Instituto de Qumica * Facultad de Ciencias

Avenida Universidad 330 * Valparaso * Chile

Fono (56-32) 2274994
waldo.acevedo@ucv.cl * http://institutoquimica.ucv.cl








OBJETIVOS

Preparacin del sistema con visualizador VMD (Visual Molecular Dynamics)
Solvatacin del sistema
Aprender acerca de archivo input y output de NAMD para correr simulacin molecular
Aprender los pasos bsicos de la simulacin Molecular mediante el uso de la herramienta NAMD

Introduccin

DINMICA MOLECULAR



Este laboratorio consiste en el aprendizaje de pasos bsicos de Dinmica Molecular, las cuales son:













PRCTICA 11: DINMICA MOLECULAR

Preparacin del sistema
Minimizacin
Equilibracin
Antes de correr nuestra simulacin molecular, NAMD requiere 5 archivos importantes:

Un archivo PDB (Protein Data Bank), contiene las coordenadas atmicas y / o las velocidades para
el sistema. Los archivos PDB puede ser generados manualmente, u obtenido por va Internet
http://www.pdb.org
Un archivo PSF (Protein Structure File), contiene la informacin estructural de la protena
Un archivo de topologa (*.top o Force File Topology File), contiene la informacin sobre tipo de
tomos, cargas y cmo los tomos estn conectado en una molcula. Nota que el archivo PDB
contiene slo las coordenadas, pero no la informacin de conectividad
Un archivo de parmetro (*.par o Force Field Parameter File). Un campo de fuerza es una
expresin matemtica que indica el potencial del sistema. CHARMM, AMBER, y GROMACS son tres
tipos de campo de fuerza y NAMD es apto para usar todos ellos. El archivo de parmetro define
longitud de enlace, longitudes del equilibrio, etc
Un archivo de configuracin, en la cual el usuario especifica todas las opciones que NAMD debiera
usar para correr la simulacin. El archivo de configuracin le dice a NAMD cmo la simulacin es
corrida















Construya el rbol de archivo



























En este caso, vamos a enfocarnos en el estudio de
la ubiquitina (PDB: 1UBQ), una pequea protena
de 76 aminocidos encontrada clulas eucaritica,
cuya funcin es marcar otra protena, tal como
receptores de membrana. Para su destruccin
procesos conocido como proteasoma



home
usuario
escritorio
1-1-build
1-2-esphere
1-3-box

SECCIN 1: PREPARACIN DEL SISTEMA

GENERACIN DEL ARCHIVO PSF (PROTEIN STRUCTURE FILE)

PASO 1: Vamos al directorio /1-1-build y encontrars los archivos requeridos para construir nuestro archivo
PSF:

archivo PDB de la ubiquitina, PDB: 1UBQ, es tpicamente obtenido a travs del Protein Data Bank
archivos de parmetros (par_all27_prot_lipid.inp )
topologa (top_all27_prot_lipid.inp).

En la consola tipear VMD y cargar la protena ubiquitina (1UBQ.pdb)

File New Molecule...

Nota: La estructura rayos-X obtenida de Protein Data Bank no contiene los tomos de hidrgenos de la
ubiquitina. Esto es porque la cristalografa de rayos-X usualmente no resuelve tomos de hidrgenos, El
archivo PDB que generars con psfgen, junto con el PSF contendrn coordenadas para tomos de hidrgenos
de la estructura. De esta forma, en la minimizacin de la energa de la protena garantizar que sus posiciones
sean razonables.

