Bacterias

Microorganismos procariotes, con membrana citoplsmica bilaminar, pared celular la mayora, gran diversidad metablica, se encuentran dispersos ampliamente en todo el planeta, la mayora son de vida libre, aunque algunos causan enfermedades a otros organismos.
Tamao comprendido entre 0.2 mm hasta 12 mm. Las formas celulares pueden ser esfricas, alargadas, en espiral. Presentan reproduccin asexual por fisin binaria o biparticin, que segn el plano de reproduccin dar origen a la forma de agruparse. Tambin se les denomina eubacteria o bacterias verdaderas. Su reproduccin es asexual por biparticin o fisin binaria.

http://scienceblogs.com/clock/2006/11/cell_structure.php

Diversidad metablica de las bacterias

Fotoauttrofas. Quimiolittrofas y Mixtrofas. Hetertrofos. Prottrofas. Auxtrofas. Aerobios, Anaerobios y Fermentadores.

Crecimiento y Cultivo
Condiciones de cultivo en el laboratorio
Tiempo de duplicacin Tiempo de cultivo Temperatura Rpida E. coli (20 minutos) Lenta Mycobacterium tuberculosis (12 horas) Condiciones estndar 24 horas Algunas 48 horas y 7 das Ambiente 4C 37C 55C Aerobiosis Anaerobiosis Microaerofilia

Condiciones de oxgeno

Crecimiento y Cultivo
Condiciones de cultivo en el laboratorio
Medios de cultivo pH Mnimos Complejos cido Neutro Alcalino Lquidos Fluidos Semislidos Slidos

Tipo de cultivo

Cmo se clasifican las bacterias?

Sistemtica. Estudio de los
organismos, su diversidad e interrelaciones, para organizarlos en forma ordenada.

Taxonoma (tag- (gr. orden,

formacin) + -sis (gr.) + nomo- (gr. ley) + - (gr.) ). La ciencia de la clasificacin, permite agrupar los seres vivientes de acuerdo con sus caractersticas.

Funciones de la taxonoma
Clasificacin. ordenamiento de organismos en grupos, basndose en la evaluacin de sus similitudes. Nomenclatura. Asignacin de nombres a las unidades descritas en un sistema de clasificacin. Las reglas son establecidas por comits internacionales Identificacin. Aplicacin de los sistemas de clasificacin y nomenclatura para asignar el nombre apropiado a los organismos desconocidos y colocarlos en el lugar correspondiente dentro delsistema de clasificacin

Jerarqua taxonmica
Dominio Reino Divisin/ phylum Clase Orden Familia Gnero Especie Eukarya Animalia Chordata Mammalia Carnivora Canidae Canis C. familiaris Eukarya Fungi Ascomycota Hemiascomycetes Saccharomycetales Saccharomycetaceae Saccharomyces S. cerevisiae Eukarya Plantae Tracheophyta Angiospermae Rosales Rosaceae Rosa R. multiflora Bacteria Ninguno Proteobacteria Gammaproteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Escherichia E. Coli

Categoras de clasificacin a nivel de subespecie (tipificacin)

Variedades o tipos Serovariedad o serotipo (antgenos distintos) Fagovariedad (tipificacin por fagos) Biovariedad (diferencias bioqumicas y fisiolgicas) Patovariedad (patogenicidad) Morfovariedad (diferencias morfolgicas) Genomovariedad (grupos con ADN similares)

Cundo deben usarse?

Taxonoma
Caracterizacin exhaustiva Aplicacin de teora y mtodo de clasificacin Formacin de grupos taxonmicos (taxones) Nomenclatura

Identificacin
Caracterizacin por nmero limitado de pruebas adecuadas al problema Comparacin con spp conocidas Asignacin a una sp No identificado: estudio taxonmico

Taxonoma clsica
I. II. Aislamiento y microscopa Fisiologa general

III. Fisiologa detallada

Tcnicas de clasificacin e identificacin bacterianas.

