UNIDAD I

GENTICA Gentica es la ciencia que estudia el parecido entre los parientes y como se transmiten las caractersticas de padres a hijos (de una generacin siguiente). Adems estudia la variacin entre los individuos. FENOTIPO: Caractersticas observadas de un individuo (F) GENOTIPO: Informacin contenida en el material gentico que determina las caractersticas fenotpicas (g) MEDIO AMBIENTE: Todo lo que rodea a un individuo (temperatura, nutricin, humedad, aireacin, estrs, etc.) (E) F= g + E + Ge Hongo rojo = genotipo + glucosa, fructosa o sacarosa + gE El genotipo tiene que interactuar con alguno de los azcares para producir el pigmento. Para evaluar el genotipo se utilizan cepas bajo el mismo ambiente. Las diferencias presentes se debern nicamente al genotipo. Para observar el efecto del medio ambiente se puede colocar la misma cepa ante distintos medios (azcares) o variar la concentracin de los mismos y colocar diferentes cepas.

Glucosa

Fructosa

Sacarosa

Almidn

Misma cepa Vara producto o concentracin del producto. 1

Los virus y bacterias siempre han existido pero se vuelven patgenos en el momento en que mutan. Esto se puede deber al fitness (funcin evolutiva) el cual proporciona ciertas ventajas como formacin de esporas, mayor descendencia, tipo de reproduccin, etc. Es mucho ms probable que se desarrolle un nuevo virus en pases pobres como Vietnam, Camboya, Malasia, Indonesia, entre otros, ya que la concentracin humana es muy grande y conviven con muchos animales. Se cree que el origen del ser humano fue en frica Central y que los patgenos han coevolucionado con el hombre.

APLICACIONES DE LA GENTICA
Identificacin de una persona en un crimen, tanto criminal como vctima. En caso de violacin y asesinatos, en el primer caso por el semen y en ambos por rastros que deja el agresor tales como saliva, cabello con folculo, en la uas de la vctima se buscan restos de piel. Pruebas de paternidad. Conocer el tiempo de vida en base a los telmeros. Produccin de animales transgnicos (alimento preparado con partes modificadas del genoma de un individuo). Conocer la predisposicin a enfermedades, por ejemplo, para el cncer de mama (BRAC 1 y BRAC 2). Adaptacin de microorganismos a distintos medios. Identificacin de microorganismos mediante microchips en el que se encuentran hasta 10,000 diferentes DNAs marcados. Correccin de enfermedades. Para la fibrosis qustica se utiliza virus de la gripe al que se le incorpora RNA o DNA sano dejndole nicamente la capacidad virulenta. Este virus se dispersa por la nariz e infecta insertando segmentos de DNA sano que destruye las mucosidades de la fibrosis (Terapia gnica). Algo parecido se hace con el tratamiento contra el cncer, se disean Ac que reconozcan las clulas cancergenas, los Ac las reconocen y las destruyen. Mejora de especies. Estudio de las estructuras del DNA y RNA.

 Prevencin: Estudios pre-matrimoniales (trisoma 21, deficiencias o lesiones en cromosomas). La cruza entre parientes ocasiona la expresin de genes recesivos. Fabricacin de vacunas. Vacunas comestibles (lechugas). Expresin del gen: se puede manipular la forma en que se expresa el gen, por ejemplo, se pueden cruzar algunas cepas de hongos para obtener un hbrido que de un hongo muy bueno. Esto tambin se usa en la farmacutica para describir nuevos antibiticos. Se pueden producir huertas de frmacos, por ejemplo el gen recombinado se inserta a la caa de azcar, gracias al gen se reduce el costo de energa, mano de obra y es muy fcil aplicar. Hay mas de 500 frmacos producidos en forma recombinante. Clonacin.

GENTICA CLSICA
SELECCIN (evolucin dirigida) es una de la fuerzas genticas, es como tomar de un grupo de individuos solo algunos con ciertas caractersticas. Hay dos tipos de seleccin: la natural y la artificial. Seleccin natural: es la supervivencia del individuo mas apto a las condiciones del medio ambiente. Parte de la seleccin natural es la supervivencia de los individuos. Seleccin artificial: los hombres seleccionan a los individuos con mayores caractersticas favorables, por ejemplo, la vaca que da mas leche. Los dos tipos de selecciones son divergentes, el hombre selecciona lo que le favorece, la naturaleza va por otro lado. El hombre que apareci en frica Central se aliment de frutas surgiendo as el hombre de Neanderthal pero surgi despus uno que se alimentaba de la pesca ingiriendo as omega 3 lo que le proporcion una mayor masa cerebral y mejor velocidad de comunicacin entre neuronas, surgiendo as el Homo Sapiens que vino a desplazar al Hombre de Neanderthal (seleccin).

GENTICA MOLECULAR
GENOMA: es todo el material gentico contenido en un organelo (estructura de la clulas). Hay dos genomas en un humano, el mitocondrial y el nuclear siendo ste ltimo el mas importante. En el caso de las plantas, stas tienen tres genomas: mitocondrial, nuclear y el de cloroplastos. Aristteles e Hipcrates decan que en el semen haba una persona miniatura. Hay siete genomas mitocondriales y todas las razas humanas compartimos los siete genomas, de esto se concluy que molecularmente haba siete Evas. Su desarrollo comienza a partir del descubrimiento de la estructura del DNA (1954). Para la codificacin de una protena se requieren varios genes. Los que si codifican reciben el nombre de exones, mientras que los que no codifican son intrones. Colinealidad: mismos genes. Sintenia: mismo orden.

LA GENTICA Y LA AGRICULTURA MODERNA

Vida de anaquel ms larga para tomates y melones. Existen diferentes compuestos que le confieren rigidez a la pared celular de dichos alimentos tales como la celulosa, pectina, c. glutmico, etc. Conforme el fruto va madurando se producen poli-galacturonasas que degradan la pared celular hacindola ms blanda. Si se utiliza tecnologa de RNA en sentido inverso (en la cual se genera una estructura que es complementaria a la secuencia original de RNA), stas se unen y se bloquean, por lo tanto no hay sntesis de poli-galacturonasas. Resistencia a condiciones extremas. Por ejemplo: maz que soporta grandes cantidades de aluminio, plantas que toleran grandes cantidades de sal, plantas resistentes a virus (papaya, calabaza, sanda, meln) mediante la inyeccin de pequeos segmentos de virus, plantas resistentes a insectos, plantas resistentes a herbicidas.

Vacunas comestibles. Se le inoculan genes de virus a las plantas y as sta codifica las protenas del virus. Al ingerirlas se adquiere inmunidad.

UNIDAD 2. LA CLULA
CLULA: Estructuras pequeas rodeadas por una membrana, contiene una variedad de compuestos qumicos en una solucin acuosa que interacta con el medio ambiente, lo cual hace que la clula tenga algunas propiedades bsicas, las cuales son: Adquisicin y uso de energa. Capacidad de reproducirse. Capacidad de responder al medio ambiente. Tiene la capacidad de llevar a cabo reacciones qumicas controladas, y mantener un ambiente interno relativamente constante, a pesar de las fluctuaciones en el ambiente externo. Hay clulas eucariotas y procariotas. Las PROCARIOTAS no tienen ncleo definido

PRO---antes KARIOS---ncleo EU----verdadero KARIOS---ncleo

Diferencias entre clula vegetal y animal

La clula vegetal tiene cloroplastos La vegetal tiene pared celular La animal tiene centriolos La vegetal tiene 3 genomas y la animal solo 2 genomas La animal tiene lisosomas

Componente Ncleo Citoplasma Nuclolos Membrana plasmtica

Funcin Contiene el material gentico Matriz acuosa con organelos Intervienen en la sntesis del RNA Constituida por lipoprotenas que funcionan como receptores de seales. Una mutacin que afecte la membrana plasmtica puede producir cncer.

Membrana nuclear Retculo endo. Rugoso y liso Aparato de Golgi

Tiene poros por donde pasan las seales o RNA En el rugoso se da la sntesis de protenas (paraproteinas si hay mutacin), en el liso se da la sntesis de hormonas. Es donde se modifican las protenas y tambin se almacenan. Diabetes.

Lisosomas

Sacos que contienen enzimas cuya funcin es degradar casi cualquier cosa dentro de la clula. En una mutacin no se produce una enzima para degradar al lpido ganglisido, ste se almacena dentro de los lisosomas en cantidades txicas, sta acumulacin causa degradacin de las clulas cerebrales, a sta enfermedad de Tay Sachs.

Mitocondrias

Produccin de energa a travs del ciclo de Krebs. Hay una enfermedad conocida como neuropata ptica hereditaria de Leber`s que son mutaciones en genes mitocondriales. El envejecimiento est relacionado con genes mitocondriales al igual que el Alzheimer.

Citoesqueleto

Es una red de fibras que le van a dar a la clula su forma. Un gen codifica para formar las fibras del citoesqueleto, cuando hay una mutacin en este gen, se produce la enfermedad distrofia muscular Duchenne.

Ribosomas

Se realiza la sntesis de protenas. Aqu se encuentra el RNAr y llegan los RNAm y RNAt. Los ribosomas son esenciales para la vida por lo tanto son los mas conservados.

EL CROMOSOMA CENTRMERO: Regin constreida del cromosoma, es donde se une las dos
cromtidas y es donde se une el huso acromtico, las cromtidas se unen por el cinetocoro.

YAC: Cromosomas artificiales de levadura. Es importante porque insertamos telmeros y

centrmeros a una bacteria y agregamos regiones del DNA de inters.

TELMEROS: Son regiones conservadas de los cromosomas con diferentes funciones:

1. Previenen que las enzimas nucleasas principalmente exonucleasas destruyan los extremos de los cromosomas. 2. Previenen que dos cromosomas se unan por los extremos.

3. Facilita la replicacin del DNA en los extremos de los cromosomas sin la prdida
de material gentico. Los telmeros estn formados por secuencias repetidas en tndem. Repeticin en tndem: 123 123 123 123 123 Repeticin invertida: 123321123321123 Repeticin espaciada: 123451236712389

La secuencia general de los telmeros es: 5T 1-4 A 0-1 G 1-8 3

Cromosomas homlogos: son para las mismas caractersticas pero pueden tener diferentes alelos.

EL CICLO CELULAR

Ciclo celular dura 24 horas

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MITOSIS
Interfase, profase, metafase, anafase, telofase y citocinesis Proceso de divisin celular en el cual las clulas hijas tendran igual nmero de cromosomas que la clula madre.

INTERFASE. El material gentico se duplica. Hay un super enrollamiento debido a:

Que los enlaces entre nucletidos se dan en posicin 3lo que no los hace lineales Efectos fsicos, ya que la doble hlice no se mantiene vertical El material gentico se enrolla en los nucleosomas Los centriolos se separan y emigran a polos opuestos La membrana nuclear desaparece El ADN se enrolla para formar cromosoma Se empieza a formar el huso acromtico (conjunto de fibras que van a jalar los cromosomas hacia los polos opuestos) Los cromosomas aun no son visibles, se hacen visibles en las etapas tardas de la profase El nuclolo desaparece Los cromosomas homlogos se unen

PROFASE. Antes de la profase el DNA ya se duplic.

METAFASE.
Los cromosomas estn alineados al centro en la clula Una fibra del huso acromtico se une al centrmero de cada cromosoma Hay un par de cada uno de los cromosomas En los humanos en esta etapa hay 92 cromosomas alineados Los centrmeros se dividen Empieza la migracin hacia los polos Un cromosoma de un par hacia un lado y el otro par hacia el otro lado Los juegos de cromosomas se encuentran en los polos opuestos Empieza la formacin de la membrana nuclear Empieza a contraerse la clula por el centro, lo que va a dar lugar a que se produzcan 2 clulas con igual nmero de cromosomas que la clula madre 9

ANAFASE.

TELOFASE.

Se disuelve lentamente el huso acromtico

MEIOSIS
Proceso de divisin celular en el cual se va a dar origen a 4 clulas a partir de una clula madre. Cada una de las clulas hijas va a tener la mitad del nmero de cromosomas que la clula madre, ste proceso de divisin celular nos da origen a los gametos. Podemos decir que la meiosis es similar a 2 mitosis continuas.

PROFASE I
Recombinacin, y esto le da a los organismos mayor valor adaptativo. Quiasma: lugar fsico de entrecruzamiento, sucede en la sinapsis, y se observa mejor en el diploteno y las posibilidades de recombinacin son las mas altas por los entrecruzamientos dobles cuando hay 3 pares de genes y dobles (son simples).

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La funcin del complejo sineptatomal es mantener a cromosomas unidos para facilitar el intercambio de material gentico de un cromosoma a otro, esr formado por DNA y protenas.

METAFASE I
Las cromtides hermanas no se separan, las ttradas permanecen unidas despus de la profase la clula se separa para la metafase y no hay membrana nuclear. Una diada va a un polo y la otra diada al otro.

ANAFASE I
Hay 92 cromosomas.

TELOFASE I
Siguen existiendo 92 cromosomas Posteriormente viene la citocinesis en donde se obtienen dos clulas con 46 cromosomas cada una.

PROFASE II
No hay recombinacin por lo que tampoco hay quiasmas Hay 46 cromosomas

METAFASE II
Ahora quien se alinea en el centro son las diadas y cada una emigra a un polo opuesto

ANAFASE II
En cada polo se encuentra una de las cromtides

TELOFASE II
Se forman cuatro clulas al final de la meiosis. Estas clulas tienen la mitad de cromosomas que la inicial

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UNIDAD 3. GENTICA MENDELIANA

Las bases de la gentica las estableci Gregorio Mendel al cruzar dos lneas de chcharo, una semilla de color amarillo y otra semilla de color verde. Fue el primero en explicar la herencia en trminos matemticos. Durante 35 aos (1865-1900) los experimentos de Mendel fueron olvidados hasta que tres investigadores independientes y d diferentes pases llegaron a las mismas conclusiones de Mendel fue as como se redescubrieron las leyes de Mendel.

1 Ley de Mendel
De cualquier progenitor solo una forma allica de un gene es trasmitida a la descendencia o a travs de los segmentos. Mendel dijo que para cada caracterstica existe un gen con dos alelos, al que predomina sobre el otro se le llama dominante y al otro recesivo.

