BAB 10 BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI RESUME Disusun untuk memenuhi matakuliah Genetika 2 yang dibimbing Prof.

Dr. Duran Corebima Aloysius, M.Pd dan Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd

Oleh Kelompok 10 Devina Nuryagunah Septi Kurniama Sari 100342404263 (HZ) 100342404647 (HB)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN BIOLOGI Oktober 2012

Beberapa Hal Spesifik Tentang Rekombinasi Rekombinasi Spesifik Tapak Rekombinasi spesifik tapak adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak khusus atau pada urutan-urutan molekul DNA tertentu dengan mekanisme yang tidak sama dengan mekanisme rekombinasi umum. Temuan pada E.coli menunjukkan bahwa macam rekombinasi tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC. Contoh pada integrasi DNA fag ke genom E.coli, yang diketahui bahwa tapak allP dan allB pada E.coli adalah hasil evolusi spesifik enzim, dikode oleh gen int dan xis genom fag. Integrasi ini hampir selalu terjadi pada tapak allB antara lokus gal dan bio. Jika allB tersebut mengalami delesi, akan berdampak pada integrasi profag tapak lain dalam frekuensi yang rendah. Rekombinasi Spesifik Tapak Menjamin Penataan Kembali DNA yang Teliti Pindah silang tetap mempertahankan susunan urutan DNA kromosom homolog. Pada kasus tertentu sel memanfaatkan proses rekombinasi untuk menata kembali urut-urutan DNA. Dalam hal ini segmen-segmen DNA dapat dipindah dengan bantuan rekombinasi spesifik tapak, akibatnya sering ada beragam gen yang diekspresikan. Contohnya pembentukan banyak gen antibodi hasil penataan kembali DNA spesifik tapak atas suatu perangkat urut-urutan prekusor. Rekombinasi Spesifik Tapak Mengatur Ekspresi Gen Rekombinasi yang melibatkan dua tapak pada suatu molekul DNA yang sama berakibat terlemparnya segmen antara atau terjadi inversi segmen yang tergantung bagaimana orientasi tapak-tapaknya. Sel memanfaatkan inversi hasil rekombinasi untuk memilih dua susunan DNA yang memungkinkan ekspresi dua protein mengatur protein yang tampak. Contohnya protein ekor Mu (mutator) fag yang diatur oleh segmen gin yang tidak dapat dibalik serta antigen flagel dari bakteri Salmonella. Variasi fase salmonella akibat ekspresi dua protein flagel yaitu H1 dan H2 secara bergantian. Pada waktu tertentu, sel mengekspresikan salah satu protein flagel itu.

Bila segmen DNA mengarah ke arah yang sama, letak promoter ada disamping gen H2. Di sini gen H2 ditransripsikan dan satu gen lain didekatnya mengkode suatu protein represor dari gen pengkode protein flagel H1 yang jauh. Jelas bahwa kerja gen H1 dihalangi sedangkan gen H2 justru ditransripsikan. Jika segmen mengalami pembalikan, maka gen H2 tidak ditransripsikan lagi (tidak ada promoter) dan gen pengkode protein represor untuk gen H1 dibentuk. Terkait mekanisme ini, segmen mengandung promoter mengkode enzim Hln yang mengkatalisasi inversi. Diduga pula bahwa aktivitas ekspresi enzim Hln meningkat saat sel terganggu. Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA Yang Rusak Pindah silang merupakan suatu mekanisme yang menimbulkan keragaman genetik, tapi ada dugaan bahwa fungsi yang paling vital dari peristiwa pindah silang mungkin justru untuk memperbaiki kerusakan DNA. Ini terkait dengan penelitian bakteri recA dan mutan defektiv rekombinasi khamir yang mudah mati akibat radiasi maupun akibat pengaruh sebagai zat kimia yang merusakkan DNA. Rekombinasi berawal dari upaya penutupan celah molekul DNA. Celah terisi DNA unting pasangan homolog. Meski sederhana (kecil) dapat diisi oleh polimarse DNA, persoalannya celah berdekatan dengan cacat pada molekul DNA, misalnya ada timin dimer. Celah terbentuk saat replikasi terhenti pada tapak yang menggandeng cacat tadi, replikasi dimulai lagi beberapa saat setelah itu, informasi genetik pada tempat cacat hilang dari kedua unting DNA dan dapat dipulihkan hanya melalui rekombinasi dari suatu duplex homolog. Rekomendasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak Pindah Silang: Konversi Gen Kajian awal, pindah silang menunjukkan peristiwa resiprok. Jika rekombinasi terjadi antara tapak berdekatan pada gen yang sama, maka dapat ditemukan perkecualian. Rekombinasi tidak resiprok yang terjadi antara dua tapak berdekatan dalam satu gen yang sama, disebut sebagai konversi gen. Konversi gen akibat pemotongan DNA dan sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks selama proses pemutusan atau penyambungan. Fenomena ini dikaji

