MICROBIOLOGIA

II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

BLOC I: DIVERSITAT classificaci PROCARIOTA Tema 18. Evoluci, diversitat i

TEMA I.1: EVOLUCI, DIVERSITAT I CLASSIFICACI

MICRO II

Curs 2011-2012

Els primers ssers vius van ser microorganismes procariotes. Taxonomia bacteriana. Caracteritzaci de les espcies. Filognia bacteriana. Dominis primaris: Bacteria, Archaea, Eucarya. El manual Bergeys.

Aquesta imatge representa larbre de la vida. Organitza i cont tots els ssers vius actuals. Reflecteix la relaci evolutiva i filogentica entre els diferents grups. s direccional, i t temporalitat. Existeix un ancestre com, LUCA, de tots els ssers vius. Hi ha un ordre daparici de les diferents branques, que formen una histria evolutiva. Larbre es divideix en 3 dominis: Bacteria (en blau), Archaea (en rosat) i Eucarya (en groc). Archaea i Eucarya tenen un origen ms proper entre ells que amb el domini Bacteria, per tenir un ancestre com. Tenim 2 dominis procariotes (Bacteria i Archaea) i un eucariota (Eucarya). La majoria dorganismes sn microorganismes, que representen la gran diversitat de la vida. Els noms que apareixen al diagrama, sn representants actuals dels diferents grups. Els grups que es troben a una distncia ms curta de lancestre com, han evolucionat menys rpidament que els que es troben ms lluny. La taxa evolutiva s diferent pels diferents grups. No es pot fer equivaldre temps evolutiu amb distncia evolutiva.

FILOGNIA BACTERIANA
La filognia s lestudi de la histria evolutiva dels organismes. La classificaci filogentica es basa en les relacions filogentiques entre organismes i reflecteix la seva histria evolutiva. Les relacions filogentiques entre organismes sestudien per diversos mtodes. En el cas dels procariotes la comparaci de seqncies dcids nucleics s determinant per estudiar la seva filognia. Les relacions filogentiques sexpressen grficament en forma darbre filogentic.
1 1

 Les relacions filogentiques possibiliten una classificaci natural; sn predictives, no noms descriptives; i permeten la selecci de models biolgics. Per establir les relacions filogentiques, hem dutilitzar i comparar gens que hagin existit des de lancestre com: gens que sutilitzen en el metabolisme bsic, en funcions com la replicaci dcids nucleics, per exemple. Aquests gens han de tenir una llargada prou curta com perqu no sigui molt costs seqenciar-los i comparar-los. Han de ser gens que no pateixin transferncia lateral i que hagin variat molt poc al llarg del temps. Per lestudi de la filognia per comparaci de seqncies no serveix qualsevol gen. Sutilitzen gens ortlegs (homlegs que conserven la funci). Els ssrRNA sn la millor elecci per determinar relacions filogentiques entre tots els ssers vius, perqu: - Est present en tots els organismes - T la mateixa funci en tots els organismes: la constncia en la funcionalitat del gen que sest comparant ens indica que es pot considerar que el gen s un cronmetre molecular (la divergncia de seqncia del gen en dos organismes s proporcional al temps que fa que van divergir els organismes). - T uns 1500-2000 residus: suficientment gran per tenir resultats estadsticament fiables, per no massa gran perqu sigui difcil o cara la seva seqenciaci. - Cont unes 50 hlices devoluci independent, el qu permet comparar per corregir possibles canvis de seqncia per atzar. - Est suficientment conservat en seqncia i estructura, permetent una bona alineaci per fer les comparacions. - Cont regions devoluci rpida i altres devoluci lenta: les regions devoluci rpida serveixen per determinar relacions entre grups dorganismes molt emparentats, les regions lentes sutilitzen per determinar relacions distants. - Els gens de rRNA no es transfereixen de manera horitzontal, aparentment. Aix s general per gens implicats en processos importants per la cllula. - Hi ha una extensa base de dades de seqncies gniques de rRNA; per exemple Ribosomal data base Project II en cont ms de 440.000. Conservation and variation in small subunit rRNA Seqncies signatura seqncies doligonucletids especfiques de grups organismes. Per exemple: AAACUCAAA (posicin 910) en Bacteria CACACACCG (posicin 1400) en Archaea Molt tils per classificar i per dissenyar sondes especfiques dcids nuclecs
2 2

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

 Els gens que sutilitzen sn els que codifiquen per lrRNA de la subunitat petita dels ribosomes (16S en procariotes, 18S en eucariotes). Per raons tcniques, s ms fcil treballar amb rRNA que no pas amb DNA. Concretament, a aquest RNA se lanomena ssrRNA (small subunit ribosomic RNA). La comparaci es pot fer directament entre molcules de ssrRNA o entre els gens que codifiquen per aquestes molcules. Actualment, la comparaci es fa entre els gens del ssrRNA de lorganisme a estudiar. Els primers treballs de relacions filogentiques entre organismes es van dur a terme el 1977. La proposta dels 3 dominis es va publicar el 1990. Tots aquests treballs els van fer Woese i el seu equip. No es poden utilitzar caracterstiques morfolgiques per a diferenciar grups en un arbre filogentic com en el que estem treballant. S que es poden utilitzar tcniques no moleculars per fer un arbre de mamfers o de plantes, per exemple. En aquests casos sutilitza lanatomia comparada. Per establir la filognia dels bacteris shan trobat diversos problemes. A part de que sn organismes molt simples i no presenten masses diferncies morfolgiques, els bacteris pateixen un fenomen que s la transferncia lateral de gens. Aquesta pot emmascarar les La transmissi horitzontal de gens pot emmascarar les relacions filogentiques relacions filogentiques entre organismes, ja que es pot donar entre diferents espcies de diferents grups i fins i tot de diferents dominis (Bacteria i Archaea). La transferncia lateral s el moviment de material s el moviment de material gentic entre dos organismes. Un cop incorporat shereda de forma vertical. gentic entre dos organismes. Un cop incorporat, shereta de forma vertical. Es pot donar pe conjugaci, transformaci o transducci. Es pot donar per transformaci, conjugaci Si estem treballant seguint una lnia evolutiva, ens podem trobar que i transducci aquest fet ens dificulti molt la feina, perqu ens porti a incoherncies evidents, per que no podem demostrar. Fags infectant una bactria Aix porta a formular una hiptesis que diu que linici de la vida no es tracta noms dun sol organisme (LUCA) sin de una comunitat molt Percentatge del genoma adquirit per diferents espcies de Bacteria i Archaea (A): promiscua dorganismes, amb gran capacitat dintercanvi de gens. DNA adquirit per HGT En bacteriologia, hi ha problemes per definir el concepte despcie... No es pot aplicar la definici despcie eucariota (individuals d'una poblaci natural amb la capacitat de creuar-se entre ells i reproduir-se, produint nous individus frtils, i aspecte, caracterstiques i genoma similars, ats que tenen ancestres comuns relativament recents) perqu no tenen reproducci sexual. Una definici que va estar acceptada durant molt temps s: es consideren de la mateixa espcie dos organismes que tenen caracterstiques prou similars. El problema que hi ha amb aquesta definici s que per comparar dos organismes, shan de cultivar, i noms un 01% de bacteris poden cultivar-se. Si dos ssrRNA (de dos organismes a estudiar) sn un 3% diferents, es consideren espcies diferents. Una cita curiosa: No sabem si la intelligncia s un carcter amb valor adaptatiu. Als bacteris els hi ha anat molt b sense ella
3 3

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

28/02/12 Recordem que larbre de la vida t direccionalitat. Per com sabem que la direcci real s la que hem considerat?
Qui va ser primer?

Principals divisions dels essers vius

Per a contestar sha de donar direccionalitat a aquest diagrama sha darrelar

Arbre filogentic amb representants dels tres Dominis de la vida. Fet comparant les seqncies de la subunitat petita del rRNA
Pace, Science 276:734-740, 1977

Unrooted tree

Unrooted tree Rooted tree D B A C Depenent on estigui larrel el C s molt important la posici de larrel, perqu ens permet conixer qui A B D resultat de la filognia s molt diferent, i Depenent on estigui larrel dels ha donat lloc a qui. Depenent don estigui larrel el lala interpretaciel la B A DC resultats resultat de D resultat de tamb. filognia s molt B A C diferent, i la interpretaci dels filognia s molt diferent i la interpretaci dels resultats tamb. resultats tamb. C D B A C AB D B D Per anar arrelant les branques, el que susa Les branques es van arrelant utilitzant outgroups s un tax que estigui fora dels organismes Les branques es van arrelant utilitzant outgroups - the outgroup should be a taxon known to be less closely related to the rest of que ests intentant organitzar: un outgroup. the taxa (ingroups) - the outgroup should be a taxon known to s molt important que loutgroup que be-it should ideally be as closely related as less closely related to the rest of possible to the rest the taxa (ingroups) of the taxa while still satisfying the above condition escollim estigui ben triat. Sha de triar un -it should ideally be as closely related as - per qu passa quan ja no queda possible to the rest of the taxa while cap outgrup? Com above condition grup que estigui suficientment a prop de la still satisfying thesaconsegueix saber on s larrel principal de larbre? - per qu passa quan ja no queda cap outgroup filognia que ests treballant, per alhora, outgrup? Com saconsegueix saber on s larrel principal de larbre? amb diferncies prou significatives. outgroup Rooting the tree La comparaci de levoluci independent de parells de gens duplicats en tot tipus dorganismes i Quan tenim tots els ssers vius comparats... per tant sn molt antics va permetre arrelar larbre filogentic. Per exemple els gens que codifiquen les subunitats i de lATPase sn el producte duna duplicaci, Com que aquest quin s loutgroup? parell de gens el tenen tots els organismes, la duplicaci original va tenir lloc en un organisme ancestre de tots ells. A alg se li va ocrrer utilitzar els gens. Hi ha 1 - Es fa la filognia del gen utilitzant representants dels tres dominis 2 - Es fa la filognia del gen utilitzant representants dels tres dominis un parell de gens comuns per a tots els ssers 3 - Es comparen els dos arbres obtinguts, on coincideix lorigen dels dos gens s larrel vius: els de les subunitats alfa i beta ATPasa. Aquests gens de tots els ssers vius tenen un origen nic, la duplicaci (en un inici noms hi havia un gen, que es va duplicar, i ara nhi Archaea ha 2). Aquests gens tamb han anat Eukarya Archaea Bacteria Bacteria evolucionant, per molt lentament. Es va confirmar Arrel ancestre el que ja es com a tots ells sospitava Eukarya
A
Root