AMARILLO (AA)

VERDE (aa)

AMARILLO (Aa)

3 amarillos AA, Aa,aA

1 verde aa

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Fenotipo: verde Amarillo Genotipo: AA, Aa, aa

Dominante es un gen que enmascara a otro y el gen que es enmascarado se le llama recesivo. Cuando los 2 genes son dominantes como homocigoto dominante, homocigoto recesivo cuando los dos genes son recesivos y heterocigoto un gen dominante y uno recesivo. Relacin genotpica es la proporcin de un genotipo en una poblacin o generacin en el caso anterior de chcharos la relacin genotpica es la generacin F2 es en el caso anterior los alelos del gen color de semilla en chcharos son verde y amarillo en la generacin F2 anterior. Las diferentes formas de un mismo gen se llaman alelos. Gen. Es una secuencia de DNA que lleva la informacin necesaria para la sntesis de una protena. Transferencia de genes. Cuando un gen de un ser vivo, lo insertamos en otro organismo y se produce la enzima que codifica el gen insertado en ese otro ser vivo, este hecho es evidencia de que en el DNA est la informacin gentica.

Tipos de cruzas:
o o o o o Retrocruzas: hijos procrean con padres Cruza de pruebas: hijos procrean hacia homocigoto recesivo (padre o madre). Cruzas recprocas: se da en el orden de procrear (Aqu el orden si altera el producto). Cruzas de hermanos completos: cuando un individuo (hembra) procrea con mas de una persona. Cruzas de medios hermanos: cuando un individuo (macho) procrea con mas de una persona.

Caractersticas dominantes:
Braquidactilia: exceso de dedos en manos y pies Ceguera nocturna congnita Acondroplasia 13

Corea de Huntington: afecta nervios Distrofia muscular (Facio escapulo-humoral) Fenitiocarbomida Hipercolerostelemia Neurofibromatosis Porfiria Ehler Danlos Sndrome de Marcfand Albinismo Alcaptonuria: orina negra Anemia falciforme Ataxia-telangiectasia Daltonismo Distrofia muscular (Duchenne) Fenilcetonuria: fenilalanina no puede ser degradada Fibrosis qustica (cstica) Galactosemia Hemofilia Tay-Schas: las personas mueren jvenes, se acumulan sustancias txicas y no se liberan

Caractersticas recesivas

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2 Ley de Mendel
La herencia de un gen no sufre la influencia de otro y los otros se distribuyen independientemente en las generaciones sucesivas. Ley de la distribucin independiente: La segregacin de un par de factores es independiente de cualquier otro.

RRYY Gametos que producirn Ry x

x ry

rryy

Hijo

RrYy

Generacin F1

RR= homocigoto dominante semilla lisa YY= homocigoto dominante semilla color amarillo rr= homocigoto recesivo semilla rugosa yy= homocigoto recesivo semilla color verde Gametos del individuo F1: RY, RY, ry, ry Productos de la cruza de 2 dobles heterocigotos. RY RY Ry rY ry RRYY RRYy RrYY rrYy Ry RRYy RRyy RrYy Rryy Proporcin genotpica 1RRYY 2RrYY 2RRYy 4RrYy 1RRyy 1rryy 1rrYY 2Rryy 2rryy rY RyYY RrYy rrYY rrYy ry RrYy Rryy rrYy rryy

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Proporcin fenotpica 9 liso amarillo 3 liso verde verde 9: 3: 3: 1 APLICACIONES DE LAS LEYES DE MENDEL
Asesora gentica y probabilidades de descendencia que est o no afectada. Formular hiptesis: comprobar si lo observado se aprueba de acuerdo a las Leyes de Mendel. Se realiza la prueba de bondad y ajuste: ji2 , x2 o chi2. La primera aplicacin es PREDECIR el resultado de una cruza.

3 rugoso amarillo

1 rugoso

Y Y y Yy Yy

Y Yy Yy

Yy Y y

Y YY Yy

y Yy yy yy=

YY= Yy= Aa Bb Cc Dd x Aa Bb Cc Dd

La probabilidad de obtener los siguientes genotipos es: AABBCCDD= (1/4 )4= 1/256

aabbccdd= (1/4)4 = 1/256 AaBbCcDd= (1/2)4 =1/16 A-B-C-D-= (3/4)4 = 9/256

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stos se obtienen de la suma de la probabilidad de tener Aa y AA ( 1/2 + = ) Fenotipos AA= amarillo aa= verde BB= alto bb= bajo CC= largo DD= rugoso cc= corto dd= liso

La probabilidad de obtener un fenotipo: Amarillo bajo largo liso = (3/4*1/4*3/4*1/4)= 9/256

Mtodo de pinzas 2) YySs x YySs s S s Ss=1/2 macho ss=1/2

hembra 1) YY SS= 1/16 Ss= 1/8 ss= 1/16 Yy SS= 1/8 Ss= ss= 1/8 yy SS= 1/16 Ss= 1/8 ss= 1/16

Ss ss 2) YY Ss= 1/8 ss= 1/8

Ss Ss= ss=

yy Ss= 1/8 ss= 1/8

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YySs x

YySs

Y- S YY SS =1/16 Ss =1/8

Yy

SS = 1/8 Ss =1/4

La probabilidad de obtener ese genotipo es: 1/16 + 1/8 + 1/8 + = 9/16 Sirve para PROBAR HIPTESIS si lo que observamos se ajusta a lo que vemos tericamente.

Antirrhinum mojus
Rojo x Blanco WW ww

Rosa Ww Codominancia: Fenotipo intermedio.

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Prueba de X2 , chi2, Xi2, ji2 Genotipo WW Ww ww Color Rojo Blanca Rosa Observado Esperado 62 131 57 62.5 125 62.5 O-E -0.5 6 -5.5 (O-E)2 0.25 36 30.25 (O-E)2 /E 4 X 10-3 0.288 0.484 X2 = 0.776
N. de genotipos= n de clases gl = n de clases 1 = 3 1= 2 gl = grados de libertad (nmero de comparaciones independientes que se pueden hacer) probabilidad = 0.05 (una falla del 5% ) Por lo tanto. X2 calculada = 0.776 X2 tabulada = 5.991 ( 2 gl, P=0.05) Si X2 calculada < X2 tabulada SI X2 calculada > X2 tabulada O= E OE

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VARIACIONES DE LAS LEYES DE MENDEL 1.- VARIACIN ALELICA

Dominancia completa es cuando el heterocigoto tiene el mismo fenotipo que el homocigoto dominante.

Aa (blanca) x Aa rojo
-

AA ( rojo )

Dominancia incompleta o codominancia. El hijo presenta un fenotipo intermedio.

Aa (blanca )

AA (rojo )

Aa ( rosa ) 2.- ALELOS MLTIPLES

Ms de dos versiones de un gen. Por ejemplo para color de ojos: caf, verde, azl, violeta. Tipo de sangre: A, B, AB, O Esto se descubri al estudiar la piel de conejo:

Conejos: cc= piel blanca C+C+= con color

Himalaya: pelo blanco con puntos negros. Chinchilla: manchas en toda la piel.

ChCh= Himalaya

Cch= Chinchilla

C+ > Cch > Ch > c

gradiente de dominancia

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1) Color

Chinchilla

Color 2) Color x blanco 3) color x Himalaya

Color 4)Chinchilla x Himalaya Chinchilla

Color 5)Chinchilla x blanco chinchilla

6) Himalaya x blanco Himalaya

3.- PENETRABILIDAD
Cuando un individuo no expresa el fenotipo aunque tenga el genotipo (polidactilia) exceso de dedos en manos y pies. Est dada por un gen dominante PP x pp= Pp (normal) y deben estar dadas las condiciones apropiadas para cumplirse con el fenotipo F= g + E + gE. Por ejemplo aqu puede deberse a una dieta baja en calcio.

4.- EXPRESABILIDAD
Cuando a la caracterstica no es expresada con la misma intensidad en los diferentes individuos. Aunque dos personas tengan el genotipo no tienen el fenotipo con la misma intensidad. Como el tamao del mentn, los 3 tienen el mismo genotipo pero no el fenotipo igual.

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5.- INTERACCIN GNICA

Aqu se observa como la herencia de un gen si se afecta por la herencia de otro. Esto se descubri al hacer cruzamientos en aves (gallinas).

Aves AaBB= rosa AAbb= chcharo AaBb= walnut aabb= leghorn

Rosa x AaBB walnut AaBb 9 walnut 3 rosa

Chcharo AAbb walnut AaBb A- BA- bb aa B-

3 chcharos 1 leghorn aa bb

Lathyrus odoratus chcharo dulce.

Blanca BbAa x x blanca BbAa

Prpura

prpura

9 prpura: 7 blanca 9 A- B- ; 3: aaB- + 3: A-bb + 1: aabb Por lo tanto para que sea prpura se requiere al menos de un alelo dominante de cada gen. E1 P1 RNA mE1 P2 E2 pigmento prpura RNA mE2
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6.- PLEIOTROPA
Un gen afecta muchas caractersticas. En humanos un ejemplo de pleiotropa es el sndrome de Marfan, la fenilcetonuria (el gen afecta la coloracin del cabello, acumulacin de sustancias txicas en el cerebro y se afecta la sntesis de la melanina.

7.- VARIACIN CONTNUA

Es otra variacin a la gentica mendeliana, en donde se estudia las caractersticas que presentan variacin continua como: la altura de las personas, peso corporal, etc, las cuales estn codificadas por muchos genes.

BASES CROMOSOMICAS DE LA HERENCIA CROMOSOMAS SEXUALES

Humanos XX XY Chapulines XX XO Cuando carece de un cromosoma sexual es macho Aves XY XX En aves quien determina el sexo es la hembra. Este segmento de cromosoma Y codifica para el factor de determinacin de los testculos e induce la corteza de las gnadas embrionarias a desarrollarse en testculos que producen testosteronas que es la de todas las caractersticas masculinas. En la fertilizacin tenemos una relacin de 1.3:1, 1.3 hombres x 1 mujer. Es ms fcil que se fertilice con Y que con X. En el momento de la edad reproductiva la proporcin es 1:1 esto quiere decir que el nmero de abortos de sexo masculino es mayor que el de las mujeres. Los hombres tienen ms probabilidad de morir en el embarazo o en las primeras etapas de vida. En Mxico hay 50 millones de hombres y 51 de mujeres por lo tanto la relacin en etapa reproductiva es 1:1. 23

Haploide: es el nmero bsico de cromosomas de una especie. 2n: diploide 3n: triploide 4n: tetraploide 5n: pentaploide 6n: hexaploide 7n: heptaploide 8n: octaploide

ANORMALIDADES CROMOSMICAS 1) NMERO:

El nmero haploide de un humano= 23 N= 23, el humano es haploide 2n= 46

TRIPLOIDES EN HUMANOS. Es un fenmeno que se da 1 en 10,000, y mueren antes de nacer, el 15-18% de los abortos espontneos son triploides. 69 XXY 69 XXX 69 XYY Se puede dar un vulo con 46 si no se form el huso acromtico en la meiosis y se quedaron alineados al centro y lo fecunda un espermatozoide con 23 lo cual dan 69 o si un vulo de 23 es fecundado por 2 espermatozoides. TETRAPLOIDES EN HUMANOS. Aproximadamente el 5% de los abortos espontneos. 92 XXXX O 92 XXXY POLIPLOIDIA: Es un nmero cromosmico que es un mltiplo del nmero bsico de cromosomas. La poliploidia se puede formar durante el proceso de formacin de gametos. La mayora de las especies se encuentran entre el rango 10-40 de cromosomas, la mayora de los animales son diploides a excepcin de algunas salamandras. En humanos la determinacin del sexo en hombres est dado por el factor de determinacin de los testculos que est dado por el gen SRY.
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ANEUPLOIDIA: Es cuando un nmero cromosmico no es un mltiplo exacto de un nmero haploide es decir tener una persona 49, 45, 47. El origen de la aneuploidia es la no disyuncin, es decir cuando falla la separacin de cromosomas homlogos durante la meiosis. Monosoma que est dado por la frmula 2n-1 es decir cuando falta un cromosoma de un par. Estos casos son muy raros en humanos, el individuo muere en etapas de gestacin. En humanos 2n-1 2(23)-1 = 45 Trisomia. Est dada por la frmula 2n+1, es cuando se tiene un exceso de cromosomas de un par. Ejemplo: sndrome de Down (cromosoma 21). La trisoma 13 es letal (labio superior deformado y mueren antes de los seis meses). La trisoma 18 es ms comn en mujeres (80%) y es un retraso mental pronunciado, malformaciones de corazn.

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Trisoma 21 no es exclusiva en humanos, tambin se presenta en chimpancs. En humanos se ha encontrado relacin entre la edad de la madre y la trisoma 21. El vulo de una mujer de 35 es mucho ms viejo y por eso es ms propenso a presentarse casos de trisoma. Los cromosomas se clasifican de mayor a menor. El humano puede soportar pequeas cargas extras de material gentico por lo tanto existen trisomas 21, 18 y 13 (cromosomas pequeos). Tetrasoma. Cuatro rplicas del mismo cromosoma. 45X > mujer con sndrome de Turner. Afecta a una de cada 2500 nias. Las nias con este sndrome tienen un solo cromosoma X en lugar de dos. Generalmente, son estriles y a menos que usen hormonas no tendrn los cambios normales de la pubertad. Algunas tienen otros problemas de salud, (defectos cardiacos), son de baja estatura, (pero pueden crecer gracias a las hormonas), poseen inteligencia normal, pero algunas tienen dificultades para los conceptos espaciales y las matemticas.

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45Y > no se ha logrado detectar ningn producto 45Y y se asume que en el cromosoma X hay un factor muy importante para la vida. 47 XXX > sndrome triple X. Triple X es un cromosoma X de ms lo tiene una de cada 1000 a 2000 mujeres. Estas nias, no tienen las mismas anomalas fsicas, suelen ser altas, parecen ser frtiles y pasan una pubertad normal. Son de inteligencia promedio, pero son frecuentes las incapacidades de aprendizaje. Es comn que esta se detecte solo si se han hecho pruebas prenatales ya que se les ve saludables y de aspecto normal. 48 XXXX > Conocido como super mujer tetra X. Presentan retraso mental, y no poseen un buen desarrollo. 47XXY > Sndrome de Klinefelter. Se presenta en 1 en 1000 nacimientos. Una de las causas es la edad de la madre. El sndrome de Klinefelter afecta aproximadamente uno de cada 600 a 800 nios. Los afectados tienen dos, o ms, cromosomas X junto con su cromosoma Y (lo normal es que tengan un X y un Y). Tienen ms problemas con el juicio y el control de los impulsos que los XY. Suelen ser altos con incapacidades de aprendizaje. De adultos, producen menos testosterona de lo normal y son infrtiles.

