Redes de comunicacin biomedicina

Federico Mayor Menndez

celular:

del

interactoma

la

Catedrtico de Bioqumica y Biologa Molecular, Departamento de Biologa Molecular y Centro de Biologa Molecular Severo Ochoa, Universidad Autnoma de Madrid Sistemas de sealizacin celular Para entender el funcionamiento de los seres vivos y en particular de los organismos multicelulares, es esencial el estudio de los denominados sistemas de comunicacin celular, es decir, de los mecanismos por los que se transfiere informacin biolgica del entorno. Todas las clulas deben recibir continuamente informacin del ambiente que las rodea, y tomar decisiones basadas en esa informacin. As, los organismos unicelulares necesitan distinguir los nutrientes que se encuentran en su cercana, y regular sus procesos metablicos de acuerdo con esas disponibilidades. En el caso de las clulas de los organismos multicelulares, es preciso que integren la informacin procedente de las clulas vecinas y del conjunto del organismo, para tomar decisiones tales como reproducirse (proliferar), especializarse (diferenciacin), moverse a otro sitio (migrar) o morir (apoptosis). Por tanto, comprender cmo las clulas reciben y coordinan seales del entorno y de otras clulas del mismo organismo es esencial para entender procesos biolgicos bsicos como la proliferacin, diferenciacin y muerte celular, la organizacin en tejidos, el metabolismo, la migracin de las clulas o la propia percepcin sensorial. El estudio de estos sistemas de sealizacin celular ha experimentado un extraordinario desarrollo en los ltimos aos, y constituye en la actualidad una de las fronteras ms apasionantes de la investigacin. Estos conocimientos estn permitiendo, adems, avanzar en el diseo de nuevas estrategias diagnsticas y teraputicas en muy diversas patologas. Antes de la aparicin de los organismos multicelulares en nuestro planeta, los organismos unicelulares ya haban desarrollado mecanismos para responder a cambios en el medio y a detectar en l la presencia de otras clulas. Por ejemplo, las bacterias pueden detectar que estn creciendo muchas otras a su alrededor porque aumenta la concentracin de sustancias secretadas por aquellas al medio exterior, y responder modulando parmetros como la movilidad, la produccin de antibiticos o la formacin de esporas. En el caso

de la levadura Saccharomices Cerevisiae puede emitir al medio una sustancia peptdica (feromona) que puede detener la proliferacin de clulas vecinas y prepararlas para un proceso de fusin entre dos clulas haploides. Se piensa que la evolucin utiliz inicialmente como punto de partida cascadas de sealizacin que se haban desarrollado en eucariotas unicelulares para adaptar su tasa de crecimiento a la disponibilidad de nutrientes en el medio. La adquisicin de nuevos genes durante la evolucin, junto con los fenmenos de duplicacin de los genomas y de ayuste gnico diferencial, permiti aumentar el repertorio inicial de molculas de sealizacin para poder acomodar la mayor complejidad estructural y fisiolgica de los organismos pluricelulares. Este proceso no fue fcil y probablemente necesit de mltiples ensayos de prueba y error a lo largo del proceso evolutivo. De hecho, algunos investigadores postulan que los 2500 millones de aos requeridos para la transicin de organismos unicelulares a pluricelulares se debi en gran medida a la necesidad de desarrollar el nuevo lenguaje de estos procesos de sealizacin celular. El advenimiento de organismos multicelulares durante el proceso evolutivo precis del desarrollo de nuevos sistemas de control de la actividad celular, del establecimiento de normas estrictas que regulasen el funcionamiento de cada una de las clulas especializadas del organismo para el beneficio del conjunto. Adems, deba asegurarse que la puesta en marcha de respuestas celulares se coordinase de tal manera que todas las clulas implicadas en un proceso biolgico reaccionasen al unsono durante el desarrollo embrionario o ante respuestas fisiolgicas. La solucin evolutiva a estas nuevas necesidades de socializacin celular fue el desarrollo de rutas complejas de sealizacin que coordinasen y ejecutasen las respuestas celulares ante cambios ambientales, metablicos o patognicos del organismo. Es importante reflexionar sobre la inmensa complejidad de la tarea de estos procesos de coordinacin de la actividad celular. Se calcula que un ser humano adulto consta de aproximadamente 100 billones de clulas (cien millones de millones de clulas, del orden de 1.000 millones de clulas por gramo de tejido por trmino medio), de unos 300 tipos celulares distintos, agrupados en rganos y sistemas, todas ellas provenientes de una sola clula, el oocito fecundado. Slo el cerebro humano, la estructura ms compleja del universo de la que tenemos conocimiento, consiste de 100.000 millones de clulas en continua comunicacin, a travs de una complejsima red de contactos (las sinapsis, unas mil por cada neurona), muchsimo ms intrincada que la world wide web por la que nos comunicamos por Internet. Sistema de sealizacin celular y el control de la transmisin de la informacin gentica.

