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Captulo 1 A Lgica Molecular da Vida Os organismos vivos so compostos de molculas destitudas de vida. Quando estas molculas so isoladas e examinadas individualmente, elas obedecem a todas as leis fsicas e qumicas que descrevem o comportamento da matria inanimada. No obstante, os organismos vivos possuem atributos extraordinrios que no so exibidos por uma coleo de molculas escolhidas ao acaso. Neste captulo, consideraremos primeiro as propriedades dos organismos vivos que os distinguem de outras pores da matria. Depois de chegarmos a uma definio geral da vida, poderemos descrever um conjunto de princpios que caracterizam todos os organismos vivos. Estes princpios esto na base da estruturao dos organismos e das clulas que os constituem, e eles proporcionam a estrutura bsica para este livro. Eles ajudaro voc a ter em mente o grande quadro da vida, enquanto explora os exemplos ilustrativos apresentados no texto. A unidade qumica dos diferentes organismos vivos O que distingue os organismos vivos dos objetos inanimados? Primeiro seu grau de complexidade qumica e de organizao. Eles possuem estruturas celulares internas intrincadas (Fig. 1-1a) e contm muitas espcies de molculas complexas. Em contraste, a matria inanimada existente em nosso meio (terra, areia, rochas, gua do mar) usualmente consiste de misturas de compostos qumicos relativamente simples. Segundo, os organismos vivos extraem, transformam e usam a energia que encontram no meio ambiente (Fig. 1-1b), usualmente na forma de nutrientes qumicos ou da energia radiante da luz solar. Esta energia torna os organismos vivos capazes de construir e manter suas prprias estruturas intrincadas e de realizar trabalho mecnico, qumico, osmtico e de vrios outros tipos. Em contraste, a matria inanimada no usa a energia de forma sistemtica para manter a sua estrutura ou para realizar trabalho. A matria inanimada tende a se degenerar em um estado mais desordenado, alcanando um equilbrio com o seu meio ambiente. O terceiro e mais caracterstico atributo dos organismos vivos a capacidade para a autoreplicao e automontagem, propriedades que podem ser vistas como a quinta-essncia do estado vido (Fig. 1-1c). Uma nica clula bacteriana colocada num meio nutriente estril pode dar origem a um bilho de clulas filhas idnticas, no esparao de 24 horas. Cad uma das clulas contm milhares de molculas diferentes, algumas extremamente complexas; mesmo assim, cada bactria uma cpia fiel da original, construda inteiramente a partir da informo contida no interior do material genticoda clula original. Embora a capacidade de autoduplicar-se no tem nenhum anlogo verdadeiro no mundo da matria inanimada, existe uma analogia instrutiva no crescimento de cristais, que ocorre nas solues saturadas. A cristalizao produz acrscimo de material idntico, em estrutura de rede, ao do cristal original. Os cristais so muito menos complexos do que os mais simples organismos vivos, suas estruturas so estticas e no dinmicas como as das clulas vivas. No obstante, a capacidade dos cristais de reproduzirem sua prpria estrutura permitiu ao fsico Erwin Schrdinger propor, em seu famoso ensaio O que a vida?, que o material gentico das clulas deveria ter as propriedades de um cristal. Esse ensaio de Schrdinger de 1944 (anos antes do atual entendimento da estrutura do gene ter sido estabelecido), mas descreve de forma acurada muitas das propriedades do cido desoxirribonuclico, o material dos genes. Cada componente de um organismo vivo tem uma funo especfica. Isto verdade no somente para as estruturas macroscpicas, como folhas e caules ou coraes e pulmes, mas

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tambm para as estruturas intracelulares microscpicas, como os ncleos e os cloroplastos. At mesmo os compostos qumicos individuais, existentes nas clulas, tm funes especficas. O inter-relacionamento entre os componentes qumicos de um organismo vivo dinmico; alteraes em um componente provocam mudanas coordenadas ou compensatrias em outro, tendo como resultado que o conjunto exibe caractersticas que vo alm daquelas exibidas pelos constituintes individuais. A coleo de molculas executa um programa, o resultado final do qual a reproduo do programa e a autoperpetuao daquela coleo de molculas, em suma, vida. A bioqumica procura explicar a vida em termos qumicos Se os organismos vivos so compostos de molculas intrinsecamente inanimadas, como podem essas molculas exibirem a extraordinria combinao de caratersticas que chamamos de vida? Como pode ser que um organismo vivo parea ser mais do que a soma de suas partes inanimadas? Os filsofos, uma vez, responderam que os organismos vivos so dotados de uma fora vital divina e misteriosa, mas esta doutrina (vitalismo) tem sido firmemente rejeitada pela cincia moderna. O objetivo bsico da cincia bioqumica mostrar como as colees de molculas inanimadas, que constituem os organismos vivos, interagem entre si para manter e perpetuar a vida animada, exclusivamente pelas leis qumicas que governam o universo no vivo. Organismos vivos so enormemente diferentes (Fig. 1-2). Na aparncia e funo, pssaros e bestas, rvores, gramas e organismos microscpicos diferem grandemente. At o momento, pesquisas bioqumicas revelam que todos os organismos so notadamente semelhantes em nveis celular e qumico. A bioqumica descreve, em termos moleculares, as estruturas, os mecanismos e os processos qumicos compartilhados por todos os organismos, e fornece os princpios organizacionais que fundamentam a vida em todas suas diferentes formas, princpios que nos referiremos coletivamente como a lgica molecular da vida. Embora a bioqumica produza importantes vises do conhecimento e aplicaes prticas em medicina, agricultura, nutrio e indstria ela est, em ltima estncia, preocupada, e interessada na maravilha que a vida em si mesma. Embora a vida seja fundamentalmente unitria, importante reconhecer que pouqussimas generalizaes a respeito dos organismos vivos so absolutamente corretas para todos eles e sob quaisquer condies. A variao de habitat nos quais os organismos vivem, desde fontes termais quentes at tundra rtica, de intestinos de animais a dormitrios de residncias estudantis, acompanhada por uma variao igualmente ampla de adaptaes bioqumicas especficas. Essas adaptaes so integradas dentro do padro qumico fundamental compartilhado por todos os organismos. Embora as generalizaes no sejam perfeitas, elas permanecem teis. De fato, as excees geralmente iluminam as generalizaes cientficas. Todas as macromolculas so construdas a partir de poucos compostos simples A maioria dos constituintes moleculares dos sistemas vivos composta de tomos de carbono unidos covalentemente a outros tomos de carbono e a tomos de hidrognio, oxignio e nitrognio. As propriedades especiais de ligao do carbono permitem a formao de uma grande variedade de molculas. Os compostos orgnicos de peso molecular (tambm chamado de massa molecular relativa Mr)1 menor que aproximadamente 500, como aminocidos, nucleotdeos e monossacardeos, servem como subunidades monomricas de protenas, cidos nuclicos e polissacardeos, respectivamente. Uma nica molcula protica pode ter 1.000 ou mais aminocidos, e o cido desoxirribonuclico tem milhes de nucleotdeos.

