Memorial de Luciano Antonio Digiampietri

Agosto de 2011

SUMRIO
INTRODUO ..................................................................................................................................................3 I - IDENTIFICAO ........................................................................................................................................4 II - FORMAO ................................................................................................................................................4 III IDIOMAS ...................................................................................................................................................4 IV PRMIOS ...................................................................................................................................................5 V EXPERINCIAS DIDTICAS UNIVERSITRIAS ..............................................................................5 VI ATIVIDADES DE PESQUISA .................................................................................................................6 VII PRODUO CIENTFICA - PUBLICAES ....................................................................................8 VIII PARTICIPAO EM CONGRESSOS, SEMINRIOS E EVENTOS SIMILARES ....................13 IX - ATIVIDADES RELACIONADAS EXTENSO E SERVIOS COMUNIDADE .....................15 X SOFTWARES, PATENTES E OUTROS ................................................................................................16 XI ATIVIDADES ADMINISTRATIVAS ...................................................................................................16 XII SUPERVISES E ORIENTAES CONCLUDAS .........................................................................17 XII SUPERVISES E ORIENTAES EM ANDAMENTO ..................................................................18

INTRODUO
Este documento apresenta meu memorial circunstanciado, apresentando toda a minha trajetria acadmica, com destaque aos ltimos cinco anos. Cpias dos documentos citados foram depositadas em verso eletrnica num CD, juntamente com a cpia deste memorial. Em 1999 ingressei no curso Cincia da Computao na Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), durante a graduao fiz iniciao cientfica no Instituto de Biologia da UNICAMP trabalhando com bioinformtica de projetos genoma sob a orientao do professor Gonalo Amarante Guimares Pereira, tendo bolsa FAPESP por dois anos. Ingressei no Doutorado Direto em Cincia da Computao pela UNICAMP no ano de 2003, sob a orientao dos professores Joo Carlos Setubal e Claudia Bauzer Medeiros. De 2003 a 2004 desenvolvi minha pesquisa no Laboratrio de Bioinformtica (LBI) do Instituto de Computao da UNICAMP onde trabalhei com montagem e anotao de genomas e ajudei na orientao de alunos de Iniciao Cientfica. De 2005 a 2007 finalizei a pesquisa de meu doutorado no Laboratrio de Sistemas de Informao (LIS) da UNICAMP. Em 2005 concorri e ganhei uma das duas bolsas de doutorado da Microsoft Research (Microsoft Research Latin America Graduate Fellowship). O fato de ter ganho essa bolsa me possibilitou fazer dois estgios internacionais na Microsoft Research. Um dos estgios ocorreu de maio a julho de 2006 no grupo de banco de dados e o outro de maio a julho de 2007 no grupo de computao tcnica, ambos pertencentes Microsoft Research. Defendi meu doutorado no dia 3 de agosto de 2007. No dia 17 de agosto de 2007 comecei a trabalhar no projeto HARPIA (um convnio entre a Secretaria da Receita Federal e universidades brasileiras para o desenvolvimento de sistemas computacionais que facilitem a deteco de fraudes) exercendo a funo de pesquisador/ps-doutorando. Fui aprovado no concurso para professor doutor da EACH-USP realizado em dezembro de 2007 e minha contratao ocorreu no dia 18/04/2008. Desde minha contratao, alm das oito horas de aulas semestrais de disciplinas da graduao, me dediquei a outras atividades didticas como criao de nova disciplina optativa; criao e coordenao dos grupos de estudos sobre algoritmos e sobre jogos; sou treinador dos times da EACH que participaram (e participaro) das Maratonas de Programao da Sociedade Brasileira de Computao nos anos de 2010 e 2011. Tambm participo de atividades administrativas, com destaque para duas: desde 2010 sou membro da comisso coordenadora do curso (CoC) de Sistemas de Informao, sendo suplente da coordenadora do curso; participei do processo de proposta e implantao do Mestrado em Sistemas de Informao da EACH, no qual sou membro titular da comisso coordenadora do programa (CCP) desde sua criao no ano de 2010. Participo de projetos de pesquisa e fui contemplado com uma bolsa FAPESP na modalidade Jovem Pesquisador em Centros Emergentes (com vigncia de janeiro de 2010 at dezembro de 2013) e possuo Bolsa Produtividade em Pesquisa do CNPq nvel 2 (com vigncia de maro de 2011 a fevereiro de 2014). Participo ativamente da orientao de alunos de graduao e mestrado, sendo que nos ltimos 4 anos conclui a orientao de 10 trabalhos de concluso de curso e 6 iniciaes cientficas e atualmente sou orientador de 3 dissertaes de mestrado, 3 trabalhos de concluso de curso, 5 iniciaes cientficas. Alm disso, sou conselheiro da Empresa Jnior de Sistemas de Informao da EACH-USP (Si Jnior).

