gua, pH e Tampo

1. O que significa pH de uma soluo e como pode ser determinado? O potencial hidrogeninico reflete a concentrao de ons H+ ou H3O+ na soluo. Pode ser calculado pela frmula: pH= - log [H+]. Assim, quanto menor o valor do pH, mais cida a soluo.

2. Cite os valores de pH de trs solues aquosas presentes no corpo humano. Suco gstrico: pH 2, aproximadamente Sangue: pH 7,4, aproximadamente Saliva: pH 6,7, aproximadamente

3. Explique Ka e pKa e relacione com cidos fracos e fortes. O Ka a constante de equilbrio de um cido, que pode ser determinada pela frmula: Ka =[ X+] [Y-] / [XY]. O pKa o logartmo negativo do Ka, ou seja: pKa = - log Ka. Assim sendo, quanto maior o Ka, menor ser o valor do pKa e como Ka a constante cida, por deduo sabe-se que quanto mais forte o cido, maior o Ka e menor o pKa.

4. Conceitue sistema tampo, descreva sua constituio e seu funcionamento. Sistema tampo um sistema aquoso que resiste s variaes de pH quando quantidades relativamente pequenas de cido ou base so adicionadas soluo. Este sistema constitui-se por um cido fraco e sua base conjugada (p. ex. cido actico e acetato) em concentraes aproximadamente iguais. O funcionamento ocorre pelo equilbrio de duas reaes reversveis, em que o cido fraco serve como doador de prtons (H+) para neutralizar OH+ de uma base adicionada e sua base conjugada serve como aceptor de prtons para neutralizar os H+ de um cido adicionado.

5. Defina tampes biolgicos, cite um dos principais tampes no organismo humano e seu local de atuao. Tampes biolgicos so sistemas existentes no organismo, que resistem s mudanas de pH, com objetivo de manter o pH fisiolgico ideal dos compartimentos, visto que isso necessrio para suas reaes qumicas e seu adequado funcionamento. Um dos principais tampes o sistema H2CO3 e seu conjugado HCO3-, que est presente no sangue humano.

6.

Quais fatores determinam a eficincia de um tampo?

Um fator a concentrao do cido e de sua base conjugada, j que quanto maior forem suas concentraes, maior ser a quantidade de H+ ou OH- que sero capazes de neutralizar. Outro fator importante seu valor de pKa, pois os tampes so eficientes apenas em determinada faixa de pH e sua mxima eficincia coincide com seu pKa.

7. Cite os constituintes dos tampes fosfato e bicarbonato e descreva de que forma mantido o pH quando ocorre a adio de cido ou base soluo. O tampo fosfato, que tem pK de 6,7-7,2, constitudo pelo par HPO42-/H2PO4- e mantm o pH neutralizando os H+ do cido adicionado pela reao com HPO42- (aceptor de prtons), formando H2PO4-, ou neutralizando os OH- da base pela doao de um prton do H2PO4-, formando H2O e HPO42-. O tampo bicarbonato, que tem um pK de 6,1, constitudo pelo par H2CO3/HCO3- e mantm o pH neutralizando os H+ do cido adicionado pela reao com o HCO3- (aceptor de prtons), formando o H2CO3, ou neutralizando os OH- da base pela doao de um prton do H2CO3, formando H2O e HCO3-.

Aminocidos, peptdeos, protenas (estrutura e funo) e enzimas

1. Descreva a estrutura de um aminocido em sua forma predominante em pH neutro, cido e bsico. R

Em pH neutro predomina a forma zwitterion do aminocido NH3+ C COO-

R H

Em pH cido, o a.a. um doador de prtons COOH

NH3+ C

Em pH bsico, o a.a. um aceptor de prtons NH2 C COO-

2. Explique como ocorre a formao de uma ligao peptdica, desenhe a ligao peptdica. A ligao peptdica ocorre entre o grupo amino de um a.a. e o grupo carboxlico de outro a.a., com desidratao. 3. O que so oligopeptdeos e polipeptdeos?

Peptdeos so formados pela juno de diversos a.a., atravs de ligaes peptdicas. So considerados oligopeptdeos os que contm poucos resduos de a.a., at 30, e polipeptdeos os que contm milhares de a.a. (geralmente so chamados polipeptdeos os que tm peso at 10.000 daltons, acima disso geralmente so chamados protenas).

