Artigo

As Mltiplas Contribuies para a Complexao Protena-Ligante: Consequncias em Drug Design

Guimares, C. R. W.
Rev. Virtual Quim., 2012, 4 (4), 348-364. Data de publicao na Web: 18 de julho de 2012 http://www.uff.br/rvq

The Many Contributions to Protein-Ligand Binding: Implications in Drug Design

Abstract: The protein-ligand binding event is exceedingly complex with several contributions playing important roles in determining the affinities of compounds against biological targets. The net binding free energy is a fine balance between contributions that oppose binding, such as individual ligand and protein penalty terms (interactions lost with the solvent, strain, and also entropy losses), and those that favor it like protein-ligand intermolecular interactions and the release of waters from binding sites. Here, some of the most important contributions to Protein-Ligand binding are analyzed. Deep knowledge of those contributions is of fundamental importance in Medicinal Chemistry since it can enhance drug design effectiveness, enabling the generation of compounds with improved potency and desirable properties. Keywords: Protein-ligand binding; enthalpic contributions; entropic contributions; intermolecular interactions.

Resumo
O processo de complexao protena-ligante extremamente complicado e no qual diversas contribuies desempenham papel crucial na afinidade entre molculas pequenas e seus alvos biolgicos. A energia livre de complexao resultado de um balano sensvel entre contribuies que se opem complexao, como termos de penalidade para o ligante e a protena (perda de interaes com o solvente, deformao intramolecular e perdas entrpicas), e as que a favorecem como interaes intermoleculares protena-ligante e a liberao de guas do stio ativo. Neste artigo, algumas das contribuies mais importantes para a complexao so dissecadas. O conhecimento profundo delas de fundamental importncia em Qumica Medicinal j que permite uma maior eficincia em ciclos de otimizao de compostos lderes, acarretando na gerao de anlogos com maior afinidade e propriedades desejveis. Palavras-chave: Complexao protena-ligante; contribuies entlpicas; contribuies entrpicas; interaes intermoleculares.
* Pfizer Global Research & Development, Worldwide Medicinal Chemistry Department, 620 Memorial Drive, Cambridge, MA, USA. cristiano.guimaraes@pfizer.com Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364| 348

Volume 4, Nmero 4 Revista Virtual de Qumica ISSN 1984-6835

Julho-Agosto 2012

As Mltiplas Contribuies para a Complexao Protena-Ligante: Consequncias em Drug Design

Cristiano R. W. Guimares
Pfizer Global Research & Development, Worldwide Medicinal Chemistry Department, 620 Memorial Drive, Cambridge, MA, USA.
* cristiano.guimaraes@pfizer.com

Recebido em 28 de junho de 2012. Aceito para publicao em 12 de julho de 2012

1. Introduo 2. O efeito hidrofbico ( ) , ,e )

3. Perdas entlpicas e entrpicas do ligante ( 4. Interaes intermoleculares ( )

4.1. Ligaes hidrognio e pontes salinas 4.2. Ligaes halognio 4.3. Interaes - 4.4. Interaes ction- 4.5. Interaes hidrofbicas 5. eIF4E e anlogos de m7GTP Um exemplo do papel de diferentes contribuies na complexao Protena-Ligante 6. Consideraes finais

1. Introduo
O processo de complexao protena-ligante (Figura 1) extremamente complicado no qual diversas contribuies desempenham papel determinante na afinidade entre molculas pequenas e seus alvos biolgicos. A energia livre de
Soluo

complexao (Gbind) resultado de um balano sensvel entre contribuies que se opem complexao e aquelas que a favorecem (Tabela 1). O conhecimento profundo destes efeitos de fundamental importncia na Qumica Medicinal j que permite ganhos em eficincia em ciclos de otimizao de compostos lderes.

Complexo

Gbind +

Figura 1. O processo de complexao protena-ligante e a energia livre associada (Gbind) 349 Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

Guimares, C. R. W. A Tabela 1 resume os efeitos em jogo durante a complexao e organiza os que esto a seu favor em correspondncia com os que a opem. Do ponto de vista exclusivo do solvente, h um ganho entrpico e entlpico quando as molculas de gua ao redor do ligante e no stio ativo da protena so liberadas para se difundirem em soluo e interagirem otimamente entre si. Estes ganhos so opostos por uma perda entlpica relacionada perda de interaes ligantesolvente e protena-solvente. O prximo par de efeitos corresponde a perdas entrpicas translacionais e rotacionais do ligante e protena ao se complexarem que so atenuadas em parte pela entropia residual vibracional ganha no complexo. Finalmente, o ganho entlpico proveniente das interaes intermoleculares protena-ligante, talvez o efeito mais importante para afinidade e especificidade, oposto pelas perdas entrpicas conformacionais, torcionais e vibracionais do ligante e protena, alm da perda entlpica relacionada a suas deformaes no complexo. Eq 1 organiza as contribuies entlpicas e entrpicas para o processo de complexao descritas na Tabela 1 em azul (a favor) e vermelho (opostas).

