MATA KULIAH TEKNOLOGI FERMENTASI (PENGEMBANGAN GALUR)

JURUSAN TEKNOLOGI PANGAN FAKULTAS TEKNOLOGI INDUSTRI PERTANIAN UNIVERSITAS PADJADJARAN

TEKNOLOGI FERMENTASI
Substrat

Mikroorganisme

Metabolit Primer & Sekunder

Manfaat yang besar dalam berbagai bidang kehidupan, seperti : kesehatan, produksi pangan, industri dll

Kelemahan : Jumlah terbatas

Pengembangan Galur

Adaptasi yang tinggi dengan proses fermentasi

Waktu fermentasi lebih singkat

Tidak membentuk busa

Tingkat produksi lebih tinggi

TUJUAN PENGEMBANGAN GALUR

Tingkat konsumsi oksigen lebih rendah

Tidak menghasilkan produk yang tidak diinginkan

Penggunaan substrat lebih murah

PENDAHULUAN

1.Sel 2.Asam nukleat :

1. DNA (Deoxirybo Nuclei Acid) 2. RNA (Rybo Nuclei Acid)

SEL
Sel merupakan unit terkecil dalam organisme hidup, baik dalam dunia tumbuhan maupun hewan. Sel terbagi menjadi 2 macam : a. Eukariot b. Prokariot c. Archea

Struktur sel

Asam Nukleat
Nukleoprotein

Protein
Nukleotida

Asam nukleat

Asam fosfat

Basa purin dan basa pirimidin

Pentosa

Asam Nukleat
Nukleotida Fosfat Gula basa nitrogen

DNA Purin : Adenin (A), Guanin (G) Pirimidin : Timin (T), Sitosin (C) RNA Purin : Adenin (A), Guanin (G)

Pirimidin : Urasil (U), Sitosin (C)

Perbedaan DNA & RNA

DNA Bagian pentosa DNA adalah deoksiribosa Bentuk molekul DNA adalah double stranded / double heliks (heliks ganda) Urutan basa yang berbeda (A dan T, G dan C)
RNA Bagian pentosa DNA adalah ribosa Bentuk single stranded (untai tunggal yang terlipat sehingga menyerupai heliks ganda Urutan basa yang berbeda (A dan U, G dan C) Jumlah guanin pada molekul RNA tidak perlu sama dengan Cytosin, demikian pula Urasil tidak perlu sama dengan Adenin

Transkripsi
Pembuatan RNA dengan menyalin basa DNA (ekspresi genetik) Perubahan basa Timin menjadi Urasil Berlangsung dalam mitokondria RNA terbagi menjadi 3 bagian, yaitu tRNA,rRNA dan mRNA

Translasi
Proses sintesis polipeptida dari mRNA Translasi melibatkan ribosom sebagai tempat penggabungan asam amino-asam amino menjadi polipeptida tRNA sebagai pembawa asam amino ke ribosom dan "penerjemah" sandi genetika mRNA Antibiotika dapat menghambat atau menghentikan proses translasi pada biosintesis protein; contohnya antibiotika anisomycin, cycloheximide, chloramphenicol, dan tetracycline.

ISTILAH

Mutasi Mutan Mutagen

MUTASI GENETIK

Perubahan dalam kromosom yang diturunkan kepada generasi penerusnya Terjadi perubahan rangkaian nukleotida Terjadi secara spontan dan terus menerus dengan laju lambat

Proses proses mutasi

Transisi : penggantian satu basa purin dengan basa purin lainnya atau pirimidin dengan pirimidin lainnya

Transversi : penggantian satu basa purin dengan pirimidin atau sebaliknya pada pada pasangan basa molekul

Mutasi Frame-shift :

Mutagen
Radiasi sinar ultra violet (UV) dengan 200 300 nm terutama pada 254 nm, menyebabkan : pembentukkan dimer, transisi, transversi dan frame-shift.