PASO 2: Elegir Extensions Tk Console . Asegrate de que ests en el directorio /1-1-build
En la consola Tk, tipea los siguientes comandos

set ubq [atomselect top protein]
$ubq writepdb ubqp.pdb
Nota: En el paso anterior slo haz creado el archivo ubqp.pdb, contiene las coordenadas de la ubiquitina sin los
hidrgenos


PASO 3: Ahora crearemos el archivo PSF de la ubiquitina.
El paquete psfgen de VMD es muy til para construir el archivo psf. En la lnea de comando tipea gedit
build_protein.tcl. Tipea la siguiente lnea de comando:

package require psfgen
topology top all27 prot lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment U {pdb ubqp.pdb}
coordpdb ubqp.pdb U
guesscoord
writepdb ubq.pdb
writepsf ubq.psf

Despus de tipear, guarda el archivo File Save. Asegrate que ests en el directorio /1-1-build. Luego, sales
del editor de texto cliqueando FileExit

El archivo que has creado contiene los comandos necesarios para crear el archivo PSF de la ubiquitina con los
tomos de hidrgenos y sin agua

Lnea 1: Ests corriendo psfgen con VMD. Esta lnea requiere que el paquete psfgen est
disponible para ser llamado por VMD
Lnea 2: Carga el archivo de topologa top_all27_prot_lipid.inp
Lnea 3: Cambia el nombre de residuo histidina por el nombre apropiado encontrado en el archivo
de topologa. HSE es uno de los 3 nombres basado en el estado protonacin de la cadena lateral.
Lnea 4: El tomo nombrado CD1 (carbono ) en el residuo isoleucina es llamado CD, su
nombre adecuado en el archivo de topologa.
Lnea 5: Un segmento llamado U es creado, contiene todos los tomos de ubqp.pdb El comando
segment aade todos los tomos de hidrgenos
Lnea 6: Coordenadas son ledos desde ubqp.pdb, residuos y nombre se tomos son acertados. Las
etiquetas del antiguo segmento ser anuladas
Lnea 7: Coordenadas de tomos faltantes (hidrgenos) son aadidos basados en la definicin de
residuos del archivo de topologa
Lnea 8: Nuevo archivo pdb con las coordenadas completas de todos los tomos, incluyendo los
hidrgenos.
Lnea 9: Archivo psf con la informacin completa de la estructura de la protena


En la consola tcl/tk escribe la siguiente lnea de comando.

play buil_protein.tcl

PASO 4 Una vez construido el psf, revisaremos que los archivos pdb y psf de la ubiquitina vamos a cargar el
sistema.

Copie el arhivo ubq.pdb y ubq.psf al directorio /1-2-sphere y 1-3-box.


SECCIN 2: SOLVATACIN DE LA PROTENA

Ahora, la protena necesita ser solvatada. Puedes hacerle de dos formas, localizando la protena en:

Una esfera de agua, en preparacin de minimizacin y equilibrado sin condiciones peridicas de
borde.
Una caja de agua, en preparacin de minimizacin y equilibrado con condiciones peridicas de
borde.

1.b.1 Ubiquitina en una esfera de agua

PASO 1. Situarse en el directorio /1-2-sphere. encontrars un script tcl wat_sphere.tcl para crear la esfera de
agua. En la consola tipear VMD y cargar la protena ubiquitina (ubq.pdb y ubq.psf)

vmd ubq.psf ubq.pdb

PASO2. Luego llamars al script, sto ubicar la ubiquitina en una esfera de agua lo ms pequea posible. Elegir
Extensions Tk Console . En la consola Tk, tipea los siguientes comandos

play wat_sphere.tcl

PASO 3. Los outputs generado por el script wat_sphere.tcl estar el centro y el radio de la esfera de agua.
Registrar estos nmeros, los necesitars ms tarde. El script tendrs creado los archivos ubq_ws.pdb y
ubq_ws.psf, respectivamente, ubiquitina en una esfera de agua. Estos estarn en el directorio /1-2-sphere.
Revisa esto tipeando ls

Luego cargar las coordenadas que estn en el archivo pdb, Cliquear File New Molecule , en la ventana
principal de VMD. En el Molecule File Browser, usa el botn Browse para encontrar el archivo ubq_ws.pdb .
Cargar presionando el botn Load

Una vez revisada vamos sal ir , abrimos la tk consola y tipeamos exit.



1.b.2 Ubiquitina en una caja de agua


Construir Automticamente

Vamos a cargar los archivos generados.

