Tutorial de Acdchemsketch Freeware

ACD/ChemSketch
Version10.0paraMicrosoftWindows
GuadelUsuario
DibujandoEstructurasQumicas
eImgenesGraficas
ACD/ChemSketch GuadeUsuario i
TabladeContenidos
1.Introduccin.................................................................................................... 1
1.1QuesACD/ChemSketch......................................................................................1
1.2Modulosadicionales...............................................................................................1
1.3Quhaynuevoenlaversin5.0............................................................................2
1.3.1FuncionesGeneralesACD/Labs................................................................................. 2
1.3.2FuncionesespecficasdeChemSketch ....................................................................... 3
1.4Quhabanuevoenlaversin4.5.........................................................................3
1.5Acercadeestagua ...............................................................................................5
1.6DefinicionesUsadas...............................................................................................5
1.7VersionesDemo.....................................................................................................6
1.8VersionLibre..........................................................................................................6
1.9ParamsInformacin.........................................................................................7
1.9.1SitioWeb..................................................................................................................... 7
1.9.2Cmocontactarnos ..................................................................................................... 6
1.9.3ActualizacionesenlineaNuevoen5.0! .................................................................... 7
2.BasesdeACD/ChemSketch .......................................................................... 8
2.1Objetivos ................................................................................................................8
2.2ComenzarACD/ChemSketch.................................................................................8
2.3AsociandoArchivosNuevoen5.0! ......................................................................9
2.3.1CambiodeAsociacionesdeArchivos.......................................................................... 9
2.4CambiandoDirectoriospordefecto ........................................................................9
2.5ModosEstructurayDibujo ..................................................................................10
2.5.1PantallamodoEstructura(Structure) .......................................................................... 11
2.5.2PantallaModoDibujo(Drawn) .................................................................................... 12
2.6SalirdeChemSketch............................................................................................13
3.DibujarEstructurasSimples........................................................................ 14
3.1Objetivos ..............................................................................................................14
3.2DibujarAtomos,EnlacesyEtiquetas....................................................................14
3.2.1UsodelaHerramientaDibujoNormal........................................................................ 14
3.2.2DoblesyTriplesEnlaces ........................................................................................... 15
3.2.3BorrarAtomosIndividualmente.................................................................................. 15
3.2.4ElComandoDeshacer(Undo)................................................................................... 15
3.2.5CambiandounAtomo................................................................................................ 16
3.2.6UsodelaHerramienta DibujoContinuo(DrawContinuous) ...................................... 16
3.2.7UsodelArrastredelRatn(MouseDrag) .................................................................. 17
3.2.8DepurandolaEstructua(Clean) ............................................................................... 17
3.2.9UsodelasHerramientas Estereo,CoordenadasyEnlacesIndefinidos..................... 17
3.2.10EdicindeEtiquetasdeAtomos .............................................................................. 18
3.2.11HerramientaDibujarCadenas(DrawChains) .......................................................... 18
3.3GirandoEsructuras .............................................................................................19
3.4Seleccin,Rotacin,yRotacin3D......................................................................21
3.5Salida...................................................................................................................21
3.5.1GuardandounArchivoChemSketch(SK2) ................................................................ 21
3.5.2GuardandounaEstructuracomoMDLMolfile............................................................ 22
3.5.3Imprimir..................................................................................................................... 22
3.5.4IncluirlaEsructuraenunDocumento ........................................................................ 23
3.6LimpiarlaPantalla................................................................................................23
TabladeContenidos
ACD/ChemSketch GuadeUsuario ii
4.ComenzandoconACD/ILab ....................................................................... 24
4.1Objetivos ..............................................................................................................24
4.2Resumen..............................................................................................................24
4.3OpcionesdeConeccin .......................................................................................25
4.4Acceso .................................................................................................................26
4.5RealizandoCalculos.............................................................................................27
4.6ClavesDemo........................................................................................................28
4.6.1ParaObtenerlaClaveDemo..................................................................................... 28
4.7Registro................................................................................................................29
4.8ActivarsuCuentaILab........................................................................................31
4.9Anotaciones .........................................................................................................31
5.DibujandoEstructurasmsComplejas ...................................................... 32
5.1Objetivos ..............................................................................................................32
5.2UsodelaTabladeRadicales...............................................................................32
5.3UsodeAnillos ......................................................................................................33
5.4BorrarAtomosyFragmentos................................................................................35
5.4.1BorrarVariosAtomosSimultaneamente .................................................................... 35
5.5RemplazarAtomos...............................................................................................35
5.6HacerDoblesyTriplesEnlaces............................................................................37
5.7HacerCargas,DefinirAnionesyCationes............................................................37
5.8CambiarPropiedadesdeAtomos.........................................................................39
6.EstructurasAvanzadas,NotacinSMILES,EsquemasdeReaccin...... 40
6.1Objetivos ..............................................................................................................40
6.2Optimizacin2D...................................................................................................40
6.2.1CrearlaEstructuradeunCicloAlcano ...................................................................... 40
6.2.2CrearlaEstructuradeunPeptidoCiclico................................................................... 41
6.3NotacionesSMILESNuevoen5.0! ....................................................................42
6.3.1GenerandoNotacionesSMILES................................................................................ 42
6.3.2GenerandoEstructurasdesdeNotacionesSMILES................................................... 43
6.4Optimizacin3D...................................................................................................44
6.4.1CrearlaEstructuradelBiciclo[2.2.2]octano................................................................ 45
6.4.2CrearlaEstructuradelTripticeno............................................................................... 46
6.4.3CrearlaEstructuradelCubano.................................................................................. 47
6.4.4CrearlaEsructuradelDodecahedrano([5]FullerenoC
20
) .......................................... 48
6.5DibujarunEsquemadeReaccin ........................................................................50
7.DibujoAvanzado:Plantillas......................................................................... 52
7.1Objetivos ..............................................................................................................52
7.2Resumen..............................................................................................................52
7.3TabladeRadicales...............................................................................................53
7.3.1CrearlaEstructuradeFluorescamina........................................................................ 53
7.4HerramientaPlantillaInstantanea.........................................................................54
7.4.1CrearlaEstructuradeunOligomeroCiclico.............................................................. 55
7.5VentanaPlantilla(TemplateWindows) .................................................................56
7.5.1CrearunFragmentodeunaMoleculadeADN........................................................... 56
7.5.1.1DibujarunFragmentodeCadenadeDesoxiribosa5fosfato............................... 57
7.5.1.2AdicindeBases ................................................................................................ 58
7.6DibujarBiomoleculasComplejas..........................................................................59
7.6.1CrearlaEstructurade bMaltosa ............................................................................... 59
TabladeContenidos
ACD/ChemSketch GuadeUsuario iii
7.7DefinirunaPlantilladeUsuario ............................................................................61
7.7.1ElOrganizadordelaVentanaPlantilla....................................................................... 61
7.7.2ArchivosdePlantilla.cfg............................................................................................. 62
7.7.3Plantillasdisponibles ................................................................................................. 62
8.CrearObjetosGraficos ............................................................................... 67
8.1Objetivos ..............................................................................................................67
8.2DibujarunDiagramadeEnergadeReaccin......................................................67
8.2.1DibujarunaCurva..................................................................................................... 68
8.2.2ModificarunaCurva .................................................................................................. 69
8.2.3DibujarlosejesXyY ................................................................................................ 70
8.3DibujarDiferentesClasesdeOrbitales.................................................................71
8.3.1Dibujarunorbitalp.................................................................................................... 71
8.3.2Dibujarunorbitald.................................................................................................... 72
8.3.3Dibujarunorbitaltipop.............................................................................................. 73
8.4DibujarunAparatodeDestilacinalVaco...........................................................74
8.4.1Anotacionesenun Diagrama.................................................................................... 76
8.4.1.1AdicindeTextoCapturado................................................................................ 76
8.4.1.2InsertarLlamadadeSalida.................................................................................. 77
8.4.1.3ModificarLlamadasdeSalida.............................................................................. 78
8.4.1.4Agrupar/DesagruparElementos .......................................................................... 78
8.5DibujarunaTrenzadelacadenadeADN............................................................79
8.6DibujarLipidosyMicelas......................................................................................83
8.6.1Dibujarellipido.......................................................................................................... 83
8.7Crearun Cartel(Poster) ......................................................................................85
8.8ConvertiraAdobePDFNuevoen5.0! ...............................................................86
9.TrabajarconEstilosenModoEstructura................................................... 87
9.1Objetivos ..............................................................................................................87
9.2CambiarelEstilodeEstructuras ..........................................................................87
9.2.1AplicarunEstilodeDiario.......................................................................................... 88
9.2.2PrepararunaPublicacin.......................................................................................... 89
9.3CrearSuPropioEstilo..........................................................................................89
9.3.1EstiloDefinidodeUsuario: Azucar............................................................................ 90
9.3.2EstiloDefinidodeUsuario: Fosfato........................................................................... 91
9.3.3Estilo:DefinidodeUsuario Base................................................................................ 92
9.3.4EstiloDefinidodeUsuario: Realce............................................................................ 93
9.4AplicarEstilosExistentes .....................................................................................94
9.5AjustedeunEstiloporDefecto ............................................................................94
10.TrabajandoconEstilosModoDibujo(Draw) ........................................... 96
10.1Objetivos ............................................................................................................96
10.2CambiarelEstilodeunObjeto...........................................................................96
10.3GuardarunEstilo ...............................................................................................96
10.4AplicarunEstiloExistente..................................................................................97
10.5AjustedeunEstiloporDefecto ..........................................................................97
10.6ManejandoEstilos..............................................................................................98
11.CalcularPropiedadesMacroscopicas ...................................................... 99
11.1Resumen............................................................................................................99
11.2CalcularPropiedadesMacroscopicas...............................................................100
11.2.1ComandoMenu..................................................................................................... 100
11.2.2DesplazamientoAutomaticodelaBarradeEstado................................................ 100
TabladeContenidos
ACD/ChemSketch GuadeUsuario iv
11.3AlgoritmosparaCalculosdePropiedadesMacroscopicas................................101
11.3.1VolumenMolar,MV............................................................................................... 101
11.3.2RefractividadMolarMR........................................................................................ 101
11.3.3Parachor,P
r
.......................................................................................................... 101
11.3.4Densidad,d........................................................................................................... 101
11.3.5IndicedeRefraccin,n.......................................................................................... 101
11.3.6TensionSuperficial, g............................................................................................. 102
11.3.7ConstanteDielectrica, e (Permitividad)................................................................... 102
11.3.8Polarizabilidad....................................................................................................... 102
11.3.9MasaMonoisotopica,NominalyPromedio............................................................ 102
11.4CorrelacinEstadisticaconDatosExperimentales...........................................103
11.4.1PredecirelErrorenlaDistribuciondelaRefractividadMolar ................................. 103
11.4.2PredecirelErrorenelVolumenMolar ................................................................... 103
11.4.3PredecirelErrorenlaDistribuciondelParachor .................................................... 104
11.4.4PredecirelErrorenlaDistribuciondelIndicedeRefraccion.................................. 104
11.4.5PredecirelErrorenlaDistribuciondelaDensidad................................................. 105
11.4.6PredecirelErrorenlaDistribuciondelaTensionSuperficial.................................. 105
11.4.7EstimarelErrorenlaDistribuciondelaConstanteDielectrica(Permitividad)......... 106
12.TeclasdeFuncionesEspeciales............................................................. 107
12.1Objetivos ..........................................................................................................107
12.2Tautomeros......................................................................................................107
12.2.1Ejemplos ............................................................................................................... 108
12.2.2ErroresenlaLiteraturaQuimica ............................................................................ 109
12.3Diccionario .......................................................................................................110
12.4AdicionarelNombreACD/LibreNuevoen5.0! ..............................................112
12.4.1LimitacionesdelNombreACD/Libre ...................................................................... 113
13.Utilitarios(Goodies) ................................................................................. 114
13.1QusonlosGoodies?....................................................................................114
13.2Dndelospuedoencontrar? ............................................................................114
13.3Utilitarios ..........................................................................................................114
14.Conclusion................................................................................................ 117
ACD/ChemSketch GuadeUsuario 1
1. Introduccin
1.1 QuesACD/ChemSketch
ACD/ChemSketch es un software para dibujo en Qumica de Dibujo Avanzado en Qumica
(Advanced Chemistry Development, Inc). designado para ser usado solo o integrado con otras
aplicaciones.ChemSketchesusadoparadibujarestructurasqumicas,reaccionesyesquemas.
Puedeusarseparadesarrollarreportesypresentaciones.
ACD/ChemSketchtienelassiguientescapacidades:
ModoEstructura(StructureMode)paradibujarestructurasqumicasycalcularsus
propiedades.
ModoDibujo(DrawMode)paratextoyprocesamientodegrficos.
PropiedadesMoleculares(MolecularProperties)clculosparaestimacinautomtica
de:
* Pesoformula
* Composicinenporcentaje
* Refractividadmolar
* Volmenmolar
* parachor
* indicederefraccin
* tensionsuperficial
* densidad
* constantedielctrica
* polarizabildad
* masamonoistopica,nominalypromedio.
ACD/ChemSketch puede soportarse solo como un paquete de dibujo o actuar como el
referenteparaotrosoftwareACDtalcomoelPredictorRMN.
1.2 Mdul osAdi cionales
Hay partes de software ACD adicionales que estn accesibles a travs de la interfase
ChemSketch,conunsimpleclicenunbotn. Estaspartes,seestnincrementandoennmero
con cada mejora, estn disponibles como opciones adicionales y podran considerarse como
componentes separados. Por favor contctenos o consulte nuestra pgina web para ms
detallessobreprecioydisponibilidad.
ChemBasicellenguajedeprogramacinespecialquehabilitasuusoparaabonadosdel
software ACD (puede bajarse de http://www.acdlabs.com). ChemBasic esta disponible
en nuestro sitio web. Mire el captulo 13, Goodies, para ms ejemplos de como
ChemBasicpuedeusarseconChemSketch.
ACD/ILabel servicio basado en internet que permite acceder instantneamente a las
basesde datosqumicasyalosprogramasdeprediccin.Sepuedeobtenerunacuenta
de Interactive Lab en http://www.acdlabs.com/ilab. Desde la primavera del 2000, se
dispusodeundemode15das.ChemSketch4.0yposteriores puedenaccedera ILab
Introduccin
automticamente, si se corre con un PC que tenga conexin a Internet. Refirase al
captulo4paramsdetalles.
ACD/Tautomerschequea y genera las formas tautmeras ms razonables de
estructuras orgnicas (incluidas en las versiones libre y comercial de ChemSketch).
Refiraseala Seccin12.2paramsdetalles.
ACD/Dictionary consulta la estructura molecular de nombres de drogas comunes.
ACD/Diccionariocontienemsde85,000nombressistemticosynosistemticosdelrea
teraputica usados frecuentemente como agentes qumicos y biolgicos. Las entradas
cubren ms de 200 reas teraputicas, y los inhibidores para ms de 500 enzimas
diferentes(seincluyenenlaversincomercialnicamente). RefirasealaSeccin12.3
paramsdetalles.
Nuevo! ACD/Free Name (Nombre gratis)genera un nombre de acuerdo a las
recomendaciones de la IUPAC sobre Nomenclatura Orgnica, Bioqumica e Inorgnica.
Esta herramienta se distribuye como una adicin libre del ChemSketch. Refirase a la
Seccin12.4paramsdetalles.
LossiguientesbotonessonfuncionalessisecomprancomocomplementoalACD/ChemSketch:
ACD/Boiling Point and Vaporization calcula los puntos de ebullicin a cualquier
presin desde 0.001 mm Hg hasta 10 atm, enmuchos casos hasta 10 grados o mejor,
para una estructura dibujada en laventana de ChemSketch. Esta opcin se describe en
unaguadeusuarioseparadaACD/BoilingPoint&VaporPressureCalculator.
ACD/Sigma muestra los parmetros tipo Hammett o relacionados para diferentes
grupossubstituyentestalcomosedibujanenlaventanadeChemSketch.Estaopcinse
describeenunaguadeusuarioseparadaACD/Sigma.
ACD/Name to Structure genera la estructura molecular para el nombre de cualquier
sustancia que se teclee. ACD/Name to Structure trata muchos nombres de compuestos
orgnicos generales y muchos productos naturales derivados de acuerdo a las
recomendaciones de la IUPAC en nomenclatura para orgnica, bioqumica e inorgnica.
EstaopcinsedescribeenunaguadeusuarioseparadaenACD/NametoStructure.
1.3 QuhayNuevoen5.0
SiustedesNuevoenestesoftware,lerecomendamosquetrabajeconlosejemplosdescritosen
lossiguientescaptulos.Sinembargo,sihacomprado(oestapensandocomprar)estesoftware
comounamejora,rpidamenteseharfamiliarconlascaractersticasbsicasdeChemSketch.
Enestaseccinseenumeransolamentelasnuevascaractersticas.
1.3.1 FuncionesGeneralesACD/Labs
Todo el software ACD corre como una aplicacin de 32bit sobre PCs con Sistemas
Operativos Windows95/98/NT/ME/2000,exceptoparaACD/ILabdeIntranets,Seriespara
elSGIySeriesparaproductosSunSolaris.
TodoslosprogramasdelsoftwareACDquecorrenenPCssoncontroladosporACD/Host
el cual permite acceder a un conjunto de parmetros descargables temporizados y
recargables.TodaslasversionesPC del softwareACD(exceptoparaSeriesPhysChem,
Simulador LC y Simulador GC) incluyen una nueva caracterstica que automticamente
detectaelarchivoasociadopordefectoparaciertasextensionesquesonespecialespara
elsoftwareACD(p.ej..sk2,.esp,.lud).Enlaversin5.0liberada,hayunaventanaACD
quecontienecomandosdeAsociacindeArchivos...(menFile).
Introduccin
Todas las versiones PC de software ACD tienen una nueva lista de comandos bajo el
menHelp:BugReport/FeatureRequest.SiustedtieneunPCconconexinaInternet,
al seleccionar este comando lo llevar automticamente a la pgina web de ACD para
dificultadesenreportesynuevascaractersticasrequeridas.
Unanuevacaractersticaconvenienteparatodoslos dilogosde entrada/salidaentodas
lasventanasdelaversin5.0esquelacajadedialogodeSeleccionarArchivopueden
cambiar de tamao (esquina de dialogo inferior derecha). As, las manipulaciones de
carpetas y archivos, como creacin de nueva carpeta, limpiar escritorio y mostrar los
detallesdelosarchivospuedenhacerseunavezquesesalgadelacajadedialogo.
Todo el software ACD para PC puede ser actualizado a travs de Internet, usando la
facilidaddeltrabajoenlnea.Refirasealaseccin1.9.3.
1.3.2 FuncionesEspecficasdeChemSketch
AhorapuedeescribirsusarchivosChemSketchenformatoPDF,apropiadoparausocon
AdobeAcrobatReaderysoftwarerelacionado.
PuedetambinexportarestructurasenformatoChemicalMarkupLanguage(CML).
ConvertirfrasesSMILESaestructuras,yconvertirestructurasaSMILES. (Designaciones
EstereoqumicasExcludas.)
La masa atmica puede ser calculada, no exactamente la masa promedio, pero si los
istoposmscomunes.
Las instrucciones en lnea de Autores ha sido expandida y actualizada con la ltima
informacindesusdiariosfavoritos.
Haynuevasplantillas,yalgunasmejorasdelasplantillasexistentes.
Un Nuevo mduloACD/Nombre Gratisesta disponible como botn sobre la barra de
herramientas.RefirasealaSeccin12.4.
Laconvencinrotacin3DsehahechoidnticaalausadaporelvisorACD/3D.
1.4 Quhabaen4.5
Los botones Ms de Reaccin y Flechas de Reaccin estn disponibles
directamente en el modo Estructura. Usted no tiene que escoger el modo Dibujo para
dibujarestosobjetos.
ElNuevotabuladorReaccinenlacajadedialogoPreferencia(menOpciones)permite
escogervariasopcionesparalossignos+yflechasdereaccin.
LosObjetosGrficos(loscreadosenelmodoDibujo)puedenseleccionarseymoverseen
el modo Estructura. Esto facilita el dibujo de reportes complejos. Para habilitar esta
caracterstica,asegresedeescogerSeleccionarGrficoseneltabuladorEstructurade
lacajadedialogoPreferencias (menOpciones).
LaconfiguracinEstreopuedecontrolarsecuandoseaplicanlasherramientasDepurary
Girar. Del men Opciones seleccionar Preferencias y referirse a la parte inferior del
tabuladorEstructura.
Pueden importarse nuevos formatos de archivos: archivos ChemDraw CDX (*.cdx) y
REACCSRXN(*.rxn).LosformatosdeExportacinRXNsontambinnuevos.
Un modulo adicional Nuevo se puede comprar para integrarse en la ventana de
ChemSketchACD/NametoStructure(refirasealaSeccin1.2paramsdetalles).
La adicin de ACD/ILab permite acceder a nuestros mdulos de prediccin y a varias
bases de datos va Internet. Inscrbase para una cuenta en Interactive Lab en
Introduccin
http://www.acdlabs.com/ilab. Desdelaprimaveradel 2001,sedispone deundemode
15 das de ILab. El ILab puede accederse automticamente, si se dispone de un PC
con conexin a Internet. Refirase al Captulo 4 para usar muestras de ILab con la
interfaseChemSketch.
Introduccin
1.5 AcercadeestaGua
Para empezar a usar ACD/ChemSketch en su potencia total no tiene que leer el manual, este
programa es intuitivo y simple de usar. Esto es porque esta gua no provee descripciones
comprensivas de todas las opciones disponibles en el programa as que, usted puede
comenzar. Despus de revisar estos ejercicios, estar en capacidad de usar usted mismo el
ACD/ChemSketch,sinningunaasistenciayconmximavelocidadyeficiencia.
Ustedsercapazdeverdecercacadaseccindeestaguaenformaanimadaenlapelculas
basadas en LotusCam, descargables de nuestro sitio web. (Estas pelculas estn presentes
tantoennuestroCDdemocomoenelCDdeinstalacin.)
Esta gua de usuario se provee en forma electrnica, la cual se puede leer en los
procesadoresdetextodisponiblescomnmente.Sinopuedelocalizaralgoespecficoen
el ndice, escriba una frase que contenga la palabra o frase buscada, o en su defecto
palabrasrelacionadas.
Los pantallazos mostrados a lo largo de esta gua han sido tomados con tamaos
relativamente pequeos. La pantalla por defecto es una ventana que cubre toda la
pantalla.Hagaclicsobreelbotnminimizar (ladosuperiorderechodelaventana)para
obtenerunreapequeadetrabajohagaclicsobreelbotnmaximizar pararegresar
apantallacompleta.
Los pantallazos han sido tomados de las ltimas versiones del software. Hemos hecho
cada esfuerzo para lograr que se vea el ACD/ChemSketch tal y como se muestra en la
gua,perohayalgunaspequeasdiscrepancias.
Esta gua asume que usted esta familiarizado con el uso del ratn y la manipulacin de
MicrosoftWindows.
Una vez que usted ha usado esta gua, nos gustara su concepto.
Cmo podemos mejorar la documentacin para este producto?.
Tenemos un pequeo cuestionario que esperamos usted complete.
Todoslosquerespondaneldibujoformarnparteparaunpremiode
ACD/ChemFolder (o descuento equivalente en la compra de
cualquiersoftwareACD).PorfavoruseMSWord6.0oposteriorpara
abrirelarchivosurvey.docouseAdobeAcrobatReaderparaabrir
survey.pdf en la documentacin del CD que usted ha recibido con
este software, o visite la pgina Feedback en nuestro sitio Web,
http://www.acdlabs.com/feedback/guides.html. los ganadores del
dibujosonanunciadosalfinaldecadaaocalendario.
1.6 Defi nicionesUsadas
Enestetutorialseusarnlossiguientestrminosparadescribirdiferentesacciones:
Puntero(Point)significamoverelpunterodelratn haciaunelemento.
Clic(Click)significamoverelpunterodelratn,ypresionarelbotnizquierdo.
Clic derecho (Rightclick) significa mover el puntero del ratn hacia un elemento, y
presionarelbotnderecho.
Doble clic (Doubleclick) significa mover el puntero del ratn hacia un elemento, y
rpidamentepresionardosveceselbotnizquierdo.
Arrastrar(Drag)significapresionarelbotnizquierdodelratnymantenerlopresionado
mientrassemueveelratn.
Nota EnWindowselladoizquierdodelratnseusapordefecto.Paracambiarloallado
derechopordefecto,desdeelPaneldeControldeWindowsseleccioneMousey
Introduccin
haga los cambios que quiera. (esto tambin permite cambiar la velocidad y los
atributosdemovimientodelratn.)