Rooted tree

A C
Root

Root

Root

Root

Root

Root

Root

4 4

 La longitud de les branques representa distncia evolutiva, no s una escala de temps geolgic. La taxa devoluci no s constant ni en el temps ni entre organismes. Per a datar larbre es pot utilitzar representen distncia informaci del rLa longitud dessil i bdevoluci no s constantevolutiva, no una entre de egistre f les branquesiogeoqumic. ni en el temps ni escala tiempo geolgico. La taxa organismes. Per a datar larbre es pot utilitzar informaci del registre fssil i biogeoqumic

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

La presncia de bandes de ferro daten la gran oxidaci produda per lacumulaci dO2 generat per fotosntesi oxignica

Presncia eucariota ms antiga, indicada per la presncia desterols

Aquests valors sn orientatius. Aquest estudi s de 1999, treballs ms recents canvien algunes dates. Per exemple es proposa una antiguitat de 2.700 milions danys per la branca de les cianobacteries

Arbre filogentic con dates indicant ledat mnima dalgunes branques basant-se en evidncies fssils i biomarcadors

Lestudi de les relacions filogentiques ens dna informaci s bastant difcil datar laparici dels procariotes, degut a sobre les caracterstiques dels labsncia de registre fssil. primers organismes Lestudi de les relacions filogentiques ens dna informaci sobre les caracterstiques dels primers organismes. La termoflia s present a prop de larrel de larbre; igual Termoflia, present a prop que el metabolisme quimiolittrof i relacionat amb el sofre. de larrel de larbre Metabolisme quimiolototrof i relacionat Els grups de bacteris que es troben ms propers a larrel, amb el sofre sn capaos de resistir temperatures ms elevades. La temperatura de la Terra en lorigen de la vida, era molt ms elevada que en la actualitat.

Knoll, Andrew H. A new molecular window on early life. Science 285(5430): 10251026, August 13, 1999

Anlisi de larbre

ANLISI DE LARBRE
Biochem. Soc. Trans. (2004) 32, 168-171 Biochem. 168-

Phylogenetic tree based on rRNA sequence

Propietats genticament determinades que han canviat relativament poc (alguns exemples): - Estructura de la paret cellular: o Presncia dcid murmic: Bacteria o Grampositius: ancestre com a tots ells o Lpids de membrana: tots els Bacteria els tenen duna manera i els Archaea duna altra o Fotosntesi oxignica: cianobacteris (o cloroplast) Propietats genticament determinades que canvien relativament sovint (que aparentment apareixen i desapareixen o que shagin inventat varies vegades) (alguns exemples): - La forma: noms les espiroquetes sn un grup nic, monofiltic. La morfologia no s un carcter que ha evolucionat linealment.
5 5

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

- -

Laerobiosi es distribueix de forma discontinua entre els grups (recordeu la hiptesi sobre lorigen de la quimismosi de Martin i Rusell: lorigen de la vida a les xemeneies alcalines) Habilitat dutilitzar diferents donadors i acceptors delectrons repartida entre els grups (tamb relacionat amb la hiptesi anterior). Per exemple, no tots els respiradors de sulfats formen un nic grup. Fotosntesis basada en clorofilla. s molt interessant el rastreig filogentic daquesta propietat, que est molt repartida. Com alguna cosa tan complicada va poder ser inventada, aparentment, vries vegades i de manera semblant?
Purple bacteria
(Rhodospirillum)

Green sulfur bacteria
(Chlorobium)
ATP

ATP

Visi esquemtica de la fotosntesi anoxignica en bacteris, basada en la bacterioclorofilla i en el treball dun nic fotosistema

Reverse electron flow

NAD(P)H

PS II

Light

PS I

Light

Funciona principalment per lobtenci dATP

Funciona principalment per lobtenci de poder reductor

Cianobacteris

ATP NAD(P)H

Light

Lorigen de la fotosntesi Noms va sorgir una vegada. Totes les fotosntesis que es coneixen consten dels mateixos elements, i funcionen homlogament. Primer va aparixer la fotosntesis anoxignica, desprs la oxignica. Trobem 2 tipus de bacteris que encara ara fan la fotosntesi anoxignica: - Els bacteris vermells del sofre, fotosntesi cclica, amb objectiu dobtenir ATP. - Els bacteris verds del sofre. Els 2 fotosistemes, es creu que tamb tenen origen en una duplicaci gnica (un mateix gen que en el seu moment es va Grups amb fotosntesi duplicar), que va evolucionar de manera independent. Arriba un basada en clorofilles punt, per transferncia lateral de gens, en qu els 2 fotosistemes es troben en un mateix organisme (ancestre dels actuals Possiblement els dos fotosistemes cianobacteris). tenen el seu origen en una duplicaci gnica que va evolucionar de forma independent. Desprs, la transferncia horitzontal de gens va reunir els dos fotosistemes en A linici, la fotosntesi en cianobacteris era anoxignica (H2S com lancestre dels actuals cianobacteris. Ms tard van adquirir la capacitat a donador de-). Ms tard, van adquirir la capacitat dextreure els dextreure els electrons de laigua fotosntesi oxignica electrons de laigua (fotosntesi oxignica). Encara ara, a vegades, quan no disposen dH2O, poden utilitzar H2S.
2012 Pearson Education, Inc.

Visi esquemtica de la fotosntesi oxignica en cianobacteris, funciona amb els dos fotosistemes, i incorpora la fotlisi de lH2O

PS I PS II
Light

Blankenship R. E. Plant Physiol. 2010:154:434-438
Copyright 2010. 2010 American Society of Plant Biologists. All rights reserved.

6 6

 Ms tard, un cianobacteri s introdut per endosimbiosi a un eucariota, donant lloc a plantes i altres organismes que fan la fotosntesi. Com van sorgir els organismes eucariotes? Est clar que els primers organismes van ser procariotes. Els estudis filogentics confirmen lorigen bacteri de mitocondris i cloroplasts. En eucariotes, trobem gens (homlegs) de processament del DNA tant de procedncia de bacteris com darquees. Els de bacteris sn els que estan ms relacionats amb metabolisme basal. Per comparaci de seqencies sobserva que els gens Els eucariotes sn una quimera entre una Bacteria i una Archaea eucariotes que codifiquen el processament de la informaci estan relacionats amb els gens d Archaea, i els que codifiquen processos energtics i de metabolisme en general, estan relacionats amb gens de Bacteria. Molts altres gens sn exclusius d Eucarya. Per comparaci de seqncies s'observa que el gens eucariotes que codifiquen el processament de la gens d'Archaea els La teoria endosimbiont en lorigen dels mitocondris i cloroplasts informaci estan relacionats elsestan relacionats iambque codifi processos energtics i del metabolisme en general gens de (Molts altres gens sn exclusius dEukarya) Tots els eucariotes tenen o han tingut mitocondris. Lendosimbiosi en lorigen dels mitocondris i cloroplasts

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

The origin of Eukaryotes: Archaea, Bacteria, Viruses and Horizontal Gene Transfer. R.Joseph. Journal of Cosm

Transferncia de gens

Teoria de lendosimbiosi serial

Mitocondris i cloroplasts sn descendents de procariotes que foren atrapats i adoptats per antigues cllules hoste
MARGULIS, L. 1981

7 7

 Aspectes que comparteixen Archaea Eucarya, Bacteria Eucarya. Hi ha teories que sostenen que es van FUSIONAR (no fagocitar) un bacteri i un arqueu, ja que lenergia necessria per a la fagocitosi ha de ser posterior a la adquisici de mitocondris.
Per, qui va acceptar la Bacteria, una Archaea o un eucariota primitiu (amb nucli, citoesquelet i fagocitosis)?
last eukaryotic common ancestor

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

Aquest model se sembla ms a la hiptesi de lendosimbiosi de Margulis

Eucariota primitiu

Per alguns autors sostenen que la complexitat cellular necessria per desenvolupar la capacitat per fagocitar ha de ser posterior a ladquisici de mitocndries Ladquisici de la mitocndria va permetre el desenvolupament dels eucariotes

A Archaea B Bacteria - proteobacteri

Koonin, E. V. (2010) The Two Empires and Three Domains of Life in the Postgenomic Age. Nature Education 3(9):27

Se fusionaron una Bacteria y una Archaea?

Fusi, no fagocitosi

A B B

Martin and Rusell. Phil. Trans. R. Soc. Lond 2003 358:59-85

Avui dia hi ha molts exemples de consorcis metablics entre procariotes que impliquen un contacte fsic ntim entre els dos organismes

Un altre esquema explicatiu sobre les dues lnies dhiptesis sobre lorigen dels eucariotes

Bacteria

Eukarya Archaea
Animals Plants

Bacteria

Eukarya
Animals

Archaea

Plants

Cellules parsites de Nanoarchaeum equitans unides a la superfcie del crenarqueota Ingicoccus.

Huber et al. (2002) Nature 417, 63-67 Ancestor of chloroplast

Nucleus formed

Nucleus al. 2000 Ancestor of Boetius etformed chloroplast

Sintropia entre un metanogen (vermell) i un reductor de sulfat (verd).

Ancestor of mitochondrion

Engulfment of a H2-producing cell of Bacteria by a H2-consuming cell of Archaea Dos procariotes (una bactria i una arqueus) estableixen una relaci de dependncia metablica. Evolucionen junts fins que el ms petit queda incorporat dintre del ms gran. Laportaci de gens i energia que aix suposa facilita ms possibilitats evolutives i laparici del nucli.