Tabela 1. Contribuies entlpicas e entrpicas que favorecem e opem a complexao protena-ligante. A favor Ganhos entrpico e entlpico do solvente devido ao efeito hidrofbico ( ) Entropia residual no complexo protena-ligante ( ) Opostas Perda das interaes ligante-solvente e protenasolvente ( ) Perdas entrpicas translacionais e rotacionais para ligante e protena ( ) Perda entlpica relacionada deformao do ligante e da protena no complexo ( ) Perdas entrpicas conformacionais, torcionais e vibracionais para ligante e protena ( )

Interaes intermolculas entre ligante e protena ( )

(1)

A inteno das prximas subsees no analisar todas as contribuies descritas acima, mas sim aquelas sobre as quais o Qumico Medicinal possui maior controle e compreenso. Por exemplo, contribuies relacionadas exclusivamente protena, sejam elas entlpicas ou entrpicas, so difceis de prever e estimar atravs de mtodos computacionais j que envolvem muitos tomos (incerteza entlpica) e graus de liberdade (incerteza entrpica).

2. O efeito hidrofbico (

Molculas de gua desempenham um papel crucial no processo de complexao protena-ligante. Algumas so liberadas do stio ativo de protenas para a cavidade existente em soluo, previamente Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

ocupada pelo ligante, quando do processo de complexao (Figura 2). Do ponto de vista exclusivo das interaes entre molculas de gua, fica claro que stios de hidratao em cavidades dentro de protenas (em azul na Figura 2) esto fadados a ligaes hidrognio subtimas e a um menor nmero de maneiras de se organizarem em relao a molculas de gua em soluo. Desta forma, a liberao de guas de stios ativos de protena, particularmente das regies mais hidrofbicas, resulta em grandes ganhos entlpicos e entrpicos ( ) para . Este efeito mais comumente conhecido como efeito hidrofbico. tambm favorvel quando molculas de guas que se encontram em regies polares de protenas so liberadas para soluo; nenhum ambiente mais propcio para molculas de gua interagirem entre si do que a soluo. Porm, tal ganho oposto por uma grande contribuio 350

Guimares, C. R. W. entlpica desfavorvel proveniente da perda de interaes protena-solvente ( ). Embora stios de hidratao em protenas sejam identificados por cristalografia de raio-X, o experimento no fornece nenhuma informao em relao a suas propriedades termodinmicas. A habilidade de prever computacionalmente as propriedades estruturais e termodinmicas de molculas de gua em stios ativos de protenas tem sido objeto de pesquisa de vrios grupos.1-9 Os primeiros estudos foram baseados em simulaes que computam a energia-livre de complexao de molculas de gua em localizaes especficas do stio ativo.1-5 O maior obstculo era o grande nmero de simulaes necessrias. Para resolver essa ineficincia, Michel e colaboradores desenvolveram um mtodo chamado JAWS.7 Dentre outros esforos mais recentes, vale destacar o mtodo WaterMap de Abel e colaboradores.8 Nele, os stios de hidratao so obtidos por simulaes de dinmica molecular de molculas de gua no stio ativo de protenas e uma tcnica de clustering. As propriedades estruturais e termodinmicas dos stios de hidratao, especificamente suas entalpias e entropias em relao a gua em soluo, so obtidas pelo clculo das interaes solvente-solvente e protena-solvente e emprego da teoria de solvatao inomognea, respectivamente. Desta forma, a energia livre de liberao estimada por WaterMap ( ) quando um ligante desloca as molculas de gua do stio ativo para a soluo inclui tanto quanto . WaterMap fornece mapas como o mostrado na Figura 3 para a enzima Fator Xa. As guas mais avermelhadas e de tamanho maior esto entre as mais desfavorveis; estes stios de hidratao so pelo menos +2.5 kcal/mol mais desfavorveis que gua em soluo. O inibidor na Figura 3 desloca quase todas essas guas ao se complexar e portanto possui o mais favorvel valor (ponto vermelho na Figura 4). Ele tambm o mais potente da srie congnere na Tabela 1.10,11 A extenso do clculo WaterMap aos demais inibidores mostra que os valores possuem tima correlao com os valores experimentais de inibio de atividade enzimtica do Fator Xa (Figura 4), sugerindo que o efeito hidrofbico nesse caso desempenha um papel importante na determinao da afinidade pela enzima.12 Esses mapas so muito teis no design de novos anlogos porque permitem a identificao das guas mais desfavorveis e com maior potencial de gerarem ganhos em afinidade quando deslocadas para a soluo.

