SEMINARIO N3 : Genmica estructural y funcional

I.- Genmica: La Genmica, trmino introducido por Roderick en 1986, puede definirse como la diseccin molecular del genoma de los organismos. Sin embargo, de nada serviran los trabajos de secuenciacin si no se sabe para qu sirven las secuencias descifradas. Esta disciplina nace a partir del desarrollo de la gentica, la biologa molecular, la biotecnologa y la informtica. Al poder obtener y almacenar las secuencias de los genomas de prcticamente cualquier especie se adquiere la posibilidad de usar la informacin para producir protenas de otras especies para usarlas en la medicina, en la veterinaria y en la industria. Se facilita tambin la comparacin de las secuencias de genes ortlogos en diferentes especies, lo que hace posible rastrear su origen en la escala evolutiva. II.- GENMICA ESTRUCTURAL INTRODUCCIN La genmica estructral se ocupa de la organizacin y de la secuencia de la informacin gentica contenida en un genoma. A menudo, uno de los primeros pasos para caracterizar un genoma es preparar mapas genticos y fsicos de sus cromosomas. Estos mapas aportan informacin sobre la ubicacin relativa de los genes, los marcadores moleculares y los segmentos cromosmicos, que suelen ser esenciales para ubicar segmentos de los cromosomas y alinear partes del DNA secuenciado para formar el genoma completo.

TIPOS DE MAPEO

Mapas genticos: Dan una informacin a grandes rasgos sobre la ubicacin de los genes en relacin con otros genes conocidos. Esto mapas se basan en la funcin gentica de la recombinacin. Los mapas genticos tienen varias limitaciones, la primera es la resolucin o el detalle. Un segundo problema es que no siempre se corresponden con precisin con las distancias fsicas entre los genes. A pesar de estas limitaciones, los mapas genticos han sido fundamentales para el desarrollo de los mapas fsicos y de la secuenciacin de los genomas completos. Los Mapas fisicos se basan en el analisis directo del DNA y ubican a los genes respecto a las distancias meduidas en numero de bases. Mapas fsicos Se basan en el analisis directo del DNA y se ubican a los genes respecto de distancias medidas en numero de bases. Por lo general los mapas fisicos tienen mas resolucion y son ms exactos que los mapas geneticos. Una de las tecnicas para crear mapas fisicos es el mapeo de restriccion en el DNA. SECUENCIACIN Es el proceso mediante el cual se determina el orden de nucletidos de un fragmento dado de ADN. El objetivo final de la genmica estructural es determinar la secuencia de nucletidos ordenada de los genomas completos de los organismos. El principal obstculo para secuenciar un genoma completo es el tamao inmenso de la mayora de ellos. Por lo tanto para determinar la secuencia de un genoma completo debe cortarse el DNA en miles de millones de fragmentos ms

pequeos que puedan secuenciarse. LA dificultad radica en ordenar luego estos fragmentos en la forma correcta. Estrategias para la secuenciacin de genomas Se han utilizado dos enfoques diferentes para ensamblar los fragmentos cortos secuenciados en un genoma completo: secuenciacin basada en el mapa y la secuenciacin por fragmentos escogidos al azar. - Secuenciacin basada en el mapa: Los fragmentos cortos secuenciados se ensamblan para formar la secuencia completa del genoma, con lo que se crean primero mapas genticos y fsicos detallados, que proporcionan ubicaciones conocidas de marcadores genticos (sitios de restriccin, otros genes, o secuencias de DNA conocidas) en intervalos regulares a lo largo de cada cromosoma. Una vez obtenidos los mapas genticos fsicos, los cromosomas o las piezas grandes de cromosomas se separan por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE) o por citometra de flujo. Luego cada cromosoma (o a veces el genoma completo) se corta por digestin parciald e enzimas de restriccin (Fig. 1.1). La digestin parcial implica que las enzimas de restriccin se dejen actuar solo durante un tiempo limitado, de modo que no se cortan todos los sitios de restriccin de cada molecula de DNA, As la digestin parcial produce un conjunto de fragmentos de DNA grandes superpuestos, que luego son clonados mediante el empleo de csmidos , YACs o BACs. A continuacin estos clones de inserciones grandes se renen en el cromosoma en su orden correcto.

Fig. 1.1 Mtodos de secuenciacin del genoma completo basados en mapas se sustentan en detallados mapas genticos y fsicos para alienar los fragmentos secuenciados. - Secuenciacin por fragmentos escogidos al azar (Shotgun): Se preparan y secuencian clones de inserciones pequeas directamente del DNA genmico. Luego, programas informaticos poderosos ensamblan el genoma completo mediante el examen de superposiciones entre los clones de inserciones pequeas. Una ventaja de la secuenciacin por fragmentos escogidos al azar es que pueden colocarse pequeos clones dentro de los plsmidos, los cuales son simples y fciles de manipular. El requerimiento de la superposicin significa que la mayora del genoma ser secuenciado mltiple de veces (de 10 a 15). Este tipo de secuenciacin puede llevarse a

cabo de una manera altamente automatizada, donde el investigar toma pocas decisiones debido a que el ordenador ensambla la versin final de la secuencia.

