170

Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II

I. CAPTULO 12
Bioinformtica aplicada a la
biotecnologa vegetal
N Paniego; R Heinz; P Fernndez; V Lia;
C Fusari
Introduccin
que ha evolucionado rpidamente en los lti-
mos aos respondiendo al avance y a las ne-
cesidades de procesamiento, almacenamiento
y anlisis de datos biolgicos derivados de las
micas, para ge-
nerar nueva informacin y conocimientos en
-
mtica es multidisciplinario abarcando el de-
sarrollo de bases de datos, el alineamiento de
secuencias, la prediccin de estructuras protei-
cultivos agronmicos y plantas modelo, con
el propsito de guiar al estudiante de un cur-
-
los conceptos y las herramientas bsicas de la
bioinformtica, complementando los conceptos
introducidos en la primera edicin de este libro.
Este material no pretende cubrir la totalidad de
los recursos existentes para la materia, el obje-
tivo es motivar el inters de los estudiantes en
la exploracin y el uso de recursos y mtodos
computacionales bsicos para el desarrollo de
ello, describiremos en primer lugar algunas ba-
-
micas de plantas e introduciremos el concepto
de anotacin de datos genmicos. La segunda
-
mtica aplicada a estudios de expresin, la
bsqueda de marcadores moleculares funcio-
nales y el anlisis de su variabilidad gentica.
de especie
-
de el inicio de las iniciativas genmicas para fa-
cilitar la organizacin y la difusin de los datos.
de bases de datos, entre las principales estn
aquellas que son repositorios pblicos a gran
-
vas comunitarias
Los repositorios pblicos a gran escala son
bases de datos estables, generalmente man-
tenidas por agencias gubernamentales, que
archivan principalmente informacin esttica,
disponible en esa base de datos en particular
puede ser accedida a travs de ENTREZ, un
buscador que combina la interrogacin simul-
tnea de 35 bases de datos disponibles en
datos secundarias que agregan informacin a
entre las cuales podemos mencionar Gene,
UniGene, HomoloGen o RefSeq.
Dentro de las bases de datos comunitarias
estn aquellas que almacenan datos deriva-
dos de estudios sobre especies modelo, gene-
ralmente focalizando en una especie o en un
grupo de especies relacionadas. La primera
informacin asociada a esta especie modelo
de genes, anotaciones, disponibilidad de ger-
moplasma/semillas y herramientas de anli-
sis. En los ltimos aos, ha surgido una nueva
generacin de bases de datos que integran la
informacin de muchas especies para permitir
la comparacin de genomas, entre ellas est
Gramene que integra recursos para la compa-
la comparacin genmica y de transcriptos de
green plant comparative genomics) rene la in-
formacin competa de 14 genomas vegetales,
agrupamientos de genes ortlogos, parlogos
y familias de genes y herramientas de anlisis
171
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
-
tra los proteomas de cada una de las especies
representadas en la base de datos. La Tabla 1
condensa un nmero importante de bases de
para facilitar la exploracin de las mismas.
-
cas de patgenos que afectan cultivos agron-
micamente importantes. Estas bases aportan
informacin sobre la secuencia del genoma de
los patgenos, la cual puede ser asociada a la
informacin derivada de estudios funcionales
de transcriptos inducidos durante la interaccin
con la planta husped, permitiendo el diseo
de estrategias de mejoramiento de los cultivos
para lograr resistencia. Entre estas bases de
datos se pueden mencionar a: Phytophthora
Functional Genomics Database y PathoPlant.
Anotacin funcional de los datos
genmicos
El proceso de anotacin de los datos gen-
deducir a partir de los datos de secuenciacin
genoma de un organismo, explorando y descri-
biendo los niveles intermedios de organizacin
como funciones y procesos moleculares, ce-
las funciones, etc. Este proceso de anotacin
demanda una gran integracin de los datos e
informacin disponible para la especie o para
especies relacionadas, haciendo uso de herra-
mientas de la bioinformtica para la compara-
cin y la extraccin de datos y de las bases
-
miento biolgico acumulado en publicaciones
y de los anlisis transcriptmicos o genmicos
disponibles.
