I QUATTRO LIVELLI DI ORGANIZZAZIONE

STRUTTURALE DELLE PROTEINE

STRUTTURA PRIMARIA : LEGAME PEPTIDICO
Il legame peptidico rappresenta la vera UNITA RIPETITIVA della
proteina, presentecioconunastrutturaidenticainogni sequenza
Nel legamepeptidico, il legamesingolo CN (O=CNH) ha
caratteristiche di doppio legame (lunghezza intermedia),
risultandoinunibrido di risonanza: laliberarotazioneCN
impedita, quindi il legame peptidico costituisce una
strutturaplanarerigida.
C invece libert di rotazione tra Ca C=O (angolo Y
(psi)) cometraCa NH (angolof (phi)).
Dato cheil legame peptidico rigido, laconformazionedellacatena
amminoacidica definita completamente quando f e y sono fissati
per ciascun residuo dellacatena. Tuttavia, unresiduo non pu avere
una qualunque coppia di valori di f e y, perchcertecombinazioni
non sono possibili acausadi impedimenti sterici
Grafico di Ramachandran
Possibili strutture assumibili in funzione
degli angoli diedri tra due amminoacidi
Grafico di Ramachandran
Possibili strutture assumibili in funzione
degli angoli diedri tra due amminoacidi
STRUTTURA SECONDARIA
E data dal ripiegamento della
catena polipeptidica
La struttura secondaria analizza i rapporti
tra amminoacidi vicini nella struttura primaria
(un residuo rispetto ad un altro distante tre-
quattro residui, nell a elica) ma anche
distanti (nel foglietto )
E la struttura primaria che determina il tipo di
ripiegamento e pertanto la struttura secondaria
essa stessa dipendente dalla sequenza dei codoni
La struttura secondaria lorganizzazione
tridimensionale di segmenti definiti
della catena amminoacidica
STRUTTURA SECONDARIA
La struttura secondaria descrive la formazione di legami idrogeno
tra i gruppi CO e NH dello scheletro polipeptidico
3 tipi principali :
Alfa-elica
Foglietto-beta (beta-sheet)
Ripiegamento-beta (beta-turn)
Proteina ad a-eliche Proteina a foglietti b
turn
turn

STRUTTURA SECONDARIA
Struttura ad a elica
la pi semplice organizzazione tridimensionale
che una catena polipeptidica pu assumere
Lo scheletro carbonioso avvolto
intornoallassecentrale, lasciandoi
gruppi laterali R proiettati verso
lesterno. I legami H puntano nella
stessadirezione
E unelica che, girando
attorno ad un asse centrale,
assumeunastrutturaglobale
abastoncino.
Si forma quando un certo numero di
coppie successive di angoli diedrici ( e
) hannovalori compresi fra-60 e-50.
In questo modo i piani peptidici si
dispongono in manieraelicoidaleintorno
adunasselongitudinale.
generalmente
destrogira..
con un giro (passo)
di elica lungo
0,56 nm
Ci sono
3,6 amminoacidi per giro
tenuta assieme
da
legami idrogeno
tra il
C =O
di un legame peptidico
e lN-H
del legame peptidico
del
IV amminoacido successivo
Legami H intracatena
Lalfa elica vista dallalto
Lo spazio interno
quasi nullo,
non contiene
molecole dacqua
ed quindi
idrofobico
Allesterno
sono
proiettati gli
R polari
La prolina NON pu formare lelica
LN non ha infatti alcun H
disponibile per fare ponti idrogeno,
e fa parte di un anello rigido
(il legame N-Ca bloccato)
Ca
Ca
(6% dei legami peptidici)
Non tutti gli amminoacidi
sono compatibili con lalfa elica
Gly troppo piccola
(di fatto raramente presente)
Ser, Asp e Aspn: formano troppi legami H
Ile ed il Trp sono troppo ingombranti
Glu e Lys sono carichi (a pH 7)
Ala, invece, forma spontaneamente lelica
Pro : anello rigido, no ponti H
Queste informazioni valgono nel caso in cui molti di
questi a.a. siano vicini. Altrimenti (eccetto la Pro e Gly)
li troviamo a formare lalfa elica
STRUTTURA SECONDARIA
Foglietto o lamina
si formano legami H intercatena tra filamenti
di almeno 5-10 residui amminoacidici,
organizzati in modo che lo scheletro covalente
risulti in un andamento a zig-zag; i legami si
possono formare anche intracatena tra residui
distanti tra di loro nella sequenza primaria
(Pauling e Corey)
..anche in questo caso
i legami H intercorrono
tra il
C O e lN-H
di due legami peptidici;
ma, diversamente che
nellalfa elica, i legami H
sono intercatena
(tra a.a. distanti nella sequenza)
Nel foglietto beta, i gruppi R giacciono
sopra e sotto il piano del legame peptidico
Disposizione dei foglietti
antiparallela
parallela
la pi stabile,
perch
lH del legame H
in linea
con O e N
I valori tipici per unfoglietto sono =-120 e =105 nel foglietto
parallelooppure =-135 e =140 nel fogliettoantiparallelo
Lintervallo dei valori chepossono essereassunti dagli angoli o
moltoristretto
Quali a.a. favoriscono la struttura beta?
