Seminar 14b

Citratni ciklus
B. Mildner 2012.

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

S-Co A

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Prevoenje piruvata u acetil Co A. NADH

Ubiranje visokoenergiziranih elektrona i njihov prijenos u respiratorni lanac putem elektronskih prijenosnika NADH i FADH2.
Za 1 mol piruvata dobijemo: 1+3 mola NADH, 1 mol FADH2, 1 mol GTP.

CO2

CO2

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Zajedniki finalni put razgradnje masnih kiselina, aminokiselina i ugljikohidrata. Izvor prekursora za biosinteze masnih kiselina, aminokiselina i ugljikohidrata.

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Pripremna faza

Piruvat dehidrogenaza kompleks u aerobnim uvjetima katalizira nastajanje Acetil CoA iz piruvata i CoA

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

1.

CITRAT SINTAZA katalizira nastajanje citrata iz acetil CoA i oksaloacetata

S-Co A

+CoA

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

2.

AKONITAZA nadzire stereospecifinost hidracijskog produkta DEHIDRACIJA HIDRACIJA

IZOMERIZACIJA

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

2.

AKONITAZA

S-Co A

+CoA

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

3.

IZOCITRAT DEHIDROGENAZA OKSIDATIVNA DEKARBOKSILACIJA

10

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

3.

IZOCITRAT DEHIDROGENAZA OKSIDATIVNA DEKARBOKSILACIJA

S-Co A

+CoA

11

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

4.

-KETOGLUTARAT-DEHIDROGENAZA OKSIDATIVNA DEKARBOKSILACIJA

12

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

4.

-KETOGLUTARAT-DEHIDROGENAZA OKSIDATIVNA DEKARBOKSILACIJA

S-Co A

+CoA

13

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

5.

SUKCINIL-CoA-SINTETAZA FOSFORILACIJA NA RAZINI SUPSTRATA

-sukcinil-CoA je bogat energijom -fosforilna skupina GTP lako se prenosi na ADP i formira ATP

GTP + ADP

GDP + ATP
14

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

5.

SUKCINIL-CoA-SINTETAZA FOSFORILACIJA NA RAZINI SUPSTRATA

S-Co A

+CoA

15

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

6. 7. 8.

SUKCINAT-DEHIDROGENAZA DEHIDROGENACIJA FUMARAZA HIDRACIJA MALAT-DEHIDROGENAZA DEHIDROGENACIJA

7. 6.

8.

16

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

S-Co A

+CoA

17

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Sumarna reakcija ciklusa limuske kiseline: Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi +2 H20 CoA + 3NADH + FADH2 + GTP + 2 CO2 + 2 H+

Izocitrat-dehidrogenaza 1 NADH=2.5 ATP -ketoglutarat dehidrogenaza 1 NADH=2.5 ATP Sukcinil-CoA sintetaza 1 GTP=1 ATP Sukcinat-dehidrogenaza 1 FADH2=1.5 ATP Malat-dehidrogenaza 1 NADH=2.5 ATP = 10 ATP

18

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

1) Piruvat dehidrogenaza kompleks (Beri Beri, kronini alkoholizam, laktatna hemoacidoza)) 2) Izocitrat-dehidrogenaza 3) -ketoglutarat dehidrogenaza kompleks

19

1. Koja tvrdnja ili fraza najtonije opisuje citratni ciklus? a) Kaotini neregulirani prometni kruni tok; b) svi putovi vode u Rim; c) Najkraa udaljenost izmeu dvije toke na pravcu. 2. Koja su dva enzima citratnog ciklusa alosteriki inhibirana s ATP? a) Citrat sintaza i akonitaza; b) Izocitrat dehidrogenaza i -ketoglutarat dehidrogenaza; c) Fumaraza i malat dehidrogenaza.

20

10

3. Koji enzimi citratnog ciklusa lie piruvat dehidrogenazi obzirom na strukturu, organizaciju i reakciju koju provodi? a) Izocitrat dehidrogenaza; b) -ketodehidrogenaza; c) Sukcinat dehidrogenaza. 4. Koji se meuprodukt/i citratnog ciklusa koristi/e za biosintezu aminokiselina? a) citrat; b) Sukcinil-CoA; c) -ketoglutarat i oksaloacetat.