Una de las primeras etapas en este proceso
es la de tratar de asignar una funcin molecu-
mediante la comparacin con genes de funcin
conocida. La forma ms precisa para hacer
esta comparacin es a nivel de productos de
genes, o sea, trabajando con las secuencias
de aminocidos obtenidas a partir de la tra-
seis marcos de lectura posibles. Este mtodo
de comparacin de secuencias, que es central
en el proceso de anotacin funcional, se basa
-
mologas de conservar la misma funcin y se
sustenta con bases de datos de secuencias de
No obstante, puede asumirse en general que
organismos modelo se encuentran correcta-
mente anotadas y pueden usarse como refe-
rencia para inferir posibles funciones molecu-
lares. Sin embargo, para que los procesos de
anotacin dentro y entre especies en organis-
-
rable posible, lo ptimo es referir la anotacin
asignada a vocabularios estructurados u onto-
-
tablecer vocabularios controlados, una de las
de genes (Gene Ontology, GO), que establece
moleculares, (2) los procesos biolgicos y (3) la
localizacin sub-celular o componente celular.
El proceso de anotacin es un proceso conti-
nuo que debe ser constantemente actualizado
-
nar la informacin existente.
Anotacin de secuencias en especies de
plantas no-modelo
-
-
yectos y en especial en los proyectos de peque-
a envergadura dedicados a la caracterizacin
de transcriptos o ESTs, se basan en el uso del
en todos los casos depende de los parmetros
recomendndose como parmetros ptimos E
valores menores de e-10, identidades mayores
a 30% y coberturas mayores o iguales a 50%.
Las bases de datos contra las cuales se rea-
lizan las comparaciones juegan tambin un rol
importante en relacin al nmero y calidad de
para la anotacin de secuencias de plantas son
los ndice de Genes (DFCI: http://compbio.dfci.
harvard.edu/tgi/), Unigenes (NCBI) y PlantGDB
172
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
En base al mejor valor de similitud obteni-
do en la comparacin, se asigna una funcin
gnica probable a cada secuencia analizada.
Posteriormente, dicha anotacin se mapea
contra una base de datos de Gene Ontology
-
nes acorde a las normas del Consorcio de
controlados complementarios a GO, son la
Comisin de Enzimas (Enzyme Comisin, EC)
que adjudica una numeracin basada en una
reaccin que se encuentran catalizando y el
Genes and Genomes) que genera anotacin
que presentan su genoma secuenciado o en
-
-
Expresin de Genes
El anlisis de patrones de expresin consis-
-
tos presentes en una determinada muestra
URL
NCB Plant Genomes Central www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/PLANTS/PlantList.html
PlantGDB: plant genome database www.plantgdb.org
MPS plants databases mips.gsf.de/proj/plant/jsf/genomes.jsp
Bases de datos muItiespecie para genmica comparativa
Phytozome: comparative genomics of plants www.phytozome.net
Gramene: a Resource for Comparative Grass Genomics www.gra mene.org
LS: Legume nformation System www.comparative -legumes.org
SALAD: Surveyed Alignment and Associating Dendrogram salad.dna.affrc.go.jp/salad
SGN: Solanaceas genomic network www.sgn.cornell.edu
Bases de datos de genomas de iniciativas genmicas
compIetas y parciaIes
TAR: The Arabidopsis nformation Resource www.arabidopsis.org
Rice Annotation Project Database (RAP -DB) rapdb.dna.affrc.go.jp
Grain Genes 2.0: a Database for Triticeae and Avena wheat. pw.usda.gov/GG2/index.shtml
MaizeDB www.maizegdb.org
Medicago truncatula: a model for legume research www.medicago.org
Lotus japonicus genome www.kazusa.or.jp/lotus
Wheat Applied Genomics masw heat.ucdavis.edu
SoyBase and the Soybean Breeder's Toolbox soybase.org
SoyMap: An integrated map of soybean for resolution and dissection
of multiple www.soymap.org/
Brassica rapa genome www.brassica -rapa.org/BRGP/index.jsp
Compositae genomics projec t compgenomics.ucdavis.edu/compositae_index.php
Cotton Marker Database www.cottonmarker.org
Dendrome: a collection of forest tree genome databases and other