1.7 VersionesDemo
Cuandolaversindemoseejecuta,severunmensajequesedesplazaparainformarloquees
un software ACD de Demostracin. Tambin ver este mensaje a lo largo del curso normal
cuandousaelsoftwarededemostracin.
Las versiones de los programas Demo de ACD/Labs tienen algunos comandos restringidos
como Guardar, Copiar, Cortar, Pegar y caractersticas de impresin. Si usted trata de llevar a
cabo una operacin restringida en la versin demo, aparecer una caja de dialogo para
informarlequeesaoperacinnoestapermitida.
Sideseaconocermsacercadeunarestriccinespecficaenlaversincompletadelprograma,
porfavorcontctenos.Detodasformas,muchosdelosejerciciosyejemplosenestaguaestn
diseadosparaquelospuedaejecutarconlaversindemodelprogramaACD/Labs.
1.8 VersinLi bre
Desde Abril de1999,AdvancedChemistryDevelopmenthaestadoofreciendodeformalibreel
ChemSketch,atravsdelvnculoFreeStuffennuestrositio Web.
I mportante El software libre ACD/ChemSketch puede instalarse en una carpeta
separada. Esta carpeta puede contener otro software ACD libre
corrientemente disponible, talcomo elvisorACD/Spec, elvisorACD/CNMR,
el visor ACD/HNMR, etc. pero no debe contener ningn software ACD
comprado.
La versin libre 5.0 de ACD/ChemSketch tiene varias mejoras, comparadas con la versin
anterior.Estaversin contienems, pero no todas, lasfuncionalidades de laversin comercial
5.0. la siguiente tabla totaliza las diferencias entre las versiones libre y comercial del
ChemSketch5.0:
Opcin Libre Comercial
ACD/Tautmeros

ACD/NombreLibre

ACD/Visor3D

ACD/ILabadiciones
(puedeserinstalado
separadamente
1
)

InstruccionesdeAutores
(puedeserinstalado
separadamente)

ExportaraAdobePDF

ACD/Diccionario

SoporteTcnico

Nota Aunque el ACD/ChemSketch libre no le permite soporte tcnico, nosotros lo
1
Resaltamosquepodrasermsconvenienteofrecertodoelpaqueteenunsolodescargableparaciertos
usuarios,perootrosusuariostienendificultadesalbajarunarchivogrande.Asquenosotroslosproveemos
porpartes.
Introduccin
invitamosavisitarelNuevogrupoChemSketchenladireccinmencionadaen la
prximaseccindondeustedpuedeponersuspreguntasocompartirsugerencias.
1.9 ParamsInformaci n
1.9.1 SitioWeb
ParaverloultimoensoftwareACDyservicios,visitenuestrositioweben
http://www.acdlabs.com
Nuestrositio Webesaccedidodiariamenteunasdiezmilveces.Hayunaraznparaesto:mucho
se ofrece a travs de nuestro sitio Web. Ya que desde la primavera del 2001, nosotros
ofrecimos la versin 4.5 de ChemSketch libre, una adicin libre de ISIS 3D, ChemDraw y
extensiones libres y un demolibre de 15 das de Interactive Lab donde usted puede realizar
clculosusandoappletsdejavasincomprarelsoftware. TenemospelculasbasadasenLotus
Cam las cuales muestran la operacin de muchos paquetes nuestros (especialmente
ChemSketch)disponibleparabajarse.
Estamoscontinuamenteactualizandolainformacinennuestrositioweb.Elsitiowebledirqu
conferencia cientfica puede visitar en la casilla. Puede buscar las preguntas frecuentes en la
pgina y entrar a conversar en nuestro grupo de noticias, el cual puede tambin alcanzar
mediantenuestrapginaweb.
SiustedquiereestarinformadodelosltimosdesarrollosensoftwarequmicodeACD,porfavor
asegresedeinscribirseenelcorreodenuestrositioweb:
http://www.acdlabs.com/feedback/mailing.html
sideseacompartirohacerpartedenuestrogrupodenoticiasChemSketch,porfavoraccedaa:
news://news.acdlabs.com/acd.public.chemsketch
1.9.2 Cmocontactarnos
Se puede acceder a travs de nuestro sitio web, por telfono,faxy correo regular, pero lava
ms popular para contactarnos es mediante el correo electrnico. Preguntas sobre precio,
ventas,disponibilidadycosasgeneralespuedendirigirsea:
info@acdlabs.com.
ElSoportetcnicoycientficodebeserdirigidoa:
support@acdlabs.com.
Porfavordganoselsoftwarecomprado,elnmerodelaversinyfechadeemisindelproducto
para el cual usted nos esta contactando. (Esta informacin esta disponible al seleccionar
Ayuda.).Siaplica,dganoselnombredeldistribuidoraquinustedcomprelsoftware.
1.9.3 ActualizacionesenLneaNuevoen5.0!
La versin 5.0 de todo el software ACD para PC contiene la capacidad de actualizar software
disponible en lnea. Usted necesitar el nmero de registro del software y una conexin a
Internetdesdeelmismocomputadordondeestainstaladoelsoftware. Lasactualizacionesson
pequeosajustes,porejemplo,llevandolaversin5.00alaversin5.01.PorfavorRefiraseal
documentoActualizacionesenLnea,incluidoconelrestodeladocumentacinensuCarpeta
de Documentos para mayor informacin, o por correo electrnico a nuestro departamento de
soporte.
2. LoBsicode ACD/ChemSketch
2.1 Obj eti vos
Estecaptulolofamiliarizarcon:
Cmocomenzarelprograma
Cmoinstalarycambiarlasasociacionesdearchivos
Cmoinstalarlosdirectoriospordefecto
LasbasesdelainterfaseChemSketch,esdecir,losmodosEstructurayDibujoy
ComosalirdeChemSketch.
2.2 IniciandoACD/ChemSketch
Una vez que ACD/ChemSketch ha sido instalado en su computador, siga los siguientes pasos
bsicos:
1. IniciarMicrosoftWindows.
2. HagaDoblecliceneliconoChemSketch.
O
DesdeelmenEmpezar/Correren Windows95/98/2000olabarradetareasNT,escoja
ACD/LabsyluegoescojaeliconodeChemSketch.
O
HagaDobleclicenelarchivochemsk.exeenlacarpetadondeustedinstaltodoelsoftware
ACD.PordefectoestaesACD50.
O
siustedtieneotrosprogramasACD/Labscorriendo,desdeelmenACD/Labsescoja
ChemSketch.
3. Usteddeberaverunapantallaparpadeante.Sieslaversinlibre,ustedverlapantallapara
losProductosACD/Labs.ClicOKparacerrarla.Sideseasuprimirestacajadedialogoenlos
subsecuentes inicios, escoja Ayuda (HELP)> ACD/Labs Productos y haga clic en
Mostrarestapantallaalinicio(ShowthisScreenatStartup).
LoBsicodeACD/ChemSketch
2.3 Instal andoAsociacionesdeArchi vosNuevoen5.0!
1. Siestaeslaprimeravezqueustedcomienzaelprograma,puedeaparecerlacajadedialogo
AsociacindeArchivos(FileAssociation).
2. Esta caja contiene una lista seleccionable de extensiones y tipos de archivosCS
ChemDraw(*.CHM), REACCS Rxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) y posiblemente otras
queustedpuedequererabrirautomticamenteconelsoftwareACDdesdeahora.Siesas,
haga clic en la caja de chequeo para los formatos que quiere adicionar y luego escoja el
botnSi.
3. si no quiere que ChemSketch abra automticamente los archivos de la extensiones
mostradas,onoestaseguro,dejelascajasenblancoyescojaelbotnNo.
4. EntoncesustedverelConsejodelDa,quepodrcerrarlodespusdeleerlo.
2.3.1 CambiandoAsociacionesdeArchivos
Siustednoseleccionlosformatos,laasociacinpuedeverseocambiarseencualquiertiempo
escogiendo del men Archivo la opcin Asociacin de Archivos (File Association). Si
seleccion todos los formatos, entonces usted recibe un mensaje, todos los tipos de archivo
soportadosestnasociadosconlapresenteversin. Enestecaso,paracambiarlaasociacin
dearchivos,debehacerloatravsdeWindowsExplorer.
1. AbraWindowsExplorer,yseleccioneunarchivoconelquequiereasociarlaextensin.
2. TengapresionadalateclaSHIFTyhagaclicconelbotnderechosobreelarchivo.Desdeel
menemergente,seleccioneAbrircon...
3. Escoja la aplicacin que usted quiere usar para abrir el archivo y seleccione Siempre usar
esteprograma.
4. HagaClicsobreOKycierre WindowsExplorer.
2.4 Cambi andoDirectoriosporDefecto
SiustedestacorriendounacopiadeChemSketchparausuarioindividual,lascaractersticasdel
directoriopordefectosonigualmenterefinadas.
Si tiene una copia para trabajo en red, es aconsejable cambiar el directorio por defecto en el
software ACD/Labs as que el drive por defecto para guardar los trabajos es el disco duro del
usuario y no el del servidor remoto. Despus de crear el acceso local para cada limitado o
ilimitadonmeroderegistros,entoncesparacadainstalacinlocal:
1. EnlaventanaChemSketch,desdeelmenOpciones,escojaelcomandoPreferencias.
2. HagaclicsobreeltabuladorGeneral.Enlaparteinferiordelacajaespecifiqueeldirectorio
queseabrircadavezqueustedabralacajadedialogoImportar,Abrir,Guardar,Exportar
enlaventanadelChemSketch:
Nota EnlacajaPrivada ustedpuedeescogereldirectorioparagrabarlaconfiguracin
delprogramaChemSketch(porejemplo.,archivostemplate.cfgyqrstyles.stl).
1. HacerclicenOK.
2.5 ModosEstructurayDi buj o
Cuandoinicia ACD/ChemSketch,ustedencuentramuchoscomandosmenybotonesdebarras
deherramientasqueapareceninactivos.Ellosseharndisponiblestanprontocomodibujeuna
estructura.
EnlaventanadeChemSketch,haydosmodos,EstructurayDibujo.Ustedlosescogeusando
losbotonesenlaesquinasuperiorizquierda:
en el modo Estructura usted dibuja estructuras y esquemas de reaccin mientras que el modo
Dibujolepresentaherramientasparaentrartextoydibujardiferentesobjetosgrficos.
2.5.1 PantallaModoEstructura
Abajo puede ver la pantalla habilitada del modo Estructura. Los nombres y posiciones de las
barrasdeherramientas,puedenusarseatravsdelaguacompleta.
Titl ebar
Menubar
Statusbar
Col orPal ette
Structuretool bar
ChemBasictoolbar
Generaltoolbar
Workspace
Atoms
toolbar
Reference
toolbar
LabarraTitulo muestraelnombredelprogramayelnombredelarchivoabierto.Elnombrepor
defectodelarchivoesNONAMExx.SK2,dondexxesuncontador.
BarraMencontieneunaseriedepalabras.Cadaunavinculaaunalista(menu)decomandos
relacionadosparatrabajarenlaventanadeChemSketchenelmodoEstructura.
Barra de Herramientas General localizada al lado derecho debajo de la barra men, incluye
herramientasque estn presentes en los dos modos y le ayudarn con tareas relevantes para
losdosmodostalcomo:guardaryabrirarchivos,deshacer/rehaceroperaciones,copiarypegar,
acercarseyalejarse,comotambininsertardiferentesplantillas.
BarradeHerramientasChemBasiclocalizadadebajodelabarradeherramientasGenerales
opcional y contiene utilitarios (Goodies) u otras aplicaciones ChemBasics. Para ms detalles
referirsealcaptulo13.
Barra de herramientas Estructura ubicada al lado derecho arriba de la zona de trabajo y
solamenteestapresenteenelmodoEstructura.Contieneherramientasparadibujarymanipular
estructurasqumicas.
Barradeherramientastomosdesplazadaverticalmentealladoizquierdodelapantallaenla
esquina izquierda, contiene botones que representan tomos y herramientas para cambiar
propiedadesdelostomos(carga,valencia,numeracin,etc.).
BarradeherramientasReferencialocalizadaalladoderechodelaventana,contienelaTabla
deRadicalesydiferentesbotonesquerepresentanradicalesyahechosqueustedpuedetomar
delatabla.UstedpuedeademsaccederalDiccionariodesdeestabarradeherramientas.
Espaciodetrabajoeselreaabiertaenelcentrodonde sedibujanlasestructuras. (Ejemplo
mostrado.)
PaletadeColoresalfinaldelazonadetrabajolepermiteaccederrpidamentealoscoloresde
los tomos y los enlaces en la estructura qumica seleccionada (presionando con el botn
derechodelratnsobreelcolor).
BarradeEstadocontiene informacinquepuedeusarsealmomento:nombredelarchivoSK2
queustedestatrabajando,nmerodefragmentosenlazonadetrabajo,frmulamoleculardela
estructuraseleccionadayotraspropiedadesdisponiblesparaesaestructura. Estabarratambin
contieneunbotnparaaccesoautomticoaILab.
2.5.2 PantallaModoDibujo
Abajo puede ver la pantalla en el modo Dibujo habilitado. Se introducen los nombres y
posicionesdelasbarrasdeherramientas,paraserusadasdurantelagua.
Titlebar
Menubar
Statusbar
ColorPalette
Editi ngtoolbar
ChemBasictoolbar
Generaltool bar
Workspace
Drawing
tool bar
Barra Titulo muestra el nombre del programa y el nombre del archivo activo. Por defecto el
nombredelarchivoesNONAMExx.SK2,dondexxesuncontador.
BarraMencontieneunaseriedepalabras.Cadaunavinculaaunalista(menu)decomandos
relacionadosparatrabajarenelmodoDibujodelaventanadeChemSketch.
Barra de herramientas General localizada allado derecho debajo de la barramen eincluye
herramientasqueestnpresentesenlosdosmodosyleayudarnenlastareasgeneralescomo
guardar y abrir archivos, rehacer/deshacer operaciones, copiar y pegar, alejar y acercar e
insertardiferentesplantillas.
Barra de herramientas ChemBasiclocalizada debajo de la barra de herramientasGeneral es
opcional y contiene ayudas para otras aplicaciones ChemBasic. Para ms detalles referirse al
captulo13.
BarradeherramientasEdicinubicadadebajodelabarradeherramientasGeneral,soloest
presente en el modo Dibujo, incorpora herramientas para edicin y manipulacin de objetos
grficos.
Barra de herramientas Dibujo desplazada verticalmente al lado izquierdo de la pantalla,
contienebotonesparadibujarobjetosgrficosytexto.
Zonadetrabajoeselreaabiertaenelcentrodondesedibujanlosobjetosgrficosyseteclea
texto.
Paleta de Colores en la parte inferior de la zona de trabajo, permite colorear rpidamente
objetosseleccionados(haciendoclicconelbotnderechosobreloscolores).
BarradeEstadocontieneinformacinquepuedeusarsealinstante:nombredelarchivo,estado
deldocumentoynmerodepgina.
2.6 SalirdeChemSketch
Ustedpuedesalirdelprogramaporcualquieradelassiguientesvas:
Haciendoclic enlaesquinasuperiorderechadelabarradettulodecualquierventana
O
DesdeelmenACD/LabsescogerelcomandoCerrartodo.Estocerrartodoslos
programasACDabiertosunoacontinuacindelotro.
O
seleccionarelcomandoSalirdelmenArchivo.EstocerrarsoloelprogramaACD
activo.
Ustedestarhabilitadoparasalvarsutrabajoenelformatodearchivoapropiado,dependiendo
delaventanaqueestcerrando.
3. DibujarEstructurasSimples
3.1 Obj eti vos
En este captulo se consideran las bases para el dibujo de estructuras, las cuales solo se
permiten en el modo Estructura. El objeto de este captulo es dar un panorama de las
caractersticasdeldibujoenqumicadeChemSketch.Enestaseccinaprendera:
Dibujartomos,enlaces(simples,dobles,triplesacuados,coordenados,indefinidos)y
etiquetas
Girarunaestructuramoleculardibujada
seleccionar,rotaryredimensionarestructurasdibujadas
enviarlaestructuraaunarchivo,documentooimpresoray
limpiarlapantalla.
DibujarenlacesytomoseslaactividadbsicaenelespaciodetrabajodeChemSketch.
AsegresequeestenelmodoEstructuraparalassiguientesacciones:
3.2 DibujarAtomos,Enl acesyEti quetas
3.2.1 UsodelaherramientaDibujoNormal
La herramienta Dibujo Normal es la herramienta por defecto cuando se inicia el programa. En
este modo usted puede fcilmente dibujar cadenas normales o ramificadas y remplazar los
tomosdibujadosconotrostomosdelaTablaPeridicadeElementos.
1. Asegresequelaherramienta DibujoNormal esthabilitadaenlabarrade
herramientas EstructurayqueeltomodeCarbono estaseleccionadoenlabarra
tomos.
2. HagaClicenunespaciovacoparadibujarCH
4
3. HagaClicsobre el CH
4
paraadicionarungrupo CH
3
, paraobtener CH
3
CH
3
conunalongitud
deenlaceestndar.HagaClicdosvecesmssobreelmismoCarbonoparadibujar CH
3
C H
3
C H
3
4. HagaClicenelbotnColocarlosEnlacesVerticalmente(SetBondVertically) sobre
la barra Estructura y haga clic en cualquier enlace de la estructura para rotarlo en esta
orientacin:
CH
3
C H
3
CH
3
5. HagaClicenelbotnDibujoNormal sobrelabarraEstructura.
6. HagaClicsobreelCarbonoderechoparadibujar
C H
3
CH
3
CH
3
DibujarEstructurasSimples
7. Repitalospasosanterioresparadibujarlassiguientesestructuras:
C H
3
CH
3
CH
3
,
C H
3
CH
3
CH
3
,
C H
3
CH
3
CH
3
y CH
3
C H
3
CH
3
3.2.2 Doblesy TriplesEnlaces
1. Sobrelaltimaestructuradibujada,hagaclicunavezenelultimoenlaceparaubicarundoble
enlaceall:
C H
3
CH
2
CH
3
2. HagaClicenelmismolugarparaubicaruntripleenlace:
C H
3
CH
CH
3
3. HagaClicsobreeltripleenlaceparahacerdeNuevounenlacesencillo.
3.2.3 BorradoIndividualdeAtomos
Sihaadicionadomuchostomos,ustedpuederemoverlosdeunoenuno.
1. HagaClicenelbotnBorrar(Delete) .
2. HagaClicsobrealgunostomosparapracticarelborrado.
3.2.4 ElComandoDeshacer
Otraimportanteoperacinescmorescataruncambioquenodeseabahaberhecho.
1. Haga Clic en el botn Deshacer (Undo) . Esto volver la pantalla del ChemSketch
exactamenteendondesehizoelltimocambio.
Nota TanprontocomoelbotnDeshaceresoprimido,elbotnRehacer(Redo)(allado
deeste)seactivar.
2. HagaClic variasvecesenelbotnDeshacer hastaqueretornealasiguienteestructura:
C H
3
CH
3
CH
3
Nota ElcomandoDeshacerpuederepetirsehasta50veces.Cuandoustedcomienzaa
dibujarmolculasmscomplejasuobjetosgrficos,serecomiendaqueadquiera
elhbitodeguardarsutrabajoenunarchivodespusdehacervarioscambios.
3.2.5 CambiarunAtomo
1. HagaClicenelbotnTablaPeridica enlabarraAtomosparaabrirlosElementosde
laTablaPeridica:
2. Haga Clic en el botn Flor . Note que el botn Flor ahora aparece en la barra
tomos.
3. HagaClicenelCarbonodelaizquierdapararemplazarloporeltomodeFlor:
CH
3
F CH
3
Nota Cuando se seleccionan nuevos elementos de laTabla Peridica deElementos,
loscorrespondientesbotonesseadicionanautomticamentealabarradetomos.
Pararemoverestosbotones,hagadobleclicencualquieradeellosodobleclicen
la barra tomosy escoja Si. Esta accin removertodo exceptolos botones de
lostomospordefecto.
3.2.6 UsodelaHerramientaDibujoContinuo
Cuando la herramienta Dibujo Continuo esta active, se pueden dibujar enlaces sobre el tomo
resaltado. Para resaltar un tomo, haga clic en este. Este modo es muy conveniente para
generarnuevostomosdeltomoseleccionado.
1. HagaclicenelbotnDibujoContinuo enlabarraEstructura.Alternativamente,puede
presionarelbotnderechodelratnparaescogerestemododedibujo.
2. AsegresequeelbotnFlor estaseleccionadoenlabarratomos.
3. Hagaclicenelcarbonoqueestamsaladerechaparaseleccionarlo.Hagaclicotravezpara
generarunflorenelcarbonoseleccionado.HagaClicdosvecessobreelmismocarbono
paragenerarunSegundotomodeflor:
F
CH3
F
F
3.2.7 UsandoelArrastredelRatn
Con las dos herramientas de dibujo, Dibujo Normal o Dibujo Continuo , arrastrar el
ratndesde untomoaotrodibujaunenlacesencilloentreellos.Siarrastradesdeunespacio
vaco,seinsertaunNuevotomoalcomienzooalfinaldelenlacedibujado.
ConlasdosherramientasactivasDibujoNormaloDibujoContinuo,lleveelpunterodelratn
desdeunodeloscarbonosterminalesyarrstrelohastaelotrocarbonoterminalparadibujarla
siguienteestructura:
F
F
F
3.2.8 Depurar (Clean)laEstructura
HagaClicenelbotnDepurar enlabarraEstructuraparaestandarizartodaslaslongitudes
deenlaceyngulosenlaestructuradibujadaparaobtenerlosiguiente:
F
F
F
Nota el comando Depurar no solo estandariza todas las longitudes de enlace sino los
ngulosparahacerlaestructuramsagradablehacequelaestructuradibujada
se cierre para hacerla qumicamente correcta. Para fragmentos aciclicos, por
ejemplo, ubica los enlaces cerca de los carbonos sp
2
a un ngulo de 120
o
y los
enlaces cercanos a los carbonos sp a 180
o
(lineales). Si dibuja ismeros
geomtricosyestreoismeros,elcomando"depurar"estandarizasuslongitudes
deenlaceyngulosmientrasretienetodossussignificadosestructurales.
3.2.9 UsodelaherramientaenlacesEstereos,Coordinadoseindefinidos
Ustedpuededibujarunaampliavariedaddeenlaces,ademsdelasconexionesordinarias:
Enlacesestreodirigidoshaciausted
Enlacesestreodirigidoshaciaatrs

Enlacescoordinados
Yenlacesindefinidos .
Seleccione una de estas herramientas y haga clic sobre cualquier enlace en la estructura
dibujada. Haga clic repetidamente sobre un enlace estreo o coordinado para cambiar su
direccin.
3.2.10 EditandoEtiquetasdeAtomos
La herramienta Editar Etiquetas de tomos le permite sustituir tomos terminales con
abreviaturascortas.
1. Haga Clic en el botn Editar Etiquetasde tomosdesde la barra tomosen el tomo de
florqueestamsaladerechadelaestructuradibujada.
2. eneldialogoEditarEtiqueta,teclee(CH2)3PhyhagaclicenInsertar.Notequelaetiqueta
esinsertadaenlaposicinescogidaylosndicessecolocanautomticamente:
F
F
(CH
2
)
3
Ph
3. SeleccionelaherramientaCambiarPosicin yhagaclicenlaetiquetaparainvertirla:
F
F
Ph(H
2
C)
3
I mportante Si usted hace clic sobre la etiqueta con la herramienta Cambio de
Posicin (Change Position) activa mientras mantiene presionada la tecla
SHIFT,elpuntodeconexindelaetiquetasecambiar.
4. Con la herramienta Editar Etiquetas de tomos activa haga clic sobre la abreviatura
obtenidaparaabrireldialogoEditarEtiquetasdenuevo. Entonceshagaclicsobreelbotn
Expandirparaobtenerlasiguienteestructura:
F
F
3.2.11 HerramientaDibujarCadenas
UsandolaherramientaDibujarCadenas,ustedpuedefcilmentedibujarcadenascortaso
largasconunsimpleclicyarrastredelratn.
1. HagaClicenelbotnDibujarCadenas delabarraEstructuraylleveelpunterodelratn
haciaeltomoindicadoporlaflecha:
F
F
2. Presione el botn del ratn y arrstrelo sobre el lado izquierdo. Tan pronto como mueva el
ratn desde la estructura, se crea una cadena de carbonos. Note que el contador de
carbonos(C#)localizadoalladodelaflechadelratncambiaconcadacarbonoadicionado
o removido. Contine hasta que el contador alcanceC 8, entonces libere el botn del ratn
parafinalizarlacadena:
F
F
C H3
3. con la herramienta Dibujar Cadenas activa seleccione el botn Flor desde la barra
tomosyhagaclicenelgrupoCH
3
delaizquierdatresvecesparagenerartrestomosde
flor. Entonces haga clic en el botn Depurar (Clean) en la barra Estructura para
obtenerlasiguienteestructura:
F
F
F
F
F
3.3 GirandoEstructuras
Usted puede rotar o girar la estructura completa con un simple clic. Intente las tres primeras
operacionessobreelenlacerodeadoconuncrculoenlamolculadecafena:
N
N
N
N O
O
C H
3
C H
3
CH
3
Intentelasdosltimasoperacionessobrelamolcula,unavezquehasidoseleccionada.