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XXYY, XXXY, XXXXY > A medida que aumenta el nmero de copias afecta mas el fenotipo y se presenta un mayor retraso mental. El 47 XYY > Se asocia con la violencia, 4.5% prisiones. Conclusin: que al menos una copia del cromosoma X es esencial para la vida. La adicin de un cromosoma sexual extra afecta el fenotipo de las personas.

CARACTERSTICAS LIGADAS AL SEXO Son aquellas que son codificadas por genes que se encuentran en los cromosomas X o en el Y. Ejemplos: Ceguera de color o daltonismo: confunde los colores, el gen del daltonismo est en el cromosoma X, ocurre en el 5% de las personas caucsicas y en las mujeres de 1%. Hemofilia A y B. La A se caracteriza por la deficiencia de uno de los factores coagulantes y es recesiva. La B est dada por otro gen pero tambin est ligada al sexo.

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Distrofia muscular de Duchenne. Atrofia ptica. Degeneracin del nervio ptico. Glaucoma juvenil. Endurecimiento del globo ocular.

2) ESTRUCTURA Deleciones, duplicaciones, traslocaciones e inversiones. Causas: Errores en la produccin de DNA Efectos ambientales (rayos X, UV, gamma) Virus Errores durante la recombinacin

Deleciones: La delecin de un cromosoma es cuando una parte de un cromosoma(s) se pierde. Una delecin puede ocurrir en cualquier cromosoma, en una banda, y puede ser de cualquier tamao. Que produce una delecin, depende como de grande sea la pieza perdida y que genes estn perdidos en esa seccin (por ejemplo donde est la delecin). Normalmente con un anlisis de cromosomas puede determinarse la seccin perdida. De cualquier forma es difcil comparar un nio con una delecin determinada con otro con la misma delecin.
En el ejemplo de la figura el rea del rectngulo azul no est presente (delecionada) en su par designado con la flecha roja. Los otros 22 pares de cromosomas eran normales (no mostrados). La nomenclatura por esta delecin sera: 46, XX, del (1) (q24q31) Mujer con una delecin del cromosoma 1 en el brazo largo (q) entre las bandas q24 y q31.

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Ejemplos de deleciones: 4p5pSndrome de WolfHirschhorn. Crecimiento retardado y malformaciones del corazn. Cri du chat. Sndrome de maullido de gato. Anormalidades faciales y severo retraso mental. 11q- Tumor de Wilms. Tumor en el rin.

Duplicaciones: Duplicacin de una seccin de un cromosoma. Una duplicacin es nombrada como una trisoma parcial. Por lo tanto si existe una duplicacin, este individuo tiene tres copias de un rea en lugar de dos. Esto significa que hay presentes extra instrucciones (genes) que pueden causar un incremento de riesgo de nacimientos defectuosos o problemas de desarrollo.

Las flechas rojas sealan bandas idnticas de cada cromosoma. La flecha lila seala una duplicacin de la banda en la flecha roja. Se pueden ver que el cromosoma de la derecha es mas largo. La nomenclatura para sta anormalidad sera: 46, XY, dup (7) (q11.2q22) Hombre con una duplicacin del cromosoma 7 en el brazo largo (q) entre las bandas 11.2 y 22.

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 Traslocaciones:
Las traslocaciones pueden ser un poco engaosas. Esta figura presenta una traslocacin compensada. Los brazos largos del cromosoma 7 y del 21 estn rotos y cambiados de sitios. Luego se puede ver un cromosoma 7 y 21 normales y un 7 y 21 traslocados, luego no deben tener problemas, porque estn equilibrados. De cualquier forma puede tener problemas cuando esta persona tenga hijos.

Aqu hay una copia extra del 7q. Si se cuentan se encontrarn 3 copias del 7q en lugar de dos. Y hay solo una copia del 21q. Por lo tanto esto est descompensado, hay una extrainformacin y una prdida de informacin que pueden conllevar defectos de nacimiento, anormalidades cognitivas, y un incremento en el riesgo de aborto. Para muchos reordenados descompensados no es posible predecir que anormalidades pueden esperarse.

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INVERSIONES

Una inversin consiste en dos roturas en un cromosoma. El rea entre las roturas se invierte gira, y entonces se reinserta y las roturas entonces quedan unidas al resto del cromosoma. Si el rea invertida incluye el centrmero se llama inversin pericntrica. Si no, se llama inversin paracntrica. En una inversin pericntrica una rotura est en el brazo corto y una en el brazo largo. Por lo tanto un ejemplo de una nomenclatura citogentoca puede leerse 24, XY, inv (3) (p23q27). Una inversin paracntrica no incluye el centrmero y un ejemplo podra ser 46, XY, inv(1) (p12q31). Cuando un padre tiene una inversin hay una incremento del riesgo para la descendencia con una incorrecta cantidad de material gentico. Esto puede conducir a tener nios con defectos de nacimiento y/o anormal desarrollo o un incremento del riesgo de aborto. El posible resultado de un embarazo para un individuo con una inversin es bastante complicado y depende de lo grande que sea la inversin, donde est, y que tipo de inversin est presente, paracntrica o pericntrica. Hay muchas inversiones que ocurren en la poblacin general que son llamadas variantes normales. Incluida inv (9) e inv (2). stas inversiones no son relacionadas en un incremento de riesgo de defectos en el nacimiento y/o dificultades en el desarrollo.

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LIGAMENTO, CRUZAMIENTO Y MAPEO DE CROMOSOMAS Chcharo dulce con flores rojas, polen largo (PL), se cruza con una de flores blancas, polen corto (PC). FR PL X F1 FRPC X FBPL FB PC

F2

FR PL 583

FR PC 26

FB PL 24 3 aaB-

FB PC 170 1 aabb

9 A- B-

3 A- bb

Cruza de prueba ab AB Ab aB ab FR X FB PL PC A a B b x a a b b AaBb Aabb aaBb aabb 1:1:1:1

Recombinacin FRPL FRPC FBPL FBPC 450 42 38 470 = 1000 42 + 38= 80

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1.- los genotipos de mayor proporcin son los parentales y en menos proporcin los recombinantes.

*Rec / total de individuos = Frecuencia de recombinacin

450+42+38+470= 1000 individuos 80 / 1000= 0.8 unidades Morgan = 8 centimorgan

La frecuencia de recombinacin puede tomar valores de 0-0.5 o 0-50% Cuando toma valores de cero nos dice que un gen est apareado, o, uno dentro del otro. Cuando un gen se encuentra en estado opuesto del cromosoma es la distancia mayor.

El ligamento nos sirve para estimar fracciones de recombinacin, para calcular distancias y si se conoce la distancia podemos realizar mapas. Las unidades de recombinacin son llamadas Morgan, un centsimo es un centiMorgan. Entre ms distantes estn los genes, mayor es la frecuencia de recombinacin. El mximo ligamento se da cuando est seguido uno de otro, mientras que el mnimo es cuando estn en los extremos.

Thomas Morgan. Hizo entrecruzas con moscas de las pequeas, se esperaba que saliera 25%, 25%, 25%, 25%, pero en un cruza no fue as, y entonces un estudiante descubri el ligamento. Entre ms cercanos los genes los entrecruzamientos son ms difciles. Se hicieron cruzas entre moscas de la fruta. Cerdas escamosas (sc) Ojos de equino (ec) Alas sin venas (cv) Recesivos

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Hembra homocigoto recesiva. sc ec cv sc ec cv F1 sc ec cv x (hembra) sc+ ec+ cv+ Clase 1 2 3 4 5 6 7 8 Fenotipo Esc, equino, sin v Tipo silvestre Esc, silv, silv Silv, eq, sin v Esc, eq, silv Silv, silv, sin v Esc, silv, sin v Silv, eq, silv sc+ec+cv+ x ------------------ (no tiene porque es el Y) sc ec cv (macho) ---------------Genotipo sc, ec, cv sc+ ec+ cv+ sc, ec+, cv+ sc+, ec, cv sc, ec, cv+ sc+, ec+, cv sc, ec+, cv sc+, ec, cv+ Nmero 1158 1455 163 130 192 148 1 1 Total= 3248 Orden Son tres formas en que pueden estar ordenados los genes. Ejemplos: ec sc cv como abc ec cv sc sc cv ec bac bca

Lo primero si se tienen 3 genes, es buscar dobles recombinantes, estn en menos proporcin 7 y 8, parenterales 1,2 y se comparan los dobles recombinantes con los parenterales y aquel gen que cambia de los recombinantes sera el que est en medio.

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Abc ABC

AbC abc

1 sc ec cv 2 sc+ ec+ cv+ Orden correcto: sc ec cv

7 sc ec+ cv 8 sc+ ec+ cv+

*Podemos estimar las distancias. sc ec cv Distancia entre sc y ec 1) sc ec+ cv+ = 163 sc+ ec cv Total de individuos = 130 = 3248 + d. recom. = 2 Frec. Recom. 295 / 3248= 0.09 M = 9 cM Distancia entre ec y cv 2) sc ec cv+ = 192 sc+ ec+ cv = 148 + d. recom. = 2 Frec. Recom. 342 / 3248= 0.1 M = 10 Cm Distancia entre sc y cv 3) sc ec+ cv =1 sc+ ec cv+ = 1 sc ec+ cv+ = 163 sc+ ec cv sc ec cv+ = 130 = 192

sc+ ec+ cv = 148 Frec. Recom. 635 / 3248= 0.19 M = 19 cM

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Interferencia: un entrecruzamiento inhibe la ocurrencia de otro en una regin cercana. Coincidencia: 1 interferencia Frecuencia de dobles recombinantes = 9.1 Cm * 10.5 Cm = 0.95 Cm 0.091 * 0.105 = 0.0095 M (esperada) Frecuencia de dobles recombinantes observada = 2 / 3248 = 0.0006

Coeficiente de coincidencia = frec. Dobles rec. Observada 3248 frec. Dobles rec. Esperada

= 0.0006 = 0.0631 0.0095

Cuando el coeficiente de coincidencia es 1 significa que no hay interferencia. Por lo tanto en este caso la interferencia fue muy grande. Tipos de herencia:

Sirve para hacer anlisis de pedigr (anlisis basado en los ancestros de un individuo) y asesora gentica. Hombre Hembra

Apareamiento que produjo hombre y mujer.

Gemelos o cuates

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Gemelos idnticos

Individuos afectados. Individuos portadores. Individuo que falleci.

Autosoma dominante: en humanos ms de 400 caractersticas que se encuentran del cromosoma 1-22. Individuos afectados deben de tener un padre afectado. Proporcin en hombres y mujeres es aproximadamente igual. Siempre afectado en diferencias de generacin de familias.

Autosoma recesivo: ms de 500 caractersticas en humanos; individuos afectados se presentan brincando generaciones, proporcin de individuos afectados hombre y mujeres 50% : 50%, no afecta solo gnero, individuos afectados la mayora proviene de padres heterocigotos.

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Herencia

ligada

al

cromosoma

recesiva:

alrededor

de

100

caractersticas, personas afectadas la mayora de las veces del sexo masculino, hijos varones de madres heterocigotos son afectados en una proporcin de 1: 1, las hijas de padre (varn) afectado son heterocigotos. Herencia dominante ligada al cromosoma X: la hembras son afectadas, todo lo dems es igual a lo anterior (herencia ligada al cromosoma X recesiva), puede pasar de padre a hija pero no de padre al hijo. Herencia ligada al cromosoma Y: hijos varones de padres afectado son afectados, hijas no son afectadas, genes de Y no estn en X, no importa si es dominante o recesivo.

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UNIDAD 4. ESTRUCTURA Y FUNCIN DEL DNA El DNA es el almacn de la informacin gentica, se replica y luego se transcribe a RNA y se traduce para dar lugar a las protenas (estn en todas las partes de la clula). La retro transcripcin es realizada por retrovirus los cuales tienen RNA como material gentico y este se transcribe a RNA.

Evidencias de que el DNA es el material gentico. 1.- el material gentico tiene que ser muy estable (se extrae ADN de huesos de dinosaurio) Tiene que ser altamente resistente y el ADN lo es. Se degrada a temperatura de 92 C y a pH de menos de 3 y mayor a 11.

2.- la cantidad de material gentico de las clulas (gametos) debe ser la mitad de la cantidad de las clulas somticas, lo que no se cumple con las protenas ni con el RNA. La clula gamtica tiene la mitad de cromosomas que una clula somtica para que el material gentico no aumente de generacin en generacin. 3.- la composicin del material gentico debe ser la misma en todas las clulas. En el RNA y en las protenas no es as. El DNA si es el mismo en todas las clulas.

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4.- la mayor parte del DNA est en los cromosomas, mientras que las protenas estn por toda la clula y el RNA sale al citoplasma. Totipotencialidad: capacidad de una clula para poder formar un nuevo individuo. Otra de las evidencias es que la Dra. Brbara McClinton estudi regiones de cromosomas de maz llamadas ndulos, y observ que estos se transmiten, alrededor de 1930, descubri que el material gentico debi estar en los cromosomas, el DNA se encuentra en mayor cantidad que el RNA y protena. Otra evidencia es la ingeniera gentica, con esta se ha aportado que la ltima evidencia que el material gentico es el ADN. Rosalind Franklin pensaba que la cadena de ADN era una molcula de cadena triple en difraccin de rayos X. Chargaff: extrajo ADN de muchos organismos para estimar la composicin, y estimar las bases nitrogenadas que constituan a cada uno de los organismos y pensaba que esto era lo que los haca diferentes. Watson y crick: 1953.