A partir dun procariota evoluciona el llinatge eucariota. Un eucariota primitiu, ja amb nucli, fagocita una bactria (ancestre de la mitocndria actual). Ms tard es fagocita la cianobactria ancestre del cloroplast

8 8

2012 Pearson Education, Inc.

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

SISTEMES DE CLASSIFICACI DELS PROCARIOTES

La taxonomia procariota s polifiltica, es consideren carcters de diferents tipus: Sistema fentic: agrupaci segons similituds en caracterstiques fenotpiques. Sistema filogentic: agrupaci segons la relaci evolutiva. Sistema genotpic: agrupaci segons similitud gentica. La taxonomia procariota es basa en la comparaci de caracterstiques, seguint: criteris clssics: morfologia, fisiologia, ecologia. criteris moleculars: comparaci de protenes, dcids nucleics.

La taxonomia t tres categories: - NOMENCLATURA: dna nom a les espcies. s la categoria ms bsica de la taxonomia. - IDENTIFICACI: un cop identificat, es pot classificar. La identificaci pot tenir un fi en si mateixa (per exemple en bacteriologia clnica). - CASSIFICACI (filognia): la filognia s una cincia per ella mateixa. Estableix la relaci evolutiva i de parentiu entre les espcies. s objectiva, perqu compara les seqncies gentiques. La classificaci procariota tamb utilitza criteris fenotpics, a ms de la filognia, com per exemple el metabolisme, la morfologia, la relaci amb lO2, les caracterstiques bioqumiques...

CARACTERSTIQUES UTILITZADES PER IDENTIFICAR I CLASSIFICAR A les prctiques hem utilitzat caracterstiques
Criteris clssics Sutilitzen bateries de proves bioqumiques, ja que s un sistema fcil, rpid, no crea gaires residus, econmic... Hi ha diferents bateries, en funci del microorganisme que volem identificar. Quan es t un gran nombre de resultats de proves, es pot fer la taxonomia numrica. Aquest s un sistema de codis que permet
morfolgiques, bioqumiques i fisiolgiques per identificar els bacteris allats

Identificaci de bacteris

Caracterstica Gram

Presncia de cpsula Kits didentificaci basats en proves bioqumiques

Fagotipat identificaci basada en determinar els fags que infecten a lallament

Serovar identificaci basada en determinar els antgens de superfcie de lallament. til en clnica

9 9

 optimitzar el temps. Funciona amb matrius. Sintrodueixen els codis en un programa, i et diu, amb un percentatge prou elevat, lespcie que ests identificant. Tamb tindica les proves que has de fer a ms a ms per augmentar el percentatge de probabilitats dencert. Un inconvenient daquest mtode s que totes les proves del mateix grup tenen el mateix pes (que tingui flagel, que faci o no endspores, que sigui anaerbic...). No t categoria gentica. Una vegada sobtenen els resultats de les proves, es fa un tractament quantitatiu dun gran nombre de dades (caracterstiques), amb lajuda de matrius de programes informtics. Aix sanomena Taxonomia numrica taxonomia numrica. Tractament quantitatiu dun gran nombre de dades (caracterstiques)
All characteristics are given equal weight and a computer based analysis is carried out to group the bacteria according to shared properties.

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

Taxonomia numrica

dendograma: ordena grficament els grups en base a les caracterstiques que comparteixen

Criteris moleculars Criteris moleculars Per classificar ordenadament tots els ssers vius, o per discriminar entre diferents gneres, espcies...

Molt til per identificar per anlisi computacional els allaments bacterians ms comuns (per ex. en anlisis clnics o sanitaris). Sense base filogentica.

La seqenciaci dcids nuclecs s la tcnica que permet realitzar filognies ms extenses

DESCRIPCI DE LES PROVES: 1) MOL % G+C: Dna la quantitat de C+G en relaci amb el total de les bases (C+G+A+T). Ara no sutilitza massa (abans, molt). Encara hi ha dos grups de grampositius on sutilitza per diferenciar-los, t un sentit filogentic. Un daquests grups t alt CG i laltre, baix CG. 10
10

Resoluci taxonmica de diverses tcniques moleculars

 Es troba per 2 mtodes: - HTS: detectar les bases en la molcula dADN que ests analitzant. - Melting point: Calculant la temperatura de fusi de la molcula que ests analitzant. s el punt en el que la meitat de BN de la molcula estan desnaturalitzades. Quantes ms C i G (3 ponts dhidrogen), ms gran s el melting point. 2) HIBRIDACI DEL DNA: Quanta ms hibridaci hi ha, ms propers sn aquests organismes. 3) MULTILOCUS SEQUENCE TYPING: Comparaci entre 7 gens diferents, relacionats amb el metabolisme bsic (housekiping genes). Sutilitzen tamb programes dordinador. 4) WHOLE CELL PROTEIN PROFILING: Comparaci de les protenes que tenen 2 organismes. Si el patr s ms o menys proper, els organismes estaran ms o menys a prop. Es fa per electroforesis en dues direccions: segons les propietats elctriques de la protena, i segons el seu pes molecular. Tamb es llegeix mitjanant programes informtics. 5) GENOM FINGERPRINTING: (en el cas de bacteris) Es basa en qu el genoma dun bacteri presenta seqncies repetitives en tndem i que estan molt conservades. Tant la situaci daquestes repeticions com el nmero de repeticions, varia en funci de lorganisme. Amb lajuda dels enzims de restricci, es digereix el genoma, i mitjanant electroforesi, es comparen les molcules. En funci de com queden les bandes, es tracta dun organisme o un altre. El Bergeys s un manual que recull totes Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition les descripcions de totes les espcies The second edition is being published in 5 volumes bacterianes i arqueanes que shan pogut Volume 1 (2001) The Archaea and the deeply branching and cultivar, en funci de les caracterstiques phototrophic Bacteria que acabem de descriure. Nhi ha unes Volume 2 (2005) The Proteobacteria 7000 en la ltima edici. Volume 3 (2009) Sestima que podrien haver-hi 500.000 The Firmicutes espcies (que es poden cultivar) Volume 4 (2009) The Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, bacterianes i arqueanes. Sestan buscant Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Compendi dinformaci sobre Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi per trobar i utilitzar molcules com totes les especies bacterianes and Gemmatimonadetes reconegudes. antibitics o altres. Volume 5 (2009) Ledici ms actual del The Actinobacteria manual Bergeys incorpora la informaci filogentica. Systematic bacteriology magazine: revista que fa una classificaci natural dels microorganismes: descripci morfolgica, del metabolisme... s un pas previ a que publiquin una nova espcie al Bergeys.
11 11

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

TEMA I.2: DOMINI ARQUEA

Caracterstiques generals de les arquees. Grups fisiolgics: Metangens, halfils i termfils. 6/03/12

Els membres del domini Archaea cauen en quatre flums diferents: EURYARCHAEOTA: el flum ms nombrs. El que t les branques ms llargues, el que ha canviat ms des de linici. Tenen una variabilitat ms elevada de fisiologia i de metabolisme. Sn els que es va identificar primer. Ocupen nombrosos nnxols ecolgics, amb diversos patrons metablics. Shi troben els organismes halfils. El metabolisme dominant s el dels metangens. CRENARCHAEOTA: segon flum ms nombrs. Sn els ms semblants a lancestre com. Recentment shan descobert individus dambients molt freds, tot i que noms hi ha representats termfils en lesquema. Hbitats de baixa i delevada temperatura (hipertermfils). Metabolisme relacionat amb el S. Es pensa que sassemblen a lorganisme arque ancestral. NANOARCHAEOTA: es coneix Nanobacterium (organisme molt petit; uns 0,4 um), que ha pogut ser cultivat al laboratori per sempre amb la seva cllula hoste. Hbitats termfils. Se sap poca cosa ms. KORARCHAEOTA: el flum ms antic (de forma de vida primitiva), per descobert molt Archaea recentment. Noms tenim el registre del seu RNA en el medi. Hbitats termfils extrems. Se sap La filognia divideix a Archaea en quatre phyla poca cosa ms.

Euryarchaeota

Nanoarchaeota

Crenarchaeota Korarchaeota
halfils metangens

rRNA gene tree of Archaea

termfils

Bacteria vs. Archaea

Els arqueus sn organismes molt semblants als bacteris (ADN ccc (circular covalentment tancat), plasmidis, flagels, procariotes...).

12 12

 Es contemplen, per, algunes diferncies: - De morfologia: algunes formes cellulars darqueus sn diferents dels tpics cocs i bacils. - Els flagels dels Archaea formats per protena (per no flagelina, com els bacteris). Sn compactes i molt ms prims. Creixen per la base i no per la punta. Sassemblen ms a un pili o a una fmbria que a un flagel. Lenergia que sobt per a la rotaci sobt per hidrlisi de lATP (i no per gradient de protons). Les dues estructures no sn homlogues, sn anlogues. Evoluci convergent. Les arquees, igual que els bacteris, tenen paret cellular. La composici, per, s totalment diferent. La tinci de Gramm no t el mateix significat que quan es fa en bacteris. De fet, cap de la paret de les arquees que es coneixen fins ara t membrana externa. Hi ha 4 models bsics (nhi ha ms, per amb poca representaci, i, per tant, no els contemplarem): o Pseudopeptidoglic: dues diferncies: no t cid murmic; no hi ha aminocids D a la part peptdica. o Polisacrids: ms o menys complexes, units a alguns grups (acetats, sofre...) o Proteica: subunitats de protena que es van repetint al llarg de la paret Archaea Membrana citoplasmtica dArchaea o Glicoprotenes: protenes unides a alguna cadena de sacrids. Lpids de membrana - Lpids de membrana. Les arquees no tenen Bacteria Eukarya cids grassos a la membrana. Els lpids sn Hidrocarburs de cadena ramificada que Archaea derivats de lisopr. I els enllaos sn ter i no enlla ter suneixen al glicerol per enlla tipus ter ster, entre el glicerol i lisopr. Els lpids que isopr pengen del glicerol estan units, per donar ms diglicerol tetraters estabilitat a la membrana; per tant, parlem de monocapa i no de bicapa. A la monocapa tamb se la pot anomenar tetrater.