Botn Funcin Resultado
Seleccioneestebotnyhagaclicsobre
elenlaceparaubicarlohorizontalmente,
rotando el resto de la estructura
consecuentemente.
N
N
N N
O
O C H
3
CH
3
CH
3
Botn Funcin Resultado
Seleccioneestebotnyhagaclicsobre
el enlace para girarlo verticalmente,
rotandoaselrestodelamolcula.
N
N
N
N
O
O
CH
3
C H
3
CH
3
Girelaestructuraalrededordelenlace
escogido.
N
N
N
N
O
O
C H
3
CH
3
CH
3
Seleccione primero toda la molcula (o
fragmento).Estebotngiralaestructura
o fragmento seleccionado (o si nada
esta seleccionado toda la estructura
dibujada)desdearribahaciaabajo.
N
N
N
N O
O
C H
3
C H
3
CH
3
Seleccione primero toda la molcula (o
fragmento). Este botn gira el
fragmento o la estructura seleccionada
(osinohaynadaseleccionado,setoma
todas las estructura dibujadas) de
izquierdaaderecha.
N
N
N
N O
O
CH
3
CH
3
C H
3
I mportante AlaplicarlaherramientaGirarpuedecambiarlaconfiguracinestreo.
Paracontrolaresto,desdeelmenOpcionesseleccionePreferenciasy
escojalaopcinEstructura.Alfinaldelpanelestelreadeguardarestreo
configuracin(KeepStereoConfigurationon):
estoscontrolesharnqueelprogramarecuerdecomo cierto losarreglos3D
delamolcula.RecomendamosqueseseleccioneGirar(Flips).Eneste
caso,lamolculaanterioreslamismaquelamolculadespusdelgiro,
aunquesurepresentacinhacambiado:
Cl
CH
3
Br
H
Cl
CH
3
Br
H
Yes
ParaelcasodeNo,lasmolculasantesydespusdelgiroson
enantimeros:
Cl
CH
3
Br
H
Cl
CH
3
Br
H
No
3.4 Selecci onar,Rotar,yRotaren3D
Usted puede seleccionar tomos, enlaces y fragmentos por dos diferentes formas, usando la
segundafiladebotones.Tratedehacerloconlasmolculasqueustedhadiseadocon:
elSelectorLaso o
elSelectorRectngulo .
Unavezqueelolosfragmento(s)hansidoseleccionados,haytrescaminosparahacer
movimientos:
Mover ,
Rotar/Redimensionar ,
Rotaren3D ,
oustedpuederealizarotrasoperaciones:
Borrar ,
Optimizacin3D .o
Optimizacin2D(oDepurar)
.
3.5 Salir
Tanprontocomoustedhayadibujadounaomsestructuraspuedeguardarlasenunarchiveo
imprimirlas o insertarlas en otras aplicaciones tal como MS Word, Excel, etc. Usted puede
tambin usar la(s) estructura(s) dibujada(s) para intentar llevarlas a los servicios de ILab
(referirsealCaptulo4).
3.5.1 Guardandounarchi voChemSketch(SK2)
Permtanos guardar el documento con las estructuras creadas en las secciones previas en el
formatopropiodeACD,
2
comounarchivoquellamaremoschapter3.sk2.
1. desdeelmenArchivoescojaGuardar.
2. enlacajadedialogoqueaparece,especificarelnombredelarchivoyeldirectoriodondeel
archivoserubicado.HagaclicenOK.
2
Los detalles para el formato de archivo SK2 se encuentran en el Formato de documento
disponibleenhttp://www.acdlabs.com/download/#misc.
3.5.2 SalvandounaEstructuracomounarchivoMoldeMDL
Un formato estndar compartido por muchos programas es el formato mol, desarrollado por
MDL, Inc. Note que este no retiene imgenes grficas, texto, etc. nicamente retiene la
estructuramolecular.
1. Seleccionelaestructuraqueustedquiereguardarcomounarchivomol.
2. Desde el men Archivo escoja el comando Exportar. Alfinal de la caja de dialogo que
apareceasegresequeseseleccionaelformatoMDLMolfiles(*.mol):
3. EspecifiqueelnombredelarchivoyeldirectorioparaguardarelarchivoyhagaclicenOK.
Nota Laversin5.0deACD/ChemSketchpuedeexportarenlossiguientesformatos:
ISIS/Sketch(*.skc),
REACCSRxnfiles(*.rxn),
CSChemDrawCHMfile(*.chm),
CMLfile(*.cml)Nuevo!,
AdobeAcrobat(*.pdf)Nuevo!,
WindowsMetafiles(*.wmf),
WindowsBitmap(*.bmp,*dib),
Paintbrush(*.pcx),
TIFFBitmaps(*.tif),
GIFBitmaps(*.gif),
MDLMOLFile(*.mol).
3.5.3 Impri mir
1. Antes de comenzar a imprimir usted puede desearverificarlos arreglos del escenario de la
pgina.DesdeelmenArchivoescojaDisposicindePgina(PageSetup)paramostrar
lacajadedialogodondeustedpuedeespecificareltamaodelpapel,orientacin,mrgenes
para la pgina y las opciones para el cartel (ms detalles sobre la creacin de carteles
puedenencontrarseenlaseccin8.7):
2. HagaclicenOKparaguardarloscambios.
3. HagaclicenelbotnPginaCompleta paraobservarcmoseverlapginaal
imprimirse.
4. Siesnecesariomuevalosobjetossobrelapginayarrglelosapropiadamente.
5. Desde el men Archivo escoja Imprimir o haga clic para mostrar la caja de dialogo
Imprimir donde usted puede especificar el nmero de copias a imprimir. Haga clic en OK
paracomenzarlaimpresin.
3.5.4 EncajarlaEstructuraenunDocumento
Algunas veces usted necesita insertar la estructura en un reporte escrito diferente a las otras
aplicacionesdeChemSketch(porejemplo,documentosWord,hojasdeclculodeExcel,etc.).
1. Seleccionelaestructurarequeridaovariasestructuras.
2. Paracopiarlaseleccinalportapapeles,hagaclicenelbotnCopiar .
ODesdeelmenEditarescojaelcomandoCopiar.
OPresioneCTRL+Censuteclado.
3. Seleccionelaaplicacindondeustedquiereinsertarlaestructuraypegueusandolafuncin
Pegardeesaaplicacin.
Nota CuandopegueestructurascopiadasdesdeChemSketchenotrasaplicaciones(por
ejemplo,MicrosoftExcel),laestructurapuedeserrepresentadacomounconjunto
de nmeros y figuras (como un archivo MDL mol). Para ubicar un cuadro de la
estructura,uselacaractersticaPegadoespecialenlaaplicacinenlacualseesta
haciendo el pegado. Para la cantidad de opciones de pegado escoja una de las
dos opciones ACD ChemSketch 2.0 Objeto o Cuadro. El formador inserta la
estructura como un objeto OLE as que le permite editar la estructura va
ChemSketchhaciendodobleclicenlafigura.
3.6 Limpiarl apantal la
Paralimpiarlapantalla,puedeescogerunadelassiguientesopciones:
Paraabrirunnuevodocumento,desdeelmenArchivoescojaelcomandoNuevo.
Escoja el botn Pgina Nueva desde el conjunto de botones de la parte superior
izquierdaparainsertarunapginanuevaenblanco.
Desde el men Editar escoja el comando Seleccionar Todo y seleccione el comando
Borrar.
HagaclicenelbotnBorrar delabarraGeneral.Hagaclicenunespaciovacolejos
de la estructura dibujada para seleccionar todas las estructuras, entonces haga clic en
cualquierestructuraparaborrartodoloquehayenlapantalla.
4. ComenzarconACD/ILab
4.1 Obj eti vos
AhoraqueustedhaaprendidocomodibujarmolculasenChemSketch,queremosquehagauna
pruebadeloquepuedehacercontodoello!
Este captulo le dar las bases para trabajar con ILab (cosas para Laboratorio Interactivo)
mediante la interfase de ChemSketch. No se provee una descripcin completa de todas las
opcionesyfuncioneseselmomentoqueustedcomience.Ustedaprender:
QueselACD/ILabyqurequiereparausaresteservicio
ComoescogerlasopcionesenelcasodequeesteconectadoaInternetporunalneao
porunproxy
CmoaccederaILabcomoinvitado
Culeslaclavedemoycmoseobtiene
CmoregistrarseaILab
Cmoactivarsucuenta
Cmoidentificarsey
Cmocalcularunapropiedad.
NosotrosusamoselservicioLibredeNombresdelaIUPACcomounejemplo.
4.2 Resumen
ACD/ILabesunserviciobasadoenInternetquelepermiteaccederinstantneamentealabase
de datos qumica de ACD y a programas de prediccin de propiedades. El ILab incluye dos
servicios,libreyconpago.Elregistroylaasociacinsonlibres.
ParaelusodelosrecursosdeACD/ILabconChemSketch,usteddebetener:
Una conexin directa a Internet (acceder a las direcciones http://www.acdlabs.com y
http://www2.acdlabs.com ) desde el PC donde usted tenga instalado el programa
ChemSketch,
Unadireccindecorreoelectrnico,
ChemSketchver.4.0oposteriorconlaadicinILabinstalado.
Si la adicin ILab ya esta instalada, cuando usted comience ChemSketch, ver la interfase
estndarconelmenadicionalILabsobrelabarrademen:
ComenzandoconACD/ILab
y el botn adicional ILab Login (remplazado por el botn ILab tan pronto como usted se
registre)enlaparteizquierdadelabarradeestado:
Si usted ha comprado ACD/ChemSketch 5.0, la adicin ILab estar presente (este ser el
conjuntoqueseinstalardurantelainstalacinregulardelsoftware).
Si nove elmen ILab, por ejemplo, si tiene laversin libre de ChemSketch, o desactiv esta
opcin durante la instalacin de su copia comprada, puede bajarla en forma libre desde
http://www.acdlabs.com/download/ilab_addon.html. Instale la Adicin en el mismo
directoriodondeseinstalChemSketch.
4.3 OpcionesdeConecci n
SisucomputadortieneaccesolibreaInternet,porfavorsalteestaseccin.
Si su computador es un computador de un grupo de trabajo protegido por una lnea o por un
servidor proxy, entonces hay algunas situaciones requeridas antes de que pueda usar
ChemSketchparaaccederalILab.
1. desdeelmenILabmostradoarriba,escojaOpciones
2. llenelosdatosenlascajasHostNameofHTTPProxy:yPort:desured.Estainformacin
puedeobtenersedesuadministradordered.
Si encuentra un mensaje de error con fallo de Requerimiento (403) o fallo de Requerimiento
(407),estosignificaqueustednopuedeaccederaILabporlaseguridaddesuservidorproxy.
Elservidorproxyrequiereautenticacindeusuario(entrandounusuario/contrasea).
Desafortunadamente,laversincorrientedelaadicinILabparaChemSketchnotieneninguna
caractersticaparamanejarestemtododeautenticacin.Enestasituacinslopodracceder
al ILab mediante un buscador Web. Muchos de los buscadores proveen las caractersticas
necesarias. Esperamos tener la autenticacin propia del proxy en la prxima versin de
ChemSketch.
4.4 AccesocomoInvitado
ElcaminorpidoparamirarcomotrabajaILabesusarelAccesocomoInvitado.Enestecaso,
usted no tiene que registrarse. Como un Usuario Invitado, puede ver la lista de servicios
disponiblesperoslopuedeusarelserviciodeNombresLibresdelaIUPAC.
1. escojaelcomandoUsuariodelmenILab
OhagaclicenelbotnUsuarioILabenlabarradeestado(verarriba).
2. enlacajadedialogoqueaparece,hagaclicenelbotnUsuarioInvitado.
3. espereduranteuntiempo(dependiendodelavelocidaddesuconexinaInternet)hastaque
aparezcaelmensajedeBienvenida.
4. HagaclicenOKparacerrarlacajadedialogo(opuedehacerclicenelbotnNoticiaspara
verlapginaWebconlasltimasnoticiasdeILab).
Ahora puedever los servicios disponibles (haga clicen el botn ILab de la barra de estado o
escojaelmenILab)yuseserviciolibredenombresdelaIUPAC.
4.5 Clcul osPermiti dos
Tan pronto como usted sea invitado (como usuario ocomoinvitado), puede comenzar a hacer
clculos. En esta versin describiremos como usar el servicio libre de los nombres de la
IUPAC.
Primero,debedibujarunaestructuradelaquequieregenerarelnombre.
1. Asegrese de que esta en el modo Estructura y usando las herramientas de ChemSketch
introducidasenelCaptulo3,dibujelaestructuradeinters.Porejemplo:
N
O
O
OH
F
CH
3
2. sihayvariasestructurasdibujadasenlapgina,seleccionelaquequieranombrar.
3. Asegresequeustedestainscrito.Verifiquelaparteizquierdadelabarradeestado.Esta
debecontenerelbotnILabylaslucesdetrficoapareceroscurecidas:
BeforeLogin: AfterLogin:
Nota Lacajamuestralacantidaddedineroqueustedtieneensucuenta(sisemuestra
ennegro)lacantidadqueusteddebe(enamarillo)siestaconectadopor unSitio
LicenciadooesunUsuarioInvitado.
4. HagaclicenelbotnILabyenelmenpanelqueapareceescojaNombrar>nombrelibre
IUPAC:
5. Apareceunacajadedialogoinformndolequenosenecesitanparmetrosadicionales.(Para
otraspropiedades,estacajade dialogopuedecontenerotrainformacinuotrasopciones.)
Haga clic en OK y en la siguiente caja muvase para confirmar su requerimiento y para
informarlodelacuota(libreenestecaso).
6. HagaclicenSi.Tanprontocomosurequerimientoseaprocesado,aparecelacajadedialogo
conlosresultados:
Nota SilosResultadosmostradosenlarecepcinnoseseleccionaronenlacajade
dialogodeOpcionesACD/ILab (menILab>Opciones),losresultadosdela
caja de dialogo no se mostrarn, pero puede ver los resultados en el
AdministradordeTareas(menILab).
8. Paracrearelreportedelnombregenerado,escojaelbotnInsertar.Laestructuradibujada,
elnombregeneradoylainformacindelosclculosILabsesacanenunahojaseparadaen
laventanaChemSketch:
Nota ParareferirlocomoclculoILabenunartculo,sesugiereescribirunafraseenla
pginadesalida.
9. Pararegresaralapginadeestructura,useelbotndeflechasdelabarradeestado(abajo).
4.6 ClavesDemo
Si usted quiere aparecer durante el acceso como Invitado y tener los clculos de la oferta
NombreGratisIUPAC,considererealizarlossiguientespasos:unaclavedemo.
Las claves Demo le permiten obtener los servicios de ILab por un periodo limitado de tiempo.
Durante este periodo de demostracin, tendr acceso a todos los servicios de ILab de forma
gratuita. Despus de que el periodo demo expire, su cuenta ILab ser cargada por una
transaccinbsica.
Las claves Demo duran dos semanas (14 das). Puede requerirle a un distribuidor o
representante de ventas una clave de un cliente para periodos ms largos de uso. Por favor
contctesedirectamenteconelAdministradorILab.
LasclavesDemosongeneradasporelAdministradordeILab.Cuandounaclavedemose
solicita,estarequiereintervencinhumana.Noesunprocesoautomticocomolaactivacinde
unacuenta.
Slounaclavedemoesgeneradaanualmenteporcuenta.Tpicamentelasclavesdemose
dan a cuentas recientemente abiertas. Las claves demo deben solicitarse, ellas no se aplican
automticamente.
La claves Demo se deben aplicar solo una vez! Ellas no deben entrarse cada vez que se
acceda al demo. Una vez que esta ha sido aplicada a la cuenta, el usuario tiene un acceso
normal.
Si hay problemas aplicando la clave demo para una cuenta ILab, el administrador puede
manualmentecolocarelperiododedemostracinparalacuenta.
4.6.1 ParaObtenerlaClaveDemo
1. EstarsegurodenoestarinscritoenILab.Siyaloest,desdeelmenILabescojaInscrito
(LogOut).
2. Desde el men ILab escoja el comando Requerir Clave Demo . Su correo por defecto
seractivadoconunmensajeestndar.Leaelmensaje,adicionelainformacinrequeriday
envela.
Nota Silacuentadecorreonocomienzaautomticamente,puedeenviarunmensajede
correo manualmente a ilab@acdlabs.com con el propsito Enveme una Clave
Demo y escriba su nombre y nmero de telfono. Note que, al solicitar la clave
demo,ustedsabequeILabesunserviciocomercialydespusquesuperiodode
demostracinacabe,ustedpagarporlosserviciosdeILab.
3. ElmensajequecontienelaClavedeAccesoDemoseenviaratravsdecorreoelectrnico
posteriormente, normalmente el siguiente da hbil. En este mensaje hallar tambin las
instruccionesparaactivarlaclave.
4.7 Regi strarse
Para poder trabajar con los servicios comerciales de ILab y para poder usar la Clave Demo,
primerodeberegistrarseyobtenersupropiacuenta.
1. SiyaestaregistradocomounInvitado,desdeelmenILabescojaLogOut.
2. Desde el men ILabescoja el comando Registrarse en ILab.Aparecer la siguiente caja
dedialogo:
3. SinotieneunaClaveDemodisponible(refirasealaSeccin4.6paramsdetalles),limpie
lacajadechequeoQuierousarmiClaveDemoyhagaclicenOK.
Nota SiquiereusarsuClaveDemo,seleccionelacorrespondientecajadechequeo.En
este caso el procedimiento de registro descrito abajo no ser diferente: algunas
cajasdedialogoadicionalesleharnpreguntasparaproveerlaClaveDemo.
4. Leaelacuerdodelicenciaqueaparecealfinalysiestadeacuerdoconlostrminos,escoja
Deacuerdo.
5. LasiguientecajadedialogolepreguntarsiyaestaregistradoenelsitiowebdeACD.Siva
ausarelserviciocomercial,serecomiendaescogerNoigualsiestaregistradoenelsitio,
los detalles que proporcion en el sitio web no sern suficientes. Haga clic en OK.
6. La forma de Registro de la Cuenta ACD/Iaparece para que usted especifique sus detalles.
Loselementosmarcadosconpuntosrojossonobligatorios:
7. EspecifiquesusdatospersonalesycuandohagaclicenOK,selepreguntarparareescribir
sucontraseaysemuestralainformacinquehaentrado.Chequearlosdetallesysitodoes
correcto,hagaclicenOK.
8. Uncorreoseenviarautomticamentealadireccindecorreoqueustedenvi.Elmensaje
tendr el asunto Su clave de activacin de ACD/ILab que debe contener la clave, como
recordarlesuusuarioycontrasea.
4.8 Acti vandosuCuentaILab
Unavezqueseharegistradoyrecibidolaclavedeactivacinpuedeactivarsucuenta.
1. Desde el men ILab escoja Activar Cuenta para que se desplace la siguiente caja de
dialogo:
2. Tecleeelusuarioylaclavedeactivacinquerecibienelmensajedecorreo.Hagaclicen
OKparacomenzarlaactivacin.
I mportante Usted puede copiar y pegar la clave desde su mensaje de coreo
directamenteenlacajadedialogousandoCTRL+CyCTRL+V.
3. Recibir una confirmacin de que su clavefue aplicada exitosamente. Sucuenta ILab esta
listaparaserusada.Estaeslanicavezquenecesitausarlaclave.
4.9 EntrarUsuarioRegistrarse(LoggingIn)
Tanprontocomoseregistrayactivasucuentaustedpuedeentrarcomousuario.
1. Desde el men ILab escoja el comando Login o haga clic en el botn ILab Login en la
barradeestado.
2. Enlacajadedialogoqueaparecetecleesuusuarioycontrasea.
Nota Enelcasodequequierainscribirsecomouninvitado,simplementehagaclicenel
correspondientebotnsinproveerusuarioycontrasea.
3. Haga clic en OK. La caja de dialogo de confirmacin aparecer cuando usted sea inscrito
exitosamenteenILab.
Nota Sinoesposiblelaconexin,aparecerunmensajedeerrorenlacajadedilogo.
Debetratardenuevoposteriormente.
4. VayaalaSeccin4.5y,siquiere,hagaclculosparaotronombredelaIUPACgratis.
5. Ahora esta listo para seleccionar cualquiera de las opciones disponibles. Desde el men I
Lab escoja el servicio que desee. Recuerde que aparecer una caja de dialogo para
confirmarsusolicitud,enlacualdebeseleccionarNo,sidecidenocontinuar.
5. DibujarEstructurasmsComplejas
5.1 Obj eti vos
Ahoraqueustedhaestudiadolasbasesdeldibujodeestructurasdescritoenelcaptulo3,yha
visto como puede usarse la estructura como entrada para los clculos basados en la web del
captulo4,puededeseardibujarestructurasmscomplejasusandoherramientasavanzadasde
ChemSketch.
Enestecaptuloaprendercomohacer:
UsodelaTabladeRadicalesparadibujarfragmentosqumicostpicos
RpidamentedibujarAnillos.
borraryremplazartomos
hacerdoblesytriplesenlaces
hacerlacargadeuntomo,dibujarcationesyanionesy
cambiarvariaspropiedadesatmicas
5.2 Usandol aTabladeRadi cal es
La Tabla de Radicales incluye estructuras prediseadas de amino cidos, sus grupos
protegidos,comolosnucletidosyotrosradicalesfrecuentementeusados.
1. Limpielapantallausandolasdirectricesdadasenlaseccinanterior.
2. HagaclicenelbotnTabladeRadicales delabarraReferenciasparadesplazarlos
radicales:
DibujarEstructurasmsComplejas
3. HagaclicenelbotnCiclohexano enlaTabladeRadicales.
4. Un botn Ciclohexano se localiza ahora en la barra Referencias al lado derecho de la
pantalla.
5. RepitaestospasosparaelbotnCiclopentano
.
Nota Cuando usted selecciona nuevos radicales de la Tabla de Radicales, el
correspondiente botn se adiciona automticamente a la barra de Referencias.
Para remover estos botones de la barra Referencias, haga doble clic en
cualquieradeellosodobleclicenlabarraReferenciasyescojaSI.
5.3 UsandoAnill os
1. Seleccioneelbotnciclopentano enlabarraReferenciasalladoderechoO
seleccionarlodelaTabladeRadicales.
2. Hagaclicenlapantallaparacrearunanillodecincomiembros.
3. Enlabarradeherramientas,seleccioneelbotnciclohexano .Ahorapongaelpuntero
del ratn en la flecha para resaltar el enlace indicado, y haga clic para crear la
siguienteestructura:
4. Repitaestospasosparacrearlasiguienteestructura
5. HagaclicenelbotnHacerelEnlaceverticalmente yclicenelenlaceindicado
pararotarlaestructuraalrededordeesteenlaceyobtenerlasiguiente
estructura:
6. HagaclicenelbotnTabladeRadicales sobrelabarraReferencias.
7. EnlaventanaTabladeRadicales,seleccioneelgrupocarboxilo
O
OH
haciendoclicenel
botnradicalcarboxilo .
8. Hagaclicsobrelostomosindicadosen paragenerargruposcarboxilos
enellos:
O H
O
O H
O
O H O
O H
O
OH
O
OH
O
5.4 BorrandoAtomosyFragmentos
Borrelostomosindicadosporflechasen
O
OH
O
OH
O
O H
O O H
O
O H
O
O H
paradibujar
O
C H
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
Ustedpuedehacerestodedosformas:borrarcadaunodelostomosindividualmente(tratado
enlaSeccin3.2.3)oborresimultneamentevariostomos.
5.4.1 BorrarVariosAtomosSimultneamente
1. Haga clic en el botn Laso On/Off de la barra Estructura para habilitar el modo de
seleccinLaso . NotequelaherramientaSeleccionar/Moverseactiva.
2. Arrastre para incluir todos los tomos especificados en la lnea Laso cerrada para
seleccionarlos:
O
OH
O
OH
O
O H
O O H
O
O H
O
O H
Nota Larutapunteadaenestecuadromuestralarutasugeridaincluyendolosescogidos
y que no aparecern en su espacio de trabajo. Se seleccionan los tomos
enlazadosenlacurva.