FUNCIONES DEL MATERIAL GENTICO FUNCIN GENOTPICA. Est dada por la replicacin del DNA, consiste en transmitir toda la informacin gentica de una generacin a otra. FUNCIN FENOTPICA. Est dada por la expresin del gen, es decir, en el DNA se encuentra la informacin para la produccin de una protena. FUNCIN EVOLUTIVA (Fitness). Est dada por la mutacin. El DNA puede mutar. De esos cambios uno va a favorecer su capacidad de adaptacin. La mayora de las mutaciones son mortales pero algunas permiten mayor adaptacin del fenotipo, o bien una ventaja reproductiva por lo que se transmiten de generacin en generacin.

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La unidad fundamental del DNA son los nucletidos (Genoma humano haploide 3,000 millones de nucletidos. Clula somtica 6,000 millones), formados por un azcar, base y un grupo fosfato. BASES. Se dividen en purinas (2 anillos. A y G) y las pirimidinas (1anillo. C, T, U).

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El grupo fosfato P unido al C nmero 5 y si se une al nucletido es al C nmero 3.

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T `A A esto se le llama principio de apareamiento de bases. G C Si se sabe la estructura de una se puede saber la otra. Es importante para los viroides que tienen material gentico como ARN y ADN de cadena simple como los virus. Chargaff: chec la composicin de cada DNA de diferentes organismos, todo el DNA que el analiz, tena las mismas bases y las cantidades de G-C y T-A eran muy similares y no lo pudo explicar. CONTENIDO DE LAS BASES NITROGENADAS % Adenina HOMBRE OVEJA TRIGO VIRUS 30.9 29.3 27.3 21.3 Guanina 19.9 21.4 22.7 28.6 Citosina 19.8 21.0 22.8 27.2 Timina 29.4 28.3 27.1 22.9

Entre un organismo y otro hay diferentes cantidades de bases, entre mas complejo mayores cantidades tienen. Las cantidades de A-T son similares y las de G-C. La complejidad de un individuo no est dada por el % de una determinada base. Los ms desarrollados son mamferos, despus anfibios, pescados, algas, bacterias, virus, viroides. Viroides (ms simples que virus): de 230 nucletidos a 750 es la criatura gentica, es pequea. Virus de la tristeza de los ctricos: las hojas se les caen y el rbol se ve triste. Bacterias fijadoras de N2 (rizoides): tiene el genoma ms grande, por que hay islas de patogenicidad, y hay para fijacin de N2, y son grupos grandes que hacen que el genoma de la bacteria sea mayor.

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*La secuencia en el que estn acomodadas las bases es el que hace diferente a los individuos. Planta puede tolerar ms DNA basura que el humano. Ms del 90% del DNA del maz: DNA basura (no codifica) o DNA egosta (que puede replicarse a si mismo cuando quiera, donde quiera y se inserta sonde quiera: transposones). Hay tres tipos de DNA: A, B y Z: la misma composicin, va de acuerdo a la forma que toma. FORMA DE HLICE A B Z DIRECCIN DE HLICE Derecha Derecha Izquierda BASE POR VUELTA 11 10 12 DIMETRO DE HLICE 2.3 nm 1.9 nm 1.8 nm

B: es el ms comn; en la clula es la forma que tiene. ABZ tiene la misma secuencia y mide lo mismo, solo vara en la forma en que se pueden encontrar. El tipo A se encuentra cuando hay grandes concentraciones de sales o parcialmente deshidratado. El tipo Z (se forma por metilacin de citosina) se ha aislado siempre de tejido muerto se desconoce si existe en formas vivas. Todas las clulas tienen la misma cantidad de DNA y la misma informacin gentica.

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El DNA mide 1.80 cm de una clula humana. Para que quepa est sper enrollado, las vueltas que da la otra forma de sper enrollamiento son los nucleosomas que son octmeros de histonas.

La unin entre la A-T est dada por dos puentes de H, G-C por 3 puentes de H biolgicamente tiene una implicacin muy grande durante la mitosis, los cromosomas homlogos se alinean en el centro y ser jalado por una fibra en un polo que estn unidos por los centrmeros que tienen una proporcin muy alta de A-T. REPLICACIN DEL DNA

Discontinuo

Las cadenas hijas constan de fragmentos de la cadena antigua y fragmentos de la nueva.

Conservativo

Se sintetiza una molcula totalmente.

Semiconservativo

En cada una de las molculas hijas se conserva una de las cadenas.

Una investigacin elaborada por Messelson, descubri que la replicacin del DNA es semiconservativa debido a que las dos cadenas complementarias del DNA parental, al separarse, sirven de molde a su vez para la sntesis de una nueva cadena, complementaria de la cadena molde, de forma que cada nueva doble hlice contiene una de las cadenas del DNA parental. Si tenemos dos cadenas de DNA unidas se rompen los puentes de hidrgeno, su contraparte forma otra cadena tomando en cuenta la antigua y el producto van a tener una cadena nueva y otra vieja. La cadena 3- 5se replica de manera continua mientras que la 53se replica de manera discontinua.

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La molcula de ADN se abre como una cremallera por ruptura de los puentes de hidrgeno entre las bases complementarias liberndose dos hebras y la ADN polimerasa sintetiza la mitad complementaria aadiendo nucletidos que se encuentran dispersos en el ncleo y lo hace con una velocidad de: 3,000 nucletidos x minuto en humanos 30,000 nucletidos x minuto en bacterias De sta forma, cada nueva molcula es idntica a la molcula de ADN inicial. La replicacin empieza en puntos determinados: los orgenes de replicacin. Las protenas iniciadoras reconocen secuencias de nucletidos especficos en esos puntos y facilitan la fijacin de otras protenas que permitirn la separacin de las dos hebras de ADN formndose una horquilla de replicacin. Un gran nmero de enzimas y protenas intervienen en el mecanismo molecular de la replicacin, formando el llamado complejo de replicacin o replisoma. Una cadena de DNA grande como la del humano tiene muchos orgenes de replicacin para ahorrar tiempo.

Sitio de inters: http://www.youtube.com/watch?v=cO1AUPyGf-w&feature=related

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Los orgenes de replicacin son los puntos fijos a partir de los cuales se lleva a cabo la replicacin, que avanza de forma secuencial con estructuras con forma de horquilla. Por otro lado, la replicacin se lleva a cabo bidireccionalmente, es decir, a partir de un punto se sintetizan las dos cadenas en ambas direcciones. Un replicn es una regin rica en bases de A y T ya que es ms fcil romper los enlaces entre ellas para abrir el DNA. La DNA helicasa. Esta enzima es la que se encarga de abrir la hlice mientras que la DNA topoisomerasa se encarga de relajar la hlice. Posteriormente la DNA primasa va a proporcionar el primer de RNA que proporciona un sitio 3libre para que la DNA polimerasa comience a unir nucletidos trifosfatados ya que en la unin se pierden dos grupos fosfato. Debido a que este primer es de RNA es necesaria una prueba de lectura para eliminar el fragmento de RNA y reemplazarlo por DNA. Esto sucede en la replicacin contnua (3- 5). Por otra parte la replicacin discontnua (5- 3) se da en pequeos fragmentos denominados fragmentos de Okazaki los cuales fueron descubiertos por Reiji Okazaki en la dcada de 1960. Para esta replicacin es necesaria una DNA primasa que proporciona el primer de RNA, una DNA polimerasa y DNA ligasa que se encarga de unir cada segmento de DNA primasa-DNA polimerasa. Adems existen protenas que se unen a cadena sencilla que impiden que el DNA vuelva a unirse. DNA primasa: forma iniciadores de RNA. DNA polimerasa: remueve iniciadores RNA agregando ADN. DNA ligasa: une el ltimo enlace del fragmento con el otro.

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Enzimas que intervienen son: Topoisomerasa 1: Relaja sper enrollamiento. Girasa: Relaja los dos tipos de enrollamiento. DNA polimerasa: Tiene una funcin de prueba de lectura el cual elimina el nucletido mal acomodado. Tambin tiene eficiencia cataltica. Hay 3 tipos de polimerasa: Polimerasa 1: Remueve iniciadores DNA. Polimerasa 2: Tiene funciones de reparacin. Polimerasa 3: Polimeriza las cadenas de RNA.

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Plsmido: ADNA de doble cadena, circular, que se transmite de una bacteria o levadura a otra.

TRANSCRIPCIN Solamente una cadena de DNA (3- 5) va a ser transcrita a RNA ya que tiene menos errores debido a la replicacin continua. 5ATGCCTGCTGCTG 3TACGGACGAGCAC AUGCCUGCUCGUC------RNA Si las dos cadenas de DNA se transcribieran en RNA las cadenas seran complementarias entre si y se pegaran y no se llegara a la sntesis de protena por eso solamente se transcribe una cadena de DNA de manera natural. Artificialmente si se han logrado transcribir las 2 cadenas de DNA.

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Inicio. La RNA polimerasa localiza una regin promotora (10S y 35S). Delante de la regin promotora es localizada una regin desenrollada la cual es llamada burbuja de transcripcin y contiene RNA hbrido (RNA unido a DNA). La RNA polimerasa no solo tiene la actividad de pegar nucletidos, tambin va desenrollando y enrollando, aqu no interviene la helicasa. Elongacin. Despus se empiezan a formar enlaces fosfodiester ribonucletidos. Terminacin. Hay 2 tipos de terminacin: Rho dependiente: Necesita del factor Rho para dar fin a la sntesis de la protena. Rho independiente: No necesita del factor Rho para dar fin a la sntesis de la protena. Rho independiente: Termina la transcripcin cuando se encuentra una regin de guaninas y citosinas seguidas de 6 o ms timinas. 5 CAgCCgCACTTCCTggCCATTTTT 3 entre los primeros

DNA RNA

GC CG

GC CG

ATTTTT AUUUUU

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RNA

AUUU

Llega la RNA polimerasa a esta parte y ya no puede sintetizar ms RNA.

Rho dependiente: Existe un factor llamado Rho que se une al RNA en formacin, este factor va avanzando y cuando alcanza a la RNA polimerasa la inactiva. Por lo tanto impide que siga la transcripcin y se termina Modificaciones del RNA antes de salir del ncleo. 1. Van a eliminarse intrones. /Exn/intrn/exn/intrn/exn/ Exn/exn/exn

Se une G = A esto hace que se rompa y el intrn es eliminado y as se unen las regiones que codifican. Esto es mediante RNA de pequeas unidades. 2. Modificacin. Se pega una cola de adeninas (+200 500 adeninas) y al principio s ele pega una 7 metil-guanina. La metilacin impide que los cidos nuclicos sean destruidos (proteccin). La RNA polimerasa tiene 2 regiones o subunidades, la sigma que es la primera en reconocer la regin promotora, despus es eliminada y la RNA polimerasa la cual sigue con la elongacin.

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TIPOS DE RNA RNA de pequeas unidades: Forma el elipsota (son las estructuras que eliminan a los intrones del RNA mensajero). RNA ribosomal: Forma las subunidades ribosomales. RNA transferencia: Sale del ncleo y se une a los aminocidos. RNA mensajero: Lleva codificada la informacin gentica del DNA. TRADUCCIN Transformacin del RNA a protenas. El Cdigo gentico est formado por un grupo de 64 tripletes de nucletidos que especifican a los 20 aminocidos y la terminacin e inicio de la cadena polipeptdica. Un triplete con 3 nucletidos de RNA que llevan informacin para un aminocido.

Sitio de inters: http://www.youtube.com/watch?v=fC_h0zWM1us Sitio de inters: http://learn.genetics.utah.edu/es/units/basics/transcribe/

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CARACTERSTICAS DEL CDIGO GENTICO 1. El cdigo gentico est formado por tripletes de nucletidos. Dependiendo de la secuencia que tenga en el RNAm va a ser pegado a un determinado aminocido a la cadena protenica. Si un nucletido codificara para un aminocido habra solo 4 aminocidos (U, A, G, C). Si fueran 2 nucletidos por aminocido habra 16 aminocidos. Si fueran 3 nucletidos tendramos 64 combinaciones posibles. 2. El cdigo gentico no se sobrepone o traslapa, es decir cada nucletido en el RNAm pertenece a un aminocido. 3. El cdigo gentico no tiene pausa, los tripletes o codones se leen consecutivamente. 4. El cdigo gentico est degenerado, excepto 2 aminocidos, todos los dems son especificados por ms de un codn. 5. El cdigo gentico est degenerado, codones mltiples para un mismo aminocido y generalmente difieren solamente en un nucletido, principalmente la 1 o 3 letra. La segunda letra es importante para el enlace del RNAt con RNAm. 6. Est ordenado ya que codones para aminocidos con propiedades qumicas similares estn estrechamente relacionados. 7. El cdigo gentico contiene codones de inicio y de terminacin. AUG UAA UAG UGA Los codones de terminacin no especifican para ningn aminocido, el codn de inico especifica para metionina. Terminacin Inicio

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PROCESO DE TRASLACIN O TRASDUCCIN Consiste en traducir la informacin codificada del RNAm y sintetizar las protenas. PASOS: La unidad ms pequea de los ribosomas se une al RNAm. RNAm AUG AAG CCG AGC UUU AGC UAA. sta unin es ayudada por 3 factores de iniciacin. El RNA se une al RNAm. El RNAt lleva metionina formil y el anticodn de inicio (UAC), al cual se une al codn (AUG). Se une a la unidad grande del RNA ribosomal, la unidad grande tiene 2 sitios el A y el P, (A viene de aminocido y P de preotena). El segundo RNA de transferencia se une al complejo, en este caso segundo RNAt debe tener un anticodn para el segundo triplete y el aminocido respectivo. Empieza la primera etapa de elongacin, la metionina con el grupo formil y el siguiente aminocido se unen por enlaces peptdicos y el RNAt es liberado. Factores de inicio de la TRADUCCIN. IF3: se entiende su papel y se une a la subunidad 30S, una de sus funciones es impedir que se una tempranamente la 30S y la 50S y se une al RNAm, es necesario que el factor de IF3, se una a 30S para que ste se una a RNAm. IF2: ste se une pero al RNAt especial y lo acarrea a la 30S. IF1: Su papel no es an muy claro. Factores de elongacin. Peptidiltransferasa: transfiere al polipptido al nuevo RNAt. EFTU: acarrea el aminoacil al RNAt al sitio A.
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 EFTS: Regenera a EF-TU EF-G: Necesario para la translocacin. Factores de liberacin. RNAt no reconoce los codones de alto, lo hacen los factores de liberacin. RF1: Reconoce a UAG y UAA RF2: Reconoce a UGA y UAA En eucariotas solo existe un RF. Inhibidores de la traduccin: Estreptomicina: inicio: se une al sitio 30S (reconoce al codn de inicio RNAt). Puromicina: elongacin: se une al sitio A. Eritromicina: reaccin peptidiltransferasa. Cloranfenicol: rxn peptidiltransferasa. Ciclohexamida: rxn peptidiltransferasa. cido fusdico: traslocacin: interfiere con la liberacin del factor EF-G. Rifamicina: se une a e impide la formacin de RNA. Estreptolidiginas: inhiben elongacin se unen a subunidad (impide que crezca RNA). Heparin: inhiben transcripcin, compite con DNA por la unin con la enzima.