Gw

Figura 2. Representao esquemtica da liberao de molculas de gua (em azul) do stio ativo de uma protena para a cavidade existente em soluo, previamente ocupada pelo ligante

Figura 3. Mapa das guas no stio ativo do Fator Xa gerado por WaterMap e superposio com o inibidor mais potente (Tabela 1)

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Guimares, C. R. W. Tabela 1. Atividade enzimtica de alguns inibidores do Fator Xa

R1 CONH2 CONHMe COMe NH2 NMe2 NHEt OMe OCF3 F Cl OH CF3 CONMe2 NMe2 CONMe2 CONMe2 NMe2 NMe2 NMe2 a Ref. 10, 11.

R2 H H H H H H H H H H H H 5-OMe 2-Me H H H H H

R3 H H H H H H H H H H H H H H 6-NH2 6-OH 6-Me 6-NH2 6-OH

Ki (nM)a 280 1200 1400 3300 160 530 1350 1800 3200 1700 5000 1600 140 320 14 1.8 1200 64 3

Figura 4. Correlao entre valores experimentais de inibio de atividade enzimtica do Fator Xa e a energia livre de liberao estimada por WaterMap ( ) Medicinal sobre a origem de ganhos em Gbind quando uma molcula rigidificada por meio de substituies ou ciclizaes que reduzam sua flexibilidade torcional. Muitos qumicos medicinais associam tais ganhos reduo da perda entrpica conformacional ( ). Isto pode ser atribudo a uma aproximao grosseira que tem contaminado a literatura por muito tempo.13 Ela assume que cada 352

3. Perdas entlpicas e entrpicas do ligante ( , ,e )

Esta seo trata de algumas das contribuies para a complexao relacionadas exclusivamente ao ligante. Ela tenta quebrar certos mitos em Qumica Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

Guimares, C. R. W. diedro tem 3 conformaes degeneradas, o que resulta num total de 3N conformaes, todas iguais em energia, para uma molcula com N diedros restritos dentro da protena. Isto gera uma penalidade entrpica de 0,65N kcal/mol. A origem deste valor pode ser demonstrada atravs de Eq 2 quando n = 3N, kBT = 0,592186 kcal/mol e Pi = 1/3 de acordo com a sequncia em Eq 3. Esta aproximao claramente no razovel porque, ao assumir que todas as conformaes tem a mesma energia, superestima a entropia conformacional de um ligante. Isto demonstrado pela Figura 5 que compara estimada pela aproximao 0,65N (vermelho) com a calculada de uma distribuio de Boltzmann (em azul) obtida por anlise conformacional usando um campo de fora e efeitos de solvente (OPLS_2005-GB/SA). As molculas selecionadas para gerar a Figura 5, inibidores de Cox-2 (4), CDK2 (18), Fator Xa (13), HIVRT (18), p38 (14), trombina (16), GSK3 (5), HIV-1 protease (6) e DHFR (6), so bem diversas conformacionalmente, com nmero de diedros que varia de 0 a 16.14 Por exemplo, o inibidor de HIV-1 protease (PDB ID: 3AID) com 14 diedros no Esquema 1 possui de 9,1 kcal/mol calculada pela aproximao 0,65N. A obtida da distribuio de Boltzmann de apenas 0,7 kcal/mol. Embora esta molcula seja aparentemente flexvel com quase 100 conformaes dentro de uma faixa de 5 kcal/mol, as probabilidades das duas conformaes mais estveis so de 73% e 14% devido a estabilizao proveniente de ligao hidrognio intramolecular.

(2) (3)

Figura 5. Estimativa para perda entrpica conformacional ( ) de 100 inibidores diversos conformacionalmente usando a aproximao 0,65N (N, diedros do ligante restritos dentro da protena) (barras vermelhas) e a distribuio de Boltzmann (barras azuis) de apenas 10 vezes na afinidade.14 Por outro lado, a rigidificao conformacional leva a ganhos entlpicos bem mais significativos em Gbind. , a perda entlpica relacionada deformao do ligante no complexo, foi obtido pela comparao da energia intramolecular da conformao do ligante adotada no complexo e a energia mdia intramolecular da distribuio de Boltzmann em soluo, dominada pela(s) conformao(es) mais estveis. Usando os mesmos 100 inibidores, a Figura 6 revela que tende a ficar mais desfavorvel conforme o nmero de diedros aumenta; a probabilidade do ligante adotar a mesma conformao em soluo e na Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