3. HagaclicenelbotnBorrar enlabarradeHerramientasGeneral.
4. Hagaclicentodoslostomosresaltadossimultneamenteparaborrarlosalmismotiempo.
Nota Ustedpuede seleccionartomos,enlacesyfragmentosdedosformas,usandoel
selector Laso o el selector Rectngulo . Para deseleccionar el
fragmento(s),hagaclicencualquierespaciovaco.
5.5 Rempl azandoAtomos
Remplacelostomos indicadosconflechasen
O
C H
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
paradibujar
NH
N
N H
NH
N
N
O
O H
OH
OH
NH
2
NH
2
1. HagaclicenelbotnNitrgeno alladoizquierdodelabarraAtomos,luegohagaclic
sobre todos los carbonos sealados por una flecha de cabeza abierta en la estructura de
arriba.
2. Haga clic en el botn Oxgeno en la barra Atomos y luego haga clic sobre los tres
Carbonosmarcadosconunaflechaslida.
Nota Usted no puede remplazar tomos con la herramienta Dibujo Continuo (ver
Seccin3.2.6).
5.6 HacerDoblesyTri plesEnlaces
1. ConcualquieradelasherramientasDibujoNormal ,DibujoContinuo oDibujode
Cadenas activa,hagaclicsobrelosenlacesindicadosen
NH
N
N H
NH
N
N
O
O H
OH
OH
NH
2
NH
2
parahacerdoblesenlaces:
N
N
+
N H
N
N
N
O
O H
OH
OH
NH
2
NH
2
2. UsandoelbotnCambiarDoblesEnlacesoPosicindeHidrgenos laaparienciade
la estructura puede refinarse (finetuned). Seleccione este botn y haga clic en los
hidrgenos y dobles enlaces indicados. Note el movimiento del hidrgeno alrededor del
nitrgeno y del oxgeno, y el doble enlace alrededor del simple:
N
N
+
N
N H
N NH2
NH2
O
O H
OH
OH
5.7 HacerCargasyDefi nirAnionesyCationes
Enestaseccindibujaremoselsiguienteconjuntodeestructuras:
NH
2
+
CH
3
C H
3
N
CH
3
C H
3
N CH
3
C H
3
catin anin Radicallibre
NH
+
CH
3
C H
3
NH CH
3
C H
3
N
C H
3
N
C H
3
Inradical
positivo
inradical
negativo
birradicalsingulete birradicaltriplete
1. Escoja el botn Carbono en la barra tomos y verifique que la herramienta Dibujo
Normal estaactiva.Hagaclictresvecesenunlugarparadibujarlasiguienteestructura:
CH
3
C H
3
2. Escoja el botn Nitrgeno y haga clic en el carbono central para remplazarlo por un
nitrgeno:
3. HagaclicenlaesquinadelbotnIncrementar(+)Carga enlaparteizquierdadela
barratomosparaexpandirlossiguientesgrupos:
Incrementar(+)Carga
Disminuir()Carga
Radical
InRadicalPositivo
InRadicalNegativo.
4. Haga clic en el botn Disminuir () Carga y luego clic en el grupo NH para hacer un
anin:
N
CH
3
C H
3
5. ConelbotnderechoescojaIncrementar(+)Carga (oescoja desdeelgrupode
botones)yhagaclicdosvecesparahaceruncatin:
NH
2
+
CH
3
C H
3
Nota Cuandousalosbotones deCarga, o ,paracambiarlacargadeunno
metal, el correspondiente nmero de tomos de hidrgeno se adiciona
automticamente, o se remueve de este para conservar la valencia qumica
adecuada. Si cambialacarga de unmetal,la cargaes cambiada en aumentos o
disminuciones de acuerdo con la siguiente carga qumica valida del
correspondiente in. (Usted puedevervalencias comunes en la Tabla Peridica
deElementos.)
6. EscojaelbotnRadical desdeelgrupodebotonesmostradoenelpaso3yhagaclic
sobreelgrupoNH
2
paradibujarunradicallibre:
N CH
3
C H
3
7. Con el botn derecho en una zona de la hoja haga clic para escoger la herramienta In
Radical positivo o escoja el botn correspondiente y hacer clic para dibujar el in
radical positivo:
NH
+
CH
3
C H
3
8. Con el botn derecho en una zona de la hoja haga clic para escoger la herramienta In
Radical Negativo y hacer clic para dibujar el in radical negativo:
NH CH
3
C H
3
9. EscojaelbotnBorrar enlapartesuperiordelabarraGeneralyhagaclicenelgrupo
CH
3
deladerechaparaborrarlo.
10.Desdeelgrupodebotonesenelpaso3escojalaherramientaRadical yhagaclicenel
grupo NH varias veces hasta que se obtenga el siguiente birradical singulete:
N
C H
3
11.Continehaciendaclicconlaherramientaradicalhastaqueelbirradicaltripleteaparezca:
N
C H
3
5.8 Cambi andoPropiedadesdeAtomos
SiquieremostrarlavalenciaolamasaisotpicadeuntomoenunaestructuraChemSketcho
igualcambiarelaspectooeltamaodeltomodebeusarelpanelPropiedades.
1. HagaclicenelbotnSeleccionar/Mover .
2. Hagadoblecliceneltomoquequieremostrarycambiarlaspropiedades.Estohacequela
caja de dialogo Propiedades aparezca. Escoja el tabulador Propiedades de tomos:
3. Haciendoclicenlosbotones muestralasopcionesparacambiarlas
Csmbolotomo,
Hhidrgenosrelacionados,
nndicedeHidrgenosrelacionados,
qcarga,
Vvalencia,
Imasaisotpica,
Nnumeracindetomosentodalamolcula.
4. Cuando escoja los valores, haga clic en Aplicar para que el cambio aparezca
inmediatamenteeneltomoseleccionado.
6. EstructurasAvanzadas,NotacinSMILES,y
EsquemasdeReaccin
6.1 Obj eti vos
Estecaptuloeselprximopasoparadibujarestructurasmssofisticadas.Secubrendosclases
deoptimizaciones:optimizarparamostrarpropsitos(2D)yoptimizacindeacuerdoamodelos
simples de campos de fuerza (3D). si es la primera vez que esta usando ChemSketch se
recomienda que haga los ejercicios descritos aqu slo despus de completar los captulos
previos.
Enestecaptuloaprendera:
DibujarestructurascclicasdealcanosyPptidosusandolaherramientaoptimizacin2D
(depurarestructura)
convertirestructurasaformatoSMILESy viceversa
use la herramienta Optimizacin 3D para dibujar espectaculares estructuras 3D del
Biciclo[2.2.2]octano,deltripticeno,delcubanoydeldodecahedrano
dibujaresquemasdereaccin.
6.2 Optimizaci n2D
La opcin depurar (Clean) puede considerarse una optimizacin2D de la estructura dibujada,
por ejemplo, redibujar y redimensionar para estandarizar todas las longitudes de enlace y los
ngulos.Conestaopcinpuedefcilmentedibujarestructurasperfectas.Algunosejemplos:
6.2.1 CreandolaEstructuradeunCicloAlcano
CCEsta seccin se basa en la pelcula cycloalk.exe que puede bajarse de nuestro sitio
weboencontrarlaenlacarpetapelculas.
Usando la siguiente tcnica puede rpidamente dibujar un ciclo alcano correctamente.Aqu se
tienecomodibujarelCiclononano:
1. EscojaelmodoEstructura yborretodaslasestructuraspresionandoCTRL+Ay
luegoBorrar.
2. EscojalaherramientaDibujarCadenas yarrastresobrelazonadetrabajoparadibujar
unacadenade9miembros.Notequeelcursorlemuestraelnmerodetomosenlacadena.
EstructurasAvanzadas,NotacinSMILES,yEsquemasdeReaccin
3. ConelbotnderechoescojalaherramientaDibujoNormal yarrastredesdeelfinalde
untomoaotroparaconectarlosconelenlace.
4. HagaclicenelbotnDepurarEstructura paraobtenerlasiguienteestructura:
IntentedibujaranillosC
10
yC
8
usandolatcnicaanterior.
6.2.2 CreandolaEstructuradeunPptidoCclico
CCEstaseccinsebasaenlapelculapept.exequepuedebajarsedenuestrositiowebo
encontrarlaenlacarpetapelculas.
DibujemoselcicloTyrAlaTrp.DenuevoencontramosqueseusaelbotnDepurarEstructura
(CleanStructure).
1. SeleccioneelmodoEstructura yborretodaslasestructuraspresionando
CTRL+AyluegoBORRAR.
2. DesdelaVentanaPlantilla escojaeltabulador .
3. Desdelaseriedeaminocidos,hagaclicenTirosinayluegoenelespaciodetrabajopara
copiarla.
4. EnlaTabladeRadicales ,escojasecuencialmenteAlanina yTriptfano
yarrastreloscorrespondientesradicalescomoseindica:
Nota Necesitar girar la plantilla sombreada antes de localizarla en la zona de trabajo
presionandolateclaTAB.
5. ConelbotnderechoescojalaherramientaSeleccionar/Mover yarrastreelgrupoNH
2
haciaelgrupoOHcomosemuestra:
6. HagaclicenelbotnDepurarEstructura paraobtenerlasiguienteestructura:
Intentedibujarcualquierotropptidocclico,porejemplolaGramicidinaS:
6.3 NotasSMILESNuevoen5.0!
Laversin5.0deACD/ChemSketchpuedeconvertirhilerasaestructurasSMILESIntroduccina
la Lnea de Entrada para la Especificacin Molecular Simplificada (Simplified Molecular Input
LineEntrySpecification)yconvertirestructurasaSMILES.Msdetallesacercadeesteformato
pueden encontrarse en el sitio web Sistemas de Informacin Qumica de Luz Natural (Daylight
ChemicalInformationSystems,Inc.)enlasiguientedireccinwww:
http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/smilesintro.html
6.3.1 GenerandoNotasSMILES
Ahora trataremos de crear una hilera SMILES para el pptido cclico dibujado en la Seccin
6.2.2.
1. Sitienevariasestructurasdibujadasenunapgina,Seleccioneunaalaquelequieragenerar
lahileraSMILES,ennuestrocasoesteeselpptidocclico.
2. Del men Herramientas escoja el comando Generar Nota SMILES. La hilera generada
apareceenlaestructuradeabajo:
O
N H
O H
N
H
O
NH
CH
3
O
N
H
C4(=O)C(Cc1ccc(cc1)O)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc2cnc3c2cccc3)N4)C
3. Puede copiar el texto seleccionndolo y presionando CTRL+C para copiarla en el
portapapeles de Windows. Luego pegar en cualquier editor de texto externo como un texto
usandoelcomandomenoCTRL+V.
Nota Si tiene varias estructuras dibujadas en una pgina y quiere generar la hilera
SMILES para todas ellas, no tiene que seleccionarlas todassolo quite la
seleccin (desactive) y escoja el comando Generar Nota SMILES. La notacin
SMILESapareceparatodaslasestructurasdibujadascomounhileradondecada
notacinseseparaporunpunto.
6.3.2 GenerandoEstructurasdesdeNotasSMILES
Ahora trataremos de hacer la tarea opuestageneracin de la estructura a partir de la hilera
SMILES.Primerogeneraremoslaestructuradelanotacincreadaenlaseccinprevia.
1. Seleccioneeltextocreadocomohileraenlaseccinanterior:
2. Del men Herramientas escoja el comando Generar Estructura desde SMILES. La
estructura generada se ubica abajo del texto hilera. Como puede ver, esta es la misma
estructuraquesegenerdesdelanotacinSMILESenlaseccinprevia:
C4(=O)C(Cc1ccc(cc1)O)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc2cnc3c2cccc3)N4)C
O
O H
NH
O
NH
O
N
H
NH
C H3
3. Si no tiene el texto hilera insertado en la zona de trabajo o no esta seleccionado,
seleccionandoelcomandoGenerarEstructuradesdeSMILESdesplazarlasiguientecajade
dialogodondeustedpuedeteclearlahileramanualmente:
4. HagaclicenOKylaestructurageneradaaparececomounaplantillaadjuntaenelcursor:
5. Hagaclicenelespaciodetrabajoparalocalizarlaestructura.
6.4 Optimizaci n3D
Estaseccinexplicacomocrearestructurasquetenganngulosylongitudesdeenlacereales.
No es necesario explicar que tan difcil es dibujar molculas proporcionalmente. Las opciones
Optimizacin y la Rotacin 3D le ayudarn rpidamente a cumplir esta tarea. Estas opciones
permitencrearestructurascomplejasconfacilidadenACD/ChemSketch.
El algoritmo de la optimizacin 3D es propiedad de la versin de mecnica molecular con
campos de fuerza inicialmente basada en la parametrizacin CHARMM
3
. Las modificaciones
envuelven algunas simplificaciones y fueron proyectadas para incrementar la estabilidad y
velocidad de cmputo. Note que el optimizador 3D no es un artefacto de mecnica molecular
completo. Su diseo apunta confiablemente a reproducir conformaciones razonables
(posiblementenadarazonables)dedibujosen2D,msqueprecisamenteoptimizarestructuras
en3D.
Si el optimizador 3D produce una conformacin diferente a la que usted esperaba, no se
sorprenda.Esqueenesenciaenelanlisisconformacionaldelasmolculas,estas tpicamente
tienen muchas conformaciones. El optimizador muestra solo una, y puede no ser la esperada.
Porejemplo,probablementeesperabaunfragmentodeciclohexanoensilla,peroeloptimizador
lo gener en bote, el cual es una de sus conformaciones propias (realmente, en muchas
estructurasestefragmentoexisteenunaformaretorcida).Entalcaso,puedeintentarcorregirla
conformacin (por ejemplo, moviendo manualmente los tomos en la direccin deseada y
optimizandoen3Ddenuevolaestructura).
Puededesearhacerelanlisisconformacionaldesumolculausandounpaquetedemecnica
molecularespecialounpaquetedeoptimizacindequmicacuntica.LaestructuraChemSketch
optimizadaen3Dservircomodatodeentada.
Nota Las Estructuras nicamente pueden ser modeladas de esta forma si contiene
tomos de C (IV), H(I), F(I), CI(I), Br (I), I (I), N (III, IV), O (II), S (II, IV, VI) con
estados de valencia estndar y estados enlazantes. Las Estructuras con tomos
cargados(exceptoazidasygruposnitro)nopuedenoptimizarse.
3
B.R.Brooks,R.E.Bruccoleri,B.D.Olafson,D.J.States,S.Swaminathan,andM.Karplus.
CHARMM: Un programa para energa macromolecular, minimizacin y clculos dinmicos.
J.Comput.Chem.4187217(1983).
6.4.1 CreandolaEstructuradelBiciclo[2.2.2]octano
CCEstaseccinsebasaenlapelculabicyc.exequepuedebajarsedenuestrositiowebo
Seleccioneelmodo yborrecualquierestructuradibujadapreviamenteomoverlaa
unapginanueva.
1. DelmenOpcionesseleccionePreferenciasyescojaeltabuladorEstructura.
2. LimpielacajadechequeoAdicionarHidrgenosyhagaclicenOK.
3. EscojadelaTabladeRadicales Ciclohexano .Hagaclicenlahojadetrabajo
paraubicarelanillodeciclohexano.
4. HagaclicenlaherramientaDibujoNormal ydibujeelPuentedecarbonosarrastrando
comosemuestraenelsiguienteesquema:
5. HagaclicenelbotnOptimizacin3D paraobtenerunmodelo3Ddelaestructura
dibujada.
Nota Si hay ms de una estructura en la zona de trabajo debera seleccionar la
estructuraquequiereoptimizaren3Dutilizandocualquieradelasherramientasde
seleccin (Seleccionar/Mover , Seleccionar/Mover/Redimensionar o
Rotacin3D ).
6. Si se selecciona la caja de chequeo del Interruptor para el modo de Rotacin 3D en el
tabulador Estructura de la caja de dialogo Preferencias (men Opciones), usted estar
automticamente apto para el modo de rotacin 3D despus que la optimizacin 3D se
complete. Si no se ha seleccionado, escoja la herramienta Rotacin 3D . Ubique el
cursordelratn sobrecualquiertomooenlaceenlaestructuray arrastre elratn sobrela
hojadetrabajopararotarlaestructurahastaqueestaselocalicecomosemuestra
Nota DelmenOpciones,seleccionePreferenciasyhagacliceneltabulador
Estructuradelacajadedialogo.Puedeescogersielenlacedelfondodebera
estarsueltoono,seleccionandoodepurandoenlacajadechequeoHabilitar en
laseccinInterseccindeEnlaces.
Puedecambiarlaposicindelosenlacescruzadosaplicandoloscomandos Traer
EnlacealFrente(CTRL+F)oEnviarEnlacealFondo(CTRL+K)(men
Herramientas)paraelenlaceseleccionado.Puedetambintraerelenlacedel
fondoalfrentehaciendoclicsobreesteconlaherramientaCambiarPosicin
activa mientrasmantienepresionadalateclaSHIFT.
Intente dibujar las siguientes estructuras usted mismo usando las tcnicas
anteriores
Biciclo[2.2.1]heptano
Biciclo[4.2.1]nonano
6.4.2 CreandolaEstructuradelTripticeno
CCEstaseccinsebasaenlapelculatriptyc.exequepuedebajarsedenuestrositioweb
oencontrarlaenlacarpetapelculas.
Escojaelmodo yborrecualquierestructuradiseadapreviamenteomoverlaauna
pginanueva.
1. Dibujelaestructuradelbiciclo[2.2.2]octanocomosedescribiarribaOhagaclicenelbotn
Ventana Plantilla en la barra Estructura, luego haga clic en el tabulador Biciclos
,yseleccionelaestructuraapropiada.
2. EscojadelaTabladeRadicales Benceno .
3. Posicioneelcursorsobreelenlaceayhagaclicparaunirelbencenoaesteenlace:
4. Repitalospasos23paralosenlacesbycparaobtenerlasiguienteestructura:
5. Si hay ms de una estructura en la zona de trabajo, Seleccione la estructura que quiere
optimizar en 3D usando cualquiera de las herramientas de seleccin (Seleccionar/Mover
,Seleccionar/Rotar/Redimensionar oRotacin3D ).
6. Haga clic en el botn Optimizacin 3D para obtener un modelo 3D de la estructura
dibujada:
7. SiseseleccionaelinterruptorMododeRotacin3DeneltabuladorEstructuradelacajade
dialogo Preferencias (men Opciones), el programa automticamente activar el modo
Rotacin 3D despus que se haya completa la optimizacin 3D si no esta seleccionado,
seleccione la herramienta Rotacin 3D . Ubique el cursor del ratn sobre cualquier
tomo o enlace dela estructuray arrastre el ratn sobre la zona detrabajo para obtenerla
proyeccinquequiera.
8. EscojadelmenHerramientas MostrarAromaticidadparamostrarlosanillosaromticos:
6.4.3 CreandolaEstructuradelCubano
CCEstaseccinsebasaenlapelculaPr_cub.exequesepuedebajardenuestrositioweb
Seleccioneelmodo yborrecualquierestructuraomuvalaaunapginanueva.
1. DelaTabladeRadicales escojaCiclobutano .Hagaclicdosvecesenlazona
detrabajoparaubicardosAnillosdecuatromiembrosunobajoelotro.Escojalaherramienta
Dibujo Normal y conecte las esquinas de la molcula de ciclobutano con enlaces
arrastrando desde un tomo al otro como se muestra en la figura:
2. Haga clic en el botn Optimizacin 3D para obtener el modelo 3D de la estructura
dibujada.
3. SeleccionelaherramientaRotacin3D sinoestaseleccionada.
4. Pongaelcursordelratnsobrecualquiertomooenlacedelaestructurayarrastreelratn
sobrelazonadetrabajoparaobtenerlaproyeccinquequiera:
Nota Del men Opciones, seleccione Preferencias y haga clic en el tabulador
Estructura de la caja de dialogo. Puede seleccionar si el enlace de fondo esta
separado o no seleccionando o depurando en la caja de chequeo Habilitar dela
seccin Interseccin de Enlaces.
PuedecambiarlaposicindelosenlacescruzadosaplicandoloscomandosTraer
Enlace al Frente (CTRL+ F) o Enviar Enlace al Fondo (CTRL+ K) (men
Herramientas) para el enlace seleccionado. Puede traer el enlace del fondo al
frentehaciendoclicsobreesteconlaherramientaCambiarPosicin activa
mientrasmantienepresionadalateclaSHIFT.
Intentedibujarlassiguientesestructurasconlastcnicasanteriores
Prismano
Hexaciclo[4.2.0.0
2,5
.0
3,9
.0
4,8
.0
7,10
]decano
6.4.4 CreandolaEstructuradelDodecahedrano([5]FullereneC
20
)
CCEstaseccinsebasaenlapelculafuller.exequepuedebajarsedenuestrositiowebo
Seleccioneelmodo yborrecualquierdibujoprevioomuvaloaunapginanueva.
1. DelaTabladeRadicales escojaCiclopentano .Hagaclicenlazonadetrabajo
paraubicarelanillodeciclopentano.
2. Consecuentementeposicioneelpunterodelratnsobrecualquierenlacedelanilloyhagaclic
paraunirotroscincoanillos:
3. ConelbotnderechohagaclicparaactivarlaherramientaSeleccionar/Mover .
4. Arrastremoviendolostomosa,c,e,g,ihacialostomosb,d,f,h,jdeacuerdoacomose
muestraenelsiguienteesquemaparacombinarlos:
5. SeleccioneelbotnCarbono sobrelabarratomosyhagaclicdirectamentesobrelos
puntos indicados por flechas para adicionar ms tomos y enlaces:
6. Conecte el grupo metilo adyacente con un enlace simple arrastrando desde un tomo
terminal a otro para obtener la siguiente estructura:
7. HagaclicenelbotnOptimizacin3D paraobtenerelmodelo3Ddelaestructura
dibujada.
I mportante Silaoptimizacinproduceunaestructura geomtricatipoMoebiusen
lugardeunaestructuratipofulereno
la optimizacin ha convergido a un valor no usual. Use el botn Deshacer
pararegresarasuestructurapreoptimizada.Luego,apliqu laherramienta
Depurar Estructura o, usando la herramienta Seleccionar/Mover, mueva
algunodelostomosligeramenteyoptimicedenuevo.
8. SeleccionelaherramientaRotacin3D .Ubiqueelcursordelratnsobrecualquier
tomooenlaceenlaestructurauarrastreelratnsobrelazonadetrabajoparaobtenerla
proyeccinquequiera.
Nota DesdeelmenOpciones,seleccionePreferenciasyhagacliceneltabulador
Estructuradelacajadedialogo.Puedeseleccionarsielenlacedefondoesta
separadoonoseleccionandoodepurandoenlacajadechequeoHabilitardela
seccinInterseccindeEnlaces.
Puedecambiarlaposicindelosenlacescruzadosaplicandoloscomandos Traer
EnlacealFrente(CTRL+F)oEnviarEnlacealFondo(CTRL+K)(men
Herramientas)paraelenlaceseleccionado.Puedetraerelenlacedelfondoal
frentehaciendoclicsobreesteconlaherramientaCambiarPosicin activa
mientrasmantienepresionadalateclaSHIFT.
Intentedibujarlassiguientesestructurasconlastcnicasanteriores
[4,6]FullereneC
24
[5,6]FullereneC
24
6.5 DibujandoEsquemasdeReaccin
CCEsta seccin se basa en la pelcula reaction.exe que puede bajarse de nuestro sitio
Enestaseccindibujaremoselsiguienteesquemadereaccin:
+
1. De la Tabla de Radicales escoja Benceno (si previamente ha usado esta
plantilla,puedeencontrarlaalladoderechodelabarraReferencia).
2. PresionelateclaTABparagirarlaplantillasombreadaydibujelasiguienteestructura
haciendoclicenlazonadetrabajovariasveces:
Nota Para dibujar Anillosfusionados, ubique el cursor directamente sobre el enlace de
unanilloyhagaclic.
3. Presione TAB para girar la imagen de Nuevo y luego haga clic al lado de la estructura
dibujada para posicionar un anillo separado. Con el botn derecho oculte la plantilla.
4. HagaclicenlaherramientaDibujoNormalenlapartesuperiordelabarraEstructurayhaga
clicsobreelenlacedelanilloparageneraruntripleenlace:
5. DibujelaestructuradelTripticenocomosedescribienlaSeccin6.3.2ypngaloalladode
laotraestructuradibujada:
6. DelabarraEstructuraescojalaherramientaMsdeReaccin yhagaclicentrela
primeraysegundaestructuraparacolocarla:
+
7. HagaclicenlaherramientaFlechadeReaccin yluegohagaclicoarrastrepara
posicionarladondesequiera:
+
Nota Haciendo clic en la esquina del botn Flecha de Reaccin puede escoger una
variedad de flechas. Algunas flechas son tratadas como objetos Grficos, sin
embargo,puedennoexportarseadecuadamente.