I - IDENTIFICAO Nome completo: Luciano Antonio Digiampietri Filiao: Edson Antonio Digiampietri e Vera Lucia Migliorini Digiampietri Data de nascimento: 31/03/1981, local de nascimento: Sorocaba - SP, nacionalidade: brasileiro Profisso: Professor Doutor em RDIDP no curso de Sistemas de Informao da Escola de Artes, Cincias e Humanidades da Universidade de So Paulo Endereo: Praa da Repblica, 177, So Paulo, SP. CEP 01045-001, telefones: (11) 94676875 e (11) 31205830, e-mail: digiampietri@usp.br Membro da Sociedade Brasileira de Computao. Bolsista Produtividade em Pesquisa do CNPq nvel 2 II - FORMAO 1. Graduao: Bacharel em Cincia da Computao pela Universidade Estadual de Campinas, 24 de janeiro de 2003 (Doc. II-1). 2. Ps-Graduao: Doutor em Cincia da Computao pela Universidade Estadual de Campinas, ttulo defendido dia 3 de agosto de 2007. (Doc. II-2) 3. Formao complementar: projeto de ps-doutoramento no HARPIA: Inteligncia Computacional Aplicada a Gesto do Risco Alfandegrio (convnio MF-SRF-ITA-Unicamp), de agosto de 2007 a maro de 2008. (Doc. II-3)

III IDIOMAS 1. Portugus: nativo 2. Ingls: conhecimento de trabalho / proficiente 3. Espanhol: conhecimento de trabalho

IV PRMIOS 1. Ganhador da bolsa Microsoft Research Latin America Graduate Fellowship no processo seletivo de 2005 (para recebimento de bolsa em 2006 e 2007). (Doc. IV-1) 2. Ganhador do Prmio da empresa Google: The top PhD student at UNICAMP 2008. (Doc. IV-2) 3. Terceiro Lugar no Concurso de Testes e Dissertaes de 2008 do XXVIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computao.

(Doc. IV-3) 4. Obteno de Meno Honrosa no Prmio Capes de Teses 2008. (Doc. IV-4)

V EXPERINCIAS DIDTICAS UNIVERSITRIAS 1. Programa de Estgio Docente (PED I) pela Universidade Estadual de Campinas, ministrando a disciplina Engenharia de Software (MC426) no primeiro semestre de 2004. Este estgio corresponde disciplina MO831 do Histrico Escolar do Doutorado (Doc. II-2) 2. Disciplinas ministradas na EACH-USP para o Bacharelado em Sistemas de Informao:
o o o o o o o o o o o o ACH2023 - Algoritmos e Estruturas de Dados I - 1 Semestre de 2008 (duas turmas). ACH2002 - Introduo a Cincia da Computao II - 2 Semestre de 2008. ACH2016 - Inteligncia Artificial - 2 Semestre de 2008. ACH2023 - Algoritmos e Estruturas de Dados I - 1 Semestre de 2009 (duas turmas). ACH2002 - Introduo a Cincia da Computao II - 2 Semestre de 2009 (duas turmas). ACH2023 - Algoritmos e Estruturas de Dados I - 1 Semestre de 2010. ACH0041 - Resoluo de Problemas I - 1 Semestre de 2010. ACH2002 - Introduo a Cincia da Computao II - 2 Semestre de 2010. ACH2107 - Desafios de Programao I - 2 Semestre de 2010. ACH2023 - Algoritmos e Estruturas de Dados I - 1 Semestre de 2011. ACH2108 - Desafios de Programao II - 1 Semestre de 2011. ACH2002 - Introduo a Cincia da Computao II - 2 Semestre de 2011 (duas turmas).

3. Disciplina ministrada na EACH-USP para o programa de ps-graduao em Sistemas de Informao:

o SIN5001 - Organizao de Sistemas de Informao - 1 Semestre de 2011 (esta disciplina foi ministrada por mim e outros dois professores, o contedo foi dividido de maneira uniforme). 5

4. Outras atividades didticas: o Formao e coordenao dos grupos de estudo em algoritmos (anos de 2009 e 2010) e jogos (no ano de 2010) da EACH. o Treinamento para os times da EACH competidores nas Maratonas de Programao de 2010 e 2011. o Criao da disciplina optativa Desafios de Programao II e desenvolvimento do material didtico da mesma.