STRUTTURA SECONDARIA
Ripiegamento ( turn)
Si trova in ripiegamenti o anse,
dove la catena polipeptica cambia direzione
Collega tratti successivi in a eliche o in foglietto ,
Es. collegamento di foglietti antiparalleli
Ripiegamento b
un ripiegamento a 180 di una sequenza di 4residui
Si forma un legame H tra il C=O del primo e NH del quarto residuo, il
secondo e terzo residuo non partecipano attivamente
Pro in posizione 2 (tipo I) Gly in posizione 3 (tipo II)
(Pro in cofigurazionecis)
Lalfa elica e la struttura beta possono
combinarsi tra di loro per dare origine a motivi proteici
(fanno parte della struttura III)
Tuttavia ci sono proteine a SOLA struttura II.
Qual la loro funzione?
Di per s, la struttura secondaria rigida, prevalentemente
idrofobica,
e spesso forma macro-aggregati fibrillari;
propriet ideali per una
funzione strutturale (collagene, cheratine etc)
Tipica delle proteine FIBROSE :
struttura lineare con conformazione a filamento
(prevalenza di un tipo di struttura secondaria)
Il motivo dellelica superavvolta nelle proteine:
motivo coiled coil proposto da Pauling nel 1953
Fascio di a eliche che si superavvolgono tra di loro
Es. miosina, a-cheratina
Miosina
La regione C-term (coda) della miosina (filamento spesso) del muscolo
formata da due alfa eliche avvolte
La regione N-term (testa)
ha invece struttura
globulare (III) e ha
funzione enzimatica,
(idrolisi di ATP)
che, in presenza di Ca
2+
, porta allo scorrimento dei filamenti spessi
su quelli sottili di F-actina (formata da mononomeri globulari di
G-actina) e quindi alla contrazione
Struttura coiledcoil=regione superavvolta
Alfa cheratine (filamenti intermedi del citoscheletro)
(nei capelli, lana, pelo, unghie, zoccoli, corna, artigli, starti esterni della pelle, etc.)
Due catene di a-cheratina
con la stessa direzionalit
(2 a-eliche) si avvolgono
su stesse per dare
origine ad una
struttura coiled coil
Andamento elicoidale del superavvolgimento
sinistrorso
Passo dellelica di 5.15-5.2 anzich 5,4
Strutture avvolte coiledcoil generano protofilamenti e protofibrille
Ponti S-S trasversali
intercatena possono
tenere compatte
e superavvolte
le alfa eliche.