8. Para mover el signo ms o la flecha, en la herramienta Seleccionar/Mover , con el
punteroenelobjetoarrastre.
7. DibujoAvanzado:Plantillas
7.1 Obj eti vos
Este captulo presenta otros pasos para adquirir experiencia en dibujo avanzado, una vez que
ustedhayadominadolapotenciadelascaractersticasdelasplantillas.Ustedaprendera:
Algunosusosdelasplantillasquelepuedenayudar
CmoaplicarlaherramientaPlantillaInstantneaparadibujarestructurasquecontengan
fragmentosrepetidos
MsformasdeusodelaTabladeRadicales
CmousarlaVentanaPlantillaparadibujarmolculasdeADNybiomolculascomplejas
Cmocrearsuspropiasplantillasy
QuplantillasestndisponiblesennuestrositioWeb.
7.2 Resumen
ACD/ChemSketchincluye3herramientasdeplantillasparaestructuras:
TabladeRadicales
PlantillaInstantnea y
VentanaPlantilla
Mientras que el punto de enlace de cualquier plantilla en la Tabla de Radicales es fija
(invariable),la Ventana Plantilla yla herramienta Plantilla Instantnea le permite especificar
cualquier tomo o enlace para enlazarlo a un punto simplemente con un clic sobre este. Sin
embargo, no importa cual sea la fuente de la plantilla, los principios de asociacin son los
mismos.Hayvarioscaminosparaasociarlasplantillasconlaestructuradibujada:
Usando los enlaces de la estructura y la plantilla: ponga el puntero del ratn sobre el
enlaceasqueloscorrespondientesenlacesylaplantillaseunan,entonceshagaclic
Ligando o uniendo la plantilla a la estructura: ponga el puntero del ratn sobre el
correspondiente tomo de la estructura as que los enlaces conectados aparezcan y
entonceshagaunclic
Haciendounaconexincclicaentrelaplantillaylaestructura:pongaelpunterodelratn
sobreeltomoquequiereenlazarymantengapresionadalateclaSHIFT.
Nota UstedpuedegirarlaplantillasombreadaantesdefijarlapresionandolateclaTAB.
DibujoAvanzado:
7.3 TabladeRadi cal es
La Tabla de Radicales es un conjunto de radicales qumicos para dibujar estructuras. Sus
nombres y en algunos casos abreviaturas se listan para ayudarlo a trasladar rpidamente
taquigrafaqumicadentrodeunamolculasignificativa.
7.3.1 CreandolaEstructuradeFluorescamina
CCEstaseccinestabasadaenlapelculafluor.exelacualpuedebajarsedenuestrositio
O
O
O O
1. EscojaelmodoEstructura yborretodaslasestructuras.
2. HagaclicenelbotnTabladeRadicales enlaesquinasuperiorderechadela
ventanadeChemSketch.Hagaclicen Ciclopentano .
3. HagaClicenlazonadetrabajodeChemSketchparacopiarelanillo.
4. HagacliceneltomoindicadomientrasmantienepresionadalateclaSHIFTparaobtenerla
conexincclicaconelsegundoanillodeciclopentano:
5. DesdelaTabladeRadicales escojaBenceno .Primerohagaclicsobreel
enlaceindicadoparaunirelanillodebenceno,entonceshagaclicsobreeltomoindicado
paraconectarelradicalfenilo:
6. EscojaelbotnOxigeno delabarratomos(notequelaherramientaDibujoNormal
automticamentesehabilita).Hagaclicsobrelostomosindicadospararemplazarlos
DibujoAvanzado:
conlostomosdeoxgeno:
7. OprimaelbotnderechoparaseleccionarrpidamentelaherramientaDibujoContinuo .
HagadobleclicsobrelostomosindicadosparaunirlosgruposOHaellos:
8. Hagaclicsobreelenlacesimpleindicadopararemplazarloporundobleenlace:
7.4 HerramientaPlanti llaInstantnea
SiustedquierecopiarunfragmentomolecularquenoesteenlaTabladeRadicales. Usteddebe
pensarenlaherramientaPlantillaInstantnea comouncomandoPegar.Estoesmejor
queelsimplepegado,porqueustedpuedeespecificarelpuntodeunin.
DibujoAvanzado:
7.4.1 CreandolaEstructuradeunOligmeroCclico
CCEsta seccin se basa en la pelcula oligomer.exe que puede bajarse de nuestro sitio
1. Escoja elmodo Estructura y borre todas las estructuras presionando CTRL+A y
DELETE.
2. Desde la Tabla de Radicales escoja Benceno . Ponga el cursor en la mitad
superiordelazonadetrabajoyhagaclicparalocalizarelanillodebenceno.
3. DesdelaTabladeRadicalesescojaEtinilo yhagaclicsobreeltomoindicadoconla
flechaparaunirloalanillo:
4. EscojalaherramientaPlantillaInstantnea yhagaclicsobreeltomoindicadopara
crearunaplantillainstantnea
5. Hagaclicsobreeltomoindicadoconlaflechayunalaplantilla:
6. Hagaclic deNuevoyclicsobreeltomoparacrearlaplantilladelfragmentocompleto:
DibujoAvanzado:
7. Hagaclicsobrelostomosparaunirlaplantillacomosemuestra.Paraocultarlaplantilla
hagaclicconelbotnderechodespusdefinalizareldibujo:
8. EscojalaherramientaDibujoNormal yhagaclicsobreeltomoindicadopara
completarelanillo:
7.5 VentanaPl antill a
La caracterstica de la Ventana Plantilla es la ms sofisticada de las tres plantillas en
ChemSketchporquepermiteorganizaryalmacenarestructurasodibujosquesequierancopiar
mstarde.
CC Un breve tour de plantillas ChemSketch disponibles se muestran en la pelcula
templ_st.exequepuedebajarsedenuestrositiowebohallarseenlacarpetapelculas.
7.5.1 CreandounFragmentodeMolculadeADN
CCEstaseccinsebasaenlapelculadna_st.exequepuedebajarsedesdenuestrositio
Escojaelmodo yborrelasestructuraspreviamentedibujadas.
DibujoAvanzado:
7.5.1.1 DibujarunFragmentodelacadenaDesoxirribosa5fosfato
1. AbralaVentanaPlantilla . Deltabulador escoja
2Desoxirribosa5fosfato(formacadena)haciendaclicsobreeltomoindicado:
OH
O
O
OH
O H
OH
O
P
2Deoxyriboso5phosphate
Cl ick
2. Hagaclicenlazonadetrabajoparapegarlaplantillaescogida.
3. Posicione el puntero del ratn sobre el tomo indicado y mientras mantiene presionada la
tecla SHIFT una el siguiente fragmento 2Desoxirribosa5fosfato:
OH
O
O
OH
O H
OH
O
P
Cl ick+Shift
OH
O
O
OH
O
OH
O
P
O H
O
O
OH
OH O P
4. EscojalaherramientaSeleccionar/Rotar/Redimensionar .
5. Seleccionelaparteindicadadelaestructuraarrastrandolaseleccinrectnguloalrededorde
este. Arrastre el centro de accin sobre el tomo de oxgeno indicado por la flecha.
Entonces mantenga presionada la tecla SHIFT y arrastre la parte de la estructura
seleccionada para girarla 90
o
en el sentido de las manecillas del reloj:
OH
O
O
OH
O
OH
O
P
O H
O
O
OH
OH O P
OH
O
O
OH
O
O H O P
OH
O
O O H
OH
O
P
OH
O
O
OH
O
OH
O
P
O H
O
O
OH
OH O P
DibujoAvanzado:
7.5.1.2 AdicionandolasBases
1. Abra la Ventana Plantilla . Desde el tabulador escoja la
base que usted necesita hacienda clic sobre el tomo que ser el punto de enlace. Por
ejemplo,escojauracilo,hagaclicsobreeltomodeNmostradoqueserelpuntodeenlace:
2. Posicioneelpunterodelratnsobreeltomoindicadoabajoyhagaclicmientrasmantiene
presionadalateclaSHIFT:
I mportante Ustedpuedegirarlaplantillasombreadaantesdefijarlapresionandola
teclaTAB.
3. Repitalospasos1y2paraadicionarbasesaotrosnucletidostalcomolaadenina:
AhoraintentedibujarfragmentosdeADNoARNdecualquierlongitud.
DibujoAvanzado:
7.6 DibujandoBiomolculasCompl ejas
Aqu hay algunos ejemplospara crear biomolculas complejas usando diferentes herramientas
deACD/ChemSketch.
7.6.1 CreandolaEstructurade bMaltosa
CCEsta seccin se basa en la pelcula maltose.exe que puede bajarse de nuestro sitio
1. Escojaelmodo yborrecualquierestructurapreviamentedibujada.
2. EnlaVentanaPlantilla seleccioneeltabulador yconfirme
queustedestaviendoenlapginalafrmuladeHaworth: . Si
no,hagaclicsobrelaflechadeladerechadelacajadetextoyescoja lacorrecta.
3. Haga clic una vez sobre aDGlucopiranosa para seleccionarla y haga clic en la zona de
trabajoparacopiarla.
4. Repitalospasos13,peroestavezseleccionelabetaDpiranosa y
escoja bDGlucopiranosa
5. HagaclicenlaventanaChemSketchparaubicarlaaladerechadelaprimeraestructura.
6. Escoja el botn Carbono . Haga clic en el tomo indicado en la estructura de la aD
GlucopiranosapararemplazarlaconungrupoCH
3
yentoncesarrastredesdeelgrupoCH
3
hacialaderechamientrasmantienepresionadalateclaSHIFTparadibujarelenlaceconun
ngulo recto:
7. Repitaelpaso3parala bDGlucopiranosaparaobtenerlasiguienteestructura:
DibujoAvanzado:
8. Escoja el botn Oxgeno y haga clic en el tomo indicado en la estructura bD
Glucopiranosa:
9. EscojalaherramientaSeleccionar/Mover .Hagaclicenlazonadetrabajoadyacentea
la anterior pero no tocando la bDGlucopiranosa para seleccionarla. Ponga el cursor del
ratn sobre cualquier tomo o enlace de la estructura seleccionada y arrstrelo hacia la
izquierda hasta que los correspondientes grupos OH y CH
3
se traslapen el uno al otro:
10.Si decide, oculte los hidrgenos en la estructura seleccionada escogiendo el comando
RemoverHidrgenosExplcitosdelmenHerramientas:
Nota Aunque los tomos de carbono enlazados al oxgeno central estn ocultos, ellos
estn presentes. Si el significado qumico es importante para su tarea (por
ejemplo,enelclculodelpesofrmula)ustedpuederemoverestostomosdela
siguiente forma. Con la herramienta Seleccionar/Mover activa haga doble
clic sobre los tomos ocultos. Cuando el panel Propiedades aparece, haga clic
sobreeltabulador luegosobreelbotnSmbolodetomo ydesdela
cajaValorenlalistadesplegableescojaVaco . Hagaclicsobre
Aplicar.
Intentedibujarlasiguienteestructurausandolatcnicadescritaarriba:
bCelobiosa
DibujoAvanzado:
7.7 Defi niendounaPlantil ladeUsuari o
EsfcilasignararchivosChemSketchcomounaplantilla.Desdelaprimaverade1998,nosotros
estamosofreciendoplantillaslibres,exceptoaquellasincluidasconelpaquetedeinstalacinde
ChemSketch, estas pueden bajarse desde nuestro sitio web.
4
Esta es una pgina que
intercambia plantillas, as que si usted tiene un conjunto de estructuras o dibujos que puedan
ayudarlealacomunidadChemSketchconsiderecompartirlas!
ParadesignarunarchivoChemSketchcomounaplantilla,recomendamosqueusted:
1. GuardelasestructurasquehadibujadocomoarchivosSK2enlacarpetaPlantillasOabrael
archivoSK2deintersenChemSketch.
2. DesdeelmenPlantillasescojaelcomandoSalvarPlantilladeUsuario.
3. En la caja de dialogo Salvar Plantilla de Usuario escriba el nombre para su plantilla, tal
como Alcaloides, y busque para obtener el camino para guardar su archivo, tal como
C:\ACD45\Plantillas\alcaloides.sk2. ClicenOK.
Nota Si usted entra cualquier nombre para su documento (por ejemplo, para el
documentob_d_fur.sk2elsiguientenombreAzucares:betaDFuranosadebera
sermsapropiado).
Unavezquesudocumentoestaguardadocomounaplantilladeusuario,elnombrequelepuso
seadicionaautomticamentealalistadeplantillasenlaVentanaPlantillas(accesibledesdeel
menPlantillas).
Nota Usted puede crear una plantilla de usuario de cualquier documento an si este
esta cerrado. Desde el men Plantillas, seleccione Organizador de Plantillas.
Hagaclicenel botnNuevo...,encuentreeldocumentonecesarioyasgnelesu
nombre.
7.7.1 LaVentanaOrganizadordePlantillas
La VentanaOrganizadordePlantillasesuncaminomuyconvenienteparamanejararchivos
deplantillas:lasincluidasconelsoftwareyaquellasqueustedhayadecididocrear.Justamente
le tomar un minuto para salvar su documento ChemSketch como una plantilla. Note que la
unicadiferenciaentreelarchivocomoplantillayelarchivoregular*.SK2eselhechodequeel
archivo plantilla es asignado como una plantilla en la Ventana Organizador de Plantillas.
Guardandoarchivosporestecaminotienevariasventajas:
Susarchivos*.sk2esparcidosendiferentesdirectoriosydiscossernreunidosenunsolo
lugar(enlaVentanaOrganizadordePlantillas).
Ustedpuedeasignarunnombrealaplantillasdetalformaqueseanmsdescriptivasque
elnombredelarchivoreal.Estoreflejarmejorloscontenidosdeldocumentoylepermite
rpidamentehallareldocumentoquenecesite.
Usted puede halla rpidamente el documento previsualizando sus contenidos en el rea
PrevisualizacindelaVentanaPlantillas.
Puede abrir o seleccionar un documento dela lista justamente haciendo clic en el botn
AbrirDocumento enlaVentanaOrganizadordePlantillas.
Hasta15plantillaspuedenaccederseatravsdelaVentanaPlantillas.
4
VerifiqueprimeroenlacarpetaPlantillasdelsoftwarelibreACD/ChemSketchparalaplantilla
escogida.Sinolaencuentra,vayaa,
http://www.acdlabs.com/download/download_templates.html.
DibujoAvanzado:
UstedpuedehacerlassiguientestareasconlaPlantilladeUsuario:
Modificar la plantilla. Escoja desde la Lista de Plantillas (Organizador de Plantillas) la
plantilla que necesita y haga clic en el botn Abrir Documento. Haga los cambios
necesariosyguarde.
Copiaralgunapartede suplantillaenlazonadetrabajo(ModosEstructuraoDibujo)sin
abrir el documento completo. Para hacer esto, encuentre su plantilla en la Lista de
Plantillas(VentanaPlantillas)yhagaclicsobre elelementoparaubicarloenlazonade
trabajo.
7.7.2 ElArchi voPlantilla.cfg
La clave de manejo de las plantillas en ACD/ChemSketch es el archivo plantilla.cfg. este
archivolepermiteaChemSketchconocerqueunarchivo.SK2esunarchivodeplantillamejor
queun simplearchivodeusuario.Puedeabrirseyleerseconcualquiereditordetexto,aunque
nunca necesitar hacer esto. La Ventana Plantilla accede a plantilla.cfg para permitirle saber
que archivos se muestran como plantillas. Si un archivo .SK2 no se muestra en la Ventana
Plantillas,esteseadicionaraplantilla.cfgcuandoustedabraelSK2comounarchivonormal
deChemSketchyseleccioneelcomandosalvarcomounaplantilladeusuario.
Silaplantilla.cfgesmovidaoperdida,laVentanaPlantillanomostrarningunaplantilla.Si
elarchivoplantilla.cfgseencuentra(porelExploradordeWindows,porejemplo,oporlautilidad
delsistemaBuscarArchivo)estepuedeserrecuperadoaldirectoriopordefectooaldirectorio
privadodelusuario.Sinisepuedeencontrar,puedeserrecuperadoreinstalandoChemSketcho
adicionandocadaplantillacomosedetallaenseguida.
7.7.3 PlantillasDisponibles
Desdeelotoodel2000,estaeslalistadeplantillasquesehanincluidotantoenlaversinlibre
como comercial de ChemSketch. Puede encontrarlos en la carpeta Plantillas despus de la
instalacin. Si no ve la plantilla necesita listar la Ventana Plantillas para hacer la asignacin.
(Solo se dispone de 15 espaciospara plantillas al tiempo y nosotros proveemos muchos ms
archivosSK2.)
Contenidos Nombrede
Archivo
Comentarios Muestra
Alcaloides alkaloid.sk2 11 pginas, listadas
alfabticamente por el
nombrecomn.
N
H
N
H
CH
3
H
AminoAcidos aminacid.sk2 2 pginas, con nombres de
molculas y Cradicales, y
conabreviaturasde3letras.
O
NH
2
C H
3
OH
Aniones
Nuevo!
anions.sk2 2 pginas, de aniones
inorgnicos y orgnicos con
nombres y frmulas
moleculares.
S
O
O
O O S
O
O
O
y
O
OC COO
Aromaticos aromatic.sk2 1 pgina, principalmente

con anillos de 5 y 6
miembrosconsusnombres.
Flechas arrows.sk2 2pginasdeflechaslargas,
curvas, coloreadas y
complejas. y
DibujoAvanzado:
Contenidos Nombrede
Archivo
Comentarios Muestra
Biciclos bicycles.sk2 1 pgina con estructuras de
dos o ms ciclos, muchos
deellosconnombres.
Carbohidratos sugars.sk2 3 pginas con proyecciones
de Haworth, Fisher, con
nombres. (Ver tambin
Azucaresabajo.)
O
OH
H OH
H OH
y
O
OH
O H
OH
Carbonilos carbonyl.sk2 1 pgina de fragmentos
estructurales que contienen
elenlaceC=Osinnombres.
CH
3
CH
3
CH
3
O
Carotenos carotene.sk2 5 pginas de alquenos
conjugadosconnombres.
CH3
CH3 CH3
C H3 CH3
CH3 CH3
C H3
C H3 CH3
GroupsC c_groups.sk2 1 pgina de fragmentos
estructuralesconformula.
O
CH
3
CH
3
C H
3
Cadenas chains.sk2 2 pginas de cadenas
saturadas (con nombre) y
de insaturadas (sin
nombre).
C H
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
ExmenChem chemquiz.sk2 2pginasdetextoyfiguras,
quemuestranvarias
preguntasejemplo
dibujadasdeotrasplantillas.
EteresCorona crowns.sk2 1 pgina de teres cclicos,
con nombre y solamente en
2D.
O
O
O
O
KitADN/ARN nucleo.sk2 2 pginas de componentes
estructurales ADN. Ver
tambin el constructor de
Utilidades(Goodies)
(Seccin13.3).
OH
O
O
OH OH
P
O
OH
O H
OH
O
O
P
Figuras set.sk2 1 pgina de elementos
ordenados como lazos de
ADN,micelasyespirales.
y
Fulerenos fuller.sk2 1pginadefulerenos
saturadoseinsaturados.
DibujoAvanzado:
Contenidos Nombrede
Archivo
Comentarios Muestra
LabKit
Exhaltado!
kit.sk2 7pginasdepiezas
comunesdelaboratoriocon
susnombres.
Etiquetas labels.sk2 1pginadeetiquetasde
seguridad.
Rejillas lattice.sk2 1pginaderedes
cristalinasestndar,consus
nombres.
Estructurasde
Lewis
lewistr.sk2
1pginaquedescribecomo
dibujardiagramasdeLewis
yunapginacondiagramas
deLewis.
Mg
2+
Cl
Cl
Alcanos
Monociclicos
cycloalk.sk2 1pginadeanillosde
carbono,entre320tomos.
Plantilla
Monomeros
monomers.sk2 3pginasdebloques
construidosdepolmeros
comunes,sinnombre.
CH
3
CH
3
O O
Gruposque
contienenN.
n_groups.sk2 1pginadefragmentos
estructuralesquecontienen
Nitrgeno.
N
C H
3
C H
3
CH
3
Proyecciones
deNewman
newmans.sk2 2pginasde
conformacionesanti,
gauche,eclipsadasy
alternadas.
H
H
H
H
H
H
AnillosconN n_rings.sk2 3pginasdeanillosmono,
biytriciclicosque
contienennitrgeno.
NH
N
H
AnillosconOy
S
os_rings.sk2 1pginadeanillosmono,
biytriciclicosque
contienenoxgenoyazufre.
O
S
Orbitales orbitals.sk2 2pginasdeorbitaless,p,
d,sigmaypigrandesy
pequeos.
Compuestos
conFsforo
phosphor.sk2 1pginadeestructurascon
nombrequecontienen
fsforo.
O
O
P
DibujoAvanzado:
Contenidos Nombrede
Archivo
Comentarios Muestra
Policiclos polycycl.sk2 1pginadepuentes
saturadosy/oestructuras
fundidas,connombres.
Poligonos polygons.sk2 1pginadeslidos
geomtricos.
y
Polilineas polyline.sk2 1pginaconotrosslidos
geomtricos.
Simbolosde
Reaccin
reacsym.sk2 1pginadesmbolos
comunes.
DG
Anillos rings.sk2 1pginaconanillosde5y
6miembros. y
SPSintesisde
Resinas
linkers.sk2 1pginadefragmentosde
resinasconnombre,todas
unidasenfaseslida.
Cl
O N
H
O
R
Plantillas
Estereo
conform.sk2 1pginadedibujos(no
estructuras)paramostrar
conformacionesestreo.
Esteroides steroid.sk2 3pginasdeesteroides,
connombretrivial
CH
3
H
H
H
H
Azcares:alfa
DFur
a_d_fur.sk2 3pginasdeazcaresde
5miembros,con
proyeccionesdeHaworth,
estreoyFisher,con
nombre.
O
OH
H
O H
OH
H
H
O H OH
y
CH
2
OH
H
H
H
H
H
OH
OH
OH
OH
O
Azcares:alfa
DPyr
a_d_pyr.sk2 4pginasdeazcaresde6
miembros,con
estreo,sillayFisher,con
nombres.
O
OH
OH
H
H
O H
H
OH H
H
OH
y
O
OH
H
OH
H
O H
O H
H
H
H
OH
Azcares:beta
DFur
b_d_fur.sk2 3pginasconazcaresde
5miembros,con
estreoyFisher,con
nombres.
O
OH
H
O H
H
OH
H
O H
OH
y
O
OH
OH O H
O H
O H
Azcares:beta
DPyr
b_d_pyr.sk2 4pginasdeazcaresde6
miembros,con
estreo,sillayFisher,con
nombres.
O
H
H
H
O H
H
OH OH
OH
H
OH
y
H
H OH
H OH
H OH
H
CH
2
OH O H
O
DibujoAvanzado:
Contenidos Nombrede
Archivo
Comentarios Muestra
Terpenoides terpen.sk2 5pginasdeterpenos
comunes,connombres.
C H
3
CH
3
C H
3
CH
3
CH
3
H
H
H
Anillos
Inclinados
tipped.sk2 1pginadeAnillos
mostradosenperspectiva.
Vitaminas
Nuevo!
vitamins.sk2 3pginadevitaminas
desdelaAhastalaUcon
nombres.
N
O
NH
2
VitaminaB
3
8. CreandoObjetosGrficos
8.1 Obj eti vos
Estecaptulolofamiliarizarconlacreacindeobjetosgrficos,asqueescojaelmodoDibujo
antesdeprocederconcualquierejercicioenestecaptulo.
AprendercmousarelmodoDibujoparacrearlossiguientesobjetos:
undiagramadeenergadereaccin
diferentestiposdeorbitales
aparatodedestilacinalvaco
unatrenzadelacadenadeADN
lpidosymicelasy
anunciosenarreglosmultipginas.
Tambin aprender cmo sacar archivos PDF, una tarea que puede hacerse para grficos u
objetosqumicos.
8.2 DibujarunDiagramadeEnergadeReacci n
CCEstaseccinsebasaenlapelculadiagram.exequepuedebajarsedenuestrositio
webohallarlaenlacarpetaPelculas.
EscojaelmodoDibujoyseleccionelaherramientaPoliLnea
CreandoObjetosGrficos
8.2.1 DibujarunaCurva
1. Arrastre horizontalmente hacia la derecha del punto de inicio de la curva para extender la
lneadecontrol.
2. Libereelbotndelratn.
3. Muevaelratnhaciaarribaparadibujarelprimersegmentodelacurva.
4. Arrastre horizontalmente hacia la derecha para extender la lnea de control. Cambiando la
longituddelalneadecontrolpuedemodificarunsegmentodelacurva.