forest genetic dendrome.ucdavis.edu
nternational Grape Genome Project www.vitaceae.org
Popu lus Genome ntegrative Explorer www.popgenie.db.umu.se
Bases de datos de diversidad
PanZea: Molecular and Functional Diversity of the Maize Genome www.panzea.org
ToL: Tree of Life Web Project www.tolweb.org
Bases de datos generaIes
Tabla 1:
173
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
procesamiento de datos ha permitido abordar
estudios de expresin gnica en forma concer-
tada para miles de genes a partir de distintos
genotipos en determinados rganos, tejidos,
y condiciones de crecimiento. El diseo de los
-
rramientas de anlisis de la informacin gene-
rada constituyen factores claves para obtener
Las distintas estrategias que permiten eva-
en dos grupos. Un primer grupo corresponde
a estrategias en las que la estimacin del ni-
vel de la expresin se basa en la intensidad
relativa de una seal de hibridacin e incluye
los tradicionales experimentos de northern blot
toma la intensidad relativa de la seal como
medida de la trascripcin. El otro grupo de
estrategias se basa en una cuenta directa del
nmero de cada transcripto presente en una
muestra, incluyendo la secuenciacin de se-
cuencias expresadas o Expressed Sequence
Tags (ESTs), el anlisis de la expresin gnica
o Massively Parallel Signature Sequencing
-
trategias de anlisis de expresin que permiten
la evaluacin concertada de un gran nmero
de genes en forma procesiva.
Expressed Sequence Tags (ESTs):
-
lgica en particular, realizada a travs de una
nica lectura, da origen a un conjunto de se-
cuencias denominadas ESTs, que representan
secuencias parciales de las colecciones origi-
cuenta con un total aproximado de 6.000.000
secuencias y se encuentran representadas
ms de 100 especies de plantas.
herramienta alternativa de los proyectos gen-
micos para el descubrimiento de nuevos genes
para distintas especies, cuando la secuencia-
cin de genomas complejos no contaba con
las actuales tcnicas de secuenciacin masiva
que prometen en un futuro cercano capacidad
de procesamiento elevada a costos accesibles
-
miento de proyectos genmicos de gran esca-
-
cacin de genes que se expresan en pocos te-
jidos y/o su expresin es muy baja, mediante la
-
zadas o enriquecidas en determinados trans-
criptos como las colecciones derivadas de tc-
nicas de hibridacin sustractiva o Suppressed
-
pamiento de ESTs derivados de distintas co-
grupos o clusters de secuencias no redundan-
tes, utilizando rutinas de anlisis como las es-
quematizadas en la Figura 1 permite estimar el
nmero de genes de una especie.
Respecto al anlisis de expresin gnica,
los ESTs contribuyen a estos estudios a travs
-
pondientes a un determinado gen respecto a
un conjunto de ESTs generados en distintas
expresin del mismo; y 2) en segundo lugar las
bases de ESTs se utilizan para el diseo de oli-
gonucletidos en experimentos de microarre-
Los experimentos de microarreglos repre-
sentan una de las herramientas ms frecuen-
tes para aproximarse a los anlisis de expre-
sin de genes a gran escala. Una vez que se
obtienen los resultados surgen interrogantes
como Cules son los genes sobre o sub-ex-
presados en el experimento?, Cules son los
general a partir de este experimento? En esta
para ilustrar el proceso de anlisis utilizando
programas de libre distribucin basados en el
Castelar (IB) se dise un microarreglo de
ESTs previamente desarrollados en base a
girasol cultivado). Para la impresin de los mi-
-
174
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
presentativos de los unigenes anotados en las
bibliotecas previamente caracterizadas. Estos
de plantas crecidas en invernculo y someti-
das a dos condiciones de estrs abitico dife-
los vidrios fueron escaneados (usando cana-
-
nes obtenidas fueron analizadas utilizando el
-
tensidad de seal para cada spot. Luego, se
realiz una integracin de los datos de las im-
genes escaneadas (Figura 2).