4. Classifique os aminocidos de acordo com suas cadeias. - Apolares: so os a.a. cujo grupo R um hidrocarboneto ou hidrofbico, como alanina, valina, leucina e isoleucina; - Aromticos: so os a.a. cujo grupo R contm um anel aromtico, como fenilalanina, tirosina e triptofano; - Polares: so os a.a cujo grupo R hidroflico, mas no carregado, como serina, cistena, asparagina, glutamina e treonina; - Positivas (bsicas): so os a.a. cujo grupo R tem carga positiva em pH 7, como lisina, arginina e histidina; - Negativas (cidas): so os a.a. cujo grupo R tem carga negativa em pH 7, como aspartato e glutamato.

5.

Escreva uma frase usando os seguintes termos:

- ligao peptdica: A ligao peptdica ocorre por uma reao de condensao, com a perda de gua, muito comum nas clulas vivas. - extremidade carboxlica: A extremidade carboxlica determina o final da cadeia polipeptdica. -cadeia polipeptdica: Em uma cadeia polipeptdica de 1000 a.a. h 999 ligaes peptdicas. -cadeia lateral: So as cadeias laterais que definem a natureza qumica do a.a.. -extremidade amnica: A extremidade amnica determina o incio da cadeia polipeptdica.

-estrutura secundria: Uma protena pode formar uma estrutura secundaria do tipo -hlice ou do tipo -pregueada.

6. Pesquise e escreva como formada uma ponte dissulfeto e cite a importncia deste tipo de ligao no enovelamento de protenas. A ponte dissulfeto formada por oxidao entre dois resduos de cistena, formando a cistina. Estes resduos de cistena podem estar em cadeias polipeptdicas diferentes ou na mesma.

7. Conceitue, cite exemplos e descreva a funo de protenas presentes no organismo humano. Protenas so cadeias polipeptdicas que formam estruturas espaciais secundrias, tercirias e quaternrias bem definidas e caractersticas, tendo funo a partir da estrutura terciria. - Hemoglobina: responsvel pelo transporte de O2 no sangue - Tripsina e pepsina: so enzimas relacionadas digesto - Insulina e glucagon: so hormnios que regulam a concentrao de glicose no sangue

8. Descreva as caractersticas dos diferentes nveis e estrutura em protenas. A estrutura primria da protena refere-se a simples seqncia linear de a.a., especfica da protena, tendo um grupo amino livre em uma extremidade e um grupo carboxlico livre na outra. A estrutura secundria espacial e ocorre pelos ngulos de rotao das ligaes covalentes do polipeptdeo, sendo que as formas hlice e pregueada so as mais comuns (mais estveis termodinamicamente). A estrutura terciria deve-se ao dobramento final da cadeia polipeptdica pelas interaes no covalentes entre os carbonos laterais. A estrutura quaternria descreve a associao de duas ou mais cadeias polipeptdicas, para compor assim uma protena funcional oligomrica.

9.

Dar exemplos de aminocidos que apresentam:

- um grupo amino e dois grupos carboxlicos: aspartato e glutamato -um grupo carboxlico e dois grupos aminos: arginina e histidina -calcular o ponto isoeltrico de cada um deste tipo de aminocido: - aspartato: pI 2,77 ((pK1+pKR)/2=pI, (1,88+3,65)/2=2,77); - glutamato: pI 3,22 ((pK1+pKR)/2=PI, (2,19+4,25)/2=3,22); - arginina: pI 10.76 ((pK2+pKR)/2=PI, (9,04+12,48)/2=10,76); - histidina: pI 7,59((pK2+pKR)/2=PI, (9,17+6)/2=7,59);

10. Escrever as formas inicas predominantes da glicina (pK1= 2,35; pK2=9,78) e suas cargas lquidas em pH=1, pH=2,35, pH=7, pH=9,78 e pH=12. Calcular o pI. Em pH 1 sua carga lquida +1, em pH 2,35 sua carga lquida 0, em pH 7 sua carga lquida 0, em pH 9,78 sua carga lquida -1 e em pH 12 sua carga lquida -1. Seu PI 6,01((2,35+9,78)/2=6,01)).

11. Definir protenas globulares e fibrosas. Cite exemplos. Protenas globulares so enoveladas, com formato aproximadamente esfrico e geralmente solveis, como exemplo a hemoglobina. Protenas fibrosas so filamentosas, com cadeias polipeptdicas muito longas, geralmente insolveis e de funo estrutural, como exemplo o colgeno.