A seconda del numero,
il proto-filamento
e la microfibrilla
saranno pi o
meno rigidi
(poco nella lana;
di pi
nel capello; molto
nel becco e negli artigli)
Ponti disolfuro stabilizzano le singole a-eliche di cheratina
La permanente
Lamine antiparallele rappresentano la principale
struttura delle fibre della seta: la fibroina
Lunghi tratti di glicina, alanina e serina impilati
aa con catene laterali piccole:
consentono una perfetta sovrapposizione dei foglietti
La struttura flessibile, anche se non si pu allungare,
perch i foglietti sono tenuti insieme da interazioni deboli,
a differenza che nella a-cheratina dove le eliche sono unite
da ponti disolfuro
Alcune proteine fibrose hanno struttura a foglietto
Struttura a triplice elica allungata
Un altro esempio di proteina fibrosa:
il collagene
Struttura secondaria unica: = -51e Y=+153
Completamente distinta dalla struttura ad a-elica
COLLAGEN0
Unit strutturale
triplice elica
del tropocollageno
NON sono a eliche, ma eliche allungate
con passo di 0.92 nm (invece dei
0.56 nm dellalfa elica)
Ci dovuto alla presenza della piccola Gly
(nelle introflessioni) e della rigida Pro (nelle
estroflessioni) che provocano il
rilassamento di ciascuna catena
cui si possono associare le altre
catene attraverso legami H
Nella triplice elica non ci sono legami H
intracatena, ma intercatena
tra l-NH peptidico della Gly e il -CO
peptidico di a.a. delle altre catene
La triplice elica risulta quindi compatta, idrofobica
ed insolubile, adatta a formare fibre
Organizzazione sovramolecolare del tropocollagene
Un elica singola
U n a t r i p l i c e e l i c a
I residui di Gly (in rosso) si adattano
ai punti di contatto tra le eliche
Pi unit di tropocollageno si
dispongono testa coda
in modo parallelo ma con una
leggera sfalsatura che rende
ragione delle striature trasversali
che si osservano al microscopio
elettronico
Fibre di collageno
Ne collageno dei vertebrati presente:
Gly (35%),
Lys e idrossiLys (11%)
Ala (11%)
Pro ed idrossiPro (21%)
Sono assenti:
Cys e Trp
Il collageno contiene anche legami covalenti trasversali
tra le catene laterali di Lys e His.
Tendono ad aumentare con let
La sequenza amminoacidica del collageno costituita
da ununit tripeptidica ripetuta Gly-X-Y,
dove X spesso Pro e Y spesso 4-Hyp
OH
OH
OH
4-idrossi prolina
OH
3-idrossi prolina
I residui di idrossilisina possono essere glicosilati:
La glicosilazione aumenta con let
Oltre alle proteine fibrose con funzione strutturale,
le strutture secondarie possono anche formare proteine
integrali di membrana con una funzione pi dinamica
(recettori, canali, porine, trasportatori, etc)
ORGANIZZAZIONE STRUTTURALE
DELLE PROTEINE
Il ripiegamento (folding) della catena
polipetidica
Dalla struttura secondaria alla struttura terziaria
Quando la proteina si avvolge su stessa, gli amminoacidi
che sono lontani possono interagire tra di loro
Con il calore, il pH o con la forza ionica
si rompono i legami H della struttura II e pertanto si perde
la funzione della proteina
Denaturazione delle proteine:
un fattosperimentale ma anche un processo fisiologico
La perdita della struttura tridimensionale viene detta
DENATURAZIONE
- tiene conto delle relazioni a lungo raggio
nella sequenza amminoacidica
- definita dalle interazioni tra le catene laterali
degli amminoacidi lontani tra di loro
STRUTTURA TERZIARIA
=DISPOSIZIONE NELLO SPAZIO
DEGLI ATOMI DI UNA PROTEINA
La struttura terziaria rappresenta la conformazione tridimensionale
degli atomi che compongono una proteina di sequenza definita
(585 aa, 64.5 kDa)
Albumina
Struttura terziaria delle proteine
Proteine GLOBULARI : catene ripiegate con conformazione
sferoidale (combinazioni multiple di strutture secondarie)
1) legami NON covalenti
-legami ionici
-interazioni idrofobiche
-legami ad idrogeno
-interazioni di van der Waals
2) Legami covalenti
-ponti disolfuro S-S
tra residui di cisteina
(in alcune proteine
extracellulari)
La struttura III stabilizzata da:
Avviene a seguito dellossidazione dei gruppi SH
di due Cysvicinali (nonnecessariamente contigue)
Durante il ripiegamento le proteine formano spesso ponti disolfuro non
presenti nelle proteine native, che poi si trasformano in quelli corretti
mediante interscambio di ponti disolfuro