6. Muevaelratnhaciaabajoparadibujarelsiguientesegmento.
horizontally
horizontally
7. Repitalospasosanterioresparadibujarlosdossegmentossiguientes.
8. Hagaclicconelbotnderechoparafinalizarlacurva.
I mportante Cuandosedibujaconlaherramientapolilnea,estaleayudaarecordar
quedebehacerunclicquecrearunpuntofinal,unacspide,ounngulo
agudo,yunarrastrecrearunacurva:
8.2.2 ModificandounaCurva
LaprimeravezqueusteddibujaconlaherramientaPolilneatendralgunoserroreshaciendola
curvaqueustedquiere.Porejemplo,elprimerintentopuedeproduciralgoascomo:
1. Si la curva no esta seleccionada, haga clic en la herramienta Seleccionar/Mover y
entonceshagaclicsobrelacurva.
2. Haga clic en la herramienta Editar Nodos . Esto mostrar todos los nodos de la poli
lneaquepuedensermodificados:
3. Hagacliceneltercernodoyverelnodoseleccionadoyaparecenlaslneasdecontrol:
4. Muevalaslneasdecontrolyseleccioneymodifiqueotrosnodoshastaquelacurvamuestre
elcaminoqueustedquiere.
I mportante Cuando se usa la herramienta Editar Nodo, usted puede manipular
nodos usando los botones sobre la barra Nodos que aparece. Por ejemplo,
ustedpuede seleccionarvariosnodoshaciendaclicsobreellosconSHIFTy
entonces alinearlos escogiendo el correspondiente botn sobre la barra de
herramientas.
8.2.3 DibujandolosejesXyY
AsegresequelaherramientaPolilnea estaseleccionada.
SeleccionelaherramientaDibujarFlecha .EnelpanelFlechadelaopcin TipodeFlecha
desplieguelalista escojalaflechadedobleva .
1. HagaclicenelpuntofinaldelejeY.
2. Muevaelratnhaciaabajoverticalmenteparadibujarlosejes.
3. Hagaclicparafijarelpuntodeinterseccindelosejes.
4. MuevaelratnhorizontalmentehacialaderechaparadibujarelejeX.Hagaclicparafijarel
punto final del eje X.
5. Conelbotnderechofinaliceeldibujodelosejes.
I mportante Puedefcilmentedibujarlosejesenngulorectoescogiendo
previamenteelcomandoEscoger(Snap)sobreRejillay/oMostrarRejilla
(menOpciones).
6. AdicioneinscripcionesusandolaherramientaTexto yRotando90 .
Aqutieneunreto.UselaherramientaTextoparaimprimirunapalabraenlazonade
trabajo.Seleccinelaycambieeltamaodefuentea36puntosydecolorAmarillo.
AhorauselaherramientaPolilneaparaescribirlapalabraencima.(Sugerencia:
escribalapalabracomomejorpueda,entoncesutilicelaherramientaEditarNodos
libremente.)
Chemistry
8.3 DibujarDi ferentesClasesdeOrbital es
CCEstaseccinsebasaenlapelculaorbital.exequepuedebajarsedenuestrositioweb
Escojaelmodo .
8.3.1 Dibujarunorbitalp
Paradibujaresteorbital hagalosiguiente:
SeleccionelaherramientaPoligono .
1. Arrastrehorizontalmentehacialaderechadelpuntodeiniciodelorbitalparaextenderlalnea
control.
3. Muevaelratnhaciaabajoparadibujarelcuerpodelorbital.
4. Hagaclicparafijarelorbital.
Nota Silaformadelacurvanoeslaqueustedquiere,uselaherramientaEditarNodos
.
5. Haga clic dosveces con el botn derecho para finalizar el dibujo del orbital y para escoger
rpidamente la herramienta Seleccionar/Mover/Redimensionar . Posicione el cursor
sobre el orbital seleccionado mientras mantiene presionada la tecla CTRL arrastre hacia
abajoparahacerunacopiadelorbitaldibujado.
6. EscojaelbotnGirardeArribaHaciaAbajo(FlipToptoBottom) paragirarel
segmentoinferiordelorbital.Alinielossegmentosmovindolos.
7. EscojaelbotndelcolorgrisenlaPaletaColores(enlaparteinferiordelazonadetrabajo)
haga clic con el botn izquierdo para cambiar el color de relleno del segmento de orbital.
I mportante Paracentrarrpidamenteelsegmentodeorbital,seleccineloyhagaclic
enelbotnCentrarHorizontalmente .
8. Seleccionelosdos segmentosdelorbitalyhagaclicenelbotnAgrupar .Ahorausted
puede manipular los segmentos como un simple objeto, por ejemplo, rotarlo usando la
herramientaSeleccionar/Mover/Rotar .
8.3.2 Dibujarunorbitald
Paradibujarelorbital hagalosiguiente:
SeleccionelaherramientaPoligono .
1. Arrastrehorizontalmentehacialaderechadesdeelpuntodeiniciodelorbitalparaextenderla
lneadecontrol.
3. Muevaelratnhaciaabajoparadibujarelcuerpodelorbital.
4. Arrastrehorizontalmentehacialaderechaparaextenderlaslneasdecontrol.Notequepara
hacerlosdossegmentosdelorbitalidnticos,debehacerlaslneasdecontroliguales.
6. Conelbotnderechofinaliceeldibujodelorbitalyescojalaherramienta
Seleccionar/Mover/Redimensionar .
I mportante Usted puede dibujar el orbital simtrico fcilmente escogiendo
previamenteelcomandoEscogersobreRejilla(menOpciones).
7. SeleccioneelorbitalymantengapresionadalateclaCTRLarrastreparahacerunacopia.
8. EscojaelbotnRotar90 .pararotarlacopiadelorbital.
9. Muevalacopiaarrastrandola.
10.EscojaelbotncolorgrisdelaPaletadeColoresyhagaclicconelbotnizquierdopara
cambiarelcolordelorbital:
I mportante Para centrar rpidamente los orbtales, seleccinelos y haga clic en el
botn CentrarHorizontalmente .
11.Seleccione los dos orbtales y haga clic en el botn Agrupar . Ahora usted puede
manipular los orbtales como un simple objeto grfico, por ejemplo, rotar usando la
herramientaSeleccionar/Mover/Rotar .
8.3.3 Dibujarunorbitaltipopi
Paradibujaresteorbital hagalosiguiente:
1. Seleccione la herramienta Elipse y arrastre en la zona de trabajo para dibujar una
elipse.
2. DesdeelmenObjetosescojaelcomandoConvertiraPolilnea.
3. SeleccionelaherramientaEditarNodos .
4. Arrastreelnodoinferiorhaciaarriba.
5. Con el botn derecho escoja la herramienta Seleccionar/Mover/Redimensionar y
selecciones el orbital sobre su contorno y manteniendo presionada la tecla CTRL arrastre
parahacerunacopiadeeste.
6. EscojaelbotnGirardeArribahaciaAbajo paragirarelorbitalinferior.
7. ActiveelbotncolorgrisenlaPaletadeColores yhagaclicconelbotnizquierdodelratn
paracambiarelcolordelorbital.
I mportante Para centrar rpidamente los orbtales, seleccinelos y haga clic en el
botnCentrarHorizontalmente .
8. Seleccione ambos orbtales y haga clic en el botn Agrupar . Ahora usted puede
manipularloscomounobjetosimple.
8.4 DibujarunAparatodeDestil aci nal Vaco
CCEstaseccinsebasaenlapelculaapparat.exequepuedebajarsedenuestrositioweb
ActiveelmodoDibujoyseleccioneunaampliacinde50%.
En la Ventana Plantillas escoja el tabulador Kit de Laboratorio desde la Lista de
Plantillas.
1. Seleccione el baln de fondo Redondo haciendo clic en l. Haga clic en la zona de trabajo
paraposicionarlaplantillaseleccionada.Luegoconelbotnderechoocultelaplantillausada
.
2. Abra la Ventana Plantillas. Seleccione el adaptador de tres vas (Columna de destilacin
Vigreux con adaptador de conexin). Conctelo al baln y con el botn derecho oculte la
plantillasombreada.
3. Desde la Ventana Plantillas escoja termmetro y conctelo hacienda clic como se muestra.
Ocultelaplantillasombreada.
4. DesdelaVentanaPlantillasescojaelcondensadordeLiebigyubqueloenlazonadetrabajo
cerca del aparato haciendo un clic. Con el botn derecho oculte la plantilla sombreada y
escojalaherramientaSeleccionar/Mover/Redimensionar .
5. Hagaclictocandoencualquierparte(uncuadronegroaparecealrededordelacolumna)para
escoger rpidamente la herramienta Seleccionar/Mover/Rotar . Rote el objeto
seleccionado cerca de 73
0
hacia la derecha arrastrando y tocando la seleccin. El cursor le
informa el ngulo de rotacin (si la opcin correspondiente ha sido seleccionada en el
tabuladorGeneraldelacajadedialogoPreferencias(menOpciones).
6. Muevalacolumnaarrastrndolaparaunirlaalaparato.
7. DesdelaVentanaPlantillasseleccioneeladaptadordedestilacinalvacoynaloalaparato.
8. Completeeldibujoconectandoelbalnderecepcin(balndefondoredondo).
8.4.1 AnotacionesenunDiagrama
ACD/ChemSketch lo habilita para dibujar elegantes y detallados juegos de sus montajes de
vidrio.LaplantillaLabKithasidorecientementeactualizadaparaincluirburetas,beakers,placas
decalefaccin,mecherosbunsenetc.deestaformaustedsercapazdedibujarunexperimento
desdeelcomienzohastaelfinal.
Le comentamos que si usted est preparando el diagrama para una instruccin manual en un
laboratorio de pregrado, puede dirigir la atencin de los estudiantes para ciertos aspectos del
montaje, igualmente posible para recordar el nombre de las partes, o donde se guardan en el
laboratorio:
200ml
roundbottomflask.
Immerseinheatbath.
Vigreuxcolumn
Thermometer.
Signoutfrom
instructor.
Westcondenser
Receivingflask.
Immerseinicebath.
WaterIn
WaterOut
Vacuumadapter
8.4.1.1 AdicionarTextoCapturado
1. Primero, hay que escoger la fuente para el texto que ser usado. Desde el men
Herramientas escoja Panel Fuente y Panel Prrafo. Especifique el siguiente escenario y
cierreelpanel:
2. Escoja la herramienta Texto en la parte izquierda de la barra Dibujo y haga clic a la
izquierda del termmetro. Sealado desde el instructor. Para estrechar la caja de texto,
arrstrelohaciaelbordederecho:
I mportante Sihahechoclicaccidentalmentefueradelacajadetextoestonofinaliza
anconeltexto,escojalaherramientaEditarTexto enlabarrasuperior
deEdicin.Eltextoseleccionadoestarubicadodentrodelacajadetexto.Si
el no ha sido seleccionado, simplemente haga clic sobre el texto con esta
herramientaactiva.
3. HagaclicfueradeltextoparasalirdelmodoTextoyfijarlacaptura.
4. Repitalospasos2y3paraadicionarotrostextos.
5. Siesnecesariomoverlascapturasparraarreglarlasalrededordelaparato:
200ml
roundbottomflask.
Immerseinheatbath.
Vigreuxcolumn
Thermometer.
Signoutfrom
instructor.
Westcondenser
Receivingflask.
Immerseinicebath.
WaterIn
WaterOut
Vacuumadapter
8.4.1.2 InsertarLlamadas
Ahoraincluiremoslascapturasdentrodelasllamadas.
1. En el ladoizquierdo de la barra Dibujo, haga clic allado derecho del botn Llamadas
para expandir los otros botones (por ejemplo el triangulo blanco pequeo). De los estilos
disponibles,escojalallamadatipocuadro:
2. Si usted mueve alrededor de este el cursor, ver que aparece la llamada sombreada
alrededordecualquierobjetoqueestepuntuando.Apunteelprximotextocapturadoasque
lallamadasombreadaaparezcaalrededordeesteyhagaclicparafijarlo:
3. Subsecuentementesealelasotrascapturasyhagaclicparafijarlasllamadas.Parasalirdel
modollamada,conelbotnderechohagaclicenlazonadetrabajo.
8.4.1.3 ReformarLlamadas
Ahora modificaremos las llamadas de tal forma que las puntadas finales estn dirigidas a los
objetosrequeridos.
1. Seleccione cualquiera de las llamadas dibujadas haciendo clic sobre ella y escoja la
herramienta Editar Nodos de la barra superior Edicin. Los nodos aparecern en la
llamadas:
2. Arrastreelnodoinferioraunanuevaubicacindetalformaqueelfinaldelpunteroapunteal
objetoqueustedquieredecirohacerlealgo:
I mportante Arrastreelnodoizquierdoparamodificareltamaodelallamada.
3. SinsalirdelmodoEditarNodoshagaclicenotrallamadayrepitalosdospasoslasvecesque
seanecesario.
4. Tanprontocomolallamadasearedireccionada,hagaclicconelbotnderechoenlazonade
trabajoparasalirdelmodoEditarNodos.
5. UsandolaherramientaDibujarFlecha ,adicioneflechasparaindicarlasalidayentrada
deagua.
6. Seleccione ambasflechas y haga doble clic para desplegar el PanelObjetos. Seleccione el
colordelpizarojoyhagaclicenAplicar.
8.4.1.4 Agrupar/DesagruparElementos
Para ser capaz de manipular estos dibujos como simples objetos, seleccione todos sus
componentes presionando CTRL+A y haga clic en elbotn Agrupar en la Barra Edicin.
Ahorapuedemovery/oredimensionarlosdibujoscomounosolosinelriesgodeperderodejar
deladocualquierelemento.
Simstardedecideeditarcualquieradeloscomponentesdeldibujo,seleccionelafiguraylibere
elbotnDesagrupar .
8.5 DibujarunaTrenzadedosCadenasdeADN
CCEstaseccinsebasaenlapelculadna_ch.exequepuedebajarsedenuestrositioweb
Escojaelmodo yseleccionelaherramientaPolilnea .
1. Arrastreverticalmentehaciaabajodesdeelpuntodeiniciodelacurvaparagenerarlalnea
decontrol.
3. Muevaelratnhacialaderechaparadibujarlacurva.
4. Arrastreverticalmentehaciaabajoparagenerarlaslneasdecontrol.Cambiandolalongitud
delaslneasdecontrolpuedemodificarlaformadelacurva.
5. Libereelbotndelratnyhagaclicdosvecesconelbotnderechoparafinalizareldibujode
la curva, entonces escoja la herramienta Seleccionar/Mover/Redimensionar .
6. Ubiqueelpunterodelratnsobrelacurvaseleccionadaymientrasmantienepresionadaslas
teclasCTRL+SHIFTarrastrehaciaabajo(manteniendopresionadalateclaCTRLmientrasse
arrastradejaalladounacopiadelobjetoymanteniendopresionadalateclaSHIFTfuerzaal
objetoamoverseestrictamenteenformahorizontalovertical).
7. Seleccione ambas curvas arrastrando la seleccin rectngulo alrededor de ellos o haciendo
clic en cada una de las curvas mientras se presiona la tecla SHIFT, entonces escoja
Conectar Lneas (en el men Objeto) para conectar la parte derecha de las curvas.
8. EscojalaherramientaEditarNodos delaBarraEdicin(arribaenellugardetrabajo).
Procedaconelsiguientesegmentodedibujo:
a) HagaclicenelbotnConectarVrtices paraconectarelfinaldelosnodosconuna
lnea.
b) Seleccione los dos nodos de la derecha arrastrando la seleccin rectngulo alrededor de
ellosyhagaclicenelbotnConvertiraLnea .
c) Haga clic con el botn derecho para salir delmodo Editar Nodos y escojala herramienta
Seleccionar/Mover/Redimensionar .
9. HagaunacopiadelsegmentoobtenidoarrastrndoloconCTRL+SHIFTcomosedescribien
elpaso6.hagaclicenelbotnGirardeIzquierdaaDerecha paragirarelsegmentoy
luego haga clic en el botn Enviar Atrs para enviar el segmento al fondo.
I mportante Estopuedetomaralgntiempocuandosequierecorregirlaposicinde
los segmentos manualmente. Para alinear esta posicin automticamente,
seleccione los dos segmentos y aplique el botn Centrar Horizontalmente
alossegmentos.
10.Seleccionelosdossegmentosarrastrandoohaciendoclicmientrasmantienepresionadala
teclaSHIFTyhagaunacopiadeellos(CTRL+arrastre).Corrijalaposicinusandolas
directricesdelpasoanterior:
11.Seleccionelossegmentosmarcadoscongrisenelcuadrodeabajohaciendoclicsobreellos
mientras mantiene presionada la tecla SHIFT. Haga doble clic en cualquiera de ellos para
abrirelpanelObjetos.Eneltabulador especifiquelasiguientesituacin:
EstiloSombreado
Colorblanco
Patrn
Matiz
YhagaclicenAplicar:
12.Seleccionelosotrosdossegmentos(ellosestnmarcadosconcrucesenlafiguradeabajo)y
especifiqueelsiguienteescenarioenelpanelObjetos:
EstiloSombreado
Colorblanco
Patrn
Matiz
YhagaclicenAplicarparaobtenerelsiguienteespiral:
13.Seleccionetodoelespiralarrastrandoconlaseleccinrectnguloparaqueseincluyantodos
los segmentos y haga una copia arrastrando + CTRL. Haga clic en Girar de Izquierda a
Derecha yluegoenelbotnGirardeArribahaciaAbajo :
14.Seleccione los segmentos marcados con gris en el cuadro de abajo haciendo clic y
presionando SHIFT luego seleccione el botn Enviar Atrs .
8.6 DibujandoLpi dosyMicel as
CCEsta seccin se basa en la pelcula lipid.exe que puede bajar de nuestro sitio web o
8.6.1 Dibujandoellpido
Asegresedeescogerelmodo .
1. SeleccionelaherramientaElipse .Arrastreenelespaciodetrabajopresionandolatecla
SHIFTparadibujaruncrculo.
2. Hagaclicenelcolornegrodela PaletadeColorespararellenarelcrculo.
3. EscojalaherramientaPoliLnea .Hagaclicrepetidamenteenlazonadetrabajocerca
delcrculoparadibujarlacoladecarbonosyclicconelderechoparafinalizar.
I mportante Para dibujar fcilmente la lnea asimtrica en zigzag, puede escoger
previamente el comando Morder en la Rejilla y/o Mostrar Rejilla (men
Opciones).
4. EscojalaherramientaEditarNodos ysuavicelalneazigzagdelasiguienteforma:
a) Seleccione todos los nodos de la poli lnea dibujada arrastrando con la seleccin
rectnguloalrededordeesta.Notequelosnodosseleccionadosseponennegros.
b) HagaclicenelbotnConvertiraCurva yluegoenelbotnSuavizar .
c) ConelbotnderechoescojalaherramientaSeleccionar/Mover/Redimensionar .
5. Posicione el puntero del ratn sobre la curva y arrastre presionando CTRL para finalizar la
copiadelacurva.
6. Arreglelascolascomosemuestraarrastrndolas.
I mportante Siseleccionatodosloselementosdelfosfolpidoyhaceclicenelbotn
Agrupar , podr manipularlo como un simple objeto, por ejemplo, rotar
usandolaherramientaSeleccionar/Mover/Rotar .
Intente dibujar la micela del cuadro usando la caracterstica de copiado (CTRL +
arrastre), Agrupar, Rotar 90, Seleccionar/Mover/Rotar como las herramientas de
alineacinygiro:
8.7 CrearunCartel
Usando ChemSketch puede rpidamente dibujar un cartel (poster) e imprimirlo en papel de
cualquier formato. ACD/ChemSketch automticamente separar el cartel en pginas la nica
cosaquetienequehacer(ademsdedisearlos)esvincularlos.
CCEstaseccinsebasaenlapelculaposter.exequepuedebajarsedenuestrositioweb
oencontrarloenlacarpetapelculas.
1. DesdeelmenArchivo(File)escojaelcomandoArreglodePgina(PageSetup).
2. En el tabulador Tamao y Orientacin (Size & Orient) escoja el formato del papel y la
opcinpaisaje(Landscape).
3. Seleccione el tabulador Cartel. Escoja el nmero de pginas estndar que quiere para su
cartel haciendo clic en el botn composicin (giro). Note que puedever automticamente el
tamao calculado del cartel en el rea Tamao Virtual de pgina:
4. EneltabuladorMrgenesescojalasmrgenesdelahojayhagaclicenOK.
5. Dibuje su cartel usando las herramientas de los modos Estructura y Dibujo. Use el botn
PginaCompleta(FullPage) parverladisposicingeneralqueustedprepar.
I mportante Usted puede usar los comandos Pegar y Pegado especial desde el
menEditarparainsertarlosobjetos(texto,cuadrosyetc.)creadosenotras
aplicaciones Windows.PuedeeditarestosobjetosusandoOLE.
6. En la caja de dialogo Preferencias (men Opciones) del tabulador General, seleccione
Area de Impresin luego chequee en la seccin Bordes si quiere ver como se divide su
cartelenpginasindividualesmientrasseestaimprimiendo.
7. EscojaelcomandoOpcionesdeImpresindesdeelmenArchivo.
8. DelacajadedialogoSeleccioneImpresoraescojaelbotnAjustes(SetUp)yeltabulador
Fuente seleccione la opcin Imprimir Fuentes comoGrficos. Note que este paso puede
serdiferenteparacadaimpresora.HagaclicenOK.
9. EscojaelcomandoImprimirdelmenArchivoohagaclicenelbotnImprimir enla
barraGeneralparaimprimirsucartelyunirsuspginas.
8.8 ConvertiraAdobePDFNuevoen5.0!
ACD/ChemSketch ahora incluye una herramienta para convertir archivos sk2 a formato Adobe
PDF.Tanprontocomohayadibujadounobjetogrficocomosedescribeenestecaptulo,usted
puedeconvertirsudocumentoenunarchivoAdobePDF.
Nota Para poder exportar a PDF desde ChemSketch no tiene que tener instalado el
AdobeAcrobatoAcrobatReaderensucomputador,aunqueparaverlosarchivos
PDF debe tener instalado uno de ellos. Puede encontrar la versin gratuita de
AdobeAcrobatReaderenlacarpetadeinstalacindeACD/Labs.
1. EstarsegurodequelosObjetosylasestructurasestnarregladasenlapantalladelaforma
queustedquiereverlasenelarchivoPDF.
I mportante UseelbotnPginaCompleta parverlapginatotal.
2. HagaclicenelbotnExportaraPDF .Elprogramaapuntarlaubicacinyelnombre
delarchivo*.pdf.
3. Tecleeelnombre,porejemplo,Captulo8.pdfyhagaclicenOK.
4. Enelmomentodefinalizarlaconversin,encuentreelarchivorecientementecreadoybralo
conAdobeAcrobatReaderparaverlosresultados.
Nota AlgunosObjetosinsertadosporelservidorOLE(menEditar>comandoInsertar
Objeto ) pueden no ser convertidos a PDF. En este caso, aparece la caja de
mensajesinformndolesobreello.
9. TrabajandoconEstilosenModoEstructura
9.1 Obj eti vos
Siamenudomuestrasusestructurasconunconjuntoparticulardeatributos,talescomotamao
defuente,estilodefuente,grosordelneasdeenlace,etc,ustedpuedehacerqueChemSketch
recuerdeestascaractersticasguardndolastodascomounEstilo.Estaesunaayudaespecial
siquieremostrarmolculasdeunaformacuandoestatrabajandoconellas,yparahacerlasde
acuerdoaunaformaparticulardeestilodiariocuandoenveunartculoparapublicacin.
Enestecaptuloaprendercmohacer:
Cambiosenelestilodeestructuras
Guardarsuestilo
Aplicarunestiloexistentey
Escogerunestilopordefecto.
9.2 Cambi arelEsti lodeEstructuras
Un estilo es una coleccin de atributos para mostrar (tomos y enlaces para estructuras lpiz,
flechas,relleno,fuente,prrafoparaobjetosytexto)aloscualeslespuedeasignarunnombrey
guardarlos.
UsandolatcnicadescritaenelCaptulo7dibuje
lasiguienteestructuraquerepresentaun
fragmentodelamolculadeADN.Gurdelacomo
dnafrag.sk2.
I mportante Esta estructura puede
dibujarse con la ayuda de la Ventana
Plantilla > Kit ADN/ARN. Use los
compuestos 2desoxirribosa5fosfato,
uracilo y guanina. Cuando utilice una
plantilla, use SHIFT + clic para usarla
sincrearunenlaceadicional.Params
detalles sobre cmo usar la Ventana
Plantillareferirsealaseccin7.5
N
O
O
OH
O
O H O P
N
O
O
OH
O H O P
NH
O
O
N
NH
N
NH
2
O
TrabajandoconEstilosenModoEstructura
9.2.1 AplicarunEstilodeRevista(Diario)
Usted ha escrito un artculo cientfico y para acompaarlo usted quiere enviar el dibujo de la
molculaalJournalofOrganicChemistry.
