Les Acides amins et les protines

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1. Nomenclature
Les acides amins sont des ions dipolaires (zwitterion) dans leur tat naturel:

En effet, ils sont solubles dans leau, comme les composs ioniques, leurs points de fusion sont plus levs que ceux dacides carboxyliques correspondants, ils sont trs facilement cristalliss. Voici les acides -amins naturels (on indique par un astrisque les acides amins essentiels, ceux qui ne peuvent tre synthtiss par ltre humain et doivent donc tre apports par la ration alimentaire): Nom Symbole Formule Monoaminomonocarboxylique Glycine Alanine Valine * Leucine * Isoleucine * Srine Thronine * Gly (G) H N+ - CH COO 3 2 Ala (A) H N+ - CH(CH ) COO 3 3 Val (V) H N+ - CH(i-Pr) COO 3 Leu (L) H N+ - CH(i-Bu) COO 3 Ile (I) H N+ - CH(s-Bu) COO 3 Ser (S) H N+ - CH(CH OH) COO 3 2 Thr (T) H N+ - CH(CHOH-CH ) COO 3 3 Monoaminodicarboxyliques et les divers amides Acide aspartique Asparagine Asp (D) Asp(NH2) (N) Acide glutamique Glutamine Glu (E) Glu(NH2) (Q) HOOC CH2 CH(NH3+) COOH2N OC CH2 CH(NH3+) COOHOOC (CH2)2 CH(NH3+) COOH2N OC (CH2)2 CH(NH3+) COO-

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Diaminocarboxylique Lysine * Hydroxylysine Arginine * Lys (K) Hylys H3N+ (CH2)4 CH(NH2) COOH3N+ CH2 CHOH - (CH2)2 CH(NH2) COO-

Arg (R) H N+ = C(NH ) NH (CH ) CH(NH ) COO 2 2 2 3 2 Contenant du soufre ou du slnium

Cystine Slnocystine Cystine Mthionine * Nom

Cys (C) (U)

HS CH2 - CH(NH3+) COOHSe CH2 - CH(NH3+) COO-

CySSCy OOC CH(NH +) CH S -S CH - CH(NH +) COO3 2 2 3 Met (M) CH S (CH ) CH(NH +) COO 3 2 2 3 Symbole Aromatique Formule

Phnylalanine* Tyrosine

Phe (F) CH - CH(NH +) COO2 3 Tyr (Y) p-HO - CH - CH(NH +) COO2 3 Htrocyclique

Histidine*

His (H)

Proline

Pro (P)

Hydroxyproline

Hypro

Tryptophane *

Trp (W)

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Ces aminoacides comportent un ou plusieurs carbones asymtriques. Tous les aminoacides provenant de protines humaines sont L dans la reprsentation de Fischer (NH2 et H sur lhorizontale, COOH en haut, le reste en bas):

2. Prparation des acides amins

On peut utiliser plusieurs mthodes, que nous pouvons relier aux ractions dj tudies prcdemment. 2.1. Ammonolyse dun a-halogno-acide : L-bromoacide (par exemple), est obtenu par la raction de Hell-VolhardSelinsky. Un excs dammoniac permet de passer lacide amin (raction de substitution selon Hoffmann) 2.2. Raction de Gabriel sur un a-halogno-acide : Le phtamimidure de potassium ragit par exemple sur un -bromoester (de prfrence lacide qui risquerait de reprotoner le phtalimidure), puis lhydrolyse acide (ou mieux, laction de lhydrazine) permet de rcuprer laminoacide. Ainsi pour la leucine:

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2.3. Synthse dun ester phtalimidomalonique Ici le phtalimidure ragit avec le 2-bromomalonate dthyle EtOOC CHBr COOEt, obtenu comme prcdemment. Puis on applique la synthse malonique classique:

2.4. Utilisation de lester actylaminomalonique Lacide nitreux (ou le chlorure de nitrosyle NOCl) ragit avec le malonate dthyle ou le cyanothanoate dthyle (NC CH2 COOEt, qui ragit de la mme faon) pour donner un diester-oxime (voir plus bas la structure et le mcanisme de formation), que lon rduit par hydrognation catalytique en