Una caracterstica general de todas las clulas es que la informacin contenida en el DNA, cuyo conjunto se denomina genoma, se transcribe a RNA, y de ste se traduce a protenas, en los procesos de transcripcin y traduccin, respectivamente, dando lugar a lo que se denomina transcriptoma y proteoma, conjunto de RNAs o de protenas expresadas en cada momento en una clula dada. En niveles de integracin superior, las mltiples redes de interacciones que establecen las protenas sustentan las funciones celulares. Al conjunto de estas interacciones se ha denominado interactoma. Por ltimo, la funcin fisiolgica integrada en el organismo global, ser el resultado de la coordinacin de todas esas funciones celulares, lo que se ha llamado fisioloma. La expresin del transcriptoma y el proteoma (las protenas que son las responsables directas de las funciones celulares) es dependiente de contexto, variando con el tipo celular, el estado de desarrollo y las circunstancias fisiolgicas o patolgicas concretas. Un ejemplo claro de cmo esa informacin genmica se va diversificando en distintas combinaciones funcionales es el propio proceso de desarrollo y morfognesis. A partir de una clula de partida se van dando las sucesivas divisiones y especializaciones funcionales y morfolgicas que constituyen el organismo. Mensajeros y receptores Cmo son y cmo funcionan los procesos de comunicacin celular? Hay que decir que, an para los especialistas, los sistemas de sealizacin son extraordinariamente complejos, asemejndose a complicadas redes o circuitos con mltiples elementos de interseccin y control. En general, estos sistemas se basan en la existencia de unas molculas, denominadas mensajeros, que llevan rdenes slo a aquellas clulas que poseen receptores especficos para reconocer a esa molcula. Los mensajeros, segn su origen celular, forma de liberacin, y funcin se pueden denominar tambin hormonas, neurotransmisores, o mediadores qumicos locales. Modalidades de comunicacin entre clulas En las clulas animales se pueden diferenciar varios tipos de comunicacin atendiendo a lo que podra llamarse la distancia operativa : a) Contactos clula-clula. Algunas molculas mensajeras permanecen unidas en el exterior de la membrana de la clula que las produce, y por tanto slo pueden influir en otras clulas que contacten directamente con esa clula (y que tengan los receptores apropiados). Esta sealizacin dependiente de contacto es muy importante durante el desarrollo (donde la informacin posicional es muy importante para la morfognesis) y en la respuesta inmune.

