Replicacin, reparacin y recombinacin del DNA.

La capacidad de una clula para mantener l orden en un ambiente catico depende de la duplicacin precisa de la gran cantidad de informacin gentica codificada en su DNA. Este proceso de duplicacin, se denomina replicacin del DNA. El mantenimiento del orden en una clula tambin requiere de la supervisin y la reparacin de su informacin gentica. Las maquinarias proteicas que replican y reparan el DNA de la clula, catalizan algunos procesos ms rpidos y precisos que tienen lugar dentro de las clulas. A pesar de estos sistemas que protegen la informacin gentica de los errores de copiado y dl dao accidental, a veces se producen cambios permanentes o mutaciones. La acumulacin de cambios en el DNA durante millones de aos proporcion la variedad en el material gentico que hace a una especie distinta de otras. Las mutaciones pueden ser perjudiciales: en el hombre son responsables de miles de enfermedades hereditarias y de muchos tipos de cncer. REPLICACION DEL DNA. El apareamiento de bases permite la replicacin del DNA. Cada cadena de la doble hlice de DNA contiene una secuencia de nucletidos que es exactamente complementaria a la secuencia de nucletidos de la otra cadena. Cada cadena puede actuar como un molde para la sntesis de una nueva cadena complementaria. Si se designan a las dos cadenas del DNA como S Y S, la cadena S puede actuar como molde para una nueva cadena S, la informacin gentica en el DNA puede ser copiada con precisin por un proceso donde la cadena S se separa de la cadena S y cada cadena acta luego como un molde para la produccin de una nueva cadena que es idntica a la anterior. La capacidad de la cadena de actuar como molde, le permite a una clula copiar, o replicar, sus genes antes de pasarlos a sus descendientes. Esta proeza es realizada por una agrupacin de protenas que forman una maquinaria de replicacin. La replicacin del DNA produce dos dobles hlices completas a partir de la molcula de DNA original y cada hlice nueva es idntica en la secuencia de nucletidos a la doble hlice de DNA progenitora. Cada una de las dobles hlices de DNA hijas contendr una de las cadenas originales (antigua) mas una cadena que es complementaria nueva; este tipo de replicacin se llama semiconservadora. La sntesis del DNA comienza en los orgenes de replicacin. La doble hlice de DNA es muy estable: las dos cadenas estn aseguradas por enlaces de hidrogeno entre las bases de ambas cadenas.

El proceso de replicacin del DNA es comenzado por protenas iniciadoras que s unen al DNA y separa a las dos cadenas, rompiendo los enlaces de hidrgeno entre las bases. Las posiciones en las que el DNA se abre primero se denominan orgenes de replicacin y estn marcadas por una secuencia particular de nucletidos que en general suelen ser tramos de pares de bases A-T , ya que estos se mantienen unidos por menos enlaces de hidrgeno que las bases GC, lo que las hace fciles de separar. Un genoma bacteriano tiene la caracterstica de estar contenido en una molcula de DNA circular, y solo tiene un origen de replicacin. La sntesis de DNA nuevo se produce en las horquillas de replicacin. Las molculas de DNA en el proceso de replicacin contiene uniones con forma de Y que se denominan como horquillas de replicacin . En estas la maquinaria de replicacin se mueve a lo largo del DNA. Se forman dos horquillas de replicacin a partir de un origen de replicacin, y se movern desde el origen en direcciones opuestas, descomprimiendo al DNA a la medida que avanza. Por lo tanto la replicacin de DNA en los cromosomas bacterianos y eucariontes es bidireccional. En el corazn de la maquinaria de replicacin se encuentra una enzima denominada DNA polimerasa que sintetiza DNA nuevo utilizando una de las cadenas antiguas como molde. Esta cataliza la adicin de nucletidos al extremo 3 de la cadena de DNA en crecimiento mediante la formacin de un enlace fosfodister entre ese extremo y el grupo fosfato 5 del nucletido entrante. La DNA polimerasa no se disocia del DNA cada vez que adiciona un nuevo nucletido a la cadena en crecimiento, sino que permanece asociada con el DNA y se mueve a lo largo de la cadena molde. La horquilla de replicacin es asimtrica La direccin 5 a 3 del mecanismo de polimerizacin del DNA posee un problema de replicacin. En la horquilla de replicacin una nueva cadena de DNA se forma sobre un molde que se encuentra en la direccin 3 a 5, mientras que la otra cadena nueva se sintetiza sobre un molde que tiene la direccin opuesta. La horquilla de replicacin por lo tanto es asimtrica. Sin embargo, la DNA polimerasa pude catalizar el crecimiento de la cadena de DNA slo en una direccin. Se podra esperar que esta sintetizara la otra cadena de DNA agregando subunidades al extremo 5 .Sin embargo no existe tal enzima . El problema se resuelve mediante una maniobra llamada pespunte. La cadena DNA cuyo extremo 5 debe crecer se sintetiza de manera discontinua, en pequeas partes sucesivas y la DNA polimerasa se mueve hacia atrs con respecto a la direccion de la horquilla de replicacin.

