Elucidarea structurii proteinelor a reprezentat si continua sa reprezinte una
din problemele principale ale biochimiei aplicate. Fiecare proteina nativa reprezinta un edificiu tridimensional complex a carui conformatie depinde de dispozitia spatiala a catenelor polipeptidice din care este formata. Orientarea in spatiu a catenelor polipeptidice componente poarta denumirea de conformatie. Comparativ cu celelalte biomolecule, proteinele prezinta o structura chimica mult mai complexa de care depind in mod direct functiile lor biologice si care se caracterizeaza prin existenta a patru nivele de organizare numite structura primara, secundara, tertiara si respectiv cuaternara. I.4.1. Structura primara a proteinelor Este data de numarul, natura si succesiunea resturilor de aminoacizi in catenele polipeptidice ce intra in structura acestora. In structura primara, resturile de aminoacizi sunt unite prin legaturi peptidice identice cu cele intalnite in structura peptidelor: Studiul peptidelor sintetice cu autorul metodei difractiei de raze ! prin cristale pure a permis determinarea distantelor interatomice intr"o catena polipeptidica, precum si a unghiurilor dintre atomii componenti. #ceste determinari au demonstrat existenta unei perioade de identitate de $,%# pentru fiecare doua resturi de aminoacizi. &otodata s"a observat ca distanta interatomica C ' ( este mai mica, iar distanta C ) O este mai mare decat cele normal intalnite in alti compusi. #ceste rezultate indica prezenta unei stari de rezonanta a legaturii peptidice intre doua forme limita: Forma reala va fi deci cea intermediara intre cele doua forme limita instabile: ***.referat.ro #ceasta inseamna ca legatura peptidica C ' ( nu este simpla ci partial dubla, fiind astfel impiedicata rotatia libera a substituentilor. #cest caracter de legatura partial dubla are o importanta deosebita pentru structurile de ordin superior ale proteinelor. +a nivelul legaturilor peptidice se intalneste izomeria de tip trans, iar rotatia libera este permisa numai la nivelul celorlalte legaturi covalente. Orientarea spatiala a catenelor polipeptidice este datorata, in principal, acestor rotatii libere in urul legaturilor mentionate: ,roteinele formate din mai multe catene polipeptidice se numesc proteine oligomere, iar polipeptidele componente se numesc protomeri-. ,rotomerii se unesc intr"o molecula oligomera prin legaturi covalente, dar nu de natura peptidica. Cel mai adesea, protomerii se leaga prin punti disulfidice intercatenare, adica realizate de resturi de cisteina localizate in catene polipeptidice diferite. ,rima proteina careia i s"a determinat structura primara .in /011- a fost insulina care are o masa moleculara de 2.333 4a. Cativa ani mai tarziu s"a stabilit structura primara a ribonucleazei .5 ) /6.333 4a-, iar in prezent sunt cunoscute structurile primare ale multor proteine cu mase moleculare mult mai mari si care sunt formate din sute sau chiar mii de resturi de aminoacizi. 5olecula insulinei contine doua catene polipeptidice: catena # cu %/ resturi de aminoacizi ce contine o punte disulfidica intracatenara formata de resturile C7s 2 si C7s // si catena 8 alcatuita din 63 resturi de aminoacizi. Cele doua catene polipeptidice sunt legate intre ele prin doua punti disulfidice formate de resturile de cisteina # $ ' 8 $ si respectiv # %3 ' 8 /0 : ,untea disulfidica intracatenara din catena # este deosebit de importanta deoarece secventa aminoacizilor din bucla formata de aceasta reaminteste succesiunea resturilor de aminoacizi din ocitocina si vasopresina. #minoacizii din pozitiile 9, 0 si /3 ale catenei # .&hr, Ser si Ile- sunt esentiali pentru caracterizarea insulinelor de la diferite specii: insulina de bou: . Ala Ser Val . insulina de oaie: . Ala Gly Val . insulina de cal: . Thr Gly Ile . insulina de om: . Thr Ser Ile . In urma unor experimente cu aminoacizi marcati radioactiv s"a demonstrat ca insulina este sintetizata in insulele +angerhans ale pancreasului sub forma unui precursor cu o masa moleculara mai mare decat cea a insulinei, acesta fiind denumit proinsulina. 