lama seluruh populasi sel akan menjadi sel-sel F+ dan tidak dijumpai lagi sel-sel F-. Pada sel-sel bakteri dikenal juga dengan adanya Hfr atau high frequency rekombination. Hfr dibuktikan oleh Cavalli-Sforza yang memberikan perlakuan dengan mustard nitrogen terhadap strain F+ E. coli K12. Dari sel-sel yang mendapatkan perlakuan diperoleh strain bakteri donor yang memiliki laju rekombinasi yang sangat tinggi yaitu satu dalam 10 juta. Selain itu pada tahun 1953, W. Hayes mengisolasi strain lain yang juga memperlihatkan laju atau frekuensi rekombiansi yang tinggi. Strain-strain yang memiliki ferkuensi rekombinasi yang sangat tinggi dinyatakan sebagai sel F+ khusus atau strain Hfr. Pengkajian lebih lanjut dinyatakan bhawa strain-strain Hfr terbentuk melalui peristiwa pindah silang tunggal yang berdampak terintegrasinya faktor F ke dalam kromosom bakteri. dalam keadaan terintegrasi dlam kromosom inang,

faktor F+ tidak bereplikasi secara bebas tetapi bereplikasi secara bersama bagianbagian kromosom inang yang lain. Saat konjugasi berlangsung faktor F pertama kali bergerak pindah ke dalam resipien. Kemudian kromosom bakteri dondor juga mulai ditrensfer ke dalam sel resipien dan terjadi rekombinasi. Pada proses rekombinasi berlangsung peristiwa pindah silang ganda antara DNA donor unting ganda dan DNA resipien unting ganda. Kromosom rekombinan sel resipien diwariskan kepada sel-sel turunan melalui replikasi sedangkan fragmen DNA linier yang tersisa mengalami degradasi. Pada konjugasi antara sel Hfr dan sel F-, sel resipien hampir tidak pernah berubaha menjadi sel F+, hal itu bersangkut paut dengan keutuhan faktor F yang ditransfer. Hal ini supaya sel resipien menjadi sel F+, sel resipien tersebut harus menerima transfer faktor F utuh. Namun hanya sebagian faktor F ditransfer pada awal proses konjugasi sedangkan bagian sisanya berada pada ujung kromosom donor. Transfer genetik selama proses konjugasi bersangkut paut dengan repliaksi yang didahului oleh terputusnya salah satu unting DNA faktor F. Transfer materi genetik dimulai dengan faktor F pada suatu celah yang terbentuk enzim endonuklease. Celah itu terbentuk pada suatu tapak spesifik. Replikasi yang terjadi berkaitan dengan transfer materi genetik selama proses konjugasi itu diyakini sebagai rolling circle replication. Faktor F1 Terlepasnya faktor F dari kromosom inang terkadang tidak sesuai dengan ukurannya saat terintegrasi sehingga faktor F yang terlepas itu dapat mengandung sebagian kecil kromosom inang yang letaknya berdekatan dengan faktor F di saat berlangsungnya integrasi. Kejadian tersebut penyebab terjadinya F1 atau F prime. Faktro F1 merupakan faktor F yang mengandung sebagian kromosom bakteri atau yang mengandung gen-gen bakteri. Sel yang memiliki faktor F1 masih tetap dapat berkonjugasi dengan sel F. Hal itu disebabkan seluruh fungsi faktor F tetap ada. Pada saat berlangsungnya konjugasi, satu salinan faktor F1 ditransfer ke sel F- yang mengakibatkan secara fenotip sel itu menjadi sel F+. Terdapat fenomena sex duction atau F duction, yaitu