VI ATIVIDADES DE PESQUISA Linhas de pesquisas atuais: gerenciamento de workflows cientficos; governo eletrnico; bioinformtica, composio automtica de tarefas; uso de jogos na educao e otimizao de bancos de dados; e processamento de imagens e vdeos digitais. Projetos de pesquisa (dos ltimos 5 anos): 1. Primeiro Estgio Internacional na Microsoft Research: gerenciamento de provenincia de experimentos cientficos executados na forma de workflows cientficos. Microsoft Database Group at Microsoft Research. De maio a julho de 2006. 2. Segundo Estgio Internacional na Microsoft Research: gerenciamento de experimentos em oceanografia atravs do projeto e execuo de workflows cientficos via Web. Microsoft Technical Computing at Microsoft Research. De maio a julho de 2007. 3. Projeto HARPIA (ps-doutorado): Inteligncia Computacional Aplicada a Gesto do Risco Alfandegrio (MF-SRF-ITA-Unicamp). Atuao no projeto: (i) otimizao do acesso ao banco de dados e data warehouse; e (ii) estabelecimento de regras para um sistema especialista que detectar informaes anmalas nas declaraes de importaes entregues a Receita Federal. De agosto de 2007 a maro de 2008 na condio de pesquisador e de maio de 2008 a dezembro de 2008 na condio de consultor cientfico.

4. Plataforma para o Ensino da Informtica: Este projeto visou ao desenvolvimento de um ambiente computacional a ser utilizado por professores e alunos para o aperfeioamento no aprendizado de disciplinas ligadas computao. O domnio desenvolvimento jogos foi escolhido pelos seguintes motivos: (i) por envolver os mais diversos assuntos da computao; (ii) por ser de interesse dos alunos e das empresas; (iii) por apresentar desafios cientficos; e (iv) pela sua grande visibilidade para alunos do ensino mdio. Perodo: de 2008 - 2010. 5. Estudo e desenvolvimento de tcnicas de processamento de imagens e vdeos digitais: O objetivo geral deste projeto desenvolver um conjunto de funes (ou biblioteca) para o processamento de imagens e vdeos. Esse conjunto de funes possuir funes bsicas para o processamento de imagens; funes para a recuperao de imagens por contedo; e tambm funes especficas para o processamento de imagens relacionadas a LIBRAS (Lngua Brasileira de Sinais) e para a anlise morfolgica de imagens relacionadas biomedicina. Perodo: 2009 - Atual. 6. Uma infraestrutura para otimizao de bancos de dados e controle de carga de trabalho: Atualmente, otimizadores de bancos de dados utilizam ndices e vises materializadas (VMs) para produzir planos de execuo de consultas. Enquanto ndices e VMs podem acelerar a execuo de consultas, existe um custo para armazen-los e gerenci-los. Este projeto pretende especificar e implementar uma infraestrutura capaz de recomendar um conjunto de ndices e VMs com o propsito de otimizar um banco de dados, dadas uma carga de trabalho e a restrio de espao disponvel em disco. Perodo: 2009 - Atual. 7. Estudo e Desenvolvimento de Ferramentas para a Anlise de Redes Sociais de Pesquisa: Diversas informaes relevantes para pesquisadores encontram-se disponveis na web. Porm, muitas vezes, as mesmas acabam sendo subutilizadas. Este projeto visa o estudo e implementao de um sistema para anlise de redes sociais de pesquisa. Currculos Lattes sero utilizados para a identificao de relaes de pesquisa entre autores. A partir

dessas relaes, o sistema ser capaz de formar redes sociais e disponibilizar um conjunto de mtricas sobre as mesmas. Perodo: 2010 - Atual. 8. Gerenciamento e Composio Automtica de Servios Web Semnticos: Este projeto visa explorar o conceito de Servios Web Semnticos de forma a permitir que sistemas de software, baseados em Planejamento em Inteligncia Artificial, possam compor servios bsicos para desempenharem tarefas mais complexas. Adicionalmente, este projeto ir combinar os recursos oferecidos pelos modelos ontolgicos para anotao de Servios Web Semnticos (WSMO, WSDL-S e OWL-S) com os padres de workflows (Workflow Patterns) a fim de possibilitar o desenvolvimento de uma infraestrutura robusta e extensvel para o gerenciamento e composio de Servios Web Semnticos. Perodo: 2010 - Atual. Este projeto financiado pela FAPESP - Projeto Jovem Pesquisador em Centros Emergente (Doc. VI-1) e est relacionado bolsa de Produtividade em Pesquisa do CNPq (Doc. VI-2).