Taxonoma polifsica

Identificacin fenotpica
Aislamiento en medios selectivos y diferenciales

Caractersticas morfolgicas y tintoriales

Identificacin fenotpica
Determinacin Bioqumica

Identificacin fenotpica
Determinacin Serolgica

Identificacin fenotpica
Identificacin por fagos

Identificacin fenotpica
Perfiles de protenas y enzimas

Marcadores Quimiotaxonmicos
Involucra el anlisis molecular de uno o ms constituyentes celulares. Los ms comunes son: Perfiles de lpidos % de G:C Hibridacin ADN:ADN Ribotipificacin Tipificacin de secuencias multilocus

Identificacin genotpica
% de G:C

Tm y composicin de bases

Identificacin genotpica
Hibridacin DNA:DNA

Identificacin genotpica
Patrones de restriccin (PCR ER)
Patrones de restriccin de cepas de micobacterias en gel de agarosa al 4%, teido con bromuro de etidio. Lneas 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17 digestin con la enzima BstE II. Lneas 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18 digestin con la enzima Hae III. Lneas 1 y 2 M triviale tipo 1, lneas 3 y 4 M fortuitum tipo 1, lneas 5 y 6 M terrae tipo 1, lneas 7 y 8 M chitae tipo 1 lneas 9 y 10 M chelonae, lneas 11 y 12 M kansasii tipo 1, lneas 13 y 14 M abscessus tipo 1, lneas 15 y 16 M kansasii tipo 1, lneas 17 y 18 M peregrinum tipo 1. Lneas M estndar de peso molecular 100 pb y 50 pb ADN ladder.

http://www.scielo.cl/scielo.php?pid=S003498872006000700010&script=sci_arttext

Identificacin genotpica
Fingerprinting

http://www.scq.ubc.ca/?p=286

Identificacin genotpica
Secuenciacin de ADN

Identificacin genotpica
Conservacin y variacin en la pequea unidad ARNr (16SrRNA)

rboles filogenticos
Dos formatos diferentes de rboles filogenticos usados para mostrar la relacin entre especies

rboles con o sin raz

Representacin de la posible relacin entre las especies A, B y C.

Anlisis filogentico por UPGMA

(Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean)

Mxima parsimonia
Anlisis filogentico de 4 cepas distintas (a, b, c y d) que muestran una regin hipottica de su 16S rRNA que contiene 9 bases

FISH
(Fluorescent in situ hybridization)

rboles filogenticos

rbol filogentico universal determinado por comparacin de secuencias de RNA ribosomal

rboles filogenticos

rbol filogentico detallado de los principales linajes (phyla) de bacterias basado en la comparacin de secuencias de 16S rRNA

Clasificacin de bacterias

rboles filogenticos

rbol filogentico detallado de los principales de Archaea basado en la comparacin de secuencias de 16S rRNA

Archaea
Phylum Euryarchaeota
Halfilas extremas Metangenos Thermoplasmatales Hipertermfilos. Termococales y Methanopyrus Hipertermfilos. Archaeglobales Halobacterium, Haloferax, Natronobacterium Methanobacterium, Methanocaldococcus, Methanosarcina Thermoplasma, Ferroplasma, Picrophilus Thermococcus, Pyrococcus, Methanopyrus Archaeglobus y Ferroglobus

Phylum Crenarchaeota
Hipertermfilos. Hbitat volcnicos terrestres. Hipertermfilos. Hbitat volcnicos submarinos. Sulfolobus, Acidianus, Thermoproteus Pyrodictium, Pyrolobus, Ignicoccus, Staphylothermus

Bergeys Manual
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 1st Edition John G. Holt, Editor-in-Chief Williams & Wilkins, Baltimore, MD Published in 4 volumes: Volume 1 (1984) Gram-negative Bacteria of general, medical, or industrial importance Volume 2 (1986) Gram-positive Bacteria other than Actinomycetes Volume 3 (1989) Archaeobacteria, Cyanobacteria, and remaining Gram-negative Bacteria Volume 4 (1989) Actinomycetes

Bergeys Manual
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd Edition Volume 1 (2001) The Archaea and the deeply brancing and phototrophic Bacteria Volume 2 (2005) The Proteobacteria Volume 3 (2008) The low G + C Gram-positive Bacteria Volume 4 (2008) The Planctomycetes, Spriochaetes, Fibrobacteres, Bacteriodetes and Fusobacteria Volume 5 (2009) The high G + C Gram-positive Bacteria

The Prokariotes