trensfer gen-gen kromosom dari suatu sel bakteri donor ke sebuah sel resipien oleh faktor F. Percobaan konjugasi yang terputus dari E. Wollman dan F. Jacob Pada akhir tahun 1950, E. Wollman dan F. Jacob mempelajari suatu proses transfer gen melalui konjugasi antara strain E. coli Hfr H dan F-. Pada strainstrain bakteri yang digunkan masing-masing tidak memiliki genotip yang bertanggung jawab terhadap sintesis asam amino tertentu. Kedua strain tersebut dibiakan pada medium yang mengandung antibiotik streptomisin. Setelah beberapa waktu, kedua strain yang telah dicampurkan pada medium dan mulai melakukan konjugasi, sampel-sampel tersbeut dipisahkan untuk menentukan waktu relatif yang dibutuhkan gen-gen sel donor memasuki resipien serta menghassilkan rekombinan genetik. Kemudian sel-sel yang terpisah diletakkan pada medium yang mengandung antibiotik streptomisisn dan tidak mengandung asam amino threonin dan leusin. Hasilnya sel-sel Hfr tidak dapat tumbuh karena mati terbunuh oleh antibiotik. Sedangkan sel-sel F- tidak dapat hidup karena tidak ada asam amino yang dapat mendukung pertumbuhannya. Sel-sel yang dpat tumbuh hanyalah sel-sel rekombinan. Hasil percoban menunjukkan bahwa pada waktu 8 menit pertama setelah percampuran sel Hfr dan F- belum ada ekspresi rekombinan. Pemetaan kromosom E. coli atas dasar hasil percobaan konjugasi terputus Data tentang transfer gen-gen penanda pada percobaan konjugasi terputus memperlihatkan bahwa transfer kromosom Hfr ke dalam sel F- berlangsung dalam pola linier. Tiap gen penanda dalam wujud tipe-tipe rekombinan terdeteksi pada waktu-waktu yang berlainan sesel-menyusul setelah konjugasi berlangsung. Interval waktu kemunculan tipe rekombinan antara sesuatu gen penanda dengan yang lainnya kemudian dapat digunakan sebagai suatu ukuran jarak genetik. Jarak fisik antara gen terkait dibuktikan satuan menit berhubungan dengan panjang segmen kromosom yang ditransfer dalam satu menit selama konjugasi. Standar peta kromosom E. coli terbagi dalam interval-interval menit dari 0 hingga ke 100 menit.

Pada saat melakukan berbagai percobaan konjugassi terputus lain yang menggunakan strain-strain induk Hfr maupun F- lain. Meskipun gen-gen selalu ditransfer secara linier, gen-gen mana yang masuk ke sel resipien lebih dahulu dan mana yang kemudian tampaknya berbeda-beda untuk tiap strain, maka ditemukan satu pola yang jelas. Perbedaan besar antara tiap strain adalah berkenaan dengan titik awal serta masuknya gen-gen dilihat dari titik awal tersebut. Pemetaan kromosom E. coli atas dasar percobaan konjugasi yang tidak terputus Pemetaan kromosom E. coli atas dasar konjugasi yang tidak terputus dilakukan pada percobaan yang dibiarkan berlangsung selama 1-2 jam tanpa terputus-putus. Pada saat rekombiansio thr+ leu+ strr diseleksi dan dihitung ternyata hasil percobaan menunjukkan hasil yang berbeda-beda untuk tiap penanda rekombinan. Frekuensi penanda rekombinan menurun sebagai suatu fungsi jaraknya dari penanda rekombinan patokan thr+ leu+, semakin jauh jaraknya dari penanda patokan thr+ leu+, frekuensi tiap penanda rekombinan juga berkurang. BAB 14 REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI Rekombinasi Intergenik Rekombinasi intergenik merupakan rekombinasi yang melibatkan dua lokus (dua strain beda). Awalnya rekombinasi pada bakteri ditemukan selama percobaan infeksi campuran yang mana dua strain mutan dibiarkan menginfeksi satu biakan bakteri yang sama secara simultan. Percobaan yang dilakukan dengan menggunakan sistem E. coli T2. Fag induk yang digunakan bergenotip h+r dan hr+. Pada rangkaian percobaan ini, jumlah bakteri yang diintroduksikan cukup untuk menginfeksi tiap bakteri dengan jumlah sekitar lima buah. Setelah satu jam, sebagian besar atau seluruh bakteri sudah pecah. Kemudian sampel turunan fag yang berasal dari 40.000 bakteri di tiap persilangan dibiakkan dalam cawan petri yang mengandung suatu campuran E. coli strain B dan B/2. Jika tidak terjadi rekombinasi, maka kedua genotip pada