21

5. Na putu od acetil-CoA do sukcinata, dva ugljikova atoma su ula u ciklus a dva ugljikova atoma u obliku CO2 su napustila ciklus. Zato se ciklus ne zavrava u ovoj toki? a) Nije nastalo dovoljno NADH; b) Stanici je potreban FADH2 koji se dobiva u narednim reakcijama; c) Oksaloacetat koji se koristi kako bi ciklus zapoeo mora se regenerirati. 6. Pretpostavite da je piruvat obiljeen s 14C na svojem srednjem (keto) ugljiku. Gdje e se pojaviti biljeg nakon jednog okreta citratnog ciklusa? a) Kao CO2; b) Kao jedna karboksilna skupina oksaloacetata; c) Podjednako podijeljen izmeu dvije karboksilne skupine oksaloacetata.

22

11

7. U reakciji koju katalizira sukcinil-CoA sintaza:

a) Fosfohistidilni ostatak se koristi za cijepanje CoA sa sukcinata; b) Sukcinilfosfat prenosi fosfat na histidilni ostatak; c) GDP se fosforilira sukcinilfosfatom. 8. Od svih enzima citratnog ciklusa koji enzim u mitohondriju nije u otopini matriksa? a) Citrat sintaza; b) Sukcinat dehidrogenaza; c) Malat dehidrogenaza.

23

9. Svrha anaplerotskih reakcija je: a) Da uklanjaju metabolite iz citratnog ciklusa kako bi se ti metaboliti koristili za biosintetske reakcije; b) Da sintetiziraju piruvat kako bi zapoeo ciklus kada se ne odvija razgradnja glukoze; c) Da se nadomjeste metaboliti citratnog ciklusa ukoliko citratni ciklus ostaje bez metabolita koji se koriste za potrebe biosintetskih reakcija. 10. Iako nije prisutan u sisavaca, mnoge biljke i ivotinje mogu koristiti modificirani oblik citratnog ciklusa koji je poznat kao glioksalatni ciklus. To je korisno zbog toga to: a) Glikosalatni ciklus omoguava organizmima koji imaju ovaj ciklus, da rastu na acetatu. b) Ovim ciklusom nastaje glioksalat, koji je esencijalna molekula u biosintetskim putovima organizama koji imaju glioksalatni ciklus; c) Glioksalatnim ciklusom se ne otputa CO2 koji je toksian za organizme koji aktivno koriste gliksalatni ciklus.
24

12

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Zadatak 1.

Koja je sudbina radioaktivnog ugljika a) na poloaju C-1 piruvata b) na poloaju C-2 piruvata c) na poloaju C-3 piruvata nakon jednog okreta ciklusa limunske kiseline?

O
Oznaimo C-atome u piruvatu

O C C O CH 3
25

Osnove biokemije
O
C

Ciklus limunske kiseline

OC

Oznaka na C-1 izlazi odmah kao CO2 u reakciji kompleksa piruvatdehidrogenaze

NADH + H + NAD +

O
CoA-SH

piruvat

CH 3
kom pleks piruvat-dehidrogenaze

CO 2

H 2O

O H3C
H 2O

CoA

acetil-CoA

COOC O CH 2 COOoksaloacetat m alat-dehidrogenaza

CoA-SH

COOCH 2 HO C COO-

Iako je citrat simetrina molekula, zbog prokiralnosti svog C-3 reagira asimetrino. Oznaeni atomi zavravaju na poloajima 1 i 2 cis-akonitata i izocitrata.
H 2O

citrat-sintaza

COOHO C H CH 2 COOH 2O

CH 2 COOcitrat
akonitaza

COOCH 2 C CH COO-

m alat
fum araza

COOCH HC CO Ofum arat

FADH 2
sukcinat-dehidrogenaza

COOcis-akonitat

akonitaza

H 2O

COOCH 2 H
CoA-SH
sukcinil-CoA-sintetaza kom pleks -ketoglutarat-dehidrogenaze izocitrat-dehidrogenaza

FAD

COOCH 2 CH 2 COOsukcinat
GTP G DP + P i CO 2

Sukcinat je simetrina molekula bez prokiralnog centra: centar simetrije nalazi se na C-C vezi a ne na atomu. Zato nije mogue razlikovati njegov C1 od C4, kao ni C2 od C3.