Usando a distribuio de Bolztmann para o clculo de , a Figura 6 mostra uma faixa de apenas 3,5 kcal/mol para os ligantes discutidos acima, que variam tremendamente em nmero de diedros e scaffold. Ela mostra ainda que a entropia conformacional no aumenta necessariamente com o nmero de diedros. Se isto ocorre para molculas mais diversas quimicamente, plausvel que a reduo da flexibilidade conformacional em uma srie congnere leve a ganhos bem mais modestos em Gbind. Na verdade, observamos que a contribuio entrpica proveniente de rigidificao conformacional em uma srie congnere gera tipicamente um ganho 353

Guimares, C. R. W. protena (ou pelo menos com energias semelhantes) diminui sensivelmente com o aumento da flexibilidade conformacional. Alm disto, ligantes com mais diedros so mais facilmente deformados pela protena a fim de maximizar as interaes intermoleculares, o que acarreta numa penalidade entlpica adicional em . importante ressaltar que embora o ganho entlpico proveniente de rigidificao conformacional supere o ganho entrpico, a faixa de 30 kcal/mol para parece exagerada. Isto pode ser entendido pelo uso de um campo de fora para o clculo de . A funo de energia aproximada de campos de fora so relativamente acuradas na comparao de energia entre mnimos mas tende a superestimar barreiras. Como as conformaes adotadas por ligantes no stio ativo no se encontram num mnimo na superfcie de energia potencial j que so deformadas pela protena, a perda entlpica estimada pode ser superestimada.

Esquema 1. Inibidor de HIV-1 Protease (PDB ID: 3AID)

Figura 6. Perdas entlpicas ( ) e entrpicas ( ) para ligantes durante o processo de complexao e impacto da rigidificao conformacional na reduo de tais perdas Recentemente, Gilson e colaboradores15 demonstraram que existe uma contribuio entrpica frequentemente negligenciada em Qumica Computacional e Medicinal mas que talvez seja a que fornea os maiores ganhos em Gbind quando o ligante rigidificado conformacionalmente. Esta contribuio associada ao estreitamento do perfil de energia potencial torcional quando o ligante transferido da soluo para a protena ( ). importante no confundir este efeito com a perda entrpica conformacional ( ). A ltima refere-se a reduo do nmero de conformaes acessveis ao ligante quando da complexao. No caso de , os diedros de um ligante perdem amplitude de rotao dentro do ambiente restrito protico em comparao soluo e, portanto, trata-se de uma perda entrpica Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

vibracional. A Figura 7 usa o inibidor de HIV-1 protease Amprevanir para ilustrar esse ponto. Assumindo que Amprevanir exista em apenas uma conformao dentro da enzima, Gilson e colaboradores estimaram uma perda entrpica conformacional de apenas 1,8 kcal/mol. Apesar de a anlise conformacional ter gerado 960 conformaes dentro de uma faixa de energia de 10 kcal/mol, a distribuio de Boltzmann mostra que a conformao mais estvel em soluo tem uma probabilidade de 23%, as 6 conformaes mais estveis tem uma probabilidade combinada de 51% e as 45 mais estveis 91%, gerando uma pequena perda conformacional quando estes valores so usados em Eq 2. Entretanto, usando o mtodo Mining Minima Gilson e colaboradores estimaram uma perda 354

Guimares, C. R. W. entrpica vibracional de 7 kcal/mol proveniente da restrio do movimento torcional ( ) dos diedros de Amprevanir. A Figura 7 ilustra hipoteticamente a restrio torcional para o diedro conectado ao grupo fenila (seta vermelha). Neste exemplo, as conformaes adotadas em soluo e na protena so idnticas (mesmo mnimo nos perfis de energia torcional). A diferena encontra-se na amplitude do movimento torcional, menor na protena. Esta seo ilustrou portanto que ganhos em Gbind quando ligantes so rigidificados conformacionalmente tem sua origem basicamente na reduo da (i) penalidade entlpica ao diminuir o gap energtico entre a conformao mais estvel em soluo e a conformao bioativa e (ii) entrpica por meio da restrio do movimento torcional em soluo. Como mostrado acima, a reduo da penalidade entrpica conformacional desempenha papel secundrio.