VII PRODUO CIENTFICA - PUBLICAES Artigos publicados em peridicos 1. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal: A data model for comparative genomics. Revista Tecnologia da Informao. Dezembro de 2003, (Doc. VII-1). 2. A. L. T. O. Nascimento, S. Verjovski-Almeida, M. A. Van Sluys, C. B. Monteiro-Vitorello, L. E. A. Camargo, Luciano A. Digiampietri, R. A. Harstkeerl, P. L. Ho, M. V. Marques, M. C. Oliveira, J. C. Setubal, D. A. Haake and E. A. L. Martins. Genome features of Leptospira interrogans serovar Copenhageni. Brazilian Journal of Medical and Biological Research. 37(4):459-477, (Doc. VII-2). 2004. ISSN 0100-879X. 3(2): 35-40, 2003. ISSN 1516-9197.

3. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal: A framework based in Web services orchestration for bioinformatics workflow management. Genetics and Molecular Research 4(3), 2005. ISSN 1676-5680. (Doc. VII-3). 4. L. M. Moreira, R. F. de Souza, Luciano A. Digiampietri, A. C. R. da Silva, J. C. Setubal: Comparative analyses of Xanthomonas and Xylella complete genomes. OMICS - A Journal of Integrative Biology (2005) Spring, 9(1):4376. (Doc. VII-4). 5. C. B. Medeiros and J. Perez-Alcazar and L. Digiampietri and G. Pastorello and A. Santanche and R. Torres and E. Madeira and E. Bacarin: WOODSS and the Web: Annotating and Reusing Scientific Workflow. SIGMOD Record 34(3):18-23, 2005. ISSN: 0163-5808. (Doc. VII-5). 6. M.F. Carazzolle, E.F. Formighieri, Luciano A. Digiampietri, M.R.R. Araujo, G.G.L. Costa, and G.A.G. Pereira. Gene projects: a web application for ongoing annotation in est and shotgun genome projects. Genetics and Molecular Biology, vol.30, 2007. (Doc. VII-6). 7. Luciano A. Digiampietri, Jos J. Prez-Alczar and Claudia B. Medeiros: An ontology-based framework for bioinformatics workflows. International Journal of Bioinformatics Research and Applications (IJBRA), 3(3):258-285, 2007. (Doc. VII-7). 8. Roger S. Barga and Luciano A. Digiampietri. Automatic capture and efficient storage of e-science experiment provenance. Concurrency and Computation: Practice (Doc. VII-8). 9. Formighieri, E, Tiburcio, R, Armas, E, Medrano, F, Shimo, H, Carels, N, Goesneto, A, Cotomacci, C, Carazzolle, M, Sardinhapinto, N, Digiampietri, L. The mitochondrial genome of the phytopathogenic basidiomycete Moniliophthora perniciosa is 109kb in size and contains a stable integrated plasmid. Mycological Research, v. 112, p. 1136-1152, 2008. (Doc. VII-9). 10. Souza, K. S., Alcazar, J. J. P., Digiampietri, L.A., Zuiga Torres, J. C. . Um estudo comparativo de frameworks para desenvolvimento de aplicaes baseadas em Servios Web Semnticos. REIC. Revista Eletrnica de and Experience 1:10-21, 2008.

Iniciao (Doc. VII-10).

Cientfica

(Online),

v.

II,

p.

5,

2009.

11. Moreira, Leandro M, Almeida, Nalvo F, Potnis, Neha, Digiampietri, Luciano A, Adi, Said S, Bortolossi, Julio C, da Silva, Ana C, da Silva, Aline M, de Moraes, Fabricio E, de Oliveira, Julio C, de Souza, Robson F, Fancincani, Agda P, Ferraz, Andre L, Ferro, Maria I, Furlan, Luiz R, Gimenez, Daniele F, Jones, Jeffrey B, Kitajima, Elliot W, Laia, Marcelo L, Leite, Rui P, Nishiyama, Milton Y, Rodrigues Neto, Julio, Nociti, Leticia A, Norman, David J, Ostroski, Eric H, Pereira, Haroldo A, Staskawicz, Brian J, Tezza, Renata I, Ferro, Jesus A, Vinatzer, Boris A, Setubal, Joao C . Novel insights into the genomic basis of citrus canker based on the genome sequences of two strains of Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii. BMC Genomics, v. 11, p. 238, 2010. (Doc. VII-11). 12. Alves-Junior, A.C., Scarabelin, F.D., Digiampietri, Luciano A. . A framework for database optimization and workload control. Revista de Sistemas de Informao da FSMA, v. 5, p. 14-21, 2010. (Doc. VII-12).