induk inilah yang dijumpai pada genotip anakan.namun dari hasil percobaan ini dijumpai genotip rekombinan h+r+ dan hr, di samping genotip induk. Kemudian dari data frekuensi genotip yang diperoleh dihitung persentase rekombinan, dengan rumus (h+r+) + (hr) / plak total x 100 = frekuensi rekombinan. Nilai frekuensi rekombinan ini dapat merefleksikan jarak antar gen. Dari data percobaan yang dilakukan, memperlihatkan bahwa pada tiap persilangan kedua kelompok tipe rekombinan mempunyai frekuensi yang hamper sama. Hal ini sebagai alasan tampaknya rekombinasi yang terjadi secara resiprok. Selain itu, pada percobaah Hershey dan Chase memperlihatkan adanya pola kelompok tertentu. Berkenaan dengan adanya kelompok pautan ini mengacu bahwa frekuensi rekombinan yang kecil menyebabkan banyak gen yang terangkai bersama (berdekatan) sebagai satu kelompok selalu menunjukkan jarak kelompok pautan yang sama sebesar 30%. Percobaan rekombinasi yang memanfaatkan infeksi simultan seperti ini sudah banyak dilakukan dengan menggunakan sejumlah besar gen mutan tidak terbatas pada fag T2. Dalam hubungan ini juga dilakukan percobaan rekombinasi fag bakteri yang memanfaatkan infeksi simultan tiga strain yang melibatkan tiga gen. hasil percobaan yang memanfaatkan infeksi simultan tiga strain ini bahkan digunakan untuk pemetaan fag bakteri. Dari kejadian yang dilakukan tersebut, ada dua alternatif yang memugkinkan berlangsungnya pertukaran genetik, yaitu 1) terjadi dua rekombinasi berurutan dalam sel yang sama; rekombinasi yang pertama berlangsung antara kromosom dua strain, sedangkan rekombinasi kedua berlangsung antara strain rekombinan yag telah terbentuk dan strain ketiga; 2) terjadi perkawinan serempak antara ketiga kromosom dari tiga strain dalam waktu yang sama. Namun secara pasti belum jelas diketahui. Kejadian unik yang menyebabkan berlangsungnya rekombinasi pada fag, ternyata juga berdampak terhadap nilai interfensi genetik yang bersangkut paut dengan perhitungan frekuensi rekombinasi pada daerah kromosom fag yang berdekatan. Pada kebanyakan makhluk hidup, nilai interfensi genotip positif yang artinya bahwa peristiwa pindah silang yang terjadi pada suatu daerah kromosom akan menghambat pindah silang pada suatu kromosom di dekatnya. Sedangkan

pada fag ini, nilai interfensi genotipnya negetif, hal ini berarti bahwa pindah silang pada suatu daerah kromosom akan meningkatkan kejadian pindah silang pada daerah kromosom di dekatnya. Pada kondisi semacam ini, nilai frekuensi rekombinasi ganda yang diobservasi lebih tinggi dibandingkan nilai harapan. Namun, peningkatan frekuensi rekombinan ganda pada fag seperti yang telah dikemukakan nampaknya tidak pernah terjadi karena ada peningkatan pertukaran genetik simultan yang riil pada dua interval kromosom berdekatan. Lebih lanjut, peristiwa ini disebut dengan low negative interference karena mempunyai efek yang relative kecil. Rekombinasi Intragenik Dewasa ini rekombinasi intragenik ternyata juga ditemukan pada fag. Rekombinasi intragenik pada fag ini dilaporkan pada fag T4, yang merupakan buah karya kesohor dari Seymor Benzer. Pada awal dekade 1950 Benzer melakukan pengamatan dan pengkajian rinci terhadap lokus r// fag T4. Dalam hal ini Benzer berhasil melaksanakan percobaan yang mengungkap keberadaan rekombinan-rekombinan genetik yang sangat jarang terjadi akibat pertukaran yang berlangsung dalam gen, bukan antar gen sebagaimana yang dipaparkan sebelumnya. Benzer juga berhasil menunjukkan bahwa peristiwa rekombinasi semacam itu terjadi antar DNA fag-fag bakteri selama infeksi simultan terhadap E.coli. Hasil akhir dari kerja Benzer adalah terungkapnya peta rinci dari lokus r//. Karena informasi yang terungkap sangat rinci, maka kerja Benzer disebut sebagai analisis struktur halus dari gen. Upaya pertama yang dilakukan benzer adalah melakukan isolasi atas sejumlah besar mutan didalam lokus r// fag T4. ternyata mutan dalam lokus r// ini menghasilkan plak-plak yang berlainan jika dibiakkan pada cawan yang mengandung E.coli strain B. Kunci analisis Benzer terletak pada kenyataan bahwa mutan-mutan r// tidak dapat melakukan lisis secara berhasil terhadap suatu strain E.coli yang lain, yaitu K12 () yang telah mengalami lisogenasi oleh fag, meskipun mutan-mutan itu mampu menginfeksi dan melalukan lisis terhadap E.coli B. Fag strain wild-