5olecula proinsulinei este formata dintr"o singura catena polipeptidica ce contine 9: resturi de aminoacizi si are o masa moleculara de 0.333 4a. In aceasta catena se regasesc catenele # si 8 ale insulinei si un fragment peptidic C care difera de la o specia la alta ,entru insulina umana si cea specifica altor mamifere este cunoscuta structura primara. Fig. 2. Reprezentarea schematica a punctelor de clivare in catena polipeptidica a proinsulinei, in procesul conversiei acesteea in insulina Studiile asupra structurii si proprietatilor insulinelor din diferite surse biologice au fost ustificate de importanta acestui hormon pentru practica medicala in tratamentul diabetului zaharat. ;n exemplu semnificativ in spriinul afirmatiei ca structura primara a proteinelor este esentiala pentru asigurarea proprietatilor lor biologice il constituie hormonul <"lipotrop sau lipotropina. El a fost izolat prima data in /021 din hipofiza de oaie, dovedindu"se a fi o polipeptida alcatuita din 03 resturi de aminoacizi. ;lterior, s"a izolat din hipofiza de bou, porc si berbec un hormon de natura polipeptidica ce a fost denumit lipotropina, remarcandu"se apoi ca preparatele hormonale izolate din diferite surse nu se deosebesc intre ele structural si functional. Structura primara a acestui hormon a fost descifrata in /029 dupa purificarea sa prin cromatografie pe coloana cu C5"celuloza. Fig. 3. Reprezentarea schematica a structurii primare a insulinei umane (Kucerenko, N.E. !""# I.4.2. Structura secundara a proteinelor. Modelul helicoidal . Studiul proteinelor fibrilare din clasa scleroproteinelor prin metoda difractiei razelor ! a evidentiat faptul ca acestea se caracterizeaza prin prezenta unor regularitati structurale ale moleculei, prin unitati care se repeta si care sunt dispuse de"a lungul unui ax imaginar al moleculei. #ceste regularitati in structura moleculei au fost numite perioade de identitate si ele difera de la o proteina la alta. In functie de marimea perioadelor lor de identitate, proteinele se impart in 6 grupe: ' grupa keratinei, miozinei si fibrinogenului ' grupa keratinei si fibroinei ' grupa colagenului Efectuand experimente pe cristale peptidice, ,auling si Core7 au stabilit cu rigurozitate conditiile formarii catenelor polipeptidice si au constituit modele experimentale care sa ilustreze modul in care catenele polipeptidice sunt orientate in spatiu in functie de natura si numarul legaturilor peptidice, precum si de dimensiunile lor. #utorii au stabilit de asemenea, urmatoarele criterii care stau la baza formarii catenelor polipeptidice: ' aminoacizii constituenti trebuie sa prezinte configuratie + si au in structura proteinelor aceeasi valoare, deoarece catenele lor laterale nu influenteaza structura secundara= ' distantele interatomice si unghiurile de valenta trebuie sa prezinte aceleasi valori, indiferent de marimea catenei polipeptidice= ' atomii participanti la legatura peptidica trebuie sa fie coplanari, aceasta asezare fiind favorizata energetic= ' modelul experimental elaborat pe baza datelor de laborator trebuie sa permita formarea unui numar maxim posibil de legaturi de hidrogen. ,e baza acestor postulate, ,auling si Core7 gasesc ca cel mai simplu aranament corespunzator acestor cerinte este modelul helicoidal sau spiralat, denumit heli!. #cesta rezulta prin spiralizarea catenei polipeptidice in urul unui cilindru imaginar. In functie de directia de spiralizare, >"helixul poate sa apara teoretic sub doua forme: ' -helixul de dreapta are sensul unui surub cu pasul spre dreapta= ' -helixul de stana are sensul unui surub cu pasul spre stanga. Fig. $. Reprezentarea schematica a modelului %&helicoidal al structurii secundare a proteinelor ('entner,(. !")# Catenele laterale ale resturilor de aminoacizi ies in afara corpului propriu" zis al "helixului si pot interactiona intre ele sau cu solventul in care este dizolvata proteina. 