Trabalhos completos publicados em anais de eventos cientficos: 13. G.G.L. Costa, Luciano Antonio Digiampietri, E.H. Ostroski and J.C. Setubal: Evaluation of graph based protein clustering methods. Fifth Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology (BIOMAT2005), Petropolis, (Doc. VII-101). 14. R. S. Barga and Luciano A. Digiampietri: Automatic Generation of Workflow Provenance. Provenance and Annotation of Data - International Provenance and Annotation Workshop, IPAW 2006, Chicago, Il, EUA, Maio de 2006. Publicado na srie Lecture Notes in Computer Science, Volume 4145, 2006, XI, ISBN: 3-540-46302-X. (Doc. VII-102). 15. Luciano A. Digiampietri, J. C. Setubal, C. B. Medeiros: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Anais do V Workshop de Teses e Dissertaes em Bancos de Dados, WTDBD 2006, RJ, Brazil. Dezembro de 2005.

10

Florianpolis, (Doc. VII-103).

SC,

Brasil,

Outubro,

2006,

pp.

2-9.

16. Luciano A. Digiampietri, J. J. Prez-Alczar and C. B. Medeiros: AI Planning in Web Services Composition: a review of current approaches and a new solution. VI ENIA Anais da XXVII Conferncia da Sociedade Brasileira de Computao (CSBC2007), Rio de Janeiro, Brasil, Julho, 2007, pp. 983-992. (Doc. VII-104). 17. Luciano A. Digiampietri, C. B. Medeiros, J. C. Setubal and R. S. Barga: Traceability Mechanisms for Bioinformatics Scientific Workflows. Anais do AAAI2007's Workshop on Semantic E-Science (SeS2007), Vancouver, Canada, (Doc. VII-105). 18. Digiampietri, Luciano A., Medeiros, C. M. B., Setubal, J. C. . Gerenciamento de workflows cientficos em bioinformtica. In: Concurso de Teses e Dissertaes - CTD SBC2008, 2008, Belm. (Doc. VII-106). 19. Digiampietri, L. A., Roman, N.T., Meira, L. A. A., Jambeiro Filho, J., Ferreira, C. D., Kondo, A. A., Constantino, E. R., Rezende, R., Brandao, B. C., Ribeiro, H. S., Carolino, P. K., Lanna, A., Wainer, J., Goldenstein, S. . Uses of Artificial Intelligence in the Brazilian Customs. Proceedings of the 9th Annual International Conference on Digital Government Research (dg.o 2008), 2008. v. 289. p. 181-187. (Doc. VII-107). 20. Roman, N.T., Ferreira, C. D., Meira, L. A. A., Rezende, R., Digiampietri, L. A., Jambeiro Filho, J., Kondo, A. A., Brandao, B. C., Constantino, E. R., Ribeiro, H. S., Wainer, J., Goldenstein, S. . Attribute-Value Specification in Customs Fraud Detection: A Human-Aided Approach. Proceedings of the 10th Annual International Conference on Digital Government Research (dg.o 2009), (Doc. VII-108). 21. Zuiga Torres, J. C., Alcazar, J. J. P., Digiampietri, L.A. . Implementation Issues for Automatic Composition of Web Services. In: 9th International Workshop on Web Semantics - WebS '10, 2010, Bilbao, Spain. Proceedings of the Twenty-First International Workshop on Database and Expert Systems
11

Julho,

2007,

pp.

26-33.

2009.

Applications - DEXA 2010. Los Vaqueros Circle: IEEE Computer Society, 2010. (Doc. VII-109). 22. Digiampietri, L.A., Kropiwiec, D.D., Silva, R. A. C. . O uso de jogos como fator motivacional em cursos de computao. In: XVIII Workshop sobre Educao em Computao (WEI), 2010, Belo Horizonte. Anais do XXX Congresso da Sociedade Brasileira de Computao (CSBC 2010), 2010. p. 768-777. (Doc. VII-110). p. 201-205.