type mampu melakukan lisis terhadaop kedua strain E.coli tersebut, strain B dan K12 (). Berkenaan dengan hal tersebut, dibayangkan bahwa jika terjadi rekombinasi didalam lokus r// yang menghasilkan rekombinasi wild-type itu dapat hidup didalam sel E.coli K12 () dan mampu mengadakan lisis terhadapnya, sedangkan mutan rekombinasi tidak mampu melakukannya. Dalam hubungan ini dibayangkan bahwa populasi fag yang terdiri atas lebih dari 99,9 persen mutan r// serta kurang dari 0,1 % strain wild-type dibiarkan menginfeksi strain K12, maka strain rekombinan wild-type berhasil bereproduksi serta menghasilkan plak-plak wild-type; inilah tahap kritis dalam upaya menemukan dan menghitung rekombinan-rekombinan yang sangat jarang. Upaya lain jug dilakukan Benzer untuk menghitung jumlah total turunan mutan maupun jumlah total rekombinan wild-type. Dalam hubungan ini Benzer memanfaatkan teknik pengenceran serial, dan dengan teknik Benzer mampu menentukan mutan r// yang dihasilkan pada E.coli B maupun jumlah total rekombinan wild-type yang melakukan lisis terhadap E.coli K12 (). Percobaan tersebut terbukti dari kenyataan bahwa Benzer mampu menemukan satu fag rekombinan wild-type yang tercampur diantara sekitar 100 juta fag turunan mutan. Benzer juga melakukan suatu upaya lagi dalam rangka lebih

mengamankan pelaksanaan percoobaan sekaligus menjaga ketelitian data atau hasil percobaan. Satu upaya yang juga dilakukan itu adalah uji komplementasi. Uji komplementasi itu dilakukan karena selama melakukan kontrol terhadap percobaannya terutama disaat E.coli strain K12 () secara simultan diinfeksi oleh pasangan strain mutan yang berbeda. Penjelasan atas fenomena yang sangat membingungkan itu diperoleh melalui uji komplementasi, karena Benzer berpendapat bahwa selama melakukan infeksi secara bersamaan, tiap strain mutan itu memberikan sesuatu yang tidak dimiliki oleh strain lainnya dan jika hal itu terjadi maka fungsi atau kemampuan strain wild-type akan pulih. Pasangan-pasangan mutan uji yang melakukan komplementasi satu sama lain dikelompokkan ke dalam komplementasi yang lain. Tiap kelompok komplementasi ini disebut sebagai cistron oleh Benzer. Cistron A dan B pada