pada khamir atau pada Neurospora. Jika askus yang mengandung spora dianalisis, seringkali tidak mengandung rekomendasi mutan ganda resiprok seperti yang diharapkan. Sebagai contoh persilangan dengan penanda mutan m1 dan m2. Jika persilangan tersebut adalah m1 m2 + >< m1 + m2 maka askus-askus yang sering kali dijumpai adalah yang mengandung pasangan sporal m1+ m2, m1+ m2+, serta m1 m2+ (Gardner, dkk, 1991). Spora-spora mutan ganda hasil rekombinasi resiprok tidak ada dalam askus. Oleh karena itu rasio m1 + : m2
m

3 : 1 dan bukan 2 : 2 seperti

yang diharapkan. Ini merupakan akibat rekombinasi yang tidak resiprok. Rekombinasi Illegitimate Rekombinasi illegitimate adalah rekombinasi yang terjadi antara molekulmolekul DNA yang non homolog. Mekanisme ini tak sama dengan mekanisme rekombinasi umum. Contohnya yang berkenaan dengan insersi elemen transposabel (elemen Is) ke dalam sesuatu lokus gen. Pada peristiwa tersebut uruturutan DNA lokus tidak sama dengan urutan DNA elemen Is. Akibatnya, fungsi gen terganggu atau hilang. Contoh misalnya insersi yang dilakukan oleh elemen Is kedalam berbagai lokus (gen gal, E, K dan T) pada genom E. coli yang terbukti menimbulkan mutasi-mutasi sehingga mengganggu metabolisme galaktose. Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA Kejadian rekombinasi independen tidak terkait replikasi DNA. Bila dua genotip fag (a+ dan b+) serempak menginfeksi sel inang pada medium ringan, pengamatan terhadap genotip partikel fag-fag yang tidak bereplikasi menunjukkan bahwa beberapa diantaranya bergenotip ++ yang membuktikan bahwa rekombinasi genotip induk dapat berlangsung secara independen terhadap replikasi DNA.

Pertanyaan:
1. Apa persamaan dari rekombinasi Spesifik Tapak dan rekombinasi Illegitimate?

Persamaan dari rekombinasi spesifik tapak dan rekombinasi illegate yaitu:

Sama-sama mekanismenya tidak sama dengan mekanisme rekombinasi yang

terjadi umumnya
Sama-sama tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC

Rekombinasi terjadi antara urut-urutan lokus genom yang tidak homolog

2. Bagaimana rekombinasi memperbaiki molekul DNA yang rusak pada

rekombinasi spesifik tapak, rekombinasi yang tidak resiprok, dan rekombinasi illegitimate?
- Pada rekombinasi spesifik tapak, penataan kembali DNA terjadi atas suatu

perangkat urut-urutan prekusor yang dimilikinya dan akibat yang sering timbul adalah terekspresikannya beragam gen atau perangkat gennya. Rekombinasi tidak resiprok terkait konversi gen akibat pemotongan dan penyambungan DNA. Sedangkan pada rekombinasi illegitimate berkenaan dengan insersi elemen transposabel ke dalam suatu lokus gen yang megatur kembali urut-urutan DNA. 3. Bagaimana rekombinasi spesifik tapak mengatur ekspresi gen terkait proses yang dijalankannya!
-

Promotor untuk suatu gen tertentu terletak pada suatu segmen DNA yang dapat mengalami pembalikan. Bila segmen DNA yang mengandung promotor mengarah dalam arah yang sama memungkinkan terjadinya pengkodean represor oleh gen lain yang menghalangi poses gen tertentu. Segmen yang mengandung promotor tersebut juga mengkode enzim tertentu yang mengkatalis inversi membentuk gen dengan ekspresi berbeda.