Preprocesamiento de los datos
La imagen obtenida a partir de un microarre-
glo corresponde a la informacin cruda de un
que los algoritmos computacionales convierten
la imagen en informacin numrica que cuan-
en un anlisis de datos de microarreglos, y es
fundamental la calidad y la rigurosidad obteni-
da de la misma para la posterior interpretacin
que se obtendr como resultado.
Normalizacin
La normalizacin es un trmino genrico que
-
debido a condiciones experimentales inevita-
bles y propias de la plataforma utilizada. La
normalizacin y el anlisis de expresin global
se realizaron en este caso a travs de pro-
gramas generados utilizando el programa R
cada vidrio fueron normalizados corrigendo la
dependencia por intensidad mediante la utiliza-
(regresin local ponderada). Se realiz una in-
tegracin de los datos de las rplicas tcnicas
dentro de cada soporte (cada spot fue impreso
4 veces) y las rplicas tcnicas entre sopor-
dye-swap).
Luego de este paso el producto obtenido es
una matriz de expresin gnica cuyo anlisis
expresiones diferenciales.
del programa.
175
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
Figura 2: Imagen de una micromatriz de dos canales (Bello y col. 2006)
176
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
Limpieza de datos y transformacin
Una vez obtenida la matriz de expresin g-
nica, existe una serie de pasos que se llevan a
cabo para asegurar una alta calidad en el an-
lisis. Ellos son: la remocin de spots dudosos o
), que se resuelve
ya sea eliminando los spots con error aparente
(con el consiguiente riesgo de prdida de da-
tos valiosos), o marcndolos para luego refe-
rirlos a la imagen original en el momento de su
anlisis; la correccin y/o sustraccin del ruido
de fondo (correccin o sustraccin de back-
ground). La seal de fondo es indicadora de
la intensidad del spot de inters sea mayor que
la intensidad del ruido de fondo. Si ocurre al
revs, existe la posibilidad que est represen-
tando un problema local en el microarreglo y la
intensidad del spot se convierta en informacin
-
la variabilidad a todos los niveles de intensidad
detectados.
Anlisis estadstico de los datos
Evaluacin de consistencia en las
repeticiones
Para evaluar las diferencias asociadas a las
repeticiones biolgicas de este experimento se
obtuvo una ordenacin de las mismas en un
plano de ordenacin generado mediante an-
lisis de componentes principales aplicado a la
matriz de expresiones gnicas. Esta aproxima-
cin tuvo en cuenta la informacin de todos los
genes simultneamente y permiti establecer
-
pica o no.
-
sin diferencial.
El anlisis de la matriz de expresin gnica
-
presiones diferenciales. Existen diversas estra-
tegias para obtener un listado de genes candi-
datos. La estrategia ms sencilla es aplicar una
prueba de hiptesis tradicional gen a gen. Esta
aproximacin tiene el inconveniente de gene-
rar un gran nmero de falsos positivos. Los
mtodos correctivos, basados en el control de
la tasa de falsos positivos, presentan a su vez
utilizada en este trabajo consisti en comple-
mentar las tcnicas de inferencia clsicas con
un criterio de seleccin basado en el ordena-
miento de genes y tratamientos en el espacio
generado por los dos primeros ejes principa-
les obtenidos de un anlisis de componentes
principales de la matriz de expresin gnica.
Posteriormente, y dentro del conjunto de genes
seleccionados en el paso anterior, se realiz el
de expresin similar mediante la aplicacin de
k-centroides para nuestro caso de estudio. El
anlisis transcripcional mediante la aplicacin
de k-centroides permiti detectar 3 grupos de
genes bien diferenciados en sus patrones de
expresin. Por una parte el Grupo 2, integrado
por 126 genes, no mostr variacin en sus ni-
veles medios a travs de los tratamientos. En
cambio, el Grupo 1 (integrado por 112 genes)
evidenci sobre-expresin respecto del control
cuando las plantas fueron sometidas a estrs
49 genes conformaron el Grupo 3, pero en este
caso se observ una sub-expresin respecto
del control en ambos tratamientos.