12. Esquematizar os tipos de ligaes que mantm a estrutura terciria de uma protena indicando os aminocidos que podem participar dessas ligaes.

A estrutura terciria decorre da formao de pontes dissulfeto (entre duas cistenas), pontes de hidrognio, interaes hidrofbicas e interaes inicas.

13. O que estrutura quaternria. Cite exemplos. Este tipo de estrutura ocorre pela formao de uma protena multicadeias, cujas estruturas tm associao no covalente. Por exemplo, temos a hemoglobina, formada por duas subunidades e duas subunidades .

14. O que ponto isoeltrico de uma protena? Como ele pode ser determinado? o ponto de pH em que o nmero de cargas positivas se equivale ao nmero de cargas negativas, ou seja, pH em que a protena apresenta o mesmo nmero de grupos carboxlicos desprotonados e grupos amino protonados.

15. Definir desnaturao de uma protena e descrever o efeito do pH e temperatura sobre a estrutura das protenas. Desnaturao a perda da estrutura nativa secundria, terciria e/ou quaternria (no necessariamente da primria) resultando em perda da funo. Protenas submetidas a alteraes de pH e/ou temperatura podem perder a estabilidade das interaes no covalentes que mantm sua estrutura.

16. Cite 3 exemplos de protenas com funo no enzimtica. Hemoglobina, insulina e colgeno.

17. Quanto estrutura da hemoglobina conceitue:

- as subunidades e como se associam: forma-se pela associao de duas subunidades e duas subunidades , associadas de forma no covalente - mudanas estruturais durante a oxigenao e desoxigenao: quando desoxigenada, a hemoglobina encontra-se em um estado T, que menos favorvel a ligao com o O2 do que com o bifosfogliceto, quando o primeiro O2 ligase hemoglobina, esta muda seu estado conformacional para o estado R, no qual afinidade pelo O2 muito maior que pelo bifosfoglicertao. - stio de ligao com oxignio: cada uma das quatro subunidades da hemoglobina possui um grupo prosttico heme, que contm uma protoporfirina IX com um Fe+2, ao qual se liga o O2. - o que estabiliza a ligao do oxignio molecular com o grupo Heme: as mudanas conformacionais, de T para R, e a interao com a histidina distal.

18. O que cooperatividade. Cite um exemplo. Cooperatividade a influncia que a unio de um ligante a um protmero tem sobre a unio de um ligante a outro protmero em uma protena oligomrica. Como exemplo, temos a ligao do primeiro O2 hemoglobina, que coopera positivamente para a ligao dos demais O2 as demais subunidades.

19. Descrever o efeito do BPG sobre a oxigenao da hemoglobina, qual o papel do mesmo no organismo? O BPG uma substncia presente no sangue que tem maior afinidade do que o O2 pela desoxihemoglobina. Assim, quando a hemoglobina encontra-se no estado T liga-se ao BPG e quando est no estado R liga-se preferencialmente ao O2. O papel do BPG reduzir a afinidade da hemoglobina pelo O2 e aumentar sua liberao nos tecidos, onde a presso de O2 baixa.

20. O que efeito Bohr? Qual a sua importncia fisiolgica?

 um fenmeno relacionado com o aumento do carter cido quando a hemoglobina est ligada ao O2 e aumento do carter bsico causado pela desoxigenao, favorecendo a liberao do O2 e a ligao da desoxihemoglobina aos H+ no tecido e a liberao dos H+ e ligao do O2 nos pulmes, favorecendo o controle do pH.

21. Qual o papel das Histidinas para o efeito Bohr? Por qu? Elas podem assumir diferentes valores de pKa, dependendo do estado da hemoglobina, assumindo pKa menor na forma R e maior na forma T, contribuindo com 50% dos H+ que podem ser liberados.

22. Qual o papel dos aminocidos carregados negativamente para o efeito Bohr? Por qu? Outros grupos cidos da hemoglobina contribuem com o H+ adicional, devido a quedas anlogas em seus valores de pKa na mudana de conformao de T para R.

23. Comparar a hemoglobina fetal (HbF) e hemoglobina de adultos (HbA) quanto a estrutura e afinidade por oxignio. Estruturalmente a HbF e a HbA diferenciam-se porque a HbF formada por duas cadeias e duas cadeias , enquanto a HbA formada por duas cadeias e duas cadeias . A HbF adaptada ao ambiente do feto e obtm O2 do sangue da me, que mais pobre em O2 do que a atmosfera, assim sua afinidade pelo O2 deve ser maior do que a afinidade da HbA.