Figura 7. O inibidor de HIV-1 protease Amprevanir usado como exemplo. Sua perda entrpica vibracional ao ser inserido no meio protico proveniente da reduo da amplitude torcional para diedros ( = 7 kcal/mol) mais relevante que a perda entrpica conformacional ( = 1,8 kcal/mol)

4. Interaes intermoleculares (

O ganho entlpico proveniente das interaes intermoleculares talvez seja o efeito mais importante para afinidade e especificidade entre ligante e protena. Interaes intermoleculares so classificadas em muitos tipos, e.g., ligaes hidrognio, pontes salinas, ligaes halognio, interaes -, interaes ction- e interaes hidrofbicas. Estas interaes so na verdade resultado de uma combinao de 3 contribuies fundamentais, eletrosttica, polarizao e van der Waals, com pesos diferentes para as mesmas em cada uma das interaes acima A contribuio eletrosttica caracteriza-se pela interao entre distribuies de carga permanente de 355

molculas, que dependem da geometria, nvel de simetria, estado de protonao e composio atmica. Estas distribuies do origem a momentos multipolos de diferentes ordens. A Figura 8 ilustra as interaes monopolo-monopolo, monopolo-dipolo e dipolo-dipolo entre molculas hipotticas. As equaes abaixo so derivadas da lei de Coulomb. Ao generaliz-las, a energia de interao eletrosttica V entre duas molculas torna-se inversamente proporcional a rn+m-1 onde n e m so as ordens dos seus primeiros momentos multipolos no nulos (monopolo = 1, dipolo = 2, etc.).16 O efeito de polarizao ocorre quando a distribuio de carga permanente de uma molcula modificada por um campo eltrico externo, gerado por molculas vizinhas (ons ou neutras com dipolos permanentes). Ao ser polarizada, a molcula passa a Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

Guimares, C. R. W. ter um momento dipolo induzido cuja magnitude depende da polarizabilidade de seus tomos e do campo eltrico.17 tomos maiores so mais polarizveis que tomos menores porque os eltrons no primeiro caso so menos atrados por seus ncleos. Alcanos esto entre as molculas mais polarizveis. A Figura 9 ilustra a polarizao de uma molcula de hexano por um on cloreto e uma molcula de acetona e a consequente interao monopolo-dipolo induzido e dipolo-dipolo induzido, respectivamente. O ltimo efeito, o de van der Waals, composto por um componente repulsivo e outro atrativo, como mostrado na Figura 10. O primeiro, chamado energia de troca ou repulso de Pauli, entra em ao quando dois eltrons com mesmo spin aproximam-se.18 O componente atrativo, chamado de energia de disperso, tem origem nas flutuaes transientes da densidade eletrnica devido a presena de uma segunda molcula e a consequente formao de dipolos instantneos que interagem entre si.19 Esta interao operante mesmo entre molculas no polares. O potencial de Lennard-Jones (Figura 10) descreve aproximadamente os componentes repulsivo e atrativo do efeito de van der Waals e frequentemente usado em simulaes de 20 biomolculas.

Figura 8. As equaes que calculam a energia eletrosttica das interaes entre dois monopolos, um monopolo e um dipolo, e entre dois dipolos

Figura 9. Polarizao de um molcula de hexano por distribuies de carga permanente, monopolo do on cloreto e dipolo da acetona, e a consequente interao monopolo-dipolo induzido e dipolo-dipolo induzido, respectivamente

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Figura 10. A representao aproximada dos componentes repulsivo (energia de troca ou repulso de Pauli) e atrativo (energia de disperso) da interao de van der Waals pelo potencial de Lennard-Jones

O conhecimento da fora relativa dos diversos tipos de interao que podem ser estabelecidos entre protena e ligante fundamental em ciclos de otimizao de compostos lderes. Ele leva ao design de anlogos que possuam modificaes estruturais com maior potencial de gerar ganhos em Gbind. Devido complexidade e tamanho do sistema protena-ligante, uma estratgia para obter maior compreenso sobre as diferentes interaes fazer uso de modelos simplificados que contenham subestruturas do ligante e de aminocidos em que clculos acurados de QM possam ser utilizados.

ligaes hidrognio de pequena barreira e curta esto entre as mais favorveis por causa das pequenas distncias prton...D e prton...A e, portanto, maior carter covalente entre eles. A ligao hidrognio de pequena barreira, por exemplo, desempenha papel importantssimo no aumento da eficincia cataltica de serina proteases atravs da estabilizao do estado de transio devido interao entre HisH+ e Asp-; ao ser protonado pelo resduo Ser durante a catlise, HisH+ passa a ter pKa semelhante a Asp-.22 A Figura 12 revela a energia de interao calculada em fase gs em alto nvel de teoria (LMP2/6311G**+//B3LYP/6-31G*)23 para complexos envolvendo grupos frequentemente usados em Qumica Medicinal. A energia de interao para os complexo neutros, onde a molcula de metanol atua como doadora de ligao hidrognio, varia de ca. 7 kcal/mol a 2 kcal/mol. A ligao hidrognio com o sistema do benzeno vale apenas 1,1 kcal/mol. Interaes envolvendo espcies carregadas so bem mais favorveis devido a contribuio eletrosttica de um monopolo interagindo com um dipolo ou dois monopolos de carga oposta interagindo entre si, como no caso da ponte salina entre o grupos guanidino e carboxilato (Figura 12). Porm, existem outros efeitos que atenuam estas interaes. Um deles a blindagem das ligaes hidrognio entre o ligante e a protena pelo solvente e resduos vizinhos no stio ativo. Outro a perda das interaes ligantesolvente e protena-solvente ( ) em soluo. Tais efeitos so particularmente pronunciados para espcies polares e carregadas. Em muitos casos, eles cancelam ou superam o ganho entlpico proveniente das ligaes hidrognio formadas entre a protena e ligante causando perda parcial ou total de afinidade. Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