 Radiasi ion dengan sinar X, gamma dan Beta

a. Penyebab ionisasi pada medium b. Bersifat lebih kuat dari radiasi UV sehingga dapat menempuh sel yang tebal c. Tingkat kerusakan yang besar

Mutagen Kimia
Mempengaruhi DNA non-replikasi a. Hidroksilamin, menyebabkan mutasi transisi b. Komponen alkilasi (EMS, MMS, DES, DEB, NTG, NMU dan gas mustard), menyebabkan transisi, transversi dan frame-shift.

c. Asam nitrit, menyebabkan deaminasi adenin menjadi hipoksantin dan sitosin menjadi urasil

 Analog basa, dapat menggantikan komponen Timin dan Adenin dalam DNA replikasi Mutagen frame-shift :
Menyisip diantara dua basa yang bersebelahan dalam utas DNA Menghasilkan protein yang salah Contoh : pewarna akridin orange, proflavin dan akriflavin

Perbaikan mutasi
1. Perbaikan bebas kesalahan Fotoreaktivasi ( mekanismenya memutuskan ikatan kovalen basa) Perbaikan eksisi ( mekanismenya dengan menyambungkan DNA yang rusak dengan enzim polimerase dan ligase) Rekombinasi postreplikatif ( mekanismenya DNA yang rusak akan menghasilkan DNA tiruan yang memiliki celah setelah duplikasi dan ditutup dengan bantuan enzim polimerase)

 Perbaikan SOS (terjadi pada DNA dengan kerusakan tinggi, membentuk DNA baru yang tidak sama dengan DNA induk, melibatkan DNA polimerase dan DNA sintetase) Perbaikan adaptif ( dilakukan pada DNA rusak akibat proses alkilasi konsentrasi sub letal)

2. Perbaikan tidak bebas kesalahan Bagian DNA yang sudah diperbaiki dengan komponen yang tidak sama dengan komponen yang hilang

SELEKSI MUTAN
Karakteristik mutan yang diharapkan : 1. Galur murni 2. Produksi sel vegetatif dan spora atau unit propagasi yang baik 3. Mudah tumbuh subur dengan fase lag yang pendek 4. Menghasilkan produk tunggal dalam jumlah banyak 5. Mudah dipanen 6. Bebas senyawa toksin 7. Dapat menghasilkan produk metabolit dalam waktu singkat 8. Dapat tumbuh dalam kondisi ekstrim 9. Sifat genetik yang stabil 10. Awet dan dapat disimpan janka waktu lama

Cara seleksi mutan

Seleksi secara acak dilakukan pada kondisi fermentasi skala industri, namun biayanya mahal Isolasi secara selektif :
isolasi mutan resisten isolasi mutan auksotrop

Isolasi berdasarkan penampakan koloni

REKOMBINASI
Rekombinasi pada bakteri :
Transformasi (pemutusan fragmen kromosom maupun plasmid sel donor dan bergabung dengan fragmen kromosom maupun plasmid dari sel penerima) Transduksi (pemindahan DNA dari satu bakteri ke bakteri lain dengan bantuan virus) Konjugasi (pemindahan episoma dari sel donor ke sel resipien)

Transduksi

Rekombinasi pada Kapang

Siklus seksual pada Kapang

Siklus paraseksual

Rekombinasi Penggabungan Protoplasma, dengan tujuan :

1. Rekombinasi interspesifik antara galur seksual dan paraseksual 2. Hibridisasi interspesifik untuk memperoleh mikroba baru 3. Transfeksi atau transformasi protoplas (kloning DNA)

REGULASI

Mekanisme induksi enzim (tidak terdapat inducer)

P RNA polimerase

O represor

DNA

represor

Mekanisme induksi enzim (terdapat inducer)

P RNA polimerase

DNA Transkripsi

Translasi represor

Represor
inactive inducer

Enzim

Mekanisme feed back represion (tanpa co represor)

R P RNA polimerase Translasi aporepresor Enzim O S DNA Transkripsi

Mekanisme feed back represion (terdapat co represor)

P RNA polimerase

O represor Corepresor

DNA

aporepresor

corepresor

Rekayasa Genetik Mikroba Tak Terarah untuk Kegiatan Industri

Dapat dilakukan melalui mutasi menggunakan agensia mutagenik atau radiasi UV
Contoh: Pengembangan Penicillium penghasil penicillin yang tinggi

Dapat dilakukan melalui fusi protoplas antar jasad yang secara filogenetik berjauhan hubungannya; sering digunakan pada rekayasa genetik khamir (yeasts) dan jamur Rekayasa genetik alami
Menumbuhkan mikroba dalam keadaan marginal (stressful) dan menapis (selecting) galur mikroba baru dengan kemampuan tumbuh yang lebih baik pada keadaan tersebut. Muncul karena mutasi spontan.

Rekayasa Genetik Mikroba Terarah untuk Kegiatan Industri

Melalui penyisipan potongan DNA yang mengandung gen menggunakan teknologi rekombinasi DNA untuk menghasilkan produk protein tertentu. DNA hasil rekombinasi dapat dipindahkan ke dalam jasad yang lain untuk menghasilkan sifat yang dikehendaki di jasad tersebut. Gen harus bisa diekspresikan.

