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Cmo crecen los microorganismos en la naturaleza? En qu fase de crecimiento estn? Qu tipo de cultivo se ajusta ms a las condiciones naturales? Qu valores de T, aw, pH, y condicin redox encontramos en la naturaleza? Qu tipos de microorganismos encontramos? (Bacterias, hongos, virus)
Tema 23.- Los microorganismos en la naturaleza. El microorganismo y su microambiente. Superficies y biofilmes. Mtodos de ecologa microbiana. Mtodos de enriquecimiento y aislamiento. La columna de Winogradsky. Identificacin y cuantificacin de microorganismos usando sondas de cidos nucleicos, anticuerpos fluorescentes y recuentos de viables. Medida de la actividad de microorganismos usando istopos estables. Ambientes acuticos. Ambientes terrestres. Formacin del suelo. El suelo como hbitat microbiano. Microbiologa de la subsuperficie profunda. Metagenomas
individuo Comunidad 2
poblacin
Comunidad 1
Gremios
Comunidad 3
Zona xica
Distancia (mm)
Zona anxica
Distancia (mm)
microcolonias
Columna de Winogradsky
Mtodo de enriquecimiento Papel de aluminio
Algas y cianobacterias
Bacterias prpura
Rolf Daniel. 2004. The soil metagenome a rich resource for the discovery of novel natural products. Current Opinion in Biotechnology. Volume 15, Issue 3, Pages 199204
Rolf Daniel. 2004. The soil metagenome a rich resource for the discovery of novel natural products. Current Opinion in Biotechnology. Volume 15, Issue 3, Pages 199204
1. 2. 3.
4. 5.
Ciclos biogeoqumicos. Ciclo del carbono. Metanognesis y sintrofa. Ciclo del nitrgeno. 1. Fijacin del nitrgeno. 2. Desnitrificacin. 3. Nitrificacin. Ciclo del azufre. Ciclo del hierro. 1. Lixiviacin.
Fotosntesis oxignica
Ciclos C y O
Condiciones anaerobias
metangenos arqueas
Respiracin anaerobia
4 H2 + CO2
CH4 + 2 HO2
Condiciones anaerobias
metangenos arqueas
Respiracin anaerobia
4 H2 + CO2
CH4 + 2 HO2
1.
2.
Produccin total de metano 350 800 x 108 kg/ao Bigena 80-85% total 1. Rumiantes 2. Termitas 70 % 3. Humedales 4. Pantanos Abigena 15 -20 % total 1. Combustin
Aumenta con aporte de protenas Suelos bien drenados a pH neutro Compuestos muy solubles
Aire
O2 NH3 NO2-
O2 NO3CH4
O2 CO2
Bacterias nitrificantes
Zona aerobia
Interfase
NO2NH3 N2 NO3CH4 NO2- / NO3CO2 + N2
Zona anaerobia
Planctomyces
Celulosa y otro material vegetal CH4 + CO2 + NH3 Bacterias no cultivadas ni clasificadas (80%) Arqueas relacionadas con las metanognicas (10%)
Raghoebarsing et al. 2006, Nature 440: 918-921
Biomasa del cultivo enriquecido Proceso llevado a cabo por un consorcio > 1 mes
Eubacteria desconocida no cultivada (80%) ARN 16S Arquea prxima a metangenas (20%)
hidrosoluble
H2S pH bajo HSpH neutro
gas
S2pH alto
Desnitrificacin
Ciclos del carbono y del azufre CH4 + SO4-- + H+ CO2 + HS- + 2 H2O