Los fragmento de DNA denominados fragmentos de Okazaki son porteriormente unidos todos juntos y forman una cadena nueva continua. La cadena de DNA que se sintetiza de manera discontinua se denomina cadena retrasada; la otra cadena que se sintetiza de manera continua se denomina cadena adelantada. La DNA polimerasa es autocorrectora. La DNA polimerasa es tan precisa que comete un error cada 107 pares de nucletidos que copia. Estos apareamiento de bases incorrectas se forman con mucho menor frecuencia que los correctos, pero si permanecieran podran matar a la clula mediante la acumulacin de mutaciones. Esta catstrofe se evita por que la DNA polimerasa tiene dos cualidades: la primera es cuidar el apareamiento de las bases entre cada nucletido entrante y la cadena molde, solo cuando la coincidencia es correcta la DNA polimerasa cataliza la reaccin de adicin del nucletido. La segunda funcin, cuando la DNA polimerasa comete un error y aade un nucletido incorrecto, puede corregirlo, mediante una actividad llamada correccin. La correccin se produce al mismo tiempo que la sntesis de DNA. Antes que la enzima aada un nucletido a la cadena en crecimiento, verifica si esta apareado de manera correcta. Si es as la DNA polimerasa agrega el siguiente nucletido; de lo contrario la polimerasa libera el nucletido mal apareado y lo intenta nuevamente. Por lo tanto la DNA polimerasa tiene actividad de polimerizacin de 5 a 3 y una actividad correctora de 3 a 5. Este mecanismo de correccin explica porque la DNA polimerasa slo puede sintetizar DNA en direccin 5 a 3. Los RNA de longitudes cortas como cebadores para la sntesis de DNA. Debido a que la polimerasa puede unir un nucletido solamente a un nucletido aparado en una doble hlice de DNA, no pude comenzar una cadena completamente nueva. Se necesita una enzima diferente, que comience una cadena nueva de polinucletidos mediante la unin de dos nucletidos juntos sin la necesidad de un extremo de bases apareadas. Sin embargo, esta enzima no sintetiza DNA. Sintetiza un segmento corto de un tipo de acido nucleico relacionado RNA(acido ribonucleico), utilizando la cadna de DNA como molde . Este RNA corto, de unos 10 nucletidos, esta formado por bases apareadas a la cadena molde y proporciona el extremo 3 como punto de partida para la DNA polimerasa. Por lo tanto actua como un cebador para la sntesis de DNA y la enzima que sintetiza el cebador de RNA se conoce como primasa. La primasa es un ejemplo de RNA polimerasa que sintetiza RNA utilizando DNA como molde. Una cadena de RNA es muy similar qumicamente a una cadena simple de RNA , excepto que esta compuesta por subunidades de nucletidos, en los que el azcar es ribosa y tambin que contiene a la base uracilo en lugar de timina. Para la cadena adelantada, se ncesita solamente un cebador de RNA para comenzar la replicacin ; una vez que la horquilla de replicacin ha sido establecida, la DNA polimerasa es presentada de manera continua con un extremo 3 apareado.