Trabalhos completos aceitos para publicao em anais de eventos cientficos: 23. Alcazar, J. J. P., Escalante, M., Kureck, Eric, Digiampietri, Luciano A., Tuesta, E. F. . Avaliao de Redes de Inovao usando uma ferramenta baseada em redes sociais - caso Brasileiro de Nanotecnologia. In: XIV Congreso Latino-Iberoamericano de Gestin Tecnolgica (ALTEC 2011), 2011, Lima, Peru. Anais do XIV Congreso Latino-Iberoamericano de Gestin Tecnolgica, 2011. (Doc. VII-111). 24. Digiampietri, Luciano A., Perez-Alcazar, J., Freitas, R. S., Araujo, J. C., Ostroski, E. H., Santiago, C. R. N. . Uso de Planejamento em Inteligncia Artificial para o Desenvolvimento Automtico de Software. In: Autonomous Software Systems (AutoSoft 2011), 2011, So Paulo, SP - Brazil. Proceedings of Autosoft 2011, 2011. (Doc. VII-112). 25. Oliveira, P. R., Digiampietri, L.A., Honda, W. Y., Pereira, M. C. A Parallel PCA Neural Network Approach for Feature Extraction In: X Congresso Brasileiro de Inteligncia Computacional (CBIC 2011), 2011, Fortaleza, Brasil. 2011. (Doc. VII-113).

Resumos publicados em anais de eventos cientficos: 26. Luciano A. Digiampietri et al.: Fact and Task Oriented System for genome assembly and annotation. Anais do Simpsio Brasileiro de Bioinformtica, BSB 2005. Publicado na srie Lecture Notes in Bioinformatics, Julho 2005, vol. 2594, 238-241, 2005. ISBN: 3-540-28008-1. (Doc. VII-201).
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27. Digiampietri, L., Kropiwiec, D.D. . Desenvolvimento de Jogos para o Aperfeioamento na Aprendizagem de Disciplinas de Cincia da Computao. In: VII Simpsio Brasileiro de Jogos para Computadores e Entretenimento Digital, 2008, Belo Horizonte, MG, Brasil. Anais do VII Simpsio Brasileiro de Jogos para Computadores e Entretenimento Digital (SBGames), 2008. p. 49-52. (Doc. VII-201)

Outras publicaes Relatrio Tcnico: 28. Luciano A. Digiampietri, Jos J. Prez-Alczar, Claudia B. Medeiros and Joo C. Setubal: A framework based on semantic Web services and AI planning for the management of bioinformatics scientific workflows. Technical Report IC06-004, Institute of Computing, University of Campinas, February 2006. (Doc. VII-301)

Tese de Doutorado 29. Luciano A. Digiampietri, Claudia B. Medeiros, Joo C. Setubal. Gerenciamento de Workflows Cientficos em Bioinformtica. Instituto de Computao, Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), Campinas, SP, Agosto de 2007. (Doc. VII-401)

VIII PARTICIPAO EM CONGRESSOS, SEMINRIOS E EVENTOS SIMILARES Participao como conferencista ou palestrante 1. III Workshop Brasileiro de Bioinformtica. Apresentao do trabalho: A framework based in Web services orchestration for bioinformatics workflow management. Outubro de 2004. (Doc. VIII-1) 2. International Workshop on Genomic Databases. Apresentao do trabalho: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Novembro de 2005. (Doc. VIII-2)

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3. Workshop de Teses e Dissertaes de Bancos de Dados (WTDBD2006). Apresentao do trabalho: Bioinformatics scientific workflows: combining databases, AI and Web services. Outubro de 2006. (Doc. VIII-3) 4. II Workshop de Teses em Andamento do Instituto de Computao da Universidade Estadual de Campinas. Apresentao do trabalho: A framework based on semantic Web services and AI planning for the management of bioinformatics scientific workflows. Novembro de 2006. (Doc. VIII-4) 5. XXVIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computao (CSBC2008). Apresentao do Trabalho Gerenciamento de workflows cientficos em bioinformtica no Concurso de Teses e Dissertaes. (Doc. VIII-5) 6. Twenty-First International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA 2010). Apresentao do Trabalho: Implementation Issues for Automatic Composition of Web Services no 9th International Workshop on Web Semantics (Doc. VIII-6) 7. VII CONGED - Congresso de Tecnologias para Gesto de Dados e Metadados do Cone Sul 2010. Apresentao da Palestras: Workflows Cientficos em Bioinformtica. (Doc. VIII-7)