C C

COOH

HO

COOizocitrat

COOCH 2 CH 2 C O COO-

NAD +

COOCH 2 CH 2 C S O CoA

CO 2

CoA-SH

NADH + H +

NADH + H +

NAD +

-ketoglutarat

sukcinil-CoA

26

13

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Zadatak 2. Glukoza obiljeena s

14C

na C-1 dodana je u ekstrakt koji sadri

enzime i kofaktore glikolize i ciklusa limunske kiseline, te kompleks piruvat-dehidrogenaze. Gdje e se nalaziti radioaktivni atom ugljika u molekuli oksaloacetata: a) nakon jednog okreta ciklusa limunske kiseline b) nakon drugog okreta ciklusa limunske kiseline?

27

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Rjeenje zadatka 2.

a)
O C H C OH HO C H H C OH H C OH CH2OH glukoza H O C O

COO CH2

C O CH3 piruvat

C O COO oksaloacetat
-

28

14

Osnove biokemije
oksaloacetat nakon drugog okreta

Ciklus limunske kiseline

* COOO * * CH2 -OOC *

voda + acetil-CoA

COOO

-OOC

* * CH2

oksaloacetat nakon prvog okreta CoA-SH

Rjeenje

malat-dehidrogenaza

citrat-sintaza fumaraza

-OOC -OOC

* * COOfumarat
sukcinatdehidrogenaza

* *

HO

* COO* CH2
COOcitrat

CH2

akonitaza

voda -OOC -OOC

b) Pokazati emo da su nakon drugog okreta ciklusa limunske kiseline sva 4 atoma ugljika oksaloacetat radioaktivno obiljeena i zato.

FAD

FADH 2

* COOH2C * * CH2 -OOC *

sukcinat GDP + Pi -OOC CH2 H2C * CoA S NADH CoA-SH -OOC CH2 H2C * * O -OOC a-ketoglutarat CO2 NADH NAD+ CoA-SH GTP
sukcinil - CoA sintetaza

* * CH

CH2

COOcis-akonitat voda

akonitaza

-OOC -OOC

* * HC

CH2 OH

COOizocitrat
izocitratdehidrogenaza

sukcinil-CoA CO2 NAD+

kompleks a-ketoglutaratdehidrogenaze

29

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Zadatak 3.

Oksidacija acetil-CoA u dvije molekule CO2 ukljuuje i prijenos etiri elektronska para na redoks koenzime. U kojim se reakcijama ciklusa dogaaju ovi prijenosi? Koji koenzimi sudjeluju u pojedinoj reakciji?

30

15

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Rjeenje zadatka 3.

S-Co A

izocitrat dehidrogenaza, NAD+, -ketoglutarat dehidrogenaza, NAD+, sukcinat dehidrogenaza, FAD+, malat defidrogenaza, NAD+.
+CoA

31

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Zadatak 4.

Malonat kompetitivno inhibira jedan enzim TCA ciklusa. Ako se kvasac uzgaja u aerobnim uvjetima i inkubira u malonatu, dolazi do akumulacije sukcinata. Koji enzim je inhibiran malonatom? a) sukcinat dekarboksilaza b) sukcinat dehidrogenaza c) sukcinil-CoA sintetaza d) sukcinil-CoA fosforilaza

32

16

Rjeenje zadatka 4.

Rjeenje: b)

33

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Zadatak 5.

S obzirom na saznanje iz prolog zadatka o inhibiciji ciklusa limunske kiseline malonatom, objasnite Krebsovo opaanje da ta inhibicija moe biti prevladana povienjem koncentracije oksaloacetata!

34

17

Osnove biokemije

Ciklus limunske kiseline

Rjeenje zadatka 5.

Pretpostavljajui da ima dovoljno acetil-CoA, poveanje koncentracije oksaloacetata dovest e do poveanja koncentracije svih intermedijera ciklusa limunske kiseline, ukljuujui i sukcinat. S obzirom da je malonat kompetitivni inhibitor, povienje koncentracije sukcinata rezultirat e prevladavanjem inhibicije.

35

Zadatak 6.

Koji se od sljedeih metabolita u konanici oksidira u ciklusu limunske kiseline: a) -ketoglutarat b) sukcinat c) citrat d) acetil-CoA

36

18

Rjeenje zadatka 6.

Samo se acetil-CoA u konanici oksidira. Svi ostali metaboliti se regeneriraju u jednom okretu ciklusa.

37

19