PASO 1. Cargar las coordenadas que estn en el archivo pdb. Cliquear File New Molecule , en la ventana
principal de VMD. En el Molecule File Browser, usa el botn Browse para encontrar el archivo ubq.pdb .
Cargar presionando el botn Load

O bien puede tipear por consola:

vmd ubq.pdb


PASO 2. En la ventana Tk Consola, tipear:

set ubq [atomselect top all]
measure minmax $ubq

Esto analiza todos los tomos del sistema y entrega los valores mnimos y mximos de coordenadas x, y, z del
sistema protena-agua. Estos valores tambin definen origen del sistema de coordenada. El centro de la caja
de agua puede ser determinado determinando el punto medio de cada uno de los tres lados. Por ejemplo, si los
valores mnimos y mximo del eje X la caja sera 10.44 y 51.12, respectivamente. Entonces el punto medio:

51.12 + 10.44 = 30.78
2


PASO 3. Cliquear Extensiones Modeling Add Solvation Box, se mostrar lo siguiente:






















Una vez definido los parmetros cliquear sobre el botn Solvate, obtienes los archivos con los parmetros de la
protena en una caja de agua


Nombre de arhivo psf
Nombre de arhivo pdb
Nombre de arhivo de salida
Dimensiones de la caja, lo puedes
obtener tipeando en la consola Tk lo
siguiente:

set prot [atomselect top all]
measure minmax $prot

Construir Manualmente

PASO 1. Situarse en el directorio /1-3--box. encontrars un script tcl wat_box.tcl para crear el cubo de agua.
En la consola tipear VMD y cargar la protena ubiquitina (ubq.pdb y ubq.psf)

vmd ubq.psf ubq.pdb

PASO2. Luego llamars al script, sto ubicar la ubiquitina en ula caja de agua lo ms pequea posible. Elegir
Extensions Tk Console . En la consola Tk, tipea los siguientes comandos

play wat_box.tcl

PASO 3. En el script usted ver el siguiente cdigo

package require solvate
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 15 -o ubq_wb

El comando package require solvate carga el paquete solvate, asi VMD podr llamarlo. El paquete solvate
colocar la protena en una caja de agua. La opcin t crea las dimensiones de la caja de agua de tal manera
que hay una capa de agua de 15 en cada direccin desde el tomo ms lejano del centro. La opcin o crea
archivos output ubq_ws.pdb y ubq_ws.psf para ubiquitina en caja de agua.

Otra forma de crear una caja de agua es usando la herramienta de vmd.


SECCIN 3: SIMULACIN MOLECULAR


3.1 Ubiquitina en una esfera de Agua

En esta seccin, examinars la minimizacin y equilibrado de la ubiquitina en una esfera de agua localizada en
el vaco

PASO 1. Dirigirse al directorio /1-2-sphere, aqu encontrars el archivo de configuracin llamado
ubq_ws_eq.conf , para la minimizacin y el equilibrado de la ubiquitina en una esfera de agua.

Los archivos de salidas para la minimizacin y el equilibrado de la ubiquitina en una esfera de agua estar
ubicado en este directorio, el archivo de configuracin, es slo un archivo de entrada, que contiene todas las
instrucciones necesarias para correr la simulacin. Adems, encontrars en el directorio /1-2-sphere archivo
pdb (ubq_ws.pdb), psf (ubq_ws.psf) y archivo de parmetros (par_all27_prot_lipid.inp). Podras comprobar
usando el comando ls

Paso Alternativo

1.1 Fijar backbone de la protena usando el script fix_backbone.ucl. Esto se realiza previo a la Minimizacin
del sistema

1.2 Fijar Restraint a los Carbono alfa de los aminocidos usando el script restraint_ca.tcl Esto se realiza previo a
la Equilibrado del sistema


PASO 2. Abrir el archivo de configuracin, ubq_ws_eq.conf , con un editor de texto gedit

