Exerccios Modelagem Molecular 1) A estrutura abaixo representa um provvel agente colinrgico:

14 1 2 3 4 13 7 6 5 8 9N
10
+

12

N 11

a) determine a energia inicial do modelo 3D construdo pelo software de modelagem. b) determine a energia aps a otimizao da geometria. c) determine a distncia interatmica entre N1 e N9. d) determine a distncia interatmica entre N9 e N11 e) determine o ngulo de toro C6-C7-C8-N9 f) determine o ngulo de toro N11-C10-C8-N9 g) trace o grfico de energia potencial (0 a 360) referente toro N9-C8-C7-C6. A partir do grfico obtido, anote os mximos de energia observados e seus respectivos ngulos de toro. 2) As estruturas abaixo representam dois agentes antineoplsicos, da classe das mostardas nitrogenadas (clorometina e clorambucil), e dois candidatos a frmacos (A e B):
O

Cl

HO

Cl N

H3C

N Cl

Cl

Clorometina
Cl

Clorambucil
Cl

H3C

N Cl

Cl

N Cl

Para todos os compostos: a) determine a energia inicial do modelo 3D construdo pelo software de modelagem b) determine a energia aps a otimizao da geometria c) calcular as cargas parciais nos tomos das molculas (Menu Compute QSAR Properties Partial Charges Compute). Visualizar e anotar a carga parcial do tomo de nitrognio (Menu Display Labels Charges OK) d) com os dados obtidos anteriormente, e baseando-se no mecanismo de ao das mostardas nitrogenadas ( parte), como voc explicaria a maior estabilidade (e menor atividade) do clorambucil, de A e de B, quando comparado clorometina? Clorometina Energia inicial Energia da geometria otimizada Carga parcial do N Clorambucil A B

3) As estruturas abaixo representam dois agentes anti-histamnicos:

Br
H H O N
+

H
CH3

H O N
+

CH3

CH3

CH3

Para os dois compostos: a) determine a energia inicial do modelo 3D construdo pelo software de modelagem. b) determine a energia aps a otimizao da geometria. c) trace o grfico de energia potencial (0 a 360) referente toro N+-C-C-O. A partir do grfico obtido, anote os mximos e mnimos de energia observados e seus respectivos ngulos de toro. Determine as conformaes associadas a estes. d) com os dados obtidos anteriormente, e sabendo que a conformao antiperiplanar a que interage com os receptores H1, comente se estes dois compostos tero atividade antagonista nos receptores H1. A Energia inicial Energia da geometria otimizada Composto A: Energia Mximos ngulo Conformao B

Mnimos

Composto B: Energia Mximos ngulo Conformao

Mnimos

4) Desenhar a estrutura da penicilina G no programa ISIS DRAWN e colar no HyperChem.

a) Construir modelo 3D (BUILD ADD H E MODEL BUILD). b) Utilizar Mecnica Molecular com campo de fora MM+ (SETUP MOLECULAR MECANICS MM+ OK). c) Calcular a energia do modelo construdo (COMPUTE SINGLE POINT) e anotar. d) Otimizar a geometria do modelo (COMPUTE GEOMETRY OPTIMIZATION OK) e anotar a energia. e) Para otimizar a geometria por mtodo Quanto-Mecnico: Utilizar o mtodo semi-emprico (SETUP SEMI-EMPIRICAL... selecionar AM1 OK). f) Voltar para COMPUTE GEOMETRY OPTIMIZATION Ajustar o RMS Gradient para 0.1 e deixar os outros parmetros como esto. Clicar OK e anotar a energia resultante. g) Para verificao das cargas parciais: Ir em DISPLAY LABELS CHARGE OK. Anotar as cargas encontradas conforme abaixo: tomo N1 C2 O3 C4 N5 C6 Carga

h) Verificar os seguintes ngulos de ligao: N1 C2 C4: __________________ N5 C6 C7: __________________

* Ferramentas e configuraes: - software: HyperChem e ISISDraw - mtodos de clculo: Mecnica Molecular MM+ - algoritmo para otimizao de energia: Polak-Ribiere - RMS de gradiente: 0.1 - nmero mximo de ciclos: dado pelo programa