1. SeleccionelamolculausandolaherramientaSeleccionar/Mover .
2. Mueva el cursor sobre uno de los marcadores de seleccin para que pasen de cuadritos a
cuadradosslidosnegros.HagadobleclicenlacajadedialogoPropiedadesqueaparece.
3. Hagaclicenlaflechitaalladodelosestilosydisplaceelmenqueaparece.
SeleccioneJOCStyle(1996)delalista:
4. HagaclicenAplicaryverloscambiosdelamolculaenelestilodiario.Hagaclicalladode
lamolculaparadeseleccionarla,detalformaquelapuedavermsclaramente:
N
O
O
OH
O
O H O P
N
O
O
OH
O H O P
NH
O
O
N
NH
N
NH
2
O
5. DesdeelmenArchivo,seleccioneGuardarcomoygurdelacomodnafrag2.sk2.
6. Seleccione toda la molcula de Nuevo y desde el men Estilo en la caja de dialogo
PropiedadesseleccioneNormal.
7. HagaclicenelbotnAplicarparaquelamolculaaparezcacomoantes.
9.2.2 PrepararunaPublicacin
Adems de hacer su dibujo estructural de acuerdo a los lineamientos de un diario, revista o
peridico en particular, hay muchas otras formas de preparar un manuscrito. Por esta razn,
Desarrollos en Qumica Avanzada (Advanced Chemistry Development) ha incluido
InstruccionesparaAutores,unhipervnculodepautasdeunos80artculos.
1. Porejemplo,desdeelmenAyuda,seleccioneInstruccionespararAutores.
2. EncuentreelJournalofOrganicChemistryenlalista.
3. HagaclicenelarchivoAdobePDFparamostrarlo.
4. UseelbotnContenidospararegresaralalistadeotrasrevistasparaquepuedaverotras
orientaciones.
Nota Notodaslasrevistastieneninstruccionesexplcitasparadibujodeestructurasde
tal forma que no aparecen como estilos definidos en la caja de dialogo
PropiedadesdeEstructuras.
9.3 CreandosupropioEstilo
Si quiere hacer una presentacin en la cual quiera distinguir con colores entre grupos azcar,
fosfatoyaminocidosdelaporcindeAND,usteddeber.
1. Abrir el archivo dnafrag.sk2 (o dibujar el fragmento ADN mostrado en la Seccin 9.2) y
confirmarqueestaenelModoEstructura.
2. EscojalaherramientaLazo ySeleccionelaherramientaSeleccionar/Mover .
3. Seleccioneloscomponentesdeazcaresarrastrandoalrededordeellos(presionandolatecla
SHIFTcuandoseleccionecomponentesseparados):
+Shift
4. Mueva el cursor sobre cualquier parte delfragmento seleccionado para que el cuadrado de
seleccinseponganegro.HacerdobleclicparamostrarelpanelPropiedades:
9.3.1 EstilodefinidoporelUsuario:Azcar
1. EnlasseccionesEstiloAtomoyEstiloEnlace hagaclicenelreadecoloresyescojaotro
colorparalosfragmentosseleccionados,porejemplo,rojo..escojaelanchodeenlaceconun
valordiferente,porejemplo1.9pt.
Nota Las unidades de medida usadas en muchos de los paneles diferentes a
ChemSketchcorrespondenalconjuntodelacajadedialogoPreferencias (men
Opciones). Puede escoger valores para el ancho, longitud, etc, en
puntos/pulgadas/centmetros. Teclee los valores y adicione la unidad que quiera
(pt/in/mm/cm), por ejemplo, 5 pt. Los valores sern recalculados en las
correspondientesunidadesdemedida.
2. HagaclicenAplicar.Comovelossegmentosseleccionadosestncoloreadosconrojo:
N
O
O
OH
O
O H O P
N
O
O
OH
O H O P
NH
O
O
N
NH
N
NH
2
O
3. Paraguardaresteestiloparausosfuturos,enlacajadeListasdeEstilosdelacaja
Propiedades,tecleeAzcaryGuarde:
4. Ustedseravisadosiquiereguardarlocomoestilodefinidoporelusuario.HagaclicenSi.
9.3.2 EstilodefinidoporelUsuario:Fosfato
1. Deformasimilar,SeleccionelapartedelfosfatoydefinaenlacesgruesosdecolorazuIpara
losenlacesytomosfuente.
2. GuardaresteestilocomoPhosphateyhagaclicenAplicarparaasignarloalamolcula:
N
O
O
OH
O
O H O P
N
O
O
OH
O H O P
NH
O
O
N
NH
N
NH
2
O
9.3.3 EstilodefinidoporelUsuario:Base
1. Paralasbases,escojaelcolordeltomoagrisoscuroylosenlacesverdenen.
2. GuardeelestilocomoBaseyhagaclicenAplicarparaasignarloalamolcula:
N
O
O
OH
O
O H O P
N
O
O
OH
O H O P
NH
O
O
N
NH
N
NH
2
O
9.3.4 EstilodefinidoporelUsuario:Resaltado
Quizs,duranteelcursodesupresentacinustedquierellamarlaatencindelaaudienciapara
lostomosdeoxgeno.Crearemosuncuartoestilo,Resaltar.
1. UseSHIFT+clicparaseleccionarlostomosdeoxgenoindicadosabajoconlasflechas:
2. Haga doble clic en cualquiera de los tomos seleccionados y en el panel Propiedades,
escojaeltabuladorAtomo.
3. Para cambiar el color y eltamao de los tomos (oxgeno en este caso) e hidrgeno, haga
SHIFT+clic en los correspondientes botones en la lnea inferior del rea Previsualizacin:
Nota Puede cambiar tambin otros atributos de tomos (hidrgeno ndice, carga,
valencia,istopo,numero)haciendoclicenloscorrespondientestomos.
4. Cambie el color, tamao y otros atributos, por ejemplo, haciendo las siguientes
configuraciones:
Nota Demanerasimilarpuedecambiarlosatributosdelosenlaces.
5. HagaclicenAplicarparaobtenerlasiguienteestructura:
N
O
O
OH
O
O H O P
N
O
O
OH
O H O P
NH
O
O
N
NH
N
NH
2
O
6. GuardeelestilocomoHighlight.
9.4 Apli carEstil osExistentes
Parapracticarconlosestilosqueustedhacreado,abradnafrag2.sk2.
1. Use la herramienta Lazo para seleccionar el anillo de azcar de cinco miembros como se
mostrenlaSeccin9.3.
2. Haga Doble clic en esos fragmentos O escoja el comando Propiedades de Estructuras
desdeelmenHerramientas.
3. En el panel Propiedades que aparece, desde la lista de despliegue (el rea superior del
panel)escojaAzcar(Sugar):
4. HagaclicenAplicar.Escojaelestiloqueseraplicadoalaestructuraofragmento
seleccionado.
5. Escojaelgrupofosfato.EscojaPhosphatedelalistadeestilos.HagaclicenAplicar.
6. Similarmente, seleccione las dos bases en el fragmento de ADN y escoja Aplicar para el
estilo Base. La informacin acerca del estilo definido por el usuario es almacenada en su
disco duro en el directorio de Windows o en el directorio WinNT, con el archivo llamado
USERSTL.SK.SiquierecompartirelEstiloasusamigosycolegas,dgalesparaubicaruna
copiadesuUSERSTL.SKensudirectorio Windows(oWinNT).
9.5 Haci endounEstil oparausarl oporDefecto
1. EnelpanelPropiedadesdelalistadeestilosescojaelestilorequerido.
2. Haga clic en Usar por Defecto (Set Default) para que el estilo seleccionado quede por
defectoycualquierestructuradibujadaasumaeseestilo.
Nota Paraseleccionarpordefecto,notienequeguardarsuestilo.Puedeespecificarlos
atributos requeridos en el panel tabuladores haciendo clic en Usar por Defecto.
Susatributosquedarnpordefecto.
10. TrabajandoconEstilosenelModoDibujo
10.1 Obj eti vos
En el Modo Dibujo, pueden incluirse a uno ovarios Objetos los atributos:lpiz, relleno,flecha,
fuenteyprrafo.Estolepermitircreardiferentesestilosparatexto,RellenodeObjetos,flechas
ylneas.
Enestecaptuloaprendercmohacer:
Cambiosenelestilodeunobjeto
Guardarunestiloy
Escogerelestilopordefecto.
10.2 Cambi arelEsti lodeunObj eto
En el captulo 8, elcual describe cmo dibujar una cadena de ADN y orbtales, hay una breve
introduccin para cambiar los estilos de objetos. En esta seccin daremos un procedimiento
general.
1. Seleccioneelobjeto(olosobjetos)aloscualeslesquierecambiarelestilo.
2. Haga doble clic sobre la seleccin paramostrar el panel Objetos. Dependiendo dela clase
de objeto seleccionado (forma, objeto lineal, flecha, texto, espectro, tabla o estructura) el
panelObjetopuedecontenerdiferentesbotones:
3. Combinesus eleccionesdesdeeltabuladorydelalistaemergenteparacrearsusestilosy
hagaclicenAplicar paraaceptarloscambios.
Nota ElescenariodesdelaseccinComnseaplicaratodoslosobjetos.Porejemplo,
cambiando color del lpiz a rojo afectar las formas, lneas y estructuras. Si
cambia cualquier atributo en la seccin Formas nicamente, esto afectar
solamentelasformas.
10.3 GuardandounEstil o
1. Paraguardarlascondicionesespecificadas,hagaclicenGuardarcomoNuevoEstiloenel
TrabajandoconEstilosenelModoDibujo
panelObjetos.
2. EnlacajadedialogoSalvarEstilodeUsuarioqueaparece,Seleccioneelatributoqueser
incluido en su estilo. Por ejemplo si quiere crear un estilo especial para texto, escoja y
seleccioneEstilodeFuenteyEstiloPrrafo.
3. TecleeelnombredesuestiloyhagaclicenOK.Elestiloseadicionaralalistadeestilosy
puede entonces cargarlo en el panel Objetos y aplicarlo a objetos seleccionados o
condicionespordefecto.
10.4 Apli carunEsti loexi stente
Puedeaplicarlosestilosguardados(siestnconstruidosodefinidosporelusuario)acualquier
objetoseleccionado.
1. Seleccioneelobjeto(s)paraelcualquierecambiarleelestilo.
2. HagadobleclicenlaseleccinparaabrirelpanelObjetos.
3. HagaclicparaCargarydesdelalistadeestilosescojaelestilorequerido.Losatributosdel
estiloserncargadosdentrodelpanel.
4. HagaclicenAplicar.
10.5 Confi gurandounEstil oPredefini do
Lasconfiguracionespordefectopuedenespecificarseenunestiloespecialdepanelesdesdeel
menHerramientas:
PanelEstilodelpiz(PenStylePanel)
PanelEstiloderelleno(FillStylePanel)
PanelEstilodeflecha(ArrowStylePanel)
PanelFuente(FontPanel)
PanelPrrafo(ParagraphPanel)
Las configuraciones especificadas en cualquiera de estos paneles se tomarn inmediatamente
pordefecto.
PuedecargarcualquierestiloexistentedecualquieradeestospaneleshaciendoclicenCargar.
Losestiloscargadosautomticamenteenlospanelesdeestilosetomarnpordefecto.
PuedetambincargaratributosdeestilodeObjetosdibujadosencualquieradelosPanelesde
Estilos. Haga clic en Actualizar desde (Update From) y luego haga clic en el objeto. Los
atributos de los estilos de objetos son cargados en todos los paneles de estilos y se toman
automticamentepordefecto.
Nota Si quiere cambiar el estilo de un objeto especifico dibujado sin efectuar estilos
predefinidos,useelpanelObjetos(verSeccin12.2).
TrabajandoconEstilosenelModoDibujo
10.6 Manej andoEstil os
Paramanejarestilos(guardar,aplicar,renombrar,borraroconfiguracionespredefinidas),puede
usarelPanelEstiloquepuedeabrirseconelcomandoPanelOrganizadordeEstilos elmen
Herramientas:
Puedehacerlosiguienteenestepanel:
AccinDeseada Botnparahacerclic
Verlosestilosquecontieneun
atributoespecfico(lpiz,flechas,
relleno,fuente,prrafo).
Hagaclicenelbotnapropiadoenlapartesuperiordel
panel.(Paraayudarleaseleccionarelbotn,sedespliega
untabuladorAmarillocuandoelcursorpasasobrecada
uno.)
Vertodalalistadeestilos. Hagaclicenlosbotonesaliniciodelpanelparaqueellos
seanseleccionados: .
Aplicarelestiloalobjeto
seleccionado(s).
Resaltarelestiloquesenecesitaenlalistayhacerclicen
Aplicar.
Configuracindeestilos
predefinidos.
Resaltarelestiloquesenecesitaenlalistayhacerclicen
elbotnConfiguracinpredefinida(SetDefault).
CrearunNuevoestilobasadoen
laactualconfiguracin.
HagaclicenelbotnNuevo.
Renombrarelestilo. Resaltarelestiloquesenecesitaenlalistayhacerclicen
Renombrar.Notequelosestilosconstruidos(aparecen
enlalistaconcolorgris)nopuedenserrenombrados.
Borrarelestilo. Resaltarelestiloquesenecesitaenlalistayhacerclicen
Borrar.Notequelosestilosconstruidos(aparecende
colorgrisenlalista)nopuedenserborrados.
11. CalculandoPropiedadesMacroscpicas
11.1 Resmen
ACD/ChemSketchestanverstilensuscapacidadesdedibujoqueesposibledominarlas
prediccionesdepropiedadesmacroscpicasqueseconstruyenaqu.Seincluyenpredicciones
de
Pesofrmula
Porcentajedecomposicin
refractividad molar
volumenmolar
parachor
indicederefraccin
tensionsuperficial
densidad
constantedielctrica
polarizabilidady
masamonoistopica,nominalypromedio.
En este captulo, se describe un significado simple para calcular las propiedades que se
enuncian. Los algoritmos para calcular estas propiedades estn descritas brevemente. Se
muestraunresumendeacuerdosentrevalorescalculadosyexperimentalesparavarioscientos
decompuestos.
Note que en este captulo, propiedades se usan para significar valores fisicoqumicos, en
contraste al uso general de propiedades en los documentos ChemSketch, donde las
caractersticasdelapantallagrficaestnreferidas.Porejemplo,enelmenHerramientas,el
comando Propiedades de Estructura permite escoger tamao de fuente, grosor de enlaces,
color, etc. En el mismo men Herramientas, usted tambin hallar Calcular > Todas las
Propiedades.
11.2 Calcul odePropi edadesMacroscpi cas
11.2.1 ComandoMen
Paradeterminarunaotodaslassiguientespropiedadesmoleculares.
1. CuandoesteenelmodoEstructura,dibujeunaestructura.
2. Desde el men Herramientas seleccione Calculary entonces desde el sub men escoja
TodaslasPropiedadesounadelaspropiedadesmencionadasarriba.
CalculandoPropiedades
3. Unavezescogidas,elclculodePropiedadessemuestraenlacajadedialogoResultados
delClculo.Porejemplo,escojaHerramientas>Calcular>TodaslasPropiedadesparael
cidoBenzocomostrarelsiguientedialogo:
4. ElcontenidodeltextopuedeserpegadoenlapantalladeChemSketchsisedecidehaciendo
clicenelbotnCopiaralEditor.
11.2.2 DespliegueAutomticoenlaBarradeestado
EsposibletambinverlasPropiedadesMacroscpicasdirectamenteenlabarradeestadocomo
semuestra:
Haga clic allado derecho de la caja enla barra de estado y escoja la propiedad decidida. Por
defecto, esta en la configuracin del peso frmula. En el ejemplo mostrado, la constante
dielctrica, e
20
,sehaespecificado.
11.3 AlgoritmosparaelClcul odePropi edadesMacroscpicas
Para el centro del agregado constitutivo de los algoritmos de todas las Propiedades
fisicoqumicas en ChemSketch se permite la presuncin de que estas propiedades pueden
estimarse usando agregados atmicos o grupos de incrementos. Aparte del peso molecular
(WM), el cual es elemental para calcular, los algoritmos pueden dividirse en tres grupos
generales:
propiedades macroscpicas bsicas: Volumen Molar (VM), Refractividad Molar (RM) y
Parachor(P
r
)
propiedades Macroscpicas derivadas: densidad (d) , ndice de refraccin (n), tensin
superficial(g)y
laconstantedielctrica e (Permitividad).
LasPropiedadesMacroscpicasBsicascomoVolumenMolar(VM),RefractividadMolar(RM)y
el Parachor (P
r
) (no hay un trmino adecuado en espaol para esta propiedad) son calculados
primero para la estructura que se entra. El agregado atmico se incrementa tal como un
algoritmo dependiente de los enlaces (simple, doble, aromtico, etc.) de sus tomos y de los
tomos vecinos. ChemSketch rpidamente analiza la estructura entrante para determinar la
clasedecadaunodelostomos,porejemplo.,siescclico,aromtico,aliftico,etc.
Elalgoritmodeprediccinparaladensidad(d),ndicederefraccin(n)ytensinsuperficial(g)
sehayandefrmulasfisicoqumicasbienconocidaslascualespueden encontrarseenmuchos
textosdefsicoqumica.Estasexpresionesd,ny g comofuncionesdeVM,RMoP
r
. Unavez
queelVM,RMoP
r
,hansidopredecidosporagregados,estnaptosparapredecirselad,elny
la g usandoestafrmula.
LadeterminacindelosconstitutivosdeagregadosdeincrementosatmicosparaVM,RMyP
r
fueron obtenidos internamente por ACD usando grandes bases de datos experimentales que
relacionanlaestructuraaladensidad,alndicederefraccinyalatensinsuperficial.ElVM,la
RMyelP
r
fueronrecalculadosdesdelad,el nyla g.Estosparmetrossoninformacionesde
propiedaddeAdvancedChemistryDevelopment.
Laprediccindelaconstantedielctrica e (permitividad)seasemejadeformamuycercanaala
prediccin del Punto de Ebullicin, el cual es un producto separado de ACD ChemSketch.
Cientficos mayores de ACD descubrieron una funcin agregada, la cual relacionala constante
dielctricaaotrasPropiedadesMacroscpicasquepuedensertratadassumativamente,comoel
VM. Desde que esta relacin fue descubierta, el incremento del agregado atmico para esta
funcinseobtuvousandograndesbasesdedatosdeestructurasmolecularesysusconstantes
dielctricasobservadas.UsandolafuncinyelVMestimadoparaunaestructura,suconstante
dielctricapuedepredecirserpidamente.
11.3.1 VolumenMolar,VM
Pordefinicin,
MV
MW
d
= .
ChemSketchcalculaelvolumenmolardesdelosincrementosaditivos.Losincrementosatmicos
aditivos fueron obtenidos usando una base de datos de densidad y pesos moleculares
calculados(WM).
11.3.2 RefractividadMolar,RM
LaecuacindeLorentzLorenzrelacionaelndicederefraccin,densidadyelpesomolecular:
MR
n
n
MW
d
=
-
+
2
2
1
2
ChemSketch calcula la refractividad molar desde incrementos aditivos. Los incrementos
atmicos aditivos fueron obtenidos usando bases de datos de densidad, ndice de refraccin y
pesosmolecularescalculados(WM).
11.3.3 Parachor,P
r
Pordefinicin,
P
MW
d
r
=

g
1
4
ChemSketch calcula el parachor con incrementos aditivos. Los incrementos atmicos aditivos
fueronobtenidosusandobasesdedatosdedensidad,tensinsuperficialypesomolecular(WM).
11.3.4 Densidad,d
Pordefinicin,
d
MW
MV
=
ChemSketch calcula la densidad con el peso molecular y el volumen molar calculados (ver
arriba).
11.3.5 IndicedeRefraccin,n
PorlaecuacindeLorentzLorenz,
n
MR MV
MV MR
=
+
-
2
ChemSketchcalculaelndicederefraccinconelvolumenmolarylarefractividadmolar,lasdos
calculadascomosemuestraarriba.
11.3.6 TensinSuperficial, g
Pordefinicin,
g =

P
MV
r
4
ChemSketch calculala tensin superficial desde el VM calculado (ver arriba) y el parmetroP
r
(verarriba).
11.3.7 ConstanteDielctrica, e (Permitividad)
( ) ( ) f f MV AdditiveFunction e = ,
ChemSketch calcula la constante dielctrica del VM calculado (ver arriba) y una apropiada
funcinaditivaemprica.
11.3.8 Polarizabilidad
EstapropiedadescalculadaconlaRefractividadMolar(RM)(verSeccin11.3.2)comosigue:
Polarizability . MR = 0 3964308
11.3.9 MasaMonoisotpica,NominalyPromedio
LamasaMonoisotpica(M
mi
)eslamasaexactade muchosistoposestablesabundantesque
puedenocurrirnaturalmente.
LamasaNominal(M
n
)eslasumadelasmasasmonoisotpicasaproximadasdeloselementos
queformanlamolcula.
LamasaPromedio(M
av
)eslamasacalculadadeunapartculabasadaenlospesosatmicosde
loselementosdeacuerdoasucomposicin.
11.4 CorrelacinEstadsti cacondatosExperimental es
11.4.1 DistribucindelaprediccindelerrorenlaRefractividadMolar
0
20
40
60
80
100
120
1.3 0.9 0.5 0.1 0.3 0.7
EscalaVertical: NmerodeEstructurasExaminadas
EscalaHorizontal: EstimacindelerrorACDdelaRefractividad
Molar
Nmerodeestructurasexaminadas: 592
MR
exp
=0.99901(0.00067)MR
calc
+0.026(0.025) R=0.999867,StD=0.23
11.4.2 DistribucindelaPrediccindelerrordelVolumenMolar
0
20
40
60
80
100
120
140
12 8 4 0 4 8 12
EscalaVertical: NmerodeEstructurasexaminadas
EscalaHorizontal: EstimacindelerrordelACD/VolumenMolar
MV
exp
=0.9989(0.0020)MV
calc
+0.18(0.29) R=0.998626,
StD=2.74
11.4.3 DistribucindelaprediccindelerrordelParachor
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
12 8 4 0 4 8 12
EscalaVertical: NmerodeEstructurasexaminadas
EscalaHorizontal: EstimacindelerrorACD/Parachor
Pr
exp
=0.9978(0.0015)Pr
calc
+0.68(0.46) R=0.99958,StD=3.11
11.4.4 DistribucindelaprediccindelerrorenelIndicedeRefraccin
0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05
EscalaVertical: Nmerodeestructurasexaminadas
EscalaHorizontal: EstimacindelerrordelIndicedeRefraccin
n
20
exp
=0.98035(0.0073)n
20
calc
+0.028(0.011) R=0.982,StD=0.012
11.4.5 DistribucindelaprediccindelerrordelaDensidad
0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
0.16 0.08 0.00 0.08 0.16
EscalaHorizontal: EstimacindelerrorACD/Densidad
d
20
exp
=0.9947(0.0036)d
20
calc
+0.0052(0.0036) R=0.995683,StD=0.028
11.4.6 DistribucindelaprediccindelerrorparalaTensinSuperficial
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
12 8 4 0 4 8 12
EscalaHorizontal: EstimacindelerrordelaTensinSuperficial
st
20
exp
=0.998(0.018)st
20
calc
+0.08(0.53) R=0.934720,
StD=2.84
11.4.7 EstimacindelErrordelaconstanteDielctrica(Permitividad)
0
5
10
15
20
25
30
0.25 0.125 0 0.125 0.25
EscalaHorizontal: ConstanteDielctricaEstimacindelError
Nota:Derivadosoloparahidrocarburos
e
exp
=1.005(0.033)e
exp
0.013(0.072) R=0.9588,
StD=0.079
12. TeclasdeFuncionesEspeciales
12.1 Obj eti vos
Laventana ChemSketch es un editor de estructuras moleculares extremadamenteverstil. Por
esta razn,varios elementos del software ACD son accequiblescon un simple botn desde su
interfase. Este captulo describe dos mdulos de adicin especiales que pueden accederse
desde lainterfase ChemSketch. Los Tautmeros/ACD ahora se incluyen conlas dosversiones
deACD/ChemSketchlacomercialylagratuitayelDiccionario/ACDestdisponiblesolamente
conlaversincomercialdeACD/ChemSketch.
12.2 Tautmeros
Paraciertoscompuestos,hayunamezcladedosomsestructurasdistintasquepuedenexistir
en equilibrios rpidos en solucin. En muchos casos los tautmeros resultan de una forma de
transferencia de protones. Los Tautmeros/ACD se designan para generar las ms razonables
formas tautmeras de estructuras orgnicas dibujadas. Esta disponible con el comando
ChequearFormaTautmericaatravsdelmenHerramientasoconelbotn .