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez Archaea semestre II curs 2011-12 Algunes formes cellulars darqueus sn diferents dels tpics cocs i bacils Marina Gubau Picas

Basic Archaeal Shapes : At far left, Methanococcus janaschii, a coccus form with numerous flagella attached to one side. At left center, Methanosarcina barkeri, a lobed coccus form lacking flagella. At right center, Methanothermus fervidus, a short bacillus form without flagella. At far right, Methanobacterium thermoautotrophicum, an elongate bacillus form.

Archaea

Alguns hipertermfils - formen tetraters. Membrana ms rgida i estable

Viuen en HBITATS molt extrems: molta salinitat (halfils), pH extrems, temperatures extremes (termfils)... En aquests ambients, no tenen competidors bacterians, per tant, creixen amb facilitat i amb molt nmero. Malgrat aix, les trobem a tot arreu (tamb en hbitats normals), per en menor proporci/nmero, degut a la competncia amb espcies bacterianes. 13
13

 METABOLISME I FISIOLOGIA Hi ha molta variaci entre els diferents grups. Trobem metabolismes quimioorgantrofs, auttrofs, quimiolittrofs, fottrofs (hi ha organismes fottrofs, per no utilitzen clorofilla) La fixaci del CO2, en organismes auttrofs, es fa per les vies reductores de lAcetilCoA i del CAT (= cicle de Krebbs): descarboxilacions oxidatives Hi ha organismes que utilitzen compostos de S com a acceptors o donadors delectrons. Alguns fixen nitrogen. Alguns tenen la capacitat dobtenir energia de lH2 i altres compostos inorgnics. Tenen lhabilitat exclusiva de sintetitzar met (els organismes metangens). La bacteriorodopsina (en la fotosntesi no depenent de clorofilla) permet lobtenci dATP. En quant a la fisiologia, trobem tamb molta diversitat: Trobem aerobis, aerobis facultatius i anaerobis estrictes. Creixen i es reprodueixen a temperatures baixes (psicrfils), mitjanes (mesfils) i altes (termfils). Poden viure en pH i salinitat extrems. Estudiarem tres fisiologies prpies dels arqueus amb ms profunditat: Arqueus halfils extrems 1) METANGENS: grup dorganismes anaerobis estrictes, i generalment mesfils, capaos de convertir els productes de la fermentaci daltres bacteris en CH4 o CH4+CO2 Extreuren energia de lhidrogen (oxidant), reduint el CO2 i sintetitzant com a producte, met. Utilitzen CO2 com a font de carboni, tamb. (els veurem ms a fons ms endavant, quan veiem el cicle del carboni, ja que sn fonamentals en la degradaci anaerbia de la matria orgnica). 2) HALFILS EXTREMS: des del punt de vista metablic sn quimioorgantrofs (energia i carboni de la matria orgnica) i aerbis. En trobem representants noms en el flum Euryarchaeota. Tenen vescules de gas, per flotar. Tenen dependncia absoluta de la presncia de NaCl en concentracions elevades: mnima 1.5 M, ptima 3-4 M, mxima 5,5 M (lmit de saturaci de NaCl en aigua). Per fer-nos-en una idea, 4 M NaCl = 23% i laigua de mar t una concentraci de 3,5% NaCl. Utilitzen el sodi per estabilitzar les seves envoltes cellulars (membrana i paret), que tenen uns residus molt negatius. Parets de glicoprotenes amb molta presncia de aminocids amb crregues negatives (que retenen aigua) i que sestabilitzen amb ions Na+. Mantenen una elevada concentraci intracellular de K+ per compensar la pressi osmtica i evitar la prdua dH2O. La concentraci intracellular de K+ s ms gran que la concentraci extracellular de Na+, mantenint-se un balan hdric positiu. El K+ dintre de la cllula estabilitza protenes (molt hidrfiles, per a mantenir-se en soluci) i ribosomes. Sn un exemple de coevoluci (presenten aquestes caracterstiques perqu viuen en aquests medis i viuen en aquests medis perqu presenten aquestes caracterstiques...) Els trobem en ambients aqutics hipersalins, salines, aliments salats... Els colors dels hbitats on es troben sn deguts a els pigments protectors i a la bacteriorodopsina. Pigments carotenoides per protecci de les radiacions. 14
- Euryarchaeota - Quimiohetertrofs aerobis - Ambients aqutics hipersalins, salines, aliments salats Colnies de halobactries creixent en cristalls de sal Les halobactries creixen en la superfcie del bacall. Sn inncues per a la salut

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

- Dependncia absoluta de la presncia de NaCl en concentracions elevades: mnima 1.5 M, ptima 3-4 M, mxima 5,5 M lmit de saturaci de NaCl en aigua. Per fer-vos una idea, 4 M NaCl = 23% i laigua de mar t 3,5% NaCl - La dependncia de Na est relacionada amb l estabilitat de les envoltes cellulars. Parets de glicoprotenes amb molta presncia de aminocids amb crregues negatives (que retenen aigua) que sestabilatzen amb ions Na+ - Mantenen una elevada concentraci intracellular de K+ per compensar la pressi osmtica i evitar la prdua dH2O. La concentraci intracellular de K+ s ms gran que la concentraci extracellular de Na, mantenint-se un balan hdric positiu. - El K+ dintre de la cllula estabilitza protenes (molt hidrfiles, per a mantenir-se en soluci) i ribosomes - Pigments carotenoides per protecci de les radiacions - Algunes pigment bacteriorodopsina pot absorbir lenergia de la llum i treure H+ fora, generant gradient

Arqueus halfils extrems

Colors dels hbitats dels extrems pigments pro bacteriorodopsina

Haloquad

Salines de la badia de San Francisco, salinitat de 15-20 % Densitat 107 - 108 cells/ml

14

Morfologia cellular Tenen vescules d

 Algunes tenen pigment bacteriorodopsina, generant gradient de protons i, per tant, ATP. Bacteriorodopsina (pigment que pot absorbir lenergia de la llum i treure H+ fora) (lils): funciona com a una bomba de protons. T un grup Retinol retinol que t dues configuracions: trans i cis. En la Arqueus halfils extrems Model de lactivitat de la bacteriorodopsina configuraci trans est protonat (t un prot). Out In Amb labsorci de llum, canvia de configuraci, Utilitzaci denergia lumnica sense clorofilla, a baixa [O ] formaci duna membrana creant un gradient de protons que es transforma en ATP, abacteriorodopsina (funciona compurpria de protons) Membrane mb lacci amb una bomba de la ATPasa. Aquesta energia no s el seu metabolisme principal, Bacteriorhodopsin per ajuda. ATPase HIPERTERMFILS: sn dependents daltes temperatures. A temperatures mesfiles no poden crixer. Viuen de 55C a fins a 110C. Alguns arriben a suportar fins a 130C. Si sn quimioorgantrofs, utilitzen el sofre com a acceptor delectrons. Quan sn quimiolittrofs, utilitzen el sofre com a donador delectrons. HBITAT: aiges calentes i sulfatades: xemeneies hidrotermals (del fons ocenic); regions amb activitat volcnica al mar. Archaea hipertermfils Thermoplasma EXEMPLES: - Euryarchaeota Thermoplasma - T ptima 55-59C / pH ptim 1-2 TERMOACIDFIL La membrana t uns residus (lipoglicans), - Quimiorganotrof, aerobio facultativo (respirador de S) units als lpids de membrana, que aporten - sense paret - membrana citoplasmtica nica per a tolerar pressi osmtica, elevades temperatures i pH cid: monocapa de tetraters amb manosa i estabilitat a la membrana. glucosa (lipoglic), i glicoprotenes. A lescria (residus de les mines de carb), - hbitat: piles de residus de mines de carb, riques en pirita de ferro (FeS ) que sautoescalfen per combusti; s Morfologia, pleomrfics. Algunes especies amb flagels lhbitat on ms creix el Thermoplasma. Salimenta de la matria orgnica que es va lixiviant. Archaea hipertermfils
La bacteriorodopsina t un grup retinol, amb dues conformacions possibles trans (retinol protonat) o cis 2 La llum (570 nm) provoca el canvi de conformaci de trans a cis del grup retinol fent que un prot surti fora de la cllula La fora protomotriu sutilitza per sintetitzar ATP La bacteriorodopsina noms es sintetitza quan hi ha poc oxigen al medi, Permet sobreviure temporalment
2012 Pearson Education, Inc.

Arqueus halfils extrems

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

Pyrodictium

Lipoglic de membrana de Thermoplasma

Pyrodictium Es va allar dels porus de les xemeneies negres (hbitats inorgnics, duns 90C). Forma unes xarxes (fibres de protena) que connecten les cllules entre si. Aquestes tenen una funci de adhesi. A vegades shi troben enganxats grnuls de sofre.