Participao como congressista 8. XXIII Congresso da Sociedade Brasileira Computao. Campinas SP. Agosto de 2003. (Doc. VIII-101) 9. V Simpsio Brasileiro de Geoinformtica. Campos do Jordo SP. Novembro de 2003. (Doc. VIII-102) 10. II Workshop Brasileiro de Bioinformtica. Maca RJ. Dezembro de 2003. (Doc. VIII-103) 11. Campinas Inova 2004. Campinas SP. Maro de 2004. (Doc. VIII-104) 12. Unicamp de Portas Abertas. Campinas SP. Setembro de 2004. (Doc. VIII-105) 13. VI Simpsio Brasileiro de Geoinformtica. Campos do Jordo SP. Novembro de 2004. (Doc. VIII-106)
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14. International Workshop on Genomic Databases. Rio de Janeiro RJ. Novembro de 2005. (Doc. VIII-107) 15. Unicamp de Portas Abertas 2005. Campinas SP. Setembro de 2005. (Doc. VIII-108) 16. VII Simpsio Brasileiro de Geoinformtica. Campos do Jordo SP. Novembro de 2005. (Doc. VIII-109) 17. XXIII Congresso da Sociedade Brasileira Computao. So Leopoldo, RS. Julho de 2005. (Doc. VIII-110) 18. XXI Simpsio Brasileiro de Banco de Dados. Florianpolis, SC. Outubro de 2006. (Doc. VIII-111) 19. II Workshop de Teses em Andamento do Instituto de Computao da Universidade Estadual de Campinas. Campinas SP. Novembro de 2006. (Doc. VIII-112) 20. VIII Simpsio Brasileiro de Geoinformtica. Campos do Jordo SP. Novembro de 2005. (Doc. VIII-113) 21. Simpsio Brasileiro de Bioinformtica 2007 (BSB2007) e International Workshop on Genomic Databases (IWGD 2007). Angra dos Reis - RJ. Agosto de 2007. (Doc. VIII-114)

IX - ATIVIDADES RELACIONADAS EXTENSO E SERVIOS COMUNIDADE 1. Assessor cientfico da FAPESP para projetos de Iniciao Cientfica no pas desde agosto de 2007. (Doc. IX-1) 2. Revisor de diversos congressos e workshops nacionais, tais como: Simpsio Brasileiro de Bioinformtica (BSB2005 e BSB2007), Concurso de Teses de Doutorado da SBC (CTD2007), Workshop e-Science, Workshop de Teses e Dissertao de Bancos de Dados (WTDBD2007). (Doc. IX-2) 3. Membro do Comit de Programa dos seguintes eventos: e-Science (edies 2009, 2010 e 2011); seo de psteres e workshop de Teses e Dissertaes do SBBD (edio 2008); seo de psteres do SBBD (edio 2009), WCGE (edies 2008 e 2009), SBCARS (edio 2011). (Doc. IX-2)

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4. Apresentao do seminrio: Gerenciamento de Workflows Cientficos: desafios e oportunidades na disciplina Srie de Seminrios do Instituto de Computao da Unicamp em agosto de 2007. (Doc. IX-3) 5. Conselheiro da Empresa Jnior de Sistemas de Informao da EACH-USP (SI Jnior) desde 2010.

X SOFTWARES, PATENTES E OUTROS 1. Patente de Software: Gene Projects (Sistema de Anotao Genmica). Autores: Marcelo Carazzolle, Marcos R.R. Arajo, Eduardo Formighieri, Luciano A. Digiampietri, Gonalo A.G. Pereira. Patente: PAT002-04 Unicamp. Protocolo no. 0057290, de 09/01/2004. (Doc. X-1) 2. Co-submisso de sequncia genmica no banco de dados genmicos Genbank do NCBI (Nacional Center for Biotechnology Information): genoma completo da mitocndria do organismo Moniliophthora perniciosa. Sequncia aceita e revisada em maio de 2006. (Doc. X-2)

XI ATIVIDADES ADMINISTRATIVAS 1. Membro da Comisso Assessora da Comisso de Pesquisa e Ps-Graduao da EACH para a discusso de questes referentes distribuio de espao fsico para a pesquisa na unidade de 10/2009 a 11/2009. 2. Participante do desenvolvimento do projeto de criao do Mestrado em Sistemas de Informao, sendo corresponsvel pela escrita, submisso e implantao do Mestrado em Sistemas de Informao na EACH-USP (projeto submetido em 2009 para a CAPES e programa de ps-graduao aprovado e iniciado em 2010). 3. Membro Titular da Comisso Coordenadora do Programa de Ps-graduao em Sistemas de Informao (CCP-PPGSI), EACH/USP de 06/2010 atual. 4. Membro Titular da Comisso Coordenadora do Curso (CoC) do Bacharelado em Sistemas de Informao da EACH-USP, de 05/2010 atual.

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5. Suplente do cargo de Coordenador de Curso do Bacharelado em Sistemas de Informao da EACH-USP, de 09/2010 atual.