b) Comunicacin mediante molculas secretadas al medio externo. Muchas clulas secretan mensajeros al fluido extracelular, bien mediante difusin a travs de la membrana o por un proceso llamado exocitosis (vertiendo al exterior el contenido de vesculas internas que se funden con la membrana plasmtica). Estos mensajeros, en muchas ocasiones actan como mediadores locales, ejerciendo su accin en distintas clulas de diversos tipos cercanas a la de origen. Este tipo de sealizacin se denomina paracrina y est limitada en el espacio y en el tiempo por la capacidad de difusin del mensajero, y por procesos de transporte, inmovilizacin o destruccin del mismo que restringen su radio de accin. A veces, la propia clula secretora del estmulo tiene receptores para ese mensajero, y entonces la sealizacin se llama autocrina. En el caso de los organismos ms complejos, se requieren sistemas de comunicacin de mayor alcance, para poder coordinar las funciones de clulas de diversas partes del cuerpo. Esto se consigue gracias a la comunicacin sinptica mediada por neurotransmisores y mediante la denominada sealizacin endocrina. En el primer caso, las clulas nerviosas (neuronas) extienden procesos o prolongaciones muy largos (llamados axones) que terminan en una estructura especial denominada sinapsis, muy cercana a la clula diana. Cuando las neuronas reciben una seal (del entorno o de otra neurona) se produce la liberacin de una sustancia mensajera en la sinapsis (llamada en este caso neurotransmisor) que acta muy rpidamente (en menos de un milisegundo) sobre la otra clula, ya que slo tiene que difundir 100 nanometros hasta su destino. En lo que respecta a la sealizacin endocrina, los mensajeros se transmiten desde unas clulas a otras a travs de la sangre. Las molculas del mensajero (que en este caso se denominan tambin hormonas) viajan as por todo el organismo, pero actuando solamente en aquellas clulas que posean receptores especficos para esa hormona concreta. Al tener que pasar a la sangre y depender del flujo sanguneo, esta sealizacin, aunque llega a largas distancias, es ms lenta que la neurotransmisin, pero tiene la ventaja de que puede permitir coordinar las tareas de diversos tipos celulares en diversos rganos del cuerpo en respuesta a un mismo estmulo fisiolgico. Por ejemplo, la insulina secretada en el pncreas en respuesta a la presencia de glucosa tras la comida podr dar simultneamente instrucciones a distintos tejidos (msculo, hgado, tejido adiposo) que posean receptores para esta hormona. c) Finalmente, ltimamente estn tambin cobrando mucha importancia los llamados mensajeros desde dentro, las seales que surgen en el interior de las clulas, en muchos casos como detectores o como consecuencia de situaciones de peligro. El DNA daado, la falta de oxgeno (hipoxia), los radicales libres de oxgeno, el estado energtico de la clula, se est

descubriendo que desencadenan importantes respuestas celulares, interactuando en muchos casos con sistemas de sealizacin convencionales que operan desde el exterior celular. Cascadas de sealizacin intracelular Como hemos mencionado antes, los receptores tienen la capacidad de actuar como detectores de seales (mensajeros) en el medio, y de transformar ese acto de reconocimiento molecular en una seal intracelular (tambin denominada segundo mensajero). Los segundos mensajeros, ya desde dentro de la clula, modifican la actividad, localizacin o interacciones entre protenas celulares (controlando as el metabolismo, o la funcin del citoesqueleto, por ejemplo) y tambin regulan la expresin gnica (es decir, viajan hasta el ncleo celular y ordenan que se expresen o que se dejen de expresar determinados genes), promoviendo una respuesta celular especfica e integrada. Los sistemas de sealizacin celular estn normalmente organizados en relevos, denominados en cascada, con etapas secuenciales de deteccin, transformacin, amplificacin y diseminacin de la seal que son un poderoso instrumento para el control de las principales funciones celulares. Es importante recordar que estos sistemas, para ser eficaces, tienen que funcionar de forma transitoria y controlada de tal forma que slo persista la seal mientras lo haga el mensajero. Por tanto, tienen que existir adems procesos de terminacin, adaptacin e integracin que aseguren en todo momento su activacin y desactivacin controlada. Cuando estos mecanismos de control sufren alguna alteracin o funcionan mal, se producen situaciones patolgicas. Por ello, estos sistemas pueden utilizarse tambin como diana de frmacos que modifiquen las funciones celulares o su comportamiento errneo. Tipos de receptores La mayora de los mensajeros se unen a receptores situados en la membrana plasmtica de las clulas diana. Se distinguen tres grandes clases de receptores, definidos por su estrategia para transformar la seal extracelular en una intracelular: a) Receptores acoplados a canales inicos. Son protenas de membrana que dejan pasar iones a travs de ellas slo si est presente el mensajero en la parte extracelular. Estos receptores actan como compuertas que se abren transitoriamente dejando pasar calcio, sodio o cloruro (dependiendo del receptor) a favor de su gradiente electroqumico. Este tipo de receptores (constituidos por varias subunidades de protenas transmembrana) son especialmente abundantes en clulas excitables caracterizadas por una gran rapidez de respuesta, como las neuronas o las clulas musculares.