- Crenarchaeota -T ptima 105 C - HIPERTERMFIL - pared cellular de glicoprotena - anaerobi estricte (S, acceptor delectrons)
- quimioorgantrof (oxidaci de compostos orgnics amb S com acceptor

final delectrons) - o quimiolitautotrof (H2 donador delectrons/ S acceptor), CO o CO2 font de carboni

En cultiu creixen com una massa daspecte miceli, enganxada a cristalls de sofre

Les cllules estan connectades per una xarxa de tubs proteics amb funci dadhesi

Morfologia de disc irregular

Habiten els porus de les xemeneies negres, black smokers

15 15

 Cada dia es troben individus que creixen a temperatures superiors. Aix ha fet preguntar-se quin s el mxim de temperatura on pot haver-hi vida. Sembla que aquest lmit es troba a uns 140-150C. Adaptacions a altes temperatures: Utilitzen protenes que sn menys vulnerables a la temperatura: - Aquestes protenes no sn especials (sn homlogues a les daltres organismes), tenen residus daminocids claus que permeten la no desnaturalitzaci; fan que es repleguin ms, que les protenes tinguin nuclis ms hidrfobs. - Les xaperonines sn protenes que fan que altres protenes no es desnaturalitzin. Quan comencen a desnaturalitzar-se, les xaperonines les tornen a plegar. En quant a lADN, una topoisomerasa (girasa inversa), fa un superenrotllament positiu, que permet estabilitzar lADN. Tamb trobem altres molcules (tipus nucleosoma) que permeten aquesta estabilitat. Es localitzen protenes tipus histones que formen una espcie de nucleosoma, que tamb compacten el DNA i fan que sigui ms difcil la seva desnaturalitzaci. LrRNA t abundncia en C i G, estabilitzades per 3 ponts dhidrogen. En quant als monmers, es produeix lefecte protector duna elevada concentraci de soluts en el citoplasma; utilitzaci de molcules ms estables evitant, per exemple, la utilitzaci de protenes amb Fe (grups hemo). Els lpids de membrana, com ja hem indicat, formen tetraters, s a dir, monocapes. Lmits superiors de temperatura pel metabolisne energtic Lmits superiors de temperatura pel metabolisme energtic:
arqueus arqueus

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

+ S0 or Fe2+

H2
113 110 122

Thermophilic Chemolithotrophy 95 Thermophilic Chemoorganotrophy Thermophilic Phototrophy 73 40 50 60 70 80 90 Temperature (C) 100 110 120 130 140

Pyrodictium, arqueus Synechococcus, Cianobacteria

A ms de 110 C noms s possible la quimiolitotrfia, amb H2 i per arqueus LH2 pot ser oxidat amb S, Fe3+, NO3- o O2. Era molt abundant a la Terra primitiva i el seu catabolisme necessita poques protenes. Possiblement va ser una de les primeres fonts denergia.

2012 Pearson Education, Inc.

16 16

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

TEMA I.3: DOMINI BACTERIA

Gram-negatius no-proteobacteris: Chlorobi. Chloroflexi. Phylum Cianobacteria. Chlamydia. Espiroquetes. Els proteobacteris: -Proteobacteris: Rhodospirilum. Rhizobium. Rickettsia. Nitrobacter. Nitrosomonas. -Proteobacteris: Neisseria. Thiobacillus. - proteobacteris: Chromatium. Pseudomonas. Vibrio. Famlia Enterobacteriaceae. Desulfovibrio. Bdellovibrio. Campylobacter. Helicobacter. Bacteris Gram-positius de baix contingut en G+C. Phylum Firmicutes: Mycoplasma. Bacillus. Clostridium. Staphylococcus. Bacteris de lcid lctic. Bacteris Gram-positius delevat contingut en G+C. Phylum Actinobacteria: Corynebacterium. Arthrobacter. Streptomyces. Mycobacterium.

Bacteria

Diversitat de Bacteria

8/03/12

Hi ha una srie de caracterstiques compartides per tots els bacteris: tots tenen paret cellular amb peptidoglic contenint cid murmic; un mecanisme de sntesi proteica propi (noms funcionen els ribosomes quimrics entre arquees i bacteris, mai els deucariotes amb bacteris); una DNA polimerasa prpia i daltres A larbre anterior noms estan representats els llinatges (phyla) dels que tenim ms informaci perqu es poden cultivar al laboratori. Daltres llinatges noms coneixent la seva existncia per seqncies de rRNA recuperades del medi. Fins ara estan reconeguts uns 80 phyla de Bacteria.
rRNA gene tree of Bacteria.

17 17

Els membres del Domini Bacteria comparteixen caracterstiques que els diferencien dels altres grups d'essers vius: Els membres del Domini Bacteria comparteixen caracterstiques que els diferencien dels altres grups d'essers vius: paret cellular amb peptidoglic contenent cid murmic, procs de sntesi proteica amb particularitats prpies (es Diversitat de Bacteria paret cellular amb peptidoglic contenent cid murmic, procs de sntesi proteica amb particularitats prpies (es MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez veu afectat pel cloramfenicol lala kanamicina, iper la toxinatoxina diftrica), RNA polimerasa-DNA diferent, i no per la diftrica), RNA polimerasa-DNA dependent dependent diferent, veu afectat peldel Domini Bacteria comparteixen caracterstiques que els diferencien dels altres grups d'essers vius: Els membres cloramfenicol i kanamicina, i no semestre II curs 2011-12 etc. etc. cellular amb peptidoglic contenent cid murmic, procs de sntesi proteica amb particularitats prpies (es paret Marina Gubau Picas veu afectat pel cloramfenicol i la kanamicina, i no per la toxina diftrica), RNA polimerasa-DNA dependent diferent, Aetc. larbre anterior noms estan representats els llinatges (phyla) dels que tenim ms perqu es perqu A larbre anterior nomsestan representats els llinatges (phyla) dels que tenim ms informaciinformacipoden es poden cultivar laboratori. Daltres llinatges noms coneixent la seva existncia per seqncies de rRNA del cultivar alal laboratori. Daltres llinatges noms coneixent la seva existncia per seqncies de rRNA recuperadesrecuperades del medi. Fins araestan reconeguts uns 80 80 phylaBacteria A larbre ara estan reconeguts uns phyla de de Bacteria medi. Fins anterior noms estan representats els llinatges (phyla) dels que tenim ms informaci perqu es poden
cultivar al laboratori. Daltres llinatges noms coneixent la seva existncia per seqncies de rRNA recuperades del medi. Fins ara estan reconeguts uns 80 phyla de Bacteria

Diversitat de Bacteria

BACTERIS GRAMNEGATIUS NO PROTEOBACTERIS

Aquificae Aquifex s el flum ms antic, el que menys ha variat. Sn els ms Aquificae Aquifex (no tant ms antic, el les arquees, per els agrada viure en altes ha hipertermfils - s el -filumel filumcom que menysque menys ha Aquificae Aquifex s ms antic, el variat. Sn els ms hipertermfils, qumiolitoautotrofs oxidadors de temperatures), acceptors delectrons. que menys haoxidadors dede H2 amb O2 o NO3 com Aquificae Sn els -ms hipertermfils, qumiolitoautotrofs oxidadors H amb O2 o NO3 com el filum ms antic, el Fixen CO pel cicle variat. Aquifex s quimiolitoauttrofs variat. Sn els ms hipertermfils, qumiolitoautotrofs oxidadors de CO pel cicle reductor de Krebs. NO3 com acceptors delectrons. Fixen H2 amb O2 Gram-negatius 2 acceptors NO3ocom acceptors delectrons.CO2 CO pel icle reductor de Krebs. H amb O2 o delectrons. Fixen Fixen pel c cicle
2 2
2

reductor de Krebs. Gram-negatius

reductor de Krebs. Gram-negatius

Thermotogae - Thermotoga maritima termfils, amb una envolta externa (toga). Quimiorganotrofs, Thermotogae - Thermotoga maritima maritima termfils, Thermotogae Thermotoga termfils,maritima termfils, amb una envolta externa Thermotogae - - Thermotoga anaerobis estrictes, fermentadors. Gram-negatius amb una envolta externa (toga). Quimiorganotrofs, amb una envolta externa (toga). Quimiorganotrofs, anaerobis estrictes, fermentadors. Gram-negatius (toga). Quimioorgantrofs, anaerobis estrictes, fermentadors. anaerobis estrictes, fermentadors. Gram-negatius
durans Deinococcus-Thermus Deinococcusionizants, presenta un extremadament resistent a les radiacions Deinococcus-Thermus Deinococcus durans mecanisme de reparaci del DNA molt eficient, capa de extremadament resistent a les radiacions ionizants, Deinococcus: Extremadament spresenta un a les radiacions ionizants, presenta un resistent reconstruir el seu genoma a partir de fragments de DNA. Deinococcus-Thermus eficient, s capa de mecanisme de reparaci del DNA moltDeinococcus durans Quimiorganotrofs. Salla a femtes, aiges, sls, DNA. extremadament reparaci del de carn molt eficient, reconstruir el seu genoma departir de fragments DNA picada. presenta un s capa de reconstruir el seu mecanisme de resistent a les radiacions ionizants, De Thermus aquaticus reparaci polimerasa (termoresistent). capa de Quimiorganotrofs. desobt la Taqdel DNA sls, carn picada. De mecanisme Salla de femtes, aiges, molt eficient, s Gram-negatius Thermus aquaticus sobt Taq fragments de de DNA. genoma a partir lade polimerasa de fragmentsDNA. Lestratgia que utilitza (a ms del reconstruir el seu genoma a partir (termoresistent). Gram-negatius Quimiorganotrofs. Salla de femtes, aiges, sls, carn picada. mecanisme de RecA, luniversal) s (termoresistent). De la segent: Thermus aquaticus sobt la Taq polimerasa Gram-negatius Les cllules es troben agrupades, i el cromosoma bacteri es troba compactat, en forma danell (no laxa, com en la majoria de bacteris). Entre cllules venes es pot donar la transferncia duna copia del cromosoma (migraci) i donar-se recombinaci homloga, reparant les possibles lesions que causen les radiacions. Sn quimioorgantrofs. Salla de femtes, aiges, sls, carn picada.