UNIDAD 5. MUTACIONES Cambio en el material gentico heredable. Sirve para generar nuevos alelos y aumenta la diversidad y la fuerza evolutiva La mutacion puede darse en regiones del gen que no codifiquen, (intrones, o regiones entre genes). Si nos muta un gen nos queda otro sano, ya que tenemos dos copias. Pueden existir varias mutaciones al mismo tiempo.
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Genotipicamente no hay muchas mutaciones (pueden ocurrir en lugares donde no codifican) y por lo tanto no se van a expresar fenotpicamente. *Regiones donde no codifican :Transposones, intrones, genes duplicados (pseudogenes), entre genes, mutaciones en tercera base del codn Alanina y por mecanismos de reparacin. Tipos de mutaciones: Mutaciones de pauta de lectura (ms daina que una de punto). Delecion simple: perdida de un nucleotico Delecion multiple: perdida de varios nucletidos.

Insercion simple: se agrega un nucletido. Insercion multiple: mas de un nucletido. Mutaciones de punto Inversin: cambio de posicin, puede ser pequea o mayor o multiple; pequea: se cambia la posicin de una letra por otra; multiple o mayor: varios Translocacin: Cuando se mueve de un lugar a otro. Substitucin: Cambio de nucletido a otro. Modificacion al cambio gentico. Substitucin simple: solo una. Substitucin mltiple: substituimos 2

Mutaciones silenciosas: Son las que no se expresan. Insercion: Cuando se agrega uno o varios nucletidos.
Sitio de inters: http://www.youtube.com/watch?v=ZQ28R1Id_iQ

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Transposones: secuencias de DNA que tienen a los lados secuencias repetidas invertidas; esta secuencia codifica para la transposasa y le ayuda a replicarse solo a el por eso son egostas; una parte del genoma de maz es por transposones 70 % TIPOS DE MUTACIONES: En sentido incorrecto Cambio de un codn que codifica para un aminocido cambia por a otro codn que codifica a otro aa. Sustitucin Conservativa: Cambia el codn de un aa por otro aa con caractersticas similares. Glu Ala Enfermedad: hermoglobina Makassar Sustitucin Radical: Cambia el codn de un aa por otro aa completamente distinto en propiedades qumicas. Glu-- -> valina enfermedad: anemia falcifome

Mutaciones sensitivas a la temperatura. Se presenta en algunos animales de piel clara y sus extremidades son oscuras, El gen K codifica para la melanina, es afectado por un incremento en la temperatura; modificado. No hay pigmento donde el cuerpo es mas caliente. Mutaciones sin sentido: Un codn que codifica que un aa cambia a un codn de terminacin, por lo tanto tenemos una protena mas corta; son mutaciones letales como la talasemia entre a y globina CAA -> UAA (STOP)

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Codn 39: alto resulta de 38 y no es funcional y resalta en un desbalance entre a y globina Mutacin con sentido: El codn de terminacin codifica para un aa, por lo tanto protena mas grande. Hb Constant Spring codn 142 UAA (STOP) - -> CAA (Glutamina) por lo tanto la protena es 32 aa ms grande. Deleciones e inserciones: Se agrupan porque efecto es muy similar, se pierde pauta de lectura. Nos afecta el punto de lectura. GAG GCC GUA AUC GAA GCC G.A AUC

Se lee glu, ala, ac, glut. Tambin y se cambia toda la secuencia. Puede ser ms corta o ms larga dependiendo si se codifica o no. Como en la Hb de Wayne la ltima base de codn 139 se pierde debe tener 141, 138 +8=146, puede dar una protena ms larga o ms corta y se cambia la secuencia de aa despus de esto. Esto se conoce como mutaciones en la pauta de lectura. Deleciones de codones: Se tiene una protena muy parecida pero con una aa de menos; este efecto depende en qu posicin este el codn que se pierde, si est en el sitio activo es severo. Es mejor que se pierdan 3 a 1 .Un efecto es la fibrosis qustica. El codn que se pierde es el 508 y codifica para la fenilalanina. Insercin de codones completos: Codones que se insertan son en tndem dependiendo de codones de insercin y hay mucha agresin de la enfermedad. Si hay pocos codones insertados es menos grave la enfermedad.
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Codones repetidos, sndrome de X frgil (repetidos mas de 230 veces). -Cgg+230 copias y Huntigton 6-52 CAG, tienen un cierto nmero de copias de este codn, degeneracin del sistema nervioso, afecta a personas despus de los 40 aos, heredada en forma dominante. En Venezuela era muy alta, poblaciones cerca del rio el ndice era muy alto, se llevo a un marino que dejo descendencia en todas partes. AGENTES MUTAGNICOS Las mutaciones pueden ser inducidas y espontaneas; las inducidas son causadas por el contacto de un agente mutagnico fsico (radicaciones), qumico (existen ms de 3,000) o biolgico (virus principalmente). Las espontaneas surgen por los errores en la replicacin del DNA. Etilmetano sulfonato: agrega un grupo a las bases nitrogenadas cambiando la formal. Puede afectar mutaciones al azar e individuos con muchos defectos.
OCH2CH3

Guanina

etl-guanina (similar a T) se une a A

Nitrito (se utiliza para la colocacin a la carne roja): convierte a la citosina en uracilo ya que cambia el grupo amino por un hidroxilo. Por lo tanto la unin de G-C se cambia por G-A.

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La acridina naranja: causa deleciones e inserciones en el genoma. Cambia toda pauta de lectura y modifica secuencia de protena.

Bromuroacil: anlogo de bases nitrogenadas Radiaciones electromagnticas de alta frecuencia: los rayos x (afectan desarrollo del feto) y gamma (lo utilizan para esterilizar insectos) causan deleciones, inversiones o traslocaciones y los UV ocasionan dmeros de timina.

A G T=TAG T CA A TC

T=T

AA

Mutaciones causadas por los trasposones. gene

Transposones

Secuencia blanco _____ATGCA 12345___12345___54321___ATGCA

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_____TACGT 12345___12345___54321___TACGT Se puede ir a insertar a la secuencia blanco, dejar una secuencia en sonde estaba o ir a la secuencia blanco y replicarse del otro lado. Puntos calientes: donde el ndice de mutacin es ms baja. Puntos fros: donde la secuencia de la mutacin es ms baja. Mecanismos de reparacin de ADN: Dependiente de la luz, se necesita luz para reparar un DNA daado. 5 C C G 3 A A G C 5

T=T

UV
G 3 A A

Se activa enzimas fotolasasc cuya funcin es identificar dimeros de timina con la absorcin de la luz azul las enzimas cortan la parte donde esta el dimero y la DNA polimerasa sella el hueco. 5 C G 3 C T T A G G A A A C 5 3

La reparacin de DNA en apareamiento que no concuerdan: cuando la DNA polimerasa coloca un nucletido que no debi haber colocado; se identifica cual se uso como molde en la cadena complementaria, el molde debe ser metilado porque se protege el original.

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La cadena vieja se conoce por la metilacin de sus bases; la que ms se metia es la citosina. Deben reconocer la cadena nueva y eliminar el error. La cadena vieja est bien.

Funcion de las enzimas: Reconocer, cortar-restriccion, acomodo de basepolimerasa, sella nucletido ligasa *Enzimas de restriccin:

Son las que reconocen una determinada secuencia en el ADN donde se unen y donde pueden cortar en el mismo sitio donde se unen o en un sitio diferente. Existen: Enzima tipo I: Reconocen una regin del ADN y cortan en un sitio diferente donde se unen. Los sitios son diferentes. Enzimas tipo II: Reconocen sitio en donde se unen y cortan. Tienen mismo sitio. Hay dos sitios: Sitio de reconocimiento y sitio de corte.

A C G G A T C A C G G A T T G C T T A C G T G C T T A G

Por escicin: deaminacin de T T C A A A G T citosina T T U A A A G T

ADN glicosilasas

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Las ADN glicosilasas reconocen la unin normal y se unen al uracilo, rompe los enlaces que hay entre ese U con T y A. La DNA polimerasa llena el espacio y por ltimo la ligasa es quien cierra en el enlace. Cuando los sistemas de reparacin fallan: Cuando falla el mecanismo dependiente de la luz: Xeroderma pigmentosum --- muy sensibles a la luz (cncer de piel). Fallas en el mecanismo de escicin: Sndrome de Cockayne--- retardo mental y en el crecimiento. Tricotiodistrofia--- estatura pequea, piel de escama y pelo de cerda.

Expresin del gen Se debe regular la expresin del gen, que se encienda en el lugar adecuado. Los microorganismos necesitan genes para la expresin de la membrana nuclear, crecer, etc., se expresan en forma constitutiva, no necesitan estimulacin. Lac operon: el gen para la degradacin de la lactosa, estn en un sistema opern, son 3 genes necesarios: 1) Lac Z 2) Lac A 3) Lac Y
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El Z sintetiza una protena -galactosidasa encargada de romper a la lactosa en glucosa y galactosa; el Lac Y se sintetiza un RNAm que sirve para la sntesis de la protena permeasa que ayuda a introducir a la lactosa del medio interior de la clula. En el Lac A se produce un RNAm que produce una protena acetilasa; estn bajo sistema opern porque estn reguladas por un solo promotor y son regulados por el mismo promotor y operador. Gen represor: produce un RNAm que codifica para una protena que es represora

Gen represor

PROM OPERADOR

LAC Z LAC A LAC Y

RNAm Represor

Se une y apaga al gen si no hay lactosa.

Si hay lactosa, esta se une al represor y hace que ste tome una conformacin diferente, la lactosa es el inductor y cambia la conformacin del represor y ya no se une al operador y ya se puede usar lactosa. Induccin: se sintetiza el producto de un gen en respuesta a la presencia de un inductor. Represin: la sntesis de un producto de un gen e reprimida en respuesta a la presencia de un producto final co-represor. Opern triptfano: se necesita la sntesis de diferentes genes para la produccin de triptfano; tenemos 5 genes diferentes para pasar. En el opern del triptfano se tienen 5 genes diferentes, en cada uno de ellos se sintetiza una enzima K que va a interferir en la sntesis de triptfano A>B>C>D>E para que K pase del A al B hay una enzima que se sintetiza por el gen trp E y as sucesivamente. El operador est dentro del opern, el gen regulatorio produce una RNAm que sintetiza una protena.
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El triptfano es esencial para la vida y se necesita sintetizarlo; se necesita el represor inactivo y se activa cuando hay suficiente triptfano. El co-represor es el mismo triptfano y este ayuda a que se deje de sintetizar triptfano, en la forma en cmo se regula por producto final. Opern: grupo de genes regulados por el mismo promotor y el mismo operador. Se han detectado mutantes en E. coli Lac L-, represor inactivo; Lac Oc: mutacin en el operador; Lac Ls; represor que no se puede unir al inductor. Lac Arabinosa: ste opern tiene 3 genes, el ara B, ara A, ara D; en la regin promotora se tiene una protena ara C unida a la regin promotora que no permite la sntesis de arabinosa, entonces en presencia de arabinosa esta se une a ara C, cambia su conformacin y se activa la regin promotora.

Otras formas de regular un gen: Activar y desactivar: acta para sobre expresar un gen. El activador se une a la regin operadora y hace que la produccin se incremente y hay otra enzima que hace que el activador no se una al operador y vuelva a la transcripcin normal para regular cuando todo vuelva a la normalidad. Enzimas de restriccin Hpa 1 GTT AAC CCA TTG Hace un corte brusco, en cambio Eco R1
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terminacin brusca

Eco 1

AATTC deja terminaciones conocidas como terminaciones G 2 gato

pegajosas.

CTTAA Eco 1 GAATTC CTTAAG

GAATTC CTTAAG

pato

Juntamos segmento 1 de pato con el 2 de gato se pegan con ligasa. G AATTC G tenemos DNA recombinante

CTTAA

Es ms fcil encontrar sitios de restriccin de 4 bases que de 8 bases. En humano esperaramos que de cada 256 bases encontremos un sitio de restriccin de 4 bases. 4x4x4x4x4x4x4x4 = 65536 para 8 (un sitio de restriccin de 8) Para 6 = 4096 bases. ORIGEN DE LAS ENZIMAS DE RESTRICCIN Bacterias al ser infectadas por un virus moran, pero haba otras bacterias que al ser infectadas por el mismo virus sobrevivan. Se descubri que las que resistan era por que el virus ensartaba su DNA y la bacteria produca enzimas que cortaban en DNA del virus, la primera que se descubri fue Eco R1.

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Una bacteria corta DNA viral, la enzima no corta el DNA de la bacteria por que protege su DNA propio metilandolo, por eso la enzima de restriccin que ella produce no corta su propio DNA. ELECTROFORESIS Se utiliza para separar fragmentos Se forma un gel con azarosa. Se hacen hoyos y en estos hoyos se pone la muestra de DNA. Se inunda todo con un buffer. Se hace pasar corriente elctrica, al hacer esto vamos a ser capaces de mover el DNA de un polo a uno + a travs de un gel. El DNA y RNA estn cargados negativamente por el grupo fosfato y lo podemos hacer migrar de un polo a uno +. Eco 1 5 / 1 / 4 / 2 / 3 / Los fragmentos, largos migran mas lentamente y los fragmentos mas cortos migran ms rpidamente porque el gel es como una maraa, los fragmentos chicos pasan ms rpido. Se separan y se corta con una navaja el segmento que nos interesa. Se tie el gel aplicndole un colorante que tenga afinidad por el DNA como el bromuro de etidio el cual se intercala en la molcula de DNA. El bromuro de etidio resplandece ante una fuente de luz UV y va a ser posible visualizar los fragmentos y podremos visualizar el que nos interese. MAPAS DE RESTRICCIN Nos servira marcar el lugar donde se quiere cortar para marcar los sitos que nos interesen como un promotor, un terminador, etc. DNA homlogo de Neuroespora.
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/ 2000 500

/ 3500

/ 100

Suponga que tenemos un segmento de 5,000 pares de bases, lo cortamos con la enzima ECI R1 y nos da 3 fragmentos 3000, 1500 y 500. La posicin puede ser: 3000/ 1500/ 500 500/ 3000/ 1500 1500/ 500/ 3000 Se corta con la enzima BAM nos da dos fragmentos de 4000 y 1000, cuando cortamos con una mezcla de las dos enzimas nos da 4 fragmentos de 2000, 1500, 1000 y 500. Estos fragmentos se visualizan con una electroforesis de geles.