lokus r// fag T4, sudah diketahui sebagai dua buah gen yang berlainan. Melalui uji komplementasi, akhirnya seluruh mutan pada lokus r// dapat dipisahkan menjadi dua yaitu cistron A dan B. Seperti halnya pada makhluk hidup eukaryotik, nilai frekuensi rekombinan (%) itu dipandang setara dengan jarak antara 2 mutan (pada saat ini keduanya sama-sama merupakan bagian dari cistron yang sama). Perhitungan itu perlu dikali dua, hal itu disebabkan karena tiap peristiwa rekombinan menghasilkan 2 produk yang resiprok, hanya satu diantaranya wild-type yang dideteksi. Sangat banyak percobaan intragenik yang sama sekali tidak memunculkan rekombinan wild-type, ternyata hal itu besangkut paut dengan mutan dalam daerah cistron A atau B yang disebabkan oleh delesi. Tapak-tapak yang mengalami mutasi disebut titik panas/hots spot. Dilain pihak ada pula yang tidak pernah mengalami mutasi (sehingga tidak memilki mutan).

Soal dan Jawaban 1. Apakah yang dimaksud dengan rekombinasi intragenik? Jawaban: Rekombinasi intragenik adalah proses pertukaran materi genetik yang berlangsung dalam gen, bukan antar gen. 2. Apakah tujuan dari teknik pengenceran serial? Jawaban: teknik pengenceran serial bertujuan menentukan mutan r// yang dihasilkan pada E.coli B maupun jumlah total rekombinan wild-type yang melakukan lisis terhadap E.coli K12 ().
3. Dari seluruh analisis yang dilakukan Benzer terhadap suatu percobaan,

dimanakah letak kunci atau point penting yang yang dihasilka? Jawaban: Kunci analisis Benzer terletak pada kenyataan bahwa mutanmutan r// tidak dapat melakukan lisis secara berhasil terhadap suatu strain E.coli yang lain, yaitu K12 () yang telah mengalami lisogenasi oleh fag, meskipun mutan-mutan itu mampu menginfeksi dan melalukan lisis terhadap E.coli B. Fag strain wild-type mampu melakukan lisis terhadaop

kedua strain E.coli tersebut, strain B dan K12 (). Berkenaan dengan hal tersebut, dibayangkan bahwa jika terjadi rekombinasi didalam lokus r// yang menghasilkan rekombinasi wild-type itu dapat hidup didalam sel E.coli K12 () dan mampu mengadakan lisis terhadapnya, sedangkan mutan rekombinasi tidak mampu melakukannya. 4. Bagaimana mekanisme konjugasi pada bakteri? Jawab: Konjugasi adalah suatu proses transfer informasi genetik satu arah yang terjadi melalui kontak sel langsung antar suatu sel bakteri donor dan suatu sel bakteri resipien. Sel bakteri donor dipandang sebagai yang berkelamin jantan, sedangkan sel resipien dipandang sebagai sel berkelamin betina. Konjugasi juga diartikan sebagai fusi temporer dua organisme sel tunggal
5. Bagaimana percobaan yang dilakukan oleh Ledberg dan Tatum yang

membuktikan rekombinasi seksual pada sel-sel E.coli? Jawab: Peristiwa rekombinasi pada percobaan Ledberg dan Tatum pada E. coli dipandang sebagai kejadian pertukaran genetik. Peristiwa tersebut terjadi pada perlakuan campuran strain A dan B yang ditumbuhkan bersama pada medium minimal dan beberapa koloni bisa tumbuh. Sehingga campuran strain A dan B sebagai auxotroph berubah menjadi prototroph atau bakteri yang tidak membutuhkan nutrisi tambahan dalam mediumnya dan dapat tumbuh pada medium minimal.
6. Bagaimana percobaan konjugasi yang terputus dari E. Wollman dan F.

Jacob? Jawab: E. Wollman dan F. Jacob mempelajari suatu proses transfer gen melalui konjugasi antara strain E. coli Hfr H dan F-. Pada strain-strain bakteri yang digunkan masing-masing tidak memiliki genotip yang bertanggung jawab terhadap sintesis asam amino tertentu. Kedua strain tersebut dibiakan pada medium yang mengandung antibiotik streptomisin. Hasilnya sel-sel Hfr tidak dapat tumbuh karena mati terbunuh oleh antibiotik. Sedangkan sel-sel F- tidak dapat hidup karena tidak ada asam amino yang dapat mendukung pertumbuhannya. Sel-sel yang dpat tumbuh hanyalah sel-sel rekombinan.