Thermus aquaticus: sobt la Taq polimerasa (termoresistent). s la primera que es va utilitzar en PCR (grcies a que s termfil, i es podia utilitzar la seva maquinria enzimtica (DNApol) a altes temperatures, necessries per poder utilitzar la PCR: desnaturalitzar les cadenes de DNA). Abans ja existia la PCR, per era molt costosa energtica i econmicament.
Diversitat de Bacteria

Chloroflexi Chloroflexus Bacteris verds no del sofre. Fan la fotosntesi anaerbia. No utilitzen compostos de sofre. Fotosntesi donador delectrons (o Chloroflexi Chloroflexus Bacteris verds no del sofre com a anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en utilitzen poc). clorosomes. Com a donadors delectrons poden utilitzar matria orgnica. Utilitzen matria orgnica com a font de C crixerfoscor, tamb com a font Fixen CO2 per la via del hidroxipropionat. A la foscor poden (en Diversitat de en uns quimiorganotrficament respirant oxgen. Presenten moviment lliscant. dE). Laparell fotosinttic est disposat Bacteria orgnuls no tpics: els Habiten aiges termals, Sn filamentosos i formen biofilms. Gram-negatius clorosomes. El pigment que tenen s la bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Fixen CO2 per la via del hidroxipropionat. A la foscor poden crixer quimiorganotrficament Chloroflexi Chloroflexus Bacteris verds no del sofre. Fotosntesi respirant oxigen. anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en Chlorobi Chlorobium Bacteris verds del sofre. Fotosntesi clorosomes. Com a donadors delectrons Sn filamentosos i formen biofilms. hidroxipropionat. poden utilitzar matria orgnica. Prefereixen latemperatures elevades. Presenten moviment Fixen CO2 per la via del foscor nm). crixer anoxignica. Bacterioclorofilla (A700-800 podenAparell fotosinttic en quimiorganotrficament respirant oxgen. Presenten utilitzen H S (H S S0 SO 2-). lliscant. clorosomes. Com a donadors delectrons moviment lliscant. 2 2 4 Habiten aiges termals, Sn filamentosos i formen biofilms. Gram-negatius Fixen CO2 per la via reductora del cicle de Krebs. Gram-negatius Chlorobi Chlorobium S queBacteris sacabi el del sofre. Fotosntesi Grnuls de sofre extracellulars (depsits de utilitzaran quan verds H S) anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en Chlorobi Chlorobium Bacteris verds del sofre. Fotosntesi anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en els clorosomes. clorosomes. Com a donadors delectrons utilitzen H S (H S S SO ). Com a la via reductora delectrons utilitzen Fixen CO2 per donadors del cicle de Krebs. Gram-negatius compostos reduts de sofre: H2S Cyanobacteria 2-). Fixen CO2 p Clorofilla i ficocianines ( 550-570 (H2S S0 SO4Fotosntesi oxignica.er la via reductora del cicle de Krebs. Grnuls de sofre extracellulars (depsits de S que utilitzaran quan sacabi el nm). Aparell fotosinttic en tilacoides. Com a donadors delectrons utilitzen H S) Acumulen sofre a fora la cllula (en grnuls de S0 extracellular, indicats H2O (de vegades H2S). Fixen CO2 pel cicle de Calvin. Poden fixar N2. Formes unicellulars, colonials o filamentoses per quan sesgoti el amb la fletxa vermella en la imatge), (moviment lliscant). HbitatsH2S. molt diversos (aigua dola salada, sls, deserts, ambients freds, simbiosi). PROCS: oxiden tot el H2S que hi ha al medi, a S0i. Un cop oxidat tot, oxiden el sofre (S0) a SO42-. Ho Gram-negatius Cyanobacteria Fotosntesi oxignica. Clorofilla i ficocianines ( 550-570 fan aix perqu Synechococcus nm). Aparell fotosinttic enn la primera oxidaci, sn ms. els electrons que sobtenen e tilacoides. Com a donadors delectrons utilitzen H O (de vegades H S). Fixen CO pel cicle de Calvin. Poden fixar N . Formes unicellulars, colonials o filamentoses (moviment lliscant). Hbitats Nostoc
0 2
2 2 0 4 20 2

Nostoc

molt diversos (aigua dola i salada, sls, deserts, ambients freds, simbiosi). Gram-negatius

Synechococcus

18 18

anoxignica. Bacterioclorofilla ( 700-800 nm). Aparell fotosinttic en clorosomes. Com a donadors delectrons utilitzen H2S (H2S S0 SO42-). Fixen CO2 per la via reductora del cicle de Krebs. Gram-negatius
Grnuls de sofre extracellulars (depsits de S0 que utilitzaran quan sacabi el H2S)

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

Cyanobacteria sn els bacteris amb ms avantatge evolutiu, grcies Cyanobacteria Fotosntesi oxignica. Clorofilla i ficocianines ( 550-570 a la Aparell fotosinttic en tilacoides. Com a donadors delectrons utilitzen nm). seva diversitat metablica i estructural. H O (de vegades Fotosntesi H S). Fixen COfilamentoses (moviment lliscant). Hbitats i ficocianines ( 550- oxignica pelanoxignica. Clorofilla i cicle de Calvin. Poden fixar N . Formes unicellulars, colonials o molt diversos (aigua dola i salada, sls, deserts, ambients 570 nm). Aparell fotosinttic en freds, simbiosi). tilacoides. Com a donadors Gram-negatius delectrons utilitzen H2O (de vegades H2S). Fixen CO2 pel cicle de Synechococcus Calvin. Poden fixar N2. Formes unicellulars, colonials o filamentoses Nostoc (moviment lliscant). Simbionts o de vida lliure. Hbitats molt diversos (aigua dola i salada, sls, deserts, ambients freds). Diversitat de Bacteria Chlamydiae Chlamydia Quimioorgantrofs. Parsits cellulars obligats Chlamydiae Chlamydia Quimioorgantrofs. Parsits cellulars obligats poca poca capacitat biosinttica, genoma molt petit. Patgens daus i mamfers. Han evolucionat perdent funcions cellulars i desenvolupant formes de capacitat biosinttica, genoma molt petit. Cos elemental: anomenat el bacteri quan resistncia per a la transmissi entre hospedadors (cos elemental). Gramnegatius es troba fora de la cllula hoste, per infectar una nova cllula. Patgens daus i mamfers. Han evolucionat perdent funcions cellulars i desenvolupant formes de Diversitat de Bacteria resistncia per a la Spirochaetes Treponema Caractestica morfolgicaDiversitat de Bacteria transmissi entre hostes (cos ehelicoidal lemental). flexible i moviment per filament axial (endoflagel). Quimiorganotrofs. Vida Chlamydiae Chlamydia Quimioorgantrofs. Parsits cellulars obligats Produeix clamidiasis, una MTS, pot generar infertilitat. Causa tamb tracoma, un tipus de ceguesa; lliure o parsits. Alguns Quimioorgantrofs. Patgens daus poca capacitat biosinttica, genoma molt petit.Parsits cellularsi mamfers. Chlamydiae Chlamydia patgens de mamfers. Gram-negatius obligats Han evolucionat perdent genoma molt petit. desenvolupant i mamfers. poca capacitat biosinttica, funcions cellulars i Patgens dausformes de t bastanta incidncia en paasos poc desenvolupats. s una infecci crnica de lull. resistncia per la transmissi cellulars i desenvolupant formes de Han evolucionat perdent funcions entre hospedadors (cos elemental). Gram2 2 2 2

negatius resistncia per a la transmissi entre hospedadors (cos elemental). Gramnegatius

Spirochaetes Caractestica morfolgica Caracterstica morfolgica: helicoidal flexible i Treponema helicoidal Spirochaetes Treponema Bacteroides s quimioorgantrofs anaerobi Bacteriodetes grup variat Spirochaetes Treponema Caractestica morfolgica helicoidal Vida flexible i moviment per filament axial (endoflagel). Quimiorganotrofs. estricte, fermentador. Habitant moviment ms abundantaxialdel tracte digestiu de mamfers (Bacteroides(endoflagel). Els endoflagels es troben flexible el parsits. Alguns patgens intest per Gram-negatius (endoflagel). filament axial lliure i moviment molt rpid prim dhumans). Gram-negatius s o gnere per filament en de mamfers. Quimiorganotrofs. Vida lliure o parsits. Alguns patgens de mamfers. Gram-negatius interns a lespai periplasmtic. La membrana externa no rota amb els flagels. Quimiorganotrofs. Vida lliure o parsits. Alguns sn patgens de mamfers. Bacteriodetes grup variat Bacteroides s quimioorgantrofs anaerobi Bacteriodetes grup variat Bacteroides digestiu deGrup anaerobi quimioorgantrofs (Bacteroides estricte, fermentador. Habitant Bacteriodetes abundant en del tracte sdhumans). Gram-negatius variat. Sn quimioorgantrofs anaerobis Bacteroides de mamfers (Bacteroides mamfers molt estricte,gnere ms Habitant del tracteprim s el fermentador. intest digestiu s el gnere ms abundant en intest prim dhumans). Gram-negatius estrictes, fermentadors. Habitants del tracte digestiu de mamfers (els ms abundants a lintest, amb 2 o 3 ordres de magnitud ms que els enterobacteris.)

ELS PROTEOBACTERIS

s el grup ms nombrs, que ms coneixem i ms mpliament distribut. Es divideix en 6 classes. Sembla que lancestre com era un fottrof, encara que ara hi ha pocs proteobacteris fotosinttics. Aquestes classes tenen consistncia filogentica, per no est relacionada amb el metabolisme, ja que el metabolisme varia molt en les diferents classes. No podem establir relaci entre metabolisme i classe. Aquestes classes es designen per lletres gregues. El nom de proteobacteris prov del Du grec Proteus, capa dassumir moltes formes en relaci a la gran diversitat metablica i destils de vida del grup. Tots els seus components sn gram-negatius. Tenen un paper important en els cicles del C, N i S. Hi ha vries espcies amb importncia mdica. Molta diversitat en el metabolisme energtic: quimioorgantrofs (Escherichia), quimiolitoauttrofs (Nitrobacter) i fottrofs, amb fotosntesi anoxignica (Rhodospirillum, Chromatium).