Fig. 1.2. Secuenciacin del genoma por fragmentos escogidos al azar APLICACIONES Proyecto del genoma humano: El 26 de junio de 2000, tras 10 aos de intensa investigacin, el genoma humano, considerado el autntico libro de la vida, ha sido descifrado en sus partes esenciales. Se trata de realizar mapas de cada uno de los cromosomas humanos. Implica dividir los cromosomas en pequeos fragmentos que puedan ser caracterizados y posteriormente ordenados en el cromosoma. Disponer de la secuencia completa del genoma humano, ha hecho ms fcil la identificacin y el aislamiento de genes que participan en muchas enfermedades humanas, y la creacin de sondas que pueden utilizarse en las pruebas genticas, el diagnstico y el desarrollo de medicamentos. Diagnstico de enfermedades genticas: La influencia de la genmica en la medicina ha creado una nueva visin acerca de la forma de percibir los episodios patolgicos y fisiolgicos, tras conocer la influencia de las variaciones genticas sobre la susceptibilidad a la enfermedad. Los polimorfismos de un solo nucletido o SNP son variaciones en la secuencia del ADN caracterizadas por cambios de un solo nucletido a lo largo del genoma. La distribucin de los SNPs en genes definidos del genoma en ciertas poblaciones especficas es fundamental para comprender los procesos biolgicos, las enfermedades y la respuesta a los agentes teraputicos. Genmica Agropecuaria: Disponer de las secuencias genmica completas de las plantas de cultivo y de los animales domsticos facilitara la identificacin de genes que determinen su rendimiento, la resistencia a las enfermedades y las pestes y otros factores importantes para la agricultura, factores que luego pueden manipularse mediante le

cultivo o la cra tradicional o la ingeniera gentica, para producir alimentos en mayores cantidades y ms nutritivos. Bioinformtica: El mayor motor para el desarrollo de la bioinformtica ha sido la biologa molecular, y en concreto la posibilidad que ofrece de disponer de secuencias de ADN. A escala genmica la informacin procedente de las estructuras conocidas puede ser expandida a las secuencias semejantes, es decir podemos utilizar las estructuras conocidas para reconstruir modelos aproximados de las secuencias similares. PERSPECTIVAS

Los genomas de numerosos organismos estn en proceso de ser secuenciados. Estos esfuerzos por obtener las secuencias, combinados con la gran cantidad de secuencias conocidas que ya existen, aportan informacin que es enormemente til para la agricultura, la salud humana y la biotecnologa. El Proyecto del genoma humano, permitir avanzar el conocimiento de la base gentica de las enfermedades y abrir perspectivas nuevas en el diagnstico, pronstico y tratamiento de enfermedades.

Genmica Funcional
La Genmica funcional se ocupa de describir la funcin biolgica de los genes mediante el conocimiento de su actividad en: Los rasgos que determinan. La regulacin a la que se ven sometidos. La interaccin con otros genes. La identificacin de un patrn de comportamiento en un gen, dependiendo de las condiciones que le circundan. La actividad que desarrolla el gen cuando est alterado en relacin a su actividad normal.

La genmica funcional permite conocer con mayor detalle las funciones biolgicas de la totalidad del genoma mediante el procesamiento de alto rendimiento del anlisis de la expresin de manera automatizada Enfoque basados en secuencias

1.- MARCADORES DE SECUENCIA EXPRESADA (EST) Uno de los enfoques de alto rendimiento para la construccin de perfiles de expresin de genes del genoma son los marcadores de secuencias expresadas o EST (acrnimo del ingls expressed sequence tag) Los EST son secuencias cortas obtenidas de clones de Adn complementario (ADNc) y sirven como pequeos identificadores del gen. Los datos de los EST son capaces de proporcionar una estimacin aproximada de los genes que estn

expresados activamente en un genoma bajo una condicin fisiolgica en particular.

2.- ANLISIS EN SERIE DE LA EXPRESIN GNICA El anlisis en serie de la expresin gnica o SAGE (acrnimo del ingls Serial analysis of gene expression), est basada al igual que EST en secuencias, para el anlisis de perfil de expresin gnica global. Este enfoque es mucho ms eficiente que el anlisis de EST, ya que utiliza un cdigo corto de nucletidos para definir una transcripcin de genes y permite el secuenciamiento de varios marcadores en un nico clon.

Enfoques basados en Microarreglos

Los microarrays de DNA nos permiten analizar el mRNA de las muestras estudiadas mediante ensayos de hibridacin: cada una de las especies de mRNA de las muestras interrogadas, una vez extraidas y marcadas, son capaces de formar una doble cadena o aparearse con aquellas molculas de DNA inmovilizadas en la superficie del chip que tengan una secuencia complementaria a la suya, de acuerdo con las propiedades de complementariedad de bases de la estructura de los cidos nucleicos

Campos de aplicacin

La genmica funcional incluye aspectos relativos a la funcin del mismo genoma como el anlisis demutacines y polimorfismos (como los SNPs), as como la medida de las actividades moleculares. Esto ltimo comprende otras "-micas" como la transcriptmica (expresin gnica), la protemica (expresin de las protenas), la fosfoprotemica y la metabolmica. En conjunto estas modalidades en el objeto de medicin cuantifican los distintos procesos biolgicos e impulsa el conocimiento de la funcin de los genes y protenas y sus interacciones.

El transcriptomica consiste en estudiar qu porcin del genoma es transcrito a ARN mensajero: es decir, qu material gentico es expresado en un tipo celular bajo unas condiciones dadas. As pues, el concepto de transcriptoma surge para representar todo este mRNA transcrito bajo unas circunstancias, de forma global. La Protemica es el estudio a gran escala de las protenas, en particular de su estructura y funcin. El proteoma determina las protenas que son sintetizadas en un momento concreto bajo condiciones establecidas. La metabolmica es el conjunto de ciencias y tcnicas dedicadas al estudio completo del sistema constituido por el conjunto de molculas que constituyen los intermediarios metablicos, metabolitos, hormonas y otras molculas seal, y los metabolitos secundarios, que se pueden encontrar en un sistema biolgico.