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Cada clula da bactria Escherichia coli (E. coli) contm mais de 6.000 diferentes tipos de compostos orgnicos, incluindo perto de 3.000 protenas diferentes e um nmero similar de molculas de cidos nuclicos e centenas de tipos de carboidratos e lipdios. Em humanos pode haver dezenas de milhares de tipos diferentes de protenas, assim como muitos tipos de polissacardeos (cadeias de acares simples), uma grande variedade de lipdios e muitos outros compostos de peso molecular menor. 1 Os termos usados para indicar o tamanho de uma molcula so frequentemente confundidos. Ns usamos peso molecular ou Mr, massa molecular relativa, uma razo adimensional da massa de uma molcula para um doze-avos (1/12) da massa do 12C. O tamanho de uma molcula pode tambm ser corretamente dado em termos de massa molecular (m), que tem unidades de daltons (Da) ou unidades de massa atmica (uma). Uma molcula nunca deve ser descrita como tendo um peso molecular ou M r (uma propriedade adimensional) expresso em daltons ou unidades de massa atmica. Purificar e caracterizar exatamente todas essas molculas seria um trabalho insupervel se no fosse o fato de cada classe de macromolculas (protenas, cidos nuclicos, polissacardeos) ser composta de um pequeno conjunto de subunidades monomricas comuns. Estas subunidades monomricas podem ser unidas covalentemente em uma variedade virtualmente ilimitada de seqncias (Fig. 1-3), exatamente como as 26 letras do alfabeto ingls podem ser arranjadas em um nmero ilimitado de palavras, sentenas ou livros. Os cidos desoxirribonuclicos (DNA) so construdos de apenas quatro diferentes tipos de unidades monomricas simples, os desoxirribonucleotdeos, e os cidos ribonuclicos (RNA) so compostos por apenas quatro tipos de ribonucleotdeos. As protenas so compostas de 20 tipos diferentes de aminocidos. Os oito tipos de nucleotdeos com os quais todos os cidos nuclicos so construdos e os 20 tipos de aminocidos com os quais todas as protenas so construdas so idnticos em todos os organismos vivos. A maioria das subunidades monomricas com as quais todas as macromolculas so construdas exerce mais de uma funo nas clulas vivas. Os nucleotdeos servem no apenas como subunidades para os cidos nuclicos, mas tambm como molculas transportadoras de energia. Os aminocidos so subunidades das molculas proticas e tambm precursores de neurotransmissores, pigmentos e muitos outros tipos de biomolculas. Destas consideraes podemos destacar alguns dos princpios da lgica molecular da vida: 1. Todos os organismos vivos constroem molculas a partir dos mesmos tipos de subunidades monomricas. 2. A estrutura de uma macromolcula determina sua funo biolgica especfica. 3. Cada gnero e espcie so definidos por seu conjunto distinto de macromolculas. A produo de energia e seu consumo no metabolismo A energia um tema central em bioqumica: as clulas e os organismos dependem de um suprimento constante de energia para poderem se opor tendncia, inexorvel da natureza, de queda para nveis menores de estado energtico. O armazenamento e a expresso da informao consomem energia; sem esta as estruturas ricas em informao tornar-se-iam inexoravelmente desordenadas e sem significado. As reaes de sntese que ocorrem no interior das clulas, como os processos de sntese em uma fbrica, requerem o fornecimento de energia. A energia consumida no movimento de uma bactria ou em uma corrida olmpica, no acender das luzes de um vaga-lume ou na descarga de um peixe-eltrico. As clulas desenvolveram, durante a evoluo, mecanismos altamente eficientes para capturar a energia do Sol, ou extra-la de alimentos oxidveis, e transferi-la para os processos que dela necessitam.