4intre toti aminoacizii proteinogeni, prolina, hidroxiprolina si chiar glicocolul nu se incadreaza perfect in >"helix, determinand o deranare a structurii regulate a "helixului. #ceasta structura helicoidala a macromoleculelor proteice a fost postulata cu /2 ani inaintea lui ,auling si Core7 de catre biochimistul roman ?aralamb @asiliu. #ceasta asezare spatiala, care confera moleculei o arhitectura structurala speciala, este mentinuta datorita formarii unui mare numar de punti de hidrogen intracatenare la care participa oxigenul carbonilic din vecinatatea unei legaturi peptidice si hidrogenul iminic din vecinatatea alteia, situata la o distanta de : resturi de aminoacizi. #ceste punti de hidrogen sunt aproape paralele cu axul moleculei, iar intr"o spira intra 6,2 resturi de aminoacizi. 4istanta dintre doua spire succesive este de 1,:/ #, iar diametrul lor este de 3,/3/ #. 4upa un interval al >"helixului care cuprinde /9 resturi de aminoacizi, adica %$ #, >"helixul este superpozabil, adica se repeta identic dupa fiecare 1 spire. #cest interval reprezinta asa"numita perioada mare de identitate .perioada mica de identitate fiind reprezentata de secventa ' (? ' C? ' CO '-. 5odelul helicoidal a fost apoi confirmat experimental si reprezinta una din variantele structurii secundare a proteinelor. 5ulte date experimentale demonstreaza insa faptul ca proteinele native nu prezinta o structura secundara total sau perfect spiralata. Cele mai multe proteine prezinta o organizare structurala partial helicoidala, in sensul ca regiuni cu structura de >"helix pot alterna cu regiuni ce prezinta alt tip de structura secundara. ,rocentul de >"helix in structura proteinelor oscileaza intre 3 ' /3A in cazeina, actina si >"globulina, intre /3 ' %3A in ribonucleaza, intre %3 ' 63A la pepsina si histone, intre 63 ' :1A la ovalbumina, muramidaza si fibrinogen, intre 23 ' 93A la mioglobina si hemoglobina si respectiv intre 93 ' /33A in tropomiozina. Modelul straturilor pliate . 4atorita structurii lor chimice, prolina si hidroxiprolina nu se inscriu in structura >"helicoidala. #cesti doi aminoacizi heterociclici, dar si glicocolul, tind sa confere catenelor polipeptidice un alt tip de structura secundara, denumita conformatie, care corespunde modelului straturilor pliate. Conform acestui model, doua sau mai multe catene polipeptidice, sau fragmente ale aceleiasi catene se orienteaza spatial sub forma pliata, in zig"zag. 5odelul straturilor pliate se poate prezenta in doua variante: ' modelul straturilor pliate paralele .caracteristic de exemplu pentru <" Beratina- se intalneste atunci cand la o extremitate a moleculei sunt orientate capetele C"terminale, iar la cealalta capetele ("terminale ale catenelor polipeptidice= Fig. *. Reprezentarea schematica a modelului straturilor +&pliate ale structurii secundare a proteinelor ' modelul straturilor pliate antiparalele .intalnit de exemplu la fibroina- se caracterizeaza prin faptul ca la ambele extremitati ale moleculei capetele C" terminale ale catenelor polipeptidice alterneaza cu cele ("terminale. In mod automat, atunci cand structura <"pliata este formata de diferite fragmente ale aceleiasi catene polipeptidice, aceasta va fi de tip antiparalel. Structura <"pliata este stabilizata de punti de hidrogen care se formeaza in mod similar ca in cazul structurii helicoidale, dar care sunt intercatenare si perpendiculare pe axul moleculei. 4aca la >"helix radicalii laterali ai resturilor de aminoacizi sunt orientati spre exterior, in structura <"pliata ei se orienteaza de o parte si de alta a planului legaturii peptidice, perpendicular pe acesta. 4e regula, punctele de trecere de la fragmentele helicoidale la cele pliate si invers sunt reprezentate de resturile de prolina si hidroxiprolina si uneori de cele de glicina. ' !odelul tropocolaenului . Structurile >"helicoidala si <"pliata sunt caracteristice marii maoritati a proteinelor. Exista insa unele proteine, dintre care cea mai importanta este colagenul, care prezinta o structura secundara caracteristica ce a fost denumita modelul structural al colagenului. Studiile de difractie a razelor ! indica in colagen o structura secundara cu o perioada de identitate de %,92 #, paralela cu axul fibrei. ,onderea mare a resturilor de prolina si hidroxiprolina .pana la %1A- din molecula colagenului fac imposibila structura helicoidala sau pliata, acesti aminoacizi formand un numar mic de punti de hidrogen. 