Todos los organismos necesitan energa incluyendo a los microorganismos, que utilizan como fuente principal de energa la glucosa,

para esto llevan a cabo la degradacin de esta para la obtencin de ATP y las reacciones ms comunes son las fermentaciones, esto en medios anaerobios, pero si el microorganismo es aerobio realiza respiracin, es decir realiza desde glucolisis hasta fosforilacin oxidativa, pasando por ciclo de Krebs etc., hay otros que tienen pigmentos fotosintticos y pueden realizar fotosntesis.

El metabolismo microbiano es el conjunto de procesos por los cuales un microorganismo obtiene la energa y los nutrientes (carbono, por ejemplo) que necesita para vivir y reproducirse. Los microorganismos utilizan numerosos tipos de estrategias metablicas distintas y las especies pueden a menudo distinguirse en base a estas estrategias. Las caractersticas metablicas especficas de un microorganismo constituyen el principal criterio para determinar su papel ecolgico, su responsabilidad en los ciclos biogeoqumicos y su utilidad en los procesos industriales. Los distintos tipos de metabolismo microbiano se pueden clasificar segn tres criterios distintos: 1. La forma la que el organismo obtiene el carbono para la construccin de la masa clular: Auttrofo. El carbono se obtiene del dixido de carbono (CO2). Hetertrofo. El carbono se obtiene de compuestos orgnicos. Mixtrofo. El carbono se obtiene tanto de compuestos orgnicos como fijando el dixido de carbono. 2. La forma en la que organismo obtiene los equivalentes reductores para la conservacin de energa o en las reacciones biosintticas: Litotrofo. Los equivalentes reductores se obtienen de compuestos inorgnicos. Organotrofo. Los equivalentes reductores se obtienen de compuestos orgnicos. 3. La forma en la que el organismo obtiene la energa para vivir y crecer: Quimiotrofo. La energa se obtiene de compuestos qumicos externos. Fototrofo. La energa se obtiene de la luz. En la prctica, estos trminos se combinan casi libremente. Los ejemplos tpicos son como sigue: Los quimiolitoauttrofos obtienen energa de la oxidacin de compuestos inorgnicos y el carbono de la fijacin del dixido de carbono. Ejemplos: bacterias nitrificantes, bacterias oxidantes del azufre, bacterias oxidantes del hierro, bacterias oxidantes del hidrgeno. Los fotolitoauttrofos obtienen energa de la luz y el carbono de la fijacin del dixido de carbono, usando compuestos inorgnicos como equivalentes reductores. Ejemplos: Cyanobacteria (agua como equivalente reductor), Chlorobiaceae, Chromaticaceae (sulfuro de hidrgeno), Chloroflexus (hidrgeno). Los quimiolitohetertrofos obtienen energa de la oxidacin de compuestos inorgnicos, pero no pueden fijar el dixido de carbono. Ejemplos: algunos Nitrobacter spp., Wolinella (con hidrgeno como equivalente reductor), algunas bacterias oxidantes del hidrgeno. Los quimioorganohetertrofos obtienen energa, carbono y equivalentes reductores para las reacciones biosintticas de compuestos orgnicos. Ejemplos: la mayora de las bacterias, como Escherichia coli, Bacillus spp., Actinobacteria. Los fotoorganotrofos obtienen energa de la luz y el carbono y los equivalentes reductores para las reacciones biosintticas de compuestos orgnicos. Algunas especies son terminantemente hetertrofas, pero muchas otras pueden tambin fijar el dixido de carbono y son mixtrofas. Ejemplos: Rhodobacter, Rhodopseudomonas, Rhodospirillum, Rhodomicrobium, Rhodocyclus, Heliobacterium, Chloroflexus (alterna con fotolitoautotrofa con hidrgeno).