XII SUPERVISES E ORIENTAES CONCLUDAS Trabalho de concluso de curso de graduao 1. Jos Rogrio de Arajo Jnior. Implementao de sistema de estabilizao de imagens. 2009. EACH-USP. 2. Danilo Martins de Arajo. Estudo e Desenvolvimento de Um Sistema para Sntese Automtica de Melodia. 2009. EACH-USP. 3. Felipe Massao Tanaka Masutani. Estudo de tcnicas avanadas de Inteligncia Artificial para o desenvolvimento de bots: estudo de caso em Go. 2009. EACH-USP. 4. Antonio Ricelly Batista Cunha. Estudo e proposta de metodologia para especificao de Ontologias. 2009. EACH-USP. 5. Alvaro Henrique Walder de Mello. Comparativo de desempenho do algoritmo RC4, desenvolvido em Visual C++ e em CUDA . 2010. EACH-USP. 6. Thays Pelegrin Dias. Estudo e Desenvolvimento de Sistema para Integrao Sinttica e Semntica de Dados e Metadados Cientficos. 2010. EACH-USP. 7. Marco Antonio Miras Ferreira. Estudo e Desenvolvimento de Sistema Execuo de Workflows Cientficos. 2010. EACH-USP. 8. Ana Carolina Valena. Uso de Minerao de Dados para Aperfeioar Sistemas de Recuperao de Imagens por Contedo. 2010. EACH-USP. 9. Ernando Eduardo da Silva. Estudo e Desenvolvimento de Ferramentas para a Anlise de Redes Sociais de Pesquisa. 2010. EACH-USP. 10. Antonio Ricelly Batista Cunha. Classificao de Textos da Web. 2011. EACH-USP.

Iniciao Cientfica 11. Fernando Dias Scarabelin. Uso de ndices e Vises Materializadas para a Otimizao de Bancos de Dados. 2009. EACH-USP, Bolsista CNPq.

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12. Antonio Carlos Alves Jnior. Seleo Automtica de ndices e Vises Materializadas para a Otimizao de Bancos de Dados. 2009. EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 13. Renato Alexey Cruz Silva. Desenvolvimento de Jogos para o Aperfeioamento na Aprendizagem de Disciplinas de Cincia da Computao. 2009. EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 14. Felipe Freire. Desenvolvimento de Sistema de Recomendao de Artigos Cientficos. 2010. EACH-USP, Bolsista CNPq. 15. Lucas Altieri Garcia. Desenvolvimento de Jogos Educativos para Web. 2010. EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 16. Jonatas Correia Araujo. Execuo Automtica de Servios Web Compostos. 2010. EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP.

XII SUPERVISES E ORIENTAES EM ANDAMENTO Dissertao de mestrado 1. ric Hainer Ostroski. Workflows Cientficos em Bioinformtica (ttulo provisrio). Incio: 2010. Mestrado em Sistemas de Informao - EACH-USP. 2. Daniel Marques Gomes de Morais. Sistema para Simulao de Trfego (ttulo provisrio). Incio: 2011. Mestrado em Sistemas de Informao - EACH-USP. 3. Christian Lacerda. Anlise de Redes Sociais (ttulo provisrio). Incio: 2010. Mestrado em Sistemas de Informao - EACH-USP.

Trabalho de concluso de curso de graduao 4. Fernando Dias Scarabelin. Desenvolvimento de sistema de estabilizao de vdeos. Incio: 2011. Trabalho de Concluso de Curso - EACH-USP. 5. Antonio Carlos Alves Junior. Uso de algoritmo gentico para otimizao de banco de dados. Incio: 2011. Trabalho de Concluso de Curso - EACH-USP. 6. Jonatas Correia Araujo. Construo e execuo de workflows cientficos a partir da composio de mtodos em Java. Incio: 2011. Trabalho de Concluso de Curso - EACH-USP.

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 Iniciao cientfica 7. Guilherme Araujo de Oliveira. Desenvolvimento de sistema de composio automtica de workflows. Incio: 2011 - EACH-USP, Bolsista CNPq. 8. Caio Rafael do Nascimento Santiago. Desenvolvimento de sistema de composio e execuo automticas de workflows. Incio: 2011 - EACHUSP, Bolsista FAPESP. 9. Beatriz Teodoro. Desenvolvimento de biblioteca de funes para o processamento de imagens e vdeos digitais. Incio: 2011 - EACH-USP, Bolsista do Ministrio da Educao. 10. Diogo Takaki Ferreira. Identificao e Organizao de Fontes de Dados Textuais na Web. Incio: 2011 - EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP. 11. Edjonathan Santos Guedes Silva. Processamento de Imagens para Extrao de Caractersticas Morfolgicas. Incio: 2011 - EACH-USP, Programa Ensinar com Pesquisa USP.

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