5olecula colagenului este alcatuita din 6 catene polipeptidice, fiecare avand o masa moleculara de 01.333 4a si cate /.333 resturi de aminoacizi. Cele 6 catene ale colagenului sunt strans legate intre ele prin punti de hidrogen, dand nastere tropocolagenului .fig. 2-. Fig. ). Reprezentarea schematica a modelului structural al tropocolagenului ('entner, (. !")# I.4.". Structura tertiara a proteinelor 5aoritatea proteinelor native au o structura spatiala compacta determinata de dimensiunile si polaritatea resturilor de aminoacizi precum si de succesiunea acestora in catenele polipeptidice componente. #cest nivel de organizare structurala reprezinta deci rezultatul interactiunilor dintre resturile aminoacizilor din catenele polipeptidice. Structura tertiara este definita ca fiind forma structurala ce rezulta prin superspiralizarea a doua sau mai multe catene polipeptidice ce contin fragmente >"helicoidale si <"pliate intr"o arhitectura spatiala complexa sub forma de ghem sau globula. Formarea unei structuri globulare native, caracteristica pentru o proteina data este un proces complex ce are la baza formarea unei multitudini de legaturi slabe, necovalente. ,rincipalele proteine ale caror structuri tertiare au fost bine studiate sunt hemoglobina, mioglobina, muramidaza, ribonucleaza, papaina, chimotripsinogenul, carboxipeptidaza #, subtilizina si altele. 5entinerea si stabilizarea structurii tertiare se realizeaza prin fortele de atractie ce apar intre radicalii aminoacizilor componenti care se pot orienta in asa fel incat sa aunga in pozitii favorabile formarii diferitelor tipuri de legaturi. 4intre acestea, cele mai importante sunt urmatoarele: ' leaturile de hidroen se formeaza intre gruparile fenolice ale resturilor de tirozina si respectiv grupele 'COO? apartinand resturilor de acid aspartic si glutamic, sau intre nucleul imidazolic al histidinei si grupa 'O? a serinei= ' leaturile ionice se formeaza intre grupele 'COO? ale acizilor aspartic si glutamic si grupele '(? % ale lizinei si argininei. (umarul legaturilor ionice este relativ mic, deoarece maoritatea grupelor functionale ionizate interactioneaza cu dipolii apei. Conformatia proteinelor in solutie este de asa natura incat un numar cat mai mare de grupari polare sa fie expuse la suprafata arhitecturii moleculare, iar gruparile hidrofobe sunt orientate de regula spre interiorul moleculei= ' leaturile "an der #aals se formeaza intre resturile hidrocarbonate ale aminoacizilor. #ceste interactiuni sunt date, in principal, de resturile de alanina, fenilalanina, leucina, valina, izoleucina etc. 5aoritatea radicalilor nepolari, hidrofobi ai acestor aminoacizi se orienteaza spre interiorul moleculei asigurand stabilitatea structurii acestora. Cadicalii polari, ionizati, ai unor aminoacizi .in primul rand cei de arginina, lizina, acid aspartic si acid glutamic- sunt orientati spre exteriorul moleculei proteice unde interactioneaza cu dipolii apei din mediu. 4atorita aparitiei interactiunilor enumerate mai sus este asigurata pe de o parte nu numai stabilitatea structurii tridimensionale ci si conformatia optima din punct de vedere termodinamic. ,e de alta parte, diversitatea tipurilor de legaturi intalnite in structura tertiara a proteinelor, precum si valorile energiilor de legatura, explica marea labilitate a proteinelor sub actiunea diversilor factori fizico"chimici cum ar fi p?"ul mediului, temperatura, presiunea osmotica, prezenta sau absenta unor substante chimice etc. 4ezorganizarea structurii tertiare, care este foarte complexa si variata, determina pierderea proprietatilor biologice ale proteinelorD 4eseori se pot produce modificari foarte mici in conformatia determinata