19 19

 En relaci amb loxigen, trobem aerobis estrictes, microaerfils, anaerobis facultatius i anaerobis estrictes. Tamb hi ha molta diversitat destils de vida: de vida lliure (Pseudomones), simbionts (Rhizobium), parsits intracellulars (Rickettsia). Generalment sn mesfils, encara que trobem alguns termfils i psicrfils. Diversitat de Bacteria Proteobacterial e Tree of Proteobacteria Les diferents classes, doncs: Classes
Bacillus Nitrosococcus Thermochromatium Acidithiobacillus Beggiatoa Gamma Pseudomonas Vibrio Escherichia Methylobacter Gallionella Nitrosomonas Methylophilus Derxia Beta Ralstonia Spirillum Rhodocyclus Thiobacillus Neisseria Methylobacterium Nitrobacter Rhodopseudomonas Beijerinckia Alpha Paracoccus Azotobacter Rickettsia Acetobacter Zeta Mariprofundus Campylobacter Sulfurimonas Epsilon Thiovulum Wolinella Desulfosarcina Desulfovibrio Delta Myxococcus Nitrospina

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

t metablica, stribuda

Major metabolisms
Anoxygenic phototrophy Methylotrophy Sulfate reduction Nitrogen fixation

Chemolithotrophy
Sulfur compounds (H2S, S0, etc.) + Ferrous iron (Fe2+) Ammonia (NH3) or nitrite (NO2) Hydrogen (H2)

Grups amb fotosntesi anoxignica Tenim dos grups de fotosinttics, que fan FOTOSNTESI ANOXIGNICA: vermells del sofre i vermells no del sofre. Es diferencien dels grups que hem vist en: - La longitud dona dabsorci de la bacterioclorofilla s diferent (de 800 a 1000 nm). - Laparell fotosinttic es troba en invaginacions de la membrana citoplasmtica. - El CO2 es fixa mitjanant el cicle de Calvin. - Sn exclusius dambients aqutics. - El sofre s acumulat intercellularment (en grnuls de sofre), i no extra, en el cas dels Diversitat de Bacteria bacteris vermells del sofre. Diversitat de Bacteria acteria oc els compostos de S Els bacteris vermells (o porpra) no del sofre utilitzen poc els compostos de S stos de S m com a donadors delectrons. 800 1000 nm Pertanyen a la classe dels -Proteobacteris (gnere Rhodopseudomonas) com per m electrons exemple: Rhodospirilum, Rhodomicrobium Bsicament compostos orgnics com a donadors delectrons. Alguns sn fotohetertrofs o quimioorgantrofs. postos de S Els bacteris vermells (o porpra) del sofre utilitzen compostos de S com a ???? donadors delectrons.

ducation, Inc.

800 1000 nm

m )

20 20

 Petanyen a la classe dels -Proteobacteris (gnere Thermochromatium) per exemple Chromatium. Sn anaerobis estrictes. H2S com a donador delectrons (H2S S0 SO42-) Grnuls de sofre a linterior del citoplasma (indicats a les fletxes vermelles). Proteobacteria Diversitat de Bacteria 13/03/12 Metanotrofia i metilotrofia en Proteobacteria Metanotrfia i metilotrfia en Proteobacteris Oxidadors de CH4 (metanotrofs) i compostos C1no CH4 (metilotrofs) - en , i Proteobacteria En , i Proteobacteris Els metanotrofs utilitzen compostos C1 (met, metanol, metilamina, formiat) com a font e carboni i denergia Oxiden molcules amb un tom dde C (met, metanol, metilamina, formiat) com Els metilotrofs no poden utilitzar CH4 Els noms a font de carboni i denergia. dels gneres dels metanotrofs comencen per: Methyl.. Aerobis Els metiltrofs no poden utilitzar met. distributs en interfases entre la zona anaerbia don Hbitats: mpliament prov el CH4 i la zona aerbia on ha Els metantrofs poden utilitzar met i la resta hide oxigen. molcules d1 C. Els noms Methylococcus Activitats metabliques de baix dels gneres dels metantrofs comencen per: invaginacions per rendiment energtic lligades s Methyl augmentar la superfcie membrana Sn aerobis estrictes. Quimiolitotrofia en Els metangens (arquees) generen mProteobacteria sn anaerbics estrictes. et. Aquests Oxidadors de NH4 i de NO ntre , , i naerbia o Els metantrofs es troben en la interfase e2 - en la zona aProteobacterian es troben els metangens (i per tant el met) i la zona aerbia, on hi ha lO2noms dels gneres comencen per l met. necessari per oxidar eNitro.. Bacteris nitrificants Els Com que el rendiment energtic daquestes oxidacions s molt baix, i estan relacionades amb la Quimilitoautotrofs, aerobis - oxiden compostos inorgnics de nitrogen per obtenir energia membrana, aquesta est molt invaginada per tal daugmentar la superfcie i, per tant, el rendiment Proteobacteria Diversitat de Bacteria - fixen CO2 com a font de carboni cicle de Calvin Nitrobacter final. Metanotrofia i metilotrofia en Proteobacteria Oxidadors NO (metanotrofs) i compostos C1 de CH (metilotrofs) - en , i Proteobacteria Nitrobacter: NH3 amoni monooxygenasa 2 Els metanotrofs utilitzen compostos C1 (met, metanol, metilamina, formiat) com de nitrit oxidoreductasa Nitrosomonas: NO2a fontNOcarboni i denergia Quimiolitotrfia en proteobacteris 3 Els metilotrofs no poden utilitzar CH Els Oxidadors de NH4 i d Hbitats: en ambients aqutics noms dels gneres dels metanotrofs comencen per: Methyl.. e NO2 - sl, , , i Proteobacteria Aerobis Hbitats: Importants a lagricultura el cicle del nitrogen distributs en interfases entre la zona anaerbia don Tamb anomenats bacteris nitrificants. Eils noms mpliamentneres comencen per Nitro... dels g Nitrosomonas prov el CH i la zona aerbia on hi ha oxigen. Sn quimiolitoauttrofs, aerobis: oxiden compostos inorgnics de nitrogen per obtenir energia. Methylococcus Activitats metabliques de baix rendiment energtic lligades s membrana invaginacions per augmentar la superfcie Fixen CO2 com a font de carboni, pel cicle de Calvin. Quimiolitotrofia en Proteobacteria Hbitats: sl, ambients aqutics. Oxidadors de NH i de NO - en , , i Proteobacteria Importants en lagricultura i el cicle del nitrogen. Bacteris nitrificants Els noms dels gneres comencen per Nitro.. Cap organisme pot oxidar completament Quimilitoautotrofs,Uns fan el primer pas de lamoni. aerobis - oxiden compostos inorgnics de nitrogen loxidaci (amoni a nitrit), i els altres, el segon a font de carboni cicle deper obtenir energia pas (de nitrit a nitrat), - fixen CO com Calvin respectivament: Nitrobacter: NH NO amoni monooxygenasa Nitrobacter: NH3 NO2 : amoni monooxygenasa NO NO nitrit oxidoreductasa Nitrosomonas: Nitrosomonas: NO2 NO3 : nitrit oxidoreductasa aqutics Hbitats: sl, ambients Importants a lagricultura i el cicle del nitrogen Nitrosomonas s tpic dels bacteris nitrificants (oxidadors de compostos de N), presentar invaginacions de la membrana (igual que els metiltrofs i els metantrofs). Augmenten la superfcie de membrana perqu s aqu on es duen a terme les reaccions de metabolisme (cadena respiratria). Quanta ms superfcie de membrana, ms unitats transportadores delectrons, per tant, ms oxidacions podran fer. Depenent don entren i on surten els electrons (llargada de la cadena), ms o menys gradient de protons es crea i ms o menys ATP forma lATPasa. Aquesta energia i el poder reductor (NADH redut) s necessari per a la biosntesi. Aquests quimiolittrofs no tenen poder reductor a linici de la cadena de transport delectrons, per tant, han de destinar una part dels electrons a remuntar la cadena delectrons (remuntant el potencial redox), per obtenir NADH (poder reductor redut).
4 no CH4
4 4

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

Nitrobacter

21 21

 Aix s un inconvenient, perqu els costa molt obtenir poca energia. Per altra banda, per, no tenen competidors en quant a les molcules que utilitzen. Oxidadors de H2 - en i Proteobacteria Quimiolittrofs de lhidrogen. Sn microaerfils. H2 + O2 H2O. Aquesta reacci la porta a terme lhidrogenasa de membrana. Poden tamb oxidar CO ( CO2), i fixen CO2 pel cicle de Calvin. Hbitats: a latmosfera actual hi ha poc H2, es troben noms en les zones aerbies prop d'hbitats anaerobis on els fermentadors estan generant H2; a pressions parcials baixes en O2. Tenen un avantatge respecte els oxidadors de N, per tant, creixen una mica ms rpidament. Tenen una hidrogenasa al citoplasma que directament redueix el NAD (poder reductor). Oxidadors de compostos de sofre: SH2, S0, - en , , i Proteobacteria Quimiolittrofs del sofre. Obtenen energia oxidant compostos reduts de sofre a sulfats. Molt importants en el cicle del sofre. Acidifiquen el medi: H2S SO42- // S0 SO42- // S2O32- SO42- Oxiden el H2S que prov de la descomposici de la matria orgnica i dels reductors de sulfat. Lacceptor delectrons s generalment loxigen (alguns NO3) Hbitats aqutics sulfurosos, aiges residuals, llots, rizosfera de plantes aqutiques, fonts hidrotermals submarines. Alguns sn filamentoses (Beggiatoa). Alguns, com Thiobacillus ferrooxidans oxiden tamb Fe2+ a Fe3+

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

Els quimiolittrofs del S, utilitzen lH2S que ha resultat de la cadena respiratria dels reductors del sulfat. Com a acceptor final delectrons tenen O2. Curiositat: Beggiatoa lH2S s txic per a la gran majoria dels ssers vius. En els arrossars, per exemple, es crea un microambient ric en H2S al voltant de les arrels de la planta de larrs (o altres plantes aqutiques). Sestableix una mena de simbiosi entre Beggiatoa (o altres bacteris quimiolittrofs del S) i la planta: la planta proporciona O2 al bacteri, i aquest transforma el H2S en SO42-, destoxificant aix el microambient. Reductors de SO42- - en Proteobacteria Sn quimioorgantrofs i anaerobis estrictes (alguns suporten baixes pressions parcials dO2). Utilitzen SO42- o S0 com acceptor final delectrons H2S. Aquest H2S s el que s utilitzat per els quimiolittrofs del sofre. Fan una reducci desassimilativa del sulfat: respiraci del sulfat. Utilitzen com a donadors delectrons: matria orgnica o H2. Hbitats: sl, aigua, sediments anaerobis, tracte intestinal danimals. Tenen molta importncia en el cicle del sofre; i bastantes aplicacions biotecnolgiques, com, per exemple, la recuperaci de metalls.
FOTO: Desulfovibrio

22 22

 Els reductors/respiradors de sulfats obtenen els electrons (el primer element de la cadena respiratria) de la matria orgnica: entra poder reductor (NADH). Tenen un enzim, a linici de la cadena, capa darrancar els electrons daltres molcules orgniques directament, com per exemple el lactat; o de molcules inorgniques, com lH2. Aix els dna un important avantatge als reductors de sulfats davant els metangens (que tamb poden utilitzar lH2). Lenzim dels metangens t menys afinitat per lH2 que el dels respiradors de sulfats.