b) Receptores con actividad enzimtica propia. Son protenas con una regin transmembrana que presentan un sitio de unin del mensajero situado en el exterior de la clula y una zona con actividad enzimtica (sitio cataltico) en el interior. La unin del mensajero provoca cambios en el receptor (que en muchos casos implica su dimerizacin, es decir, su cercana a otro receptor similar) que resultan en la estimulacin de su actividad cataltica. Muy frecuentemente esa actividad es de tipo quinasa, es decir, provoca la fosforilacin en un residuo de tirosina, de serina o de treonina de la propia protena receptora y de otras protenas celulares, modificando transitoriamente su funcin. Muchos mensajeros de tipo peptdico, como la insulina, y muchos factores que controlan el crecimiento de las clulas utilizan este tipo de receptores. c) Receptores acoplados a protenas G. En las dos tipos de receptores anteriores, la capacidad de reconocer al mensajero y de promover y amplificar una seal intracelular (a travs de un canal inico o una actividad enzimtica) residan en la misma protena. En este ltimo tipo participan 3 protenas de membrana distintas: el receptor (que es en este caso una protena de tipo serpentina, que atraviesa 7 veces la membrana), unas protenas transductoras denominadas protenas G (situadas en la periferia interna de la membrana plasmtica) y otra protena efectora o amplificadora. Entre estas protenas efectoras se encuentran la adenilil ciclasa (que produce el segundo mensajero denominado AMP cclico a partir del ATP celular), fosfolipasas (que liberan segundos mensajeros almacenados en forma de lpidos en la membrana), o canales para diversos iones. Este sistema de sealizacin ha tenido un gran xito evolutivo ya que es la familia de receptores ms extensa,ms ubicua y ms verstil. Los humanos tenemos casi mil receptores de esta familia en nuestro genoma. Los sistemas de transmisin de seales en el interior de la clula Adems de los receptores capaces de detectar las seales extracelulares, cules son las principales estrategias en las que se basa su propagacin en el interior celular? cmo se puede ir transfiriendo esa seal de forma ordenada? En primer lugar, estos sistemas utilizan de forma generalizada las denominadas protenas G (monomricas o heterotrimricas) como interruptores moleculares que se activan transitoriamente. Estas protenas pueden encontrarse en dos conformaciones espaciales diferentes: una forma inactiva, cuando unen al nucletido GDP, y otra forma activada capaz de unirse con otras protenas celulares denominadas efectoras, cuando unen GTP. Pero esta activacin es intrnsecamente transitoria, ya que estas protenas son GTPasas, es decir, destruyen al cabo de un breve tiempo el GTP transformndolo de nuevo en GDP, y vuelven as a su estado basal.

El encendido (intercambio de GDP por GTP) y el apagado (hidrlisis de GTP) de este interruptor molecular se pude modular por su interaccin con otras protenas. Asi, cuando los receptores serpentina acoplados a protenas G reconocen a su mensajero (por ejemplo, el receptor de adrenalina a la adrenalina), cambian su conformacin y pueden entonces interaccionar con una protena G (de tipo heterotrimrico) unida a GDP, lo que a su vez promueve el intercambio de GTP por GDP. La protena G en su estado activo interacciona con efectores (como la adenilato ciclasa) modificando parmetros intracelulares que diseminan la seal extracelular. Este proceso es transitorio, porque la protena G hidroliza GTP a GDP (le quita un grupo fosfato) y vuelve a su conformacin basal. Slo si sigue habiendo mensajero en el exterior de la clula se repetir el ciclo de activacin y desactivacin. Muchos otros procesos celulares utilizan otro tipo de protenas G, llamadas monomricas, como las familias de protenas Ras o Rho, para controlar mltiples aspectos de proliferacin, diferenciacin, morfologa del citosqueleto o trfico vesicular. Otra estrategia fundamental en los procesos de comunicacin celular es la utilizacin de procesos de fosforilacin y des-fosforilacin de protenas, que pueden modificar de forma reversible la actividad de muchas protenas celulares. La introduccin de un grupo fosfato en un residuo de Serina, Treonina o Tirosina por una quinasa, o su desaparicin por accin de una fosfatasa, puede modificar la conformacin, la actividad, o localizacin de una protena. La utilizacin conjunta de quinasas y fosfatasas permite tambin disponer de otro tipo de interruptores moleculares, que encienden o apagan funciones celulares. La fosforilacin y des-fosforilacin catalizada por protena-quinasas y protena fosfatasas pueden modificar la funcin de una protena casi de cualquier manera que se pueda imaginar; por ejemplo, aumentando o disminuyendo su actividad biolgica, facilitando o inhibiendo su trfico entre compartimentos subcelulares, o iniciando o rompiendo interacciones protena-protena. La simplicidad, flexibilidad y sensibilidad de la fosforilacin, junto con la disponibilidad del ATP como donador de grupos fosforilo, explica su seleccin como el mecanismo ms general de regulacin adoptado por las clulas eucariticas. Se estima que casi un tercio de las protenas pueden ser reguladas por esta estrategia, y en el genoma humano se han identificado ms de 500 protenas quinasas y del orden de 130 fosfatasas. Muchos de los genes identificados como oncogenes (es decir, aquellos genes que mutados dan lugar a cncer) pertenecen a estos grupos de protenas, lo que da idea de su extraordinaria importancia fisiolgica y patolgica. El diseo modular permite ensamblar complejos de protenas sealizadoras Por ltimo, otra estrategia comn en los procesos de comunicacin intracelular, que tambin se utiliza conjuntamente con las anteriores, es la existencia de

