C h a p i t r e

L es molcules organiques
Dans ce chapitre, des notions de base de chimie organique sont rappeles afin de pouvoir aborder les thmes des chapitres suivants. Les diffrents types de liaisons, la gomtrie dun groupe datomes au sein dune molcule et la formation de la liaison par la thorie des orbitales molculaires sont voqus. Lcriture de formules dveloppes planes permet la reprsentation des isomres de constitution. Les rgles de la nomenclature couramment employes sont abordes afin de nommer les molcules simples.
1.1. Rappels sur la configuration lectronique des atomes 1 Les lments 2 Rpartition des lectrons dun atome 1.2. Constitution des molcules organiques 1 Reprsentation de Lewis des atomes 2 Nature des liaisons 3 Reprsentation de Lewis des molcules 4 Thorie V.S.E.P.R. Gomtrie des molcules 5 Thorie quantique de la liaison chimique 1.3. Description des molcules organiques 1 Types de chanes carbones et fonctions 2 Reprsentation des molcules 3 Nomenclature 1.4. Isomrie plane 1 Isomrie de squelette 2 Isomrie de position dune fonction 3 Isomrie de fonction 4 Tautomrie

Mots-cls
Liaison

de Lewis lectrons de valence Liaison covalente Liaison ionique polarise Liaison hydrogne Rgle de loctet Thorie V.S.E.P.R Paire dlectrons liante Paire dlectrons non liante Orbitale atomique Orbitale molculaire Hybridation Liaison Liaison Formule dveloppe Degr dinsaturation Isomrie de constitution Tautomrie Prototropie

Reprsentation

1.1. Rappels sur la configuration lectronique des atomes

1 Les lments
Un lment est reprsent par son symbole X. En haut gauche du symbole figure le nombre de masse A (cest--dire la somme du nombre de neutrons et de protons constituant le noyau) et en bas gauche figure le numro atomique Z, reprsentatif du nombre de A protons prsents : Z X. Latome neutre possde galement Z lectrons, compensant la charge des Z protons. Le numro atomique Z est caractristique de llment, alors que le nombre de masse A dpend de lisotope considr. Les lments sont classs dans le tableau priodique selon leur numro atomique. Les priodes (lignes du tableau) sont remplies une une de gauche droite par des lments de numros atomiques croissants (et ayant par consquent un nombre croissant dlectrons). Les lments placs dans une mme colonne du tableau constituent une famille. Ils possdent des proprits chimiques analogues.
Priode
1 2 3 4 5 6
1

H
4Be 12 5B 13 6C 14 7N 15 8O 16 9F 17

He Ne Ar Kr

3Li 11

10

Na K

Mg

Al

Si

Cl Br I

18

19 37

35

36 54

Rb

53

Xe

55Cs

alcalins

alcalinoterreux

halognes

gaz rares

Fig. 1.1. Extrait de la classification priodique des lments suivant leur numro atomique. Certaines familles dlments portent des noms, prciss ici.

Un peu dhistoire

La reprsentation de la matire
Les savants ont mis plus de 2000 ans saccorder sur une reprsentation de la matire et une description des ractions. La constitution microscopique de la matire a t pressentie au quatrime sicle avant J.-C. par Platon (428-348 avant J.-C.), mais, jusquau XVIIe sicle, les alchimistes en ont impos leur conception parfois intuitive. Au XVIIIe sicle, Lavoisier apporte une vritable rvolution en se fondant sur des observations prcises. On lui doit ainsi le principe de conservation de la matire. Les scientifiques du e XIX sicle, pousss par la ncessit de communiquer leurs observations et leur savoir, proposent un symbolisme. Dans ce contexte, en 1869, Dimitri Mendelev, chimiste russe, publie une classification priodique des lments fonde sur leur masse atomique. Il sappuie sur lobservation que certains groupes dlments possdent les mmes proprits. Il prvoit galement la dcouverte prochaine de nouveaux lments qui rempliraient les emplacements vides de son tableau. Mendelev dfinit les notions de corps simple, dlment, datome et de molcule, claircissant des notions jusqualors trs mal comprises.

En 1913, le Britannique Henry Moseley, suite ses travaux dans le domaine des rayons X, tablit que la caractristique pertinente pour classer les lments est le numro atomique et non la masse atomique. Outre le concept

dlment, les notions de liaison et de gomtrie des molcules ont d galement tre mises au point afin de permettre une reprsentation de la matire et de disposer doutils pour en dcrire les transformations.