El archivo de configuracin puede ser muy simple al principio, pero lo examinaremos lnea por lnea para
determinar su funcin en tu simulacin

La seccin JOB DESCRIPTION
Contiene slo comentario y su propsito es informar al simulador qu tipo de simulacin se reaizar. T
comentario debiera decir:

# Minimization and Equilibration of Ubiquitin in a Water Sphere

La seccin ADJUSTABLE PARAMETERS
Contiene 5 comandos:

1. structure: llama al archivo psf para describir el sistema (ubq_ws.psf)
2. coordinates: llama al archivo pdb que contiene las coordenadas iniciales (ubq_ws.pdb)
3. set temperatura: se crea una variable llamada temperature el cual almacena un valor de
temperatura inicial del sistema. Si localiza el texto $temperature en el archivo de configuracin,
NAMD leer como etiqueta el nmero 310 (corresponde a la temperatura inicial del sistema)
4. set outputname: crea un variable llamada outputname el cual almacena el nombre genrico de los
archivos de salida. Si localizas el texto $outputname en el archivo de configuracin NAMD leer
como etiqueta ubq_ws_eq
5. firsttimestep: asigna un valor numrico para el primer paso de la simulacin. Esto es til cuando
reinicia la simulacin.

La seccin SIMULATION PARAMETERS

Input

paraTypeCharmm: Indica si o no el archivo de parmetro es el formato usado por el
campo de fuerza CHARMM, off indica que esto no lo es
parameters: llama a los parmetros campo de fuerza desde el archivo
par_all27_prot_lipid.inp
temperature: Asigna la temperatura inicial del sistema en Kelvin, con ello se asigna la
velocidad aleatoria a tomos seleccionado de la distribucin de Maxwell tal que se obtiene
promedio de energa cintica dado la temperatura


Force-Field Parameters

exclude: Especifica cules interacciones atmica debe ser excluido. La etiqueta scaled1-4
indica que las interacciones entre los tomos 1 y2 , 1y3 son despreciados y las interacciones
entre los tomos 1 y 4 son debilitados
1-4scaling: especifica el grado de libertad en la cual interaccin entre los tomos 1 y 4 es
tomado en cuenta. Esta variable puede tomar valor hexadecimal 0 (falso) o 1 (verdadero)
cutoff: indica la distancia en ngstrom el cual las interacciones electrosttica y Van der Waals
son cortados
switching: indica si la funcin switching es usada sin problema tomando las interacciones
electrosttica y Van der Waals desde 0 a una distancia cutoff
switchdist: indica la distancia en ngstrom el cual la forma funcional de interacciones
electrosttica y Van der Waals son modificadas para permitir que sus valores se acerquen a
cero a una distancia cutoff
pairlistdist: diseado para hacer que el clculo se ms rpido

Integrator Parameters

timestep: indica el valor time step usado en la simulacin
rigidBonds: especifica cules enlaces formados por hidrgenos con considerados como
rgidos (no vibracin). El valor all indica que todos los enlaces formados por hidrgenos y
algn otro tomos.
nonbondedFreq: especifica el nmero de time steps en que las interacciones no enlzantes
son calculadas.
fullElectFrequency: especifica el nmero de time steps en que las interacciones
electrosttica son calculadas.
stepspercycle: Atomos que son reasignados en lista de pares una vez por ciclo.

Constant Temperature Control

langevin: indica s o no la simulacin usa la dinmica Langevine, usa valores off u on.
langevinDamping: asigna valores de acoplamiento de Langevin. Cuantifica la afliccin
aplicada al sistema, removiendo energa desde el sistema, etc.
langevinTemp: Dinmica de Langevine puede ser aplicada a todos los tomos o a slo
tomos no-hidrgeno del sistema. Este comando especifica la temperatura a la cual se
mantiene estos tomos, incluyendo friccin y la fuerza que actuar en ellos
langevinHydrogen: indica s o no la dinmica Langevine ser aplicado a tomos de
hidrgenos en la simulacin, usa valores off u on.