mltiples mdulos o dominios funcionales en las protenas transductoras de seal, que van a permitir su ensamblaje y desensamblaje transitorio en complejos multimoleculares implicados en sealizacin. Muchas protenas de sealizacin estn construidas a base de mdulos parecidos, que tienen determinada capacidad de unirse unos con otros, o de reconocer determinadas seales en las clulas, como por ejemplo la existencia de residuos de tirosina fosforiladas (mdulos SH2), de secuencias ricas en prolina (mdulos SH3) o de mayor concentracin de derivados lipdicos del fosfatidilinositol (mdulos PH). Pueden construirse sistemas de sealizacin muy complejos y altamente regulados, combinando las distintas estrategias de los interruptores moleculares de las protenas G, las quinasas/fosfatasas, y los procesos de ensamblaje/desensamblaje controlado de complejos multimoleculares basados en la estructura modular de muchas de las protenas implicadas. Por ejemplo, muchos receptores tienen actividad quinas y se auto-fosforilan en residuos de tirosina en respuesta a un estmulo. Estos aminocidos as modificados actan como reclamo de otras protenas que poseen unos mdulos funcionales denominados SH2, que reconocen especficamente tirosinas fosforiladas. De esta forma, se promueve un reclutamiento o ensamblaje especfico de protenas intracelulares. En muchas ocasiones, estas protenas modulares reclutadas contienen como otra de sus piezas un factor de intercambio GTP/GDP de protenas G. De esta forma, la llegada del mensajero extracelular permite, en un momento y en un lugar especfico, el encendido de este interruptor molecular en el interior de la clula. Sistemas de sealizacin celular y biomedicina Muchas situaciones patolgicas se derivan de un funcionamiento alterado (excesivo o disminuido) de los sistemas de comunicacin celular. A su vez, mltiples frmacos actan modulando las cascadas de sealizacin a diferentes niveles. El cncer, la diabetes, las enfermedades cardiovasculares, los procesos neurodegenerativos o inflamatorios cursan con alteraciones en sistemas de sealizacin celular, ya sea por cambios en los niveles de mensajeros, en el nmero o la funcionalidad de los receptores o de los distintos componentes de las cascadas de transduccin, o en una mezcla de estos motivos. En ocasiones pueden producirse alteraciones genticas que lleven a una sealizacin constitutiva e independiente del factor extracelular. Este tipo de alteraciones afectan fundamentalmente a aquellas molculas que regulan positivamente las rutas de sealizacin. Por otro lado, pueden producirse alteraciones genticas que eliminen la funcin de una protena concreta, bien debido a la prdida del gen respectivo o a mutaciones puntuales que creen problemas en la expresin de una protena o en su actividad biolgica. Este tipo de disfunciones afectan a molculas que actan como reguladoras