4.1. Ligaes hidrognio e pontes salinas

Ligaes hidrognio e pontes salinas so de natureza eletrosttica com um forte componente de polarizao. Elas tendem a ser lineares para minimizar a repulso entre as cargas parciais negativas (-) dos tomos eletronegativos participantes e tornam-se cada vez mais lineares quanto mais negativas forem as cargas e menor a distncia entre doador (D) e aceptor (A) (Figura 11). Por isso, pontes salinas ArgH+...Asp- e ArgH+...Glu- so extremamente direcionais. Existem basicamente 3 tipos de ligao hidrognio em relao posio do prton entre A e D (Figura 11). Na normal, energeticamente mais favorvel para o prton ficar mais prximo a D. Na de pequena barreira, o prton no tem preferncia entre D e A e os dois mnimos de energia so separados por uma pequena barreira. Este o caso para o composto ilustrado na Figura 11. Na curta, o prton prefere localizar-se em uma posio quase que equidistante entre D e A, como no caso da ligao hidrognio entre o on fluoreto e o cido fluordrico (Figura 11).21 As 357

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Figura 11. Perfil de energia potencial para 3 tipos de ligaes hidrognio, normal, de pequena barreira e curta

Figura 12. Energias de interao calculadas em fase gs em alto nvel de teoria (LMP2/6-311G**+//B3LYP/631G*) para complexos envolvendo grupos frequentemente usados em Qumica Medicinal

4.2. Ligaes halognio

A ligao halognio ocorre entre um tomo de halognio e uma base de Lewis. So interaes Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

direcionais que do origem a geometrias bem definidas, como mostrado na Figura 13. Aufinger e colaboradores demonstraram que estas interaes existem em sistemas biolgicos atravs da anlise de estruturas cristalogrficas.24 Embora a grande maioria 358

Guimares, C. R. W. destas interaes ocorra entre oxignio e um halognio, contatos com nitrognio e enxofre tambm foram observados. As ligaes halognio so dominadas por efeitos eletrostticos, mas polarizao e disperso tambm so importantes. Conforme o halognio aumenta de tamanho e, portanto, torna-se mais polarizvel, menor a influncia que seu ncleo exerce nos eltrons. Desta forma, regies de potencial eletrosttico positivo aparecem no topo do halognio, mais precisamente no lado oposto ligao covalente com o tomo de carbono (Figura 13).25 Estas interagem favoravelmente com a base de Lewis, mais comumente oxignio. Entre os halognios, somente interaes com Cl, Br e I foram observadas em complexos protena-ligante; o tomo de flor muito eletronegativo e pouco polarizvel. No caso do oxignio, as interaes existem com carbonilas de backbone e hidroxilas e carboxilatos de cadeias laterais. As distncia interatmicas entre O e X na Figura 13 nos complexos protena-ligante so menores que a soma dos raios de van der Waals.24 A Figura 14 revela a energia de interao calculada em fase gs em alto nvel de teoria (LMP2/CC-PVTZ)23 para complexos entre acetona e fenilas substitudas pelos halognios F, Cl e Br. A ligao hidrognio com CH do benzeno includa para comparao. A interao com flor repulsiva como pode ser visto pelo valor de energia de interao e a distncia entre O e F, maior que a soma dos raios de van der Waals, entre parntesis na Figura 14. No caso de Cl e Br, as interaes so atrativas mas nenhuma delas mais favorvel que a ligao hidrognio com CH do benzeno. Por outro lado, h que se considerar que Cl e Br so mais hidrofbicos e, portanto, podem ter sua desolvatao facilitada resultando num ganho em Gbind em relao a hidrognio quando ambos os efeitos so considerados.