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Os organismos nunca esto em equilbrio com o seu ambiente No curso da evoluo biolgica, um dos primeiros desenvolvimentos deve ter sido o aparecimento de uma membrana lipdica que envolveu as molculas hidrossolveis da clula primitiva, separando-as do meio ambiente e permitindo que elas se acumulassem em concentraes relativamente altas. As molculas e os ons contidos no interior dos organismos vivos diferem em tipo e em concentrao daqueles existentes no meio ambiente. Por exemplo, as clulas de um peixe de gua-doce contm certos ons inorgnicos em concentraes muito diferentes daquelas da gua em que vivem (Fig. 1-4). Protenas, cidos nuclicos, acares e lipdios esto presentes no peixe, mas essencialmente ausentes da gua, a qual, por sua vez, contm tomos de carbono, hidrognio e oxignio em molculas mais simples como o dixido de carbono e a gua. Quando o peixe morre, as substncias que o compem entram, finalmente, em equilbrio com aquelas do meio ambiente. A composio molecular reflete um estado estacionrio dinmico Embora a composio qumica de um organismo possa ser quase constante ao longo do tempo, a populao de molculas no interior de uma clula ou organismo est longe de ser esttica. As molculas so sintetizadas e depois desmontadas por reaes qumicas contnuas, envolvendo um fluxo constante de massa e energia atravs do sistema. As molculas de hemoglobina que, neste momento, esto carregando oxignio de seus pulmes para o seu crebro foram sintetizadas durante o ms passado; dentro de um ms elas sero degradadas e substitudas por novas molculas. A glicose que voc ingeriu em sua ltima refeio est agora circulando em sua corrente sangnea; antes do dia terminar estas molculas de glicose tero sido convertidas em alguma outra substncia, como dixido de carbono ou gordura, e substitudas por um suprimento novo de molculas de glicose. A quantidade de hemoglobina e glicose no sangue permanece quase constante porque a velocidade de sntese ou a ingesto de cada uma delas equilibra-se com a velocidade de quebra, consumo ou converso em algum outro produto (Fig. 1-5). A constncia da concentrao no , entretanto, reflexo da inrcia qumica desses compostos, mas o resultado de um estado estacionrio dinmico. Os organismos transformam energia e matria do meio ambiente As clulas vivas e os organismos precisam realizar trabalho para permanecerem vivos e para se reproduzirem. A sntese contnua de componentes celulares requer trabalho qumico; o acmulo e a reteno de sais e de vrios compostos orgnicos contra um gradiente de concentrao envolve um trabalho osmtico; a contrao de um msculo ou o movimento do flagelo de uma bactria representa trabalho mecnico. A bioqumica examina estes processos pelos quais a energia extrada, canalizada e consumida; assim essencial desenvolver e entender os princpios fundamentais da bioenergtica transformaes ou trocas de energia das quais todos organismos vivos dependem. Para reaes que ocorrem em soluo, podemos definir um sistema como todos os reagentes e produtos, o solvente e a atmosfera prxima, ou seja, tudo o que est dentro de uma regio definida do espao. Juntos, o sistema e seus arredores constituem o universo. Se o sistema no troca matria e nem energia com seus arredores, ele dito ser fechado. Se o sistema troca energia mas no matria com seu meio, ele dito sistema isolado; se troca ambos energia e matria com o meio, ele um sistema aberto.

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Um organismo vivo um sistema aberto, ele troca ambos matria e energia com seu meio. Organismos vivos usam duas estratgias para captar energia do seu meio: (1) eles obtm combustveis qumicos da vizinhana e extraem energia oxidando-os; ou (2) eles absorvem energia da luz solar. - Organismos vivos criam e mantm suas estruturas complexas e ordenadas usando energia extrada de combustveis ou luz solar A primeira lei da termodinmica foi desenvolvida a partir de conhecimentos fsicos e qumicos, mas totalmente vlida para os sistemas biolgicos; ela descreve o princpio da conservao de energia: - Em qualquer mudana fsica ou qumica a quantidade de energia total do universo permanece constante, embora a forma de energia possa mudar. As clulas so transdutores consumados de energia. Elas so capazes de, com grande eficincia, interconverter energia qumica, eletromagntica, mecnica e osmtica (Fig. 1-6). Os transdutores biolgicos de energia diferem da maioria das mquinas comuns que dependem de diferenas de presso e temperatura. Uma mquina a vapor, por exemplo, converte a energia qumica do combustvel em calor, aumentando a temperatura de uma poro de gua at seu ponto de ebulio para produzir vapor dgua em alta presso, o qual aciona um mecanismo qualquer. O motor de combusto interna, da mesma forma, depende de mudanas na temperatura e na presso. Em contraste, todas as partes de um organismo vivo precisam operar mesma temperatura e presso, e o fluxo de calor no uma fonte utilizvel de energia. - As clulas vivas so motores qumicos que funcionam temperatura constante. O fluxo de eltrons fornece energia para os organismos Praticamente todos os seres vivos tiram sua energia, direta ou indiretamente, da energia radiante da luz solar, a qual nasce de reaes de fuso termonuclear que formam o elemento hlio e que ocorrem no interior do Sol (Fig. 1-7). As clulas fotossintticas absorvem a energia radiante do Sol e a utilizam para retirar eltrons da molcula de gua e adicion-los molcula de dixido de carbono, formando produtos ricos em energia como o amido e a sacarose. Quando promovem estas reaes, a maioria dos organismos fotossintticos libera oxignio molecular na atmosfera (Fig. 1-8). Em ltima anlise, os organismos que no executam a fotossntese obtm energia para suas necessidades pela oxidao dos produtos ricos em energia elaborados pela fotossntese, passando eltrons para o oxignio atmosfrico e sintetizando gua, dixido de carbono e outros produtos finais, os quais so reciclados no meio ambiente. Virtualmente todos os transdutores de energia nas clulas podem ser relacionados ao fluxo de eltrons de uma molcula para outra na oxidao de combustveis, ou na captura de energia luminosa durante a fotossntese. Este fluxo de eltrons morro-abaixo, quer dizer, de um potencial eletroqumico maior para outro menor; como tal, ele formalmente anlogo ao fluxo de eltrons em um circuito eltrico acionado por uma bateria. Todas estas reaes que envolvem fluxos de eltrons so reaes de oxidaoreduo. Assim, emergem outros princpios caractersticos do estado vivo da matria: - As necessidades energticas de, virtualmente, todos os organismos so providas, direta ou indiretamente, pela energia solar.