Pengendalian Ekspresi Gen

Melalui modifikasi pada daerah pengatur transkripsi (transcriptional regulation), memfusikan protein, dan menghilangkan daerah pengatur umpan balik (feedback regulation controls)
Cara ini merupakan bagian dari pengendalian jalur metabolisme untuk mengendalikan atau meningkatkan produksi suatu bahan.

Vektor Ekspresi
Vektor yang memiliki promoter untuk dapat melakukan transkripsi suatu gen dalam suatu spesies yang dikehendaki.

DNA Rekombinan
Kombinasi DNA yang berasal dari dua organisme yang berbeda
Bakteri dan manusia Bakteri dan tanaman Virus dan manusia

Bakteri Inang untuk Ekspresi Protein

E. coli
Informasi genetiknya sudah sangat dipahami Kemampuannya dalam fermentasi telah sangat dipahami Tumbuh cepat dan tidak banyak persyaratan Dapat menerima berbagai vektor, mudah ditransformasi, Protein intraseluler, Produksi protein rendah

Bakteri Inang untuk Ekspresi Protein

Bacillus
Informasi genetiknya sudah sangat dipahami Kemampuannya dalam fermentasi telah sangat dipahami Tumbuh sangat cepat dan tidak banyak persyaratan Produksi protein tinggi Sulit ditransformasi Protein intraseluler Pilihan vektor terbatas

Bakteri Inang untuk Ekspresi Protein

Streptomyces
Kemampuannya dalam fermentasi telah sangat dipahami Informasi genetiknya sudah dipahami Tidak banyak persyaratan untuk tumbuh Produksi protein tinggi Protein ektraseluler Tumbuh lambat Sulit ditransformasi Pilihan vektor terbatas

Khamir Inang untuk Ekspresi Protein

Saccharomyces
Kemampuannya dalam fermentasi telah sangat dipahami Informasi genetiknya sudah dipahami Tidak banyak persyaratan untuk tumbuh Tumbuh cepat Produksi protein tinggi Protein ektraseluler Sulit ditransformasi Pilihan vektor terbatas

Jamur Inang untuk Ekspresi Protein

Trichoderma
Tidak banyak persyaratan untuk tumbuh Produksi protein tinggi Protein ektraseluler Kemampuannya dalam fermentasi belum banyak dipahami Sulit ditransformasi Tumbuh lambat Pilihan vektor terbatas

DNA Rekombinan
Kombinasi DNA yang berasal dari dua organisme yang berbeda
Bakteri dan manusia Bakteri dan tanaman Virus dan manusia

Penggunaan Mikroba Rekombinan

control

Industri Keju:
Industri keju memerlukan rennet, enzim protease yang diperoleh dari lambung anak sapi yang masih menyusu dan belum makan rumput. Pada tahun 1960 FAO memprediksi akan adanya kekurangan rennet karena kebutuhan daging dunia mendorong peternak untuk memelihara sapinya hingga dewasa. Usaha untuk mencari enzim protease pengganti rennet dimulai. Chymosin (rennet hasil rekayasa genetika) dihasilkan pada awal tahun 1980an dari mikroba (Escherichia coli, Kluyveromyces lactis dan Aspergillus niger) yang direkayasa. Chymosin telah mengalami pengujian yang ketat untuk menjamin keamanan penggunaannya.

Industri Keju:
Chymosin memiliki sifat dan fungsi yang sama dengan rennet yang diperoleh dari anak sapi. Enzim ini dapat digunakan untuk menghasilkan keju yang kualitasnya sama dengan keju yang dihasilkan menggunakan rennet dari anak sapi yang lebih baik daripada jika menggunakan rennet dari jamur atau hewan selain sapi. Chymosin pertama kali digunakan untuk pembuatan keju pada tahun 1988. Pada saat ini hampir 90% rennet dihasilkan dari khamir terekayasa. Penggunaan Chymosin didukung oleh kelompok vegetarian dan kelompok agama yang menolak konsumsi bagian tubuh sapi.

Penggunaan Mikroba Rekombinan (1C)

Produksi protein komersial Protein pengobatan
Insulin untuk pengobatan diabetes Interferon-gamma untuk pengobatan kanker Faktor VIII untuk pengobatan hemofili Erythropoetin untuk pencairan gumpalan darah