de structura tertiara prin legarea intr"un mod oarecare .de exemplu adsorbtie- a unui compus chimic cu masa moleculara mica. #ceste modificari conformationale poarta numele de efect alosteric si oaca un rol extrem de important in reglarea activitatii enzimelor. In ceea ce priveste forma moleculelor proteice care este data de structura secundara si tertiara a acestora, se cunosc doua tipuri extreme .proteine fibrilare si respectiv proteine globulare-, maoritatea proteinelor avand insa structuri intermediare. Forma moleculelor proteice nu depinde numai de factorii ce tin de insasi structura proteinelor ci si de factorii de mediu. Ceplierea si superspiralizarea catenelor polipeptidice depind de p?"ul mediului, de salinitatea acestuia, de prezenta sau absenta anumitor compusi chimici, de presiune osmotica de temperatura etc., ceea ce explica marea variabilitate functionala a proteinelor in raport cu mediul de reactie, precum si faptul ca unele proteine fibrilare pot trece in forma globulara si invers, odata cu modificarea caracteristicilor mediului. I.4.4.Structura cuaternara a proteinelor #ceasta reprezinta nivelul de organizare cel mai inalt al proteinelor si este rezultatul interactiunilor dintre catenele polipeptidice independente, fiecare cu structura sa primara, secundara si tertiara caracteristica. #cest tip de structura nu se intalneste la toate proteinele. El este caracteristic, in principal, proteinelor globulare a caror masa moleculara este mai mare de 13.333 4a si sunt proteine oligomere, adica au molecula formata din mai multi protomeri. Subunitatile proteinelor oligomere pot fi foarte diferite in functie de complexitatea structurilor primara, secundara si tertiara. ;nele proteine oligomere formeaza structuri cuaternare prin asocierea subunitatilor globulare .cum se intampla in cazul hemoglobinei- sau a unor subunitati spiralate, filiforme .ca de exemplu la proteina virusului mozaicului tutunului ' @5&-. ;n exemplu concret de proteina oligomera cu structura cuaternara este insulina, in formarea careia, un rol extrem de important il oaca diferiti parametri fizico"chimici. Structura primara a insulinei este cunoscuta, cea secundara este de tip >"helix, iar structura tertiara nu este inca pe deplin elucidata. Structura cuaternara rezulta prin polimerizare si depinde de p?, temperatura, concentratia insulinei in mediu si de prezenta ionilor de En %F . In conditii obisnuite, insulina este un tetramer cu masa moleculara de %:.333 4a. Insulina cristalizata poate exista sub forma de dimer dau hexamer, insa uneori este prezenta exclusiv sub forma de monomer. 4e exemplu, insulina de cobai nu dimerizeaza in prezenta ionilor de En %F deoarece in pozitia 8 %% , restul de arginina existent la insulinele altor animale este inlocuit cu un rest de acid aspartic. Studii asupra insulinei bovine in ceea ce priveste dinamica legarii zincului au aratat ca nu exista o legatura directa intre legarea ionilor de En %F si activitatea hormonala a insulinei deoarece fragmentele din molecula implicate in activitatea sa biologica sunt diferite de cele care participa la legarea zincului. Formarea dimerilor insulinei prin participarea ionilor de zinc are loc datorita existentei resturilor de histidina in catenele # .fig. $-. #socierea moleculelor de insulina cu formare de trimeri si tetrameri are si o importanta practica deoarece preparatele de insulina utilizate pentru tratamentul diabetului zaharat difera dupa compozitia lor chimica si tipul de actiune astfel: ' insulina obisnuita sau clasica este un preparat de insulina cristalizata care are o actiune rapida, efectele manifestandu"se dupa %3 ' 63 minute de la administrare, iar durata medie de actiune este de aproximativ 2 ore= ' $inc-lobininsulina este un preparat cu actiune mai lenta, efectele aparand dupa / ' /,1 ore, cu un efect maxim dupa 2 ' 9 ore si o durata de actiune de cca /: ' /2 ore= Fig. ,. Reprezentarea schematica a -ormarii dimerilor insulinei ' insulina %&' este un preparat de insulina a carei actiune se declanseaza dupa 6,1 ' : ore de la administrare si ramane activa timp de %% ' %: de ore= ' $incprotamininsulina .sau insulina retard - este un preparat cu actiune lenta ce se manifesta dupa 1 ' 2 ore de la administrare, timpul de actiune fiind de 63 ' 6% de ore. ,roteinele oligomere pot avea o ierarhie complexa a subunitatilor din care sunt alcatuite. 