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- O fluxo de eltrons nas reaes de oxidao-reduo a base da transduo e da conservao da energia nas clulas vivas. - Todos os organismos vivos so dependentes uns dos outros, atravs da troca de matria e energia via meio ambiente. Acoplamento de energia liga reaes em biologia O tema central em bioenergtica o modo pelo qual energia do metabolismo de combustveis ou da captura de luz acoplada a reaes que requerem energia. Considere o exemplo mecnico simples de acoplamento de energia mostrado na figura 1-9a. Um objeto no alto de um plano inclinado tem uma certa quantidade de energia potencial devido sua altura. Este objeto tende a deslizar para baixo espontaneamente, perdendo a sua energia potencial de posio na medida em que se aproxima do solo. Quando um instrumento apropriado, constitudo de correias e polias, ligado ao objeto, o movimento espontneo para baixo pode realizar uma certa quantidade de trabalho, uma quantidade nunca maior que a variao da energia potencial de posio. A quantidade de energia realmente disponvel para realizao de trabalho chamada de energia livre, G, ser sempre um pouco menor que a variao total em energia, porque uma parte da mesma dissipada, como calor de frico. Quanto maior a elevao do objeto em relao sua posio final, maior ser a variao da energia quando ele desliza para baixo, e maior a quantidade de trabalho que pode ser realizado. Reaes qumicas podem ser acopladas, assim que uma reao liberadora de energia dirige uma reao que requer energia. Reaes qumicas em sistemas fechados ocorrem espontaneamente at que o equilbrio seja alcanado. Quando um sistema est no equilbrio, a velocidade de formao do produto exatamente igual velocidade na qual o produto convertido para reagente. Portanto no existe nenhuma variao lquida nas concentraes de reagentes e produtos e um estado estacionrio alcanado. A variao de energia, que ocorre enquanto o sistema se move de seu estado inicial para o equilbrio, a presso e temperatura constantes, dada pela variao de energia livre, (G. A grandeza de (G depende da reao qumica particular e o quanto o sistema inicialmente est longe do equilbrio. Cada composto envolvido em uma reao qumica contm uma certa quantidade de energia potencial relacionada com o tipo e o nmero de suas ligaes. Nas reaes que ocorrem espontaneamente, os produtos tem menos energia livre que os reagentes, assim a reao libera energia livre, que est disponvel para realizar trabalho. Tais reaes so exergnicas, e o declnio na energia livre a partir dos reagentes para os produtos expresso como um valor negativo. Reaes endergnicas requerem uma quantidade de energia, e seus valores de (G so, portanto, positivos. Assim como nos processos mecnicos, somente parte da energia liberada nas reaes bioqumicas exergnicas pode ser usada para executar trabalho. Nos sistemas vivos, parte da energia dissipada como calor, ou perdida para aumentar a entropia, uma medida a desorganizao, que ser definida com mais rigor no captulo 14. Nos organismos vivos, como no exemplo mecnico na Figura 1-9a, uma reao exergnica pode ser acoplada a uma reao endergnica ou a um processo para conduzir reaes diferentes desfavorveis. Figura 1-9b ilustra este princpio para o caso da sntese de glicose 6-fosfato, uma reao que ocorre em clulas do msculo. A maneira mais simples de produzir glicose 6-fosfato seria pela reao 1, que endergnica (Pi uma abreviao para fosfato inorgnico, HPO 43-. No se preocupem com as estruturas destes compostos agora; elas sero descritas em detalhes mais tarde).

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Reao 1: glicose + Pi ( glicose 6-fosfato (endergnica, (G positivo) Nesta reao, o produto contm mais energia que os reagentes. Uma segunda reao, muito exergnica, pode ocorrer nas clulas vivas. Reao 2: ATP ( ADP + Pi (exergnica, (G negativo) Nesta reao os produtos contm menos energia que os reagentes a reao libera energia. As duas reaes qumicas compartilham um intermedirio comum, Pi, o qual consumido na reao 1 e produzido na reao 2. As duas reaes podem ser acopladas na forma de uma reao 3, que escrita como a soma das reaes 1 e 2, com o intermedirio comum Pi, omitido dos dois lados da equao: Reao 3: glicose + ATP ( glicose 6-fosfato + ADP Porque a energia liberada na reao 2 maior do que aquela consumida na reao 1, a reao 3 exergnica: alguma energia liberada ((G 3 na Fig. 1-9b). Clulas vivas ento sintetizam glicose 6fosfato catalisando uma reao direta entre glicose e ATP, de fato acoplando reao 1 reao 2. O acoplamento de reaes endergnicas com aquelas exergnicas absolutamente central para trocas de energia nos sistemas vivos. O mecanismo pelo qual acoplamento de energia ocorre nas reaes biolgicas via um intermedirio compartilhado. Veremos que na reao 2 na Figura 1-9b, a quebra de adenosina trifosfato (ATP) a reao exergnica, que dirige muitos processos endergnicos, nas clulas. De fato ATP (Fig. 1-10) o maior transportador de energia qumica em todas as clulas, acoplando processos endergnicos queles exergnicos. O grupo fosfato terminal do ATP, sombreado de rosa escuro na Figura 1-10, transferido para uma variedade de molculas receptoras, que so ativadas para favorecer transformaes qumicas. Adenosina difosfato (ADP) reciclado (fosforilado) para ATP, s custas de energia qumica (durante oxidao dos combustveis) ou da luz solar (na fotossntese celular). - Reaes celulares endergnicas so dirigidas pelo seu acoplamento a processos qumicos ou fotoqumicos exergnicos atravs de intermedirios qumicos compartilhados. As enzimas promovem reaes qumicas em cadeia O fato de uma reao ser exergnica no significa que ela necessariamente se processar de forma rpida. O caminho que vai do reagente ao produto quase que invariavelmente envolve uma barreira