Obtencin de la lista de genes
diferencialmente expresados
Para combinar esta aproximacin, basada
clsico de prueba de hiptesis para igualdad
de medias, se consideraron slo aquellos ge-
nes que para la prueba clsica de anlisis de
la varianza tuvieran un p-valor menor o igual a
0,05 y que estuvieran a un distancia del origen
en la Figura 3 mayor que 9 (correspondiente,
aproximadamente al percentil 70 de la distribu-
cin de distancias al origen). Este criterio de
corte se seleccion teniendo en cuenta el gen
previamente validado experimentalmente.
Para cada uno de los 80 genes seleccio-
colores de expresin diferencial (heatmap) de
177
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
modo de analizar cualitativamente el gradiente
diferencial por tratamiento y por gen mediante
-
les. De estos resultados surgieron genes can-
didatos de inters para su anlisis de expresin
diferencial, de los cuales 15 fueron selecciona-
dos para validar mediante la tcnica de PCR
cuantitativa (qPCR).
Este ltimo paso de validacin es de una
herramienta indispensable en el anlisis de
microarreglos ya que por todo lo expuesto
anteriormente podemos inferir que los genes
obtenidos son producto de transformaciones
numricas y una evaluacin subjetiva al crite-
-
re rigurosidad biolgica a un conjunto de su-
puestos genes candidatos obtenidos a partir de
una lista de genes diferencialmente expresa-
dos para las condiciones evaluadas, producto
Bsqueda de marcadores funcionales en
bases de datos genmicos
Como mencionamos anteriormente, la se-
cuenciacin completa de los genomas de es-
pecies modelo o parcial de especies de inters
ha generado una rpida acumulacin de infor-
macin biolgica que es depositada en bases
de datos genmicas y es fcilmente accesible
a travs de Internet. Esta informacin, que de-
riva en muchos casos de la caracterizacin de
de un mismo gnero o de distintas fuentes re-
lacionadas, constituye el recurso que permite
sistematizar el desarrollo de marcadores mo-
leculares potencialmente asociados a la varia-
Figura 3. Bi-plot que muestra genes con p-valor para un test F<0,05 y con una distancia al origen <per-
178
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
potencial de descubrir marcadores molecu-
lares funcionales analizando las secuencias
depositadas en las bases de datos generales,
fundamentalmente de ESTs, ha permitido su-
perar una de las limitaciones ms importantes
-
co que es el costo inicial de desarrollo.
silico de SNPs
(SNPs) o los generados por pequeas inser-
ciones/deleciones (Indels) se han convertido
en una de las herramientas ms utilizadas
para la caracterizacin gentica tanto de plan-
tas como de animales debido a su baja tasa de
mutacin y a su gran abundancia, ubicuidad y
dispersin en los genomas. Su uso se ha ex-
tendido a aplicaciones tales como la construc-
cin de mapas genticos de alta resolucin,
mapeo de asociacin, estudios de diversidad
-
sis de la estabilidad de cultivares, delimitacin
-
logenticos, seleccin asistida por marcadores
y caracterizacin de recursos genticos.