Output
outputName: Muchos tipos de datos de salida son escrito por NAMD en la simulacin. Este
comando especifica el prefijo para archivos de salida. NAMD retorna dos archivos salida por
cada simulacin: archivo pdb que contiene las coordenadas finales de todos los tomos del
sistema y un archivo pdb que contiene las velocidades finales de todos los tomos del
sistema. Las extensiones de estos archivos son: *.coor y *.vel
restartfreq: Durante la simulacin. NAMD puede crear archivo restart, uno el cual es un
archivo pdb que almacena las coordenadas atmica y otro que almacena las velocidades
atmica. Este comando especifica por cada cunto time steps se escriba la salida en el archivo
restart
dcdfreq: El archivo dcd contiene slo coordenadas atmica y stos son escritos a un archivo
muchas veces en el curso de la simulacin
outputEnergies: especifica por cada cunto time steps la energa del sistema es ecrito al
archivo .log
outputPressure: especifica por cada cunto time steps la presin del sistema es ecrito al
archivo .log

La seccin EXTRA PARAMETERS contiene los comandos la cual se aplican a simulaciones ms
especficas. Incluye comando la cual caracteriza condiciones esfricas de borde en una esfera de agua.

Spherical boundary conditions. Los siguientes tres comandos debe ser especificado para
que condiciones esfrica de borde trabaje apropiadamente

sphericalBC: indica si o no la simulacin usa condiciones esfricas de borde, usa valores off u
on.
sphericalBCcenter: asigna las coordenadas x, y, z del centro de la esfera para el cual
condiciones esfricas de borde es aplicada
sphericalBCr1: asigna distancia en ngstrom en el cual el primer potencial de borde acta.
sphericalBCk1: el primer potencial aplicado condiciones esfricas de borde que mantiene las
esferas juntas (o separadas) es armnico. Este comando asigna valores de constante de
fuerza a este potencial
sphericalBCexp1: asigna el valor al exponente usada en la frmula de potencial

La seccin EXECUTION SCRIPT, contiene tres comandos, los primeros dos es aplicado a la
minimizacin y el ltimo aplicado al equilibrado.

Minimizacin

minimize: asigna nmero de iteraciones en el cul los tomos varan sus posiciones
para buscar el mnimo local en el potencial
reinitvels: Minimizacin es ejecutado en el sistema despus de que todas las
velocidades atmicas se les han asignado cero. Este comando reasigna velocidades
atmicas tal que el sistema comienza a la temperatura especificada.

Run: Asigna el nmero de pasos en cul corre el equilibrado de Dinmica Molecular (ene ste
caso 2500 pasos es equivalente a 5000 fs o 5 ps)

PASO 3. Una vez asignados los parmetros, corremos nuestra simulacin con la siguiente lnea de comando.

charmrun ++local +pN namd2 ubq_ws_eq.conf > ubq ws_eq.log &

N: nmero de core

PASO 4. Anlisis

Para hacer el anlisis cargue los siguientes archivos en vmd .

vmd ubq_ws.psf ubq_ws_eq.dcd

Usted puede ver la simulacin molecular:

Luego, para graficar tiempo de simulacin versus energa

Extensions Analysis NAMD Plot



3.2 Ubiquitina en una Caja de Agua: Simulacin en condiciones peridica de borde

En esta seccin, examinars la minimizacin y equilibrado de la ubiquitina en una caja de agua en condiciones
peridica de borde

PASO 1. Dirigirse al directorio /1-3-box, aqu encontrars el archivo de configuracin llamado ubq_wb_eq.conf ,
para la minimizacin y el equilibrado de la ubiquitina en una esfera de agua.