PDI : Protein disolfuro isomerasi
Le proteine possono essere classificate in due gruppi principali:
-Proteine fibrose : le catene polipeptidiche sono
disposte in lunghi fasci o foglietti
-Proteine globulari: le catene polipeptidiche sono ripiegate
ed assumono forme globulari o sferiche
Insolubili in acqua
Hanno di solito struttura secondaria
Tipiche dei tessuti connettivi
Ruolo strutturale
Solubili in acqua
Hanno struttura terziaria
Proteine cellulari
Enzimi e proteine regolatrici
La catena polipeptidicasi ripiega
nelle regioni dove
non c struttura II
Dalla sequenza amino acidicasi pu predirre
facilmente dove ci saranno i ripiegamenti (randomcoil),
Favoriscono il ripiegamento:
Pro
Glu/ Lys vicinali
Trpvicinali
La struttura globulareorigina se la struttura II si ripiega:
linterno diventa idrofobicomentre allesterno sono esposti a.a. polari
che rendono solubile la proteina.
MOTIVO (o struttura supersecondaria o ripiegamento)
Avvolgimento polipeptidico caratteristico
formato da uno o pi elementi di struttura secondaria e
da elementi di connessione
DOMINI
Nelle proteine pi grandi, specie in quelle
globulari, si riconoscono delle porzioni, definite
domini, con specificit strutturale e funzionale
I domini sono unit strutturali indipendenti
ognuna delle quali ha le caratteristiche di una
piccola proteina globulare
Combinando strutture II diverse
(a elica, foglietto e random coil)
possibile creare diverse forme nello spazio
Diverse strutture funzionali
Fare molte proteine diverse
In realt ci sono domini strutturali comuni
Esempio: gliceraldeide 3 fosfato deidrogenasi
Ripiegamento di Rossman:
lega il dinucleotide NAD
+
Dominio che lega la gliceraldeide 3 fosfato
Structural classification of proteins (SCOP)
Le strutture delle proteine sono divise in 4 classi principali:
tutto a
tutto
a/
a +
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
Proteine con somiglianze significative nella struttura
primaria/terziaria e nella funzione sono raggruppate
in una stessa FAMIGLIA di PROTEINE
Proteine tutte alfa
Proteine tutte beta
Proteine alfa/beta
(con strutture a e alternate)
Proteine alfa + beta
(con strutture a e distanziate)
Le proteine si ripiegano
spontaneamentenella loro
conformazione nativa in
condizioni fisiologiche
E la struttura primaria delle
proteine a determinarne la struttura
3-D
1950: C. Anfinsen
RIBONUCLEASI
Trattamento
con agenti
denaturanti
Avvolgimento casuale,
proteina ridotta
No attivit enzimatica
Se rimossi: la ribonucleasi
riacquistava lattivit enzimatica
Simulazione al computer di una via di ripiegamento di un dominio di
36 amminoacidi della villina
In realt molte proteine necessitano di un aiuto per il corretto
ripiegamento in vivo
I chaperoni molecolari sono delle proteine specializzate
Ripiegamento assistito
Hsp70 : si legano a regioni di polipepetidi non ripiegate e
ricche di residui idrofobici impediscono aggregazioni improprie
Chaperonine : complessi proteici sofisticati necessari per il
ripiegamento di alcune proteine cellulari che non si organizzano
spontaneamente
In E. coli sistema GroEL/GroES
I difetti di ripiegamento delle proteine
danno origine a numerose patologie
Es. malattie neurodegenerative
Una proteina solubile viene secreta da una cellula
con un avvolgimento sbagliato e convertita in una
fibra extracellulare insolubile amiloide
Es. proteina amiloide nella malattia di Alzheimer
Formazione di aggregati di proteine con avvolgimenti sbagliati
Es. a-sinucleina nel morbo di Parkinson oppure
huntingtina nella corea di Huntington
Ripiegamento (folding)
e maturazione delle proteine
(modifiche post-traduzionali)
Proteolisi
Glicosilazione
Molto di frequente, le proteine a struttura III
hanno incorporato un gruppo
-essenziale per la loro funzionalit biologica
di natura non proteica (gruppo prostetico o coenzima)
PROTEINE CONIUGATE
Parte proteica (apoproteina):
-impedisce lossidazione irreversibile del Fe
2+
-rende possibile un legame reversibile dellO
2
alleme
-modula la funzione del gruppo eme
Eme:
-struttura organica ad anello,
-contiene un atomo di ferro, sito di legame per lossigeno
-inserito in una tasca idrofobica della proteina (che
impedisce lossidazione del Fe
2+
)
Mioglobina: parte proteica + parte non proteica
153 a.a.