ECOR 1 3000 1500 500 -----------------

BAM 4000

AMBAS 2000 1500

1000 ---------

1000 500

El sitio donde corta ECO (500) y BAM (1000) est muy cerca de los extremos. ECO / / BAM / /
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500

2000

1500

1000

El orden de los fragmentos de 2000 y 1500 puede ser 2000 y 1500 bien 1500 y 2000. Si ECO corta 3000 por lo tanto el orden sera 500, 1500, 2000 y 1000. ECO / 500 1500 ECO / 2000 BAM / 1000 /

PLSMIDOS CLONACIN DE SECUENCIAS. Es el hecho de introducir una secuencia de un genoma a otro por mtodos de laboratorio con el objetivo de multiplicar a esa secuencia. Generalmente se utilizan microorganismos o molculas vectores. MOLCULAS VECTORES. Reciben el DNA forneo, lo multiplica de la misma forma que multiplican se genoma. Los vectores se pueden usar como molculas u organismos intermedios o puentes. Ejemplo: Tomamos el gen de la protena X y utilizando vectores se va a insertar este gen al vector y el vector lo insertamos a la planta, el vector sera el puente. Segmento de DNA Protena X Vo Planta Los vectores pueden ser un virus, un plsmido.
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Se utilizan virus cuy material gentico sea DNA. PLASMIDO. Material gentico en forma circular que codifican para protenas no esenciales pero que le pueden ayudar a sobrevivir a la bacteria.

El plsmido lo cortamos con enzima de restriccin. Cortamos el DNA del ratn con la misma enzima del que cortamos el plsmido porque le deja la misma terminacin pegajosa. Para pegarlo utilizamos ligasa. Introducimos el plsmido a la bacteria por varias tcnicas, como puede ser un choque trmico. El plsmido puede penetrar por los poros y mediante este mtodo podemos insertar el plsmido a la bacteria. De la bacteria a la rosa Tomo un segmento de la rosa Se utiliza un medio de cultivo (generalmente se usa el Murage) con hormonas para diferenciar el tejido vegetal Como estn todos los nutrientes necesarios y se empieza a dividir y forma un cayo que es un grupo de clulas en divisin. Tomamos la bacteria con el plsmido recombinante y la ponemos en el medio de cultivo. La bacteria infecta el tejido pero no infecta todas las clulas por lo tanto hay que separar a las clulas infectadas de las no infectadas para lograr esto desde el principio hay que insertar un gen marcador, que en este caso puede ser un gen para resistencia a ampicilina.

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Agregamos ampicilina y se mueren las clulas que no tienen el gen de resistencia a ampicilina por lo tanto se obtienen clulas infectadas.

Aparte del gen de la protena X y del gen resistente a ampicilina se le tiene que agregar al principio otra regin el cual va a ser un promotor que exprese la protena en grandes cantidades. Uno de los promotores ms usados es del gen que codifica para la protena de la cpside del virus del mosaico de la coliflor. Le agregamos una regin de terminacin para que no se sobreexpresen los otros genes de la bacteria. Eliminamos segmentos que no necesitamos.

Agrobacterium. Una de las bacterias que se usan como vector es la Agrobacterium tumefasiens que es una bacteria de suelo que afecta a las races de plantas y les incorpora material gentico mediante el plsmido Ti. Este plsmido contiene genes de patogenicidad, citosina, auxina y un punto Ori. La citosina y auxina son hormonas que ayudan en la divisin y elongacin celular, si quitamos esos segmentos y ponemos el de nuestro inters sin afectar el tamao del plsmido. As podemos insertar genes de resistencia a antibiticos o a herbicidas (genes marcadores) y la inulinasa de un gen reportero como lo es LUC (luciferasa) o PVF (protena verde fluorescente). UNIDAD 7 GENETICA DE VIRUS Creaturas genticas, entre lo vivo y lo no vivo. Una clula para clasificarse como viva debe contener material gentico, tambin debe usar propias protena. La clula genera su propia energa, est rodeada de una membrana. Un virus solo tiene la 1.2.5 y nada ms, no cumple con los requisitos de una clula viva, para replicarse necesita de la maquinaria enzimtica de la clula husped;
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Es parasito intracelular, solo se replica dentro de la clula. El virin es cuando el virus se encuentra .extracelularmente, la membrana celular de los virus es una cpside formada por protenas que rodean a los cidos nucleicos; los virus pueden tener DNA de cadena doble, sencilla, RNA cadena doble o sencilla, pueden ser en forma circular o lineal. Los virus que atacan a plantas ms del 90% tienen RNA como material gentico Ciclo de vida de un virus: 1. Unin a la clula husped correcta 2. Entrada del genoma viral a la clula husped 3. Replicacin del genoma viral 4. Manufactura de protenas virales 5. Ensamblaje 6. Liberacin de nuevos virus

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Las protenas de las patas de los virus van a servir para reconocer a las protenas de membrana celular de E. coli y por eso el virus encuentra a la clula husped correcta. En algunos casos la molcula receptora de la membrana puede ser un carbohidrato. Los virus de animales logran engaar a la clula; al entrar en contacto con la clula piensa que es la unin entre 2 clulas. Otros virus llegan y se posicionan en la clula receptora y entra E. coli primero que hace es proteger su DNA con enzimas de restriccin. Metila GC y lanza enzimas de restriccin y corta pero los metilados, no el virus entre la clula y puede o no destruido (DNA). Ya entro y el DNA o se replica o persuade a la clula para que la maquinaria replique DNA del virus y transforme el DNA en RNA para protegerse. R transforma al revs, quien interviene es una enzima r llamada reverso transcriptasa.
DNA RNAr

Se transcribe en RNAm para las protenas necesarias

RNA

REPLICA Protenas virales

DNA RNAr

Se transcribe en RNAm para las protenas necesarias.

REPLICA Protenas virales

Tiene 3500 bases, solo 3 genes molculas de RNA de cadena sencilla y es macho especifico. Se une a bacterias machos.

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Un virus para la replicacin, 2 para la cubierta, un gen de lisis para la protena de lisis. DNA de cadena sencilla 5386 bases forma esfrica con puntas en la cubierta que son cosaedros y tiene 11 genes. Con tan poco genoma tantos genes? Es por que tiene genes dentro de los genes; este dentro del gen D tiene al E. El primero ayuda al ensamblaje de la cpside y el E produce protena E que ayuda a la lisis de la clula. Porque si tenemos 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Genes ms estudiados T4- 200 genes, , P1, - 40 genes. Latencia: el virus infecta a la clula y permanece ah en estado latente. Si la clula se replica lleva una copia del virus con hija, despus llega una seal de que el virus se debe replicar y hacer muchas copias de su genoma viral. Virus del herpes es latente en clulas nerviosas. Para la integracin del virus debe integrarse en regiones donde reconoce ciertos sitios: las que reconocen una cierta secuencia para integrarse tiene ventajas cuya integracin al azar. Viroides: criaturas genticas descubiertas recientemente: solo se detectan en plantas superiores. Criaturas con el material gentico ms pequeo 200-700 bases, son molculas de RNA y tiene como 30 aos, hay cerca de 50 viroides detectados, sencilla, desnuda, no cpside, menos nucletidos que virus.. El RNA del viroides no codifica para nada, no tiene protenas de reconocimiento e infecta por medio de vectores (mosquitos). Cadang-cadang: infecta a las plantas de coco, tiene 246 bases, no tiene genes, tiene seales para replicacin, una secuencia reconocida por la clula husped

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para replicarlo, acta catalticamente como una enzima, solo infecta clulas daadas y enfermas. Otros ejemplos de viroides que afectan a las plantas ctricas como exocortis, xiloposoris; puede ser un intrn que escapo, los interiores que se codifican es uno de un gen para una protena matricida que sirve para destruir el intrn. Priones: agente infeccioso, una protena codificada por los genes de la vctima; estas protenas estn en el sistema nervioso, pueden tener diferentes confortaciones, la buena y la mala: la buena ayuda a la comunicacin de las clulas y la mala puede destruir las clulas nerviosas y las buenas se convierten en malas. La infeccin por priones puede ser adquirida y heredada, el cambio de una buena a mala es que muta el gen de esta: en el caso de la heredada y en la adquirida es por infectarse por comidas, etc. Las vacas locas, cefaloespongiforme bovina , el cerebro de las victimas queda o semeja a una esponja. Heredada: enfermedad de Creutzfeldt Jacob; un gen muta y la protena toma la configuracin mala y no solo destruye clulas nerviosas, vuelve a las protenas malas. El prin no cambia en su frecuencia, cambia en su forma; en caso adquirido hay 3 ejemplos: scrapie-ovejas, cabras; el mal de las vacas locas; cura-canbales. Solo difieren de 12-6 aminocidos los primeros 2; lo que se cree es que este mal se gener cuando alimentaban a las vacas con residuos de ovejas, se alimentan a las vacas con restos de ovejas. En el cura-canbales hay una tribu, "Fore" en Nueva Guinea (Oceana); se comen a los muertos parientes, los ms infectados mujeres y nios (90%) porque cocinan y los nios estn ah. Los sntomas no son instantneos, pasan de 10 20 aos. Plsmidos. Se consideran el parasito perfecto, nunca dejan la clula, molcula de ADN circular que se duplica en forma autnoma, se aprovecha de toda la maquinaria enzimtica del organismo. Una teora es que un virus perdi toda la
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capacidad de infectar y lisar a la clula por lo que acta cono virus en latencia: la bacteria no lo destruye porque tiene genes que incrementan el fitness de la bacteria, tiene genes para resistecia a antibiticos. En Japn se observ que las cepas de Shigella eran resistentes, se observ que era por el intercambio de informacin gentica entre una bacteria y otra: se observ que haba sexo entre bacterias y se vuelven resistentes. Dentro de los plsmidos hay genes para degradacin de hidrocarburos, herbicidas, resistencia a metales pesados, reactivos qumicos e industriales. Ayuda a que la bacteria incremente sus fuentes de alimentacin. En los plsmidos est el gen para producir la bacteriosin, que sirve para matar a otras bacterias. Las bacterias tienen un cromosoma lineal, se percibe la seal de la bacteria que se va a dividir y el plsmido se divide: cuando la bacteria va a morir el plsmido se va (huye).El Plsmido tambin tiene genes para la virulencia y son de mucha utilidad a la bacteria: ayudan a infectar tejidos vegetales, animales y humanos, stos estn dados por genes que codifican a toxinas para matar clulas y le ayudan para la invasin de clulas, le ayudan a engaar o defenderse del sistema inmunolgico.

Agrobacterium tumefaciens y Agrobacterium rizogenes: el primero es el ingeniero

gentico de la bacteria, injerta genes en las plantas, tiene un plsmido T1 (tiene el origen de la replicacin) y tiene genes para las hormonas auxinas y citosininas: las primeras promueven la divisin celular y las segundas son las que promueven la elongacin celular. Podemos insertar marcadores genticos, gen reportero, que nos sirve para observar que parte se expresa en el gen transgnico. Replicacin de plsmidos: Cuando recibe la seal de la clula que se va a dividir se replican formas de replicacin de plsmidos, tiene un sitio de origen de la replicacin, es bidireccional. El plsmido grandes hay ms de un sitio de origen de la replicacin y tambin es bidireccional.
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Plsmidos pequeos solo tiene un punto de origen, por el genoma pequeos es necesario ms de uno para replicarse rpido. Otra forma de replicacin es el crculo que rueda: el crculo interior se toma como molde para la nueva cadena, ya rodando con la cadena que se desprende: depende de las circunstancias puede circulizar y uno ir con una clula hija y otra clula hija. Si es macho puede transferirlo a una clula hembra: este mecanismo es utilizado por algunos virus para su replicacin, se abre en el sitio de origen, la cadena solo se usa como triplete. Es usado por los virus para tener muchsimas copias de ADN viral , se corta con enzimas de restriccin, en los virus de cadena se empaqueta, se forma la cpside y ese virus infecta a una clula, cuando est dentro se replica y forma ADN de cadena doble.