2 Rpartition des lectrons dun atome Orbitales atomiques

En mcanique quantique, un lectron autour dun atome se comporte comme une onde et est dcrit par une fonction donde, appele aussi orbitale atomique. Cette fonction dpend de trois nombres quantiques n, l et m. Les trois nombres n, l et m sont entiers et tels que : n>0 0ln1 lm+l Llectron occupant une orbitale est dcrit par les mmes trois nombres quantiques n, l, m et par un nombre supplmentaire appel nombre quantique de spin s. Le spin provient du fait que llectron se comporte comme sil tournait sur son axe en gnrant un champ magntique. Il est comparable un petit aimant ayant deux orientations possibles : s = + 1/2 ou s = 1/2. Lnergie de llectron et donc dune orbitale le dcrivant est quantifie et ne peut donc prendre que certaines valeurs. Elle dpend uniquement de n et de l. Une valeur donne de n dfinit une couche lectronique (n = 1, 2, 3 correspond aux couches K, L, M). Des orbitales de mme n mais ayant des l diffrents appartiennent des sous-couches diffrentes. Les sous-couches sont dsignes par la valeur de n suivie dune lettre reprsentant l : pour l = 0 : s pour l = 1 : p pour l = 2 : d Dans la couche L (n = 2), on aura par exemple les sous-couches 2s (l = 0) et 2p (l = 1). Dans une sous-couche, lorsquil y a plusieurs orbitales (correspondant des valeurs de m diffrentes), alors elles ont la mme nergie. On dit quelles sont dgnres. Par exemple, la sous-couche 2p est dgnre trois fois (m peut prendre 3 valeurs : 1 ; 0 ; + 1).

Configuration lectronique
La configuration lectronique dun atome est la rpartition des lectrons dans les orbitales. Le remplissage de ces orbitales par les lectrons se fait selon trois rgles. 1. On remplit les orbitales par ordre dnergie croissante. Pour les trois premires couches, lordre des nergies des orbitales est le suivant : 1s 2s 3s 4s
1. LES MOLCULES ORGANIQUES

2p 3p 3d

2. Le principe dexclusion de Pauli indique que des lectrons dune orbitale ne peuvent pas avoir quatre nombres quantiques identiques. Puisque n, l et m sont fixs pour une orbitale, et que seules deux valeurs de spin sont possibles, il ne peut y avoir que deux lectrons dans une orbitale, de spins dorientations opposes. 3. La rgle de Hund prcise que si lon doit remplir des orbitales dgnres, on en occupe un nombre maximal avec des lectrons de spins parallles, avant de les apparier, cest--dire den placer deux (de spins antiparallles) par orbitale.
Tableau 1.1. Localisation des lectrons dans des couches et sous-couches lectroniques.

Couche (n)
1 2

Sous-couches (l)
l=0 l=0 l=1 l=0

Dgnrescence
1 1 3 1 3 5

Nom des orbitales

1s 2s 2px, 2py , 2pz 3s 3px, 3py , 3pz 5 orbitales 3d

Nombre dlectrons
2

8 8 10

l=1 l=2

Ainsi, dans la premire priode du tableau priodique, correspondant au remplissage de la premire couche lectronique, on place jusqu 2 lectrons dans une orbitale 1s, et dans la deuxime, on place jusqu 8 lectrons dans les orbitales atomiques (2 lectrons 2s et 6 lectrons 2p). La troisime priode correspond au remplissage des orbitales 3s et 3p, on y place jusqu 8 lectrons (2 lectrons 3s, 6 lectrons 3p). Les OA 3d seront remplies dans la 4e priode. La position dun lment dans le tableau priodique permet de dterminer sa configuration lectronique. Celle des atomes des trois premires priodes est indique dans le tableau 1.2. En progressant dans une priode, le nombre dlectrons de valence augmente de 1 8. La dernire couche remplie dun atome est la couche externe ou couche de valence. Elle contient les lectrons dits de valence, qui sont ceux qui participent la cration des liaisons et aux ractions chimiques. Les lments dune mme famille ont le mme nombre dlectrons sur leur couche externe, ce qui leur confre des proprits chimiques analogues. Les gaz rares ont une couche de valence complte, ce qui explique leur grande stabilit.
Tableau 1.2. Configuration lectronique des atomes des trois premires priodes.
1

He

1s1
3

1s2
4

Li

Be

10

Ne

1s22s1
11

1s22s2
12

1s22s22p1
13

1s22s22p2
14

1s22s22p3
15

1s22s22p4
16

1s22s22p5
17

1s22s22p6
18

Na

Mg

Al

Si

Cl

Ar

[Ne]3s1

[Ne]3s2

[Ne]3s23p1

[Ne]3s23p2

[Ne]3s23p3

[Ne]3s23p4

[Ne]3s23p5

[Ne]3s23p6