Laposibilidaddelasformastautmericasalternativasdeberanconsiderarsesiempreconmucho
cuidado, si la estructura orgnica dibujada contiene dos o ms dobles o triples enlaces
conjugadosconounidosaoxgeno,nitrgeno,azufreuotroheteroatomo.Elpresentealgoritmo
de Tautmeros/ACD provee solamente las formas tautmeras sugeridas, pero no
necesariamente son las correctas. Consulte otras Fuentes de informacin para tomar una
decisinfinal.
Los algoritmos de Tautmeros/ACD no proceden con las siguientes clases de estructuras
qumicas:
estructurasquecontienentomosmetlicos
estructuras que contienen tomos cargados, otros en donde el derivado no inico del
nitrgenodevalenciaIV(+)estaenlazadoaloxgeno()
estructurasquecontienenelementosensusvalenciasatpicas
estructurasconenlacescoordinadosy
estructurasquecontienenmsde255tomos.
Ahoraintentaremosestaopcinsobreelejemploilustrado:
1. Usandolatcnicaanteriordibujarlasiguienteestructura:
N H
N
N
O
O
TeclasdeFuncionesEspeciales
2. Seleccionelaestructura(uselaherramientaSeleccionar/Mover ),hagaclicenelbotn
Chequear Formas Tautmericas en la parte superior de la barra herramientas. El
programa comienza a generar y a verificar formas tautmeras de la estructura dibujada y
cuando el proceso ha finalizado, se desplaza la siguiente caja de dialogo:
3. Paranavegaratravsdetodaslasestructurasgeneradas,hagaclicenlosbotonesPrximo
(Next>>)o<<Anterior(Prev.).
4. Para remplazar la estructura dibujada con la estructura mostrada, haga clic en el botn
Remplazar.
12.2.1 Ejemplos
Aquhayunoscuantostiposdetautmerismosclsicosloscualespuedeintentarhacerloscon
elbotnTautmerosenlaVentanadeChemSketch.
TautmerismoCetoEnlico
C H
3
H
O
CH
3
CH
3
C H
3
OH
CH
3
CH
3
TautmerismoCetoFenlico
OH
O
H
H
TautmerismoanilloHeterociclico
N
H
O
N
OH
TautmerismoformaNitrocido
N
+
O
O
C H
3
C H
3
H
N
+
O H
O
C H
3
C H
3
TautomerismoNitrosooxima
C H
3
H
N
O
CH
3
C H
3
N
OH
CH
3
TautomerismoIminaEnamina
N
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
H
NH
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
12.2.2 ErroresenlaLiteraturaQumica
Las estructuras Qumicas frecuentemente se dibujan incorrectamente y las formas tautmeras
sonignoradas.
Todaslasestructurasdeabajohan sidotomadasrespetandolapublicacin.Muchascontienen
errores o tienen asignados formas tautmeras ambiguas bajo las condiciones experimentales
descritas. Con Tautmeros/ACD, usted no corre un gran riesgo de examinar una forma
tautmeras comn para el compuesto que esta tratando, al interpretar los datos observados,
cuandocorrasobrepredicciones/ACDoplaneepublicarlo(talcomoelpKa).
EstructurasDudosasdevariasPublicaciones
N
N H
N
N
H
S
N H
2
N
N
H
N
N
SH
N
N
N
H
N
OH
N
N
N
N NH
2
OH
O H
O H
Thioguanine
(antineoplastic)
4posiblesformas
6Mercaptopurine
(antineoplastic)
5posiblesformas
Allopurinol(antiurolithic)
5posiblesformas
Leucopterin
3posiblesformas
EstructurasDudosasdevariasPublicaciones
N
O
OH
Cl N
S
SH
N
O
O
NH
2
N
N
SH
CH
3
Chlorzoxazone
(skeletalmuscle
relaxant)
2posiblesformas
2Mercaptobenzothiazole
2posiblesformas
Pemoline
(CNSstimulant)
2posiblesformas
Methimazole
(antihyperthyroid)
2posiblesformas
N
N
N
H
NH
2
N
N
N
NH N H
2
S H
N H
2
S
O
O
N
+
O H
O
CH
3
Amitrole(herbicide)
3posiblesformas
Purpald
2posiblesformas
Thiotetronicacid
3posiblesformas
Ciclopirox(antifungal)
2posiblesformas
N
+
O
SH
N
N
SH
I
O H N
N
N H
2
NH
2
O H
OH
N
N
N
O H
OH
OH
O
Pyrithione
(antibacterial)
2posiblesformas
Iodothiouracil
(thyroidinhibitor)
2posiblesformas
Divicine
3posiblesformas
Violuricacid(chelating
agent)
2posiblesformas
N
N SH
OH
N
NH NH
NH
Cl
Cl O H
N
O O H
O H OH
N
N
N
OH
S
N H
2
C H
3
2Thiouracil
(thyroidinhibitor)
2posiblesformas
Guanoxabenz
(antihypertensive)
3posiblesformas
Citrazinicacid
2posiblesformas
Methisazone(antiviral)
2posiblesformas
N
N
H
O
NH
2
F
S
N
NH
S
O
O
O N OH
CH
3
N
N
NH
N H
NH
NH
N H
2
NH
2
CH
3
O OH OH
Flucytosine
(antifungal)
2posiblesformas
Tenoxicam(anti
inflammatory,analgesic)
2posiblesformas
Mitoguazone
(antineoplastic)
4posiblesformas
Anthralin(antipsoriatic)
2posiblesformas
12.3 Dicci onari o
El ACD/Diccionario es un modulo adicional, ahora incluido con la versin comercial de
ACD/ChemSketch.Esextraordinariamenteusadoparabuscarqumicosporsunombrecomn.
ElACD/Diccionarioencuentraestructurasqumicasdeacuerdoa sunombrequmico.Contiene
unos 48,000 nombres sistemticos y no sistemticos y sus correspondientes estructuras
moleculares.Eneldiccionariolasbsquedassehacenporelnombrequmicocompletooporel
nombredefragmentos.
Aunque las diferentes caractersticas del ACD/Diccionario estn cubiertas enla ACD/Dictionary
UsersGuide,nosotrosintroducimosestabrevegua:
EnladerechadelabarraReferencias,hagaclicenelbotnDiccionario paraverlacaja
dedialogoACD/Diccionario:
Nota Si ha comprado ACD/ChemSketch pero nove el botn Diccionario en la
ventanaChemSketchcuandoestaenelmodoEstructura,verifiquequehaentrado
correctamentelosDOSnmerosderegistroenelmomentodelainstalacinuno
paraACD/ChemSketch,yelotroparalaadicinACD/Diccionario.
RefirasealaGuadeUsuario(ACD/DictionaryUsersGuide)paramsinformacin!
12.4 AdicinGratuitaACD/NombreNuevoen5.0!
Enlaversin5.0ahoraesposibleusargratuitamentelaadicinACD/NombreenlaInterfasede
ChemSketch.Estafuncionalidadextraestadisponiblecomounbotnarribaenlabarrageneral:
Estaherramientaesfcildeusar:dibujela(s)estructura(s)parasernombradas,hagaclicenel
botnyelnombreparaunaestructuraounamezclaseinsertarcomountextoenhileraenla
zonadetrabajo.
Intentenombraralgunosejemplos.
1. UsandolasherramientasChemSketch,dibujelasiguienteestructura:
O
O H
N
2. Si hay ms de una estructura dibujada en el espacio de trabajo, Seleccione solamente la
estructuraanterior.
3. Haga clic en el botn Generar Nombre desde Estructura o desde el men
HerramientasescojaGenerarNombredesdeEstructura.Elnombreaparecedebajodela
estructuradibujada:
4. Muevaelnombretipohileraunpocohaciaabajoarrastrndolo.
5. Seleccione el botn tomo de cloro y haga clic una vez cerca de la estructura para
dibujarHCl.
6. SeleccionelasdosestructurasyhagaclicdenuevoenGenerarNombredesdeEstructura.
Estavezelnombreparalamezclaseubicaenlacajadetexto:
12.4.1 LimitacionesdelACD/NombreGratuito
ElACD/Nombregratistienelassiguienteslimitaciones:
LasEstructuras para ser nombradas no pueden tenerms de 50 tomos, incluyendolos
hidrgenos.
LasEstructurasnicamentepuedencontenerlossiguienteselementosH,C,N,P,O,S,F,
Cl,Br,I,Li,Na,Kensusvalenciascomunes.
LasEstructurasnopuedentenermsdetresciclos.
La versin gratuita no permite cambiar el nombre en las preferencias. Este usa las
preferenciasquecorrespondenalosnombrespreferidosporlaIUPAC.
Nota ParamsinformacinsobrelaversincomercialdelACD/Nombre,quenotiene
estaslimitaciones,visitenuestrositioweben:
http://www.acdlabs.com/products/name_lab/iupac/.
13. Goodies
13.1 Qusonlosutil itarios Goodi es ?
Qu son los "goodies"?. Ellos son botones adicionales que extienden la funcionalidad de
ChemSketch. Estn actualmente implementados como programas ACD/ChemBasic asociados
con 22 nuevos botones ChemSketch. El ACD/ChemBasic es un lenguaje de programacin
especial que lo habilita para adecuar el software ACD, y pensamos que esta es una Buena
opcinparamostrarlecualessuutilidadyalmismotiempohacerquesuChemSketchseams
verstil!
Note que no necesita conocer nada acerca de ACD/ChemBasic (aunque, si desea, puede
aprenderlousandoloscdigosGoodiescomoejemplo).
13.2 Dndepuedoencontrarl os?
EstosbotonesdeayudaestnincluidosenlasinstalacionesdeChemSketch4.5.paraverificar
que usted realmentelos tienemire todos los archivos *.BAS en su carpeta ChemSketch.Si no
losencuentra,puedebajarlosdesdenuestrositioweblibredecarga
http://www.acdlabs.com/products/chem_dsn_lab/goodies.html
Ellossonfcilesdeinstalarydeusar.Slosigalasinstruccionesdeinstalacinprovistasenla
pginawebydisfruteestascaractersticasnuevasdeChemSketch.
Note que puede remover los nuevos botones de la barra de herramientas de ChemSketch en
cualquiermomento.
Nota LosbotonesGoodiesdeChemBasicsolamenteestndisponiblescuandoestaen
elmodoEstructura.
13.3 Goodi es
Abajo encuentra una lista de botones Goodies que estn disponibles en este momento en
nuestrositioweb:
Botn Funcin Cmousarlos
Insertar
Pgi na
Insertepginasenblancoen
cualquierlugardentrodesu
documentoChemSketch.Note
quelaformausualesatravs
depgina/nuevaenelmen
adicioneunapginaalfinaldel
documento.
Vayaadondequierainsertarunapginaenblancoy
hagaclicenelbotnInsertarPgina.
Cl onar
Pgi na
Clonelapginaactual(adems
desucontenido)unnmerode
vecesesmuyusadaparallenar
eldocumentoconplantillas,
tablas,ttulos,etc.Lasnuevas
pginasseadicionanalfinaldel
documento.
1.Activelapginaquequiereclonar.
2.HagaclicenelbotnCl onarPgi na.
3.Enlacajadedialogoqueapareceespecifiqueel
nmerodevecesaclonaryhagaclicenOK.
Mover/
Copi ar
Muevaycopiepginasp.ej.
cambiaelordendelapginaen
1.Vayaalapginaquedeseamoverocopiar.
Goodies
Pgi na sudocumento. 2.Hagaclicenelbotn Mover/Copi arPgi na.
3.Enlacajadedialogoqueaparecetecleeelnmerode
pginasquequierecolocardespusdelapginaactual
yhagaclicenOK.
4.SeleccioneSi enelmensajequeaparecesiquiere
copiarlaenlapginaactual.SeleccioneNosisolamente
quieremoverla.HagaclicenCancelar paradetenerla
ejecucindelprograma.
Borrar
Pgi nas
Borrarunrangodepginasal
mismotiempo.
1.HagaclicenelbotnBorrarPgi nas.
2.Enlacajadedialogoqueaparecetecleelasecuencia
delaspginaaborrar.
3.SeleavisaracercadeinhabilitarlaaccinDeshacer
despusdelaejecucindelprograma.EscojaOKsi
deseaborrarlaspginas.HagaclicenCancel arpara
abortarl aejecuci ndelprograma.
Anotaren
Documento
Anotarensusdocumentosel
contenidoenlazonasuperior
izquierdadecadapgina.Estoes
muyconvenienteparamanejar
documentosypresentaciones
largas.
1.Abraocreeundocumento.
2.HagaclicenelbotnAnotarenDocumento.
3.Despusdelaejecucindelprogramahagaclicenel
contadordepginasalfinalenlabarradeestadopara
vernombresdepginas.
Boceto
(Sketch)
para
Converti ra
VRML
Exportatodaslasmolculasauna
pginadentrodeunarchivo
VRML2.0,quepuedeversecon
Cosmo,GLView,ocualquierotro
visualizadorVRML.
1.Dibujelasestructurasquedeseeparaexportarlasauna
pgina.
2.HagaclicenelbotnSketchToVRMLConverter.
3.SeleccioneOKenelmensajeLi stoparaexportar...
queaparece(oCancelarparaabortarelprograma).
4.TecleeelnombredelarchivoylarutayhagaclicenOK.
Notequesihatecleadosoloelnombre,elprograma
ubicarelarchivoWRLenelmismodirectoriocomo
sk2vrml.bas.
5.Especifiquelapresentacindelaestructuraescogida
tecleandolacorrespondienteletraenlasiguientecajade
dialogoyhagaclicenOK.
SDFpara
Converti ra
Sketch
Importelosdatos(molculas,
textos,etc.)desdeunarchivoen
formatoMDLSDFaun
documentoChemSketch.Cada
registroenelarchivoSDFse
trasladaalapgina.
LIMITACION:nosepueden
importarmsde100registros(los
documentosChemSketchpueden
contenerhasta100pginas).Siel
archivoSDFcontiene msde100
registrosentoncesseleavisar
acercadelaconversinparcial(y
delnmeroderegistros
exitosamenteimportados).
1.HagaclicenelbotnSDFToSketchConverter.
2.Enlacajadedialogotecleelarutacompletayelnombre
(lossignos*y?seaceptanenelarchivomascara)
delarchivoSDFquequiereimportaryhagaclicenOK.
Sitecleaelnombredelarchivosinespecificarlaruta
completa,elprogramabuscarsuarchiveSDFenel
directoriodelprogramaChemBasic.As,quesiubicael
archiveSDFquenecesitaenelmismodirectorioconel
sdf2sk.basentoncessimplementeespecifiqueelnombre
sinlaruta.SiubicaelarchivoSDFenunsubdirectorio
delprogramaChemBasicsentoncesustednecesita
solamenteteclearelnombredelsubdirectorio.
3.Sibuscalosresultadoscontenidosenmsdeun
archivo,elprogramalesugierequeSeleccione
uno,entonceslepreguntaporelcampodedatos
quecontieneeltextoquequieremostraralolargo
delamolcula.Especifiqueelnombredelcampoy
hagaclicenOK.
Documento
Navegador
(Browser)
Mireatravsdelosdirectoriosy
encuentreeldocumento
ChemSketchespecificadoas
comosebuscandocumentospara
eltextohilerasinabrirlos.
Hagaclicenestebotnysigalasinstruccionesque
aparecenenlosmensajes.Estaesunaherramienta
muyutilizadaparabsquedayPrevisualizacinde
documentosChemSketch.
*
Goodies
Tabl a
Mgi ca
(Wi zard)
Creetablasy/oObjetosalineados
deacuerdoalnmero
especificadodefilasycolumnas
Paracrearunatablaycolocarelobjetodibujadoenesta:
1.HagaclicenelbotnTabl aMgi ca.
2.SeleavisarsobreelnmerodeObjetosenlapginay
algunassugerenciassobrecomoalinearlos.Seleccione
Si .
3.Especifiqueelnmerodefilasycolumnasenlatabla.
4.Escojaentoncessiquierecrearlebordesalatabla.
ParacrearunatablaVaca:
CorralaTablaMgicaenunapginaenblanco.
O
SeleccioneNoenlacajademensajedondesele
sugierealinearlosobjetos.
Remplazar
El ementos
Remplaceunaclasedetomo
conotro.Estaaccinesmuy
utilizada,porejemplo,para
estructurasperfluoradas.
Notequeestosolo`puedehacerseconestructurassimples
enunapgina.
1.Dibujeosaquesolounaestructuraenlahojayhagaclic
enestebotn.
2.Enlacajadedialogoqueapareceespecifiqueel
elementoquequiereemplazaryhagaclicenOK.
3.Enelsiguientedialogoescojaelelementoconelqueva
ahacerelreemplazoyhagaclicenOK.
Sol ucin
Calculadora
Calcularlospesosdeun
compuestoparaprepararuna
solucindevolumeny
concentracinmolardefinidapor
elusuario.
Notequelaejecucindelprogramaesposiblesolocon
unaestructurasimpleenlapgina.
1.Dibujeosaqueunaestructuraenlapginayhagaclic
enestebotn.
2.Especifiquelaconcentracinmolarrequeridayel
volumendesolucinenlacajadedialogo.
3.Vealosresultadosenlacajademensajequeaparece.
Imprimir
eti quetas
Rpidamentecreertuloso
etiquetasparareactivosqumicos
eimprmalosenlosFormatos
Estndar(AveryStandard)(se
incluyen45 hojasdeplantillas)o
imprmalosensuspropiashojas
1.Dibujelasestructurasalasquequierecrearleslas
etiquetasyhagaclicenelbotnImprimirEti queta.
2.Puedecrearetiquetasparaestructurasdesdeelarchivo
SDFsiestacorriendoesteprogramaenunapgina
vaca.
3.Paramsinformacinvealprinter.txtprovistaenel
directorioGoodies.
Constructor
dePpti dos
Construyaestructurasdepptidos
en3Dpara lassecuenciasde
aminocidos.
Refirasealarchivopepbuild.sk2provistoenel
directorioGoodiesparaunaguadelusodeestebotn.
Constructor
deCarbo
hi dratos
Construyauncarbohidratoconel
nombreabreviado.
Parainformacinacercadecmotrabajarconeste
botnreferirsealarchivosugarsk.txtquepuede
encontrareneldirectorioGoodies.
Reordenar
Pgi nas
Lepermitecortarypegarocopiar
ypegarsecuenciasdepginas
dentrodelmismodocumento.
1.Abraeldocumentoalquequierereordenarlaspginas.
2.Hagaclicenestebotnysigalasinstruccionesenlos
mensajes.
Renombrar
Pgi nas
Cambieelnombredelaspginas
1.Abraeldocumento.
2.Hagaclicenestebotn.
3.Tecleeelnmerodepginaqueustedquiererenombrar
Goodies
yhagaclicenOK.
4.TecleeelnombreyhagaclicenOK.
5.Losnombresdelaspginassemuestrancuandousted
haceclicenlapginaPgina1/1enlaparteinferiorde
suventanaChemSketch.
Insertar
Nmerosde
Pgi na/
Notas
Insertenmerosdepginao
notascomplejasensu
documento.Observequelanota
serinsertadaenlaparteinferior
izquierdadelapgina.
1.Abraocreeundocumento
2.HagaclicenelbotnNotasdePgi na
3.Tecleeenlacajadedialogoqueaparecequeesuna
plantillaparanotasdepginayhagaclicen OK.
ClavesdelaPlantillaNotas:
* $Pinsertanmerosdepgina
* $Ninsertanombresdepginas(quepuedeninsertarse
usandolautilidadRenombrarPgi naousandoel
comandoRenombrar/Pginas
Puedetambinincluircualquiertextofijoensuplantilla
notas.
Porejemplo:
LaPlantilla$Pinsertarnmerosdepgina
LaPlantilla$Nubicarnombresdepginasenlaesquina
izquierdadecadapgina
LaPlantillaPage$PinsertarlasnotasPgina1,
Pgina2,etc.
LaPlantilla:Page$P:$NinsertarlasnotasPgina1:
NombredePgina.
LaPlantillaquenocontieneningunaclaveinsertartextos
fijosparacadapginaustedpuede,porejemplo,sealar
todaslaspginasconsunombre.
CrearHTML Exportatodaslaspginas
especificadasdeundocumento
actualenunarchivoHTML,el
cualpodrverensuexplorador.
Nota: RequiereChemSketch
4.01oposterior.
Todoslosdetallespuedenencontrarseenelarchivo
FillTmpHelp.docprovistoeneldirectorioGoodies.
Converti dor
Sketcha
SDF
Exportetodaslasestructurasde
lapginaactualodesdetodoel
documentoaunarchivoSDF.
1.Abralapginaconlasestructurasquequiereexportar.
2.EscojaestebotnySeleccionequequiereimportarla
pginaactualotodoeldocumento.HagaclicenOK.
3.EspecifiqueelnombreylarutaparaelarchivoSDF.
Observequesiustedtecleanicamenteelnombredel
archivo,elprogramapondrlosarchivosSDF
resultantesenelmismodirectorioconelarchivo
expsdf.bas.
Mostrar
Hi drgenos
Explcitamentemuestra
hidrgenosenlasestructuras
dibujadas.
Dibujeestructurasenlapginayhagacliceneste
botn.
Nota:ustedpuedeusarelcomandoestndarChemSketch
Herramientas/RemoverHidrgenosExplcitospara
reversarlaaccin.
Remover
Iones
Espectador
(Desalt)
UnarchivoSDFquecontieneuno
omsestructurasSalinaspueden
cambiarseaunamolculapor
ingresoarchivosSDF.Estebotn
remuevelosionespequeosya
seaporFWopornmerode
tomos.Porejemplo,elacetato
1.EspecifiqueelnombreylarutaparaelarchivoSDF.
Notequesitecleasolamenteelnombredelarchivo,el
programalodireccionareneldirectorioGoodies.
2.Luegodefinauncriterioparapartespequeas:masaso
tomos.
3.ElarchivoSDFresultanteseguardarenelmismo
directorioconelnombrequeespecificbajoelnombre
Goodies
desodiotendreltomodesodio
removidoyelcidoacticolo
mantendr.(Nota:lamolcula
anteriorsecolocaensuforma
neutral.)
newfile.sdf.
Unarchivomuestraespecial,salts.sdfcon5salesen
esteseencuentraeneldirectorioGoodiesparapruebas.
SUGERENCIA:uselautilidadImportarSDFpararevisar
elNewfile.sdf.
Constructor
deAcidos
Nucl eicos
ConstruyauncidoNucleicoen
3D(ADN,ARN)(unaodos
cadenas)parasusecuenciade
entrada.
Hagaclicenestebotnysigalasinstruccionesdelos
mensajes.
Goodies
14. Conclusin
GraciasporhaberescogidoACD/ChemSketch.Estamosesforzndonosparaproducirlomsfcilde
usar, dentro de los ms potentes programas de dibujo para qumica disponibles en este momento.
Desde mayo del 2001, unas 100,000 copias de ACD/ChemSketch estn en circulacin y pensamos
quehayrazonesparasucrecientepopularidad!
El Complemento del captulo 3 de esta gua deberahaberle dado las herramientas necesarias para
comenzaratrabajarconesteprograma.Elcomplementodelcaptulo4deestaguadeberahaberlo
habituadoconunanuevadimensindeACD/ChemSketch,elILab.Elcomplementodeloscaptulos
restantes de esta gua lo ha hecho altamente eficiente como usuario ChemSketch y de hecho le
damoslabienvenidaalclubdeexpertosChemSketch.
Esteresumen,combinadoconunaayudaenlneadeberasersuficienteparaejecutarmuchascosas
conestepotenteeintuitivopaquete.Paracualquierocasinposteriorenlaqueserequieraasistencia
osinosretroalimentasobreestemanualocualquierotroaspectodelsoftware,estaramoscontentos
deescucharlo.Esperamosquesecontacteporalgunadelasformasdescritasenelcaptulo1.8.
Yadems
Una vez que ha usado esta gua, esperaramos su comentario.
Cmo podemos mejorar la documentacin para este producto?
Tenemos un pequeo cuestionario que nos gustara que
respondiera.Todaslosremitentesdelosdibujossealmacenarn
parapoderrecibirunpremiodeACD/ChemFolder(oequivalente
descuento para comprar cualquier software ACD). Por favor use
MSWord6.0oposteriorparaabrirelarchivosurvey.docouse
Adobe Acrobat Reader para abrir survey.pdf en la
documentacindelCDqueharecibidoconestesoftware,ovisite
la pgina Feedback en nuestro sitio web,
http://www.acdlabs.com/feedback/guides.html. el ganador del
dibujoseranunciadoalfinaldecadacalendarioanual.

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