Figura 13. Geometria para ligao halognio. A distncia entre O e X (X = Cl, Br, I) menor que some dos raios de van der Waals

Figura 14. Energias de interao calculadas em fase gs em alto nvel de teoria (LMP2/CC-PVTZ) para complexos entre acetona e benzeno e acetona e fenilas substitudas pelos halognios F, Cl e Br. Os valores em parntesis correspondem soma dos raios de van der Waals

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Guimares, C. R. W. 4.3. Interaes - A interao - refere-se a interao no covalente entre anis aromticos. Estas interaes so importantes em DNA stacking, enovelamento de protenas e reconhecimento molecular. O sistema prototpico para o estudo de interaes - o dmero do benzeno. A Figura 15 mostra 3 orientaes para o dmero e as respectivas energias de interao calculadas em alto nvel de teoria (CBS CCSD(T)).26 Embora no possua um dipolo permanente, o benzeno tem um quadrupolo bem forte; os sistemas (parcialmente negativos) acima e abaixo do anel (parcialmente positivo) geram dois dipolos que se cancelam, dando origem ao quadrupolo. A contribuio eletrosttica favorvel em todas as orientaes, mas especialmente na interao em T devido melhor orientao entre os quadrupolos. Porm, a contribuio dominante em todas as orientaes a de disperso; o sistema altamente polarizvel.26 Apesar disto, a contribuio de polarizao menos significante j que quadrupolo, de menor alcance que dipolo, o primeiro multipolo no nulo no benzeno. O efeito de substituintes doadores e retiradores de eltrons na energia de interao das diferentes orientaes do dmero de benzeno pode ser encontrado na ref. 27. McGaughey e colaboradores28 conduziram uma anlise de estruturas cristalogrficas de protenas para determinar as orientaes preferidas para interaes entre as cadeias laterais aromticas de Phe, Tyr, His e Trp. Neste contexto, eles verificaram que a orientao mais prevalente em protenas a em paralelo deslocado. Clculos quanto-mecnicos adicionais revelaram que esta orientao de -0,5 a 1 kcal/mol mais estvel que a interao em T. Em Qumica Medicinal, como a sntese de molculas contendo anis aromticos mais trivial do que molculas com mais centros sp3, interaes - so frequentemente observadas em complexos protenaligante no Protein Data Bank.29-31

Figura 15. O dmero do benzeno em 3 orientaes diferentes e as respectivas energias de interao em fase gs calculadas em alto nvel de teoria (CBS CCSD(T))

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Guimares, C. R. W. 4.4. Interaes ction- A interao ction- uma interao no covalente entre a face de um sistema rico em eltrons e um ction adjacente, e.g., Li+, Na+.32 A contribuio eletrosttica proveniente de um monopolo (ction) interagindo com um quadrupolo (anel aromtico) domina a interao, mas bvio que a contribuio de polarizao significativa tambm por tratar-se de uma carga positiva prxima de um sistema altamente polarizvel como o sistema . Clculos quanto-mecnicos para sistemas mais simples33 revelam que ons menores e mais carregados positivamente possuem interaes mais favorveis (Figura 16). Interaes ction- so da mesma ordem de magnitude de ligaes hidrognio fortes e desempenham papel importante no reconhecimento molecular.32 Cadeias laterais de aminocidos aromticos so capazes de ligarem-se a espcies catinicas como ons metlicos e cadeias laterais carregadas positivamente como Arg e Lys. No caso da complexao protena-ligante, preciso ter cuidado com a grande penalidade de desolvatao se o ligante for a espcie catinica da interao j que aminocidos como Trp, Tyr e Phe encontram-se geralmente no seio de protenas. Potencial para sucesso maior se o ligante, com um sistema rico em eltrons, agir como aceptor da interao ction de resduos como Arg e Lys (ou His protonada), e que os mesmos no estejam na superfcie da protena onde a solvatao mais pronunciada. A energia de interao para o complexo entre guanidido e benzeno na orientao T calculada em fase gs usando alto nvel de teoria (LMP2/6-311G**+//B3LYP/6-31G*)23 de 10,4 kcal/mol. Essa orientao mais estvel em fase gs do que o complexo em sanduche.34

Figura 16. A interao do benzeno com diferentes ctions. A energia de interao com os ons metlicos foi obtida em fase gs com o mtodo CBS CCSD(T). No caso da interao com o guanidino, o nvel de teoria LMP2/6-311G**+//B3LYP/6-31G*) foi usado

4.5. Interaes hidrofbicas

A interao hidrofbica ocorre entre grupos no polares. Ela tambm chamada de interao de van der Waals j que essa contribuio domina a energia de interao; grupos no polares possuem dipoles insignificantes e, portanto, as contribuies eletrosttica e de polarizao so desprezveis. A Figura 17 ilustra os dmeros de metano e neopentano e suas energias de interao (LMP2/6-311G**+).23 Devido simetria, o primeiro multipolo no nulo de metano e neopentano o octupolo. Os dmeros

abaixo, portanto, isolam a contribuio de disperso das contribuies eletrosttica e de polarizao; a interao entre dois octupolos muito fraca e de curto alcance. Embora as interaes hidrofbicas sejam relativamente fracas comparadas s descritas acima, elas acabam tendo grande relevncia no processo de complexao j que os stios ativos de protenas e ligantes so compostos em sua maioria por grupos hidrofbicos. Por exemplo, a energia de interao do dmero de neopentano ca. -0,6 kcal/mol mais favorvel que a do dmero de metano devido presena de mais tomos de carbono na interao. Rev. Virtual Quim. |Vol 4| |No. 4| |348-364|