1 eme
struttura compatta:
80% a elica, 20% random coil
assenza di Cys
gli a.a. esterni e nelle anse sono polari
(Glu, Asp, Asn, Lys, Arg)
gli a.a. interni sono prevalentemente apolari,
con due His (F8/E7) cruciali per legare lO
2
Mioglobina
Presente nei muscoli di tutti i mammiferi
8 segmenti maggiori (A-H) ad a elica
7 segmenti non elicoidali
(AB, CD etc)
4 eliche terminano con Pro
Per funzionare correttamente,
il Fe deve sempre stare
nello stato ridotto
2
+
(II)
Il Fe ha sei legami di coordinazione:
4 con gli N degli anelli pirrolici
2 perpendicolari alleme, di cui
uno lega lHis prossimale F8
laltro libero oppure lega lO
2
Lambiente idrofobico proteico
impedisce che avvenga
lossidazione irreversibile
del Fe quando lega lO
2
His E7= istidina distale
(forma un legame H con lO
2
)
His F8= istidina prossimale
(5
a
posizione di coordinazione del Fe)
Val e Phe (aa con catena laterale idrofobica)
Mantengono in posizione leme
Alcune proteine sono intrinsecamente non strutturate
IUP= Intrinsecally Unstructured Proteins
Non possiedono propriet strutturali uniformi
Non possiedono un struttura ripiegata
Hanno una conformazione estesa ed elevata flessibilit
intramoleclare
Tipica combinazione di aa
che conferisce una carica netta e bassa idrofobicit
Alti livelli di E;K;R; G;Q;S e P
Bassa quantit di I;L;V;W;F;Y;C e N
2% negli Archea
4,2 % nei batteri
33% negli eucarioti
La % delle proteine che
contengono lunghe regioni
disordinate aumenta nel corso
della evoluzione
Vantaggio: sono pi malleabili
possono legare pi ligandi adattando la loro struttura
Consentono uninterazione pi estesa con altre proteine
Alcune proteine non strutturate
( in giallo e in rosso)
legano i loro targets (in azzurro)
avvolgendosi
intorno
Struttura quaternaria (IV)
Alcune proteine sono formate da pi subunit, cio da pi catene
polipeptidiche uguali o diverse tra di loro.
Tali proteine sono dette proteine oligomeriche.
La struttura quaternaria descrive lassemblaggio delle diverse
subunit.
STRUTTURA QUATERNARIA
MIOGLOBINA EMOGLOBINA
Le subunit sono legate con:
-interazioni idrofobiche
-interazioni elettrostatiche
-legami H.
2 subunit tipo a (di 141 a.a.)
2 subunit tipo (di 146 a.a.)

1
a
1

2
a
2
Ciascuna subunit ha un
gruppo eme
Quindi, invece che una sola
molecola come nella mioglobina
Mb + O
2
MbO
2
lemoglobina lega quattro molecole di O
2
Hb + 4O
2
Hb(O
2
)
4
LEmoglobina funziona come un assemblaggio
di quattro subunit (e quattro gruppi eme)
Funzionalmente lHb opera per pi
come due met (a
1

1
, a
2

2
),
saldamente accoppiate attraverso
legami idrofobici, H e salini
contenuta negli eritociti