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prsence danhydride thanoque: loxime est rduit en amine, qui donne un amide par action directe de lanhydride thanoque. On fixe le reste de la molcule par synthse malonique classique:

Le mcanisme de la formation de loxime est le suivant:

2.5. Amination rductrice dun a-ctoacide Nous avons dj vu cette raction dans le cours sur les amines:

La synthse dun -ctoacide peut se faire par la synthse oxaloactique:

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2.6. Synthse de Strecker. En prsence dacide cyanhydrique et dammoniac, les aldhydes donnent des aminonitriles, hydrolyss en acides-amins en milieu acide:

3. Proprits acidobasiques
Les acides amins dont les chanes latrales ne sont pas ionisables sont caractriss par deux constantes dionisation dont les pK sont respectivement de lordre de 2 et de9:

Si on applique une diffrence de potentiel entre eux letcrodes plongeant dans une solution daminoacide, ce dernier migre vers lanode ou vers la cathode suivant le pH. Pour un pH particulier, appel point isolectrique, il ny a pas de migration de laminoacide car les concentrations en anions et en cations sont identiques:

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Le point isolectrique est une caractristique de chaque acide amin: par exemple il a un pH de 6 pour la glycine, de 5,5 pour la phnylalanine, de 11,2 pour larginine et de 3,2 pour lacide glutamique. Le point isolectrique est atteint lorsque la forme non charge (la deuxime) est majoritaire, soit lorsque . Cette proprit permet de sparer les acides amins par lectrophorse:

A pH 6, la glycine est sous la forme du zwitterion, donc sans charge globale. Il ne sera donc entran ni vers lanode, ni vers la cathode. Lacide glutamique est sous la forme dicarboxylate-ammonium, donc de charge globale ngative. Il sera entran vers lanode. Larginine est sous la forme diammonium-dicarboxylate, donc de charge globale positive. Il sera entran vers la cathode. On peut aussi placer ces trois acides au mme point, et visualiser leurs dplacements. Pour rvler correctement les aminoacides,

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on utilise ensuite un rvlateur: la ninhydrine. La raction qui conduit un driv color (violet jaune) est la suivante:

4. Les polypeptides
Les acides amins sont dans la nature sous forme de polyamides, appels polypeptides pour les structures courtes, et protines pour les structures de masse molaire leve: on les trouve sous la forme:

Ces composs sont des hormones, des enzymes. Lenchanement de ces aminoacides se fait dans un ordre trs prcis: cest la structure primaire des protines dont dpend leur activit biologique. Voici par exemple la structure primaire de locytocyne:

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En ralit, les liaisons H de la molcule de protine imposent une conformation particulire, appele structure secondaire, qui est responsable de la spcificit de chaque enzyme. Sur ces protines, il existe des sites qui ne permettront que de traiter une molcule particulire, et dautres sites qui feront le traitement. Ainsi la chymotrypsine, une enzyme pancratique qui hydrolyse les fonctions amides de polypeptides quand celles-l sont proches dun site aromatique. Voici une schmatisation de son mode daction: Un proton est transfr de la srine (qui acquiert une charge ngative) lacide aspartique (qui passe de la forme carboxylate la forme acide) via lhistidine ( qui sert gnralement de transporteur de protons dans un enzyme). Le polypeptide va tre hydrolys prs du chanon phnylalanine, le cycle aromatique, par interaction de Van der Waals, va se positionner sur un site de lenzyme prvu cet effet. Lion alcoolate de la srine va alors faire une addition limination sur la fonction amide et libre lamine.

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Formation dun enzyme acyl intermdiaire.

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Dsacylation

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Libration du polypeptide COOH-terminal.

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Certains composs synthtiques sont des polypeptides, par exemple l'aspartame, dulcorant de synthse, qui est l'ester mthylique du polypeptide phnylalanine - acide aspartique :

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