energtica, chamada barreira da ativao (Fig. 1-11), a qual precisa ser superada para que qualquer reao ocorra. A quebra e a sntese de ligaes geralmente requerem o tensionamento e a toro das ligaes existentes, criando um estado de transio de alto nvel de energia livre, tanto em relao ao reagente quanto ao produto. O ponto mais alto da coordenada da reao, no diagrama, representa o estado de transio. As barreiras de ativao so crucialmente importantes para a estabilidade das biomolculas existentes nos sistemas vivos. Quando isoladas dos demais componentes celulares, a maioria das biomolculas so estveis por dias, ou mesmo anos, no interior das clulas; entretanto, elas sofrem transformaes qumicas em milissegundos. Sem a barreira de ativao, as biomolculas no interior das clulas seriam rapidamente quebradas em forma simples e de pequeno contedo energtico. O tempo de existncia das molculas complexas seria muito curto, e a extraordinria continuidade e organizao da vida seriam impossveis. No interior das clulas todas as reaes qumicas ocorrem devido presena de enzimas catalisadores que so capazes de aumentar enormemente a velocidade de reaes qumicas especficas sem serem consumidos no processo. As enzimas como catalisadores agem diminuindo a barreira de ativao entre o reagente e o produto. A energia de ativao (G; Fig.1-11)

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requerida para superar essa barreira energtica pode, em princpio, ser suprida pelo aquecimento da mistura de reao, mas esta opo no possvel nas clulas vivas. Assim, durante a reao, as enzimas ligam-se s molculas dos reagentes no estado de transio, diminuindo, desta maneira, a energia de ativao e acelerando enormemente a velocidade da reao (Fig. 1-12). A relao entre a energia de ativao e a velocidade da reao exponencial; uma pequena diminuio no G resulta em um grande aumento na velocidade da reao. As reaes catalisadas por enzimas normalmente se processam a velocidades ao redor de 10 10 at 1014 vezes maior do que as reaes no catalisadas. As enzimas so protenas, com um nmero muito pequeno de excees, como molculas de RNA, que sero consideradas no captulo 26. Cada protena enzimtica especfica para a catlise de uma determinada reao e cada reao no interior da clula catalisada por uma enzima diferente. Cada clula requer, portanto, milhares de tipos diferentes de enzimas. A multiplicidade de enzimas, a sua alta especificidade para os reagentes e a sua suscetibilidade regulao do s clulas a capacidade de diminuir as barreiras de ativao seletivamente. Esta seletividade crucial na eficaz regulao dos processos celulares. As milhares de reaes qumicas enzimaticamente catalisadas nas clulas so funcionalmente organizadas em muitas seqncias diferentes de reaes consecutivas chamadas vias, nas quais o produto de uma reao torna-se o reagente para a prxima reao (Fig. 1-13). Algumas dessas seqncias de reaes enzimaticamente catalisadas, degradam nutrientes orgnicos em produtos finais simples, de forma a extrair energia qumica e convert-la em uma forma utilizvel pela clula. Juntos esses processos degradativos liberadores de energia livre so designados por catabolismo. Outras vias enzimaticamente catalisadas partem de molculas precursoras pequenas e as convertem, progressivamente, em molculas maiores e mais complexas, incluindo protenas e cidos nuclicos. Essas vias sintticas requerem invariavelmente a adio de energia, e quando consideradas em conjunto representam o anabolismo. Esse conjunto de vias imbricadas e enzimaticamente catalisadas constitui o que chamamos de metabolismo. O ATP o mais importante elo de conexo (intermedirio compartilhado) entre as redes de reaes catalisadas enzimaticamente catablicas e anablicas (Fig. 1-14). Essas redes de reaes catalisadas por enzimas so virtualmente idnticas em todos os organismos vivos. - O ATP transportador universal de energia metablica e une o catabolismo e o anabolismo. O metabolismo regulado para ser econmico e equilibrado As clulas vivas no s podem sintetizar simultaneamente milhares de tipos diferentes de molculas de carboidratos, lipdios, protenas e cidos nuclicos e suas subunidades mais simples, mas tambm podem faz-lo nas precisas propores requeridas pelas clulas. Por exemplo, quando ocorre uma rpida multiplicao celular, os precursores de protenas e cidos nuclicos precisam ser sintetizados em grandes quantidades, enquanto as necessidades por esses precursores para clulas, que no esto em processo de multiplicao, so muito reduzidas. As enzimas-chave em cada via metablica so reguladas de tal forma, que cada tipo de molcula precursora produzido em quantidade apropriada s necessidades correntes da clula. Considere a via mostrada na figura 1-15, a qual leva sntese da isoleucina (um dos aminocidos, as subunidades monomricas das protenas). Se a clula comea a produzir mais isoleucina do que o necessrio para a sntese protica, a isoleucina no utilizada acumula-se. Altas concentraes de isoleucina inibem a atividade cataltica da primeira enzima na via, diminuindo, imediatamente, a produo