UNIDAD 8 GENETICA BACTERIANA La divisin bacteriana es generalmente por gemacin de una bacteria, se forma una protuberancia, se replica y cada una tendr un cromosoma. En este caso no interviene el mecanismos sexo, esta reproduccin bacteriana es asexual: tenemos parasexuales, o sea, similares al sexo, hay intercambio de

informacin gentica pero no contacto entre las clulas. El primer paso es la transduccin aqu la bacteria es infectada por un virus e introduce su materia gentico y este puede insertarse dentro del genoma al
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dividirse de hacen muchas copias (del genoma viral) pero lleva restos del genoma bacteriano. Se empaquetan estos pedazos y cada virus es en cierta forma diferente al otro por los restos del genoma bacteriano diferente. Tenemos otras bacterias y los virus los infecta y no solo incorpora su DNA viral si no que lleva ADN de otra bacteria; el virus P1 puede llevar hasta 90 mil bases del genoma de la bacteria, ms o menos 2% y parte el del (90 genes) y esto ocasiona que la bacteria receptora adquiera resistencia antibiticos, llega y se incorpora en sitios especializados donde exista la seccin; integra en sitios de interior muy especfica. Otro mecanismo parasexual es la incorporacin de DNA desnudo: toma del medio ambiente que lo rodea DNA y se encuentra en forma desnuda, restos del virus, bacterias y pasa al interior de la clula. Si hay de virus y de bacterias y entran los dos detecta algo malo, produce enzimas para ir y degradar el genoma viral, para esto mete su genoma para no suicidarse: no degrada el de ella por lo que reconoce como propio y lo integra el suyo. Para esto debe haber condiciones especiales, bacterias competitivas en condiciones de incorporar material gentico del medio ambiente, se necesita un compuesto qumico que dae la pared celular, despus choque trmico o elctrico, se utiliza CaC12 para daar la pared de la bacteria. Posteriormente se le da choque trmico, lo ponemos a 4C por 20 minutos, despus se cube a 50C y hace que los poros se abran y penetre ADN desnudo lineal o circular; tambin choque elctrico a 4 V, los poros se abren y plsmidos y DNA entran. Los machos se caracterizan por el plsmido F+, lleva genes para la formacin del pillus; en la hembra plsmido F- el pillus sirve como gancho para atrapar a la hembra, se forma un puente de conjugacin entre ambas bacterias. Este mecanismo se llama conjugacin, donde hay contacto celular-celular transfiere material gentico del macho a la hembra. y se para integracin el virus se muy especializado por lo que debe ser secuencia

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Para la transferencia solo uno se transfiere, tiene genes para la transferencia, un sitio de origen de la replicacin y un sitio de origen para la trasferencia y son muy diferentes a los de la replicacin, no solo se transfiere el gen del plsmido. GENETICA DEL CANCER: CNCER: Perdida de control de la divisin celular. Carcingenos: Agentes que pueden inducir en estado canceroso. Existen 3 tipos en humanos: Carcinomas: Cncer en clulas epiteliales. Sarcomas: Cncer de tejidos de soporte (huesos, msculos). Leucemias y linfomas: Cncer de clulas circundantes

Cuando de una clula normal pasa a cancerosa: Inmortalizacin: Una clula normal se divide aproximadamente 100 veces y mueren y las cancerosas se dividen muchas veces. Inhibicin por contacto: Las clulas normales cuando estn en contacto con otro se inhiben mientras que las cancerosa se expande. Cambios en morfologa: En lugar de ser la clula aplanada, la cancerosa se hace redonda y tienen independencia en el anclaje (necesita un soporte para crecer mientras las cancerosas pueden vivir n suspensiones). Las cancerosas son menos dependientes y tienen crecimiento. Metstasis: Cuando las clulas cancerosas invaden tejidos sano.

Hay dos tipos de genes involucrados: Oncgenos: Son genes mutados que promueven el cncer. Anti oncogenes: Son genes cuya funcin es suprimir tumores.

Para producir el cncer solo debe mutar uno de los oncogenes. En anti oncogenes deben mutar los dos.

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Tipos de Oncogenes: Protooncogen: Gen normal con la propiedad de volverse en oncogn si sufre una mutacin. Oncogn: Genes que regulan la divisin celular y no producen cncer en forma normal. Virus: Retrovirus puede tomar un oncogn del husped anterior.

Los retrovirus se caracterizan por tener en ambos lados secuencias largas repetidas en tndem. Puede insertar un oncogn del husped anterior llevndolo al nuevo husped. V-oncogn: Cuando oncogn es llevado por un virus. C-oncogn: Cuando es transmitido por un cromosoma Funciones Protooncogen: El Protooncogen codifica para una protena que lleva el mensaje. Pueden ser factores de crecimiento que circulan en la sangre llevando el mensaje desde afuera a la superficie de la clula. Pueden ser tambin receptores de seales. Actan como factores de transcripcin (intervienen para la formacin de RNA). Como se crea un Oncogn: Se crean de Protooncogen ya sea por: Mutacin: Se vuelve hiperactivo. Copia: Se produce varias veces modificndolo. Movimiento : Hay un promotor ms activo repitindose ms veces de lo normal.

Existen 2 tipos de Oncogn: RAS: Receptor pueden ser protenas o carbohidratos.

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Cuando Ras se desprende se una al trifosfatoguanosina haciendo que exista la divisin del ADN, despus se libera DFG y se une de nuevo. Cuando hay mutacin no se libera DFG y hace un ciclo entrando de nuevo al ncleo.

MyC:

Linfoma de Burkitt : Ocasiona una replicacin especfica y localizado del ADN, produciendo este linfoma.

Genes supresores de Tumores: Su funcin es impedir la divisin incontrolable de la clula, por lo general hay dos mutaciones en estos genes para que se produzca cncer. Un individuo tenga las dos mutaciones en su ciclo de vida. Tenga las dos mutaciones de sus progenitores. Reciba una mutacin de algn progenitor y en el transcurso del tiempo tenga otro. Supresor de Tumores (p53):
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Es el ms famoso, ms del 50% de las enfermedades se deben a este. Formando tetrmeros. Cuando hay mutacin no hay una unin perfecta para el tetrmero ocasionando la no unin a p21. p21 (enzima) Codifica para protenas que bloquean la divisin celular.

TCNICAS MOLECULARES PARA LA DETECCIN DE PATGENOS IMPORTANCIA El conocimiento de la variacin gentica dentro y entre poblaciones de microorganismos es necesario para 1. Deteccin, Diagnostico y Taxonoma. 2. Sistemtica. 3. Desarrollar estrategias que prevengan 4. Epidemias de organismos patgenos. 5. Estructura gentica de la poblacin.
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Limitantes en el Estudio Gentico de Poblacin de Microorganismos antes de 1980. Tamao de los individuos Pocos marcadores fenotpicos para diferenciar entre individuos dentro de una poblacin v.g. compatibilidad vegetativa, tipo de apareamiento, resistencia a fungidas, genes especficos de avirulencia etc. Marcadores fenotpicos con poca resolucin para distinguir entre todos los individuos de una poblacin. Importancia de los marcadores moleculares Accesibles y Abundantes Altamente polimrficos No afectados por el ambiente Marcadores molecualres RFLP, RAPDs, AFLP, SSR, VNTR etc. Muchos marcadores polimrficos pueden ser analizados simultneamente, y la diferenciacin entre genotipos es rpida. Aplicaciones de los Marcadores Moleculares en el Estudio de Poblaciones de Microorganismo Deteccion,Diagnstico y Taxonoma Encontrar marcadores genticos que distingan individuos, especies o taxa particulares de otros, v.g. regiones conservadas dentro de especies o taxa pero tambin entre especies. Diferenciar entre cepas patognicas de no patognicas, en el menor tiempo y a bajo costo. Ms eficiente en especies con reproduccin asexual. Recombinacin entra marcadores moleculares y genes codificando para virulencia dificultaran el estudio Genes que codifican para RNA ribosomal son ms usados por: 1. Altamente conservados dentro de las especies pero diferentes entre especies. 2. Repetidos en tndem, v.g. abcabcabcabc,
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3. Presentes en cantidades grandes Sistemtica Determinar las relaciones evolutivas entre especies y describir los patrones de los cambios evolutivos. Se basa en las caractersticas compartidas entre las especies, 1. Caractersticas fenotpica,(pocos marcadores fenotpicos, baja resolucin) 2. Marcadores moleculares (mayor resolucin por el mismo costo y esfuerzo, ambiguos) 3. Secuencias de nucletidos(tcnicas autorizadas)

Magnapothe grisea.
Cepas que infectan arroz no comparten los mismos marcadores moleculares que las cepas que infectan otros pastos.

Colletotrichum gramincola
La similaridad entre cepas aisladas de un mismo hospedero es del 85% La similaridad entre cepas aisladas de maz y sorgo es del 45%. Epidemiologia Monitorear genotipos especficos dentro y entre poblaciones. Usos de los marcadores moleculares 1. Identificacin de la fuente de inoculo. 2. Estimacin de diferencias en la habilidad competitiva de diferentes clones. v.g algunos clones de Sclerotina sclerotiorum se dispersan ms. 3. Diferentes genotipos es una misma lesin. Septoria tritici 4. Especializacin del hospedero. Vg. Candida albicans. 5. Variabilidad gentica distribuida entre sitios de un campo agrcola. 93% de la diversidad de Septoria tritici en reas pequeas. Clones no se dispersan mucho. Estructura de la Poblacin Hacer inferencias sobre los procesos evolutivos que dan forma a una poblacin. Mutacin Flujo gentico Deriva gentica
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Recombinacin Seleccin

Conceptos bsicos Modelo un gen 2 alelos vg. Gen para virulencia 2 alelos A=virulencia a=no virulencia Alelos en un locus AA, Aa, aa Poblacin en equilibrio A+2p q+q Frecuencia alelica Numero de copias de un alelo dado en la poblacin Suma de todos los alelos en la poblacin Mutacin Introduce nuevas variantes a una poblacin que pudieran no estar presentes en otra poblacin. Efectos: Poblaciones grandes Fijacin de mutaciones que incrementan el fitness A la larga el proceso de mutacin pudiera alterar las frecuencias alelicas.

Flujo gentico Movimiento de informacin gentica de una poblacin a otra. Primer caso: Fuerte migracin y establecimiento de individuos de una poblacin a otra, con las siguientes consecuencias: 1. Frecuencias alelicas tendern a ser similares entre las poblaciones 2. Ausencia de subdivisin de la poblacin Segundo caso: Poca migracin de individuos de una poblacin a otra, con las siguientes consecuencias: 1. A travs del tiempo las poblaciones sern genticamente diferentes Deriva gentica Cambios al azar en las frecuencias alelicas debido a casualidad Efectos Perdida en la variabilidad gentica dentro de poblaciones
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Fluctuaciones al azar en las frecuencias genticas Gua a la divergencia gentica entre poblaciones

Sub-poblaciones que estn altamente diferenciadas debido a poco flujo gentico y deriva gentica pueden en teora ser manejadas independientemente. Seleccin Los genotipos dentro de una especie difieren en su contribucin a la siguiente generacin. 1. Cambios en la composicin gentica v.g. Diferencias en fitness de los genotipos cambiaran las frecuencias genticas. 2. Diferenciacin adaptativa entre los genotipos. 3. Subdivisin de la poblacin cuando diferentes alelos son favorecidos en diferentes localidades. Recombinacin Cruzamientos al azar en una poblacin significa que cada individuo tiene una oportunidad igual de aparearse con otro individuo compatible dentro de la poblacin. Importancia. Hay ms potencial para nuevos genotipos aparezcan ms rpidamente en una poblacin sexual que es una asexual, v.g. Roya de trigo. Endogamia: Cruzamiento entre individuos emparentados Exogamia: Cruzamiento entre individuos no emparentados Reproduccin sexual vs asexual Diferenciar entre clones en una poblacin y estimar las proporciones relativas de la reproduccin sexual y asexual

P.infestans 2 diferentes esporas para la reproduccin sexual

Solo un tipo de espora= pocos genotipos diferentes en una poblacin Los dos tipos de esporas= muchos genotipos diferentes
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Stagonospora nodorum. Usando marcadores moleculares se encontr: La mayora

de los genotipos en una poblacin fueron genotipos nicos. Muestreo Sobre cul poblacin se harn las inferencias? Inferencias sobre procesos evolutivos deben de muestrearse poblaciones bien definidas. La definicin de la poblacin ser afectada por: 1. Biologa del microorganismo 2. Subdivisin de la poblacin. Fusarium oxysporum cada 10 metros es una poblacin Muestreo jerrquico. Tamao de la muestra Qu tamao de muestra es suficiente? Depende de: objetivos del estudio y caractersticas de la poblacin Reproduccin clonal 15-25 muestras

Phytophthora infestans en USA algunas muestras en Toluca 100 o ms muestras

Sub-poblaciones 30-50 muestras por sub-poblacin.

Aplicaciones de la Secuenciacin de Genomas Microbianos Introduccin 1. Escherichia coli 1995 2. Artculo citado ms de 2100 veces 3. 60 genomas microbianos secuenciados Impacto 1. Estn emergiendo nuevos conceptos sobre cmo trabaja la clula? 2. Se tendrn beneficios prcticos en la medicina y la agricultura? 3. Es posible secuenciar a cada una de las especies de microorganismos?
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Comparacin de genomas 1. Diferencias entre cepas virulentas y no virulentas 2. Comparaciones entre especies informaran sobre hospedero o tejido especifico 3. Comparaciones entre gneros informaran sobre la evolucin de las especies. Tamao del genoma microbiano Procariotes Micoplasmas (600 mil pb)

Mesorhizobium loti (8 millones de pb)

Eucariotes Microsporidian (menos de 3 millones pb) Humanos (3000 millones pb) grandes cantidades de secuencias que no codifican Algunos procariotes con mayor nmero de genes que algunos eucariotes

Mesorhizobium loti (8000 genes) Seccharomyces cerevisaie (6200 genes) Encephalitozoon cuniculi (2000 genes)

Estrategia de secuenciacin Shotgun 1. Fragmentar el ADN 2. Determinar las secuencia del fragmento 3. Ordenar los fragmentos 4. Encontrar secuencias que se traslapen y que tengan secuencias idnticas en terminacin opuestas. Secuenciacin 1. Traducir las secuencias de nucletidos en aminocidos
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2. Localizar codn de inicio y de terminacin 3. Localizar regiones con mas de 50 aminocidos entre el codn del inicio y de terminacin (marcos de lectura abierta ORF) Microorganismos secuenciados Bacterias de importancia clnica el 75 % Por que? Genomas pequeos Bsqueda de regiones blancos para el diseo de nuevos frmacos o que faciliten el diseo de nuevas vacunas Ayuden para entender la evolucin de las especies vg Rickettsia prowazekii Organismos con importancia para la Agricultura o Bioremediacin

Archae
Productos de metano Termfilos Enzimas resistentes a altas temperaturas

Sorpresas de la secuenciacin de microorganismos

Aeropyrum pernix y Micobacterium tuberculosis con

diferentes a las secuencias de las bases de datos Clases de ORF hipotticos:

57 y 40% de los ORF

1. Aquellos que son compartidos por muchos organismos 2. Pertenecen a organismos particulares duplicacin de genes, indescifrables. Transferencia Horizontal 1. Dos secuencias de organismos no relacionadas son ms similares Entre s que con secuencias de organismos relacionados Mecanismos de transferencia horizontal 1. Transduccin 2. Plsmidos Que hace que un microorganismo sea patgeno?
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Presencia de cpsula v.g. Streptococcus pneumonie cepas virulentas presentan cluster de 12 genes necesarios para sntesis de la capsula. Factores que ayudan a la bacteria a unirse y romper la clula hospedera Mecanismos similares para inyectar protenas dentro de la clula. v.g. Bacterias con el sistema de secrecin tipo III

Chlamydia trachomatis, Mesorhizobium loti

Isla de patogenicidad agregados grandes de genes en el cromosoma bacteriano correlacionados con virulencia. V.g.Helicobacterium pylori asociada a la ulceras gstricas posee una isla 40000bp.