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

NOTA: En funci del substrat que entra a la cadena respiratria, cada organisme o cada grup dorganismes tenen un enzim determinat que permet extreuren els electrons. Aqu rauen totes les diferncies en els metabolismes.

Fixadors de N2 (N2 NH3) en , , Proteobacteris Sn quimioorgantrofs, aerobis Trobem moltes formes de vida: en simbiosi (Rhizobium) infecta les arrels de les lleguminoses formant nduls on fixa N2; o de vida lliure (Azotobacter). Hbitats: sl. Molt importants a lagricultura i el cicle del nitrogen Quimioorganotrfia en proteobacteris Enterobactericies - Proteobacteris Grup molt homogeni; tots sn bacils gram-negatius, quimioorgantrofs i anaerobis facultatius. Donen negatiu a la prova de la oxidasa. Tenen flagellaci pertrica o no sn mbils. Proteobacteria Diversitat de Bacteria Amb O2 poden ufermentatives iversos substrats (hidrats de carboni, aminocids, cids orgnics...). tilitzar d Vies Fermentaci cid mixta o 2,3-butendiol) Es produeix CO2 Sense O2 depenen dhidrats de carboni (fermentacions 2, 3 butanodiol Fermentaci cid mixta Proteobacteria Diversitat de Bacteria i H2, daquestes fermentacions.
Vies fermentatives
Fermentaci cid mixta
Escherichia Salmonella Shigella

Fermentaci 2, 3 butanodiol

Enterobacter Klebsiella Serratia

Respiracions anaerbies

Escherichia Salmonella Shigella

Enterobacter Klebsiella Serratia

Respiraci de nitrats Sovint respiren NOitrats a nitrits. n NO Respiracions anaerbies Q Periplasm Nitrate reductase cycle complex Respiraci de nitrats NO NO Cytoplasm Q cycle Nitrate reduction Tenen una gran capacitat biosinttica. Cytoplasm El grup cont espcies patgenes per humans (Shigella (disenteria), Salmonella (gastroenteritis, Nitrate reduction febres tifoides), Yersinia pestis (la peste); patgens de plantes (Erwinia); i molts patgens oportunistes que noms sn patgens en segons quines circumstncies). Sn productors de toxines (endo i exo), i indicadors de contaminaci fecal (per analitzar aliments, i veure si sn o no lliures de patgens, que no hagin estat en contacte amb aiges fecals, que sn la principal causa de contaminacions en aliments. Sutilitza E. coli perqu creix molt rpid i en medis molt poc especfics).
Periplasm Nitrate reductase complex

Nitrate reductase

Nitrate reductase

23 23

 Hbitat: mpliament distributs en sls, aiges (pocs), plantes, animals (humans inclosos) Alguns gneres representatius sn: Escherichia coli Enterobacter, Erwinia, Escherichia, Klebsiella, Proteus, Salmonella, Serratia, Shigella, Yersinia, Citrobacter. Salmonella Vibrioncies - Proteobacteris Sn anaerobis facultatius, i bacils corbats. Viuen en hbitats aqutics. Zones costeres, presenten haloflia moderada. Alguns emeten bioluminescncia: Vibrio fisheri, Photobacterium. Aquests poden fer simbiosi amb peixos i cefalpodes (l'rgan llumins). Alguns sn patgens, com Vibrio cholerae (foto), que causa clera; o V. Parahaemolyticus, que causa gastroenteritis. Pseudomonas - Proteobacteris Creixen en una gran diversitat de substrats (sucres, cids grassos, aminocids, cids orgnics, hidrocarburs, compostos aromtics,...) Metabolisme respiratori amb O2. Tamb respiren nitrats fins a formes gasoses de compostos nitrogenats (desnitrificaci). Importants degradadors de matria orgnica en hbitats aqutics i terrestres. Digestors aerobis de residus. La via de degradaci de la glucosa que utilitzen s Entner-Doudoroff. Flagellaci polar, oxidasa positius (distinci de les enterobactericies). Tenen pigments extracellulars. Hbitats: sl, aiges, superfcie de plantes. Patgens oportunistes, provocant infeccions nosocomials.
s lespcie bacteriana ms coneguda i ms b caracteritzada Gran capacitat biosinttica i metablica Habitant del intest hum per no lespcie dominant. La seva presncia en aiges i aliments indica contaminaci fecal Algunes soques poden causar infeccions urinries, diarrea del viatger i gastroenteritis recordeu la crisi dels pepinos de 2011 Espcie bacteriana ms utilitzada en laboratoris dinvestigaci

Amb O2 poden utilitzar diversos substrats (hidrats de carboni, aminocids, cids orgnics...) Sense O2 depenen dhidrats de carboni (fermentacions cid mixta o 2,3 butanodiol) Sovint respiren nitrats a nitrits Gran capacitat biosinttica MICROBIOLOGIA II J febres tifoides, Especies patgenes per humans (Shigella (disenteria), Salmonella (gastroenteritis, osefina Martnez Yersinia pestis (la peste). Patgens de plantes (Erwinia). Patgens oportunistes (molts)I curs 2011-12 semestre I Productors de toxines (endo i exo) Marina Gubau Picas Indicadors de contaminaci fecal Hbitat: mpliament distributs en sls, aiges, plantes, animals humans inclosos Gneres representatius (Enterobacter, Erwinia, Escherichia, Klebsiella, Proteus, Salmonella, Serratia, Shigella, Yersinia, Citrobacter)

Pseudomonas aeruginosa (FOTO)

Altres patgens importants en Proteobacteris Rickettsia Proteobacteris Mida petita (0.2 0.5 m), pleomrfiques. Sn parsits intracellulars obligats. Patgens, agent causal del tifus i la febre de les Muntanyes Rocoses. La transmissi s per vectors artrpodes (polls, puces, paparres).
FOTO: Rickettsia dintre de la cllula hoste

Neisseria Proteobacteris Coc; quimioorgantrof; aerobi. Habitant de membranes mucoses de mamfers N. meningitidis (meningitis), N. gonorrhoeae (gonorrea). Helicobacter Proteobacteris Espiril; microaerfil. T mltiples flagels. H. pylori s la causa ms com dlceres gastroduodenals en humans.

24 24

 Bdelovibrio Proteobacteris Parsit daltres bacteris gram-negatius. s molt petit i neda molt i molt rpid, xoca contra un altre bacteri, penetra i el devora per dins. s aerobi obligat. Divisi per fissi mltiple. Habitant del sl, aiges, flora intestinal dhumans, pollastres i cavalls. No pot infectar a cllules eucariotes

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

BACTERIS GRAM-POSITIUS
Phylum Firmicutes Inclou gneres formadors dendspores (Bacillus, Clostridium, Heliobacterium). Inclou el grup de bacteris de lcid lctic: BAL, dara endavant. Un grup sense paret Mycoplasma. Fonamentalment quimioorgantrofs. Aerobis, anaerobis facultatius o anaerobis estrictes. Un grup fa fotosntesi anoxignica Heliobacterium per no fixa CO2, s fotohetertrof. Es troben mpliament distributs: sl, superfcie de plantes, formen part de la microbiota de mamfers (humans, rumen). Espcies amb importncia a la indstria alimentria (Lactobacillus) i farmacutica (Bacillus). Alguns patgens de plantes, animals i humans (Staphylococcus, Streptococcus, Clostridium). Shi diferencien 3 classes:

Mollicutes Clostridi Bacilli

Mycoplasma Clostridium Bacillus Staphylococcus Lactobacillus Leuconostoc Streptococcus Enterococcus

Sense paret cellular Fermentador; aerobi estricte i endosporulat

BACTERIS DE LCID LCTIC (BAL) Fermenten hidrats de carboni generant lctic com a producte nic o majoritari.

Mycoplasma: no tenen paret (segurament en tenien i la van perdre). Tenen una membrana citoplasmtica modificada, formada de esterols i lipoglicans. La majoria sn parsits de mamfers. Els genomes sn molt curts, i van poder ser sintetitzats artificialment. Aquesta molcula artificial es va introduir en un micoplasma i aquest va prosperar. Phylum Actinobacteria molt semblants als fongs. Gran importncia en la descomposici de la matria orgnica del sl en condicions aerbies. Alguns patgens; i sn una font molt important de producci dantibitics i altres frmacs. Formes unicellulars pleomrfiques, o formadores de micelis permanents, transitoris o de poques cllules. Les formes micelials formen espores reproductores. Algunes presenten cids miclics a la paret.
25 25

 Quimioorgantrofs; aerobis, en general. Productors denzims extracellulars. Sn els microorganismes ms nombrosos al sl. Tamb residents al cos dels animals. Importncia prctica: - Mineralitzaci de la matria orgnica - Font dantibitics i altres frmacs (Streptomyces) (FOTO ) - Alguns sn patgens (Mycobacterium). (FOTO, a sota)

MICROBIOLOGIA II Josefina Martnez semestre II curs 2011-12 Marina Gubau Picas

26 26