negativas de las cascadas de sealizacin. El ejemplo ms prototpico de estas disfunciones moleculares es el cncer, una enfermedad que se origina como consecuencia de la desregulacin de las cascadas de sealizacin que modulan la proliferacin celular, la diferenciacin celular, la deteccin/reparacin de dao gentico, y el proceso de apoptosis. Ahora sabemos que esta patologa se debe a la acumulacin de mutaciones que determinan bien la activacin constitutiva (en el caso de los oncogenes) o la inactivacin (en el caso de los genes supresores de tumores) de protenas implicadas en la sealizacin celular. El resultado son rutas de sealizacin constitutivamente activas, que dan rdenes continuas de proliferacin celular sin posibilidad de control externo. En otras muchas enfermedades se encuentran alterados los niveles de mensajeros y/o las rutas de sealizacin que controlan. La diabetes, por ejemplo, es resultado de reducidos niveles de la insulina, mensajero clave en el control de la glucosa plasmtica (diabetes tipo I) o de una reducida eficacia de la cascada de sealizacin de la insulina (diabetes tipo II). En patologas cardiovasculares, existen aumentos en los niveles de mensajeros como catecolaminas, angiotensina o endotelina, que alteran a su vez el normal funcionamiento y crecimiento de tipos celulares cardiovasculares, y pueden conducir a hipertrofia cardiaca y a fallo cardiaco. En la enfermedad de Parkinson, la degeneracin de las neuronas de determinada zona del cerebro disminuye los niveles del neurotransmisor dopamina. El mejor conocimiento de los procesos de sealizacin implicados y alterados en los distintos procesos fisiolgicos y patolgicos permite tambin utilizarlos como dianas de frmacos. La idea bsica es aprovechar la gran capacidad de control de las funciones celulares de estos sistemas para modificarlas de la forma ms eficaz y especfica posible. En algunos casos, la estrategia consiste en modular exgenamente los niveles de mensajero, bien para evitar su carencia, como sera el caso de la administracin de insulina, o para evitar que se produzca en exceso, como la aspirina y los inhibidores que evitan la excesiva sntesis de los mensajeros denominados prostaglandinas y de otros derivados del cido araquidnico, controlando as procesos inflamatorios. En otros casos, se administran compuestos qumicos capaces de unirse con gran afinidad a los mismos receptores que los mensajeros endgenos, consiguiendo as mimetizar (agonistas) o impedir (antagonistas) su accin. Por ejemplo, agonistas de receptores beta2-adrenrgicos son eficaces broncodilatadores y se utilizan para tratar el asma; antagonistas beta1adrenrgicos se utilizan para el tratamiento de la hipertensin; antagonistas del receptor H2 de la histamina inhiben la excesiva secrecin gstrica; agonistas de receptores de opiceos, como la morfina, se utilizan como analgsicos, etc.

El estudio del interactoma de las GRKs y sus implicaciones fisiopatolgicas como ejemplo Las quinasas de receptores acoplados a protenas G (GRKs) representan un importante punto de convergencia de diferentes rutas de sealizacin. Las GRKs participan, junto con las arrestinas, en la regulacin de receptores acoplados a protenas G (GPCR), una familia de centenares de protenas de membrana de gran importancia fisiolgica y farmacolgica, y pueden tambin desempear un papel en la propagacin de seal, contribuyendo a ensamblar complejos multimoleculares en el entorno del receptor, actuando como protenas adaptadoras (scaffold) gracias a su interaccin con diversas protenas implicadas en sealizacin celular. Adems, las GRKs (y en particular la ubicua isoforma GRK2), pueden tambin fosforilar ciertos receptores tirosina-quinasa y un nmero creciente de sustratos no-GPCRs, sugiriendo que estas protenas podran tener diversas funciones efectoras. Otras interacciones funcionales descritas estn implicadas en la regulacin de la expresin, degradacin, localizacin y actividad de las GRKs. Dado que los niveles y/o funcionalidad de GRK2 estn alterados en diversas e importantes situaciones patolgicas, como fallo cardiaco congestivo, inflamacin o ciertos tumores, el mejor conocimiento de las redes de interacciones de esta protena (interactoma) permitir desvelar la contribucin de GRK2 a procesos celulares bsicos, y entender cmo sus alteraciones en condiciones patolgicas pueden participar en el desencadenamiento o desarrollo de diversas enfermedades cardiovasculares inflamatorias o neoplsicas, as como evaluar su potencial como diana diagnstica y/o teraputica.