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desse aminocido. Esta retroalimentao (feedback) negativa mantm em equilbrio a produo e a utilizao de cada intermedirio metablico. As clulas vivas tambm regulam a sntese dos seus catalisadores, as enzimas. Assim, uma clula pode desativar a sntese de uma enzima necessria para a produo de um determinado produto, enquanto este produto obtido j pronto do meio ambiente. Estas propriedades de autoajustar-se e auto-regular-se, permitem s clulas manterem-se em um estado de equilbrio dinmico, a despeito das flutuaes do ambiente externo. - As clulas vivas so mquinas qumicas auto-reguladas e ajustadas para uma economia mxima. Transferncia da informao biolgica A existncia permanente de espcies biolgicas requer que sua informao gentica seja mantida em uma forma estvel e, ao mesmo tempo, expressada com um nmero muito pequeno de erros. O armazenamento efetivo e a expresso acurada da mensagem gentica definem cada espcie individual, distinguem-nas umas das outras e asseguram a sua continuidade por geraes sucessivas. Entre as descobertas mais produtivas da biologia do sculo XX esto a natureza qumica e a estrutura tridimensional do material gentico, o DNA. A seqncia de desoxirribo nucleotdeos no polmero linear codifica as instrues para a formao de todos os outros componentes celulares e proporciona um molde para a reproduo de molculas idnticas de DNA a serem distribudas para as clulas filhas, ou prognie, quando a clula se multiplica. A continuidade gentica atribuio das molculas de DNA Talvez a mais notvel de todas as propriedades das clulas e organismos vivos seja sua habilidade de reproduzirem-se com fidelidade quase perfeita por incontveis geraes. Esta continuidade de caratersticas transmitidas hereditariamente implica a constncia, por milhares ou milhes de anos, da estrutura das molculas que contm a informao gentica. Pouqussimos registros histricos da civilizao, mesmo aqueles gravados em cobre ou rocha, tm sobrevivido por mais de um milho de anos. Mas existe uma boa evidncia de que as instrues genticas dos organismos vivos tm permanecido quase imutveis por perodos muito mais longos; muitas bactrias tm aproximadamente os mesmos tamanhos, formas, estruturas internas e contm os mesmos tipos de precursores moleculares e enzimas, como aquelas que viveram bilhes de anos atrs (Fig. 1-16). A informao hereditria preservada no DNA, um polmero orgnico longo e fino to frgil que sua molcula fragmentada sob a ao das foras que aparecem em uma soluo quando agitada ou pipetada. O esperma ou o vulo humano, carregando a informao hereditria acumulada por milhes de anos de evoluo, transmite essas instrues na forma de molculas de DNA, no qual a seqncia linear de nucleotdeos unidos covalentemente codifica a mensagem gentica. A estrutura do DNA permite o seu reparo e a sua replicao com fidelidade quase perfeita A capacidade das clulas vivas de preservar o seu material gentico para a gerao seguinte resulta da complementaridade estrutural entre as duas metades da molcula do DNA (Fig. 1-17). A unidade bsica do DNA um polmero linear de quatro subunidades monomricas diferentes, os desoxirribonucleotdeos (veja Fig. 1-3), arranjados em uma seqncia linear

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precisa. esta seqncia linear que codifica a informao gentica. Duas destas fitas polimricas so enroladas uma ao redor da outra para formar a dupla hlice do DNA, na qual cada subunidade monomrica em uma fita faz par com a subunidade complementar na fita oposta. Na replicao enzimtica ou no reparo do DNA, uma das duas fitas serve como molde para a montagem de outra fita de DNA e que estruturalmente complementar. Antes que uma clula sofra diviso, as duas fitas de DNA separam-se e cada uma serve como molde para a sntese de uma fita complementar, gerando duas molculas em dupla-hlice idnticas, uma para cada clula filha. Se uma fita danificada, a continuidade da informao assegurada pela informao presente na outra fita. - A informao gentica est codificada na seqncia linear de quatro tipos de subunidades do DNA. - A molcula em dupla-hlice do DNA contm um molde interno para sua prpria replicao e reparao. Mudanas nas instrues hereditrias permitem a evoluo A despeito da fidelidade prxima da perfeio com que a replicao gentica feita, erros pouco freqentes e irreparveis, no processo de replicao, produzem mudanas na seqncia de nucleotdeos do DNA, representando uma mutao gentica (Fig. 1-18). O mesmo efeito obtido por reparao imperfeita dos danos causados a uma das fitas do DNA. As mutaes podem alterar as instrues para a produo de componentes celulares. Muitas mutaes so deletrias, ou mesmo letais, para o organismo; podem, por exemplo, provocar a sntese de uma enzima defeituosa que no capaz de catalisar uma reao metablica essencial. Ocasionalmente a mutao provoca uma melhor condio de um organismo ou clula para sobreviver no meio em que se encontra. A enzima mutante pode, por exemplo, ter adquirido especificidade ligeiramente diferente, de tal forma que ela , agora, capaz de utilizar como reagente um certo composto, o qual a clula era previamente incapaz de metabolizar. Se uma populao de clulas se encontra em um meio no qual o composto considerado era a nica fonte de alimento disponvel, a clula mutante ter uma vantagem sobre as demais que no sofreram a mutao ( tipo-selvagem). A clula mutante e sua prognie sobrevivero no novo ambiente, enquanto as clulas tipo-selvagem ficaro desnutridas e sero eliminadas. Variaes genticas ao acaso em indivduos no interior de uma populao, combinadas com a seleo natural (sobrevivncia dos indivduos mais aptos em um meio desafiador ou que sofre mudanas), tm resultado na evoluo de uma variedade enorme de organismos, cada um adaptado a viver em um determinado nicho ecolgico. A anatomia molecular revela relaes evolucionrias A bioqumica tem confirmado e estendido muito a teoria evolucionria. No sculo XVIII o naturalista Carolus Linnaeus reconheceu as similitudes e diferenas anatmicas entre os organismos vivos e forneceu uma base para estudar o relacionamento das espcies diferentes. Charles Darwin, no sculo XIX, deu-nos uma hiptese unificadora para explicar a filogenia dos organismos modernos a origem de espcies diferentes a partir de um ancestral comum. A bioqumica, no sculo XX, comeou a revelar a anatomia molecular das clulas de diferentes espcies a seqncia de subunidades nos cidos nuclicos e protenas e as estruturas tridimensionais de molculas individuais de cidos nuclicos e protenas.