En cambio la cadena retrasada donde la sntesis de DNA es discontinua necesita continuamente de cebadores nuevos. Cuando el movimiento de la horquilla de replicacin expone un nuevo tramo de bases desapareadas, se forma un cebador de RNA nuevo. La DNA polimerasa agrega un desoxirribonucleico al extremo 3 de este cebador para comenzar la cadena de DNA y continuar alargndola hasta que encuentre el siguiente cebador de RNA. Para producir una cadena de DNA nueva continua a partir de muchos tramos separados de RNA , se necesitan tres enzimas adicionales: una nucleasa que rompe y separa al cebador de RNA, una DNA polimerasa, denominada DNA polimerasa reparadora que reemplazara al RNA con DNA y una enzima DNA ligasa que une l extremo 5-fosfato de un nuevo fragmento de DNA al extremo 3hidroxilo del siguiente. La primasa puede comenzar una nueva cadena polinucleotida, pero esto es posible debido a que la enzima no realiza la correccin de su trabajo, por eso los cebadores contienen un alto grado de error y s destacan como copias sospechosas que son eliminadas automticamente y reemplazadas por DNA que es insertado por la DNA polimerasa reparadora que al igual que DNA polimerasa replicativa corrigen a medida que sintetizan. De esta forma la maquinaria de replicacin celular es capaz de comenzar cadenas de DNA nuevas y al mismo tiempo, asegura qu todo el DNA sea copiado con fidelidad. Las protenas en una horquilla de replicacin cooperan formando una maquinaria de replicacin. Para que la sntesis proceda, la doble hlice debe ser descomprimida delante de la horquilla de replicacin de manera que los dexorribonucleicos trifosfatos puedan formar pares de bases con la cadena molde. La DNA helicasa y las protenas de unin a cadena simple, cooperan llevando a cabo esta tarea. A la cabeza de la maquinaria de replicacin s encuentra una helicasa que utiliza energa de hidrlisis del ATP para separa la doble hlice a medida que se mueve rpidamente. La protena de unin a cadena simple se adhiere al DNA de cadena simple expuesto por la helicasa y mantenindolo estirado de modo que acta como un molde para la DNA polimerasa. Una protena de replicacin denominada abrazadera deslzate, forma un anillo alrededor de la hlice de DNA, sujetando a la polimerasa y permitiendo as que se mueva a lo largo de la cadena sin despegarse. El ensamblaje de la abrazadera alrededor del DNA requiere la actividad de otra protena llamada cargador de la abrazadera que hidroliza ATP cada vez que asegura a la abrazadera alrededor del DNA. Las telomerasa replican los extremos de los cromosomas eucariontes.

El hecho de que el DNA sea sintetizado solamente en la direccin 5 a 3 significa que la cadena retrasada de la horquilla de replicacin se sintetiza en la forma d fragmentos discontinuos, cada uno d los cuales s cebado con un cebador de RNA. Sin embargo cuando la horquilla de replicacin se aproxima al extremo d un cromosoma, la maquinaria de replicacin se encuentra con un problema grave: no hay lugar para establecer el cebador de RNA necesario para comenzar el fragmento de OKAZAKI en la punta d una molcula de DNA. Las bacteria resuelven el problema de la replicacin al extrmo porque tienen como cromosomas molculas de DNA Circulares. Los ucariontes lo resuelven por medio de secuencias nucleotidicas en los extremos de sus cromosomas que estn incorporadas a loa telomeros. Estas secuencias de DNA telomericas atraen a una enzima al cromosoma, que se denomina telomerasa. Esta agrega los nucletidos que se pierden cada vez que un cromosoma eucarionte se duplica mediante la adicion de multiples copias de las misma secuencia corta de DNA que permite que se complete la replicacin en la cadena retrasada mediante la replicacin convencional de DNA.