Escherichia coli y Salmonella tiene los genes para romper las clulas en un cluster
islas de patogenicidad: 1. Pueden cortarse y moverse a un plsmido 2. Implicadas en la diferencia entre cepas Vg. Pseudomonas aeruginosa 3. Islas de patogenicidad en plasmidos Vg.Bacillus anthracis isla de 44500 pb. Otras islas

Mesorhizobium loti 600 mil pb con 17 bp repetidas a los lados Sinorhizobium meliloti contiene plsmido con genes de la isla de M. loti
Perdida adaptativa de genes 1. Rickettsi prowazekil casi 25% del genoma no codifica Pseudogenes codificaron en el pasado pero ahora tienen codones de alto o deleciones

2. Mycobacterium leprae casi el 50% del genoma no codifica con mas de

1100 pseudogenes muchos similares a los genes de Mycobacterium

tuberculosis.
3. Mycoplasma y Borrelia dependen del hospedero para los metablicos claves.

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4. Rickettsia, Chlamydia y Encephalitozoon cuniculi parsitos de energa, distantes genticamente entre s. Conclusiones 1. Mayora de los genomas de microorganismos con importancia medica 2. Los conocimientos de la secuenciacin han beneficiado indirectamente a evolucionistas 3. Seleccionar mejor al grupo de microorganismos que se necesita secuenciar. Tcnicas Moleculares Actuales y Promisorias para la Deteccin de Microorganismos Importancia de los microorganismos Alimento Control Biolgico Control de la Contaminacin Productos Agrcola Industria Farmacutica Industria Textil, Qumica, Bioqumica. Patgenos en humanos, animales y plantas.

DIAGNSTICO DE PATGENOS Identificacin temprana y correcta de patgenos: 1. Prevencin 2. Control 3. Tratamiento de enfermedades infecciosas.

Chlamydia trachomatis. Parsito obligado requiere de cultivo celular y podra dar

falsos negativos.

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CARACTERSTICAS DE LAS PRUEBA DE DETECCIN Especficas Sensitivas Simples Mtodos de Identificacin de Microorganismos
METODOS Examinacin microscpica VENTAJAS Simple, deteccin directa, diferenca organismos morfolgicamente diferentes. Cultivo in vivo en inoculacin en ratones. Deteccin de anticuerpos en suero Solo microorganismos viables, mide virulencia e infectividad. Simple, rpido, automatizacin, analiza muchas muestras en poco tiempo. Hibridacin de ADN y PCR Rpida, especfica, sensitiva, automatizacin Cara, etapas mltiples, no distingue vivos y muertos, posibles falsos positivos y falsos negativos. DESVENTAJAS Lento, laborioso, baja sensibilidad, no se distingue entre organismos muy similares, personal capacitado. Lento, caro, usa animales, parsitos pueden perder viabilidad en el especmen. No muy especfica, no distingue entre infecciones activas o latentes.

RFLP: Polimorfismo de Longitud de Fragmentos de Restriccin.

Son las variaciones (polimorfismos) en los patrones de fragmentos producidos cuando las molculas de ADN son cortadas con la misma enzima de restriccin. Si el ADN proveniente de dos personas es cortado con la misma enzima de restriccin y se producen patrones diferentes de los fragmentos, stas personas deben poseer diferencias en sus secuencias de DNA. stas diferencias se heredan y pueden utilizarse para el mapeo, similar a la manera en que se utilizan las diferencias allicas para mapear los genes convencionales.

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Ventaja: suele basarse en el uso de diferencias genticas que producen diferencias fenotpicas observables con facilidad. Proporcionan gran cantidad de marcadores genticos que pueden utilizarse en el mapeo. Desventajas: es limitado porque los rasgos se ven influenciados por genes mltiples y ambiente.

Southern Blot:
Ventaja: pueden utilizarse para localizar unos pocos fragentos especficos en una dotacin grande de ADN. Desventaja: conseguir las enzimas de restriccin.

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 Northern Blot:
El RNA puede transferirse de un gel a un soporte slido. La hibridacin de una sonda puede revelar el tamao de una molcula de RNAm particular, su abundancia relativa o los tejidos en los que se transcribe el RNAm. Ventaja: no necesita transformar el RNA a DNA.

Western Blot:
Transferencia de la protena de un gel a una membrana. Aqu la sonda suele ser un Ac, utilizado para determinar el tamao de una protena particular y el patrn de expresin de la protena. Ventaja: especificidad y no purificacin de la protena.

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 Squash Blot:
Se aplasta muestra contra un soporte slido. Se fija a la muestra con alcohol o exponindola a luz UV. Se hibridiza con sonda especfica. Desventaja: poco fiable, empalme, suciedad. Ventaja: rpido, econmico y simple.

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 PCR:
Hacer muchas copias de una muestra determinada (de aquella que hace diferente a un microorganismo de otro). Ventaja: rpido y fiable. Desventaja: costoso el tener los indicadores.

RT-PRC:
Es utilizado para amplificar ADN para clonar, para detectar ADN que se encuentra en mnimas cantidades y diferencias muestras de ADN distintas. Por ejemplo: virus relacionados. La primera etapa utiliza una transcriptasa inversa que sintetiza una cadena de DNA complementaria al RNA de inters, al usar uno de los cebadores de la PRC como propio. En la segunda etapa se utiliza esta ADN complementario, como material de inicio para la amplificacin con la PCR mediante una polimerasa de ADN termoestable convencional. Ventajas: rpido. Desventajas: caro, tener indicadores, inestabilidad de RNA.

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 Nested-PCR:
Ventajas: 1,000 veces ms sensible que PCR sola, diseas tu primer de segmento amplificado. Desventajas: caro. 1) PCR. Amplificacin de un segmento grande 1000-2000pb. 2) Disear primers dentro del segmento amplificado. 3) PCR. Amplificacin de un segmento ms pequeo 300-800pb.

RAPDS:
Amplificacin al azar de ADN polimrfico, hace uso de la PCR y tiene un patrn de bandeado de 2-3 das, no se necesita saber algo del microorganismo, amplificamos en 40 ciclos. Se necesita de primers pequeos de 10 bases, secuencia diseada al azar, los primers se pueden usar para todo tipo de microorganismo. El primer se pega y comienza a polimerizar, no sabemos donde se pega. Identifica ADN muy parecidos y se utilizan los mismos iniciadores para todo. Ventaja: mismos iniciadores para todo, no necesitamos conocer al microorganismo. Desventaja: tardado, no sabemos donde se pega.

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 Inmuno-PCR:
Ventajas: detectar Ag desconocidos, es complementaria una de otra (ELISA se hace ms especfica por PCR; PCR se eliminan los carbohidratos con los lavados de ELISA), cualitativa y cuantitativa. Desventaja: contaminacin, personal altamente capacitado que sepa interpretar resultados.

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 Inmunomagnetic-PCR
Ventajas: rpido, fcil, en alimentos muy complejos se evita contaminarlo, se utiliza para detectar L. monocytogenes 1) Agregar perlas metlicas con el Ac primario al soporte 2) Agregar la muestra a analizar 3) Incubar 4) Separar las perlas de la muestra con magneto 5) Realizar PCR

SCAR: Regiones Amplificadas de Secuencias Caracterizadas.

Amplificar con RAPDS. Secuenciar segmentos amplificados diferencialmente. Disear primers especficos ms largos. Ventajas: podemos separar genes, cepas, etc. Desventajas: no se utiliza mucho porque son primers pequeos y no dan reproducibilidad.

Rep- PCR:
Amplifica regiones con secuencias repetidas. Diferentes especies. Diferencias entre especies. 101

Ventajas: usar para comparar tus datos obtenidos con datos contenidos en un programa, puedes hacer mapas filogenticos, se amplifican varios segmentos a la vez.

Desventajas: no se puede localizar si es una especie nueva.

Multiplex-PCR:
Ventajas: deteccin de diferentes patgenos Desventajas: el diseo de primers con similar temperatura de apareamiento. Diseo de primers para bandas de diferente tamao.

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 PCR- Tiempo Real:

ESPACIOS INTERGNICOS (IGS)

IGS 1 IGS 2

UBICACIN DE LA REGIN IGS EN LA SECUENCIA DE RDNA FNGICO

ESPACIOS INTERNOS TRANSCRITOS (ITS)

ITS 1F ITS 5 ITS 1 18S ITS 3 5.8S ITS 2 25.28S ITS 4 ITS 4R 5S

UBICACIN DE LA REGIN ITS EN LA SECUENCIA DE rDNA FNGICO

Micro arreglos (DNA- Chips):

Ventajas: detecta 10,000 fragmentos de ADN (se pueden detectar patgenos al mismo tiempo). Desventaja: reactivos y equipo muy caro. La placa es del tamao de la ua.

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Marcadores Moleculares RFLPs : Es por fragmentos de restriccin de longitud polimorfita. Estn basados en el DNA, se desarrollan en 1980 y fueron los primeros que se utilizaron para poner marcadores en el genoma humano. Nos servirn para identificar genes especficos para mapear el genoma, se extrae DNA de una planta, este lo
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cortamos con una enzima de restriccin, entonces tendremos muchos fragmentos, para separarlos usamos gel de agarosa en electroforesis. Esta es como una red por lo tanto los grandes quedan en el polo negativo y los ms chicos en el polo positivo. El DNA est cargado negativamente por los grupos fosfatos. RFPL: Est dado por las diferencias en tamaos; el polimorfismo depende de la enzima que corte, es una de las tcnicas ms precisas como marcadores moleculares, no se usa yanto porque son muchas etapas, tarda hasta un mes y medio y necesitamos mayor cantidad de DNA y de radiactividad; por lo tanto se desarrollaron otros marcadores moleculares. RAPDs: amplificacin al azar de DNA polimorfito, hace uso de la PCR y tienen un patrn de bandeado de 2 a 3 das, no necesitamos saber nada del microorganismo, amplificamos en 40 ciclos. Se necesita un primer pequeo de 10 bases, secuencia diseada al azar, los primers se pueden utilizar para hongos, bacterias, animales, etc. El primer se pega y se comienza a polimerizar, no sabemos dnde se pega. Scar: la ventaja es que podemos separar genes, cepas, etc. No se usa mucho porque son primers pequeos y porque nos dan reproducibilidad y por lo tanto se disearon otros marcadores. AFLP: Son una mezcla de RAPDs y RFLP, en este caso lo que se hace es cortar un DNA con dos diferentes enzimas, se usa una que corte frecuentemente y una que no, una de 4 y una de 6 por ejemplo y nos da fragmentos con diferente tamao y si tienen las mismas terminaciones se pone un adaptador con la terminacin de Eco y la de Msel; como todos los fragmentos tienen las mismas terminaciones, les pegamos un adaptador y por lo tanto con PCR tendramos muchas copias de eso con diferente patrn de bandeado porque son iguales en los extremos y diferentes en el interior sin saber de que hacemos copias y encontraremos diferente patrn de bandeado.
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Microsatlites: son los marcadores ideales, reproducibles, estn en el genoma y lo malo es que los iniciadores no nos sirven para todas las especies y el problema es que es costoso.

FECHAS CLAVES EN EL DESCUBRIMIENTO EL DNA 1865 G. Mendel. Sent las bases matemticas de la gentica. 1869 J. F. Miescher. Aisla por primera vez los cidos nucleicos y les llama nuclena. 1909 W. Johanssen. Fue el que primeramente le llama gen a la unidad de la herencia. 1940-1950 Chargaff. Estudia la composicin del ADN y determina que est compuesto por 4 bases nitrogenadas, indic que independientemente de la especie la cantidad de a=t y la de g=c. Finales de 1940. Investigadores ingleses como la Dra. Rosalyn Franklin hace difracciones de rayos X a las molculas de DNA. Se propone un modelo para la estructura del DNA, el cual es una doble hlice con dos cadenas antiparalelas, la adenina siempre unida a la timina por dos puentes de hidrgeno y la guanina a la citosina por 3 puentes de hidrgeno. 1959 Severo Ochoa. Empieza a descifrar el cdigo gentico. Determina los tripletes para que se codifique un aminocido. 1973 Boyar y Cohen. Fueron los primeros en insertar un gen de bacteria a una rana y sentaron las bases de la tecnologa del DNA recombinante. 1983 Blgica y Mxico. Se establece la tecnologa para crear plantas transgnicas. Uno de los que colabora es Luis Herrera Estrella.
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1986 K. Mullis. Disea la tecnologa de la reaccin en cadena de la polimerasa. Para hacer muchas copias de un segmento de DNA. 1996. Es la primera vez que se logra secuenciar todo el genoma de

Saccharomyces.
1997. Se logra clonar el primer animal (Dolly). 2000. Se completa el proyecto del genoma humano.

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PROBABILIDAD Grados de libertad 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 0.95 0.90 0.80 0.70 0.50 0.30 0.20 0.10 0.05 0.01 0.001

0.004 0.10 0.35 0.71 1.14 1.63 2.17 2.73 3.32 3.94

0.02 0.21 0.58 1.06 1.61 2.20 2.83 3.49 4.17 4.87

0.06 0.45 1.01 1.65 2.34 3.07 3.82 4.59 5.38 6.18

0.15 0.71 1.42 2.20 3.00 3.83 4.67 5.53 6.39 7.27

0.46 1.39 2.37 3.36 4.35 5.36 6.35 7.34 8.34 9.34

1.07 2.41 3.66 4.88 6.06 7.23 8.38 9.52 10.36 11.78

1.64 3.22 4.64 5.99 7.29 8.56 9.80 11.03 12.24 13.44

2.71 4.60 6.25 7.78 9.24 10.64 12.02 13.36 14.68 15.99

3.84 5.99 7.72 9.49 11.07 12.59 14.07 15.51 16.92 18.31

6.64 9.21 11.34 13.28 15.09 16.81 18.48 20.09 21.67 23.21

10.83 13.82 16.27 18.47 20.52 22.46 24.32 26.12 27.88 29.59

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