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Em nvel molecular, a evoluo a emergncia, no tempo, de diferentes seqncias de nucleotdeos no interior dos genes. Com novas seqncias genticas sendo determinadas experimentalmente quase todos os dias, os bioqumicos tm um vasto e rico tesouro de evidncias com o qual podem analisar as relaes evolucionrias e refinar a teoria da evoluo. As seqncias de nucleotdeos de genomas inteiros (o genoma o dote gentico completo de um organismo) esto sendo determinadas (Tabela 1-1). As seqncias genmicas de um nmero de eubactrias, e uma arquibactria, um microrganismo eucaritico (Saccharomyces cerevisiae), e um animal multicelular (Caenorhabelitis elegans) foram determinadas; seqncias de uma planta (Arabidopis thaliana) e mesmo do Homo Sapiens sero conhecidas logo. Com estas seqncias em mos, comparaes quantitativas, altamente detalhadas, entre as espcies proporcionaro esclarecimentos sobre o processo evolucionrio. A filogenia molecular derivada das seqncias de genes consistente com, mas em muitos casos mais precisa do que, a filogenia clssica baseada em estruturas macroscpicas. Os mecanismos e as estruturas moleculares tm sido conservados durante o processo evolucionrio, embora os organismos tenham divergido continuamente em nvel anatmico macroscpico. Porm, em nvel molecular a unidade bsica da vida facilmente visvel; mecanismos e estruturas moleculares cruciais so notavelmente similares desde o organismo mais simples at o mais complexo. A bioqumica tornou possvel descobrir as caratersticas unificadoras comuns a todas as formas de vida. A seqncia linear do DNA codifica protenas com estruturas tridimensionais A informao no DNA est codificada em uma seqncia linear (unidimensional) de unidades de nucleotdeos, mas a expresso desta informao resulta em uma clula tridimensional. Esta mudana de uma para trs dimenses ocorre em duas fases. Uma seqncia linear de desoxirribonucleotdeos no DNA codifica (atravs do RNA intermedirio) a produo de uma protena com uma seqncia linear correspondente de aminocidos (Fig. 1-19). A protena dobrase sobre si mesma, numa forma tridimensional particular, ditada por sua seqncia de aminocidos e estabilizada por interaes no covalentes. Embora a forma final da protena dobrada ditada por uma seqncia de aminocidos, o processo de enovelamento auxiliado pelas protenas que atuam como protenas-guias moleculares (chaperones moleculares) que evitam o enovelamento incorreto. A estrutura tridimensional precisa ( conformao nativa) crucial para a funo da protena, quer como catalisadora quer como elemento estrutural. - A seqncia linear de aminocidos em uma protena leva aquisio de uma estrutura tridimensional nica e exclusiva atravs de um processo de automontagem. Uma vez que uma protena tenha se enrolado em sua conformao nativa, ela pode se associar de forma no-covalente com outras protenas, ou com cidos nuclicos ou com lipdios, para formar complexos supramoleculares como os cromossomos, os ribossomos e as membranas. Estes complexos so em muitos casos automontados. As molculas individuais destes complexos tm stios de ligao mtuos, especficos e de alta afinidade, e, dentro da clula, formam espontaneamente complexos funcionais. - As macromolculas individuais com afinidade especfica por outras macromolculas automontam-se em complexos supramoleculares. Interaes no-covalentes estabilizam as estruturas tridimensionais

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As foras que do estabilidade e especificidade s estruturas tridimensionais das macromolculas e aos complexos supramoleculares so, em sua maior parte, interaes nocovalentes. Estas interaes, individualmente fracas, mas coletivamente fortes, incluem pontes de hidrognio, interaes inicas entre grupos eletricamente carregados, interaes de van der Waals e interaes hidrofbicas entre grupos no-polares. As interaes fracas so transientes; individualmente elas formam-se e rompem-se em pequenas fraes de segundo. A natureza transiente das interaes no-covalentes confere flexibilidade s macromolculas, flexibilidade esta que crtica para suas funes. Alm disso, o grande nmero de interaes no-covalentes em uma nica macromolcula torna improvvel que em dado instante todas as interaes estejam rompidas; assim, as estruturas macromoleculares so estveis ao longo do tempo. - As estruturas biolgicas tridimensionais combinam as propriedades de flexibilidade e de estabilidade. A flexibilidade e a estabilidade da estrutura em dupla-hlice da molcula do DNA so devidas complementaridade das suas duas fitas e s numerosas interaes fracas que existem entre elas. A flexibilidade destas interaes permite a separao das fitas durante a replicao do DNA (veja a Fig. 1-17); a complementaridade da dupla-hlice essencial para a continuidade gentica. Interaes no-covalentes so tambm centrais na especificidade e na eficincia cataltica das enzimas. As enzimas ligam os intermedirios no estado de transio atravs de numerosas ligaes fracas, as quais so, entretanto, precisamente orientadas. Como as interaes fracas so flexveis, o complexo sobrevive s distores que ocorrem durante a transformao do reagente em produto. A formao de interaes no-covalentes fornece a energia para a automontagem de macromolculas pela estabilizao das conformaes nativas em detrimento das formas dobradas ao acaso. A conformao nativa de uma protena tal que as vantagens energticas de formar interaes fracas contrabalanam a tendncia da cadeia protica de assumir formas dobradas ao acaso. Dados uma seqncia linear especfica de aminocidos e um conjunto especfico de condies (temperatura, condies inicas, pH), uma protena assumir sua conformao nativa espontaneamente, sem a necessidade de um molde ou padro para dirigir ou orientar o acoplamento. As razes fsicas do mundo bioqumico Podemos, agora, sumariar os vrios princpios da lgica molecular da vida: - Uma clula viva um sistema isotrmico de macromolculas que se autocontm, automonta, auto-ajusta e autoperpetua, e que extrai energia livre do seu meio ambiente. - A clula usa esta energia para manter-se em um estado estacionrio dinmico, distante do equilbrio com o seu meio ambiente. - As vrias transformaes qumicas dentro das clulas so organizadas em uma rede de vias de reaes, promovidas a cada etapa por catalisadores especficos, chamados enzimas, as quais a prpria clula produz. Uma grande economia das partes e processos atingida pela regulao da atividade de enzimas chaves.