Un SNP representa una diferencia en una
y puede ser categorizada como transicin (C/T
-
da. El uso de marcadores SNP para cualquiera
de las aplicaciones mencionadas requiere de
una primera etapa de deteccin y desarrollo
que puede ser abordada a partir de una estra-
tegia de laboratorio (ej. secuenciacin y com-
paracin de genes o regiones candidatas en un
conjunto de materiales de inters) o bien estar
basada en aproximaciones in silico que hacen
uso de la informacin de secuencia disponible
en las bases de datos biolgicas. En este l-
timo caso, el procedimiento de bsqueda ge-
neralmente involucra un protocolo de pocos
alta similitud entre mltiples individuos a partir
de una o varias bases de datos previamente
seleccionadas en funcin del organismo o tipo
de carcter que se desee estudiar, utilizando
habitualmente los algoritmos de bsqueda de
se realizan los alineamientos base a base para
cada uno de los grupos de secuencias y los
mismos son analizados para detectar las dife-
detallada evaluacin de esta instancia es fun-
damental para encontrar verdaderas variantes
allicas dentro de los diferentes grupos. Es
por ello que se encuentran disponibles diver-
-
ferenciar los errores de secuenciacin de las
verdaderas variantes allicas basndose en
el valor de calidad de la base secuenciada y
en medidas de exactitud de la secuencia. Los
programas desarrollados para la deteccin de
SNPs, tanto para uso acadmico (PolyBayes
y PolyPhred) como aquellos sujetos a licen-
cias comerciales (Sequencher, Gene Codes
Corporation) utilizan los datos de calidad de
secuencia para eliminar los falsos positivos o
incorporan el concepto de velocidad de muta-
ciones esperadas para distinguir los verdade-
y pueden ser usados tanto para comparacin
de secuencias cortas como para estimar SNPs
dentro de largas regiones genmicas. Muchos
grupos han explorado adems mtodos alter-
nativos de deteccin de SNPs basados en el
silico de SSRs
Los microsatlites (repeticiones en tandem
de mono, di, tri, tetra o pentanucletidos) son
herramientas muy tiles como marcadores
abundantes, multiallicos (hipervariables con
respecto al nmero de repeticiones), hereda-
dos en forma estable y codominantes (se dis-
tinguen los alelos de un locus), permitiendo
distinguir materiales estrechamente relaciona-
dos. Desde el punto de vista metodolgico, son
fciles de detectar mediante PCR, requiriendo
equipamiento.
in silico de SSRs a partir de
la abundancia de secuencias genmicas dis-
ponibles para genomas vegetales, al igual que
para los SNPs, se ha convertido en la alterna-
tiva ms econmica de desarrollar este tipo
de marcadores haciendo uso de herramientas
179
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
frecuente poder asociar una funcin molecular
determinada por similitud a la secuencia que
alberga la repeticin convirtindolo en un mar-
cador funcional.
Existen distintas herramientas computa-
-
miento de SSRs y el diseo de iniciadores es-
Se pueden mencionar como ejemplos el pro-
grama SSRPoly accesible desde el sitio http://
acpfg.imb.uq.edu.au/ssrpoly.php, que permite
la representacin de tamaos variables del mi-
-
ples de secuencias representadas en la bases
de datos. Otra herramienta valiosa disponible
-
).
Anlisis de la variabilidad gentica
Finalizada la etapa de desarrollo de marca-
dores moleculares, la fase siguiente general-
-
las variantes allicas presentes en cada uno de
ellos para cada uno de los marcadores detec-
-
piada depender de los recursos disponibles y
del nivel de procesamiento que se desee al-
canzar. Entre las ms utilizadas para el caso de
los SNPs pueden mencionarse: secuenciacin
-
cin en cadena de la polimerasa (PCR), m-
todos de digestin enzimtica, hibridacin con
las plataformas de microarreglos GoldenGate
-
-
cas que controlan procesos biolgicos comple-
jos, como la resistencia a los estreses biticos
y abiticos que afectan la productividad de los
cultivos. Sin embargo, para ser aprovechado
en su totalidad, este potencial debe ser com-
-
mapeo por asociacin han surgido como com-
plemento de las aproximaciones convenciona-
les (ej. Mapeo de QTLs) y han ido cobrando
cada vez ms importancia como herramientas
para alcanzar un mayor grado de resolucin.
En pocas palabras, el razonamiento subyacen-
te al mapeo de asociacin consiste en utilizar
eventos de recombinacin histricos a lo largo
de un linaje, y no solamente aquellos ocurridos
en una determinada poblacin de mapeo, para
establecer posibles relaciones entre genotipo
forma directa, si no que surgen a partir de in-
de tales correlaciones es la asociacin no alea-
(DL) entre las variantes genticas causales de
analizados.