24. Dar um exemplo de uma hemoglobina anormal indicando a alterao que a mesma apresenta. A hemoglobina falciforme (HbS) formada por um erro na formao da protena da cadeia , ocorrendo a troca de apenas um a.a. da cadeia (o glutamato substitudo pela valina na posio 6 da cadeia ).

25. A forma de calcular o pI de uma aminocido, um oligopeptdeo e uma protena a mesma? Explique. No. Pois em um a.a. basta fazer a mdia entre pK1 e pK2, nos oligopeptdeos esse procedimento j torna-se mais complexo pelo grande nmero de resduos e no preciso pela possvel alterao nos valores de pK aps as ligaes peptdicas, por fim nas protenas o simples clculo no possvel pelos mesmos motivos dos oligopeptdeos e pela ocorrncia das interaes entre os a.a. ao longo da formao das estruturas secundria, terciria e quaternria.

26. Um peptdeo A apresenta a sequncia especificada abaixo. Calcule a carga lquida deste peptdeo e responda: se este oligopeptdeo fosse submetido ao uma eletroforese no desnaturante, para que plo ele migraria, positivo ou negativo? Por qu?
Extremidade-amino-histina-cidoglutmico-glicina-asparagina-valina-fenilalaninaprolina-extremidade carboxlica.

A carga lquida deste oligopeptdeo 0 (histidina +, Ac. glutmico -) e por ser neutro no se desloca na eletroforese.

27. Definir enzima, substrato e stio ativo. Enzima um catalisador biolgico, substrato o reagente que se liga enzima e que formar o produto aps a reao e stio ativo o local da enzima ao qual se liga o substrato especfico.

28. Descrever o mecanismo da ao enzimtica A enzima, que um catalisador, tem funo de diminuir a energia de ativao de uma reao qumica dentro de um organismo vivo e assim aumentar a velocidade desta reao. Para isso, ela possui um stio ativo, onde um substrato especfico ir se ligar e consequentemente haver a formao do produto.

29. Comparar o efeito da presena de uma enzima e do aumento da temperatura sobre os parmetros da reao. H trs maneiras de aumentar a velocidade de uma reao: aumentar a concentrao dos reagentes; aumentar a temperatura da reao; adicionar um catalisador (enzima). No entanto, se o aumento da temperatura for excessivo, pode desnaturar a enzima protica e prejudicar a reao.

30. Alistar as vantagens das enzimas em relao a catalisadores no enzimticos. Diminuem a energia de ativao, so muito especficas com relao ao substrato, so sintetizadas pelas prprias clulas e podem ter sua concentrao e atividade moduladas.

31. Fazer o grfico da velocidade de uma reao catalisada enzimaticamente, em funo da concentrao do substrato. Descrever os fatores que afetam a velocidade da reao. A velocidade da reao afetada pela concentrao do substrato disponvel.

32. Definir estado de transio, energia de ativao e energia de ligao. A energia de ativao a energia necessria para levar os reagentes ao estado de transio, que um estado reativo, intermedirio entre os reagentes e os produtos. Energia de ligao a energia necessria para quebrar uma determinada ligao qumica.

33. Definir constante de Michaelis-Menten (Km), mostrar a relao entre o seu valor e a afinidade da enzima pelo seu substrato. A constante de Michaelis-Menten reflete a concentrao de substrato necessria para que a velocidade da reao esteja a

50% de seu mximo. Esta constante tambm prediz a afinidade da enzima pelo seu substrato, assim quanto menos o valor do Km, maio a afinidade da enzima pelo substrato. A equao de Michaelis-Menten Vo = Vmx [S] / Km + [S]

34. Descrever a transformao de Lineweaver-Burk e pare que serve. Lineweaver-Burk transformaram a equao de Michaelis-Menten invertendo-a, assim obtiveram um grfico linear (uma reta) em vez da hiprbole retangular. Desta forma o valor da Vmx e de Km podem ser obtidos com maior preciso.