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- A auto-replicao atravs de muitas geraes conseguida pelo sistema linear de codificar a informao, que auto-reparvel. A informao gentica, codificada como seqncias de subunidades de nucleotdeos no DNA e no RNA, especifica a seqncia de aminocidos em cada protena, o que, em ltima anlise, determina a estrutura tridimensional e a funo de cada protena. - Muitas interaes fracas, no-covalentes, agindo cooperativamente, estabilizam as estruturas tridimensionais das biomolculas e dos complexos supramoleculares e permitindo flexibilidade suficiente para aes biolgicas. As reaes qumicas e a regulao dos processos foram altamente refinadas durante a evoluo. No entanto, no importa o quanto paream complexas, a maquinaria orgnica das clulas vivas funciona dentro do mesmo conjunto de leis que governa a operao das mquinas inanimadas. Este conjunto de princpios tem sido confirmado pelo estudo de organismos unicelulares, tais como a bactria E. coli, os quais so excepcionalmente apropriados ao estudo bioqumico e gentico. Embora os organismos multicelulares precisem resolver certos problemas no encontrados por organismos unicelulares, como a diferenciao do ovo fertilizado em tipos celulares especializados, os mesmos princpios tm sido encontrados como aplicveis tambm a eles. E aos seres humanos, com suas extraordinrias capacidades de pensamento, linguagem e criatividade, possvel que sejam aplicveis estas afirmaes simples e mecnicas? O recente passo do progresso bioqumico em direo ao entendimento de tais processos, como a regulao gentica, a diferenciao celular, a comunicao entre as clulas e a funo dos neurnios, tem sido extraordinariamente rpido, e est em processo de acelerao. O sucesso dos mtodos bioqumicos em resolver e redefinir estes problemas justifica a esperana de que as funes mais complexas dos organismos mais desenvolvidos sero, eventualmente, explicveis em termos moleculares. Os fatos relevantes da bioqumica so muitos; o estudante que aborda este assunto pela primeira vez pode, ocasionalmente, senti-lo acima de suas foras. Talvez o mais encorajador no desenvolvimento da Biologia do Sculo XX seja o conhecimento de que, apesar de toda vasta diversidade do mundo biolgico, h uma unidade e simplicidade bsicas nos processos prprios da vida. Os princpios organizadores, a unidade bioqumica e a perspectiva evolucionria da diversidade, expostos no nvel molecular serviro como parmetros de referncia que auxiliaro o estudo da bioqumica. Leitura adicional Asimov I (1962) Life and Energy: An Exploration of the Physical and Chemical Basis of Modern Biology. Doubleday & Co., Inc., New York. Uma descrio cativante do papel das transformaes energticas na biologia, escrita para o nefito inteligente. Blum HF (1968) Times Arrow and Evolution, 3rd edn. Princeton University Press, Princeton, NJ. Uma excelente discusso da maneira pela qual a segunda lei da termodinmica tem influenciado a evoluo biolgica. Darwin C (1964) On the Origin of Species. A Facsimile of the First Edition (published in 1859), Harvard University Press, Cambridge, MA.

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Um dos mais influentes trabalhos cientficos j publicados. Dulbecco R (1987) The Design of Life, Yale University Press, New Haven, CT. Uma introduo excelente e incomum biologia. Fruton JS (1972) Molecules and Life. Historical Essays on the Interplay of Chemistry and Biology. Wiley Interscience, New York. Esta srie de ensaios descreve o desenvolvimento da bioqumica desde os estudos de Pasteur sobre a fermentao at os estudos atuais sobre o metabolismo e a transferncia de informao. Fruton JS (1992) A Skeptical Biochemist, Harvard University Press, Cambridge, MA. Jacob F (1973) The Logic of Life: A History of Heredity, Pantheon Books Inc., New York. Originalmente publicado em 1970 como La logique du vivant: une histoire de lhrdit, Editions Gallimard, Paris. Uma fascinante descrio histrica e filosfica da rota pela qual chegamos ao atual conhecimento molecular da vida. Judson HF (1979) The Eighth Day of Creation. The Makers of the Revolution in Biology , Jonathan Cape, London. Um interessante e autntico relato sobre a ascenso da bioqumica e da biologia molecular no sculo vinte. Kornberg A (1987) The two cultures: chemistry and biology. Biochem. 26, 6888-6891. A importncia da aplicao de ferramentas qumicas aos problemas biolgicos, descritos por um experimentador eminente. Mayr E (1997) This is Biology. The Science of the Living World, Belknap Press, Cambridge, MA. Uma histria do desenvolvimento da cincia, com nfase especial na evoluo Darwiniana, por um eminente seguidor da escola de Darwin. Monod J (1971) Chance and Necessity, Alfred A. Knopf, Inc., New York (Verso brochura da Vintage Books, New York, 1972). Originalmente publicado em 1970 como Le hasard et la ncessit, Editions du Seuil, Paris. Uma explorao das implicaes filosficas do conhecimento biolgico. Schrdinger E (1944) What is Life? Cambridge University Press, New York (Reimpresso, 1956, em What is Life? and Other Scientific Essays, Doubleday Anchor Books, Garden City, NY). Uma viso provocativa da biologia, escrita por um eminente fsico-qumico.