Previo a cualquier estudio de mapeo por aso-
ciacin, y para realizar un diseo experimen-
tal apropiado, es necesario conocer el grado
y la estructura genmica del DL en la especie
a evaluar, ya que ste es variable tanto entre
especies como para las diferentes regiones de
un mismo genoma. Las dos medidas preferi-
y la correlacin de frecuencias allicas al cua-
drado (r2). La estimacin del DL generalmente
involucra grandes cantidades de marcadores,
razn por la cual suelen resultar tiles las he-
-
zar el clculo de ambas medidas y representar
El desarrollo de un estudio de mapeo por
del carcter agronmico de inters (ej. peso
-
conjunto apropiado de SNPs para cada una de
-
mos a caracterizar depender de la estrategia
de anlisis que se haya seleccionado. Si se
analysis) el nmero de SNPs ser mucho ma-
180
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
yor (entre 10.000 y 100.000) que el requerido
-
pondientes a un grupo de genes candidatos.
Sin embargo, en este ltimo caso es necesario
un conocimiento previo de la base gentica del
importante del diseo experimental es la selec-
cin de individuos. En humanos generalmente
poblaciones de enfermos vs. controles sanos
(case-control) o aquellas que involucran indi-
viduos relacionados o familias en donde algn
individuo es enfermo (Transmission disequi-
librium tests). En plantas, los individuos de la
poblacin en estudio usualmente incluyen ger-
objeto de abarcar la mayor cantidad posible de
asociacin para rasgos continuos son general-
mente realizadas a travs de anlisis de regre-
sin lineal, si bien tambin son aplicables otras
aproximaciones. Dado que existen diversos
factores que pueden llevar al establecimiento
de asociaciones espurias, se han desarrolla-
incorporar las distintas variables intervinien-
tes y controlar su efecto en la deteccin de
asociaciones. Entre los procesos que pueden
interferir en el anlisis se encuentran: la sub-
estructuracin de las poblaciones estudiadas,
las interacciones epistticas y pleiotrpicas,
las interacciones entre genotipo y ambiente, el
tamao muestral pequeo, la complejidad del
carcter en estudio y la calidad de los registros
paquetes ms utilizados para los estudios de
asociacin en plantas ya que incluye metodolo-
poblacional y el grado de parentesco entre los
individuos analizados.
En conclusin, el mapeo por asociacin
constituye una poderosa herramienta para la
diseccin gentica de caracteres complejos,
siendo los SNPs marcadores ideales para la
implementacin de tales estudios dada su alta
frecuencia y ubicuidad en los genomas.
Lecturas recomendadas
D.J . Lipman. 1990. Basic local alignment search
tool. J Mol Biol 215:403-10.
Ontologies for biologists: a community model for
the annotation of genomic data. Cold Spring Harb
Symp Quant Biol 68:227-35.
-
cation of biology. The Gene Ontology Consortium.
Nat Genet 25:25-9.
for population association studies. Nat Rev Ge-
net 7:781-91.
Cervigni, G.D., N. Paniego, M. Diaz, J .P. Selva, D.
Zappacosta, D. Zanazzi, I. Landerreche, L. Mar-
telotto, S. Felitti, S. Pessino, G. Spangenberg,
and V. Echenique. 2008. Expressed sequence
tag analysis and development of gene associ-
ated markers in a near-isogenic plant system of
Eragrostis curvula. Plant Mol Biol 67:1-10.
-
Genomics. Int J Plant Genomics 2008:619832.
Chenchik, F. Moqadam, B. Huang, S. Lukyanov,
P.D. Siebert. 1996. Suppression subtractive hy-
bridization: a method for generating differentially
-
libraries in a small scale sequencing project.
BMC Genomics 4:40.
Fernandez, P., J . Di Rienzo, L. Fernandez, H. Hopp,
N. Paniego, and R. Heinz. 2008. Transcriptomic
-
Biol 8:11.
181
Biotecnologa y Mejoramiento Vegetal II
-
plants. Curr Sci 80:524-535.
-
-
Martin, D.M., M. Berriman, and G.J . Barton. 2004.
function assessed by the annotation of seven ge-
nomes. BMC Bioinformatics 5:178.
in Plants. Springer Science+Business Media,
LLC.
polymorphisms in crop genetics. Curr Opin Plant
Biol 5:94-100.
Stekel, D. 2003. Image Processing, In P. C. Univer-
of mixed-model approaches for association map-
ping in rapeseed, potato, sugar beet, maize, and
methods for functional genomics. Nat Methods
5:19-21.
Barker. 2003. The Protein Information Resource.