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Figura 17. Os dmeros de metano e neopentano e suas energias de interao em fase gs (LMP2/6-311G**+)

5. eIF4E e anlogos de m7GTP Um exemplo do papel de diferentes contribuies na complexao ProtenaLigante

A iniciao da traduo de mRNA requer a interao direta entre a estrutura terminal do mRNA (m7GTP-X, onde X o primeiro nucleotdeo transcrito) e o fator eucaritico de iniciao da traduo 4E (eIF4E). A desregulao da sntese proteica dependente de eIF4E frequentemente observada em vrios tipos de tumores.35 Estudos biofsicos da associao entre eIF4E e vrios anlogos da estrutura terminal do mRNA demonstraram que m7GTP liga-se protena ca. -5 kcal/mol mais favoravelmente que o anlogo no metilado, GTP (Figura 18).36 Este ganho foi originalmente atribudo inteiramente s interaes ction- entre a carga positiva gerada pela metilao do nitrognio da posio 7 da guanina e os anis aromticos de Trp56 e Trp 102. Esta interpretao motivou a realizao de clculos de perturbao de energia livre (FEP) da complexao entre eIF4E e 3 anlogos, m7GTP, GTP e um terceiro anlogo, m7DTP (7-deazaguanosina 5trifosfato).37 Este terceiro anlogo mais apropriado para verificar o papel da interao ction- na afinidade por eIF4E j que a nica diferena em

relao a m7GTP a troca de um tomo de nitrognio por carbono e a consequente perda da carga positiva no anel. Os clculos FEP revelaram que m7GTP complexa-se mais favoravelmente que m7DTP por apenas -2,3 kcal/mol. Desta forma, as interaes ction- com Trp56 e Trp102 fornecem um boost para afinidade bem mais modesto do que o originalmente atribudo para a diferena entre m7GTP e GTP. Alm disso, importante ressaltar que a diferena de -2,3 kcal/mol provavelmente inclui uma desolvatao mais favorvel para m7GTP, j que a mesma tem uma carga molecular de -2 e, portanto menor que m7DTP (-3 e); a solvatao de espcies inicas proporcional ao quadrado da carga molecular.38 Os clculos FEP entre m7GTP e GTP sugerem que a diferena entre eles na verdade resultado de 3 outras contribuies alem da interao ction-; a metila em m7GTP (i) interage favoravelmente com Trp166 atravs de interaes hidrofbicas, (ii) elimina a penalidade de desolvatao do nitrognio na posio 7 e, como dito anteriormente, (iii) reduz a carga molecular de -3 e para -2 e, o que facilita ainda mais a desolvatao de m7GTP. Este resultado motivou a sntese dos 2 inibidores de eIF4E mostrados na Figura 19. Dados experimentais de inibio de eIF4E mostram que o inibidor com a carga positiva no anel guanina 113 vezes (-2,8 kcal/mol) mais potente que o anlogo com o anel neutro, em acordo com a predio para a diferena entre m7GTP e m7DTP.

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Figura 18. Estruturas extradas das simulaes de energia livre ilustrando os complexos entre eIF4E e m7GTP, GTP e m7DTP

Figura 19. Inibidores de eIF4E. A introduo da carga positiva no anel guanina fornece um ganho de -2,8 kcal/mol (interaes ction- e desolvatao mais favorvel para o composto esquerda)

6. Consideraes finais
Este trabalho pretendeu detalhar as diversas contribuies para o processo de complexao protena-ligante, salientando principalmente as contribuies sobre as quais o Qumico Medicinal possui maior controle e compreenso, e.g., deformao intramolecular, perdas entrpicas e desolvatao do ligante, o efeito hidrofbico, e as interaes intermoleculares protena-ligante. O conhecimento profundo destas contribuies e a utilizao de mtodos computacionais que auxiliem nas suas quantificaes so essenciais em Qumica Medicinal. Eles permitem no s a interpretao retrospectiva de relaes estrutura-atividade, mas principalmente o design prospectivo de anlogos mais promissores em ciclos de otimizao de compostos lderes. Ganhos em eficincia neste processo so altamente desejveis j que o desenvolvimento de novos frmacos extremamente longo e caro. 363

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