Los archivos de salidas para la minimizacin y el equilibrado de la ubiquitina en una esfera de agua estar
ubicado en este directorio, el archivo de configuracin, es slo un archivo de entrada, que contiene todas las
instrucciones necesarias para correr la simulacin. Adems, encontrars en el directorio /1-3-box archivo pdb
(ubq_wb.pdb), psf (ubq_wb.psf) y archivo de parmetros (par_all27_prot_lipid.inp). Podras comprobar usando
el comando ls

Paso Alternativo

1.1 Fijar backbone de la protena usando el script fix_backbone.ucl. Esto se realiza previo a la Minimizacin
del sistema

1.2 Fijar Restraint a los Carbono alfa de los aminocidos usando el script restraint_ca.tcl Esto se realiza previo a
la Equilibrado del sistema


PASO 2. Abrir el archivo de configuracin, ubq_wb_eq.conf , con un editor de texto gedit

El archivo de configuracin contiene algunos comandos que son diferentes archivo de configuracin de la
esfera de agua

La seccin SIMULATION PARAMETERS, hay tres nuevas categora de parmetros que han sido aadidas.

Periodic Boundary Conditions


Los tres vectores bases de la celda peridica entregan la forma y el tamao de la celda
peridica. Ellos eson cellBasisVector1, cellBasisVector2, and cellBasisVector3.
cellOrigin: especifica las coordenadas del centro de la celda peridica en ngstrom
wrapWater: Este comando es usado junto a condiciones peridicas de borde.
wrapAll: Es lo mismo a wrapWater: pero es usado a todas las molculas

PME (full-system periodic electrostatics)

PME (Particle Mesh Ewald o grilla de partculas) Este mtodo es til para considerar las
interacciones electrostticas en el sistema cuando est presente las condiciones peridicas de borde.
La suma de Ewald es eficiente para el clculo de fuerza en el sistema peridico. La grilla de partculas
es una grilla en 3D creada en el sistema, cuya carga del sistema est distribuida. Desde estas cargas,
potenciales y fuerzas en el sistema es determinada.

PME: indica s o no la simulacin usa el mtodo de suma de Ewald, usa valores yes o no
PMEGridSpacing: Asigna un radio mnimo entre el nmero de puntos de la grilla a lo largo
de cellBasisVector.
Uno puede definir el tamao de la grilla PME manualmente PMEGridSizeX,
PMEGridSizeY, y PMEGridSizeZ. Esto asigna el tamao de la grilla PME cellBasisVector1,
2 y 3, respectivamente

Constant Pressure Control (volumen variable)

useGroupPressure: NAMD calcula la presin del sistema basados en la fuerza entre tomos
y su energa cintica. El comando especfica si la interaccin que implica hidrgenos debera
ser contado para todos los tomos de hidrgenos o simplemente para un grupos de tomos
de hidrgenos, usa valores yes o no. Debes asignar yes si rigidBonds son asignados
useFlexibleCell: Especifica s o no quieres permitir las tres dimensiones de la celda peridica
vara. Usa valores yes o no
useConstantArea: NAMD permite mantener el rea seccional x y sea constante mientras
vara la dimensin z. Usa valores yes o no
langevinPiston: Especifica s o no, la simulacin usa Piston Langevin para controlar la presin
del sistema. Usa valores yes o no
langevinPistonTarget: Indica la presin (en bar) con el cual el prisrton Langevin se mantiene
langevinPistonPeriod: asigna un tiempo constante de oscilacin en fs para piston Langevin
langevinPistonDecay: asigna un tiempo constante de Camping en fs para piston Langevin
langevinPistonTemp: asigna temperatura en K para piston Langevin.

Output

xstFreq: archivo que contiene un registro de los parmetros de la celda peridica. Este
comando especifica por cada cunto time steps la configuracin debe ser registrada.

PASO 3. Una vez asignados los parmetros, corremos nuestra simulacin con la siguiente lnea de comando.

charmrun ++local +pN namd2 ubq_wb_eq.conf > ubq_wb_eq.log &

N: nmero de core

PASO 4. Anlisis

Para hacer el anlisis cargue los siguientes archivos en vmd .

vmd ubq_wb.psf ubq_wb_eq.dcd


Usted puede ver la simulacin molecular:

Luego, para graficar tiempo de simulacin versus energa

Extensions Analysis NAMD Plot