35. Definir inibidor competitivo e no competitivo, dar exemplos. Inibidor no competitivo liga-se a um stio diferente do stio de ligao do substrato. A inibio no revertida pelo aumento da concentrao de substrato, ele comporta-se como se estivesse removendo a enzima da soluo, resultando na diminuio do Vmx. Como exemplo: metais pesados. Inibidor competitivo um inibidor cuja ao pode ser revertida pelo aumento nas quantidades de substrato. So estruturalmente semelhantes ao substrato e ligam-se ao stio de ligao ao substrato, competindo assim com o substrato pela enzima. Uma vez ligado a enzima no pode converter o inibidor em produto. Como exemplo: na reao de succinato desidrogenase, malonato estruturalmente semelhante ao succinato e um inibidor competitivo.

36. Citar exemplos de inibidores competitivos utilizados como agentes teraputicos. O AZT inibe a transcriptase reversa necessria para a replicao do HIV. A sulfanilamida um agente antibacteriano porque compete com o cido p-aminobenzico, que necessrio para o crescimento bacteriano.

37. Descrever sobre anlogos de substratos e como podem ser empregados como quimioterpicos. Anlogos de substratos so estruturalmente semelhantes ao substrato, assim agem como inibidores competitivos. Por exemplo: o fluoruoracil um anlogo da timina em que o metil ligado ao anel substitudo pela fluorina. O desoxinucleotdeo deste composto um inibidor irreversvel da timidilato sintetase.

38. Fazer o grfico 1/Vo x 1/[S] sem inibidor, na presena de inibidor competitivo e na presena de inibidor no competitivo. Descreva as caractersticas de cada um deles.
O ponto em que a reta intercepta o eixo y neste grfico construdo a partir da equao de Lineweaver-Burk permite calcular com preciso o valor do Km. A inclinao da reta reflete a afinidade da enzima pelo substrato, sendo que quanto mais inclinada (menor valor de Km), maior a afinidade.

Na presena de inibidor competitivo ocorre alterao da afinidade da enzima pelo substrato, assim surge o chamado Km aparente. A Vmx permanece alterada.

A presena de um inibidor no competitivo altera tanto a Vmx quanto o valor do Km.

39. Definir cofator. Dar exemplos de cofatores inorgnicos e orgnicos. Cofatores so molculas orgnicas ou inorgnicas pequenas que uma apoenzima (parte protica de uma enzima sem quaisquer cofatores ou grupos prostticos, que podem ser requeridos para que a enzima seja funcional) requer para sua atividade. Por exemplo, na lisina oxidase o cobre est fracamente ligado, mas necessrio para que a enzima seja ativa. Exemplos inorgnicos: ons metlicos (K+, Fe2+, Mg2+). Exemplos orgnicos: denominados de coenzimas, como as vitaminas.

40. Descrever os mecanismos principais de regulao da atividade enzimtica. Cite exemplos. A regulao da atividade enzimtica pode ser feita pela retroalimentao, regulao alostrica e modificao covalente,

em que a enzima pode ser estimulada ou inibida pela ao dos mesmos.

41. Caracterizar enzimas alostricas. Definir stio ou centro alostrico, e regulador (ou efetuador) positivo e negativo. Enzimas alostricas so aquelas que tm um stio adicional para responder aos moduladores, diferente do stio ativo. Um stio alostrico uma regio singular da enzima, completamente diferente do stio de ligao ao substrato. Os ligantes que podem se ligar ao stio alostrico so chamados de moduladores alostricos. Moduladores alostricos positivos aumentam a afinidade da enzima pelo substrato ou por outro ligante. O inverso verdadeiro para moduladores alostricos negativos. O stio alostrico em que o efetor positivo liga-se referido como um stio ativador. O efetor negativo liga-se a um stio inibidor.

42. Definir o grfico Vo X [S] de uma reao catalisada por uma enzima alostrica e compare com o grfico de uma enzima Michaeliana.
Neste grfico, a curva central representa uma reao Michaeliana. A curva superior representa a presena de um modulador positivo e a inferior de um modulador negativo. Um modulador negativo pode produzir uma curva de saturao pelo substrato mais sigmoidal.

43. Definir regulao alostrica por modificao covalente. Exemplificar. Algumas enzimas tm sua atividade regulada por modificaes covalentes, pela ligao de grupos, como por exemplo fosfato, adenosina, monofosfato, uridila monofosfato, adenosina difosfato ribose e grupos metila. Esses grupos geralmente so ligados covalentemente e removidos da enzima reguladora por outras enzimas.