4e exemplu, glutamatdehidrogenaza din ficatul de bou are molecula formata din 9 subunitati identice, fiecare avand o masa moleculara de %93.333 4a. +a randul ei, fiecare subunitate este constituita din cate 1 catene polipeptidice cu masa moleculara de aproximativ 11.333 4a. In asemenea cazuri, notiunea de protomer se utilizeaza pentru a desemna catenele polipeptidice, iar pentru unitatea functionala se foloseste termenul de subunitate. Structura cuaternara poate fi dezorganizata cu usurinta cu obtinerea protomerilor sau subunitatilor constitutive, mai ales prin diluarea solutiilor, modificarea p?"ului, adaugarea de uree, guanidina si unele saruri. In urma inlaturarii agentului care a determinat disocierea proteinelor oligomere, se constata auto"reasamblarea rapida cu formarea suprastructurilor cuaternare. 4upa cum s"a vazut mai sus, in proteine iau nastere mai multe tipuri de legaturi si interactiuni care explica marea complexitate si diversitate structurala ale acestor biomolecule. In proteinele native se formeaza deci atat legaturi puternice, covalente, cat si legaturi si interactiuni slabe, fiecare dintre acestea indeplinind anumite functii care asigura exercitarea rolului biologic specific fiecarei proteine in parte. a- #egaturile co$alente . In structura tuturor proteinelor native exista doua tipuri de legaturi covalente: legaturi peptidice si legaturi .punti- disulfidice. +egaturile peptidice sunt identice cu cele de la peptide, avand acelasi caracter partial de legatura dubla si servesc la incatenarea resturilor de aminoacizi cu formarea cetenelor polipeptidice si a proteinelor, iar puntile disulfidice iau nastere prin oxidarea enzimatica a resturilor de cisteina cu formarea cistinei +egaturile disulfidice oaca un rol extrem de important in stabilizarea structurii spatiale a proteinelor. #tunci cand resturile de cisteina implicate apartin aceleiasi catene polipeptidice se formeaza punti disulfidice intracatenare, dar daca resturile de cisteina sunt situate in catene diferite ele formeaza puntile disulfidice intercatenare. b- #egaturile neco$alente oaca, de asemenea, un rol important in stabilizarea conformatiei macromoleculelor proteice. 4intre acestea, cele mai importante sunt interactiunile hidrofobe, puntile de hidrogen, legaturile ionice etc. ' Interactiunile hidrofobe iau nastere intre resturile alchil sau aril cu caracter hidrofob ale diferitilor aminoacizi .alanina, valina, leucina, izoleucina, fenilalanina si triptofan-. ,rocesul de formare a interactiunilor hidrofobe se poate reprezenta ca fiind rezultatul deplasarii radicalilor nepolari .metil, etil, fenil etc.- ai catenelor polipeptidice din mediul apos intr"o zona hidrofoba formata ca urmare a interactiunii dintre aceste grupari. #sa se explica faptul ca la proteinele globulare, solubile, suprafata moleculelor este preponderent hidrofila, iar interiorul are in general caracter hidrofob. Fig. ". Reprezentarea schematica a tipurilor de interactiuni ce se sta.ilesc in moleculele proteinelor a legatura peptidica . legatura ionica c punti de hidrogen d interactiuni hidro-o.e e punti disul-idice ' +egaturile de hidrogen se formeaza intre atomi de hidrogen legati covalent de atomi ce au o pereche de electroni neparticipanti si diversi atomi cu caracter electronegativ cum a fi atomii de oxigen, azot etc. In polipeptide si proteine, puntile de hidrogen pot fi atat intercatenare .asa cum se intampla de exemplu in >"helix- cat si intracatenare .ca in structura <"pliata-. ' +egaturile ionice se formeaza preponderent intre grupele carboxilice libere ale resturilor de acid aspartic si glutamic si respectiv grupele aminice libere ale resturilor de lizina si arginina